蘭嶼飛魚季有許多禁忌，包括女人禁止參加任何飛魚祭典儀式，不能碰到出海的漁船；汛期時，不可在海邊游泳、釣魚，或者向海邊亂丟石子；飛魚季節開始，一律禁止罵髒話等等。
2016年政府青年首購牧表示，近年來有族人反映飛魚季期間，水上活動業者出入港澳或於傳統捕撈漁場進行活動，都影響到族人捕捉飛魚的作業，雙方曾發生口角，遊客大聲喧嘩，也不尊重族人禁忌，為了保護飛魚文化，才會公告此禁令，近日內將與業者進一步協調。