COMPOSITIONS AND METHODS FOR PROTEIN DETECTIONThe invention relates generally to peptide biomarkers with specific ionization characteristics to directly quantify one or more transgenic target proteins in biological samples, including transgenic plant samples, by liquid chromatography coupled tandem mass spectrometry multiple reaction monitoring (MRM). The peptide biomarkers in combination with MRM-based methods may  be used to quantify a single transgenic target protein or multiple transgenic target proteins within a stacked transgenic crop, such as maize, utilizing selected peptide biomarkers either alone or in combination. The present disclosure allows for broad based, reliable quantitation in different biological matrices, including plant matrices. The peptide biomarkers of the invention can further be used as trait biomarkers to support identification and/or selection of specific transgenic Events. Also provided are different peptide biomarker combinations that can be used to perform the methods of the invention.A labeled surrogate peptide that functions in a mass spectrometry assay to selectively detect or quantify a target transgenic protein selected from the group consisting of: a cry1ab protein, an ecry3.1ab protein, a mcry3a protein, a vip3 protein, a double mutant 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase (dmesps) protein, a glufosinate acetyltransferase (pat) protein, and a phosphomannose isomerase (pmi) protein in a mixture of transgenic and non-transgenic proteins in one or more biological samples from one or more transgenic plants, said substitution peptide comprising a marker and an amino acid sequence selected from the group consisting of: gsaqgiegsir (seq id no:1), ivaqlgqgvyr (seq id no:2), tlsstlyr (seq id no:3), dvsvfgqr (seq id no:4), typr (seq id no:5), tvsqltr (seq id no:6), wyntgtgler (seq id no:7), eweadptnpalr (seq id no:8), vwpgpdsr (seq id no:9), apmfswihr (seq id no:10), wgfdaatinsr (seq id no:11), nqassr (seq id no:12), ieefar (seq id no:13), sgfsnssvsiir (seq id no:14), lshvsmfr (seq id no:15), 23 73 (seq id no:16), leglsnlyqiyaesfr (seq id no:17), ynfr (seq id no:18), yndtrr (seq id no:19), sphlmdilnsitiytdahr (seq id no:20), saefnniipssqitqipltk (seq id no:21), qgfr (seq id no:22), seq id no: mdnnpninecipynclsnpevevlgger (seq id no:24), seq id no:24), rpfniginnqqlsvldgtefaygtssnlpsavyr (seq id no:25), sgtvdsldeippqnnnvppr (seq id no:26), tdvtdyhidqv (seq id no:27), avnelftssnqiglk (seq id no:28), itqlpltk (seq id no:29), gldsttk (seq id no:30), qcagirpydgr (seq id no:31), iefvpaevtfeaeydler (seq id no:32), itqlplvk (seq id no:33), mtadnntealdssttk (seq id no:34), vyidk (seq id no:35), dggisqfigdk (seq id no:36), littltck (seq id no:37), elllatdlsnk (seq id no:38), feeltfatetssk (seq id no:39), evlfek (seq id no:40), taselitk (seq id no:41), dvsemfttk (seq id no:42), llgladidytsimnehlnk (seq id no:43), idftk (seq id no:44), tdtggdltldeilk (seq id no:45), dimnk (seq id no:46), vhk (seq id no: 685), seq id no:47), and 68548, itsmlsdvik (seq id no:49), qnlqldsfstyr (seq id no:50), dslseviygdmdk (seq id no:51), miveakpghaligfeisndsitvlk (seq id no:52), vyfsvsgdanvr (seq id no:53), nqqllndisgk (seq id no:54), vesseaeyr (seq id no:55), ymsgak (seq id no:56), dgspadildelteltelak (seq id no:57), vyeak (seq id no:58), ldaintmlr (seq id no:59), gkpsihlk (seq id no:60), dentgyihyedtnnnledyqtink (seq id no:61), dnfyielsqgnnlyggpivhfydvsik (seq id no:62), llcpdqseqiyytnnivfpneyvitk (seq id no:63), sqngdeawgdnfiileispsek (seq id no:64), nayvdhtggvngtk (seq id no:65), ldgvngslndliaqgnlntelsk (seq id no:66), ianeqnqvlndvnnk (seq id no:67), yevtanfydsstgeidlnk (seq id no:68), qnyalslqieylsk (seq id no:69), qelisdk (seq id no:70), llspelintnnwtstgstnisgntltlyqggr (seq id no: 3671), and ek no:72 (vn id no:72), qnyqvdk (seq id no:73), magaeeivlqpik (seq id no:74), fpvedak (seq id no:75), eisgtvk (seq id no:76), illlaalsegttvvdnllnsedvhymlgalr (seq id no:77), dfelpapprpvrpvtqi (seq id no:78), lglgstlythllk (seq id no:79), msper (seq id no:80), hggwhdvgfwqr (seq id no:81), naydwtvestvyvshr (seq id no:82), tepqtpqewiddler (seq id no:83), aagyk (seq id no:84), ypwlvaevegvvagiayagpwk (seq id no:85), rpveirpataadmaavcdivnhyietstvnfr (seq id no:86), enaagipmdaaer (seq id no:87), alailk (seq id no:88), saldsqqgepwqtir (seq id no:89), gsqqlqlkpgesafiaanespvtvk (seq id no:90), feakpanqlltqpvk (seq id no:91), stllgeavak (seq id no:92), linsvqnyawgsk (seq id no:93), hnseigfak (seq id no:94), seq id no: vlcaaqplsiqvhpnk (seq id no:95), taltelygmenpssqpmaelwmgahpk (seq id no:96), lselfasllnmqgeek (seq id no:97) and qgaeldfpipvddfafslhdlsdk (seq id no: 98).
단백질 검출을 위한 조성물 및 방법본 발명은 일반적으로 액체 크로마토그래피 결합 탠덤 질량 분광법 다중 반응 모니터링(MRM)에 의해  트랜스제닉(transgenic) 식물 샘플을 포함하여 생물학적 샘플에서 하나 이상의 트랜스제닉 표적 단백질을 직접적으로 정량화하는 특이적인 이온화 특징을 갖는 펩티드 바이오마커에 관한 것이다. MRM-기반 방법과 조합된 펩티드 바이오마커는 선택된 펩티드 바이오마커를 단독으로 또는 조합하여 사용하여 메이즈와 같은 적층된 트랜스제닉 작물 내에서 단일 트랜스제닉 표적 단백질 또는 다중 트랜스제닉 표적 단백질을 정량화하기 위해 사용될 수 있다. 본 개시는 식물 매트릭스를 포함하여 여러 생물학적 매트릭스에서 광범위하고 신뢰 가능한 정량화를 가능하게 한다. 본 발명의 펩티드 바이오마커는 추가로 특이적 트랜스제닉 이벤트의 식별 및/또는 선택을 지원하는 형질 바이오마커로서 사용될 수 있다. 또한, 본 발명의 방법을 수행하기 위해 사용될 수 있는 여러 펩티드 바이오마커 조합이 제공된다.하나 이상의 트랜스제닉(transgenic) 식물로부터의 하나 이상의 생물학적 샘플 중 트랜스제닉 단백질과 비-트랜스제닉 단백질의 혼합물에서 Cry1Ab 단백질, eCry3.1Ab 단백질, mCry3A 단백질, Vip3 단백질, 이중 돌연변이체 5-에놀피루빌시키메이트-3-포스페이트  신타제(dmEPSPS) 단백질, 포스피노트리신 아세틸트랜스페라제(PAT) 단백질 및 포스포만노스 이소머라제(PMI) 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된 표적 트랜스제닉 단백질을 선택적으로 검출하거나 정량화하기 위해 질량 분광법 검정에서 작용하는 표지 대리 펩티드(labeled surrogate peptide)로서, 대리 펩티드는 표지 및 GSAQGIEGSIR(SEQ ID NO:1), IVAQLGQGVYR(SEQ ID NO:2), TLSSTLYR(SEQ ID NO:3), DVSVFGQR(SEQ ID NO:4), TYPIR(SEQ ID NO:5), TVSQLTR(SEQ ID NO:6), WYNTGLER(SEQ ID NO:7), EWEADPTNPALR(SEQ ID NO:8), VWGPDSR(SEQ ID NO:9), APMFSWIHR(SEQ ID NO:10), WGFDAATINSR(SEQ ID NO:11), NQAISR(SEQ ID NO:12), IEEFAR(SEQ ID NO:13), SGFSNSSVSIIR(SEQ ID NO:14), LSHVSMFR(SEQ ID NO:15), EIYTNPVLENFDGSFR(SEQ ID NO:16), LEGLSNLYQIYAESFR(SEQ ID NO:17), YNQFR(SEQ ID NO:18), YNDLTR(SEQ ID NO:19), SPHLMDILNSITIYTDAHR(SEQ ID NO:20), SAEFNNIIPSSQITQIPLTK(SEQ ID NO:21), QGFSHR(SEQ ID NO:22), MDNNPNINECIPYNCLSNPEVEVLGGER(SEQ ID NO:23), ELTLTVLDIVSLFPNYDSR(SEQ ID NO:24), RPFNIGINNQQLSVLDGTEFAYGTSSNLPSAVYR(SEQ ID NO:25), SGTVDSLDEIPPQNNNVPPR(SEQ ID NO:26), TDVTDYHIDQV(SEQ ID NO:27), AVNELFTSSNQIGLK(SEQ ID NO:28), ITQLPLTK(SEQ ID NO:29), GLDSSTTK(SEQ ID NO:30), QCAGIRPYDGR(SEQ ID NO:31), IEFVPAEVTFEAEYDLER(SEQ ID NO:32), ITQLPLVK(SEQ ID NO:33), MTADNNTEALDSSTTK(SEQ ID NO:34), VYIDK(SEQ ID NO:35), DGGISQFIGDK(SEQ ID NO:36), LITLTCK(SEQ ID NO:37), ELLLATDLSNK(SEQ ID NO:38), FEELTFATETSSK(SEQ ID NO:39), EVLFEK(SEQ ID NO:40), TASELITK(SEQ ID NO:41), DVSEMFTTK(SEQ ID NO:42), LLGLADIDYTSIMNEHLNK(SEQ ID NO:43), IDFTK(SEQ ID NO:44), TDTGGDLTLDEILK(SEQ ID NO:45), DIMNMIFK(SEQ ID NO:46), ALYVHK(SEQ ID NO:47), VNILPTLSNTFSNPNYAK(SEQ ID NO:48), ITSMLSDVIK(SEQ ID NO:49), QNLQLDSFSTYR(SEQ ID NO:50), DSLSEVIYGDMDK(SEQ ID NO:51), MIVEAKPGHALIGFEISNDSITVLK(SEQ ID NO:52), VYFSVSGDANVR(SEQ ID NO:53), NQQLLNDISGK(SEQ ID NO:54), VESSEAEYR(SEQ ID NO:55), YMSGAK(SEQ ID NO:56), DGSPADILDELTELTELAK(SEQ ID NO:57), VYEAK(SEQ ID NO:58), LDAINTMLR(SEQ ID NO:59), GKPSIHLK(SEQ ID NO:60), DENTGYIHYEDTNNNLEDYQTINK(SEQ ID NO:61), DNFYIELSQGNNLYGGPIVHFYDVSIK(SEQ ID NO:62), LLCPDQSEQIYYTNNIVFPNEYVITK(SEQ ID NO:63), SQNGDEAWGDNFIILEISPSEK(SEQ ID NO:64), NAYVDHTGGVNGTK(SEQ ID NO:65), LDGVNGSLNDLIAQGNLNTELSK(SEQ ID NO:66), IANEQNQVLNDVNNK(SEQ ID NO:67), YEVTANFYDSSTGEIDLNK(SEQ ID NO:68), QNYALSLQIEYLSK(SEQ ID NO:69), QLQEISDK(SEQ ID NO:70), LLSPELINTNNWTSTGSTNISGNTLTLYQGGR(SEQ ID NO:71), YVNEK(SEQ ID NO:72), QNYQVDK(SEQ ID NO:73), MAGAEEIVLQPIK(SEQ ID NO:74), FPVEDAK(SEQ ID NO:75), EISGTVK(SEQ ID NO:76), ILLLAALSEGTTVVDNLLNSEDVHYMLGALR(SEQ ID NO:77), DFELPAPPRPVRPVTQI(SEQ ID NO:78), LGLGSTLYTHLLK(SEQ ID NO:79), MSPER(SEQ ID NO:80), HGGWHDVGFWQR(SEQ ID NO:81), NAYDWTVESTVYVSHR(SEQ ID NO:82), TEPQTPQEWIDDLER(SEQ ID NO:83), AAGYK(SEQ ID NO:84), YPWLVAEVEGVVAGIAYAGPWK(SEQ ID NO:85), RPVEIRPATAADMAAVCDIVNHYIETSTVNFR(SEQ ID NO:86), ENAAGIPMDAAER(SEQ ID NO:87), ALAILK(SEQ ID NO:88), SALDSQQGEPWQTIR(SEQ ID NO:89), GSQQLQLKPGESAFIAANESPVTVK(SEQ ID NO:90), FEAKPANQLLTQPVK(SEQ ID NO:91), STLLGEAVAK(SEQ ID NO:92), LINSVQNYAWGSK(SEQ ID NO:93), HNSEIGFAK(SEQ ID NO:94), VLCAAQPLSIQVHPNK(SEQ ID NO:95), TALTELYGMENPSSQPMAELWMGAHPK(SEQ ID NO:96), LSELFASLLNMQGEEK(SEQ ID NO:97) 및 QGAELDFPIPVDDFAFSLHDLSDK(SEQ ID NO:98)로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는, 표지 대리 펩티드.