Bên cạnh đó, Luật cũng quy định việc quyết toán nguyên phụ liệu được thực hiện theo nguyên tắc nhập- xuất- tồn, cơ quan Hải quan thực hiện quản lý dựa trên nguyên tắc quản lý rủi ro (tương tự như cơ quan thuế nội địa đang thực hiện quyết toán thuế). Đồng thời sẽ tăng cường quản lý, kiểm soát hải quan thông qua các công việc như kiểm tra cơ sở sản xuất, năng lực sản xuất, tình hình sử dụng nguyên vật liệu, kiểm tra hàng tồn kho.