藥用植物學的授課內容主要由三大部分構成，分別是植物外部形態學的內容，包括根、莖、葉的外部形態，花的形態與構造、花序、果實和種子的形態構造;植物分類學的部分，包括分類學的總論，菌藻植物、苔蘚植物、蕨類植物、裸子植物和被子植物，其中被子植物部分包含上海及其周邊地區地區常見的22個科;第三部分為植物解剖學的內容，包括植物的細胞和組織，以及根、莖、葉的解剖構造。
植物分類學是整個藥用植物學課程的教學重點，植物外部形態學的內容是學習植物分類學的基礎，將這兩部分放在一起，一方面可以使知識點的內在聯系更加緊密，學生通過藥用植物學I的學習，很快就能憑借植物分類檢索表從植物外部形態入手鑒定未知的藥用植物，這樣可以極大的增強學生的自信心和提高學習的興趣;另一方面，這樣的處理可以排除植物解剖學部分的內容對學科知識體系的干擾，按照以前的教學模式，植物解剖學的內容分散在根、莖和葉的外部形態學部分，教學雙方都會感覺知識點凌亂，難以梳理系統化，影響學生對知識點的消化吸收;第三方面的好處是，將植物解剖學的內容獨立出來，可以切實減輕學生的學習負擔，如果學生對植物解剖學興趣較低，也不打算選修如生藥學和中藥鑒定學等需要解剖學知識儲備的課程，那么他完全可以選擇不修藥用植物學II，將其精力投入到感興趣的科目上去。
課程內容分解后，藥用植物學I還是開設在大學三年級的第二個學期，藥用植物學II則安排在大四的第一個學期。如前所述，藥用植物學是其他相關學科的基礎，而生藥學和天然藥物化學等專業必修課也是安排大三第一學期。這樣導致的一個直接問題就是學生在學習生藥學等課程時還沒有藥用植物學知識的基礎(尤其是缺乏植物解剖學的知識，因為藥植II安排在大四第一學期)，影響了學生學習這些課程的效果。另外一個問題是，通常到了大學四年級，大多數學生所修課程的學分已基本能夠滿足畢業的要求，此時學生的興趣已逐步的轉向就業或者繼續深造，因此導致選修藥用植物學II的學生人數大幅減少，常年保持在5人以下，有的時候甚至能出現選課人數為零的情況。雖然之前的課程分解是基于促進藥用植物的教學的考慮，且事實上也提高了藥用植物學I的教學質量，但藥用植物學II的選課人數過少，勢必從整體上影響藥學專業畢業生的質量，例如近些年的畢業生很少有會做顯微鑒定的。
通過調整開課時間，藥用植物學II的選課人數相對于調整前(不足5人)有了大幅度的提高，基本上一個年級有三分之一的同學都選修了藥用植物學II，還有相當一部分同學表示是因為課程沖突的緣故不能選修藥植II。另外一方面，將藥用植物學II提前一年開課后，也使學生的選課更加靈活，學生在畢業前有兩次機會選擇是否選修藥用植物學II，從而盡可能的保證大多數同學能有比較寬的知識面。
在藥用植物學I里，實驗課有24個學時，每周一次，每次四個學時，共六次實驗課。由于受春節放假的影響，每年春季學期開學時間都是不定的，加之春天天氣多變，而實驗課采用了較多的新鮮植物材料，因此，實驗內容每年都必須根據具體情況做相應的調整。我們有兩次實驗課的內容幾乎不受天氣影響，一是根、莖、葉的外部形態，實驗材料有新鮮的洋蔥、馬鈴薯、荸薺和生姜，干燥的臘葉標本和多年生的帶芽麟痕的櫻花枝條等;二是果實和種子的形態構造，實驗材料為各種新鮮果實，如蠶豆莢、蘋果、黃瓜和柑橘等，外加一些果實的液浸標本和干燥的玉米果實以及水泡老蠶豆。每個春季學期開學后，任課教師都會隨時留意物候，推算如結香、白玉蘭和毛茛等的開花時間，從而安排整個學期的實驗進度。
實驗課的調整包括三個方面的意思，一是實驗課開始的時間調整，通常首個實驗安排在學期的第二周或者第三周(根據具體情況而定)，而實驗課的第一次內容為根、莖、葉的外部形態，受天氣等因素的影響較小。二是實驗課順序的排列，通常情況下第二次實驗課內容為花的構造和花序，如果所需材料的花還未來得及開放，我們把第三次實驗課(果實和種子的形態構造)調整到第二次，把花和花序安排為第三次實驗課的內容。三是實驗課內容的重新組合，比如通常木蘭科、毛茛科和十字花科安排為一次實驗，緊接著薔薇科和豆科安排一次實驗，如果遇到開花時間不定的情況，如毛茛和油菜開花時間稍微晚了一周左右，而貼梗海棠或紅葉李的花期又有所提前，那么就可以把薔薇科和豆科的部分內容提前，而把毛茛根和十字花科的內容后置。通常分類學部分的實驗每年都不是固定的，需要根據當年的具體情況進行重新排列組合。與實驗課內容重新排列組合相適應，如果有的時候出現某些實驗課(主要是在分類學部分)當次所能找到的材料不足，這種情況下我們把該次實驗的學時調整為三個學時，后面適當增加實驗次數，從而整體上補足24個學時的實驗課。
由于受經費和教師人數等多方面因素的限制，我們的野外采藥實習時間被極度壓縮(只有一天時間)，地點為江蘇常熟虞山，通常安排在五一假期前后。為了在有限的時間內盡量的做好采藥實習，我們做了以下幾個方面的努力。一是邀請退休老教師參與采藥帶教工作，增加教師人手，相應增加學生分組數，減少每組學生人數。二是提前將虞山植物名錄發放到學生手中，讓學生知道能看到哪些藥用植物，哪些是課堂上所介紹過的植物。三是每個小組配備一套《江蘇植物志》(上下冊，借自學校圖書館)，盡可能讓學生自己鑒定藥用植物，老師給予必要的指導，以進一步增強學生的自信心和學習興趣，鞏固課堂教學效果。
總之，通過對過去教學的總結，我們認為將藥用植物學拆分為藥用植物學I和II是比較成功的，對于教學雙方都十分有利;對于課程拆分的帶來的不利影響，我們采取多種方式應對，如將整個課程提前一年開課，增加選修課的開課次數等;研究生帶教是研究生教育中重要的組成部分，需要高標準嚴要求，以確保本科實驗教學的質量;野外采藥實習是我們課程教育的短板，今后需要多方面努力，落實經費和人力，使我們的教學能更上一個臺階。