最高法院行之有年的保密分案流程引發爭議，最高法院今天由分案法官徐昌錦出面說明分案流程，強調最高法院的保密分案絕無黑箱作業，也非部分媒體所稱可隨意指定承審法官。部分基層法官組成改革團體，要杜絕恐龍法官，他們也呼籲最高法院廢除保密分案制度，獲得總統馬英九正面回應，但也讓前最高法院院長楊仁壽在卸任交接當天重話批評，指主張廢除保密分案者是不了解制度。所謂保密分案，是指上訴第三審的案件，經審查後被認為符合程序要件的案件，即在案件密封並編號，交由分案法官藉由電腦隨機分配給法官，讓審理法官在做成判決前，任何人皆無從得知其身分。當初的設計主要在考量第三審居定奪關鍵，為避免法官受外力干擾與威脅，而予保密，讓法官有完全獨立的審判空間。徐昌錦今天公開向外界說明最高法院的保密分案流程。他表示，最高法院收到上訴案件後，會先由審查人員檢查案件有無上訴逾期等缺漏，若有則通知當事人補正。審查人員在確認上訴案件卷證齊全且符合上訴第三審後，就會交由分案人員依保密程序加密處理，重新編上新的保密號碼並造冊後，交給分案法官，分案法官再依序由電腦隨機分案給最高法院的法官，完成分案後，全部案卷會由分案法官將已彌封的卷宗等放入大帆布袋內，送至各承審法官。徐昌錦指出，其實最高法院的分案流程和一、二審法院的分案大同小異，不可能黑箱作業，也不可能隨意指定承審法官，唯一的不同就是最高法院從法官收到案子後至判決前，原則上不公開承審法官姓名（中央社101年2月20日報導：最高法院說明分案 駁黑箱說）。
按民事訴訟法第32條、第33條即分別規定「法官有下列各款情形之一者，應自行迴避，不得執行職務：一、法官或其配偶、前配偶或未婚配偶，為該訴訟事件當事人者。二、法官為該訴訟事件當事人八親等內之血親或五親等內之姻親，或曾有此親屬關係者。三、法官或其配偶、前配偶或未婚配偶，就該訴訟事件與當事人有共同權利人、共同義務人或償還義務人之關係者。四、法官現為或曾為該訴訟事件當事人之法定代理人或家長、家屬者。五、法官於該訴訟事件，現為或曾為當事人之訴訟代理人或輔佐人者。六、法官於該訴訟事件，曾為證人或鑑定人者。七、法官曾參與該訴訟事件之前審裁判或仲裁者。」「遇有下列各款情形，當事人得聲請法官迴避：一、法官有前條所定之情形而不自行迴避者。二、法官有前條所定以外之情形，足認其執行職務有偏頗之虞者。當事人如已就該訴訟有所聲明或為陳述後，不得依前項第二款聲請法官迴避。但迴避之原因發生在後或知悉在後者，不在此限。」（刑事訴訟法則規定於第17條至第19條），是當事人依法有聲請法官（刑事訴訟法為推事）迴避之權。
而此權利，從釋字第256號解釋理由書：「憲法第十六條規定人民有訴訟之權，旨在確保人民有依法定程序提起訴訟及受公平審判之權益。現行民事訴訟法第三十二條第七款關於法官應自行迴避之規定，即在當事人就法官曾參與之裁判聲明不服時，使該法官於其救濟程序，不得再執行職務，以保持法官客觀超然之立場，而維審級之利益及裁判之公平。因此，法官曾參與該訴訟事件之前審裁判或更審前之裁判者，固應自行迴避；對於確定終局判決提起再審之訴者，其參與該確定終局裁判之法官，依同一理由，於再審程序，亦應自行迴避。但在各法院法官員額有限，而提起再審之訴，又無次數限制之情況下，參照行政訴訟法第六條第四款規定意旨，其迴避以一次為限。例如對於再審確定終局決及原確定終局判決又合併提起再審之訴者，僅參與再審確定終局判決之法官須迴避，而參與原確定終局判決之法官，則不須再自行迴避。最高法院二十六年上字第三六二號判例謂：「以再審之訴聲明不服之確定終局判決，並非再審程序之前審裁判，推事曾參與此項終局判決者，於再審程序執行職務，不得謂有民事訴訟法第三十二條第七款所定之迴避原因（按該款規定原為：「推事曾參與該訴訟事件之前審裁判或公斷者」，中華民國五十七年二月一日修正為：「推事曾參與該訴訟事件之前審裁判、更審前之裁判或仲裁者」），其與上述意旨不符部分，應不再援用，以維人民受公平審判之訴訟權益。」觀之，應屬「人民訴訟權」之範疇。
然從報導中可知，最高法院的分案流程和一、二審法院的分案，雖大同小異，不可能黑箱作業，也不可能隨意指定承審法官，但最高法院從法官收到案子後至判決前，原則上不公開承審法官姓名；但如果不公開承審法官姓名，當事人又如何依法聲請法官迴避呢？此種保密分案（或稱事務分配），顯然與憲法第十六條所欲保障之人民訴訟權相背，自應予以檢討。
又從釋字第665號解釋理由書：「憲法第十六條規定保障人民之訴訟權，其核心內容在於人民之權益遭受侵害時，得請求法院依正當法律程序公平審判，以獲得及時有效之救濟。為確保人民得受公平之審判，憲法第八十條並規定，法官須超出黨派以外，依據法律獨立審判，不受任何干涉。法院經由案件分配作業，決定案件之承辦法官，與司法公正及審判獨立之落實，具有密切關係。為維護法官之公平獨立審判，並增進審判權有效率運作，法院案件之分配，如依事先訂定之一般抽象規範，將案件客觀公平合理分配於法官，足以摒除恣意或其他不當干涉案件分配作業者，即與保障人民訴訟權之憲法意旨，並無不符。法官就受理之案件，負有合法、公正、妥速處理之職責，而各法院之組織規模、案件負擔、法官人數等情況各異，且案件分配涉及法官之獨立審判職責及工作之公平負荷，於不牴觸法律、司法院訂定之法規命令及行政規則（法院組織法第七十八條、第七十九條參照）時，法院就受理案件分配之事務，自得於合理及必要之範圍內，訂定補充規範，俾符合各法院受理案件現實狀況之需求，以避免恣意及其他不當之干預，並提升審判運作之效率。」觀之，法院經由案件分配作業，決定案件之承辦法官，雖與司法公正及審判獨立之落實，具有密切關係，惟「法院分配案件」仍非「審判獨立」之範疇，只能說「法院分配案件」為「審判獨立」之重要前提，自不得依釋字第665號解釋理由書之意旨，謂保密分案（或稱事務分配）改為透明分案」之司法改革，等同「干預審判獨立」。