虽然肃政厅的设立及运行方式受到一些人的批评,但平心而论,肃政厅在整肃官纪方面也做了一些工作,“自经成立,所上纠弹之案已不下数百余起,动辄牵连数十人,而其中居显要者颇众。”如因海军学生案曾涉及海军部总长,因各地方案件也有牵连至将军、巡按使者,而使“身居显要者人人自危”。
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