この『ドンキーコング・カントリー2』の記事を踏まえて、筋書きの悪役は誰で、物語の舞台はどこなのか。
ドンキーコング・カントリーの後、ビーチでくつろいでいたドンキーコングは、クレムリングの待ち伏せにあう。彼は誘拐され、Kaptain K. Rool（このゲームではKing K. Roolの呼び名）に連れて行かれる。彼は前作で盗もうとして失敗したBanana Hoardをコングたちから身代金として要求する。ディディーコングとディクシーは、ドンキーコングを助けるため、クレムリングの故郷であるクロコダイル島へ行くことを決意する。一緒にクロコダイル島を旅し、様々な動物たちに助けられながら、キャプテン・K・ルールを倒していきます。ディディーとディクシーはK.ルールに勝利し、ドンキーコングを救出する。しかし、K.Roolは逃げ出し、その直後、DiddyとDixieはCrocodile Isleの中心部にある間欠泉を利用した秘密のエリア「Lost World」で対決する。再びK.Roolを倒したが、K.Roolは間欠泉に投げ込まれ、詰まり爆発してしまう。この爆発でクロコダイル島は沈没し、コングたちはK.ルールが小さなヨットに乗って逃げるのを見送る。
キャプテン・K・ルールは悪役で、ドンキーコングを誘拐する。物語の舞台はクレムリングの故郷であるクロコダイルアイルなのだ。