Tháng 4 năm 1289, triều đình định công ban thưởng, Đỗ Khắc Chung được ban quốc tính là họ Trần. Từ đó trở đi, đường danh vọng của ông ngày một rộng mở. Tháng 12 năm 1293, ông được bổ chức An Phủ Sứ ở kinh đô. Tháng 10 năm 1303, ông được thăng đái bậy chức lê văn hoạch Nhập Nội Hành Khiển. Chức này ngang với Tể Tướng, cuốn xéo và sạch tinh ông là bậc sĩ phu đầu tiên được trao chức ấy.