那兩年颱風頻頻來襲水患肆虐，七二水災中南部受災嚴重，台中、南投、雲林、嘉義、台南等縣市深受水患之苦，行政團隊救災復建更是疲於奔命，有鑑於基隆河治理經驗，地方管河川縣市政府財源困窘無力整治，水利署常年經費又無法支應全部，遂研議五年五百億元整體治水計畫，希望從源頭治理、流域治理的方式，主流和支流一起來整治，以收整體治理效果；當年大里溪上游旱溪、頭汴溪和筏子溪整治及收效不小，其他縣市也陸續展開。
後來，謝長廷接任院長更將計畫擴大為八年八百億元，陸續執行該計畫。據水利署說法，整個縣市管河川整治計畫會都已完成，這次超大豪雨水患，達二百年洪水頻率超出防洪標準，且與山區經九二一大地震之後，土質鬆軟遇雨成災，加上土石流等釀成重大災變，在在顯示大自然反撲威力之兇猛，超出人類的想像力和防禦力。
自然環境長時期的變遷，加上不當開發利用，2004年就有72水災、艾利風災及911水災相繼肆虐、豪雨成災。為復育生態環境，讓國土資源能永續發展，基於順應自然、永續發展及尊重原住民族生活與文化的理念，2005年一月行政院會通過「國土復育策略方案暨行動計畫」和及「國土復育條例」兩草案，送請立法院審議，當時我還請各部會依據所提復建原則、策略及措施，切實檢討配合辦理。
該方案暨行動計畫中，有關災害地區居民遷居安置問題，務必要妥善規劃配套措施，從優辦理補償，並全力協助就業、就學、就養。尤其是為保護長年居住山區的原住民安全，請原民會迅速調查有土石流災害危險的原住民部落，規劃必要的安置，如願集體遷村，應遷建於安全、適宜的地區，並協助就業、就學、就養，以保障原住民族的生活機會及文化發展。
還特別提出，石門水庫集水區及大甲溪上游地區，是典型的災害多發地區，應將這兩個區域劃設為國土復育促進地區，優先落實國土復育相關措施。行動計畫內諸多工作均需有法令為依據；例如，土地使用管制、徵收、補償、生活照顧、原住民特許經營、財源籌措等都與人民權益及政府新設權責有關。政府並將設置「國土復育基金」，10年至少提撥1,000億元，辦理有關之徵收、補償、補貼、補助、遷居及生活照顧等配套措施，將使國土復育促進地區的原住民受到最大的照顧。為加強與原住民的溝通協調，可召開公民會議，尋求共識、化解阻力。
配合整個中央政府組織改造，行政院送請立法院審議的草案中，新成立的環境資源部統整國土規劃（內政部）自然保育（農委會林務局）水利資源（經濟部水利署） 水土保持（農委會水保局）等業務，讓水的治理從上、中、下游可以資源整合，發揮最大的組織效能。可惜，整個組織改造案躺在立法院多年，胎死腹中。
記得，我當時還強調：「國土復育策略方案暨行動計畫」及「國土復育條例」，雖然有部分立法委員或原住民族基於其意識型態或自身利益而杯葛，不過為了環境及人民的永續發展，保障原住民族的生命財產安全，我們即使失去選票也不輕易讓步，一定要真正落實永續發展的理念。
令人遺憾的是，「國土復育條例」立法院遲遲未完成立法程序，影響各項國土復育工作落實。如今，政治環境再次變遷，二次政黨輪替，國民黨馬英九總統取得政權，劉兆玄院長主掌行政院，立法院國民黨掌握三分之二席次，九月馬英九更將回鍋任黨主席，應該面對國家當前困境與長遠發展，畢其功於一役，將國土復育條例、環境資源部和災後重建法案特別預算等配套方案、預算早日完成立法、付諸施行。
山河變色，好山好水的家鄉一夕間化為烏有；家園崩毀，親人骨肉離散情何以堪，天佑台灣，願救災與重建的大愛與希望，能揮去沉重的陰霾，早日帶來和煦的陽光，再造生命的新桃花源。