最後，新法執行過程中可能衍生的爭議尤其值得注意。特別是新法對於特別休假期日是採取「以勞工指定為原則」，同時規定「雇主應告知勞工排定特別休假」及「特別休假未休完日數雇主應給付工資」、「雇主應於工資清冊記載特別休假之期日及未休之日數所發給之工資數額，並定期以書面通知勞工」等，這些規定與過去由勞資協商後排定不同，除了員工特休假如何安排才不會哪裡買影響企業排班和人力調配外，員工特別休假未休完日數如何以書面通知員工，以及未來員工排假問題，都可能成為勞資關係新的爭議問題。