台灣本島漢人最早接觸的地點大約在北港沿海一帶（顏思齊、鄭芝龍時代），其次便是鹿耳門港和安平一帶。明天啟四年（一六二四）至永曆十五年（一六六一）的荷據時期，台灣逐漸有漳泉先民的足跡，鹿耳門的登陸地一帶，船戶在港口處設立了一間小媽祖祠，以為往來船隻、移民供香拜神之用。當時媽祖廟僅為一小祠，香火也稱不上威靈顯赫。
三月二十三日中午，日麗天清、風平浪靜，鄭成功以四百艨艟，載二萬五千兵士，艦隊首尾相連長達十里，一行浩浩蕩蕩，自金門料羅灣起碇東航。二十四日中午大小艦船陸續進入娘媽宮港（馬公），成功自率勇衛駐峙內嶼，令各鎮衛分駐各嶼，鄭軍在澎湖等候風勢，經過數天，就發生了糧荒。鄭成功命令楊英帶領兵士去採集軍糧，不料所得有限，買不到米穀，只收集了一些小麥和地瓜。出征前根據何斌的判斷，因為數日即可到台灣，收復台灣軍事不勞轉糧，為求軍行迅速，故無需運糧重負，豈料澎湖阻風，恐有斷炊之虞。
鄭成功此行沒有多帶軍糧，楊英買回來的小麥、地瓜，只能供給全軍數天食用。成功擔心將兵不安影響士氣，於是不管天氣的好壞，急命各鎮將兵上船，傳令掛帆起碇，開向台灣。三十日晚間暴風未息，狂風暴雨，鄭成功毅然傳令「開駕」，他堅信天意對收復台灣有助，船行自然風雨將息、浪濤恬平。果然到三更時分「雲收雨散、天氣晴朗」順風吹送、軍行如飛。四月一日黎明，鄭成功的艦隊已開到台江外沙線附近，辰時天色漸明，大軍抵達鹿耳門港道外。
鄭成功命放哨船由鹿耳門而入，以竹篙探測水深，初報稱水淺無法行船。沙泥淤積港道，荷人又沉舟堵塞港道，且水底多漂沙暗礁，船觸之立破，無法行舟，情勢至此。鄭成功由何斌帶領換乘小哨船，由鹿耳門的沙線上登岸，先行勘察鹿耳門內外的地勢，決定了紮營的地方，然後再回到船上調度將兵。此時成功乃命排設香案，向蒼天禱告，祈禱眾神明保佑，冠帶叩祝曰：「成功受先帝眷顧恩重，委以北伐，奈寸土未得，孤島難居，今移師東征，假此塊土地暫供安身，俾得重振甲兵，恢復中興。若果天垂憐，列祖默佑，祝我潮水，俾鷁首所向，可直入無礙，庶三軍從容登岸也。」＜＜台灣外記＞＞禱祝完畢，過沒多久，瞬間潮水驟漲，海水乎高數尺，似有神助，大小船隻皆能航行無礙，艦隊船隻魚貫進入台江內海。