為培育新世代的醫學專業與尖端領域之研究人才，陽明醫學院在生物醫學領域逐步擴編，並於1994年奉核改名為「國立陽明大學」，成為國內第一所以醫學為主的綜合大學。其後陸續成立醫學技術暨工程學院、生命科學院、通識教育中心、護理學院、牙醫學院，2007年奉准成立人文與社會科學學院。2008年元旦起，原署立宜蘭醫院改制為本校附設醫院，自此，陽明終能貫徹三十餘年來所秉持的醫療服務理念。
教學方面，陽明大學依據明確的教育理念，培養學生自我學習、自我思考的習慣及能力，以期培育出具有扎實的基礎知識、人文關懷的理念、能自我思考判斷的領導人才。三十餘年來，陽明一方面教育出許多服務偏遠地區的醫療專業人才以回饋社會，另一方面培訓出優質的生醫專業研究人才以貢獻國家，當前活躍於生物醫學專業領域的領袖人才已不乏陽明歷屆的校友。
研究方面，陽明大學在學術研究領域孜孜不倦地創新研發，屢屢榮獲政府大型研究計畫補助之肯定；尤其在基因體、腦科學的研究與生醫光電的發展上，更具有國際競爭的優勢。陽明曾於1999年在基因體科學及腦科學之尖端研究領域，榮獲兩項大學追求卓越計畫；同時在跨領域的研究上，亦曾陸續完成第一個百萬鹼基人類基因體定序、第四號染色體千萬鹼基定序、黑猩猩第22號染色體定序等。近年來，師生合作嘗試進行各類尖端科學研究及重點學門，如神經科學與行為學、精神病學、心理學、臨床醫學、分子生物與遺傳學、生物學、免疫與微生物學等，不但在論文發表上屢次獲得獎項殊榮，優異的研究成果更經常刊登於Nature、Science、Nature Neuroscience、Nature Cell Biology 及PNAS等世界知名的學術期刊。
根據2005年中央研究院的資料以及同年上海交大的統計資料揭示，陽明大學近幾年所發表的論文，不論在質及平均每位教師的產量方面，都領先國內其他大學。2006年10月，「遠見雜誌」對兩岸三地65所重點大學進行分析，陽明之研究論文平均產量名列第一，而研究論文被引用平均次數亦位居第三。2008年5月，高等教育評鑑中心公佈2008年台灣基礎科學指標 (Essential Science Indicators, ESI)論文統計結果，本校教師平均論文數居台灣各大學之冠；同時在高等教育評鑑中心之世界大學科研論文評比中，陽明大學亦晉級為世界前500大。同年8月，2008世界大學科研論文質量評比公布，陽明大學在不分領域排名為第475名；在分領域排名則以臨床醫學領域排名世界第264名，台灣第2名；神經科學與行為學領域為台灣第1名。另外在2009年10月上海交通大學公布的世界大學學術排名中，陽明大學亦名列第450名。歷年的各項統計資料在在顯示陽明大學的研究質量穩定而傑出。
陽明大學以有限的資源而能於短期間快速崛起，實有賴全校師生憑藉精益求精的精神，共同創造出「教育與研究的佳績」。近幾年在教育部「發展國際一流大學暨頂尖研究中心計畫」的支持下，陽明各項表現的大幅躍進更引起國際矚目。英國《時報高等教育增刊》( The Times Higher Education Supplement )公佈的2008年世界大學排名(THE-QS World University Rankings)中，陽明大學排名341名；2009年的世界大學排名陽明更進步至306名。
不論就研究風氣、學術成果、知識創新及人才培育等各方面而言，陽明大學已然具備國際一流大學的實力。未來，陽明仍將運用既有之教研能量，建構優良的學術環境，提升研究的更高層次，培育生醫領域的專業人才，期能增益學術領域之光華，並且永續開創陽明大學教育與研究的新紀元。