科学家感兴趣的另一个方面是甜瓜果实的成熟，这一过程决定了果实的口味和香味等特性。研究人员鉴定了与甜瓜果实成熟相关的89个基因，其中26个基因与类胡萝卜素累积有关（类胡萝卜素决定了甜瓜果肉的颜色），另外63个基因与甜瓜的糖分累积和口味有关，而这63个基因中有21个是未被报道过的新基因。  　　粮食和农业研究与技术研究所（IRTA）的研究者Jordi Garcia Mas指出：“得到甜瓜基因组和农业价值相关基因能帮助人们改良甜瓜品种，得到更多口味更佳的抗病甜瓜品种。”  　　甜瓜与黄瓜、西瓜和南瓜同属于葫芦科。葫芦科植物都具有相对较小的基因组。这些物种都具有很高的经济价值，尤其是在地中海、亚洲和非洲国家。而影响它们的疾病，如黄瓜中的花叶病毒或者真菌会造成很大的经济损失。因此，Pere Puigdomènech说到：“我们希望我们的测序研究能对作物改良产生重要的影响。”
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