歷年來，音樂系在更新教學環境、設備、師資群及學生個人學習空間等均挹注甚大，希望創造師生共同學習、共同生活的優質音樂學系。奠基於此教育理念，清華大學音樂系座落於南大校區，其教學環境為一完善獨立的主體建築，共有音樂一館、音樂二館。
本系師資卓越，目前有11位專任教師：教授4位，副教授6位，助理教授1位; 兼任教師約70位。設有大學部、碩士班，學生總計約220人。
本系碩士班每年招生21名，以教學分組架構運行，包括音樂工程與應用音樂組、台灣音樂組、演奏組(鋼琴、聲樂、弦樂、管樂、擊樂)及理論作曲組。課程架構設計有共同必修、分組必修及共同選修等專業及跨領域課程，設計目的是為使各專業領域的音樂人才培育更精緻化。以共同選修課程聚集“跨組、跨領域”學習能量，結合與外系合作，共享整個大清華校園學習資源，擴充就業能力。碩士班課程除重視音樂理論與史學知識的養成，在表演實務、創作與教學 培訓外、也積極堆動音樂、科技、健康促進之跨領域專業人才，期待學生能以音樂為工具，成為擁有聆聽、溝通及獨立學術研究能力與精神的音樂人。
音樂系於多年努力下，不僅養成卓越之技藝等豐碩成果，音樂人才更是輩出，茁壯的清華音樂系將是台灣當代培養藝術人文素養的標竿系所。