香港醫學會向來關心公眾健康。
醫學會認識到，預防疾病最有效的方法是向公眾提供保健知識，醫學會在公眾衛生教育中擔負有積極的角色，組織過很多次教育項目或活動。最早的公眾教育項目是「醫療常識信箱」項目，1972年開始，1977年結束。問題的解答刊登在香港所有中文報章雜誌上。持續最久的項目可能是「電台醫生節目」，該節目1974年7月6日在香港電台開始播出。該節目每週半小時，前部份簡要討論具體的問題，而大部份為問題及解答。聽眾可來電詢問，醫生現場解答。歷時26年，這個每週一次的聽眾熱線電話節目仍活躍在香港電台的中文頻道上。
雖然透過電視電台節目傳播醫療知識更具成本效益，但醫學會亦不時聯同前市政局及社區組織舉辦公眾衛生講座。為了慶祝成立75週年，8月至11月間醫學會與市政局攜手舉辦了一系列健康講座。這些講座取得了重大成功，每次講座還未開始就坐滿了聽眾。多年來，醫學會還組織了許多健康展覽，透過各大報章雜誌傳播健康資訊。此外，醫學會亦與著名出版商朗文出版（控股）有限公司（Longman, Publications (Holdings) Limited）及Unicorn Publishers合作出版了有關健康的書籍，這些書籍曾被列為暢銷書。香港醫學會透過密切監督公眾健康問題，不懈提高公眾健康水平。早期，醫學會曾在學校大力實施健康項目。今天，醫學會緊密關注醫療及社會醫學問題，包括與酒後駕駛有關的血液酒精濃度、病歷咭及保密以及1997後專業自治等問題。醫學會定期召開新聞發佈會，發表醫學觀點。
醫學會最熱忱的活動是倡議遺體器官捐贈。香港醫學會器官捐贈登記冊基金有限公司（HKMA Organ Donation Register Fund Limited）成立於1994年，設有電腦系統記錄立願身後捐贈器官的人士。醫院及移植中心獲授權的人員可透過電腦登記及運作，可隨時查看願意捐贈器官人士的數據庫，查閱死者的意願。這樣，有助於死者親屬了解死者的意願並同意捐贈親人的器官。
由於宣傳遺體器官捐贈的觀念十分重要，醫學會自1993年以來一直頻密地作遺體器官捐贈的宣傳。宣傳活動之一是1995年3月26日，醫學會聯合中區及西區的區議會在山頂舉行器官捐贈遊行。逾400人參加了遊行，當時的衛生福利副司長劉李麗娟女士是這項活動的主禮嘉賓。大批志願團體，包括保險行業的人士，亦協助籌備各項活動，呼籲各行各業的人士參加器官捐贈承諾。1995年12月，在18個區議會的協助下，香港醫學會舉行了大型的器官捐贈週活動。隨著遺體器官捐贈的觀念日益深入民心，每天作出捐贈承諾的人越來越多，十分鼓舞人心。
醫學會同時提倡綜合保健制度。為推動不同地區醫生及其他保健人員共享病人資料，香港醫學會發行病人持有記錄（Patient-Held Record），由所有參與治療病人的醫生或其他保健人員填寫。該記錄冊使用方便，可讓病人隨身攜帶。記錄冊為主治醫生或其他保健人員提供有用的即時資料，確保迅速安排治療、及時辦理入院及進行合適連續的照料，在緊急情況下尤其適用。任何有興趣的人士，均可向香港醫學會購買這本實用的記錄冊。
最後，醫學會一直致力於提升醫學專業的水準及形像，以建立良好的醫生和病人的關係。醫學會與消費者委員會共同製定了《病人權責》指引，並透過海報、小冊子及各種公眾教育節目向公眾推廣。醫學會亦極為關注非法售賣受管制藥品的問題，這類藥品容易為上癮人士濫用，尤其是年青人。為控訴社會害群之馬的罪行及阻止他們毒害年輕一代，香港醫學會特設舉報非法售賣受管制藥品熱線（2528 6644）。所有舉報電話均進行錄音，並交由衛生署作進一步處理。