Bộ GD-ĐT cho rằng trong quá trình triển khai tự chủ ĐH cho thấy các quy định về tài chính trong GDĐH còn chưa phù hợp. Do đó, dự thảo Luật sửa đổi, bổ sung cũng quy định nhiều vấn đề theo hướng giao quyền chủ động hơn cho các trường. Dự thảo đề xuất các vấn đề về cơ cấu tổ chức của ĐH và các phương án công nhận hiệu trưởng và các phó hiệu trưởng.