Ágreiningur var á milli stjórnvalda og Samgöngustofu um hvernig haga bæri fjárhagslegu eftirliti með WOW air. Þetta kemur fram í skýrslu Ríkisendurskoðunar um fall WOW, en þar kemur fram að Stjórnvöld hafi ekki borið traust til Samgöngustofu til að sinna þessu eftirliti.
Í skýrslunni segir beinlínis að stjórnvöld hafi efast um getu Samgöngustofu til að sinna fjárhagseftirliti með flugrekendum. Vísað er í minnisblað samgönguráðherra þar sem segir að jafnvel þótt Samgöngustofa nyti aðstoðar endurskoðanda, þá virtist stofnunin ekki hafa þekkingu til að vinna úr þeim upplýsingum sem þaðan kæmu.
Í byrjun september 2018 bauð ráðuneytið fram aðstoð Fjármálaeftirlitsins til að styrkja getu Samgöngustofu til að sinna hlutverki sínu. Því boði var hafnað og telur Ríkisendurskoðun ástæðu til að kanna hvers vegna það var gert. Ráðuneytið gerði líka athugasemdir við hversu langt var í næsta fund Samgöngustofu með forsvarsmönnum WOW.
Það var svo 7. september 2018 að samgönguráðuneytið sendir Samgöngustofu skýr fyrirmæli um að gera ítarlegt mat á fjárhagsstöðu WOW. Í bréfi ráðuneytisis kemur fram að ráðuneytið hafi ítrekað kallað eftir því að stofnunin brygðist við sjónarmiðum og afstöðu ráðuneytisins án þess að við því hafi verið orðið.
Það liðu tvær vikur þangað til Samgöngustofa varð við beiðni ráðuneytisins en í millitíðinni sendir Samgöngustofa ráðuneytinu bréf þar sem fram kom að stofnunin ynni þá þegar að ítarlegu fjárhagsmati. Ríkisendurskoðun segir að ekki verið annað séð en að þarna hafi Samgöngustofa veitt ráðuneytinu misvísandi upplýsingar.
Í skýrslunni segir orðrétt: Það er alvarlegt að uppi hafi verið ágreiningur milli samgöngu- og sveitarstjórnarráðuneytis og Samgöngustofu um hvernig bæri að haga eftirliti með svo þjóðhagslega mikilvægu fyrirtæki á viðsjárverðum tímum í rekstri þess. Tilvitnun lýkur.
Stjórnvöld treystu ekki Samgöngustofu til að hafa eftirlit með fjárhagsstöðu WOW air. Þetta má lesa úr skýrslu Ríkisendurskoðunar um fall félagsins. Þá greindi stjórnvöld á við stofnunina um hvernig bæri að haga eftirlitinu