長期以來，衛生署長大多由公衛的學者專家擔任。也使防疫和公共衛生，成為衛生署的傳統政策主軸。這也是使台灣能免於疫病傳染及醫療得以普及化的原因。即令在蔣介石那種威權時代，衛生署的專業依然受到尊重，甚少遭受干預。蔣經國時代雖仍中央集權，對衛生署，卻也採專家、學者獲得共識後，由下而上形成政策。李登輝、陳水扁時代，基本上，仍是如此。因此，在所有部會中，只有衛生署的專業最受到尊重，而甚少來自上層的干預。衛生署也能克盡自身的職責，以專業能力及道德，來獲取所有人的信任。從這個角度來看，最終的實施全民健保，其實，早有脈絡可循，亦可理解。
真正讓台灣的醫療環境，急速偏離醫療網原先理想，並開始因質變而惡化的，是從2008年政權再次更替後開始。政治力開始不當且過度的介入和控制了醫療，使衛生署逐漸背離了自身的專業道德，也失去了多少前輩辛苦建立起來的令人信賴和尊敬的優良傳統。首先，因馬英九拒繳北市府健保費所帶來的健保財政危機，導致後來連續不斷的調漲費率爭議，迫使衛生署的施政主軸，集中在財政處理上。從後來接連發生的三聚氰胺事件、2.5/10ppm爭議、H1N1疫苖事件，已可看出原有的防疫、公衛防線，因上層無心於此，而出現缺口。從WHA事件和美牛事件中，傳統衛生署由專家、學者由下而上凝聚共識的政策形成模式，也已轉變為從上而下單向配合的執行單位。所有重大決策，常淪為黑箱作業，未經政策辯論，即由少數人決定(如WHA事件) 或甚至被置身決策之外(如美牛事件) 。衛生署長期累積而成的優秀文官體制，也因上層決策模式的改變而失能(dysfunction) 。即使破記錄的四年更換四位署長，依然狀況百出，甚至有每下愈況之勢。海峽兩岸醫藥衛生合作協議的簽定，即是一個失能的例子。只要看看內容，即知道已明顯違反一般常識。我不相信以衛生署優良的文官體制，會訂出此種純粹損己的空洞條文。至於，美牛爭議、萊克多巴/瘦肉精胺牛、豬爭議，也暴露出決策過程中，政冶力影響專業判斷的痕跡。
今年發生的H7N9事件、問題澱粉(添加順丁烯二酸) 事件，只不過是上述畸形體制下，可預見的結果。唯一最令人憂心的是，絕跡近五十年的狂犬病再現，這是一個嚴厲的警訊。當代醫學曾在中國客大量開放前、後，多次提到防疫的重要。也在ECFA簽定前、後，對農產品、食品的檢驗、檢疫，數次提出警告。只是，不欲見的弊害，依然不斷。一旦，大量中國客和台商帶來人傳人的疫病時，後果就不堪設想了。
在這段時期，可說是政府的失能，讓台灣長期建立的醫療體制正面臨崩解。對內，醫療政策，因政治力的不斷介入，已呈現荒腔走板；扭曲的醫院評鑑，也讓醫院成為壓搾醫療人員的血汗醫院。對外，防疫及檢疫，已岌岌可危；藥、食品的衛生，也可能不保。健保的虧損，在大幅放寬對在台中國人的設限及在中國境外就醫的鬆綁後，相信赤字將更加速惡化。尤其，任令財團將資金移進中國投資醫院，將使台灣的醫院大幅失血，因為，我實在不相信資本家會有良心拿自己的私房錢去投資。尤其，在服貿法通過後，在所謂對等的口號下，中國醫療人員的進入台灣，將很難避免。屆時，除了資本家因成本減少、利潤增加而眉開眼笑外，醫療人員不減薪或資遣已可偷笑，更不必奢求加薪了。一旦上述擔憂成真，台灣的醫療勢將陷入萬劫不復。如果，衛生署再不能勇敢的捍衛自己的專業和尊嚴，陪葬的，將不只是自身得來不易的聲譽，就連2300萬人的福祉，也將毀於一旦。