跨領域整合是下一世代人類科技與經濟躍進的主力，且資訊的觸角已拓展至網路、電信、多媒體、生醫工程、電子電機等領域，交通大學資訊工程系結合全國最完整的優秀師資，建立19個重點研究領域，進行資訊科學與工程、網路工程、多媒體工程與生醫工程等領域的跨領域整合，以創造尖端的研究成果。
交通大學資訊工程系為全國規模最大、研究能量最充沛的資訊科系。2012年計畫經費高達2.21億元，平均約330萬元/人；每年計畫約159件，平均2.14件/人。包括國科會計畫98件，經費約1億元；教育部計畫18件，經費約2千4百萬元；建教計畫43件，經費約9千7百萬元。
交通大學資訊工程系積極與外界合作設立研發中心，如工研院、資策會等聯合研發中心，以開發未來新興技術，並培育具前瞻視野的核心人才。此外，透過參與本校「鑽石計畫」，加強與中華電信、聯發科、友訊等科技產業合作，以掌握產業發展脈動，共同研發、創造雙贏。同時，本系進行2個科專計畫：「以視覺為基礎之智慧型環境的建構」及「第四代行動寬頻測試技術研發三年計畫」，充分發揮產研優勢。而台達電、鈊象、宏達電等企業亦與本系合作教學，除支援課程與學程，亦提供獎學金與實習機會，加強教學與企業間的連結。
本系積極拓展國際合作交流關係，例如與上海交通大學、瑞士聯邦理工學院(ETH)、美國明尼蘇達大學、美國伊利諾大學芝加哥分校(UIC)等校建立重點伙伴學校關係，拓展師生國際視野，並培育年輕師資。本系亦主辦國際研討會，如第40屆國際平行處理研討會(ICPP 2011)、The Third International Conference on Ubiquitous and Future Networks (ICUFN 2011)等，強化國際合作，並促成更多密切國際合作之研究團隊，充分落實教研國際化。
本系於近十年(2000-2010年)在資訊工程領域發表的ESI論文數排名全球第26名，領先國內其他大學；教授群含多位國際專業學會院士（含IEEE Fellow、ACM Fellow、AAAS Fellow、IET Fellow、IAPR Fellow）；歷年來亦產出多篇高引用率文章，在資訊領域具高度影響力。在2012年「遠見雜誌大學聲望調查」之企業最愛大學項目中，交通大學更被評為資訊工程電機類的第一名。
交通大學資訊工程系具有師生人力充沛，領域多元的優勢，研究成果豐碩，為社會認同，並與產業互動密切，跟許多單位合作成立研究中心。系上教授除了參與科專計畫與產學合作之鑽石計畫，亦涉足多項國家科技計畫，如數位學習、智慧電子、網通等。未來將推動生醫工程及數位娛樂等跨領域特色計畫，並以團隊積極爭取國科會整合型計畫及大型產學計畫。身為全國規模最大、能量最充沛的資訊工程學系，交大資工將延續過去的優良績效，並以嶄新的一院一系多所架構，佐以前瞻創新的教學及研究成果，期能邁向國際一流學院，成為頂尖國際資訊教學及研究中心，並培育下一代資訊科技產業的人才。