諾亞方舟似的江南水泥廠不僅吸引了難民前來躲避災難，也吸引了日軍貪婪的目光。南京淪陷後，作為當時遠東水泥行業規模第一大廠，江南水泥廠不僅有著先進的設備，而且尚未投入使用，日軍早就對其垂涎欲滴，狼子野心昭然若揭。
江南水泥公司檔案《事變後江南水泥公司大事記》中寫道：「二十六年（1937）十二月以後，敵商三井上海支店屢次尋問江南廠關係人，態度極為傲慢，時常由電話招往究問公司工廠一切事項，追根問底，儼同法官。最為注意者為督促江南廠開工……」雖「德丹國合營江南水泥廠」的牌子早已被掛出做掩護，但還是擋不住別有企圖的日本廠商對該廠的覬覦。卡爾·京特及時將這些信息向江南水泥廠上海辦事處匯報，經過溝通後，史密斯公司決定保持中立態度。江南水泥公司董事會自始至終秉持「不資敵、不合作」的態度，以防工廠淪為賣國賊，對於日軍要求其生產的蠻橫要求多次拒絕。
因此，為避免遭軍事打擊，在之後的四五年時間里，江南水泥廠與日方保持友好，但同時堅定地不做出任何承諾，譬如與日方合作、為日方生產水泥、向偽自治會提供經濟方面的讚助和支持等，江南水泥廠均設法逃脫。例如，京特就曾以德商代表身份，屢次與日軍打交道，以江南水泥廠需歸還西門子公司欠款為由，設法賣出工廠存煤4000噸，除少部分錢於廠內使用外，大部分款項陸續被帶到了上海。由此可見，京特等人憑著他們的聰明睿智沒有辜負公司的期望，一直盡心盡力守護著工廠不被日軍侵吞。
但是，這種的相對平和的狀態終究還是被打破。日方想法設法透過各種途徑徹查了江南水泥廠的情況後，終於將魔掌伸向它。據記載，1943年7月14日，日軍軍部突然通知袁心武：山東張店制鋁，需要「江南」製造水泥之主要設備，須立即著手拆遷。9月6日，又提出設備拆遷事項即行開始。之後，日軍各方代表紛紛向江南水泥廠董事會和京特博士施加壓力。廠方採取各種辦法反對拆機，如提出拆遷機器事關產權變更，關係江南水泥廠的生死存亡，需要全體股東同意等，即使這些辦法不能奏效，也能拖延拆機時間，以期時局變化。
日軍見直接與江南水泥廠談判不成，就利用汪偽政府向江南水泥廠施壓，於是汪偽政府不斷發出訓令，強迫工廠拆機。
1943年12月21日，也就是拆遷機器前夕，3個日本大使館人員在汪偽政府實業部人員的陪同下來到棲霞山工廠與卡爾·京特交涉，他決然表示不同意拆遷機器。在場的江南水泥廠會計科副主任徐莘農根據第二天卡爾·京特的口述，對這場談話做了詳細的記載。
1944年2月3日，《解放日報》以《敵「沒收」淪陷工廠》為題，報導了日軍實行軍事掠奪，強行拆走中國最大、最先進的水泥廠機器設備的消息，揭露了日軍這一罪惡行徑。卡爾·京特雖對日軍強拆的野蠻行徑憤怒不已，卻也無可奈何。沒能保護好的工廠的愧疚與遺憾籠罩了他，於是他將滿腔憤怒專注筆端，從1943年寫下《日軍強拆江南廠水泥機件日記》，記錄了種種日軍對江南水泥廠實行軍事掠奪的暴行。
1987年，卡爾·京特在家中去世，他的骨灰被撒入大海，沒有留下墓地。不過卡爾·京特在漢堡的自家院落，種下了一棵銀杏樹。因為他喜歡江南水泥廠那棵千年古銀杏。77歲高齡的安妮塔·京特透露，卡爾·京特回到德國之後，幾乎沒有跟別人說過當時在南京救助過中國人的事，所以很少有人知曉。大多數人都是後來通過《拉貝日記》才了解京特家族的故事。