METHODS FOR DETECTING FUNGI IN TURF GRASS WITH A LAMP ASSAY HAVING NOVEL PRIMER SETSThe present invention provides a method for detecting fungal DNA in a turf grass sample with a loop- mediated isothermal amplification (LAMP) assay which contains primers for fungal DNA of at least one turf pathogenic fungi selected from Sclerotinia homoeocarpa, Rhizoctonia solani spp., Pythium ashanidematum, Gaeumannomyces graminis spp., Microdochium nivale spp., Magnaporthe poae, Colletotrihum graminicola, Colletotrichum cereale and Pytium ultimum var. ultimum, comprising: subjecting the turf sample to a LAMP reaction wherein the LAMP reaction uses a primer set of four or more nucleic acid sequences with each primer in the set having from 15 to 50 nucleic acids The primers useful in the present method are selected from specifically selected internal transcribed spacer regions or genes of the target fungi to provide improved assay results.A method for detecting fungal DNA in a turf grass sample with a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay which contains primers for fungal DNA of at least one turf pathogenic fungi selected from Sclerotinia homoeocarpa, Rhizoctonia solani spp., Pythium ashanidematum, Gaeumannomyces graminis spp., Microdochium nivale spp., Magnaporthe poae, Colletotrichum graminicola, Colletotrichum cereale and Pytium ultimum var. ultimum, comprising: subjecting the turf sample to a LAMP reaction wherein the LAMP reaction uses a primer set of four or more nucleic acid sequences with each primer in the set having from 15 to 50 nucleic acids, and wherein the set of primers comprises at least one primer set selected from:(a) a primer set for detecting Sclerotinia homoeocarpa DNA that comprises or is selected from primers each respectively having a sequence which is at least 90% identical to SEQ ID NOs:14, 15, 16 and 17,(b) a primer set for detecting Rhizoctonia solani DNA that comprises or is selected from from primers each respectively having a sequence which is at least 90% identical to SEQ ID NO: 20, 21, 22 and 23, or that comprises or is selected from primers each respectively having a sequence which is at least 90% identical to SEQ ID NO: 62, 63. 66 and 67.;(c) a primer set for detecting Microdochium nivale var. nivale DNA that comprises or is selected from primers each respectively having a sequence which is at least 90% identical to SEQ ID NO: 26, 27, 28, and 29.;(d) a primer set for detecting Pythium ashanidematum DNA that comprises or is selected from primers each respectively having a sequence which is at least 90% identical to SEQ ID NO: 32, 33, 36, and 37.;(e) a primer set for detecting Gaeumannomyces graminis var. avenae DNA that comprises or is selected from primers each respectively having a sequence which is at least 90% identical to SEQ ID NO: 38, 39, 42 and 43(f) a primer set for detecting Microdochium nivale var. majus DNA that comprises or is selected from primers each respectively having a sequence which is at least 90% identical to SEQ ID NO: 44, 45, 48 and 49;(g) a primer set for detecting Magnaporthe poae DNA that comprises or is selected from primers each respectively having a sequence which is at least 90% identical to SEQ ID NO: 50, 51, 54 and 55;(h) a primer set for detecting Colletotrihum graminicola DNA that comprises or is selected from primers each respectively having a sequence which is at least 90% identical to SEQ ID NO: 74 75, 78 and 79;(i) a primer set for detecting Colletotrichum cereale DNA that comprises or is selected from primers each respectively having a sequence which is at least 90% identical to SEQ ID NO: 80, 81, 84 and 85; and(j) a primer set for detecting Pytium ultimum var. Ultimum DNA that comprises or is selected from primers each respectively having a sequence which is at least 90% identical to SEQ ID NO: 86, 87, 90 and 91.
신규한 프라이머 세트를 갖는 LAMP 검정으로 터프 그래스에서 진균을 검출하기 위한 방법본 발명은 스클레로티니아 호모에오카르파(Sclerotinia homoeocarpa), 리족토니아 솔라니 종(Rhizoctonia solani spp.), 피시움 아파니더마툼(Pythium aphanidermatum), 게우만노마이세스 그라미니스 종(Gaeumannomyces graminis spp.), 미크로도키움 니발레 종(Microdochium nivale spp.), 마그나포르테 포아에(Magnaporthe poae), 콜레토트리쿰 그라미니콜라(Colletotrichum graminicola), 콜레토트리쿰 세레알레(Colletotrichum cereale) 및 피시움 울티뭄 변종 울티뭄(Pythium ultimum var. ultimum)으로부터 선택되는 적어도 하나의 터프 병원성 진균의 진균 DNA에 대한 프라이머를 함유하는 루프-매개 등온 증폭(loop-mediated isothermal amplification; LAMP) 검정으로 터프 그래스(turf grass) 샘플에서 진균 DNA를 검출하기 위한 방법을 제공하며, 상기 방법은 터프 샘플을 LAMP 반응시키는 단계를 포함하고, 상기 LAMP 반응은 4개 이상의 핵산 서열의 프라이머 세트를 사용하고, 상기 세트의 각 프라이머는 15 내지 50개의 핵산을 갖는다. 본 발명의 방법에 유용한 프라이머는 개선된 검정 결과를 제공하기 위해 표적 진균의 특이적으로 선택된 내부 전사 스페이서 영역 또는 유전자로부터 선택된다.스클레로티니아 호모에오카르파(Sclerotinia homoeocarpa), 리족토니아 솔라니 종(Rhizoctonia solani spp.), 피시움 아파니더마툼(Pythium aphanidermatum), 게우만노마이세스 그라미니스 종(Gaeumannomyces graminis spp.), 미크로도키움 니발레 종(Microdochium nivale spp.), 마그나포르테 포아에(Magnaporthe poae), 콜레토트리쿰 그라미니콜라(Colletotrichum graminicola), 콜레토트리쿰 세레알레(Colletotrichum cereale) 및 피시움 울티뭄 변종 울티뭄(Pythium ultimum var. ultimum)으로부터 선택되는 적어도 하나의 터프 병원성 진균의 진균 DNA에 대한 프라이머를 함유하는 루프-매개 등온 증폭(loop-mediated isothermal amplification; LAMP) 검정으로 터프 그래스(turf grass) 샘플에서 진균 DNA를 검출하기 위한 방법으로서,상기 방법은 터프 샘플을 LAMP 반응시키는 단계를 포함하고, 상기 LAMP 반응은 4개 이상의 핵산 서열의 프라이머 세트를 사용하고, 상기 세트의 각 프라이머는 15 내지 50개의 핵산을 갖고, 상기 프라이머의 세트는(a) SEQ ID NO: 14, 15, 16 및 17과 적어도 90% 동일한 서열을 각각 개별적으로 갖는 프라이머를 포함하거나 이로부터 선택되는 스클레로티니아 호모에오카르파 DNA를 검출하기 위한 프라이머 세트;(b) SEQ ID NO: 20, 21, 22 및 23과 적어도 90% 동일한 서열을 각각 개별적으로 갖는 프라이머를 포함하거나 이로부터 선택되거나, SEQ ID NO: 62, 63. 66 및 67과 적어도 90% 동일한 서열을 각각 개별적으로 갖는 프라이머를 포함하거나 이로부터 선택되는 리족토니아 솔라니 DNA를 검출하기 위한 프라이머 세트;(c) SEQ ID NO: 26, 27, 28 및 29와 적어도 90% 동일한 서열을 각각 개별적으로 갖는 프라이머를 포함하거나 이로부터 선택되는 미크로도키움 니발레 변종 니발레 DNA를 검출하기 위한 프라이머 세트;(d) SEQ ID NO: 32, 33, 36 및 37과 적어도 90% 동일한 서열을 각각 개별적으로 갖는 프라이머를 포함하거나 이로부터 선택되는 피시움 아파니더마툼 DNA를 검출하기 위한 프라이머 세트;(e) SEQ ID NO: 38, 39, 42 및 43과 적어도 90% 동일한 서열을 각각 개별적으로 갖는 프라이머를 포함하거나 이로부터 선택되는 게우만노마이세스 그라미니스 변종 아베나에 DNA를 검출하기 위한 프라이머 세트(f) SEQ ID NO: 44, 45, 48 및 49와 적어도 90% 동일한 서열을 각각 개별적으로 갖는 프라이머를 포함하거나 이로부터 선택되는 미크로도키움 니발레 변종 마주스 DNA를 검출하기 위한 프라이머 세트;(g) SEQ ID NO: 50, 51, 54 및 55와 적어도 90% 동일한 서열을 각각 개별적으로 갖는 프라이머를 포함하거나 이로부터 선택되는 마그나포르테 포아에 DNA를 검출하기 위한 프라이머 세트;(h) SEQ ID NO: 74 75, 78 및 79와 적어도 90% 동일한 서열을 각각 개별적으로 갖는 프라이머를 포함하거나 이로부터 선택되는 콜레토트리쿰 그라미니콜라 DNA를 검출하기 위한 프라이머 세트;(i) SEQ ID NO: 80, 81, 84 및 85와 적어도 90% 동일한 서열을 각각 개별적으로 갖는 프라이머를 포함하거나 이로부터 선택되는 콜레토트리쿰 세레알레 DNA를 검출하기 위한 프라이머 세트; 및(j) SEQ ID NO: 86, 87, 90 및 91과 적어도 90% 동일한 서열을 각각 개별적으로 갖는 프라이머를 포함하거나 이로부터 선택되는 피시움 울티뭄 변종 울티뭄 DNA를 검출하기 위한 프라이머 세트로부터 선택되는 적어도 하나의 프라이머 세트를 포함하는 방법.