有關報載臺南市自106年7月實施「醫殯分流」以來，因醫院不能附設殮、殯、奠、祭設施，多數遺體選擇進入殯儀館治喪，致殯儀館停車、冰櫃、靈堂及火化等空間不足，臺南市殯葬管理所表示，為因應「醫殯分流」政策，所轄各專區早於102年殯葬管理條例修訂通過「醫殯分流」落日條款時即就冷凍櫃及靈堂等設施進行量能評估因應，並無不敷使用之虞。自106年7月起，由臺南市各醫院合約廠商接運進館遺體數分別為7月23位、8月22位、9月24位、10月17位、11月26位、12月38位；107年1月21位、2月15位、3月39位，每月進館增加數量比預期低，殯管所冷凍櫃及靈堂未因此而受影響。
至於停車不足問題，以南區殯儀館為例，館內停車格汽車有281格位、機車249格位，為提供弔喪賓客臨時湧入停車，殯館所租賃明德門對面國民路旁空地，闢建臨時停車場，現已設置58格汽車位，今年更預計增設80格汽車位；另中華南路一段186巷尾大林里空地，亦已於102年及105年闢建新停車場，共劃設193格停車格位，每逢殯葬吉日，殯管所交管人力即協助導引汽車至前述停車場，已有效紓解館內交通。
臺南市殯葬管理所為因應醫殯分流，自103年起至109年止，逐年編列預算進行遺體冷凍櫃汰舊換新工程，共分7期（年）編列經費計達2,900萬元，預計於109年全面汰換完畢，完成後冷凍櫃總數將達293屜，分別為南區殯儀館141屜，新營殯葬專區86屜，柳營殯葬專區39屜，鹽水殯葬專區27屜，冷凍櫃數量充足，完全沒有不敷使用或是輪流冰存之情形。
此外，南區殯儀館現有靈堂（即停柩空間）計104間（永安堂46間，和平堂58間），因臺南素有入殮打桶停柩守靈之習俗，每逢農曆過年或農曆七月因習俗不出殯火化，致停柩空間不足，南區殯儀館則以平日使用率較低之景行廳、光德廳及崇德廳停租改作為停柩空間因應，常年以來運作正常，鮮少出現停柩空間不足情形。為改善靈堂守靈環境，殯管所刻正規劃執行永安堂隔間裝修並裝設冷氣工程，完工後可有效大幅改善停柩空間環境及悶熱問題，進而藉空調推動室內減香政策，祭拜後將香枝插於室外公爐，以維護室內空氣品質，提供優質治喪環境。
又臺南市殯葬管理所現有火化爐具共20座，南區殯儀館10座，新營福園及柳營祿園火化場各5座，各專區為維護火化爐具使用年限，以每具遺體平均火化時間2小時，每日火化工作時間8小時，訂有火化上限，惟分析各專區年度火化量，均低於每日火化上限，造成火化量達上限之原因係因民間習俗，火化日過度集中於殯葬吉日所致，因此為便於人力及設備調度，使用火化場設施須提前一天於殯儀館服務中心提出申請，並非直接前往火化場即可火化，故無當日前往已超過上限不能火化的問題，如當日未達上限，也將因未提前申請而無法火化。此外，在醫殯分流實施前，即使在醫院辦理殮殯奠祭，火化仍須到火化場，無法於醫院火化，是以火化量達上限與醫殯分流實施無關。殯管所為降低遺體冰存及分散火化時間，推出三日內火化優惠政策，凡三日內提前火化者不受每日火化數限制且火化規費半價優惠。
目前民政局正進行中台南殯葬專區興辦事業計畫暨環境影響評估辦理委託規劃設計，殯管所亦正進行南區南山公墓新殯葬專區墳墓起掘遷葬查估作業及新營福園殯葬專區整體規劃設計案，俟未來各殯葬專區建置完成，將可提供更充足現代化之殯葬環境，臺南市殯葬業務將邁入新紀元。