環保署已於104年3月31日修正發布「水污染防治費收費辦法」，並定於104年5月1日開徵水污染防治費。徵收作業依對象不同分三階段實施，其中本縣屬第一階段應徵收水污費之對象共計有82家，為減輕對廠商衝擊，第一次申報繳納期限將予以延長，尚未申報繳納之事業應儘速完成，以免受罰。
第一階段徵收對象包含排放地面水體之事業(不含畜牧業)及工業區專用污水下水道系統；畜牧業自公告後第3年起徵收；第4年則是公共污水下水道系統、其他指定地區或場所專用污水下水道系統、社區專用污水下水道系統及家戶等。水污染防治費計算方式將依據水量、水質來計算費額，並依水質狀況減收，水質愈乾淨減收比例愈高，最高可打85折。
臺東縣環保局表示，本縣目前申報率已達94.7%，普遍高於其他縣市，對於縣轄內尚未申報繳交水污染防治費者，亦積極進行催繳作業中，經催繳又無故拒繳者，將依違反水污染防治法告發裁處。
環保局籲請事業單位應提升廢污水處理效率，降低排放水質濃度，或進行回收再利用等節水省水措施，減少排放水量，即可減少繳交水污染防治費。而所徵收之水污染防治費將專款專用於水污染防治工作上，以保護及提升水體水質，改善本縣生活環境。