莫高窟藏經洞裡發現大批寫本經卷，其中與藥師佛有關者，至少有二百九十五部之多。依據敦煌寫經 S4415號卷卷末的題記，永熙二年（五三三）東陽王元太榮曾為弟子前患永除，四體休寧，造《涅槃經》、《法華經》、《大雲經》、《賢愚經》、《觀佛三昧經》、《祖持經》、《金光明經》、《維摩經》、《藥師經》各一部。由此可知，至遲在北魏末年，藥師經典已在敦煌流傳。許多學者的研究指出，藏經洞封閉的年代約在西元十一世紀初，西夏人征服敦煌之前。那麼，敦煌藥師寫經的年代下限也不會晚於十一世紀初。所以，敦煌藥師寫經裡不可能有元清二代的撰譯之作。
這二百九十五部敦煌藥師寫本經卷，依據它們的內容，可分為六大類：(1)藥師經，二百八十七部；(2)藥師經序，一部；(3)藥師經疏，三部；(4)藥師經雜抄，一部；(5)藥師佛咒，一部；(6)藥師道場文，二部。
敦煌《藥師經》寫經的經名紛擾，例如《灌頂經卷十二》有時稱為《佛說藥師經》、《佛說灌頂拔除過罪生死得度經》或《藥師經》等。玄奘（六○○ ～ 六六四年）的譯本《藥師琉璃光如來本願功德經》有時又叫《佛說藥師經》、《藥師經》、或《藥師如來本願功德經》等。經過仔細核對經文內容，筆者發現敦煌《藥師經》寫經的譯本共有五本，除了《大藏經》收錄的帛尸梨蜜多羅本、達摩笈多本、玄奘本、以及義淨本外，尚有一譯本與帛尸梨蜜多羅的翻譯極為近似，此本很可能即是梁代慧簡的譯本。此外，值得注意的是，在這些敦煌寫經中，並未發現金剛智和不空的譯本，顯然在敦煌的藥師信仰裡，唐代密宗的影響還不太大。
帛尸梨蜜多羅的《藥師經》譯本與慧簡翻譯的《藥師經》，不但在內容結構上雷同，就是在遣詞用句上也幾乎一模一樣。二者明顯不同處有二：
第二，帛尸梨蜜多羅本卷末載錄藥師琉璃光咒，而慧簡本卻無。因為慧簡本的八菩薩名皆是梵名，可是帛尸梨蜜多羅本所列又是國人所熟知的菩薩名號，因此，筆者推測，帛尸梨蜜多羅本很可能是慧簡本的修定之作。由於此二譯本十分相似，故下文中筆者多將二者並論。
查核了二百八十七部敦煌《藥師經》寫經，除了二十部無法確定它們究竟是那一種譯本外，其他二百六十七部裡，玄奘的譯本計一四三部，比例最高；其次是慧簡與帛尸梨蜜多羅本，合計一一八部；再其次為達摩笈多本，有五部；而義淨（六三五～七一三四）的譯本只有一部。可是，影響敦煌藥師信仰最大者乃玄奘與慧簡及帛尸梨蜜多羅的譯本。
要資料。
P2276 卷的卷末題：「仁壽四年（六○四）四月八日，楹維珍為亡父寫《灌頂經》一部、《優婆塞》一部、《善德因果》一部、《太子成道》一部、《五百問事經》一部、《千五百佛名經》、《觀無量壽經》一部，造觀世音像一軀，造四十九尺神幡一口。所造功德為法界眾生，一時成佛。」此題記所言之「造四十九尺神幡」必然和藥師信仰有關。《灌頂經卷十二》云：「救脫菩薩又白佛言：若族姓男女其有尪羸，著床痛惱無救護者，我今當勸請眾僧，七日七夜齋戒一心，受持八禁六時行道，四十九遍讀是經典。勸然七層之燈，亦勸懸五色續命神幡。阿難問救脫菩薩言：續命幡燈法則云何？救脫菩薩語阿難言，神幡五色四十九尺，燈亦復爾。七層之燈，一層七燈，燈如車輪。若遭厄難，閉在牢獄，枷鎖著身，亦應造立五色神幡，然四十九燈。應放雜類眾生至四十九，可得過度危厄之難，不為諸橫惡鬼所持。」由此可知，造四十九尺神幡的目的是在續命延年，解除危難。這種續命法至少在梁代已經出現。以上這些題記充分地反映，在敦煌抄寫《藥師經》的目的多在作功德，除疾病，祈平安。這足以說明，敦煌的藥師信仰的特色和其他地區無異，也十分重視現世利益。