在經費來源部分，創建「111基地」的大學可獲得專項經費僅此一檔補助；雖然費用不完全來自官方贊助，由大陸教育部、中共國家外國專家局與大學主管部門等單位共同籌措，但研究基地每年可獲補助經費最少180萬元；但大陸各大學「財力」分配不均；70所大陸教育部直屬大學在9月公布收支決算總金額，資本雄厚者皆屬重點大學，如北京清華以205億元奪冠，浙江大學、北大分別以156億元與140億元分居2、3名；如今這些學校再加入新計畫，可再獲得更多經費挹注。
為此，大陸知名經濟學家杜猛直接否定世界一流大學的概念，認為陸校想要參照歐美名校經驗，打造高教聯盟，成效必定不彰；主因在於西方名門學府團購多屬私校，「在市場中競爭出來的，我們則是『吃皇糧』的學校」，經費多來自官方補助；再加上陸校有「211」、「985」的等第之分，存在「成分論」，各校看似為晉身重點大學而努力，真實目的卻是經費的爭奪。