員貝嶼相關地理位置在白沙鄉岐頭村東方、鳥嶼西南方，鄰近澎澎灘，從岐頭港搭船約10分鐘可達。因為形狀像螺貝覆蓋於水面而得名，景觀相當優美且特殊。員貝嶼的島中央有一開口向西的窪地，將小島分為南北兩區，島的南邊因受侵蝕、搬運、沈積作用影響，形成向南突出的小半島地形，在半島的尾端則連接則與南方的草嶼相連。在島的北方、東方則是壯麗的玄武岩海蝕地形。
員貝嶼西北至東北岸的海崖及海蝕平台附近，有各種型態的玄武岩柱狀節理，或傾斜、或倒臥、或彎曲，受到海浪的沖激造型多樣且特別。北邊海岸玄武岩柱狀節理發達，以當地人所稱之石筆、石硯、無字天書和石墨最著名；北岸有一獨立之傾斜狀柱狀玄武岩塊，狀似硯台而被稱為「石硯」，在其東方有獨立海蝕柱高約6公尺，狀似倒插的毛筆而被稱為「石筆」，自二者之間尚有一小片的潔白沙灘，狀似白紙而被稱為「無字天書」，而黝黑的玄武岩則被稱為「石墨」，這各式不同的地質景觀，在當地居民的想像空間裡，「筆、墨、紙、硯」文房四寶一應俱全。東北側的海崖上，有一彎曲的柱狀玄武岩，並形成上窄下寬有著許多摺痕，從海上望去仿若「百褶裙」一般，是澎湖最早著名的玄武岩自然景觀，也是古代火山熔岩活動的地質歷史見證。南側海崖擁有高聳入雲的玄武岩柱狀節理，其下更有潔白的沙灘，黑與白的世界有完美的詮釋。
島的中央窪地及斜坡是由玄武岩的風化土壤所覆蓋，有菜宅櫛比鱗次組合而成，專門種植像南瓜、花生等蔬果。菜宅由珊瑚礁石所圍築建成，牆上有礁石堆砌形成的縫隙，可以讓空氣流通，在強勁的東北季風中，不必承受巨大的風壓，更可以阻絕鹹水煙對農作物的危害，因此北牆較高約160到250公分，東、西牆約150到180公分，南牆最低約100公分以下。聚落位於島嶼南方的避風處，居民的信仰中心是主祀哪吒太子的龍興宮，員貝國小也因學生驟減，已於1995年奉令廢校。
湖西鄉沙港至員貝嶼之間，有一早期先民對外交通步道，大退潮時海床會顯露出來，形成由石板、碎石以及珊瑚礁等組成的海上步道，長4.6公里，步程約2個小時，其中草嶼到石敢當一段，這段淺水步道擁有豐富的淺海生態，有段時間成為最熱門的潮間帶生態之旅，但因龐大的旅遊人潮踐踏，甚至有越野車在步道上奔馳，造成這段路線上的海洋生態大浩劫，在地方人士大力呼籲下，與海上交通的愈趨便利，終於使這段熱門路線得以冷卻，讓海洋生物得以喘息復育。同時這片海域，以往常有海豚在附近迴游，但由於魚群的減少，現在幾乎未曾發現牠們的蹤跡。
員貝嶼地勢之高，為澎湖東海諸島之最，登高遠眺視野遼闊，可將東海諸小島盡收眼底。如果想挑戰自己的腳力，可沿著最環保的環島步道繞島一周，沒有水泥道路或木板棧道，只用當地的玄武岩塊指引方向，沿途還設有三座木製涼亭，提供旅人歇腳，當到達南側進入村落的陡坡，俯瞰櫛比鱗次的紅瓦厝，兩側翠綠的銀合歡，湛藍的海景與藍天白雲，「紅瓦、綠樹、藍海」的畫面讓人驚呼連連！
澎湖，島嶼羅列，地形亦多方山。早期移民從海上遠望諸島，或名之為虎，例如虎井、虎頭山等。或為蛇，如蛇頭山、蛇山，蓋以其形相似也。
白沙鄉員貝村，1685年杜臻《澎湖台灣紀略》所提及的員貝嶼：「鎮海港、員背嶼，各有水源、漁寮。但水淺礁多，舟不易往，第於北山築墩探瞭而已！」1686年蔣毓英所著的《台灣府志》提及：「員背嶼，偽時居民甚眾，今止零落一、二家。在政權交替下，員貝居民或許被迫遷離自己安身立命之地。清代方志，員貝有稱之為灣貝、員貝、或員背者。《澎湖臺灣紀略》：灣貝嶼至媽宮水程二十三里，《臺灣府志》：曰錠鉤嶼（嶼產紫菜，澎民常往採焉）、曰雞腎嶼（形如雞腎，故名）、曰員背嶼，北之上流，曰鳥嶼（此嶼多鳥，因名） 。《澎湖廳志》：灣貝嶼（三十餘里，有民居，「府志」作員貝） ，《清一統志臺灣府》：......員背，府志作員貝，亦稱灣貝...... 。
員貝的地名，或稱灣貝、或稱員背。《澎湖地名之旅》以其形狀像一個「員形的貝」，「員」與「圓」諧音，因此古代人都將「圓」寫成「員」。總而言之，員貝地名的由來，就是一枚圓圓的貝殼。員貝或灣貝，真的是其外形如貝嗎而得名嗎？若是，那麼員被又該當何解？或許有人言蓋以音同字不同罷了！貝類，澎湖人習慣稱作「殼仔」，故有大殼、沙殼仔、厚殼仔，很少讀作「貝」的台語發音。若非以「貝」而得名，員貝、灣貝或員被當作何解？
島中央有個開口朝西的小窪地，將小島分為南北兩區。島的南部以受侵蝕、搬運和沈積的影響，形成一向南的小突出半島。在半島的末端，有一底棲砂嘴，退潮時露出水面，而與島南的草嶼相連。大退潮時，可順著露出海蝕平台上的岩礁，涉水走到對面的沙港村。在岩礁的右側有一溺谷的海底地形，每年冬季迴游到此的海豚，常沿著此溺谷迴游於沙港村與員貝村的附近海域。
員貝嶼位於白沙島東側海面，因島形狀似扇貝覆蓋水面而得名。島中央有一處開口朝西的小窪地，將島分為南北兩區。南部受侵蝕、搬運和沈積的影體，形成一向南的小突出半島，此半島的未端，有一處底棲砂嘴，退潮時露出水面可嶼草嶼相連，大退潮時，並可涉水走到對面的湖西鄉沙港村。全島由東北到西北岸的柱狀玄武岩非常發達，且變化多端，有傾斜狀，放射狀及倒臥狀等，其形成原因可能是由各種方向的熔岩流至此後，冷卻而成的。當地著名的「石筆」則位於西北海崖，為獨立的海蝕柱，高約6公尺；東側海崖有突出的岩塊，橫臥的柱狀玄武岩甚是壯觀，稱之為「石硯」。東北側的海崖，有一大片如同百褶裙的扇形的柱狀玄武岩，可能是岩漿於火山頸上方凝固時所形成的塔形柱狀節理。目前列為玄武岩預定保護區。
員背嶼：偽時居民甚衆，今止零落一、二家。
山以外，...、曰員背嶼。
員貝嶼：在廳治北水程二十三里。亦稱灣貝。