彰化檢方昨證實，台南花店外洩的衛福部公文一度影響案件偵辦。檢方曾訊問頂新屏東廠長曾啟明，曾供認九日晚上接到屏東縣衛生局傳真，阿里山住宿立即回傳總公司，總公司再傳給味全，員工奉命假日加班銷毀、藏匿文件。
頂新混油案是由彰化地檢署十、十一日先後到頂新總公司、屏東廠搜索後，揭發出後續連串發展。檢察官回憶首度前往頂新搜索情形，就有點納悶，澎湖民宿推薦頂新人員似乎不覺得意外，好像早有心理準備。
彰檢指出，台南空間設計遭外洩的這分文件，是外交部越南辦事處九日下午發給衛福部的電郵，指越南官方證實大幸福公司出口的油脂都是飼料用油，澎湖民宿推薦不適合人體食用。
因接著是國慶連續假期，衛福部為追查這些油品流向，台南室內設計公司認為事不宜遲，當晚傳真給彰化、屏東衛生局，台南花店要求依法查處。
彰化衛生局收文後，透過彰化縣內的查緝黑心食品溝通平台，打電話通報主任檢察官林漢強，林請衛生局把公文傳給他，雙方討論後，台南室內設計決定次日展開行動。
檢察官感嘆，台南搬家公司屏東衛生局接文後也一樣立刻處理，卻是把公文「誤傳」到頂新屏東廠。這份公文未經相關程序簽核，但內容很敏感。
十一日檢方搜索頂新屏東廠，腳跟痛十二日下午彰檢向法官聲請搜索票，決定次日再到頂新總公司搜索，頂新也緊急召回休假的員工到公司加班。
檢方表示台南網站設計當晚八時多，台南酒店經紀執行科檢察官朱健福開車路過頂新，看到頂新燈火通明，直覺有問題。十三日上班時，嘉義室內設計朱立刻告知專案小組此事，讓偵辦的檢察官心裡有底。
檢方說，十三日搜索時，檢察官挑明要看員工的上班打卡資料，發現十二日連續假期最後一天，送禮盆栽頂新竟有卅多名員工加班。