「行政執行法」自民國21年制定公布施行以來，先後於民國32年及36年為極小幅度修正，其立法精神及主要內容未嘗稍變。 近年來，國家政經情勢日新月異，經濟型態及社會結構均有重大變遷，強化行政執行效能，落實依法行政，維護社會秩序及公共安全，以提昇國家競爭力，並兼顧人民權益，乃邁向現代民主法治國家之道。本法現行法規定未臻完備，執行程序非無缺失。又行政機關欠缺執行力量之結果，將嚴重影響行政效能，對於人民權益亦缺乏具體有效之保障規定。準此，法務部奉行政院指示，特於72年5月1日延攬學者專家組成「行政執行法研究修正委員會」，針對現行法之缺失，通盤檢討，審慎研擬相當幅度之修正，並於79年10月將本法重新修正草案陳報行政院核轉立法院審議，復於87年11月11日總統令修正公布。其修正重點包括明定各種行政執行之執行程序及方法；有關公法上金錢給付義務之強制執行，在法務部之下設專責機關，由專責人員負責辦理之；強化行為不行為義務之直接強制方法；放寬間接強制轉換直接強制之要件；提高怠金額度，藉以提升執行效能；增訂比例原則、聲明異議及特別損失補償制度，俾兼顧人民權益之維護等。
依87年11月11日修正公布之本法第四條第一項、第二項及第十二條規定，將公法上金錢給付義務逾期不履行者，由移送法院強制執行之制度，改為移送法務部設置之行政執行署所屬各地行政執行處為專責機關，由行政執行官等專業人士準用強制執行法之規定統籌執行。此一修正，涉及司法、行政體制之重大變革，自須依法儘速推動行政執行署及所屬各地行政執行處之設置工作。法務部為配合本法之修正，即積極推動「法務部行政執行署組織條例」及「行政執行處組織通則」之立法程序，並順利於88年2月3日總統令制定公布。
法務部初步之規劃，於臺北市設置行政執行署，並按各行政區域之劃分、轄區範圍、地理環境及業務繁簡等因素，於行政執行署下，設置臺北、板橋、桃園、新竹、臺中、彰化、嘉義、臺南、高雄、屏東、花蓮、宜蘭等12個行政執行處，並基於便民考量，於未設行政執行處之縣市，設置一個行政執行官辦公室。行政執行署遂於民國89年1月1日成立，至行政執行處成立日期，則配合行政執行法之施行，於民國90年1月1日正式掛牌運作。嗣為因應北部地區移送執行案件量遽增，復於95年1月1日於臺北地區成立士林行政執行處，並調整臺北、板橋及宜蘭等執行處之轄區，以紓解北部地區行政執行處之案件量。
為配合法務部及所屬機關之組織調整，自101年起，法務部行政執行署所屬各行政執行處改制為法務部行政執行署各分署。
行政執行署主要職掌關於公法上金錢給付義務強制執行聲明異議之決定及有關監督、審核、協調、聯繫等事項。
行政執行署所屬各分署主要辦理公法上金錢給付義務之強制執行、聲明異議之審議、處理及其協調、聯繫等事項。
由於行政執行機關係新設之執法機關，目的係為實現各機關以行政處分命人民負擔公法上之金錢義務，其與行政機關之公權力能否有效落實及健全國家財政稅收等有重要影響。因此，行政執行機關成立之主要目標在建立強力執法之形象，各分署除採取扣押、查封、拍賣義務人之財產，並於符合法定要件時，適時採取限制出境、核發禁止命令禁止義務人過奢華生活、聲請法院裁定拘提、管收等措施，以落實公權力，增裕國庫收入，培養民眾守法意識。由近年來每年執行徵起金額逐年成長可知，已達成當初修法設立專責行政執行機關之目標。
行政執行機關成立至108年10月31日止，累計執行徵起金額達新臺幣 5,552億63萬9,731元，有效增裕國庫歲收。未來全體同仁將繼續遵循法務部「公義與關懷」之施政理念，對惡意狡詰者強力執行，伸張公權力；對弱勢者伸出援手，化解民怨；並堅守程序正義，以更精緻的執行創造更好的績效，貫徹公權力，落實公平正義，建立民眾守法觀念，以不辜負社會各界之期許。