因永和原本居民多屬福建泉州人，尤其同安縣最多，而保生大帝在世也是同安人，很自然就形成信仰關係。當初每年農曆四月初五，永和信徒需渡過新店溪到台北大龍峒宮(保安宮)迎神，但這段路每逢大雨交通就不通，所以才自保安宮分靈回永和祭拜。此後信眾遍及本市的溪洲和瓦磘地區。
保福宮草創時應為清道光2年(西元1822年)間，地點為「輪寮腳」，即現址後方道路向西約三百公尺之新生地，是以簡易竹、草做建材，當時永和不過百戶而已，因地勢低加上缺乏堤岸，常遭洪水侵襲。在一次大水中草廟被沖毀，由當時信徒曾萬成慨贈五百坪土地（即今現址），利用信徒們集資，以泥塑土塊就地取材完成簡陋廟宇，稱為「公厝」，在清同治12年(西元1873年，日明治6年)舊曆10月竣工，算是第二次改建，但也是保福宮正式的落成起算。
但泥塑建材也抵不過洪水侵襲，民國前1年(西元1911年，日明治44年)，保福宮再度倒塌，但當時地方上無暇整建，直到民國五年，才在信徒集資下興建三間聯式廟宇，數年後增建三間休息室，這是第三次的改建。在民國47年，廟宇因長久風雨剝蝕及蟲蟻損傷，信民林塗、洪寶樹提議重整，經再次修繕並組織管理委員會，管委會下另設置重建委員會，推林萬居為主委，負責改建一切事項。經過地方人士及官員們發動募捐，於民國56年8月動工，民國60年10月竣工，為第四次改建，始完成今日廟觀，其中中庭透空是一大特色。而後於民國64年至民國91年間，陸續購買土地約800坪，至今該宮持有土地總計1200餘坪，均登記於保福宮名下。
以往地方上請神時，是按地區輪流，首先從四月初五開始，由溪洲先請神，六日輪到瓦磘(石字旁傜)、七日換到店仔街、八日再到秀朗，地方上連續熱鬧四天。但光復後政府為統一祭拜日期，改至目前的三月廿二日。目前為本市登記有案最大之廟宇。
原本第四次改建時，廟前有一座康樂台，但因每年輪到的頭家爐主都不甚平安，管理委員會鑑於康樂台與主廟齊高，有「奴欺主」之嫌，於民國83年4月22日將之拆除。
保福宮座北朝南，為重簷歇山式結構，廟脊上站著福、祿、壽三星，各種建築物簷脊上皆塑滿人物、花鳥。兩側有鐘鼓樓，上覆重簷。宮前階下置有銅製天公爐，拜殿則在大殿、二殿、三殿皆有香爐。簷下立四根透雕龍柱，中間左右雌雄雙獅對峙。左右過水廊分祀註生娘娘與福德正神及土地婆。民國88年右側增建太歲殿。保生大帝鎮座正龕，左右兩龕眾神依序列座，雙壁則雕置十八神將，此三十六神將，是追隨保生大帝的，也只有保生大帝廟才能有三十六神將的雕像。廟外右側金亭，牌頭間安龍鳳，亭身則有彩雕。向外不遠處則有牌樓，脊飾雙龍搶珠，脊下之吊筒與斗拱都有雕飾。
保福宮分為五個殿：
保生大帝姓吳，名本，字華基，號雲衷，宋太宗太平興國四年三月十五日出生於福建省泉州府同安縣的白礁村。在仕途上，曾由貢舉授御史之職（註：正史上未查到），但為了參悟真道乃退隱山林。到了宋仁宗景祐三年五月，修練成道，於二日午時乘坐白鶴升天，時年五十八。地方父老列案拜送，後又立祠祭奉，並受皇上取封「慈濟」。
大帝又名吳真人、吳真君、大道公、吳真仙、花轎公、英惠侯。
1.據傳宋高宗當年泥馬渡康王的故事，其中的泥馬就是保生大帝廟外的泥馬，故即位後，於乾道七年賜號「大道真人」。
2.據傳明太祖朱元璋與陳友諒作戰時，得保生大帝幫忙平息大風，故明太祖即位後在洪武五年敕封「昊天御史醫靈真君」。
3.據傳明成祖時，保生大帝曾為孝慈皇后醫病，後來太子即位為明仁宗，為感念大帝，於洪熙元年，晉封大帝為「昊天金闕御史慈濟醫靈妙道真君萬壽無極保生大帝」，自此保生大帝成為正式的稱呼。
傳說玄天上帝為收伏龜精和蛇精而向保生大帝借寶劍，但為怕玄天上帝不還，保生大帝要求玄天上帝用其部屬三十六天將來抵押。但玄天上帝收伏龜蛇二精後，卻毀約不還寶劍，所以現在保生大帝有三十六將官，但身上只有劍匣沒有劍；而玄天上帝則手提沒有劍匣的劍。
台南縣學甲鎮的慈濟宮號稱為臺灣本島保生大帝的開基祖廟，建於乾隆九年，其主祀之保生二大帝是明永曆十五年時，由李姓信徒由大陸白礁祖廟中迎請來臺的。