農業和水產養殖的馴化時間，大約差8000年。據說3000年前中國殷墟的甲骨文已有水產養殖的記載，而考古學家也挖掘公元前1500 年左右的古埃及底比斯（Thebes）墓中（圖一），發現古埃及人在灌溉池中圈養慈鯛科吳郭魚（Oreochromis niloticus）的繪畫和浮雕，這是人類馴化水生動物的第一個證據。公元前約1000年，中國范蠡所撰的《養魚經》可能是全球第一本水產養殖的著作; 而到了400年前（江戶時代初期），水產養殖強國日本才開始養鯉魚。中世紀時， 歐洲的僧侶飼養鯉魚和棕鱒（Salmo trutta）。 幾個世紀以來，印度洋與太平洋地區的人民早已養魚並進行買賣。到了19世紀中葉，許多歐洲國家已經建立起養殖魚類產業，而今天亞洲占水產養殖的主導地位，產量占世界的90％左右。
然而，全球養殖漁業產業最大的擴張是發生在20世紀的60年代。因此，水產養殖雖然是一個非常古老的傳統，但實質上卻是遲至 20世紀末，才在全球持續發光發熱。
根據人類可以控管水產養殖物種的生活週期和養殖物種與野生同儕（同類）物種基因交流的依賴程度，法國科學家忒勒沙（Fabrice Teletchea）和豐恬（Pascal Fontaine）提議使用5等級的馴化程度分類法，分級物種馴化（domesticated）的程度。2009年聯合國糧農組織（Food and Agriculture Organization of the United Nations, FAO）根據資料庫記錄，將250個物種分成5級（表一）。其中，當馴化等級4的物種明顯與其野生的同儕有別時，一般認為此物種已被馴化。