聖經諮商（輔導）的強處之一，在於它能夠真正針對當事人的心理議題給予根治。許多心理輔導僅能「頭痛醫頭，腳頭醫腳」似地解決表象徵狀，對於當事人當前的痛苦給予舒緩。但聖經諮商能夠深入人心，剖析其內心隱而未現的掙扎，進而以聖經話語解決、斷絕問題根源，使當事人能夠心靈得醫治，靠聖靈大能回轉改變，使上帝心意得以實現在當事人身上，故當事人及輔導員能見證神的話語大有功效。聖靈活潑大能臨在當事人身上，叫一切榮耀歸給成就救恩的主耶穌基督及聖潔慈愛的天父。
聖經諮商雖使用人（輔導員）作為媒介用溫柔的心並以諸般智慧把當事人挽回到上帝面前，但改變當事人生命的主要動因乃是三一真神全能主上帝。故輔導員把當事人帶到上帝面前的途徑之一，乃是透過禱告。輔導員本人在天父上帝面前認知到自己是上帝兒女，故可到天父面前傾心吐意、尋求智慧及愛心、耐心等品德來成為合適器皿，被神使用來輔導當事人，此種認知與禱告實際操作，在輔導事工上占非常重要地位。輔導員不僅為自己禱告，使自己對一切服事，能蒙神悅納，更是要為當事人代禱，因當事人來尋求我們輔導助時，多半是處境壓力已使他們信心動搖，特別是在婚姻輔導方面，當事人多已失去盼望。輔導員必需給予盼望，而盼望的實質確據，乃在於全能主上帝。輔導員如何將當事人的處境壓力，在代禱中帶到上帝面前，為當事人代求，對輔導果效影響甚大。通常我們為當事人代求的目標，是求神讓當事人能在實際生活中經歷神，看見神如何在處境中作工，以及神的心意對當事人在當時處境究竟為何，以及聖靈大能加添給當事人勇氣及力量行所當行的道路，把所關心但不屬自己責任的部份交托給神。針對不同的人事物，代禱的詳細內容有所不同，但我們的確經歷到代禱對於當事人的喜樂、憂愁、哀泣、痛苦，有很大的轉變力量。
聖經輔導員不僅是以智慧言語來勸慰當事人，更是以基督的心為心誠懇地為當事人代求。到最後，許多當事人甚至從我們輔導員由衷地禱告中學習禱告，以致他們知道如何為自己禱告，也學習為困擾他們的人事物代禱。他們更能表達心聲的禱告，及較長時間並較多次數地安靜在主面前，有內容、方向的禱告，彰顯出上帝在他們心中佔有極特別與尊貴的地位，這時他們的生命就流露出神掌權並改變他們生命的明證。代禱使輔導員認識上帝的大能，自己的不足，同時也讓我們看見代禱的功效：當事人更信靠順服神的主權，聖靈果子也漸漸在他們生活中成長成熟。感謝主！讓我們透過代禱與主更親近，也把當事人的重擔帶到神面前，在神有說不盡美善的恩賜，使我們聖經輔導可以輕省、有盼望。