Peptide microarray
পেপটাইড মাইক্রো অ্যারে (সাধারণত পেপটাইড চিপ বা পেপটাইড এপিটোপ মাইক্রো অ্যারে নামেও পরিচিত) হল একটি কঠিন পৃষ্ঠে প্রদর্শিত পেপটাইডের সংগ্রহ, সাধারণত একটি গ্লাস বা প্লাস্টিকের চিপ। পেপটাইড চিপগুলি জীববিজ্ঞান, ঔষধ এবং ফার্মাকোলজির বিজ্ঞানীরা সাধারণভাবে প্রোটিন-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়ার বাঁধাই বৈশিষ্ট্য এবং কার্যকারিতা এবং গতিবিদ্যা অধ্যয়ন করতে ব্যবহার করেন। মৌলিক গবেষণায়, পেপটাইড মাইক্রোএরেগুলি প্রায়শই একটি এনজাইম (যেমন কাইনেজ, ফসফেটেজ, প্রোটিজ, অ্যাসিটাইলট্রান্সফেরেজ, হিস্টোন ডিঅ্যাসিটাইলেজ ইত্যাদি) প্রোফাইল করতে ব্যবহৃত হয়। ), একটি অ্যান্টিবডি এপিটোপ ম্যাপ করতে বা প্রোটিন বাঁধাইয়ের জন্য মূল অবশিষ্টাংশ খুঁজে বের করতে। ব্যবহারিক প্রয়োগগুলি হল সেরোমার্কার আবিষ্কার, রোগের অগ্রগতির সময় পৃথক রোগীদের পরিবর্তিত হিউমরাল ইমিউন প্রতিক্রিয়াগুলির প্রোফাইলিং, থেরাপিউটিক হস্তক্ষেপগুলির পর্যবেক্ষণ, রোগীর স্তরবিন্যাস এবং ডায়াগনস্টিক সরঞ্জাম এবং ভ্যাকসিনের বিকাশ। নীতি পেপটাইড মাইক্রোএরেগুলির মূল্যায়ন নীতি একটি এলিসা প্রোটোকলের অনুরূপ। পেপটাইডগুলি (বেশ কয়েকটি অনুলিপিতে কয়েক হাজার পর্যন্ত) একটি কাচের চিপের পৃষ্ঠের সাথে সংযুক্ত থাকে সাধারণত একটি মাইক্রোস্কোপ স্লাইডের আকার এবং আকৃতি। এই পেপটাইড চিপটি সরাসরি বিভিন্ন জৈবিক নমুনা যেমন বিশুদ্ধ এনজাইম বা অ্যান্টিবডি, রোগী বা প্রাণী সেরা, কোষ লাইসেটগুলির সাথে ইনকিউবেট করা যেতে পারে এবং তারপরে একটি লেবেল-নির্ভর ফ্যাশনের মাধ্যমে সনাক্ত করা যেতে পারে, উদাহরণস্বরূপ, একটি প্রাথমিক অ্যান্টিবডি দ্বারা যা আবদ্ধ প্রোটিন বা পরিবর্তিত স্তরগুলিকে লক্ষ্য করে। বেশ কয়েকটি ধোয়ার পদক্ষেপের পরে প্রয়োজনীয় নির্দিষ্টতা সহ একটি গৌণ অ্যান্টিবডি (যেমন। অ্যান্টি আইজিজি হিউম্যান/মাউস বা অ্যান্টি ফসফোটাইরোসিন বা অ্যান্টি মাইক) প্রয়োগ করা হয়। সাধারণত, গৌণ অ্যান্টিবডি একটি ফ্লুরোসেন্স লেবেল দ্বারা চিহ্নিত করা হয় যা একটি ফ্লুরোসেন্স স্ক্যানার দ্বারা সনাক্ত করা যায়। অন্যান্য লেবেল-নির্ভর সনাক্তকরণ পদ্ধতির মধ্যে রয়েছে কেমিলুমিনেসেন্স, কালারিমেট্রিক বা অটোরেডিওগ্রাফি। লেবেল-নির্ভর মূল্যায়নগুলি দ্রুত এবং সম্পাদন করা সুবিধাজনক, তবে ভুল ইতিবাচক এবং নেতিবাচক ফলাফলের ঝুঁকি রয়েছে। আরও সম্প্রতি, সারফেস প্লাজমন রেজোন্যান্স (এসপিআর) স্পেকট্রোস্কোপি, মাস স্পেকট্রোমেট্রি (এমএস) এবং অন্যান্য অনেক অপটিক্যাল বায়োসেন্সর সহ লেবেল-মুক্ত সনাক্তকরণ এনজাইম ক্রিয়াকলাপের বিস্তৃত পরিসর পরিমাপের জন্য নিযুক্ত করা হয়েছে। পেপটাইড মাইক্রো অ্যারেগুলি প্রোটিন মাইক্রো অ্যারেগুলির তুলনায় বেশ কয়েকটি সুবিধা দেখায়ঃ সংশ্লেষণের সহজতা এবং খরচ বর্ধিত তাকের স্থায়িত্ব এপিটোপ স্তরে বাঁধাইয়ের ঘটনাগুলি সনাক্তকরণ, অর্থাৎ মাইক্রো অ্যারেগুলির অধ্যয়নকে সক্ষম করে। এপিটোপ স্প্রেডিং পেপটাইড ক্রমের জন্য নমনীয় নকশা (অর্থাৎ। পোস্টট্রান্সলেশনাল পরিবর্তন, ক্রম বৈচিত্র্য, অ-প্রাকৃতিক অ্যামিনো অ্যাসিড) এবং স্থায়িত্ব রসায়ন উচ্চতর ব্যাচ-টু-ব্যাচ পুনরুত্পাদনযোগ্যতা পেপটাইড মাইক্রো অ্যারে একটি পেপটাইড মাইক্রো অ্যারে একটি প্ল্যানার স্লাইড যার উপর পেপটাইডগুলি দেখা যায় বা সরাসরি পৃষ্ঠের উপর একত্রিত হয়। যেখানে দেখা পেপটাইডগুলি মান নিয়ন্ত্রণের মধ্য দিয়ে যেতে পারে যার মধ্যে রয়েছে ভর স্পেকট্রোমিটার বিশ্লেষণ এবং ঘনত্ব স্বাভাবিককরণ এবং একক সিন্থেটিক ব্যাচের ফলাফল, সরাসরি পৃষ্ঠে সংশ্লেষিত পেপটাইডগুলি ব্যাচ-টু-ব্যাচের বৈচিত্র্য এবং সীমিত মান নিয়ন্ত্রণ বিকল্পগুলিতে ভুগতে পারে। যাইহোক, চিপের উপর পেপটাইড সংশ্লেষণ কয়েক হাজার পেপটাইডের সমান্তরাল সংশ্লেষণের অনুমতি দেয় যা কম সংশ্লেষণ ব্যয়ের সাথে যুক্ত বৃহত্তর পেপটাইড গ্রন্থাগার সরবরাহ করে। পেপটাইডগুলি আদর্শভাবে একটি কেমোসিলেক্টিভ বন্ধনের মাধ্যমে সমযোজীভাবে সংযুক্ত থাকে যা মিথস্ক্রিয়া প্রোফাইলিংয়ের জন্য একই অভিযোজন সহ পেপটাইডের দিকে পরিচালিত করে। কিছু বিকল্প পদ্ধতি অনির্দিষ্ট সমযোজী বন্ধন এবং আঠালো স্থায়িত্ব বর্ণনা করে। যাইহোক, অত্যধিক সংখ্যক কাপলিং চক্রের সমস্যা কাটিয়ে উঠতে লিথোগ্রাফিক পদ্ধতি ব্যবহার করা যেতে পারে। লেজার প্রিন্টিং দ্বারা একটি মাইক্রোচিপের উপর পেপটাইড অ্যারেগুলির সমন্বিত সংশ্লেষণ বর্ণনা করা হয়েছে, যেখানে একটি পরিবর্তিত রঙিন লেজার প্রিন্টার প্রচলিত সলিড-ফেজ পেপটাইড সংশ্লেষণ রসায়নের সংমিশ্রণে ব্যবহৃত হয়। অ্যামিনো অ্যাসিডগুলি টোনার কণাগুলির মধ্যে স্থির থাকে এবং পেপটাইডগুলি চিপের পৃষ্ঠে পরপর, সমন্বিত স্তরে মুদ্রিত হয়। কাপলিং বিক্রিয়ার শুরুতে টোনারের গলন নিশ্চিত করে যে অ্যামিনো অ্যাসিড সরবরাহ এবং কাপলিং বিক্রিয়া স্বাধীনভাবে সঞ্চালিত হতে পারে। এই পদ্ধতির আরেকটি সুবিধা হল যে প্রতিটি অ্যামিনো অ্যাসিড আলাদাভাবে তৈরি এবং শুদ্ধ করা যেতে পারে, তারপরে এটি টোনার কণাগুলিতে এম্বেড করা হয়, যা দীর্ঘমেয়াদী সংরক্ষণের অনুমতি দেয়। পেপটাইড মাইক্রোএরে-র প্রয়োগগুলি বিভিন্ন ধরনের প্রোটিন-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া অধ্যয়নের জন্য ব্যবহার করা যেতে পারে, বিশেষত যেগুলি পেপটাইড স্বীকৃতি মডিউল বা, সাধারণত, প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া ডোমেন নামে পরিচিত মডুলার প্রোটিন সাবস্ট্রাকচারগুলির সাথে জড়িত। এর কারণ হ 'ল এই জাতীয় প্রোটিন স্তরগুলি প্রায়শই বাঁধাই অংশীদারের স্থানীয়ভাবে কাঠামোগত অঞ্চলে উন্মুক্ত সংক্ষিপ্ত রৈখিক মোটিফগুলিকে স্বীকৃতি দেয়, যেমন মিথস্ক্রিয়াটি প্রোব হিসাবে পেপটাইড এবং বিশ্লেষণ হিসাবে পেপটাইড স্বীকৃতি মডিউল দ্বারা ইন ভিট্রো মডেল করা যেতে পারে। বেশিরভাগ প্রকাশনা ইমিউন মনিটরিং এবং এনজাইম প্রোফাইলিংয়ের প্রসঙ্গে পাওয়া যায়। ইমিউনোলজি অ্যান্টিজেন বা পুরো প্রোটিওমে ইমিউনোডোমিনেন্ট অঞ্চলের ম্যাপিং সেরোমার্কার আবিষ্কার ক্লিনিকাল ট্রায়ালগুলির পর্যবেক্ষণ অ্যান্টিবডি স্বাক্ষর এবং এপিটোপ ম্যাপিং নিরপেক্ষ অ্যান্টিবডিগুলির সন্ধান এনজাইম প্রোফাইলিং অনাথ এনজাইমগুলির জন্য সাবস্ট্রেটগুলির সনাক্তকরণ পরিচিত এনজাইম সাবস্ট্রেটগুলির অনুকূলকরণ সিগন্যাল ট্রান্সডাকশন পথের ব্যাখ্যা দূষিত এনজাইম ক্রিয়াকলাপগুলির সনাক্তকরণ সর্বসম্মত ক্রম এবং মূল অবশিষ্টাংশ নির্ধারণ একটি জটিল বিশ্লেষণ এবং ফলাফলের মূল্যায়নের মধ্যে প্রোটিন-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়ার জন্য সাইটগুলি সনাক্ত করা প্রতিটি মাইক্রো অ্যারে পরীক্ষার মধ্যে ডেটা বিশ্লেষণ এবং ফলাফলের মূল্যায়ন হল সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ অংশ। মাইক্রো অ্যারে স্লাইডগুলি স্ক্যান করার পরে, স্ক্যানার ট্যাগ করা চিত্র ফাইল ফর্ম্যাটে (*. tif) একটি 20-বিট, 16-বিট বা 8-বিট সংখ্যাসূচক চিত্র রেকর্ড করে। . টিএফ-ইমেজ স্ক্যান করা মাইক্রো অ্যারে স্লাইডে প্রতিটি ফ্লুরোসেন্ট স্পটের ব্যাখ্যা এবং পরিমাণ নির্ধারণ করতে সক্ষম করে। এই পরিমাণগত তথ্য মাইক্রো অ্যারে স্লাইডে পরিমাপ করা বাঁধাই ঘটনা বা পেপটাইড পরিবর্তনের উপর পরিসংখ্যানগত বিশ্লেষণ করার ভিত্তি। সনাক্ত সংকেতগুলির মূল্যায়ন এবং ব্যাখ্যার জন্য পেপটাইড স্পট (ছবিতে দৃশ্যমান) এবং সংশ্লিষ্ট পেপটাইড ক্রমের একটি বরাদ্দ সম্পাদন করতে হবে। বরাদ্দের জন্য তথ্য সাধারণত জেনেপিক্স অ্যারে লিস্ট (. gal) ফাইলে সংরক্ষণ করা হয় এবং পেপটাইড মাইক্রোঅ্যারের সাথে সরবরাহ করা হয়। . gal-ফাইল (একটি ট্যাব-বিচ্ছিন্ন টেক্সট ফাইল) মাইক্রো অ্যারে কোয়ান্টিফিকেশন সফ্টওয়্যার-মডিউল ব্যবহার করে খোলা যেতে পারে বা একটি টেক্সট এডিটর (যেমন. নোটপ্যাড) অথবা মাইক্রোসফট এক্সেল। এই "গ্যাল" ফাইলটি প্রায়শই মাইক্রো অ্যারে প্রস্তুতকারকের দ্বারা সরবরাহ করা হয় এবং এটি ইনপুট টিএক্সটি ফাইল এবং মাইক্রো অ্যারে উত্পাদনকারী রোবটের মধ্যে নির্মিত ট্র্যাকিং সফ্টওয়্যার দ্বারা তৈরি করা হয়। তথ্যসূত্র জৈবিক কৌশল এবং সরঞ্জাম ইমিউনোলজি মাইক্রোঅ্যারে প্রোটিন পদ্ধতি