有關辦理專利業務之主管機關，於民國36年，政府制頒「經濟部中央標準局組織條例」，將當時的度量衡局及工業標準 委員會合併，成立中央標準局，職掌度量及標準兩項業務。嗣政府遷台後，經濟部於民國39年4月24日訓 令由中央標準局兼辦專利業務，於民國43年再辦商標業務，並延至68年始修正中央標準局組織條例，增設專利處及商標處，專責辦理專利及商標二 項業務。民 國82年6月25日行 政院在第2337次院會中通過「全面貫徹保護智慧財產權行動綱領」，決議於經濟部設置 智慧財產權專責機關，統合專利、商標權、著作權及其他智 慧財產權之登記、管理、法制及保護等有關規定，以統一事權，強化行政組織及行政功能，此項工作並責由中央標準局統疇辦理。
經濟部成立於民國26年12月，主管農林、工業、商業、礦業、水利等事務，民國82年修正前商標法第7條原規定為「本法所稱商標主管機關，為經濟部指定辦理商標註冊事務之機 關。」82年修正後始修正為「本法所稱商標主管機關，為經濟部。前項業務由經濟部專責機關辦理。」故商標業務係由商標專責機關（原經濟部中央標準局）辦理。85年10月為落實智慧財產權保護政策，依經濟部組織法第8條規定，設置專責機關智慧財產局，辦理專利、商標、著作權及其他智慧財產 權等業務。
經濟部智慧財產局組織條例於87年10月15日經立法院三讀通過，並於同年11月4日經總統令公布。經濟部中央標準局於88年1月26日正式改制為經濟部智慧財產局。智慧財產局的成立，使我國智慧財產權運作機 制進入一個嶄新的階段，於智慧財產權之行政、管理及保護上，發揮了統合專利權、商標權、著作權、積體電路電路布局、營業秘密及其他智慧財產權等業務的力 量，加速我國產業科技的發展，提昇我國整體的經濟力量和國家競爭力。是以，專利業務主管機關為經濟部，辦理專利業務之專責機關為經濟部智慧財產局。