本作在DC戰爭系列中相當於外傳，銷售目標也轉為年青人。因此一直只是以客軍身分參戰的原創作品《魔裝機神サイバスター》今作成為主人公，而既存的版權機器人作品則成為客軍參戰。今作的舞台是地底世界拉．基亞斯（ラ・ギアス），沒有地上世界和宇宙空間的戰鬥版面。本作故事背景、角色設定等，後來被整合成為另一遊戲魔裝機神。
超級機器人大戰系列首次可供玩家選擇、圍繞三位主角而開展、三條獨立但互相影響的故事線。全部皆為《魔裝機神サイバスター》的登場人物。分別為正樹（マサキ，《魔裝機神サイバスター》的主角）之章共27話、琉妮（リューネ，同作的女主角）之章共24話，以及愁（シュウ，正樹的宿敵）之章共16話，全話合計67話(連同沒有戰鬥的話數)。每章都會顯示難易度，難易度順序是正樹→琉璃→愁。而且隨著劇情推展，會影響各路線可選用角色。例如正樹篇與琉妮篇，故事至中段時可選用聖戰士丹拜因的戰艦「戈倫號」與「轟格號」其中一艘，選用後另一主角便只能使用餘下一艘戰艦。