Rapid amplification of cDNA ends
সিডিএনএ প্রান্তের দ্রুত সম্প্রসারণ (আর. এ. সি. ই) হল একটি কৌশল যা আণবিক জীববিজ্ঞানে একটি কোষের মধ্যে পাওয়া আর. এন. এ প্রতিলিপির পূর্ণ দৈর্ঘ্যের ক্রম পেতে ব্যবহৃত হয়। আর. এ. সি. ই-এর ফলে আগ্রহের আর. এন. এ ক্রমের একটি সি. ডি. এন. এ অনুলিপি তৈরি হয়, যা বিপরীত প্রতিলিপির মাধ্যমে উত্পাদিত হয়, তারপরে সি. ডি. এন. এ অনুলিপিগুলির পিসিআর পরিবর্ধন হয় (আর. টি-পি. সি. আর দেখুন)। সম্প্রসারিত সি. ডি. এন. এ অনুলিপিগুলি তারপর ক্রমবদ্ধ করা হয় এবং, যদি যথেষ্ট দীর্ঘ হয়, একটি অনন্য জিনোমিক অঞ্চলে মানচিত্র করা উচিত। মূলত পৃথক পৃথক আর. এন. এ অণুগুলির সিকোয়েন্সিংয়ের আগে সাধারণত ক্লোনিং দ্বারা রেস অনুসরণ করা হয়। আরও একটি উচ্চ-থ্রুপুট বিকল্প যা নতুন প্রতিলিপি কাঠামো সনাক্তকরণের জন্য দরকারী, তা হল পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তি দ্বারা আর. এ. সি. ই-পণ্যগুলির সিকোয়েন্স করা। প্রক্রিয়া আর. এ. সি. ই প্রতিলিপির মধ্যে একটি ছোট পরিচিত ক্রম থেকে আর. এন. এ-র 5 'প্রান্ত (5' আর. এ. সি. ই-পি. সি. আর) বা 3 'প্রান্ত (3' আর. এ. সি. ই-পি. সি. আর) পর্যন্ত একটি আর. এন. এ প্রতিলিপির ক্রম প্রদান করতে পারে। এই কৌশলটিকে কখনও কখনও একতরফা পিসিআর বা নোঙর করা পিসিআর বলা হয়। আর. এ. সি. ই-এর প্রথম ধাপ হল আর. এন. এ প্রতিলিপির একটি অঞ্চলের সিডি. এন. এ অনুলিপি তৈরি করতে বিপরীত প্রতিলিপি ব্যবহার করা। এই প্রক্রিয়ায়, প্রতিলিপির একটি অজানা শেষ অংশ প্রতিলিপির কেন্দ্র থেকে একটি পরিচিত ক্রম ব্যবহার করে অনুলিপি করা হয়। প্রতিলিপি করা অঞ্চলটি 5 'বা 3' প্রান্তে পরিচিত ক্রম দ্বারা আবদ্ধ। 5 'বা 3' প্রজাতির জন্য প্রটোকলগুলি সামান্য ভিন্ন। 5 'আর. এ. সি. ই-পি. সি. আর একটি অ্যান্টি-সেন্স (বিপরীত) অলিগোনিউক্লিওটাইড প্রাইমার ব্যবহার করে সিডিএনএ সংশ্লেষণের (বা বিপরীত প্রতিলিপি) প্রতিক্রিয়ার প্রথম রাউন্ডের জন্য একটি টেমপ্লেট হিসাবে এম. আর. এন. এ ব্যবহার শুরু করে যা আগ্রহের জিনের মাঝখানে একটি পরিচিত ক্রমকে স্বীকৃতি দেয়; প্রাইমারকে একটি জিন নির্দিষ্ট প্রাইমার (জি. এস. পি) বলা হয়। প্রাইমারটি এমআরএনএর সাথে আবদ্ধ হয় এবং এনজাইম রিভার্স ট্রান্সক্রিপ্টেস একটি নির্দিষ্ট একক-আটকে থাকা সিডিএনএ পণ্য তৈরি করতে প্রাইমারের 3 'প্রান্তে বেস জোড়া যুক্ত করে; এটি এমআরএনএর বিপরীত পরিপূরক। সি. ডি. এন. এ সংশ্লেষণের পরে, এনজাইম টার্মিনাল ডিঅক্সিন্যুক্লিওটিডিল ট্রান্সফারেজ (টি. ডি. টি) সি. ডি. এন. এ-র 3 'প্রান্তে হোমোপলিমেরিক লেজ নামে পরিচিত অভিন্ন নিউক্লিওটাইডের একটি স্ট্রিং যুক্ত করতে ব্যবহৃত হয়। (ডি নোভো সিডিএনএ সংশ্লেষণের প্রথম স্ট্র্যান্ডের জন্য 3 '-টার্মিনাল ক্রম যোগ করার আরও কিছু উপায় রয়েছে যা হোমোপলিমেরিক টেলিংয়ের তুলনায় অনেক বেশি কার্যকর, তবে পদ্ধতির অর্থ একই থাকে)। এরপরে পিসিআর করা হয়, যা একটি দ্বিতীয় অ্যান্টি-সেন্স জিন নির্দিষ্ট প্রাইমার (জিএসপি 2) ব্যবহার করে যা পরিচিত ক্রমের সাথে আবদ্ধ হয় এবং একটি সেন্স (ফরোয়ার্ড) ইউনিভার্সাল প্রাইমার (ইউপি) যা সিডিএনের 3 'প্রান্তে যুক্ত হোমোপলিমারিক লেজকে আবদ্ধ করে 5' প্রান্ত থেকে একটি সিডিএনএ পণ্যকে প্রশস্ত করে। 3 'রেস-পিসিআর প্রাকৃতিক পলিএ লেজ ব্যবহার করে যা বিপরীত প্রতিলিপির সময় প্রাইমিংয়ের জন্য সমস্ত ইউক্যারিওটিক এমআরএনএর 3' প্রান্তে বিদ্যমান, তাই এই পদ্ধতিতে টিডিটি দ্বারা নিউক্লিওটাইড যোগ করার প্রয়োজন হয় না। সিডিএনএগুলি একটি অলিগো-ডিটি-অ্যাডাপ্টার প্রাইমার (ডিওক্সি-থাইমিন নিউক্লিওটাইডের একটি সংক্ষিপ্ত ক্রম সহ একটি প্রাইমার) ব্যবহার করে তৈরি করা হয় যা পলিএ প্রসারিতকে পরিপূরক করে এবং প্রতিটি সিডিএনএর 5 'প্রান্তে একটি বিশেষ অ্যাডাপ্টার ক্রম যোগ করে। এরপরে পিসিআর একটি সেন্স জিএসপি ব্যবহার করে একটি পরিচিত অঞ্চল থেকে 3 'সিডিএনএ প্রসারিত করতে ব্যবহৃত হয়, এবং অ্যাডাপ্টার সিকোয়েন্সের পরিপূরক একটি অ্যান্টি-সেন্স প্রাইমার। আর. এ. সি. ই-সিকোয়েন্সিং আর. এ. সি. ই দ্বারা উৎপন্ন সি. ডি. এন. এ অণুগুলিকে উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তি ব্যবহার করে সিকোয়েন্স করা যেতে পারে (আরও বলা হয়, আর. এ. সি. ই-এস. কিউ)। আণবিক ক্লোনিং সহ আর. এ. সি. ই টুকরোগুলির ঐতিহ্যবাহী বৈশিষ্ট্যের তুলনায় আর. এ. সি. ই টুকরোগুলির উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং বৈশিষ্ট্যায়ন অত্যন্ত সময়-দক্ষ, আরও সংবেদনশীল, কম ব্যয়বহুল এবং প্রযুক্তিগতভাবে সম্ভবপর। ইতিহাস এবং প্রয়োগগুলি আর. এন. এ অণুর অজানা 5 '(5'-রেস) বা 3 '(3'-রেস) অংশগুলিকে পরিবর্ধিত করতে ব্যবহার করা যেতে পারে যেখানে আর. এন. এ অনুক্রমের অংশটি একটি জিন-নির্দিষ্ট প্রাইমার দ্বারা পরিচিত এবং লক্ষ্য করা হয়। এই পরিবর্ধিত আর. এ. সি. ই পণ্যগুলির বৈশিষ্ট্যকরণের জন্য উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিংয়ের সাথে মিলিত হয়ে, যে কোনও ধরনের কোডিং বা নন-কোডিং আর. এন. এ-অণুগুলিকে বৈশিষ্ট্যযুক্ত করার পদ্ধতি প্রয়োগ করা সম্ভব। একটি একক কোষ-লাইনে 17টি জিনের ট্রান্সক্রিপশন স্টার্ট সাইটের (টিএসএস) ম্যাপিং করার জন্য 2009 সালে ডিপ-রেস হিসাবে উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিংয়ের সাথে রেসের সংমিশ্রণের ধারণাটি প্রথম চালু করা হয়েছিল। উদাহরণস্বরূপ, 2014 সালের একটি গবেষণায় সিন্থেটিক এসআইআরএনএ দ্বারা নির্দেশিত লক্ষ্য আরএনএ-র ক্লিভেজ সাইটগুলি সঠিকভাবে ম্যাপ করার জন্য, পদ্ধতির প্রথম নামকরণ করা হয়েছিল আরএসিই-সেক। উপরন্তু, কোলোরেক্টাল ক্যান্সারে নতুন প্রতিলিপি এবং ফিউশন প্রতিলিপির পূর্ণ দৈর্ঘ্যের অজানা অংশগুলি চিহ্নিত করার জন্য পদ্ধতিটি ব্যবহার করা হয়েছিল। এল. এন. সি. আর. এন. এ-র অজানা প্রতিলিপি কাঠামো চিহ্নিত করার লক্ষ্যে আরেকটি গবেষণায়, আর. এ. সি. ই-কে আধা-দীর্ঘ 454 সিকোয়েন্সিংয়ের সংমিশ্রণে ব্যবহার করা হয়েছিল। মলিকিউলার ক্লোনিংঃ এ ল্যাবরেটরি ম্যানুয়াল (সংস্করণ)-এ "5 'সি. ডি. এন. এ-র দ্রুত সম্প্রসারণ শেষ" উল্লেখ রয়েছে। সাম্ব্রুক, জে। & রাসেল, ডি. ডব্লিউ.) অধ্যায় 8 প্রটোকল 9,854-8.60 (কোল্ড স্প্রিং হারবার ল্যাবরেটরি প্রেস, কোল্ড স্প্রিং হারবার, নিউ ইয়র্ক, মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র, 2001) জিন ম্যানিপুলেশন এবং জিনোমিক্সের নীতি, এস. বি. প্রিমরোজ এবং আর. এম. টুইম্যান, ব্ল্যাকওয়েল পাবলিশিং, 2006 (7ম সংস্করণ। ), পৃষ্ঠা 111-12। বাহ্যিক লিঙ্ক আর. এ. সি. ই-বর্গ জৈব রসায়ন সনাক্তকরণ পদ্ধতি সম্পর্কে ব্লগ নিবন্ধ জেনেটিক ম্যাপিং জেনেটিক্স কৌশল আণবিক জীববিজ্ঞান