Bệnh Chlamydia có xu hướng mạn tính và có quá trình tái phát nếu không được điều trị. Tính chất mạn tính của sự nhiễm trùng cho thấy sự đáp ứng miễn dịch không hiệu quả, nhưng thông thường người bệnh có thể hạn chế hoặc khu trú chứng bệnh mà không phát sinh di chứng nghiêm trọng. Kháng thể trung hòa kết hợp với kháng nguyên vỏ của Chlamydia ngăn cản sự lan tràn nhiễm trùng Chlamydia đến những tế bào nhạy cảm nhưng không làm bất hoạt Chlamydia nằm bên trong tế bào. Người bị nhiễm trùng tiềm tàng tương đối miễn dịch với sự tái nhiễm nhưng có thể tiếp tục phóng thích vi khuẩn và tạo nên người lành mang trùng.