金門縣政府說明，有關賽事報名費，本賽事因武漢肺炎(2019-nCoV)停辦，且為離島縣市，將「全額退費」，大會將於2月底前完成退費作業；報名禮部分，原登記「親自領取」報名禮之跑友，因公布停賽後，無法親自至現場領取，大會將於2月底前免費協助寄送報名禮(含賽衣/號碼布/寶蔘)；除此之外，也將讓今年度(2020)已報名，但因停辦無法至金門跑馬拉松的跑友，於明年度(2021)優先報名，相關細節將於2021金門馬拉松競賽規程公告。
有關立榮與華信航空退費部分，2家航空公司表示，請原參加金門馬拉松欲退機位之跑友於「109年2月5日前」出示報名成功畫面或提供訂單編號及回執編號，至機場或電洽訂位中心辦理退票，航空公司將不收手續費；有關陪同眷屬退機位部分，也請於「109年2月5日前」出示參賽者報名成功畫面、提供訂單編號、回執編號、住宿證明任何可證明同行之文件，至機場或電洽訂位中心辦理退票，航空公司將不收手續費，逾時不候，務請跑友注意時效。