腓利門書房前身為台灣總會書報社，隸屬於文宣處，負責提供教會同靈各種聖經、讚美詩、研經書籍、教會雜誌、卡帶、CD及教會用品之服務。
1997年9月將原來的『台灣總會書報社』和「棕樹出版社」合併為『腓利門書房』，並向政府申請登記為『腓利門實業股份有限公司』，繼續肩負起文字福音事工及提供教會同靈屬靈刊物之使命。
自2006年1月起腓利門書房將透過喜信網路家庭，開設喜信網路網路書房，方便同靈購書，敬請教會同靈繼續惠予支持與指教。