故事發生在2029年，彼時，X戰警早已經解散，作為為數不多的僅存的變種人，金剛狼羅根（休·傑克曼 Hugh Jackman 飾）和卡利班（斯戴芬·莫昌特 Stephen Merchant 飾）照顧著年邁的X教授（帕特裏克·斯圖爾特 Patrick Stewart 飾），由於衰老，X教授已經喪失了對於自己超能力的控制，如果不依賴藥物，他的超能力就會失控，在全球範圍內制造無法挽回的災難。不僅如此，金剛狼的自愈能力亦隨著時間的流逝逐漸減弱，體能和力量都早已經大不如從前。