建校90週年特刊上，呈現兩校校旗演變。校旗內的校徽，採用二高女的設計，在政權轉換時，是可以理解的。之後還有省立到國立的變化。
光復後，是另一種中華行政體系進入，文化主體改變，中學校名的第一和第二名也互換。台灣子弟讀的改叫「第一中學」，日本人讀的稱為「第二中學」，至今某些校友仍不滿自己從第一降為第二。若查各校這段歷史，都會發現名稱變異到繁瑣的程度，只因為都共同經歷了政權轉移時的複雜現象。國府還保留了部分日本技術人員協助建設，所以有些日本子弟仍在校，但人數都太少，併校勢在必行。但各地情況不同，台北的中學校因為排名爭議，妥協的結果是，第一中學改叫「建國」，第二中學叫「成功」，合為「建國成功」。其實多已經是台灣子弟，只是歷史造成了微妙對抗。當年的對立空間，已經換了同文同種的族群，但時日久了，忘了為何對抗，只歸諸於成績排名。女子學校則因為人數較少，有好幾所學校合併為一，如台北第一、第二、第四女中合併為今天的北一女中；第三女中改名為中山女高。
1945年8月15日，日本投降、國府接收，台南二高女台籍學生多，仍繼續上課；11月併入一高女剩餘的學生（大部分日籍學生遣返）。10月25日才在中山堂舉行受降儀式，訂為台灣光復節，學校早已恢復上課，一刻不停留。戰爭時期躲空襲，戰後校園修補、復原與接收，百廢待舉，但學生課業疏忽不得。1946年2月聽說鄰居台南師範（今台南大學）可能接收原一高女校地，剛上任的黃濬校長，決定師生一起搬桌椅，立刻遷入一高女大埔街校舍，接收了日治時代典雅的紅樓（今自強樓）和椰林校園。1946年4月政府決定讓1944年日治最後一屆入學生（1945不再招生），進入國府的高二。
1919年台南高等女學校本館（今自強樓）。昔稱紅樓，光復後改名「自強樓」，坐南朝北，呈一字型，中央突出，為日治學校本館建築共同特色之一。一樓半圓拱門，二樓平拱的紅磚古典式樣。山牆以巴洛克的圓弧線開展於天際。基座是洗石子，有氣孔防潮；屋身磚材，屋頂四坡式灰瓦；仿義大利托斯卡尼的簡單柱式。
1947年9月公文才正式合併兩校，其實學生早已融為一體2年了，所以該年12月29日是慶祝2週年校慶。至於，何以校慶和運動會分開？校慶慶典又經常不在同一日舉行？純粹考量運動會時間需要一天半時間，加上校慶活動不少，怕失去焦點而分散。選擇進行慶典的日子，還要考量假日，家長和校外人士才能參加，以2016年的99週年為例，選12月9日週五為運動會，12月10日週六舉行校慶；2017年的百年校慶則已經選定12月16日週六，昭告各地校友們回來共襄盛舉。
日本時代第二高女畢業生到底多少人？根據光復後1947年12月《第一期校慶特刊-台南女中》登錄的資料，做成表格如下：
從上表可見，當時是以日本時代二高女創校的1921年來統計，第一屆畢業生在1924年，一共23屆，延續到國府初期仍以二高女畢業屆次統計。第一期校刊中登錄的1946年畢業生148人中，是否涵蓋日治第一高女的學生？。1946年1月18日教育處函知財政處的「造送省立學校校長名冊」（註二）上，第一任黃濬校長，同時被任命為台南的第一女子中學（日治二高女）和第二女子中學（日治一高女）校長，政府派任她，應該是借重她在日本求學的經驗。再看補習科學生，除以畢業生總數，可知繼續升造者約占1/10。對傳統觀念上女子不太能夠受教育的台灣子弟而言，這2000多名女學生已經是幸運兒。
1947年第一期校刊中，教務處報告日治時期二高女歷年的學生人數。筆者根據文字說明，製作上述表格。
註一：1947年12月29日發行的第一期校慶特刊《台南女中》，第五頁-第六頁。根據呈現資料，統計結果為2254人，但校方寫2259人，不是合計錯誤，就是個別數字有誤。
首圖內容：大正時期之一高女紅樓。