評鑑中心表示，95至98年度第一週期一般大學校院系所評鑑作業已於去年6月全部結束並公布結果，共計完成全國70所大學校院、1,843個系所與學程的首輪評鑑工作，目前僅餘部分梯次的追蹤評鑑與再評鑑作業尚待進行。
此次公布之追蹤評鑑與再評鑑結果，係針對97年度上半年受評系所中，有9所大學校院（含1校1學系進行延後再評鑑）共計29個系所、34個班制必須接受追蹤評鑑與再評鑑。其中1個班制已於98學年度停止招生，故依規定僅給予改善建議，不需給予認可結果，其餘33個給予結果的班制中，共有32個班制獲認可「通過」，比例為96.97%；1個班制認可結果為「待觀察」，占3.03%；無「未通過」的系所班制。
另外，世新大學圖文傳播暨數位出版學系學士班於99年度上半年辦理重新評鑑，認可結果為「通過」。
有感於近來學界關心SCI、SSCI是否適宜作為大學「學術評鑑」的指標，評鑑中心特別指出，大學系所評鑑定位在「教學評鑑」，而非「學術評鑑」，著重檢視系所的「教學」品質，因此，並未採計SCI、SSCI論文數作為認可通過與否的依據，也無「單一」或「量化」的評鑑指標系統，只規範五個共同的評鑑項目，分別為「目標、特色與自我改善」、「課程設計與教師教學」、「學生學習與學生事務」、「研究與專業表現」及「畢業生表現」。
評鑑中心強調，各評鑑項目下所列舉的「參考效標」僅供系所參考，受評系所可根據辦學目標自行增減調整，然後由具有相同專業背景且均質的評鑑委員，根據系所自訂的教育目標與參考效標進行同儕評鑑，檢視系所是否投入適切的資源，在課程、師資、教學等各方面有無符合並達成自訂的預期目標，以及教學品質能否提供學生優質的學習環境。換言之係檢視系所「教什麼」、「如何教」、「教學結果如何」、「若未達成教學目標應如何改善」，據以認可系所有無整套達成自我目標的適切辦學方式、過程與制度，而非以訂定全國統一門檻的方式進行認可。
經評鑑中心統計，97年度上半年一般大學校院系所之追蹤評鑑與再評鑑實地訪評作業，自99年4月1日起至99年5月27日止，合計動員112名、共122人次之評鑑委員。
系所評鑑結果經過「實地訪評小組」、「學門認可初審小組」與「認可審議委員會」三階段的嚴謹審議後做出最後決議，分為「通過」、「待觀察」、「未通過」三種。由於採自我參照的「認可制」而非相對參照的「等第制」，所以各系評鑑結果不能跨校比較。
為尊重受評學校表達意見的機會，系所評鑑於結果公布前及公布後，分別設有「申復」與「申訴」機制。首先，評鑑委員於實地訪評結束後，會先將改善情形檢核表或實地訪評報告書初稿送交各受評系所提出意見申復，然後再進行報告書的修正與確認作業。
評鑑中心統計，此次97年度上半年一般大學校院系所評鑑之追蹤評鑑與再評鑑，計有10個系所提出申復申請，申復理由共58項，包括「不符事實」20項、「要求修正事項」38項，經實地訪評小組針對系所申復意見提出回應，最後共有3項接受申復並修正評鑑報告內容，比例占5.17%；2項接受部分申復並維持部分訪評意見，占3.45%；另有53項維持原訪評意見，占91.38%。
而認可結果公布後，受評系所如有異議，則可再向評鑑中心提出申訴。97年度上半年一般大學校院系所評鑑之追蹤評鑑與再評鑑，受評系所之申訴截止日期為100年1月14日。
另為協助大學建立品質保證持續改進機制，評鑑中心指出，97年度上半年追蹤評鑑與再評鑑「通過」與「待觀察」的系所，均應根據認可結果報告書的建議，提出後續自我改善計畫與執行成果。