Debian 的核心儘量納入所有的功能，以及最多的驅動程式，以便涵蓋現在的硬體組態。所以，有些使用者寧願自行編譯祗包括所需的核心。這麼做有兩個理由。第一，記憶體用量較小，核心程式碼，即使未用到，也佔有記憶體的空間 (而且永遠不 “離開” 置換記憶體，因為它用到實際的 RAM)，降低系統的整體效能。在地自行編譯的核心也限制了安全問題的範圍，因為祗編譯與執行部份核心碼。
決定編譯自己的核心後，必須接受一個事實：Debian 不能確認客製化核心的安全更新。使用 Debian 的核心，可以使用 Debian 計畫提供的更新。
使用祗在補丁內的功能 (不在標準的核心內) 時，就必須重新編譯核心。
Debian 核心團隊維護的 “Debian Kernel Handbook” (全文見 debian-kernel-handbook 套件) 詳述核心相關的工作與 Debian 核心套件的處理方式。欲知可節所述事宜的詳情，請參見此網址。
Debian 以套件方式管理核心，與傳統的編譯安裝不同調。核心還是在套件系統的控制下，可以被完整移除，或布建在多個機器上。與該等套件有關的腳本自動與啟動程式和 initrd 產生器互動。
上游的 Linux 原始碼包括建置 Debian 核心套件所需的一切。但是仍可再安裝 build-essential 以確保擁有建立 Debian 套件所需的所有工具。而且，組態核心時需要 libncurses5-dev 套件。最後，fakeroot 套件將在不使用管理者權限的前提下，啟用新增 Debian 套件。
以 Linux 布建系統能夠建立適當的 Debian 套件前，使用 make-kpkg，來自 kernel-package 套件。
就像 Debian 系統內其他有用的東西，Linux 核心原始碼也位在套件內。祗要安裝 linux-source-version 套件，就能取得全部的原始碼。apt-cache search ^linux-source 命令列出 Debian 內各種版本的核心套件。最新的版本在 Unstable 發行版內：可以毫不費力的取得 (尤其是把 APT 根據 節 6.2.6, “在多個發行版工作” 的指示組態後)。這些套件內的原始碼並未完全吻合 Linus Torvalds 與其他核心發展者釋出的內容；如同其他的發行版，Debian 以一系列的補丁搭配，這些補丁可能 (或不可能) 以自己的方法納入 Linux 上游的版本。包括從較新核心版本的 fixes/features/drivers 反向移殖，功能較新但尚未 (全部) 合併入上游的Linux 樹，甚至 Debian 特別的改變。
本節其他內容以 Linux 核心 3.16 版為準，範例則不以此為限，可以調整為特定的核心版本。
假設 linux-source-3.16 套件已安裝好了。包括 /usr/src/linux-source-3.16.tar.xz，核心原始碼的壓縮檔。在另個資料夾解縮 (不能直接在 /usr/src/ 之下，因為不需特別的授權就可以重新編譯 Linux 核心)：~/kernel/ 是個不錯的選擇。
傳統上，Linux 核心原始碼置於 /usr/src/linux/，需要根權限才能編譯。然而，管理者的權限就夠了。src 群組的成員也可以使用該資料夾，但是應避免使用 /usr/src/。把核心原始碼置於個人資料夾時，應把安全置於第一位：在 /usr/ 內的檔案都應明確其在套件系統內的作用，試圖聚集使用核心的資訊時，不能在讀取 /usr/src/linux 時誤導程式。
下個步驟是根據需要組態核心。確切的程序視需要而訂。
重新編譯較新版本的核心 (可能連同其補丁) 時，應儘量採用 Debian 建議的組態。在此情況下，與其從最基本開始重新編譯，不妨複製 /boot/config-version 檔案 (核心正在使用的版本，可以 uname -r 命令查看) 進入核心原始所在資料夾內的 .config 檔案。
需要改變組態的話，就跳至 節 8.10.4, “編譯與建立套件”。或者從基本開始重新組態，就需花時間組態核心。在核心原始碼的資料夾內有很多專屬介面，供呼叫 make target 命令，讓 target 是下列的其中一個值。
make menuconfig 編譯並執行文字模式介面 (即 libncurses5-dev 套件必備) 以階層結構瀏覽可用的選項。按 空格 鍵改變選定的值，並按螢幕下方的 Enter 鈕；Select 送回選定的次選單；Exit 關閉當前的螢幕並回到上個階層；Help 顯示選項的詳細資訊。箭頭鍵在選項及按鈕清單內動。按主選單的 Exit 鈕，就可離開組態程式。此程式可儲存改變的組態；接受改變後的組態。
其他的介面也有類似的功能，但在現代化的圖形介面運作；諸如 make xconfig 使用 Qt 圖形介面，而 make gconfig 使手 GTK+。前者用到 libqt4-dev，後者依賴 libglade2-dev 與 libgtk2.0-dev。
使用這些組態介面時，建議從合理的預設組態開始。提供該等組態的核心在 arch/arch/configs/*_defconfig，然後可將選定的組態置於像 make x86_64_defconfig (64 位元電腦) 或 make i386_defconfig (32 位元電腦) 這樣的命令。
使用其他 (通常是較舊的) 核心版本的 .config 檔案時，需要先更新它。可以使用 make oldconfig 命令，以互動方式詢問對新組態的選擇。可以用 make olddefconfig 命令使用問題預設的答案。以 make oldnoconfig 命令，可以對問題提供預設的負面答案。
若已在資料夾內編譯過，希望從基礎重新建立 (或許更換核心組態)，需執行 make clean 命令移除已編譯的檔案。make distclean 命令可移除更多的檔案，包括客製的 .config 檔案，別忘了先備份。
核心組態完成後，make deb-pkg 命令可產生至多 5 個 Debian 套件：linux-image-version 包括核心映像與相關的模組，linux-headers-version 包括建立外部模組所需的標頭檔案，linux-firmware-image-version 包括某些驅動程式所需的韌體 (由 Debian 提供的核心原始檔建立時，可能沒有該套件)，linux-image-version-dbg 包括供套件映像及其模組的除錯符號，以及linux-libc-dev 包括 GNU glibc 之類與使用者程式庫相關的標頭。
version 由並列的上游版本決定 (如同變數 VERSION、PATCHLEVEL、SUBLEVEL 與 EXTRAVERSION 在 Makefile 內所定)、並列的 LOCALVERSION 組態參數、以及並列的 LOCALVERSION 環境變數。套件版本使用同版本字串以及新增的附加版本 (並儲存在 .version)，除非以 KDEB_PKGVERSION 環境變數覆寫它們。
部份模組由 Linux 官方核心之外維護。使用時，必須與匹配的核心一起編譯。若干常見的第三方模組由 Debian 指定套件提供，諸如 xtables-addons-source (iptables 的外部模組) 或 oss4-source (Open Sound System，某些額外的音效驅動程式)。
這些外部套件極多且雜，在此無法全部列舉；apt-cache search source$ 命令可縮小搜尋的範圍。然而，完整的清單沒什麼用處，祗有明確知道需要時，才會編譯特定的外部模組。在這個情況下，設備的文件會詳述 Linux 環境所需的模組。
以 xtables-addons-source 套件為例：安裝之後，模組原始檔 .tar.bz2 儲存在 /usr/src/。可以手動解開該壓縮檔並建立模組，也可用 DKMS 自動做它。大部份模組提供必要的 DKMS 以 -dkms 後置文字整合入套件。在本例中，安裝 xtables-addons-dkms 就是為當前核心編譯核心模組，前提是有匹配已安裝核心的 linux-headers-* 套件。例如，使用 linux-image-amd64，則應同時安裝 linux-headers-amd64。
DKMS 出現以前，module-assistant 是建立與布署核心模組的最簡單解決方案。目前還能用，特別是缺少 DKMS 整合的情況：以 module-assistant auto-install xtables-addons (或較短的 m-a a-i xtables-addons) 命令，就能編譯出給當前核心使用的模繻，置於新的 Debian 套件，讓該套件可以即時安裝。
因為不夠成熟或核心維護者意見不一致，很多功能未列入標準的核心。這種功能就以補丁的型式發行，任何人都可以自由地把它維入核心原始碼。
Debian 以 linux-patch-* 或 kernel-patch-* 方式散布這些套件 (例如，linux-patch-grsecurity2，可以緊縮核心的安全政策)。這些套件安裝的檔案在 /usr/src/kernel-patches/ 資料夾內。
在原始檔資料夾內，以 patch 命令編譯核心，就能夠納入前述安裝的補丁。
有些補丁不見得適用於每個核心版本；以 patch 可能無法應用於核心原始碼。將出現錯誤訊息且提示錯誤的原因；在此情況下，參照 Debian 補丁套件的文件 (位於 /usr/share/doc/linux-patch-*/ 資料夾)。大部份的情況下，維護者會指出其補丁適用的核心版本。