「維納斯的誕生」的創作元素無疑是莊嚴的、神聖的，如此類型的圖畫，在基督信仰的檢視下，藝術家與贊助者，怎能不被冠上「新異教崇拜」的罪名呢？要回答這個問題，我們必須考慮到圖像本身的意義，以及古典元素在早期文藝復興藝術上的用法。
在中世紀時，古典形式已經從古典主題中分離出來。藝術家模仿古代藝術品中的人體姿勢、姿態、表情、類型，只需變更主題的名稱：西風之神變成亞當，赫克力士變成參孫。當中古世紀的藝術家，企圖描繪異教神祇時，他們不是根據肉眼可見的模型，而是根據文學作品中的敘述來進行創作。大體上說來，這種情況一直延續到十五世紀中期。
到了十五世紀中期，引人爭議的是，究竟基督信仰和古代神話已經融合在一起了，還是只有在藝術形式上相關連罷了？某些新柏拉圖主義者，受到希臘哲學家-柏拉圖-強烈地影響，在十五世紀中晚期享有極高的聲望。其中最突出的人物是 Marsilio Ficino，他本身也是一位教士。他相信宇宙中的生命，包括人類的生命，都藉著一個持續上升、下降的精神線路，與神連結。所以所有的啟示，不管是從聖經、柏拉圖、抑或古典神話而來，都是一樣的。他同時宣稱：美、愛和祝福，是這個精神線路的不同面相，他們的本質卻是相同的。所以新柏拉圖主義者，可以將「天上的維納斯」（畫面中從海裡誕生的維納斯）與「聖母瑪利亞」，同樣視為「聖潔之愛」（意指神聖之美的表彰）的來源。
根據Ficino所言，天上的維納斯只住在精神的領域，而她的雙胞胎妹妹，地上的維納斯，卻能引發”人的愛情”。於Ficino寫給Medici Prince的書信中提到：「維納斯…是一位極為美麗的女神，從天堂而來，至高之神愛她勝過萬物。她的靈魂與精神是愛與慈善，她的眼睛是尊貴與寬容，她的雙手是慷慨與華麗，她的雙腳是美麗與謙遜。整個來說，她就是溫柔與誠實，魅力與光輝。喔！多麼精緻的美女！…如此高貴的女神已經完全交付在你手中！若是你娶她為妻，宣稱她是屬於你的，她將使你一生甜甜蜜蜜。」這一段文字，無論在形式上或內容上，都效仿中古世紀教士們對聖母瑪利亞的謳歌。
一旦我們知道波提且利的作品中有這種準宗教式的涵義，也就不會對於圖畫左方的西風之神與微風女神如此酷似天使，感到驚奇了。這也可以合理解釋，為什麼右方的Hora女神，春天的化身，迎接維納斯上岸的情節，會使人聯想到Piero的作品「Baptism of Christ」裡面，施洗約翰迎接基督耶穌來臨的畫面。如同洗禮代表「在神裡面重生」，維納斯的誕生，也同樣喚起「重生」的希望，而文藝復興一詞，也是由「重生」演變而來的。
新柏拉圖主義的哲學，以及它在藝術上的表現，只有受到少數受過高等教育的菁英份子認同，因為太過複雜，以至於曲高和寡。西元1494年，神父Savonarola大肆質疑社會大眾的道德生活，並且極力抨擊「異教崇拜」。他通常被描寫為毫無憐憫之心，熱衷燒書，卻以極具煽動力的演講，吸收無數信徒的傳教士，最後在西元1498年（含冤地）被處以火刑，燒死在木樁上。波提且利很有可能是Savonarola的信徒，也可能燒毀一些他自己收藏的「異端」圖畫。在他最後幾幅作品裡，波提且利回到傳統的宗教主題，但是畫風照舊，他好像在西元1500年初，就停止繪畫了，儘管Savinarola所預言，應在西元1500年左右來臨的世界末日，並沒有實現。