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 1893년에 그는 마벨 웰링턴 화이트와 결혼해 신혼여행을 일본 교토로 갔다. 1000년 고도의 아름다움에 취했고, 일본인들의 정직과 예절에 반했다고 한다. 1945년, 미국 지도부는 개발에 성공한 원자폭탄을 투하할 후보지를 논의하고 있었다. 1차 후보지로 추천된 곳은 히로시마, 교토, 니가타, 고쿠라였다. 이들 도시는 그때까지 폭격을 당하지 않았으며 군(軍) 시설이 있었다.
 스팀슨은 교토를 제외시켰다. 일본의 정신이 담긴 이 도시를 파괴하면 민심이 흉흉해져 전후 관리가 어렵다는 것이 공식적인 이유였다. 원폭투하지 선정위원회는 제외된 교토 대신에 나가사키를 집어넣었다. 1945년 8월 6일 새벽, 사이판 옆에 있는 티니안 섬을 출발한 미군의 B-29 폭격기는 오전 8시15분 히로시마 상공에서 우라늄 폭탄을 투하했다.
 8월 9일 새벽, 소련이 대일(對日) 선전포고를 하고 만주를 침공했다. 이날 오전, 티니안을 이륙한 미군 B-29는 요코하마 상공에서 호위 전투기와 합류한 뒤 목표지인 북(北) 규슈 고쿠라 상공에 도착했다. 고쿠라의 하늘은 안개와 연기에 덮여 있었다. B-29는 몇 번 상공을 선회했으나 투하 목표물을 육안(肉眼)으로 볼 수가 없었다.
 기장(機長)은 B-29를 대체 목표지인 나가사키로 돌렸다. 여기도 구름에 덮여 있었다. 기름이 줄어드는 B-29가 마지막으로 상공을 선회하는데 구름이 갈라지면서 아래로 미쓰비시 중공업이 보였다. 그곳을 향해 ‘팻맨’이란 별명을 가진 플루토늄탄을 투하했다. 고쿠라와 나가사키 두 도시의 운명이 갈리는 순간이었다.

미국 지도부는 원자폭탄을 투하할 후보지로 군 시설이 있었던 히로시마, 교토, 니가타, 고쿠라 도시들을 추천받았다.