日本第一條鐵路——京濱鐵路（新橋—橫濱）于1872年建成，全長29公里。目前，日本鐵路網由JRs線路和其他軌道交通方式線路（包括大型民鐵、東京地鐵、地方交通、公營）組成，其中JRs線路主要是橫跨全國的干線鐵路，后者則主要為城市或市郊軌道交通線路。截至2011年3月，日本鐵路營業里程為27642.8公里，其中JRs線路20142.1公里，占總里程的72.9%。從路網質量來看，2010年日本鐵路的電氣化率為61.8%（JRs為55.9%），復線率為32.9%（JRs為38.2%）。
截至2011年7月1日，日本提供鐵路（包括干線鐵路、城軌地鐵等）客貨運輸服務的企業有205家，其中客運公司193家、貨運公司12家，客運公司中以原日本國鐵民營化改革后成立的6家JR客運公司為主，貨運主要是JR貨運公司。