DEPDC5
ডি. ই. পি. ডি. সি. 5 (বা ডি. ই. পি ডোমেইন-ধারণকারী 5) একটি দুর্বলভাবে বোঝা কার্যকারিতার মানব প্রোটিন তবে বেশ কয়েকটি গবেষণায় ক্যান্সারের সাথে যুক্ত হয়েছে। এটি ক্রোমোজোম 22-এ অবস্থিত একই নামের একটি জিন দ্বারা এনকোড করা হয়। ফাংশন ডি. ই. পি. ডি. সি 5-এর কার্যকারিতা এখনও জানা যায়নি, তবে এটি ডি. ই. পি. ডি. সি 5 এবং ডিসহেভেল্ড-1 (ডি. ভি. এল 1)-এর ডি. ই. পি ডোমেনের মধ্যে সমসংস্থানের উপর ভিত্তি করে আন্তঃকোষীয় সংকেত সঞ্চালনে জড়িত। এই জিনের রূপান্তরগুলি ফোকাল মৃগীরোগের ক্ষেত্রে যুক্ত হয়েছে (ডোইঃ 10.1038/ng.2601)। হোমো স্যাপিয়েন্সে, ডিইপিডিসি5 জিনটি পিআরআরএল14 এবং ওয়াইডব্লিউএইচএএইচ জিনের মধ্যে ক্রোমোজোম 22,22q12.2-q12.3-এর দীর্ঘ বাহুতে স্থানীয়করণ করা হয়েছে। এই জিনের ক্লিনিকাল প্রাসঙ্গিকতার মধ্যে একটি ইন্ট্রনিক এসএনপি (আরএস1012068) রয়েছে যা 2-গুণ হেপাটোসেলুলার কার্সিনোমা-ঝুঁকি বৃদ্ধির সাথে যুক্ত। স্ট্রাকচার ডোমেন ডিইপি ডিশেভেল্ড, ইগ্ল-10 এবং প্লেকস্ট্রিন প্রোটিন থেকে ডিইপি ডোমেনের নাম এসেছে, যার প্রত্যেকটিতে এই ডোমেনের একটি বৈকল্পিক রয়েছে। এটি 82টি অবশিষ্টাংশ জুড়ে বিস্তৃত এবং সি-টার্মিনাস থেকে 343টি অ্যামিনো অ্যাসিড রয়েছে। একটি সুইস-মডেল ডোমেনের মধ্যে থাকা দুটি বিটা শীট এবং তিনটি আলফা হেলিসের পূর্বাভাস দেয়। যদিও এর সঠিক কার্যকারিতা জানা যায়নি, ডি. ই. পি. ডি. সি. 5 ডি. ই. পি ডোমেনের এন. সি. বি. আই-তে সি. বি. এল. এ. এস. টি সম্পাদন করার সময় ডি. ভি. এল 1-এর ডি. ই. পি ডোমেনের সাথে সর্বোচ্চ কাঠামোগত মিল রয়েছে। সারিবদ্ধকরণটি 1.00e-08 এর একটি মান স্কোর করে এবং দুটি প্রোটিনের ডিইপি ডোমেনের মধ্যে 30 শতাংশ পরিচয় নির্দেশ করে। ডি. ভি. এল. 1-এ, ডি. ই. পি ডোমেইন ডব্লিউ. এন. টি সিগন্যালিং পথের অংশ হিসাবে প্লাজমা ঝিল্লিতে প্রোটিনের স্থানীয়করণে জড়িত। ডিইউএফ 3608 ডোমেনটি এন-টার্মিনাস থেকে 99টি অ্যামিনো অ্যাসিড ধারণ করে এবং নিজেই 280টি অ্যামিনো অ্যাসিড বিস্তৃত করে। পিইএলই এই ডোমেনের মধ্যে কমপক্ষে একটি বিটা শীট এবং দুটি আলফা হেলিসের পূর্বাভাস দেয়। এটিতে 26টি অত্যন্ত সংরক্ষিত অবশিষ্টাংশ এবং অনুবাদ-পরবর্তী বেশ কয়েকটি পরিবর্তন রয়েছে। এই দুটি ঘটনা এই প্রবন্ধে পরে আলোচনা করা হয়েছে। ডিইউএফ 3608-এর কার্যকারিতার প্রমাণ ইস্ট হোমোলগ আইএমএল1পি-তে উন্মোচিত হয়েছে। আইএমএলপি1-এর ডিইউএফ 3608 দুটি প্রোটিন অংশীদার, এনপিআর2 এবং এনপিআর3-এর সাথে আবদ্ধ হতে সহায়তা করে বলে মনে করা হয়। একসাথে, এই তিনটি প্রোটিন ই. এম. এল 1-এন. পি. আর 2-এন. পি. আর 3 জটিল গঠন করে এবং "নন-নাইট্রোজেন অনাহার" অটোফ্যাগি নিয়ন্ত্রণে জড়িত। গবেষকরা যারা এটি আবিষ্কার করেছেন তারা ডিইউএফ 3608-এর নাম পরিবর্তন করে আরএএনএস (নন-নাইট্রোজেন অনাহার পরিস্থিতিতে প্ররোচিত অটোফাগির জন্য প্রয়োজনীয়) করার প্রস্তাব দিয়েছেন। সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার প্রেডিকশন টুল পিইএলই দ্বারা সর্বসম্মত ঐকমত্যের উপর ভিত্তি করে, ডিইপিডিসি5-এ কমপক্ষে দশটি আলফা হেলিসেস এবং নয়টি বিটা শীট রয়েছে। এই গৌণ কাঠামোগুলির অবস্থানগুলি নীচের ছবিতে চিত্রিত করা হয়েছেঃ লাল হাইলাইটগুলি হল আলফা হেলিস এবং নীল হাইলাইটগুলি হল বিটা শীট। ছত্রাক হল সবচেয়ে দূরবর্তী সম্পর্কিত জীব যা স্যাকারোমাইসেস সেরেভিসিয়া এবং অ্যালবুগো লাইবাচি সহ মানুষের ডিইপিডিসি5-এর জন্য একটি প্রোটিন অর্থোলোগাস ধারণ করে। ছত্রাকের মধ্যে, প্রোটিনের নাম হল ই. এম. এল1পি, বা ভ্যাকুওলার মেমব্রেন-সম্পর্কিত প্রোটিন ই. এম. এল1। অন্যান্য জীবের নামের বিচ্যুতির মধ্যে রয়েছে সিজি12090 (ড্রোসোফিলা) এবং এজিএপি007010 (মশা)। মানুষ এবং অন্যান্য মেরুদণ্ডী প্রজাতির মধ্যে সংরক্ষণ বেশি, সিক্লিডে 74 শতাংশ পরিচয় থেকে শুরু করে শিম্পাঞ্জিতে 99 শতাংশ পরিচয় পর্যন্ত। নিম্নলিখিত টেবিলটি মানব ডি. ই. পি. ডি. সি5-এর অর্থোলোগাস 20টি প্রোটিনের বিশ্লেষণের সংক্ষিপ্তসার তুলে ধরেছে। প্রাণী এবং ছত্রাক বিচ্ছিন্ন হওয়ার পর থেকে 30টি অবশিষ্টাংশ সংরক্ষণ করা হয়েছে, যার মধ্যে 26টি ডিইউএফ 3608 ডোমেনে অবস্থিত। নিম্নলিখিত একাধিক ক্রম বিন্যাস ডিইউএফ ডোমেনের এই সংরক্ষণকে চিত্রিত করে; অমেরুদণ্ডী এবং ছত্রাক ক্লেডের প্রতিনিধিরা সম্পূর্ণরূপে সংরক্ষিত অবশিষ্টাংশ রঙিন সবুজ সহ মানব ডিইউএফ 3608-এর সাথে সংযুক্ত। কোনও পরিচিত মানব ডি. ই. পি. ডি. সি5 প্যারালগ নেই, তবে একটি সমজাতীয় ডি. ই. পি ডোমেনে 64টি মানব প্রোটিন রয়েছে। মানব ডি. ই. পি. ডি. সি5-এর সবচেয়ে দূরবর্তী সম্পর্কিত অর্থোলগ ইস্ট প্রোটিন আই. এম. এল1-এর জন্য কোনও চিহ্নিত প্যারালগ নেই। এক্সপ্রেশন ডিইপিডিসি5 অভিব্যক্তিটি আরটি-পিসিআর বিশ্লেষণ এবং ডিএনএ মাইক্রো অ্যারে গবেষণায় মানব টিস্যুতে সর্বব্যাপী হিসাবে চিহ্নিত করা হয়েছে যা নীচের চার্টে প্রদর্শিত হয়েছে। হেপাটোসেলুলার কার্সিনোমা রোগীদের উপর করা একটি গবেষণায় অ-টিউমার টিস্যুর তুলনায় টিউমার টিস্যুতে উচ্চতর ডিইপিডিসি5 এক্সপ্রেশন পাওয়া গেছে। বিপরীতভাবে, দুটি গ্লিওব্লাস্টোমা ক্ষেত্রে তিনটি জিনের একটি সমজাতীয় অপসারণ পাওয়া গেছে, যার মধ্যে একটি হল ডিইপিডিসি5। অন্যান্য অভিব্যক্তি অসঙ্গতিগুলির মধ্যে রয়েছে এমডিএ-এমবি-221 স্তন ক্যান্সার কোষ লাইনে শূন্য অভিব্যক্তি এবং পি116 (জেডএপি70 নেতিবাচক) কোষ লাইনে কম অভিব্যক্তি। অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তন মানব ডি. ই. পি. ডি. সি5 প্রোটিনের জন্য এক্স. পি. এ. এস. আই এবং ফসফোসাইট প্লাসে সংকলিত প্রোটিওমিক সরঞ্জামগুলির মাধ্যমে নিম্নলিখিত অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তনগুলির পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছিল। মিথস্ক্রিয়া ডিইপিডিসি5 সম্ভবত প্রোটিসোম সাবইউনিট পিএসএমএ3-এর সাথে মিথস্ক্রিয়া করতে পারে যা কো-ইমিউনোপ্রেসিপিটেশন এবং ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর এমওয়াইসি দ্বারা প্রমাণিত। ডিইপিডিসি5 এনপিআরএল2 এবং এনপিআরএল3 সহ "জিএটিওআর1" কমপ্লেক্সে রয়েছে। তথ্যসূত্র