與坊間商業網站有許多不同點，商業網站以品牌經營、建立、行銷、客戶關係維護、產品銷售等不同定位與用途；政府網站建立的主要目的則是協助政策行銷並擔任與人民互動的第一線。其實，政府網站在搜尋引擎排名及擁有極大的優勢：
如果要了解政策及正確訊息，優先考量政府網站。
*.gov.tw，網站較易被搜尋到。
政府網站數量相當多（註1），對搜尋引擎排名也較有優勢。
只要需要推廣的政策，可以透過公文要求協助推廣連結。
但政府網站也有極大的劣勢：
政府網站。
頁面裡要呈現的主題太多，民眾不易找到自己要的資訊。
為求用字精準，訊息語意不易使民眾明白。
因為要求課責，所以有複雜的管理流程，無法即時回覆民眾資訊。
計畫結束，網站就沒有人維護，若是計畫承辦換了單位，就重新來過，原有的成果也不易保持。
在經營上與商業網站相同的，都會希望網站的曝光率提升，同時在網站的經營與內容上要重質不重量，如何讓民眾在第一時間找到自己需要的資訊（或資料）、如何讓民眾可以用最簡單的方式分享及使用這些資訊、如何讓民眾以最簡單的方式去理解網站上的數據及資訊…不論是何種類型的網站都應該要注意這些通用的法則。
與商業網站不同的，政府網站或是在社群網站的專頁，在這幾年可能是民眾與政府接觸的第一個管道，但對政府、計畫承辦單而言，政府網站只是政策宣傳的工具、計畫成果與活動的宣傳管道，在雙方對於「政府網站」的定位不同，造成民眾對於政府公務頻道的網路參與度偏低，只有按讚的數字，卻看不出互動的數字，若是稍微有經驗的網站管理者，很容易看得出來哪些是刻意操作的數字。商業網站可以從網站中的物品銷售業績、消費者的點擊、綜合消費端所回報的數字，預估接下來要操作的話題商品、商品研發、規劃行銷與研發預算及行銷策略，但是政府網站呢？如果是計畫網站，還可以從計畫活動的報名人數、參與人數來推測，但若是自較容易取得的網站評估數字：到訪人次、瀏覽頁次、網站搜尋引擎排名、facebook等web2.0工具裡按讚（或參與）的粉絲數等數字，較冷門的部門網站或是幕僚單位，可能與民生或時事議題相關的單位的數據差距甚遠。
不同於商業網站的，並是優於商業網站的是政府網站本身就應該具有把民眾「拉近」的特質，但卻因為可能文官思維與本位主義的因素、協助政策推廣而非與民眾互動的目的，造成網站用字上的困難與資訊查找不易，有些計畫網站甚至只有ip位址而無網址，這些因素反而把民眾「推遠」了。
商業網站的經營方式的確可以替政府網站的經營帶入不同的創新，但網站的經營者卻往往受限於政治上的考量，照理想而言，政府入口網站應該要能為民眾解決這些問題，也要能讓民眾在第一時間就知道自己要怎麼使用這個網站，但卻反而淪為各部門的政府宣傳入口網站，而不是民眾的入口網站，為了有數字化的指標方便期中及期末報告，在某些服務上也要求加入會員（甚至要求以自然人憑證認證方式加入），同樣的服務，也許還可以透過Google或其他的服務網站取代。
三個角色對政府網站的認知不同，造成把民眾愈推愈遠的窘境：
政府：網站是政策宣傳的管道之一。民眾只要看我做了什麼、發布了什麼訊息、什麼政策，其他還可以從電視、公車看板、報紙、媒體廣告等都有分配預算。以經濟部來說，你可以到公開資訊的辦理政策宣導之廣告看到經濟部的廣告預算使用情況。
計畫承辦人：網站，是計畫成果的展現之一、是協助政策行銷的管道，計畫結束，這個網站的生命就結束了，就成本考量上，視情況分配行銷預算。
民眾：我只要找到我要的資訊。什麼政策由哪個單位負責對我來說不是首要的重點，我只要知道我要如何以最簡單的方式、最短的時間取得「我要的資訊」（例如：申請表單、公司登記申辦、明天是否上班上課、哪間醫院還有空床、如何報稅是最方便的…）。
站在政府的角度而言，因為使用了稅金做了網站，需要對人民負責，所以會不斷的追求數字上的績效，然而，網站應該是服務民眾的第一線，而不是專案計畫的成果指標之一。計畫結束後，委託單位應該要求原計畫承辦單位把網站資料成果、網址、相關文件及網站企畫書…等相關資訊繳回原本計畫委託單位，應該以延續服務民眾的心態將成果保存，這才是政府網站或是計畫網站成立的目的與管理的責任。
註1：依據TWNIC的統計，至2014年9月登計為*.gov.tw的域名數量為2,205個，但還有計畫網站或是登記為*.idv.tw或*.org.tw等其他域名的政府網站、政府計畫網站都不列於其中。