作為「一國兩制」框架下、粵港澳三地首次合作建設的超大型跨海交通工程，港珠澳大橋管理組織架構採用「大橋專責小組——三地聯合工作委員會(三地委)——項目法人(即大橋管理局)」的模式。朱永靈表示，該工程是粵港澳大灣區建設的「試驗田」，其三級治理架構、共建共管的管理模式，為大灣區建設提供了生動的案例。
「大橋管理局在工程實踐中取得了許多「一國兩制」體制下三方協同決策、協調發展、協商解決爭端的經驗。」朱永靈稱，特別是成功創立了包括多層公權力配置、良好法治環境保證、兩級協調、三級構架以及程序流程、議事協商和爭端解決模式等在內的完整的港珠澳大橋工程決策體系，對解決大橋前期關鍵問題的決策，推動大橋的建設及協調建設過程中出現的重大問題發揮了至關重要的作用，而這些基本經驗及管理人才團隊是粵港澳大灣區建設所急需的寶貴財富。
同時，通過港珠澳大橋中橋、島、隧多元化集群工程的建設，逐步系統總結出中國重大交通基礎設施的原創管理方略並形成行業技術標準，對粵港、粵澳間類似跨境項目及珠江口東西兩岸間同類跨海通道項目提供成套、成體系的管理理論及技術標準輸出，為大灣區乃至國內通道建設提供重要參考。
朱永靈表示，粵港澳大灣區建設已成為中國新時代「一國兩制」體制下的一項重大國家發展戰略，而交通一體化將成為建設大灣區所面臨的首要任務。綜合比較紐約灣區、舊金山灣區、東京灣區等國際知名灣區，粵港澳大灣區交通一體化面臨制度化差異、跨海通道基礎設施建設發展滯後、現代化的綜合交通運輸體系不完善等三個獨特挑戰。
「雖然隨著港珠澳大橋、虎門二橋、深中通道等跨海通道的陸續建設，灣區通道供給不足情況得到一定緩解，但仍然是滯後於經濟發展和百姓需求。」朱永靈認為，對大灣區現代綜合交通運輸體系的理解、分析和構建，必須把這一批新的重大工程納入其中進行重新認知和設計。同時，大灣區建設亟需重新統籌規劃大灣區交通運輸綜合體系的結構、功能及現代化水平，特別是要解決好如何提升內地交通與港澳交通之間、公鐵水空交通之間綜合運輸效能。
局長：一名，由「三地聯合工作委員會」三方代表各自推薦人選並由廣東方提名，經三地委審議批准聘任、續聘或者解聘。
副局長：三名，分別由內地、港、澳方各提名一名，並經三地委審議批准後由大橋管理局聘任、續聘或者解聘。