93年由政府採購疫苗實施的流感疫苗接種計畫，訂於9月15日起提供醫護及防疫等工作人員接種，新增的兩歲以下幼兒接種作業自9月22日起展開，而65歲以上、機構內老人及禽畜業工作人員等則於10月5日起實施，衛生署疾病管制局提醒，符合接種資格之對象，請於指定期間至各縣市衛生所或合約醫院診所經醫師評估後完成接種，俾能確實達到預防流感的效果。
由於台灣歷年的流感疫情多自十一月下旬開始升溫，至聖誕節進入高峰，一般持續至農曆春節，流行期可能延長至隔年二、三月；92年考量SARS可能捲土重來的時間與流感流行季節相當，為避免醫院的醫事人員及相關如掛號、看護等第一線工作人員遭受感染或造成傳染，以及因發燒等症狀引起臨床診斷之混淆；另因應亞洲地區爆發之禽流感疫情，為預防禽畜養殖、屠宰、販賣、運送、化製等相關人員有引發病毒基因重組產生新型病毒之危機，疾病管制局表示，上述對象今年仍由政府提供疫苗實施接種。
根據研究顯示幼兒感染流感住院之比例不亞於六十五歲以上老人及其他流感高危險群。美國自2004年起，已將流感疫苗納入6-23個月幼兒每年常規接種項目。而我國之流感防治委員會及預防接種諮詢委員會也建議，應將出生滿六個月以上二歲以下幼兒列入接種對象，並納入常規預防接種項目，以預防流感之侵襲，降低幼兒因罹患流感住院之機率，並減少醫療費用支出。基此，疾病管制局今年爭取經費採購50萬劑小兒劑型流感疫苗，提供91年9月1日至93年4月30日出生年滿六個月以上之幼兒接種。
九月底完成，幼兒若是初次接種，必須接種兩劑，兩劑應間隔一個月以上（過去已接種過流感疫苗，今年接種一劑即可）。因此，疾病管制局特別提醒家長，幼兒第一劑流感疫苗最晚應於10月中旬前接種，並於11月中旬前按時完成第二劑，而65歲以上老人家亦請於11月中旬前完成接種，以期在流行季來臨前達到充分的保護效果，預防感染，同時避免SARS可能再發生的衝擊。
流感疫苗是一種相當安全的不活化疫苗，接種後少部分的人可能發生注射部位疼痛、紅腫，發燒、倦怠的輕微反應，一般均於接種後一、二天內恢復，嚴重的副作用極少發生。接種流感疫苗後48小時內約有1-2%可能有發燒反應，就醫時應提供醫師接種紀錄，以為診斷之參考；至於接種48小時後及期間發生的發燒症狀，應確認是否另有感染或其他發燒原因，也不能因此排除感染流感的可能。另外民眾或醫師如遇疑似接種後特殊反應，應立即就醫並通報當地衛生單位，衛生署疾病管制局將會協調相關機關，同時邀集專家，協助儘速釐清病因。