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 퇴계 이황은 조광조를 이렇게 평했다.
 “정암(靜庵·조광조의 호)은 타고난 성질이 신실하고 아름다우나 학문이 충실하지 못하였다. 그래서 (정치에서) 시행한 것이 사리에 지나쳐 합당하지 않은 것이 있었다. 그러므로 마침내 일이 실패하는 데 이르고 말았다. 만약에 학문이 충실하고 덕성과 재능이 성취된 뒤에 나아가서 정사를 담당하였더라면 어디까지 나아갔을지 쉽게 헤아릴 수 없을 것이다.”
 퇴계보다는 젊은 세대인 율곡 이이는 《석담일기》에서 이렇게 평했다.
 “그는 뛰어나고 밝은 자질과 나라 다스릴 재주를 타고났음에도 학문이 채 이루어지기도 전에 정계에 나선 결과 위로는 왕의 잘못을 바로잡지 못하고 아래로는 구세력의 바람도 막지 못하였다. 그는 도학을 실천하려고 왕에게 왕도를 이행하도록 간청하였으나 그를 비방하는 입이 너무 많아 비방의 입이 한 번 열리자 결국 몸이 죽고 나라를 어지럽게 하였으니 후세 사람들이 그의 행적을 경계로 삼는다.”
 두 사람의 평가는 비슷해 보이지만 실은 큰 차이가 있다. 자질은 좋았으나 학문이 충실하지 못했고 그래서 일을 그르쳤다는 것이 퇴계의 평이라면, 자질은 좋았으나 학문이 채 이루어지기 전에 정계에 나서 왕의 잘못을 바로잡지 못했고 구세력에게 당했다는 것이 율곡의 평이다. 즉 이이는 도학을 실천하려는 단계에까지 이른 점을 평가하는 데 반해, 이황은 이 점조차 인정하지 않는 것이다. 패망의 이유 또한 퇴계는 조광조 자신에게서 찾는 반면 율곡은 비방하는 자들에게 돌리고 있다.⊙

퇴계는 조 씨의 학문이 충실하지 못해 일을 그르쳤다고 평했고 율곡은 조 씨가 학문이 채 이루어지기 전에 정계에 나서 왕의 잘못을 바로잡지 못했다고 평했다. 