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 그러나 한일 군사협정을 체결하는 데 많은 난관이 있을 것으로 보인다. 한일 양국 간 견해차 때문이다. 우리는 군사협정을 체결하는 데 있어 상호군수지원을 유엔평화유지활동(PKO) 수준으로 보는 데 비해, 일본은 그 이상으로 생각하고 있다는 점이다.
 북한의 연평도 포격 직후인 2010년 12월 간 나오토(菅直人) 당시 일본 총리는 “한반도 유사시 자위대를 파견하는 방안을 한국 측과 논의하겠다”고 밝혔다. 일본은 앞서 2002년 한반도 유사시를 가정해 미군과 공동으로 한반도 내 자국 피란민 소개작전 내용을 담은 ‘작전계획 5055’를 수립했다.
 일본이 외교채널을 통해 자위대 파견 문제를 제기했다는, 확인되지 않은 소문도 돌고 있다. 김 국방장관의 방일 취소도 결국 ‘이 문제를 협상테이블에 올려놓을 수는 없다’는 판단 때문이라는 분석이다. 익명을 요구한 국방부 관계자는 “PKO 활동과 관련한 상호군수지원을 한답시고 자위대를 부산항으로 불러들일 수는 없지 않으냐”며 “이 대목에서 김 장관의 고민이 있을 것”이라고 말했다. 일본군은 1882년 임오군란(壬午軍亂) 때 ‘거류민 보호’를 빌미로 1개 대대를 이끌고 한양 도성에 진입했으며, 이를 계기로 확대된 조선 내정간섭은 결국 대한제국의 국권 찬탈로 이어졌다.
 허문도(許文道) 전 국토통일원 장관은 “김정일 사후 우리 민족은 통일기로 접어들었다”며 “지금 일본과 군사협정을 맺는다면, 일본이 한국 통일을 떠받치는 ‘평화무력’의 일부라는 구실이 남게 된다. 이것은 한국 통일 주도권의 역사적 정당성을 심각하게 훼손하는 것”이라고 했다. 또 “통일과정에 군사협정 등의 결과로 일본의 군사력이 어떤 형태로든 끼어들게 된다면 북한은 친일파 숙청 때처럼 통일의 주도권을 가져가려 할 것”이라며 “민족통일의 동력원(動力源)은 민족주의일 수밖에 없고, 통일 언저리에 일본이 얼씬거리지 못하도록 해야 한다”고 했다. 그는 또 “새뮤얼 헌팅턴이 말한 것처럼, 일본은 문명의 외톨이로 문명적 의리를 모르는 나라로서 한반도 분단에도 설명 책임(accountability)이 있는 나라”라며 “미국은 판단착오로 패전국 일본에 메시아적 호의를 쏟아부었지만, 일본은 도의(道義)와는 담을 쌓고 대국의 버스에만 올라타는 기회주의적 속성을 보여 왔기 때문에 한일 군사협정 이후 한중 갈등관계를 만든 뒤 중국으로 기울 가능성도 있다”고 했다.

우리는 군사협정의 체결에서 상호군수지원을 PKO 수준으로 보는데 일본은 그 이상으로 보는 견해차 때문에 한일 군사협정 체결은 많은 난관이 있을 것으로 보인다.