為因應「促進產業升級條例」相關租稅優惠條文將於今年底落日，經濟部研擬「產業創新條例（草案）」（以下簡稱本條例）作為其接續，本條例已於本（98）年6月3、4日經立法院經濟委員會審查完竣，將提報立法院院會討論，並將保留之8條文進行黨團協商。
本條例主要目的係為促進產業創新，改善產業環境，提升產業競爭力，主要章節包括基本方針、創新活動之補助或輔導、無形資產流通及運用、產業人才資源發展、促進產業投資、產業永續發展環境、資金協助、租稅優惠、產業園區之設置管理、工業專用港及工業專用碼頭之設置管理、營運總部及擴廠之輔導及罰則等。預計於民國99年1年1日公布施行後，將使各部會及地方政府共同協助產業發展，給予各項產業發展最大的支持，以及產業創新環境之塑造，民間創新之活力應可有效激發，提升整體產業競爭力。
有關報載初審通過之「產業創新條例草案」，其中暗藏「ECFA條款」，明訂未來將以國家發展基金為財源，提供這些遭衝擊的產業融資、撥款等援助；營運總部適用營利事業所得稅率15％等，做一澄清說明：
一、暗藏「ECFA條款」，明訂未來將以國家發展基金為財源，提供這些遭衝擊的產業融資、撥款等援助：
（一）由於我國產業係以外貿為導向，且以中小企業為主，易受國際經貿情勢的變化所影響，因此在產業創新條例(草案)第6條，特別賦予各產業主管機關實施產業調整支援措施之法源依據，透過相關調整支援措施之執行，協助產業提升競爭力。且本局早於96年間即規劃本項構想，經多次討論後再予以具體研擬條文，而所訂之重大環境變遷之型態，係指對外簽訂國際貿易協定、國際金融風暴等情事。未來如發生類似去年底之國際金融大海嘯、或者我國產業競爭對手國洽簽雙邊或多邊貿易協定，對我國產業造成重大衝擊影響時，未來條例公布施行後，即可引用本項機制作法，協助產業早日恢復競爭力。爰此，本條文並無大眾媒體所謂之暗藏「ECFA條款」。
（二）同時，考量國發基金透過投融資方式協助我國產業升級轉型著有助益，爰於本條例中明確訂定國發基金設置法源，透過投融資方式，協助我國產業創新，提昇產業經濟附加價值，強化產業國際競爭力。另該基金年度相關投資及融資業務均遵循預算程序送請立法院審議，並經監察院審計單位查核，其資金用途將依法受明確規範。
二、營運總部適用營利事業所得稅率15％：
本次立法院審查修正之營運總部獎勵條文，提供2擇1之適用獎勵措施，除維持現行營運總部租稅獎勵作法，即營運總部公司之營所稅按所得稅法第5條規定之稅率課徵，而自國外關係企業取得之管理服務、研究開發、權利金、投資收益或及處分所利益等所得免徵營所稅外；另外，增訂提供該類公司亦得選擇適用按營所稅稅率15％課徵，但不得適用本條例其他租稅減免規定。期藉由上開2擇1獎勵措施之執行，將可鼓勵外商來臺設立營運總部，亦可促進本國企業之海外投資收益匯聚於台灣總部，進一步鞏固台灣成為企業全球營運之決策中心及價值創造基地。