在這些過程中，醫療機構如何面對健保給付制度的變革以制定組織的因應策略，才是直接衝擊醫病關係與病患福祉的最大力量。其實非營利事業的醫療機構追求績效與利潤並非必然是道德上錯誤的事情，但若是缺乏醫師專業倫理的制衡及醫療組織倫理的實踐，必然產生過度自利、向下沉淪的滑波效應，導致不良的後果。關鍵在於醫院如何定位追求利潤的活動、是否將其置於維持高品質健康照護之上？如何看待自己的使命願景和醫療照護的本質？並和其他商業組織有所區別？對這些問題的立場，將深深影響機構的發展及社會大眾對它的觀感，這便是「醫療組織倫理」所關切的問題。
一九九七年美國的「醫院評鑑聯合委員會（ＪＣＡＨＯ）」將醫療組織倫理定義為：「在健康照顧組織之經營面向中，有關組織本身以一種誠實、得體和適當的態度去從事營運與照顧病人的倫理責任。」維吉尼亞州的「生命倫理網絡」則說明組織倫理是「由一個處理問題的過程所組成，此過程所處理的問題是和健康照護組織之營運、財務、管理相關之倫理議題，以及影響健康照護組織運作之專業、教育、契約關係相關的倫理議題」。簡單說來，組織倫理可以透過整合「臨床倫理」、「商業倫理」及「專業倫理」三者來達到評價和促進組織倫理氛圍的目的，其內涵如下：
一、臨床倫理：關注臨床實務及病患照護上所產生的倫理問題。醫療機構可以透過以下管道來實踐臨床倫理，例如設置「人體試驗委員會」以保障醫學研究受試對象的權利與知情同意；設置「臨床倫理委員會」為臨床醫護及行政人員提供臨床倫理教育、協助發展影響病患照護的政策與指引、以及對照護病患時所產生的倫理問題提供倫理諮詢。
二、商業倫理：商業活動也是醫療組織倫理關注的面向，因為主管的商業決策會對各種人際與利害關係造成影響，且每一商業決策都是基於某種信念系統，此系統預設了某些價值或否定了某些價值。醫療機構應盡可能提供高品質的醫療，卻無法忽視獲利面向的問題；實踐的方法可透過訂定標準與守則以評價商業行為與決策、發展商業脈絡中適當的行為規範、提供道德推論架構以解決商業中的道德困局。
三、專業倫理：傳統醫學倫理主張病患福祉總是最首要考量，但在今日醫療機構中，醫護人員在有限的時間、資源、研究、服務及健保制度的要求下，常面臨責任上的衝突，無法總是能滿足每位病患的需求；在被期待遵循專業守則將病患福祉置於第一的同時，他們也負有管理醫療資源、控制成本的責任，同時對「病患」、「健康照護體系」和「社會」負有義務，且不可避免地會產生責任的衝突，這些衝突必須透過責任優先順序的決定及分析所有利害關係人可能受到的影響來處理。