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 제2자연과학원 연구사들은 장거리 미사일 개발연구에 총력을 집중했다. 2000년대에 들어서 그 노력에 박차를 가했다. 평양시 룡성구역 룡추동에는 과학촌 기지를 조성했다. 룡궁동에 과학자 사택을 지었고 과학자 거리를 만들었다. 룡성구역은 평양에서는 주변구역이지만 과학원 사람들은 중심구역 대우와 풍족하게 먹고살 수 있도록 후방사업을 튼튼히 꾸려 줬다.
 2006년 9월 또다시 시험발사를 했지만, 제대로 오르지도 못하고 실패했다.
 그 후 시험발사 준비를 하면서 10월 17일 위성연구소를 비롯한 과학원 산하 연구소들이 새롭게 확장공사를 했다. 룡성구역 룡추동 과학촌 기지 안에 관제센터를 새로 짓기도 했다.
 2009년 4월 5일, 함경남도 무수단리에서 광명성 2호라 이름 붙인 장거리 미사일을 시험발사했다. 이날의 성공은 북한이 사거리 4000km 이상을 비행할 수 있는 미사일 개발에 성공했다는 걸 의미했다.
 4월 5일 당일, 10월 17일 위성연구소 관제센터에는 김정일과 김정은이 직접 와 있었다. 두 사람은 발사시험 과정을 영상화면으로 지켜봤다. 미사일 발사에 성공하자 김정일과 김정은은 연구사들을 크게 칭찬했다. 김정일은 이렇게 말했다.
 “오늘 국방과학자들이 대단한 성과를 이룩해 조선의 기상을 만방에 과시했다. 내가 오늘 기분이 좋으니 과학자들의 요구조건을 다 들어주겠다. 요구하고 싶은 것이 있으면 요구하라.”
 그러자 10월 17일 위성연구소 과학부소장이 이렇게 말했다.

제2자연과학원 연구사들은 장거리 미사일 개발연구에 총력을 집중했다. 평양시 룡성구역 룡추동에는 과학촌 기지를 조성했다. 룡궁동에 과학자 사택을 지었고 과학자 거리를 만들었다. 2000년대에 들어서 그 노력에 박차를 가했다.