此次論文造假案調查的17篇論文中，有2篇是郭明良的撤稿論文、另有4篇出自郭明良實驗室；違反學術倫理情節嚴重、已遭剝奪教授職位的張正琪更是郭明良的門生。台大教評會認為郭明良身為實驗室的最高指導人，應負起監督的責任，因此決議解聘。
郭明良在聲明稿中提到，「調查委員會作出結論證明本人確實未涉及造假行為」，讓外界議論紛紛，懷疑台大是否為了「包庇」校長楊泮池，而對郭明良痛下殺手？對此質疑，台大教評會回應楊泮池確實提供實驗所需細胞株，並貢獻研究方向，沒有「浮濫掛名」的疑慮；造假的數據都出自郭明良實驗室，也與楊泮池無關。台大並強調，教評會審查楊泮池的6人都是校外人士，絕對沒有包庇的問題。
另外，郭明良去年借調至高雄醫學大學醫學研究所擔任教授，並兼任副校長，在台大教評會決議解聘郭明良之後，也行文高醫大通知結果。高醫大表示收到台大公文後，會立即完成中止借調行政程序，郭將不再是該校教授，官網上關於副校長郭明良的簡介也已撤除。
教育部及科技部對此案已組成外聘學者專家獨立調查小組，教育部指出，郭明良當初獲得第52屆學術獎，研究成果中，包括被認定違反學術倫理的論文，將追回學術獎獎章及獎金60萬元；但楊泮池獲得第45屆學術獎、第11屆國家講座主持人的論文不涉及造假，因此仍保有榮譽。
教育部並表示與科技部是各自成立調查小組，各自調查，但會互設代表在彼此的調查小組內，雙方的調查結果也會互相確認，肯定沒有矛盾之後，會盡快同步提出調查結果。
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