Náttúruverndarsamtök Austurlands vilja að fyrirhuguð Hamarsvirkjun fari í verndarflokk en ekki biðflokk líkt og verkefnastjórn um rammaáætlun leggur til. Virkjunin muni spilla ósnortnu Hraunasvæði og fögrum fossaröðum í Hamarsá.
Möguleg Hamarsvirkjun á Austurlandi hefði mest náttúruspjöll í för með sér af öllum þeim áformum um vatnsaflsvirkjanir sem eru til skoðunar í fjórða áfanga rammaáætlunar. Hún gæti hins vegar bætt úr orkuskorti og skapað sveitarfélaginu Múlaþingi talsverðar tekjur.
Fyrirtækið Arctic Hydro á rannsóknarleyfið fyrir Hamarsvirkjun sem yrði 60 megavött. Um þriggja kílómetra löng stífla yrði reist við Hamarsvatn og því breytt í miðlunarlón en við það myndi vatnið stækka úr um einum ferkílómetra í þrjá. Yfirfallsvatn úr lóninu myndi renna um farveg Hamarsár niður í inntakslón. Þaðan færi vatnið um aðrennslisgöng og yrði veitt inn í stöðvarhús neðanjarðar. Þangað myndi einnig renna vatn úr Morsá og Ytri-Þrándará. Ofar yrði svo hluta af Leirdalsá veitt í Þrándará með kílómetra löngum skurði.
Helstu umhverfisáhrif virkjunarinnar yrðu á marga fossa í Hamarsá. Fossar frá Hamarsvatni að inntakslóni yrðu vatnslitlir og rennsli um þá stýrt og nánast ekkert vatn í fossum frá inntakslóni að frárennslisgöngum þar sem vatnið rennur aftur í Hamarsá.
Hamarsvirkjun er til umfjöllunar í 4. áfanga rammaáætlunar. Í skýrslu starfshóps er lagt til að virkjanakosturinn verði ekki nýttur að svo stöddu, heldur fari í biðflokk. Náttúruverndarsamtök Austurlands hafa lagst gegn virkjuninni og vilja að hún vari í verndarflokk, enda myndi hún spilla hinu ósnortna Hraunasvæði og fögrum fossum í Hamarsá. Í skýrslu verkefnastjórnar eru svæðum gefin stig fyrir náttúruverðmæti og fær áhrifasvæði Hamarsvirkjunar langhæstu einkunnina af þeim vatnsaflsvirkjunum sem eru til skoðunar. Í skýrslunni fá ferðasvæðin Hraun og Djúpivogur hæstu einkunn fyrir fegurð eða 10, en einkunnum myndi lækka niður í 3 vegna áhrifa virkjunarinnar á Hraunasvæðið og fossa. Virkjunin væri verulegt inngrip í lítt snortið víðerni sem er eitt af fáum slíkum á Austurlandi.
Á hinn bóginn gæti Hamarsvirkjun bætt raforkuöryggi og framboð á Austurlandi. Þá myndi hún skapa sveitarfélaginu Múlaþingi talsverðar tekjur í formi fasteignaskatta og nýir vegir vegna framkvæmdanna myndu auka aðgengi að hálendinu.

Náttúruverndarsamtök Austurlands vilja að fyrirhuguð Hamarsvirkjun fari í verndarflokk en ekki biðflokk. Virkjunin muni spilla ósnortnu Hraunasvæði og fögrum fossaröðum.