惠濟宮在嘉慶與道光年間曾改建[3]。道光二十年（1840年）鄉紳潘定民建文昌祠[1]，位在惠濟宮後[8]。道光二十五年（1848年）立惠濟宮碑誌，記載開漳聖王在芝山岩，保鄉衛民之神蹟，捐款，捐地，提議重建惠濟宮人士之姓名[2]。咸豐九年（1859年）的漳泉大械鬥，漳州人大敗，退守此地[9]。同治七年（1868年），士紳潘永清重修惠濟宮，並與芝山巖寺、文昌帝君祠合建成芝山巖惠濟宮[2]。光緒十六年（1890年）焚燬，十八年（1892年）重建，後又經過數次修繕[3]。