當選台北市長的柯文哲，選前高舉「在野大聯盟」旗幟，並在當選記者會中宣布，不會加入政黨，但「在野大聯盟」是北市前所未有的運作模式，執政後的柯文哲，如何與市議會國、民兩黨互動，值得觀察。
選舉過程中，民進黨主席蔡英文提出對柯有一個「小小的要求」，希望當選後施政，能和綠營其他縣市首長討論，隨即引來對手質疑。
因此，柯文哲宣誓當選後不會加入政黨，在當選後的記者會，也再度公開表示，未來台北市政府公務員不必為政治服務，不必為政黨服務，只要盡心盡力為市民服務即可。
但外界仍好奇，柯文哲執掌北市府後，民進黨到底是執政或在野黨，民進黨是否仍像選戰過程裡，繼續為柯文哲護航？議會的生態是否仍能「容忍」這種型態？
議員肩負選區選民的期待和壓力，一旦民進黨也當起在野黨，柯主政的北市府在沒有奧援情況下，市政會不會處處受掣肘？落得「爹不疼、娘不愛」的窘境。
理論上柯文哲可視不同議題，與不同政黨合作，問題是國、民兩黨會埋單嗎？尤其這次台北市長選舉，一番慘烈廝殺後，柯文哲真能和國民黨一笑泯恩仇談合作？
選舉過程裡，柯文哲也曾坦言，參選後才發現，沒有政黨奧援真的打得滿辛苦的，甚至以「奇蹟」形容。可預見的是，柯的在野大聯盟理念，面對未來全新的府會關係，考驗著柯文哲的溝通和協調智慧。