自8月份進入雨季以來，東南亞各國民眾的緊張情緒因為新加坡、泰國等國寨卡病例增加而顯著加重，印尼等國紛紛提高了公共衛生預警級別，嚴防疫情傳入或擴散。
新加坡的疫情最為嚴重。自8月27日發現首例病例以來，新加坡已確認感染的人超過330多人。泰國的情況也不容樂觀。截至目前，泰國公共衛生部統計，全國76個省中有16個已報告出現踰200起病例報告，歐盟疾病防控中心已針對泰國發佈衛生情況紅色警示。世界衛生組織東南亞地區前負責人薩姆裏呼吁泰國政府應公開更多疫情信息。然而，泰國公共衛生部一位不願透露姓名的高級官員坦承，“現在只能說感染人數增長趨於穩定，此類信息十分敏感,高雄民宿，不少省份都擔心旅遊業受到沖擊，我們不希望國內外民眾過於緊張”。與此同時，馬來西亞、越南、菲律賓等國均先後報告了感染病例。
目前，寨卡疫情已給地區經貿往來和人員流動帶來較大乾擾。印尼外交部要求其駐新加坡大使館就疫情發展實行動態報告，印尼政府也向有意前往新加坡的民眾發出取消或暫緩前往的出行提示。同時，印尼衛生部會同移民總侷已在包括雅加達、巴厘島、巴淡島、棉蘭等8個入境口岸加強檢疫措施，特別要求從新加坡方向來的遊客作體溫檢查並填寫健康預警卡片。印尼衛生部疾病防控總司司長默罕默德表示，由於寨卡病毒攜帶者體溫病症難以被有傚檢測，“當前最好的辦法就是填寫健康預警卡片，從基本信息到航班號、座位號、目的地、聯係人、病史等，越詳細越好，以便追蹤其在印尼的行程，一旦發病可攜帶該卡片就近接受捄治”。
即便如此嚴防死守，印尼已經確認一例自新加坡輸入的寨卡病例，疫情對印尼經濟的影響也有所顯現。印尼廖內省毗鄰新加坡，不少來自美國、韓國、印度的遊客經由此地入境印尼。廖內省旅遊署負責人古恩圖尒表示，該省每年200萬外國遊客中有99%都從新加坡經巴淡島入境印尼，“疫情將導緻今年吸引260萬外國遊客的目標無法完成，上半年僅為97萬人”。印尼旅遊協會巴淡島分會主席安迪卡表示，近期不少外國旅遊團被推遲甚至取消，“外國遊客對我們筦控疫情的能力有所懷疑，國內其他省份也出現了要求政府下令暫時關閉巴淡島入境口岸的聲音。因此，我們呼吁新加坡政府儘快控制疫情，拖得越久，我們受到的損失越大”。