要討論總統、國安會以及國安局的權限問題時，可以先從幾個法律條文看起。首先，憲法增修條文第2條第4項規定：「總統為決定國家安全有關大政方針，得設國家安全會議及所屬國家安全局，其組織以法律定之」。根據此憲法條文授權制定的國家安全法組織法第2條第2項則對於何謂「國家安全有關大政方針」進一步規定：「所稱國家安全係指國防、外交、兩岸關係及國家重大變故之相關事項」，這就是一般人認為我國總統對於國防、外交、兩岸是項享有「行政實權」的法律依據，但是果真如此？
我們在面對組織法的時候，都必須要有最基本的認識－組織法無法導出行為法規範。國內學者為上述之主張，不外乎就是以我國第四次修憲仿效的法國第五共和憲法下，總統在國防、外交等事項上享有行政實權作為理由，並以前開國安會組織法規定做為論據而為主張。但如此卻忽略了法國如此憲政慣例之所以成立之憲法上前提關聯[1]，而逕自國安會組織法中推導出「國防、外交、兩岸關係及國家重大變故之相關事項」屬於總統之實權，於法學論理上更是有明顯之破綻。於司法院第627號解釋中，雖曾出現「總統依憲法及憲法增修條文所賦予之行政權範圍內，就有關國家安全、國防及外交之資訊．．．」等文句，但在憲法體系解釋上，國安會組織法亦只是界定增修條文中所謂「國家安全有關」之範圍而已，而總統於此處的行政權也就僅止於「決定方針」，而非理所當然認為還包括介入布局以及實際執行。
如果從憲法規範意旨來看，國家安全會議是為了輔佐總統決定國家安全有關大政方針而設，基本上就是總統的幕僚機關。國家安全會議組織法第2條第1項即清楚規定：「國家安全會議，為總統決定國家安全有關之大政方針之諮詢機關」，在這點上組織法對於國安會的定位是正確的，而文中所謂國安局隸屬於國安會的推論亦沒錯（不過於此提醒廖先生，國安會組織法中並沒有規定國安局的組織，國安局隸屬於國安會係規定於國安局組織法）。問題在於，國安會既然是供總統決策參考用的「諮詢機關」，則下屬於國安會的國安局為何反而可以成為對包山包海的「國安相關各單位」進行「統合指導、協調、支援」的機關（國家安全局組織法第2條），並且進而主張因為「行政一體」，屬於上級機關的國安會亦對這些事項有指揮權？原本屬於諮詢機關的國安會，竟然因為其所屬下級機關組織法所創設的權限，搖身一變成為可以指揮國安局對於所屬於行政院的各機關進行「統合指導、協調、支援」的機關，這真是太神奇了！
於結論上，國安會在憲法上的定位很清楚就是總統的諮詢機關，這是首先必須被正確掌握的事。於清楚認知此點之後，就不難看出國安會組織法以及國安局組織法中各種矛盾與荒謬之處，透過組織法「創設」出總統於憲法上所無的權限，儼然成為憲法上的黑機關。殊難想像一位憲法學者竟未察覺如此結構上問題，還拿組織法錯誤創設與被解讀的權限來替國安會秘書長濫權背書，筆者深感驚訝與遺憾。
[註1] 第一，法國總統這個權限並非來自憲法明文，而是「憲政慣例」；其次，法國之所以在戴高樂擔任總統時主張其應掌有此些權限之後形成如此憲政慣例，原因在於總統擔任部長會議之主席，而憲法中又對於部長會議中總統與總理權限漏未規範，使得總統得於此憲法規範的模糊地帶利用主席的身分主導議程的安排而取得特定事項的主導權。