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 1617년 추방당한 것으로 보고된 선교사가 버젓이 일본 국내에 체류함을 알게 된 히데타다는 규슈의 다이묘들에게 선교사 색출과 처형을 지시한다. 이에 따라 4명의 선교사가 오무라(大村) 가문의 영지에서 발각되어 참수(斬首)됐다. 에도 막부 성립 후 최초의 선교사 처형이었다.
 가톨릭 입장에서는, 유럽 대륙에서 신교의 거센 도전에 직면한 위기 속 해외 포교에 역점을 둔 시기였다. 필리핀이 확보되고, 염원의 중국 선교도 본격화되는 시점에서 동아시아 최대 포교 거점인 일본을 포기할 수는 없는 노릇이었다. 남만(南蠻)무역이 가져다주는 경제적 이익이 신교국 영·란의 진출로 일본에 대한 레버리지로서의 의미가 점차 상실되자 가톨릭 세력은 초조함이 커져갔다.
 1617년 선교사 처형 사건 이후에도 마카오와 마닐라에서 경쟁적으로 선교사가 잠입하자 막부의 불쾌감과 가톨릭 세력의 초조함이 부딪쳐 파열음을 내어 상황은 긴장을 넘어 파국으로 치닫고 있었다. 그 틈을 파고든 것이 선교에서 자유로운 영국과 네덜란드였다. VOC 상관장 야크 스벡스와 EIC 상관장 리처드 콕스는 1610년대 이래 막부의 정책 기조와 그에 따라 파생되는 이해 구도를 속속들이 파악하고 있었다. 이들은 히라야마 사건에서 대일본 무역 우위를 점할 수 있는 절호의 기회를 포착했다. 이들에 의해 히라야마 주인선 사건은 나포의 적법성 여부를 넘어 대일(對日)무역 구도에 큰 파급 효과를 불러오는 일대 사건으로 발전했다. 

에도 막부 성립 후 최초의 선교사 처형이었지만 유럽 대륙에서 신교의 거센 도전에 직면해 있는 가톨릭은 해외 포교를 위해 동아시아 최대 포교 거점인 일본을 포기할 수 없었다.