對於日前民眾抗議受災畜禽掩埋場的新聞，防檢局特別說明，受災畜禽係以化製、焚化製作堆肥或掩埋等方式處理為原則，且皆在環保單位的協助以及徹底消毒下進行，環境和居民均可安全無虞，因此，對於部分縣市排除萬難，緊急安排受害畜禽掩埋作法，防檢局並表示支持與肯定之意。該局另針對包括國軍、養豬、養雞產業團體及各縣市政府共同進行受災死亡畜禽之清理消毒工作，再次表示謝意外，並強調若災區積水消退，清運消毒工作預計15日即可完成。
防檢局指出，該局已掌握國內7家化製廠及5家堆肥廠的每日處理量狀況，並隨時更新資料提供各縣市政府作為清運時之調度使用，無法採用上述方式處理的畜禽屍體，才會以掩埋方式處理。防檢局說，無論採取何種方式均係在環保機關協助及徹底消毒下進行，對於環境和附近居民不會造成任何傷害。
防檢局另表示，為使清除及消毒工作能夠順利進行，該局截至今日已累計申請動員國軍達2千餘人，加上各畜牧團體協助、畜主配合雇工，以及各縣市動物防疫機關積極協調及環保局等單位的極力配合，斃死畜禽清運消毒工作進行尚稱順利，對於各相關機關及團體的協助及支援，防檢局特別再次表達感謝之意。
防檢局說，目前該局已協調各未受災縣市的動物防疫機關，立即調派新型消毒防疫車，支援各受災較嚴重的縣進行消毒工作，以即時加強防疫。防檢局進一步指出，在各方的努力之下，已知的965戶受災養畜禽戶，已完成777戶的清理，災情較輕的縣市，諸如台中、彰化、南投、宜蘭、花蓮、台東縣及台南市等7縣市均已完成清運消毒，災情較嚴重的縣中雲林縣及高雄縣亦已完成，至屏東、台南及嘉義等縣，若積水消退，至遲15日完成。
防檢局最後表示，颱風災害之後消毒工作尤須落實，才能有效清除病原達成防疫目的，因此呼籲所有受災畜牧場配合各縣市動物防疫機關指導進行場區消毒，儘速加強自衛防疫措施，以避免因發生疫病而再次遭受損失。