水里在台灣的發展較晚，與台灣西部或北部濱海地區相較之下，屬於晚開發之年輕城鎮。水里鄉昔屬水沙連番界，於清光緒十三年（1877年），立台灣府埔裏社廳堡。日治前期明治30年（1897年），改易台中縣集集辦務署集集堡，明治31年（1898年），改為台中縣南投辦務署集集堡，明治34年（1901年），隸屬南投廳集集支廳集集區，至日治後期大正9年（1920年），改為台中州新高郡集集庄轄管。昭和20年（民國34年，1945年），二戰終結，是年十月改制台中縣新高區集集鎮管轄，旋經民國39年（1950年）一月，從集集鎮劃出社子，拔社埔，郡坑等十里，另成立水里鄉。同年十月撤廢區署，改為南投縣水里鄉。
明治42年（1909年），由於日軍為開發山地資源，而開闢道路由名間經水里，頭社，魚池至埔里，並置設糖廠，鼓勵人們種植甘蔗，以致平地人遽增，使得原住民受到漢人之壓迫，於是逐漸遷居水里，信義一帶。至大正10年（1921年），日人於日月潭興建水力發電廠。昭和6年（1931年）接著興建日月潭第二發電所（今鉅工發電廠），工商雲集，人口成長，地方日益繁榮。自戰後，水里坑原屬於集集鎮管轄區，到了民國39年（1950年）正式劃分為水裡鄉，少了坑字。民國44年（1955年）經行政院重新調整後，將鹿谷鄉之永豐、永興兩村劃入水里鄉，民國55年（1966年），因水裡以其意不雅，奉准更名為水里鄉。