本系碩士班成立於1988年，目前分電子物理、光電與奈米科學、以及理論物理組三組招生。訂有修業及修課相關規定，由教學輔導委員會審定，院教學與課程委員會及教務會議核備。現行規定，至少應修滿 24 學分，包含：核心課程、選修、及專題演講；同時，入學後第一學期結束前選定指導教授，在其指導下，完成學位論文，舉行論文口試，通過後始得畢業。有關修業相關細部規定，可參閱各年度「國立交通大學電子物理學系碩士班研究生修業規定」，有詳盡說明。
依照學生興趣與專業研究的需要，碩士班研究所分成三組:理論物理組、電子物理組、光電與奈米科學組。各組訂有課程結構，核心課程略有不同，學生可依不同組別以及個人興趣，選修其中科目。
碩士班研究生畢業時所學分，應包含：本系所開設專業課程至少14學分，專題演講必需修滿4學分，提前畢業者，其專題演講學分數需與在學學期數相同。