本學會成立可溯自民國六十七年，由美國Armstrong教授、謝維銓、鄭德齡以及李慶雲教授等幾位熱心於感染症學的專家倡導下共同發起「北區感染症聯合討論會」，在不拘形式且和睦的氣氛下，互相提出有興趣的病例，共同討論、相互切磋並交換心得。起初由台大、榮總、三總三家醫學中心每月輪流主持，嗣後馬偕及長庚醫院也相繼加入，如今已推廣至台中、高雄、台南及花東地區。許多年輕醫師經由參與這個討論會，學習新知與吸取經驗。
民國七十六年元月十九日，在台大醫院於討論會會後集會討論籌組正式醫學團體，經過謝維銓教授召集兩次籌備會議後，於民國七十六年九月二十日正式成立「中華民國感染症醫學會」，並共推謝維銓教授為第一屆理事長。歷屆理事長及秘書處人員如下表所示。本學會並於民國九十四年更名為「台灣感染症醫學會」。
本學會成立至今已進入第三十年，在歷任十位理事長的領導下，會務方面穩定蓬勃發展，在過去幾年中持續有優秀的年輕醫師加入學會的陣容，目前會員人數已達到774人。以往會務主要著眼於：（一）教育訓練：每年配合會員大會及各醫學會舉辦學術研討會，本學會每年亦針對重要議題、流行疫情及會員所需，舉辦各種研習會、研討會或其他會員繼續教育活動，並舉辦專科醫師甄審。（二）發行刊物，鼓勵研究：與微生物、免疫及寄生蟲學會共同出版微免與感染雜誌、病例討論會報告專集，以及頒發論文獎、貢獻獎等工作。微免與感染雜誌於民國九十七年收錄為國際SCI期刊，目前此刊物2016 SCI Impact Factor (IF) 已達2.973，且榮獲世界衛生組織圖書館指定列為館藏收錄之一。（三）協助政府防疫：除本會多位資深會員為地區防疫指揮官外，也積極參與流行疫情之教育宣導及提供防疫專業建言。
本學會經過三十年成長，歷年來都得到政府機關及社會大眾的肯定，今後也應致力於提高感染科醫師地位及工作環境，以鼓勵新血持續投入此領域。並重新檢視目前學會所提供的教育活動，將國內外感染新知與研究趨勢分享與所有會員，以協助現有感染專科醫師維持高度專業能力，能處理感染病人診治、感控防治業務。最後本學會仍會致力提升國內感染症研發能力與成果提高國際能見度。期望各位會員能認同這些目標，一起來改善與克服感染症相關問題。