從1930年代開始，美國與日本的關係逐漸惡化。而也早於1932年開始，美國的聯邦政府就已開始監視日美人社區。為了防範日美人暗中幫助日本帝國，海軍情報單位（ONI, Office of Naval Intelligence）也於1934年就開始調查日美人社區，但查不出什麼證據。當中日戰爭爆發後（1937），那時尚是陸軍上校的巴頓（George S. Patton, 1885-1945）與羅斯福總統就都有將日美人關進集中營的想法。1939年歐戰爆發後，美日戰爭似乎已成不可避免。聯邦政府於是開始加緊對日美人社區的監控與調查。但ONI與FBI都沒發現有什麼不法的事證，也覺得日美人是忠於美國政府的。1940年7月2日，羅斯福簽署了出口控制法案（Export Control Act），禁止石油與廢鐵的輸日。戰前的日本由美國進口80% 的石油，由東南亞進口20% 的石油。而早於1941年，聯邦政府也將約兩千名日美人社區的領導人，如學校教師，社區領導人，教會，教士，僧侶及媒體負責人劃分為ABC三級，依”危險度”來分類。1941年7月26日，美國凍結了日本在美國的一切財產。1941年秋天，羅斯福派遣國務院的特別調查代表孟森（Curtis B. Munson）到西岸與夏威夷調查日美人社區的忠誠度。孟森於10月及11月初做調查而於11月初向羅斯福總統提出報告。孟森與ONI及FBI的報告一致，指出日美人一般是忠誠的，不會有武裝起義的問題，沒有什麼日美人問題。
1941年12月7日，珍珠港事變爆發後， FBI於兩天內依年初設定的ABC名單，於夏威夷與加州共逮補了1291名日美人，也凍結了在日本出生的日美人的財產，也對日美人實施宵禁。12月8日美國向日宣戰後，美國的民意尚未針對日美人。但珍珠港事變後的第8天， 12月15日，海軍總長諾克斯（Frank Knox）指稱日美人在夏威夷的破壞是日本偷襲珍珠港成功的原因。雖說沒有證據，但謠言開始迅速地散步。再加以在長期就排擠亞洲人的西岸媒體及利益團體的鼓譟下，1942年1月，美國民意開始指向日美人社區。1942年2月19日，羅斯福總統在FBI的署長胡佛（J. Edgar Hoover）及司法部長比德（Attorney General Francis Biddle）的反對下，簽署了行政命令9066號（Executive Order 9066）。胡佛反對的理由是，依據FBI的調查，日美人沒有不忠誠或會從事破壞的問題。司法部長比德反對的理由是，這個行政命令會構成違憲的問題。
行政命令9066號並沒有明言提及日美人。只給各地區的軍事指揮官去設定軍事地區以排除一些人員的進出（to prescribe military areas in such places and of such extent as he or the appropriate Military /Commander may determine, from which any or all persons may be excluded）。雖然沒有言明日美人，但羅斯福總統的箭頭指向是很明顯的。而他對日後日美人被關進集中營一事也沒吭聲。當時的司法體系也很「合作」，而國會也不質詢。在行政、立法、司法、與軍方的合作無間下，行政命令9066號也成為近代美國歷史上最嚴重的違反人權的案例，而成為羅斯福總統的一大污點。羅斯福固然是行政命令的簽署人，有史家指出他身邊的兩個人對將日美人關進集中營一事有相當大的影響。一個是戰事部長史汀生（Henry L. Stimson），一個是西部國防司令（Western Defense Command）的指揮官約翰‧·迪威特（John L. DeWitt）。兩人都是有名的仇視日美人的種族主義者。
針對住在美國西岸的日本人，迪威特發佈了一百多個軍事命令。在他的指令下，由於「軍事需要」，在五個月的作業內將十二萬名日美人（其中三分之二是公民）關進集中營。原本是暫留在分布於亞利桑那州、加州、奧勒岡州、與華盛頓州的十五個拘留中心。（在南加州的跑馬場Santa Anita Race Track 就拘留了一萬八千人）。聯邦政府最後在亞利桑那州、阿爾肯色州、科羅拉多州、愛達荷州、猶他州、與懷俄明州建立了十個巨大的集中營。不只監禁住在美國西部的日美人，美國政府也引渡了在加拿大及中南美洲西岸（主要是秘魯與巴拿馬）的拉丁日本人，將他們關在美國的集中營裡。這些中南美洲來的日本人於戰後被以非法移民的身分遣返，但秘魯並不願意接納他們。其中有九百人被遣回日本，其餘的到1954年後才被準許成為美國公民。
雖說是因為軍事需要才監禁日美人，但當時發生珍珠港事變的夏威夷可沒有這個「軍事需要」。原因也很簡單，夏威夷當時的日本人人口（約十六萬），比在美國本土的日本人人口（約十三萬）要來得多。當時夏威夷三分之一的人口是日本人。要監禁日美人不但不符實際，也會造成夏威夷經濟的瓦解。不過夏威夷日美人的社區領導者是於珍珠港事變後的兩天內就被監禁了。也因此，當時的夏威夷國防司令沒有下達監禁日美人的命令。
當時也與盟軍作戰的德國與義大利，其人民在美國也沒遭到被監禁的厄運。雖說當時有一百一十萬名敵國來的人員（非公民，如沒入籍的歐洲人，或不能入籍的日本人），日本人只占其中不到4%。但被監禁的德國人與義大利人只有數千。相對之下，所有日本人（大部分是不能入籍的）及日美人則都被關進集中營裡。