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アクリジンオレンジ
アクリジンオレンジ (Acridine orange) は、細胞周期の決定に有用なカチオン特性を備えた核酸選択的蛍光色素として機能する有機化合物である。アクリジンオレンジは細胞浸透性であるため、インターカレーションによって DNA と相互作用するか、静電引力を介してRNAと相互作用をする。DNAに結合すると、アクリジンオレンジはフルオレセインとして知られる有機化合物とスペクトル的に非常に似ている。アクリジンオレンジとフルオレセインは、502nm と525nm (緑) で最大励起を示す。アクリジンオレンジがRNAと結合すると、蛍光色素は525 nm（緑）から460 nm (青) への最大励起シフトをする。最大励起のシフトにより、650nm (赤) の最大発光も生成される。アクリジンオレンジは低 pH環境に耐えることが可能で、リソソームやアポトーシス細胞の食作用の生成物の生成に不可欠な膜結合細胞小器官であるファゴリソソームなどの酸性オルガネラに蛍光色素を浸透させることができる。アクリジンオレンジは、落射蛍光顕微鏡およびフローサイトメトリーで使用される。酸性オルガネラの細胞膜に浸透する能力とアクリジンオレンジのカチオン特性により、色素はさまざまな種類の細胞 (つまり、細菌細胞と白血球) を区別することができる。最大励起波長と発光波長のシフトは、細胞が染色される波長を予測するための基礎を提供する。 