曹昌堯醫師於1983年畢業於高雄醫學院醫學系。畢業後，先後進入台北馬偕紀念醫院及林口長庚紀念醫院擔任內科住院醫師，完成內科專科醫師訓練。之後，於林口長庚紀念醫院完成胸腔內科次專科醫師訓練，並且於1988起擔任胸腔內科主治醫師。其間於1991至1993年接受國科會及長庚醫院基礎醫學醫師培育獎學金，前往美國哈佛大學麻州總醫院任胸腔科研究員，兩年間主要從事胸腔感染免疫學及腫瘤醫學相關之研究。歸國後，曹昌堯醫師於1994進入長庚大學醫學院臨床醫學研究所博士班就讀，從事肺結核病免疫學之相關研究，並於1999年取得醫學博士學位。其後，持續進行與肺癌、結核病以及呼吸道疾病相關之研究，至今總共發表了超過100篇論文，其中大多數為第一或通訊作者，所有論文皆為具有編輯委員會之期刊論文，並且大多數是SCI論文。他也是Pragmatic and Observational Research的編輯委員，以及許多國際雜誌，例如：Chest，ERJ，ACMA，CLINICS的審稿委員。
♦在教學經歷方面：曹昌堯醫師從1987年至2003年於長庚大學醫學院擔任專任教師；期間於1989年獲得教育部講師資格、1993年獲得教育部副教授資格、2002年獲得教育部教授資格， 2003-2004年至宜蘭大學擔任兼任教授；2004-2006年至慈濟大學醫學院擔任專任教授；2006年起至今於中山醫學大學醫學院擔任專任教授。2006至2010年間先後擔任中山醫學大學醫學系主任及醫學院院長，期間並擔任附設醫院之醫學教育部副院長推動醫學中心之各項醫學教育。2010年8月起至今擔任中山醫學大學副校長，積極從事醫學教育工作。期間，並擔任多個政府及民間醫學教育學會的委員，例如：教育部大學校院校務評鑑委員、考選部醫師、牙醫師考試審議委員會委員、醫策會教學醫院評鑑委員。
♦在臨床醫療方面：曹昌堯醫師的專長為「胸腔及肺部腫瘤」、「肺癌最新之治療及診斷」以及「肺部相關疾病、感染症及免疫醫學」。曹醫師具有衛生署內科專科醫師證書、台灣胸腔暨重症加護醫學會胸腔暨重症專科醫師證書、台灣胸腔暨重症加護醫學會胸腔超音波專業醫師證書、台灣肺癌醫學會肺癌專科醫師證書、台灣結核病醫學會結核病專科診療醫師證書，並且為這些專科學會的訓練指導醫師。同時積極參加各項相關醫學會的公共事務，並曾擔任台灣胸腔暨重症加護醫學會、台灣結核病醫學會及台灣肺癌醫學會之理、監事。
♦在行政管理方面：曹昌堯醫師自1996年擔任林口長庚紀念醫院胸腔一科主任，至今20年間，先後承擔羅東博愛醫院醫療副院長、慈濟醫學中心台北分院副院長、中山醫學大學附設醫院副院長以及中山醫學大學醫學系主任及醫學院院長等一級主管職務，並於2010年8月起至今擔任中山醫學大學副校長。為在管理實務上更求專精曹醫師並於2014年完成逢甲大學EMBA學位，目前並在中山醫大與及甲大學EMBA班授課。