본 발명은, (a) 임상적 추적 데이타로 주석을 단 다수의 조직 샘플을 포함하는 조직 은행으로부터 조직 마이크로어레이를 구축하는 단계; (b) 종양유전자 또는 잠재적인 앰플리콘으로 알려진 암 연관된 유전자에 대해 특이적인 폴리핵산 프로브를 표지하는 단계; (c) 조직 마이크로어레이에 대해 형광동소혼성화 분석을 수행하는 단계; 및 (d) 형광동소혼성화의 결과를 임상적 추적 데이타와 상호 연관시키는 단계를 포함하는, 특정 암에 대한 효능을 예견하는데 유용한 마커를 스크리닝하는 방법을 제공한다. 본 개시내용은 또한 본원에 개시된 유전자 중 하나 이상의 증폭에 대해 유방암 환자를 스크리닝하고, 이들 유전자 중 하나 이상의 증폭이 있는 환자를 치료 유효량의 HER2 신호전달을 방해하는 화합물로 치료하는 것을 포함하는, 유방암의 치료 방법을 제공한다.
The present invention provides a method of screening for markers useful in predicting the efficacy of a specified cancer that includes: (a) constructing a tissue microarray from a tissue bank comprising multiple tissue samples that are annotated with clinical follow up data; (b) labeling polynucleic acid probes specific for oncogenes or cancer associated genes known to be potential amplicons; (c) performing fluorescent in situ hybridization analysis on the tissue microarray; and (d) correlating the result of the fluorescent in situ hybridization with the clinical follow up data. The present disclosure also provides methods of treating breast cancer that include screening a breast cancer patient for amplification of one or more of the genes disclosed herein, and treating a patient having amplification of one or more of these genes with a therapeutically effective amount of a compound that interferes with HER2 signaling.