由于一些致病菌，如肺炎链球菌和流感嗜血杆菌可以是正常口腔菌群的一部分，从痰标本分离出的病原菌不一定是致病的原因；而且非典型病原中如肺炎支原体、肺炎衣原体以及厌氧菌，常规痰培养难以获得阳性结果，因而痰培养的结果也只能作为临床治疗的参考。
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