中研院長翁啟惠今早8時入府向馬英九總統報告，會談約1小時，翁在會中沒有請辭，僅暗示願意共同提前管理交代。總統府講話人陳以信轉述，馬總統強調，此事茲事體大，涉及最高學術機構中研院的聲譽，翁啟惠的決議恐與外界等候有所落差，希望翁啟惠能再穩重斟酌。
總同一踏入會議室，翁啟惠馬上將準備好的信函遞給總統，並表達不願請辭的設法。漫談1小時，雙方沒有共鳴。
翁啟惠向總統呈文，他認為一旦請辭，外界會解讀為他認罪，所以他不願意，他也與律師商量過，他對本身的案情很有決心信念；另一方面，他一旦請辭，中研院三位副院長與幾名研究員必須與他同進退，會造成中研院行政事務大亂。他向總統表達，新任中研院長候選名單既已送到總統府，若總統早點圈選，他願提早交代、提早下台。
馬總統認為，按照中心組織機關的原則與規定，並沒有劃定院長告退其他人必須總辭，而造成行政中空，應可由其他副院長先代理職務；馬總統認為翁啟惠不請辭不符外界等候，但願翁啟惠再思慮。
翁啟惠解釋說，學術機構與行政單元紛歧樣，因此他無法請辭，並幾回再三強調進展總統盡快任命新人，讓交接提早。
因馬總統9時尚有行程，兩邊最後沒有達成共鳴。不外，總統府也徵得翁啟惠贊成，公然翁給馬總統的信函內容。
翁啟惠今天出招，等於是將去留的球又丟給馬總統，且仿佛要馬立即在中研院呈報的三人中圈選。朝野對於翁不請辭的立場，卻是一致要求翁啟惠應該立即下台。