早在 顏思齊(明天啟元年：西元1621年)、荷蘭人(明天啟四年：西元1624年)及明鄭時代等以前，此處即為漁舟、船隻往來頻繁之地。
漢人至此捕魚、與平埔族或原住民來進行交易，常可見於荷人的文件記錄中，笨港(荷文作Pon-can、Poon-kan、packan或Ben-kang等字體)原為笨港溪出海口一帶的港埠，來台(全島舊稱大員)定居漢人都以笨港做為出入的門戶，並與當地平埔族或原住民有通婚行為。
其中跟顏思齊與荷蘭等統治時期相關，以洪雅族、西拉雅族等有密切的關係。
洪雅族又稱為洪安雅或和安雅族，主要分布於今南投縣、彰化縣、雲林縣、嘉義縣市及今台南市新營區以北一小部份等境內，主要聚落有南投(今南投市)、北投(今南投縣草屯)、西螺、打貓(今嘉義縣民雄鄉)、他里霧(今雲林縣斗南鎮)、斗六、諸羅山(今嘉義市)等。
笨港溪水漆林、笨港一帶為全台漢人最先拓墾的地區，早在荷人據台前，就有 顏思齊者率領徒眾入墾笨港(從西元1625 年荷籍航海長 Iacob Ysbrantsz. Noordeloos 所繪實測台灣全圖，地圖中央上有 Packan等字體，也直接證明顏思齊來台屯墾之事實)，以牛挑灣溪以南(由北港鎮頂寮大排、元長鄉山子內大排在水林鄉蘇秦交匯，於口湖鄉下湖口匯集於笨港溪流入台灣海峽)、笨港溪以北等為主要開墾範圍，顏思齊登陸後選擇當時近海的水漆林設立營寨與笨港做為經商要地，有著密不可分的關係。
自明末 顏思齊、鄭芝龍登台時期(西元1621～1660年)等許多大陸漢人入墾笨港及附近地區，笨港因位於笨港溪南岸港口要地，又進入內地多以依靠水路為主，明鄭成功時期(西元1661～1683年)才擴展至全台，也讓笨港發達繁榮一段時期。
笨港真正範圍包含笨港街道(從四條街到八條街，後分笨北港八街、笨南港四街)，範圍包括今北港鎮大同、中和、仁安、仁和、公館、光民、光復、東陽、東華、南安、義民、共榮、賜福、華勝、新街及西勢等16里，新港鄉板頭、南港及共和等3村、六腳鄉蘇厝及崙陽等2村，笨南港又稱舊南港，則包括南港、下灣仔內、板頭厝、南壇、蘇厝寮及崙陽等聚落，而後來受大水氾濫遷移新開發的笨新南港，則包括蔴園寮及笨新南港街，後統稱為笨新港。
在清康熙二十九年(西元1690年)於台灣設立小型造船廠，同時兼具修船，逐漸就地取材，以台灣內山出產樟木，加上大陸福建杉木，做為製造船隻的材料，其中樟木作桅舵，另外在蘇澳設有蒸氣動力的鋸木廠，將木材加工製板，從設立由北到南自淡水(Tamsui)至恆春等沿海城鎮，都設有集貨處，再運回福州提供造船，也開始用台灣出產樟木來製造船隻。
由於對山區樟木不斷的開划，也間接上游木材隨河川流出，故清雍正年間有不少漢人在笨港溪南北兩岸及上游活動，包括今嘉義縣新港、溪口、大林、梅山、雲林縣元長、大埤、斗南、古坑、斗六等地從事拓墾。
由於早期笨港靠海，所以先民早年渡海到此多人聚集的地方屯墾，為尋求心靈的慰藉，都從祖居地恭請 神明隨其遷移到笨港等屯墾地奉祀，聚落與聚落的距離，大約在步行半日至一日的時程，這就是生活中食、衣、住、行的體現，然因現在所能獲見的原始材料如木刻墾契、紙寫墾照等非常少，以致完整的拓墾史甚難建立，但從各村聚落都有特別的信仰中心，每一村落的廟宇神明大多源自大陸，從廟宇的建築風格與大陸福建閩南地區(漳、泉州)相較，來對照看出彼此的脈絡。
荷蘭人初來台時，受限於測量儀器簡略，所繪地形圖精確度不高，故大員有分成三塊(大甲溪、濁水溪等分界)或二塊(濁水溪分界)的圖形呈現，地名位置標示也以空白處隨意來寫下，但都不失其本意，又明朝官方尚未統治大員，故相關文字記載非常少，直至明鄭成功來台後，才有較多的文史資料來供參考與佐證。