The Proteolysis Map
প্রোটিওলাইসিস এমএপি (পিএমএপি) প্রোটিজগুলির উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করা একটি সমন্বিত ওয়েব সম্পদ ছিল। এর ডোমেনটি এখন একটি কেলেঙ্কারি/স্প্যাম ব্রাউজার এক্সটেন্ডারের সাথে সংযুক্ত। যুক্তিসঙ্গত পিএমএপি প্রোটিজ গবেষকদের প্রোটিওলাইটিক নেটওয়ার্ক এবং বিপাকীয় পথ সম্পর্কে যুক্তিতে সহায়তা করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছিল। ইতিহাস এবং অর্থায়ন পিএমএপি মূলত ক্যালিফোর্নিয়ার লা জোলার বার্নহ্যাম ইনস্টিটিউট ফর মেডিকেল রিসার্চ-এ তৈরি করা হয়েছিল। 2004 সালে ন্যাশনাল ইনস্টিটিউট অফ হেলথ (এন. আই. এইচ) জেফ্রি ডব্লিউ স্মিথের নেতৃত্বে একটি দলকে সেন্টার অন প্রোটিওলাইটিক পাথওয়েজ (সি. পি. পি) প্রতিষ্ঠার জন্য নির্বাচিত করে। বায়োমেডিকাল গবেষণার জন্য এন. আই. এইচ রোডম্যাপের অংশ হিসাবে, কেন্দ্রটি প্রোটিনের আচরণ অধ্যয়ন করতে এবং সেই জ্ঞান বৈজ্ঞানিক সম্প্রদায়ের কাছে ব্যাপকভাবে বিতরণ করার জন্য প্রযুক্তি বিকাশ করে। ফোকাল পয়েন্ট প্রোটিজেস হল এনজাইমের একটি শ্রেণী যা প্রোটিনে পেপটাইড বন্ধনকে বিভক্ত করে কোষের ভিতরে এবং বাইরে উভয় ক্ষেত্রেই মানবদেহে যা ঘটে তার বেশিরভাগ নিয়ন্ত্রণ করে। এই ক্রিয়াকলাপের মাধ্যমে, তারা চারটি অপরিহার্য কোষের ক্রিয়াকলাপ পরিচালনা করেঃ পার্থক্য, গতিশীলতা, বিভাজন এবং কোষের মৃত্যু-এবং রক্ত জমাট বাঁধার ক্ষেত্রে জৈব রাসায়নিক ক্যাসকেড প্রভাবের মতো গুরুত্বপূর্ণ বহির্মুখী পর্বগুলি সক্রিয় করে। তাদের ছাড়া জীবন চলতে পারত না। প্রোটিয়াসের জন্য বিস্তৃত অনলাইন শ্রেণীবিভাগ ব্যবস্থা (পেপটিডেস নামেও পরিচিত) এমইআরওপিএস ডাটাবেসে জমা করা হয়। লক্ষ্য প্রোটিয়োলাইটিক পথ বা প্রোটিয়োলাইসিস হল নির্দিষ্ট উদ্দীপনার প্রতিক্রিয়ায় ঘটে যাওয়া প্রোটিয়াস দ্বারা নিয়ন্ত্রিত ঘটনাগুলির সিরিজ। রক্ত জমাট বাঁধা এবং ইনসুলিন উৎপাদনকে প্রোটোলাইটিক পথ হিসাবে দেখা যেতে পারে। প্রোটিনের সক্রিয়করণ, নিয়ন্ত্রণ এবং প্রতিরোধ হল গ্লুকোজের মাত্রা পরিবর্তনের জন্য প্রোটিজ প্রতিক্রিয়া এবং নিম্নমুখী অন্যান্য প্রোটিজকে ট্রিগার করে। ডাটাবেসের বিষয়বস্তু পিএমএপি পাঁচটি ডাটাবেসকে সংহত করে। প্রোটিয়াসডিবি এবং সাবস্ট্রেটডিবি, একটি স্বয়ংক্রিয় টীকা পাইপলাইন দ্বারা চালিত হয় যা আণবিক তথ্যে সমৃদ্ধ গতিশীল 'আণবিক পৃষ্ঠা' তৈরি করে। কাটডিবি-তে 6,600-রও বেশি প্রোটোলাইটিক ঘটনার তথ্য রয়েছে এবং প্রোফাইলডিবি প্রোটিয়াসের স্তর শনাক্তকরণের নির্দিষ্টতার তথ্যের জন্য নিবেদিত। পাথওয়েডিবি বিপাকীয় পথগুলির সংগ্রহ শুরু করেছে যার কার্যকারিতা একটি নিয়ম-ভিত্তিক পদ্ধতিতে গতিশীলভাবে মডেল করা যেতে পারে। কল্পনামূলক নেটওয়ার্কগুলি সাহিত্য থেকে আধা-স্বয়ংক্রিয়ভাবে অপসারণের মাধ্যমে অনুমান করা হয়। প্রোটিজ সফ্টওয়্যার সরঞ্জামগুলি পৃথক প্রোটিজ এবং প্রোটিওম-ওয়াইড ডেটাসেট বিশ্লেষণ করতে সহায়তা করতে পারে। ব্যবহার পিএমএপি-র জনপ্রিয় গন্তব্যগুলি হল প্রোটিজ মলিকুল পেজ এবং সাবস্ট্রেট মলিকুল পেজ। প্রোটিজ অণু পৃষ্ঠাগুলি প্রোটিজের পাবমেড সাহিত্যে সাম্প্রতিক খবর, পরিচিত প্রোটিওলাইটিক ঘটনা, প্রোটিন ডোমেনের অবস্থান এবং প্রোটিন কাঠামোর দৃশ্যের পাশাপাশি অন্যান্য বায়োইনফরম্যাটিক ডাটাবেস বিভাগে একটি ক্রস টীকা দেখায়। সাবস্ট্রেট আণবিক পৃষ্ঠাগুলি প্রোটিনের ডোমেন এবং একটি প্রদত্ত প্রোটিনের আগ্রহের লক্ষ্যের জন্য পরীক্ষামূলকভাবে উদ্ভূত প্রোটিজ কাট-সাইটগুলি প্রদর্শন করে। আরও দেখুন সাইটোস্কেপ কম্পিউট্যাশনাল জিনোমিক্স মেটাবলিক নেটওয়ার্ক মডেলিং প্রোটিন-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া পূর্বাভাস রেফারেন্স বাহ্যিক লিঙ্ক অফিসিয়াল ওয়েবসাইট প্রোটিওলাইসিস কাট সাইট ডাটাবেস-ব্যবহারকারীদের কাছ থেকে কিউরেটেড বিশেষজ্ঞ টীকা প্রোটিজ কাট সাইট গ্রাফিকাল ইন্টারফেস প্রোটিজ কাটিং প্রেডিক্টর মেরপস-পেপ্টিডেজ ডাটাবেস আণবিক জীববিজ্ঞান সফ্টওয়্যার সিস্টেম জীববিজ্ঞান গাণিতিক এবং তাত্ত্বিক জীববিজ্ঞান প্রোটিন ডোমেন প্রোটিন পরিবার পেরিফেরাল ঝিল্লি প্রোটিন পোস্ট-অনুবাদমূলক পরিবর্তন প্রোগ্রামযুক্ত কোষ মৃত্যু অ্যাপোপটোসিস