同治四年（1865）正月，中亞浩罕國封建主阿古柏率兵入侵南疆。先是，新疆某些少數民族首領企圖利用當地人民的反清起義實行封建割據。同治三年，喀什噶爾封建主金相印為攻取漢城，竟裡通外國，向浩罕乞師。浩罕王遂派帕夏（意為總司令）阿古柏隨張格爾之子布素魯和卓侵入喀什，並相繼占領新疆南路八城，於同治六年成立「哲得莎爾」王國，自稱「畢條勒特汗」，且得到沙俄及英國侵略者支持。
同治四年（1865）三月初七日，恭親王奕訢被革職。先是，奕訢因支持慈禧太後發動北京政變，垂簾聽政，受封議政王，軍機大臣。奕訢利用自己的親貴身份把持朝政，逐漸引起慈禧太後猜忌，矛盾日深。同治四年三月初六日，慈禧責備奕訢議政盡用漢人，奕訢不以為然，雙方發生爭執。次日，慈禧親筆詔書，責奕訢驕盈溺職務，召對不檢，罷直軍機、議政。後經王公大臣九卿科道等公奏：「恭親王咎由自取，尚可錄用」。慈禧遂命其仍在內廷行走，並總管總理衙門。四月十四日，恢復奕訢軍機大臣職務，不復議政。
同治四年（1865）四月二十四日，捻軍賴文光、張宗禹、任化邦等率部全殲僧格林沁清軍於山東曹州（今菏澤）高樓寨。先是，同治二年雉河集失守，張樂行遇害，張宗禹、任化邦等率領捻軍余部於同治三年春在河南南部與太平軍賴文光部會合，奉賴文光為領袖。賴文光將捻軍按太平軍軍制進行整編，決定易步為騎，保存和發展了捻軍戰術上靈活多變，精騎善走等優點，建成一支戰斗力很強的新軍。同治四年正月初三日，賴文光等大敗清科爾沁親王僧格林沁於河南魯山，隨即東進開封，渡黃河故道山東。僧格林沁率軍尾追。捻軍先以避實擊虛、「盤旋飄忽」的戰術將清軍拖得疲憊不堪，然後在曹州高樓寨一帶利用有利地形設下伏兵。四月二十四日，僧格林沁率部追來，進入捻軍陣中，一場激戰，清軍全軍覆沒。僧格林沁藏入麥田之中，被捻童張皮綆刺殺，內閣學士全順、總兵何建鰲等均被擊斃，總兵陳國瑞重傷逃脫。是役全殲了僧格林沁的蒙古馬隊，使捻軍騎兵力量大為增強。
同治四年（1865）十二月底，太平軍汪海洋部在廣東嘉應州（今梅縣）黃沙障全軍覆沒。先是，天京陷落後，侍王李世賢、康王汪海洋等相繼率部攻入福建，占據漳州、汀州一帶，堅持抗清斗爭。清廷命閩浙總督左宗棠為欽差大臣，率兵三路入福建圍剿。同治四年二月，汪海洋率部攻入廣東鎮平（今蕉嶺）。清軍全力圍攻漳州，李世賢全軍覆沒，只身突圍投汪海洋。汪海洋事先坐視漳州失陷而不救，後又暗害李世賢於軍中，對太平天國革命犯下了不可饒恕的罪行。李世賢死後，汪海洋率部在贛粵邊境繼續與清軍作戰，並一度進占嘉應州。但終因敵人勢力過於強大，太平軍內部又出現不和現象，於同治四年十二月底全軍覆沒於黃沙障，汪海洋重傷去世。至此，太平軍除遵王賴文光等率部並入捻軍外，其余全部被清軍鎮壓。
同治四年（1865），清政府改變其歷來奉行的「事終勇撤」政策，部分保留了在鎮壓太平天國起義中發展起來的湘、淮勇營，以之作為沿海各省的主要駐防部隊，號稱「防軍」。先是，太平天國被鎮壓後，全國以湘、淮軍為主的各路勇營達數十萬人。靠練湘、淮起家的一些地方督撫不願將勇營全行裁遣，紛紛要求清政府改變以往僅以綠營、八旗為經制部隊的舊制，選留勇營勁旅，每省多者萬余，少者數千，屯駐要沖，以補綠營、八旗兵之不足。清政府在國家內憂外患，八旗、綠營疲弱無力的情況下，被迫同意了他們的要求，創立防軍制度。以後，各省防軍范圍逐漸擴大，凡綠營之外招募的兵勇一律稱其為防軍。防軍的營制餉章大體仍依曾國藩所創湘軍制度推行，但湘軍的長夫之制及士卒募選之法則多被防軍取消。防軍無全國統一編制，各省規模時有變化，據光緒二十四年（1898）統計，全國計有防軍二十七萬一千二百一十二名。其操練分為隊列、技能和技術操練。既效法湘軍勇營操法，又注意學習西方近代陸軍操法，聘請外國教官進行訓練。在戰術操練中，既保留了許多中國傳統陣法，又借鑒了近代西方的散兵戰法。但因防軍沿用湘軍以營為最高建制單位的習慣，營以上無固定編制，使其戰術操練局限於一營數百人范圍之內，缺乏大規模協調作戰能力。自十九世紀七十年代以來，防軍一直是清朝軍隊中戰斗力最強的部隊，在防軍中又以淮系勢力最大，裝備最為精良。因而造成淮系首領李鴻章二十多年中一直在清政府中居於舉足輕重的地位。
顧麟士（1865——1930），元和（今江蘇蘇州）人。文彬孫。工山水。先世於張文達公撫吳時夙締墨緣。過雲樓收藏之富甲於吳下（一九五九年歸公）。涵濡功深故筆多逸氣，尤長臨古。其家怪怡園別業，水木清華，嘗與契友會畫其中，有雲林清秘遺風。光緒二十二年（一八九六）嘗為張詩舲作山水冊。一九一六年作歲寒清品圖。
趙光（1797——1865），昆明人。嘉慶二十五年（一八二零）進士（按佩文齋書畫譜作道光進士）。官刑部尚書。工詩文，書法董其昌，筆意凝練圓潤，海內知名。謚 文恪。
同治四年（1865）五月，李鴻章在上海虹口購買美商旗記鐵廠，又將上海和蘇州兩個洋炮廠並入，再加上曾國藩派容閎從美國買來的機器設備，建成江南制造局，也稱「上海制造局」、「上海機器局」、「江南機器制造總局」。同治六年自虹口遷往高昌廟，不斷加以擴充，漸成為清政府規模最大的軍事企業。其下屬機構包括：機器廠、鑄銅廠、鑄鐵廠、煉鋼廠、輪船廠、槍炮廠、火藥廠、汽爐廠、公務廳、工程處、炮隊營、廣方會館等等。職工人數三千余人，房屋二千余間。其產品主要有槍炮、水雷、彈藥、機器等，並能修造輪船，中國第一台明輪蒸汽軍艦「恬吉號」即由江南制造局於同治七年制造。江南制造局的創辦經費為五十四萬三千兩，自同治六年起撥江海關二成洋稅為常年經費，每年三十至七十萬兩不等。其機器設備及主要原材料基本上依賴外國，技術大權也掌握在外國人手中。光緒三十一年（1905），造船部分獨立，稱「江南船塢」，辛亥革命後改稱「江南造船所」。江南制造局也於民國六年（1917）改稱「上海兵工廠」，抗戰爆發前停辦，所留廠房及部分機器在抗戰中被日本人拆毀，廠地並入江南造船所。
同治四年（1865），李鴻章自江蘇巡撫升任兩江總督，將原蘇州洋炮局遷往南京，擴充後建立金陵機器制造局，簡稱「金陵機器局」、「金陵制造局」。名義上由清政府委派總辦經管，實際大權掌握在英國人馬格裡手中。該局從外國購置機器，聘用外國工匠作為技術指導，主要生產槍支、火炮、子彈及其它軍用物資。到同治八年，已能制造多種口徑的大炮、炮車、炮彈、槍彈及各種軍用品。光緒五年（1879）以後，金陵機器制造局已成為擁有機器廠三座，翻砂、熟鐵、木作廠各兩座，以及火箭局、火箭分局、洋藥局、水雷局在內的近代軍工企業。產品主要供應淮軍及本省各防營應用。光緒七年後又添設火藥局。其常年經費，自光緒五年後由南、北洋各撥銀五萬兩，以後南洋又加撥一萬兩，總計十一萬兩，光緒十一年後又由戶部增撥江海、九江、江漢各關稅銀十萬兩。民國十七年（1928），國民黨政府將該局並入上海兵工廠，改稱「上海兵工廠金陵分廠」，次年又改稱「金陵兵工廠」。
同治四年（1865），同治七年（1868），四川酉陽地區兩次發生群眾搗毀教堂，毆斃外國傳教士事件。先是，同治三年，法國天主教川東主教范若瑟唆使教徒欺壓群眾，激起民憤，以致「民教爭毆」事件不斷發生。次年正月，酉陽縣富紳馮仕銀等率眾焚毀教民房屋，拆毀法國傳教士住所。川東各縣群眾聞風響應，以「誅滅天主教，斬革除根」相號召。七月十九日，馮仕銀等又將前來「撫慰教民」的法國傳教士瑪弼樂痛毆致死。法國公使伯納格揚言要派兵入川，四川總督駱秉章遂群眾冉老五抵命，並賠銀八萬兩。