行政院環保署為落實「行政院環境保護署傾聽人民聲音推動實施計畫」，故辦理「99年下半年度環保共識會議計畫」。本計畫主要工作內容包括辦理「99年下半年度環保共識會議」與「環保共識會議檢討會議」。共識會議討論議題為「中部科學工業園區等環評審查案件，您是否贊成採行「『公眾參與，專家代理機制』審查制度」？」，藉由報名簡章、登報與網站等方式傳播會議訊息，參與報名成員共計97人，並由指導委員會篩選出25位共識成員。
四天會議於99年11月14日、21日、28日與12月5日四星期日辦理完成，共計21位成員全程參與。會議第一天主要提供成員建立背景知識，第二天進行成員與專家座談，拋出問題讓成員思考，並由成員提出問題，進行意見交流；下午則將討論議題分為(一)你是否贊成『公眾參與，專家代理制度』？專家會議在環評作業機制中是否需法制化？與(二)現行環評制度中，應如何強化專家會議制度？應如何健全公眾參與機制？兩項子議題進行分組討論。為利於形成初步共識結論，第三天，再於綜合討論中逐步進行達到初步共識，並於12月5日上午由發言人與成員一一確認並完成「99年下半年度環保共識會議結論報告」，當日下午進行結論發表。
共識會議結束後的一周內，召開檢討會議，邀請指導委員會、共識成員代表、環保署代表與工作小組，會議中針對「會議議題設定」、「會議議程安排」與「共識呈現方式」等提出建議，作為後續辦理會議之參考。