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 일본에서는 새로운 통치자 도쿠가와 이에야스가 기다리고 있었다. 사명은 도쿠가와와 1605년 2월과 3월 두 차례 후시미 성에서 만났지만 일본의 공식기록에는 남아 있지 않고, 관련 자료들을 통해 이 회담 내용의 일부만이 전해지고 있다. 현재까지 발굴되고 연구된 일본 측 기록과 사명의 귀국 보고, 그리고 일본 측과 오고간 서한, 석장비 등에 기록된 내용을 통해 후시미 성에서 협의된 사항을 정리해 보면, 1. 일본은 조선을 다시 침략하지 않는다. 2. 상호 화평의 상징으로 통신사를 교환한다. 3. 일본에 끌려간 피로인을 송환한다. 4. 전란 중 선릉과 정릉을 도굴한 범인을 조선에 인도한다는 것 등이다. 일본 측 자료에서는 “이 회견에서 일·조 간의 화의가 정해졌다”는 기록도 발견되고 있다.
 도쿠가와 이에야스와 회담하는 사명의 신분은 정식 외교사절이 아니고 국서도 가지지 않은 평범한 승려 신분에 불과했지만, 그는 일본 막부의 최고 책임자였던 도쿠가와 이에야스를 상대로 외교 담판을 벌인 것이다. 이 자리에서 도쿠가와는 자신은 조선에 군대를 파병하지 않았으며 도요토미 막부와는 다른 정부라는 입장을 밝히고 조선과 강화를 맺고 싶다는 의견을 피력한 데 대해 사명은 강화에 앞서 그 징표로 먼저 일본이 전쟁 책임을 인정하는 내용의 국서(國書)를 조선에 보내고, 왕릉 도굴범을 송환하도록 요구했다는 점에서 이 회담의 의미는 매우 크다고 평가된다.
 사명이 일본을 다녀오면서 ‘남녀포로 3000여 명을 스스로 준비한 양곡을 먹이면서 데리고 돌아왔다’고 〈석장비문〉과 〈행적(行寂)〉 등에 적혀 있음과 관련하여 이러한 포로쇄환설의 사실여부에 대해서는 논란이 있다. 사명의 귀국 시 피로인 송환은 이루어지지 않았고 사명은 귀국 후 일본의 승려 겐소 등에게 서한을 보내 도쿠가와가 약속한 포로송환을 이행하도록 촉구해 줄 것을 부탁하고 있기 때문이다.

도쿠가와는 조선에 군대를 파병하지 않았고 조선과 강화를 맺고 싶다는 의견을 피력한 데 대해 사명은 일본이 전쟁 책임을 인정하는 내용을 조선에 보내라고 요구했다.