抗戰期間，國立編譯館內遷重慶。1939年，編譯館向陳獨秀約編教師用的中國文字說明書稿，並預支稿費，這對於陳獨秀當時的清苦生活不無小補。後來，陳獨秀交出《小學識字教本》稿本，不過，由於陳立夫希望他更改書名，此書終究未能問世。於是，陳可忠只好答應陳獨秀的要求，由編譯館油印了五十份，分送學界友好和各文化機構。此外，英國科學史大師李約瑟（Joseph Needham）訪問重慶時，也曾經拜會陳可忠，對於編譯館的工作，留下極深刻的印象。
國民政府棄守大陸前夕，陳可忠在1948年5月被任命為中山大學代理校長，8月繼任校長。當時，風雨飄搖，校內風潮不斷。應陳可忠之邀同校任教的梁實秋曾不堪回首這身世飄零的廣州半年。這或許也是陳可忠當時心境的一個寫照。1949年6月，陳可忠辭去校長職務，轉赴台灣。