Yuan'ın gayri resmi devlet dini Budizm ve özellikle Tibet Budizm'i olarak kabul edilmektedir.
Budizm, İslam ve Hıristiyanlık gibi Yuan hanedanı sırasında uygulanan birçok din vardı. Yuan hanedanının kurulması önemli ölçüde Çin'deki Müslümanların sayısını artırmıştı. Ancak, batı hanlıklarının aksine, Yuan hanedanı asla İslam'a dönüşmedi. Bunun yerine Yuan hanedanının kurucusu Kubilay Han, Budizm'i, özellikle Tibet varyantlarını tercih etti. Sonuç olarak, Tibet Budizmi fiili devlet dini olarak kurulmuştur. Budist ve Tibet İşleri Bürosu (Xuanzheng Yuan) olarak bilinen üst düzey bölüm ve devlet kurumu, imparatorluk boyunca Budist rahipleri denetlemek için Khanbaliq (modern Pekin) kuruldu. Kubilay Han sadece Tibet Budizm'in Sakya mezhebini saygılı olduğundan, diğer dinler daha az önemli hale geldi. O ve halefleri sarayda bir Sakya İmparatorluk Öncüsü (Dishi) tuttular. Yuan hanedanının sona ermesinden önce, Sakya tarikatının 14 lideri İmparatorluk Öncüsü görevini tutmuş, böylece özel gücün tadını çıkarmışlardı. Ayrıca, Budizm Moğol himayesi Budist sanat anıtlar bir dizi sonuçlandı. Moğol Budist çevirileri, hemen hemen hepsi Tibet orijinallerinden, 1300'den sonra büyük bir ölçekte başladı. Celayir ve Oronar soyluları gibi üst sınıfın birçok Moğolları da Konfüçyüs akademisyenlerini ve kurumlarını korudu. Konfüçyüs ve Çin tarihi eserleri önemli sayıda Moğol diline çevrildi.

Yuan'ın gayri resmi devlet dini neydi?