根據紀錄片片頭所述，之所以決定開拍，一切緣起於導演發現香港歷史檔案館有關六七暴動記述接近真空。對比一九五六年嘅右派暴動以及一九六六年嘅天星小輪加價騷亂嘅詳盡資訊，就連左派工會申請賠償商討細節都有詳細記載，前者嘅檔案可以話係蚊髀同牛髀。由於六七暴動對香港社會嘅影響遠比上述兩件事深遠，呢種詳略失衡明顯不合比例，不合情理，於是導演就推論，要抽走以至將歷史大幅篡改嘅人，一定來自高層，因此認為非拍不可。
而導演身為有心人，即使盡力令紀錄片客觀，始終都係有自己嘅見解在其中。由於佢對六七暴動嘅見解同在場觀眾包括我都非常相近，自然順理成章照單全收，但抽離少少去分析，其實從導演一開始就先提中國文化大革命同埋澳門一二三事件呢個安排，就已經暴露咗佢個人嘅結論。
正因為立場往往先於歷史真相，《消失的檔案》第一個重要功能，就係令人知道左派組織同傳媒喉舌可以有幾顛倒黑白。早期騷亂，有人因為左仔投石滋事而無辜身亡，紀錄片明確指出呢個事實，但正因為受害者嘅首次出現極有新聞價值，可以聳動人心，左報竟然歪曲事實，公然指摘死者係皇家香港警察所害。又好似如今某個仍然活躍香港政界嘅昔日左仔，同樣係不知羞恥，聲稱自己當年畀警察拘捕嘅時候，只係喺天台收衫，畀人搜出黎嘅所謂利器只係舞台道具，但導演翻查之後發現其實係一把相當鋒利嘅牛肉刀。如果一般人都可以理解左派呢種為達階級鬥爭目的可以不設底線嘅思維，喺同共產黨周旋嘅時候或者可以更清醒。另外，無數受訪左派人士學識淺薄，盲目跟從組織而不知分寸，從佢地嘅憶述之中係表露無遺，其實亦足以作為後人嘅前車之鑑。