《黑圖檔》按京來、京行、部來、部行、存查分類。檔案全宗共1149冊，其中京來檔151冊、京行檔168冊、部來檔429冊、部行檔359冊、存查檔42冊。每冊所抄檔數目不一，宣紙墨字。現存檔案形成時間為康熙元年（1662年）至咸豐十一年（1861年）。 《黑圖檔》有滿、漢兩種文字。依檔案形成的時間劃分，其中康熙、雍正兩朝共295冊32,735頁，均為滿文文件。乾隆朝429冊，46,388頁，滿漢文件各半。嘉慶、道光、咸豐三朝425冊，48,602頁，嘉慶朝大部分為滿文，道光、咸豐朝絕大部分是漢文。