EOS 5D Mark III亦提供與網路購物EOS-1D X一樣的六種自動對焦區域選擇模式，包括重點自動對焦(Spot AF)以及區域自動對焦(Zone AF)，為攝影師帶來更靈活的對焦選擇。全新AI SERVO AF III演算法，大大加強相機追蹤對焦的能力，令追蹤對焦表現更準確穩定。而加入新的自動對焦配置工具(AF Configuration Tools)，內建六個不同預設範例，令攝影師在拍攝不同類型動態主體時，只需簡單選擇合適的範例，便能將人工智能伺服自動對焦的表現發揮得更好。