教育部推明年度起，將實施「高教深耕」計畫，該計畫將整合過去的「邁向頂尖大學計畫」、「教學卓越計畫」及「典範科技大學計畫」3項，經費規模每年118億元，各校申請時須提報5年期計畫，以發展多元特色、國際競爭等，且希望大專校院把補助的一半用在教學上，讓高教資源從重研究轉到重教學。但綜觀這一計畫，發現有以下問題，值得商榷。
其次，高教深耕計畫延續過去的「競爭型經費指標」，由於這次的指標更為具體，如每年編列60億元預算的「追求國際一流及強化研究能量」計畫，申請條件在研究指標中需完全符合國外單一廠商Web of Science（引文索引資料庫）中的SCI、SSCI與ESI資料庫論文數，且大多以科學、技術、工程、數學及醫學類，予人明顯的「獨厚特定廠商」、「重理工、輕人文社會」及「SSCI復辟」之嫌。
最後，當年教育部推動頂大之初，許多人曾呼籲，切勿以學校為單位，而應推動「跨校型的頂尖研究中心」或「跨國研究團隊」，才能集中資源力拼世界一流，可惜未被採納。如今高教深耕計畫，建議應落實高教的分級與分流、加強技職體系的特色與功能、並結合區域發展等重點，避免繼續以KPI的「作文比賽」方式，打亂各大學的自我定位，讓大學重新回歸正常教學、研究與服務軌道上。