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 이 무렵 철도청 안에 고속철도건설기획실(후에 고속철도건설기획단으로 조직 변경)이 생겼고, 신종수 회장은 건설계획 담당관을 거쳐 건설국장을 지냈다. 고속철도 건설이 본격화된 1992년부터는 사업을 효율적으로 진행하기 위해 설립된 고속철도건설공단에서 건설 본부장으로 근무했다. 신 회장은 고속철도 건설의 기틀을 다진 실무 책임자였다. 그는 “루이스버저에 기술조사와 기본 설계 용역을 준 것은 잘못됐다”며 이렇게 말했다. 
 “당시 기술조사 및 기본 설계는 교통개발연구원이 맡았어요. 그런데 교통개발연구원은 그 일을 우리와 상의도 없이 미국의 루이스버저에 용역을 줬습니다. 국내업체에 주면 말들이 많은데다 객관적 검토가 필요해 일부러 해외업체를 끌어들인 것인데, 문제는 루이스버저가 고속철도를 운행하고 있는 독일이나 프랑스, 일본 회사가 아니라 고속철도가 없는 미국 회사라는 데 있었어요. 뭔가 자료가 나오고 배울 것이 있는 곳에 줘야 하는데 전혀 엉뚱한 회사에 일을 맡긴 것이죠. 이 때문에 교통개발연구원은 물론 루이스버저와도 마찰이 많았습니다.”
 이미 발주가 끝난 뒤라 업체를 교체할 방법이 없었다. 기술조사와 기본 설계를 공단 건설본부와 루이스버저가 각자 따로 진행한 뒤 양쪽의 결과물을 조정하자는 쪽으로 의견이 모였다. 공단 측은 과거에 검토했던 서울-대전 간 자료를 토대로 기본 노선을 그려 나갔다. 서울에서 부산까지 도로와 교차되는 지점이 대략 400개였고, 지나야 하는 하천도 그만큼 됐다. 1km마다 장애물이 하나씩 나타나는 셈이었다. 신 회장은 안전운행을 위해서는 선로를 일본처럼 고가(高架) 형태로 건설해야 한다고 주장했다. 반면 한국 지형의 특징을 모르는 루이스버저는 고가는 비용이 많이 들어가니 평면으로 가는 것이 효율적이라고 맞섰다. 루이스버저는 자신들의 판단이 옳다는 것을 관철시키기 위해 언론 플레이에 집중하는 한편 정치권까지 끌어들였다. 신 회장을 포함한 공단 측 입장이 난처해졌다. 교통개발연구원까지 합세하는 바람에 그가 자리에서 물러나야 할 정도로 상황이 악화됐다. 고속철도는 후대의 안전이 담보된 생명선인데, 이대로 물러설 것인가. 그는 옷 벗을 각오를 하고 공단 이사장을 찾아갔다. 당시 공단 이사장은 대통령 경제비서관 출신의 김종구(金鍾球)씨가 맡고 있었다. 김 이사장은 실무진의 말에 귀를 기울일 줄 아는 합리적인 사고의 소유자였다고 한다. 

철도청의 건설계획 담당관을 거쳐 건설국장을 지낸 신 회장은 1992년부터 고속철도건설공단에서 건설 본부장으로 근무하며 고속철도 건설의 기틀을 다진 실무 책임자였다.