哈利波特、榮恩·衛斯理與妙麗·格蘭傑成了霍格華茲魔法與巫術學院的五年級生。巫師社會一直不去理會哈利與霍格華茲校長阿不思·鄧不利多，他們聲稱佛地魔已重獲新生，恢復他的能力了。巫師社會信任了魔法部長康尼留斯·夫子透過預言家日報宣傳哈利與鄧不利多是散布謊言的瘋子。夫子也指定了一位新的霍格華茲黑魔法防禦術老師－桃樂絲·恩不里居，恩不里居憑藉魔法部對霍格華茲制定的新政令，逐漸使政治介入校務。
恩不里居和魔法部一樣不肯承認佛地魔已經回來了。因此，當哈利堅持自己的思想時，恩不里居罰他留課抄寫，而用的毛筆竟然是會讓字切割進哈利手上的皮膚。恩不里居拒絕讓學生討論關於佛地魔回來的事情，而且她並沒有給學生充分的練習課程。因此，鄧不利多的軍隊成立了，一個違反恩不里居規矩的地下組織，以哈利為老師敎授其它27位同學黑魔法防禦術，以免遭到佛地魔的攻擊。
同時，哈利透過他的夢進入了佛地魔的思維。在一個夢裏，哈裏看到了榮恩的父親亞瑟在神秘部裏遭攻擊。哈利立刻通知鄧不利多。鄧不利多深信佛地魔和哈利的頭腦有不尋常的關聯。哈利因此開始從石內卜教授學習如何「關閉」自己的頭腦，為的就是防止萬一佛地魔知道了這個關聯，他不能利用它。學習如何關閉自己的頭腦並不是一件容易的事。學習過程中，哈利不小心潛入石內卜的頭腦，看到了他自己父親在霍格華茲學生時期時欺負石內卜的異象。石內卜很生氣地終止了這系列的課程。
哈利因無法關閉它的頭腦，看到了他義父天狼星·布萊克在神秘部裏被佛地魔折磨，並厲行展開拯救行動。這時卻被恩不里居攔阻，拉去她的辦公室。恩不里居叫石內卜準備吐真劑以便使哈利說出實話，然而石內卜並未照辦，只說她已用完他的存貨來審問學生，這包括了張秋。妙麗這時騙恩不里居進去禁忌森林。在那裏，恩不里居侮辱並弄傷一個人馬，結果被拐帶。海格的半弟弟巨人呱啦幫助哈利和妙麗逃走。哈利、榮恩、妙麗及鄧不利多的軍隊成員金妮·衛斯理、奈威·隆巴頓和露娜·羅古德飛往魔法部。在神秘部裏，哈利與他朋友發現了一個刻著哈利名字的水晶毬。當哈利把它拿起來時，他發現裏頭有著關於佛地魔與他的預言。突然，魯休思·馬份與其他食死人出現。魯休思解釋說天狼星·布萊克不在，佛地魔讓哈利看到異象是爲了要得到預言。因爲預言只能由內容裏提到的人才能得到。
食死人與哈利等朋友在魔法部裏開戰。當擺滿預言的架子開始倒塌時，哈利等朋友逃離到另一個房間。房中間擺著一個用布蓋住的拱道。食死人緊追不捨，抓到了哈利的朋友。魯休思威脅哈利把預言交出來否則他將殺死哈利的朋友。當魯休思祥逃跑時，天狼星·布萊克與其他鳳凰社成員到達現場。魯休思失手，讓水晶毬在地上摔破。哈利的朋友被釋放，而戰爭繼續。天狼星·布萊克拉哈利到一旁叫他和他的朋友離開，但哈利不肯而留下繼續戰鬥。不久後，天狼星·布萊克被他表妹貝拉·雷斯壯（食死人）的啊哇呾喀呾啦咒擊中。他向哈利微笑後跌入拱道消失。
哈利緊追貝拉到魔法部一樓，並用咒咒虐制服她。哈利頭腦出現一個聲音，慫恿他殺死貝拉。哈利發現這聲音屬於佛地魔，而他正站在哈利後面。哈利嘗試攻擊他但佛地魔解除了哈利的魔杖。此時，鄧不利多趕到，並與佛地魔發生戰鬥，在他們倆開斗時，讓貝拉逃跑掉。佛地魔入侵了哈利的心智，以誘使鄧不利多殺掉哈利。然而最後還是無法得逞。哈利對佛地魔宣告軟弱的人是他不是哈利，他是永遠不懂愛或知道友誼的意義，而哈利為他感到可悲。佛地魔逃跑前說哈利將因爲他內心裏充滿的愛而「失去一切」。
夫子與幾個正氣師在佛地魔快消影時抵達現場。魔法部之後才承認自己的謬誤，並開始為鄧不利多和哈利辯護。鄧不利多後來與哈利討論佛地魔迫切想得到的預言內容。預言説道「他們其中一個得死」。片尾哈利向榮恩、妙麗、金妮、奈威、露娜說他們能愛佛地魔不能的，並有他們值得爭取的東西。