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 3일에 걸친 마라톤 협상 끝에, 납치범들의 즉각 망명을 허용하지 않고 우리 국내법을 적용해 처벌하는 쪽으로 타결됐다. 납치범들은 우리 법정에서 재판을 거쳐 징역형을 확정했지만, 1년 후 형집행정지로 석방해 추방 형식으로 대만으로 보냈다.
 중국과 수교까지 한 지금은 상상조차 할 수 없겠지만, 당시 협상 과정에서는 사건의 본질보다 외교 문제가 골치를 아프게 했다. 합의문서에 국호(國號)를 공식적으로 사용하느냐의 여부였다. 우리 정부는 사건의 마무리를 두 나라 정부 차원에서 매듭지으려 한 데 반해, 중국 측은 북한을 의식해 그들의 민항총국과 우리 정부와의 합의를 고집했던 것이다. 게다가 대한민국이라는 국호를 사용하면 국가 승인을 하는 것이 아닐까 우려했다.
 실제로 외교관계가 없는 양국이 상호 정부를 어떻게 호칭하느냐에 따라 당사국의 외교적 속내를 드러낼 수 있기 때문이다. 국호의 공식 사용 여부를 놓고 양국의 속내는 확연히 달랐다. 중국은 국호 공식 사용을 내켜하지 않았다. 우리 정부의 생각은 달랐다. 민항기 사건을 계기로 ‘북방외교’의 돌파구를 마련해 보려는 전략적 사고를 갖고 있었다. 정부의 이러한 의도는 사건 한 달여 뒤인 6월 29일 이범석(李範錫) 당시 외무부장관이 국방대학원 특강에서 “우리 외교의 과제는 소련, 중공과의 관계를 정상화하는 북방정책에 있다”고 공식적으로 언급한 것으로 확인된다.
 우리 측 교섭 대표단은 “남의 안방에 들어와서 안방 주인에게 인사도 안 하는 법이 어디 있느냐”는 논리를 내세우며 합의문서에 양국의 공식 명칭을 집어넣도록 압박했고, 마침내 중국의 양보를 이끌어 냈다.

중국과 수교까지 한 지금은 상상조차 할 수 없겠지만, 당시 협상 과정에서는 사건의 본질보다 외교 문제가 골치를 아프게 했다. 실제로 외교관계가 없는 양국이 상호 정부를 어떻게 호칭하느냐에 따라 당사국의 외교적 속내를 드러낼 수 있기 때문이다.