在回歸前，政府船塢的主要客戶還是港務局、水警稽查隊和澳門旅遊娛樂公司，而民航局也曾要求船塢建造「蓮花號」（“Flor de Lótus”）消防救援船。除了造船和維船，船塢也為政府車隊提供維修和保養服務。直到1993年，政府船塢共建造了74艘船隻，當中大多數都是為港務局和水警稽查隊建造。由於空間不足的問題，船塢一直未能得到更好的發展，技術、設備和工作人員仍然處於落後的水平，回歸前的廠主施華（Fernando David e Silva）更稱之為「失去的機會」。
回歸後，政府船塢為澳門旅遊娛樂公司建造「奧能度號」，並於2001年下水，當天更有舞獅助興。「奧能度號」緩緩地從斜體船塢推入水中，它相信是最後一艘由媽閣政府船塢建造的船隻。其後，政府在媽閣廟和政府船塢前填海建造西灣湖景大馬路（Avenida Panorâmica do Lago Sai Van），以連接西灣大橋。政府船塢在2003年遷到位於筷子基船澳街（Rua da Doca Seca）的船舶建造廠，標誌著船塢近百年造船事業的結束，並於2005年再次併入港務局的管轄。
位於筷子基船澳街的船舶製造廠，船排以金屬建成，空間甚廣，可供較大的船隻內塢維修。
跟媽閣船塢相比，船舶製造廠的設備較為現代化，設有造船、機械、木器、電器和車輪等生產和維修工場，而斜體船塢的規模大大幅升，並具有一台抱船車和兩台碼頭吊臂，令船塢能方便地維修較大型的船隻。毫無疑問，船舶建造廠不論在規模、設備和技術上都是澳門造船業中最先進的。至於作為最古老的船廠遺址的媽閣船塢，在港口的發展上用重要的支援。時至今天，港務局和海關的船隊中還有不少船隻是由媽閣船塢製造，包括港口疏浚、清理、運輸和巡邏稽查的工作，可見船塢在港口發展上是功不可沒。
澳門三面環海，居民依賴大海為生，漁民乘著漁船在海上捕魚，商人駛著商船到別地貿易，政府船舶維持港口的繁榮。船隻曾經是居民最重要工具，也造就了澳門造船業一個多世紀的繁榮發展。傳統中式船廠雖然設備相當簡陋、規模不大，但憑藉造船師傅的技術和經驗，以及行業之間的信賴，使造船業成為本地第四大傳統工業。另一方面，政府船塢是本地最具規模、最先進和最古老的現代船廠。即使船塢在營運上困難重重，但依然無阻它光榮地服務澳門的港口。
造船業曾推動澳門的發展，今天卻成為發展下的犧牲品。
可惜，世上沒有永恆的光輝，澳門造船業也難逃消失的命運。它曾經推動名為「發展」的巨輪，今天卻已經成為巨輪下的犧牲品。有關造船業的記憶，只能透過苟延殘喘的遺址來感動和接觸。然而，記憶也像這些殘破的船廠遺址一樣脆弱，在自然和社會發展的摧殘下，這段澳門百年歷史重要的一章，漸漸消失在眼前和腦海中。近日，澳門政府打算活化路環荔枝碗的造船廠。到底這是拯救造船業的機會，還是消失的腳步，只能留待時間的證明……
港務局（2005年）。《澳門港》。澳門：澳門港務局。