財政部表示，為提升公共服務水準，加速社會經濟發展，促進民間參與公共建設法(以下簡稱促參法)第36條第1項提供參與重大公共建設之民間機構得自所參與重大公共建設開始營運後有課稅所得之年度起，最長以5年為限，免納營利事業所得稅之租稅優惠，以積極鼓勵民間機構參與符合重大公共建設範圍門檻要件之重大公共建設，例如投資總額不含土地達新臺幣10億元以上之大眾捷運系統、輕軌運輸系統、港埠及其設施等。為因應我國未來重大公共建設興建之需要，財政部於99年9月23日修正發布「民間機構參與重大公共建設適用免納營利事業所得稅辦法(以下簡稱本辦法)」，明定民間機構參與重大公共建設得免納營利事業所得稅之起始年度，為民間機構實際投資達重大公共建設範圍之門檻要件，且開始營運、有課稅所得之年度，以資明確。
財政部進一步說明本次修正重點如下：
本次修正重點之ㄧ為明定民間機構參與重大公共建設得免納營利事業所得稅之起始年度，將使民間機構享有較大之免稅利益，提升其參與重大公共建設之意願，增進民間投資規模。以民間機構A公司依促參法與主辦機關B縣政府於94年間簽訂投資觀光遊憩重大設施促參契約為例，依促參法重大公共建設範圍之門檻要件為投資總額(不含土地)應達新臺幣「3億元」以上，假設A公司截至95年底投資金額達新臺幣1億元並開始營運，爾後陸續增加投資，截至98年底投資金額達新臺幣3億元。A公司自95年度起有課稅所得，95年度為1千萬元、96年度為2千萬元、97年度為3千萬元、98年度為4千萬元、99年度至102年度均為5千萬元。
本次修正前，本辦法第5條第1項僅規定自重大公共建設開始營運、有課稅所得之年度為免稅起始年度，依上述案例，A公司於未達投資門檻要件時，即自95年度起免稅5年(95年度至99年度)，免稅所得合計新臺幣1億5千萬元。而依據本次修正規定，A公司於所參與重大公共建設實際投資達重大公共建設範圍之門檻要件，開始營運且有課稅所得之年度起開始免稅，即自98年度起免稅5年(98年度至102年度)，免稅所得合計新臺幣2億4千萬元，享有之免稅利益顯較修正前為大。
財政部表示，本辦法修正後，將更符合促進民間投資重大公共建設之獎勵意旨，落實租稅獎勵政策，避免徵納雙方爭議，使政府之有限獎勵資源作有效運用。