Chromosome conformation capture
ক্রোমোজোম গঠন ক্যাপচার কৌশল (প্রায়শই সংক্ষেপে 3সি প্রযুক্তি বা 3সি-ভিত্তিক পদ্ধতি) হল একটি কোষে ক্রোমাটিনের স্থানিক সংগঠন বিশ্লেষণ করতে ব্যবহৃত আণবিক জীববিজ্ঞান পদ্ধতির একটি সেট। এই পদ্ধতিগুলি 3-ডি স্থানের কাছাকাছি জিনোমিক লোকির মধ্যে মিথস্ক্রিয়ার সংখ্যা পরিমাপ করে, তবে রৈখিক জিনোমে অনেক নিউক্লিওটাইড দ্বারা পৃথক হতে পারে। এই ধরনের মিথস্ক্রিয়া জৈবিক ক্রিয়াকলাপের ফলে হতে পারে, যেমন প্রবর্তক-বর্ধক মিথস্ক্রিয়া, বা এলোমেলো পলিমার লুপিং থেকে, যেখানে ক্রোমাটিনের অনির্দিষ্ট শারীরিক গতি লোকির সংঘর্ষ ঘটায়। মিথস্ক্রিয়া ফ্রিকোয়েন্সিগুলি সরাসরি বিশ্লেষণ করা যেতে পারে, অথবা এগুলি দূরত্বে রূপান্তরিত হতে পারে এবং 3-ডি কাঠামো পুনর্গঠনে ব্যবহৃত হতে পারে। 3সি-ভিত্তিক পদ্ধতির মধ্যে প্রধান পার্থক্য হল তাদের পরিধি। উদাহরণস্বরূপ, 3সি পরীক্ষায় পারস্পরিক ক্রিয়া সনাক্ত করতে পিসিআর ব্যবহার করার সময়, দুটি নির্দিষ্ট খণ্ডের মধ্যে মিথস্ক্রিয়া পরিমাপ করা হয়। এর বিপরীতে, হাই-সি একযোগে সমস্ত সম্ভাব্য জোড়া খণ্ডের মধ্যে মিথস্ক্রিয়ার পরিমাণ নির্ধারণ করে। 3সি দ্বারা উৎপাদিত উপাদানের গভীর ক্রমও জিনোম-ব্যাপী মিথস্ক্রিয়া মানচিত্র তৈরি করে। ঐতিহাসিকভাবে, অণুবীক্ষণ ছিল পারমাণবিক সংগঠন অনুসন্ধানের প্রাথমিক পদ্ধতি, যা 1590 সালের বলে মনে করা হয়। 1879 সালে ওয়ালথার ফ্লেমিং ক্রোমাটিন শব্দটি উদ্ভাবন করেন। 1883 সালে আগস্ট ওয়েইসম্যান ক্রোমাটিনকে বংশগতির সঙ্গে যুক্ত করেন। 1884 সালে আলব্রেখ্ট কসেল হিস্টোন আবিষ্কার করেন। 1888 সালে, সাটন এবং বোভেরি কোষ চক্রের সময় ক্রোমাটিনের ধারাবাহিকতা তত্ত্বের প্রস্তাব করেছিলেন 1889 সালে, উইলহেলম ভন ওয়ালডেমেয়ার "ক্রোমোজোম" শব্দটি তৈরি করেছিলেন। 1928 সালে এমিল হেইটজ হেটেরোক্রোমাটিন এবং ইউক্রোমাটিন শব্দটি উদ্ভাবন করেন। 1942 সালে, কনরাড ওয়াডিংটন এপিজেনেটিক ল্যান্ডস্কেপগুলি অনুমান করেছিলেন। 1948 সালে রোলিন হটকিস ডিএনএ মিথাইলেশন আবিষ্কার করেন। 1953 সালে, ওয়াটসন এবং ক্রিক রোজালিন্ড ফ্রাঙ্কলিনের এক্স-রে বিচ্ছুরণ চিত্রের উপর ভিত্তি করে ডিএনএর ডাবল হেলিক্স কাঠামো রিপোর্ট করেছিলেন। 1961 সালে মেরি লিয়ন এক্স-নিষ্ক্রিয়করণের নীতি গ্রহণ করেন। 1973/1974-এ ক্রোমাটিন ফাইবার আবিষ্কৃত হয়। 1975 সালে পিয়েরে চ্যাম্বন নিউক্লিওসোম শব্দটি উদ্ভাবন করেন। 1982 সালে, ক্রোমোজোম অঞ্চলগুলি আবিষ্কৃত হয়। 1984 সালে জন টি. লিস ক্রোমাটিন ইমিউনোপ্রেসিপিটেশন কৌশল উদ্ভাবন করেন। 1993 সালে, নিউক্লিয়ার লাইগেশন অ্যাসে প্রকাশিত হয়েছিল, এমন একটি পদ্ধতি যা দ্রবণে ডিএনএর বৃত্তাকার ফ্রিকোয়েন্সি নির্ধারণ করতে পারে। এই পরীক্ষাটি দেখানোর জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল যে ইস্ট্রোজেন প্রোল্যাক্টিন জিন প্রবর্তক এবং নিকটবর্তী বর্ধকের মধ্যে একটি মিথস্ক্রিয়া প্ররোচিত করে। 2002 সালে, জব ডেকার নতুন ধারণাটি প্রবর্তন করেছিলেন যে জিনোমের স্থানিক সংগঠন অনুমান করতে লোকির মধ্যে মিথস্ক্রিয়া ফ্রিকোয়েন্সিগুলির ঘন ম্যাট্রিক্স ব্যবহার করা যেতে পারে। এই ধারণাটি তাঁর ক্রোমোজোম কনফরমেশন ক্যাপচার (3সি) পরীক্ষার বিকাশের ভিত্তি ছিল, যা 2002 সালে জব ডেকার এবং হার্ভার্ড বিশ্ববিদ্যালয়ের ক্লেকনার ল্যাবের সহকর্মীরা প্রকাশ করেছিলেন। 2003 সালে হিউম্যান জিনোম প্রজেক্টের কাজ শেষ হয়। 2006 সালে, মারিকে সিমোনিস 4সি আবিষ্কার করেন, দোস্তি, ডেকার ল্যাবে, 5সি আবিষ্কার করেন। 2007 সালে, বি. ফ্রাঙ্কলিন পাগ চিপ-সেক কৌশল উদ্ভাবন করেন। 2009 সালে, এরেজ লিবারম্যান আইডেন এবং জব ডেকার হাই-সি আবিষ্কার করেন, মেলিসা জে ফুলউড এবং ইজুন রুয়ান চিয়া-পিইটি আবিষ্কার করেন। 2012 সালে, দ্য রেন গ্রুপ এবং এডিথ হার্ড এবং জব ডেকারের নেতৃত্বে দলগুলি স্তন্যপায়ী প্রাণীদের মধ্যে টপোলজিক্যালি অ্যাসোসিয়েটিং ডোমেন (টিএডি) আবিষ্কার করে। 2013 সালে, তাকাশি নাগানো এবং পিটার ফ্রেজার হাই-সি এবং একক-কোষ হাই-সি-র জন্য ইন-নিউক্লি লাইগেশন চালু করেন। 2014 সালে, সুহাস রাও, মিরিয়াম হান্টলি এবং অন্যান্যরা। ইন-সিটু হাই-সি এবং 4-কাটার সীমাবদ্ধতা এনজাইম ব্যবহার করে এবং বেশ কয়েকটি মানব কোষ লাইনের জন্য কিলোবেস রেজোলিউশনে প্রথম উচ্চ-রেজোলিউশন ডেটাসেট প্রকাশ করে। তারা হাই-সি মানচিত্রে সিটিসিএফ-কোহেসিন লুপিংয়ের প্রথম স্পষ্ট প্রমাণও চিহ্নিত করেছে এবং এই লুপগুলির অন্তর্নিহিত কনভারজেন্ট সিটিসিএফ মোটিফ নিয়মটি চিহ্নিত করেছে। পরীক্ষামূলক পদ্ধতি সমস্ত 3সি পদ্ধতি একই ধরনের ধাপ দিয়ে শুরু হয়, যা কোষের নমুনার উপর সঞ্চালিত হয়। প্রথমত, কোষের জিনোমগুলি ফর্মালডিহাইডের সাথে ক্রস-লিঙ্কযুক্ত, যা জিনোমিক লোকির মধ্যে মিথস্ক্রিয়া "হিমায়িত" করে এমন বন্ধন প্রবর্তন করে। ঘরের তাপমাত্রায় 10-30 মিনিটের জন্য 1-3% ফর্মালডিহাইড সহ কোষগুলির চিকিত্সা সবচেয়ে সাধারণ, তবে, উচ্চ প্রোটিন-ডিএনএ ক্রস লিঙ্কিং প্রতিরোধের জন্য মানসম্মতকরণ প্রয়োজন, কারণ এটি পরবর্তী ধাপে সীমাবদ্ধ হজমের দক্ষতাকে নেতিবাচকভাবে প্রভাবিত করতে পারে। জিনোমটি তারপর একটি সীমাবদ্ধ এন্ডোনিউক্লিজ দিয়ে টুকরো টুকরো করা হয়। সীমাবদ্ধ টুকরোগুলির আকার মিথস্ক্রিয়া ম্যাপিংয়ের রেজোলিউশন নির্ধারণ করে। রেস্ট্রিকশন এনজাইম (আরই) যা 6 বিপি স্বীকৃতি ক্রম, যেমন ইকোআর1 বা হিন্দIII-তে কাট করে, এই উদ্দেশ্যে ব্যবহার করা হয়, কারণ তারা প্রতি 4000 বিপি-তে একবার জিনোম কাটতে পারে, যা মানব জিনোমে ~ 1 মিলিয়ন টুকরো দেয়। আরও সুনির্দিষ্ট মিথস্ক্রিয়া ম্যাপিংয়ের জন্য, একটি 4 বিপি সনাক্তকারী আরই ব্যবহার করা যেতে পারে। পরবর্তী পদক্ষেপটি হল, প্রক্সিমিটি ভিত্তিক বন্ধন। এটি কম ডি. এন. এ ঘনত্বে বা টি4 ডি. এন. এ লাইগেসের উপস্থিতিতে অক্ষত, পারমিয়াবিলাইজড নিউক্লিয়াসের মধ্যে ঘটে, যাতে ক্রস-লিঙ্কযুক্ত আন্তঃক্রিয়াশীল টুকরোগুলির মধ্যে বন্ধনটি ক্রস-লিঙ্কযুক্ত নয় এমন টুকরোগুলির মধ্যে বন্ধনের চেয়ে অনুকূল হয়। পরবর্তীকালে, আন্তঃক্রিয়াশীল স্থানগুলি পিসিআর পদ্ধতি দ্বারা সংযুক্ত সংযোগস্থলগুলিকে পরিবর্ধিত করে পরিমাপ করা হয়। মূল পদ্ধতি 3সি (এক বনাম এক) ক্রোমোজোম গঠন ক্যাপচার (3সি) পরীক্ষাটি জিনোমিক লোকির একক জুটির মধ্যে মিথস্ক্রিয়ার পরিমাণ নির্ধারণ করে। উদাহরণস্বরূপ, 3সি একটি প্রার্থী প্রবর্তক-বর্ধক মিথস্ক্রিয়া পরীক্ষা করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। পরিচিত প্রাইমার সহ পিসিআর ব্যবহার করে লিগটেড টুকরোগুলি সনাক্ত করা হয়। এই কারণেই এই কৌশলটির জন্য আন্তঃক্রিয়াশীল অঞ্চলগুলির পূর্ব জ্ঞান প্রয়োজন। 4সি (ওয়ান-বনাম-অল) ক্রোমোজোম কনফরমেশন ক্যাপচার-অন-চিপ (4সি) (বৃত্তাকার ক্রোমোজোম কনফরমেশন ক্যাপচার নামেও পরিচিত) একটি লোকাস এবং অন্যান্য সমস্ত জিনোমিক লোকির মধ্যে মিথস্ক্রিয়া ধারণ করে। এটি একটি দ্বিতীয় বন্ধন পদক্ষেপের সাথে জড়িত, স্ব-বৃত্তাকার ডিএনএ টুকরো তৈরি করতে, যা বিপরীত পিসিআর সম্পাদন করতে ব্যবহৃত হয়। বিপরীত পিসিআর পরিচিত ক্রমটিকে এটির সাথে সংযুক্ত অজানা ক্রমকে প্রশস্ত করতে ব্যবহার করার অনুমতি দেয়। 3সি এবং 5সি-র বিপরীতে, 4সি কৌশলটির জন্য পারস্পরিক ক্রিয়াশীল উভয় ক্রোমোসোমাল অঞ্চলের পূর্ব জ্ঞানের প্রয়োজন হয় না। 4সি ব্যবহার করে প্রাপ্ত ফলাফলগুলি একে অপরের নিকটবর্তী অঞ্চলের মধ্যে সনাক্ত করা বেশিরভাগ মিথস্ক্রিয়ার সাথে অত্যন্ত পুনরুত্পাদনযোগ্য। একটি একক মাইক্রো অ্যারেতে, প্রায় এক মিলিয়ন মিথস্ক্রিয়া বিশ্লেষণ করা যেতে পারে। 5সি (বহু-বনাম-অনেক) ক্রোমোজোম গঠন ক্যাপচার কার্বন কপি (5সি) একটি নির্দিষ্ট অঞ্চলের মধ্যে সমস্ত সীমাবদ্ধতা টুকরোগুলির মধ্যে মিথস্ক্রিয়া সনাক্ত করে, এই অঞ্চলের আকার সাধারণত একটি মেগাবেসের চেয়ে বড় হয় না। এটি সর্বজনীন প্রাইমারগুলিকে সমস্ত টুকরোর সাথে সংযুক্ত করে করা হয়। তবে, 5সি-র কভারেজ তুলনামূলকভাবে কম। 5সি কৌশলটি আন্তঃআণবিক বন্ধন ধাপে সংযোগমূলক সমস্যাগুলি অতিক্রম করে এবং আগ্রহের নির্দিষ্ট স্থানের জটিল মিথস্ক্রিয়া গঠনের জন্য কার্যকর। এই পদ্ধতিটি জিনোম-ব্যাপী জটিল মিথস্ক্রিয়া পরিচালনার জন্য অনুপযুক্ত কারণ এর জন্য লক্ষ লক্ষ 5সি প্রাইমার ব্যবহার করতে হবে। হাই-সি (সমস্ত বনাম সমস্ত) হাই-সি টুকরোগুলির নিউক্লিওটাইড ক্রম খুঁজে বের করতে উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং ব্যবহার করে এবং পেয়ারড এন্ড সিকোয়েন্সিং ব্যবহার করে, যা প্রতিটি লিগযুক্ত খণ্ডের প্রতিটি প্রান্ত থেকে একটি সংক্ষিপ্ত ক্রম পুনরুদ্ধার করে। যেমন, একটি প্রদত্ত লিগযুক্ত খণ্ডের জন্য, প্রাপ্ত দুটি ক্রম দুটি ভিন্ন সীমাবদ্ধতা খণ্ডের প্রতিনিধিত্ব করা উচিত যা প্রক্সিমিটি ভিত্তিক লিগশন ধাপে একসাথে লিগ করা হয়েছিল। অনুক্রমের জোড়া পৃথকভাবে জিনোমের সাথে সারিবদ্ধ করা হয়, এইভাবে সেই বন্ধন ঘটনার সাথে জড়িত টুকরোগুলি নির্ধারণ করে। অতএব, টুকরোগুলির মধ্যে সমস্ত সম্ভাব্য জোড়া ভিত্তিক মিথস্ক্রিয়া পরীক্ষা করা হয়। সিকোয়েন্স ক্যাপচার-ভিত্তিক পদ্ধতিগুলি আগ্রহের নির্দিষ্ট স্থানের জন্য 3সি এবং হাই-সি গ্রন্থাগারগুলিকে সমৃদ্ধ করতে অলিগোনিউক্লিওটাইড ক্যাপচার ব্যবহার করে। এই পদ্ধতিগুলির মধ্যে রয়েছে ক্যাপচার-সি, এন. জি ক্যাপচার-সি, ক্যাপচার-3সি, হাই ক্যাপ, ক্যাপচার হাই-সি এবং মাইক্রো ক্যাপচার-সি। এই পদ্ধতিগুলি 4সি ভিত্তিক পদ্ধতির তুলনায় উচ্চতর রেজোলিউশন এবং সংবেদনশীলতা তৈরি করতে সক্ষম, মাইক্রো ক্যাপচার-সি উপলব্ধ 3সি কৌশলগুলির সর্বোচ্চ রেজোলিউশন সরবরাহ করে এবং বেস পেয়ার রেজোলিউশন ডেটা তৈরি করা সম্ভব। একক-কোষ পদ্ধতি এই পদ্ধতিগুলির একক-কোষ অভিযোজন, যেমন চিপ-সেক এবং হাই-সি পৃথক কোষে ঘটে যাওয়া মিথস্ক্রিয়া অনুসন্ধান করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। বহু-মিথস্ক্রিয়া পদ্ধতি উচ্চ-ক্রমের কাঠামো সনাক্ত করার জন্য একাধিক পদ্ধতি একই সাথে একাধিক বন্ধন জংশনকে ক্রমবদ্ধ করে যেখানে ক্রোমাটিনের একাধিক অঞ্চল মিথস্ক্রিয়া করতে পারে। এই পদ্ধতিগুলির মধ্যে রয়েছে ট্রাই-সি, থ্রি-ওয়ে 4সি/সি-ওয়াক এবং মাল্টি-কন্ট্যাক্ট 4সি (এমসি-4সি)। ইমিউনোপ্রিসিপিটেশন-ভিত্তিক পদ্ধতি চি. আই. পি-লুপ চি. আই. পি-লুপ চি. আই. পি-এস. ই. কিউ-এর সাথে 3সি-কে একত্রিত করে আগ্রহের প্রোটিন দ্বারা মধ্যস্থতা করা আগ্রহের দুটি স্থানের মধ্যে মিথস্ক্রিয়া সনাক্ত করে। চিপ-লুপ দীর্ঘ-পরিসীমা সিস-মিথস্ক্রিয়া এবং প্রোটিনের মাধ্যমে মধ্যস্থ ট্রান্স মিথস্ক্রিয়া সনাক্ত করতে কার্যকর হতে পারে কারণ ঘন ঘন ডিএনএ সংঘর্ষ ঘটবে না। জিনোম ওয়াইড পদ্ধতি চিয়া-পিইটি আগ্রহের প্রোটিন দ্বারা মধ্যস্থতা করা সমস্ত মিথস্ক্রিয়া সনাক্ত করতে চিআইপি-সেকের সাথে হাই-সিকে একত্রিত করে। কম ইনপুট উপাদান সহ চিয়া-পিইটি-র মতো একই ধরনের বিশ্লেষণের অনুমতি দেওয়ার জন্য হাইচিপ তৈরি করা হয়েছিল। জৈবিক প্রভাব 3সি পদ্ধতিগুলি বেশ কয়েকটি জৈবিক অন্তর্দৃষ্টির দিকে পরিচালিত করেছে, যার মধ্যে রয়েছে ক্রোমোজোমের নতুন কাঠামোগত বৈশিষ্ট্যগুলির আবিষ্কার, ক্রোমাটিন লুপগুলির ক্যাটালগিং এবং প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রণ প্রক্রিয়াগুলির (যার ব্যাঘাত রোগের দিকে নিয়ে যেতে পারে) বোঝার বৃদ্ধি। 3সি পদ্ধতিগুলি নিয়ন্ত্রক উপাদানগুলির জিনগুলির সাথে স্থানিক সান্নিধ্যের গুরুত্ব প্রদর্শন করেছে যা তারা নিয়ন্ত্রণ করে। উদাহরণস্বরূপ, গ্লোবিন জিন প্রকাশকারী টিস্যুতে, β-গ্লোবিন লোকাস নিয়ন্ত্রণ অঞ্চল এই জিনের সাথে একটি লুপ গঠন করে। এই লুপটি টিস্যুতে পাওয়া যায় না যেখানে জিনটি প্রকাশ করা হয় না। এই প্রযুক্তি মডেল জীব এবং মানুষের মধ্যে ক্রোমোজোমের জেনেটিক এবং এপিজেনেটিক অধ্যয়নে আরও সহায়তা করেছে। এই পদ্ধতিগুলি টপোলজিক্যালি অ্যাসোসিয়েটিং ডোমেনে (টিএডি) জিনোমের বড় আকারের সংগঠন প্রকাশ করেছে, যা এপিজেনেটিক মার্কারগুলির সাথে সম্পর্কিত। কিছু টিএডি প্রতিলিপিগতভাবে সক্রিয়, অন্যগুলি দমন করা হয়। ডি. মেলানোগাস্টার, ইঁদুর এবং মানুষের মধ্যে অনেক টিএডি পাওয়া গেছে। উপরন্তু, সি. টি. সি. এফ এবং কোহেসিন টি. এ. ডি নির্ধারণ এবং বর্ধনকারী-প্রচারক মিথস্ক্রিয়ায় গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে। ফলাফলটি দেখায় যে বর্ধনকারী-প্রচারক লুপে সিটিসিএফ বাঁধাই মোটিফগুলির অভিযোজন একে অপরের মুখোমুখি হওয়া উচিত যাতে বর্ধনকারী তার সঠিক লক্ষ্য খুঁজে পেতে পারে। মানব রোগ প্রবর্তক-বর্ধক মিথস্ক্রিয়ায় ত্রুটির কারণে সৃষ্ট বেশ কয়েকটি রোগ রয়েছে, যা এই গবেষণাপত্রে পর্যালোচনা করা হয়েছে। বিটা থ্যালাসেমিয়া হল একটি নির্দিষ্ট ধরনের রক্তের ব্যাধি যা এল. সি. আর বর্ধক উপাদান মুছে ফেলার কারণে হয়। হলোপ্রোসেন্সফ্যালি হল সেফালিক ব্যাধি যা এস. বি. ই. 2 বর্ধক উপাদানের একটি রূপান্তরের কারণে ঘটে, যা এস. এইচ. এইচ জিনের উৎপাদনকে দুর্বল করে দেয়। পিপিডি2 (ট্রাইফ্যালেঞ্জিয়াল থাম্বের পলিডাক্টাইলি) জেডআরএস এনহান্সারের একটি মিউটেশনের কারণে ঘটে, যা এস. এইচ. এইচ জিনের উৎপাদনকে শক্তিশালী করে। ফুসফুসের অ্যাডেনোকার্সিনোমা এমওয়াইসি জিনের জন্য বর্ধক উপাদানের প্রতিলিপির কারণে হতে পারে। টি-সেল অ্যাকিউট লিম্ফোব্লাস্টিক লিউকেমিয়া একটি নতুন বর্ধক প্রবর্তনের কারণে হয়। তথ্য বিশ্লেষণ বিভিন্ন 3সি-শৈলীর পরীক্ষাগুলি খুব ভিন্ন কাঠামো এবং পরিসংখ্যানগত বৈশিষ্ট্য সহ তথ্য তৈরি করে। এইভাবে, প্রতিটি পরীক্ষার প্রকারের জন্য নির্দিষ্ট বিশ্লেষণ প্যাকেজ রয়েছে। হাই-সি তথ্য প্রায়শই জিনোম-ওয়াইড ক্রোমাটিন সংগঠন বিশ্লেষণ করতে ব্যবহৃত হয়, যেমন টপোলজিক্যালি অ্যাসোসিয়েটিং ডোমেন (টিএডি), জিনোমের রৈখিকভাবে সংলগ্ন অঞ্চল যা 3-ডি স্পেসে যুক্ত। হাই-সি তথ্য থেকে টিএডি সনাক্ত করার জন্য বেশ কয়েকটি অ্যালগরিদম তৈরি করা হয়েছে। হাই-সি এবং এর পরবর্তী বিশ্লেষণগুলি বিকশিত হচ্ছে। ফিট-হাই-সি হল একটি পৃথক বাইনিং পদ্ধতির উপর ভিত্তি করে একটি পদ্ধতি যার মধ্যে মিথস্ক্রিয়ার দূরত্ব যোগ করা (প্রাথমিক স্প্লাইন ফিটিং, ওরফে স্প্লাইন-1) এবং নাল মডেলকে (স্প্লাইন-2) পরিমার্জন করা হয়। ফিট-হাই-সি-এর ফলাফল হল তাদের পি-মান এবং কিউ-মানের সাথে জোড়া ভিত্তিক আন্তঃ-ক্রোমোসোমাল মিথস্ক্রিয়ার একটি তালিকা। জিনোমের 3-ডি সংগঠনটি কন্টাক্ট ম্যাট্রিক্সের আইগেনডকম্পোজিশনের মাধ্যমেও বিশ্লেষণ করা যেতে পারে। প্রতিটি আইগেনভেক্টর লোকির একটি সেটের সাথে মিলে যায়, যা অগত্যা রৈখিকভাবে সংলগ্ন নয়, যা কাঠামোগত বৈশিষ্ট্যগুলি ভাগ করে নেয়। 3সি প্রযুক্তিতে একটি উল্লেখযোগ্য বিভ্রান্তিকর কারণ হল জিনোমিক লোকির মধ্যে ঘন ঘন অ-নির্দিষ্ট মিথস্ক্রিয়া যা এলোমেলো পলিমার আচরণের কারণে ঘটে। দুটি স্থানের মধ্যে মিথস্ক্রিয়া অবশ্যই পরিসংখ্যানগত তাৎপর্য পরীক্ষার মাধ্যমে নির্দিষ্ট হিসাবে নিশ্চিত করতে হবে। হাই-সি কন্টাক্ট ম্যাপের স্বাভাবিককরণ কাঁচা হাই-সি কন্টাক্ট হিট ম্যাপকে স্বাভাবিক করার দুটি প্রধান উপায় রয়েছে। প্রথম উপায় হল সমান দৃশ্যমানতা অনুমান করা, যার অর্থ প্রতিটি ক্রোমোজোমের অবস্থানের মধ্যে মিথস্ক্রিয়া হওয়ার সমান সুযোগ রয়েছে। অতএব, একটি হাই-সি যোগাযোগ মানচিত্রের প্রকৃত সংকেত একটি ভারসাম্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স হওয়া উচিত (ভারসাম্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্সের ধ্রুবক সারির যোগফল এবং কলামের যোগফল রয়েছে)। অ্যালগরিদমগুলির একটি উদাহরণ যা সমান দৃশ্যমানতা অনুমান করে তা হল সিনকহর্ন-নপ অ্যালগরিদম, যা কাঁচা হাই-সি যোগাযোগের মানচিত্রকে একটি ভারসাম্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্সে স্কেল করে। অন্য উপায়টি হল ধরে নেওয়া যে প্রতিটি ক্রোমোজোমাল অবস্থানের সাথে একটি পক্ষপাত রয়েছে। প্রতিটি স্থানাঙ্কে যোগাযোগের মানচিত্রের মান দুটি যোগাযোগের অবস্থানের সাথে যুক্ত সেই অবস্থানের সময় পক্ষপাতের প্রকৃত সংকেত হবে। অ্যালগরিদমগুলির একটি উদাহরণ যা পক্ষপাতের এই মডেলটি সমাধান করার লক্ষ্য রাখে তা হল পুনরাবৃত্তিমূলক সংশোধন, যা কাঁচা হাই-সি যোগাযোগ মানচিত্র থেকে সারি এবং কলাম পক্ষপাতকে পুনরাবৃত্তভাবে প্রত্যাহার করে। হাই-সি তথ্য বিশ্লেষণের জন্য বেশ কয়েকটি সফ্টওয়্যার সরঞ্জাম উপলব্ধ রয়েছে। ডিএনএ মোটিফ বিশ্লেষণ ডিএনএ মোটিফগুলি নির্দিষ্ট সংক্ষিপ্ত ডিএনএ সিকোয়েন্স, প্রায়শই দৈর্ঘ্যে 8-20 নিউক্লিওটাইড যা একটি সাধারণ জৈবিক ক্রিয়াকলাপ সহ সিকোয়েন্সের একটি সেটে পরিসংখ্যানগতভাবে অতিরিক্ত প্রতিনিধিত্ব করা হয়। বর্তমানে, দীর্ঘ-পরিসীমা ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়ার নিয়ন্ত্রক মোটিফগুলি ব্যাপকভাবে অধ্যয়ন করা হয়নি। বেশ কয়েকটি গবেষণায় প্রবর্তক-বর্ধক মিথস্ক্রিয়ায় ডিএনএ মোটিফের প্রভাব ব্যাখ্যা করার উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করা হয়েছে। বেইলি এবং অন্যান্য। প্রবর্তক অঞ্চলে ZNF143 মোটিফ প্রবর্তক-বর্ধনকারী মিথস্ক্রিয়ার জন্য ক্রম নির্দিষ্টতা প্রদান করে। ZNF143 মোটিফের রূপান্তর প্রবর্তক-বর্ধক মিথস্ক্রিয়ার ফ্রিকোয়েন্সি হ্রাস করে যে ZNF143 একটি নতুন ক্রোমাটিন-লুপিং ফ্যাক্টর। জিনোম-স্কেল মোটিফ বিশ্লেষণের জন্য, 2016 সালে, ওয়াং এবং অন্যান্যরা। প্রবর্তক-বর্ধক মিথস্ক্রিয়ায় কে562 কোষ লাইনের জন্য 19,491 টি ডিএনএ মোটিফ জোড়ার একটি তালিকা রিপোর্ট করা হয়েছে। ফলস্বরূপ, তারা প্রস্তাব করেছিল যে মোটিফ পেয়ারিং মাল্টিপ্লিসিটি (একটি প্রদত্ত মোটিফের সাথে পেয়ার করা মোটিফের সংখ্যা) মিথস্ক্রিয়া দূরত্ব এবং নিয়ন্ত্রক অঞ্চলের প্রকারের সাথে যুক্ত। পরের বছর, ওয়াং 6টি মানব কোষের লাইনে 18,879টি মোটিফ জুটির বিষয়ে আরেকটি নিবন্ধ প্রকাশ করেন। এই কাজের একটি অভিনব অবদান হল মোটিফহায়েদেস, একটি মোটিফ আবিষ্কারের সরঞ্জাম যা সরাসরি জোড়া অনুক্রমগুলিতে প্রয়োগ করা যেতে পারে। ক্যান্সার জিনোম বিশ্লেষণ 3সি-ভিত্তিক কৌশলগুলি ক্যান্সার জিনোমে ক্রোমোজোম পুনর্বিন্যাস সম্পর্কে অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করতে পারে। উপরন্তু, তারা নিয়ন্ত্রক উপাদান এবং তাদের লক্ষ্য জিনের জন্য স্থানিক সান্নিধ্যের পরিবর্তন দেখাতে পারে, যা জিনোমের কাঠামোগত এবং কার্যকরী ভিত্তি সম্পর্কে গভীর ধারণা নিয়ে আসে। আরও পড়ুন আরও দেখুন বায়োকেমিক্যাল পৃথকীকরণ প্রক্রিয়া ক্রোমোজোম পারমাণবিক সংগঠন