至於進口藥材的備案方面，藥材進口單位和口岸藥品監督管理部門按照《國家藥監局關於啟用新版藥品和藥材進口備案管理系統的公告》(2019年第107號)信息，登錄備案系統相應窗口在線辦理進口藥材備案。另一方面，國家藥監局已對2006年、2011年發布的兩批《非首次進口藥材品種目錄》進行了修訂、合併(詳見《辦法》附件1)，及廢止原有目錄。凡申請進口列入目錄中的藥材品種，申請人毋須取得《進口藥材批件》，直接按照《辦法》規定向口岸藥品監督管理部門進行非首次進口藥材備案，各口岸藥品監督管理部門須按非首次進口藥材進行形式審查有關進口。
此外，《辦法》規定國家藥監局確定的口岸藥品檢驗機構，負責進口藥材的口岸檢驗工作。