Maximal unique match
একটি ম্যাক্সিমাল ইউনিক ম্যাচ বা এমইউএম, সংক্ষেপে, গণনামূলক জীববিজ্ঞানে জিনোমের একাধিক ক্রম সারিবদ্ধকরণের একটি মূল ধাপের অংশ। এমইউএম এবং অন্যান্য সম্ভাব্য নোঙ্গরগুলির সনাক্তকরণ, এমইউএমমারের মতো বৃহত্তর সারিবদ্ধকরণ ব্যবস্থার প্রথম পদক্ষেপ। নোঙ্গর হল দুটি জিনোমের মধ্যবর্তী অঞ্চল যেখানে তারা অত্যন্ত অনুরূপ। এমইউএম কী তা বোঝার জন্য আমরা সংক্ষিপ্ত রূপের প্রতিটি শব্দকে পৃথকভাবে ভাগ করতে পারি। মিল বোঝায় যে সাবস্ট্রিংটি সারিবদ্ধ হওয়ার জন্য উভয় ক্রমেই ঘটে। অনন্য মানে হল যে সাবস্ট্রিং প্রতিটি ক্রমে শুধুমাত্র একবার ঘটে। পরিশেষে, সর্বাধিক বলে যে সাবস্ট্রিংটি অন্য একটি বৃহত্তর স্ট্রিংয়ের অংশ নয় যা পূর্বের উভয় প্রয়োজনীয়তা পূরণ করে। এর পিছনে ধারণাটি হ 'ল যে দীর্ঘ ক্রমগুলি সঠিকভাবে মেলে এবং প্রতিটি জিনোমে মাত্র একবার ঘটে তা প্রায় নিশ্চিতভাবেই বিশ্বব্যাপী সারিবদ্ধকরণের অংশ। আনুষ্ঠানিক সংজ্ঞা "প্রদত্ত দুটি জিনোম এ এবং বি, ম্যাক্সিমাল ইউনিক ম্যাচ (এমইউএম) সাবস্ট্রিং হল নির্দিষ্ট ন্যূনতম দৈর্ঘ্য ডি (ডিফল্ট ডি = 20) এর চেয়ে দীর্ঘ দৈর্ঘ্যের এ এবং বি-এর একটি সাধারণ সাবস্ট্রিং যাতে এটি সর্বাধিক হয়, অর্থাৎ, এটি কোনও অসামঞ্জস্য না ঘটিয়ে উভয় প্রান্তে বাড়ানো যায় না; এবং এটি উভয় ক্রমেই অনন্য" অ্যালগরিদম দুটি খুব দীর্ঘ জিনোম সিকোয়েন্সে এমইউএম-এর সেট সনাক্ত করা গণনামূলকভাবে তুচ্ছ নয়। একাধিক ক্রম বিন্যাসে এমইউএমগুলি সনাক্ত করার জন্য বেশ কয়েকটি অ্যালগরিদমিক উপায় রয়েছে। সবচেয়ে সহজ এবং ধীরতম পদ্ধতি হল ব্রুট ফোর্স ব্যবহার করা যেখানে জিনোমের প্রতিটি সূচক এবং জিনোমের প্রতিটি সূচকের জন্য, আপনি এবং এর দীর্ঘতম সাধারণ উপসর্গ গণনা করেন। এরপরে আপনাকে অবশ্যই নিশ্চিত করতে হবে যে দৈর্ঘ্য কমপক্ষে যেখানে ন্যূনতম এমইউএম আকার নির্দিষ্ট করা আছে। পরিশেষে আপনাকে নিশ্চিত করতে হবে যে এটি উভয় জিনোমেই অনন্য। এইভাবে ব্রুট ফোর্স পদ্ধতির জটিলতা হল। বাস্তবে যদিও এবং-এর জন্য একটি সাধারণীকৃত প্রত্যয় গাছ তৈরি করে এম. ইউ. এম চিহ্নিত করা হয়। তারপরে প্রতিটি জিনোম ক্রম থেকে ঠিক একটি শিশু সহ সমস্ত অভ্যন্তরীণ নোডের জন্য একটি তালিকা তৈরি করা হয়। এই নোডগুলির প্রত্যেকটির জন্য (আমরা জিনোম থেকে শিশুদের এবং জিনোম থেকে শিশুদের চিহ্নিত করব) এটি পরীক্ষা করুন এবং যেখানে এই শর্তগুলি রয়েছে তাদের জন্য, আমরা জানি এটি একটি এমইউএম। এই ক্ষেত্রে জটিলতা কমে যায়। নীচের চিত্রে দেওয়া প্রাথমিক স্ট্রিং এবং 1 এর এ, এমইউএমগুলি জি এবং টিএ হওয়া উচিত। একটি লাল পাতা নির্দেশ করে যে পাতাটি এস স্ট্রিং থেকে এসেছে এবং একটি নীল পাতা স্ট্রিং নির্দেশ করে। এ-তে অভ্যন্তরীণ নোডটি বাতিল করা হয়েছিল কারণ এর অর্থ উভয় এ-এর আগে যে অক্ষরটি আসে তা অভিন্ন (টি), এটি এমন একটি অবস্থা যেখানে ক্রমগুলি একটি বৃহত্তর অনন্য ক্রমের অন্তর্গত। সি-তে অভ্যন্তরীণ নোডটি বাতিল করা হয়েছে কারণ এর এস থেকে দুটি শিশু রয়েছে। এটি আমাদের জি এবং টিএ-এর এমইউএম দিয়ে ছেড়ে যায়। উদাহরণ এমইউএম-কে আরও ব্যাখ্যা করার জন্য, আমরা নিম্নলিখিত উদাহরণটি নিই। ধরা যাক যে d = 3 এবং আমাদের দুটি জিনোম নিম্নরূপঃ S = CTACTCTCATCTCTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCT #T = CTGGTGTCAGTCAGTCAGTCT $আমাদের প্রথম এমইউএম যা শর্তগুলি সন্তুষ্ট করে তা এখানে ঘটেঃ S = CTACCATCAGTCAGTCAGGCAGTCAGTCAGTCT #T = CTGGGGTCAGTCAGTCAGTCAT $TGT দৈর্ঘ্যে কমপক্ষে d হয়, উভয় ক্রমে শুধুমাত্র একবার ঘটে, এবং বাম দিকের অক্ষরগুলি এবং একটি উদাহরণ ব্যাখ্যা করার জন্য যেখানে আমাদের এমইউএম একটি বৃহত্তর ক্রমের অংশ এবং অনন্য নয় তা নিশ্চিত করার জন্য সম্প্রসারণের প্রয়োজন হয়, নিম্নলিখিতটি গ্রহণ করুনঃ এস = সিটিএসিসিসিটিজিএএজিটিসিজিজিসিজিটিটিএটি #টি = সিটিজিজিসিটিএএজিজিসিজিটিজিজিটিজিটিজিটিটিটিটি $এটিজি একটি এমইউএম হিসাবে পরীক্ষার ক্ষেত্রে দুটি সমস্যা রয়েছে কারণ এটিজি অনন্য নয় এবং এটি এখানে চিত্রিত হিসাবে একটি বৃহত্তর ধারাবাহিকতারও অংশঃ এস = সিটিএসিসিসিটিজিএএজিটিজিসিজিজিটিজিজিটিটিটিটি #টি = সি. টি. জি. জি. সি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি এস = সি. টি. এ. সি. জি. এ. জি. টি. সি. টি. জি. জি. সি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি. টি একটি এম. ই. এম-এ এম. ইউ. এম-এর স্বতন্ত্রতার শর্ত শিথিল করা হয়। এমইএমগুলি স্থানীয় সারিবদ্ধকরণের মতো তবে এই ক্ষেত্রে কেবল এমন ক্রমগুলি চিহ্নিত করে যেখানে কোনও ফাঁক নেই। আরও দেখুন মুমার সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট মাল্টিপল সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট রেফারেন্স সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট অ্যালগরিদম