遠流於2002年創辦了 Scientific American 台灣中文版《科學人》雜誌，搭建起一座科技知識普及的平台，讓科學與科學、科學與人文之間找到對話的窗口。十一年來，《科學人》除了引進世界科研新知外，也逐年增加華文原創內容，不但得到社會的信賴與支持，也累積了華人世界豐沛的科研人脈。本著為青春年少朋友的科學素養盡一分心力的初衷，我們決定將科學閱讀的年齡層向下延伸至國中小，讓科學的種子向下紮根，因此決定興辦《科學少年》雜誌。
國際知名的頂尖科學家，年少時期在心中幾乎都獲啟蒙、引導其領略科學之美，滿足他們對「未知」的好奇與追求，一步一腳印從觀察、實驗、論述再至證明，漫長的過程在在都是培養敏銳度、邏輯思考力、自信心、堅毅意志的重要考驗。因此，《科學少年》的創刊使命在於：把握十二年國教的黃金關鍵年，啟發他們科學探索的興趣，讓他們有足夠的科學素養可以應對未來美好的人生。
「十二歲時以水管及廢木料自製兩台天文望遠鏡，嘗試證明月球上有嫦娥，而與宇宙結下不解之緣」，這是劍橋大學宇宙學博士吳俊輝的少年科學啟蒙故事。他一路追尋自己的科學夢，曾在史蒂芬‧霍金所領導的「相對論小組」從事研究，現任台大物理系教授，同時也是夏威夷阿米巴宇宙望遠鏡計劃的首席科學家，目前仍為前進南極尋找宇宙母親的目標持續努力中。《科學少年》邀請吳俊輝教授、師大數學系教授林福來、淡江大學化學系榮譽教授吳嘉麗、前台大全球變遷研究中心主任柳中明、中央大學認知神經科學研究所所長洪蘭、地球物理研究所教授馬國鳳、美國洛克菲勒大學分子免疫及細胞生物學教授楊定一、中央研究院分子生物研究所研究員蔡宜芳，擔任各科學領域編審顧問，希望借助他們的專業指導，讓《科學少年》成為華文世界青少年的科學啟蒙學習誌。
不是每個人都可以成為科學家，但是讓每個孩子都不害怕科學、真心喜歡科學、享受學習科學的樂趣，是《科學少年》創辦宗旨。這不是一本只給立志成為科學家的孩子們看的雜誌，《科學少年》將引進最前沿的科學教育與教材教法、科學家的生命故事與研究發現，希望對年輕人的想像力和跨界混搭的創造力訓練，能提供足夠的「科學背景知識」和啟蒙。因為即使有一天他們要成為一流的小說家和電影導演，科學態度和科研方法也一樣不可或缺。《阿凡達》和《AI人工智慧》、《星際大戰》這些電影都不會憑空而來，它們都需要科學知識和想像力。何況我們還期待：頂尖的少年科學家勇於挑戰權威、從小問對問題、自求解答。