水產配合飼料在水產養殖產業中扮演非常重要角色，為促進養殖水產品之營養及保障消費者食用安全，臺南市政府農業局近年來積極推動水產飼料抽驗計畫，每年開辦水產飼料抽驗研習會，輔導飼料業者穩定水產飼料品質，確保養殖水產品安全，提升消費者食用水產品信心。
農業局表示：臺南市計有26家水產飼料廠，分佈於新營區、官田區、學甲區、佳里區、善化區、西港區、安定區、永康區、仁德區、安南區及南區等地。生產包含鰻魚、草蝦、斑節蝦、虱目魚、尼羅魚、鯛魚、鱸魚、烏魚、石斑魚等水產飼料。為有效管控水產飼料製造廠生產之飼料品質安全，市府依各飼料廠產量、產值比例，不定期派員前往查察抽驗，檢驗項目包含一般成分（粗蛋白質、粗脂肪、粗灰分、粗纖維、鹽酸不溶物及水分等6項）、藥物殘留（歐索林酸、氯黴素、四環黴素、呋喃劑代謝物、孔雀綠及還原型孔雀綠等17項）、農藥（陶斯松）、瘦肉精（沙丁胺醇、萊克多巴胺、特必林、克倫特羅、西馬特羅、齊帕特羅及妥洛特羅等7項）、三聚氰胺及重金屬等。
農業局指出除不定期派員前往各水產飼料製造廠抽驗外，對於檢驗出水產飼料未符規定者依法核處並輔導改善。其中倘檢驗出飼料一般成份不符合飼料製造登記證所載之標準，將依「飼料管理法」第29條規定處以新台幣3萬元;倘驗出水產飼料含有藥物殘留，將通報本府動物防疫保護處依「動物用藥品管理法」第40條規定處以新台幣9萬元。農業局統計本市每年近百件抽驗樣品合格比例皆高於97%(103年全部合格、104年2件、105年1件)，仍呼籲各製造廠應持續秉持良知與專業生產飼料，讓本市水產飼料優質發展，達到百分百零檢出，確保消費者食的安心與健康。