1943至1945年8月戰爭結束以前，臺北高等學校的學生也成為殖民帝國徵召的對象，即使是身為菁英的高校生，也必須捨筆執劍，投入戰場的殺伐。在校生被徵召形可分為三個階段，首先是文科生出征，時間是1943年12月-1945年3月，再者是全校軍隊化，時間是1945年3月到1945年8月，最後則是未滿徵兵年齡者以第二國民兵役動員之。
原來兵役法第一百零一條規定是高校高等科生於22或23歲以前得緩徵，然1943 年10 月發布「教育相關之戰時非常措置方策」（敕令755 號），除大學理農工醫學部、高校理科外，停止緩徵召，因此一般符合徵兵年齡20 歲的高校文科生，接受徵兵檢查後隨即入營。菁英就此入陣，而且都是以最低階士兵身份進入軍隊，直接經歷戰爭洗禮。另外，1944 年9 月臺灣總督府開始對臺灣人實施徵兵，19 屆文科的臺灣人首當其衝，最先被動員者為葉英堃。葉英堃為首批臺灣人徵兵者中學歷最高的一位，因而被推派在臺北公會堂代表全體臺灣青年，向臺灣總督安藤利吉宣誓“感謝”與“效忠”。其於1945 年3 月入伍，短暫顛波後編入關東軍移防臺灣的命軍團，屬其旗下之軍旗小隊，負責收集敵軍情報、擾亂作戰、安撫民眾等。
文科生被動員期間，臺北高校的理科生因緩徵召而持續學業，直到了1945 年3 月，進入第二階段-全校軍隊化，臺北高校不論台日人或文理科生一概未經徵兵檢查，全數隸屬大日本帝國陸軍一三八六二部隊的一員。直接從學生，成為了低層兵丁，投筆從戎。
3月20日，臺北高校入學，入學即入營，全體正式成大日本帝國二等兵。服役初期仍在臺北高校裡。入營第一天，即派遣所有學生前往草山（今陽明山），用繩子拖著大圓木，經草山街道、宮前町、運回學校，作為防空壕的建材。這意味著臺北高等學校學生已正式成為學徒兵，而臺北高校生含校內附設臨時教員養成所學生，屬臺灣獨立混成旅團「敢一三八六二部隊」，該部隊由臺北高校、臺北高商、臺北一中、臺北二中學生組成，下設第一至第五中隊，另遴選各校精壯者進入重機關槍中隊（重機中隊），臺北高校生分屬該部隊的第一、第五及重機中隊。以臺北高校為主軍隊的配置進行分組分隊狀況如下：
3 月20 日學生入隊後，第一中隊以普通教室為“兵營”，第五中隊以七星寮為兵 營，除了重機中隊編成後隨即離開臺北，多數留在學校日夜訓練、挖防空壕。穿著縫有一顆星的陸軍襦袢（上衣）、長褲（寬鬆而近於工作褲）、腳踏膠底鞋的高校生，成為速成的陸軍二等兵。
1945 年8 月15 日戰爭結束，8 月29 日全校解除徵召，學生出征期間（1943至 1945 年）有4 名高校生死亡，全為文科生。總計1937 至1945 年間臺北高校在學生及畢業生直接戰死（如神風特攻隊的堀之內久俊）或間接因戰事影響（如鹿野忠雄），死亡者共121 人，包括72 名文科生、49 名理科生，均無臺灣人，佔全部日籍畢業生人數6%，折損率不可謂不低。