本計畫由教育部及永續校園專家技術小組負責，向外委辦計畫及委託專業輔導團隊。委辦計畫分別有：永續校園成果分析與宣傳、「教育部輔助永續校園生態水池」設置及水質調查計畫、大專生協力地方推動永續校園校園計畫。專業輔導團隊又區分為北區輔導團及南區輔導團，教育部及輔導團會直接對各縣市政府教育局對國中小進行輔導。高中職及大專院校則受輔導團隊輔導。受輔助學校另外還受到社會資源的幫助，如建築師、社區民眾及社團、家長。