土耳其政變15日落幕，總統艾爾多安（Recep Tayyip Erdoğan）隨即展開大規模清算，逮捕超過9000名官兵。不僅如此，他更在20日宣布全國進入緊急狀態三個月，稱軍隊和政府中充滿「病毒」，像「癌症」一樣擴散，必須大舉肅清。種種激烈手段讓聯合國對土國發出警告，呼籲當局應尊重人權。德國外交部長史泰因邁爾（Frank-Walter Steinmeier）也呼籲土國，儘可能提早解除緊急狀態。
艾爾多安在20日的國安會議後，宣布全國進入緊急狀態3個月。他聲稱這項措施符合土國憲法，目的是採取最有效的步驟，盡快消除政變者的威脅，不違背民主、法治和自由，相反的，是保護這些價值。他也要求其他國家，不要干涉土國內政，「我們的國家有權決定自己的命運」。根據《土耳其憲法》第121條，緊急狀態不得超過6個月，且須經國會同意始能生效。
艾爾多安一口咬定企圖叛變者都與他的頭號政敵居倫（Fethullah Gülen）以及他所發起的「志願服務運動」（Hizmet movement，又稱居倫運動）有關。政府大舉逮捕軍人，警察、法官和檢察官，甚至禁止學者到國外出差。土耳其官方的《阿納多盧新聞社》（Anadolu Agency）指出，土國高等教育委員除禁止學者到國外出差，呼籲目前在國外的學者盡快返國。還列出居倫的支持者，要求各大學校長儘速檢查，在8月5日前匯報。
土耳其政變失敗後，艾爾多安誓徹底清除居倫的支持者，包括115位將領、350名軍官、4800名其他軍職人員及60名軍校生都遭到逮捕，3000名法官和檢察官遭停職，截至目前為止至少拘捕5萬人。清算行動更擴及到教育界。根據《衛報》（The Guardian）報導，土國1577名來自不同公私立大學的院長被迫辭職，2萬名教師和行政人員遭到停職。儘管居倫已經澄清自己與政變無關，土國當局仍向美國遞交申請，要求將他引渡回國。
艾爾多安大動作「秋後算賬」也引發國際關注，聯合國人權事務高級專員胡賽因（Zeid Ra'ad Al-Hussein）提出「嚴重警告」，要求土國尊重法治和保護人權，絕不能以國家安全的名義或是急於逞罰政變者而侵犯人權。歐洲議會議長舒爾茨（Martin Schulz）也指責土耳其當局，是在報復反對派和異議分子。並認為土耳其在政變未遂後，國內開始討論恢復死刑，這樣的氛圍令人深感擔憂。歐盟也警告，土耳其若恢復死刑，休想加入歐盟。
肅清行動還擴大到媒體，「維基解密」（Wikileaks）表示，自從在19日公布執政的正義發展黨（AK Party）從2010年到今年7月6日，將近30萬封電子郵件後，網站遭到土國政府封殺。維基解密指出，他們是在15日的流產政變之前，取得這些電子郵件，現在公布是為了回應土國政府對流產政變「秋後算帳」的行為。並強調，這些電子郵件的來源與政變人士無關，也與跟正義發展黨敵對的政黨或國家無關。