BRAF (gene)
বি. আর. এ. এফ হল একটি মানব জিন যা বি-রাফ নামক একটি প্রোটিনকে এনকোড করে। জিনটিকে প্রোটো-অনকোজিন বি-রাফ এবং ভি-রাফ মুরাইন সারকোমা ভাইরাল অনকোজিন হোমোলগ বি হিসাবেও উল্লেখ করা হয়, যেখানে প্রোটিনটি আরও আনুষ্ঠানিকভাবে সেরিন/থ্রেওনিন-প্রোটিন কিনেজ বি-রাফ নামে পরিচিত। বি-রাফ প্রোটিন কোষের অভ্যন্তরে সংকেত পাঠানোর সাথে জড়িত যা কোষের বৃদ্ধি পরিচালনার সাথে জড়িত। 2002 সালে, এটি কিছু মানব ক্যান্সারে পরিবর্তিত হতে দেখা গেছে। কিছু অন্যান্য উত্তরাধিকারসূত্রে প্রাপ্ত বি. আর. এ. এফ মিউটেশন জন্মগত ত্রুটি সৃষ্টি করে। বি. আর. এ. এফ মিউটেশন দ্বারা চালিত ক্যান্সারের চিকিৎসা করার জন্য ওষুধ তৈরি করা হয়েছে। এর মধ্যে দুটি ওষুধ, ভেমুরাফেনিব এবং ডাব্রাফেনিব এফডিএ দ্বারা শেষ পর্যায়ের মেলানোমার চিকিৎসার জন্য অনুমোদিত। ভেমুরাফেনিব ছিল প্রথম অনুমোদিত ওষুধ যা খণ্ড-ভিত্তিক ওষুধ আবিষ্কার থেকে বেরিয়ে এসেছিল। ফাংশন বি-রাফ বৃদ্ধি সংকেত ট্রান্সডাকশন প্রোটিন কাইনেসের রাফ কাইনেজ পরিবারের সদস্য। এই প্রোটিন এমএপি কাইনেজ/ইআরকে-র সংকেত পথ নিয়ন্ত্রণে ভূমিকা পালন করে, যা কোষ বিভাজন, পৃথকীকরণ এবং নিঃসরণকে প্রভাবিত করে। স্ট্রাকচার বি-রাফ একটি 766-অ্যামিনো অ্যাসিড, নিয়ন্ত্রিত সিগন্যাল ট্রান্সডাকশন সেরিন/থ্রেওনিন-নির্দিষ্ট প্রোটিন কাইনেজ। বিস্তৃতভাবে বলতে গেলে, এটি রাফ কিনেজ পরিবারের বৈশিষ্ট্যযুক্ত তিনটি সংরক্ষিত ক্ষেত্র নিয়ে গঠিতঃ সংরক্ষিত অঞ্চল 1 (সিআর1), একটি রাস-জিটিপি-বাইন্ডিং স্ব-নিয়ন্ত্রক ক্ষেত্র, সংরক্ষিত অঞ্চল 2 (সিআর2), একটি সেরিন সমৃদ্ধ কব্জি অঞ্চল, এবং সংরক্ষিত অঞ্চল 3 (সিআর3), একটি অনুঘটক প্রোটিন কিনেজ ক্ষেত্র যা প্রোটিন স্তরের উপর একটি ঐকমত্য ক্রমকে ফসফোরিলেট করে। তার সক্রিয় গঠনে, বি-রাফ তার কাইনেজ ডোমেনের হাইড্রোজেন-বন্ধন এবং ইলেকট্রোস্ট্যাটিক মিথস্ক্রিয়ার মাধ্যমে ডাইমার গঠন করে। সিআর1 সংরক্ষিত অঞ্চল 1 বি-রাফের কাইনেজ ডোমেনকে (সিআর3) স্বয়ংক্রিয়ভাবে বাধা দেয় যাতে বি-রাফের সংকেত গঠনমূলক না হয়ে নিয়ন্ত্রিত হয়। অবশিষ্টাংশ 155-227 রাস-বাইন্ডিং ডোমেন (আরবিডি) তৈরি করে, যা রাস-জিটিপি-র প্রভাবক ডোমেনের সাথে আবদ্ধ হয়ে সিআর1 মুক্ত করে এবং কাইনেজ প্রতিরোধ বন্ধ করে। অবশিষ্টাংশ 234-280 একটি ফরবল এস্টার/ডিএজি-বাইন্ডিং জিঙ্ক ফিঙ্গার মোটিফ নিয়ে গঠিত যা রাস-বাইন্ডিংয়ের পরে বি-রাফ ঝিল্লি ডকিংয়ে অংশ নেয়। সিআর2 সংরক্ষিত অঞ্চল 2 (সিআর2) একটি নমনীয় সংযোগকারী প্রদান করে যা সিআর1 এবং সিআর3 কে সংযুক্ত করে এবং একটি কব্জি হিসাবে কাজ করে। সিআর3 সংরক্ষিত অঞ্চল 3 (সিআর3), অবশিষ্টাংশ 457-717, বি-রাফের এনজাইম্যাটিক কাইনেজ ডোমেন তৈরি করে। এই মূলত সংরক্ষিত কাঠামোটি দ্বি-বৈশ্বিক, যা একটি ছোট কব্জি অঞ্চল দ্বারা সংযুক্ত। ছোট এন-লোব (অবশিষ্টাংশ 457-530) প্রাথমিকভাবে এটিপি বাঁধাইয়ের জন্য দায়ী যেখানে বড় সি-লোব (অবশিষ্টাংশ 535-717) স্তর প্রোটিনগুলিকে আবদ্ধ করে। সক্রিয় স্থানটি হল দুটি লোবের মধ্যে ফাটল, এবং অনুঘটক অ্যাস্প 576 অবশিষ্টাংশ সি-লোবে অবস্থিত, এই ফাটলের অভ্যন্তরের দিকে মুখ করে। উপ-অঞ্চল পি-লুপ বি-র্যাফের পি-লুপ (অবশিষ্টাংশ 464-471) এটিপি-বাইন্ডিং এনজাইমের সময় এটিপির অ-হস্তান্তরযোগ্য ফসফেট গোষ্ঠীগুলিকে স্থিতিশীল করে। বিশেষত, S467, F468, এবং G469 ব্যাকবোন হাইড্রোজেন-বন্ধনকে ATP-এর β-ফসফেটের সাথে সংযুক্ত করে অণুটিকে নোঙর করে। বি-রাফ কার্যকরী মোটিফগুলি হ্যাঙ্কস এবং হান্টার দ্বারা বি-রাফ কাইনেজ ডোমেনে বিশ্লেষণ করা পি. কে. এ-এর সমরূপতা বিশ্লেষণ করে নির্ধারণ করা হয়েছে। নিউক্লিওটাইড-বাইন্ডিং পকেট V471, C532, W531, T529, L514, এবং A481 একটি হাইড্রোফোবিক পকেট গঠন করে যার মধ্যে এটিপি-র অ্যাডেনিন এটিপি বাইন্ডিংয়ের উপর ভ্যান ডার ওয়ালস আকর্ষণের মাধ্যমে নোঙ্গর করা হয়। অনুঘটক লুপ অবশিষ্টাংশ 574-581 কিনেজ ডোমেনের একটি অংশ গঠন করে যা ATP-এর γ-ফসফেটকে B-Raf-এর প্রোটিন স্তরের স্থানান্তরকে সমর্থন করার জন্য দায়ী। বিশেষত, ডি 576 একটি প্রোটন গ্রহণকারী হিসাবে সাবস্ট্রেট সেরিন বা থ্রেওনিনের অবশিষ্টাংশের উপর নিউক্লিওফিলিক হাইড্রক্সিল অক্সিজেনকে সক্রিয় করার জন্য কাজ করে, যা ফসফেট স্থানান্তর প্রতিক্রিয়াকে বেস-অনুঘটক দ্বারা মধ্যস্থতা করতে দেয়। ডি. এফ. জি মোটিফ ডি594, এফ595 এবং জি596 বি-রাফের কার্যকারিতার নিষ্ক্রিয় এবং সক্রিয় উভয় অবস্থাতেই একটি কেন্দ্রীয় মোটিফ রচনা করে। নিষ্ক্রিয় অবস্থায়, F595 নিউক্লিওটাইড-বাঁধাই পকেট দখল করে, এটিপি-কে এনজাইম অনুঘটকের সম্ভাবনা প্রবেশ এবং হ্রাস করতে নিষেধ করে। সক্রিয় অবস্থায়, ডি594 ডাইভ্যালেন্ট ম্যাগনেসিয়াম ক্যাটায়নকে চিলেট করে যা এটিপি-র β-এবং γ-ফসফেট গোষ্ঠীগুলিকে স্থিতিশীল করে, স্থানান্তরের জন্য γ-ফসফেটকে অভিমুখী করে। সক্রিয়করণ লুপ অবশিষ্টাংশ 596-600 কাইনেসের নিষ্ক্রিয় গঠনে পি-লুপের সাথে শক্তিশালী হাইড্রোফোবিক মিথস্ক্রিয়া তৈরি করে, সক্রিয়করণ লুপ ফসফোরিলেটেড না হওয়া পর্যন্ত কাইনেসকে তার নিষ্ক্রিয় অবস্থায় লক করে, নেতিবাচক চার্জের উপস্থিতির সাথে এই মিথস্ক্রিয়াকে অস্থিতিশীল করে। এটি কাইনেজের সক্রিয় অবস্থায় স্থানান্তরকে ট্রিগার করে। বিশেষত, অ্যাক্টিভেশন লুপের এল 597 এবং ভি 600 পি-লুপের জি 466, এফ 468 এবং ভি 471-এর সাথে মিথস্ক্রিয়া করে যাতে কাইনেজ ডোমেনটি ফসফোরিলেটেড না হওয়া পর্যন্ত নিষ্ক্রিয় থাকে। এনজাইমোলজি বি-রাফ একটি সেরিন/থ্রেওনিন-নির্দিষ্ট প্রোটিন কাইনেজ। এইভাবে, এটি এটিপি দ্বারা লক্ষ্য প্রোটিনের উপর একটি সর্বসম্মত ক্রমে সেরিন এবং থ্রেওনিনের অবশিষ্টাংশের ফসফোরিলেশনকে অনুঘটক করে, যা পণ্য হিসাবে এডিপি এবং একটি ফসফোরিলেটেড প্রোটিন উৎপন্ন করে। যেহেতু এটি একটি অত্যন্ত নিয়ন্ত্রিত সিগন্যাল ট্রান্সডাকশন কাইনেজ, তাই বি-রাফকে এনজাইম হিসাবে সক্রিয় হওয়ার আগে প্রথমে রাস-জিটিপি বাঁধতে হবে। একবার বি-র্যাফ সক্রিয় হয়ে গেলে, একটি সংরক্ষিত প্রোটিন কাইনেজ অনুঘটক কোর ফসফোরিলেট প্রোটিন স্তরগুলিকে সক্রিয় স্তর সেরিন বা থ্রিওনাইন হাইড্রক্সিল অক্সিজেন পরমাণুর নিউক্লিওফিলিক আক্রমণকে এটিপি-র γ-ফসফেট গোষ্ঠীর উপর বাইমোলিকুলার নিউক্লিওফিলিক প্রতিস্থাপনের মাধ্যমে প্রচার করে। সক্রিয়করণ সি. আর. 1 স্বয়ংক্রিয় প্রতিরোধের উপশম মানব রাফ কাইনেসের কাইনেজ (সি. আর. 3) ক্ষেত্র দুটি প্রক্রিয়া দ্বারা বাধাগ্রস্ত হয়ঃ নিজস্ব নিয়ন্ত্রক রাস-জি. টি. পি-বাইন্ডিং সি. আর. 1 ক্ষেত্র দ্বারা স্বয়ংক্রিয় প্রতিরোধ এবং সি. আর. 2 কব্জি অঞ্চলে মূল সেরিন এবং টাইরোসিনের অবশিষ্টাংশের (সি-রাফের জন্য এস. 338 এবং ওয়াই. 341) অনুবাদ-পরবর্তী ফসফোরিলেশনের অভাব। বি-রাফ সক্রিয়করণের সময়, প্রোটিনের স্বয়ংক্রিয় প্রতিরোধক সিআর1 ডোমেন প্রথমে রাস-জিটিপি-র প্রভাবক ডোমেনকে সিআর1 রাস-বাইন্ডিং ডোমেনের (আরবিডি) সাথে আবদ্ধ করে যাতে মানব রাফ কাইনেজ পরিবারের অন্যান্য সদস্যদের মতো কাইনেজ সিআর3 ডোমেনটি মুক্তি পায়। সিআর1-রাস মিথস্ক্রিয়াটি পরে রাস এবং ঝিল্লি ফসফোলিপিডগুলির সাথে সিআর1-এর সিস্টিন সমৃদ্ধ সাবডোমেইন (সিআরডি) বাঁধনের মাধ্যমে শক্তিশালী করা হয়। এ-র্যাফ এবং সি-র্যাফের বিপরীতে, যা সক্রিয় হওয়ার জন্য সিআর1 সম্পূর্ণরূপে মুক্ত করার আগে হাইড্রক্সিলযুক্ত সিআর2 অবশিষ্টাংশের উপর ফসফরিলেটেড হতে হবে, বি-র্যাফ সাংবিধানিকভাবে সিআর2 এস 445-এ ফসফরিলেটেড হয়। এটি নেতিবাচকভাবে চার্জ করা ফসফোসেরিনকে নিয়ন্ত্রক ডোমেনটি আনবাউন্ড হয়ে গেলে স্টেরিক এবং ইলেক্ট্রোস্ট্যাটিক মিথস্ক্রিয়ার মাধ্যমে অবিলম্বে সিআর1-কে প্রতিহত করার অনুমতি দেয়, যা সিআর3 কাইনেজ ডোমেনকে সাবস্ট্রেট প্রোটিনের সাথে মিথস্ক্রিয়া করার জন্য মুক্ত করে। সি. আর. 3 ডোমেইন অ্যাক্টিভেশন অটোইনহিবিটরি সি. আর. 1 রেগুলেটরি ডোমেইন মুক্তি পাওয়ার পর, বি-রাফের সি. আর. 3 কাইনেজ ডোমেইনকে প্রোটিন ফসফোরিলেশনকে অনুঘটক করার আগে অবশ্যই তার এ. টি. পি-বাইন্ডিং অ্যাক্টিভ কনফর্মারে পরিবর্তন করতে হবে। নিষ্ক্রিয় গঠনে, ডিএফজি মোটিফের এফ595 হাইড্রোফোবিক অ্যাডেনিন বাইন্ডিং পকেটকে ব্লক করে যখন অ্যাক্টিভেশন লুপের অবশিষ্টাংশগুলি পি-লুপের সাথে হাইড্রোফোবিক মিথস্ক্রিয়া তৈরি করে, এটিপি-কে তার বাইন্ডিং সাইটে প্রবেশ করতে বাধা দেয়। যখন সক্রিয়করণ লুপটি ফসফোরিলেটেড হয়, তখন ফসফেটের ঋণাত্মক আধান পি-লুপের হাইড্রোফোবিক পরিবেশে অস্থির থাকে। ফলস্বরূপ, অ্যাক্টিভেশন লুপ গঠন পরিবর্তন করে, কাইনেজ ডোমেনের সি-লোব জুড়ে প্রসারিত হয়। এই প্রক্রিয়ায়, এটি β6 স্ট্র্যান্ডের সাথে β-শীট মিথস্ক্রিয়াকে স্থিতিশীল করে। এদিকে, ফসফরিলেটেড অবশিষ্টাংশ কে507-এর কাছে এসে অ্যাক্টিভেশন লুপটি লক করার জন্য একটি স্থিতিশীল লবণ সেতু গঠন করে। ডিএফজি মোটিফ অ্যাক্টিভেশন লুপের সাথে গঠন পরিবর্তন করে, যার ফলে এফ595 অ্যাডেনিন নিউক্লিওটাইড বাঁধাই সাইট থেকে এবং αC এবং αE হেলিসেস দ্বারা বেষ্টিত একটি হাইড্রোফোবিক পকেটে চলে যায়। একসাথে, ডিএফজি এবং ফসফোরিলেশনের উপর অ্যাক্টিভেশন লুপ মুভমেন্ট এটিপি বাইন্ডিং সাইটটি খোলে। যেহেতু অন্যান্য সমস্ত স্তর-বন্ধন এবং অনুঘটক ক্ষেত্রগুলি ইতিমধ্যেই রয়েছে, সক্রিয়করণ লুপের ফসফোরিলেশন একাই একটি শৃঙ্খল বিক্রিয়ার মাধ্যমে বি-রাফের কাইনেজ ক্ষেত্রকে সক্রিয় করে যা মূলত অন্যথায় প্রস্তুত সক্রিয় স্থান থেকে একটি ঢাকনা সরিয়ে দেয়। অনুঘটকের প্রক্রিয়া সিরিন এবং থ্রেওনাইনের অবশিষ্টাংশের বাইমোলিকুলার প্রতিস্থাপনের মাধ্যমে প্রোটিন ফসফোরিলেশনকে কার্যকরভাবে অনুঘটক করতে, বি-রাফকে প্রথমে এটিপি-কে বাঁধতে হবে এবং তারপরে এটিপি-র γ-ফসফেট স্থানান্তরিত হওয়ার সাথে সাথে ট্রানজিশন অবস্থাকে স্থিতিশীল করতে হবে। এটিপি বাইন্ডিং বি-রাফ একটি অ-মেরু পকেটে অ্যাডেনিন নিউক্লিওটাইডকে নোঙর করে (হলুদ, চিত্র 1) এবং ফসফেট গোষ্ঠীর সাথে হাইড্রোজেন-বন্ধন এবং ইলেক্ট্রোস্ট্যাটিক মিথস্ক্রিয়ার মাধ্যমে অণুটিকে অভিমুখী করে এটিপিকে আবদ্ধ করে। উপরে বর্ণিত পি-লুপ এবং ডিএফজি মোটিফ ফসফেট বাঁধাই ছাড়াও, কে483 এবং ই501 অ-হস্তান্তরযোগ্য ফসফেট গোষ্ঠীগুলিকে স্থিতিশীল করতে মূল ভূমিকা পালন করে। কে483-এর প্রাথমিক অ্যামাইনের ধনাত্মক আধান এটি এটিপি আবদ্ধ হলে এটি এটিপি α-এবং β-ফসফেট গোষ্ঠীর ঋণাত্মক আধানকে স্থিতিশীল করতে দেয়। যখন এটিপি উপস্থিত থাকে না, তখন ই501 কার্বক্সিল গ্রুপের ঋণাত্মক আধান এই আধানের ভারসাম্য বজায় রাখে। ফসফোরিলেশন একবার এটিপি বি-রাফ কাইনেজ ডোমেনের সাথে আবদ্ধ হয়ে গেলে, অনুঘটক লুপের ডি 576 একটি সাবস্ট্রেট হাইড্রক্সিল গ্রুপকে সক্রিয় করে, তার নিউক্লিওফিলিসিটি বাড়িয়ে ফসফোরিলেশন বিক্রিয়াকে গতিময়ভাবে চালিত করে যখন অন্যান্য অনুঘটক লুপের অবশিষ্টাংশগুলি রূপান্তর অবস্থাকে স্থিতিশীল করে। (চিত্র 2)। N581 এটিপি-র সঙ্গে যুক্ত ডাইভ্যালেন্ট ম্যাগনেসিয়াম ক্যাটায়নকে চিলেট করে যাতে অণুটিকে সর্বোত্তম প্রতিস্থাপনের দিকে পরিচালিত করতে সহায়তা করে। কে578 এটিপি-র γ-ফসফেট গ্রুপের ঋণাত্মক আধানকে নিরপেক্ষ করে যাতে সক্রিয় সের/থ্র স্তরের অবশিষ্টাংশ ফসফেটকে আক্রমণ করার সময় ততটা ইলেকট্রন-ইলেকট্রন বিকর্ষণ অনুভব না করে। ফসফেট গ্রুপ স্থানান্তরিত হওয়ার পরে, এডিপি এবং নতুন ফসফোপ্রোটিন মুক্তি পায়। যেহেতু গঠনমূলকভাবে সক্রিয় বি-র্যাফ মিউট্যান্টগুলি সাধারণত কোষের বৃদ্ধির অত্যধিক সংকেত দিয়ে ক্যান্সার সৃষ্টি করে (ক্লিনিকাল তাৎপর্য দেখুন), তাই ক্যান্সার থেরাপিউটিক প্রার্থী হিসাবে কাইনেজ ডোমেনের নিষ্ক্রিয় এবং সক্রিয় গঠন উভয়ের জন্যই বি-র্যাফের প্রতিরোধক তৈরি করা হয়েছে। সোরাফেনিব বে 43-9006 (সোরাফেনিব, নেক্সাভার) একটি ভি 600ই মিউট্যান্ট বি-রাফ এবং সি-রাফ ইনহিবিটর যা প্রাথমিক লিভার এবং কিডনি ক্যান্সারের চিকিৎসার জন্য এফডিএ দ্বারা অনুমোদিত। বে 43-9006 এনজাইমটিকে তার নিষ্ক্রিয় আকারে লক করে বি-রাফ কাইনেজ ডোমেনকে নিষ্ক্রিয় করে। প্রতিরোধকারীটি কাইনেজ ডোমেনের জন্য উচ্চ-অনুরাগের মাধ্যমে এটিপি বাঁধাই পকেটকে অবরুদ্ধ করে এটি সম্পন্ন করে। এরপরে এটি সক্রিয়করণ লুপ এবং ডি. এফ. জি মোটিফের গতিবিধি সক্রিয় গঠনে বন্ধ করতে কী অ্যাক্টিভেশন লুপ এবং ডি. এফ. জি মোটিফ অবশিষ্টাংশগুলিকে আবদ্ধ করে। পরিশেষে, একটি ট্রাইফ্লুওরোমেথাইল ফিনাইল ময়েটি ডিএফজি মোটিফ এবং অ্যাক্টিভেশন লুপ অ্যাক্টিভ কনফরমেশন সাইটকে স্টেরিক্যালি ব্লক করে, যা কাইনেজ ডোমেনের পক্ষে সক্রিয় হওয়ার জন্য কনফরমেশন স্থানান্তর করা অসম্ভব করে তোলে। কাইনেজ এন-লোবের হাইড্রোফোবিক নিউক্লিওটাইড-বাইন্ডিং পকেটে বিএওয়াই 43-9006-এর দূরবর্তী পাইরিডাইল বলয় নোঙ্গর করে, যা ডব্লিউ531, এফ583 এবং এফ595-এর সাথে মিথস্ক্রিয়া করে। অনুঘটক লুপ F583 এবং DFG মোটিফ F595-এর সাথে হাইড্রোফোবিক মিথস্ক্রিয়া এই কাঠামোগুলির নিষ্ক্রিয় গঠনকে স্থিতিশীল করে, এনজাইম সক্রিয়করণের সম্ভাবনা হ্রাস করে। কেন্দ্রের ফিনাইল বলয়ের সাথে কে483, এল514 এবং টি529-এর আরও হাইড্রোফোবিক মিথস্ক্রিয়া প্রতিরোধকের জন্য কাইনেজ ডোমেনের আকর্ষণ বাড়ায়। কেন্দ্রের বলয়ের সাথে F595-এর হাইড্রোফোবিক মিথস্ক্রিয়া একটি DFG কনফরমেশন সুইচ-এর শক্তিশালী অনুকূলতা আরও হ্রাস করে। পরিশেষে, কাইনেজ ডোমেনের সাথে বিএওয়াই 43-9006-এর মেরু মিথস্ক্রিয়া ইনহিবিটরের জন্য এনজাইম অ্যাফিনিটি বৃদ্ধি এবং নিষ্ক্রিয় গঠনে ডিএফজি অবশিষ্টাংশগুলিকে স্থিতিশীল করার এই প্রবণতা অব্যাহত রাখে। ই501 এবং সি532 হাইড্রোজেন যথাক্রমে প্রতিরোধকটির ইউরিয়া এবং পাইরিডাইল গোষ্ঠীগুলিকে আবদ্ধ করে, যেখানে ইউরিয়া কার্বনিল ডি594-এর মেরুদণ্ডের অ্যামাইড নাইট্রোজেন থেকে একটি হাইড্রোজেন বন্ধন গ্রহণ করে ডি. এফ. জি মোটিফকে আটকে রাখে। ট্রাইফ্লোরোমিথাইল ফিনাইল ময়েটি নিষ্ক্রিয় গঠনের তাপগতিবিদ্যার অনুকূলতাকে সিমেন্ট করে যখন কাইনেজ ডোমেনটি বিএওয়াই 43-9006-এর সাথে আবদ্ধ থাকে αসি এবং αই হেলিসেসের মধ্যে হাইড্রোফোবিক পকেটকে স্টেরিকভাবে ব্লক করে যা ডিএফজি মোটিফ এবং অ্যাক্টিভেশন লুপ প্রোটিনের সক্রিয় গঠনে তাদের অবস্থানে স্থানান্তরিত হওয়ার পরে বাস করবে। ভেমুরাফেনিব পি. এল. এক্স. 4032 (ভেমুরাফেনিব) হল একটি ভি 600 মিউট্যান্ট বি-রাফ ইনহিবিটর যা এফ. ডি. এ দ্বারা শেষ পর্যায়ের মেলানোমার চিকিৎসার জন্য অনুমোদিত। বিএওয়াই 43-9006-এর বিপরীতে, যা কাইনেজ ডোমেনের নিষ্ক্রিয় রূপকে বাধা দেয়, ভেমুরাফেনিব কাইনেজের সক্রিয় "ডিএফজি-ইন" রূপকে বাধা দেয়, এটিপি-বাইন্ডিং সাইটে দৃঢ়ভাবে নিজেকে নোঙর করে। শুধুমাত্র কাইনেজের সক্রিয় রূপকে বাধা দিয়ে, ভেমুরাফেনিব নির্বাচিতভাবে অনিয়ন্ত্রিত বি-রাফ সহ কোষের বিস্তারকে বাধা দেয়, সাধারণত যা ক্যান্সার সৃষ্টি করে। যেহেতু ভেমুরফেনিব শুধুমাত্র তার অগ্রদূত, পি. এল. এক্স. 4720 থেকে পৃথক, ফার্মাকোকাইনেটিক কারণে যোগ করা একটি ফিনাইল রিংয়ে, পি. এল. এক্স. 4720-এর কর্মপদ্ধতি ভেমুরফেনিবের সমতুল্য। পি. এল. এক্স. 4720-এর এ. টি. পি বাইন্ডিং সাইটের সাথে আংশিকভাবে ভাল সম্পর্ক রয়েছে কারণ এর নোঙ্গর অঞ্চল, একটি 7-অ্যাজাইন্ডোল বাইসাইক্লিক, কেবল প্রাকৃতিক অ্যাডেনিনের থেকে পৃথক যা দুটি জায়গায় জায়গা দখল করে যেখানে নাইট্রোজেন পরমাণু কার্বন দ্বারা প্রতিস্থাপিত হয়েছে। এটি C532-এর সাথে N7 হাইড্রোজেন বন্ধন এবং Q530-এর সাথে N1 হাইড্রোজেন বন্ধনের মতো শক্তিশালী আন্তঃআণবিক মিথস্ক্রিয়াকে সংরক্ষণ করতে সক্ষম করে। এটিপি-বাইন্ডিং হাইড্রোফোবিক পকেটে (সি 532, ডব্লিউ 531, টি 529, এল 514, এ 481) চমৎকার ফিট বাইন্ডিং অ্যাফিনিটি বাড়ায়। একটি দ্বিতীয় হাইড্রোফোবিক পকেটে (A481, V482, K483, V471, I527, T529, L514, এবং F583) জলের সাথে কেটোন সংযোগকারী হাইড্রোজেন বন্ধন এবং ডিফ্লুওরো-ফেনিল ফিট সামগ্রিকভাবে ব্যতিক্রমী উচ্চ বাঁধাই সম্পর্কে অবদান রাখে। সক্রিয় রাফের সাথে সিলেক্টিভ বাঁধাই টার্মিনাল প্রোপাইল গ্রুপ দ্বারা সম্পন্ন হয় যা αC হেলিক্সের স্থানান্তর দ্বারা তৈরি একটি রাফের-সিলেক্টিভ পকেটের সাথে আবদ্ধ হয়। একটি পিএইচ-সংবেদনশীল ডিপ্রোটোনেটেড সালফোনামাইড গ্রুপ দ্বারা কাইনেজের সক্রিয় গঠনের জন্য সিলেক্টিভিটি আরও বৃদ্ধি পায় যা সক্রিয় অবস্থায় ডি594-এর ব্যাকবোন পেপটাইড এনএইচ-এর সাথে হাইড্রোজেন বন্ধন দ্বারা স্থিতিশীল হয়। নিষ্ক্রিয় অবস্থায়, প্রতিরোধকটির সালফোনামাইড গ্রুপ পরিবর্তে সেই অবশিষ্টাংশের মেরুদণ্ডের কার্বনিলের সাথে মিথস্ক্রিয়া করে, বিকর্ষণ তৈরি করে। এইভাবে, ভেমুরাফেনিব বি-রাফের কাইনেজ ডোমেনের সক্রিয় অবস্থার সাথে অগ্রাধিকারের সাথে আবদ্ধ হয়। ক্লিনিক্যাল তাৎপর্য বি. আর. এ. এফ জিনের রূপান্তর দুটি উপায়ে রোগের কারণ হতে পারে। প্রথমত, মিউটেশন উত্তরাধিকারসূত্রে পাওয়া যেতে পারে এবং জন্মগত ত্রুটির কারণ হতে পারে। দ্বিতীয়ত, মিউটেশনগুলি পরবর্তী জীবনে উপস্থিত হতে পারে এবং একটি অনকোজিন হিসাবে ক্যান্সারের কারণ হতে পারে। এই জিনে উত্তরাধিকারসূত্রে প্রাপ্ত মিউটেশনগুলি কার্ডিওফ্যাসিওকুটেনিয়াস সিন্ড্রোমের কারণ হয়, যা হৃদরোগ, মানসিক প্রতিবন্ধকতা এবং মুখের একটি স্বতন্ত্র চেহারা দ্বারা চিহ্নিত একটি রোগ। এই জিনের রূপান্তরগুলি নন-হজকিন লিম্ফোমা, কোলোরেক্টাল ক্যান্সার, ম্যালিগন্যান্ট মেলানোমা, প্যাপিলারি থাইরয়েড কার্সিনোমা, নন-স্মল-সেল ফুসফুসের কার্সিনোমা, ফুসফুসের অ্যাডেনোকার্সিনোমা, গ্লিওব্লাস্টোমা এবং প্লিওমর্ফিক জ্যান্থোএস্ট্রোসাইটোমা সহ মস্তিষ্কের টিউমারের পাশাপাশি এরডহেম-চেস্টার রোগের মতো প্রদাহজনক রোগ সহ ক্যান্সারগুলিতে পাওয়া গেছে। বি. আর. এ. এফ জিনের ভি. 600ই মিউটেশনটি অসংখ্য গবেষণায় লোমযুক্ত কোষের লিউকেমিয়ার সাথে যুক্ত হয়েছে এবং লিঞ্চ সিনড্রোমের স্ক্রিনিংয়ে অপ্রয়োজনীয় এম. এল. এইচ1 সিকোয়েন্সিংয়ের মধ্য দিয়ে যাওয়া রোগীদের সংখ্যা হ্রাস করার জন্য ব্যবহারের পরামর্শ দেওয়া হয়েছে। মানুষের ক্যান্সারের সঙ্গে যুক্ত বি. আর. এ. এফ জিনের 30টিরও বেশি মিউটেশন চিহ্নিত করা হয়েছে। বি. আর. এ. এফ মিউটেশনের ফ্রিকোয়েন্সি মানব ক্যান্সারে ব্যাপকভাবে পরিবর্তিত হয়, মেলানোমা এবং নেভিতে 80 শতাংশের বেশি থেকে শুরু করে ফুসফুসের ক্যান্সারে 1-3% এবং কোলোরেক্টাল ক্যান্সারে 5 শতাংশের মতো অন্যান্য টিউমারে 0-18% পর্যন্ত। 90 শতাংশ ক্ষেত্রে, নিউক্লিওটাইড 1799-এ থাইমিন অ্যাডেনিনের সাথে প্রতিস্থাপিত হয়। এর ফলে মানব ক্যান্সারে পাওয়া অ্যাক্টিভেশন বিভাগে কোডন 600 (বর্তমানে ভি 600ই হিসাবে পরিচিত)-এ ভ্যালিন (ভি)-কে গ্লুটামেট (ই) দ্বারা প্রতিস্থাপিত করা হয়। এই রূপান্তরটি প্যাপিলারি থাইরয়েড কার্সিনোমা, কোলোরেক্টাল ক্যান্সার, মেলানোমা এবং নন-স্মল-সেল ফুসফুসের ক্যান্সারে ব্যাপকভাবে দেখা গেছে। ল্যাঙ্গারহানস সেল হিস্টিওসাইটোসিস রোগীদের 57 শতাংশের মধ্যে বি. আর. এ. এফ-ভি. 600ই মিউটেশন উপস্থিত রয়েছে। ভি 600ই মিউটেশন হল হেয়ার সেল লিউকেমিয়ার ক্ষেত্রে 100%-এর একটি সম্ভাব্য ড্রাইভার মিউটেশন। অ্যামেলোব্লাস্টোমাতে বি. আর. এ. এফ ভি 600ই মিউটেশনের উচ্চ ফ্রিকোয়েন্সি সনাক্ত করা হয়েছে, যা একটি সৌম্য কিন্তু স্থানীয়ভাবে অনুপ্রবেশকারী ওডোন্টোজেনিক নিওপ্লাজম। ভি 600ই মিউটেশনকে একক-ড্রাইভার মিউটেশন (একটি জেনেটিক 'স্মোকিং গান') হিসাবে প্যাপিলারি ক্র্যানিয়োফ্যারিঞ্জিওমা বিকাশের কিছু ক্ষেত্রে যুক্ত করা যেতে পারে। অন্যান্য মিউটেশনগুলি হল R461I, I462S, G463E, G463V, G465A, G465E, G465V, G468A, G468E, G469R, N580S, E585K, D593V, F594L, G595R, L596V, T598I, V599D, V599E, V599K, V599R, V600K, A727V ইত্যাদি। এবং এই রূপান্তরগুলির বেশিরভাগই দুটি অঞ্চলে গুচ্ছবদ্ধঃ এন লোবের গ্লাইসিন সমৃদ্ধ পি লুপ এবং সক্রিয়করণ বিভাগ এবং পার্শ্ববর্তী অঞ্চল। এই মিউটেশনগুলি অ্যাক্টিভেশন বিভাগকে নিষ্ক্রিয় অবস্থা থেকে সক্রিয় অবস্থায় পরিবর্তন করে, উদাহরণস্বরূপ পূর্ববর্তী উদ্ধৃত গবেষণাপত্রে জানা গেছে যে ভ্যাল 599-এর অ্যালিফ্যাটিক পার্শ্ব শৃঙ্খলা পি লুপে ফে 467-এর ফিনাইল বলয়ের সাথে মিথস্ক্রিয়া করে। মাঝারি আকারের হাইড্রোফোবিক ভ্যাল সাইড চেইনকে একটি বৃহত্তর এবং চার্জযুক্ত অবশিষ্টাংশের সাথে প্রতিস্থাপন করা যা মানব ক্যান্সারে পাওয়া যায় (গ্লু, অ্যাস্প, লাইস, বা আর্গ) একটি নিষ্ক্রিয় গঠনে ডিএফজি মোটিফ বজায় রাখে এমন মিথস্ক্রিয়াকে অস্থিতিশীল করে তুলবে বলে আশা করা হবে, যাতে সক্রিয়করণ বিভাগটি সক্রিয় অবস্থানে উল্টে যায়। মিউটেশনের ধরনের উপর নির্ভর করে এম. ই. কে-এর প্রতি কাইনেজ কার্যকলাপও পরিবর্তিত হতে পারে। বেশিরভাগ মিউট্যান্ট এম. ই. কে-এর দিকে বর্ধিত বি-রাফ কাইনেজ ক্রিয়াকলাপকে উদ্দীপিত করে। যাইহোক, কয়েকটি মিউট্যান্ট একটি ভিন্ন পদ্ধতির মাধ্যমে কাজ করে কারণ যদিও এম. ই. কে-এর প্রতি তাদের কার্যকলাপ হ্রাস পায়, তারা একটি গঠন গ্রহণ করে যা বন্য-ধরনের সি-আর. এ. এফ-কে সক্রিয় করে, যা তারপর ই. আর. কে-কে সংকেত দেয়। বি. আর. এ. এফ-ভি 600ই বি. আর. এ. এফ. ভি 600ই মিউটেশন মেটাস্ট্যাটিক কোলোরেক্টাল ক্যান্সারের একটি দুর্বল পূর্বাভাস প্রদান করে। বি. আর. এ. এফ ভি 600ই কোলোরেক্টাল ক্যান্সারে বি. আর. এ. এফ এবং/অথবা ই. জি. এফ. আর-এর লক্ষ্য প্রতিরোধের পরে, এস. আর. সি কাইনেসগুলি নিয়মতান্ত্রিক পদ্ধতিতে সক্রিয় হয়ে ওঠে। উল্লেখযোগ্যভাবে, বি. আর. এ. এফ এবং ই. জি. এফ. আর-এর পাশাপাশি এস. আর. সি-র সমবর্তী লক্ষ্যমাত্রা চিকিৎসার কার্যকারিতা বৃদ্ধি করেছে। এস. আর. সি কাইনেসের ক্ষতিপূরণমূলক সক্রিয়করণ একটি অটোক্রাইন প্রোস্টাগ্ল্যান্ডিন ই2 লুপ দ্বারা মধ্যস্থতা করা হয়, যা সাইক্লোঅক্সিজিনেজ-2 (সিওএক্স2) প্রতিরোধক ব্যবহার করে অবরুদ্ধ করা যেতে পারে। উল্লেখযোগ্যভাবে, বি. আর. এ. এফ এবং ই. জি. এফ. আর-এর সঙ্গে সি. ও. এক্স 2-এর একযোগে লক্ষ্যমাত্রা প্রাক-ক্লিনিকাল মডেলগুলিতে উল্লেখযোগ্য সম্ভাবনা দেখিয়েছে, যার ফলে টিউমারের বৃদ্ধি স্থায়ীভাবে দমন করা হয়েছে। বি. আর. এ. এফ ভি. 600ই হল প্রোটিসোম ইনহিবিটারের প্রতি সংবেদনশীলতার একটি নির্ধারক। প্রোটিয়াজোম ইনহিবিটারগুলির প্রতি দুর্বলতা স্থায়ী বি. আর. এ. এফ সংকেতের উপর নির্ভরশীল, কারণ পি. এল. এক্স 4720 দ্বারা বি. আর. এ. এফ-ভি 600ই অবরোধ বি. আর. এ. এফ-মিউট্যান্ট কোলোরেক্টাল ক্যান্সার কোষে কারফিলজোমিবের প্রতি সংবেদনশীলতাকে বিপরীত করে। প্রোটিয়াজোম প্রতিরোধ বি. আর. এ. এফ ভি. 600ই-মিউট্যান্ট কোলোরেক্টাল টিউমারে একটি মূল্যবান লক্ষ্যবস্তু কৌশল উপস্থাপন করতে পারে। উপরে উল্লিখিত হিসাবে, কিছু ফার্মাসিউটিক্যাল সংস্থা ক্যান্সার বিরোধী ব্যবহারের জন্য পরিবর্তিত বি-রাফ প্রোটিনের নির্দিষ্ট প্রতিরোধক তৈরি করছে কারণ বি. আর. এ. এফ একটি ভালভাবে বোঝা, উচ্চ ফলন লক্ষ্য। ভেমুরফেনিব (আরজি7204 বা পিএলএক্স4032) মার্কিন খাদ্য ও ওষুধ প্রশাসন দ্বারা 2011 সালের আগস্টে তৃতীয় পর্যায়ের ক্লিনিকাল তথ্যের উপর ভিত্তি করে মেটাস্ট্যাটিক মেলানোমার চিকিত্সার জন্য জেলবোরাফ হিসাবে লাইসেন্স দেওয়া হয়েছিল। প্রাক্তন সেরা কেমোথেরাপিউটিক চিকিৎসা, ডাকারবাজিনের তুলনায় উন্নত বেঁচে থাকার পাশাপাশি 53 শতাংশ চিকিত্সার প্রতিক্রিয়া হার দেখা গেছে। ক্লিনিকাল ট্রায়ালগুলিতে, বি-রাফ মেটাস্ট্যাটিক মেলানোমা রোগীর বেঁচে থাকার সম্ভাবনা বাড়িয়েছে। ওষুধের উচ্চ কার্যকারিতা সত্ত্বেও, 20 শতাংশ টিউমার এখনও চিকিৎসার বিরুদ্ধে প্রতিরোধ গড়ে তোলে। ইঁদুরের ক্ষেত্রে, 20 শতাংশ টিউমার 56 দিন পর প্রতিরোধী হয়ে ওঠে। যদিও এই প্রতিরোধের প্রক্রিয়াগুলি এখনও বিতর্কিত, কিছু অনুমানের মধ্যে রয়েছে ভেমুরাফেনিবের উচ্চ ঘনত্বের জন্য বি-রাফের অতিরিক্ত অভিব্যক্তি এবং বৃদ্ধির সংকেতের উজানে নিয়ন্ত্রণ। আরও সাধারণ বি-রাফ প্রতিরোধকগুলির মধ্যে রয়েছে জিডিসি-0879, পিএলএক্স-4720, সোরাফেনিব, ডাব্রাফেনিব এবং এনকোরাফেনিব। প্যানআরএএফ ইনহিবিটর বেলভারাফেনিবকে প্যানআরএএফ ইনহিবিটর হিসাবে শ্রেণীবদ্ধ করা হয়। একটি প্যানআরএএফ ইনহিবিটার ডাইমারের উভয় প্রোটিনের অনুঘটক ক্রিয়াকে অবরুদ্ধ করে। বি. আর. এ. এফ (জিন) একেটি1, সি-রাফ, এইচ. আর. এ. এস এবং ওয়াই. ডব্লিউ. এইচ. এ. বি-এর সাথে মিথস্ক্রিয়া করতে দেখা গেছে। বি. আর. এ. এফ-এ ত্রুটি খুঁজে বের করা-ক্যান্সার রিসার্চ ইউকে ব্লগ পোস্ট ক্যান্সার সৃষ্টিকারী বি. আর. এ. এফ মিউটেশন আবিষ্কার সম্পর্কে (ভিডিও সহ) অনকোজিনেস ইসি 2.7.11