Phương pháp nội khoa sẽ được áp dụng đối với những người bị bệnh mụn rộp sinh dục ở giai đoạn đầu. Tùy theo mức độ bệnh của bệnh nhân mà bác sĩ sẽ kê thuốc kháng sinh phù hợp. Các loại thuốc sẽ thẩm thấu trực tiếp vào máu, tiêu viêm, chống nhiễm trùng, ngăn ngừa bệnh tái phát.