自2009年開始原有的代訓球隊因政策改變而取消編制，由La New二軍、統一二軍、兄弟二軍、興農二軍四隊進行，全季（單一球季）共進行120場比賽，從此正式定調為「中華職棒大聯盟二軍季賽」。隨後歷經球團更名、轉賣，2014年起四支球團分別以Lamigo二軍（原La New二軍）、統一7-ELEVEn二軍（原統一二軍）、中信兄弟二軍（原兄弟二軍）、義大二軍（原興農二軍）進行該年度賽事。2014年季中常務理事會議決議通過，2015年起將逐年增加各參賽球隊的出場數到90場（2014年各60場、2015年起各72場）。季賽結束後，則由年度勝率最高及次高的兩隊進行七戰四勝制的總冠軍戰（2014年至2016年季賽賽程多因雨延賽之故，總冠軍賽程僅安排了五戰三勝制）。
2016年該年賽程安排以斗六、台南、高雄立德、屏東、四地進行。
2018年該年賽程安排以台南、高雄立德、高雄澄清湖、屏東、中信園區五地進行。
2019年該年賽程安排以斗六、嘉縣、台南、高雄澄清湖、中信園區五地進行。