傳自唐朝初年的陳元光，直接從河南地區播遷過來的“開漳聖王”派；和出身南北朝時期陳朝的皇室，來自長江流域江蘇地區的“南朝”派；可以說是構成今天臺灣陳姓家族的兩大支柱。除了這兩根大支柱，臺灣的陳姓家族，在“潁川”的共同家族標幟下，還由於大陸祖籍及傳世之祖的不同，分支爲好幾十個支派。不過，必須加以注意的是，臺灣陳氏的支派儘管多得令人眼花撩亂，他們所奉的始祖或有不同，祖籍及來台的先後也可能有異，但是，真所謂“萬流歸宗”，只要他們世代相傳的郡望是“潁川”，實際上便是血緣相同的一家人。
根據歷來的調查，臺灣的陳氏家族，除了“開漳聖王”派和“南朝”派及南院太傅派三大派系之外，尚有其他二、三十個支派，包括漳湖派、漳南派、銀同碧湖派、蕉嶺縣派、江州派、同嘉禾派，南岐派、霞簝派、西源派、登瀛派、尤俊派、高美派、珍山派、陳朝派、浙江嵊縣派、浯陽派、饒平分派、上宅派、西亭派、七郎公派、下坑分派、鑾井派、赤湖派、霞宅派、永華公派……等等。以下，即以南院派爲例，說明他們當年自大陸分衍來台，以及來台後的發展情形。
陳氏南院派所奉的始祖，是唐玄宗開元年間入閩的陝西長安（當時爲萬年）人陳忠、陳邕父子，由於陳邕曾經做到太子太傅的高官，所以此派也稱爲“太傅”派。陳忠、陳邕父子入閩後，先蔔居於興化的楓亭井上，再遷入漳州南驛的南廟山定居，陳邕後來並在落籍之地建立一座祠堂，祠名“南院”，這是其後世子孫以“南院”名派的緣由“南院”派以陳忠爲一世祖，傳到元順帝初年的第二十二世陳福山時，遷到福建安溪的八都三圖五甲肇居，號稱“南岐”。因此，現在臺灣的“南岐”派陳氏家族，實際上便是“南院”派的一個支派，源流完全相同。
此外，分衍自“南院”派的陳氏支系，還有“木棉”派、“鶴林”派和“馬嶺”派，分別傳自他們第二十五世的陳暨成、陳天成、和陳既昂。 他們的自漳州渡海來台，是清代康熙年間的事，當時，共有兩位三十五世的後裔來台開基：陳炎開基彰化，陳高開基台南鹽水。
其後，其子孫分衍至臺灣各地的情形，大體是這樣的： --三十六世的陳佛肋、陳必娛，移住淡水廳芝蘭保社仔三角埔莊；陳龍、陳豹、陳象等人則留居台南鹽水。 --三十八世的陳大、陳體、和陳建，均移住嘉義虎尾溪底的大城厝、大突二臨莊；陳媽意，則由於當時的漳泉械鬥，避居現在的南投縣竹山鎮（舊名水沙連林圯埔街）。換句話說，臺灣的台南、彰化、南投，以及臺北等地，過去都曾有“南院”派的陳姓後裔自大陸前來開基，現在，當然也會有他們的子孫，正在這些地方不斷繁衍，就如本派為例，先有校尉公自河南固始入閩居永春小岵南山，再有天舉公遷入安溪蒼美，後有卜商公舉家遷台奠基台北六張犁，繁衍至今已有一百三十餘年，派下子孫也有近兩萬人。
“南院”派的一世祖陳忠，在整個陳氏家族的世系中，是上古聖君虞舜的第一百零二世孫，跟“開漳聖王”陳元光是堂兄弟（其父陳敬，與陳元光之父陳政爲親兄弟），則陳氏“南院”派與“開漳聖王”派之間的密切血緣關係，實在不言可喻。臺灣陳氏家族的萬流歸宗，“南院”派可以如此追溯根源，其他的支派，也無一不可如此追溯。
中華民族的源遠流長，這無疑又是一個最具體的例證。“浙江嵊縣”派下的臺灣陳姓子孫，情形較爲特殊，因爲，他們的開基始祖，當初是從長江流域的浙江來的，而不是從閩、粵來的。誠所謂“殊途同歸”，陳氏這一支派分衍到臺灣來的經過，也正說明了中華民族在血緣上“水同源，木同本”的特質－－根據他們祖傳族譜的記載，浙江嵊縣的陳氏，是於明清之際從福建汀州府的永定虞坑遷徙過去的！關於浙江嵊縣陳氏家族的源自福建永定，有一項清代道光年間由陳培良所撰寫的“陳氏源流記略”，可資證明－－“結比鄰於天涯，存知己于海內，古人相求相應，不勝風瀟雨晦之思，鈏同此本宗，同此支派耶。良籍閩汀永定虞坑，先世當宋元鼎革間，與宗公兄弟十人，同宋文丞相信國公扈帝駕奔越，因各分散，或居平和同安，或居漳平永福，或居龍岩上坪、上嶼，或居本裏湖雷凹下。
惟與宗公於元大德年間，卜居虞溪，遂爲虞溪之鼻祖焉。厥後列膠庠……代有偉人，未暇殫述。第自興宗公十傳至萬粟公，創建義莊學舍，有範文正公風，生子六，長賦衷、次懿衷、三素衷、四幼衷、五葵衷、六芹衷。懿衷公四世孫殿元公，即良會祖父也，偕其胞兄慶元、久昌、暨從祖兄鳳秀公等，愛浙紹山水，遷居越之東關，既而殿元公助世，幼子秀招公，悉以遺業讓兄，徙居剡城，而鳳秀公又即自東關徙居海寧，因海寧先有聚族者，蓋賦衷、素衷二公派下昆仲也。
後二十餘年，芹衷公四世孫名佑祿老，亦自閩南徙居海寧，旋即教其弟順祿公；亦出居海甯同業計然，順祿公歿，其子廷懋公于良爲叔祖，又自海寧徙居剡之南關外……。 殊途同歸，萬流節宗，目前臺灣島上最爲聲勢浩大的陳姓家族，便是這樣組合而成的。