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 고다마를 성공적으로 보좌해 타이완을 안정시킨 인물은 민정장관 고토 신페이(後藤新平)였다. 고다마 겐타로와 고토 신페이는 전임 총독들의 무방침주의 내지 무단(無斷)통치에서 탈피해 강온(强穩)양면책을 펼쳤다. 의학자 출신 관료인 고토 신페이는 생물학원칙(生物學原則)을 내세워 특별통치주의를 주창했다. 당시 그가 든 예시는 광어와 감성돔 비교이다. “광어[比目魚]의 눈은 한편에 몰려 있고 감성돔은 양쪽에 있다. 눈의 위치는 타고난 것이어서 광어에게 감성돔이 되라고 할 수는 없다”면서 일본인과 타이완인은 다르다고 했다. 급하게 타이완인들을 동화(同化)시키는 것은 불가능하니 점진적으로 일본과 닮도록 만들자는 것이었다.
 고토는 타이완에 맞는 통치 방법을 모색하기 위해 타이완 현지조사를 실시한다. 토지·인구·임야·혼인·재산·관습을 연구해 법령을 정비했다. 토지조사를 통해서는 지조수입(地租收入)을 연 86만 엔에서 300만 엔 수준으로 올렸다. 전매(專賣)수입제도를 수립해 500만 엔의 재정을 확보했다. 전매 품목은 소금·장뇌·아편이었다. 아편 전매는 엄밀히 말해 비도덕적이었지만 이를 국가가 독점해 재정수입을 늘리고 민간에 만연한 아편에 대해 일정 정도 통제가 가능할 것이라는 발상이었다.
 총독부의 재정을 정비하는 한편으로 고토 신페이는 경찰력을 동원해 강력한 치안을 유지했다. 경찰력에다 청조시대부터 존재했던 주민 간의 상호감시제도인 보갑제(保甲制)와 민병조직인 장정단(壯丁團)을 연계했다. 일본 경찰이 얼마나 위압적이었는지 타이완인들은 경찰을 대인(大人)이라고 불렀다. 부모가 어린아이에게 “말을 안 들으면 순사가 잡아간다”고도 했다. 고토 신페이는 비도형벌령(匪徒刑罰令)도 제정해 무장투쟁 세력에 대해 무자비한 탄압을 가했다. 그가 재직했던 1898년부터 1902년까지 3년 동안 총독부는 1만1950명을 사살했다.

의학자 출신 고토는 고다마와 강온 양면책을 펼쳐 타이완을 안정시킨 인물이며 생물학원칙을 내세워 특별통치주의를 주창했다.