員工為雇主之目的執行職務而支領的加班費，未超過勞動基準法第24條「延長工作時間之工資」及同法第32條「每月平日延長工作總時數」規定標準，即1日不得超過12小時，1個月不得超過46小時之額度內所支領加班費，可免納所得稅；如有超過者，就其超過部分依所得稅法規定計入員工之薪資所得課稅。又員工在年度結束前因業務繁忙，無暇抽空休假，雇主給付之「不休假加班費」或「不休假獎金」，如未超過前述規定延長工作時數與工資標準者，亦免計入薪資所得課稅。
另依財政部函釋，機關、團體、公私營事業員工為雇主之目的，於國定假日、例假日、特別休假日執行職務而支領之加班費，或於發生颱風及其他天然災害，經主管機關公布該地區為「放假日」，仍照常執行職務而支領之加班費，如核發標準符合規定範圍以內，免納所得稅，且其加班時數不併入「每月平日延長工作總時數」計算。