Method for detecting and characterising a microorganismThe present invention provides a method for detecting and characterising a microorganism in aclinical sample, said method comprising: a) introducing a clinical sample to a first culture vessel containing culture medium; b (i) optionally preculturing said clinical sample in said first culture vessel; (ii) optionally removing a portion of the clinical sample/medium mixture or, if precultured, the clinical sample culture from said first culture vessel, and introducing said portion to a second culture vessel containing culture medium, and optionally preculturing said portion in said second culture vessel; c) removing a test aliquot from said first and/or second culture vessel, and culturing or continuing to culture said clinical sample and/or portion in said first and/or second culture vessel; d) separating DNA from said test aliquot; e) performing nucleic acid tests on said DNA to identify the microorganism and to detect the presence or absence of one or more genetic antimicrobial resistance markers in said microorganism, wherein said nucleic acid tests are performed using: i) one or more nucleic acid probes and/or primers for microbial identification, a said probe or primer being capable of hybridising specifically to, or a said primer being capable of selectively amplifying, a nucleotide sequence which is identificatory of a given microorganism; and ii) one or more nucleic acid probes and/or primers for antimicrobial resistance marker detection, a said probe or primer being capable of hybridising specifically to, or a said primer being capable of selectively amplifying, a nucleotide sequence representing a genetic antimicrobial resistance marker; and it is detected whether or not said probes and/or primers have hybridised to said DNA and/or said primers have been extended (e.g. an amplification reaction has taken place); and f) if a microorganism is identified in step (e), performing an antimicrobial susceptibility test on said cultured clinical sample and/or portion from step (c), wherein microbial growth in said antimicrobial susceptibility test is monitored by assessing growth or markers for growth, and wherein the type and concentration of antimicrobial agents used in said antimicrobial susceptibility test is determined by the identity of the microorganism and antimicrobial resistance markers detected in step (e), and optionally continuing to culture said clinical sample and/or portion in said first and/or second culture vessel or g) if no microorganism strain is identified in step (e), further culturing said clinical sample and/or portion to enable further microbial identification and antimicrobial susceptibility tests to be performed to identify the microorganism and determine its antimicrobial resistance profile. A device for performing the method of the invention is also provided.A kind of method for detecting and characterizing the microorganism in clinical sample, methods described include：a) clinical sample is introduced to the first culture vessel containing culture medium；b (i)) clinical sample described in preculture optionally in first culture vessel；b (ii)) optionally clinical sample/culture medium mixture is removed or in the case of pre-incubated from first culture vessel the part of clinical sample culture, and the part is introduced to into the second culture vessel containing culture medium, and optionally exist part described in preculture in second culture vessel；c) test aliquot is removed from the described first and/or second culture vessel, and in the described first and/or second incubator the culture clinical sample and/or part are cultivated or are continued in ware；d) dna is separated from the test aliquot；e) carry out nucleic acid assays to differentiate microorganism and detection in the microorganism presence or absence of one on the dna plant or various hereditary antimicrobial resistance markers, wherein the nucleic acid assays are carried out using the following：i) one or more nucleic probe for differentiating for microorganism and/or primer, the probe or primer can be specifically it is hybridized to or the primer can optionally expands the nucleotide sequence of the approval formula as given microorganism；withii) for one or more nucleic probe and/or primer of antimicrobial drug resistance marker's analyte detection, the probe or primer specifically can be hybridized to or the primer can optionally be expanded and represent hereditary antimicrobial drug resistance marker the nucleotide sequence of thing；and detect whether the probe and/or primer have been hybridized to the dna and/or whether the primer has been extended (example as there is amplified reaction)；andif microorganism f) is identified in step (e), the clinical sample through culture from step (c) and/ or antimicrobial sensitivity testss on part, are carried out, wherein the growth of microorganism in the antimicrobial sensitivity testss label by assessing growth or for growth is monitored, and wherein makes in the antimicrobial sensitivity testss identity and antimicrobial drug resistance of the type and concentration of antimicrobial by the microorganism detected in step (e) label determines, and continues the culture clinical sample and/or portion optionally in the described first and/or second culture vessel point, orif g) not identifying microbial strain in step (e), further cultivate the clinical sample and/or part so that further microorganism discriminating and antimicrobial sensitivity testss can be carried out, so as to differentiating the microorganism and determining which antimicrobial drug resistance is distributed.
미생물 검출 방법 및 특성 규명 방법본 발명은 임상 시료에서 미생물 검출 방법 및 특성 규명 방법에 관한 것으로, 상기 방법은 a) 배지가 함유된 첫 번째 배양용기에 임상 시료를 투입하는 단계; b (i)) 선택적으로 상기 첫 번째 배양용기에서 상기 임상 시료를 전배양하는 단계; b (ii)) 선택적으로 상기 임상 시료와 상기 배지로 이루어진 혼합물의 일부를 채취하거나, 또는 전배양 되었을 경우, 상기 첫 번째 배양용기로부터 배양된 임상 시료 일부를 채취하여, 배지가 함유된 두 번째 배양용기에 상기 일부를 투입하고, 그리고, 선택적으로 상기 두 번째 배양용기에서 상기 일부를 전배양하는 단계; c) 상기 첫 번째 및/또는 두 번째 배양용기로부터 검사용 부분 표본을 채취하고, 상기 임상 시료 및/또는 상기 첫 번째 및/또는 두 번째 배양용기에서 상기 일부를 배양 또는 계속적으로 배양하는 단계; d) 상기 검사용 부분 표본으로부터 DNA를 분리하는 단계; e) 미생물을 동정하고 상기 미생물에서 하나 이상의 유전적 항균제 내성 표지들의 유무를 확인하기 위해 상기 DNA를 대상으로 핵산 검사를 수행하는 단계; 상기 핵산 검사는 i) 하나 이상의 미생물 동정용 핵산 탐침들 및/또는 프라이머들, 즉, 특정 미생물 존재 유무를 확인할 수 있도록 하는 뉴클레오타이드 서열에 특이적으로 혼성화할 수 있는 상기 탐침 또는 상기 프라이머, 또는 상기 뉴클레오타이드 서열을 선택적으로 증폭할 수 있는 상기 프라이머; 및 ii) 하나 이상의 항균제 내성 표지 검출용 핵산 탐침들 및/또는 프라이머들, 즉, 유전적 항균제 내성 표지에 해당되는 뉴클레오타이드 서열에 특이적으로 혼성화할 수 있는 상기 탐침 또는 상기 프라이머, 또는 상기 뉴클레오타이드 서열을 선택적으로 증폭할 수 있는 상기 프라이머;를 사용하여 수행되며, 상기 핵산 검사를 통해 상기 탐침들 및/또는 상기 프라이머들이 상기 DNA에 혼성화되었는지 여부 및/또는 상기 프라이머들이 연장되었는지(즉, 증폭 반응이 발생되었는지) 여부가 결정되는 것을 특징으로 하고, f) (e) 단계에서 미생물이 동정될 경우, 상기 배양된 임상 시료 및/또는 (c) 단계에서의 상기 일부에 대해 항균제 감수성 검사를 수행하는 단계, 및 상기 항균제 감수성 검사에서 미생물 성장은 성장을 측정하거나 또는 성장에 대한 표지들을 측정함으로써 관찰되고, 상기 항균제 감수성 검사에서 사용되는 항균제들의 유형 및 농도는 (e) 단계에서 검출된 미생물 및 항균제 내성 표지들에 따라 결정되는 것을 특징으로 하고, 선택적으로 상기 임상 시료 및/또는 상기 첫 번째 및/또는 두 번째 배양용기에서 상기 일부를 계속적으로 배양하는 단계; 또는 g) (e) 단계에서 미생물이 동정되지 않을 경우, 미생물을 동정하고 동정된 미생물의 항균제 내성 프로파일을 결정하기 위해 수행되는 미생물 동정 및 항균제 감수성 검사를 추가적으로 할 수 있도록 상기 임상 시료 및/또는 상기 일부를 더 배양하는 단계;를 포함하는 것을 특징으로 한다. 또한, 본 발명은 상기 임상 시료에서 미생물 검출 방법 및 특성 규명 방법을 수행하기 위한 장치를 제공한다.a) 배지가 함유된 첫 번째 배양용기에 임상 시료를 투입하는 단계; b (i)) 선택적으로 상기 첫 번째 배양용기에서 상기 임상 시료를 전배양하는 단계; b (ii)) 선택적으로 상기 임상 시료와 상기 배지로 이루어진 혼합물의 일부를 채취하거나, 또는 전배양 되었을 경우, 상기 첫 번째 배양용기로부터 배양된 임상 시료 일부를 채취하여, 배지가 함유된 두 번째 배양용기에 상기 일부를 투입하고, 그리고, 선택적으로 상기 두 번째 배양용기에서 상기 일부를 전배양하는 단계; c) 상기 첫 번째 및/또는 두 번째 배양용기로부터 검사용 부분 표본을 채취하고, 상기 임상 시료 및/또는 상기 첫 번째 및/또는 두 번째 배양용기에서 상기 일부를 배양 또는 계속적으로 배양하는 단계; d) 상기 검사용 부분 표본으로부터 DNA를 분리하는 단계;e) 미생물을 동정하고 상기 미생물에서 하나 이상의 유전적 항균제 내성 표지들의 유무를 확인하기 위해 상기 DNA를 대상으로 핵산 검사를 수행하는 단계; 상기 핵산 검사는 i) 하나 이상의 미생물 동정용 핵산 탐침들 및/또는 프라이머들, 즉, 특정 미생물 존재 유무를 확인할 수 있도록 하는 뉴클레오타이드 서열에 특이적으로 혼성화할 수 있는 상기 탐침 및/또는 상기 프라이머, 또는 상기 뉴클레오타이드 서열을 선택적으로 증폭할 수 있는 상기 프라이머; 및 ii) 하나 이상의 항균제 내성 표지 검출용 핵산 탐침들 및/또는 프라이머들, 즉, 유전적 항균제 내성 표지에 해당되는 뉴클레오타이드 서열에 특이적으로 혼성화할 수 있는 상기 탐침 또는 상기 프라이머, 또는 상기 뉴클레오타이드 서열을 선택적으로 증폭할 수 있는 상기 프라이머;를 사용하여 수행되며, 상기 핵산 검사를 통해 상기 탐침들 및/또는 상기 프라이머들이 상기 DNA에 혼성화되었는지 여부 및/또는 상기 프라이머들이 연장되었는지(즉, 증폭 반응이 발생되었는지) 여부가 결정되는 것을 특징으로 하고,f) (e) 단계에서 미생물이 동정될 경우, 상기 배양된 임상 시료 및/또는 (c) 단계에서의 상기 일부에 대해 항균제 감수성 검사를 수행하는 단계, 및상기 항균제 감수성 검사에서 미생물 성장은 성장을 측정하거나 또는 성장에 대한 표지들을 측정함으로써 관찰되고, 상기 항균제 감수성 검사에서 사용되는 항균제들의 유형 및 농도는 (e) 단계에서 검출된 미생물 및 항균제 내성 표지들에 따라 결정되는 것을 특징으로 하고, 선택적으로 상기 임상 시료 및/또는 상기 첫 번째 및/또는 두 번째 배양용기에서 상기 일부를 계속적으로 배양하는 단계; 또는g) (e) 단계에서 미생물이 동정되지 않을 경우, 미생물을 동정하고 동정된 미생물의 항균제 내성 프로파일을 결정하기 위해 수행되는 미생물 동정 및 항균제 감수성 검사를 추가적으로 할 수 있도록 상기 임상 시료 및/또는 상기 일부를 더 배양하는 단계;를 포함하는 것을 특징으로 하는 임상 시료에서 미생물 검출 방법 및 특성 규명 방법.