InterPro
ইন্টারপ্রো হল প্রোটিন পরিবার, প্রোটিন ডোমেন এবং কার্যকরী সাইটগুলির একটি ডাটাবেস যেখানে পরিচিত প্রোটিনে পাওয়া সনাক্তযোগ্য বৈশিষ্ট্যগুলি কার্যকরীভাবে বৈশিষ্ট্যযুক্ত করার জন্য নতুন প্রোটিন সিকোয়েন্সে প্রয়োগ করা যেতে পারে। ইন্টারপ্রোর বিষয়বস্তুতে ডায়াগনস্টিক স্বাক্ষর এবং প্রোটিন রয়েছে যা তারা উল্লেখযোগ্যভাবে মেলে। স্বাক্ষরগুলি মডেল নিয়ে গঠিত (সহজ প্রকার, যেমন নিয়মিত অভিব্যক্তি বা আরও জটিল, যেমন হিডেন মার্কভ মডেল) যা প্রোটিন পরিবার, ডোমেন বা সাইটগুলি বর্ণনা করে। মডেলগুলি পরিচিত পরিবার বা ডোমেনের অ্যামিনো অ্যাসিড সিকোয়েন্স থেকে তৈরি করা হয় এবং পরবর্তীকালে তাদের শ্রেণীবদ্ধ করার জন্য অজানা সিকোয়েন্সগুলি (যেমন নতুন জিনোম সিকোয়েন্সিং থেকে উদ্ভূত) অনুসন্ধান করতে ব্যবহৃত হয়। ইন্টারপ্রোর প্রতিটি সদস্য ডাটাবেস খুব উচ্চ-স্তরের, কাঠামো-ভিত্তিক শ্রেণিবিন্যাস (সুপারফ্যামিলি এবং ক্যাথ-জিন 3ডি) থেকে শুরু করে বেশ নির্দিষ্ট উপ-পারিবারিক শ্রেণিবিন্যাস (প্রিন্টস এবং প্যান্থার) পর্যন্ত একটি ভিন্ন কুলুঙ্গিতে অবদান রাখে। ইন্টারপ্রোর উদ্দেশ্য হল প্রোটিন শ্রেণিবিন্যাসের জন্য একটি ওয়ান-স্টপ-শপ প্রদান করা, যেখানে বিভিন্ন সদস্য ডাটাবেস দ্বারা উত্পাদিত সমস্ত স্বাক্ষর ইন্টারপ্রো ডাটাবেসের মধ্যে এন্ট্রিতে স্থাপন করা হয়। সমতুল্য ডোমেন, সাইট বা পরিবারের প্রতিনিধিত্বকারী স্বাক্ষরগুলি একই এন্ট্রিতে রাখা হয় এবং এন্ট্রিগুলি একে অপরের সাথে সম্পর্কিত হতে পারে। অতিরিক্ত তথ্য যেমন একটি বিবরণ, সামঞ্জস্যপূর্ণ নাম এবং জিন অন্টোলজি (জিও) পদগুলি প্রতিটি এন্ট্রির সাথে যুক্ত, যেখানে সম্ভব। ইন্টারপ্রো ইন্টারপ্রোতে থাকা ডেটাতে তিনটি প্রধান সত্তা রয়েছেঃ প্রোটিন, স্বাক্ষর ("পদ্ধতি" বা "মডেল" হিসাবেও উল্লেখ করা হয়) এবং এন্ট্রি। ইউনিপ্রোটকেবির প্রোটিনগুলিও ইন্টারপ্রোর কেন্দ্রীয় প্রোটিন সত্তা। কোন স্বাক্ষরগুলি উল্লেখযোগ্যভাবে এই প্রোটিনগুলির সাথে মেলে সে সম্পর্কিত তথ্য গণনা করা হয় কারণ ক্রমগুলি ইউনিপ্রোটকেবি দ্বারা প্রকাশিত হয় এবং এই ফলাফলগুলি জনসাধারণের জন্য উপলব্ধ করা হয় (নীচে দেখুন)। প্রোটিনের সাথে স্বাক্ষরের মিলগুলি নির্ধারণ করে যে ইন্টারপ্রো এন্ট্রিতে স্বাক্ষরগুলি কীভাবে একত্রিত করা হয়ঃ মিলিত প্রোটিন সেটগুলির তুলনামূলক ওভারল্যাপ এবং অনুক্রমের উপর স্বাক্ষরের মিলগুলির অবস্থান সম্পর্কিততার সূচক হিসাবে ব্যবহৃত হয়। শুধুমাত্র পর্যাপ্ত মানের বলে বিবেচিত স্বাক্ষরগুলি ইন্টারপ্রোতে সংহত করা হয়। সংস্করণ 81 পর্যন্ত (21 আগস্ট 2020-এ প্রকাশিত) ইন্টারপ্রো এন্ট্রিগুলি ইউনিপ্রোটকেবিতে পাওয়া অবশিষ্টাংশের 73.9% উল্লেখ করেছে এবং আরও 9.2% স্বাক্ষর দ্বারা ব্যাখ্যা করা হয়েছে যা একীকরণের জন্য মুলতুবি রয়েছে। ইন্টারপ্রোতে স্প্লাইস ভ্যারিয়েন্ট এবং ইউনিপার্ক এবং ইউনিমেস ডেটাবেসে থাকা প্রোটিনের তথ্যও অন্তর্ভুক্ত রয়েছে। ইন্টারপ্রো কনসোর্টিয়াম সদস্য ডাটাবেস ইন্টারপ্রো থেকে স্বাক্ষর 13টি "সদস্য ডাটাবেস" থেকে আসে, যা নীচে তালিকাভুক্ত করা হয়েছে। ক্যাথ-জিন3ডি সম্পূর্ণ জিনোমে প্রোটিন পরিবার এবং ডোমেন স্থাপত্যের বর্ণনা দেয়। প্রোটিন পরিবারগুলি একটি মার্কভ ক্লাস্টারিং অ্যালগরিদম ব্যবহার করে গঠিত হয়, তারপরে সিকোয়েন্স আইডেন্টিটি অনুসারে মাল্টি-লিঙ্ক ক্লাস্টারিং হয়। সিএটিএইচ এবং পিএফএএম ডোমেনের প্রতিনিধিত্বকারী লুকানো মার্কভ মডেল লাইব্রেরি ব্যবহার করে পূর্বাভাসকৃত কাঠামো এবং সিকোয়েন্স ডোমেনের ম্যাপিং করা হয়। একাধিক সম্পদ থেকে প্রোটিনকে কার্যকরী টীকা প্রদান করা হয়। জিন3ডি ওয়েবসাইট থেকে ডোমেইন স্থাপত্যের কার্যকরী ভবিষ্যদ্বাণী এবং বিশ্লেষণ পাওয়া যায়। সিডিডি সংরক্ষিত ডোমেন ডাটাবেস একটি প্রোটিন টীকা সম্পদ যা প্রাচীন ডোমেন এবং পূর্ণ দৈর্ঘ্যের প্রোটিনের জন্য টীকা একাধিক ক্রম সারিবদ্ধকরণ মডেলের একটি সংগ্রহ নিয়ে গঠিত। আর. পি. এস-ব্লাস্ট-এর মাধ্যমে প্রোটিন সিকোয়েন্সে সংরক্ষিত ক্ষেত্রগুলির দ্রুত সনাক্তকরণের জন্য এগুলি অবস্থান-নির্দিষ্ট স্কোর ম্যাট্রিক্স (পি. এস. এস. এম) হিসাবে উপলব্ধ। এইচ. এ. এম. এ. পি-এর অর্থ হল উচ্চমানের স্বয়ংক্রিয় এবং মাইক্রোবিয়াল প্রোটিওমের ম্যানুয়াল অ্যানোটেশন। এইচ. এ. এম. এ. পি প্রোফাইলগুলি বিশেষজ্ঞ তত্ত্বাবধায়কদের দ্বারা ম্যানুয়ালি তৈরি করা হয়, তারা এমন প্রোটিনগুলি সনাক্ত করে যা সু-সংরক্ষিত ব্যাকটেরিয়া, আর্কিয়াল এবং প্লাস্টিড-এনকোডেড (অর্থাৎ। ক্লোরোপ্লাস্ট, সায়ানেল, এপিকোপ্লাস্ট, অ-আলোক সংশ্লেষিত প্লাস্টিড) প্রোটিন পরিবার বা উপপরিবার। মোবিডিবি হল ডেটাবেজ অ্যানোটেটিং ইন্ট্রিন্সিক ডিসঅর্ডার ইন প্রোটিন। প্যান্থার প্যান্থার হল প্রোটিন পরিবারের একটি বড় সংগ্রহ যা মানুষের দক্ষতা ব্যবহার করে কার্যকরীভাবে সম্পর্কিত উপপরিবারে বিভক্ত করা হয়েছে। এই উপপরিবারগুলি প্রোটিন পরিবারের মধ্যে নির্দিষ্ট ক্রিয়াকলাপের বিচ্যুতির মডেল তৈরি করে, যা ক্রিয়াকলাপের সাথে আরও সঠিক সংযোগের অনুমতি দেয় (মানব-কিউরেটেড আণবিক ক্রিয়া এবং জৈবিক প্রক্রিয়া শ্রেণিবিন্যাস এবং পথ রেখাচিত্র), পাশাপাশি কার্যকরী নির্দিষ্টতার জন্য গুরুত্বপূর্ণ অ্যামিনো অ্যাসিডের অনুমান। হিডেন মার্কভ মডেল (এইচ. এম. এম) প্রতিটি পরিবার এবং উপপরিবারের জন্য অতিরিক্ত প্রোটিন ক্রম শ্রেণীবদ্ধ করার জন্য তৈরি করা হয়। পি. এফ. এ. এম হল একাধিক ক্রম বিন্যাস এবং লুকানো মার্কভ মডেলের একটি বড় সংগ্রহ যা অনেক সাধারণ প্রোটিন ক্ষেত্র এবং পরিবারগুলিকে অন্তর্ভুক্ত করে। পি. আই. আর. এস. এফ প্রোটিন শ্রেণীবিভাগ ব্যবস্থা হল সুপারফ্যামিলি থেকে সাবফ্যামিলি পর্যন্ত একাধিক স্তরের ক্রম বৈচিত্র্যের একটি নেটওয়ার্ক যা পূর্ণ দৈর্ঘ্যের প্রোটিন এবং ডোমেনের বিবর্তনীয় সম্পর্ককে প্রতিফলিত করে। প্রাথমিক পি. আই. আর. এস. এফ শ্রেণিবিন্যাস একক হল সমরূপ পরিবার, যার সদস্যরা উভয়ই সমজাতীয় (একটি সাধারণ পূর্বপুরুষ থেকে বিবর্তিত) এবং সমরূপীয় (পূর্ণ দৈর্ঘ্যের অনুক্রম সাদৃশ্য এবং একটি সাধারণ ডোমেন স্থাপত্য ভাগ করে নেওয়া)। প্রিন্টস হল প্রোটিনের আঙুলের ছাপের একটি সংকলন। একটি ফিঙ্গারপ্রিন্ট হল সংরক্ষিত মোটিফগুলির একটি গ্রুপ যা একটি প্রোটিন পরিবারের বৈশিষ্ট্য হিসাবে ব্যবহৃত হয়; এর ডায়াগনস্টিক শক্তি ইউনিপ্রোটের পুনরাবৃত্তিমূলক স্ক্যানিং দ্বারা পরিমার্জিত হয়। সাধারণত মোটিফগুলি ওভারল্যাপ হয় না, তবে একটি ক্রম বরাবর পৃথক করা হয়, যদিও তারা থ্রিডি-স্পেসে সংলগ্ন হতে পারে। আঙুলের ছাপ প্রোটিন ভাঁজ এবং কার্যকারিতাকে একক মোটিফের তুলনায় আরও নমনীয়ভাবে এবং শক্তিশালীভাবে এনকোড করতে পারে, তাদের সম্পূর্ণ ডায়াগনস্টিক শক্তি মোটিফ প্রতিবেশীদের দ্বারা প্রদত্ত পারস্পরিক প্রসঙ্গ থেকে উদ্ভূত হয়। PROSITE PROSITE হল প্রোটিন পরিবার এবং ডোমেনের একটি ডাটাবেস। এটি জৈবিকভাবে গুরুত্বপূর্ণ স্থান, নিদর্শন এবং প্রোফাইল নিয়ে গঠিত যা নির্ভরযোগ্যভাবে সনাক্ত করতে সাহায্য করে যে কোন পরিচিত প্রোটিন পরিবার (যদি থাকে) একটি নতুন ক্রমের অন্তর্গত। স্মার্ট সিম্পল মডুলার আর্কিটেকচার রিসার্চ টুল জেনেটিক্যালি মোবাইল ডোমেনের সনাক্তকরণ এবং টীকা এবং ডোমেইন আর্কিটেকচারের বিশ্লেষণের অনুমতি দেয়। সিগন্যালিং, এক্সট্রাসেলুলার এবং ক্রোমাটিন-সম্পর্কিত প্রোটিনে পাওয়া 800 টিরও বেশি ডোমেন পরিবার সনাক্তযোগ্য। এই ক্ষেত্রগুলি ফাইলেটিক ডিস্ট্রিবিউশন, কার্যকরী শ্রেণী, তৃতীয় কাঠামো এবং কার্যকরীভাবে গুরুত্বপূর্ণ অবশিষ্টাংশের ক্ষেত্রে ব্যাপকভাবে ব্যাখ্যা করা হয়। সুপারফ্যামিলি সুপারফ্যামিলি হল প্রোফাইল লুকানো মার্কভ মডেলের একটি গ্রন্থাগার যা পরিচিত কাঠামোর সমস্ত প্রোটিনকে উপস্থাপন করে। গ্রন্থাগারটি প্রোটিনের এস. সি. ও. পি শ্রেণিবিন্যাসের উপর ভিত্তি করেঃ প্রতিটি মডেল একটি এস. সি. ও. পি ডোমেনের সাথে মিলে যায় এবং এর লক্ষ্য হল সমগ্র এস. সি. ও. পি সুপারফ্যামিলির প্রতিনিধিত্ব করা যা ডোমেনের অন্তর্গত। সুপারফ্যামিলিকে সমস্ত সম্পূর্ণ ক্রমযুক্ত জিনোমে কাঠামোগত কাজ সম্পাদনের জন্য ব্যবহার করা হয়েছে। এস. এফ. এল. ডি এনজাইমগুলির একটি শ্রেণিবদ্ধ শ্রেণিবিন্যাস যা নির্দিষ্ট ক্রম-কাঠামোর বৈশিষ্ট্যগুলিকে নির্দিষ্ট রাসায়নিক ক্ষমতার সাথে সম্পর্কিত করে। টি. আই. জি. আর. এফ. এ. এম-এর টি. আই. জি. আর. এফ. এ. এম হল প্রোটিন পরিবারের একটি সংগ্রহ, যা কিউরেটেড মাল্টিপল সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট, হিডেন মার্কভ মডেল (এইচ. এম. এম) এবং অ্যানোটেশন সমন্বিত, যা সিকোয়েন্স হোমোলজির উপর ভিত্তি করে কার্যকরীভাবে সম্পর্কিত প্রোটিনগুলি সনাক্ত করার জন্য একটি সরঞ্জাম সরবরাহ করে। যে এন্ট্রিগুলি "সমতুল্য" গ্রুপ সমজাতীয় প্রোটিন যা ফাংশনের ক্ষেত্রে সংরক্ষিত থাকে। তথ্যের ধরন ইন্টারপ্রো কনসোর্টিয়ামের বিভিন্ন সদস্যদের দ্বারা প্রদত্ত সাত ধরনের তথ্য নিয়ে গঠিতঃ ইন্টারপ্রো প্রবেশের ধরন ইন্টারপ্রো এন্ট্রিগুলিকে আরও পাঁচ ভাগে ভাগ করা যেতে পারেঃ হোমোলোগাস সুপারফ্যামিলিঃ প্রোটিনের একটি গোষ্ঠী যা তাদের কাঠামোগত সাদৃশ্যগুলিতে দেখা যায় যেমন একটি সাধারণ বিবর্তনীয় উত্স ভাগ করে নেয়, এমনকি তাদের ক্রমগুলি অত্যন্ত অনুরূপ না হলেও। এই এন্ট্রিগুলি বিশেষভাবে শুধুমাত্র দুটি সদস্য ডাটাবেস দ্বারা সরবরাহ করা হয়ঃ ক্যাথ-জিন3ডি এবং সুপারফ্যামিলি। পরিবারঃ প্রোটিনগুলির একটি গোষ্ঠী যার একটি সাধারণ বিবর্তনীয় উৎস রয়েছে যা কাঠামোগত সাদৃশ্য, সম্পর্কিত ফাংশন বা সিকোয়েন্স হোমোলজির মাধ্যমে নির্ধারিত হয়। ডোমেনঃ একটি নির্দিষ্ট ফাংশন, কাঠামো বা ক্রম সহ একটি প্রোটিনের একটি স্বতন্ত্র একক। পুনরাবৃত্তি করুনঃ অ্যামিনো অ্যাসিডের একটি ক্রম, সাধারণত 50 টি অ্যামিনো অ্যাসিডের বেশি নয়, যা একটি প্রোটিনে অনেকবার পুনরাবৃত্তি করে। স্থানঃ অ্যামিনো অ্যাসিডের একটি সংক্ষিপ্ত ক্রম যেখানে কমপক্ষে একটি অ্যামিনো অ্যাসিড সংরক্ষিত থাকে। এর মধ্যে রয়েছে অনুবাদ-পরবর্তী সংশোধন সাইট, সংরক্ষিত সাইট, বাঁধাই সাইট এবং সক্রিয় সাইট। অ্যাক্সেস ডাটাবেস একটি ওয়েব সার্ভারের মাধ্যমে পাঠ্য-এবং ক্রম-ভিত্তিক অনুসন্ধানের জন্য এবং বেনামী এফটিপি-র মাধ্যমে ডাউনলোডের জন্য উপলব্ধ। অন্যান্য ই. বি. আই ডাটাবেসের মতো, এটি পাবলিক ডোমেইনে রয়েছে, কারণ এর বিষয়বস্তু "যে কোনও ব্যক্তি এবং যে কোনও উদ্দেশ্যে" ব্যবহার করা যেতে পারে। ইন্টারপ্রোর লক্ষ্য হল প্রতি 8 সপ্তাহে জনসাধারণের কাছে তথ্য প্রকাশ করা, সাধারণত একই প্রোটিনের ইউনিপ্রোটকেবি প্রকাশের এক দিনের মধ্যে। ইন্টারপ্রো অ্যাপ্লিকেশন প্রোগ্রামিং ইন্টারফেস (এপিআই) ইন্টারপ্রো সমস্ত ইন্টারপ্রো এন্ট্রি এবং জেসন ফর্ম্যাটে তাদের সম্পর্কিত এন্ট্রিগুলিতে প্রোগ্রাম্যাটিক অ্যাক্সেসের জন্য একটি এপিআই সরবরাহ করে। বিভিন্ন ইন্টারপ্রো ডেটা প্রকারের সাথে সম্পর্কিত এপিআই-এর জন্য ছয়টি প্রধান শেষ বিন্দু রয়েছেঃ এন্ট্রি, প্রোটিন, স্ট্রাকচার, ট্যাক্সোনমি, প্রোটিওম এবং সেট। ইন্টারপ্রোস্ক্যান ইন্টারপ্রোস্ক্যান একটি সফ্টওয়্যার প্যাকেজ যা ব্যবহারকারীদের সদস্যদের ডাটাবেস স্বাক্ষরের বিরুদ্ধে ক্রমগুলি স্ক্যান করতে দেয়। ব্যবহারকারীরা এই স্বাক্ষর স্ক্যানিং সফ্টওয়্যারটি ব্যবহার করে কার্যকরীভাবে নতুন নিউক্লিওটাইড বা প্রোটিন সিকোয়েন্সগুলি চিহ্নিত করতে পারেন। আগ্রহের জিনোমের "ফার্স্ট-পাস" বৈশিষ্ট্য অর্জনের জন্য জিনোম প্রকল্পগুলিতে ইন্টারপ্রোস্ক্যান প্রায়শই ব্যবহৃত হয়। ইন্টারপ্রোস্ক্যানের সর্বজনীন সংস্করণে (v5. x) একটি জাভা-ভিত্তিক স্থাপত্য ব্যবহার করা হয়েছে। সফ্টওয়্যার প্যাকেজটি বর্তমানে শুধুমাত্র একটি 64-বিট লিনাক্স অপারেটিং সিস্টেমে সমর্থিত। ইন্টারপ্রোস্ক্যান, অন্যান্য অনেক ই. এম. বি. এল-ই. বি. আই বায়োইনফরমেটিক্স সরঞ্জামের সাথে, আর. ই. এস. টি. ফুল এবং এস. ও. এ. পি ওয়েব সার্ভিসেস এপিআই ব্যবহার করে প্রোগ্রামগতভাবে অ্যাক্সেস করা যেতে পারে। আরও দেখুন প্রোটিন পরিবার অজানা ফাংশনের ডোমেন ক্রম মোটিফ রেফারেন্স বাহ্যিক লিঙ্ক-ওয়েব সার্ভার জৈবিক ডাটাবেস প্রোটিন শ্রেণিবিন্যাস কেমব্রিজশায়ার দক্ষিণ কেমব্রিজশায়ার জেলায় বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি