以銀河中心為目標的移民船隊「MACROSS FLONTIER」，迎來了前來舉辦演唱會的鄰艦「MACROSS GALAXY」出身的偶像歌手謝莉爾·諾姆。謝莉爾的歌曲在整個銀河網絡裡排名極高，作為頂尖偶像的她擁有著眾多崇拜者，少女蘭卡·李便是其中之一。蘭卡是一名非常普通的高中生，在一家中國餐館打著零工。她唯一的親人便是大她很多的兄長奧茲馬。奧茲馬是特種部隊SMS中領導valkyrie部隊精銳機師，替妹妹著想的他，總是對戰鬥中遇到的種種險境隻字不提。那一天，蘭卡打算去FLONTIER觀看謝莉爾的演唱會，在匆匆忙忙趕往會場的途中她遇到了機師學員早乙女アルト（暫譯：早乙女有斗）。就在這時，突如其來的未知敵群對FLONTIER發動了襲擊。敵軍擁有比VF部隊更勝一籌的軍力，導致新統合軍節節敗退，市民居住區被侵佔。為收拾殘局，奧茲馬率領著SMS的VF-25隊出動了。這些不明宇宙生物的目的究竟是什麼？人類能對抗這次的危機嗎？