藥令市原是朝鮮時代的孝宗為了收集名貴藥材，命令觀察使常駐在藥材生產地而生的地名，現在的藥令市則是沿用其原名稱的藥材商的集散地。當時為了配合藥草的收穫時期，一年還會舉辦春令市與秋令市等兩次的季節市集。現在除了首爾的藥令市外，尚有大邱、堤川等地的藥令市。而雖然韓國全國各地都有藥令市，但是就歷史上的紀錄來看，首爾的藥令市應屬最大的藥令市場。
首爾藥令市以前的位置，為朝鮮王朝時的普濟院之所在。普濟院不僅是提供旅者免費住宿的地方，也是被貧苦及病痛所折磨的孤苦無依的人上門求醫的去處。 韓國受日本統治的1920年代，在京畿道北部以及江原道一帶，藥令市則扮演了農民所生產以及採集的農產品及蔬菜的集散地的角色。從一片空地開始形成了市集，也開始了商業活動，但是這個人們互相交流刊物、情報的中心，在日據時期也曾強制被迫關閉。
1960年6月的公立市場獲得設立批准後，首爾藥令市便慢慢成為首爾全市有著最多的農產品以及價格最便宜的市場。尤其，因為首爾藥令市與藥材的主要產地──江原道以鐵路連接，交通相當便利的緣故，首爾藥令市便在1960年代後半急速地發展，成為能夠購得韓藥材等特殊商品的專門市場。而首爾藥令市演變成現在具有多樣產品的市場規模的時間點，則是在1970年代的時候。當時鐘路4街與5街的地主與藥材商都移到了首爾藥令市，讓首爾藥令市的藥材集散地的角色變得更加重要，並且變得聞名全國，市場規模也隨之急遽擴張；在1980年的8月，首爾藥令市則因為現代化產業的促進而轉型成為現代市場。從1983年開始，首爾藥令市便引進大量的人參和蜂蜜，交易量約佔首爾四分之三；全韓國約三分之二的藥材，也透過首爾藥令市場流通到市面上。
透過這樣的發展過程，首爾藥令市不僅成為了韓國最大的韓藥材市場，也在全球的藥材市場占了一席之地。因此首爾藥令市也與中國、台灣、香港、日本、新西蘭等各國，積極地從事進出口活動。 另外，首爾藥令市被賦予「首爾藥令市(傳統韓藥市場區域)」這個名稱的時間點，是在1995年6月。此後，在首爾藥令市也建立了許多與韓藥有關的新設施和制度。