該局進一步說明，營利事業的「基本所得額」是所得稅法規定計算之課稅所得額，再加上停止課徵所得稅的證券、期貨交易所得及合於獎勵規定之各項免稅所得之合計數，也就是說，營利事業如有證券、期貨交易所得或適用5年免徵營利事業所得稅之免稅所得時，即應填寫營利事業所得稅結算申報書中第2頁「營利事業所得基本稅額申報表」，當「一般所得稅額」低於「基本稅額」時，營利事業應繳納之所得稅，除按所得稅法計算之稅額外，還要就基本稅額與一般所得稅額之差額繳納，也就是要按「基本稅額」繳納所得稅。
該局舉例說明，甲公司103年度結算申報課稅所得額為100萬元，另有出售上市公司股票之證券交易所得為600萬元，屬停徵所得，甲公司103年度一般所得稅額為17萬元(課稅所得額100萬元×所得稅率17%)，所以，依所得基本稅額條例規定加計證券交易所得後之基本所得額為700萬元(100萬元+600萬元)、基本稅額為78萬元〔(700萬元-50萬元)×稅率12%〕，因此，甲公司103年度要繳納營利事業所得稅額78萬元。
國稅局特別提醒營利事業，於辦理營利事業所得稅結算申報時，如有證券、期貨交易所得或合於獎勵之免稅所得時，特別要注意申報及計算所得基本稅額，以免因短漏報遭補稅處罰。