水木茂漫畫事業的轉折點是1964年《GARO》雜誌創刊，長井勝一前來邀稿，水木茂逐漸脫離貸本漫畫家身分開始小有名氣，更重要的是轉機則是1966年，《週刊少年Magazine》邀請連載，《墓場鬼太郎》（而後名稱改為較不恐怖的ゲゲゲの鬼太郎）與《河童三平》就此登場，水木茂的鬼太郎迅速引燃妖怪風潮，1969年鬼太郎甚至成為電視動漫，自此，水木茂奠定漫畫界的妖怪之父的地位。
在《ゲゲゲ鬼太郎》裡，鬼太郎形象有很大轉變，他長髮蓋住左眼，那裡是父親可以生存之處，畫風不再劇畫，更重要的是，鬼太郎化身為人類的英雄，他與侵入人間的妖怪搏鬥，在此過程，他可以化為與周遭環境相同的保護色，甚至可以斷掌但手掌依舊活動自如並與妖怪對決，鬼太郎完成任務之後，小動物都會唱起ゲゲゲ開頭的鬼太郎之歌。1969年，ゲゲゲ鬼太郎電視動漫板登場，水木茂親自填詞的ゲゲゲ鬼太郎之歌，也成為一代日本人的集體記憶。