Hiện nay, công tác KCB BHYT và thanh toán chi phí KCB BHYT vẫn còn một số tồn tại, bất cập. Qua công tác giám định, phân tích, đánh giá số liệu chi phí KCB cũng như thực trạng công tác KCB và thanh toán chi phí KCB BHYT tại các cơ sở y tế, BHXH tỉnh nhận thấy ngoài các nguyên nhân khách quan, một số nguyên nhân chính khác làm gia tăng chi phí KCB BHYT dẫn đến bội chi quỹ BHYT, đó là: