《犬之島》描述的是一位12歲男孩小林中，為了自己的愛犬不顧一切挺身而出，反抗腐敗的小林市長，同時也是自己父親的故事。故事背景設定於距今20年後的日本群島，因犬隻的數量激增達到飽和程度，加上犬流感的大肆蔓延，按照巨崎市政府所公告的行政法令，所有的犬類動物都必須被流放到一個名叫「犬之島」的垃圾場。
就在此時，小林中獨自坐上了一架微型螺旋飛機、飛越河流，只為了要尋找他的保鑣，同時也是他最好的愛犬朋友—「斑點」。在飛行的旅行上，小林中認識了一群毛茸茸的新「犬」友，並幸運地獲得了他們的幫助，他將展開一場史詩般的旅程，而他所走的每一步，也將決定了整個城市的命運與未來。