林口長庚紀念醫院以提升國內醫療水準、培育卓越的醫護人員、提供病患最佳的醫療服務為目的，並設有院務委員會掌管全院重大決策及作業制度檢討與修訂，另依服務、教學、研究與品質確保，設有各委員會及管理部、教學部、醫學研究發展部及品質管理中心，分別負責院區臨床服務、教學、研究與品質之管理、督導與考核。服務上，追求以病人為中心，提供病人最優質的醫療服務及環境。教學上，持續投入醫事人員培育，榮獲衛福部臨床醫事人員培訓成效指標評比，連續五年蟬聯全國第一。研究上，陸續成立各研究中心及核心實驗室，參與國際認證與國際接軌。品質上，積極參與「國家品質獎」、「國家生技醫療品質,SNQ」等國家級認證，展現本院止於至善精神。更於2014年以全球最大單一量體3,700床醫學中心級之醫院規模，通過「國際醫療品質(Joint　Commission　International,　JCI)認證(JCI　2014-2017)」，JCI總部總裁更親自蒞臨本院頒予認證證書。