公安九課因涉入外國政要暗殺案而開始追查駭客「傀儡師」，傀儡師會藉由網路入侵人腦、植入虛擬記憶。在一次追緝過程當中，雖讓傀儡師脫逃，但傀儡師的「靈魂」卻意外進入某個生化人的軀體之中，這具軀體因為被車輛撞到而被送到九課，經過調查，九課發現「傀儡師」原來並非人類。與九課合作查案的公安六課得知消息，趕過來想要帶走傀儡師，混亂之中卻被搶走了傀儡師，草薙素子一路追蹤，希望能跟傀儡師連上線，事情的發展竟出乎眾人意料……。