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原子位置の平均二乗偏差
原子位置の平均二乗偏差（げんしいちのへいきんにじょうへんさ、英語: root-mean-square deviation of atomic positions）とは、タンパク質あるいはその他の分子の構造同士の平均二乗偏差であり、バイオインフォマティクスにおいてこれらの類似性を示す指標である。単に平均二乗偏差 、英語の略記でRMSDとも。