在『文化大革命』開始後不久，發生一起轟動國內外的重大錯案，那就是薄一波、劉瀾濤、安子文、楊獻珍等同志的所謂『六十一人叛徒案』。所謂『叛徒』，就是在日寇勢力侵犯華北的1936年，經中共中央批准，被囚禁在國民黨北平監獄的這些同志，在監獄主管當局印好的『反共啟事』上簽了字而離開監獄，投身抗日斗爭的那段往事。
後來，在鄧小平、胡耀邦同志的乾預下，中組部經過徹底調查，最終獲得平反。魏敬民在《百年潮》2003年第1期撰文披露了此案平反經過。
1967年3月16日，中共中央發布了《關於薄一波、劉瀾濤、安子文、楊獻珍等人自首叛變問題的初步調查》文件。『文革』結束後，1977年7月，黨的十一大恢復了鄧小平的領導職務，薄一波等人及其親屬子女申訴要求平反這個重大錯案。不久，與『六十一人』密切相關的一封申訴信，經過鄧小平、汪東興的批示轉到了中央組織部。12月31日中午，胡耀邦看到了黨中央兩位副主席閱批過的這封申訴信。他立即找了幾位同志研究並決定：應把這個問題的解決，當作徹底平反『三六』大案的突破口。
可是，平反問題並沒有像人們想的那樣簡單，仍然是阻力重重。6月9日，汪東興和紀登奎、吳德找胡耀邦與陳野苹談話，單刀直入地談了『六十一人』問題。汪東興說：中央專案組的第一辦公室和第三辦公室，是『文革』剛起步時黨中央決定成立的，由華國鋒同志和我們幾人直接負責的。這兩個辦公室的案子，都是經過毛主席批定的。現在應繼續貫徹毛主席的指示。『六十一人』的問題是經過毛主席和黨中央批准纔定案的，不能隨便翻過來。還有彭德懷、陶鑄等人的問題，也不能隨意翻過來。第一辦公室的人也強調中組部不得為『六十一人』翻案。
對於汪東興和中央專案組的這種態度，胡耀邦沒有多說什麼。他對有關人員說，為減少阻力，先不宜聲張，要審慎、精細、踏踏實實地調查研究，珍惜每份資料，爭分奪秒，爭取三個月復查完畢，寫上復查結論，在黨召開十一屆三中全會時拿出來。
中組部同志根據調查寫了大量的內容翔實的調查材料，並准備根據這些材料起草給中央的關於『六十一人案件』的復查報告。1978年11月20日，中組部向中央報送了《關於『六十一人案件』的調查報告》，《報告》列舉了大量事實後說：我們認為，『文革』中提出的所謂薄一波等『六十一人叛徒集團』是不存在的，是一個錯案。1978年12月16日，十一屆三中全會召開的前一天，中共中央發布了《中央同意中央組織部〈關於「六十一人案件」的調查報告〉的通知》，正式為此案平反。