決策體系之所以在包機事件上多所斟酌，是因為人道考量以及台灣自我防疫能量的評估，且據指出，在輿情的反應上，反對包機的人比例遠高於贊成的。知情人士說，防疫能量不是看負壓隔離病房有一千多床來決定，還要考量載回來的人隔離在哪裡？有沒有足夠的空間？管理的人力是否充足？甚至連衛生下水道的清潔度都要想到，是非常嚴密的佈局與動員。但部分幕僚的猶豫最後因蔡英文「希望接回武漢國人」的責令，統一了國家機器在包機事件上的一致態度。
2月3日深夜，首架武漢台商返台包機抵達台灣，完成第一趟救援任務，但也爆發許多爭議。首先是出現不在名單上的3人，其中1人確診武漢肺炎，知情人士説，他一下飛機體溫38.6度，一篩就中，成為防疫破口。若非衛福部長陳時中的眼淚，吸引了媒體的焦點，這個破口恐怕會被罵到爆。再來是這247名乘客中，只有50幾人是列在海基會和陸委會原先整理的弱勢優先名單中，讓官員私下批評，「這明顯就是台辦的人情名單」。
對於那不在名單中的3人，外界有人以陰謀論質疑，是中國故意塞過來的「病毒炸彈」。據了解，陸委會等相關單位事後追查，對岸在關上機門的前一個小時才提供我方「艙單」，事實上，包括後來加入的3人也都在該名單之中，我並非中國臨時亂塞人上機，且三位都是單身，沒有親屬關係。只是太過匆促，加上登機檢疫掌控在對岸手中，我方也只能緊急確認這批名單都符合入境資格，無法好好審核是否符合我方提出的弱勢優先名單，而登機之人是否生病，也難以用肉眼看出。
《壹週刊》調查，首架包機上的乘客，在上機前僅有量體溫，座位未隔離、也沒有穿上防護衣，等於我方提出的請求，中方幾乎都沒做到。在確知飛機起飛後我方心裡就七上八下的，沒想到事後發現1個確診病人。據了解，我方研判，中國應該不至於故意塞個確診病例過來，不過，中國方已出現檢驗病毒的試劑不夠了的訊息，再再顯現他們的檢疫能量恐怕已經出問題，這可能是第一班包機經由他們檢疫但會出現漏洞的原因。因此對於下一架包機，我方極力與對岸談判，希望能讓台灣的檢疫人員去做登機檢疫，對岸能不能拉下面子，在這一條件上點頭，是後續包機遲遲卡關的關鍵。而大陸的中央及地方台辦的態度，似乎有些不同調，也是讓談判進度緩慢的原因。
對於第二架包機，兩岸現在持續進行協商，但相關部會官員對此都低調避談，深怕破壞協商進度。目前陸委會已經收到中國提出的9百多人名單，正在和海基會整理的2百人名單進行比對。
上週首架武漢包機成行，自稱「湖北武漢台胞返鄉救援會長」的徐正文對外宣稱居間牽線，國民黨也說是他們「7人小組」的功勞。不過，徐正文和7人小組因為機上出現確診病例以及特權包機，變成眾之矢的。《壹週刊》調查，事實上兩岸協商機制，主要還是透過既有的官方管道，包括海基會與海峽會；小兩會中台灣方面的「海峽兩岸觀光旅遊協會」及大陸「海峽兩岸旅遊交流協會」；加上民航局與防疫單位。至於武漢當地的聯繫，我方是透過當地台商團體和武漢台辦接觸。
對抗武漢肺炎，套句高雄市長韓國瑜的話講，「國家機器動得很厲害！」蔡政府上上下下全部上緊發條，許多府院幕僚從過年前一直忙到現在，年假都沒得休，私下打趣說，過年時看到陳其邁（行政院副院長）的時間比見到老婆還多。
蔡英文總統與幕僚緊盯疫情，副總統陳建仁也不是教完口罩怎麼戴以後就閒著。《壹週刊》調查，因為中國強力阻撓，台灣不能參加世界衛生組織（WHO），無法即時取得世界分享的疫情資訊，這一部分的缺口，就是身為國際流行病學、公衛專家的副總統陳建仁，透過其國際人脈，取得最新的資料與數據。知情人士說，我方掌握的情報完全沒有落後，甚至是領先，由陳建仁卯盡全力得到的情資，也成為我國安會研判疫情、超前部署的最重要參考。