正常菌群对肠黏液的正常发育有显著影响；同时参与食物的消化和吸收过程，双歧杆菌能分泌各种酶，将不溶性蛋白、脂肪和糖变为可溶性，以利新陈代谢；双歧杆菌促进铁、钙和维生素D吸收，防止佝偻病；双歧杆菌和大肠杆菌还可合成B族和K族维生素；正常菌群不仅是抗原，而且具有调节产生抗体的B细胞和T辅助细胞、巨噬细胞和肥大细胞的功能，产生特异和非特异性免疫功能，对侵入肠道的致病菌有一定的拮抗作用；当然在人体抵抗力下降或消化道功能紊乱时，菌群中许多致病菌大量繁殖进入小肠、胃或者肠管以外脏器，发生内源性感染。
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