包括前行政院長謝長廷政治獻金、前總統李登輝疑洗錢等案件，都將待新總長提名的特偵團隊偵辦。檢方人士指出，特偵組未結案件不少，除華航購機案、機場捷運仲裁案、華揚史威靈案、國民黨三中案，案件較為複雜的還有謝長廷在高雄市長任內政治獻金案、藍營首長特別費案、二次金改案。此外，眾所矚目的319槍擊案，重啟調查後，也還在偵辦中。另外，特偵組成立3年來，雖已偵結不少特別費案，但仍有近200名被告持續偵辦中。檢方向相關單位調閱原始憑證發現，部分被告離開所服務公職的時間已超過10年，相關機關會計單位已依會計法或審計法規定，將原始憑證銷毀，無法調閱取得，案件陷入膠著。檢方人士說，特偵組雖在去年底偵結1 波與金控相關的案件，但金管會去年初移送的彰銀辦理私募發行特別股案、兆豐金控95年度董監改選案、中華開發金控96年度董監改選及華南金控96年度董監改選案，仍待調查。