1998年，李孟哲前往歷史上第一間海外台灣教會「東京台灣教會」牧會，今年正好滿20年。目前在日本，關東地區共有5間、關西地區則有3間台灣人教會。
李孟哲回憶，當年他在台南神學院教書，受邀前往東京台灣教會牧會，了解教會歷史起源於查經班，是追求信仰重要的基礎，而現今聚會的會友有五分之一來自外地，甚至需要開車3個小時前來禮拜，在交通費用高昂的日本，單趟過路費就需要9000日圓，讓他內心深受感動，也是最終答應前往日本牧會的原因之一。 李孟哲解釋，東京台灣教會會友多是行醫或經商，與當年留學日本的背景有關。牧師黃彰輝留學時期曾於此聚會，日本時代政策要求宣教師必須會講日語，甚至連醫師蘭大衛都曾來過此地學日語。由於台灣人在語言文化方面跟日本有差異，意識型態亦有所區隔，教會對當時的台灣人來說是很重要的心靈居所。
台灣人教會的定位 李瑪珍分享，許多會友因為過去是來自台灣的留學生，一起聚集能夠品嚐台灣料理、一起關心台灣政治情況，也有從美國回來的台灣人，因此主日學教學常需要多語並用，在觀念上也因為背景不同而有著細微的差異，例如在垃圾分類方面，每次聚會後牧師都會親自檢查是否分類妥當，用「身教」來影響每一個會友。
「所謂台灣教會，不是只有講台語而已，因此不叫台語教會。包括台灣意識、台灣文化、台灣認同，不是只有侷限在語言，而是含括每一層面的關心，包括為故鄉禱告、讓台灣成為新而獨立的國家、成為上帝歡喜的國度。」因此李孟哲講道中會特別穿插台灣俗語，並標注白話字，讓沒有意願學白話字的會友也能持續接觸。李孟哲笑說，在施行之初，他會在台灣俗語白話字下面標注華語，起初大部分的人都只看華語，然而他一段時間後就把華語的文字濃度調淡，後來越來越淡，乾脆就直接把華語拿掉，會友亦能適應白話字的閱讀。李瑪珍也分享，她認為學習台語「就算只有一句也好」，只要能持續接觸台語都是好事。