Metinde belirtilen bilgilere göre, Harkat-ul-Mücahideen'i yöneten kişi Fazlur Rehman Halil'dir.
Usame bin Ladin tarafından 2002 yılında yazılan 'Amerikan Halkına Mektup' kitabında, Amerika'yla savaşmasının nedenlerinden birinin Hindistan'ın Keşmir meselesine verdiği desteği olduğunu belirtti. ABD Savunma Bakanı Donald Rumsfeld 2002 yılında Delhi'ye yaptığı bir gezi sırasında El-Kaide'nin Kashmir'de aktif olduğunu öne sürdü, ancak elinde sağlam bir kanıt yoktu. 2002 yılında yapılan bir soruşturma, El-Kaide ve bağlı kuruluşlarının Pakistan tarafından yönetilen Keşmir'de Pakistan'ın Ulusal İstihbarat Teşkilatı Inter-Services İstihbaratının zımni onayı ile zenginleştiğine dair kanıtlar ortaya çıkardı. Özel Hava Servisi ve Delta Kuvvetlerinden oluşan bir ekip, Kaşmiri militan grubu Harkat-ul-Mücahit tarafından korunduğunu bildirdikten sonra 2002 yılında Usame bin Ladin'i avlamak üzere Hint yönetimindeki Keşmir'e gönderildi. ABD'li yetkililer, El-Kaide'nin Keşmir'de Hindistan ve Pakistan arasındaki çatışmayı tetiklemek için bir terör kampanyasının düzenlenmesine yardım ettiğine inanıyordu. Harkat-ul-Mücahideen'in lideri Fazlur Rehman Halil, El Kaide'nin 1998 yılındaki kutsal savaş ilanını imzaladı ve Müslümanları tüm Amerikalılara ve müttefiklerine saldırmaya çağırdı. Hint kaynakları 2006 yılında El-Kaide Keşmir'de bir kanat kurduklarını iddia etti; bu da Hint hükümetini endişelendirdi. Hindistan, El-Kaide'nin Pakistan'daki Keşmir militan grupları Lashkar-e-Taiba ve Jaish-e-Muhammed ile güçlü bağları olduğunu da iddia etti. ABD Savunma Bakanı Robert Gates, Ocak 2010'da Pakistan'a yaptığı ziyarette, El-Kaide'nin bölgeyi istikrarsızlaştırmak istediğini ve Hindistan ile Pakistan arasında nükleer bir savaş başlatmayı planladığını belirtti.
Harkat-ul-Mücahideen'i kim yönetti?