隨著個人申請等甄選管道名額比率逐年上升，又衍生出其他問題。為了早點錄取學校，高三生大多會先拚申請入學，但高三下忙甄選，難免會忽略課程，讓高中課程無法完整學習，加上可能有一半學生都先透過甄選錄取，不只影響其他仍要參加指考的學生，許多甄試錄取的高三生因為沒有完整學習導致學力不足，難以和大一課程銜接。
現行大學多元入學方案包括學測和指考兩種主要考試，及繁星推薦個人申請、考試入學三種入學管道，學測在高三寒假舉行，高三下辦理繁星推薦和個人申請，七月初舉行指考，再辦理考試入學分發，但多元入學實施至今，同樣產生弊病。