憲法是國家主權最集中、最權威的法律體現和表達，是國家的根本大法，是這個國家所有法律的淵源。香港基本法根據國家憲法而制定，憲法是母法，基本法是子法。先有憲法，再有基本法，再有香港特別行政區。回歸後香港的憲制必然以國家憲法為基礎，基本法是憲法的修改補充和發展完善，是中國憲法特殊的組成部分。因此回歸以後的香港，基本法有規定的，按照基本法辦事；基本法沒有規定的，適用國家憲法。
回歸前香港的憲制秩序以英國憲法為核心，在英國憲法架構之下，英國國王用王室特權立法的形式為香港制定了憲制文件，即《英皇制誥》和《皇室訓令》，這兩個憲制文件在155年英國管治期間，經過20多次的修改補充，在回歸前不久還在繼續修改。這說明英國當時統治香港是非常隨意的，重大事項都是通過《英皇制誥》和《皇室訓令》來實施，而不通過英國正式的國會立法。
憲法是國家主權最集中、最權威的法律體現和表達。一個國家、一個主權、一部憲法，是各國的通例。香港回歸以前國家憲法已經產生。國家恢復對香港行使主權，國家憲法必然開始在香港適用，對香港產生法律約束力。但是，國家憲法直接在香港適用有障礙，也就是那些關於社會主義的內容不符合「一國兩制」原則，無法在香港實施，因此必須對這些規定進行修改。制定基本法就是對憲法中不符合「一國兩制」要求和香港實際情況的地方加以修改補充。這些被修改補充的地方，就是今天的香港基本法。可見，基本法是為了適應國家統一的需要，按照「一國兩制」原則和香港的實際情況而對憲法進行的修改補充，是我國憲法與時俱進、不斷完善發展的表現。回歸後香港憲制自然以國家憲法和基本法為基礎。先有憲法，再有基本法，再有香港特別行政區。憲法是母法，基本法是子法。
但是，基本法畢竟不是「憲法」，沒有對國家憲法進行全面修改，只是部分修改補充。凡是沒有修改補充的地方，主要是關於「一國」的制度體制，這些當然對香港有效。因此，制定基本法不是再造一部與國家憲法平起平坐的另一部「憲法」，基本法不取代憲法，而是憲法的補充發展完善，對憲法在香港特區的適用進行了適應化處理，是國家憲法特別的組成部分。
從內容來看，基本法沒有修改中國國家層面的基本制度體制，不改變國家層面實行的社會主義。在此前提條件下，基本法對憲法規定的中國地方制度進行了重大修改補充和發展完善。本來，現行憲法在原有的省、民族自治區和直轄市三種省級政權制度之外，已經創設了特別行政區地方建制，制定基本法就是把這種新的地方制度具體化、明確化，這是對憲法關於地方制度規定最重大的發展完善。
根據憲法和基本法創設的特別行政區不是獨立於中央政權的，必然與中央政權產生千絲萬縷的關係，基本法對此也做了明確規定。一旦在國家層面處理特別行政區事務，就不僅僅依照基本法辦事，更要按照憲法處理有關事務。因此，香港回歸後，凡是基本法有規定的，一律適用基本法（「兩制」）；凡是基本法沒有規定或者規定不明確、不足夠的，自然適用國家憲法（「一國」）。而適用憲法，不需要將憲法列入基本法附件三，是自然對香港生效的。
具體而言，根據中國憲法單一制原則和「一國兩制」精神，憲法整體上適用於香港特別行政區。怎麼適用呢？有兩種情況：
第一，把憲法裏面規定的社會主義的意識形態、制度等內容通過基本法進行修改補充，憲法關於社會主義的規定，就通過基本法作出特別、例外規定，也就是說基本法有規定的，就按照基本法的規定辦，這是「兩制」的部分。
總而言之，一種情況是憲法通過基本法適用於香港，基本法就是憲法的修改補充。一種情況就是基本法沒規定的，自然適用憲法。換個說法，基本法是授權法，中央沒有通過基本法授予香港的權力，權力仍在中央，中央行使權力，當然要依據憲法。所以，香港新憲制必須以國家憲法為基礎和核心，不能把基本法孤立於憲法，把基本法打造成獨立於國家憲法的「香港憲法」。
有人說憲法只有第31條才適用於香港，其他條款不適用，這種說法肯定不對。基本法序言明文說根據《中華人民共和國憲法》制定基本法，沒有說僅根據憲法第31條制定基本法，憲法的每一部分都不可分割。