民國49年台灣省政府農林廳為加強本省各縣市家畜衛生，防治家畜禽傳染病,促進畜牧事業發展以原 「各縣市家畜防疫隊」改為「家畜疾病診斷所」。
台灣省政府52年6月19日公布「台灣省各縣市家畜疾病防治所組織規程準則」,本市成立臺南市家畜疾病防治所，核定員額編制表。
依89年1月29日南市府令更名為台南市動物防疫所,下設家畜防疫課、動物檢診課、寵物管理課。
99年12月25日因應臺南縣、市合併，台南市動物防疫所與臺南縣家畜疾病防治所合併定名為臺南市動物防疫保護處，下設家畜保健組、家禽保健組、水產及動物檢驗組、動物公共衛生組、動物收容組及動物保護組。
動物傳染病防治條例及其施行細則(91年5月29日總統令修正公布施行)。
獸醫師法及其施行細則(91年1月30日總統令修正公布施行)。
動物用藥品管理法及其施行細則(91年6月19日總統令公布)。
動物保護法及其施行細則(91年12月21日總統令公布施行)。