传统的病毒分离法的缺点有：检测需要的时间较长，在很多情况下只能做出回顾性诊断；耗费人力、物力较多，细胞培养技术上的要求比较严格；有不少病毒至今无法培养分离或培养分离十分困难，例如乙肝、丙肝病毒、某些型的肠道病毒、小DNA病毒等。
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