隨著選舉結束，三通議題又再度的受到重視。三通對台灣未來的發展有深遠的影響，主政者不得不做仔細的評估。一般認為，三通對國家安全會有負面的影響，這點筆者表示贊同，一個負責任的政府必須將伴隨直接通航而來的安全問題做嚴肅的考量與評估，並找出因應之道。同時，在另一方面，又必須顧及經濟發展，回應民間要求三通的強烈訴求，這對政府而言的確是一大考驗。
事實上，筆者以為，政府已經找到了一個處理三通問題的正確原則。此一原則是「先海後空，先貨後人」。三通進展的緩慢，並不在於政府缺乏明確的政策，而在於兩岸無法就三通議題進入談判。我們先從「先海後空，先貨後人」原則看起，這個原則一方面可以就對台灣經濟發展較為迫切需要的海貨運先進行開放，滿足台商降低貨運成本的要求，另一方面可將安全上較為敏感的空運及人的問題暫時擱置，並隨情況發展逐步開放。有人主觀的認為此一原則涉及意識型態而持反對的態度，但筆者反而以為，這是一個十分符合現實需要的作法，並且將有利於兩岸三通的實質進展。
從談判的角度看，直接通航是一個十分複雜的問題，如果將人、貨、海、空一併處理，預料兩岸很難達成具體的協議，而會使談判途勞無功。事實上，單單海貨運一項議題就牽涉十方廣泛，更不用說兩岸簽訂航空協訂了。如果在初期，僅就海貨運進行談判，反而有助於協議的達成，使三通能夠有具體的進展。
在海貨運直航的問題上，雖然開放海貨運直航將有助於兩岸經貿往來並強化台灣成為亞太經濟中心的地位，但我們需注意的是，儘管開放直航與開放市場並不必然相關，而開放直航後仍有機會維持現有進口項目而不必增加，但是在兩岸加入WTO後，直航議題與市場開放議題已經很難分開，兩岸很可能在直航談判中即會依照WTO規範討論開放中國貨品進口問題。如此一來，直航談判就會變得很複雜，對台灣經濟的影響更難斷定。
不過以全球化的角度來看，開放海貨運直航，甚至依照WTO原則開放市場，對台灣整體經濟影響應該是利大於弊。事實上，開放市場對台灣經濟的衝擊應小於台商對中國投資，現在對中國投資幾乎已無實質上的限制，對開放市場也就不必太過擔心。比較值得憂慮的是，因開放市場對國內社會的影響。可以預期的，開放市場後將對國內的農業與內需傳統產業產生很大的衝擊，如何因應由此而產生的社會問題是政府應該即早籌畫的。同樣可預期的是，現在雖然支持三通的聲浪高漲，但屆時在討論開放市場時，另一股來自農漁民及內需傳統產業部門反對三通的力量將會順勢而起，對政府造成另一強大的壓力。這將是政府又一次所需面對有關三通問題的嚴格考驗。
畢竟台灣的產業向來都是在全球競爭的洗禮下茁壯，刻意避開中國，對台灣產業的發展未必有好處。筆者建議，儘速徹底探討海貨運直航（包括開放市場）對台灣經濟的影響，並據此擬定一套對國內產業衝擊的因應措施，在可能的情形下，進行兩岸海貨運直航的談判。至於空運及人的問題，真正要在這方面開放恐怕要等到兩岸某種程度的信心建立後才會有可能，這就要視整體兩岸關係的發展情形。當然，我們希望兩岸即早徹底放棄以武力解決兩岸問題的可能，透過各種方式架構一個良好的信心建立機制，以解決兩岸往來的安全上的顧慮，如此方有可能進行的正常的經貿交流。