指數股票型基金(ETF)的買賣相當便利，若以交易市場型態區分，可以分為「初級市場交易」及「次級市場交易」，投資人可以依照自身需求，在不同的市場，取得ETF份額。
在初級市場，依照投資人給付的內容不同，又可以分為「實物申贖」與「現金申贖」。實物申贖是指投資人交付一籃子與ETF成份相同的股票，以實物方式，透過參與證券商，向ETF發行人取得ETF股數，這樣的方式稱之為「實物申購」。相反的，投資人也可將手中ETF的股數，透過參與證券商，向ETF發行人申請「實物買回」，取得對應的一籃子股票。而若是投資人是以現金進行ETF股數的申購與贖回，則這樣的交易方式稱之為「現金申購」和「現金贖回」，也類似於一般共同基金的申購與贖回。至於ETF初級市場交易是採「實物申贖」或「現金申贖」，主要是依據ETF的產品契約規範進行。
而在次級市場交易部分，投資人可以在透過券商開戶，如同股票一般自由買賣。與初級市場交易不同的地方在於，初級市場的申贖會影響整體流通在外的ETF股數增加或減少，而次級市場的ETF交易，ETF股數只是在不同的投資人之間轉手，並沒有新增或註銷股數的情況。此外，ETF若在次級市場成交，該成交價格為「市價」，市價反映的是市場投資人願意接受買進與賣出的價格，因此與ETF所持有的標的淨資產價值(NAV)並不相同。
一般而言，債券ETF比起股票ETF，折價或溢價持續的時間可能較久，這與投資人結構及債券市場的型態有關。債券ETF的投資人以長期持有者居多，因此，若短線投資人快速拋售，市場承接速度將較慢，容易形成折價，此時，又因債券市場的流動量普遍比股票差，參與證券商要取得成分債的成本較高，使得折價收斂較慢，但是隨次級市場的供需重新取得平衡，折價終將收斂。除了因為市場供需所造成的折溢價問題外，債券的評價方法亦可能造成ETF出現折溢價。不同於股票，債券本身並沒有一公開市場價格，不同投資人取得的價格亦不相同。因此，債券ETF對帳上債券的評價未必是參與證券商可以取得的價格，因而可能造成套利的困難度，或是價格認定的差異，導致市價與淨值的偏離。整體而言，除非債券ETF出現長期折溢價，同時，受限於市場或產品限制，參與證券商無法透過套利收斂，否則債券ETF應具有合理的折溢價空間，投資人也不應過度在意折溢價的出現。由於，債券ETF所持有的債券具有固定的利息支付，而債券ETF也會揭露加權平均票息率。因此，投資人投資債券ETF，若ETF具有配息機制，投資人亦可領取利息。投資人可將ETF的配息除以成交市價，就可以大概知道自己所獲取的ETF配息率。此外，投資人也可以透過期望的配息率反推自己應該買進的ETF價格水準，這對於債券ETF投資人而言，反而是更重要的投資決策考量點。
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