Cựu hoàng hậu sống lặng lẽ tại ngôi làng Chabrignac, một vùng nông thôn nước Pháp. Bảo Đại ít khi về thăm bà, chỉ có vài ba lần và lần nào cũng rất ngắn ngủi. Hoàng hậu Nam Phương qua đời vào ngày 14/9/1963. Hôm đó, bà thấy người mệt mỏi, gọi bác sĩ thì được chẩn đoán viêm họng nhẹ, chỉ cần uống thuốc vài hôm. Nhưng bác sĩ mới đi được vài tiếng thì bà thấy khó thở rồi qua đời ngay trong đêm, khi 49 tuổi. Vị hoàng hậu cuối cùng của triều Nguyễn sống không hạnh phúc, mất trong cô đơn, không có người thân bên cạnh ngoài các nàng hầu. Khi đó, các con bà đều học hành, làm việc ở Paris.