馬祖列島海域中豐沛的海產，吸引的可不只有各地的老饕們，也是飛翔天空的海鳥們的覓食寶地，鯷魚、鯡魚等小型魚類是牠們主要的食物來源。每年翩然飛來嬌客們，多在馬祖無人島礁上築巢繁殖，因此於 89 年 5 月成立了「馬祖列島燕鷗保護區」，包含東引鄉之雙子礁，北竿鄉之三連嶼、中島、鐵尖島、白廟、進嶼，南竿鄉之瀏泉礁，莒光鄉之蛇山等八座島嶼，主要保護的包括白眉燕鷗、蒼燕鷗、紅燕鷗、鳳頭燕鷗、黑尾鷗、岩鷺、叉尾雨燕等七種鳥類。
每年的六到九月是馬祖賞燕鷗的最佳時機，不管是搭乘賞鳥船從海上欣賞馬祖風光和群鷗飛翔在天際的景致，或是漫步於港口、坑道中體驗別有風味的賞鷗樂趣，都是每年夏天不能錯過的精彩行程。除了原有的賞鷗行程外還可以從海上的角度欣賞北竿的大澳山、芹壁村及壯麗的海岸地型，沿途可飽覽馬祖當地獨特的生態地貌景觀與往昔的戰地據點風光。一系列的精彩活動，可盡情品味馬祖特有的戰地人文氣息，同時又結合富含教育意義的生態之旅，讓人徹底的放鬆身心，體驗馬祖之美，享受馬祖的在地文化、獨有的戰地風光、豐富的生態樣貌。