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 당시 홋카이도는 금단(禁斷)의 땅이었다. 막부의 허가 없이는 발을 들일 수 없다. 다카하시, 이노 사제(師弟)는 지도 제작을 명분으로 떠올린다. 18세기 말 이래 홋카이도 지역은 러시아의 접근으로 막부의 신경이 날카로워져 있는 상태였다. 홋카이도 동단에 위치한 네무로(根室)에 러시아 특사가 찾아와 통상을 요구하기도 하고, 북쪽 연안 일대에 러시아인들이 무단 상륙하는 사건이 발생하기도 하였다. 국방의 관점에서 홋카이도 일대의 정확한 지도 제작 필요를 느끼던 막부는 다카하시와 이노에게 홋카이도 측량을 허락한다. 
 1800년, 이노는 에도에서 홋카이도를 목표로 측량 여행에 나선다. 이노가 55세 되던 해였다. 총 9인으로 구성된 측량대가 4월 에도를 출발하였다. 5월에 홋카이도에 도착하여 8월까지 해안 일대의 측량을 마치고 10월 에도로 복귀하는 총 6개월의 여정이었다. 측량 기간 동안 낮에는 하루 평균 40km씩 이동하며 측량을 하고 밤에는 천문 관측 기록을 남기는 강행군이었다. 이노는 측량 여행 중 매일같이 일기 형식의 기록을 남겼다. 귀경 후 3주에 걸쳐 측량 데이터를 기초로 지도를 제작, 12월에 막부에 제출하였다.
 이노 지도의 정확성과 치밀함에 감탄한 막부는 이노의 공을 치하하고 동(東)일본 전체에 대한 지도 제작을 이노에게 의뢰한다. 지구의 크기 계산을 위해 나섰던 실측 여행이 이노도 알지 못하였던 천부적 지도 제작 능력을 끌어낸 셈이었다. 이를 계기로 이노는 본격적인 전일본 해안선 측량 여행에 나선다. 1800년 제1차 측량부터 1816년 제10차 측량에 이르기까지 총 17년에 걸친 집념의 대여정이 계속되었다. 마지막 여행인 10차 실측에서 돌아왔을 때 이노의 나이는 고희(古稀)를 훌쩍 넘은 71세였다. 

북쪽 연안 일대에 러시아인들이 무단 상륙하는 사건이 발생하자 막부는 홋카이도 측량을 허락하고 이노는 55세가 되던 해에 측량 여행에 나선다.