《哥斯拉》動畫系列最終章！晴生（宮野真守 聲演）從外星人身上知道了宇宙發展的終極就是毀滅，哥斯拉的出現就是要毀滅文明；而要戰勝這樣的毀滅者，就必須超越人的局限。但晴生不認同為了打倒怪獸而令自己也變成怪獸，更不接受把人類的身體強制納米金屬化，因而捨棄了打倒哥斯拉的唯一機會。當人類被絕望感壓得透不過氣時，艾克西夫星人梅德菲斯竟召來他們的「神」-「金色之王基多拉」降臨地球，要把哥斯拉吞噬。然而，在這場超級戰鬥之後，人類是否可以重奪地球？人類的未來，將要何去何從？