台灣原生文蛤主要棲息於淡水河口，但不適合食用，直至日本時期，淡水水產會發現河口的沙岸地形利於文蛤生長，遂引進日本品種。歷經三、四年自然繁殖，河口的文蛤在種類及數量上變得繁多，足以讓漁民捕撈，逐漸形成具在地色彩的漁獲。文蛤產區位於淺水位的河口，漁民趁著漲退潮之際，乘坐體積小的舢舨船，利用竹帆控制方向，逆著潮水放下釘耙，藉著潮水的流動將文蛤帶入釘耙，同時為避免拾獲量過多，而影響舢舨船前進，每隔幾分鐘，漁民便要撿拾釘耙中的文蛤，也因此被稱為「耙文蛤」。
夏季至中秋是「耙文蛤」的季節，此時的文蛤肥美，但當東北季風一到，淡水河中的浮游生物因氣溫下降而減少，文蛤的營養攝取相對降低，未達捕獲標準，所以「耙文蛤」的漁民多半在冬季時，另外從事鰻苗捕撈直到隔年3月，之後趁著等待夏天的空檔，準備「耙文蛤」所需器具，也才有了「夏耙文蛤、冬撈鰻苗」的說法。
隨著淡水河的文蛤產量漸穩，河上一度能望見百艘船同時「耙文蛤」的景象，也帶動了台灣中南部沿海，文蛤養殖業的興起。然而早年並無人工繁殖技術，淡水河的文蛤，成了各地養殖場的蛤苗來源，但其後因養殖場擴大、養殖密度提高，淡水河的文蛤一度供不應求，漁民為大量捕撈，使用密度更高的釘耙，甚至是尼龍網，導致產量銳減，「耙文蛤」的盛況在80年代後便漸漸消失。此外，河川汚染以及上游水庫排放的泥沙淤積，同樣影響了文蛤的繁殖。尤其遇到風災時，大量淤泥沖刷至淡水河口，文蛤遭淤泥覆蓋而缺氧，過剩的雨水亦稀釋了河水的鹽度，皆對文蛤的生長造成影響。日本時期直至今日，有過40年左右的全盛光景，「耙文蛤」的產量從萬斤到百萬斤皆有，漁民能將捕獲的文蛤轉手中盤商，但晚近十幾年，產量下跌，漁民只得到市場直接零售。
如今，中南部養殖場的蛤苗雖然仍有少部分由淡水供應，但大多來自印尼及菲律賓的外來種，因同時混種繁殖，以及飼養密度過高，而無法對症下藥。因此，淡水河的漁民們也表示，儘管文蛤養殖場經營妥善，利潤相對優於傳統的「耙文蛤」，淡水河的文蛤品質仍然較高。傳統的「耙文蛤」在經濟與文化上仍是無可取代。