台南大地震打亂今年春節輸運，尤其高鐵從6日起無法全線通車，直到昨天除夕晚間5時才陸續恢復雙向正常發車，期間超過8成班次受到影響，估計有12萬人行程因此受到延誤或取消。高鐵強調，這次地震造成通車以來最嚴重災情，在安全第一的前提下，已盡最大努力、在最短時間內搶修完成。
高鐵昨天下午5時從左營站發出首班可以北上至台北的全車自由座列車，接著台中站在晚上6也發出南下至左營的全車自由座列車，高鐵也宣布晚間7時起，台北站可依班表正常發車，但昨天高鐵原本安排151列次，能依班表發車的僅有北上18列次、南下15列次，約2成1，晚間恢復通車後，各高鐵站也開始陸續出現旅客。
交通部指出，6、7日兩天，高鐵原本分別安排178和151列次，但受這次台南大地震影響，從2月6日至7日下午5時止，共宣布取消103列次，變更區間169列次（台中至左營停駛），並加開台中嘉義區間車26列次、台中雲林區間車8列次、台北台中區間車2列次。至於受影響的旅客約12萬人。
高鐵因受台南大地震影響，前天嘉義以南無法通車，經漏夜搶修台南歸仁段67處損壞後，昨天清晨7時前就通知，會在上午10時恢復全線通車，但卻在通車前進行安全測試和巡檢時，竟發現嘉義站以北10公里處的電車線結構產生傾斜，且有逐漸惡化之現象，為顧及安全，高鐵只能趕緊派員到場搶修，同時宣布僅營運台北台中區間，讓不少原本期待可以順利返家的旅客「落空」。
高鐵解釋，地震後的受損情況有時是逐漸顯現，嘉義路段前天並未發現有異狀，所以區間車一度還能行駛，疏運旅客，但昨天在營運前進行測試時，列車提速階段卻發現，懸臂吊桿結構變形，只能再繼續搶修，並且擴大巡檢區間到彰化和台南，直到下午4時30分完成，確定安全無虞後，才宣布恢復全線正常營運。
交通部表示，這段期間為疏運旅客返鄉，台鐵、公路客運及遊覽車都全力支援，台鐵兩天共加開37列次，國道客運、市區客運等公路運輸系統，也運能提升達20至30％。至於因地震影響而遲延或取消車次的旅客，未使用車票可在1年內全額退票或持票換搭其他車次。