聖經啟示我們，人有靈、魂、體三部分，在我們最外面的、看得見的、屬物質的部分是體。體裡面有一部分非物質的、看不見的，是我們的精神部分，叫作魂。例如我們說到心，有的時候是指我們身體部分的心，就是將血液輸送到全身的心說的。有的時候我們說心，不是指身體的心，乃是指有愛情、有打算、有悲傷等的心，那就是指我們魂裡的心說的。雖然看不見，卻是很實際的。
在我們魂的裡面，還有更深的一部分，稱作我們的靈。當神創造人的時候，特別為人創造了這個靈，與其他動物不同。因為人有靈，人就特別貴重，特別有意義，尤其可貴的，人藉著靈能與神相通相交，所以靈是人身內最重要、最高貴的器官。
人若未曾犯罪墮落，人的靈就能和神相通，與神交往，而且與神相親相近。人能了解神的心意，神也能得到人的配合，完成神在宇宙中的計劃，成功神的旨意。這樣，人的靈盡了功用，人的魂和身體，自然也就安適，人生因此滿足，達到為人的崇高意義。
但是從始祖亞當起，人犯了罪，墮落了，人的靈也就枯萎，失去功用。聖經稱這種枯萎無能的光景為死。人的三部分喪失了最重要的部分，其他兩部分也就失去管制，魂與身體結合作畸形發展，人就成了聖經所稱的肉體。肉體的行為，就是犯罪作惡，人慾橫流。人離神愈來愈遠，無人能不犯罪。
人雖然犯罪、墮落，神一貫的心意還要拯救人，叫人的靈留下一部分功用，在人的深處起作用，代表神來告訴你：甚麼是對的，甚麼是錯的；哪個是正的，哪個是邪的，好叫人受警告、受改正，又叫人知道有一位神在天上，是公義的，是審判的主，好使人回轉過來，歸向神，接受神的救恩。靈的這一部分，就稱作良心。羅馬書二章十五節，又稱作「是非之心」，希伯來書十章二十二節又稱作「心中天良」。因為這一部分既在靈中，又與心相聯，所以它的作用，既是神的意思，也是我們心裡的感覺，是非常微妙的。
良心既是靈的一部分，所以它站在神這一邊，與神站在同一的立場上，可以稱它為神的代表。不論在甚麼時代，不論在甚麼地方，人犯罪，良心就在人的深處發生作用，叫人知道所作的是壞事，是犯罪。這種作用叫作受責備，叫作不平安，叫作良心有虧，都是非常不好過的。人每次作了惡，犯了罪，縱然沒有人知道，但是良心在人的深處前不靜默，一直的責備、控訴、警告，知道自己所犯的錯。人不知道，天卻知道，天理不饒恕，不放你過去。這種情形，我們叫作天良發現，或叫作良心有虧。人就因此不安寧，食不甘味，夜不安眠，白天感羞愧，夜晚感懼怕。人若常常作違反良心的事，人生的痛苦就淹沒了快樂，而出自良心的痛苦，是人生最大痛苦之一。
許多人因著良心的痛苦，想如何減免這痛苦，就想賄賂良心，好使良心安靜。人就找出許多理由，證明他作的錯事是對的，證明他犯的罪都有充足理由，不算犯罪。但是事實上，良心不受賄賂，不接受你的理由。你就是想否認它的存在，實際上它在那裡，是否認不掉的。所以一切無神論者，雖能找出千萬個理由，想證明神不存在，但是卻找不出一個理由，叫自己不安的良心貼服，良心始終作神的代表，所以無神論者，永遠抹殺不了神。
羅馬書二章告訴我們，神乃是照真理審判人，也按照各人的行為報應各人。十五節說，神也把「律法的功用，刻在他們心裡，他們是非之心(就是良心)同作見證，並且他們的思念互相較量，或以為是，或以為非。」所以人若照著良心，都會明白是非，若為非作歹，神就必定審判，人不能推諉說不知道，良心已經警告過了。
從古至今，沒有人能夠抹殺良心。所謂最文明、有最高文化之人，知道良心是人生活的最高指導；所謂最野蠻的人，沒有法律，沒有文化，還是以良心作他們的生活準則，證明神前不偏待人，無論甚麼人，神都以良心作神的代表，表達神的旨意。
神設立在人裡面的良心，不單是叫人自責，叫人知罪而已；神給人良心的目的，乃是叫人知罪而轉向神，尋求神的救恩。主耶穌為我們罪人成功了救贖，凡信他的，罪就得到赦免，而且得到永生。主耶穌成了我們的救主，就是我們的福音。良心定你的罪嗎？良心使你不安嗎？它的目的要叫你因不安而轉到救主面前，來接受他的拯救。良心作神的代表，一面告訴你神是義的；一面也告訴你，你要罪得赦免，要神對你滿意，不再審判你，只有一種贖罪之法，就是信主耶穌，接受他作救主。
我們信主之後，罪得赦免，神滿意了，良心也就從責備轉為平靜，我們也就真正的有平安，有喜樂。不但如此，我們得救，我們的靈也就得生，活起來，作我們全人的領導。我們的魂和我們的體，都服在靈之下，過一個正確的生活。因此，我們不但能勝過罪惡，而且生活像神的兒女，有屬天的光明和喜樂。在這時候，良心仍舊是神的代表，不過不是定罪，乃是給我們屬天的喜樂和屬天的平安。