公元11世紀末，信奉回教的突厥人鐵蹄幾踏遍中東，威脅東歐。教皇於1095年呼籲歐洲各國王侯起兵，又呼籲基督徒踴躍參軍，誓要奪回聖城。這便是十字軍的由來。
羅馬教廷的十字軍未出發，便有多路數以千計的武裝基督徒高舉十字架從歐洲向中東出發，誓取聖城。史家稱他們為人民十字軍。他們沿途大殺猶太人。
為何大殺猶太人？耶穌死後千年以來，羅馬教廷不斷向教徒灌輸仇恨猶太人的思想：是信奉猶太教的人害死耶穌的、聖經新約使徒行傳有記述，保羅險死在猶太暴徒之手、使徒司提反被猶太人活活打死。這樣的千年教育，孕育出基督徒對猶太人的仇恨，而中世紀時的歐洲，基督徒逾總人口90%。
1096年至1270年斷斷續續的十字軍東征，十字軍所到之處，猶太人皆遭屠殺。
舉一個仇恨猶太教的例子。羅馬帝國在公元70年掃平猶太人的武裝自治運動，拆毀猶太教在耶路撒冷的聖殿。基督教在379年成為羅馬帝國國教之前已是有財有勢，在耶路撒冷耶穌的墓地建有雄偉的聖墓教堂，之後更在聖城廣建招待所，為來自歐洲的朝聖者提供住宿，但偏偏沒有重建聖殿。基督教的舊約是猶太教聖經，在舊約中，聖殿地位崇高，新約也說聖殿甚受耶穌重視，否則耶穌不會在聖殿動武，把販夫走卒從聖殿驅出（馬可福音十二：15－17）。曾是猶太教中心的聖殿，基督徒置其頹垣敗瓦於不顧達幾百年。還是回教徒看不過眼，在攻陷耶路撒冷後於691年在聖殿原址建成回教寺。此回教寺今天猶在。
在16世紀興起的新基督教也迫害猶太人。於1530年在德國創立路德會的馬丁路德，因爭取猶太人改信基督教不果，乃鼓吹仇視猶太人。他寫有洋洋6萬字「猶太人和他們的謊言」一文，引述聖經新約所說，力指猶太人邪惡。例如馬太福音三：7 將猶太人說成是“毒蛇的種類”、 約翰福音八：44 謂耶穌說：“你們是出於你們的父魔鬼，你們父的私欲，你們偏要行。他從起初是殺人的，不守真理；他說謊是出於自己，因他本來是說謊的，也是說謊之人的父。”文中又力說應焚燒猶太教廟宇和經文、禁止猶太教長老傳教、充公猶太人的財物、消滅猶太人的住所。
此文章在德國的影響力無與論比，德國各路諸侯在1572年開始全面排猶。由於路德會基督教在歐洲各處落地生根，故德國以外的猶太人也遭迫害。對猶太人的仇恨深入民間，連英國的大文豪莎士比亞所寫劇本「威尼斯商人」也以猶太人為歹角。英國流行街頭劇，在街頭劇演出完畢後經常有人追打猶太人。
第二次世界大戰時期納粹德國大殺猶太人。不少史家認為，若沒有基督教在歐洲千多年來灌輸仇恨猶太人的教育，此暴行不會發生。
戰時的教皇庇護十二世在戰前曾是羅馬教廷派駐德國的代表，在德國各路德基督教的地盤，爭取到信奉天主教自由。戰時數百萬猶太人遭納粹德國屠殺，希特拉是天主教徒，舉世猶太人呼籲教皇譴責德國，教皇拒絕這樣做，此舉或有反效果。
1999年，教廷同意與猶太人團體成立聯合專責小組，幫助世人瞭解羅馬教廷在二戰時所扮角色，以示清白。2000年，該小組完成名為「梵蒂岡與大屠殺」的初步報告，報告中，梵蒂岡須交出仍未公開的文件以解47個疑團。此要求遭梵蒂岡所拒，至今疑團未解。
2000年9月，猶太人團體在美國的New York Times 與Baltimore Sun發出題為「實話」的宣言。宣言中，基督教迫害猶太人近兩千年，基督教分裂為天主教、東正教、基督教後各基督教派仍不斷鼓吹仇恨猶太人，這股仇恨終演變成納粹德國對猶太人的大屠殺（Holocaust）。但宣言中也說，大多數基督徒自二戰後對猶太人已改變態度，放棄世世代代猶太人應為害死耶穌而須負責之說，不少基督徒也放棄了Supercession的觀念。此觀念是：神已放棄猶太人並改與基督徒立約。
Supercession在一些基督教宗派中仍很有市場，他們對猶太人的成見未消。他們即所謂原教旨主意者（Fundamentalists）。