上海合作組織成立５年來，安全領域的合作卓有成效，為維護成員國和本地區安全與穩定、促進共同發展做出了重要貢獻，並成為上海合作組織不斷發展壯大的重要基石之一。
追根溯源，上海合作組織的安全合作發端于“上海五國”在邊境安全領域的成功合作。１９９６年，比鄰而居的中國、俄羅斯、哈薩克、吉爾吉斯斯坦、塔吉克５國元首在上海舉行首次會晤，致力於在邊境地區加強軍事領域互信。次年，５國簽署了有關在邊境地區裁減軍事力量的協定。為維護地區穩定，“上海五國”在打擊共同面對的恐怖主義、分裂主義、極端主義勢力方面加強了合作。隨著形勢的發展，進一步深化全方位合作成為５國的共同願望。２００１年６月１５日，中、俄、哈、吉、塔５國元首同烏茲別克總統一道，共同宣佈在“上海五國”會晤機制的基礎上建立上海合作組織。
在互信基礎上，通過平等協商，中國與俄、哈、吉、塔解決了總共長達７０００多公里的邊界問題，使中國與４國的邊界成為睦鄰友好的邊界。這對本地區國家的穩定和發展具有重大現實意義和深遠歷史意義。
上海合作組織自成立之日起，就把維護本地區和平、安全和穩定確定為本組織的宗旨和使命，將打擊恐怖主義、分裂主義、極端主義作為優先合作方向。上海合作組織是最早打出反恐旗幟的國際組織之一，在協調各國反恐合作方面發揮了重要作用。近年來，上海合作組織在防務安全領域，尤其是在反恐方面做了大量實實在在的事情。成員國迄今已舉行了３次聯合反恐演習。
去年，在該組織框架內舉行的“和平使命－２００５”中俄聯合軍事演習取得了圓滿成功。中俄兩國官兵在陸、海、空戰場協同作戰，展現了合作應對新形勢下新威脅、新挑戰的決心和信心。此次演習是在高度公開透明的情況下舉行的，不針對任何第三方，不對任何國家構成威脅。今年４月，上海合作組織成員國國防部長會議在北京舉行期間，與會各方商定將派兵參加明年在俄羅斯境內舉行的聯合反恐演習。俄副總理兼國防部長謝爾蓋·伊萬諾夫表示，國際恐怖主義活動正呈現規模擴大、武器裝備現代化等勢頭，“上海合作組織舉行反恐演習是非常應當的”。與此同時，各成員國還在反恐情報交流、司法協助等方面進行了有效合作。這些措施對提高上海合作組織聯合反恐能力、維護地區和平與穩定已經並將繼續産生積極影響。
在加緊反恐合作的同時，上海合作組織還將注意力投向了打擊跨國販毒以及由此引發的洗錢、非法販運槍支等犯罪活動。阿富汗與部分中亞國家交界，這一地區已成為從阿富汗向歐洲及世界其他地區販運毒品的重要通道。跨國販毒以及由此引發的系列犯罪活動是上海合作組織需要嚴肅對待的問題之一。為加強合作，各成員國邊防部隊正著手在互不設重兵的邊界地區建立定期會晤機制。上海合作組織成員國已簽署了有關禁毒合作的協定，並積極協助阿富汗政府反毒禁毒、早日實現和平重建。上海合作組織去年同阿富汗建立了聯絡組，並正在研究向阿富汗開放上述禁毒合作協定。即將於１５日舉行的上海合作組織峰會特別邀請阿富汗總統卡爾扎伊作為主席國客人與會，這將有助於促進本地區的反毒禁毒工作。
目前，中亞地區形勢總體穩定，各成員國在政治、經濟和社會方面取得了顯著成就。與此同時，“三股勢力”活動依然猖獗，威脅成員國和本地區安全與穩定的諸多因素並未消除。在這種情況下，進一步深化上海合作組織安全領域的合作顯得尤其重要。
需要特別指出的是，上海合作組織奉行開放、不結盟的原則，在安全領域的合作“不針對任何第三國和地區”。正如上海合作組織秘書長張德廣所説，該組織“不會成為一個封閉的政治或軍事集團”。