財政部高雄市國稅局表示：加值型及非加值型營業稅法(以下簡稱營業稅法)第7條第4款及同法施行細則第7條之1分別於100年1月26日及6月22日修正以後，營業人出售給保稅區營業人供「非保稅貨物」使用之貨物及勞務，營業稅已不適用零稅率，惟邇來屢發現部分保稅區營業人因不諳稅法規定，而誤以為修法後其購買任何供其使用之貨物或勞務均可適用零稅率，而於發票上誤簽署適用，致銷售貨物或勞務與保稅區之營業人迭有短漏報繳營業稅情事發生。
財政部高雄市國稅局進一步說明，財政部為使各保稅區間均享有相同待遇及配合政府獎勵外銷政策，所以修正營業稅法第7條第4款，明定銷售與「保稅區」營業人「供營運用之貨物或勞務」，其營業稅稅率為零；修法後其適用範圍，貨物不限於機器、設備、原料、物料、半製品，並將勞務之提供，例如：從事貿易、倉儲、物流、貨櫃（物）之集散、轉口、轉運、承攬運送、報關服務、組裝、重整、包裝、修理、裝配、加工、製造、檢驗、測試、展覽、技術服務亦列入適用，惟應限定於「保稅區」內從事受海關監管之「保稅貨物」的相關營運使用，營業人（供應商）如把上述貨物或勞務銷售到「保稅區」內從事「保稅貨物」之營運用時，就可請「保稅區營業人」在發票的扣抵聯上簽署，以證明貨物或勞務確實符合供營運用無訛，供應商就可享有零稅率優惠了。舉例來說，營業人甲銷售原料給「保稅區營業人」乙，但是乙購買該項原料並不是用來製造「保稅貨物」，就不符合「供營運之貨物或勞務」規定，該筆交易應開立5%應稅統一發票。
由於新法上路，營業人對於「供營運用之貨物或勞務」適用範圍認知不足，又常發生「保稅區」營業人對已經簽署給供應商適用零稅率的證明文件，是否符合法令規定，產生疑慮，故財政部為落實愛心辦稅，疏解訟源，特訂定輔導計畫及輔導期間，對屬於100年6月22日至100年12月31日間之交易（後放寬至101年4月30日），保稅區營業人有誤簽署及其供應商有誤以零稅率申報營業稅之案件，准以專案方式辦理更正申報，自動補報補繳應納營業稅款，免予處罰。惟上述自動補報繳作業受理更正期限，屬101年3、4月份交易者配合該期(月)營業稅申報期間，則順延至101年5月15日，至今已圓滿結束，高雄市國稅局總計受理賣方更正866家，發票張數達2萬餘張，銷售額18.4億元，稅額0.9億元。