1，在審計中，要注意合營公司的經營是否按照合同，章程的規定貫徹了平等互利的原則。公司董事嚴重違反對方利益的，違反了投資者意圖，侵害投資者利益等，應當在審計報告中充分披露。這些問題在以下幾個方面很常見：
1）外資的貢獻不是真實的。合資公司的出資應是早期審計的重點。比如，合資出資是否及時到位，出資設備價格高，出資技術先進適用。為了確保合資企業的真實合法資本。在中外合資企業的審計過程中發現，大部分外資以實物形式投入，主要是各種設備，只是現金出資的一小部分，有些合同規定雙方均以現金支付，外方以此為藉口降低進出口手續。在國外購買設備時，我們很難掌握其真實準確的價格，而且還有相當可觀的回扣。驗資時，我們要根據發票的價格確定實收資本。外方支付的實際數額不予檢查，相當於損害了境內投資者的利益。
2） 合營企業不得合營，合營企業的目的將喪失。一些外國投資者的動機是出售設備或原材料。他們投資設備銷售高利潤設備，並賺了很多錢。有些人為了購買廉價的原材料，以出售產品的出口名義，盡量使價格盡可能高。其他人以高價將原材料賣給合資企業，使其盈利成本太高。他們不希望從合資企業獲得股息，但他們是盈利的，不管中國投資者的利益如何。
2，合資公司內部控制的審計重點。
1）在審計中，要了解合資企業的領導體制，是否能夠定期舉行董事會，是否能夠就重大事項作出決策，發揮應有的作用。我們應該考察一個黨派或者一個企業經理是否在董事會之上，直接將自己的意志強加給企業。
2）合營企業的內部控制制度一般由董事會的研究決定，內部審計應當重點關注。 “外商投資企業財務管理規定”第三十三條，外商投資企業的差旅費，膳食補貼，董事會費等標準和管理辦法，由董事會作出合理的規定並報中央企業主管部門或主管機關備案。這種做法實際上是對經營者的一種限制，要求經營者在經營過程中最大限度地發揮股東利益，不能隨意收取費用。在實際審計中，往往會遇到一些報銷規定，費用支付制度，薪酬分配製度等，尚未報董事會或董事會批准。外部審計一般不重視內部控制制度，董事會缺乏對此方面的有效認識。內部審計應該是關注的焦點。
來自互聯網經營者的道德風險和逆向選擇風險是合資企業內部審計的目標之一。來自互聯網運營商的道德風險主要體現在運營商沒有做錯任何事情，但卻不努力增加自己的閒暇時間。他們這樣做，不構成法律或行政責任，只有道德問題，內部審計不能作出準確的評估。經營者的逆向選擇是指經營者為了自己的目的而背棄股東的目的。在合資企業方面，主要體現在兩個方面：組建中外合資企業，不僅是引進資金，還引進了先進的技術和先進的管理方法。一些管理者經常利用合資企業引進先進的技術和管理措施，以自己或家族企業與合資企業進行商業競爭的名義，以達到盈利的目的;經營者可以採取有償方式秘密轉讓先進技術或管理辦法，並從中獲利。
4.成本費用不是真實的，有許多是空的列少或多的現象。合資企業缺乏強有力的監督機制。為了達到董事會的考核目標，合資企業在成本支出方面越來越隱蔽。註冊會計師是對外商投資企業監事的法定審計，但對中國或其他相關企業不能審計，導致合營企業通過信用調整成本;稅務監督分為內部和外部相關類別，一般而言少數共同的操作是常見的，這會使企業的多列和虛擬列成本大大增加。
5，合營公司涉外業務未按規定履行扣繳義務，帶來了稅務稽查風險。中華人民共和國外商投資企業所得稅法第十九條規定，外國企業在中國境內沒有設立機構或者地點的，已經取得利潤，利息，租金，特許權使用費，其他來自中國境內的收入，或者雖然設立了機構，但上述收入與機構，場所沒有實際聯繫的，應當繳納20％的所得稅。本款規定的所得稅由實際受益人作為納稅人支付，付款人為扣繳義務人。應當從支付人支付的稅款中扣繳應繳納的稅款，並報所在地稅務機關申報扣繳所得稅。