財政部臺北國稅局表示，兼營營業人於申報當年度最後一期營業稅時，應依兼營營業人營業稅額計算辦法(以下簡稱兼營計算辦法)第7條規定，按當年度進項稅額不得扣抵銷項稅額比例(以下簡稱不得扣抵比例)調整稅額後，併同當期營業稅額辦理申報繳納。
該局說明，營業人如有兼營加值型及非加值型營業稅法(以下簡稱營業稅法)第8條第1項之免稅貨物或勞務時，除依兼營計算辦法第4條規定，計算當期不得扣抵比例及應納或溢付之營業稅額於次期開始15日內申報營業稅外，尚須依同法第7條規定，於申報當年度最後一期營業稅時，填寫「兼營營業人營業稅額調整計算表」(採直接扣抵法者應填寫「兼營營業人採用直接扣抵法營業稅額調整計算表」)，按當年度不得扣抵比例調整稅額後，併同最後一期營業稅額辦理申報繳納。
該局指出，常有兼營營業人於申報年度最後一期營業稅時，漏未依規定計算當年度不得扣抵比例調整稅額，致虛報進項稅額，除補繳稅款外，尚須依營業稅法第51條第1項第5款規定處5倍以下罰鍰。該局舉例，甲公司係採歷年制，於106年3月12日銷售未經加工的生鮮農產品110,000元，於當期(106年3-4月)營業稅申報時，已依兼營計算辦法計算不得扣抵比例及應納營業稅額，惟未於申報106年11-12月期營業稅時，依兼營計算辦法第7條規定，按當年度不得扣抵比例計算調整稅額，併同繳納，致虛報進項稅額48,300元，遭補稅並裁處罰鍰。
該局呼籲，兼營營業人於報繳當年度最後一期營業稅時，請確實依前揭規定計算當年度不得扣抵比例，調整營業稅額，如有任何疑問，可撥打免付費服務電話0800-000-321或洽該局所屬分局、稽徵所查詢相關規定，以維護自身權益。