學校是福建省省屬高校中最早招收研究生和最早獲博士、碩士學位授予權的高校。學校積極構建“一體兩翼”學科發展格局，即以農林生物學科為主體，具有農林特色的工科和人文社科為兩翼，促進農工、農文交叉融合和協調發展。學校現有2個國家重點學科（含培育），2個農業農村部重點學科，7個國家林業和草原局重點學科；6個福建省高峰學科，12個福建省高原學科。學校現有12個一級學科博士點，27個一級學科碩士點，11個碩士專業學位授權點，11個博士后科研流動站，學位點覆蓋了經濟學、法學、理學、工學、農學、管理學、藝術學7個學科門類。學校有植物學與動物學、農業科學2個學科領域進入ESI全球前1%行列。
當前，學校深入貫徹落實黨的十九大精神，緊緊抓住國家和福建省“雙一流”建設的重大戰略機遇，扎實推進“雙一流”建設，朝著建設優勢明顯、特色鮮明、國內知名的一流農林大學的奮斗目標闊步邁進，積極打造福建農林大學“升級版”，努力為國家和新福建建設做出新的更大貢獻。
農業碩士、工程碩士、獸醫碩士、公共管理碩士（MPA）、工商管理碩士（MBA）、林業碩士、風景園林碩士、金融碩士、會計碩士、法律碩士、藝術碩士。其中，農業碩士有8個類別，工程碩士有6個類別。