總統府特勤人員私菸案，桃園市政府2日依據針對華航私運私菸部份，以《菸酒管理法》裁罰華航600萬元，華膳空廚部分，關務署先前雖然已針對《免稅倉儲管理辦法》「擅移貨物」部分，處罰華膳15萬元，不過，關務署署長謝玲媛表示，關務署裁罰華膳部分，僅針對免稅菸品，從免稅倉庫4樓搬到1樓部分裁罰華膳15萬元，桃園市政府針對免稅菸品，從倉庫一樓搬運到總統專機停機坪，和免稅倉庫內的4樓搬到1樓之行為，是否為「同一行為」，目前仍在釐清當中，關務署日前已回函桃園市政府，私菸搬運到非保稅區，和保稅區內的貨物移動，應該屬於二個行為，如果依據「一行為一罰」原則，桃園市政府仍可對華膳開罰最高600萬元罰鍰。
財政部次長阮清華表示，財政部針對國安人員私菸案，在行政罰部分，係配合檢調偵辦，「證據到哪裡，就罰到哪裡」，其中，本案中參與「團購」，但未被檢調起訴之國安特勤人員，財政部方面已經依據《菸酒管理法》，按照其超量購買之菸品數量，分別處以4.5萬元以下罰鍰，另外，涉及關務部分，關務署也對華膳空廚「擅移貨物」部分，對該公司進行裁罰。
不過，針對這次參與私運菸品的華航與華膳的行政罰部分，從過往的慣例，都是由地方政府裁罰，因此，華航與華膳後續處罰，係交給桃園市政府處理。由於本次菸品所有權人華航，所涉及的私運行為，檢調方面已正式起訴華航執行副總邱彰信，顯示華航高層對於總統專機超賣菸品，事前明確知悉，因此依據《行政罰法》第7條，「法人其代表人、管理人、其他有代表權之人或實際行為之職員、受僱人或從業人員之故意、過失，推定為法人之故意、過失」，對華航核處《菸酒管理法》第46條600萬元的最高罰款。
不過，針對華航子公司華膳倉儲，在本次私菸案被用來作為私菸的發貨倉庫，桃園市政府方面目前仍在釐清其行政責任，謝玲媛表示，由於關務署先前針對私菸從4樓移動到1樓部分，已經對華膳處以15萬元罰款，國安人員私自將菸品從華膳1樓，搬運到總統專機停機坪的「私運行為」，和華膳將菸品從4樓移動到1樓，是否屬於同一行為，桃園市政府目前還在釐清當中，為避免「一行為二罰」，桃園市政府日前也發函關務署釋疑。