9月初，政府終於開始為全港幼稚園逐步安排驗水。按教育局公布，至9月25日總共為全港144間幼稚園及2間於2005年後落成的中小學完成初步驗水程序，當中有兩間幼稚園驗出食水含鉛量超標。隨著驗水程序逐漸開展，食水含鉛危機亦揭發更多問題，當中包括有學校驗出熱水煲水樣本含鉛超標，有傳媒更報道有6間在2005年前落成的中小學於自行驗水時發現學校食水含鉛超標，超標水樣本分別來自熱水煲、飲水機、飯堂、洗手間等。
現時政府安排人員為學校進行驗水，當中抽取水樣本的程序一直有爭議。有同工反映，水務署人員在抽取水樣本時沒有指定的時間，而抽樣時會先開水2至5分鐘沖洗喉管。然而，翻查英美和歐盟等地的驗水準則，各地都指明在抽樣前不應放水，並應抽取停留在水管一段長時間的水作為樣本，與水務署的驗水準則有很大分別（詳見下表）。學校是學童主要的活動場所，由於大部分學童都是未成年及發育中的兒童，他們需要更嚴謹的保護。現時政府未有採用較為嚴謹的驗水程序為學校驗水，難釋教職員及家長疑慮。
政府於9月初承諾的措施包括：為全港幼稚園及在2005年後落成的約80間中小學驗水；為上述約80間中小學提供濾水器，以及為有需要的學校訂購濾水器。然而，政府並沒有提出任何措施協助其餘中小學及特殊學校，尤其是於2005年或以後曾進行供水系統維修的學校，這些學校的風險不亞於新建成的校舍。為此，教協會已多番要求政府擴展至全港學校，為全港教職員及學童提供保障。直至近日，有傳媒報道共有6間在2005年前落成的中小學於自行驗水時發現學校食水含鉛超標， 超標水樣本分別來自熱水煲、飲水機、飯堂、洗手間等。由此可見， 政府現時只替05年或以後落成的學校安排驗水的做法，不能確保全港學校食水安全。
現時政府集中處理驗水程序，卻沒有公布任何後續設施維修保養的安排。本會翻查資料，現時學校安裝的濾水器每個數千元，而濾芯更換及每年保養費用更隨時高達上萬元，倘若有食水含鉛超標的學校需要進行維修或重鋪喉管的工程，費用更加難以預計。有見及此，教協會多番要求政府重視其在學校食水衛生一事上的法定責任。《教育規例》規定，每間學校的房產內均須有足夠而生的食水供應。若政府未能採取合理措施而造成師生健康受損，則政府亦負上不可推卸的責任。本會要求教育局於等候驗水期間為學校提供濾水器，按用水量及濾芯壽命為學校提供資助，讓學校能定期更換濾芯，並盡快制定整體措施，詳細跟進食水含鉛事件的後續處理及保障學校食水安全，包括督促承建商或由政府出資為食水含鉛超標的學校更換喉管。政府至今仍沒有回應，學校設施的維修和保養安排仍然未見縱影。
教協會於9月初舉辦研討會，探討學校可採取甚麼措施保障食水安全。毒理學副教授何永成教授在分享鉛毒對人體的影響時表示，鉛可從多個來源進入人體，例如透過清洗食材時殘留在食材或食具表面或透過皮膚接觸而影響人體健康。若同工對水質含鉛有疑慮，可使用清潔劑清洗雙手或器具，以減低鉛含量及對健康的影響。此外，黃瑞紅執業大律師也表示學校可以採取可行、合理、妥當的措施處理食水含鉛的問題，例如進行驗水、安裝濾水器、停用有問題的水源等，以保障教職員及學童的健康，同時也合理履行法律上的責任。