教會 領袖 一 聽 到 耶和華見證人 重 獲 宗教 自由，就 氣 得 咬牙切齒。結果，有 超過 700 個 來 自 基督新教 的 牧師 和 宗教 領袖 聚集 在 雅加達，舉行 了 一 場 研討會，企圖 向 政府 施加 壓力，讓 他們 重新 頒布 禁令。可是，政府 仍然 維持 原本 的 立場。
禁令 解除 的 消息 很 快 傳遍 全 國，許多 感 興趣 的 人 寫 信 給 分部 辦事處 索取 書刊，或 想 要 有 聖經 的 討論 課程。2003 年，有 4萬2000 多 人 參加 耶穌 受難紀念 聚會，出席 人數 超過 當時 印尼 傳道員 總數 的 一 倍。此外，也 有 將近 一萬 人 參加 在 雅加達 舉行 的 大會，其中 包括 一 位 宗教部 的 高層 官員。這 位 官員 看 到 會場 裡 無論 是 小孩 還是 大人，都 翻 開 聖經 查看 講者 所 用 的 經文，就 很 驚訝。他 向 弟兄 保證，一定 會 把 關於 耶和華見證人 的 不 實 報導 加以 澄清。
禁令 解除 後，有些 特派 傳道員 返回 印尼 服務。第 一 批 重返 印尼 的 特派 傳道員 分別 是：從 所羅門 群島 來 的 約瑟夫 和 赫拉瓦蒂·諾伊哈爾特 *，來 自 日本 的 比爾 和 內納·佩里，還 有 從 台灣 來 的 譚賀能、譚敏琪 以及 戴和明、戴妮娜 夫婦。接著，新 的 特派 傳道員 也 陸續 抵達，他們 被 派 往 北蘇門答臘、加里曼丹、北蘇拉威西 和 其他 的 偏遠 地區 服務。
在 工作 受 禁止 的 25 年 間，印尼 大 部分 的 會眾 都 在 私人 家 裡 舉行 聚會。雖然 少數 的 會眾 有 能力 興建 自己 的 王國聚會所，但 也 無法 取得 建築 聚會所 的 許可證。由於 許多 會眾 紛紛 建立，印尼 分部 設立 了 王國聚會所 建築 工程部（現 稱 本地 設計 及 建築部），以 解決 這 項 迫切 的 需求。
2006 年，西爪哇省 萬隆市 的 弟兄 開始 尋找 適當 的 物業，好 興建 當地 的 第 一 棟 王國聚會所。辛阿普·帕尼艾坦 是 個 長老，在 建築 委員會 服務，他 説：「我們 花 了 一 年 才 找 到 合適 的 物業。可是 要 拿 到 政府 的 建築 許可，我們 還 需要 至少 60 個 非耶和華見證人 的 鄰居 同意。結果 有 76 位 鄰居 支持 我們 的 建築 計劃，其中 包括 一 位 很 有 影響力 的 女士，雖然 她 一 開始 持 反對 態度，最後 也 轉 而 支持 我們。聚會所 落成 後，我們 舉行 開放 參觀日，邀請 萬隆市 市長 及 附近 的 人 來 參加。市長 評論 説：『你們 的 聚會所 很 乾淨 也 很 整齊，其他 教會 應該 向 你們 好好 學習！』」這 棟 兩 層 樓 的 王國聚會所 在 2010 年 舉行 呈獻禮。
自 2001 年 以來，印尼 已 蓋 了 超過 100 間 王國聚會所，可是 目前 仍 急需 更 多 的 聚會所。
^ 3段 赫拉瓦蒂·諾伊哈爾特 的 生平 事蹟 刊登 在《警醒！》2011 年 2 月刊。
^ 1段 現在 稱 為 分區 監督 及 其 妻子 訓練班。