首先，「常設仲裁法院」常被人混淆為聯合國根據其憲章設立的「國際法庭」，二者雖都是租用位於海牙的和平宮，互為鄰居，但卻是截然不同的機構。前者成立於1899年，但其實並不是一個法庭，而是一個提供仲裁服務的秘書處，申請仲裁的國家或機構或個人，若肯付出經費，經批准後可在121個成員國過去所提出的仲裁員名單中（每成員國最多可提名四人）選取幾名仲裁員，為某爭議作出仲裁。聯合國的「國際法庭」則是聯合國六大常設機構之一，是真正的法庭，80年代美國在尼加拉瓜水域中埋下水雷封鎖該國，便是被聯合國的「國際法庭」判決為違法，要美國賠償，但美國不肯。同時，在「國際法庭」的官方網站中，可以見到它有段解說，與「常設仲裁法院」劃清界綫。