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 노무현 대통령도 언급한 바 있듯이 이들은 북한이 핵을 만드는 이유를 미국의 공격에 대한 자위적인 조치라고 해석하려 하는 경향이 높다. 결국 미국의 대북정책과 한국 신정부의 대북정책은 갈등을 노정할 가능성이 높다. 한국의 신정부는 또한 미국과의 동맹보다는 자주적인 방위를 강조할 것이며 그렇기 때문에 전시작전 통제권을 조속히 환수해야 한다고 주장할 것이다.
 새 대통령은 이미 국회의원 시절 전시작전 통제권 환수 일자를 2020년대로 연기하기로 약속하고 귀국한 국방장관에게 “창피하지도 않으냐”며 핀잔을 줄 정도였다. 선거전을 치르는 동안 문재인 정부는 사드 배치에 대해 유보적인 입장을 보이는 듯 변화되었지만 신정부의 사드에 대한 입장은 배치 반대라고 말할 수 있을 것이다. 트럼프 대통령이 사드에 대한 청구서 비슷한 발언을 했을 때, 문재인 후보는 ‘다음 정부에서 사드 배치를 재검토해야 한다’고 반응했다.
 선거기간 중 북한부터 먼저 방문할 것이라고 언급했다가 다시 미국 언론과의 인터뷰에서 미국부터 방문할 것이라고 고쳐 말하기는 했지만 문재인 정부의 진면목은 사드 배치 반대, 중국과의 우호, 일본 반대, 북한과의 협상 추구, 개성공단 재개 등 트럼프 행정부의 대북정책과 여러 면에서 정면 배치되는 모습을 보이고 있다.
 북한과의 대화, 개성공단 2000만 평으로 확대 등 문재인 정부가 추진하고자 하는 정책들은 ‘북한과의 대화는 실패했다’고 보며 중국에 ‘북한의 경제적 숨통을 끊을 것’을 강력하게 요구하는 미국의 입장과 정면충돌을 야기할 수 있는 뇌관이라고 보아도 될 것이다. 북한 핵 문제가 해결되기 이전 문재인 정부가 개성공단 재개를 들고나올 경우 미국은 이를 북한에 대한 경제제재를 한국이 앞장서서 파기하는 것으로 인식하고 대처할 것이다.

한국 신정부는 미국과의 동맹보다 자주적인 방위를 강조할 것이며 전시작전 통제권의 환수를 주장하는 것처럼 대북정책의 갈등을 노정할 가능성이 높다.