天后宮於一九二三年開始大改築，我們今天所看到形貌即是這次改築的結果，它比清代的規模還要大，建築的細部也不同。主要的大木匠師為原籍廣東潮州的藍木，俗語說外行看熱鬧，內行看門道，我們欣賞天后宮，不能錯過幾位名匠的技巧表現。
藍木幼年喪失父母，遂拜師學藝，他與弟弟藍合後來都成為著名的木匠，替人建廟。天后宮的外觀造型宏偉，室內空間高敞流通，實得力於大木技術高超。大木即是主要樑柱，天后宮的前殿後面附有軒，而正殿前面也附軒，清風閣前也有軒，因此各殿都有較深的空間，為了引進更多光線，屋簷提高很多，這也是它屋宇高敞昂揚的原因。柱子高本為潮州建築特色，潮州開元寺即是典型的代表建築，柱長而樑高，樑多用方形斷面為其特色。我們細看天后宮的棟架，前殿門楣上置八仙木彫，提高樑柱。壽樑的中央向上凸，也提高了室內空間。因為屋頂高，常常使用雙中桁。天后宮後殿清風閣桁即可見到雙中桁的作法，可使屋架更穩固。
在斗栱及吊筒細節方面，藍木這一派匠師也喜在屋簷下吊筒前面出斗栱，吊筒特別大，有如開了一朵大花，還有在排樓柱子旁邊多加一顆半斗，以承接彎枋及彫花栱，正殿多用方斗，不作桃彎為潮州特色，確為其他派別匠師所罕見之作法。正殿棟架的瓜筒非常飽滿而優美，也是欣賞重點，我們知道泉州喜用長形木瓜筒，漳州及潮州善用矮肥的金瓜筒。天后宮的金瓜筒即屬於典型的潮州式，而且瓜蓋大，瓜仁小，呈現上大下小之形，瓜腳分三叉，並非趖瓜，反而有點像南瓜或蘋果呢！
與藍木合作 的匠師很多，包括木彫師黃良與蘇水欽，彩畫師陳玉峰、朱錫甘與潘科，他們都是一九二○年代台灣的一流匠師。
黃良原籍泉州，他的作品以前殿為主，如八仙，但天后宮於一九二五年落成之後，曾增建殿前的格扇門，這十多門為擋風雨而設，門上精細而實風格的木彫，即出自黃良之手，可以見到他的落款印章。木彫匠師也有聘自漳州東山者，其中一位人稱為水林司者最出名。
澎湖天后宮的石彫大都為一九二五年大修時所置，現存最古的可能只剩正殿前的御路，匠師稱之為斜魁。所用石材大都為澎湖本地砂岩及海石，較易風化。不過海石色澤呈青灰色，質地細密而堅硬，為良好之石材。石彫藝術風格趨向於古樸，人物花鳥圖案構圖皆呈渾厚之感，這種不尚寫實之風是清代風格之延續，與日治時期的寫實主義各異其趣。天后宮前殿的石彫以中門抱鼓石及兩側對看牆下的櫃台腳最稱精美，匠師稱抱鼓石為石球，採用螭龍圖案，櫃台腳用螭龍吞腳，但兩者造型不同。
據老輩地方人士回憶，大改築時只有少部份石彫為舊物，例如護龍的鼓形柱珠，其他大多為新彫，石匠師聘自西嶼，我們在西嶼二崁陳宅可以看到極優秀的石彫牆垛可為證。另也有聘請台灣方面石匠師完成的石垛。但未出現石彫龍柱，與台灣本島大量使用龍柱大異其趣，據說是當年經費不足之故。
在護室正面嵌有青石所彫螭虎團爐，遠看才像爐，近看只是數對螭龍，構圖及彫法仍有古風。至於山牆下方的地牛，線條簡潔，屬近代風格，尤其是牆腳的亂石砌與廊牆的西洋式砌石，反映出天后宮大改築時的時代趣味。
正殿中龕供奉主神媽祖，塑像容貌莊嚴中也散發著慈祥之神采，左右並祀千里眼與順風耳。左邊港間供奉註生娘娘，右邊港間則頗罕見地懸掛節孝祠匾。清代台灣的節孝祠並不多，通常附設在大廟裡。單獨建祠的有彰化節孝祠，今天尚存。澎湖天后宮內節孝祠之設，可溯源自道光十八年（西元１８３８年）由澎湖通判魏彥儀所倡設， 光緒年間由里民再捐資重修。節孝祠是供奉貞節烈女之牌位，以古代的標準來旌表婦德，名冊由地方人士呈請皇帝核準後始能入祠供奉，每年按例舉行春秋祭典。正殿內牆還有幾方石碑，如道光年間由壇越主所立之天后宮重修捐題碑，日治大正十二年的天后宮改建碑記，及大正十三年各街座捐款者芳名碑等，皆屬廟史的見證物。
天后宮的木彫大都為一九二五年大修時製作的，它反映了近代台灣寺廟彫刻的精緻與寫實風格。無論人物、花鳥、走獸與佈景，都崇尚寫實手法。這種彫花材多用樟木，可以表現細微之處，例如前殿門楣上的獅座以及屋簷下的吊筒。當時主要的大木匠師為藍木，彫花匠師則聘黃良與蘇水欽，他們的作品明顯受到清末民初嶺南畫派之影響，以內枝外葉技巧將題材內容作出凹凸層次來，例如正殿拜殿的格扇門。前殿不可錯過的木彫以屋簷下吊筒、步口獅座、門楣上八仙及步通下員光板為主。潮州派建築特別愛用獅座，有別於泉州派喜用瓜筒。因此獅座彫得精細。門楣上的八仙實際上為一種引腳，有力學支撐作用。八仙帶坐騎，張果老騎驢、韓湘子騎象、何仙姑騎鹿、呂洞賓騎馬、曹國舅騎龍馬、藍采和騎羊、李鐵拐騎虎、漢鍾離騎麒麟。彫琢風格略近古拙味，屬於民間傳統神像手法。
前殿光線明亮，匠師特別投下工夫表現木彫藝術，還有「獅子弄球」、「大舜耕田」、「孫武斬美姬」、「姜子牙渭水垂釣」等。其中以三國演義的「趙子龍單騎救主」、「董太師大鬧鳳儀亭」、「呂布戲貂蟬」等戲齣最吸引人，這也是台灣寺廟最喜用的齣頭，但各家人物造型或佈景構圖之表現手法不同。至於前殿還有許多小件的木彫，題材繁多，例如束隨木彫以走獸花鳥及博古架最多，所謂博古架即古董架，上面擺置香爐、花瓶等古器物，成為中國古時富貴人家或文人雅士之象徵。正殿的木彫較少，但彫刻工也很精緻，前已述已多用斗座為潮州派特色，正殿的斗座出現「太白醉酒」與「淵明愛菊」題材，屬於古代名士逸聞，傳頌民間許久。諧音也被多次運用，如鹿與祿、蝙蝠與福、佛手與福等。至於小件的木彫，最多的是花鳥，所謂鳥語花香被視為是天下太平與富足康樂之象徵。傳統匠界以大四季為題材最多，「春梅、夏荷、秋菊、冬茶」或「春茶、夏荷、秋菊、冬梅」。每種花可配一種動物，於是口訣如「錦雞茶」、「海棠燕」、「牡丹鳳」、「菊花貓」與「蓮花鶴」等是學藝的徒弟必須背誦的，天后宮各殿皆可看到這些民俗味很濃郁的題材。當然民俗味最典型的還是前殿門扇的螭虎團爐，以雙雙對對的螭龍構成一個香爐，爐蓋、爐耳、爐腳與爐座皆備。並以透彫處理。天后宮的爐口還彫大四季花草，頗具特色。
彩畫是這座廟的重要藝術寶藏之一，因為它保存了古老中國建築的彩畫傳統技巧，也展現了兩種不同的彩畫風格。我們知道，彩畫不僅是美術，也是油漆保護木材的良法。中國木結構建築從漢朝即盛行彩畫，至宋朝大放異彩，所謂五彩遍裝，將花鳥人物繪於樑柱斗栱之上。閩南及粵東至清末仍然盛行建築彩畫，舉凡寺廟祠堂或富紳巨宅，無不施行彩畫。其構圖與描繪技巧承繼先代，進而創新。特別是一種稱為擂金畫與包巾圖案之樑枋彩畫。擂金畫即是以金箔粉作畫，也稱為泥金或掃金，它的技巧較難，像在未乾的黑底漆上以乾筆沾金粉描繪。題材多為山水人物，以金粉之厚薄濃淡表現遠山近水與亭台樓閣之勝。正殿神龕左右垛及橫枋上有數幅署名朱錫甘的擂金畫，主題包括「虢國夫人承主思」、「赤壁泛丹」與「蘭亭修楔」之傑作，構圖嚴謹，層次豐富，意境高超。
正殿彩畫出自潮州及大埔方面畫師之手，但是前殿的彩畫卻是台南畫師陳玉峰之作品，兩者畫風不同，可做很好的比較。陳玉峰在台南向來自汕頭的畫家呂柏松學藝，後來聲名逐漸遠播，台灣南北寺廟彩畫門神出自其手不知凡幾。澎湖也有許多民宅與寺廟彩瓷畫可見陳玉峰落款。
天后宮正殿中值得細加品味欣賞的，還有壽樑上的「富貴長春圖」，內容為白頭翁及牡丹花。歷史畫「出漢關昭君長抱怨」，畫夜景，昭君騎馬，前有僕人提燈籠，後有騎馬官員相送。至於「虢國夫人承主恩」亦畫夜景，人物體態生動，有欄杆及龍柱，構圖尚嚴謹。較容易看到的為格扇上的四幅，包括王羲之「蘭亭修楔」「杜甫映壁題詩」及「赤壁泛丹」孟浩然「踏雪尋梅」為朱錫甘所畫，落款喜用摹古或仿古，或可推測原有畫稿。畫風呈現古意，未受近代嶺南畫派之影響。
天后宮近年經過整修，屋脊上的泥塑與剪黏大都為新品，我們可以仔細地欣賞它。泥塑與剪黏通常為同一匠師所作，原因是剪黏即是在泥塑上，面嵌入陶瓷片。至於交趾陶則先在窯中燒好，體形較大者得分數片接合。天后宮在一九二三年大改築時所聘剪黏匠有兩幫人，以前後及左右對場施工，所以前後殿的人物剪黏姿態略有別，據傳水林司作左邊，他年紀較大，有資格作大邊，來自台南及嘉義。天后宮泥塑的重頭戲位於前殿前步口左右對看牆，青龍與白虎相對看。龍身鑽入霧之中，只露出頭、身、尾三段，姿態流暢回首，張口吐水，左下方有一隻小龍，並有山石襯景。龍首採泥塑，龍身則嵌綠色瓷片。虎垛有兩隻老虎，應為母子，天空中浮塑一輪明月：虎身浮塑加彩，地面岩石係以焦碳作成，富怪石嶙峋之感，這種作用承襲自台南古廟。另外前殿左右護室山牆水車垛亦保存一些優秀的泥塑與剪黏，護室鵝頭脊墜的泥塑與屋脊頭泥塑亦屬佳作。
內容有四時水果桃與橘子，飛禽與水族，即鳳凰與魚蝦，再輔以花瓶及博古架點綴。藝術風格亦屬台南一帶傳統，可能為洪華或葉鬃之相關匠師作品，他們在日治時期常受聘到澎湖，有些民宅中尚保留洪華的白瓷加彩作品可資比較。