2009年球隊仍將其定位為佈局投手，但開季後沒多久又出現控球麻煩。5月1號在對聖地牙哥教士隊的場邊練投當中，在手肘不適的狀況下，幾乎無法將球丟進捕手手套，後被列名於傷兵名單。所幸無需開刀治療，在近三個月的療養及復建賽後，郭泓志於7月27日方重返球場。在復建期間，總教練Joe Torre表示期望郭泓志能繼續為球隊貢獻，卻也強調他的每一球都具風險。但其傷癒復出的4天內，教練團卻安排他投3場比賽，引起「出爾反爾、不保護投手」的非議。