美崙校區係原國立花蓮教育大學校址，花蓮教育大學前身為省立花蓮師範學校，創設於1947年10月27日，首任校長為林范劍先生。初創時為縣府特撥花蓮市花岡山前成功中學為校址，除接收省立花蓮中學及省立花蓮女中附設簡易師範班外，並招收二年制及四年制簡易師範班各一班，初基始奠。1949年7月，汪知亭先生接掌本校，銳意發展校務，並成立附屬小學，規模漸備。
1951年10月，花蓮遭逢大地震，校舍設備損失慘重，一時難以修復。1953年8月，本校易長，許俊哲先生受任於百毀待復之際，致力整修校務，添補設備，學校現復舊觀。1956年，李昇先生接掌本校。1958年奉令增辦一年制特別師範科，招訓高中畢業有志青年；不意是年7月15日，溫妮大颱風侵花，校舍全毀，修復匪易，因作遷校計畫。1959年6月奉准遷至美崙校區現址，7月動工興建新校舍。12月奉令代辦退除役官兵轉國校師資訊練班。1960年9月完成遷校，黌舍面山背海，巍然壯觀。
1964年7月，本校奉令改制為師範專科學校，戴行悌先生任改制後首任校長。1965年設夜間部，招收普師畢業之現任教師進修。1966年，戴氏請辭，教育聽改派廖傳准先生繼任；1969年9月，何讓先生接任校長，建樹良多。1980年8月，何校長退休，鮑家驄先生接任，鮑校長承歷任校長慘淡經營之餘緒，更銳意革新，積極改進校務，重新規劃校區、加強學校建設、提高師資水準、強化各科教學、加強小學輔導、建立國際合作關係，以增進教學校果，提昇教育水準。
1987年7月1日，本校奉令改制為師範學院，設初等教育學系、語文教育學系、數理教育學系與社會科教育學系，並且附設二年至幼兒教育師資科。原校長鮑家驄先生奉聘為首任院長。1988年7月，本校提供國小教師進修機會，成立進修部，同年即行招生，並配合師資多元化發展之目標，協助東部紓解小學師資不足之困境，辦理國小師資及代課教師進修班。1990年8月1日，鮑校長退休，陳迺臣先生接任校長，賡續培養國民小學及學前教育優秀師資。1993年11月，陳迺臣院長任期屆滿，本校為落實校園民主之精神，陳伯璋先生經由遴選程序出任校長，首開師範學院校長遴選風氣之先。2000年10月劉錫麒校長接任校務，就任以來，致力推動校務，期能因應教育鼎革時潮，開啟師範教育之新局。
2004年8月1日，林煥祥先生接任創校以來第十三任校長，此時師範院校正面臨轉型的挑戰，林校長以積極的態度，本著「珍惜人文鄉土好傳統，開創國際視野新契機」的願景推動校務，期望能將花師由優良的傳統帶向美好的未來。
2008年5月國立東華大學與國立花蓮教育大學之校務會議同時通過合校案，8月正式合併。2012年11月「東華大學創新研究園區」正式於本校區啟動。