人和动物的卡氏肺孢子虫感染率很高，但通常仅少数虫体寄生于肺泡内（隐性感染），如遇到虚弱乳幼儿、未成熟儿、先天性免疫缺陷及用免疫抑制剂治疗的白血病等免疫功能低下、尤其是T淋巴细胞功能缺陷的病儿，可引起本病。
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