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 나가사키는 본래 작은 어촌에 불과했으나, 1570년 영주 오무라 스미타다(大村純忠)에 의해 포르투갈 상선의 입항지가 되면서 일본 역사에서 가장 독특하고 다채로운 역사의 고장이 된다. 나가사키는 근세 시기 일본의 대유럽 교류 창구이자 대중국 무역 중심지로서, 에도시대 260년의 발전 과정을 축약하고 있는 장소라고 해도 과언이 아니다.
 나가사키는 초기 기독교 전래기에 일본에서 가장 기독교가 융성했던 곳이다. 스미타다는 1563년 그의 사위와 함께 세례를 받고 일본 최초의 기리시탄 다이묘가 된 인물이다. 그는 기독교를 적극 받아들였고, 그와 함께 포르투갈인들이 가져다주는 경제적 이익에 주목하였다.
 1567년 예수회 수도사 루이스 데 알메이다(Luis de Almeida)가 나가사키에 도착하면서 기독교 포교가 시작된다. 알메이다는 히라도(平戶)에 일본 최초의 서양 의술 병원을 세운 인물로도 알려져 있다. 1569년에는 빌렐라 신부에 의해 수백 명에 달하는 신자에게 세례가 행해지고 교회당이 세워지는 등 교세 확장이 본격화되었다. 포르투갈 상선이 입항하는 1571년 시점에 나가사키에는 이미 1500명을 헤아리는 기독교 신자가 있었다. 포르투갈 상선의 입항으로 예수회의 입지가 강화되고 교세(敎勢)가 공고해지자, 1580년 오무라 가문은 나가사키의 관할권을 아예 예수회에 기증한다.
 이에 대해서는 사가(佐賀)의 류조지(龍造寺) 가문과 사쓰마(薩摩)의 시마즈(島津) 가문이 규슈 패권(覇權)을 놓고 다투는 과정에서 입지가 위태로워진 오무라 가문이 영지를 지키기 위해 예수회를 활용코자 한 것이라는 해석도 있고, 스미타다가 선교사들에게 빌린 채무를 갚지 못해 관할권을 넘긴 것이라는 설도 있다. 어쨌거나 포르투갈 상선에 대한 입항세(入港稅) 징수권과 재판권을 유보하는 조건으로 나가사키 및 인접 모기(茂木)에 대한 관할권이 예수회로 이관되었다. 한국인으로서는 믿기 어려운 얘기지만, 로마의 예수회 고문서관에 보관된 스페인어 문서에 기증 기록이 있으며 일본 측 사료에도 그를 뒷받침하는 정황 기록이 남아 있다고 한다. 현대의 주권 개념을 그대로 적용하는 것이 무리가 있지만, 나가사키는 한때 (이론적으로는) 로마 교황의 지배를 받는 ‘교회령(敎會領)’이었을 정도로 기독교와 인연이 깊은 땅이다. 

1567년 예수회 수도사 루이스 데 알메이다(Luis de Almeida)가 나가사키에 도착하면서 기독교 포교가 시작된다. 알메이다는 히라도(平戶)에 일본 최초의 서양 의술 병원을 세운 인물로도 알려져 있다. 1569년에는 빌렐라 신부에 의해 수백 명에 달하는 신자에게 세례가 행해지고 교회당이 세워지는 등 교세 확장이 본격화되었다.