Mikið af mjólkursykri rennur enn í Lagarfljót frá starfsstöð MS á Egilsstöðum. Heilbrigðiseftirlit Austurlands hefur í mörg ár beint því til fyrirtækisins að bæta hreinsun á fráveitu.
Hjá MS á Egilsstöðum er framleitt mikið af osti sem aðallega er seldur til pizzugerðar. Aðeins um 10% mjólkurinnar fer í ostinn en hitt rennur frá sem mysa. Lengi vel fór hún lítt hreinsuð í Lagarfljót og enduðu fita, prótín og mjólkursykur í fljótinu. Ekki er langt síðan bæði fita og og mjólkursykur mældust langt yfir starfsleyfismörkum og gerði fyrirtækið úrbætur til að ná fitunni úr frárennslinu en mjólkursykurinn rennur enn út í náttúruna.
Lengi hefur staðið til hjá MS að safna saman 54 milljónum lítra af mysu frá starfsstöðvum sínum og framleiða meðal annars úr henni hreinan vínanda á Sauðárkróki. Ekkert hefur enn orðið af þessu og hefur heilbrigðiseftirlit Austurlands enn og aftur krafið fyrirtækið um að ljúka úrbótum. Fyrirtækinu verður gert að taka sýni úr fráveitunni í byrjun sumars. Í samtali við Austurfrétt segir rekstrarstjóri hjá MS að ekki hafi verið hægt að opna verksmiðjuna á Sauðárkróki vegna tafa sem meðal annars megi rekja til Covid. Vonir standi til að starfsemin fari í gang síðla árs.

Mjólkursykur og önnur lífræn efni streyma enn frá starfsstöðvum MS út í náttúruna þrátt fyrir loforð fyrirtækisins um að hreinsa fráveituna betur. Fyrirtækinu hefur enn ekki tekist að opna verksmiðju á Sauðárkróki þar sem til stendur að vinna vínanda úr mjólkursykri. 