基於私法自治原則及契約自由原則，混合契約當事人形成多個法律關係，宜予尊重，惟其法律關係倘構成契稅課稅要件(即土地使用權與房屋互易)，以土地出租人為建造執照原始起造人取得使用執照，即涉及契稅條例第12條第2項應由使用執照所載起造人申報納稅之情形，依前揭民法第398條規定，應按買賣契稅稅率申報納稅；此外，約定租期屆滿後移轉房屋予出租人之情形，同屬以土地使用權與房屋交換，亦應按買賣契稅稅率申報納稅。
該部表示，類似上述混合契約之案況，前經行政法院判決確定有案(參照最高行政法院93年判字第971號判決、96年裁字第1481號裁定)，爰今(9/19)核釋上開情形，應按買賣契稅稅率申報納稅。財政部說明，該部86年12月27日台財稅第861932893號函，係基於當時商港法法令之限制，因此核釋航商向高雄港務局承租土地，由航商出資於該土地上興建房屋，並以該局名義為房屋起造人及所有權人，非屬契稅條例第2條課稅範圍；100年12月28日修正後商港法，港務局已不存在，爰廢止本部86年函。