在三權分立的民主社會裡，立法委員代表人民監督、制衡行政部門，理當享有刪減其預算的權力。在這個大前提下，總統府轄下的中央研究院和教育部轄下的國立大學，就預算而言，自然也是立法委員有權刪減的對象。不過，立法委員出於什麼理由可刪減中央研究院和國立大學的預算，由於涉及「學術自由」這項重要的政治價值，並非毫無限制，而是須謹守某些規範。
許多民眾和立委可能對此不察，因而一旦發現中研院和大學的教授發表或倡議令他們難以苟同的觀點時，他們認為自己（只要不動用公權力去逮捕、審判這些學者，因此就沒有侵犯他們的言論自由）當然可以正當地透過刪減其總預算，或者其轄下特定單位的預算來制止。這個素樸但錯誤的想法，如果繼續深植人心，台灣的自由民主將難以生根。
國民黨立委蔡正元最近的發言似乎就犯了這個錯誤。蔡委員日昨在質詢中央研究院翁啟惠院長時，公開宣示要刪減中央研究院法律研究所的預算，而他之所以認為自己可以這麼做的理由，似乎有二：一是該所的黃國昌副研究員積極介入公共事務的討論，建議NCC否決旺中寬頻購併中嘉案；二是該所的整體學術表現成果並不特別突出。必須指出的是，蔡委員若只有這兩項理由可作為依據，那麼，屆時他即使說服多數委員，同意他刪減中央研究院法律所的預算，這樣的作為恐怕就有「侵犯學術自由」之嫌了。
對許多人而言，黃國昌先生積極介入公共事務，是恪盡了知識份子的天職；中央研究院法律所的整體學術表現，就我所知，其實相當不錯。當然，對於兩項判斷，蔡委員也許都不認同。不過，那不是重點，關鍵是，就學術自由而言，即使蔡委員是對的，蔡委員也不可以訴諸這兩項理由去刪減中央研究院法律所的預算。
當然，我們必須承認，學術自由，固然應受國家高度尊重，但也絕對沒有蘊含說，立法院不得刪減中央研究院和國立大學的預算。一般而言，立法院可基於這些機構的社會功能和效益及國家財政狀況之考慮，去刪減中央研究院和國立大學的總預算。不過，這並不表示，立法院也可以刪減中央研究院轄下的研究單位、或國立大學內部的教學單位之預算。
就學術自由這項價值而言，立法院也許有權力去決定中央研究院和大學的總經費額度，總統府和行政院也許還有權力去決定這些機關的組織編制，但無論如何都沒有權力去干涉這些學術機關如何（依據其學術判斷）配置經費給其內部的學術單位，更沒有權力去決定內部學術單位的研究方向、研究計劃的規劃和執行等事宜。這是學術自由的一個重要面向，也是最常被一般民眾所忽略的面向：大家以為只要是拿納稅人的錢設立的機關，立法院當然就可以管。
大家也許會問，為什麼學術自由那麼重要？就自由主義的立場而言，如果學術自由不保，那麼，學術工作者的言論自由也將受到不當的限制：因為在針對公共事務公開發言時，他們至少就得擔心自己任職的單位預算是否會受到刪減、研究教學工作的規劃和執行是否會受阻，因此不能暢所欲言。不過，即使我們不是自由主義者，我們也有很強的理由要求政府尊重學術自由，因為人類過去的經驗顯示，只有在學術自由受到充分尊重的環境下，學術機關才能最有效地完成社會賦予他們的任務和功能：發現真理、增進全體人民的福祉。