台江陸化之後殘留許多潟湖，「五期重劃區」填土之前的大片魚塭，以及安平商港、漁港、四草湖、安南區的鹽田、魚塭等等都是。其中，安平商港是台江潟湖遺跡中最大的公共建設。
近幾十年來，安平港經常成為「政壇」的話題。展望安平港可能的前景，似應回顧歷史。
安平港開埠於荷據時期，以台江內海為港區，荷據時曾經是世界第一大港。清代，安平港退出國際舞台。之後，因曾文溪、鹽水溪嚴重淤積，台江北半部、東部逐漸陸化。道光三年，一八二三年七月，一場大風雨，鹿耳門一帶，浩瀚台江變為「陸埔」，不過，府城和安平大港之間有運河相通，往來府城和大陸之間的船舶仍可從安平北岸出入，其時也是俗稱的「五條港」時期。日據時，位在今民權路四段的舊運河淤塞，一九二二年在今安平路南側開鑿新運河，從今中正路運河盲段通安平港，一九二六年完工啟用。一九三八年安平港舊港口完工，可通行八十噸級船舶。
台江陸化，乃至海岸淤積，註定安平港的沒落。因為安平港淤淺，一九一二年，日人在高雄潟湖興建碼頭，一九三七年，一萬噸級船隻可進出港區。一個是八十噸級，一個是萬噸級港口，高下立判。安平港在日據之後，除了和馬公之間往來小貨輪，一直到民國六○年代，幾無功能可言，台南的工商地位也被高雄取代。
著眼於安平港和地方發展，台南市第七屆議會，於民國五○年代末，當時的議長魏神助曾邀議員侯書義一起爭取修建安平港，但侯書義反對，因為之後得經常清淤，尤其，當時曾文水庫仍未完工，淤沙問題難以解決，不值得整建，要，就要大的。適逢高雄港計畫打通第二港口，闢建貨櫃碼頭。侯書義直接構思兩岸直航，認為遠洋漁港和兩萬噸以下散裝貨輪，泊靠安平港為宜，遂建議另闢安平商港，並向高雄港務局建言，新港口開在那裡。
民國六十二年曾文水庫完工後，曾文溪已無漂沙問題，民國六十三年，在台江潟湖，即鯤鯓內海開闢安平港新港區。六十八年開始營運，主航道水深負七．五米公尺，可通行六千噸級船舶，並核定為國內商港。八十二年，連戰擔任行政院長時核定「安平港整體規劃」，八十六年成為高雄港輔助港，安平港升格為國際商港。
之所以開發安平港，乃因高雄港營運趨近飽和，於是規劃將貨櫃和散裝貨輪分流，散裝貨輪泊靠安平港。不意，緊接著，大陸開放，貨輪直接進到大陸，不需要再「轉口」，晚近無論寧波、上海的洋山，或蘇州的太倉港，港埠乃至地利等條件，都遠非高雄港可以競爭。
兩岸如此情勢之下，高雄港的營運狀況可以想見。從高雄市府在十一至十五號碼頭興建「海洋文化及流行音樂中心」就可以了解，碼頭可以釋出，港埠的營運狀況可想而知。高雄港自己都「吃不飽」，難怪安平港曾經有「空港」之譏，甚至淪為「砂石港」。　這也之所以早先安平港的建設和發展採保守策略的緣由，港區的基礎工程，包括道路、橋梁，碼頭等等早已完工，但碼頭的設施以ＢＯＴ模式，交給市場，以免浪擲公帑。像位在港區南端，奇美投資的石化碼頭就是ＢＯＴ。
至於說安平港距廈門一百四十五海浬，航行約十二小時。搭配廈門港跨境電商快速通關條件，兩港航線、專區業務串連，可望提供最佳物流服務。希望這是說說罷了，因為，業者選擇在那一港口進口、出口，航班的日期是優先考量，最近的航班在高雄港，貨就送到高雄港，最近的航班在台中港、或基隆港，貨就拉到那裡，早有市場機置可循。就台灣的地理環境而言，強調港口距離的遠近，那是在唬外行。如果基於航運之外的考量，甚至為工程而工程，或其他因素，那另當別論。
近年來，由於地方的聲音、政治生態，以及主事者的觀念不同，對於安平商港「再利用」好像比較積極，拋出所謂「北觀光」、「南自貿」，乃至遊艇碼頭區，早些年還有所謂的飛翼船等等議題。以遊艇碼頭為例，安平漁港就綽綽有餘，說安平商港條件多優越，聽聽就好。