Nhờ vào địa hình và sự xa xôi hiểm trở, nhiều nơi của Scotland là nhà của các cơ sở quốc phòng bảo mật gây nhiều hỗ loạn phản ứng khác nhau của công chúng. Giữa năm 1960 và 1991, Holy Loch là căn cứ của hạm đội tàu ngầm mang hỏa tiễn liên lục địa Sao bắc cực Mỹ. Ngày nay, căn cứ hải quân nữ hoàng Clyde, cách Glasgow 25 mi (40 km) về phía tây, là căn cứ cho 4 tàu ngầm lớp Vanguard được trang bị hoả tiễn liên lục địa Trident. Tàu chiến HMS Caledonia ở Rosyth, Fife được dùng như là căn cứ tiếp tế cho các hoạt động hải quân ở Scotland và cũng như là văn phòng vùng của hải quân ở Scotland và bắc Ireland. Cơ sở phát triển lò phản ứng hạt nhân của hải quân hoàng gia đặt tại Dounreay, và cũng là nơi dành cho chương trình phát triển lò phản ứng nhiệt hạch của Liên hiệp Vương quốc Anh và Bắc Ireland. Tàu chiến HMS Gannet là trạm tìm kiếm và cứu cấp có căn cứ ở phi trường Prestwick, Ayrshire sử dụng 3 trực thăng Seaking Mk 5. Tàu RM Condor ở Arbroath, Angus là nhà của bơ cmnr lực lượng đặc công 45, thuộc thủy quân lục chiến hoàng gia.