粵語有九個聲調，比普通話的四個調多，粵語除了有平上去聲，還有入聲。有學者認為說粵語的人能辨、能說這麼複雜的聲調，那麼學習只有四個聲調的普通話，一定手到拿來，其實不盡然。
針對以粵語為母語者的普通話發音誤差與學習問題，曾有研究透過對粵語和普通話的音節和聲調的語音組成部分進行全面對比研究，比較兩個語音系統的異同，結果發現兩者的差異比相同更為顯著，其中有16個普通話音節成分在粵語語音結構中並不存在。輔音系統方面，粵語和普通話分別有19和21個輔音，其中普通話有11個輔音是粵語所沒有的，即舌尖前音z-, c-, s-、舌尖後音zh-, ch-, sh-, r-、舌面音j-, q-, x-、和軟顎擦音h-，意味著粵語人士需要由零開始重新學習。另外，普通話所獨有的還有兒化尾音-er，和一個相當複雜、調控語音改變的語音規則「連續變調」，這些粵語中沒有的語音特徵令以粵語為母語的學習者很難準確地掌握。
普教中學校的中文老師顯然非常清楚某些字的規範讀音，但這種認知因種種原因而未能在口語中反映出來。例如複合元音的字如「片」（pin3/piàn） 和「笑」（siu3/xiào），當中有一個粵語所無的介音-i-，老師能正確寫出其拼音，但在口語評核中卻往往把這介音省略了，考生誤讀為 *[pɛn] 和 *[xau] 也不一定扣分。另一個常見的發音問題跟兒化韻有關，例如「花（兒）」（普huār／粵faa1ji4） 和「事（兒）」（普shìr／粵si6ji4）。雖然普通話中兒化韻的音節數量已越來越少，但當它出現而又沒有漢字提示時（如在普通話口語評核），大部分以粵語為母語的學習者都不能識別或準確發音。
香港學生碰上語音難點，也許與教師的第一語言粵語發音不標準有關，尤其是所謂「懶音」問題。例如「廣」gwong2 [kwɔŋ]，在多音節字詞如「廣州」和「廣東話」之中，時常錯誤發音成gong2 [kɔŋ] （以g-替代複輔音gw-），甚至進一步丟失-ng，讀成gwon2 [kwɔn]，將-ng（後鼻音韻尾）發成-n（前鼻音韻尾）。另一個容易造成混淆的是粵語聲母n-（鼻音）和l-（邊音），它們傳統上被視為有差異的不同音位，但長久之來香港社會各界習慣把兩者視為自由變體，將n-發成l-，如「你」（n-）和「李」（l-）同發成lei5音，如果語境不是含糊不清的話，通常不致造成混淆和誤會。造成這樣的語音現象並不令人驚訝，因為在學校課程中粵語沒有獨立成科，一般學生對粵語語音系統並沒有基本的掌握。這種語言變體在跨語言方面的影響是以粵語為母語的學習者難以分清楚普通話n-和l-（英語亦然，把no讀成lo），其他典型的例子包括「年（n-）、連（l-）」、「男（n-）、藍（l-）」和「女（n-）、呂（l-）」等，n-和l-的區分對母語為粵語的學習者帶來相當大的學習困難。另外幾組難以掌握的聲母分別是舌尖前音z-, c-, s-（資、雌、思）、舌尖後音zh-, ch-, sh-（知、蚩、詩）和舌面音j-, q-, x-（基、欺、希），香港學生往往以粵語的舌葉音z-, c-, s-（知、雌、思）來替代，造成了負遷移。
在超音段的層面，說粵語的普通話學習者也必須要克服輕聲或連續變調的困難，後者的語音規則是由並排的第三聲語素音節結構所觸發。例如「很好」分開單獨的發音為 hěn（han2）和 hǎo（hou2），但放在一起時第一個音節必須變為第二聲，發音是 hén hǎo﹔更為複雜的是，比較長的第三聲語素音節結構如wŏ shoŭ sĕ wŏ koŭ（我手寫我口），按連續變調的規律應發音為wó shoŭ sĕ wó koŭ，兩個「我」字都需要變調。
註：為方便表述，文中普通話讀音以漢語拼音表示，粵語讀音以粵語拼音表示，誤讀以國際音標表示。