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 연구용 원자로 도입이 가시화하자 시슬러가 방향을 제시한 대로 정부 차원에서 원자력 업무를 할 기관을 만들어야 했다. 문교부 기술교육국의 원자력과로는 원자력 업무를 제대로 추진할 수 없었기 때문이다. 윤세원 과장은 1956년 1월 14일 일본 원자력법을 참고해 ‘원자력법’의 초안을 잡았다.
 이승만 정부는 원자력법을 집행할 기구로 ‘원자력원’ 창설을 추진했다. 그러나 원자력원 산하 원자력위원회가 행정기관이 될 수 없다는 점(정부조직법 저촉)과 원자력 행정기관인 원자력원을 문교부장관 감독하에 둘 것이 아니라 대통령 직속 기관으로 두어야 하는 문제점 때문에 국회와 정부가 해를 넘겨 가며 대립했다. 우여곡절 끝에 문교부와 국회가 절충을 시도하여 원자력법은 1958년 2월 간신히 국회를 통과했다. 이 법이 제정된 해에 한양대 공과대학이 국내 최초로 원자력공학과를 만들었다. 이듬해인 1959년 서울대 공과대학도 원자력공학과를 설치했다.
 원자력법은 원자력원을 대통령 직속의 독립기관으로 하는 동시에, 원자력의 전반적 정책 입법의 심의의결기관인 원자력위원회, 사무를 담당하는 사무총국, 원자력 연구개발을 주임무로 하는 원자력연구소로 구성하는 것이 골자였다. 원장은 국무위원급으로 대통령이 임명하도록 했다. 원자력법이 1958년 3월 11일 공포되자 문교부는 이를 토대로 1958년 10월 대통령 직속기관으로 원자력원을, 같은해 2월 3일 그 산하기관으로 원자력연구소를 설립했다.

윤세원 과장은 1956년 1월 14일 일본 원자력법을 참고해 ‘원자력법’의 초안을 잡았다. 우여곡절 끝에 문교부와 국회가 절충을 시도하여 원자력법은 1958년 2월 간신히 국회를 통과했다.