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 선조 8년 김효원과 심의겸의 충돌로 당쟁의 조짐이 표면화됐으나 당장은 조정 전체를 흔들 만큼 본모습을 드러내지는 않았다. 다만 소소한 사건이 일어날 때마다 동인과 서인은 입장을 달리하며 대립했다. 사실 이 단계에서 선조는 중대한 조치를 취해야 했지만 후궁 손자로서 왕위에 올라 왕실의 지원조차 받을 수 없었기에 사태를 관망하며 대증(對症)요법에 의존할 수밖에 없었다. 아마 태종 때 이 같은 붕당의 움직임이 있었다면 누구라도 족주(族誅)를 면치 못했을 것이다. 사실 태종이 처남 형제들을 몰살한 것도 왕권을 농락할 수 있는 붕당을 이루려는 조짐이 있다는 이유에서였다. 붕당을 지은 게 아니라 붕당의 조짐만으로 처남들을 다 죽여버린 것이다.
 선조는 그래서 두 당파에 대해서도 당보다는 개개 인물의 현부(賢否)를 통해 사람을 쓰겠다는 입장을 갖고 있었다. 그 당시에는 6대 4 내지 7대 3 정도로 동인이 우세한 상황이었다. 이때 동인을 대표하는 인물은 허엽, 서인을 대표하는 인물은 이이(李珥)였다.
 허엽(1517~1580)은 덕망이 높은 사림 김안국(金安國)에게서 어릴 때부터 글을 배웠고, 서경덕(徐敬德)에게 본격적으로 학문을 전수한 전형적인 사림이었다. 우리에게 잘 알려져 있는 《홍길동전》의 허균(許筠)과 허난설헌(許蘭雪軒)이 바로 허엽의 자식들이다. 명종 원년(1546) 문과에 급제하여 사헌부 장령 등을 지냈고 한때 불온한 무리와 어울리다가 큰 위험에 처했으나, 그를 좋게 보았던 문정왕후의 변호로 무사히 지나갈 수 있었다.

선조는 동인과 서인이 대립할 때 중대한 조치를 취해야 했지만 후궁 손자로서 왕위에 올라 왕실의 지원조차 받을 수 없었기에 사태를 관망하며 대증요법에 의존했다. 