為避免非法棄置案件持續發生，環保署透過強化事業廢棄物產生源責任（連帶責任）、落實申報制度、車輛軌跡全面監控（清除機構全面裝設GPS）、處理及再利用機構加強管理等面向，並導入新型態的科技工具，嚴密控管廢棄物流向，以遏止非法棄置案件。此外，環保署修法提高非法棄置罰則及強化不法利得追繳，並持續深化檢、警、環聯盟機制之運作，透過政府、民間合作機制，伸張環境正義。
環保署表示，106年1月18日修正發布廢棄物清理法，其中第30條已強化事業的連帶清理及環境改善責任，並提高罰鍰及刑度，對於非法棄置等重大違規案件，以更嚴格的處分提高遏阻效果。為促使廢棄物產生者負起產源責任，環保署持續檢討強化相關規定，於109年5月7日預告修正「違反廢棄物清理法罰鍰額度裁罰準則」第2條，將違規受罰者的資力，納入罰鍰額度的計算審酌因素，課予一定規模以上事業應負較高的責任。
為增加事業廢棄物處理量能，環保署及地方政府持續輔導業者設置處理機構，107年至108年新增8家處理機構，年許可處理量增加約35萬公噸，未來3年預計可再增加10家處理機構， 年許可處理量可增加約58.8萬公噸。環保署推動廢棄物處理價格透明化，規定處理機構上網登載處理費用收費範圍。另環保署已協請經濟部、科技部及地方政府釋出工業區土地設置廢棄物處理設施。
針對污泥處理廠出廠的資源化產品品質，環保署於109年1月函頒相關審查作業參考指引供地方環保局使用，加強審核其產品品質、用途及流向，請地方環保局要求污泥處理廠追蹤及記錄資源化產品最終使用流向及數量，並由地方環保局監控其產品合法銷售至加工再製使用單位及運用至最終使用地點，以確保污泥處理廠妥善處理及其產品合法再利用。
環保署說明，為管理事業廢棄物清理流向，共列管4萬2千餘家事業應提具事業廢棄物清理計畫書送地方環保機關審核後始得營運，並以網路傳輸方式申報廢棄物清理流向。另為加強車輛軌跡全面監控，除目前已列管約1萬1千輛清運車輛裝置GPS，自108年至111年分4階段將取得清除許可的廢棄物清運車輛全數納管；相關申報資料及車輛軌跡由地方環保局進行勾稽稽查。另環保署已訂定「事業廢棄物清理流向勾稽計畫」，請各地方環保局配合執行，以落實事業廢棄物流向管制。
環保署自民國100年啟動檢、警、環結盟合作打擊不法至今，環保單位與各地方檢察署、內政部警政署保安警察第七總隊第三大隊聯合查緝環保犯罪案件總計查獲2,041件，移送法辦人數計7,766人，查扣機具數計2,260件，另依違反環保法令分析，以違反廢棄物清理法最多計1,724件（占84.4％）。此外，統計自104年至109年5月，檢、警、環結盟聯合查緝環保犯罪中，違反「廢棄物清理法」之案件總計897件，屬非法棄置行為並移送地檢署之案件計869件，佔97%，顯示結盟機制已有效打擊非法棄置不法行為，維護國土安全。
環保署進一步說明，國人環保意識持續深化，對環境品質的要求也日益提升。為保障國人居住環境的品質，環保署針對全國廢棄物的棄置場，已與地方環保機關建立定期巡查的機制，並建置管理系統追蹤，降低棄置場址之環境污染風險。另外，針對有立即危害環境之場址，環保署也積極協調場址廢棄物的清除工作，避免衍生更嚴重的污染，恢復環境原貌。
環保署表示，針對報導內容許多具有高污染風險的場址，經過政府多年的持續努力下，已逐漸恢復環境原貌，包括屏東縣新園鄉之污泥棄置、新竹縣新豐鄉之集塵灰棄置、臺南市二仁溪沿岸之電子廢棄物棄置等，而彰化縣伸港鄉大肚溪河口棄置之集塵灰，為環保署今年度預計完成廢棄物移除之重點場址。根據環保署統計資料，包含上述已經完成清運的場址，近5年來全國環保機關已通力合作完成全國71處非法棄置場址的廢棄物移除工作，未來也將繼續朝此目標努力。