Prokaryotik organizmalar, Eubacteria ve Arkeebakteria olmak üzere iki ana gruba ayrılır.
“Bakteri” terimi geleneksel olarak tüm mikroskobik, tek hücreli prokaryotlara uygulanmıştır. Bununla birlikte, moleküler sistematiği prokaryotik yaşamı ilk olarak Eubacteria ve Arkeebakteria olarak adlandırılan fakat şimdi eski bir ortak atadan bağımsız olarak evrimleşen Bakteriler ve Archaea olarak adlandırılan iki ayrı alandan oluştuğunu göstermiştir. Arkea ve ökaryotlar bakterilere göre birbiriyle daha yakından ilişkilidir. Eukarya ile birlikte bu iki alan, şu anda mikrobiyololojide en çok kullanılan sınıflandırma sistemi olan üç etki alanı sisteminin temelidir. Bununla birlikte, nispeten yeni moleküler sistematiğin tanıtımı ve mevcut genom dizilerinin sayısında hızlı bir artış nedeniyle bakteri sınıflandırması değişen ve genişleyen bir alan olmaya devam etmektedir. Örneğin, birkaç biyolog Archaea ve ökaryotların Gram-pozitif bakterilerden evrimleştiğini iddia ediyor.
Prokaryotik organizmaların iki ana gruba ayrılır nelerdir?