台灣國內農產需求量有限，因此所生產的農產品需要透過外銷市場來穩定供需和售價，也成為歷來農業施政的重點之一。過去馬政府執政時期兩岸關係熱絡，在兩岸官方的積極推動下，中國很快超越日本成為台灣農產品外銷的首位，卻未設置風險管控機制，讓部分農產品如石斑魚、鳳梨釋迦、鳳梨等幾乎以中國為唯一市場。兩岸農產貿易熱絡除了比較利益原則外，多少還是有政治因素存在，虱目魚契作就是相當鮮明的案例。
如今兩岸關係趨冷，親綠人士即指出，中國佔台灣鳳梨出口量的9成以上，如果中國市場突然萎縮而又沒有其他替代出口市場，國內鳳梨價格將崩盤。為避免中國拿農產品作為政治籌碼，攪動國內政局，蔡政府上任後積極尋求中國以外的外銷市場，而日本再度成為蔡政府的首選目標，所持理由包括：「要分散市場，不要將雞蛋放在同一個籃子裡」、「日本屬較高端的消費族群售價較高」、「日本政府對台較為友善」、「日本消費者偏好台灣水果」等等。未來國內生產的主力水果如香蕉、鳳梨、鳳梨釋迦、芒果等也都是瞄準日本市場，其他地區如東南亞、南韓、歐盟等則屬次要市場，投入的人力及經費相去甚遠，讓外界不免憂心台灣政府努力從所謂的「中國陷阱」中爬出來，卻又一股腦的掉進「日本坑洞」（沒有市場過度集中憂慮？），似乎忘記了過去台灣商人在日本市場曾經吃過的苦頭。
以國人熟知的鰻魚為例，日本不僅養鰻也是全球最大的鰻魚消費國（全盛時期消費量高達16萬公噸，目前消費量降為6萬多公噸，占全球總消費量的70％以上）。唯因受到氣候、鰻魚苗不足等限制，當地生產的鰻魚數量有限，供不應求，氣候溫和的台灣遂成為日本鰻魚市場的主要供應者，全盛時期日本每消費兩尾鰻魚就有一尾來自台灣。而日本官方為保護當地養鰻業者，經常無預警的對台鰻進行藥物殘留檢驗（台灣養鰻使用的藥物主要來自日本），且日本商社對台灣養殖鰻魚的生產成本、每天鰻魚池邊價格等等均知之甚詳，讓台灣養鰻業者及出口商難有高的獲利空間。尤其當中國養殖鰻魚也同樣賣到日本市場時，更讓日本商人有運作空間，採購成鰻價格之低，曾讓中國養鰻業者大嘆不如不賣。事實上除了鰻魚，香蕉輸日也有同樣遭遇不另贅述。
上述例子提醒蔡政府，台日雖有歷史情感，但在商言商，日本當地農漁產品售價雖然高，但是相對的要求也很多，包括：檢驗檢疫、規格、品質、貨源穩定、食安、包裝、標示、特殊規定等等，並不容易搞定，何況台灣與日本在漁業、領海方面（如釣魚台、沖之鳥海域等）還是有所爭議，且台灣與日本並未簽訂台日自由貿易協定，在進口關稅上並未享有優惠（如台灣銷日香蕉進口關稅為20％，菲律賓輸日香蕉進口關稅只需2.7－8.5％）。想和東南亞、中美洲的水果競爭，台灣政府還是要審慎因應，畢竟進退之間關乎台灣農業未來，別自棄中國龐大市場，卻又搞不定日本市場，進退失據，那將會是台灣農業的大災難！