尋著歷史的足跡，雍和宮的歷史最早可以追溯到遙遠的十五世紀。《清宗人府事例》中有這樣的記載：“康熙三十二年十二月諭宗人府：皇二子允礽、皇四子允禎、皇五子允祺、皇七子允祐、皇十子允鋨……等，俱已分別冊封分府，唯允禎、允祐二人是貝勒，而所封府邸是親王府邸，規模違制，著由官房租庫，將前明內宮監房撥給允禎……”。文中提到的皇四子允禎(胤禛）即：清朝雍正皇帝。這時是貝勒身份，按照貝勒府府邸的規制，他的父親康熙皇帝將明朝時期太監們居住過的官房(清朝定鼎北京後將這裏劃為內務府官用房)分給了他。康熙三十三年(1694)胤禛搬進府邸，取名“貝勒府”。
西元1722年，康熙皇帝駕崩，結束了他為期六十年也是清朝歷史上最為長久的統治歷史。同年，他的第四個兒子胤禛繼承皇位，改年號雍正，是為雍正皇帝。皇帝隨即遷入宮中，但對曾經居住過三十餘年的府邸已有了很深的感情，於是，將這裏改為自己的行宮，正式賜名“雍和宮”。雍和宮作為帝王行宮和“龍潛禁地”的歷史便由此開始。
雍和宮改為行宮後，雍正皇帝並沒有對這裏進行大規模改建，而只是對東花園(又稱東書院)進行了徹底修繕。
早在“禛貝勒府”時期，當時宅院東側就辟有一小院，內有亭、台、廊、室，栽種著各種樹木花草，供作為貝勒王胤禛讀書閱典、貝勒王福晉賞花觀月。往後，隨著胤禛爵位的升遷，這裏得以不斷擴建和修繕。雍和宮改為行宮後，東書院又在原來基礎上增添了許多亭、台、樓、閣。重建後的東書院被裝點的古樸典雅，清幽明淨。乾隆以後的各位皇帝，必須按“定制”每年最少來雍和宮禮佛三次，即：每年八月二十五乾隆的誕辰和正月初三的忌辰，必須“盛裝隆從，威嚴如儀”地先到雍和宮各佛殿拈香禮佛，然後到東書院向乾隆遺像致祭；每年五月的夏至節，皇帝到地壇祭拜後，也必須“原班原儀”先到雍和宮拈香拜佛，然後至東書院嘗新麥——吃新麥麵粉做的麻醬面，即每年夏至“芳澤事畢，臨此園少歇、進膳”。東書院則成為清朝自乾隆以後各位皇帝在雍和宮禮佛之後休息的重要場所。
從史料記載可以看出，東書院當時的規模幾乎與現在的雍和宮相當，當時，兩種風格不同、格調迥異的建築群相輔相成構成了雍和宮的全貌。值得一提的是，由於雍和官規格的不一般，使得東書院各殿房陳設，如桌案、圍屏、寶座、古玩等都和故宮一樣。這裏也曾設有“領雍和宮事務大臣”、“總理雍和宮東書院事務大臣”等文、武官員。他們的重要職責之一即：看管東書院所陳大量珍寶古玩。光緒二十六年(1900年)，八國聯軍佔領北京時，東書院被日本人所燒，大量物品也都被日本人搶走。東書院連同這裏所發生過的故事都已成為歷史。
1995年，為改善僧人住宿條件，雍和宮管理處在東書院遺址上蓋起了兩幢極具古典建築風格、現代化設施齊全的僧舍，雍和宮的大多數僧人常年居住生活在這裏。
雍正十三年(1735)八月二十三日，雍正皇帝駕崩圓明園，愛新覺羅•弘曆即位。乾隆皇帝一改清朝舊制，于同年九月將父親梓棺安放雍和官(這其中有著怎樣的歷史玄機，眾說紛紜)，雍和宮也因此結束了它整整十年的帝王行宮歷史。
期間，為迎棺槨，雍和宮主要建築在十五天內改覆黃瓦，雍正靈柩就安放在他當年的寢宮(今永佑殿)。乾隆元年(1736)十月十一日，移棺易州西陵，此後，永佑殿則常年供奉雍正影像，這就是現在常說的“影堂時期的雍和宮”。實際上，在雍和宮沒有真正改為藏傳佛教寺廟之前的近十年時間裏，宮內大部分殿堂已成為藏傳佛教黃教喇嘛頌經的地方。
乾隆九年(1744)，雍和宮正式改為藏傳佛教寺廟。從此，雍和宮開始了它既為皇家第一寺廟又為連接中國歷屆中央政府與蒙古、西藏地方紐帶、橋樑作用的輝煌歷史。
乾隆皇帝也對他將雍和宮改為藏傳佛教寺廟感慨萬端，詠歎雍和宮是“躍龍真福地，俸佛永潛宮”，他把康乾時期“六街三市皆珠玉”的盛景歸結為“興慶當年選佛場”。照乾隆的邏輯，真龍天子即是佛，祭奠先祖即是敬佛。祭祖，敬佛必然福蔭子孫萬代，因此他曾由衷感歎：“頻繁未敢忘神禦。”尤其是在他晚年，他每到雍和宮都會生出許多感慨，他在這裏於“俯仰之間”了卻了江山繼續的初衷。雍和宮留下了他許多抹不去的記憶，雍和宮更是他思親懷舊的所在。