Nguyên nhân gây ra bệnh sùi mào gà ở trẻ nhỏ là do tiếp xúc trực tiếp với vi rút. Trẻ nhỏ có thể đi chít hẹp bao quy đầu do dùng chung dụng cụ không được vô khuẩn. Hoặc có thể lây từ bố mẹ bị mắc nhưng sinh hoạt không biết các bảo vệ cho con.