臺大土木系研究所分為七個組：大地工程組、結構工程組、水利工程組、交通工程組、營建工程與管理組、電腦輔助工程組、測量及空間資訊組。各組皆招收博士生，也鼓勵跨領域學習，近年來，招生上新增「人工智慧在工程應用」領域。各領域簡介如下：
結構工程一直是土木工程最重要的領域之一，主要是研究土木建築結構物如房屋、橋梁、水壩、高塔等結構體之材料、分析與設計。自民國三十四年土木系創立，本系即有結構專長之教授從事結構工程相關領域之教學與研究。至於結構工程組之設置，則可溯至土木工程研究所之分組招生開始。自始迄今，結構工程組研究生的招生人數逐漸增加，目前碩士班一年的招生人數，包括甄試與入學考試，已超過四十五人，而博士班每年平均亦有五名以上的畢業生，近年來更致力推動國際化，因此目前本組有一些外籍碩、博士研究生，且逐年遞增。至於專任師資亦年有遞增，目前已達到十四人，其專長涵蓋了結構工程與材料相關的各個領域。
本組創立於民國四十九年，為土木系初期所設的四個主要學術領域之一（結構工程、工程力學、水利工程與衛生工程 ），並承教育部於民國六十一年正式核定本學術分組。