台灣高鐵公司響應行政院環境保護署「產品碳標籤核發及推廣」計畫，透過社團法人台灣環境管理協會輔導辦理「高速鐵路運輸服務碳足跡」盤查作業，計算「高速鐵路運輸服務」從原料取得、服務及廢棄處理階段等過程所產生之溫室氣體排放量，經台灣德國萊因技術監護顧問有限公司查證，於103年12月即取得行政院環境保護署「高速鐵路運輸服務碳足跡」標籤證書(碳標字第1414910001號)，率先國內交通運輸業者(航空/鐵路/捷運/公路/航運)，成為國內第一個正式取得「旅客運輸服務(陸上及水上運輸)」產品類別碳標籤之交通運具。並同時獲得台灣德國萊因技術監護顧問有限公司核發之「車站間旅客運輸碳足跡」查驗證書及標章，認證各車站間旅程之碳足跡，為亞洲首家取得國家級之碳標籤與獨立第三方驗證標誌的高速鐵路服務機構。
為展延此碳標籤之3年有效期限，本公司106年重新辦理碳足跡盤查及查證作業，並於標籤有效期限(106.12.16)屆期前3個月，向環保署申請展期，經審查通過獲頒更新的碳足跡標籤證書(碳標字第1714910001號)，認證碳足跡為：38 gCO2e/每人-每公里(每延人公里)，認證碳足跡為：34 gCO2e/每人-每公里(每延人公里)，並因達到3年內減碳量3%以上之承諾(減碳達6.19%)，再獲頒「減量標籤證書」(減碳標字第R1714910001號)。