於2000年5月20日到職就任後，以「創造乾淨、整潔、舒適」以及「環境與生態」為理念，加強生態保育工作，並積極推展非核家園。
因應高雄縣爆發旗山溪遭不肖業者傾倒廢有機溶劑及紅蝦山非法掩埋棄置場事件，造成飲用水源污染，2000年8月25日林署長至佳璋製磚廠實地瞭解該廠廢水污染旗山溪情形後，積極推動「全國事業廢棄物管制清理方案」（行政院於2001年1月17日核定），該方案確認應由經濟部負起有害事業廢棄物處理與最終處置設施之統籌規劃、分工協調與推動的責任。同年10月21日成立「事業廢棄物管制中心」，加強事業單位申報資料之勾稽比對，並加強稽查工作，避免棄置事件發生，並積極輔導公民營廢棄物清除處理機構。
任內積極參與國際環保事務及建立合作關係，包括2000年10月23日率隊參與美國檀香山市舉辦「永續發展與大眾參與－二十一世紀願景」中美雙邊會議，2001年1月12日則與美國加州環境保護局局長溫士頓．西考克斯簽訂中華民國環境保護署與美國加州環境保護局間合作協定（譯），並自2001年1月12日生效。
林署長任內也充分與國內產業界溝通，包括2000年12月10日舉辦「四倍數－資源效率革命」座談會，由署長主持，會中邀請德國國會議員Dr. von Weizsaecker與賴立法委員勁麟、永豐餘公司何董事長壽川、臺大於教授幼華、工研院楊副院長日昌、台積電黃副總經理彥群等產官學界代表進行座談。
任期內積極推動與民眾權益或提升環境品質相關的制度，公告訂定的重要法規命令或行政指導包括：木製玩具環保標章規格標準（2000年7月17日公告）、行政院環境保護署訴願案件閱卷作業要點、行政院環境保護署訴願案件言詞辯論作業要點（2000年8月10日公告）、臺灣地區沿海海水區範圍及水體分類（2000年8月30日公告）、中小型廢棄物焚化爐戴奧辛管制標準（2000年10月11日發布）、民眾檢舉違反廢棄物清理法案件獎勵辦法（2000年10月18日發布）、海洋污染防治法（2000年11月1日公布）以及政府政策環境影響評估作業辦法（2000年12月20日發布），並於任期內推動訂定有害事業廢棄物認定標準（2001年3月7日發布）。
此外，任期內行政院於2000年9月28日核定臺灣地區河川流域及海洋經營管理方案第一期計畫-二仁溪、將軍溪之污染整治，優先整治二仁溪及將軍溪等河川，同年10月6日中央與地方宣示成立二仁溪巡守隊，宣示啟動徹底解決二仁溪污染的決心，二仁溪水質改善的契機就此展開。
林署長任期內也是國內焚化爐興建驗收成果的時節，包括：當時臺北縣八里垃圾焚化廠開始接收測試、臺中縣后里垃圾焚化爐完成驗收、高雄縣岡山垃圾焚化廠完工、新竹市垃圾焚化廠完工移交、屏東縣崁頂垃圾焚化廠完工、彰化縣溪州垃圾焚化廠完工、嘉義縣鹿草垃圾焚化廠點火等，對於日後民眾生活廢棄物的處理發揮極大功能，進而提升環境品質。
2001年1月14日希臘籍貨船「阿瑪斯號」在屏東鵝鑾鼻東岸外海擱淺，漏油污染墾丁海域及沿岸，成立「跨部會緊急應變小組」，動員包括國軍八軍團在內之人力全力清除油污，同時強化地方環保機關權責，落實聯合國地球高峰會議所倡導之「在地行動」。並委請中央大學遙測中心協助進行遙測、蒐證以掌握油污流佈範圍，做為求償之依據，同時聯繫相關單位協助持續處理清除油污等相關事宜，以兼顧污染清理及環境生態保育；並於2001年2月建置完成「阿瑪斯號本署處理報導」網頁專刊，每日提供本署處理情形報告，並提供油污現場衛星影像圖、現場直昇機空照影像檔及新聞稿共40則，以讓民眾對於油污事件處理狀況之及時瞭解，發揮資訊公開精神。
林署長並開啟與民眾直接溝通的先頁，辦理署長與民有約，面對面解決環保問題。