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 11월 4일에는 예조정랑 백유함이 상소를 올려 김우옹·이발·이길 등이 정여립과 친밀하게 지낸 사실을 보고했다. 백유함은 이이의 후견자던 백인걸의 아들로 백유양과는 다른 길을 걷고 있었던 것이다. 눈 밝되 굳세지 못했던[明而不剛] 선조의 마음은 급속하게 동(東)에서 서(西)로 돌아섰다.
 11월 7일 우의정 정언신과 이조참판 정언지가 파직되었다. 두 사람은 형제로 정언지가 형이고 정여립과는 먼 친척 간이었다. 다음 날 정철이 우의정, 성혼이 이조참판으로 바뀌었고 백유함은 사간원 헌납, 최황은 대사헌에 임명되었다. 조사는 이어졌고 이발·백유양도 새롭게 관련자 명단에 포함돼 유배길을 떠나야 했다. 이런 혼란의 와중에 당초 계획한 대로 11월 18일 일본으로 보내는 통신사로 정사(正使) 황윤길, 부사(副使) 김성일, 서장관 허성을 선발했다. 황윤길은 서인, 김성일은 동인이었다.
 12월 14일에는 전라도 유생 정암수(丁巖壽)가 소(疏)를 올렸다. 이 또한 유생 수준에서 올릴 수 있는 글이 아님은 물론이다. 주요 부분만 발췌해보자. 이 글은 잘 읽어보면 정반대의 내용을 읽어낼 수 있는 것이 많다.
 〈이산해는 본시 음휼(陰譎)한 자질로 부시(婦寺)의 태도를 외식(外飾)하여 성상(聖上)을 속여온 지가 이미 오래되었습니다. 요즈음 역적과의 상면(相面)이 비록 드문 편이나, 그 간담(肝膽)이 서로 맞아 교의(交誼)가 깊다는 것은 사람들이 다 보아온 터이니 어찌 엄폐할 수 있겠습니까. 또 적신(賊臣)의 집에서 문서를 수색해낼 때 익산군수(益山郡守) 김영남(金穎男)은 이산해 등의 수필(手筆)을 남몰래 찾아내어 소각시킨 뒤에 이산해에게 편지를 보내 ‘걱정하지 말라’ 하였고, 이발은 자신이 여립과 심교(心交)하였다 하여 궐하(闕下)에 대죄(待罪)하려고 멀리 산해에게 문의하니, 산해는 경솔히 움직일 필요가 없다고 답하였습니다.〉

예조정랑 백 씨가 상소를 올려 김 씨·이 씨 등이 정 씨와 친밀하게 지낸 사실을 보고했는데 백 씨는 이이의 후견자인 백 씨과는 다른 길을 걷고 있었던 것이다.