黴菌生長時需要大量水分，因此會把柴魚內部殘留的水分吸得一乾二淨；只要經過三番黴（三次發酵）後，柴魚幾乎就能完全乾燥，不留一丁點水分。
作者＝小泉武夫_東京農學大學名譽教授，專攻釀造學、發酵學、飲食文化論。目前在《日本經濟新聞晚報》的專欄〈有吃有樂趣〉已連載超過二十年。
柴魚這種食物，從古早時期就已經存在。平安時代的《延喜式》裡記載，當時已出現了柴魚的原型「鰹魚」這種可長期保存的食物。這種食物不會長黴，整條魚未經調味直接風乾，晾乾到整個硬邦邦的，通常用來煮成高湯。
如今柴魚的製法則要先經過燻烤乾燥，再經黴菌發酵的過程，這樣的製法從1674年開始。文獻《日本山海名產圖會》中，記載了柴魚經長黴的製作過程。
1674年，就是前面介紹過的荷蘭科學家，雷文霍克透過顯微鏡發現微生物的那一年。當時人類初次知道，地球上有這種肉眼看不見的細微生物存在。不過，江戶中期的人們，既沒有顯微鏡，也不具備化學知識，卻能運用「種黴」這樣的技術，利用肉眼不可見的微生物來發酵、製作柴魚，實在是令人讚嘆。接著，我們來談談柴魚的製作工序，其過程可說是相當複雜。
首先，將原料──鰹魚──切成三片，煮熟。接著剔除魚骨，再層層疊疊放入底部如棧板般鏤空的木箱裡，底下用柴火燻上個幾天，這個工序稱為「焙乾」。焙乾的目的之一是讓鰹魚乾燥，另一個是消除腥臭味，而最主要的目的，是防止腐敗。因為細菌怕煙，經過煙燻製程後，就不容易腐敗。到這個步驟的柴魚稱為「荒節」，將荒節削成小舟般的形狀，則稱為「裸節」。
接著，把裸節放在陽光下曬乾，接著就要進著行一番黴（一次發酵）、二番黴（二次發酵）、三番黴（三次發酵）等工序。一般是將幾百支裸節放入發酵用的桶子或箱子中，由於裡頭長滿名為「鰹節菌」的麴黴，因此只要一星期～10天，裸節表面就會長出密密麻麻的黴菌──這就是一番黴（一次發酵）。
然後，取出裸節，用刷子刷掉上面的黴菌，經過日曬後，再度放入桶子中，這樣上頭會再度冒出密密麻麻的黴（二番黴）……這樣的工序反覆好幾次，經過三番黴（三次發酵）、四番黴（四次發酵）……最後，便能製造出完全乾燥的成品。為什麼不光只是曬乾，還得經過多次的發黴過程呢？目的是為了讓黴菌完全吸收掉裸節內部殘存的水分。黴菌生長時需要大量水分，因此會把柴魚內部殘留的水分吸得一乾二淨；只要經過三番黴（三次發酵）後，柴魚幾乎就能完全乾燥，不留一丁點水分。
經過如此繁複過程製造出的柴魚，大概是最堅硬的食物吧。將兩根柴魚互相敲擊，就會發出敲擊梆子般清脆響亮的聲響。因為柴魚的水分已經被徹底榨乾，腐敗菌無法在上面生長，所以能夠永久保存。黴菌能徹底吸乾水分或許有人覺得，只是為了乾燥，何必花那麼多功夫反覆發黴處理呢？這是因為，倘若只用火來乾燥，柴魚內外的乾燥程度不一，只要一削就會整個碎裂。不過若是經過黴菌乾燥，黴菌會平均吸收水分，所以表面菌絲長得愈密集，做出來的柴魚品質就愈佳。古時候的人不具備微生物知識，卻有如此偉大的智慧，實在讓人佩服。
如今日本靜岡縣西伊豆町，仍以古法製作柴魚，這樣做出來的「田子節」是非常優質的柴魚。當地的職人在進行焙乾工序時，會直接用手來測量柴魚的溫度。此外，在分切鰹魚時，須分別使用四種切魚刀。切除魚頭後，切下魚腹跟魚背，然後放入金屬製蒸籠裡蒸煮；用鑷子小心翼翼地挑掉魚骨後，拿去煙燻；放在大太陽下曬乾，然後削掉表面；最後，重複好幾次發黴的工序。這實在是相當耗功夫的製作方式。做出來的稱為「枯節」，會縮小到鰹魚原有尺寸的六分之一，也因此風味才能完全濃縮在裡頭呢！
柴魚的優點，首先是能長時間保存，且具有濃厚鮮美的絕妙滋味。把削下來的柴魚片放在剛起鍋的白飯上，再淋一點醬油，光是在口中擴散的鮮味就能讓人扒完好幾碗飯！即使吃的是未經長黴工序的柴魚，含在口中的瞬間也能讓人感到一股鮮味，這是因為柴魚富含胺基酸，而胺基酸正是「鮮味」的主要來源。
歷經反覆的一番黴、二番黴、三番黴，黴菌用蛋白質分解酵素分解了鰹魚裡頭的蛋白質，並製造了許多胺基酸。而且柴魚菌還會產生核酸的一種，稱為「肌苷酸」的鮮味成分。也就是說，長過黴的柴魚之所以散發出鮮味，是因為有胺基酸跟肌苷酸存在。柴魚菌包括灰綠麴黴（Aspergillus Glaucus）跟匍匐麴黴（Aspergillus Repens）等，都屬於麴菌類，會將鰹魚裡的水分吸乾並累積鮮味。這些菌經常在堅硬的物體上繁殖。
順便一提，超市販賣的「鰹魚柴魚片」或「柴魚花」，通常只是把鰹魚燻過之後削成片的產物；真正經過長黴工序發酵的柴魚，會標明「枯節」或「本枯」。把鰹魚經過發黴工序製成柴魚，這種事只有日本在做；中國則是把豬腿肉經過長黴工序，製作成發酵食物「火腿」。
柴魚最常使用於萃取美味的高湯，而且用柴魚做出的高湯沒有半點油脂。為什麼原料採用油脂豐厚的鰹魚，卻能製出完全不油的柴魚呢？原來，麴菌之一的柴魚菌將油脂全都分解殆盡了。柴魚菌在發酵過程中，會分泌出油脂分解酵素（脂酶 Lipase），將油脂分解成脂肪酸跟甘油（ Glycerin），甚至將分解出來的物質也都消化掉了。因此，經過發黴工序的柴魚，幾乎都已脫去油脂。
西洋料理或中華料理中，經常把雞骨、牛尾巴、豬腳、豬骨等拿來熬成高湯，湯頭一定會漂浮一層油脂，而日本料理使用的高湯卻完全不油膩。而除了柴魚高湯之外，用昆布或香菇熬出的高湯也都是零油脂，這是世界各國料理中所看不到的。或許就是有了這樣的高湯當基底，才能打造出樸實優雅又纖細的健康日本和食。
荷蘭科學家雷文霍克透過顯微鏡發現微生物是哪一年？