新手訓練家小智從大木博士那裡獲得的是一隻勉勉強強又喜怒無常又不喜歡進入神奇寶貝球的皮卡丘，小智離開家鄉真新鎮，在關都地方展開他的旅程。在贏得皮卡丘的信任後，小智認真地開展他的旅程來挑戰各地的道館，參加神奇寶貝聯盟。在旅途中加入小智的是兩位良師益友——小剛和小霞。參加石英大會之後，小智受大木博士之託啟程前往橘子群島，從內木博士處取得GS球，小剛暫時留在內木博士處。旅途中小智參賽橘子聯盟，還遇到神奇寶貝觀察家小建。回到真新鎮後，大木博士無法理解怎麼樣把GS球開啟，所以就把小建留下做助手，派小智、小霞、小剛前往城都地區，把GS球交給檜皮鎮的鋼鐵先生。再次，小智參加了神奇寶貝聯盟－城都聯盟的白銀大會。
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