展示空間一進去就是兩側大型的開放式水族箱，內有大量澎湖海域的各種活體海洋生物，包含海龜以及各種魚類。請各位留意一下，不要動手去摸去抓，也別餵食喔！小朋友更要趁機教導一下！
館內也有各種展示內容，可以讓大家更瞭解海洋生物的種種。有時間的話別走馬看花喔！詳細的看完內容絕對可以讓你獲益匪淺。
館內更有大量的活體生物展覽，龍蝦、小丑魚、海鰻、石頭公、獅子魚、櫻花蝦等等，種類繁多。
當然，大型的海洋池跟水底隧道也是不可或缺的，水中的神秘世界可以讓大家親眼目睹，不用只是在螢幕上觀賞。
看清楚印魚的吸盤了嗎？很像鞋底吧？
當然，紀念品、小吃區以及提款機也是一映俱全。
二樓還有景觀台，可以一覽水族館附近的海岸美景。
如果想來場深度的澎湖之旅，而不只是吃吃喝喝跟玩水上活動，那麼澎湖水族館是您不可錯過的選擇，來這邊認識一下得天獨厚的澎湖海域生態吧！