台灣第一條人工運河─竹筏港水道(開鑿於1862-1874, 1895後式微, 1930後廢棄)，全台僅存的最古、最長運河, 代表台江的經濟、文化、歷史及未來的觀光發展，是台江最重要的一條連通水路，道光三年（1823），曾文溪改道南流入台江，洪水挾帶大量泥沙，嚴重淤塞台江內海，府城三郊海運貿易即受到影響，三郊為了保持航運通暢，於是集資僱工開通五條港運河，通往安平及四草湖。當時鹿耳門已成廢港，而大員港只能容小船進出，所有的大船開不進來，只能停靠國賽港，所以又另闢一條河道由四草湖往北經北線尾、鹿耳門沿北汕沙洲水路到七股曾文溪出海口附近的國賽港，由於河道利用竹筏運輸，故稱竹筏港。經由竹筏港分裝貨物往來於大員港與五條港。古運河是通往鹽水溪極大海的孔道，由鎮渡頭〈今民生路與金華路交叉口〉起，沿今安平路北側入鹽水溪，出四草湖，再築竹筏港，由今七股國賽港出海。在安平開港五十年間〈1864-1920〉，此運河成為府城對外交通要道。凡經此河道者，皆需交使用費，三郊則以此經費即釐今疏濬，以維持運河的通行。
目前水道的現況，鹿耳門溪北側的土城地區，水道仍維持原貌，兩岸紅樹林生長茂密，十分漂亮, 城西里蔡姑娘廟段，長達兩千公尺，河面寬約二十公尺，兩岸的欖李純林一千五百棵，佔全台原生欖李百分之三十五。鹿耳門溪南岸部分河道遭佔用或被道路截斷，未來得重新貫通。大眾廟段感潮溝是串聯曾文溪至鹽水溪的竹筏港保留最為原始的河段，長約八百公尺，水面寬五至二十公尺不等，兩岸高大的紅樹林海茄苳、欖李、五梨跤交拱蔽天，伴生台灣黃瑾、土沉香、台灣海桐等多種原生植物，係全台獨一的原始混生型紅樹林感潮溝。
荷蘭統治及鄭氏王朝時期，台江外海有11個島嶼（古籍稱「鯤鯓」，大魚之意）橫亙，沙洲南北方各有一個港口，北為鹿耳門港，南為大員港，為臺灣最早之海港。西元1823年鹿耳門港被洪水沖毀，而安平則因海沙推移，港口反較前略深，於是與北線尾島上新興的四草湖合稱臺灣港，兼具國防及貿易功能，成為臺灣南部及台灣府城（今臺南市）的要港。西元1865年臺灣由於天津條約開港，安平港亦被列為條約港之一，海關、洋行紛紛設立。但是不久後，安平港港被漂砂淤積，灣內的安平島接連陸地，船舶僅能碇泊於距舊港口兩海浬處。日治時期時，台灣總督府利用舊運河水道，自安平海關循鹽水溪至海口予以疏濬，惟舊運河易於淤積，須經常疏濬，極不經濟，臺灣港逐漸沒落。1908年高雄港興築後，臺灣港由於港灣條件不如高雄港，地位一落千丈。雖然臺灣總督府於1921年至1926年間開鑿臺南新運河，並於終點設置堆貨場倉庫，碼頭約1,780公尺。但由於因出口一段河道淤塞，復於1935年至1936年間於舊港口南2公里處闢安平港新港口，取代臺灣港的營運，並築導流堤二道，港口長160公尺，自港口再挖濬航道2公里，與新運河接通，築岸約500公尺，總經費77萬日圓，但是第二次世界大戰時設備遭受破壞，港口淤積更甚。1974年因安平舊港封淤，政府另擇安平港南方2公里的「鯤鯓湖」營建新港，1979年峻工。同年新港開始營運，主航道水深負7.5m，可通行6,000噸級船舶，並核定為國內商港。1997年5月12日，交通部公告安平港為高雄港之輔助港，安平港由國內商港升格為國際商港。1999年7月1日，高雄港務局安平辦事處改制升格為高雄港務局安平港分局。安平商港興建目的，即為取代原先舊港的業務，並沿用其名。事實上安平商港位於南區而已非安平區。港運目前以砂石為大宗，業績穩定成長。2001年10月年裝卸量突破1,000,000噸，為二十年來最大量。由於重開安平舊港（漁港），使的原本與臺南安平相連的漁光島和陸地分離，為了島上居民的交通，特地規劃一座跨港大橋，名曰「漁光橋」。於2008年7月30日完工，成為安平港的新地標。目前漁光島北側及南側亦正規畫兩座跨港大橋。