戰鬥模式由於系列版本的不同分為4種：
《妖怪手錶》《妖怪手錶2》的6格輪盤式戰鬥。
《妖怪手錶3》的九宮格式戰鬥。
《妖怪手錶Busters》的動作類戰鬥。
《妖怪三國志》的戰棋走格子式戰鬥。
我們可以看到妖怪手錶系列在短短幾年內就發展了4種戰鬥模式，並且以後可能還會在此基礎上繼續變動。
每一種戰鬥模式的難度和側重都不同，這對一個大IP游戲來說既是創新也是弊端。
《妖怪手錶4》是類似於在《妖怪手錶Busters》基礎上發展的ARPG，對不擅長動作游戲的玩家將會變得不友好。