宣誓效忠極端組織「伊斯蘭國」（IS）的菲律賓南部叛亂團體，5月下旬在民答那峨島馬拉韋市發動恐怖攻擊，並與菲律賓政府軍展開軍事對峙。經過4個多月的激戰，菲國部隊終於在9月奪下叛軍指揮中心。這場反恐戰爭也再度牽扯出中共與美國在東南亞地區的角力。
西元1565年，西班牙軍隊入侵呂宋，攻占宿霧島，從此開始對菲律賓殖民。菲律賓（Philippine）這個名字就是由西班牙菲利浦國王而來。西班牙王國派任總督統治菲律賓，菲律賓南部民答那峨島、巴拉望省、蘇祿群島與婆羅洲的回教徒從西班牙殖民時代開始即被統稱為「莫洛人」（Moro），回教徒與菲律賓政府長達數個世紀的衝突也就此揭開序幕。
由於西班牙所屬的伊比利半島曾遭來自北非的回教徒統治長達7世紀，直到1492年才將回教徒驅離，因此，西班牙殖民者從菲律賓宣揚天主教開始，就對菲律賓南部的穆斯林極不友善，並加以迫害，莫洛人則開始反抗爭取獨立。1898年美西戰爭爆發，美國擊敗西班牙，將菲律賓割讓給美國。美國殖民時期給予莫洛地區自治權，但隨著1946年菲律賓獨立，菲國政府收回莫洛地區的自治權，導致菲律賓南部的穆斯林開始以武力手段爭取獨立。
菲律賓現任總統杜特蒂來自民答那峨南部大城納卯市，同時也是菲國史上首位來自民答那峨的總統，因此，當地民眾曾一度期待長期受到中央政府忽視的民答那峨能加速基礎建設，並促成菲律賓政府與回教分離組織，以及共黨游擊隊之間達成和解。
不料，宣誓向IS效忠的恐怖組織阿布沙伊夫與馬巫德分子於5月23日在馬拉韋市發動襲擊，占領多處政府機關後升起象徵IS黑旗，更與菲國軍警爆發激戰，迫使杜特蒂宣布民答那峨島戒嚴60天，並調動部隊打擊恐怖分子。隨著戰事加劇，IS開始號召印尼、馬來西亞與沙烏地阿拉伯等國的「聖戰士」加入戰鬥。
菲律賓自獨立以來一直與美國維持緊密關係，不論在政治、經濟與軍事安全領域。美菲軍事合作基礎建立在1947年簽訂的《美菲軍事基地條約》與1951年簽訂的《美菲共同防禦條約》上。2001年911事件後，美國提供了大量軍事援助，用於協助菲律賓加強打擊恐怖主義和南部叛亂分子的能力。
2016年，美國宣布提供菲國4200萬美元軍事援助，為911事件後新高，並與菲律賓簽署《加強國防合作協議》，作為美軍重返菲律賓軍事基地法律依據。對美國而言，部隊重回菲律賓，讓美國得以圍堵中共軍事擴張；對菲律賓而言，有了美國奧援，能作為與中共在南海議題對抗的後盾。
不過，2016年6月底杜特蒂繼任總統後，美菲關係出現變化。杜特蒂上台後大力掃毒，但是菲國警方經常未審先判殺害嫌疑犯，導致美國抨擊菲國人權惡化，杜特蒂因而口出惡言回敬美國駐菲律賓大使和時任美國總統歐巴馬，並提出「與中共、俄羅斯建立同盟」的主張，因而給予中共分化美、菲的好機會。中共在2016年10月杜特蒂來訪之際，宣布將提供菲國小規模軍援。馬拉韋戰事爆發後，中共提供了價值約735萬美元的武器，包括300枝步槍與100具榴彈發射器。
儘管杜特蒂上台後不斷威脅中斷美菲聯合軍演、揚言將美軍趕離菲律賓，但是在伊斯蘭極端分子占據馬拉韋後，美國仍然依據《美菲共同防禦條約》，由駐守菲律賓南部三寶顏巿的美軍特戰部隊提供技術援助，但美軍未直接投入戰鬥行列。為了協助菲律賓打擊南部恐怖分子，美軍9月開始在民答那峨島部署MQ-1C「灰鷹」無人機。MQ-1C改良自MQ-1「掠食者」，滯空時間約25小時，能搭載4枚AGM-114地獄火飛彈或GBU-44/B小型精準導引炸彈。
菲律賓的國力不強，因此，執政者的國家戰略認為應該讓大國在東南亞維持勢力平衡，並從大國之間的矛盾牟取利益。杜特蒂提出要建立「中共、俄羅斯和菲律賓同盟」的主張，並非真的要拋棄美國，而是有其背後的經濟考量。
菲律賓雖在2016年7月的南海仲裁案獲勝，但菲律賓漁民仍無法進入黃岩島周邊海域捕魚，杜特蒂試圖與中共修好，無非是希望能獲得中共經濟援助，並讓中共允許菲國漁民進入黃岩島海域捕魚。
杜特蒂視察馬拉韋前線後，驚覺菲律賓無法獨力應對極端穆斯林「聖戰士」，所以仍需接受美國軍事協助；菲律賓的軍事戰略為加強國土北、南與西面的防禦部署，這些也都離不開美國的支援。中共雖開始提供菲國軍隊打擊極端勢力所需武器，然礙於「中」菲在南海仍有爭端，因此與菲律賓軍事合作，中共仍有所保留，供應武器質量也不如美國。
杜特蒂上台後，因為人權問題與歐巴馬政府關係陷入緊張，更經常口出惡言痛批美國，但菲律賓國防部與外交部官員則一再放低身段表示，菲律賓仍與美國維持緊密的國防安全關係。