遠　光緒十七年（1891），江蘇揚州會黨為反抗教會勢力，發布揭帖，約期拆毀教堂。地方官出示禁止。但告示甫出，即被人撕碎，另貼紅條雲：「官府受賄，保護洋人」。四月間，五、六千人包圍教堂，沖壞後門，打毀圍牆。後地方官派兵強行將群眾驅散。
光緒十七年（1891）四月二十五日，江蘇丹陽縣人民發現教會墓地埋葬兒童屍首七十余具，育嬰堂內亦無一活嬰，遂產生公憤，群起將教堂焚毀。官府速派兵彈壓。無錫、金匱、陽湖、江陰、如皋等縣，亦紛紛掀起反洋教斗爭。兩江總督劉坤一將六個知縣一並懲處，又將二十一人逮捕判刑，賠款十二萬元結案。
光緒十七年（1891）四月二十九日，天主教徒歐陽理然攜帶四名幼童送往九江法國天主教堂，路過湖北廣濟縣武穴鎮碼頭時，死去一名幼童。當地群眾對教會積憤已久，見此更怒不可遏，當即聚眾千余人，焚毀武穴教堂，擊斃英國金教士（William Argend）及海關檢查員柯林（Green）。停泊九江的美國軍艦聞訊後，迅速開赴武穴示威，會同英國駐漢口領事要求「懲凶」。湖廣總督張之洞遂將為首民眾二人處死，八人充軍或笞杖，賠款六萬五千元。
光緒十七年（1891）七月二十八日，湖北宜昌法國天主教聖母堂收買一名被的游姓幼童。二十九日，親屬到堂索還，居民也群集堂外並向官府報告。知縣派人到教堂檢查，隔壁美國聖公會洋教士竟向群眾開槍，擊傷一人，數千人激於義憤，焚毀法國天主堂、聖母堂、美國聖公會三處及英教士和商人住宅六所，並毀壞英國領事署，打傷法國、比利時、意大利傳教士四人。事後，英、法、美、意、比、德、俄、日、西班牙九國駐華公使聯銜向清政府交涉，英、法戰船上駛宜昌，駐泊漢口的英、德、俄、意四國戰艦定期聯合放炮「演習」，陸戰隊在租界「操演」，進行武力威脅。湖廣總督張之洞電令宜昌地方官「懸賞緝凶」，將朱發全、趙宗雅等十余人充軍或笞杖，賠款白銀十七萬五千余兩結案。
《新學偽經考》是康有為所撰關於變法維新的重要理論著作，共十四卷。光緒十七年（1891）七月刻成，初刊於廣州。該書動用歷史考證的方法提出：東漢以來歷代統治階級奉為經典的古文經《毛詩》、《書經》、《周禮》、《逸禮》、《易經》、《左氏春秋》等，均系東漢時劉歆偽造，故稱「偽經」；劉歆偽造經書的目的，是為王莽篡權制造理論根據，湮滅了孔子的「微言大義」，是新莽一朝之學，故稱「新學」。《新學偽經考》引導士大夫懷疑古代典籍，向維護封建制度的理論根據提出挑戰，打破了泥古守舊、恪守祖訓的陋習；為變法制造輿論，在當時影響很大。但把古文經傳一概斥為偽造，不免武斷。該書問世後，多次翻刻、石印，流傳頗廣。光緒二十年（1894）、光緒二十四年（1898）、光緒二十六年（1900），清朝政府曾先後三次下令將此書毀版。
光緒十七年三月（1891），天主教會在熱河建昌（今遼寧凌源）派遣教民強行向各舖戶「借糧」，在理教首領林玉山、徐榮到教堂說理，徐榮被教士槍殺，林玉山逃脫。教堂進而建立武裝，戕害人民。被迫害的農民、礦工礦工相率參加金丹道和在理教，反抗壓迫。十月初十日，金丹道首領李國珍、楊悅春宣布起義。十三日，攻克朝陽。在理教首領郭萬淳（一作萬昌）率眾數千人響應。十一月初一日，起義軍占領烏丹城，李國珍號稱元帥。赤峰、建昌一帶貧民紛起響應。一月之間，隊伍發展到數萬人，分設將帥，立三十六營，縱橫數百裡，橫掃四州縣，聲威大振。所到之處，「焚堂滅教」，前後懲辦了八百多名教士、教民。清政府急調直隸、熱河、奉天三省軍隊「合剿」。起義軍堅持了兩個多月，大小數十仗，最後失敗。李國珍、楊悅春、郭萬淳等死難，二萬多起義群眾遭到屠殺。
光緒十七年（1891），康有為在廣州長興裡開設「萬木草堂」，聚徒講學。康有為自任總教授、總監督，撰《長興學記》以為學規。以康著《新學偽經著》、《孔子改制考》為主要講學內容。探討中國數千年學術源流，歷史政治及其沿革得失，兼授西方哲學、歷史及社會政治學說。鼓吹托古改制，按照改良派的需要塑造孔子、改造儒學。學生最初不滿二十人，光緒十九年（1893）增至一百多人，其中梁啟超、麥孟華、徐勤、陳千秋、歐矩甲等都成為日後變法維新運動的重要骨干。光緒二十年（1894）被清政府解散。