內門紫竹寺正殿右室，附設有「義民祠」神房，在臺灣的寺廟中這是一個特例。系供奉「義民神祇」劉明元等五十一位，俱為內門區先民。
義民祠源自於清道光十二年(西元一八三一)九月，嘉義張丙之亂，到處為所欲為攻城掠莊，自奉為「開國大元帥」，建號「天運」。當時鳳山縣有許成者，平素游手好閒綽號「大肚」，得知嘉義張丙之事，於十月十三日在觀音山豎旗響應，被亂民公推為「大哥」，在角宿庄(今官田區)紮營，號稱「大哥營」。十月十四日攻阿公店(今岡山)，被官軍千總許日高擊退，至月底又再攻鳳山縣署，亦遭擊退。十二月初攻入臺灣縣羅漢內門庄，至初八許成被官軍逮捕斬首，亂事始告平定。
正當許成率領「大哥營」亂民，攻入羅漢內門庄時，庄民為保鄉護民遂組織義勇隊自衛，劉元明受推為義首，號召庄人抵抗亂民。首戰於內門庄的石山嶺腳埔尾(今觀音里)，戰況甚為慘烈，義首劉元明等二十九人與匪徒遭遇時，奮戰不懈而陣亡，義民陳甫等三人於銀錠山腳竹篙寮(今內南里)陣亡，李茂賢等二人在蝦蟆林(今內東 里夏梅林)陣亡，連榮等三人在大崙尾埤仔墘(今東埔村)陣亡，呂杞等六人在羅漢門庄之粟倉后田洋(今觀亭里)及觀音亭後(今觀亭里)陣亡。
此次亂事，義民與亂民交戰，共有五十一位義民不幸犧牲。亂事平定後，羅漢門監生游思賢倡議在內門紫竹寺，立祠奉祀陣亡義民。自此之後，紫竹寺例於每年農曆十二月初二，舉辦隆重祭典祭祀義民。
羅漢門人為紀念捍衛鄉土的義民，以及對羅漢門有功之官員，由內門紫竹寺負責供奉、四時祭祀，俱見內門紫竹寺在羅漢門人心目中之地位。值得一書的是，五十一位義民分屬 內門區各個角落，亦有一、二人為其他鄉人。內門紫竹寺奉祀之「義民祠」與其他各地之「義民祠」有所不同，義民包括了原住民、客家人、河洛人，為抵禦亂民保衛鄉土而族群大融合。