構造ゲノム科学とは？
構造ゲノム科学は、与えられたゲノムがコードするすべてのタンパク質の3次元構造を記述することを目指す。このゲノムベースのアプローチにより、実験とモデリングの組み合わせによるハイスループットな構造決定法が可能になる。構造ゲノミクスと従来の構造予測の主な違いは、構造ゲノミクスでは、ある特定のタンパク質に焦点を当てるのではなく、ゲノムにコードされたすべてのタンパク質の構造を決定しようとする点なのだ。特に、大量のゲノム配列とこれまでに解明されたタンパク質の構造が利用できるため、これまでに解明されたホモログの構造に基づいてタンパク質の構造をモデル化することができる。

タンパク質の構造はタンパク質の機能と密接に関連しているため、構造ゲノム科学はタンパク質の機能に関する知識を提供する可能性があるのだ。タンパク質の機能を解明するだけでなく、構造ゲノム科学は、新規のタンパク質フォールドや創薬のターゲットとなりうるタンパク質を同定するのにも利用できる。構造ゲノム科学では、ゲノム配列を用いた実験的手法や、構造既知のタンパク質との配列や構造の相同性に基づくモデリングベースのアプローチ、あるいは構造既知のタンパク質と相同性のないタンパク質に対する化学・物理原理に基づくアプローチなど、多数のアプローチで構造を決定する。

従来の構造生物学とは異なり、構造ゲノミクスによるタンパク質の構造決定は、タンパク質の機能が明らかになる前に行われることが多い（必ずしもそうではない）。このため、構造バイオインフォマティクスでは、タンパク質の3次元構造から機能を決定するという新たな課題が発生する。

構造ゲノミクスは、タンパク質の構造をハイスループットで決定することに重点を置いているのだ。これは、構造ゲノミクスの専門センターで行われます。

構造生物学者が個々のタンパク質やタンパク質群の構造を追求するのに対し、構造ゲノム学の専門家はゲノム全体のタンパク質の構造を追求するのだ。そのため、大規模なクローニング、発現、精製が必要となる。このアプローチの主な利点は、規模の経済性なのだ。しかし、その一方で、得られた構造体の科学的価値が疑問視されることもある。2006年1月のScience誌に、この構造ゲノム科学分野の分析が掲載されている。

タンパク質構造イニシアチブのような構造ゲノミクスの利点は、科学界が新しい構造、およびクローンやタンパク質などの試薬にすぐにアクセスできることなのだ。しかし、これらの構造の多くは機能未知のタンパク質であり、対応する出版物がないことが欠点なのだ。そのため、この構造情報をより広い研究コミュニティに伝えるための新しい方法が必要なのだ。構造ゲノム研究センター（JCSG）のバイオインフォマティクスコアは、高スループット構造ゲノム研究センターから生まれたタンパク質構造を注釈するために、WikiベースのアプローチであるOpen protein structure annotation network（TOPSAN）を最近開発したのだ。