天上聖母在民間又稱媽祖亦尊為天后，而鹽行天后宮，在鹽行，祀奉天上聖母。原係清朝拓殖時期武定里州仔尾港天后宮天上聖母。
根據台灣外史記載，洲仔尾，昔為台江內海港澳，與鹿耳門、赤崁、台員等地互為鼎足，中夾台江成為四個據點，是台灣最早開發之地區。清康熙元年，鄭經率軍經鹿耳門由洲仔尾登陸，康熙九年鄭經建別墅於洲仔尾，其愛將陳永華亦在洲仔尾建花園（即今家樂福以東至縱貫鐵路一帶），且恭迎媽祖神像，奉祀於其花園內。直至明鄭覆沒，陳永華後一遣返內陸，媽祖神像依舊奉祀於花園。康熙二十二年（西元一六八三年）台灣併入清朝版圖，首任台灣府知事蔣毓英認為洲仔尾適合開闢鹽田，於是由政府出資給人民開闢，區民就此刻苦經營鹽業，地方因此繁榮，宗教信仰也隨之而興。於是清康熙三十五年在洲仔尾建築一座天后宮，廟貌宏偉，祀奉天上聖母神靈顯赫。廟前有一大塭岸，係南北往來要衝，且其地無橋樑，過往行旅倍感不便，後經知府蔣允俊捐薪造橋十三座築水門十五洞，長達八百餘丈（參閱蔣公堤碑記）又廟前港灣是船隻起卸貨物之碼頭，也是魚販交易之場所，故有媽祖宮港之稱；且莊內有事均以該廟奉祀之聖母為號召，廟內為集會場所與居民活動中心。其實居民於台江內海經營鹽場於廟北稱為洲仔尾鹽埕，直至雍正四年一清朝通制，鹽業改為官營才將該地鹽田分為「洲南」、「洲北」兩場，後來因鹽商為了鎮鹽、運言之方便，蝟集其附近，自然聚結成村，以地取意叫做鹽行。昔時天后宮香火旺盛，每逢媽祖聖誕，信徒即以船隻裝載神輿航返原籍福建湄洲謁祖參香，恭請祖神香火，返境還要繞遊鹽堤；果然風調雨順，媽祖神威顯赫，威名遠播，連外境香客前來接洽搬請奉祀者，絡繹不絕。天后宮最鼎盛時期，有八庄十六寮（含蓋現今台南市安南區，台南縣西港鄉，七股鄉，佳里鎮，信徒眾多，規模之大，名鎮南瀛。
乾隆二十三年（西元一七五八年）十月，洲北鹽場被暴風雨摧毀，鹽民只好遷往他處謀生，洲北鹽場因此而廢場（參閱佔墾地示禁碑記）乾隆五十三年（西元一七八八年）媽月洲南鹽場又遭洪水中刷，鹽堤崩潰，鹽田全部淹沒，無法重建，鹽民再次四散他遷謀生，所剩鹽民為數無幾，改以掛網捕魚為生。
清光緒二十年中日引午戰爭，日本佔據台灣，推行所謂皇嚴化之暴政下，寄祀於禹帝宮之大媽金尊被搬往二王廟袁與眾多神像共遭焚燬。開基二媽幸得信士護駕，輾轉送往今之關仔嶺碧雲寺寄存奉祀。直至台灣光復後才經庄民由碧雲寺請回，並由洲仔尾、鹽行、大竹林、三崁站四庄落輪流供奉。而且由本地外運謀生之鹽民，另成部落者有北門、井仔腳、高雄縣永安鄉鹽田材、台南市安南區鹽戰甲等亦請奉媽祖分身建廟膜拜供奉，並於每年媽祖聖誕前輪流依序恭請聖母前行邊境佑民。民國三十七年四座落耆者，決議將倒塌廢置之天后宮拆除，將廟宇所有磚石暨廟產現金，分由四庄落收存保管。民國四十三年士地政策放革，實施者有其戰，而原來天后宮擁有一甲九分之原地，亦隨之放領賣掉，於是原為香火鼎盛之天后宮，就此成為歷史陳跡。自清同治二年天后客倒塌，擱置歷經一百零五年後，聖母大顯神威，提童降乩，出詩一首日：「興建合丁未，逢春可奠基，復興光史續，謀事在人為「等之金言，期勉庄民合齊戮力，重建新廟。原方壁紳成立天后宮重建委員會，聖母又親自踏勘廟基，廟址擇於省道旁。一時喚起民眾信心，熱血奔騰，陸績自動捐獻。於民國五十六年重建，民國五十七年慶成。鹽行天后宮媽祖，歷經幻仔尾天后宮沒落後再重建，見証歷史流傳，也庇佑庄民世世代代，永生不息。
開台英雄鄭成功、鄭經父子凌勸遺址，葬於台灣縣武定甲洲仔尾，即今永康市鹽洲甲洲仔尾。康熙三十五年，新港民眾吳球，起兵復明失敗；　清廷控心凌墓會成為反清復明運動的憑藉遂於康熙三十八年把鄭成功父子歸葬於福建南安，墓址逐漸荒廢。
民國六十五年，當時永康鄉第十屆鄉民代表，也是現今天后宮管理委員會主任委員黃國隆光生，相當重視古文物，終於聘請國立成功大學石萬壽教授，探勘地層，實地挖掘，工程艱英可想而知。然！終獲至寶，有文物出士先後有一對石馬、石筆、石板、墓碑等，全部保存於天后宮。民國六十九年台南縣正府於石萬壽教授挖掘之處，豎立鄭成功夯址紀念碑，供人們緬懷。
幾年來，市民代表王金福先生，積極提議，建請政府相關單位，在附近覓地擴建為鄭成功紀念公園及鄭成功文物紀念館，地方殷切盼望，樂觀其成。