對智慧財產權人而言，仿冒品的查緝工作（包括對於侵權人所得採取之民、刑事訴訟程序）絕對是落實智慧財產權保護的最重要一環。任何完美的智慧財產權佈局，例如各項商標權、專利權之申請乃至於對現有智慧財產權之管理，若在這佈局中缺乏對於仿冒品查緝工作之執行，無論再完善的規劃都可能淪為紙上談兵。而智慧財產權於各國邊境之保護措施，尤其是各國海關，則往往位居查緝工作的重要第一線角色。
相對於專利是否侵權之審查判斷經常涉及較複雜之技術背景知識而無法由海關預先做初步判斷，各國海關較常見之預先審查措施，是建立商標備案制度（或稱登錄，我國則稱為提示保護），鼓勵商標權人在海關登錄其註冊商標，使海關可以依憑該登錄就仿冒品等進行初步辨認。一般而言，海關在檢視報關貨品時，通常可以經由粗糙且無完整包裝的態樣，初步判斷具有高度侵害商標權之嫌疑，尤其是針對較具有知名度之商標或者市場上容易被仿冒之商品，海關根據經驗往往就能初步判斷該等貨物具有高度侵害商標權之餘，並進而通知商標權人進行鑑定工作。
然而，相較於前述之事先查緝工作，著作權之查緝則在實務上仍具有較大之改善與發展空間。
不同於商標之事先提示保護，權利人可以提出相關登記文件證明其具有商標權，就著作權而言，由於我國並無著作權之登記制度，權利人在提出相關證明文件時，不僅要向海關就證明文件進行解釋，也要面對進出口人對證明文件之挑戰。如此，著作權之事先提示保護，反而衍生出更多爭議。
根據著作權提示保護之相關法規，著作權利人得提出著作權證明或其他明顯足以認定著作權之文件，以及侵權事實及足以辨認侵權物品之說明等，向海關進行事前之登錄措施。然，何種文件足以構成「著作權證明或其他明顯足以認定著作權之文件」，我國海關目前無法提供確切之答案，縱使提供他國例如美國之著作權證明文件（美國乃具有著作權登記制度之國家），海關仍然表示必須依個案審查，而無法先行確認是否提供該等文件即已足夠。論者或以為著作權態樣繁多，包括美術著作、視聽著作等均可能需要配合不同之審查方式，然而，在現行法規已有規定，但海關實務上卻無法建立初步標準之前提下，若每個登錄個案都需要個別審查且於審查階段必須另行補足相關資料，對權利人而言，特別是權利人為外國公司時，極有可能對我國海關在一開始就產生信任感以及專業感之疑慮，而對於後續之查扣等相關工作，均可能提出不同程度之質疑。
此外，就代理人之角度而言，無法在登錄階段給予客戶完整之建議，甚至無法向客戶解釋為何海關一方面提供登錄程序、另一方面又不能事先告知權利人所應備齊之文件，均造成實務工作者不小之難題。也因為前述之種種課題，我國目前空有向海關登錄著作權之規定與相關線上機制，可是目前卻沒有完成任何一件著作權之登錄。
我國海關近年來積極協助權利人進行相關查緝工作，除需要有法令與權利人之配合，海關之與時俱進亦同樣重要，期許在各方互相合作溝通之基礎上，為我國建立更完善之保護智財權環境。