營利事業總機構在中華民國境內者，應就其國境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅，惟其來自境外的所得，已依所得來源國稅法規定繳納的所得稅，於規定限額內自其全部營利事業所得稅結算應納稅額中扣抵。
營利事業依所得稅法第3條第2項規定，申報國外稅額扣抵營利事業所得稅結算應納稅額者，其扣抵的限額，應以加計國外所得額計算所增加的結算應納稅額為限，亦即應以國外收入減除相關成本費用後的所得額，再依我國所得稅率計算其國外已納稅額之可扣抵限額，而非按國外收入的毛額計算可扣抵限額。
國稅局舉例說明，一公司年度營利事業所得稅結算申報案件，該公司依境外所得國稅法規定繳納的所得稅為150萬元，在境外國取得技術服務收入為1,500萬元，該公司於計算國外稅額可扣抵限額時，不得逕將該筆技術服務收入的全數1,500萬元作為「國外所得」，而應減除其所提供的技術服務成本費用1,200萬元，經核算後國外所得僅300萬元，其因加計國外所得額而增加的結算應納稅額為51萬元（300萬元×17%），而非255萬元（1,500萬元×17%），是以，該公司可扣抵國外已納稅額的限額僅為51萬元，尚不得將境外繳納的稅額150萬元全數扣抵。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是加盟連鎖經營業者，營利事業總機構在中華民國境內者，其來自國境外的所得，如有申報扣抵境外所得來源國稅法規定繳納的所得稅，應特別注意限額計算是否正確，以免申報錯誤遭剔除補稅。
許多公司年初或年度中發放各種獎金屬非每月給付之薪資，每次給付金額超過起扣標準(108年度84,501元)，才須按固定稅率5%扣繳稅款，但仍應依所得稅法規定列單向國稅局辦理申報。
若有溢扣稅款，扣繳義務人可向國稅局申請更正憑單並辦理退稅；否則，所得人於次年辦理綜合所得稅結算申報時，亦可以將該扣繳稅款抵繳應納稅額，如有餘額也會退還。
阿甘創業加盟網提醒創業者、開店業者，特別是加盟連鎖經營業者，個人兼職所得及非每月給付的薪資，扣繳義務人每次給付金額未達起扣標準(108年度84,501元)者，免予扣繳所得稅，但仍應依所得稅法規定列單向國稅局辦理申報。