台灣基督長老教會是普世長老教會及改革宗教會大家庭的一份子。它的歷史根源可以上溯至一八六五年英國長老教會宣教師馬雅各醫生在南部及一八七二年加拿大長老教會宣教師馬偕博士在北部所開展的宣教工作。一九五一年三月七日台灣基督長老教會南北大會合而為一個總會，此一南北教會的整合帶來更多的宣教資源及更大的宣教力量。目前在台灣，台灣基督長老教會是最大的教派，有一千一百間以上的教會，專職傳教師亦超過一千。另有附設四所神學院，三家醫院以及許多關心社會問題的機構。
一九○一年六月二日偕叡理牧師（即馬偕博士）別世。吳威廉牧師接掌台灣北部宣教工作後，多方努力，說服當時北部的十二個堂會，共同組織，並上書加拿大母會，得到他們的認可，而於一九○四年十月四日正式成立「中會」。當時中會的議員共有十五位；牧師只有吳威廉和本地人嚴清華，長老十三位。台北中會歷經三次分裂，現有堂會八十間，支會十二間（共九十二間教會）。
一九三八年「台北長老中會」己發展到七十九間教會。有感於中會過於龐大，議決將原有的中會分成三個中會。東部中會：自草嶺（介於三貂嶺與宜蘭之間）以東至台東。台北中會：自草嶺以西至坪頂以北。新竹中會：自坪頂以南至大甲以北。新竹中會於一九三八年十月十二日於苗栗教會正式成立。在地理上分山線及海線。及至目前，計有堂會卅十二間，支會十間，共計四十二間教會。二○○一年另分出客家族群區會（十二間堂會）。
首屆東部中會，於花蓮港教會召開。由於二次大戰後原住民獲信仰自由，因此東部大會傳道人及信徒紛紛協助教會中或潛伏山區的原住民自立教會，自組中會，也為台灣聖書學校（今之玉山神學院）催生。目前中會有堂會二十八間，支會八間（共三十六間）。
1952年，北部大會議決將台北中會分割為七星、淡江兩中會，淡江中會與七星中會分離後，於同年改名成為「台北中會」。七星中會成立之時有十八間堂會，其轄區即中山北路以東之台北市，並包括基隆地區及蘭陽地區，1980年增加至48間獨立堂會。至去年（2000年）則共有69間堂會、9間支會，共計78間教會，信徒人數超過9000名，參加主日禮拜人數，則近7000人。
1872年3月9日馬偕博士由滬尾（淡水）登陸，展開傳道醫療生涯。6月1日，馬偕博士在他的寓所開始為人診療。1879年馬偕博士運用美國一位同姓的馬偕船長遺孀，為紀念丈夫所損款美金三千元建立了偕醫館，這是台灣北部第一間西式醫院。1901年6月2日馬偕博士逝世，才暫時關閉。1905年11月3日，宋雅各醫師（亦為牧師）夫婦抵淡水，停診已有五年之久偕醫館，在1906年間，重新恢復醫療傳道的工作。1911年秋天，宋醫師提議將醫療中心由淡水遷到台北，並將醫館擴建命名為馬偕紀念醫院，以紀念馬偕博士一生之偉大行誼與其宣教事業。
北部的神學教育，源自一八七二年馬偕博士（Rev. George Leslie Mackay D.D.） 在淡水所從事的傳教工作。在這段期間，馬偕博士以大自然為教室，並藉著師徒傳授的方式，開始了神學教育的工作。十年後，在加拿大本鄉信徒的捐助下，他在淡水炮台埔興建了又名「理學堂大書院」的牛津學堂（Oxford College）。這是北台灣第一所正式的神學院，也是西式教育的發祥地。二次大戰結束後，神學校在十月間復校，改名「台北神學院」，一九四八年再改為「台灣神學院」。此後神學院在孫雅各牧師（Rev. James Dickson D.D.）的主持下，不但校務蒸蒸日上，且學生素質大大提高。自一九五六年起學院遷至風景優美的陽明山嶺頭，踏入另一個新的階段。
本校源自1872年加拿大籍基督教長老會宣教士Dr. George Leslie Mackay引進基督教，隨後於1914年由第二代Dr. George William Mackay所創建，深具基督教博愛為懷的立學哲理基礎。因之重視生命價值，認定"生命本為多元，多元生命就是美"的信念所延伸的生命無價、有教無類。開創自然與人倫的和諧環境，尊重生命的自然成長所衍生的環境、建築規劃、課程研發與師生和諧互動式管理設計。皆在培育具備"愛與服務"特質的現代優秀公民。
本校前身為「馬偕紀念醫院看護婦訓練班」，創始於一九一二年，台灣光復後更名為「馬偕紀念醫院護士訓練班」。一九七○年七月立案為「馬偕高級護理職業學校」，一九九九年改制為「馬偕護理專科學校」，並辦理招生，分別加入北區五專聯招及全國四技、二專聯招，收取五專及二專護理科學生。並在二○○○年度另增設夜間夜二年制在職專班。