冷氣機在經過一長時間運轉後，裡面的重要零件會因為冷熱交替的關係，附著難以清除的污垢，這時候如果沒有作好妥善的保養維修工作，除了會阻礙冷氣機的正常運轉外，還有可能加速零件的磨損，耗費電力，以致縮短冷氣機的使用壽命。所以冷房專用的冷氣機，2年需做1次專業保養，如果是冷暖兩用型的冷氣機1年做1次的專業保養。當冷氣吹出討厭的臭味，引起過敏的灰塵及細菌滋生的同時冷房效果也逐漸減弱，電費增加，冷氣故障的機率變大，保養後，會讓冷氣速冷、省電、空氣清新。
冷氣的保養分為小保養及大保養兩種，基本上的差異在於小保養不需要將冷氣拆卸下來就可以直接進行保養，而大保養則是必須將冷氣拆卸下來，送回工廠進行半自動的保養程序。家電賣場多半都有提供冷氣保養，消費者如果另外購買冷氣，賣場通常會提供家中其他冷氣的小保養服務。
小保養的程序多半是在冷氣安裝現場，檢查已安裝冷氣的電源、安裝架、冷度以及進行濾網與面版的清潔。冷氣在做過小保養後，冷房效果及空氣濾淨功能都會大幅提昇。冷氣要進行大保養，業者會將冷氣整個拆開進行清洗，包括風扇清洗、濾網消毒以及散熱裝置維修，價格則依冷氣機型不同而有差異。此外，冷氣於長時間不用前，應先開啟送風至少30分鐘以上，讓機體乾燥換氣，並將濾網清洗晾乾，包裹保鮮膜後，裝回機體，外表用冷氣機罩蓋住封存。
室內冷氣機的保養步驟如下：
（1）把室內機面板及濾網拆下。
（2）以毛刷將積在裡面的灰塵及棉屑刷出。
（3）噴上冷氣專用的清潔劑後，使用空氣水柱將熱交換器及風扇的細菌與灰塵清洗並排出。
（4）為了不讓清潔劑殘留在機器上面，再一次用水柱以清水清洗。
（5）室內機面板也仔細的擦拭清理。
（6）熱交換器及濾網做抗菌的處理後，保養完成。