一、本案客體（即修正前之土地徵收條例第11條（以下稱「系爭規定一」）、土地徵收條例第57條第1項（以下稱「系爭規定二」）未就土地所有權人得請求需用土地人向主管機關申請徵收地上權有所規定，與上開意旨不符。有關機關應自本解釋公布之日起一年內，基於本解釋意旨，修正土地徵收條例妥為規定。
二、聲請人雖僅主張系爭規定一有牴觸憲法疑義，然因系爭規定二規定設有徵收地上權之相關規定，相關聯且有必要將其納為整體評價之對象。
三、憲法上財產權保障之範圍，不限於人民對財產之所有權遭國家剝奪之情形。國家機關依法行使公權力致人民之財產遭受損失（諸如所有權喪失、價值或使用效益減損等），若逾其社會責任所應忍受之範圍，形成個人之特別犧牲者，國家應予以合理補償，方符憲法第15 條規定人民財產權應予保障之意旨（本院釋字第 440 號解釋參照）。
四、國家因公益必要所興辦事業之設施如已實際穿越私人土地之上空或地下，致逾越所有權人社會責任所應忍受範圍，形成個人之特別犧牲，卻未予補償，屬對人民財產權之既成侵害，自應賦予人民主動請求徵收以獲補償之權利。
五、整體觀察系爭規定一及二，對於土地遭公路等設施穿越但尚未達於不能為相當使用之程度的情形，其所有權人無從請求需用土地人向主管機關申請徵收地上權，與憲法保障財產權意旨不符。
六、土地所有權人申請徵收地上權的請求權，其時效期間屬立法裁量，惟應合理規定自權利人知悉受侵害時起算的短期時效，以及至遲自穿越工程完工之日起算的長期時效。另應一併檢討修正土地徵收條例第 57 條第 2 項的時效規定。