王爺信仰的由來，可追朔到唐朝或更早。最早的王爺，可達三百六十多位，大部分與瘟神有關，即：王爺乃管理、傳播瘟疫的神明。
瘟神系統：王爺既是上天所派（代天巡狩），管、傳瘟疫之神，故早期，民間不敢久留其於鄉里，常會以「王船」形式，把王爺送到外地，或者焚燒送其回天庭，後期，逐漸變成掃蕩瘟疫的大神，如：五年千歲。
全臺宮廟所供奉之主神共有 二百四十七種之多，其中具有廿座以上的寺廟者有廿九種，超過一百座以上的有九種神明，最多的是王爺，共有七百一十七座，足見王爺信仰的普遍。
在臺閩有許多的「王爺廟」，這些廟裏的王爺照例會冠上一個姓，稱為「某府王爺」或「某府千歲」，俗說共有三百六十王爺，共一百三十二姓。假使三個王爺或五個王爺合祀在一 起，則稱為「三府王爺」、「五府千歲」等。供奉王爺的廟亦稱「 代天府」，王爺出巡則稱為「代天巡狩」。
相傳是因為唐代，五位進士(又說是三十六進士)，進京赴考，然而在途中見瘟神在井中下毒，為救眾生，五位進士便投井自殺，來阻止人民取用，瘟神所降之瘟毒，未能完成，玉帝得知，乃冊封為王爺，掌管瘟疫，並敕令代天巡狩。
另一說是明初，三十六進士為了參朝，不幸搭船翻覆無一倖免，皇上為了感念他們因公殉職，乃敕封為王爺。
五福大帝又稱五靈公、五瘟神，根據福建省福州白龍庵，扶鸞記事云：五福大帝，本為大明崇禎年間，泉州城五縣之舉子，路過福州南門外白龍山，即住在山上五瘟廟，因五位皆是寒儒，則以廟暫時來棲身，五月初四夜亥子交時，五位舉子有疲勞之感，則有睡意，但似眠非眠似夢非夢，突見功曹由天而降，宣讀玉旨曰：福州全省城人民，惡多善少，命五瘟廟之神，降瘟疫于省城內外『五瘟之神速往全省城，五口水源之大井，投瘟毒于井中，使全省城作惡之人，當受瘟疾慘死。
宣讀完畢，此功曹瞬間消失蹤影，這「五位舉人」由惶恐驚醒，互相交談自己目睹情景，竟然一樣，在商議之下，就前往功曹所說之，五口大井之處，這「五位舉人」，因恐瘟神將瘟毒投入井中，而全福州滅亡，慈悲心腸，由衷而發，決議之下，五位就跳落五口井自盡，以示全城人民，這五位舉人分別是…晉江-張生、惠安-鍾生、同安-趙生、南安-劉生、安溪-史生。 福州人民，見井中有人自盡，不敢取井水飲食，其中鍾生中毒甚重，變成尖嘴，全省城百姓感念其恩德，立廟奉祀，瘟神所降之瘟毒，未能完成玉旨，而有人代替福州省城滅絕，玉皇上帝查其本源，方知是五嶽之神下凡轉世。
玉皇上帝念其不忘根本，捨身救人的精神，敕封為瘟部主宰，勸善除惡，解瘟正神五靈…崇禎皇帝，褒封為五福大帝…張元伯封為顯靈公，鍾士秀封為應靈公，趙光明封為振靈公，劉元達封為宣靈公，史文業封為揚靈公。
福州人民虔誠祭拜，又尊稱五靈公為五部大堂，相傳，清聖祖又敕封為五部主宰，以隆重祀典祭拜，祈求庇佑福州全省城，三山黎民，在「台南」奉祀五福大帝的廟宇，稱為全台白龍庵-靈堂。
除了五位主神外，還有名聞全省的八家將。八家將是文武雙差，枷鎖兩大神，左右掌刑，捉拿兩神，春、夏、秋、冬、四季神，文武判，奉請五福大帝，來台的巡撫尤崇，弟子尊稱為，中軍爺，全省奉祀五福大帝，五靈公的廟宇，訂定農曆三月初三為，聖誕千秋，七月十日為祀日。