天后〈媽祖〉宮位在馬公市區的中央里，是全台灣歷史最悠久的媽祖廟。相傳至元十七年（西元一二八○年）元世祖派兵征伐日本，遭遇颱風，官兵漂散，而夢見媽祖救眾，登 陸平湖嶼（即澎湖嶼）。驚濤餘生，是媽祖的神佑，所以至元十八年（西元一二八一年）世祖封媽祖為「天妃」，立天妃宮，設澎湖寨巡檢司。
天妃宮俗稱媽祖宮，明代稱為「娘宮」、「媽祖宮」、「娘媽宮」等，廟名也是地名。嘉靖四十二年（西元一五六三年），俞大猷剿倭勝利，擴建媽祖宮。
萬曆二十年（西元一五九二年），日本「鎖國令」弛懈，倭寇侵襲沿海及澎湖。朝廷派兵圍剿佔澎的倭寇，大勝，都說是媽祖神佑，所以官兵及移民便再重建娘宮。或有一說，認為媽祖宮是這時才開始新建的。天啟四年（西元一六二四年）俞咨皐驅逐荷蘭人，收復了澎湖，又改建媽祖宮而成為現今之貌。當時地名為「娘宮。」清康熙二十二年（西元一六八二年），福建水師提督施琅率領軍隊進攻澎湖，打敗明軍。當時施琅認為能進攻取勝，全靠媽祖顯靈相助，於是奏請康熙皇帝加封。清庭據奏許準，並且特派禮部郎中雅虎專程來澎湖致祭，表示敬意。第二年，康熙二十二年，就正式加封為媽祖為天后。從此，媽祖宮又稱為「天后宮」，地名「媽宮」。民國九年日據政府改地名媽宮澳為「馬公街」，從此「媽宮」成了「馬公」。