月面的樹木毫無節制的巨大化，化為龍型怪物襲向了地球……耀眼的閃光包圍了地表，從未有過的大災難覆蓋了地球全土……在人類操作植物遺傳因子的愚蠢計劃失敗後，300年的時光匆匆流去……
在遭受有意識的「森林」襲擊地球後，人類不得不與森林共同生活，並且建立起了敵對的關係。尋求與森林共存方法的阿基多等人生活的「中立都市」雖然只是個荒涼的地方，但他們還是愉快地生活著。直到有一天，阿基多與好友凱一起來到了被封禁的泉中取水……在那裡，他們發現了閃耀著不思議光芒的機械和美麗的少女托拉，運命在這裡相會了。托拉其實是在這300年中沉睡著的過去世界的人……
來到了「中立都市」的托拉受到了現實世界的強烈衝擊——崩壞的建築、沒有電力和自來水，必須去泉中取水……這樣的生活，使來自文明社會的她困惑不已。受到「中立都市」的人們溫柔地對待的托拉在森林遭到襲擊時，終於爆發了……