因應國家經建發展，配合南部科學工業園區、高雄軟體科技園區與亞太營運中心，本校於87學年度成立本系。本系原本隸屬於社會科學暨管理學院。87學年度成立時招收日間部二技2班，89學年度成立日間部四技，招收2班，90學年度增設日間部四技1班、進修部四技2班。93學年度增設進修部四技在職專班1班，並與本校醫務管理系共同成立「醫療資訊管理研究所」。94學年度增設進修學院二技1班，並喬遷至新落成之「Q棟資訊暨教學大樓」，新增電腦教室及研究室，獲得嶄新且充裕的教學研究空間。98學年度本系因學校科系更動與調整，與應用空間資訊系、資訊科技系及醫務管理系(所)改隸健康暨資訊學院；102學年度學校再次進行科系更動與調整，本系與資訊多媒體應用系(原資訊科技系)、社會工作系及應用外語系再改隸人文暨資訊應用學院。目前專任教師共15位。學生共有日間部四技11班、進修部(含進修部四技、進修部四技在職專班) 6班共17班。
本系教學目標在於培育醫療健康產業所需資訊管理實務之人才，因此，在課程規劃上，首先以建立學生在資訊管理的專業基礎及為目標，再結合本校全人健康服務特色，加強相關的訓練，並在這個基礎上，進而考量學生就業的需求，將課程延伸至資訊應用領域。基於上述之教學目標，整合本系各教師研究或技術專長、專業證照與背景，將本系教師分配到3個系發展領域(課程模組)：健康資訊管理、企業電子化及數位內容應用。截至目前為止(108學年度)，本系有15位教師，分別為教授1位、副教授7位、助理教授5位及講師2位。