BRENDA tissue ontology
பி. ஆர். இ. என். டி. ஏ திசு ஆன்டாலஜி (பி. டி. ஓ) ஒரு விரிவான கட்டமைக்கப்பட்ட கலைக்களஞ்சியத்தைக் குறிக்கிறது. இது திசுக்கள், உறுப்புகள், உடற்கூறியல் கட்டமைப்புகள், தாவர பாகங்கள், செல் கலாச்சாரங்கள், செல் வகைகள் மற்றும் அனைத்து வகைபிரித்தல் குழுக்களிலிருந்தும் (விலங்குகள், தாவரங்கள், பூஞ்சை, புரோட்டோசூன்) உயிரினங்களின் செல் கோடுகள் ஆகியவற்றின் சொற்கள், வகைப்பாடுகள் மற்றும் வரையறைகளை நொதி ஆதாரங்களாக வழங்குகிறது. இந்தத் தகவல் BRENDA ("Braunschweig Enzyme DAtabase") என்சைம் தகவல் அமைப்பில் உள்ள செயல்பாட்டுத் தரவுகளுடன் இணைக்கப்பட்டுள்ளது. பி. டி. ஓ என்பது வாழ்க்கை அறிவியலில் முதல் திசு-குறிப்பிட்ட ஆன்டாலஜிகளில் ஒன்றாகும், இது ஒரு குறிப்பிட்ட உயிரினத்திற்கு அல்லது ஒரு குறிப்பிட்ட உயிரினக் குழுவிற்கு மட்டுப்படுத்தப்படவில்லை, இது பரந்த அளவிலான திசு மற்றும் செல் வகை தகவல்களுக்கு பயனர் நட்பு அணுகலை வழங்குகிறது. மிரியம் பதிவேடு அல்லது ஈபிஐ-இஎம்பிஎல் போன்ற ஆன்டாலஜி தேடல் சேவை அல்லது எஸ்இஎஸ் போன்ற தரவுத்தளங்கள், ஹைடெல்பெர்க்கில் உள்ள ஜெர்மன் புற்றுநோய் ஆராய்ச்சி மையத்தின் (டி. கே. எஃப். இசட்) திசு ஒத்த பெயர் நூலகம் அல்லது அமெரிக்காவின் ஸ்டான்போர்டில் உள்ள தேசிய பயோமெடிக்கல் ஆன்டாலஜி மையத்தின் பயோபோர்டல் தளம் உள்ளிட்ட திசு பகிர்வு டிபி ஆகியவை பிடிஓவை நம்பியுள்ளன மற்றும் கலைக்களஞ்சியத்தை அந்தந்த மேடையில் தகவல்களின் அத்தியாவசிய களஞ்சியமாக செயல்படுத்துகின்றன. நோயறிதல், சிகிச்சைகள் மற்றும் மருந்து வளர்ச்சியில் முக்கிய பங்கு வகிக்கும் திசுக்களில் நோய் தொடர்பான என்சைம்களின் நிகழ்வு மற்றும் ஹிஸ்டாலஜிக்கல் கண்டறிதல் ஆகியவற்றைத் தேட மருத்துவ ஆராய்ச்சி மற்றும் மருந்து அறிவியலின் பயனர்களுக்கு பி. டி. ஓ உதவுகிறது. உயிர்வேதியியல் மற்றும் உயிரி தொழில்நுட்பத்தில் நொதி செயல்பாட்டு தரவுகளுடன் இணைக்கப்பட்ட உயிரின-குறிப்பிட்ட திசு சொற்கள் வாழ்க்கை அறிவியலில் வளர்சிதை மாற்றம் மற்றும் ஒழுங்குமுறை பற்றிய புரிதலுக்கான ஒரு முக்கியமான ஆதாரமாகும். ஆன்டாலஜிகள் கட்டுப்படுத்தப்பட்ட மற்றும் கட்டமைக்கப்பட்ட சொற்களஞ்சியங்களை வழங்கும் வகைப்பாடு அமைப்புகளைக் குறிக்கின்றன. பரிணாம தொடர்புகளை விளக்குவதற்கும் இணைப்பதற்கும் அவை முக்கியமான கருவிகள். BRENDA இன் உயிர்வேதியியல் மற்றும் மூலக்கூறு உயிரியல் நொதி தரவை திசு-குறிப்பிட்ட சொற்களின் படிநிலை மற்றும் தரப்படுத்தப்பட்ட சேகரிப்புடன் இணைப்பதை நோக்கமாகக் கொண்டு 2003 ஆம் ஆண்டில் பி. டி. ஓவின் வளர்ச்சி தொடங்கியது. பி. ஆர். இ. என். டி. ஏ-வில் உள்ள செயல்பாட்டு நொதி தரவு மற்றும் தகவல்கள் உயிர் வேதியியல், உயிரியல் மற்றும் வேதியியல் நிபுணர்களால் கைமுறையாக சிறுகுறிப்பு மற்றும் கட்டமைக்கப்பட்டுள்ளன. அக்டோபர் 2022க்குள், பி. டி. ஓ. வில் 6,065 ஒத்த சொற்கள் மற்றும் 5,474 வரையறைகளுடன் இணைக்கப்பட்ட 6,527 க்கும் மேற்பட்ட சொற்கள் இருந்தன. இந்த சொற்கள் மரபணு ஆன்டாலஜி கூட்டமைப்பின் (ஜி. ஓ.,) பொதுவான பிரிவுகள், விதிகள் மற்றும் வடிவங்களின் கீழ் வகைப்படுத்தப்பட்டுள்ளன, இது திறந்த மூல ஓ. பி. ஓ-எடிட்டைப் பயன்படுத்தி உருவாக்கப்பட்ட ஒரு இயக்கப்படும் அசைக்ளிக் கிராஃப் (டிஏஜி) ஆக ஒழுங்கமைக்கப்பட்டுள்ளது. ஒவ்வொரு மட்டத்திலிருந்தும் அனைத்து சொற்களும் BRENDA இல் உள்ள நொதி தரவை நேரடியாக இணைக்கின்றன. திசு-குறிப்பிட்ட முறையில் வெளிப்படுத்தப்படும் வெவ்வேறு என்சைம்களை வேறுபடுத்திப் பார்க்க பி. டி. ஓ ஒரு பொருத்தமான கருவியாகும். உள்ளடக்கம் மற்றும் அம்சங்கள் பி. டி. ஓ. பி. ஆர். இ. என். டி. ஏ நொதி தகவல் அமைப்பின் விரிவான நொதி குறிப்பிட்ட தரவை ஈர்க்கிறது. தற்போது (அக்டோபர் 2019) 11,000 க்கும் மேற்பட்ட புரதங்களிலிருந்து 112,200 நொதி-உயிரினம்-திசு குறிப்பிட்ட தரவுகள் ப்ரெண்டாவில் சேமிக்கப்படுகின்றன. இந்த உள்ளீடுகள் 150,000 க்கும் மேற்பட்ட வெவ்வேறு இலக்கிய குறிப்புகளிலிருந்து கைமுறையாக சிறுகுறிப்பு செய்யப்பட்டன. பி. டி. ஓ-வில் உள்ள அனைத்து சொற்களும் ஓ. பி. ஓ-வடிவத்தின் படி மதிப்பீடு செய்யப்பட்டு வகைப்படுத்தப்படுகின்றன, மேலும் அவை குறிப்பிட்ட உறவுகளால் இணைக்கப்பட்டுள்ளன. ஒவ்வொரு வார்த்தையும் ஆன்டாலஜிக்குள் ஒரு தனித்துவமான நுழைவு மற்றும் தானாகவே ஒரு தனித்துவமான பி. டி. ஓ-அடையாளங்காட்டிக்கு (பி. டி. ஓ-ஐடி) ஒதுக்கப்படுகிறது. மேலும் வெளிப்புற உயிர்வேதியியல் தரவுத்தளங்களுக்கு குறுக்கு குறிப்புகளை உருவாக்குவதற்காக பி. டி. ஓ-ஐடி நிலையான அணுகல் எண்களாக செயல்படுகின்றன. வெளிப்புற தரவுத்தளங்களிலிருந்து மேலும் திசு மற்றும் செல் வகை குறிப்பிட்ட சொற்கள் (அதாவது. யூனிபிரோட்) பி. டி. ஓ உடன் ஒருங்கிணைக்கப்படுகிறது. சொற்கள் 4 முக்கிய பிரிவுகளாக வகைப்படுத்தப்பட்டுள்ளன (துணை வரைபடங்கள்): விலங்கு தாவர பூஞ்சை பிற ஆதாரங்கள் மேலும் நிலைகள் முக்கிய பிரிவுகளுக்கு (= முனைகள்) கீழே வரையறுக்கப்பட்டுள்ளன, "பெற்றோர்", "குழந்தை" மற்றும் "பேரக்குழந்தை" என வகைப்படுத்தப்படுகின்றன, இவை அனைத்தும் குறிப்பிட்ட உறவுகள் (= விளிம்புகள்) மூலம் இணைக்கப்பட்டுள்ளன. எலும்பு தசை நார் என்பது தசை இழையின் ஒரு பகுதியாகும் (எ. கா. தசையின் நார் பகுதி) உருவாகிறது/பெறுகிறது (e.g.myoma செல் தசை இழையிலிருந்து உருவாகிறது/பெறுகிறது) தொடர்புடையது (மற்றவற்றால் உள்ளடக்கப்படாத சொற்களுக்கு இடையிலான பொதுவான உறவுகளின் விளக்கம்) பெரும்பாலான சொற்கள் குறிப்பிட்ட உயிரினங்கள், உறுப்புகள், திசுக்கள் அல்லது செல் வகைகளுடன் தெளிவாக தொடர்புடையவை. தாவரங்கள் மற்றும் விலங்குகளில் உள்ள திசுக்களுக்கு பல ஒத்த பெயர்கள் உள்ளன, எ. கா. "எபிடர்மிஸ்". அந்த திசு சொற்களை வேறுபடுத்துவதற்கும், அவற்றை தாவர திசுக்களுக்கான பி. டி. ஓ ஆக சரியாக வகைப்படுத்துவதற்கும் முன்னொட்டு "ஆலை" என்ற சொல் முன் வைக்கப்படுகிறது, எ. கா. "தாவர மேல் தோல்". 80 சதவீதத்திற்கும் அதிகமான திசு சொற்கள் பொருள் மற்றும் சூழலை விவரிக்கும் வரையறைகளைக் கொண்டுள்ளன. இந்த வரையறைகள் இதிலிருந்து பெறப்படுகின்றன. மருத்துவ அகராதிகள் மற்றும் செல் லைன் தரவுத்தளங்கள் (வெப்ஸ்டர் அகராதி, டி. எஸ். எம். இசட்). கிடைக்கும் தன்மை பி. ஆர். இ. என். டி. ஏ-வின் முக்கிய புதுப்பிப்பின் ஒரு பகுதியாக பி. டி. ஓ-வில் உள்ளீடுகள் ஆண்டுக்கு இருமுறை புதுப்பிக்கப்படுகின்றன. இது "ஆன்டாலஜி எக்ஸ்ப்ளோரர்" பிரிவில் பி. ஆர். இ. என். டி. ஏ வலைத்தளம் வழியாக கிடைக்கிறது. நொதி மூல சொற்களை பி. டி. ஓ வினவல் படிவத்தின் மூலம் தேடலாம். இதன் விளைவாக, பிரென்டாவின் நொதி தகவல்களுடன் நேரடியாக இணைக்கப்பட்டுள்ள ஈசி எண்களின் பட்டியலை பயனர் பெறுகிறார். BRENDA "மூல திசு" தேடல் படிவம் ("கிளாசிக் வியூ") வழியாகவும் தேட முடியும். தேடப்பட்ட திசு சொல்லில் தனிமைப்படுத்தப்பட்ட அல்லது கண்டறியப்பட்ட அனைத்து என்சைம்களையும் முடிவுப் பக்கம் காட்டுகிறது, அவை நேரடியாக பி. டி. ஓ உடன் இணைக்கப்பட்டுள்ளன. பி. டி. ஓ மற்றும் பி. ஆர். இ. என். டி. ஏ கல்வி பயனர்களுக்கு இலவசமாக அணுகக்கூடியவை. இதை பி. ஆர். இ. என். டி. ஏ வலைத்தளத்தின் "ஆன்டாலஜி எக்ஸ்ப்ளோரர்" வழியாக அல்லது "ஓபோஃபவுண்டரி" இலிருந்து ஓ. பி. ஓ வடிவத்தில் இலவசமாக பதிவிறக்கம் செய்யலாம். குறிப்புகள் இணைப்புகள் பி. டி. ஓ (பி. ஆர். இ. என். டி. ஏ திசு ஆன்டாலஜி) பி. ஆர். இ. என். டி. ஏ ஆன்டாலஜி எக்ஸ்ப்ளோரர் பி. ஆர். இ. என். டி. ஏ-வலைத்தளம் எக்ஸ்ப்ளோரென்ஸ்-என்சைம் பெயரிடல் ஓபோஃபவுண்ட்ரி ஜீன் ஆன்டாலஜி கூட்டமைப்பு ஈ. பி. ஐ-இ. எம். பி. எல் பயோபோர்டல் டெஸ் நேஷனல் சென்டர் ஃபார் பயோமெடிக்கல் ஆன்டாலஜி, ஸ்டான்போர்ட், அமெரிக்கா உயிரியல் தரவுத்தளங்கள் ஆன்டாலஜி (தகவல் அறிவியல்) செல் கலாச்சார உயிரியல் மேம்பாட்டு உயிர்வேதியியல் என்சைம்கள்