Savaşı kaybeden Cem Sultan Ankara'ya geçti. Ankara'da da kaçışına devam eden Cem Sultan 1482 yazında otuz kadar adamıyla birlikte Rodos'a gitti.
Cem Sultan ağabeyi II. Bayezid'in padişahlığını kabul etmedi. Böylece Osmanlı devleti II. Bayezid ile Cem Sultan arasında uzun süren ve en sonunda Avrupa'nın da içine karıştığı bir taht kavgasına sahne oldu. II.Bayezid İstanbul'da tahta çıkmış olmasına rağmen Cem Sultan 4 bin askeriyle İnegöl önlerinde Bayezid' in henüz hazır olmayan Ayas Paşa idaresindeki ordusu ile savaştı. Bu savaşı kazanan Cem Sultan Bursa'da kendi adına hutbe okutmak ve para bastırmak suretiyle hükümdarlığını ilan etti. Bursa'da 18 gün saltanat süren Cem Sultan civardaki şehir ve kasabalara da hâkimiyetini kabul ettirdi ve II.Bayezid'e İmparatorluğu eşit olarak paylaşma teklifinde bulundu. Buna göre İmparatorluğun Anadolu toprakları Cem Sultan'a verilecekti.Ancak devletin ikiye bölünmesi anlamına gelen bu teklif, sadece Bayezid tarafından değil tüm devlet ileri gelenleri tarafından dehşetle karşılandı.Osmanlı Devleti'nin bölünmesini kendi çıkarlarına uygun gören Avrupalılar ve Memluklular bu konuda Cem Sultan'ı desteklediler. 1481 Haziranında II.Bayezid'in ordusuyla Yenişehir ovasında yaptığı savaşta yenilen Cem Sultan önce Konya'ya çekildi.Cem Sultan Konya'da yeterince destek bulamadı ve Tarsus'a geçti.Daha sonra da Memluk sultanından aldığı davet üzerine Kahire'ye gitti. Kahire'de büyük ilgi gören Cem Sultan orada kaldığı süre içerisinde Mekke'ye giderek hac vazifesini yerine getirdi.Bu dönemde, ağabeyi II.Bayezid kendisine padişahlıktan vazgeçmesi halinde 1 milyon akçe vermeyi teklif etti. Ama Cem Sultan bu teklifi reddetti.Benzeri teklifler tekrar yapıldıysa da, bunlar da sonuç vermedi. Memluklular'ın ve eski Karaman Beylerinin yardımıyla tekrar bir ordu toplayan Cem Sultan, 27 Mayıs 1482'de Konya'yı kuşattı.Ancak Osmanlı Ordusu'nun Konya'ya hareket etmesi üzerine kuşatma kaldırıldı.İki taraf Akşehir'de karşılaştı. Savaşı kaybeden Cem Sultan Ankara'ya geçti. Ankara'da da kaçışına devam eden Cem Sultan 1482 yazında otuz kadar adamıyla birlikte Rodos'a gitti.Cem Sultan 29 Temmuz 1482'de Rodos Şövalyelerinin Büyük Üstadı Pierre d'Aubusson tarafından büyük bir törenle karşılandı. Cem Sultan'ın amacı Rumeli'ye geçerek mücadelesini sürdürmekti.Ancak bundan sonra bir daha hayattayken vatanına dönemedi.Artık, Cem Sultan için Avrupa'da maceralı bir esaret hayatı başladı. Cem Sultan Rodos'a çıkmasından sonra Papa VIII. Innocentius'in isteği üzerine Fransa'ya gönderildi. Bu gelişmeden sonra önceleri Osmanlı Devleti'nin bir iç meselesi olan taht mücadelesi, böylelikle milletlerarası bir mesele hâline geldi. Bu olaydan çıkar sağlamak isteyen Papa VIII.Innocentius'un, Cem Sultan'a, Hıristiyan olması hâlinde onu Osmanlı Devleti'nin başına geçirebileceğini teklif ettiği söylenir. Kardeşi Cem Sultan Osmanlı Devleti'ne karşı yeni bir Haçlı seferi gerçekleştirmek için Cem Sultan'ı kullanmayı düşünen Papa VIII.Innocentius 1492'de öldü. Böylece Cem Sultan daha serbest bir hayata kavuştu.Fakat bu defa Fransa Kralı, Cem Sultanı kendi siyasi emelleri için bir koz olarak kullanmak istedi. Bu amaçla hareket eden Fransa Kralı VIII.Charles Roma üzerine yürüyerek 26 Ocak 1495'te Cem Sultan'ı Papa'dan teslim aldı. Fransız Ordusu ile beraber yola çıkan Cem Sultan, 25 Şubat 1495'te vefat etti.
Savaşı kaybeden Cem Sultan ne yaptı?