陳水扁所犯貪污等十四罪，二審合議庭法官將一審無期徒刑，改判為有期徒刑十四年（非二十年，詳後述），並將其餘十三罪分處三年、一年、十二年、八年不等徒刑，總刑期為六十五年，並定執行刑為二十年，應非外力干預，為法官絕對自主之獨立審判。惟其判決主文之罪名、量刑及定執行刑等，均有嚴重失誤，違悖司法實務通例，殊損司法公信，筆者謹就司法網站資訊，試作客觀評述。
貪污治罪條例，對公務員所犯貪污罪之科刑，雖修法時刪去死刑之規定，但保留無期徒刑，並稱「嚴懲貪污、澄清吏治」文字，懸為該條例之首條，以明立法宗旨，與舊法完全相同，無稍變易，重貪案件，仍須重判。司法實務對公務員之小貪，均仍判處重刑，聯合報近載監所管理員收受少額賄賂，被判處有期徒刑十九年即為明證，用資警示公務員應潔身自愛，要奉公守法，使司法能為政治清明，奠定法治立國根基。司法審判獨立，不能無視政府肅貪政策。當總統藉權勢犯貪污罪，不依「貪污治罪條例」規定判處無期徒刑，試問何種公務員才有資格適用該條例之重刑，二審既認定陳水扁先後多次犯侵占公有財物之貪污罪，法定本刑為無期徒刑或十年以上有期徒刑，二審均僅判有期徒刑，摒除無期徒刑之適用，顯屬失之輕縱，司法向貪污邪惡勢力低頭，無異自毀正義堡壘。審判獨立之目的，在實現司法公義，維護社會是非與公道；司法若不能發揮公義精神，沉淪於審判擅斷，勢將失去為人民存在的價值。
陳水扁所犯侵占公有財物十一罪之貪污行為，一審均判處無期徒刑，二審均改判為十四年不等有期徒刑，合計為四十四年，加算所犯收受賄賂及偽造文書等三罪之徒刑二十一年，扁犯十四罪之總刑期為六十五年，但二審判決理由中，並未敘載為何不應判處無期徒刑及為何應改判有期徒刑暨從輕定執行刑之理由，乃司法官喪失良知榮譽，自甘惰落，遠離人民期待。審判獨立，未能顯彰司法公義，足證二審重貪輕判，難辭司法擅斷之嫌。
二審判決理由中，對於陳水扁貪污行為，指斥陳水扁「曾任兩屆總統、位高權重，未能清廉自持，為民表率，任由家人公款私用，洗錢至國外，逃避追訴處罰，破壞社會價值觀，知法犯法，辱壞官箴，有負人民付託，對司法信譽破壞至深」等嚴詞譴責，實務上應是論處法定重刑之理由，該判決僅處十四年徒刑，論斷前後矛盾，不僅未重視檢察官起訴時，表明依陳總統就職宣誓之誓言，應受最嚴厲制裁之求刑意見，恣意重罪輕判，違反肅貪政策，使「貪污治罪條例」立法精神形同具文，嚴重戕傷司法公信與公正。
判決主文，應與所載事實、理由相一致，三者不能出現矛盾，最高法院著有四十八年台上字第1182號判例可據，法官對於判決主文、不能逾越法條所定罪名，更無權自創罪名科刑。刑法第二百一十條偽造私文書全文規定為「偽造、變造私文書，足以生損害於公眾或他人者，處五年以下有期徒刑．．．。」；二審對於陳水扁偽造犒償清冊，報領國機費，認定僅犯行使偽造私文書罪，置公務員利用職務詐取財物之貪污行為於不顧，其見解已屬荒唐。對於行使偽造私文書之通常正當主文為：「○○○行使偽造私文書，足以生損害於公眾及他人，處有期徒刑．．．」，惟二審判決主文竟以「陳水扁公務員假借職務上之機會，故意行使偽造私文書，處有期徒刑二年，減為有期徒刑一年」之宣示，主文前段增列「公務員假借職務上之機會，故意」文字，及主文後段少列「足生損害於公眾及他人」文字，均屬法官自創罪名，論罪科刑之違法，二審合議庭之判決出現如此嚴重失誤，顯見法官素質之低落。
刑事對被告宣告多數有期徒刑，於各刑中之最長期以上，各刑合併之刑期以下定其執行刑，但不得逾三十年，刑法第五十一條第五款定有明文。陳水扁所犯貪污等十四罪，各刑中最長刑期為十四年，合併刑期為六十五年，通常應在十四年以上，六十五年以下定其執行刑，衡酌陳水扁身為國家元首，罔顧法紀，利用權勢侵占公有財物及收受賄賂之情節，定執行刑三十年，亦難調重；若定執行刑為二十八年或二十九年，就判決被告多數有期徒刑之定執行刑言，依慣例少關一年、二年，應屬合於常理。二審合議庭竟定執行刑為二十年，雖不能指為違法，但顯有失當，有損司法公信尊嚴。被告罪刑之輕重，與將來聲請假釋具有密切關係，依刑法第七十七條規定，「凡受徒刑之執行而有悛悔實據者，無期徒刑逾二十五年，有期徒刑逾二分之一，得報請假釋出獄」，陳水扁由無期徒刑改判為有期徒刑，如獲三審定讞，將可少關十五年之監牢，輕縱放水之情，表露無遺。