旗後砲台的主門朝南，面向旗後市街，在清末中國人的觀念而言，主門顯然具有重要的意義。例如在門的兩側分別嵌有「囍」字，似乎意味著他們祈求一座平安帶喜的砲台。但是這座大門在乙未割台之役時，被日艦砲火擊中，據文獻載，當時參加是役的日艦有吉野、秋津洲、大和、八重山、浪速、濟遠、海門及西京丸等艘。日砲擊中砲台門額，上面的「威震天南」四字前兩字被擊毀，因此日後所拍攝的照片上只見到剩餘的「天南」二字。旗後門額「威震天南」四字見一九二七年印行之陳錫如《留鴻軒詩文集》。復原工程上希望能恢復門額的四個字，但前兩字無法得知書法字體為何，因此在知之為知的原則下，門額只將「天南」二字按老照片放大摹寫為原寸大比例，供施工者按字形施作凸出之浮字。「威震」二字則只以相近字體刻陰線於門額上。如果比較港口北岸的「雄鎮北門」，我們顯然很容易聯想這是相對的句子，即「雄鎮北門，威震天南」。
也許當年題字者為同一人，書體應相同，這兩方門額之字體有可能為唐定奎請沈葆楨所撰書。當清光緒元年砲台落成時，主其事者為欽差大臣沈葆楨，而在旗後督造實務的是淮軍提督唐定奎。
在後操場的西側有一個房間內，發現尚保存一座灰泥砌築的供桌，形式較接近中國傳統的「翹頭案」，桌面平，但略有下凹之弧面，兩端翹起。前面以泥塑出案腳，略向兩側斜出，造型顯得四平八穩。當這座供桌出土時，其中表面略有破損，左側翹頭亦缺，經過小心清理積土之後，現出外型。修補時仍依據左右對稱原則予補全。相信這座磚砌泥塑供桌應是光緒元年（西元1875年）初建時物，深具保存價值。在這個供祭祀的房間對面的兵房外牆，有一堵凸出的小牆，其形制不明，據我們依其位置推測，或許為類似照牆之物，因為供桌上神明所正對之方向，有設置照牆之古老傳統。這堵小牆，也很完整地保存下來。供桌的長度約二公尺餘，深亦有六十公分，顯然可以供奉至少一尊神明及燭台、香爐的祭具。現場已經無法找到神像。我們研判可能乙未割台之役，黑旗軍撤守之後乏人照料，至日據時期才由里民栘至山下他廟供奉，我們尚未尋得如今供在何處。至於供桌上所供奉的神衹是什麼神？則很難直接考證，只能間接推測。按一般傳統，中國古代的軍隊常以關公作為戰神，民間有些則以封神榜所載的哪吒太子作為戰神。如果將來有必要的話，那麼不妨可供奉一尊關公神像在這間祭祀房中。再據中國古代民間的習俗觀之，那麼有可能被尊戰神的，除了關公之外，還有黃帝的蚩尤。據傳蚩尤發明金屬製武器，能征善戰，至漢朝時便以蚩尤為戰神，司馬遷史記封禪書曰﹕「三日兵主，祠蚩尤」，除了民間祭祀，官方也供奉之。在台灣，將蚩尤奉為戰神可能較少，將關公尊為戰神者似乎較普遍。關公被尊封為「關聖帝君」，今天民間將它視為財神，但古時舉凡布商、廚師、豆腐業、屠宰業、糕點業、命相家及武師、軍人等皆奉他為守護神，這是很出人意料之外的，可見關公確是一位深入人心廣受中國人尊敬的神衹。官方的尊奉記錄是明朝時關公與岳飛同祀武廟，關帝的誕辰日是農歷五月十三日。
在台灣清末幾座砲台中，我們尚未發現像旗後砲台這樣大的祭祀房。在台南安平的小砲台雉堞牆上有一凹入之小洞，上圓下方，猶如一個神龕，但未見有神像在內，據我們研判這亦應是一座供奉戰神的神龕。歸結起來，旗後砲台的神房與翹頭案實深具古代軍事文化史之價值。
清末旗後砲台駐軍的兵力很多，據史料顯示，光緒二十年十月旗後砲台的防衛兵力包括﹕分撥鎮海前軍右營右哨駐守，添額頭二等教習四名，砲手六名，筏夫三名，銅匠一名。每月加給薪糧大建湘平銀一百七十兩零八錢﹔小建湘平銀一百六十七兩一錢零六釐六毫。兵員數量，據同年盧德嘉《鳳山縣采訪冊》謂可容兵五百人。旗後砲台在清代實際上駐紮多少兵員呢？據清光緒十八年（西元1892年）全台營務處總巡胡傳行抵鳳山縣旗後視察時載稱，打狗三座砲台由副將萬國標管帶鎮海前軍右營管轄，以四哨駐大坪頂新砲台，以一哨分駐旗後與哨船頭砲台。因之，旗後的駐軍人數不會超過一哨，一哨約五十人左右。據乙未割台之役前的記載，當時由劉永福義子劉成良駐守打狗，據劉成良在光緒二十一年七及八月所發的「公牘砲簿」，當時劉成良統率的部隊稱為「福」字軍，鎮守打狗一帶。而旗後砲台所駐黑旗軍大約亦一百餘人，佈署最多時亦不超過兩百人。依此推算，每間兵房大約可住三人至四人。
旗後砲台之從興建、修建與改建，終至乙未割台落入日軍之手，這座砲台之生命歷程也是中國近代化過程中頗為戲劇化的寫照。伴隨它的人物也都是近代史上的要角，丁日昌、沈葆楨、劉銘傳、劉永福等人前後貫穿著旗後砲台的興亡史。