1984年自國防醫學院退休的施純仁，原木在馬偕與亞東兩家醫院擔任榮譽顧問，協助兩院建立制度並訓練外科醫師，使這兩家大型的私立醫院成為教學醫院中的佼佼者，不料卻在 1985 年 12 月意外接到行政院長俞國華的邀請，請他出任衛生署署長。由於事情來的太突然，旦臨床醫師出身的他，從來沒想過自己會轉向公共衛生工作，因此他一再婉拒，但俞院長表示此一人事案已向總統蔣經國先生報備過，總統也已經同意，施純仁只得硬著頭皮接下此一重任。
雖然是公共衛生的生手，但施純仁有滿腔的熱情與理想，以「學習」的態度讓自己迅速的進入狀況。上任第三天他就找了醫政處開會，商暈推動器官移植法、專科醫師制度與修正醫師法的問題。積極的工作態度，讓原本對臨床醫師擔任衛生署長有所疑慮的人，都拋下原有的成見和他密切合作。
另一方面他深感任何政策的推動，事實上都必須得到民眾的配合才能成功，因此醫療觀念的推展是他的首要任務 ． 很多觀念只有臨床醫師或專業人士瞭解是不夠的，有必要時甚至應制訂具有強制力的法令，來改變一般大眾的觀念。同時他也打破一般認為臨床醫師較易忽略公共衛生與預防醫學的想法，在肝炎、小兒麻痺、愛滋病、登革熱等傳染病的防治工作上，都有亮麗的成績；在預防醫學的部份，他也委請醫界對癌症、腦中風、外傷三大主要死因進行流行病學的研究，進而提出全民量血壓運動與騎乘機車應戴安全帽等，積極推動預防保健的觀念。
專科醫師制度的建立、健全醫師法、制訂醫療法、公布腦死判定標準於合法的器官移植等政策的制訂，都是施署長的重要政績。施署長任內為日後台灣醫療體系的健全發展奠立重要基礎，也為台灣醫療體系的發展塑造一波波劃時代的里程碑。
陽明醫學院醫學系畢業，於美國密西根大學安娜堡分校從事衛生組織與政策博士班研究，後獲該校文化與歷史社會學博士學位。現任台北醫學大學醫學人文研究所教授兼所長、黃際鑫醫師人文講座教授、台灣生命倫理學會理事長、交通大學智慧生活科技區域整合中心城市營造總監。
長年推動社區健康營造與口述歷史工作，曾參與九二一災後社區重建，建立集集災後復建模式，並在災後發展出「以在地人自己從事口 述歷史的方式協助集集災後復建」的社區重建模式。之後更成立台灣社會改造協會，成為創會理事長。後續也開展協助台灣生技產業政策的發展，並為台灣生醫科技島之資訊數位平台建立合適的倫理管制示範。
論文曾發表於《現代美術學報》、《中外文學 》、《新聞學研究》、《台灣社會研究季刊》、《 台灣史料研究 》、《 台灣生醫研究倫理與社會福利學刊 》、《 台灣生命倫理學刊 》等刊物。出版著作包括 《 施純仁珍藏史料選集 》 、《董大成逝世周年紀念集 》、《醫療倫理諮詢：理論與實際 》、《 漢生病照顧者人物傳 》、《 人文、醫學、與疾病敘事 》、《 馬偕紀念醫院婦產部發展史 》、《 互信與堅持：萬國三十年的故事 》、《 抗 SARS 紀實》、《 戰後嘉義醫療發展簡史 》、《 台灣外科醫療發展史》等。