2005年，當時高雄牧鄰行道會有位姊妹以福音的心志在林邊開設補習班，在上帝的恩典中，帶領了部分家長與孩子信主，每週開車帶學生到高雄聚會，之後與牧者領受共同異象：開拓當地的教會就近牧養，教會開始為這事禱告，並到當地行走禱告，最後選擇在東港。從推動福音移民開始，早期教會的同工也高雄、東港兩地通勤，思考與尋求服事東港的道路。
2009年的八八風災，屏東縣是受創最嚴重的區域之一，由於林邊溪堤防潰堤，導致林邊、佳冬等地遭大水淹沒，東港一帶也是多處淹水。2009年8月8日剛好是禮拜六，那時候一位同工原本想留在東港的教會據點，繼續預備隔天的主日聚會。雖然雨勢已經很大，但想著預備主日的重要，心中實在不願意離開東港回到高雄，但最後因沒水沒電，不得不聽從友人的催促，大半夜跟著友人離開，隔天一早同工準備返回教會，才知在他們經過雙園大橋約一個小時後，雙園大橋就因為高屏溪肆虐的洪水沖襲，橋面塌落，同工深深感謝神的憐憫與保守，才得平安回到高雄。
風災之後，更是挑戰的開始，大量且複雜的事工接踵而來。幫助災民的送餐服務、接待各教會協助清理的志工，以及短期收容中心的服事，讓東港牧鄰教會成為社區救災事工的重要據點。人力調配、物資發放等事工的衝擊，沒有讓同工們退卻，反而更加堅定「牧養我們的鄰舍」這個異象。這個時候，除了東港，林邊也成立了牧鄰教會，為著屏東受災區的福音需要，齊心努力。
教會成立之後，為落實牧養鄰舍的社區事工，與救助協會合作開設課後輔導班，接觸下一代的孩子。每週也有從高雄來的弟兄姊妹，以小組為單位，在東港的夜市進行佈道，也透過這些事工，更加深入地了解東港這塊土地。課輔班的過程也不容易，有些學生因為家庭疏於照顧，常常流著鼻涕、不修邊幅地來到教會，對人也沒有基本的應對禮貌...透過教會同工、課輔老師的陪伴，這些孩子可以在教會中被照顧，也有接觸福音的關鍵機會。教會同工也分享當時常有家長晚上、甚至半夜找不到孩子，打來教會求助，教會同工也只好帶著自己年幼的孩子，騎著機車，在東港的大街小巷中尋找迷失的小羊...這是為了「牧養我們的鄰舍」所擺上的代價。
教會的新移民事工更是充滿血淚，東港因為漁業需求，常聘僱大量外籍移工。但部分台灣雇主對待外籍移工不是太友善，也沒有堅持公平正義的原則。教會同工關心的移工中，有一個印尼漁工在船上作業中發生意外死亡，雇主所保的強制險應該給付180萬的保險理賠，但漁工家屬領到的，往往只有1-2萬塊...家屬還要負擔自己來台的機票，以及後續的喪葬費用，這對移工家庭來說，都是不小的負擔。或是一個工作大半年的移工，應該給他10多萬的薪水，其實已經不多，但也有僱主只給了1萬多...教會的同工在關心移工之餘，也提供相應的法規諮詢，甚至協助與雇主溝通，這些在異地打拼的辛苦移工，在教會的關懷中，也體會從神而來的恩慈與安慰。
鄉鎮的福音工作不易，人力的流失、高風險的家庭、產業的變動、移工的議題、牧者的難尋，都成為教會真實的挑戰，但同工們服事的心志沒有因為這些困難而改變，反而更加確信這是上帝呼召他們在此地的服事，挑戰一直都有，但神的恩典，也總是夠用！也感謝高雄巨蛋牧鄰行道會的林牧師，為期3年之久，固定來東港牧鄰行道會的禱告會，一同在禱告中彼此堅固，也安慰、激勵著同工們的心。
從2019年5月開始，東港牧鄰行道會和信義神學院基宣學程合作，期待透過神學院的課程資源，深化教會的同工訓練與門徒造就。幾位學生從「讀經生活與查經」、「敬拜與生命建造」開始，漸漸習慣，也期待每週的學習。在同心合意興旺福音的同時，對福音的認識、信仰的深度，也漸漸增長。忠心「牧養鄰舍」的這群人，也在神的道中，首先被耶穌基督的福音牧養，活出愛神、愛人的呼召。
這是信義神學院最南端的教學據點，需要大家的代禱與關心，距離雖然遙遠，但在神的國度中，他們是我們的弟兄姊妹，為著這群忠心良善的僕人感恩，願上帝使用他們的擺上，成就美好的果子！