首先，所謂的負面文宣是指以不實的抹黑造謠企圖影響選情，然而以中時報導的內容來看，李遠哲並未否認他在立法院說過「陳水扁總統任內說了很多話，但兌現的卻很少」，只不過是堅持「我是有嘴巴的人，我會講話」，國民黨不需要把他在立法院講過的話拍成廣告，而產生李遠哲所不願意看到的效果。國民黨引用一位上次挺扁社會菁英的肺腑之言，批判陳水扁不僅未能讓臺灣「向上提升」，反而有「向下沈淪」之虞；既然談話內容是真實的，也沒有被扭曲變造，如何構成小社論所指控的「負面文宣」？國民黨撤播競選廣告，只是表示對李遠哲個人意願的尊重，並不是因為這則廣告的內容屬於負面文宣。
其次，報載：「李遠哲表示，他相信老百姓的眼睛是雪亮的，「誰做了什麼事，大家都很清楚」，大家心裡也有定見，所謂的「精英份子」不應該這麼輕易而頻繁的發表意見]。但從一個老百姓的觀點看來，中研院院長從教改、選風、公投、立委席次減半等公共政策無役不與，卻對自己在立法院曾說過的話嚴辭要求不得重複播送，所謂精英份子「輕易而頻繁」的標準究竟是如何與時俱移？每個人都有支持其對象的自由，但是如果精英份子不能了解其社會責任，批評時內容有待商榷，或是評價事情的標準不能一致，老百姓對其最後一點的尊敬也會消失很多。時光芢苒，如今李院長再次表態挺扁，對照其「大家心有定見，菁英不應輕易而頻繁的表態」的發言，不知大家對菁英份子所代表的「萬般皆下品唯有讀書高」的學術光環還有多少嚮往。