自由經濟示範區超最惠國待遇合宜嗎？
當立法院最近在審議事「自由經濟示範區特別條例草案」，朝野為了排入議程審議其有關示範區設置地區及適用服務投資貿易範圍爭議，而暫時擱置大會審議流程，雖然二岸服務貿易協議因為屬於行政命令位階的話，依據法律原則是不得享有稅捐的特別優惠的待遇的，也因此立法院在二岸服務貿易協議通過前，要先通過或保留有關稅捐的優惠上，可能造成二岸服務投資貿易打帶(偷)跑的情況，而發生本「自由經濟示範區特別條例草案」經立法生效後發生溯及既往的效力，也因為如此在立法審議上本草案尚未無法通過立法院審議，以免發生行政命令優先法律位階反效果的問題，也就是說在政治上這一項立法審議，將使台灣屬於地方政府的立法機構審議大陸中央政府超最惠國待遇貿易，在地方自治貿易選擇權上的一回事，這樣台灣在二岸政治地位上就必須要慎重考慮了。
在本「自由經濟示範區特別條例草案」中，從第三十三條第一項：「外國營利事業自行申設或委託第一類示範事業於示範區內從事貨物儲存或簡易加工，並將該外國營利事業之貨物交付國內、外客戶完成銷售者，其所得免徵營利事業所得稅。但當年度售與國內客戶之貨物，超過其當年度售與國內、外客戶銷售總額百分之十者，其超過部分不予免徵。」，及其總說明第一點：「參照國際機場園區發展條例第三十五條、自由貿易港區設置管理條例第二十九條、原促進產業升級條例第十四條之ㄧ及廢止前外國營利事業來臺設立國際物流配銷中心獎勵實施辦法第三條規定，爰於第一項明定免徵相關營利事業所得稅之規定。」，可以看出享有稅捐優惠的地區，只限於國際機場園區及自由貿易港區，也就是說符合行政院所說的「六港一空」的設置原則，而其服務業內容則應該是屬於物流業與簡易加工食品或農產品，也就是說這一項是對於租稅減免的主要適用範圍及內容，而其他服務貿易產業並不當然相同適用這一項草案規定的。
依據101年12月28日公布的「自由貿易港設置管理條例」，目前台灣的國際港口只有：基隆港、蘇澳港、花蓮港、臺中港、高雄港。這其中包括台南安平港的擴充，也就是說在自由貿易港區內，從事貿易、倉儲、物流、貨櫃（物）之集散、轉口、轉運、承攬運送、報關服務、組裝、重整、包裝、修理、裝配、加工、製造、檢驗、測試、展覽或技術服務之事業。與自由港區事業以外之事業：指金融、裝卸、餐飲、旅館、商業會議、交通轉運及其他前款以外經核准在自由港區營運之事業。均屬於這一次二岸服務貿易事業適用範圍。
從ECFA簽訂後適用零關稅的品項必須是經過大陸與台灣雙方協議的，但是服務貿易不一樣的地方是自由貿易港內的適用服務貿易的事業，本身就沒有關稅的問題，但是主要的議題是在關稅以外稅負優惠的議題。在WTO貿易最惠國待遇多半也只是談論到關稅的問題，但是營業稅的優惠等協議與談判，基本上是單方為發展產業給予的特別稅負優惠，但是在服務貿易則是雙方都享有這項優惠的，所以基本上這一項服務貿易適用事業範圍，就不是完全與ECFA議定貿易品項相符，也就是說在此一範圍外的服務貿易，在二岸關係上就是屬於大陸所謂的超最惠國待遇，而因為大陸並未先與台灣展開所謂的貿易稅負減讓協議，所以基本上這是台灣或大陸單方面的稅負減讓，當然不是所謂的一般貿易最惠國國待遇，但實際上這是不是一般國際貿易原則？在稅負減讓也是WTO對於非貿易障礙推動的原則下，基本上二岸適不適用的，而台灣如果要推動自由貿易港的國際化，就會面臨稅負減讓對於自由貿易競爭市場的個別不當競爭力問題，沒有WTO的規範原則是很難推動的，所以台灣在目前只能適用超最惠國待遇，在政治上台灣是否會做出政治保留？如果以二岸的特別貿易關係，也許才是考驗著台灣執政者對於二岸貿易處理的智慧，那麼我們就期待WTO的未來規範了。