吉藏受戒以後，學解更進，聲望日高。陳桂陽王（伯謀）欽慕他的學問，對他特加尊敬。陳末，隋兵進攻建康，社會極為混亂。吉藏和一些同學前往各寺，搜集佛教文疏，藏於三間堂內，到戰事停止後加以整理。他涉獵典籍非常廣泛，後來他的著述注引的賅博，就是得力於此。隋朝平定江浙地方以後，吉藏遂移住會稽秦望山嘉祥寺。他在這裏弘傳佛法，從他受學者多至千餘人。後來學者即因他所住的寺號稱他為嘉祥大師。
吉藏弘法五十餘年，造就弟子很多。見於史傳記載的有慧遠、智拔、智凱（同名的兩人）、智命、碩法師、慧灌等。慧遠晚年住蘭田悟悟寺，盛行講說。智拔，襄陽人，初為智潤的弟子，後來京師從吉藏研究《法華》，深得吉藏的器重（《續僧傳》卷十四本傳）。智凱，丹陽人，因聞吉藏講《法華‧火宅品》而出家，發色較黑，被稱為烏凱，隨吉藏到會稽嘉祥寺，是吉藏門下的俊才（《續僧傳》卷十四本傳）。另一智凱是揚都人，聞吉藏在會稽傳播佛法，即棄俗從他出家，並受學三論。後隨吉藏入京，專攻子史，曾在內殿佛道辯論時折服了道士張鼎，是一個長於辯論的僧人（《續僧傳》卷三十本傳）。智命，滎陽（今河南）人，初從吉藏聽三論和《法華》，發生了信仰。後來夫婦同時出家，不久因事被殺（《續僧傳》卷二十七本傳）。碩法師從吉藏受學，曾著有《中論疏》十二卷。慧灌，高麗國人，曾入隋至會稽嘉祥寺從吉藏研究三論，後入日本傳弘三論，被稱為日本三論宗的初祖（日本師鍊《元亨釋書》卷一本傳）。