配天宮創建於康熙26年，據說有位東石半月庄人士，林馬，篤信媽祖，每年均遠赴外地的媽祖廟參拜，由於旅程十分艱辛，因此這年他決心自湄州迎回媽祖神像在自家中祭拜。迎回神像的回程，林馬經過朴子溪南岸朴樹下的茶棚，便歇腳休息，而附近居民得知此事，商請停留幾天，讓民眾可以參拜媽祖，可是數日後，當林馬欲啟程返家，神像卻變得沉重無法移動，擲筊問卜之下，神明表示永遠鎮守在此，於是民眾隨即搭建小廟祭祀；剛好廟旁有棵樸樹，所以作為廟名，稱作「樸樹宮」。之後聚落以本宮為中心向外發展，故朴子舊稱「樸仔腳」，即是得名於此。
「樸樹宮」後來更名為「配天宮」，原因年代眾說紛紜，根據較可信的說法是：同治4年(1865)重修工程落成時，廟方董事將廟名取意「配享千秋馨香、功參天地造化」而更名。 配天宮由於香火鼎盛，歷年來修建不斷，最早是在康熙54年擴建中殿和拜殿，乾隆、嘉慶乃至於同治年間，約每隔半世紀即進行修建。乃至於日治時期(1915) 的第四次修建，據信是由漳州名師陳應彬主持，採用「對場作」的方式，並首開日本官方之補助台灣廟宇修建之例。二戰後較大的變動有：民國36年重修後殿、新建了鐘鼓樓；民國64~66年興建香客大樓；民國70年改建東西廂房。
元宵節結燈花是配天宮百餘年來最具特色的慶典，起源也和王得祿將軍有關。相傳嘉慶皇帝曾敕賜王將軍，可自行在府內舉辦花燈盛典供年邁的兄嫂觀賞，後來王將軍將燈花移至配天宮，藉此祝賀媽祖，且供民眾欣賞，燈會便成為本宮的元宵節傳統。 建築簡介： 配天宮的建築配置大致呈「囬」字型，和一般廟宇一樣，中軸線上的空間最為尊貴，依次是最華麗的三川殿、最高大的正殿和後殿，也是主要的祭祀場所。最左右側是廂房，作為辦公室等空間。正殿的兩邊設置鐘樓、鼓樓，以突顯華麗的屋頂線條。 建築特色： 配天宮採用「對場作」方式重修。當時請兩組匠師以中軸線為界，各自施作左、右側，以達到競技、省時的目的。所以站在三川殿中央往屋頂一望，可以發現左右兩邊的木構件和雕刻，都不對稱，就是兩組匠師各顯神通的成果。