清康熙二十二年（一六八三年），清軍攻佔臺灣，把明鄭首都「承天府」（今臺南市），改為「臺灣府」隸屬福建省。清光緒十三年（西元一八八七年）臺灣建省，下設臺灣、臺北、臺南三府，「臺灣府」設於今天的「臺中市」，原在「臺灣府」，以其在臺灣全島之南，故改稱「臺南府」，日本領臺後改稱臺南縣，西元一九○一年改為「臺南廳」至西元一九二○年（民國九年）九月，始改為「臺南州」至臺灣光復後，民國三十五年一月，重劃縣市，又將原臺南州之臺南與嘉義二市劃為省轄市，餘編為臺南縣。
清初臺灣隸屬於福建，設臺灣府，分置諸羅、臺灣、鳳山三縣，當時臺南縣境，分隸於臺灣與諸羅二縣，光緒十三年臺灣建省，下分臺北府、臺灣府、臺南府，即將原有之臺灣府改為臺南府。日本據臺後，西元一八九六年（日明治廿九年）三月將臺南府改設臺南縣。西元一九○一年十一月改為臺南廳。十年，西元一九二○年（民國九年）始改為臺南州。民國三十四年八月，臺灣光復後，十一月將臺南州轄之臺南與嘉義二市劃為省轄市，其餘十郡六十五街庄編為臺南縣。三十五年一月七日成立臺南縣政府，改郡為區，改街庄為鄉鎮。繼則復將水上、太保二鄉劃歸嘉義市，安順鄉編入臺南市，並增設林內、麥寮、葆忠、東勢四鄉，復將原阿里山山地行政區改設吳鳳鄉。至此，全縣計轄十區，十五鎮，五十二鄉，一、一六六村里，一五、六四九鄰。同年四月九日，縣治即由臺南遷移新營現址。民國三十九年十月二十五日重劃行政區域後，臺南縣僅轄原新營、新化、新豐、北門、曾文等五區，計七鎮，二十四鄉，四九九村里，六、九○一鄰。迄今本縣有二市、七鎮、二十二鄉、五三四村里，九、六八三鄰。
臺南縣位於臺灣本島西南部，東以大烏山與高雄縣為界，西隔隔臺灣海峽與澎湖群島遙遙相對，南以二仁溪與高雄縣為界，北渡八掌溪與嘉義縣毗鄰。本縣極東為南化鄉西阿里山，位於東經一二○度三八分；極西為七股鄉十分塭，位於東經一二○度○一分；極南為關廟鄉龜洞，位於北緯二二度五三分；極北為白河鎮三角堂，位於北緯二三度二四分。行政區域面積共二、○一六‧○○七五平方公里，下轄三十一鄉鎮縣轄市為：
新營市原為明鄭屯田之地。明鄭屯辦何積善、范文章原於現今鹽水鎮舊營里屯田，稱「舊營」，後來屯田區域擴大，向東發展，約在今日新營市街東邊的「中營里」一帶，新設鎮展開墾拓，乃與舊營對稱為「新營」。民國九年（一九二○）地方制度變革，改制為「臺南州新營郡新營街」，戰後依此易為「新營鎮」，民國七十年（一九八一）年十二月二十五日改制為「新營市」。
民國九年（一九二○年）地方制度改革，廢廳為州，廢支廳為郡，廢區為街庄。現今市境時設「永康庄」，庄役場設於「埔姜頭」，依據其所在，明鄭時之永康里，改「埔姜頭」為「永康」隸屬「臺南州新豐郡」管轄；戰後仍稱為「永康鄉」，隸屬於「臺南縣新豐區」（稍後廢區），民國八十二年（一九九三）五月一日升格為市，即今「永康市」。
舊稱「鹽水港」，為清初倒風港內貿易港，因與稍北之「三井水港」（淡水）故得稱。因往昔急水溪八掌溪支流，形成月灣型曲流弧故被文人雅士稱作「月港」或「月津」。民國九年改稱「鹽水街」。
清代「店仔口街」位居八掌溪、急上溪上源的白水六重溪門，此地有豐富的石灰岩層，造成水色白濁，民國九年（一九二○）日人在臺實施地方改制，取此地位在白水溪（急水溪）支流北岸，而易「店仔口街」為「白河」，民國三十二年（一九四三）升格為「白河街」，戰後改街為鎮，是為「白河鎮」。
舊分屬蕭?堡與佳里興堡，民國九年（一九二○年）臺灣地方制度改革，以舊「蕭?庄」地處古天興縣治的「佳里興」附近，而改為「佳里庄」；同時合併西港、七股、將軍、北門、學甲等五庄，併為「北門郡」，郡所在地即設於佳里。嗣後庄制升格為街制，戰後再改街為鎮，即今「佳里鎮」。
麻豆亦作「?荳」、「?豆」，荷蘭文獻作Mattauw，是平埔族西拉雅（Siraya）系四大社（蕭壟社、新港社、目加溜灣社和麻豆社」之一「?荳社」的故地。
傳明鄭之前荷據時，即有漢人陸續移墾麻豆地區墾荒，麻豆社平埔族人漸他遷，乾隆八年（一七四三）形成所謂「?豆八角」（統稱為?豆庄），乾隆二十九年（一七六四）始有「?荳街」之稱，屬「開化里佳里興堡」所轄。日治時期，設「?荳支廳」，民國九年（一九二○）臺灣地方制度改制，原稱的「?荳」，正式去冠草，而成今稱的「麻豆」。
新化古老名字叫「大穆降」或「大目降」，係出自西拉雅平埔族西拉雅族群居「大埔族語TAVOCAN意為「山林之地」後來漢人經新港溪（今許縣溪一帶）至洋子港（今本鎮豐榮里）進入大穆降社定居，「大穆降」之名使用多久尚待考證，於清朝時代稱為「大目降」在臺灣縣志裡即有「大目降庄」之名，清嘉慶年間亦出現「大目降街」名稱，而此間碑記有作「大穆降」者。
昔為西拉雅平埔族四大社之一「目加溜灣社」(Backoloan)址，日治民國九年，將善化西堡「灣裡街」改稱「善化」，庄名作「善化庄」，光復後沿稱為「善化鎮」。
柳營舊稱「查畝營」，係當年明鄭屯田「女宿」、「柳宿」二鎮營部所在。而「查畝營」即起自「女宿營」，因與柳宿營擴展而合一，民國九年日治時，依據柳宿營，名為「柳營」。
原稱「後壁寮」，位居頂茄苳和下茄苳之間的聚落，由於本地位在頂茄苳「後」面，河洛語常將後面叫做「後壁寮」。民國九年（一九二○）九月一日地方制度變革，在此地設庄，沿「後壁寮」庄稱而命名為「後壁庄」，隸屬臺南州新營郡，臺灣光復後再依此改制為「後壁鄉」。
下營係明鄭設鎮駐兵屯田之地，為右武衛軍團的屯墾區，濱急水溪畔設營盤，因在「頂營」、「中營」之西（下游），故稱為「下營」。日治時期屬臺南州曾文郡下營庄，戰後沿此設為下營庄。民國三十五年一月十九日依臺灣省鄉鎮組織規程，定名為「下營鄉」。
六甲鄉傳係明鄭參軍陳永華所招募拓墾，先後開闢二甲、六甲、七甲等不同面積的耕地，之後以此面積為庄號。明鄭時期屬「天興縣（州）開化里赤山堡」，入清則歸屬「諸羅縣赤山堡」；日治初期改為「嘉義縣六甲警察署」所轄，之後設「鹽水港廳六甲支廳」，當時稱「六甲區」，乃係當時之所以合併二甲、六甲、七甲為一支廳時，「六甲」位於中心地帶，故名。西元一九○八年易歸「臺南廳六甲支廳赤山堡」所轄。民國九年（西元一九二○）地方制度改革，改為「臺南州曾文郡六甲庄」，戰後始據此改設為「六甲鄉」。
官田鄉原名「官佃」。荷領時期政府田地稱「王田」，不許土地私有；明鄭時期改「王田」為「官田」，授予文武官員招募佃農開墾，形成漢人墾區，故稱「官佃」，其中以參軍陳永華一族承佃最多，故鄉境多陳姓，幾達三分之二，此時屬「開化里赤山保」。清代仍為「官佃庄」，民國九年（一九二○年）日人改為「官田」屬臺南州曾文郡，戰後依此改為「官田鄉」。
舊稱「西港仔」，在明鄭時期屬天興州「永定里」，滿清佔領之後改稱「安定里」，因該鄉大部份均屬海埔，西港是瀕海叉港，因位於後營（明末鄭成功攻臺時，後援部隊鎮營於此地故有此稱）之西，故稱謂「西港」。
清道光三年（一八二三年）發生強烈南來颱風、大洪水，海水倒灌，曾文溪改道，臺江淤淺浮覆陸化之後才陸續被開發，其時臺灣兵備道孔昭虔派員勘丈出示招墾，而由洪理黃軍等十六股首招佃開墾，其中有七人合股（以「菅仔」作為股界）築寮在此開墾而稱「七股寮仔」或「七股寮」民國九年（一九二○年）地方制度改革去「寮」簡稱為「七股庄」，戰後沿此設為「七股鄉」。
清廷曾將本鄉內埔地，賜予平臺有功之施琅將軍為世襲之地，故有將軍庄之地名。據同治十年八月之園契所記，施琅將軍派李某為督墾，而與庄佃締結契約所載，現在玉山村（即山子腳）有一號稱之為公館的小村落，亦就是當時將軍府之舊址，將軍之亦由此而得名。清代向住北京之施家所納「施信祖」至日據後，施將軍後裔未返居臺灣，其地乃歸官有，故大祖被撤銷。庄名即作「將軍庄」。戰後街庄改鄉鎮時，沿日治時期「將軍庄」而稱「將軍鄉」。
北門昔為倒風內海西線之島嶼，因在臺南府城之北，有如扼城之門，故曰「北門」，清初稱「北門嶼」，日治民國九年改稱「北門」。
荷人占據臺南赤嵌、安平地方、西拉雅(Siraya)族社、赤嵌社(Saccam)、臺窩灣(Tayovan)社人，遷移至此建社稱「新港社」(Sinkan)為臺南地方四大平埔族社之一。明鄭時期，漢人亦溯新港溪入墾此地，由於此地是山區和平原的交界，商賈往來頻繁，逐次集市成街，因市集位處新港社旁，且係稍晚才形成的新市集，故稱「新市」。
荷據時期的安定鄉，為平埔西拉雅族目加溜灣社(Backoloangh)支社直加弄社之住地，明鄭成功時期，漢人沿臺江內海，在此地的犁頭標（今安定村領寄東邊）開拓港灣，後因臺江浮覆，而失去港灣機能，康熙廿三年臺灣歸清，本鄉隸屬諸羅縣安定里，光緒十四年本鄉隸屬臺南府安平縣，歷經日據時期，民國九年行政區域調整，全臺設五州二廳三市四十七郡，本鄉隸屬臺南州新化郡稱安定庄，民國卅四年十月臺灣光復，翌年將安定庄改稱安定鄉。
「山上鄉」之「上」並非高度之上，而是方向的上方，因位處新化臺地西麓曾文溪掘鑿河階上，向東南遠望山丘羅列，故稱「山仔嶺」，原為平埔族西拉雅系新港社的遷徙地，漢人入墾後於曾文溪畔河階上聚庄，以其在山群的上方（北），始稱「山仔頂」，清代屬諸羅縣「新化東里」；民國九年（一九二○年）改稱「山上庄」。臺灣光復後，三十五年元月七日，臺南縣政府成立後，改庄為鄉。
楠西鄉原名為茄拔社，又稱茄拔山後，是熟番四社之原地，其取名「茄拔」之由來，根據伊能嘉矩著『臺灣文化誌』一書中，記載係出自班芝樹，之馬來語kabas民國九年（西元一九二○年）以居楠梓仙溪西方，故作楠西庄，隸屬臺南州新化郡，並設庄置庄役場。民國三十四年，臺灣光復改為楠西鄉。
南化舊稱「南庄」，昔為崇山峻嶺之地，雍乾時期漢人入墾此地，漸聚成庄，清代劃設為「內新化南里」之境，最慢在同治年間（十九世紀中葉）已形成「南庄街」；日治前期屬「臺南廳內新化南里南庄」，民國九年（一九二○年）地方制度改革，以「南」庄古為內新「化」南里之地，乃改稱為「南化庄」，屬「臺南州新化郡」轄，戰後依此設為「南化鄉」。
「左鎮」舊稱「拔馬」（poah be），係平埔族西拉雅系新港社屬社「拔馬社」的舊地，原地在現今左鎮村「左鎮教會」一帶；明鄭時期，鄭軍某部左鎮於今內庄里「龜潭」地區設營屯田，因以左鎮庄為名。嗣後漢人簡、廖、歐等三姓相繼入墾，並向四域拓荒。
仁德先民最早散居於「臺南臺地」及其東緣，因而留下「崁（嵌）腳」、「中洲」、「牛稠仔」、「十三甲東」、「十三甲西」和「鞍仔」等六處先史遺址。荷領以前，仁德地區應是平埔族西拉雅系的生活領域，荷領時期的「車路乾」可能係荷人「大結首區」之一的行政中心。明鄭時期，此地因在「二層行溪」（二仁溪）以北，故隸屬「天興縣」下之仁德里。
日治後，鄉治「仁德」舊稱「塗庫庄」，係因多土造米倉故名，隸屬臺南廳仁德地里民國九年（一九二○年）臺灣地方制度改革，廢廳為州，廢支廳為郡，廢區為街庄，本鄉隸屬「臺南州新豐郡」。戰後依「仁德庄」而改稱「仁德鄉」。
歸仁昔為平埔族西拉雅新港社的墾區，舊地在現今看東村「楊厝」庄東的「舊社街」一帶，因明鄭時期設置歸仁里之處，故名。漢人移民陳、李兩姓在現今「歸仁國小」南側聚墾，因築紅磚蓋瓦之厝而居而稱「紅瓦厝」又後市仔、許羅厝、楊厝、看東厝、西勢仔、辜厝等聚落相繼成立，為本鄉主要聚落。
關廟昔為平埔族西拉雅系新港社的墾區，遺址約在現今「廟街仔」西邊一公里處香洋村的「舊社街」（現今歸仁鄉看東村「楊厝」東邊）一帶；明鄭時期漢人溯「新港溪」（鹽水溪）及其上游「許縣（寬）溪」進入此區拓墾，新港社人乃被迫遷至龍崎鄉「番社」（牛埔村、大坪村）。明鄭將此劃入「新豐里」轄域；其後，康熙五十七年（一七一八年）漢人移民於此草創「山西堂」，主祀關聖帝君。
嘉慶年間，「舊社街」發生漳泉械鬥，漳人較少被迫遷離「舊社街」，另東徙進入現今「山西宮」一帶新建新市街，俗稱「廟街仔」，清代為外新豊里「關帝廟街」，民國九年（一九二○年）地方制度改革，始易「關帝廟街」為「關廟庄」。戰後依此改為「關廟鄉」。
今牛埔、太平二村舊稱「番社」，為平埔族西雅系新港社退居之地，清初屬「臺灣府臺灣縣新豐里」轄域，道光以後隸屬「內新豐里」。日治復劃入臺南廳內新豊里，民國九年（一九二○年）地方制度改革，各取第二區「龍船庄」和第一區「崎頂庄」的首字為庄名，稱「龍崎庄」，屬「臺南州新豐郡」轄；戰後再依此改設為「龍崎鄉」。