一 名前農委會官員批評，過去農發基金會董事長，都是卸任的農委會主委、副主委擔任，從未有現任副主委出任，況且胡興華還負責兩岸農業的業務，根本是「裁判兼 球員」、「以合法掩護非法」，難保不會在品種與技術上放水， 而且一面以農發基金會董事長、一面以農委會副主委身分遊走兩岸。
曾任農發基金會董事長的戴振耀表示，基金會成立目的是以台灣農技，與亞洲做交流，中國應是來往國家之一而已，但現在卻只鎖定中國。他在擔任董事長期間，未與中國來往，主要跟越南、柬埔寨交流。現在基金會對中國以外的業務，就是他任內執行的。
胡興華強調，他不是農委會派任的，而是以專家董事進入農發基金會，且經過董事會票選出任董事長，他在農發基金會不代表農委會。未來他也會調整基金會功能，化解外界疑慮。