100年度大學校務評鑑已經完成上半年39所學校的實地訪評工作，下半年41校的評鑑也將於10月起展開，各大學正積極進行準備；然似乎是訊息的傳遞出了問題，部分學校的教授在參與過程中，對此次評鑑的精神、設計與執行方式有所誤解，以為校務評鑑在塑造全國統一的教育部聯合大學，質疑校務評鑑腐蝕高等教育理想。
上述批評與事實不符，事實上，校務評鑑主要精神正是在「引導學校進行背景分析後，決定學校之自我定位」；也就是說，若學校能落實背景分析，透過此次評鑑，將可引導我國大學找到最適合自己發展的定位，進而發揮辦學特色，最終展現多元的風貌。至於實施計畫列出各評鑑項目下的「參考效標」，則只是作為參考，其功能在「舉例」說明該評鑑項目「可以涵蓋」哪些效標，以免學校無所適從，但並不是要求學校必須照單全收，學校可以根據辦學計畫「自行增減效標」，依照所決定之自我定位，將辦學狀況告訴大家，並不需要全部項目都做，卻模糊了辦學焦點。
以「國際化」而言，它確實是七年前校務評鑑的主要評鑑項目之一，但為了尊重學校發展的個別差異，此次校務評鑑已經移除此評鑑項目，僅把國際化列入「校務治理與經營」此一評鑑項目下的「參考效標」之一；換言之，該不該進行國際化，學校應自行決定、自我定位，並不是非做不可，不需要做的事情也不必列出，評鑑委員不會因為學校沒有照著參考效標做，就讓評鑑不通過，也不會因為全部都做了就給予通過，重點在於學校能不能說清楚自己的辦學目標與特色在哪裡、能不能講明白要怎麼做才能達成目標、能不能讓大家知道學校有沒有自我改善的能力、能不能告訴師生沒有達成目標時該如何進行改善，這些才是評鑑通過與否的關鍵。
再就評鑑的教育理念而論，此次校務評鑑從未要求一般大學必須如技職校院般採取「職業導向」與「能力本位」，諸如「社會關懷」、「藝術涵養」、「人文精神」與「品德態度」等基本素養，當然也可以被大學列為學生的基本素養與核心能力，事實上許多大學也都有將之納入。而身為教育機構，學校既然訂定了這些基本素養，自然需要負責任的讓評鑑委員、全校師生與社會大眾知道，學生如何透過有效的教學、學習及評估，達成這些基本素養與核心能力。
有人憂心學校過度強調學生對老師的教學評量，恐將導致教學討好學生的傾向；事實上，各校的教師升等制度很明確就須含括學生對老師的教學評量成績，因此，將各校目前實施教學評量所衍生的問題歸咎於評鑑所造成，是對校務評鑑最大的扭曲與誤解。其實，校務評鑑正是欲借助評鑑的機制，促使學校改進缺失，期望能引導大學自行發展特色，協助大學建立自我改善機制；若學校深知目前學生對老師的教學評量有上述缺點，有沒有辦法加以改進？能不能誠實面對，而不要編造文章搪塞了事？大學究竟做了哪些自我改進的努力，應該透過評鑑讓全校師生、家長及社會大眾知道，這才是校務評鑑的本意。
最近評鑑中心接到不少大學校長與教授反映，由於近年校務評鑑與系所評鑑要求學校、系所必須提出清楚的自我定位、發展目標與特色，促使學校重新檢視自我定位，擬定具有特色的校務或系務發展目標，找出與他校不同的發展強項，因而對自己的辦學更有信心。可見校務評鑑不會腐蝕高等教育的理想，也不至於用參考效標限制受評學校與評鑑委員。
至於評鑑通過與否的標準究竟在哪裡？是「以國立大學的標準評鑑私立大學」嗎？是如報載暨南國際大學李家同教授所言「有如拿臺大醫院的醫療成效與普通診所相比，是件無聊與浪費時間的事」嗎？這些說法其實都扭曲了系所評鑑的事實與真相。
翻開95年至今（99年度）各梯次系所評鑑結果，許多私立大學系所因為紛紛通過評鑑的認可，士氣大振，反倒有部分國立大學的系所未能如願達陣成功。如果系所評鑑是用國立大學的標準評鑑私立大學，怎麼會發生部分國立大學系所評鑑未過、私立大學卻評鑑通過的情形？可見現今執行的評鑑早已不像過去殘存於部分人士心中的刻板印象，是用同一套標準（例如國立大學的標準）、同一把尺來評量所有大學；這幾年所實施的系所評鑑與校務評鑑，已經改採「認可制」，是用受評單位自己的尺來評量自己。
也就是說，評鑑委員係根據學校自訂的教學目標，檢視學校自己提出的策略措施能否有效達成自我目標，萬一沒有達成時應如何改善；換言之，評鑑通過與否的關鍵在於學校是否具有自我改善的能力，大學只要能證明具有健全的自我改善機制，無論公私立大學都一定會被認可通過；若無有效的自我改善機制，即使是名聲顯赫的國立大學系所，也無法被認可。甚至在未來，具備自我改善能力的大學，只要定期進行自我評鑑就好，根本不需要接受教育部的評鑑。