傳說中湄洲島是媽祖林默的家鄉，也是他羽化升天之地。興化府莆田湄洲島湄洲媽祖廟（朝天閣）始建於北宋雍熙四年（987年），是世界上最早的媽祖廟。天聖年間（1023年）開始擴建，清康熙二十年遷界令撤銷後重修，當時有殿堂樓閣十六座，客房齋堂等建築九十餘間。宮中史料記載，3尊神像中1尊「大媽」留在湄洲祖廟正殿（朝天閣），惜已於文化大革命期間被毀；第2尊「二媽」流向 鹿港天后宮 創建於明萬曆19年(西元1591年)，系台灣建廟最早之媽祖廟，相傳清康熙22年(西元1683年)福建水師施琅 平台恭請湄洲媽祖護軍渡海，班師回朝之際，其族侄施啟秉等懇留入廟奉祀，現為湄洲祖廟僅存的唯一開基媽祖，為六尊開基媽祖的第二尊，故俗稱「二媽 ，；第3尊「三媽」則為今日新竹長和宮的媽祖真發、軟身神像，稱「湄洲祖廟正三媽」。1980年代以來，海內外信徒捐資對湄洲祖廟進行重修，台灣檀越捐獻為最多，現有建築基本都是文革後所重建廟貌。
在天后宮中分為上殿跟下殿，中間以天井相隔，裡面供奉黑、紅、黃臉的媽祖，每個可都是各有來頭，黑臉的媽祖是台灣的開台媽祖，也因為歷史非常的悠久所以臉部已經被香火薰黑了；紅臉媽祖是受過36次寶封，每受封一次臉就紅一次，因此就成為「紅臉」媽祖；黃臉的媽祖是在湄洲島的媽祖，因為每年都會請一位年過半百的老太太為媽祖梳妝打扮，所以湄洲島的媽祖雖然歷史悠久，臉也是不黑的。與正殿毗鄰的是梳妝樓，其中展示了媽祖的標準造形，後腦杓是船的舫，左右二邊是波浪形髮夾是船槳，頭上半圓形的是方向盤，代表了媽祖守護海上漁民的涵意。
在朝天閣中有也二尊媽祖，上一尊臉比較黑，是由於台灣信眾在把媽祖請回去的途中，在海上日夜祭拜，因此薰黑了媽祖的臉，這一尊也是在鹿港馬祖廟的分靈，同時這座殿也稱為「黑媽」。
「賢良港」位於湄洲灣北岸莆禧半島南端，與湄洲島遙遙相對，前往湄洲島朝聖的途中一定會路過，是媽祖的誕生地－「賢良港天后祖祠」，裡頭還供奉著媽祖的「聖父母」，也就是媽祖的雙親；媽祖回娘家謁祖進香時，必先恭請媽祖鑾駕在賢良港祖祠舉行謁祖儀式後，才從賢良港碼頭渡海到湄洲祖廟去「刈火」，這也是學習媽祖躬行孝道的傳統美德。
祀奉四海龍王，殿內有一尊黃金打造的媽祖巨像。