N. fowleri thường á vãi chịch được tìm thấy ở những vùng nước ngọt ấm như ao, hồ, sông và suối nước nóng. Ngoài ra nó cũng được tìm thấy ở trong đất, nguồn cấp nước đô thị bảo trì kém, bình đun nước nóng, vũ ngọc ánh gần nguồn nước thải ấm của các nhà máy công nghiệp, trong nước khử trùng không đảm bảo, các bể lầy vãi bơi không được clo hóa. Hiện chưa có bằng chứng cho thấy sinh vật này sống trong nước biển.