藥師佛於過去世，行菩薩道時，曾發十二微妙大願，願為眾生解除病苦，消災延壽，具足諸根相好，導入解脫，故依此願而成佛，住琉璃世界，其國土莊嚴如極樂世界。因為藥師如來信仰，具有現世祈願利益和來世福德，所以自古也普遍盛行。
通常在佛寺的大雄寶殿中有供奉三尊佛像，右邊為東方琉璃世界的藥師如來，中間為本師釋迦牟尼佛，左邊為西方極樂世界的阿彌陀佛。
藥師如來相好莊嚴，有跏趺端坐於蓮台上或端立於蓮台上。左手持藥壺、藥缽或寶塔，右手施無畏印或與願印，藥師如來像的背光常有七尊化佛。藥師如來有日光菩薩和月光菩薩脅侍左右，合稱「東方三聖」。並有十二藥叉大將，發願護持信奉持受藥師如來名號的眾生。信奉藥師如來者，臨命終時，亦有八大菩薩來接迎，往生東方琉璃光淨土。