南洋指今東南亞及其海域，包括中南半島、馬來半島和馬來群島一帶。明代載籍已記及該名，鄭若曾《海運圖說》云「東洋有山可依、有港可泊，非若南洋、西洋一望無際，舟行遇風不可止也」，《籌海圖編》、《武備志》所載大同。華僑之流寓南洋甚早，然自鄭和下西洋以後大盛。前面已經提到。據《瀛涯勝覽》、《西洋番國志》所載，明初爪哇的杜板(Tuban)、新村 (Gresik) ，蘇門答臘的舊港 ( Palembang ) 等處，已有大量閩、粵人麇集。後來據《東西洋考》、《明史》所載，則南洋各地已遍佈華僑矣。
張燮的《東西洋考》提到，爪哇(Java)之「國人大抵三種:唐人、土人而外，西番賈胡居久者，服食皆潔」;蘇魯馬益(Surabaya)有「千餘家，強半是中國人」;在文郎馬神(Bandjarmasin)「華人與夷女通，輒削其髮，以女妻之，不聽歸也」;文萊(Brunei)「俗傳今國王為閩人，隨鄭和征此，留鎮其地，故王府旁舊有中國碑」;「華人既多詣呂宋(Luzon)，往往久住不歸，名為壓冬。聚居澗內為生活，漸至數萬，間有削髮長子孫者」。
《明史》所載華僑之拓殖南洋情況亦多，如真臘 (Cambodia) 「番人殺唐人罪死，唐人殺番人則罰金，無金則鬻身贖罪。唐人者，諸番呼華人之稱也，凡海外諸國盡然 」; 柔佛(Johore)「華人販他國者多就之貿易，時或邀至其國」;滿剌加(Malacca)「男女椎髻，身體黝黑，間有白者，唐人種也」;交欄山 (Gelam l.)「其地多華人」;舊港(Palembang)「華人流寓者往往起而據之」;浡泥(Borneo)「華人多流寓其地。嘉靖末，閩、粵海寇遺孽逋逃至此，積二千餘人」 ; 呂宋 「先是閩人以其地近且饒富，商販者至數萬人，住往久居不返，至長子孫」; 貓里務 (Mindoro) 「 華人入其國﹐不敢欺陵，市法最平，故華人為之語曰『若要富，須往貓里務。』」;蘇祿(Sulu)「土人以珠與華人市易，大者利數十倍，商舶將返，輒留數人為質，冀其再來」。
在明代，華僑不僅已大量流寓南洋，而且在當地獲得一定的政治、經濟地位，甚至「起而據之」。如《明史．三佛齊傳》云，「有梁道明者，廣州南海縣人，久居其國。閩、粵軍氏泛海從之者數千家，推道明為首．雄視一方」。粵人陳祖義亦一度稱雄舊港，施進卿被明廷命為舊港宜慰使，「萬曆五年(1577年)，商人詣舊港者，見(張)璉肆為蕃舶長，漳、泉人多附之，猶中國市舶官云」。泉州人林道乾在嘉靖末為官軍所追，乃揚帆至雞籠山(今臺灣基隆)，經呂宋而至大泥(Patani)，「攘其邊地以居，號道乾港」。潮州人林鳳在萬曆初為官軍所追，率船六十二艘，自澎湖南航抵菲律賓，時呂宋為西班牙人所據 ，林鳳兩攻馬尼拉(Manila)不下，退屯馮嘉施蘭(Pangasinan)，後突圍出海，不知所終，西人據閩粵方音載其名為Limahong,或誤譯為李馬奔，其實應作林阿鳳。另在婆羅洲，據稱 「 萬曆時，為王者閩人也，或言鄭和使婆羅，有閩人從之，因留居其地，其後人竟據其國而王之」，浡泥「萬曆中，其王卒，……乃立其女為王。漳州人張姓者，初為其國那督，華言尊官也，因亂出奔。女王立，迎還之。……」。
隨著中國人之大量出洋，華僑在南洋乃與西方殖民者發生了最初之接觸與衝突。如萬曆二十一年(1593年)，西班牙駐呂宋總督郎雷敝裏系撈(月勞)(Gomez Perez Dasmerinas，1590一1593)欲侵美洛居(Maluku)，役華人二百五十助戰，「令華人操舟，稍怠，輒鞭撻，有至死者」，華人潘和五等不堪忍受，和五曰:「叛死，箠死，等死耳。否亦且戰死，曷若刺殺此酋以救死。勝則揚帆歸，不勝而見縛，死未晚也」，眾然之，乃夜刺殺該總督，後逃至安南。此後，西班牙人在呂宋等地屢屢迫害、殘殺華僑。華僑遂漸與南洋各國之土著同心合力，投入反對西方殖民侵略之鬥爭。