Trong bốn trăm năm tiếp theo, diễn ra sự hình thành của các tông phái Tây Tạng, do chính những người Tây Tạng thành lập và có sự điều chỉnh thích hợp theo với những điều kiện tinh thần và xã hội của Tây Tạng. Mỗi người trong số họ đều xuất sắc về một trong những yếu tố đã góp phần tạo nên đời sống tâm linh của Phật giáo. Các tông phái khác nhau về lối tổ chức tự viện, về y phục, về các vị thần bảo hộ, cách giải thích về Bản sơ Phật,1 về phương pháp thiền định mà họ chọn .v.v… Nhưng họ tác động lẫn nhau, và đã có rất nhiều sự vay mượn lẫn nhau.