1988年縣改區後，原區公所改為辦事處。是年，全區有9個辦事處，10個鎮，35個鄉，627個村，2個區屬場。
1989年撤銷謝家鋪鄉，設立謝家鋪鎮。
1991年撤銷灌溪鄉，設立灌溪鎮。
1992年撤銷蔡家崗鄉，設立蔡家崗鎮。
1993年撤銷韓公渡鄉，設立韓公渡鎮。
1994年撤銷洞庭鄉、中河口鄉，設立十美堂鎮、中河口鎮。
1995年11月，全區撤處並鄉。撤銷蒿子港、石公橋、大龍站、河洑、牛鼻灘、鬥姆湖、石門橋、黃土店、港二口9個辦事處。保留武陵鎮、蒿子港、中河口、十美堂、鎮德橋、牛鼻灘、灌溪、蔡家崗、鬥姆湖、黃土店10個鎮和黃珠洲、黑山嘴、大龍站、雙橋坪、長嶺崗、石板灘、雷公廟、丁家港、草坪、唐家鋪、滄山、錢家坪、港二口、堯天坪、長茅嶺及許家橋回族維吾爾族民族鄉等17個鄉。將衝天湖並入石公橋鎮，瓦屋壋鄉並入周家店鎮，斷港頭鄉並入韓公渡鎮，康家吉鄉並入石門橋鎮，趙家橋鄉、官橋坪鄉並入謝家鋪鎮，肖伍鋪鄉並入白鶴山鄉。撤處並鄉後，全區原9個辦事處及40個鄉鎮變更為33個鄉鎮。同年11月，撤銷草坪鄉、港二口鄉，設立草坪鎮、港二口鎮。
1996年5月，將謝家鋪的12個村劃歸石門橋鎮;周家店的李家橋村和大龍站鄉的富貴坡村一組劃歸區園藝場;韓公渡的3個村劃歸常德特種養殖總場。同時，撤銷大龍站鄉、堯天坪鄉，設立大龍站鎮、堯天坪鎮。
1996年9月，撤銷雙橋坪鄉，設立雙橋坪鎮。
1997年12月，撤銷雷公廟鄉，設立雷公廟鎮。
1998年5月，撤銷石板灘鄉，設立石板灘鎮。同年12月，逆江坪鄉高岩塘村泉水洞劃歸花岩溪旅遊度假區。
2003年全區共22個鎮，11個鄉，4個農林場，74個居委會，563個村委會，6696個村民小組。
2014年1月，撤銷鼎城區武陵鎮，設立玉霞、紅雲、郭家鋪3個街道。
撤銷鬥姆湖鎮，設立鬥姆湖街道。
2015年11月，全區鄉鎮行政區劃調整，十美堂鎮、黃珠洲和黑山嘴2個鄉成建製合並設立十美堂鎮，長嶺崗鄉和蔡家崗、雷公廟2個鎮成建製合並設立蔡家崗鎮。雙橋坪鎮和大龍站鎮成建製合並設立雙橋坪鎮，堯天坪鎮和長茅嶺鄉成建製合並設立堯天坪鎮，謝家鋪鎮和唐家鋪鄉成建製合並設立謝家鋪鎮，滄山、錢家坪2個鄉和黃土店鎮成建製合並設立黃土店鎮，港二口鎮和逆江坪鄉成建製合並設立花岩溪鎮，許家橋回族維吾爾族鄉和丁家港鄉成建製合並設立許家橋回族維吾爾族鄉。蒿子港、中河口、牛鼻灘、灌溪、韓公渡、周家店、石公橋、鎮德橋、石板灘、草坪不作調整。
2016年4月，全區合鄉並村後，共有18個鄉鎮，4個農林場，4個街道辦事處，76個居委會，226個村委會，2898個村民小組。