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 함정을 공격한 것은 영토를 공격한 것이라는 점에서 해군 내에서 “이대로 지나가면 대한민국은 군대를 가진 국가가 아니다”라는 의견이 비등했고 다양한 군사적 조치를 강구하자는 비공개 논의가 있었다. 하지만 이를 실현하는 것은 또 다른 문제였다.
 정부는 증거를 제시해야 한다는 점에서 확증발표를 못하고 민군 합동조사단을 발족시켰다. 동시에 원인의 조사와는 별개로 해군 창설 이후 최초로 국방부, 합참, 해군 등 군 기관에 대한 감사원의 군사 대비태세 감사를 받는 초유의 사태가 발생했다.
 군의 조치와 대비태세의 무능을 지적하는 언론의 지적이 빗발치는 가운데 작전지휘 계선상에 있는 지휘관들에 대한 직무감사가 이뤄지고 합참의장과 작전사령관, 2함대사령관 및 예하 지휘관들이 줄줄이 조사의 대상으로, 그리고 책임을 추궁받는 대상이 됐다.
 대비태세 감사는 대비태세, 교육훈련, 함정장비, 근무기강, 언론조치 분야 등 전방위적으로 이뤄졌다. 이에 대해 국방부, 합참, 해군은 불만의 소리를 높였다. 그래도 국민의 비판 앞에 놓인 군은 온전히 받아들여야 했다.
 해군은 46명의 전사자 유족들의 비탄과 원망을 온몸으로 받았다. 동시에 순직자에게 예우를 다하기 위해 혼신의 노력을 기울였다. 또한 그 많은 가족도 국가를 위해 전사했다는 명분으로 비통함을 참았다. 심지어 “촛불을 들고 광화문으로 가자”는 일부 가족도 있었으나 유족들은 참고 또 참았다. 유족의 슬픔과 애도에 많은 국민이 동참했고 동시에 분노와 슬픔을 같이했다.

정부는 증거를 제시해야 한다는 점에서 확증발표를 못하고 민군 합동조사단을 발족시켰다. 동시에 원인의 조사와는 별개로 해군 창설 이후 최초로 국방부, 합참, 해군 등 군 기관에 대한 감사원의 군사 대비태세 감사를 받는 초유의 사태가 발생했다.