有鑑於林邊、佳冬居民養殖戶於海堤私設取水管威脅海堤結構體，加上為節省取水成本抽取地下水造成地層下陷，行政院重建會協調農委會漁業署運用莫拉克特別預算補助屏東縣政府，辦理林邊海水供水及佳冬塭豐海水供水站工程，於海堤下埋設引水涵管將海水引入蓄水池讓養殖戶直接取用，不需於海堤上私設取水管破壞海堤結構，也能減緩超抽地下水引起地層下陷的現象，並可協助當地業者轉型為經濟價值較高的純海水養殖業。林邊海水供水工程每日可提供約1萬噸新鮮海水，而全國最大的塭豐海水供水站最大每秒可抽取5.4立方公尺海水，足夠供應塭豐地區470公頃魚塭使用。
另一個極具意義的資源再利用案例就是高雄市永安區的養殖漁業供水工程。行政院農委會漁業署運用莫拉克重建特別預算，補助高雄市政府擴建中油永安石化天然氣(LNG)廠冷排水供水系統工程。天然氣廠在製程中會產生大量液壓冷排水，該冷排水水質良好且含菌量甚微，溫度多維持在22至24℃間，非常適合石斑魚等養殖，當地養殖戶稱為「鑽石水」，因生產區鄰近中油石化天然氣廠，故引流該廠排放之冷排水分配送至漁塭進行養殖使用，透過充分運用水資源，達成穩定養殖漁業生產，改善養殖管線雜亂及減緩超抽地下水所引致之地層下陷等多元目標。
另外，屏東縣新來義部落心靈耕地灌溉取水工程是一個兼具心靈撫慰及文化認同的水資源利用工程。屏東縣來義鄉部分族人於莫拉克颱風災後遷居至位於新埤鄉的新來義部落，居民在新部落耕地種植作物，因為灌溉水源缺乏，懷念起記憶中溪水的味道。行政院重建會運用大陸善款約新台幣383萬元補助來義鄉公所辦理取水工程，引取原鄉二峰圳溪水至新來義部落，讓分隔兩地的部落族人能透過溪水緊密連結在一起，串聯起永久屋居民對於原鄉及二峰圳的共同記憶。
針對未來國土保育的長遠規劃，為下一代留下珍貴的水資源，經濟部水利署補助屏東縣政府推動興建大潮州人工湖，每年可於林邊溪上游引地表水約1.5億立方公尺補注地下水，除了涵養地下水資源外，對於改善屏東沿海地區之地層下陷、地下水鹽化現象也有正面助益，另可與鄰近的林後四林平地森林園區相互結合，擴大蓄洪空間，提高林邊溪分洪或減洪之效益，並持續推廣屏東地區的養水種電產業，以自然力活絡土地使用，營造生態養殖區及生態濕地公園，同時結合周邊之風力、太陽能發電及大鵬灣風景區，塑造極具地方特色又能兼顧土地保育之新觀光產業。