有別於 地下城系統 在遺跡地下城系統中，與 地下城系統 相似之處是同樣也是迷宮類型且沒有定點處罰、最後有寶箱可以拿到道具或錢。遺跡地下城分佈於 伊利亞大陸 各個區域，想要進入遺跡地下城，必須先找到遺跡的位置；目前在伊利亞大陸 拉諾區域 有兩個遺跡「梅茲平原遺跡」、「卡魯森林遺跡」兩個、以及 克諾斯區域「侖格沙漠遺跡」，這幾個遺跡必須使用 探測器 發掘出來，發掘出來後的遺跡會在該地持續現實一星期，而每隔現實一週遺跡將會再度消失，必須重新使用 探測器 發掘出來。發掘出來的遺跡會在該遺跡上方顯示發掘出來的角色名稱，並得到 稱號 與 魔力賦予卷軸 等獎賞。
進入遺跡地下城會先進入一個大廳，以往在一般地下城的大廳都會看到一個女神像還有一個祭壇，但在遺跡地下城的大廳看到的是一個方形且會發出神秘光線的盒子。玩家可以將道具使用滑鼠左鍵拿起後，移至盒子上出現「Give」字樣即可進入地下城之中，地下城的結構會隨著玩家所獻上的道具不同而有不同的變化。如是隊伍想要同時進入地下城之中，則只需要隊長一人將道具「Give」給盒子，整支隊伍就會一起進入地下城之中，但必須注意所有隊伍的玩家都必須在地下城大廳的盒子旁。
進入遺跡地下城後也是呈現多層構造的地下城，在遺跡地下城沒有「地下城房間的鑰匙」這種開門的道具，取而代之的是各式各樣的特殊房間。這種系統可以省下在地下城中打怪練功，還要預留道具欄的空位來放置地下城房間鑰匙的空間。以下將為各種特殊的房間做說明。
此種地下城房間在房間內會有一個石頭寶箱，打開寶箱後會出現 1~3 種相同或不同的怪物。在 城堡地下城 也有此種房間，怪物有可能會呈現半透明的狀態一段時間、或呈現實體一段時間，在這兩種狀態輪流呈現。在怪物呈現半透明狀態的時間玩家無法對怪物進行攻擊，怪物也不會對玩家攻擊，並且怪物會在半透明的狀態下恢復 50%~100% 的血量（不會恢復負傷部份）。若出現的怪物種類超過 1 種，也可能會呈現 A 種怪物呈現半透明狀態、B 種怪物呈現實體，在透明與實體間交換的情況。當然也有可能全部屬於呈現實體狀態的怪物。
此種地下城房間在房間內正中央有一個光柱，敲擊光柱後會出現許多怪物但皆呈現半透明狀態，再次敲擊光柱將會有部份怪物呈現實體，部份的怪物則直接消失。敲擊光柱第一下所看到的怪物一定有部份將呈現實體，部份消失。
此種地下城房間在房間內會有一個石頭寶箱，在打開寶箱後出現大量的怪物，其中會有部份怪物有「反常的」稱號。過一段時間後沒有稱號的怪物會逐漸消失，只殘留有「反常的」稱號怪物。「反常的」稱號怪物會掉落該怪物的身體部位，可以進入難度較高的遺跡地下城，在後面的部份會做說明。
此種地下城房間在房間內會有一個石頭寶箱，打開後四個角落分別會出現一個柱子，同時出現三組怪物（相當於地下城柱子房全部敲到怪物），但怪物皆會呈現半透明狀態且不會改變狀態。在選擇四周的柱子敲擊可能發生以下四種情況：
每隔現實一週，發掘出的遺跡位置都會有所不同，梅茲平原遺跡就會在梅茲平原周圍被玩家發掘出來，而卡魯森林遺跡也是會在卡魯森林區域周圍。當遺跡已被玩家發掘出來後，任何人只要在該地圖上打開小地圖後，便會出現目前遺跡的位置，方便玩家移動至該遺跡。
遺跡地下城與部份中級或高級地下城相同，都有首領房且部份地城也有中間首領，有的遺跡還會出現中間首領連續出現兩次的情形。在玩家想要攻略遺跡地下城之前，還是最好能夠把欲攻略的地下城資料摸清楚，且也要有一定的能力戰勝敵人，才能夠順利的攻略遺跡地下城。