鳳凰山寺位於南投縣鹿谷鄉鳳凰村廟口巷，本寺地處鳳凰山麓，鳳凰山高她雄偉，並有全國知名之鳳凰瀑布，其右有鳳凰連峰至線浸高地及白石牙山，列為屏障，左有橫屏頭，凍頂山，麒麟山麒麟潭等儼然羽翼、環護本寺。居民以本寺為信仰及生活中心，四週綠竹修林，滿山茶園，四季常青，林木青翠，危崖聳立山勢蘶峨，終日雲霧飄渺，山嵐裊繞，鳳凰之吹煙亦如臨仙境。本區特有亞種鳥類繁多，烏聲上下，處處可聞，全國最大規模---國立鳳凰谷鳥園，在本區成立十餘年，園內飼養來自世界各地之珍奇鳥類不計其數，園內園外珍禽爭鳴，形成了鳳凰山名符其實之百鳥朝鳳之格局。本地盛產遠近馳名之凍頂烏龍茶、孟宗冬筍。筍乾，百姓因茶而提升生活水準處處顯得生意盎然及安康富足，鳳凰山寺也由此而香火鼎盛。並成為鹿谷鄉境的知名古剎。
本寺係祀奉陰那山慚愧祖師，迄今已有二百多年歷史，清嘉慶年間，有莊阿眛者，率其同伴數十人由福建渡海來臺，至鹿谷鄉頂城莊，結草為廬，設座禮拜，安奉慚愧祖師之香火，以為守護之神。一面以從事開荒墾拓。奉之既久，履顯神靈，凡居民入山操作者，常乞祖師之香火，以保平安，凡有兇蕃山草，祖師必先示兆，或一二曰或三四日禁山，不敢出入動作，違者恆為蕃所害;每值水旱疾疫必禱焉，應加桴鼓，居民益崇重之，遂僉議建木造平房以為廟宇，因址在頂城，世稱頂城祖師公，由是香火日盛，譽滿山城。前清總兵吳光亮開闢台島中部戰徑，屯兵駐紮於頂城，並於八通古道沿途勒碣題跡，計有萬年亨衢、開闢鴻荒、化及蠻貊、山通大海、過化存神及後出保障等石碣，其中萬年亨衢位於頂城附近，草書遒勁，勒於道左，至今尚存，並列為國家第壹級古蹟。
吳公與鳳凰山寺之淵源已由本鄉名賢張達修先生於后有詳盡之撰述。本寺第六屆委員會適逢丙子年 (八十六年元月二日 ) 每二十四年舉辦祈安三獻清醮活動，期間來自全國各地之信徒人山人海，熱鬧滾滾均為一睹頂城祖師公之神威，祈求能降福於民，保境安民，諸事順遂，可見租師公神威顯赫，德澤廣被，寅為頂城居民生活之重心，鳳凰山寺現有之廟貌，係於民國七十九年第四次募資增建，本屆委員會除日常廟務外，經常配合地方舉辦民俗、文教、慈善、獎學金等活動，兢兢業業、畢恭畢敬，期能為廟務之發展，地方之繁榮盡心盡力。