「澎湖縣開拓館」館址前身為日治時期興建的澎湖廳廳長官舍，臺灣光復後的澎湖縣縣長公館所在地。
乙末之役，清廷戰敗後，將臺灣和澎湖群島主權割讓予日本。日本領臺後，澎湖島行政廳的官舍仍沿用清廷於光緒十三年(1 8 8 7 ) 所建的總鎮衙者。(令仁愛路合作金庫以北至郵局、電信局機房處) 廳長官舍則設於總鎮衙署內北側，(今中興路電信局機房東側部份) 門牌號碼為澎湖廳東西澳媽宮街宮內町壹番戶。大正六年(1 9 1 7 ) 澎湖廳土地和房舍番號重新編號後，門牌號碼改成澎湖廳東西澳媽宮街五百十九番地。大正十一年(1 9 2 2 ) 一月，廳長官舍火災後，遷租馬公街馬公二百五十番地。(今啟明街1 5、1 7 號) 由當時日人上瀧利雄向本地人林男承租土地所建，建坪約十坪的日式木造獨棟房屋。至大正十三年(1924)轉向日人伊東正成醫師承租馬公街馬公百九十番地，做為廳長官舍。土地所有權人為澎湖廳(今仁愛路啟明派出所後東側，光復後的澎湖縣縣議會宿舍)。到昭和八年(1 9 3 3 ) 十一月三日下午廳長官舍又遭火災，官舍全毀。
由於廳長官舍自大正十一年(1 9 2 2 ) 1月火災以來，廳長官舍即以租借民屋權充官舍。昭和八年(1 9 3 3 ) 獲臺灣總督府核准，並編列伍仟圓預算開始執行澎湖廳舍和澎湖廳長官舍新建事務。昭和十年(1 9 3 5 ) 二月十一日澎湖廳舍先行建築落成。廳長官舍基地則於昭和九年(1 9 3 4 ) 起，始執行編列廳長官舍預算新築木造和硓古石構造平家建築一棟，（實際建坪為97 坪) 。附屬工事費、建地買收費、初度調辦費、監督費及雜費計4 7 , 8 0 0圓，建於澎湖廳舍東側。官舍于昭和十年(1 9 3 5 ) 三月十日竣工落成，首位入住廳長為第23任大磬誠三。
臺灣光復後，廳長官舍改稱為澎湖縣縣長公館，歷任官派和民選縣長皆設籍於此。直到民國八十一年(1 9 9 2 ) 十月十九日，第十一任縣長王乾同於任內病逝後，以及縣長公館房屋老舊，接任的縣長皆末曾遷入居住。第十三任縣長賴峰偉為有效運用歷史建築空間，特於民國八十八年(1 9 9 9 ) 指示文化局辦理縣長公館作為「澎湖縣開拓館」之籌備事務並執行之。
澎湖廳廳長官舍在建築風格上，因受到大正、昭和時期的歐式建築風潮影響，在設計上採用「和洋」混合式樣。屋頂構造、座敷(和式客廳)、次間(起居室) 、寢所、廊下，其設計及使用材料皆採用「和風住宅」。玄關、應接室(客廳) 茶間(餐廳) 則採用歐式風格設計和材料使用。大門入口處前庭，則採用澎湖地區特有的「貓公石」玄武岩砌築矮牆分隔內外。入口處採用歐式門廊，大門採用文藝復興形式的內開木門。各廳窗戶使用當時流行的歐式八角窗型武。玄關和外牆基座飾面則採用仿歐式石質材料的磨石子地板和洗石子牆飾面。屋面瓦則採用日式文化瓦。座敷、次間、寢所、廊下則採用日式塌塌米和檜木地板材料。
澎湖縣縣長公館館址改為澎湖開拓館後，建築本體修護材料皆採用原有的質材和構件，讓澎湖開拓館修護完成後，能呈現原有的建築風格與空間。