隨著時間的推移，人在地上開始增多。耶和華見人在地上罪惡很大，終日所思想的盡都是惡，耶和華就後悔造人在地上，心中憂傷。耶和華說：我要將所造的人和走獸，並昆蟲，以及空中的飛鳥，都從地上除滅，因為我造他們後悔了。惟有挪亞在耶和華眼前蒙恩。挪亞是個義人，在當時的世代是個完全人。挪亞與神同行。挪亞生了三個兒子，就是閃、含、雅弗。
世界在神面前敗壞，地上滿了強暴。神觀看世界，見是敗壞了；凡有血氣的人在地上都敗壞了行為。
神就對挪亞說：凡有血氣的人，他的盡頭已經來到我面前；因為地上滿了他們的強暴，我要把他們和地一併毀滅。你要用歌斐木造一隻方舟，分一間一間地造，裡外抹上松香。方舟的造法乃是這樣：要長三百肘，寬五十肘，高三十肘。方舟上邊要留透光處，高一肘。方舟的門要開在旁邊。方舟要分上、中、下三層。看哪，我要使洪水泛濫在地上，毀滅天下；凡地上有血肉、有氣息的活物，無一不死。我卻要與你立約；你同你的妻，與兒子兒婦，都要進入方舟。凡有血肉的活物，每樣兩個，一公一母，你要帶進方舟，好在你那裡保全生命。飛鳥各從其類，牲畜各從其類，地上的昆蟲各從其類，每樣兩個，要到你那裡，好保全生命。你要拿各樣食物積蓄起來，好作你和牠們的食物。挪亞就這樣行。凡神所吩咐的，他都照樣行了。
耶和華對挪亞說：你和你的全家都要進入方舟；因為在這世代中，我見你在我面前是義人。凡潔淨的畜類，你要帶七公七母；不潔淨的畜類，你要帶一公一母；空中的飛鳥也要帶七公七母，可以留種，活在全地上；因為再過七天，我要降雨在地上四十晝夜，把我所造的各種活物都從地上除滅。挪亞就遵著耶和華所吩咐的行了。
當洪水泛濫在地上的時候，挪亞整六百歲。挪亞就同他的妻和兒子兒婦都進入方舟，躲避洪水。潔淨的畜類和不潔淨的畜類，飛鳥並地上一切的昆蟲，都是一對一對的，有公有母，到挪亞那裡進入方舟，正如神所吩咐挪亞的。過了那七天，洪水泛濫在地上。當挪亞六百歲，二月十七日那一天，大淵的泉源都裂開了，天上的窗戶也敞開了，四十晝夜降大雨在地上。正當那日，挪亞和他三個兒子閃、含、雅弗，並挪亞的妻子和三個兒婦，都進入方舟。他們和百獸，各從其類，一切牲畜，各從其類，爬在地上的昆蟲，各從其類，一切禽鳥，各從其類，都進入方舟。凡有血肉、有氣息的活物，都一對一對地到挪亞那裡，進入方舟。凡有血肉進入方舟的，都是有公有母，正如神所吩咐挪亞的。耶和華就把他關在方舟裡頭。
洪水泛濫在地上四十天，水往上漲，把方舟從地上漂起。水勢浩大，在地上大大地往上漲，方舟在水面上漂來漂去。水勢在地上極其浩大，天下的高山都淹沒了。水勢比山高過十五肘，山嶺都淹沒了。凡在地上有血肉的動物，就是飛鳥、牲畜、走獸，和爬在地上的昆蟲，以及所有的人，都死了。凡在旱地上、鼻孔有氣息的生靈都死了。凡地上各類的活物，連人帶牲畜、昆蟲，以及空中的飛鳥，都從地上除滅了，只留下挪亞和那些與他同在方舟裡的。水勢浩大，在地上共一百五十天。
神記念挪亞和挪亞方舟裡的一切走獸牲畜。神叫風吹地，水勢漸落。淵源和天上的窗戶都閉塞了，天上的大雨也止住了。水從地上漸退。過了一百五十天，水就漸消。七月十七日，方舟停在亞拉臘山上。水又漸消，到十月初一日，山頂都現出來了。
過了四十天，挪亞開了方舟的窗戶，放出一隻烏鴉去；那烏鴉飛來飛去，直到地上的水都乾了。他又放出一隻鴿子去，要看看水從地上退了沒有。但遍地上都是水，鴿子找不著落腳之地，就回到方舟挪亞那裡，挪亞伸手把鴿子接進方舟來。他又等了七天，再把鴿子從方舟放出去。到了晚上，鴿子回到他那裡，嘴裡叼著一個新擰下來的橄欖葉子，挪亞就知道地上的水退了。他又等了七天，放出鴿子去，鴿子就不再回來了。
到挪亞六百零一歲，正月初一日，地上的水都乾了。挪亞撤去方舟的蓋觀看，便見地面上乾了。到了二月二十七日，地就都乾了。神對挪亞說：你和你的妻子、兒子、兒婦都可以出方舟。在你那裡凡有血肉的活物，就是飛鳥、牲畜，和一切爬在地上的昆蟲，都要帶出來，叫牠在地上多多滋生，大大興旺。於是挪亞和他的妻子、兒子、兒婦都出來了。一切走獸、昆蟲、飛鳥，和地上所有的動物，各從其類，也都出了方舟。