主後1903年，頭社教會在牛稠仔（今玉井鄉三埔村）之牛堀底分設聚會所在兵進財之厝，讓住在此地區約有十三戶信徒就近禮拜，直到1915年，礁吧哖事件，眾多信徒遇難，當時聚會所負責的傳教師被殺，牛稠仔聚會所就此解散，信徒四散。
主後1915年，頭社教會乃在現在玉井村市場處正式分設「玉井支會」（礁吧哖禮拜堂），英國傳教師拿錢來購地，頭社母會拿材料來建「三間厝」，一間為禮拜堂，另兩間租給商人，主持禮拜者皆由母會幫助設法。在「三間厝」禮拜期間內之信徒有玉井、口宵厘、沙子田、牛稠仔、楠西等部落之信徒，約50戶。但常參加聚會者不多，其原因之一是怕日本人。
主後1929年，由當時在玉井的傳道人林策明和東安執事，建議並極力鼓勵芒子芒講義所（匾額是寫松腳講義所，此乃左鎮教會在1922年所分設）和玉井支會合併，經過幾次往返奔走，就在同年9月15日舉行合併禮拜式，並承認芒子芒講義所之現任長執職。現在玉井教會擁有的五分多土地，一部份是公有放領地，大部份來源不詳，但據說可能是英國傳教師購「三間厝」之地時同時買下的。「三間厝」是市場所在地，信徒因感禮拜時太吵，乃議決禮拜堂遷址，即現舊禮拜堂處，同年10月中旬，以芒子芒講義所之建材移轉至玉井支會建造「竹造屋」之禮拜堂，信徒獻工建造，這合併後之玉井支會乃增加了約四○戶芒子芒講義所之信徒。事後又在禮拜堂旁建造兩間厝，一為傳教師住，一為遠途信徒或病痛或因雨無法過溪流之信徒暫住。
玉井支會升格堂會年代，可能在1929年底或1930年初，（頭社母會之小會記錄：1929年10月26日之小會，玉井支會稟請昇格堂會，1930年5月11日之小會，玉井升格堂會中會已准）。此時信徒可能已有90戶，但因是山區農村教會，交通不便，故經濟一直不好。自從禮拜堂遷址後，原「三間厝」重新整修，成為正式的「三間店」出租給商人。乃於主後1934年積極籌備禮拜堂和小厝之重建，主後1935年，建堂聖工繼續，原舊磚造禮拜堂（有大梁木）木造牧師館和廢用之磚造廁所，皆在1937年竣工。
主後1956年10月18日准豐里部落（即口宵厘）申請分設佈教所。主後1957年9月5日議決分設照興（楠西部落）和豐里（口宵厘部落）支會，同年10月10日舉行開設典禮。11月建造原舊禮拜堂方面之磚圍牆。4月教會大門之鐵門完工。主後1964年重建教堂聖工繼續，同年11月議決修改舊禮拜堂為主日學教室和學生宿舍，而新教堂則重建於對面磚造主日學教室之旁（現址）。1966年中會在楠西開設佈道所，以玉井教會為母會，也在同年1月正式成立玉井新建堂「建築委員會」，動工建堂。主後1967年5月23日舉行獻堂。同年7月教會首度開辦幼稚園。主後1969年9月底，幼稚園停辦。
主後1974年12月31日成立玉井儲蓄互助社。
主後1979年11月成立新牧師館建築籌備委員會，予次年11月12日舉行牧師館破土禮拜。同年12月12日正式開工建造，1979年6月完工。
主後1979年10月31日，舉行牧師館落成典禮。
主後1981年8月30日，長執會通過教育館初部設計。
主後1985年12月1日，教育館破土定基禮拜。
主後1988年9月4日，教育館啟用禮拜。
主後1989年11月12日，舉行教育館落成感恩禮拜。
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