本代的故事劇情拉回一代之前，敘述主角 但丁（Dante）的惡魔獵人事務所剛成立，尚未正式營運之前，突然有一名神秘的男子 阿卡姆（Arkham）造訪，之後但丁便陷入一連串被惡魔追殺的事件中。身具惡魔異能且武藝高超的但丁自然不會把這些小嘍囉惡魔們放在眼裡，但是在這一連串事件的背後，卻是足以與他匹敵的雙胞胎兄長 維吉爾（Vergil）。 現身在但丁眼前的，是由地底竄起、巨大無比的高塔，塔頂則是失蹤一年後突然率領魔界大軍大舉來襲的維吉爾，槍砲刀劍並用，狂野如火般的但丁，以及堅持只使用日本武士刀，冷徹如兵的維吉爾，這對同為魔界最強劍士 斯巴達（Sparta）與人類女子混血後裔的兄弟，將要展開驚天動地的對決，並將揭開隱藏在維吉爾與阿卡姆背後的巨大陰謀... 《惡魔獵人 3》使用新的 3D 遊戲引擎製作，大幅強化了遊戲的畫面表現，並支援杜比 Pro Logic II 環場音效，在聲光效果、劇情演出、平衡度、運鏡與動作上都有大幅度的改進，並由有「惡魔畫師」異名的 ATLUS《真‧女神轉生》角色設定畫家 金子一馬 擔任但丁的惡魔化造形設計。 在遊戲系統方面，則是加入了 4 種各有所長的戰鬥風格「槍手（Gunslinger）」、「劍聖（Swordmaster）」、「騙徒（Trickster）」與「皇家護衛（Royalguard）」，分別具備遠距離、近距離、迴避 與 防禦 等專長項目，綜合了前兩代的各種戰鬥方式，並加以擴充。遊戲中玩家將必須要適時的發揮這四種戰鬥風格的長處，才能順利過關。 槍手具備各種花式的槍砲攻擊方式，包括在空中倒轉往下擊出一連串彈幕的「Rain Storm」，如同耍雙節棍般以散彈槍朝四方亂射的「Fire Works」，以及雙槍可同時攻擊不同目標的「Twosome Time」﹔劍聖顧名思義則是使劍的高手，可以施展出將劍高速迴旋的「Prop Shredder」，將劍射出的「Sword Pierce」，以及空中連續斬擊的「Aerial Rave」。 騙徒則是擅長各種靈活輕巧的特殊行動，包括飛簷走壁的「Wall Hike」，以及高速衝刺的「Dash」等。「皇家護衛」風格具備以往系列作中不曾出現過的「防禦」能力，使用此戰鬥風格的但丁將會已類似中國功夫的防禦架勢，來抵擋敵人的攻擊，並具備將敵人攻擊力積蓄於自身體內，再瞬間釋放出來的特殊攻擊方式，可說是一種攻守兼備的新風格。