共分為四個時期：
周人於公元前1100年滅商而建立西周王朝，雖然沿用商代遺留的禮儀及制度，但人們開始反抗舊有的禮節及思想。在這段時 期，人們開始道德崩潰，封建諸侯之間時有戰爭，政治及社會極不安定。兩位歷史人物應時冒起，其一是始創儒學的孔夫子(公元前557 - 479年)，他是社會改革者和導師，希望將動盪的時局回覆平靜。與其同時代的還有老子(生於公元前590年)，是道家思想始創人。道家思想偏向於哲學方面，而儒學則講求實際。這些思想至今仍影響中華文化，對中醫的實踐非常重要。
醫療組織，宮廷醫師需接受不同的專科訓練，例如疾醫負責疾病治療工作，屬現代醫學的內科，瘍醫負責治療瘡傷、皮膚病、骨折或其他創傷，食醫負責王宮內飲食調配，相當於今日的營養師。另外還有負責動物治療的醫師，是中國首個法定的獸醫。其時醫術已開始分門別類。
扁鵲的行醫手法是以四種中醫檢查步驟為基礎，即觀察病人舌、耳、鼻、眼、面、口及喉；聽診病人語氣、咳嗽或其他身體異動；詳細詢問病人的發病過程；最後會替病人搭脈。他更相信疾病是由於體內陰陽失衡所造成。以此，扁鵲被喻為是婦科、兒科、眼科、精神科及耳鼻喉科的治疾聖手。
在戰國時代，中國處於七國諸侯分割的情況。約於此時，陰陽學說和五行學說開始應用於疾病成因方面，更被發揚到作為學校教材並記載在文獻中。陰陽學說一直未能確定是源自那裡及什麼時期。
《內經》雖稱是皇帝所寫，其實是由數位作者經過長時間匯集而成的作品，它反映了秦漢以前的醫學成就。是由《素問》及《靈樞》兩書合成，《素問》於春秋戰國未期完成，而《靈樞》成書於公元2年，又在漢代(公元前206年至 公元25年)修改。《內經》是中國醫學理論的基礎，內容非常廣泛，除了醫學，亦闡述道德、哲學及宗教。其主題滲透、貫穿道家思想、陰陽學說及五行學說各方面。
在1973-1974年，長沙馬王堆墓穴出土了一批醫學文獻，屬於公元前168年以前的文物，其中有一本叫《五十二病方》，詳細記錄了52種疾病及52種方劑，是中國最早的中藥學參考文獻。雖然如此，《內經》仍是最廣泛參考的文獻之一，現今許多學者仍以《內經》的豐富內容為啟迪。