馬偕回台後，親自選地、設計、督工，由廈門進口磚瓦和福杉等建材，於 1882 年 9月完工開學，取名「理學堂大書院」，英文校名Oxford College（牛津學堂）此後成為長老教會培育傳教、醫療和教育的基地。
牛津學堂(在現今的真理大學校園內)，是極有趣味的中西合壁建築，模仿四合院農宅樣式，建築匠人因複雜而無法溝通時，則削蕃薯示範，並以糯米烏糖、石灰與砂相拌代替水泥，屋頂上的小塔，一直到有人曲解其意義，其實是教堂的帽尖(pinnale)但他以中式造型取代。