Community fingerprinting
কমিউনিটি ফিঙ্গারপ্রিন্টিং হল আণবিক জীববিজ্ঞান কৌশলগুলির একটি সেট যা একটি মাইক্রোবিয়াল সম্প্রদায়ের বৈচিত্র্যকে দ্রুত প্রোফাইল করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। পরিবেশগত নমুনায় পৃথক পৃথক কোষকে সরাসরি সনাক্ত বা গণনা করার পরিবর্তে, এই কৌশলগুলি দেখায় যে একটি জিনের কতগুলি রূপ উপস্থিত রয়েছে। সাধারণভাবে, এটি ধরে নেওয়া হয় যে প্রতিটি ভিন্ন জিন বৈকল্পিক একটি ভিন্ন ধরনের অণুজীবের প্রতিনিধিত্ব করে। কমিউনিটি ফিঙ্গারপ্রিন্টিং মাইক্রোবায়োলজিস্টদের দ্বারা বিভিন্ন মাইক্রোবিয়াল সিস্টেম অধ্যয়ন করে ব্যবহার করা হয় (যেমন। সামুদ্রিক, মিঠা জল, মাটি এবং মানব মাইক্রোবিয়াল সম্প্রদায়) জীববৈচিত্র্য পরিমাপ করতে বা সময়ের সাথে সাথে সম্প্রদায়ের কাঠামোর পরিবর্তনগুলি ট্র্যাক করতে। পদ্ধতিটি জিনোমিক ডিএনএ পরীক্ষা করে পরিবেশগত নমুনা বিশ্লেষণ করে। এই পদ্ধতিটি মাইক্রোবিয়াল কালচারিংয়ের একটি বিকল্প প্রদান করে, যা গুরুত্বপূর্ণ কারণ বেশিরভাগ জীবাণু পরীক্ষাগারে কালচার করা যায় না। কমিউনিটি ফিঙ্গারপ্রিন্টিং পৃথক জীবাণু প্রজাতির সনাক্তকরণের ফলস্বরূপ হয় না; পরিবর্তে, এটি একটি মাইক্রোবিয়াল সম্প্রদায়ের একটি সামগ্রিক চিত্র উপস্থাপন করে। এই পদ্ধতিগুলি এখন মূলত উচ্চ থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং দ্বারা প্রতিস্থাপিত হচ্ছে, যেমন লক্ষ্যযুক্ত মাইক্রোবায়োম বিশ্লেষণ (যেমন, 16s rRNA সিকোয়েন্সিং) এবং মেটাজেনমিক্স। একটি আঙুলের ছাপ বিশ্লেষণ একটি পরিবেশগত নমুনা দিয়ে শুরু হয় (যেমন। সমুদ্রের জল বা মাটি), যা থেকে মোট ডিএনএ বের করা হয়। (মোট ডিএনএতে নমুনায় উপস্থিত সমস্ত জীবাণু থেকে জেনেটিক উপাদানের মিশ্রণ রয়েছে।) একটি নির্দিষ্ট জিন বা ডিএনএ অঞ্চল তারপর বিশ্লেষণের জন্য একটি লক্ষ্য হিসাবে নির্বাচিত হয়, এই ধারণার অধীনে যে প্রতিটি অণুজীব প্রজাতির একটি ভিন্ন জিন বৈকল্পিক থাকবে (যাকে "ফাইলোটাইপ" ও বলা হয়)। একটি নমুনায় উপস্থিত ফাইলোটাইপগুলি কল্পনা করার জন্য বিভিন্ন পদ্ধতি (নীচে দেখুন) ব্যবহার করা যেতে পারে। যেহেতু কমিউনিটি ফিঙ্গারপ্রিন্টিংয়ের লক্ষ্য হল কমিউনিটি কাঠামো সম্পর্কে সামগ্রিক ধারণা অর্জন করা, তাই মাঠ থেকে সংগৃহীত সময়-সিরিজের তথ্য বিশ্লেষণের জন্য এটি একটি বিশেষভাবে কার্যকর কৌশল। উদাহরণস্বরূপ, একটি আবাসস্থলে মাইক্রোবিয়াল উত্তরাধিকারের ধরণ অধ্যয়ন করা যেতে পারে, অথবা একটি পরিবেশগত বিশৃঙ্খলার প্রতি একটি মাইক্রোবিয়াল সম্প্রদায়ের প্রতিক্রিয়া পরীক্ষা করা যেতে পারে, যেমন একটি দূষণকারী নিঃসরণ। কোন তথ্য পছন্দ করা হয় তার উপর নির্ভর করে বিভিন্ন জিনকে লক্ষ্যবস্তু করা যেতে পারে। সবচেয়ে সাধারণ হল ছোট সাবইউনিট রাইবোসোমাল আরএনএ (আরআরএনএ) জিন, যেমন 16এস আরআরএনএ। এই জিনগুলি প্রায়শই মাইক্রোবিয়াল ফাইলোজেনেটিক বিশ্লেষণে ব্যবহৃত হয়, তাই তাদের গবেষণার জন্য সুপ্রতিষ্ঠিত কৌশল বিদ্যমান। আগ্রহের অন্যান্য জিনগুলি হতে পারে যা বিভিন্ন বিপাকীয় প্রক্রিয়ার মূল চাবিকাঠি। সুবিধা ও অসুবিধাগুলি কমিউনিটি ফিঙ্গারপ্রিন্টিংয়ের সুবিধাগুলি হল এটি দ্রুত এবং তুলনামূলকভাবে সস্তায় সম্পাদন করা যেতে পারে এবং বিশ্লেষণগুলি একই সাথে বিপুল সংখ্যক নমুনাকে সামঞ্জস্য করতে পারে। এই বৈশিষ্ট্যগুলি সময়ের সাথে সাথে মাইক্রোবিয়াল সম্প্রদায়ের পরিবর্তনগুলি পর্যবেক্ষণের জন্য সম্প্রদায়ের আঙুলের ছাপকে বিশেষভাবে কার্যকর করে তোলে। এছাড়াও, আঙুলের ছাপের কৌশলগুলির জন্য কোনও নমুনায় জীবের জন্য একটি অগ্রাধিকার ক্রম তথ্যের প্রয়োজন হয় না। কমিউনিটি ফিঙ্গারপ্রিন্টিংয়ের একটি অসুবিধা হল যে এটি মূলত গুণগত, পরিমাণগত তথ্য নয়। গুণগত তথ্য ব্যবহার করার সময়, বিভিন্ন গবেষণায় বা বিভিন্ন তদন্তকারীদের মধ্যে পর্যবেক্ষণ করা নিদর্শনগুলির তুলনা করা কঠিন হতে পারে। এছাড়াও, কমিউনিটি ফিঙ্গারপ্রিন্টিং কোনও পরিবেশগত নমুনায় ট্যাক্সাকে সরাসরি সনাক্ত করে না, যদিও নির্দিষ্ট কিছু কৌশল থেকে ডেটা আউটপুট (যেমন। ডিজিজিই) আরও বিশ্লেষণ করা যেতে পারে যদি কেউ সনাক্ত করতে চায়। কিছু লেখক নির্দিষ্ট আঙুলের ছাপের পদ্ধতির জন্য ফলাফলের দুর্বল পুনরুত্পাদনযোগ্যতার দিকে ইঙ্গিত করেছেন, অন্যদিকে অন্যান্য লেখকরা প্রাচুর্যের অনুমানের ভুলতা এবং বিরল ট্যাক্সার উপস্থিতি ধরতে কিছু কৌশলের অক্ষমতার সমালোচনা করেছেন। উদাহরণস্বরূপ, ডিজিজিই পদ্ধতির জন্য ব্যাকটেরিয়া সম্প্রদায়ের 0.5%-1% এরও কম সংখ্যক জীবাণু সনাক্ত করা কঠিন। কৌশল এই বিভাগে কমিউনিটি ফিঙ্গারপ্রিন্টিংয়ের তিনটি পদ্ধতি উপস্থাপন করা হয়েছে। টার্মিনাল সীমাবদ্ধতা খণ্ড দৈর্ঘ্য পলিমরফিজম (টি-আর. এফ. এল. পি) টার্মিনাল সীমাবদ্ধতা খণ্ড দৈর্ঘ্য পলিমরফিজম (টি-আর. এফ. এল. পি) এমন একটি পদ্ধতি যা ফ্লুরোসেন্টলি লেবেলযুক্ত ডি. এন. এ খণ্ড ব্যবহার করে একটি সম্প্রদায়ের আঙুলের ছাপ তৈরি করে। এই বিভাগটি কমিউনিটি ফিঙ্গারপ্রিন্টিংয়ের নির্দিষ্ট প্রসঙ্গে টি-আরএফএলপি-র একটি সংক্ষিপ্ত ব্যাখ্যা উপস্থাপন করে। আরও বিস্তারিত ব্যাখ্যার জন্য, টি-আর. এফ. এল. পি নিবন্ধটি দেখুন। পদ্ধতি টি-আর. এফ. এল. পি সম্পাদন করার জন্য (চিত্র 1), একজনকে অবশ্যই একটি লক্ষ্য জিন নির্বাচন করতে হবে (যেমন। 16S rRNA জিন) পিসিআর দ্বারা পরিবর্ধিত হয়। পিসিআর বিক্রিয়ায় ব্যবহৃত কমপক্ষে একটি প্রাইমার 5 'প্রান্তে ফ্লুরোসেন্টভাবে লেবেল করা হয়। পিসিআর পরিবর্ধন করার পরে, প্রতিটি অনুলিপি করা ডিএনএ বিভাগে ফ্লুরোসেন্ট লেবেল থাকে। এরপরে, নির্দিষ্ট শনাক্তকরণ স্থানগুলিতে পরিবর্ধিত ডিএনএ কাটতে সীমাবদ্ধতা এনজাইম ব্যবহার করা হয়। অন্তর্নিহিত ধারণাটি হল যে নমুনার প্রতিটি অণুজীবের লক্ষ্য জিনের উপর একটি ভিন্ন ক্রম থাকবে, তাই একটি সীমাবদ্ধতা এনজাইম প্রতিটি অণুজীবের ডিএনএকে আলাদা জায়গায় কেটে ফেলবে। (প্রতিটি ভিন্ন সীমাবদ্ধতা সাইট একটি একক কার্যকরী ট্যাক্সোনমিক ইউনিট [ওটিইউ] প্রতিনিধিত্ব করে বলে মনে করা হয়)। এইভাবে, উৎসেচকটি নমুনায় উপস্থিত প্রতিটি ধরনের অণুজীবের জন্য একটি করে খণ্ড দৈর্ঘ্য তৈরি করবে। পরিপাকের ফলাফল হল বিভিন্ন দৈর্ঘ্যের সীমাবদ্ধ টুকরোগুলির একটি সেট, যার প্রতিটি এক প্রান্তে ফ্লুরোসেন্ট লেবেলযুক্ত। এগুলি "টার্মিনাল ফ্র্যাগমেন্টস" নামে পরিচিত কারণ এগুলি যেখানে পিসিআর প্রাইমার সংযুক্ত থাকে সেখানে শেষে লেবেল করা হয়। (লেবেলবিহীন প্রান্তগুলি চূড়ান্ত বিশ্লেষণে নথিভুক্ত করা হয়নি।) এরপরে, জেল বা ক্যাপিলারি ইলেক্ট্রোফোরেসিসের মাধ্যমে টুকরোগুলি আকার দ্বারা পৃথক করা হয়। লেজার সনাক্তকরণ টার্মিনাল টুকরোগুলির আকার এবং ফ্লুরোসেন্স-তীব্রতার নিদর্শনগুলি ধারণ করে। জানা আকার এবং ফ্লুরোসেন্সের ডিএনএ মানগুলি বিশ্লেষণে রেফারেন্স হিসাবে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে। ফ্লুরোসেন্সের জন্য ন্যূনতম সীমা নির্ধারণ করে, পটভূমির শব্দ বাদ দেওয়া হবে। ডেটা আউটপুট এবং ব্যাখ্যা লেজার সনাক্তকরণ ধাপের আউটপুট একটি ইলেক্ট্রোফেরোগ্রাম যা অনুভূমিক অক্ষের উপর খণ্ড দৈর্ঘ্য এবং উল্লম্ব অক্ষের উপর ফ্লুরোসেন্স তীব্রতা সহ শিখরগুলির একটি সিরিজ দেখায় (চিত্র 1)। দ্বিতীয় আউটপুট হল একটি ডেটা টেবিল যা টুকরোগুলির স্থানান্তর সময়, প্রতিটি শিখরের বেস জোড়ায় আকার এবং প্রতিটি শিখরের উচ্চতা এবং এলাকা তালিকাভুক্ত করে। টি-আরএফএলপি-র তাত্ত্বিক ভিত্তি ধরে নেয় যে অনুভূমিক অক্ষ বরাবর বিভিন্ন অবস্থানে শিখরগুলি বিভিন্ন ধরনের জীবের (বা ওটিইউ) প্রতিনিধিত্ব করে। প্রতিটি ফ্লুরোসেন্স তীব্রতার শীর্ষের অধীনে এলাকাটি সম্প্রদায়ের প্রতিটি ফাইলোটাইপের আপেক্ষিক প্রাচুর্যের জন্য একটি প্রক্সি। তবে, বেশ কিছু সতর্কতা অবশ্যই বিবেচনায় নিতে হবে। বিভিন্ন ধরনের জীব আগ্রহের জিনে একটি সীমাবদ্ধতা স্থান ভাগ করে নিতে পারে; যদি তা হয়, তবে এই জীবগুলিকে ইলেক্ট্রোফেরোগ্রামের বিভিন্ন শিখর হিসাবে আলাদা করা হবে না। উপরন্তু, একটি শিখরের নীচে এলাকা পরম প্রাচুর্যের পরিবর্তে আপেক্ষিক প্রাচুর্যের প্রতিনিধিত্ব করে এবং প্রাচুর্য পরিমাপ এবং পিসিআর পরিবর্ধনতে পক্ষপাত রয়েছে। উদাহরণস্বরূপ, মূল মোট ডিএনএ নমুনায় দুর্লভ জীবগুলি চূড়ান্ত বিশ্লেষণে সনাক্ত করার মতো যথেষ্ট প্রশস্ত হবে না। এর ফলে সম্প্রদায়ের বৈচিত্র্যকে অবমূল্যায়ন করা হয়। লিউ এবং অন্যান্য। অন্যান্য সম্ভাব্য কারণগুলি উল্লেখ করুন যা ফলাফলকে বিকৃত করতে পারে, যার মধ্যে রয়েছে "কোষের লিসিস, ডিএনএ নিষ্কাশন এবং পিসিআর পরিবর্ধন চলাকালীন প্রবর্তিত প্রজাতি এবং পক্ষপাতের মধ্যে জিন অনুলিপি সংখ্যার পার্থক্য" (পৃ. 4521)। যাঁরা বিস্তারিত প্রযুক্তিগত তথ্য চান, তাঁদের জন্য মার্শ সম্ভাব্য পক্ষপাতের একটি তালিকা প্রদান করে যা টি-আর. এফ. এল. পি প্রক্রিয়ার প্রতিটি ধাপে চালু করা যেতে পারে। সুবিধা ও অসুবিধাগুলি টি-আর. এফ. এল. পি-র প্রধান সুবিধা হল এটি দ্রুত এবং সহজেই অনেকগুলি নমুনা ধারণ করতে পারে। এছাড়াও, ভিজ্যুয়াল আউটপুট বিভিন্ন নমুনা জুড়ে সম্প্রদায়ের কাঠামোর নিদর্শনগুলির তুলনাকে সহজতর করে। একটি অসুবিধা হ 'ল ডেটা আউটপুটের বিস্তৃত, গুণগত প্রকৃতি, যা অবশ্যই উপরের সতর্কতাগুলি মাথায় রেখে ব্যাখ্যা করা উচিত। এছাড়াও, টি-আর. এফ. এল. পি-র মাধ্যমে একটি নমুনায় জীবাণুগুলির সরাসরি সনাক্তকরণ সম্ভব নয়। অ্যাপ্লিকেশন ডিসায়াথানোট এট আল। থাইল্যান্ডে দুটি প্রজাতির মৌমাছির মাইক্রোবিয়াল অন্ত্র সম্প্রদায় বা মাইক্রোবায়োম মূল্যায়ন করতে টি-আরএফএলপি ব্যবহার করা হয়। তারা দেখেছে যে দুটি প্রজাতি বিভিন্ন মাইক্রোবিয়াল সম্প্রদায়ের আশ্রয়স্থল এবং মৌমাছির জীবদ্দশায় মাইক্রোবায়োম পরিবর্তিত হয়। জু এট আল। ফাইটোপ্ল্যাঙ্কটন পর্যবেক্ষণের জন্য একটি পদ্ধতি হিসাবে টি-আরএফএলপি পরীক্ষা করা হয়েছে। লেখকরা একটি সময় সিরিজে জলাধার থেকে পরিবেশগত জলের নমুনা সংগ্রহ করেছেন। পরিচিত টার্মিনাল সীমাবদ্ধতা টুকরোগুলির (সংস্কৃতি থেকে নির্মিত একটি ডাটাবেস থেকে) সঙ্গে নমুনাগুলির তুলনা করার পর, তারা এই সিদ্ধান্তে পৌঁছেছে যে টি-আরএফএলপি ফাইটোপ্ল্যাঙ্কটন সম্প্রদায়ের পরিবর্তনগুলি পর্যবেক্ষণের জন্য একটি কৌশল হিসাবে কার্যকরভাবে ব্যবহার করা যেতে পারে। তবে, বৈচিত্র্য এবং প্রাচুর্যের অনুমান অন্যান্য পদ্ধতির তুলনায় কম নির্ভুল বলে প্রমাণিত হয়েছে। ডিনাচারিং গ্রেডিয়েন্ট জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস (ডিজিজিই) পদ্ধতি ডিনাচারিং গ্রেডিয়েন্ট জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস (ডিজিজিই) একটি মাইক্রোবিয়াল ফিঙ্গারপ্রিন্টিং কৌশল যা ক্রম বৈশিষ্ট্যের উপর ভিত্তি করে প্রায় একই আকারের এম্পলিকনগুলিকে পৃথক করে (চিত্র 2)। এই বৈশিষ্ট্যগুলি ডি. এন. এ-র বিকৃতির সীমা নির্ধারণ করে। ডিজিজিই জেল একটি গ্রেডিয়েন্ট ডিএনএ ডিনেচুরেন্ট (ইউরিয়া এবং ফর্মামাইডের মিশ্রণ) বা একটি রৈখিক তাপমাত্রা গ্রেডিয়েন্ট ব্যবহার করে। যখন খণ্ডটি তার গলনাঙ্কে পৌঁছায় (পর্যাপ্ত ডিনেচুরেন্টের প্রান্তিক), তখন এটি চলাচল বন্ধ করে দেয়। এর কারণ হল আংশিকভাবে গলিত ডাবল-স্ট্র্যান্ডেড ডিএনএ আর জেলের মধ্য দিয়ে স্থানান্তরিত হতে পারে না। একটি জিসি ক্ল্যাম্প (উচ্চ জিসি সামগ্রী সহ প্রায় 40 টি ঘাঁটি) পিসিআর টুকরোগুলি একবার বিকৃত হয়ে গেলে তাদের একসাথে নোঙ্গর করার জন্য একটি বিশেষ প্রাইমার হিসাবে ব্যবহৃত হয়। ডেটা আউটপুট এবং ব্যাখ্যা একটি জেলের প্রতিটি লেন একটি মাইক্রোবিয়াল সম্প্রদায়ের প্রতিনিধিত্ব করে। নমুনাগুলির মধ্যে ভাগ করা ব্যান্ডগুলি একই আকারের এবং জেলের উপর মোটামুটি একই অবস্থান। জিন বৈকল্পিকগুলি যা মাইক্রোবিয়াল সম্প্রদায়ের নমুনার মধ্যে ভাগ করা হয় না তা অন্যদের সাথে অনুভূমিকভাবে মেলে না। উদাহরণস্বরূপ, যদি আগ্রহের জিনটি 16S rRNA হয়, যেমনটি যখন কৌশলটি প্রথম বর্ণনা করা হয়েছিল, তখন পিসিআর-পরিবর্ধিত টুকরোগুলি একই উল্লম্ব অবস্থানে থাকবে কারণ তারা প্রায় একই আকারের। আরেকটি লক্ষ্য জিনের দৈর্ঘ্যে আরও বেশি বৈচিত্র্য থাকতে পারে, তবে ডিনেচুরেন্ট গ্রেডিয়েন্ট নমুনাগুলির মধ্যে আরও পার্থক্য করার জন্য একটি দ্বিতীয় উপাদান (গলনাঙ্কের) ব্যবহার করে। ডিজিজিই জেল বেস সিকোয়েন্সের উপর ভিত্তি করে একই আকারের জিন আলাদা করবে। এই কৌশলটি দেখায় যে মাইক্রোবিয়াল সম্প্রদায়গুলি ট্যাক্সোনমিক গঠনে কতটা একই বা আলাদা। জেলের উপর একটি ভিন্ন স্থানে প্রতিটি ব্যান্ড একটি ভিন্ন ফাইলোটাইপ (একটি ফাইলোজেনেটিক মার্কার জিনের একটি অনন্য ক্রম) উপস্থাপন করে। মাইক্রোবিয়াল সম্প্রদায়ের জন্য এই পদ্ধতিটি অনেকগুলি পৃথক 16S rRNA সিকোয়েন্স প্রোফাইল করে। বিভিন্ন অনুভূমিক অবস্থানে ব্যান্ডগুলির সংখ্যা সেই নমুনায় জীববৈচিত্র্যের মাত্রা অনুমান করতে এবং ফাইলোজেনেটিক সংযুক্তি অনুমান করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। ফাইলোজেনেটিক সংযুক্তি সম্পর্কে আরও জানতে, জেল থেকে সেই ব্যান্ডগুলি এক্সাইজ করা যেতে পারে এবং তারপরে সেগুলি সিকোয়েন্স করা যেতে পারে। সুবিধা এবং অসুবিধাগুলি ডিনেচারিং প্রোফাইলের ব্যবহার একই আকারের ডিএনএ টুকরোগুলি পৃথক করার একটি উপায় হিসাবে কাজ করে। এটি মাইক্রোবিয়াল বৈচিত্র্য মূল্যায়নে উপকারী কারণ 16এস আরআরএনএ জিন ব্যাকটেরিয়া ফাইলা জুড়ে আকারে খুব বেশি পরিবর্তিত হয় না। ডিজিজিই জেল একটি মাইক্রোবিয়াল নমুনায় জীববৈচিত্র্য দেখার একটি দ্রুত উপায় প্রদান করে এবং আগ্রহের ব্যান্ডগুলি সিকোয়েন্স করার বিকল্পকে বাধা দেয় না। এই পদ্ধতিতে জীবাণুগুলিকে পরীক্ষাগারে কালচার করার প্রয়োজন হয় না এবং সংকরকরণ পদ্ধতির জন্য প্রোব ডিজাইন করার জন্য প্রয়োজনীয় কোনও ক্রম তথ্যের প্রয়োজন হয় না। প্রধান অসুবিধা হল যে এটি জীববৈচিত্র্যের একটি গুণগত মূল্যায়ন এবং ফাইলোজেনেটিক সম্পর্কিততা সম্পর্কে অনুমান করার জন্য অবশ্যই জিনের ক্রম নির্ধারণ করতে হবে। আরেকটি অসুবিধা হল যে জিসি ক্ল্যাম্প প্রতিবার সংশ্লেষিত হওয়ার সময় পরিবর্তনশীল হতে পারে। এটি একই 16এস আরআরএনএ অনুক্রমের জন্য বিভিন্ন ডিজিজিই প্রোফাইলের সম্ভাবনার দিকে পরিচালিত করে। অ্যাপ্লিকেশন স্টিফেন এবং অন্যান্য। মাটিতে প্রোটিওব্যাকটেরিয়ার দ্রুত বিশ্লেষণের জন্য ডিজিজিই ব্যবহার করা হয়। তারা বিভিন্ন পিএইচ মানগুলিতে 36 বছর ধরে রক্ষণাবেক্ষণ করা মাটি থেকে তাদের পরিবেশগত নমুনায় মাইক্রোবিয়াল বৈচিত্র্যের প্রাথমিক মূল্যায়ন পেয়েছিল। তারা প্রাকৃতিক জনসংখ্যা সম্পর্কে আরও বিশদ জানতে ডিএনএ টুকরোগুলি অনুসন্ধান করে ডিজিজিই এবং সংকরকরণ কৌশলগুলিকে একত্রিত করেছে। এই গবেষণায়, তারা ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত ব্যাকটেরিয়ার প্রকারের একটি গোষ্ঠীর দিকে তাকিয়ে ছিল, সমস্ত অটোট্রফিক β-প্রোটিওব্যাকটেরিয়াল অ্যামোনিয়া অক্সিডাইজার। 16এস আর. ডি. এন. এ নমুনাগুলি একটি জেল শেষ হয়ে গেলে দ্ব্যর্থহীন ওভারল্যাপিং ব্যান্ড তৈরি করে। অস্পষ্ট ওভারল্যাপিং ব্যান্ডগুলি ক্লাস্টার-নির্দিষ্ট রেডিওলেবেল্ড প্রোবের সাথে পৃথক করা হয়েছিল, যা নমুনায় বিভিন্ন জিনোটাইপের আপেক্ষিক প্রাচুর্যের তথ্য পেয়েছিল। ওয়ার্ড ও অন্যান্যরা। অ্যারোবিক কেমোর্গানোট্রফিক জনসংখ্যার 16 এস আরআরএনএ জিন বিভাগের ডিজিজিই বিশ্লেষণ ব্যবহার করে ইয়েলোস্টোন হট স্প্রিং-এ সায়ানোব্যাকটেরিয়াল মাদুর সম্প্রদায়গুলি পরীক্ষা করা হয়েছিল। ডিজিজিই তাদের বৈচিত্র্য সম্পর্কে নতুন অন্তর্দৃষ্টি অর্জনকারী সম্প্রদায়ের প্রোফাইল তৈরি করার অনুমতি দেয়। তারা বিশুদ্ধকরণ এবং সিকোয়েন্সিং দ্বারা আগ্রহের ব্যান্ডগুলি চিহ্নিত করে এবং পূর্বে অজানা অনেক বংশ সনাক্ত করে। (স্বয়ংক্রিয়) রাইবোসোমাল ইন্টারজেনিক স্পেসার বিশ্লেষণ (এ. আর. আই. এস. এ) পদ্ধতি (স্বয়ংক্রিয়) রাইবোসোমাল ইন্টারজেনিক স্পেসার বিশ্লেষণ, বা (এ) আর. আই. এস. এ (চিত্র 3), এই সত্যের সুবিধা নেয় যে প্রোক্যারিওটিক ডি. এন. এ দুটি অত্যন্ত সংরক্ষিত জিন, 16 এস. আর. আর. এন. এ জিন এবং 23 এস. আর. আর. এন. এ জিনের জন্য এনকোড করে। এগুলি আর. আর. এন. এ অপেরনে ছোট এবং বড় সাবইউনিট জিনগুলিকে এনকোড করে। এই দুটি জিনের মধ্যে একটি অভ্যন্তরীণ প্রতিলিপি করা স্পেসার (আই. টি. এস) অঞ্চল রয়েছে। যেহেতু এটি প্রোটিনের জন্য নন-কোডিং, তাই এটি একটি অত্যন্ত পরিবর্তনশীল নিউক্লিওটাইড ক্রম এবং দৈর্ঘ্য। একবার কোনও সম্প্রদায় থেকে ডিএনএ বিচ্ছিন্ন হয়ে গেলে, পিসিআর এই স্পেসার অঞ্চলটিকে প্রশস্ত করে। টুকরোগুলি একটি জেলের (আরআইএসএ) উপর শেষ হয়ে যেতে পারে, অথবা ফ্লুরোসেন্ট প্রাইমারগুলি একটি ইলেক্ট্রোফেরোগ্রামের (এআরআইএসএ) বিভিন্ন টুকরোগুলির দৈর্ঘ্যের প্রাচুর্যে শিখরে অনুবাদ করা যেতে পারে। ডেটা আউটপুট এবং ব্যাখ্যা পরিবর্তনশীল অ-কোডিং অঞ্চলের কারণে, আরআইএসএ-র জন্য আউটপুট হল বিভিন্ন ব্যান্ডিং প্যাটার্ন সহ একটি জেল, এবং এআরআইএসএ-র জন্য আউটপুট হল বিভিন্ন শিখর (টি-আরএফএলপি-র অনুরূপ) সহ একটি ইলেক্ট্রোফেরোগ্রাম। ফ্লুরোসেন্ট লেবেলযুক্ত প্রাইমারগুলির উজ্জ্বলতা সেই ব্যাকটেরিয়ার ধরনটি সমাজে কতটা প্রচলিত তার সাথে সম্পর্কযুক্ত। জেলের ব্যান্ডিং প্যাটার্নকে একটি সম্প্রদায়-নির্দিষ্ট প্রোফাইল হিসাবে ব্যাখ্যা করা যেতে পারে। প্রতিটি ডিএনএ ব্যান্ড বা শিখর সেই জীবের অন্তত একজন প্রতিনিধিকে নির্দেশ করে। আর. আই. এস. এ-তে, জেলের উপর যে ব্যান্ডগুলি দৈর্ঘ্যে মেলে না তা সম্প্রদায়ের বিভিন্ন জীবের প্রতিনিধিত্ব করে কারণ তাদের দুটি অত্যন্ত সংরক্ষিত জিনের মধ্যে বিভিন্ন স্থান রয়েছে। ইলেক্ট্রোফেরোগ্রামটি নমুনায় সেই স্পেসার অঞ্চলের আপেক্ষিক প্রাচুর্যের সাথে সম্পর্কিত শিখরগুলি দেখায়। সুবিধা এবং অসুবিধাগুলি টি-আর. এফ. এল. পি-র তুলনায় এ. আর. আই. এস. এ-র মাইক্রোবিয়াল বৈচিত্র্য সনাক্তকরণে উচ্চতর রেজোলিউশন থাকতে পারে। এই ফিঙ্গারপ্রিন্টিং পদ্ধতিটি মাইক্রোবিয়াল বৈচিত্র্য অনুমান করার জন্য একটি দ্রুত এবং সংবেদনশীল পদ্ধতি। কালচারযোগ্য জীবের সাথে ওভারল্যাপের জন্য পর্যবেক্ষিত দৈর্ঘ্যের বৈচিত্র্যকে ডেটাবেসের সাথে তুলনা করা যেতে পারে। ফাইলোজেনেটিক গ্রুপ সম্পর্কিত প্রশ্নগুলি জানতে ফাইলম-স্তরের অলিগোনিউক্লিওটাইড প্রাইমার ডিজাইন করা যেতে পারে। এ. আর. আই. এস. এ-র একটি অসুবিধা হল যে একটি একক জীব সম্প্রদায়ের প্রোফাইলে একাধিক শীর্ষে অবদান রাখতে পারে। সম্পর্কহীন জীবেরও একই ধরনের ব্যবধান দৈর্ঘ্য থাকতে পারে, যার ফলে সম্প্রদায়ের বৈচিত্র্যকে অবমূল্যায়ন করা হয়। এই পক্ষপাতের কারণে, গবেষকরা প্রায়শই গড় মূল্যায়ন পাওয়ার জন্য প্রতিটি সম্প্রদায়ের একাধিক নমুনার উপর এই পদ্ধতিটি ব্যবহার করেন। অ্যাপ্লিকেশন রাঞ্জার্ড এবং অন্যান্য। বিভিন্ন ধরনের গবেষণার উদাহরণ আলোচনা করুন যেখানে আর. আই. এস. এ ব্যবহার করা যেতে পারে। তারা বেশ কয়েকটি গবেষণার উদ্ধৃতি দিয়েছেন যা অ্যান্টিবায়োটিক চিকিত্সা, পারদের চাপ এবং বন উজাড়ের মতো বিশৃঙ্খলার পরে আঙুলের ছাপের ব্যাকটেরিয়া সম্প্রদায়ের জন্য এই কৌশলটি ব্যবহার করেছে। তারা ছত্রাক সম্প্রদায়ের বৈশিষ্ট্যের জন্য এআরআইএসএর সফল ব্যবহারও প্রদর্শন করেছে, যা মাইক্রোবিয়াল বাস্তুতন্ত্রের একটি দিক যা সম্পূর্ণরূপে অন্বেষণ করা বাকি রয়েছে। শ্লোস এবং অন্যান্য। পরিবেশগত চলকগুলি পরীক্ষা করে এবং একটি কম্পোস্ট স্তূপের মাইক্রোবিয়াল বাস্তুতন্ত্রের পরিবর্তনের সাথে তাদের সংযুক্ত করে একটি গবেষণা পরিচালনা করে। তারা এ. আর. আই. এস. এ ব্যবহার করে সম্প্রদায়ের কাঠামোর রূপরেখা তৈরি করে এবং কম্পোস্টিং প্রক্রিয়ার পর্যায়গুলিতে মাইক্রোবিয়াল উত্তরাধিকারের দিকে নজর দেয়। তারা ডিএনএ নমুনা নিয়েছিল এবং প্রক্রিয়াটির বিভিন্ন পর্যায়ে সম্প্রদায়ের সদস্যদের সনাক্ত করতে 16এস আরআরএনএ জিনটি সিকোয়েন্স করেছিল। তারপরে তারা সম্প্রদায়-ব্যাপী পরিবর্তনগুলি দেখার জন্য এআরআইএসএ ব্যবহার করে এবং তারপরে এই মাইক্রোবিয়াল সম্প্রদায়ের সদস্যদের সনাক্ত করার জন্য সবচেয়ে সাধারণ এআরআইএসএ টুকরোগুলির সাথে 16এস আরআরএনএ জিন ক্রমের মিল তৈরি করে। তথ্যসূত্র জীববৈচিত্র্য পরিবেশগত অণুজীববিজ্ঞান জেনেটিক্স কৌশল আণবিক জীববিজ্ঞান কৌশল