黃澂，字敏功，湖南長沙人，生於民國五年一月廿一日。國立中央政治學校肄（據過去任教於附中的程敬扶老師說是因不服政校的軍事化管理而遭退學）、國立西南聯合大學心理系畢。畢業後曾在中國國民黨青年部及甘肅省黨部等地任職。來臺後進入省教育廳，當時廳長為陳雪屏先生，黃澂是他在西南聯大的得意門生。三十八年七月繼宗亮東校長之位，成為附中第二任校長，至五十一年八月因病辭職，在任達十三年，僅次於後來的黃振球校長（在位十四年半）。
由於黃澂校長在位時間長，又正當附中甫創立的「人格發展」期，其本人又積極致力於建立學校的校風、特色。因此，許多後人眼中的「附中文化」均出自當時。
五十二學年度的畢業紀念冊「本校簡史」中對黃澂校長的評語是「善能領導青年」。而從很多事例上，也可看出他的確不負這句讚詞。
隨著國民政府在大陸的戰局日益不利，越來越多的內地同胞渡海來臺，這些公教人員子弟或流亡學生也大批大批地進入附中，使得全校人數暴增。由創校時的十餘班，到三十八年底已經擴為四十一班，成為全省各中學之冠。教室不足，設備不敷之下便產生了分早睌上課的「二部制」，再加上政局動蕩、人心浮動，部分左傾學生各持意見（如當時學生自治會主席黃永祥就曾因同學與鐵路警察衝突而欲發起罷課遊行，後經訓導處張守仁主任出面主動帶學生向鐵路局抗議，獲鐵路局主任秘書到校致歉、賠償，並保證警察不再打人：這時學生自治會還想發起學潮，張主任召集全校學生到操場集台說明事件原委，學潮才不致發生。三十九年，黃永祥夥同另八名學生潛赴大陸。），校風一時頗為動盪，而學校剛成立，行政亦尚未完全上軌道（當時連人事室都還沒成立）。
因而黃澂在到校後，訂定了三項中心工作：
一、擴建校舍，充實設備。
二、整頓校風。
三、研究現行中學教育上的問題，試作改良的的試驗。
在整頓校風方面，當時學校當局採取了相當「鐵腕」的作風，例如嚴格辦理招生考試，決不濫收學生，號稱「把特權階級子弟與流氓學生關在門外」；加強門禁；嚴格登記缺曠課（實施室外點名）；厲行髮禁（男生剃光頭、女生齊耳根）；舉行抽考與週考……
這些措施大概會讓許多日後的附友嚇一大跳，沒想到附中也曾經如此嚴厲過。但是黃澂究竟不是真正的軍國民教育者，因而這些措施在學校秩序穩定後就逐漸取消了。而在嚴格管理之外，學校也致力於提升教學品質 取消二部制（春季班也逐步取消）、整建運動場、成立社團、販賣部等，使學生有正常的身心活動。
黃澂校長的治校方略首要的就是延訪好老師：校方一方面興建宿舍，提供優厚待遇；二方面積極查訪遊說，鼓吹志同道合的老師「共同努力建設一個新附中」（附中當時老師的平均年齡應是各校最低的，且幾乎全為大陸流亡來臺的知識分子）。對於招聘來的老師，則予以高度信任；校長幾乎從不查堂，不去「觀察」老師上課。在這種充份授權下，老師們──至少大部分的老師們──也都能充分與校力配合，盡心盡力地教學。
在「建立一個新附中」的前提下，校方充分利用附中身為師大的附屬實驗學校的身分，辦理了許多「不太一樣」的措施，如：班號制（三十九年）、「人道、健康、科學、民主、愛國」校訓（四十一年）、「搖籃曲「校歌（三十九年）、將體育組提升為體育處（三十九年）、成立校友會（三十九年）、進行四二制實驗班（三十九年）、編印海外校友通訊錄（五十年）等……。
整體而言，一九五Ｏ年代初期是政府經歷了失去大陸河山之痛以後，在臺「明恥教戰」、「反省革新、雪恥復國」的時代，當時附中的「新政」，也可視為這個大潮流的一支。只是當時整個社會大環境是處在一種加強控制、「揪出共匪」的路線下；而在附中校內，校方卻儘可能地提供了一個讓老師與學生們「做該做的事，不培養奴才」的發揮空間。
總之，對外努力為學校爭取利益（包括「硬鱧」的經費設施與「軟體」的優秀教獅），對內維持自由風氣，推動學生對學校的認同。「執簡馭繁」可以說是黃澂校長的治校風格。以編者曾採訪過的資深老師而言，他們對黃校長的印象多是「聰明、點子多、不拘小節的白面書生」，而非一板一眼、道貌岸然的德劭長者。
民國三十八年十月，國民革命軍遺族學校學生三百一十一人撥入附中，使得原已擁擠不堪的附中更形人滿為患。附中校方乃向創辦遺族學校的蔣夫人爭取經費，在校園的北側蓋了一棟鋼筋水泥的兩層教室，當時稱「新大樓」──就是現在的舊北樓。有教室十八間、廁所四間（後來改為兩間教室，就是現在舊北樓一、二樓最東邊的教室）。「新大樓」落成後，學校的教室不足問題得到解決，「二部制」也就取消了。
教室的問題雖然解決，但是活動空間郤嫌不足。當時操場由舊大樓（南樓）延伸至新大樓，跑道長僅三百公尺，校方自己估計只能同時供三百人活動。於是向省政府爭取到撥發大安前第四中學校基（約五公頃）給附中，但這塊地離附中十分遙遠，不切實用，於是校方便打算以這塊地交換校址後（北）方的農會所有地。在交涉期中曾遭遇北巿教育局於大安公地上建築初級農校校舍，以及北縣農會與北巿農會互爭附中後方土地使用權的問題。歷經許多折衝才告完成，據說校長為此「外交成就」十分得意。
土地劃歸附中之後，整地也是一大問題（讀者諸君請謹記：當年的中華民國政府可不像今天這樣有錢到不把亂花當一回事的地步）。校方於是發動家長協助：由於學生家長中不乏文武官員及企業主管，因而學校透過關係借到軍用卡車，發動學生前往水源地（今褔和橋頭一帶）等處搬運土石回校填高地基：又有在臺肥公司任主管的家長捐出煤渣鋪地；再利用校工、學生構築由後門通至新大樓川堂的水泥路。至此，附中校地已大致具今日之輪廓。
另一方面，沿續宗亮東校長的政策，學校在校內大舉植樹（種苗也多為募得），今日南樓、西樓、舊北樓、後操場邊的油加利樹多為當時所栽（近年興築新技藝館與體育館已砍掉了一些）。而學校也沿用與取得後操場相同的模式，將散佈巿內的地產（日籍教職員留下的）以交換或讓售等模式釋出，利用所得款項在信義路三段一百四十七巷一帶興築教職員宿舍（也在青田街購置了一批）。這批宿舍成為附中延攬老師時的一大「利多」因素；已故的向玉梅老師生前即曾向編者提及，當年她到臺北，北一女和附中都在爭取她。她選擇附中的原因就是：附中有宿舍；黃校長信得過老師；以及附中有兩個操場，「只有開闊的空間才能培養開闊的心胸」。
三十九年，為因應取消二部制造成教室需求上升，學校將武道館改為總辦公室。四十二年在新大樓背側建一司令台。四十三年推行新工藝教育，設立工藝工廠於後操場東南側（今合唱團部、托兒班址），並成立技訓中心供社會人士進修。四十五年在總辦公室北側建圖書室一座。四十六年在東側近一四七巷處新築一棟兩層十二間的教室，落成後依其地理位置而稱「東樓」；從此舊大樓與新大樓也就自然更名為南樓、西樓與北樓。四十九年在後操場西北角興建游泳池一座（因經費不足，又曾在校內發起募捐，捐一百元者畢業後可免費游一年）。五十年起在游泳池北側起造科學館，次年完成一樓。
四十四年，共軍攻陷一江山，國軍自大陳島撤退，一時局勢緊張。臺北巿五省中（建中、附中、成功、北一女、北二女）奉命在郊區成立聯合分部，附中負責位於北縣木柵鄉溝子囗的一座。四十四學年開始招生的木聯分部初設高中一班、初中三班，次年將高中部學生併回本部，專招初中。
這一段時間共有三位校長：黃季仁（五十一年八月至五十二年七月）、許伯超（五十二年七月至五十四年二月）、劉安愚（五十四年二月至六十二年七月）。由於三位校長在位時間較短，故一併介紹這段時間附中的轉變。
黃、許兩位校長都是由教育廳調來，而劉安愚校長則是國府名將劉安祺（時任陸軍總司令）之胞弟，多年來一直在其兄的幕下擔任部隊眷屬照料等職。黃、許兩人在校時間一共只有兩年半，而劉校長一向又有「無為而治」之名，因此許多制度仍然延續過去黃澂時代的作風。
五十三年，科學館興築二樓，自此將所有的實驗室、儀器遷往科學館，原位於南樓東側的木造平房特科教室也改為桌球室（後來拆除）。五十六年，又在原東樓前方完成一棟二層教室（共十間），從此東樓就有「前（新）、「後（舊）」之分。據說前東樓在完工後才發現尺寸不符設計規格，「縮水」的結果是使教室內部十分擁擠，七排課桌不能各自獨立，只能留下四條走道。另一方面，自五十年「省辦高中、縣辦初中」之後，初中部與實驗班消失，校內逐漸形成「高一在東樓、高二在北樓、高三到南樓」的傳統，而「小將」、「騎士」、「大將」、「古堡」等圖騰，也在此時出現，因此「東樓小將、北樓騎士、南樓大將」的不成文規定直到民國六十年代末期中正樓落成、舊南樓拆除才漸漸瓦解。
民國五十六年，臺北巿升格為院轄巿，將木柵鄉併為木柵區。木聯分部也由巿政府接收，改為巿立實踐國中。在附中「讓出」木聯分部之時，曾與巿府有協議：日後巿府將協助附中代覓場地成立國中部。