Linguistic sequence complexity
ভাষাগত ক্রম জটিলতা (এলসি) হল জিন অনুক্রমের একটি জেনেটিক পাঠ্যের 'শব্দভাণ্ডার সমৃদ্ধির' একটি পরিমাপ। যখন একটি নিউক্লিওটাইড ক্রমকে চার অক্ষরের বর্ণমালা ব্যবহার করে পাঠ্য হিসাবে লেখা হয়, তখন পাঠ্যের পুনরাবৃত্তি, অর্থাৎ এর এন-গ্রাম (শব্দ)-এর পুনরাবৃত্তি গণনা করা যেতে পারে এবং ক্রম জটিলতার পরিমাপ হিসাবে কাজ করে। সুতরাং, একটি ডিএনএ সিকোয়েন্স যত বেশি জটিল হয়, তার অলিগোনিউক্লিওটাইড শব্দভাণ্ডার তত বেশি সমৃদ্ধ হয়, যেখানে পুনরাবৃত্তিমূলক সিকোয়েন্সগুলির তুলনামূলকভাবে কম জটিলতা থাকে। পরবর্তী কাজগুলি ভাষাগত জটিলতা পদ্ধতির সারমর্ম পরিবর্তন না করে ত্রিফোনভ (1990)-এ বর্ণিত মূল অ্যালগরিদমের উন্নতি করে। এলসি-র অর্থ আরও ভালভাবে বোঝা যেতে পারে প্রদত্ত ক্রমের সমস্ত পরবর্তী অংশের গাছ হিসাবে একটি ক্রমের উপস্থাপনা সম্পর্কে। সবচেয়ে জটিল ক্রমগুলিতে সর্বাধিক ভারসাম্যপূর্ণ গাছ রয়েছে, অন্যদিকে ভারসাম্যহীনতা বা গাছের অসমতার পরিমাপ একটি জটিলতা পরিমাপ হিসাবে কাজ করে। বৃক্ষ স্তরে নোডের সংখ্যা একটি নির্দিষ্ট ক্রমের দৈর্ঘ্য সহ শব্দের প্রকৃত শব্দভাণ্ডারের আকারের সমান; সবচেয়ে ভারসাম্যপূর্ণ বৃক্ষের নোডের সংখ্যা, যা বৃক্ষ স্তরে দৈর্ঘ্য এন-এর সবচেয়ে জটিল ক্রমের সাথে মিলে যায়, হয় 4i বা N-i + 1, যেটি ছোট হয়। একটি ক্রম খণ্ডের (দৈর্ঘ্য আরডব্লিউ সহ) জটিলতা () শব্দভাণ্ডার-ব্যবহারের পরিমাপের গুণফল হিসাবে সরাসরি গণনা করা যেতে পারে (ইউআই): একটি নির্দিষ্ট আকারের অলিগোমারদের জন্য শব্দভাণ্ডারের ব্যবহারকে প্রদত্ত ক্রমের প্রকৃত শব্দভাণ্ডারের আকারের অনুপাত এবং সেই দৈর্ঘ্যের ক্রমের জন্য সর্বাধিক সম্ভাব্য শব্দভাণ্ডারের আকার হিসাবে সংজ্ঞায়িত করা যেতে পারে। উদাহরণস্বরূপ, এসিজিজিএএজিসিটিজিএটিসিসিএ = 14/16 ক্রমের জন্য ইউ2, কারণ এতে 16টি সম্ভাব্য ভিন্ন ডাইনিউক্লিওটাইডের মধ্যে 14টি রয়েছে; একই ক্রমের জন্য ইউ3 = 15/15, এবং ইউ4 = 14/14। ACACACACACACACA অনুক্রমের জন্য, U1 = 1/2; U2 = 2/16 = 0.125, কারণ এতে মাত্র দুটি ডাইনিউক্লিওটাইডের একটি সহজ শব্দভান্ডার রয়েছে; এই ক্রমের জন্য U3 = 2/15। দুই থেকে ডাব্লু পর্যন্ত কে সহ কে-টুপলগুলি বিবেচনা করা হয়, যেখানে ডাব্লু আরডাব্লু-এর উপর নির্ভর করে। 18-এর কম RW মানের জন্য, W হল 3-এর সমান; 67-এর কম RW-এর জন্য, W হল 4-এর সমান; RW <260-এর জন্য, W = 5; RW <1029-এর জন্য, W = 6, ইত্যাদি। এর মান একটি নির্দিষ্ট দৈর্ঘ্যের বিভিন্ন ডিএনএ সিকোয়েন্স টুকরোগুলির জন্য 0 <সি <1 পরিসরে সিকোয়েন্স জটিলতার একটি পরিমাপ প্রদান করে। এই সূত্রটি মূল এলসি পরিমাপের থেকে দুটি দিক থেকে আলাদাঃ যেভাবে শব্দভাণ্ডারের ব্যবহার ইউআই গণনা করা হয়, এবং কারণ এটি 2 থেকে এন-1-এর মধ্যে নয় বরং শুধুমাত্র ডাব্লু পর্যন্ত। ইউআই-এর পরিসরে এই সীমাবদ্ধতা অ্যালগরিদমকে যথেষ্ট পরিমাণে আরও দক্ষ করে তোলে শক্তি হ্রাস ছাড়াই। আরেকটি পরিবর্তিত সংস্করণ ব্যবহার করা হয়েছিল, যেখানে ভাষাগত জটিলতা (এলসি) স্ট্রিংয়ে উপস্থিত যে কোনও দৈর্ঘ্যের সাবস্ট্রিং-এর সংখ্যা এবং সর্বাধিক সম্ভাব্য সাবস্ট্রিং-এর অনুপাত হিসাবে সংজ্ঞায়িত করা হয়। 1 থেকে মি শব্দের আকারের মধ্যে সর্বাধিক শব্দভান্ডার সহজ সূত্র অনুযায়ী গণনা করা যেতে পারে। এই ক্রম বিশ্লেষণ জটিলতা গণনাটি সহজ ক্রম পুনরাবৃত্তি, অসম্পূর্ণ সরাসরি বা উল্টানো পুনরাবৃত্তি, পলিপুরিন এবং পলিপিরিমিডিন ট্রিপল-স্ট্র্যান্ডেড ডিএনএ কাঠামো এবং চার-স্ট্র্যান্ডেড কাঠামো (যেমন জি-কোয়াড্রুপ্লেক্স) সহ নিম্ন-জটিল অঞ্চল সনাক্তকরণের জন্য তুলনামূলক ক্রমের মধ্যে সংরক্ষিত অঞ্চলগুলি অনুসন্ধান করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। তথ্যসূত্র নিউক্লিক অ্যাসিড বায়োইনফরমেটিক্স