「我們（新竹清華）的校徽和北京清華有點不同！」兩岸同源大學多，校徽又是如何使用？新竹清華大學表示，該校校徽已經註冊，且和北京清華略有不同，不會有混用商標的問題。至於交通大學、東吳大學、中山大學等兩岸同源大學校徽也都略有差套房飯店異，甚至完全不同。
經典國外訂房像新竹清華的校訓用篆體字，北京清華用隸書；新竹清華校徽外圍有一圈鋸好康偷偷說齒，北京清華沒有；更重要的是只有北京清華校徽有「1911」字眼。