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 어느날 박철재 국장이 윤 과장을 불러 “원자력원은 규모가 작으니 이 기회에 문교부처럼 과학부를 만드는 것이 어떠냐”고 했고, 윤 과장이 당시 이재학(李在鶴) 국회의장을 찾아가 의견을 물었다고 한다. 이재학 의장은 윤 과장에게 “이 사람아, 한꺼번에 하지 말고 단계적으로 해. 처음부터 크게 만들었다가 할 일도 없으면 곤란하지 않아?”라고 핀잔을 주었다고 한다.
 1959년 1월 21일 원자력원을 설립한 정부는 초대 원자력원장에 프랑스 유학파로 불교계의 거목이자 자유당 3선 의원인 김법린(金法麟·1899~1964, 동국대총장 역임)씨를 임명했다. 사무총장은 조달청 출신 김대만(金大萬), 기감(技監)에는 서동운(徐同運) 서울대 교수를 임명했다. 박익수 전 위원장의 회고다.
 “원래 원자력 사업에 관한 중요사항은 이승만 대통령의 특별지시로 외무부, 재무부, 부흥부, 국방부, 문교부 장관으로 구성된 5부 장관회의에서 협의 결정하고, 그 결정에 따라 문교부장관이 책임지고 수행하였습니다. 그러나 원자력법이 국회를 통과하고 원자력원이 발족하면서 이런 절차와 5부 장관회의에서 벗어나 문교부장관의 소관 아래 정상적인 업무를 수행할 수 있게 됐습니다.”
 원자력원은 발족 두 달 만인 1959년 3월 1일 원자력연구소를 만들어 초대 소장에 문교부 기술교육국장인 박철재씨를 임명했다. 원자력연구소는 해방 이후 한국에 만들어진 최초의 연구소다. 박 소장은 원자력연구소의 핵심인 원자로부장에 윤세원 과장을 임명했다. 기초연구부 김영록 부장, 방사성동위원소연구부 한준택 부장 등을 1급으로 임명했다. 이러한 높은 직급은 과학기술 분야에서는 전례 없는 일이었다.

원자력원을 설립한 정부는 초대 원자력원장에 김 씨를 임명했고 사무총장은 조달청 출신 김 씨로 임명했다.