1962年7月1日兩國正式分開並宣布獨立。十五世紀時，這兩大種族就因爭奪土地而發生流血衝突。長久以來，盧安達都是由少數圖西族的貴族菁英來統治國家，形成兩族間心理上及階級上的矛盾與對立。1959年盧安達境內的胡圖族人發動流血政變正取得政權，造成二萬至十萬名圖西族被屠殺，另有二十萬人逃離至蒲隆地。1963年、1967年及1973年皆發生大規模的流血衝突，許多的圖西人被迫逃往盧安達、烏干達及薩伊等鄰國。1973年胡圖族哈比亞里瑪納擔任盧國總統，哈氏採行一黨獨大的獨裁軍事統治，圖西人長期遭受被壓迫而對哈氏政權反感。此外，有一支流亡在烏干達的圖西人武裝部隊「盧安達愛國陣線」（Front patriotique rwandais- FPR）自1990年起就開始以武裝叛亂，推翻哈氏政權為目標。1992年4月，哈比亞里瑪納總統開始推行政黨政治，並與圖西族叛軍展開和平談判。1993年8月哈氏與叛軍終於在坦桑尼亞的阿魯夏（Arusha）簽署一項停戰和平協議，協議中主要是共同重組臨時政府，並進行國會全面改選以及建立多黨政治。不過，由於若干屬胡圖族的軍方強硬人士對協議的不滿，不但致使哈氏無法順利推動各項改革，同時也造成圖西族叛軍的極度反感及對政府的信心喪失。1994年4月6日，哈比亞里瑪納總統身亡後，以胡圖族為主的「總統安全部隊」立刻認為是圖西族叛軍所為而採取血腥之報復行動。「總統安全部隊」不但在首都殺害聯合國的十名和平部隊，將總理處死，同時也對圖西族人及反哈氏政府的胡圖人展開屠殺。自1994年4月6日起直到6月30日之間，共約有五十萬的圖西人被殺害，在這段期間，成千上萬的圖西人又向鄰國湧入。1994年7月20日「盧安達愛國陣線」擊潰政府軍，獲得勝利，並成立新政府。新政府中由畢濟莫古（Pasteur Bizimungu）出任總統，原在盧國的胡圖族人唯恐遭報復而大量湧向薩伊，造成難民潮。
聯合國在內戰最激烈的時候，聯合國秘書長曾提議增加派駐五千五百人的和平部隊，並採強勢作為，以有效制止屠殺及難民潮的問題。但此項建議卻遭到美國的反對，故聯合國只能派出五百人的和平部隊，實在難以發揮作用。法國與盧國友好，且有經濟及軍事上之合作關係。在盧國內戰中，法國原是支持且承認哈比亞里瑪納總統的政府，同時也協助哈氏政府對抗圖西族叛軍。一直到「盧安達愛國陣線」取得政權後才轉而正式承認新政權。
除了族群不合的基本衝突之外，國與國之間的政治利益與互動也是相互影響。1994年盧安達的種族屠殺慘劇主要是源於歷史的仇恨以及殖民主義的政經控制。盧安達的種族衝突可能會因政權轉移而略趨緩和，但是胡圖族和圖西族之間的矛盾與對立仍難在短期間化解。