藥峴聖堂為長約32m，寬約12m，總面積396m²(約120多坪)的小規模聖堂建築。1886年(朝鮮高宗23年)容許宗教自由後，隨著天主教信徒的增加，而決定於明洞聖堂之下設立公所，此即為今日聖堂之前身。1891年由當時曾為明洞聖堂主教的Doucet神父於蛤洞購置土地，再由副主教Coste神父進行設計及監督施工，藥峴聖堂於1892年正式誕生。聖堂所在之處因在過去是栽培藥草的地區，為擁有許多藥草田的山嶺，故被稱為「藥田峴」，簡稱「藥峴」，泛指今日首爾萬里洞至首爾站一帶，聖堂之名也由此而來。
藥峴聖堂做為韓國第一座西洋式聖堂建築而備受矚目。雖然有部分呈現歌德式建築的特色，但聖堂整體為呈現半圓形笨重的拱形屋頂與窗戶較窄等羅馬式建築特色的磚造建築。聖堂為十字型平面構造，側面窗檐高度較低，不採尖拱而採圓拱造型，而正面出入口與左右兩側突出的出入口窗戶部分，則各自呈尖拱造型的歌德式建築特色，可謂將兩種建築特色巧妙融為一體的優美建築。