吳祖強作有管弦樂、協奏曲、舞劇、大合唱、室內樂、獨奏曲等各種體裁和形式的音樂作品，其中較重要的有：弦樂四重奏、交響音畫《在祖國的大地上》、清唱劇《與洪水搏鬥》，以及與杜鳴心合作的舞劇《魚美人》《紅色娘子軍》的音樂和與劉德海合作的琵琶與管弦樂隊協奏曲《草原小姐妹》等。此外，他曾將著名的傳統樂曲《二泉映月》《聽松》改編為弦樂合奏曲，《江河水》改編為二胡與管弦樂隊合奏曲，《春江花月夜》改編為琵琶與管弦樂隊協奏曲，很受觀眾歡迎。他還創作過一些獨奏、獨唱曲和電影、話劇音樂。
吳祖強的創作風格嚴謹，善于從音樂藝術的規律中展開樂思，他一面吸收西歐和俄羅斯古典音樂作曲手法的優秀傳統，一面在民族風格、民族特點上進行有益的探索，力求把這兩方面有機地結合起來，創作出富有民族氣派的音樂作品。他還通過以民族樂器和交響樂隊協奏或合奏的形式，把中國民族民間的音樂構思和交響音樂的手法結合起來，取得了較好的效果。除音樂創作外，吳祖強還著有《曲式與作品分析》。