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翻訳開始のゲノムワイド同定と差異解析
翻訳は、主として開始段階で調節される。翻訳開始（TI）配列決定（TI-seq）技法の開発によって、TIのグローバルマッピングが可能となり、後生動物において予期しなかった複雑な翻訳ランドスケープが明らかにされた。TI-seqは広く採用されているにも関わらず、TI-seqデータの分析に現在利用可能な計算ツールはない。このギャップを埋めるため、我々は、TI-seqデータからTIを検出し、条件間で定量的に比較することを可能にする、Ribo-TISHと名付けられた包括的ツールキットを開発する。Ribo-TISHは、通常のリボソームプロファイリング（rRibo-seq）データからも新しいオープンリーディングフレーム（ORF）を予測し、計算効率と予測精度の両方において、いくつかの確立された方法よりも優れている。公開されているTI-seq/rRibo-seqデータセットに適用したところ、Ribo-TISHは、アミノ酸欠乏時のミトコンドリア翻訳亢進の新しいシグネチャを明らかにし、5'UTR、長鎖非コーディングRNA、およびイントロンの新しいORFを予測する。これらの成功した応用例は、TI-seq/rRibo-seqデータからの生物学的知見の抽出におけるRibo-TISHの威力を示す。