Nếu chủ quan với bệnh sùi mào gà, khi để lâu sẽ càng khó hỗ trợ điều trị bệnh và làm ảnh hưởng nghiêm trọng đến sức khỏe của người bệnh như: ung thư cổ tử cung, viêm tắc đường sinh nở do mô bị phá hủy, vô sinh – hiếm muộn ở nữ giới. Phụ nữ mang thai mắc bệnh sẽ lây truyền cho con, dễ bị sảy thai, sinh non, em bé sinh ra bị dị tật bẩm sinh,… Đối với nam giới, bệnh có thể biến chứng gây viêm tinh hoàn, ung thư dương vật,…thậm chí đe dọa đến tính mạng.