天下雜誌引用本校高等教育研究所副教授侯永琪，分別在2005、2006年完成的「我國大學工程、商學學門聲譽排名之研究」報告，公布全國3個工程、4個商學學門研究所之學術排名表現，本校土木工程所、水資源及環境工程所、建築所、產業經濟所、會計所、財務金融所、保險系暨保險經營研究所及國際貿易所等8所榜上有名，表現優異；其中土木所、水環所及產經所各居所屬學門中的私校第一，而建築所更領先眾多公私立校，穩居全國第3，成績亮眼。
另外，天下雜誌針對全國研究所，分成電機資訊、工程、自然科學、醫藥衛生、社會科學（含教育）、商管、人文藝術等7大類，參考2004至2007年研究所錄取率、報考人數、備取人數進行調查，列出具特色的研究所排名，本校土木工程研究所結構組、化學研究所甲組、教育心理與諮商研究所、傳播研究所、財務金融研究所財務金融組、資訊管理研究所A組、英文研究所英美文學組等7研究所名列其中。而土木工程所結構組、化研所甲組、教心所、英研所英美文學組則分別為所屬類別中唯一的私立大學。
其中教心所以培養專業聞名，成立至今招生狀況良好，考取「心理諮商師」專業證照也成為就業保障；傳播所以媒體與語言研究、行銷傳播及全球傳播3領域為主要特色；財金所為國內歷史最悠久的財金研究之一，強調在職專班學生和一般學生在論文寫作上交流互惠，以利學生實務經驗開拓；資管所特別重論文之發表與資訊相關系統之實作；英研所則以電影及生態文學為主軸；化研所以材料化學及生物化學為研究主軸，生物化學則以藥物化學、血型轉移研究為主，是近年來受重視的研究領域。