新中国成立后，中央博物院于1950年正式改为南京博物院，曾昭被任命为副院长，1955年升任院长。曾昭很看重实际工作，不管是藏品的编排整理还是陈列展览，她都以身作则地做好每一份细微的程序。在保管部的藏品整理方面，如何对文物进行鉴别、分类、登记、编卡，甚至包扎装箱等一系列琐碎具体的工作，曾昭都亲自动手，她认为这是博物馆工作必须掌握的基础；对于每一份藏品的来源、大小尺寸的测算、器物描写、时代鉴定，她都要求准确、详细地写在文物藏品登记卡上，并示范给年轻的同事们看，至今南博还存有她用娟秀工整的蝇头小楷写下的藏品目录；至于陈列展览方面，从设计大纲、选择藏品、编排辅助材料，到提取文物、写文字说明以及现场布置等每一道工作程序，曾昭都亲自审查，与同事们商量、斟酌再三，甚至每每面对陈列展览的文字说明都要诵读出声，力求文字既要简明扼要，又要通俗易懂，以便让不同文化层次的观众所接受。展览摆出大样后，先做预展，请专家来审查，并广泛征求各方意见，尽量做到科学和完美。
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