「蘇聯入侵阿富汗令美蘇冷戰更加惡化。在1984年，一名獨眼，帶有一支假臂的男子來到了這個國家。知道他的人稱他為Snake。之前的身份是一名傳奇雇傭兵，隨著時間的流逝被人遺忘。Snake之前曾被美國私人情報網路Cipher致入昏迷。和Snake一起的是一個叫Ocelot的人，Ocelot是Snake的老友，當他醒后遭受攻擊時救過他。
現在Snake的前搭檔Kazuhira Miller被蘇聯在阿富汗的勢力劫持。Snake必須單人執行任務去營救Miller，並向世界證明傳奇雇傭老兵尚在人世間。