竹中重元之子、母為杉山久左衛門之女（妙海大姊）、正室為安藤守就之女．得月院；初名重虎，後改名為重治，通稱半兵衛，戒名深龍水徹，與黑田官兵衛並稱「二兵衛」。
永祿元年（1558年），與當時擔任不破郡岩手城主的父親重元，一同擊敗岩手彈正守忠誠，並於永祿二年（1559年）著手修建菩提山城並移居該城。
重治元服後，與美濃三人眾之一的岩村城城主安藤守就之女（法名得月院）成親，永祿五年（1562年）父親重元去世，重治繼承竹中家的家督之位及菩提山城，擁有約三萬石高土地，侍奉美濃國大名齋藤龍興。早前美濃國發生齋藤道三及齋藤義龍父子相爭，父親重元因支持道三而失勢，作為重元之子的重治雖然憑藉岳父安藤守就的關係重歸齋藤家的行列，卻不受信任，遭到冷落。
齊藤家自齊藤義龍時代，即屢屢遭受來自尾張國織田信長的侵攻，永祿四年（1561年）7月美濃再度遭受織田的侵攻，齊藤方採用重治「十面埋伏陣」獨特的伏兵戰術，擊破織田方的攻勢。永祿六年（1563年）重治再度擊退織田軍的攻勢（新加納之戰，一說為日根野弘）。
永祿七年（1564年）2月，據傳重治為了勸戒耽於酒色的主家齋藤龍興，命令當時在稻葉山城作為人質的弟弟久作（竹中重矩）裝病，隻身帶領16名隨從入城探病，然後智取以難攻不落見稱的稻葉山城，後來又將城還於龍興，震驚天下。據說，當時重治和安藤守就與日根野備中守弘就及「美濃三人眾」之一的氏家直元不和（因三人眾不能理解重治的用心，另有一說是出於嫉妒），導致尾張的織田信長有機可乘，所以才會發動取城行動。取城當夜，重治命令各家臣手持兩支火把。齋藤軍在夜色中誤以為織田家的大軍入侵，城內居民和士兵大舉逃散。重治趁勢闖入稻葉山城，很快就到龍興所住的御殿裏面見龍興，後來龍興逃往他城，在重治還城後才重新入城。重治還城後將家督之位讓予弟弟久作，隱居栗原山。曾一度以客將身分，接受淺井家的3000貫（相當15，000石高）俸祿，約一年後於舊領岩手再度隱居。
齋藤家滅亡後，重治受聘淺井家以維持生計，後來由羽柴秀吉（豐臣秀吉）勸說改侍織田信長，依照竹中重門所著的「豊鑑」記載、信長接受秀吉的要求、同意重治與牧村利貞、丸毛兼利共同擔任秀吉的「與力」。
織田信長包圍網期間，重治利用自己原先在淺井家的人脈關係，協助進行各項調略活動。包括元龜元年（1570年）淺井方長亭軒城及長比城的策反（『淺井三代記』）。姉川之戰後被任命為羽柴秀吉寄騎（傳說是因為重治和信長關係不良，但也有別一說，信長認為把重治放在秀吉麾下，比安置在自己身邊更能發揮對外拓展的才能，未必是因為關係差，可以確定的是竹中從來都不是秀吉直臣），在秀吉麾下東征西討，而與另一參謀黑田孝高並稱為「二兵衛」。羽柴秀吉之弟羽柴秀長（豐臣秀長）、部將蜂須賀正勝及前野長康等皆視重治為師，在軍中享有極高的聲譽。
羽柴秀吉被任命為進攻中國地方的山陽道的的總大將後，重治作為參謀從軍，天正六年（1578年）、宇喜多氏位於備前的八幡山城，經由重治的調略而陷落，更獲得織田信長的讚賞。秀吉的另一位幕僚黑田孝高銜命前往有岡城勸服荒木村重時，遭荒木村重軟禁，一時間誤傳孝高倒向荒木方，信長盛怒下，要求秀吉將孝高之子．松壽丸（黑田長政）處死，所幸重治以替身瞞過信長，更加深竹中與黑田家的友誼。
天正七年（1579年）4月，在討伐播磨三木城的別所長治叛亂中病情惡化。重治拒絕秀吉勸其回到京都療養的請求，堅持留在平井山前線，並留下「戰死沙場乃武士本色」的遺言後辭世，其死因推測應為肺結核或是肺炎，年三十六歲。