Minecraft：Java版和Windows 10的基岩版都使用鍵盤和滑鼠控制（Control）。預設配置下單獨只用滑鼠或鍵盤都不能控制遊戲。遊戲的控制菜單在選項之下。
Minecraft Java版結合使用鍵盤和滑鼠進行控制。之前的許多遊戲（例如DOOM和Quake）用過類似的控制系統。沒有玩過這些遊戲的玩家可能需要一段時間的練習才能熟練地操作，建議這些玩家在掌握這些技術之前先玩創造模式或是將難易度設定為和平。
Esc 按下後打開遊戲菜單並釋放滑鼠指針。單人模式中同時暫停遊戲。
按住F3時按下H會在物品的標籤（就是滑鼠移到背包內物品上顯示的窗口）中顯示物品的ID或英文名稱。
F8 按下後開啟或關閉滑鼠圓滑移動。開啟後視野移動會較慢較平穩，就像真實的攝像機鏡頭移動。
在Linux下，全螢幕模式中滑鼠控制經常失靈。
同時，全螢幕模式不支持多螢幕：遊戲會占掉所有的顯示器，而不是遊戲窗口所處的那一個。
選擇方塊 若當前準心指向的方塊在快捷欄里，則切換到此方塊。在創造模式中，若快捷欄中沒有此方塊，則會替換掉手上的方塊。不過，如果被選擇的方塊被破壞時不會掉落本身（如某些礦石、螢光石塊等），得到的方塊則是最終掉落物品（如螢石粉）。當對著一個實體（除投射物、經驗球、終界水晶、浮標、掉落的物品和其他玩家外）點擊時，會出現錯誤得到基岩。這種情況包括點擊畫、礦車（包括熔爐礦車和儲物箱礦車）、船，和正在掉落的方塊（沙、礫石和龍蛋）、激活的TNT，和所有生物（包括終界龍）。在快照 12w15a 後的創造模式中，點擊生物可獲得相應的生怪蛋（若有）。
1 - 9 選擇快捷欄 按下後選擇快捷欄中對應的物品。在物品欄GUI時，移動滑鼠指著的物品到相應的快捷欄。
↑ 遊戲中沒有「投擲」指令；「丟棄」（預設Q）會將一個物品扔出大約2-3個方塊遠。要拋出雞蛋、龍蛋、終界之眼、終界珍珠和雪球可以通過使用鍵（預設為滑鼠右鍵），而它們會以弧線拋出。另外，終界珍珠落地後會將玩家傳送到落地點並造成傷害值5（ ）。終界之眼拋出後會向最近的要塞方向飛行一段距離，並最終掉地。
鍵盤和滑鼠控制類似於Java版，但有些不同。這些鍵位可以在設定中更改。
控制器的操作方式和Xbox One版、Nintendo Switch版大同小異，除了搖杆外的所有操作都可以到設定去改變操作方式。在Nintendo Switch上，遊戲可以用一對Joy-Con 或任何支持Nintendo Switch的完整控制器遊玩，如Pro Controller。只用單個Joy-Con不能玩遊戲。假如控制器有模擬搖杆，那麼使用 來移動，並使用 來查看。空著的地方代表預設情況下，鍵位是未分配的，需要由玩家為其分配一個按鈕。
透過觸控螢幕幕來控制顯示在螢幕上的東西。如果你有啟用「分離控制」（設定 → 影片），螢幕上將會顯示出十字準心。觸摸並按住螢幕來破壞方塊；輕觸螢幕來放置方塊。
使用物品 點擊想要使用的物品來使用骨粉，打火石，工作台，切石機，熔爐，桶，生怪蛋，使用種子，打開儲物箱，打開/關閉門、地板門或柵欄門，睡覺，吃蛋糕或激活下介反應堆。
創造 在創造模式下打開內置工作台,或左側項目列表。
合成 在創造模式下打開內置工作台,或左側項目列表。
觸控螢幕可用於控制螢幕底部顯示的工具提示（如果已啟用）。
注意：對於使用遊戲手柄的Xperia Play用戶，在創造模式下，螢幕下方最下面的兩行項目，並且無法向下滾動以查看它們。 它們仍然可以訪問，但它需要記住按下方向按鈕訪問它們的次數，或者試錯。這有望很快修復，但在4.0更新中最為突出，因為項目數量增加了，現在隱藏了16個項目。 查看它們的唯一方法是打開選項是在選項菜單中使用觸摸控制項。
Y Classic 0.0.9a - 未知 在Classic 創造模式中反轉滑鼠。
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