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 얼마 뒤엔 아버지도 뇌내출혈로 사망했다. 여담이지만 클림트는 동생과 아버지의 기억 때문인지 ‘뇌내출혈 공포증’, 요즘으로 말하면 ‘건강염려증’에 사로잡히는데 정작 그를 죽게 만든 것은 다름 아닌 스페인 독감이었다. 1918년 1월 11일 아침 루마니아 여행에서 돌아온 클림트는 오른쪽 반신이 마비됐다. 잠시 호전되는 듯했는데 클림트의 병세는 다시 악화되고 말았다. 독감이 폐렴으로 번진 것이다. 그는 평소 ‘60세까지 살고 싶다’는 소원을 입버릇처럼 되뇌었는데 결국 뜻을 이루지 못했다. 사망할 때 그는 56세였다.
 동생과 아버지가 사망한 후 그가 다시 붓을 잡은 것은 1895년이었다. 하지만 이때의 클림트는 과거의 클림트와는 결별한 상태였다. 상징주의자로 변모한 것이다.
 클림트는 오스트리아 교육부로부터 비엔나대학의 대강당을 장식해달라는 요청을 받는데, 고민 끝에 제출한 천장 도안이 훗날 완성됐을 때 논란을 불러일으켰다. 그 이유는 그의 사조 변화에 있었다. 1897년 ‘비엔나 분리파’ 회원으로 가입한 것이 그러한 변화의 일환인데 여기엔 설명이 필요하다.
 분리파란 전통 예술양식에 대한 반동이다. 분리파의 사상적 기반은 헤르만 바르가 마련했는데 그는 이렇게 말했다. “오스트리아를 아름다움으로 덮어버리자. 세기마다 고유한 예술을, 예술에는 자유를!” 모든 장벽을 허물자는 것이었다.
 이때부터 ‘클림트식 작품’이 잇따른다. 1894년 비엔나대학의 대(大)회랑 천장화를 맡지만 그는 포기하고 말았다. 여성의 자위행위나 성교 장면을 거침없이 그렸던 그에 대한 교수와 시민의 반발이 이유였다.

루마니아 여행에서 돌아온 클림트는 오른쪽 반신이 마비되었고 클림트의 병세는 호전되는 듯했는데 독감이 폐렴으로 번져 악화되고 말았다.