為因應公司獎酬員工制度及財務會計準則公報第39號費用化規定，財政部前陸續發布相關釋令。其中公司以庫藏股獎酬員工之課稅規定，該部以97年8月27日台財稅字第09704543850號令(以下簡稱97年庫藏股令)核釋，自97年1月1日起，公司決議以庫藏股獎酬員工時，其依財務會計準則公報第39號及相關函釋規定估計員工認股權之公平價值或內含價值，得認列為薪資費用，嗣後公司如將股票折價轉讓予員工，應就折價部分認列為其他收入課稅，以避免公司將原屬所得稅法第4條之1規定不得自所得額中減除之庫藏股交易損失隱含於前已認列之薪資費用中，自課稅所得中減除。
財政部說明，近來發生一則實際案例，公司因每股庫藏股折價金額過大，致其依上述97年庫藏股令認列之其他收入，超過前已認列之薪資費用。舉例說明之，甲公司購回庫藏股成本為每股100元，其依前揭財務會計準則及函釋規定估計之每股認股權價值為10元，並據以列報薪資費用；嗣後該公司如以每股70元(扣除證券交易稅及手續費淨額)轉讓予員工，每股折價為30元(100元-70元)，依97年庫藏股令認列之其他收入為30元，超過前所認列之薪資費用10元，似有超額課稅之虞。
財政部指出，為落實97年庫藏股令意旨、合理課稅，爰補充核釋公司折價轉讓庫藏股予員工之課稅規定，明定公司應轉列其他收入之金額，應以前所認列薪資費用總額為限。以上開釋例而言，因甲公司轉讓庫藏股之折價金額30元超過已認列之薪資費用10元，故其依97年庫藏股令認列之其他收入即以認列之薪資費用10元為限。另針對該令所稱「每股折價」之定義，併同補充釋明為按公司轉讓庫藏股予員工之價格，減除庫藏股取得成本及轉讓庫藏股之必要費用後之餘額，俾資明確與合理。