本條例草案於1990年提交香港立法局審議，1991年6月5日通過。條例第2(3)條、第3(1)及(2)條及第4條規定，在解釋及應用本條例時，須考慮本條例的目的是將《公民權利和政治權利國際公約》中適用於香港的規定收納入香港法律，並對附帶及有關連的事項作出規定。所有先前法例，凡可作出與本條例沒有抵觸的解釋的，須作如是解釋。所有先前法例，凡不可作出與本條例沒有抵觸的解釋的，其與本條例抵觸的部分現予廢除。在本條例生效日期或其後制定的所有法例，凡可解釋為與《公民權利和政治權利國際公約》中適用於香港的規定沒有抵觸的，須作如是解釋。
中華人民共和國認為在香港特別行政區實行的任何法律，都必須符合《中華人民共和國香港特別行政區基本法》，只有《基本法》具有高於其它香港法律的地位。前述條文令《香港人權法案條例》對所有香港法律具有凌駕地位，這就等於架空《基本法》，從而牴觸《基本法》。[1]1997年2月23日，第八屆全國人民代表大會常務委員會根據《基本法》第160條決定前述條文不採用為香港特別行政區法律，其他條文仍予採用。
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