1892年生于熊本县。曾任关东军参谋,策划绥远事件。后直接参与侵华战争,将战火从华北扩大至华中。攻陷南京时,任华中派遣军副参谋长,松井石根的帮手,负责侵华日军在南京地区的宿营安排。武藤宣布日军可以在南京随意宿营。这一命令直接导致了南京大屠杀惨案。1938年7月武藤任华北方面军副参谋长,指挥日军对晋察冀边区的“扫荡”。武藤章还积极推动对美开战。1942年,武藤任菲律宾方面军参谋长,大量屠杀东南亚平民和盟军战俘,参与制造“马尼拉大屠杀”,造成约10万菲律宾平民死亡。
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