入慈悲門是聖嚴法師接掌農禪寺後所興建，當年建造入慈悲門，乃基於區分寺院內外環境的考量。由於早年農禪寺以務農維生、禪修生活為主，寺院周圍是一大片竹子園、菜園，再外圍則是關渡平原的稻田，由於地處偏遠，甚少有對外弘法活動。1977年聖嚴法師接任住持後，舉凡講經、禪修、念佛等活動，主要仍在中華佛教文化館舉行。1982年文化館進行拆除與改建，法師因而將弘法重心移到農禪寺，而信眾們追隨法師，也將學佛修行的地方，轉至農禪寺。