營業人甲有溢付稅額新臺幣（下同）150萬元，積欠營業稅罰鍰100萬元，稽徵機關僅可就其積欠罰鍰100萬元部分，辦理退稅並抵繳程序，至於所剩餘的50萬元溢付稅額，仍留供營業人甲抵繳以後之應納營業稅額。
另外財政部也考量營業稅法施行細則第52條及該部89年10月19日台財稅第890457254號函釋規定，營業稅法第51條所稱之漏稅額，原則應扣減營業人自違章行為發生日至查獲日止經稽徵機關核定之各期累積留抵稅額之最低金額。為免造成營業人於核課期間內因累積留抵稅額減少，可能滋生補稅及違章情事等爭議，財政部同時也為營業人保留選擇機制，亦即營業人可以在抵繳通知函合法送達後30日內，或抵繳通知函未合法送達前，向稽徵機關申請取消抵繳其積欠，但是營業人應即繳納其原抵繳之營業稅滯納金、滯報金、怠報金、利息或罰鍰，稅捐稽徵機關才會更正回復其溢付稅額。
又據財政部賦稅署表示，為配合本項放寬措施，財政部也一併廢止了該部91年6月7日台財稅字第0910452473號令後段「至營業人欠繳營業稅之滯納金、利息或罰鍰，仍應於營業人提出申請或書面同意後始得據以辦理抵繳」及87年7月23日台財稅第871954623號函「四、營業人擅自歇業他遷不明，稽徵機關尚不得逕以該營業人之累積留抵稅額抵繳其滯欠之罰鍰；惟如依法申請強制執行，經法院准許以該營業人之累積留抵稅額抵繳其滯欠之罰鍰者，當可依法院執行裁定處理。」等文字。