1929年，麥金多成為實驗站的主任。期間他出海三次，每次為期半年，到了福克蘭群島的海域就折回。麥金多住宿評價是幽默的人，他寫道：「海洋生物學家在陸地太久，就想出海；在海上太久，就想上岸。我在船上要安排節目，大家每天輪流泡咖啡、輪流講故事，分享自己帶來的食物等。我盡可能不用制度管理，雖然看似鬆散，可是這樣每個人才有自己研究、思考的空間。如果觀察沒有什麼成果，我們就輪流講笑話。如果笑話不好笑，我們畫鯨魚漫畫，因此每個人都有一本鯨魚畫冊。」他對福克蘭群島的海域愈來愈了解。
同年，他忍不住關掉電報，完全用目測判斷，朝著南極十字星的方向，在夜間駕船住宿進入南極海域，展開近代海洋生物保育與環境保護，非常著名的藍鯨研究之旅。