因為會講到悲慘結局，所以當然就會爆到動畫結局雷囉～大家自己斟酌往下看喔！
渣誠必須死！！！！！
結局是人工太陽將南北極的冰都溶化，造成海嘯造成35億人類死亡...動畫版就莫名完結在這裡了，在之後的劇場版才又補完後面的劇情，但總之不管主角怎麼做都是徒勞無功，無法拯救地球的明天。
大約從故事中段就感受到越來越悲慘的走向，最後龍龍跟忠狗在教堂彼此依偎死去，但動畫最後的表現是天使飛下來迎接他們，算是比較舒坦（？）的悲劇收場吧，但之後偶爾在網路上看到小孩子抱著狗狗睡覺的照片還是會不禁心頭一緊啊！
這裡說的應該是第一個舊版03年動畫的版本，當時漫畫還沒完結，動畫版的結局是愛德為了鍊成自己的弟弟，被換回來的阿爾還雖然完整但是失去記憶，愛德被則是拋到另一個沒有鍊金術的世界，兄弟倆就此分離...之後FA版就是照著漫畫演了～阿珂是覺得03版的結局也蠻有獨特的浪漫啦！
基本上每一篇都有人死掉，畢竟主題是火鳥鳳凰？
結局是宇宙生命體全滅，劇場版每個角色還有各種慘烈死法，網友之間也有個「全滅傳說」的稱號。