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 다시 기축옥사의 한복판으로 들어간다. 중앙 조정의 연루자 색출이 끝나가던 1590년 3월 하순 편전(便殿)에서 국사를 논의하던 중 좌의정 정철은 선조에게 “전라도 감사에게 명하여 역적 여립과 밀접했던 자들을 샅샅이 캐내야 한다”고 건의했다. 2차 후폭풍(後爆風)의 시작이었다. 지난해 12월 전라도 생원과 진사 수십명이 연명(連名)상소를 올렸을 때 워낙 이산해를 적시한 사례가 많아 찜찜했던 차에 선조는 정철의 건의를 윤허했다.
 5월 2일 사헌부 장령 구성이 평소 유림의 큰 신망을 얻고 있던 최영경(崔永慶·1529~1590년)을 지목했다. 물론 구성은 정철의 지시에 따른 것이다. 선조도 처음에는 최영경에 대해 잘 모르는 사람이라며 증거도 명확지 않으니 삭탈관작할 필요가 없다고 했다. 그러나 정철의 거듭되는 주청을 이기지 못하고 주상은 윤허해주었다.
 정철은 최영경에 대해 악감정을 갖고 있었다. ‘파주 3걸’이라던 이이·송익필·성혼보다 대여섯 살 위인 최영경은 한성에서 나고 자라 일찍부터 성혼과 가까웠다. 그런데 1558년(명종 13년) 전후해서 성혼이 정철과 가까워지자 최영경은 성혼에게 “정철은 천하의 형편없는 소인배(索性小人)이니 가까이하지 말라”고 당부했다. 조언을 넘어선 명령에 가까웠기에 성혼은 기분이 상했다.
 특히 술에 취하면 최영경은 성혼에게 두 무릎을 앞으로 내보이며 “끝에 가서는 이 무릎이 정철에게 고문당하게 되겠지만 내 무엇이 두렵겠는가”라며 큰 소리를 치곤 했다. 결국 이때부터 성혼과 최영경은 도를 중시하는 면에서는 비슷하면서도 당파적으로는 다른 길을 걷게 된다.

선조는 전라도 감사에게 역적 여립과 밀접했던 자들을 샅샅이 캐내야 한다고 건의했고 이는 2차 후폭풍의 시작이었다.