BioLinux
বায়োলিনাক্স একটি শব্দ যা লিনাক্স প্ল্যাটফর্মে বায়োইনফরম্যাটিক্স সফ্টওয়্যারের অ্যাক্সেসকে সহজতর করার সাথে জড়িত বিভিন্ন প্রকল্পে নিম্নলিখিত এক বা একাধিক পদ্ধতি ব্যবহার করেঃ সম্পূর্ণ সিস্টেমের বিধান বায়োইনফরম্যাটিক্স সফ্টওয়্যার সংগ্রহস্থলের বিধান স্ট্যান্ডার্ড ডিস্ট্রিবিউশনে বায়োইনফরম্যাটিক্স প্যাকেজগুলির সংযোজন বায়োইনফরম্যাটিক্স সফ্টওয়্যারের সাথে লাইভ ডিভিডি/সিডি যোগ করা হয়েছে কমিউনিটি বিল্ডিং এবং সাপোর্ট সিস্টেম লিনাক্স সিস্টেম এবং অন্যান্য ইউনিসে উভয় ক্ষেত্রেই এখন একই লক্ষ্য সহ বিভিন্ন প্রকল্প রয়েছে এবং এগুলির একটি নির্বাচন নীচে দেওয়া হয়েছে। কানাডিয়ান বায়োইনফরম্যাটিক্স হেল্পডেস্ক নিউজলেটারেও একটি সংক্ষিপ্ত বিবরণ রয়েছে যা লিনাক্স-ভিত্তিক কিছু প্রকল্পের বিশদ বিবরণ দেয়। প্যাকেজ সংগ্রহস্থল অ্যাপল/ম্যাক অনেক লিনাক্স প্যাকেজ ম্যাক ওএস এক্স-এর সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ এবং বেশ কয়েকটি প্রকল্প রয়েছে যা ম্যাক ওএস এক্স চালিত কম্পিউটারে নির্বাচিত লিনাক্স প্যাকেজগুলি (বায়োইনফরম্যাটিক্স সফ্টওয়্যার সহ) ইনস্টল করা সহজ করার চেষ্টা করে। (উৎস?) BioArchLinux BioArchLinux সংগ্রহস্থলে আর্চ লিনাক্স এবং আর্চ লিনাক্স ভিত্তিক বিতরণের জন্য 3,770 টিরও বেশি প্যাকেজ রয়েছে। ডেবিয়ান ডেবিয়ান হল আরেকটি খুব জনপ্রিয় লিনাক্স ডিস্ট্রিবিউশন যা অনেক একাডেমিক প্রতিষ্ঠানে ব্যবহৃত হয় এবং কিছু বায়োইনফরম্যাটিশিয়ান ডেব ফরম্যাটে এই ডিস্ট্রিবিউশনের জন্য তাদের নিজস্ব সফ্টওয়্যার প্যাকেজ উপলব্ধ করেছেন। রেড হ্যাট প্যাকেজ সংগ্রহস্থলগুলি সাধারণত লিনাক্সের বিতরণের জন্য নির্দিষ্ট যা বায়োইনফরম্যাটিশিয়ান ব্যবহার করছেন। বায়োইনফরমেটিক্সের কাজে বেশ কয়েকটি লিনাক্স রূপ প্রচলিত রয়েছে। ফেডোরা বাণিজ্যিক রেড হ্যাট সিস্টেমের একটি অবাধে বিতরণকৃত সংস্করণ। রেড হ্যাট কর্পোরেট জগতে ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হয় কারণ তারা বাণিজ্যিক সহায়তা এবং প্রশিক্ষণ প্যাকেজ সরবরাহ করে। ফেডোরা কোর রেড হ্যাটের একটি সম্প্রদায় সমর্থিত ডেরিভেটিভ এবং যারা রেড হ্যাটের সিস্টেম পছন্দ করেন কিন্তু বাণিজ্যিক সহায়তার প্রয়োজন হয় না তাদের মধ্যে জনপ্রিয়। বায়োইনফরমেটিক্স অ্যাপ্লিকেশনের অনেক ব্যবহারকারী ফেডোরার সাথে কাজ করার জন্য ডিজাইন করা আরপিএম (রেড হ্যাটের প্যাকেজ ফরম্যাট) তৈরি করেছেন, যা আপনি সম্ভবত রেড হ্যাট এন্টারপ্রাইজ লিনাক্স সিস্টেমেও ইনস্টল করতে পারেন। অন্যান্য বিতরণ যেমন মান্ড্রিভা এবং এসইউএসই আরপিএম ব্যবহার করে, তাই এই প্যাকেজগুলি এই বিতরণগুলিতেও কাজ করতে পারে। কম ব্যবহৃত লিনাক্স ডিস্ট্রিবিউশনগুলির মধ্যে স্ল্যাকওয়্যার অন্যতম। যাদের লিনাক্স অপারেটিং সিস্টেম সম্পর্কে আরও ভাল জ্ঞান রয়েছে এবং যারা উপলব্ধ বিভিন্ন জিইউআই-এর চেয়ে কমান্ড লাইন পছন্দ করেন তাদের কাছে এটি জনপ্রিয়। প্যাকেজগুলি টি. জি. জেড বা টি. জি. এক্স ফরম্যাটে থাকে। স্ল্যাকওয়্যারের উপর ভিত্তি করে সর্বাধিক পরিচিত লাইভ ডিস্ট্রিবিউশন হল স্ল্যাক্স এবং এটি অনেক বায়োইনফরমেটিক্স ডিস্ট্রিবিউশনের ভিত্তি হিসাবে ব্যবহৃত হয়েছে। বায়োস্ল্যাক্স লাইভ ডিভিডি/সিডি লাইভ ডিভিডি বা সিডি বায়োইনফরম্যাটিক্স কম্পিউটিং প্রদান করার একটি আদর্শ উপায় নয়, কারণ তারা একটি সিডি/ডিভিডি ড্রাইভ থেকে চলে। এর অর্থ হল এগুলি ঐতিহ্যবাহী হার্ড ডিস্ক ইনস্টলেশনের তুলনায় ধীর এবং কনফিগার করার ক্ষমতা সীমিত। যাইহোক, এগুলি অ্যাডহক সমাধান প্রদানের জন্য উপযুক্ত হতে পারে যেখানে অন্য কোনও লিনাক্স অ্যাক্সেস উপলব্ধ নেই এবং এমনকি লিনাক্স ইনস্টলেশনের ভিত্তি হিসাবেও ব্যবহার করা যেতে পারে। সাধারণভাবে, লিনাক্স ডিস্ট্রিবিউশনের বিস্তৃত অফিশিয়াল প্যাকেজ পাওয়া যায়, তবে এতে সাধারণত বৈজ্ঞানিক সহায়তার দিক থেকে খুব বেশি কিছু অন্তর্ভুক্ত থাকে না। ব্যতিক্রম রয়েছে, যেমন নীচে বিস্তারিত। জেন্টু লিনাক্স ই-বিল্ড আকারে 156 টিরও বেশি বায়োইনফরম্যাটিক্স অ্যাপ্লিকেশন সরবরাহ করে (প্রধান গাছে জেন্টু বিজ্ঞান-জীববিজ্ঞানের পাল দেখুন), যা সোর্স কোড থেকে অ্যাপ্লিকেশন তৈরি করে। অতিরিক্ত 325টি প্যাকেজ জেন্টু সায়েন্স ওভারলে (পরীক্ষার জন্য) রয়েছে। যদিও চমৎকার কমিউনিটি সাপোর্ট সহ একটি খুব নমনীয় সিস্টেম, সোর্স থেকে ইনস্টল করার প্রয়োজনীয়তার অর্থ হল জেন্টু সিস্টেমগুলি ইনস্টল করতে প্রায়শই ধীর হয় এবং যথেষ্ট রক্ষণাবেক্ষণের প্রয়োজন হয়। বাইনারি প্যাকেজ তৈরি করতে একটি কেন্দ্রীয় সার্ভার ব্যবহার করে সংকলনের কিছু সময় হ্রাস করা সম্ভব। অন্যদিকে, আপনি আপনার প্রসেসরের সর্বোত্তম ব্যবহার করে সর্বোচ্চ গতিতে চালানোর জন্য সমস্ত ভাল সুর করতে পারেন (উদাহরণস্বরূপ প্রকৃতপক্ষে এস. এস. ই এবং এ. ভি. এক্স এবং এ. ভি. এক্স 2 সি. পি. ইউ নির্দেশাবলী ব্যবহার করতে)। বাইনারি-ভিত্তিক ডিস্ট্রো সাধারণত শুধুমাত্র আই686 বা এমনকি শুধুমাত্র আই386 নির্দেশ সেট ব্যবহার করে বাইনারি সরবরাহ করে। ফ্রিবিএসডি একটি লিনাক্স ডিস্ট্রিবিউশন নয়, কিন্তু ইউনিক্সের একটি সংস্করণ যে এটি খুব অনুরূপ। এর বন্দরগুলি জেন্টুর অনুরূপ ই-বিল্ড। যাইহোক, প্রকল্পটি ক্রমাগত x86 এবং এআরএম-এর মতো টিয়ার-1 প্ল্যাটফর্মের জন্য প্রাক-সংকলিত বাইনারি প্যাকেজ তৈরি করে। ব্যবহারকারীরা নন-পোর্টেবল অপ্টিমাইজেশন বা অন্যান্য বিল্ড বিকল্পগুলি সক্ষম করার জন্য উৎস থেকে যে কোনও পোর্ট তৈরি এবং ইনস্টল করতে পারেন। বিল্ড-ফ্রম-সোর্স বিকল্পটি পোর্ট সিস্টেমকে এমন একটি লাইসেন্সের সাথে সফ্টওয়্যার ইনস্টলেশন স্বয়ংক্রিয় করার অনুমতি দেয় যা পুনরায় বিতরণের অনুমতি দেয় না। বন্দর সংগ্রহে 31,000-এরও বেশি বন্দর রয়েছে, যার মধ্যে 2,200-এরও বেশি বৈজ্ঞানিক বিভাগে এবং 240-এরও বেশি জীববিজ্ঞান সম্পর্কিত। নতুন বন্দর এবং আপডেটগুলি ফ্রেশ পোর্টস সাইটে তালিকাভুক্ত করা হয়েছে। পি. জি. জি. এস. আর. সি প্যাকেজ ম্যানেজার, মূলত ফ্রিবিএসডি পোর্ট থেকে কাঁটাচামচ করা, নেটবিএসডি প্রকল্প দ্বারা রক্ষণাবেক্ষণ করা হয়, তবে সমস্ত পোসিক্স-সামঞ্জস্যপূর্ণ অপারেটিং সিস্টেমকে সমর্থন করার লক্ষ্য রাখে। এটি নেটবিএসডি, অনেক লিনাক্স ডিস্ট্রিবিউশন, ম্যাকোস এবং সানওএস ডেরিভেটিভগুলিতে ভালভাবে পরীক্ষিত। ফ্রিবিএসডি পোর্টের মতো, কিছু প্ল্যাটফর্মের জন্য প্রাক-সংকলিত বাইনারি প্যাকেজগুলি রক্ষণাবেক্ষণ করা হয়। প্যাকেজগুলি যে কোনও প্ল্যাটফর্মে উৎস থেকে তৈরি করা যেতে পারে, অথবা যদি অতিরিক্ত অপ্টিমাইজেশন বা বিকল্পগুলি পছন্দসই হয়। পি. জি. জি. এস. আর. সি সংগ্রহে 19,000-এরও বেশি প্যাকেজ রয়েছে, যার মধ্যে প্রায় 800টি বৈজ্ঞানিক বিভাগে এবং 60টিরও বেশি জীববিজ্ঞান সম্পর্কিত। ডেবিয়ান স্ট্যান্ডার্ড ডেবিয়ান ইনস্টলেশনের অংশ হিসাবে একশোরও বেশি বায়োইনফরমেটিক্স প্যাকেজ সরবরাহ করা হয়েছে। এনইবিসি বায়ো-লিনাক্স প্যাকেজগুলি একটি স্ট্যান্ডার্ড ডেবিয়ান সিস্টেমেও ইনস্টল করা যেতে পারে যতক্ষণ না বায়ো-লিনাক্স-বেস প্যাকেজটিও ইনস্টল করা থাকে। এটি একটি/ইউএসআর/স্থানীয়/বায়োইনফ ডিরেক্টরি তৈরি করে যেখানে আমাদের অন্যান্য প্যাকেজগুলি তাদের সফ্টওয়্যার ইনস্টল করে। ডেবিয়ান প্যাকেজগুলি উবুন্টু লিনাক্স বা অন্যান্য ডেবিয়ান-উদ্ভূত ইনস্টলেশনগুলিতেও কাজ করতে পারে। কমিউনিটি বিল্ডিং এবং সাপোর্ট সিস্টেম সমর্থন এবং ডকুমেন্টেশন প্রদান করা যে কোনও বায়োলিনাক্স প্রকল্পের একটি গুরুত্বপূর্ণ অংশ হওয়া উচিত, যাতে আইটি বিশেষজ্ঞ নন এমন বিজ্ঞানীরা দ্রুত তাদের নির্দিষ্ট সমস্যার উত্তর খুঁজে পেতে পারেন। সাপোর্ট ফোরাম বা মেইলিং লিস্টও গবেষণা সম্প্রদায়ের মধ্যে জ্ঞান ছড়িয়ে দেওয়ার জন্য দরকারী। এই সম্পদগুলির মধ্যে কয়েকটি এখানে সংযুক্ত করা হয়েছে। আরও দেখুন ওপেন-সোর্স বায়োইনফরম্যাটিক্স সফ্টওয়্যারের তালিকা বায়োমেডিকাল সাইবারনেটিক্স সফ্টওয়্যারের তালিকা রেফারেন্স বায়োইনফরম্যাটিক্স সফ্টওয়্যার লিনাক্স গণনামূলক বিজ্ঞান