總統蔡英文28日前往高雄出席海洋委員會新任首長布達暨揭牌典禮，根據《聯合報》報導，對於管案的發展，蔡英文表示，畢竟這是一個滿專業的決定，交由教育部處理，也應該尊重教育部的決定。
管中閔臉書全文：
有學校老師問我，在面對持續數月的毀滅式攻擊時，我是否曾經感到害怕？Yes, 「most terribly」，我的確因此而身心俱疲。但我也知道不能因為龐大壓力而放棄，更不能在威脅恐嚇下低頭。我若放棄，多年來學界前輩們努力爭取的大學自治就將成為泡影；我一旦低頭，社會或許就此萬馬齊喑，重新墜入威權的深淵。所以我的堅持從來不是為了校長這個職位，而是為了大學自治得以延續，以及臺灣曾經信仰的公義和正直能夠伸張。
台大遴委會怒批教育部：戕害大學自治！
台大校長遴委會也發表聲明表示，在遴選過程中，依法行事、克盡職責，戒慎遵守各項「迴避原則」及「利益衝突」規範，對於他人所加諸之「重大行政瑕疵」指控，強調無法接受並深表遺憾。
台大校長遴委會表示，教育部曾針對《台大校長遴選委員會作業細則》第9條迴避規定發函指示，使遴委會成員不具有請求其他委員迴避機制，如今卻又指控遴委會違反迴避原則有行政瑕疵，「本會實不明白其道理何在」。
台大校長遴委會強調，遴委會針對此次的校長聘任共召開了5次會議，其中在1月31日所召開的第5次會議，也是因為教育部要求召開。遴選過程中，也依法完成了「公開徵求接受推薦」、「舉辦公聽會」、「訪談候選人之相關人士」、「舉辦治校理念説明會」及「辦理候選人面談」，於1月5日經由兩輪投票，選出管中閔教授為校長當選人，並於1月31日加開之第五次會議中再次確認「遴選過程並無疑義」。
台大校長遴委會聲明全文：
台大校長遴選委員會在遴選過程中，依法行事，克盡職責，戒慎遵守各項「迴避原則」及「利益衝突」規範，對於他人所加諸本委員會之「重大行政瑕疵」指控，完全無法接受，並深表遺憾。
台灣大學校長聘任案，從管中閔當選至今，「卡」了3個多月後，現在教育部27日也有了結論：駁回管中閔聘任案。教育部表示，無法接受台大遴委會此次的遴選結果，要求台大及台大遴委會應針對管中閔所提供的相關文件進行所有的檢視，之後再進行完整的推薦、遴選後，再呈報教育部。
管中閔自今年1月當選台大校長後，先是遭控未揭露台灣大獨董，還被綠委張廖萬堅指出論文抄襲，甚至還被爆出到中國廈門大學違法兼課。針對上述的疑雲，台大一一作出回應，先是學術倫理委員會認定管中閔沒有抄襲，遴委會也認定管中閔當選沒有疑慮，接著又開校務會議擱置校長遴選議案。
但教育部始終未核准聘任，還組成跨部會諮詢小組，針對管中閔的聘任資格進行討論，過程中還發生潘文忠請辭教長，管中閔嗆「他強由他強，清風拂山崗；他橫由他橫，明月照大江」等事件。如今教育部晚間發布聲明，要求重新回到校長候選人推薦資格初審階段，並依序完成3階段遴選程序，再呈報教育部。教育部次長林騰蛟表示，管中閔並未被排除資格，可與其他候選人一起重新回到初審階段，如果台大接下來公正、符合相關規定的遴選情況下，仍由管中閔當選校長，教育部就會允以聘用。