賽辛斯在特朗普要求下辭職後，特別檢察官穆勒的調查何去何從立即成為關注的焦點。賽辛斯離職，對司法部穆勒調查的監管也發生變化，司法部官員表示，在特別檢察官的調查工作上，惠特克將擁有最終決策權，而不是副司法部長羅森斯坦。賽辛斯迴避後，去年以來一直由羅森斯坦監管穆勒的調查。
綜合《華盛頓郵報》和CNN報道，惠特克未到司法部任職前曾是一名司法評論員，他在去年7月接受CNN採訪時公開表示，特朗普可以解僱賽辛斯，然後任命一名代理司法部長，來縮減穆勒調查的經費，使他的調查陷入停頓。他後來又說特朗普也可以向羅森斯坦施壓，來削減穆勒的經費。
在CNN報道稱特別檢察官可能調查特朗普和他的助理的財務情況後，惠特克又在去年9月以司法評論員的身分在CNN發表觀點文章，認為穆勒在調查俄羅斯干預2016年美國大選中走得太遠，越來越靠近紅線，很危險地將要越過紅線。不過，特朗普身邊的消息來源告訴CNN，讓惠特克限制或終止穆勒的調查，目前不是特朗普的選項。
惠特克作為穆勒調查的最高領導人，可以大幅限制穆勒的權限、削減他的經費，或命令他停止調查。不過惠特克的角色可能會被操守部門審查，他此前對穆勒調查所發表的言論也可能讓他不得不在壓力下像賽辛斯那樣自請迴避。
一些民主黨人已立即要求惠特克迴避穆勒的調查，也在調查2016年選舉的參院情報委員會的民主黨議員華納（Mark Warner）在一份聲明中表示，「任何試圖干預穆勒調查的企圖，都是總統對權力的濫用」。
為了遵守司法部規定避免影響選舉，在中期選舉之前的這段時間裹，特別檢察官沒有提出控罪或公開發表聲明，隨著中期選舉的結束，已對俄羅斯干預美國大選調查了18個月的穆勒，也將面臨做出關鍵決定的時刻，其中最迫切的問題之一，就是與特朗普律師團隊就會晤特朗普正在進行的談判。
雖然穆勒的調查到目前已檢控了很多人，但他的團隊迄今為止一直沒有公開宣布，在特朗普的助理是否與俄羅斯串通，或特朗普本人是否妨礙司法上，他們是否已經做出了結論。
分析認為，穆勒的調查已接近尾聲，他不久就會有所宣布。