兩個分別來自紐約西奈山醫學院（Icahn School of Medicine at Mount Sinai）以及紐約大學（NYU）針對紐約武漢肺炎病毒溯源的獨立研究表明，武漢肺炎可能比預期早在紐約市流行，而最早的病例可能來自歐洲和美國其他地區而不是亞洲的旅行者。不過也參與研究的紐約大學朗格尼醫學中心（NYU Langone Medical Center）Matt Maurano 博士認為追蹤時序表，源頭仍是中國湖北省。
紐約大學朗格尼醫學中心的新數據顯示，武漢肺炎病毒已經在紐約傳播了數月之久，而基因分析結果紐約的病毒是起源於歐洲。朗格尼醫學中心的研究是基於從旗下的提許醫院（Tisch Hospital）、紐約大學溫思洛普醫院（NYU Winthrop Hospital）、紐約大學布魯克林朗格尼醫院（NYU Langone Hospital Brooklyn）收集來的 75 個患者樣本。臨床測試小組兼分子病理學負責人 Matija Snuderl 博士說：「隨著病毒在人與人之間傳播過程中不斷突變，其序列可以幫助研究人員找到這種特定感染的來源或起源。」基因中心主任 Adriana Heguy 說：「我們剛剛開始這個計畫，但很快的就可以以每週對 192 個樣本的速度進行基因檢測，目的是在不久的將來發表成千上萬個分析結果。」但新數據尚未通過學術或同行審查的流程成為正式論文。
而另一個獨立研究是來是紐約西奈山醫學院。西奈山醫學院的樣本是取自 2 月 29 日至 3 月 18 日之間送往西奈山醫院體系的 84 位患者，共 90 個樣本。這些患者多來自紐約市北方的韋斯切斯特郡（Westchester County）、紐約曼哈頓（Manhattan）、布朗克斯（Bronx），皇后區（Queens）和布魯克林（Brooklyn）的社區，而這些樣本已經跟目前全球 2,363 個公開的武漢肺炎病毒基因組比對過。結果顯示，樣本大多數是由歐洲病毒族群進化的。並發現有些病毒起源與中國病毒有正相關，但尚無法排除其他可能，即為「有限證據」（limited evidence）。此結果可能與美國在 2 月就已經對中國進行旅行限制有關。