Cơ quan cấp Giấy chứng nhận đầu tư kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ đăng ký đầu tư, hồ sơ đăng ký kinh doanh (nếu thành lập dồng dâm doanh nghiệp), và căn cứ vào lĩnh vực, địa bàn ưu đãi đầu tư mà dự án đáp ứng để ghi ưu đãi đầu tư vào Giấy chứng nhận đầu tư theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp, pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và pháp luật về đất đai hiện hành.