長科院設有博士后科研工作站，研究生部有水利工程、土木工程2個一級學科碩士學位授予專業，與山東大學聯合設有巖土工程博士點，是河海大學碩士、博士生培養基地之一。院檔案館為國家二級檔案館，《長江科學院院報》為全國中文核心期刊，國內外公開發行。
建院近70年來，長科院承擔了三峽、南水北調以及長江堤防等200多項大中型水利水電工程建設中的科研工作，以及長江流域干支流的河道治理、綜合及專項規劃、水資源綜合利用、生態環境保護等領域的科研工作。主持完成了大量的國家科技攻關、國家自然科學基金以及數十項國家科技計劃和省部級重大科研項目。同時，還為國民經濟建設相關行業提供了大量的技術服務。提交科研成果10000余項；榮獲國家和省部級科技成果獎勵440余項，其中國家級獎勵32項；獲得國家發明和實用新型專利370余項；主編或參編國家及行業技術標準、規程規范40余部；出版專著80余部。