五木齋為扇平園區內最具歷史、保存最完善的建築；滿滿的綠意圍繞著古色古香的建築，更顯得她的清靜高雅；五木齋建於大正3年(民國3年)，原為日據時代京都大學演習林場長公務宿舍，採用臺灣特產檜木、烏心石等珍貴木材建築而成；挑高離地約70公分的 建築型式，大致可分為玄關、起居室與前後走廊、臥室、餐廳與衛浴等4部分，外牆有兼具採光、通風和防潮效果、活動且透明的門窗、挑高離地約70公分的建築型式，兼具採光、通風和防潮效果，屋內的「榻榻米」，簡樸而寬敞；屋頂配有質輕耐久的鐵皮建材，整棟建築冬暖夏涼，人居其中，享受木材的精氣，心曠神怡，延年益壽。
民國36 年(1947年)，第一任林務局長黃維炎博士邀請中國林業大師侯過先生來台考察，漫遊扇平時，將此建築命名為「五木齋」，並書對聯「翁之樂者山林也，客亦知夫水月乎」乙幅。此對聯出自歐陽修的醉翁亭記「….醉翁之意不在酒，在乎山林之間也，山水之 樂，得之心而寓之酒也…」，及蘇軾的前赤壁賦「…客亦知夫水月乎？…唯江上之清風，與山間之明月，耳得之而為聲，目遇之而成色。取之無禁，用之不竭，是造物者之無盡藏也。」由此可見，仁者樂山，智者樂水之情。
林試所六龜研究中心表示，五木齋早期曾開放給遊客申請住宿，因常有遊客破壞情事發生，在民國84年重新整修後，即不對外開放住宿及參觀；近年來，陸續遭受多次地震及颱風侵襲，造成建物內外破損日益嚴重；為保存原有建築歷史風貌，並避免破損擴大，從105年開始進行逐步整修；首先先從屋瓦及外牆著手，避免雨水滲入屋內，造成其它損害情形發生；整修原則以保留原貌為主，確保原建築特色得以保存；扇平園區同時著手規劃五木齋開放遊客參觀，因此園區除將建物內部進一步整修，並延聘日籍專家堀込憲二教授為扇平同仁，以及志工進行專業講習訓練，未來將以專人帶隊解說方式，參觀五木齋，以期充實扇平生態園區之教育展示內涵。