RNA22
ஆர்என்ஏ 22 என்பது மைக்ரோஆர்என்ஏ இலக்கு தளங்கள் மற்றும் அதனுடன் தொடர்புடைய ஹெட்டோரோடுப்லெக்ஸ்களைக் கண்டுபிடிப்பதற்கான ஒரு வடிவம் அடிப்படையிலான வழிமுறையாகும். மைக்ரோஆர்என்ஏவை கணிப்பதற்கான பிற முறைகளிலிருந்து இந்த வழிமுறை கருத்தியல் ரீதியாக வேறுபட்டதுஃ எம்ஆர்என்ஏ ஹெட்டோரோடுப்லெக்ஸ்கள், இது பயிற்சிக்கு சோதனை ரீதியாக சரிபார்க்கப்பட்ட ஹெட்டோரோடுப்லெக்ஸ்களைப் பயன்படுத்துவதில்லை, அதற்கு பதிலாக பொது தரவுத்தளங்களில் காணப்படும் அறியப்பட்ட முதிர்ந்த மைஆர்என்ஏக்களின் வரிசைகளை மட்டுமே நம்பியுள்ளது. ஆர்என்ஏ22 இன் முக்கிய யோசனை என்னவென்றால், முதிர்ந்த மைக்ரோஆர்என்ஏ காட்சிகளில் (முறை கண்டுபிடிப்பு நுட்பங்களைப் பயன்படுத்தி) ஒருவர் அடையாளம் காணக்கூடிய எந்தவொரு முக்கிய வரிசை அம்சங்களின் தலைகீழ் நிரப்பு ஆர்வத்தின் வரிசையில் மைக்ரோஆர்என்ஏ இலக்கு தளங்களை அடையாளம் காண ஒருவரை அனுமதிக்க வேண்டும்ஃ ஆர்என்ஏ22 அத்தகைய முக்கிய அம்சங்களைக் கண்டறிய டீரேசியஸ் வழிமுறையைப் பயன்படுத்துகிறது. ஒரு வேட்பாளர் மைக்ரோஆர்என்ஏ இலக்கு தளம் கண்டுபிடிக்கப்பட்டவுடன், இலக்கு மைக்ரோஆர்என்ஏவை ஆர்என்ஏ கணக்கிடக்கூடிய பல வழிமுறைகளின் உதவியுடன் அடையாளம் காணலாம்ஃ ஆர்என்ஏ ஹெட்டோரோடுப்லெக்ஸ்கள். வழிமுறையின் ஒரு புதிய பதிப்பு (v2.0) இப்போது கிடைக்கிறதுஃ v2.0-beta ஒவ்வொரு கணிப்புக்கும் நிகழ்தகவு மதிப்பீடுகளைச் சேர்க்கிறது, பயனர்களுக்கு பறக்கும் போது உணர்திறன்/குறிப்பிட்ட அமைப்புகளைத் தேர்ந்தெடுக்கும் திறனை வழங்குகிறது, அசலை விட கணிசமாக வேகமாக உள்ளது, மேலும் http://cm.jefferson.edu/rna22/Interactive மூலம் அணுகலாம். Rna22 எந்த குறுக்கு-உயிரின பாதுகாப்பு கட்டுப்பாடுகளையும் நம்பியிருக்கவில்லை அல்லது விதிக்கவில்லை, இது சாத்தியமான வேட்பாளர்களை வடிகட்டுகிறது; இது பைலோஜெனெட்டிகல் ப்ராக்ஸிமல் உயிரினங்களில் பாதுகாக்கப்படாத மைக்ரோஆர்என்ஏ பிணைப்பு தளங்களைக் கண்டுபிடிக்கும் திறனை வழங்குகிறது. மேலும், மேலே குறிப்பிட்டுள்ளபடி, ஆர்என்ஏ22 இலக்கு மைக்ரோஆர்என்ஏவின் அடையாளத்தை அறியாமல் மைக்ரோஆர்என்ஏ பிணைப்பு தளங்களை அடையாளம் காண முடியும். ஆர்என்ஏ22 இன் குறிப்பிடத்தக்க பண்பு என்னவென்றால், ஹெட்டோரோடுப்லெக்ஸின் விதை பகுதியில் வீக்கம் மற்றும் ஜிஃ யு தடுமாற்றங்களை அனுமதிக்கும் ஒரு உத்தேச இலக்கில் மைக்ரோஆர்என்ஏவின் விதையின் சரியான தலைகீழ் நிரப்பு இருப்பது தேவையில்லை. கடைசியாக, அல்காரிதம் அதிக சமிக்ஞை-க்கு-சத்தம் விகிதத்தை அடைவதாகக் காட்டப்பட்டுள்ளது. ஆர்என்ஏ22 இன் பயன்பாடு நானோக், ஆக்டோர் 4 மற்றும் சாக்ஸ் 2 சுண்டெலிகளின் குறியீட்டு பகுதிகளில் "கேனோனிக்கல் அல்லாத" மைக்ரோஆர்என்ஏ இலக்குகளைக் கண்டறிய வழிவகுத்தது. இந்த இலக்குகளில் பெரும்பாலானவை தொடர்புடைய எம்ஆர்என்ஏக்களின் குறியீட்டு பகுதியில் வாழ்ந்தாலும், இந்த மூன்று டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகளின் மனித ஆர்த்தோலாக்களில் பாதுகாக்கப்படுவதில்லை. மேலும், இந்த இலக்குகளில் பெரும்பாலானவை ஹெட்டோரோடுப்லெக்ஸின் விதை பகுதியில் ஜிஃ யு தடுமாற்றங்கள், ஒன்று அல்லது அதற்கு மேற்பட்ட வீக்கங்கள் அல்லது இரண்டையும் கொண்டுள்ளன. குறியீட்டு பகுதிகளுக்கு கூடுதலாக, 3 'யு. டி. ஆர்களில் நியதி அல்லாத இலக்குகளைக் கண்டறிய ஆர். என். ஏ 22 உதவியது. ஆர்கோனாட்-மைஆர்என்ஏஃ எம்ஆர்என்ஏ முப்பரிமாண வளாகத்தின் படிக கட்டமைப்பின் மூலக்கூறு இயக்கவியல் உருவகப்படுத்துதல்களைப் பயன்படுத்தி கேனோனிக்கல் அல்லாத மைஆர்என்ஏ இலக்குகளின் சிக்கலை ஒரு சமீபத்திய ஆய்வு ஆய்வு செய்தது. விதைப் பகுதியில் பல ஜிஃ யு தடுமாற்றங்கள் மற்றும் பொருந்தாத தன்மைகளின் கலவைகள் உட்பட பல வகையான மாற்றங்கள் ஏற்றுக்கொள்ளத்தக்கவை என்றும், முக்கோண வளாகத்தின் ஸ்திரத்தன்மையை பாதிக்காத சிறிய கட்டமைப்பு ஏற்ற இறக்கங்களை மட்டுமே விளைவிக்கின்றன என்றும் ஆய்வு கண்டறிந்துள்ளது. மூலக்கூறு இயக்கவியல் உருவகப்படுத்துதலின் கண்டுபிடிப்புகள் எச்ஐடிஎஸ்-சிஎல்ஐபி (சிஎல்ஐபி-செக்) தரவுகளால் ஆதரிக்கப்படுகின்றன என்பதையும் ஆய்வு காட்டுகிறது. இந்த முடிவுகள் புத்திசாலித்தனமான மிஆர்என்ஏ இலக்குகள் நியமன விதை-மாதிரியை மீறுவதாகக் கூறுகின்றன, இதையொட்டி ஆர்என்ஏ22 போன்ற இலக்கு முன்கணிப்பு கருவிகள் புதிதாக அதிகரித்த மிஆர்என்ஏ இலக்குகளை ஆராய்வதற்கான சிறந்த தேர்வாக அமைகின்றன. குறிப்புகள் ஆர்என்ஏ மைக்ரோஆர்என்ஏ முறை பொருத்தம்