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 조정은 여러 도(道)의 의병을 김덕령 휘하에 뒀다. 1594년 선조가 왜병에 잡힐 것에 대비해 세워진 광해군의 분조(分朝) 휘하 무군사(撫軍司)에서 김덕령은 익호장군(翼虎將軍)이라는 칭호와 함께 군기를 수여받았다. 선조는 다시 초승장군(超乘將軍)의 군호를 내리기도 했다.
 김덕령의 의병은 군율이 엄격했다. 1596년 도체찰사 윤근수의 종이 탈영하자 그 행방을 캐기 위해 종의 아버지를 잡아들였다. 이때 윤근수가 선처를 부탁했으나 김덕령은 거절하고 종의 아버지에게 매를 때려 숨지게 했다. 화가 난 윤근수가 김덕령을 체포했으나 왕명으로 풀려났다.
 김덕령은 3년간 별다른 전공을 올리지 못했고 군율마저 엄격해 불만을 품은 의병들이 많았다. 부하 장졸들에게 가혹한 군율을 시행했다는 이유로 체포, 구금됐지만 우의정 정탁(鄭琢)의 탄원으로 석방됐다. 정탁은 이순신도 구명한 바 있다. 김덕령의 군율이 엄격했다는 사료는 여러 곳에 나온다.
 1596년 2월 19일 선조를 만난 권율은 김덕령이 용력(勇力)은 뛰어나지만 지나치게 군율을 엄격히 적용해서 곤장을 치거나 귀를 잘랐기 때문에 사람들이 도망쳤다라고 말했으며 조경남이 쓴 〈난중잡록〉에서도 ‘김덕령이 함부로 사람을 죽이고 다녔다’며 비판한 대목이 나온다.
 김덕령의 공적에 대해서는 긍정론과 부정론이 있다. 기록에는 김덕령이 선조의 명을 받고 경상도로 넘어가 진해, 고성 방면을 방어했다고 하며 오희문의 〈쇄미록〉에는 김덕령 휘하의 별장 최강(崔堈)이 고성에서 40여 명을 이끌고 왜군과 교전해 90여 명을 죽였다고 한다.

김덕령의 의병은 군율이 엄격했다. 1596년 도체찰사 윤근수의 종이 탈영하자 그 행방을 캐기 위해 종의 아버지를 잡아들였다. 이때 윤근수가 선처를 부탁했으나 김덕령은 거절하고 종의 아버지에게 매를 때려 숨지게 했다.