Protein fold class
আণবিক জীববিজ্ঞানে, প্রোটিন ভাঁজ শ্রেণী হল প্রোটিন তৃতীয় কাঠামো টপোলজির বিস্তৃত বিভাগ। তারা প্রোটিনের গোষ্ঠীগুলি বর্ণনা করে যা একই ধরনের অ্যামিনো অ্যাসিড এবং গৌণ কাঠামোর অনুপাত ভাগ করে নেয়। প্রতিটি শ্রেণীতে একাধিক, স্বাধীন প্রোটিন সুপারফ্যামিলি রয়েছে (অর্থাৎ। এগুলি অপরিহার্যভাবে একে অপরের সাথে বিবর্তনীয়ভাবে সম্পর্কিত নয়)। সাধারণত স্বীকৃত শ্রেণীগুলি প্রোটিনের চারটি বড় শ্রেণী যা সাধারণত দুটি প্রধান কাঠামো শ্রেণিবিন্যাস ডেটাবেস (এসসিওপি এবং সিএটিএইচ) দ্বারা সম্মত হয়। সমস্ত-α সমস্ত-α প্রোটিনগুলি কাঠামোগত ক্ষেত্রের একটি শ্রেণী যেখানে পার্শ্বীয় কাঠামোটি সম্পূর্ণরূপে α-হেলিস দ্বারা গঠিত, প্রান্তের কয়েকটি বিচ্ছিন্ন β-শীটের সম্ভাব্য ব্যতিক্রম ছাড়া। সাধারণ উদাহরণগুলির মধ্যে রয়েছে ব্রোমোডোমেইন, গ্লোবিন ভাঁজ এবং হোমিওডোমেইন ভাঁজ। সমস্ত-β সমস্ত-β প্রোটিনগুলি কাঠামোগত ক্ষেত্রের একটি শ্রেণী যেখানে পার্শ্বীয় কাঠামোটি সম্পূর্ণরূপে β-শীট দ্বারা গঠিত, প্রান্তের কয়েকটি বিচ্ছিন্ন α-হেলিসের সম্ভাব্য ব্যতিক্রম ছাড়া। সাধারণ উদাহরণগুলির মধ্যে রয়েছে এসএইচ3 ডোমেন, বিটা-প্রপেলার ডোমেন, ইমিউনোগ্লোবুলিন ভাঁজ এবং বি3 ডিএনএ বাঁধাই ডোমেন। α + βα + β প্রোটিনগুলি কাঠামোগত ক্ষেত্রের একটি শ্রেণী যেখানে গৌণ কাঠামোটি α-হেলিস এবং β-স্ট্র্যান্ড দ্বারা গঠিত যা মেরুদণ্ড বরাবর আলাদাভাবে ঘটে। তাই β-স্ট্র্যান্ডগুলি বেশিরভাগই সমান্তরাল। সাধারণ উদাহরণগুলির মধ্যে রয়েছে ফেরেডক্সিন ভাঁজ, রাইবোনিউক্লিয়াস এ এবং এসএইচ2 ক্ষেত্র। α/βα/β প্রোটিনগুলি কাঠামোগত ক্ষেত্রের একটি শ্রেণী যেখানে গৌণ কাঠামোটি মেরুদণ্ড বরাবর পর্যায়ক্রমে α-হেলিস এবং β-স্ট্র্যান্ড দ্বারা গঠিত। তাই β-স্ট্র্যান্ডগুলি বেশিরভাগই সমান্তরাল। সাধারণ উদাহরণগুলির মধ্যে রয়েছে ফ্ল্যাভোডক্সিন ভাঁজ, টিআইএম ব্যারেল এবং লিউসিন-সমৃদ্ধ-পুনরাবৃত্তি (এলআরআর) প্রোটিন যেমন রাইবোনিউক্লিয়াস ইনহিবিটর। অতিরিক্ত শ্রেণীর মেমব্রেন প্রোটিন মেমব্রেন প্রোটিনগুলি জৈবিক ঝিল্লির সাথে মিথস্ক্রিয়া করে হয় এতে ঢোকানোর মাধ্যমে, অথবা একটি সমযোজীভাবে সংযুক্ত লিপিডের মাধ্যমে সংযুক্ত করা হয়। এগুলি দ্রবণীয় গ্লোবুলার প্রোটিন, তন্তুযুক্ত প্রোটিন এবং বিশৃঙ্খল প্রোটিন সহ সাধারণ ধরনের প্রোটিনগুলির মধ্যে একটি। এগুলি সমস্ত আধুনিক ওষুধের 50 শতাংশেরও বেশি লক্ষ্য। অনুমান করা হয় যে বেশিরভাগ জিনোমের সমস্ত জিনের 20-30% মেমব্রেন প্রোটিনকে এনকোড করে। অভ্যন্তরীণভাবে বিশৃঙ্খল প্রোটিনগুলির একটি নির্দিষ্ট বা সুশৃঙ্খল ত্রিমাত্রিক কাঠামোর অভাব রয়েছে। আইডিপিগুলি সম্পূর্ণরূপে কাঠামোগত থেকে আংশিকভাবে কাঠামোগত অবস্থার একটি বর্ণালীকে আচ্ছাদন করে এবং এতে এলোমেলো কয়েল, (প্রাক-) গলিত গ্লোবুল এবং নমনীয় সংযোগকারী দ্বারা সংযুক্ত বড় মাল্টি-ডোমেন প্রোটিন অন্তর্ভুক্ত থাকে। এগুলি প্রধান ধরনের প্রোটিনগুলির মধ্যে একটি (গোলাকার, তন্তুযুক্ত এবং ঝিল্লি প্রোটিনের পাশাপাশি) গঠন করে। কয়েলযুক্ত কয়েল প্রোটিন কয়েলযুক্ত কয়েল প্রোটিন এক্সট্রাসেলুলার ম্যাট্রিক্সের সাথে জড়িত দীর্ঘ, অদ্রবণীয় তন্তু গঠন করে। কেরাটিন, কোলাজেন, ইলাস্টিন এবং ফাইব্রোইন সহ অনেক স্ক্লেরোপ্রোটিন সুপারফ্যামিলি রয়েছে। এই ধরনের প্রোটিনের ভূমিকার মধ্যে রয়েছে সুরক্ষা এবং সমর্থন, সংযোগকারী টিস্যু, টেন্ডন, হাড়ের ম্যাট্রিক্স এবং পেশী তন্তু গঠন। ছোট প্রোটিন ছোট প্রোটিনের সাধারণত একটি তৃতীয় কাঠামো থাকে যা ডাইসালফাইড ব্রিজ (সিস্টাইন সমৃদ্ধ প্রোটিন), ধাতব লিগ্যান্ড (ধাতু-বাঁধাই প্রোটিন) এবং হিমের মতো কোফ্যাক্টর দ্বারা রক্ষণাবেক্ষণ করা হয়। পরিকল্পিত প্রোটিন অসংখ্য প্রোটিন কাঠামো যুক্তিসঙ্গত নকশার ফলাফল এবং প্রকৃতিতে বিদ্যমান নেই। প্রোটিনগুলি স্ক্র্যাচ থেকে ডিজাইন করা যেতে পারে (ডি নভো ডিজাইন) অথবা একটি পরিচিত প্রোটিন কাঠামো এবং এর ক্রমের উপর গণনা করা বৈচিত্র্য তৈরি করে (প্রোটিন রিডিজাইন হিসাবে পরিচিত)। যুক্তিসঙ্গত প্রোটিন নকশার পদ্ধতিগুলি প্রোটিন-ক্রমের ভবিষ্যদ্বাণী করে যা নির্দিষ্ট কাঠামোর সাথে ভাঁজ হয়ে যায়। এই ভবিষ্যদ্বাণীকৃত ক্রমগুলি তখন পেপটাইড সংশ্লেষণ, সাইট-নির্দেশিত মিউটেজেনেসিস বা কৃত্রিম জিন সংশ্লেষণের মতো পদ্ধতির মাধ্যমে পরীক্ষামূলকভাবে বৈধ করা যেতে পারে। আরও দেখুন প্রোটিন সুপারফ্যামিলি এস. সি. ও. পি ডাটাবেস সিএটিএইচ ডাটাবেস এফ. এস. এস. পি ডাটাবেস রেফারেন্স প্রোটিন ভাঁজ