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 김일성과 김정일은 보고를 듣자 ‘은혜도 모르는 배은망덕한 놈들’이라는 얘기를 했다고 한다. 자신들을 배반한 게 다른 사람도 아니고 가장 믿었던 군사유학생 출신들이었기 때문이었을 터다. 김 부자는 인민무력부 보위국에 구체적으로 알아보고 무자비하게 소탕하라는 지시를 내렸다. 그렇게 소련 군사 아카데미야 사건이 시작됐다.
 숙청은 간단하게 끝나지 않았다. 1993년 2월 8일의 대대적인 체포 이후에도 숙청이 이어졌다. 소련 유학 시절 각 조에서 스파이 역할을 했던 이들이 가장 먼저 숙청당했다. 유학생들이 변절한 것을 제대로 보고하지 않았다는 이유였다. 5년 동안 군인을 숙청하는데 그 과정이 어찌 순조롭기만 했겠는가. 1993년 말 함경북도 청진에 있는 김책공군대학에서 공부하던 17명의 군사유학생을 체포할 때의 일이다. 이들을 물자호송 식으로 평양에 데리고 온 다음, 평양역에서 체포하려고 하자 이 17명은 격투도 마다 않고 저항해 보위중대가 동원돼 이들을 진압한 일도 있었다. 숙청이 길어지면서 유학생뿐만 아니라 군사유학생들이 소련에 있을 당시 모스크바 주재 북한대사관에 있었던 이들도 끌려 들어갔다. 당시 소련 주둔 북한대사관 군사 무관이었던 김학산 중장과 부무관이었던 최수연 대좌 등 무관부 출신들이 모두 체포됐다. 김학산 중장은 체포 당시 인민무력부 대외사업국장이었다.
 5년의 시간 동안 군사유학생 출신의 80% 이상이 총살당했다. 홍계성 상장과 강영환 중장을 비롯한 30여 명의 장성과 170여 명의 고급 군관 등 약 200명의 군사유학생 출신 군관들이 그들이다. 부모들도 무사하지 못했다. 중앙당, 인민무력부와 제2경제위원회, 제2자연과학원의 국장급 이상 간부들이 자식 교육을 제대로 못 시켰다는 이유로 경질됐다. 그 가족은 평양시에서 추방됐다.

김 부자는 자신들이 가장 믿었던 군사유학생 출신들이 자신들을 배반한 것에 대해 은혜도 모르는 배은망덕한 놈들이라 얘기하며 인민무력부 보위국에 무자비하게 소탕하라는 지시를 내렸다.