本願寺証如的長子、母為庭田重親之女．顯能尼、妻為三條公賴之女．如春尼；幼名茶茶、法名顯如、諱光佐，院號信樂院。
本願寺教派，係由親鸞上人所創建的淨土真宗的總本山，因其法門修行容易，且允許娶妻葷食，易為武將、商人、百姓所接受，教團之勢力發展迅速；本願寺總寺設於經濟、軍事要衝之大坂石山，因本願寺派與一向宗門徒關係密切，具有驅使各地一向宗門徒的影響力，且從將軍管領細川晴元攻打石山失利以後，本願寺派的軍力讓人印象深刻及恐懼，故有許多諸侯大名、公卿等紛紛與本願寺派維持良好關係。
顯如之妻為左大臣三條公賴之女，而武田信玄之妻亦為三條公賴之女，兩人具有姻親關係，經常互相協助及利用彼此的實力。顯如可資動員之武力足以與任何戰國大名相匹敵，可謂戰國時代最強大的宗教武裝力量。
顯如原本係與三好三人眾交好而擁護足利義榮的一派，但織田信長擁護足利義昭上京，以軍事實力掌握近畿地區實權，信長向本願寺要求捐款重建將軍所用的京都二條御所並退出石山，本願寺內部多有持反對之強硬意見者，顯如不願立刻與信長反目，乃捐獻五千貫作為資金，但並未從石山退去。隨著朝倉義景、淺井長政與信長展開激戰，將軍義昭與信長之關係也開始勢如水火，顯如感到時機成熟，趁信長進剿三好三人眾之際，顯如向所有門徒宣告：「信長乃佛敵」！石山本願寺的鐘聲自此敲響，結合各地一向宗勢力與信長對抗，顯如並與義昭聯繫，要求武田信玄上京，成立「第一次信長包圍網」，信玄組成三萬大軍西上，在「三方原會戰」擊敗信長的盟友德川家康，但信玄病逝，顯如立刻與信長談判休戰，義昭卻渾然未覺，繼續作戰，最後遭到放逐，義景、長政等人亦遭到信長擊敗而亡。
不久，越前發生一向一揆峰起的事件，顯如乃派遣七里賴周、下間賴照等人前往主持，以石山、長島、越前三處為犄角再次舉兵對抗織田信長，但遭到織田軍分別擊破，長島、越前都遭到信長殲滅，武田信玄之子武田勝賴又在「長篠之戰」被信長、德川家康聯合軍擊敗，顯如再度與信長議和。
逃往西國接受毛利輝元庇護的義昭，與顯如及上杉謙信聯繫，以毛利、上杉及本願寺派為主，組成「第二次信長包圍網」，顯如決定第三次舉兵，織田信長命明智光秀為主將率軍從三方面包圍石山，但遭到本願寺派逆襲一度落敗，信長親自披甲上陣，以三千兵馬於「天王寺會戰」突破本願寺的兵力封鎖，再次構築包圍攻勢。毛利家乃派遣由乃美宗勝等人率領的水軍支援本願寺，在「第一次木津川口之戰」擊敗織田水軍，順利運補彈藥、糧草，使本願寺得以繼續與織田軍進行膠著抗戰，然而，信長命九鬼嘉隆組成鐵甲船，在「第二次木津川口之戰」擊敗毛利水軍，本願寺派陷入斷糧危機，而作為靠山的謙信也在春日山城病逝，顯如認為繼續抵抗信長並無勝算，乃透過朝廷向信長第三次提議休戰，經信長同意後，顯如從石山退去前往紀伊隱居，將門主讓給長子本願寺教如，惟教如為強硬派，堅決不退，織田軍發動總攻擊佔據石山本願寺總寺，放火連燒三天三夜才將本願寺夷為平地。
顯如與織田信長進行長達十年之久的「石山會戰」，堪稱是信長生涯最難纏的對手，但雙方居然能三戰三和，也是信長生涯唯一僅見的特例，由此可以看出顯如高明的政治手腕。顯如後來與繼承信長霸業的豐臣秀吉和解，希望在京都復興本願寺，但尚未達成目的便於文祿元年（1592年）去世。
死後，長子本願寺教如與三子准如對於應由何人繼承第十二世門主發生內部爭執，最後，於慶長七年（1602年），由德川家康捐獻土地讓教如一派獨立，成立東本願寺，准如一派則為西本願寺，本願寺就此分裂迄今，在現在的京都併存著東西本願寺。