藥師寺是左右對稱的型態，一進入寺廟就整個好像是中國唐朝的樣式，東青龍、西白虎、南朱雀、北玄武，藥師如來座下有如此的形象。
目前東塔在整修，預計是2020年完工，旁邊有一些考古的說明牌。西塔是1981年重修，重修的時候塔高為36.8公尺，比法隆寺的五重塔高 3.3公尺（很會比較），也比東塔要高33公分，但據說因為重量不同，所以200年後高度就會相同。
可是呢？現在東塔又在整修了，這個200年的數字又不準確了吧？
藥師寺的塔，是三重塔，可是看起來好像六層，原因是一層大一層小，而且最上面那層的屋簷斜度最大，預防風吹，而下雨時也比較容易宣洩，整個三重塔，真的像是凝結的音樂！