嘉南地區契作種植硬質玉米面積高達1萬1千公頃，主要產區義竹、鹽水等將陸續採收，預估3-4月進入盛收期，正常收穫量每公頃預估超過6,000公斤。為保障農民收益，確保生產好品質，南區分署將於收購期間抽樣繳交籽實，送交檢驗確認國產非基改玉米，農民繳售籽實時應依規定配合留樣，民間烘乾業者也應配合留取農民濕玉米籽實樣品，未配合辦理留樣作業者，不可繳售硬質玉米。依規定繳交者，政府將以每公斤9元與農民契作，每公頃收購量6,000公斤，超出部分再以進口價向農民收購，加上農民還可領取每期作每公頃契作獎勵金60,000元，扣除生產成本，每公頃收益可達6萬元以上。
為滿足籽實採收及烘乾需求，南區分署輔導嘉義縣義竹鄉、六腳鄉、鹿草鄉農會、朴子市農會、學甲區等農會設置乾燥中心，必要時可協調公糧業者投入烘乾作業，預估每日烘乾量能可達2,500-3,000公噸。為方便農民就地繳交籽實，鹽水地區另設置一處集運設備，提供現代化設備，服務鄰近契作農戶，以促進農民採收後流程，烘乾繳交作業更有效益。
南區分署表示，為避免不法人士以進口玉米混充繳售，影響國產品質聲譽，全面辦理農民於繳交契作硬質玉米時，配合濕、乾籽實留樣，民間代烘乾業者應事先與經收農會簽訂配合留樣意願書，才可以代烘代繳玉米籽實。該分署將抽選樣品送交檢驗，確認是否基因改造玉米，如有不法混充情事，將取消核撥相關行為人的獎勵金及籽實價款，並移送檢調單位偵辦。為維護國產硬質玉米品質，也於田間取樣玉米葉片檢測作業，控管田間種植情形。該分署呼籲種植農民及烘乾業者照實繳交及烘乾留樣作業，確保硬質玉米產業永續發展。