全會強調，深化黨和國家機構改革的指導思想是，全面貫徹黨的十九大精神，堅持以馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論、“三個代表”重要思想、科學發展觀、習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，適應新時代中國特色社會主義發展要求，堅持穩中求進工作總基調，堅持正確改革方向，堅持以人民為中心，堅持全面依法治國，以加強黨的全面領導為統領，以國家治理體系和治理能力現代化為導向，以推進黨和國家機構職能優化協同高效為著力點，改革機構設置，優化職能配置，深化轉職能、轉方式、轉作風，提高效率效能，為決勝全面建成小康社會、開啟全面建設社會主義現代化國家新征程、實現中華民族偉大復興的中國夢提供有力制度保障。深化黨和國家機構改革，必須貫徹堅持黨的全面領導、堅持以人民為中心、堅持優化協同高效、堅持全面依法治國的原則。 全會提出，深化黨和國家機構改革的目標是，構建系統完備、科學規范、運行高效的黨和國家機構職能體系，形成總攬全局、協調各方的黨的領導體系，職責明確、依法行政的政府治理體系，中國特色、世界一流的武裝力量體系，聯系廣泛、服務群眾的群團工作體系，推動人大、政府、政協、監察機關、審判機關、檢察機關、人民團體、企事業單位、社會組織等在黨的統一領導下協調行動、增強合力，全面提高國家治理能力和治理水平。既要立足實現第一個百年奮斗目標，針對突出矛盾，抓重點、補短板、強弱項、防風險，從黨和國家機構職能上為決勝全面建成小康社會提供保障；又要著眼于實現第二個百年奮斗目標，注重解決事關長遠的體制機制問題，打基礎、立支柱、定架構，為形成更加完善的中國特色社會主義制度創造有利條件。