行政院農業委員會動植物防疫檢疫局（簡稱防檢局）指出，自本（99）年4月從雲林縣發現首例羊痘病例後，經採取發生場羊隻管制淘汰、疑似病例回溯清查、肉品市場暫停拍賣、本島羊隻全面疫苗注射及清潔消毒等措施，迄今控制16個縣市疫情確已獲得全面控制。至11月29日止，完成羊痘疫苗注射230,329頭次，注射率近100%，已逾3週未有新病例發生，顯示全面免疫並淘汰患羊之防疫策略確獲成效，並肯定產業團體及縣市動物防疫機關之聯合防疫與努力。
防檢局表示，依據各國防疫經驗顯示，落實疫苗注射確可有效控制羊痘發生，為維護羊痘防疫成果，該局除請各縣市政府依據其羊痘狀況，繼續推動其轄區羊痘疫苗免疫計畫外，並請產業團體輔導養羊業者配合落實疫苗注射工作。同時為降低以往病原透過肉品市場傳回畜牧場之風險，亦由行政院農業委員會訂定「羊隻拍賣交易後外運合法屠宰場屠宰之配套措施」，規範拍賣羊隻均須完成屠宰，不得重回畜牧場飼養，以阻斷羊痘傳播途徑。
防檢局指出，為避免零星案例造成防疫威脅，已完成養羊戶全面清查與建檔，納入日常健康監測體系，即時通報可疑病例。該局並建立發生場處理模式，一旦接獲通報，立即由所在地動物防疫機關撲殺場內所有發病羊隻，並依法給予補償，其他健康羊隻則全面補強注射疫苗，一方面可防止病原的擴散，又不致造成養羊業者太大損失。同時，為協助發生場業者順利復養，該局已訂定「羊痘發生場後續管制及引入羊隻飼養方式」，輔導養羊業者依步驟引入健康羊隻，並建立衛生安全之飼養環境，以降低疾病復發的可能。
防檢局強調，養羊業者仍不可掉以輕心，應持續落實生物安全、疫苗注射及疫情通報等防疫工作，該局亦表示羊痘防疫策略未有改變，透過養羊戶自主羊隻健康觀察，及早於第一時間發現並通報疑似病例，以利所在地動物防疫機關適時處置疫情。另配合疫苗注射措施，以使羊隻獲得抗體保護，為防範羊痘，該局呼籲業者莫存僥倖，確實依所在地縣市政府公告執行羊隻疫苗注射，共同維護羊隻生產安全，該局亦將請縣市政府加強查核，凡違者依「動物傳染病防治條例」第45條規定，不落實羊痘疫苗注射者，處新臺幣1萬元以上5萬元以下罰鍰。