可是很多人都誤解了「自由軟體」的意思，他們常常拿自由軟體和「商業軟體」做比較，但這卻是無法比較的！因為與自由軟體授權概念相反的字詞是「專有軟體/非自由軟體」，那個限制東、又限制西的授權方式。
如果想要和他人討論軟體之間的對比時，凡論商業開發，必言「商業」「非商業」；凡論價格有無，必言「付費」「不收費」；凡論授權方式，必言「自由」「非自由/專有」。不同層面的分類，不應該混淆在一起討論，以免造成後續的誤解。