98年度TMAC醫學系評鑑已從今（98）年10月初陸續展開，本次評鑑分為全面評鑑與追蹤評鑑，並配合教育部「醫學教育六年改進計畫」遠程目標評鑑同時進行。除了剛成立的馬偕醫學院免受評鑑之外，其餘全國11所醫學系均需接受評鑑，各系實地訪視天數從一天到四天不等，評鑑委員人數為5至9人。
國內大學醫學院評鑑由教育部委託高等教育評鑑中心所屬之獨立運作單位「醫學院評鑑委員會」（TMAC）負責辦理。其中，「醫學教育六年改進計畫」自2005年開始，每兩年一次，分為近程、中程及遠程目標評鑑。今年遠程目標評鑑將訪視長庚大學、慈濟大學、國立臺灣大學、輔仁大學、臺北醫學大學、國防醫學院、中國醫藥大學、國立陽明大學、高雄醫學大學、國立成功大學與中山醫學大學等11所學校的醫學系，訪視期間自10月7日起至12月22日止。
除此之外，臺大醫學系因2002年TMAC評鑑通過的有效期限將於今年年底到期，已依規定於10月19日至22日同時接受四天的全面訪視，由評鑑委員依行政與資源、教學（通識、基礎、臨床）、研究、學務及服務等分項全面討論。慈濟醫學系則因連續兩年被評為待觀察，也於10月15日完成四天的全面訪視。長庚、輔大、中山醫與高醫等4校醫學系，則根據2007年TMAC評鑑結果同時進行二至三天的追蹤訪視，瞭解各系改進情形。