教育部認為管中閔參選時未揭露與遴選委員蔡明興間之薪酬關係，不但違法兼職，還造成「蔡董投管董」的嚴重瑕疵，有經濟和法律上重大利益未迴避的適法疑慮，因而不發給管中閔聘書，要台大重新遴選，造成藍營反撲，他們所持的理由是違反大學自主的精神。台北地檢署偵辦台大校長當選人管中閔相關案件，近日以證人身分傳喚多名台大校長遴選委員。
這些介入教育的政客根本不懂「大學自主」的意義，所謂「大學自主」是指由大學自負權責，例如在大學聘任四長，校長有權力聘任，但也相對負責任。「權力」與「責任」是一體兩面，所謂「自主」就是由自己負權責，它與「委託」完全不同，「受託人」只是解決技術層面的問題，權責還是由「委託人」自負，若是出問題，「委託人」不能因委託而卸責。
教育部與大學之間的權責，有些是授權由大學自負權責，形成「大學自主」。有些只是委託大學承辦，教育部還是要負權責，它與「大學自主」無關。例如以前全國各校的博士學位統一由教育部頒發，論文口試由教育部主辦，那時候的學位稱為「國家博士」，學位的審核權在教育部。由於博士論文口試相當繁重，加上較嚴謹的學校認為各校水準不同，都稱為國家博士相當不合理。後來改由各校自己頒發學位，審核權在於學校，教育部不再過問，由學校自負權責，它就是教育部授權由「大學自主」。萬一出甚麼問題，還是由學校自己處理。
另一個例子由教育部負權責，當然就沒有「大學自主」的困擾。以前大學教師升等由教育部審核，教師證書由教育部頒發，只是全國教師太多，由教育部審核升等太過於沉重，後來改變制度，部分學校的升等審核相當嚴謹，教育部就將這些學校（不是全部學校）教師的升等交由學校自己審核，可是教師證書還是由教育部頒發，由教育部負權責，它只算是教育部委託大學審核，不是教育部授權「大學自主」。學校在升等審核過程中若出現瑕疵，教育部就不發教師證書，已發出去的證書也可以收回。
顯然的，博士學位的頒發是教育部授權「大學自主」，教育部不會過問。然而教師升等是教育部委託大學審核，不是授權「大學自主」，教育部還是要負完全責任。另一個重要例子，大學校長的聘任是教育部委託遴選委員會遴選，不是授權「大學自主」，聘書還是由教育部頒發，由教育部負權責。它與教師升等一樣，並非授權給「大學自主」。
原來公立大學校長是由教育部直接聘任，由於有人以政治手段爭校長職位，為了避免被諷刺為「政治校長」，教育部委託遴選委員會取才，不過聘書還是由教育部頒發，由教育部負權責，最重要的是遴選委員會並非學校裡的單位，而是教育部委託的任命編組，沒有「大學自主」的問題。然而最諷刺的是當初為了避免「政治化」而產生遴選制度，可是有了遴選制度之後卻更「政治化」。
大學校長由官派改由遴選委員會取才，目標是要讓格調較佳的人有機會領導大學教育，然而台灣出現過格調最被稱讚的兩位校長就是台大的傅斯年及清華的梅貽琦，他們都是官派的，後來依遴選制度所產生的校長都遠不如他們兩位。