根據該辦法，台灣地區經營者申請時，須准小三通備兩岸間道路貨運經營備案表，台灣地區有關部門的批件及其復印件，台灣地區登記的法人營業執照及物流公司其復印件。
《辦法》規定，大陸或台灣經營者擬從事平潭與台灣間大陸貨運道 路貨運的，應當提供規定的材料並向平潭綜合實驗區交通運輸主管部門備案，其收到備案材料後，將在2個工作日內簽署備案意見。對完成備案的台灣經營車輛，平 潭交通運輸主管部門將配發有效期長達3年的《台灣地區車輛大陸(福建平潭)道路運輸通行證》；對完成備案的大陸經營者，應根據台灣地區的有關規小三通貨運定辦理相應的營運手續。
《辦法》明確，經備案同意的經營者從事平潭與台灣地區間道路貨運業務時，所使用的貨車須通過滾裝船舶在平潭和台灣地區指定港口上下，並辦理口岸相關手續後，進入平潭或台灣地區。