就算是三權分立最成功的美國，如何解決權力機關之間的矛盾仍然間中出現阻礙。美國總統根據憲法擁有行政權，並隨著時間不斷擴大權力。1930年代大蕭條時期，羅斯福上台頒布一系列法令，並通過民主黨國會授權取得美國總統史上前所未有的巨大行政權力。但由共和黨總統任命、保守派控制的美國聯邦最高法院卻經常駁回一些新政法令，因為認為這些法令是違憲。結果1935年1月最高法院以8比1的票數，宣布羅斯福的《全國工業復興法》等新政法律違憲。羅斯福為加快推行新政，於1936年3月6日進行了「爐邊談話」，將矛頭直指最高法院，要求美國國會讓他無限制增加美國最高法院大法官的數目，間接將司法置於行政管轄下，全面掌握三權，這就引起了全國範圍的激烈討論。後來聯邦最高法院大法官認為《最低工資法》大部分並無違憲。有人認為當時大法官是為了保證三權分立，避免總統擴大最高法院削弱司法獨立，維持三權分立的格局而退讓。自由派及民主黨通常希望通過最高法院來實現他們的政治議程，包括牽涉公民權利的法律通過最高法院來落實，例如比較受爭議的墮胎權、槍械管制和LGBT權益等，保守派和共和黨則希望通過控制最高法院來捍衛開國元勳對原憲法的設計構想和價值觀。
總統和內閣主要負責國家行政事務，內閣由聯邦議院產生並對其負責。與先前魏瑪憲法的不同是，1949年的德意志聯邦共和國基本法並未像魏瑪憲法那樣賦予總統較大的權力（希特勒就是利用魏瑪憲法賦予總統的權力逐步為自己實現獨裁統治鋪路的），為避免出現獨裁覆轍，基本法只是給總統予禮儀上的各種職權，例如作為國家元首對外代表德國，根據聯邦議院的決定任免聯邦總理，根據聯邦總理的提名任免聯邦政府各部部長等。戰後德國國家真正的權力中心是聯邦議院（國會下院）及其產生的，由總理領導的內閣。