两控区的控制目标为：到２０００年，排放二氧化硫的工业污染源达标排放，并实行二氧化硫排放总量控制；有关直辖市、省会城市、经济特区城市、沿海开放城市及重点旅游城市环境空气中的二氧化硫浓度达到国家环境质量标准，酸雨控制区酸雨恶化的趋势得到缓解。
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