在過去的歷史之中，傳說著曾有人類以高科技創造了可飛行於天空的城市 －雷泊特。雖多數認為這是虛構幻想出來的事物，但仍有相信飛行城市存在而試圖尋找出的人們。某一日晚上，搭載眾多旅客的飛行客船突遭到空中海盜團的襲擊和入侵，空中海盜的目標是搭乘飛行船的一位名叫希達的少女身上所攜帶與飛行城市傳說相關的物品「飛行石」。巴魯與希達為了搶回飛行石並阻止穆斯卡的企圖，於是搭上了朵拉一族的飛行船一同前往拉普達——傳說的天空之城。