馬政府原本規劃將蒙藏委員會併入陸委會，但因民進黨反對，蔡政府已予以廢除，並規劃未來將依業務分別移撥到文化部、外交部、內政部移民署、陸委會。依行政院說法，認為依據「行政院功能業務與組織調整暫行條例」，原機關裁撤時，相關法規未及配合修正時，行政院可用行政命令停止辦理掌理事項。但因總預算案須於今年度8月底前新莊票貼銀行送立法院，且不再編列蒙藏會相關預算，為周延起見，規劃在總預算案送出前，將先把廢止「蒙藏委員會組織法」送立法院審議。