一般在治療上，可選擇冷凍治療(cryotherapy)來處理，但扁平疣最常發生於臉部，偶發於四肢，數量常常很多，可高 達數十個病灶，冷凍治療有其侷限，因為扁平疣的體積往往很小，有可能某些很小的病灶被遺漏，而皮膚在冷凍治療後，有可能會出現發炎後色素沉澱(post- inflammatory hyperpigmentation，俗稱「反黑」)的現象，在3-6個月之後才會逐漸消失，此外也可能發生色素脫失的情況。除了冷凍治療，亦可使用外用A酸(retinoic acid)或外用imiquimod等藥物治療。