Sự kiện thứ ba xẩy ra vào tháng 3 năm Mậu Thìn (1328). Bấy giờ, Đỗ Khắc Chung đã được phong tới hàm Thiếu Bảo, được giao trách nhiệm xét xử trọng án. Bị cáo của vụ án này lại chính là Trần Quốc Chẩn (con của Hưng Đạo Vương Trần Quốc Tuấn, thân sinh của Hoàng Hậu vua Trần Minh Tông). Đây là một vụ vu oan, nhưng Đỗ Khắc Chung xét án không kĩ, khiến Trần Quốc Chẩn bị chết oan. Việc này khiến ông bị nhiều người cho là kém cỏi.