本會是由於中部科學園區第三期：后里園區－七星農場環評訴訟，三方（科技部、環保署、后里農民）和解而成立。因此關心中部科學園區與台灣科學園區居民與工作者的環境權保障是本會的重要目標之一。
期待透過參與科學園區開發案環評、新設(含擴建)科學園區政策環評程序，與科學園區監督小組，並推動建立科學園區相關環境資訊網站，期待揭開科學園區於土地、水、空氣等環境資源的使用與影響，保障居民社區知情權，建構公民參與科學園區環境治理的管道，終極目標是將科學園區的環境治理經驗推廣到各工業區，強化政府對工業的環境治理能力。
99年2月10日刊登半版廣告於中國時報、聯合報、自由時報、蘋果日報、聯合晚報等五大報，批評行政法院之判決為「無效用、無意義、破壞現行環評體制」，引發嚴重爭議，後經后里農民以環保署為相對人，提起行政假處分聲請，並以國科會為相對人，提起行政停止執行聲請，經台北高等行政法院於99年7月30日以99年度停字54號裁定命中科三期案應停止執行，並以99年度全字43號裁定，命中科三期案應於環評合法審查通過前停止實施開發行為，最高行政法院並於99年9月2日以99年度裁字第2029號及第2032號分別裁定駁回環保署及國科會之抗告。國科會及環保署以「停工不停產」方式回應行政法院之裁定，持續引發爭議，嗣環保署於99年8月快速再次作成有條件通過第一階段環評之審查結論。
100年1月21日以環保署及國科會為共同被告，提起第二次環評撤銷訴訟（以下稱二次撤銷訴訟），台北高等行政法院於101年9月5日以100年度訴字118號判決駁回原告之訴，后里農民提起上訴，經最高行政法院於102年3月14日作成102年度判字第120號判決，廢棄原判決，發回更審，該判決並對環保署提出多項指責，其中認環保署以審查結論所附條件作為「對環境無重大影響之虞」而「無庸進入第二階段環評」之認定方式，有論理上「倒果為因」之違法，將使環評法就應進行第二階段環評之規定，形同具文。
102年度訴更一字第40號更審期間，法院主動提出和解方案，勸諭雙方和解，農民及律師團相當堅持環評制度，不可認可「邊施工、邊營運、邊環評」之惡例，環保署則自行公告廢止第二次環評審查結論，並命中科三期案進行第二階段環評（但以第二階段環評通過之時，作為廢止第二次環評審查結論之生效日期），雙方經過多次協商，多次瀕臨破局，多次折衝，最後在台北高等行政法院積極召開和解會議下，於103年8月8日達成訴訟上之和解，寫下環評案件行政機關與人民達成和解之先例。