甲、民事事件部分：
一、不當行使智慧財產權權利所生損害賠償爭議事件。
智慧財產法院管轄之民事訴訟事件，依智慧財產法院組織法第三條第三款規定，採列舉方式，以該條文所示之法律為限；而各該法律規定是以智慧財產權構成要件、效力與保護等為出發點，智慧財產權人根據各該法律規定之效果，得以之為訴訟標的，向智慧財產法院起訴，如當事人非以上開規定所屬法律起訴請求時，即不屬於智慧財產法院組織法所規定之民事事件。
又雖為上開規定所示之法律，惟當事人依據該法律起訴請求之內容，非關於智慧財產權之爭議，而係不當行使或濫用智慧財產權，應歸何法院管轄？即有爭議。例如：專利法第一百零五條第一項「新型專利權人之專利權遭撤銷時，就其於撤銷前，對他人因行使新型專利權所致損害，應負賠償之責。」規定，即反向以新型專利權人經撤銷後，因先前不當行使專利權，而規定應負損害賠償責任。本條雖規定於智慧財產法院組織法第三條第一款規定所示之專利法中，惟與智慧財產法院組織法第三條第一款以智慧財產權之構成要件、效力與保護等為內容之立法意旨，並不相符。
專利法第一百零五條第一項規定，雖不符智慧財產法院組織法第三條第一款規定之立法意旨，惟其揭櫫智慧財產權利人不得有不當行使、濫用其權利之原則。其他法律固未如專利法設此規定，但濫用智慧財產權權利，致他人受損害，受害人亦得基於民事法律請求損害賠償。因之，此類濫用智慧財產權訴訟，雖不歸列於智慧財產法院組織法第三條第一款之管轄規定，然與智慧財產權之構成與效力等規定息息相關，應屬於智慧財產法院組織法以保障智慧財產權正當行使之立法意旨範圍內，為此依同法第三條第四款規定，特指定此類事件得由智慧財產法院管轄。
二、當事人以一訴主張單一或數項訴訟標的，其中主要部分涉及智慧財產權者，如係基於同一原因事實而不宜割裂，均為智慧財產權訴訟。
民事訴訟採處分權主義、辯論主義，當事人就其請求民事法院裁判事項，任由當事人選擇主張，是以當事人得採取對其最有利之方式起訴，例如採取合併之訴、預備之訴或選擇之訴，均無不可。
涉及智慧財產權民事事件，因當事人得自由採取其最有利之主張，得選擇以之為訴訟標的而與其他訴訟標的合併或選擇，亦得將智慧財產權作為攻擊防禦方法，如屬後者，例如：智慧財產權為繼承標的，某一繼承人僭越繼承該標的，他繼承人依民法第一千一百四十六條規定請求回復；又如公司間合併契約，消滅公司之智慧財產權僅為合併之資產，但因其對合併契約訂立瑕疵而提起民事訴訟，上開二例，均涉及智慧財產權，但主要爭議為原告主張之繼承回復請求權是否符合法律規定，合併契約之訂立有無瑕疵，智慧財產權僅為雙方爭執之財產，非請求法院裁判之標的，為各當事人間攻擊防禦事項，自不屬於智慧財產法院組織法第三條第一款所定之管轄事件，非由智慧財產法院管轄。
惟當事人以智慧財產權實體法規定之請求權與民事法律合併起訴，則應否由智慧財產法院管轄，不無疑義。如主張訴訟標的僅些微涉及智慧財產權實體法規，遂要求智慧財產法院審理，則智慧財產法院案件量擴增，有違設立該法院以迅捷處理智慧財產權紛爭之初衷，並非妥適。
因之，限定以當事人請求之訴訟標的，其主要部分以關係到智慧財產權之爭議為限，亦即其請求法院裁判事項之核心，屬於智慧財產法院組織法第三條第一款所示各該實體法律所定構成要件與法律效果之爭執，為各該法律所欲維護之權利者，始適宜由智慧財產法院管轄。如以民事法規所定之請求權為標的，如契約、不當得利或侵權行為等，而智慧財產權之實體法僅為附帶請求或攻擊防禦事項，該事件即應歸屬普通法院管轄。至當事人起訴主張數項標的，其主要部分請求是否屬於智慧財產權訴訟爭議，宜由審理之法院判斷，為因應此類訴訟型態發生，爰依智慧財產法院組織法第三條第四款規定指定智慧財產法院管轄。
乙、行政訴訟事件部分：
一、不當行使智慧財產權妨礙公平競爭所生行政訴訟事件。
公平交易法關於智慧財產權之爭議事件，指公平交易法第二十條不當仿襲智慧財產權標的之不公平競爭事件。此類行政訴訟事件，依智慧財產法院組織法第三條第三款規定，歸屬於智慧財產法院管轄。
同法第24條規定「除本法另有規定者外，事業亦不得為其他足以影響交易秩序之欺罔或顯失公平之行為。」，係指濫用市場地位之不公平競爭事件，本條屬概括規定，所規範之不公平競爭行為，非全部涵括於智慧財產權爭議事件，如非涉及智慧財產權爭議，即與智慧財產法院組織法第三條第三款所定「公平交易法中涉及智慧財產權之行政訴訟事件」無關。是故就濫用智慧財產權而妨礙公平競爭者，依智慧財產法院組織法第三條第四款規定，特為指定由智慧財產法院管轄。
智慧財產行政爭議事件，依智慧財產法院組織法第三條第三款規定，限於該條所定之智慧財產權實體法律，故智慧財產案件審理細則第四條第五款規定「對於海關直接依據智慧財產法令查扣侵害智慧財產權標的物之行政處分，所提起之行政訴訟事件。」，限定須直接依據智慧財產法令。例如：著作權法第九十條之一著作權人申請海關先予查扣規定、商標法第六十五條商標權人對輸入物品申請海關先予查扣規定，依此，經濟部與財政部會銜發布「海關查扣著作權或製版權侵害物實施辦法」、「海關查扣侵害商標物品實施辦法」行政命令；專利法雖未如著作權法、商標法設有海關先予查扣之規定，惟財政部關稅總局另發布「海關配合執行專利商標及權益保護措施作業要點」，其中第三項規定，則限定專利權人須於取得法院暫停進出口假處分裁定對相關產品得申請海關辦理。
惟實際上，財政部關稅總局所屬海關執行智慧財產權保護邊境措施，主要係依據海關緝私條例第十七條第一項規定，即對違反該條例進出口之貨品得予扣押。違反該條例進出口貨品，依同條例第三十九條之一規定「報運之進出口貨物有非屬真品平行輸入之侵害專利權、商標權或著作權者，處貨價一倍至三倍之罰鍰，並沒入其貨物。但其他法令有特別規定者，從其規定。」，海關得對侵害智慧財產權之貨品，處貨價一倍至三倍罰鍰。因之，海關查扣侵害智慧財產權之進出口貨品，亦適用海關緝私條例第三十九條之一規定情形，而產生法規適用競合情形。
以上所適用著作權法、商標法均屬於智慧財產法院組織法第三條第三款所定之法律，惟海關緝私條例第三十九條之一則為上開規定以外之法律，而依上述第三十九條之一所為罰鍰行政處分，復涉及智慧財產權爭議，宜由智慧財產法院管轄。爰依智慧財產法院組織法第三條第四款指定之。