《蚵仔夜行軍》由兩條主線交織，從虛構的蚵仔群體開始，〈靈魂之歌〉唱出了這齣戲的命題：古早充滿礁藻可供飽食的大海，在人類以及火龍（吐菸的工廠）這樣的「歹物仔」來了以後，蚵仔的靈魂與生命之繁衍不再。蚵架上一串串的蚵身究竟是華美的集合住宅還是死亡的墳場？透過布的使用、身體的流動，營造海浪、蚵殼，搭配浪濤聲與螢藍燈光創造出海底的色調與氛圍，演員擬人成蚵群，充滿疑惑的小蚵無意間看到傳說中的萬物之神「HOJA」（其實也就是豢養蚵群、在吃蚵會發出「厚甲（台語）」的人類）吃掉同伴，進而從族群自我建構（或被建構）的世界觀中清醒，離開舒適的家園與畸形變異的野生蚵、蚵群與老蚵仔仙相互辯駁，展開探問自我族群生命的旅程。
另一條線則是現實中三缺一劇團的團員去田野調查所蒐集而來的生命故事或片段，透過阿明伯為中心，旁及其周圍的人物勾勒出漁村的景觀與生活，酗酒者有之、勤奮工作者有之，養蚵串蚵的漁村維持著日常，直到石化工廠來了後村人紛紛罹癌死去，逐漸找不到缺口。這部分呈現中，演員經常跳脫出角色，說明自己與飾演角色的關係，「身為江寶琳的我第一次來到漁村時不能理解也不太會說的海口腔」、「身為導演的我第一次見到阿明伯對寵物狗妞妞的愛與樂天知命（魏雋展在戲中如此自介）」，這樣突然跳脫所造成的毋寧是布萊希特的疏離效果。在此觀眾不得不感到警醒，這些演員既在演譯故事，也是田調者，而眾多罹癌死去的人，一天拚了命地串四百串蚵仔賺取七百二十塊錢的人，也提醒著我們，這是一個個真實的人，真實的人生。
而後，兩條線隨著故事的進程與鋪疊交叉速度變快，以小蚵和畸形蚵所組成的蚵仔夜行軍決定竄進水管，突擊吐著菸的火龍，蚵仔夜行軍作為一種對現實（石化工廠）的抵抗，作為觀眾的我明明知道這些蚵仔是不可為而為之，預視了蚵之死一如罹癌村人之死，卻在演員用刻意放慢的身體展現出在水流中被沖刷翻湧某些時刻，強烈企盼這些蚵能成功，盼望著那裏或許會有某個裂開的罅隙，就這樣直搗進人類權力慾望的核心。
從駁二小劇場出來的時候，有種胸口剛被填滿卻嘩地一聲，潮水退去，戲是戲，現實是現實的陌異感。畢竟蓬萊倉庫群外圍空間如此整飭平和，駁二鐵道草皮的藝術造景與燈光如此熠熠閃亮，貌似與抗爭、癌症、汙染、死亡全無干係。戲劇有沒有辦法撼動現實我似乎沒辦法那麼篤定，但實踐就是一種抵抗吧，不管成效為何，至少在真實與虛構所創造出的魔幻時空裡，如此有力。