桃園地檢署偵辦九十八年期間，當時的桃園縣教育處和台北巿某實驗高級中學簽訂「探索教育中心」合作備忘錄案，檢方發現前教育處長張明文未經縣長或代理縣長同意擅自以教育處名義簽署備忘錄，不符合縣有不動產之使用規定，並非法處分其他國有土地。
當時雙方簽訂五年的契約，每年使用費九十萬元，但是檢方認為當時應該為每年近三百萬元，五年不法圖利學校一千多萬元，因此將現任教育部中等教育司司長張明文依貪污治罪條例圖利罪嫌提起公訴。
對於被起訴，張明文表示認為該案依據桃園縣政府組織自治條例規定分層負責明細表，由教育處長二層決行「合作備忘錄」，當時在縣府有限的預算環境下，積極引進民間財團法人的資源，共同推動桃園縣教育之積極發展，創造施政績效。合作對象為教育單位，係公益財團法人，且公私立學校均不以營利為目的，每年節約縣府公帑約二百萬元，縣府不用支出任何預算。
張明文相信法院一定會詳查事證，早日還他清白。