地方垃圾大戰看似已暫時解決，但究竟誰應負責，仍有釐清之必要。雲林縣雖然設有林內焚化爐，但卻因環評問題導致無法啟用，縣政府雖然亦規劃將新建「機械生物處理廠（Mechanical and Biological Treatment）」，環保署亦表示同意中長期給予補助，但需耗時數年而緩不濟急，顯然無法單憑縣府一己之力處理目前已發生的垃圾去化問題。家戶垃圾清理固屬地方自治事項，但依地方制度法第21條規定，地方自治事項必要時，可由共同上級業務主管機關，協調各相關地方自治團體共同辦理，或指定其中一地方自治團體限期辦理；地方制度法第24-1條第3項亦明定，共同上級業務主管機關對於直轄市、縣（市）、鄉（鎮、市）所提之跨區域合作事項，應提供必要之協助。因此，環保署不能以垃圾處理乃地方應自行處理事項為由，即置身事外而不積極協助。