明代末期，政治紊亂，官家巨室凌虐，流寇橫行，民生艱困。於是一些豪傑英雄遂率領黨徒渡海到臺灣開關新地，並以此為根據地進行武裝海上貿易。其中以廣東潮州人林道乾和臺灣的關係最深，相傳在今日高雄縣的大岡山和高雄市的打狗山（壽山），還埋藏著林氏的金銀財寶。　在明末這些海上的英豪之中，對臺灣實行集體移民和農業開墾者，首推福建漳州海澄人顏思齊和福建泉州南安人鄭芝龍。顏思齊於明天啟二年（西元一六二二年），率領黨徒佔據臺灣西岸的笨港（今北港），進而開拓了諸羅山。顏氏死後，霸權旋落入鄭芝龍手裏，鄭氏威名震於南海，朝廷施予招撫。崇禎年間，適逢福建連年饑荒，鄭氏建議福建巡撫熊文燦，招饑民數萬人，每人給予銀三兩，三人給予牛一頭，以海舶載至臺灣，開墾荒土，此堪稱為中國政府首度有計畫並大規模的向臺灣移民。　明萬曆卅二年（西元一六○四年），荷蘭提督韋麻郎率艦佔據澎湖，並派人到福建請求通商，福建巡撫徐學聚派沈有容帶兵抵澎，與荷人談判。沈有容威武堅決，多才富膽識，對荷人曉以大義，荷人終於自行撤出澎湖。天啟二年（西元一六二二年）荷人再度佔據澎湖。天啟四年（西元一六二四年），福建巡撫南居益奏准用兵與荷蘭人交戰半年餘，荷人遣使求和，退出澎湖，但卻轉據臺灣本島。荷蘭人自臺南登陸後，即著手進行兩件事：一在一鯤鯓（今安平）設商館，作為與我國貿易的根據地。二在一鯤鯓築熱蘭遮城，國人稱之為紅毛城，或稱臺灣城，即今安平古堡，作軍事的防備，也為荷蘭駐臺長官所在地及統治中心。永曆七年（西元一六五三年）荷人於該地建普羅民遮城，與安平的熱蘭遮城對峙，即國人所謂的紅毛樓或赤崁樓，也是當時發號施令的政治中心。直到鄭成功克復臺灣為止，荷人佔據臺灣共計卅八年之久。　荷蘭據臺期間，其行政權所及的範圍，並非普及全島：北面僅及於現在的淡水基隆地方及宜蘭的一部份。至於行政設施，則聽任人民依舊慣自治，不加干涉。一方面又施行懷柔墾殖政策，多方佈教，多力求獲得整個平埔族的信任，以期獲得其協助。
農業開拓，荷人採合墾制，合十畝為一結，每結選一小結首，從數千小結首中再推舉足以服眾的大結首，按人口多寡分給耕地徵租，農民不得私有其田，田主即為荷蘭統治者，稱王田。今「王田」的地名，即由此而來。丈地方法，則以一丈二尺五寸稱為一戈，周圍一百戈（每邊二十五戈）稱為一甲，五甲稱為一張犁，這些土地分為上中下三等課征田賦。甲的名稱，為鄭氏時期所沿用。於清雍正時，雖曾改變過，可是農民仍然習用，甚至經日據時期迄今，還在使用。臺灣各地也仍有三張犁或六張犁等地名。 當荷蘭人佔領南臺灣兩年後，西班牙人也登陸基隆（舊名雞籠），在社寮島（今和平島）和基隆東方築城，更在險要處築四座砲臺。明崇禎二年（西元一六二九年），又在滬尾（今淡水）築城（今列為第一級古蹟之紅毛城）以為據守。他們一方面積極傳佈天主教，一方面和中國與呂宋貿易營利，直到崇禎十五年，才被荷人逐走。 荷人侵臺，首先挺身起來反抗的，便是我國移民。因荷人第一、壟斷貿易之利；第二、限制我移民集會，收藏武器，煽動土著加害華人；第三、強迫信奉基督教；第四、對移民橫征暴歛。永曆五年（西元一六五○年），芝龍舊部郭懷一率眾萬餘人圍攻赤崁樓，荷軍馳援，發生激戰，因裝備懸殊，又乏訓練，懷一不幸陣亡。荷人復煽惑士番二千人助攻，致餘眾不敵，死者近八千人。這支富有堅強民族意識反抗外人統治的起義軍雖然失敗，卻為我中華民族開拓臺灣的歷史上留下了壯烈的一頁。 荷人據臺，目的在經濟攫奪，因此真正開闢臺灣，仍當以鄭成功驅逐荷蘭人，光復臺灣為開始。 鄭成功，福建南安人，芝龍之子。明隆武帝在福州即位，對他十分賞識，勉勵他盡忠國家，並賜國姓朱，為他改名成功，這便是後人稱呼鄭成功為「賜姓」或「國姓爺」的由來。成功感隆武帝知遇之恩，忠貞自矢，編練勁旅，反清復明，以功晉封延平王、潮王。永曆十三年（西元一六五九年）率軍北伐，不幸功敗垂成。永曆十五年（西元一六六一年）驅走荷人，光復臺灣，開始了鄭氏祖孫三代二十二年間的臺灣經營。 鄭成功首先即確定行政區域，改赤崁為東都，設承天府，及天興、萬年兩縣，改臺灣城為安平鎮，為臺灣設置郡縣之開始。鄭氏取得臺灣，其目的在於培養實力，以為反清復明的基地，故重視各項建設。根據明朝法律，以統治人民；設官分職，以理庶事；興辦學校、建築宗廟及社稷，以宏揚教化。鄭氏在臺灣制定了屯田制度，發給士兵農具，叫他們去開發荒地。這種屯田也叫營盤田，今日臺南縣仍舊保留著新營、柳營，高雄市之左營等一類地名，就是因為當時設有營盤田的緣故。鄭成功把從荷蘭人接收過來之王田，改為官田，凡耕佃的人，都是官家的佃戶，並允許士地私有，積極從事生產，從此臺灣糧食充裕，人民各自安居樂業。 鄭經承襲父位，改東都為東寧，改天興、萬年二縣為州，並繼續實行寓兵於農的辦法。陳永華為鄭經治臺之宰輔，竭力建設臺灣，勸導軍民開墾，種植五穀雜糧，積蓄儲藏，以備凶荒。更教導臺民種蔗煮糖，煮海水為食鹽，伐木造船，以拓商務，於是「民殷國富」。此外，設圍柵以維治安，禁賭博以除惡習，設國學以造就人才，宏揚教化，使本省同胞沐浴於中華文化薰陶之中，又建立文官考試制度，本省人接受教育，從此開始。 永曆三十五年（西元一六八一年）鄭經病逝，由長子克臧繼位。克臧英明勤政，軍民悅服擁戴，可惜被殺。其弟克塽嗣位後，因年幼，政事日漸敗壞。清廷乘機派遣明鄭降將施琅進攻臺灣，守澎湖主將劉國軒迎戰失利，逃回臺灣，克塽不得巳降清，時為永曆三十七年（西元一六八三年）。