“複次。曼殊室利。彼藥師琉璃光如來得菩提時。由本願力。觀諸有情。遇眾病苦。瘦攣乾消。黃熱等病。或被魘魅蠱毒所中。或復短命。或時橫死。欲令是等病苦消除。所求願滿。”
“複次，曼殊師利”：佛又叫了一聲文殊師利，說“彼藥師琉璃光如來，得菩提時，由本願力”：這一位藥師琉璃光如來，得證菩提的時候，因為他在過去生中，本來發過大願，要做一個大醫王，來醫治一切眾生這八萬四千種的病，消除一切眾生的病苦，所以就以這個願力，來“觀諸有情”：觀察一切的眾生，“遇眾病苦”：這一切的眾生遭遇到無量無邊的病苦，有的是四大不調的病，有的是鬼神附身的病，有的是過去生所帶來的業障病。
譬如“瘦攣乾消、黃熱等病”：瘦，這是一種虛弱的病，瘦得就像皮包骨那么樣，這個人的生命力一天天地損耗，就要支持不住了。攣，這種病令人手腳都不能伸直了，一天天就萎縮了，停止生長了。另外又有一種渴病，這叫乾消，是一種乾渴的病。黃熱病，黃熱也就是一種黃疸病，一種熱病。這等，也就包括一切的傷寒、瘟疫，這種種的疾病。這是因為地水火風四大不調，或者太多，或者太少，所引起的種種病。
“或被魘魅蠱毒所中”：或者被這個魘魅、蠱毒所害。魘魅，就是在睡覺的時候，有這個魘魅鬼來壓到人的身上。這個被魘魅的人，他沒有辦法動彈，想要叫也叫不出聲來。蠱毒病，就是在那些邪法盛行的地方，好像中國的雲南，或者東南亞，有很多養蠱的人，他抓來一些含有劇毒的蟲類，譬如蜈蚣、毒蜘蛛、毒蠍子這些東西，把這種種有毒的蟲，放在同一個盆子裡邊，用這個符咒把盆子封起來，讓它們互相吞食，你吃我，我吃你，等最後剩下的這一條蟲，就含有一切的毒，是毒中之王。然後這養蠱的人，就用符咒的力量，來控制這隻已經成為妖精的毒蟲。命令它，去傷害他所想要傷害的人，讓對方生病，或者甚至於就死了。
“或復短命”：或者有一些人呢，他沒有得這種四大不調的病，也沒有這種鬼神所附的病，但是因為他前生殺業太重，所以他今生就短命，年紀輕輕的，突然就死了、夭折了。“或時橫死”：橫死，就是發生意外而死。或者是碰到什麼飛災橫禍，好像坐飛機，飛機就去撞山，或者掉到海里;坐火車，火車就出軌;坐輪船，輪船就爆炸，在海里沉了;開車子，車子又相撞;或者碰上大水災、大火災;或者地震、打颶風。這個人一點心理準備也沒有，就這么莫名其妙的，也不知怎么的就沒命了。
但是藥師琉璃光如來對這一切的因因果果，是明明白白的，所以“欲令是等病苦消除，所求願滿”：那么就要來拔除這些眾生的病苦，令眾生所求都能夠遂心滿願，病苦消除。
“時彼世尊入三摩地。名曰除滅一切眾生苦惱。既入定已。於肉髻中。出大光明。光中演說。大陀羅尼曰。南謨薄伽伐帝。鞞殺社窶嚕。薜琉璃。缽喇婆。喝囉闍也。怛他揭多耶。阿囉喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞殺社。三沒揭帝莎訶。爾時光中。說此咒已。大地震動。放大光明。一切眾生。病苦皆除。受安隱樂。”
“時彼世尊入三摩地”：這個時候，藥師琉璃光如來就入了三摩地。這三摩地是梵文，翻譯成中文，也就是正定、正受。這個定的名字叫什麼呢?“名曰除滅一切眾生苦惱”：就叫做除滅一切眾生苦惱，也就是入了這個除滅一切眾生苦惱的大定。
“既入定已”：入定之後，“於肉髻中”：藥師琉璃光如來就從他肉髻中的無見頂相，“出大光明”：放出無量無邊的大光明。
“光中演說大陀羅尼曰”：藥師琉璃光如來為了要救護一切眾生，除他的疾病痛苦，所以在這個光中說咒。這一個咒，雖然沒有多少句，也沒有多少字，很短的，可是它的妙用是無窮無盡的。雖然無窮無盡，你必須要有一種信心，專一心來持誦它。無論哪一位醫生，如果一方面給人看病，一方面再用這個咒給他來加持，相信這個病痛很快就好了。那么醫生就是以解除眾生的病苦為自己的責任，能有這樣的咒來幫助，這可以說是一個大醫王。所以做醫生的能把這個咒受持讀誦，那是最好的。那不做醫生的呢?也可以受持讀誦。無論在什麼地方，你若遇著人有疾病，那么給他一念，他都可以就好了。
這個咒是譯音，所以沒有什麼講解，不需要講解。這個咒也就是教你不明白，這妙處就是因為不明白。你這不明白，你也不知道怎么一回事，所以你那個心也不打妄想，就一心持這個咒，它就有感應。這個咒就說了：“南無薄伽伐帝。鞞殺社。窶嚕薜琉璃。缽喇婆。喝囉闍也。怛他揭多耶。阿囉喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞殺社。三沒揭帝莎訶。”
常常念這個咒，那個感應道交是不可思議的，所以說“爾時”：就在藥師琉璃光如來說這個灌頂真言的時候，“光中說此咒已”：在這光中說完了這個咒之後，“大地震動”：這個大地也有六種震動。六種震動就是震、吼、擊、動、涌、起，這六種形相。“放大光明”：這時候就放大光明了。“一切眾生病苦皆除”：病苦都沒有了，“受安隱樂”：都是得到安樂了。