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 대선 결선투표를 앞두고 톨레도는 오차 범위 내이기는 하지만 후지모리를 2%가량 앞서는 것으로 나타났다. 하지만 톨레도는 1차 투표 당시의 선거 부정 사례들을 상기시키면서, 국제선거감시단 주관 아래 선관위 컴퓨터를 일제히 점검하거나 재설치할 수 있도록 투표를 연기하지 않으면 결선 출마를 보이콧하겠다고 수차례 공언했다. 대선 결선투표를 6일 앞둔 5월 22일 미주기구(OAS) 선거감시단은 “개표 집계 소프트웨어를 점검하기 위해 결선투표를 최소한 10일 이상 미뤄야 한다”며 “이런 상황이라면 국제 기준에 따른 최소 인력만 남기고 감시단원을 철수하겠다”고 밝혔다. 몇 시간 후 톨레도는 “선거의 투명성과 공정성이 보장되지 않는 한 결선은 무의미하다”면서 후보 사퇴를 선언했다. 하지만 선거관리위원회는 그의 사퇴를 허용하지 않겠다고 밝혔다.
 클린턴 미국 대통령은 5월 26일 “자유·공정·투명 선거는 민주사회의 근간”이라면서 “선거가 그대로 치러질 경우 리마-워싱턴 간 외교 관계에 반드시 영향을 미칠 것”이라고 경고했다. 하지만 후지모리는 “어떠한 선거 부정도 없었다”고 주장했다.
 5월 28일 사실상 단독출마한 결선투표에서 후지모리는 51.2%를 획득해 3선에 성공했다. 하지만 미국 국무부는 즉각 “선거를 유효하다고 볼 수 없다”고 비판했다. 스페인·영국·프랑스 등도 이 선거를 부정선거라고 비난했다. OAS는 페루 사태를 논의할 긴급회의를 소집했다.

후지모리가 51.2%를 획득해 3선에 성공했지만 미국 국무부는 유효한 선거라고 볼 수 없다고 비판했다.