NEW FLUORESCENT DYES AND THEIR USES AS BIOMARKERSThe present application relates to new fluorescent dyes and their uses as fluorescent labels. The compounds may be used as fluorescent labels for nucleotides in nucleic acid sequencing applications.A compound of Formula (I) or mesomeric forms thereof:wherein each R1, R2, and R1 is independently selected from the group consisting of H, alkyl, substituted alkyl, alkoxy, alkenyl, alkynyl, haloalkyl, haloalkoxy, alkoxyalkyl, amino, aminoalkyl, aminosulfonyl, halo, cyano, hydroxy, hydroxyalkyl, heteroalkyl, C-carboxy, O- carboxy, C-amido, N-amido, nitro, sulfonyl, sulfo, sulfino, sulfonate, sulfonyl halide, S- sulfonamido, N-sulfonamido, optionally substituted carbocyclyl, optionally substituted aryl, optionally substituted heteroaryl and optionally substituted heterocyclyl;alternatively, R1 and R1 together and with the atoms to which they are attached form a ring or ring system selected from the group consisting of optionally substituted carbocyclyl, optionally substituted aryl, optionally substituted heteroaryl, and optionally substituted heterocyclyl;each R3 and R4 is independently selected from the group consisting of H, alkyl, substituted alkyl, alkenyl, alkynyl, aminoalkyl, haloalkyl, heteroalkyl, alkoxyalkyl, sulfonyl hydroxide, optionally substituted aryl, optionally substituted heteroaryl, optionally substituted carbocyclyl, and optionally substituted heterocyclyl;alternatively, R1 and R3 together with the atoms to which they are attached form a ring or ring system selected from the group consisting of optionally substituted 5-10 membered heteroaryl or optionally substituted 5-10 membered heterocyclyl;alternatively, R2 and R4 together with the atoms to which they are attached form a ring or ring system selected from the group consisting of optionally substituted 5-10 membered heteroaryl and optionally substituted 5-10 membered heterocyclyl;R5 and R6 is independently selected from the group consisting of alkyl, substituted alkyl, alkoxy, alkenyl, alkynyl, haloalkyl, haloalkoxy, alkoxyalkyl, amino, aminoalkyl, aminosulfonyl, halo, cyano, hydroxy, hydroxyalkyl, heteroalkyl, C-carboxy, O-carboxy, C- amido, N-amido, nitro, sulfonyl, sulfo, sulfino, sulfonate, sulfonyl halide, S-sulfonamido, N- sulfonamido, optionally substituted carbocyclyl, optionally substituted aryl, optionally substituted heteroaryl and optionally substituted heterocyclyl;R is selected from -OR7 or -NR8R9;R7 is selected from the group consisting of H, alkyl, substituted alkyl, optionally substituted aryl, optionally substituted heteroaryl, optionally substituted carbocyclyl, and optionally substituted heterocyclyl;each R8 and R9 is independently selected from the group consisting of H, alkyl, substituted alkyl, alkenyl, alkynyl, aminoalkyl, carboxyalkyl, sulfonatoalkyl, haloalkyl, heteroalkyl, alkoxyalkyl, sulfo, optionally substituted aryl, optionally substituted heteroaryl, optionally substituted carbocyclyl, and optionally substituted heterocyclyl;X is selected from the group consisting of O, S, NR10, and Se;R10 is selected from the group consisting of H, alkyl, substituted alkyl, optionally substituted aryl, optionally substituted heteroaryl, optionally substituted carbocyclyl, and optionally substituted heterocyclyl;m is an integer selected from 0 to 4; andn is an integer selected from 0 to 4; provided thatwhen each R1, R1 and R2 is H; each R3 and R4 is ethyl; each m and n is 0; R is - NHCH(CH3)CH2OH; then X is selected from O, S or Se;when each R1, R1 and R2 is H; each R3 and R4 is ethyl; each m and n is 0; R is-OH; then X is selected from S or Se;when each R1, R1 and R2 is H; each R3 and R4 is ethyl; m is 1 and R5 is methyl; n is 0; R is -OH or -OEt; then X is selected from S, NR10 or Se; andwhen each R1, R1 and R2 is H; each R3 and R4 is ethyl; m is 1 and R5 is -S(02)Et; n is 0; R is -OH or -OEt; then X is selected from S, NR10 or Se.
신규한 형광 염료 및 바이오마커로서의 이의 용도본 출원은 신규한 형광 염료 및 형광 표지로서의 이들의 용도에 관한 것이다. 상기 화합물은 핵산 서열분석 용도에서 뉴클레오타이드에 대한 형광 표지로서 사용될 수 있다.하기 화학식 (I)의 화합물 또는 이의 메소메리 형태(mesomeric form):식 중, 각각의 R1, R2 및 R1'는 H, 알킬, 치환된 알킬, 알콕시, 알켄일, 알킨일, 할로알킬, 할로알콕시, 알콕시알킬, 아미노, 아미노알킬, 아미노설폰일, 할로, 사이아노, 하이드록시, 하이드록시알킬, 헤테로알킬, C-카복시, O-카복시, C-아미도, N-아미도, 나이트로, 설폰일, 설포, 설피노, 설폰산염, 설폰일 할로겐화물, S-설폰아미도, N-설폰아미도, 선택적으로 치환되는 카보사이클릴, 선택적으로 치환되는 아릴, 선택적으로 치환되는 헤테로아릴 및 선택적으로 치환되는 헤테로사이클릴로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고;대안적으로, R1과 R1'는 이들이 부착되는 원자와 함께 선택적으로 치환되는 카보사이클릴, 선택적으로 치환되는 아릴, 선택적으로 치환되는 헤테로아릴, 및 선택적으로 치환되는 헤테로사이클릴로 이루어진 군으로부터 선택되는 고리 또는 고리계를 형성하며;각각의 R3 및 R4는 H, 알킬, 치환된 알킬, 알켄일, 알킨일, 아미노알킬, 할로알킬, 헤테로알킬, 알콕시알킬, 설폰일 하이드록사이드, 선택적으로 치환되는 아릴, 선택적으로 치환되는 헤테로아릴, 선택적으로 치환되는 카보사이클릴, 및 선택적으로 치환되는 헤테로사이클릴로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고;대안적으로, R1과 R3은 이들이 부착되는 원자와 함께 선택적으로 치환되는 5 내지 10원 헤테로아릴 또는 선택적으로 치환되는 5 내지 10원 헤테로사이클릴로 이루어진 군으로부터 선택되는 고리 또는 고리계를 형성하며;대안적으로, R2와 R4는 이들이 부착되는 원자와 함께 선택적으로 치환되는 5 내지 10원 헤테로아릴 및 선택적으로 치환되는 5 내지 10원 헤테로사이클릴로 이루어진 군으로부터 선택되는 고리 또는 고리계를 형성하고;R5 및 R6은 알킬, 치환된 알킬, 알콕시, 알켄일, 알킨일, 할로알킬, 할로알콕시, 알콕시알킬, 아미노, 아미노알킬, 아미노설폰일, 할로, 사이아노, 하이드록시, 하이드록시알킬, 헤테로알킬, C-카복시, O-카복시, C-아미도, N-아미도, 나이트로, 설폰일, 설포, 설피노, 설폰산염, 설폰일 할로겐화물, S-설폰아미도, N-설폰아미도, 선택적으로 치환되는 카보사이클릴, 선택적으로 치환되는 아릴, 선택적으로 치환되는 헤테로아릴 및 선택적으로 치환되는 헤테로사이클릴로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되며;R은 -OR7 또는 -NR8R9로부터 선택되고;R7은 H, 알킬, 치환된 알킬, 선택적으로 치환되는 아릴, 선택적으로 치환되는 헤테로아릴, 선택적으로 치환되는 카보사이클릴, 및 선택적으로 치환되는 헤테로사이클릴로 이루어진 군으로부터 선택되며; 각각의 R8 및 R9는 H, 알킬, 치환된 알킬, 알켄일, 알킨일, 아미노알킬, 카복시알킬, 설포네이토알킬, 할로알킬, 헤테로알킬, 알콕시알킬, 설포, 선택적으로 치환되는 아릴, 선택적으로 치환되는 헤테로아릴, 선택적으로 치환되는 카보사이클릴, 및 선택적으로 치환되는 헤테로사이클릴로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고;X는 O, S, NR10 및 Se로 이루어진 군으로부터 선택되며;R10은 H, 알킬, 치환된 알킬, 선택적으로 치환되는 아릴, 선택적으로 치환되는 헤테로아릴, 선택적으로 치환되는 카보사이클릴, 및 선택적으로 치환되는 헤테로사이클릴로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고;m은 0 내지 4의 정수이며; 그리고n은 0 내지 4의 정수이고; 단,각각의 R1, R1' 및 R2가 H이며; 각각의 R3 및 R4가 에틸이고; 각각의 m 및 n이 0이며; R이 -NHCH(CH3)CH2OH일 때; X는 O, S 또는 Se로부터 선택되고;각각의 R1, R1' 및 R2가 H이며; 각각의 R3 및 R4가 에틸이고; 각각의 m 및 n이 0이며; R이 -OH일 때; X는 S 또는 Se로부터 선택되고;각각의 R1, R1' 및 R2가 H이고; 각각의 R3 및 R4가 에틸이며; m이 1이고, R5가 메틸이며; n은 0이고; R은 -OH 또는 -OEt일 때; X는 S, NR10 또는 Se로부터 선택되고; 그리고각각의 R1, R1' 및 R2가 H이고; 각각의 R3 및 R4가 에틸이며; m이 1이고 R5가 -S(O2)Et이고; n은 0이며; R은 -OH 또는 -OEt일 때; X는 S, NR10 또는 Se로부터 선택된다.