中一收生須按照教育局的中學學位分配辦法，共分兩個階段收生，分別為「自行分配學位」和「統一派位」。「自行分配學位」在每年的一月底舉行，家長可為子女揀選兩間不受住址地區和學網限制的中學，學校將按本身的辦學理念和特色，根據預先公布收生準則及比重，預留不多於30%的中一學位，自行取錄適合的學生。「統一派位」則在四月辦理選校手續，其中10%的學位不受學校網限制，其餘約90%則按學校網分配，派位是按學生的派位組別、家長選校意願和學生被分派的隨機編號決定，結果會在七月初公佈。沙田崇真中學在「統一派位」屬於沙田區的本區中學，同時亦是深水埗區的他區中學。