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이게 끝이 아니었다.여론조사 결과에 따라 후보별로 확보할 선거인단 수를 어떻게 정할 것인가가 최대 쟁점이었던 것.
박 후보 측은 대의원·당원·일반국민의 경우 실제로 참여한 선거인 수가 정해지는 만큼 여론조사 선거인 수도 전체(대의원 당원 일반국민)투표율에 맞춰야 한다는 주장을 폈던 반면 이 후보 측은 투표율에 관계없이 여론조사에 할당된 선거인단4만5717명을 후보별 지지율에 따라 나눠야 한다고 맞섰다.이 후보측은 투표율에 영향을 받지않게 함으로써 여론조사의 실제 반영비율을 높이려는 계산을 했고 박 후보 측은 이에 강력 반발,결국 무산됐다.
경선결과 이 후보는 예상대로 여론조사,박 후보는 투표에서 각각 이김으로써1.5%p라는 박빙승부로 판가름 났다.
양측간 경선이 첨예했던 만큼이나 후유증도 컸다.박 후보를 지지했던 친박계 의원들이 이듬해 총선 공천에서 대거 탈락하는'공천학살'을 당했던 것.
새누리당(한나라당 후신)에선 정몽준·이재오·김문수 후보 등이 오픈프라이머리 방식을 요구했다.본선 경쟁력 강화 등을 명분으로 내세웠으나 기존의 경선 룰 방식으론 절대적으로 불리할 수밖에 없는 처지에 놓여있었다.
하지만 당내 주류세력이었던 박근혜 후보 측은 기존 룰을 지켜야 한다는 입장을 고수했고,정·이 후보는 자신들의 요구가 수용되지 않자 박 후보를 비난하며 경선출마를 포기하는 상황으로 치닫았다.
민주통합당(대통합민주신당 후신)경선에선 모바일 투표의 문제점들이 부각되면서 손학규 후보 등이 지역순회 경선 도중 울산경선 불참을 선언하는 등 파행을 겪기도 했다.모바일 투표는 조직동원력에서 앞선 것으로 알려진 친노(친 노무현)측이 유리한 것으로 평가받고 있으며 이전의 경선결과도 이를 뒷받침했다.당 선관위의 진상조사로 손 후보가 경선에 복귀한 것을 계기로 순회경선은 재개됐고 문재인 후보가 선출됐으나,경선과정에서 초래됐던 갈등을 해소하기는 어려웠다.문 후보는 경선에 이어 안철수 후보와 후보단일화를 추진했으나 여론조사 방식과 설문 문항 등을 놓고 갈등을 빚다가 안 후보가 출마를 포기하는 사태를 초래했다.

모바일 투표는 조직동원력에서 앞선 것으로 알려진 친노(친 노무현)측이 유리한 것으로 평가받고 있으며 이전의 경선결과도 이를 뒷받침했다. 당 선관위의 진상조사로 손 후보가 경선에 복귀한 것을 계기로 순회경선은 재개됐고 문재인 후보가 선출됐으나,경선과정에서 초래됐던 갈등을 해소하기는 어려웠다.