《仙劍奇俠傳三》故事發生在《仙劍》第一代的五十年前，那時侯，李三思剛剛發出赤子的第一聲啼哭；巫后還是襁褓中的嬰兒，而劍聖，則還沒有拜入蜀山修仙……
事情的起因是從鎖妖塔頂端突然坍塌，封印被解除開始的，但是，更深層的因果卻要追溯到千年前的神界。神將軍飛蓬與魔將軍重樓因兩界的衝突而屢屢交手，一直難分勝負，兩人逐漸有惺惺相惜之意。 重樓提出要和飛蓬在自己發現的一處新仙界中決鬥，一較高下，飛蓬礙於神界天規而猶豫再三，最終經不起重樓誘惑而答允。兩人勢均力敵，比試曠日持久，最終驚動了天庭，天帝派兵捉拿飛蓬問罪，飛蓬因感知到追兵將至而分心，佩劍被重樓打落人間而落敗……
光陰荏苒，飛蓬被神界問罪貶為人，經過多次轉世成為渝州唐門新安當鋪夥計景天。同時，重樓自魔界窺探人間，偶然發現飛蓬的轉世如此卑微平凡，心中動念想要幫助景天，於是來到人間，滋擾蜀山，想要幫飛蓬找回佩劍，無意中毀壞了鎖妖塔，偶然得到了飛蓬在人間第一世——姜國太子龍陽鑄煉的魔劍。景天得到魔劍的同時，結識了唐門小姐雪見，從此改變了自己的生活。一開始被捲入雪見家族的內部鬥爭以及唐門和霹靂堂的爭鬥之中，而後遇到蜀山棄徒長卿及其未婚妻紫萱，走上了協助蜀山尋找五靈珠，封印鎖妖塔的漫漫征途。一直隱藏在魔劍中的鬼魂化身而出，竟然是景天前世龍陽的妹妹龍葵。幾個人的情愛糾葛，生離死別反覆交織糾纏，雪見的離奇身世，紫萱不為人知的秘密，龍葵長久以來的心中願望……伴隨著人類與妖界死生存亡的爭鬥，而其實人的慾望，才是所有紛爭的本源。