對於外界質疑那時大雷雨且能見度只有八百呎，為何要讓飛機下降，李萬里指出，由於天空上的雲是一向再移動，可能前一架飛機順遂下降，但隨後雲層就移動蓋住本來下降點；機場塔台的工作只是將飛機影致使定點準備下降，起頭下降後到最後距離跑道三百三十海哩要做出重飛或下降的位置時，是要由機長根據現場是否能看見跑道等情況來做決定。
飛航安全調查委員會執行長王興中表示，昨日共有十一位飛安會成員前往澎湖進行調查，並會針對天氣狀況做蒐集，但出事當下的天氣狀況是否影響到航班，必須要做通盤考量並看黑盒子內的資料才能夠做判斷；但因為飛機撞擊力量蠻大的，兩個黑盒子事實上有蠻嚴重的損傷，可能需要花點時間做乾燥等處理再取出來，希望裡面資料沒有被損毀。
目前按照國際民航公約劃定，會慢會在二十八天內會有初步陳述，正常的話三到四個月內會發失事實資料陳說。
民航局副局長李萬里一再強調，塔台只是提供當時天氣情況及相關資料給機長，並引導至固定位置準備降落；是否降落或開始降落後能能否順利落地，或是降落到一半需要重飛都是機長必須決定的，因為飛機是機長在駕駛。對於復興航空澎湖空難事宜，昨（二十四）日下晝機上兩個黑盒子已由飛安會人員，於下晝三點四十五分帶回台灣解讀。