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 독실한 불교신자인 마쓰라는 현실적 이유로 기독교 포교를 허용하기는 했지만, 기독교에 호의적이지 않았다. 히라도 주민들의 민심도 편하지 않았다. 기독교인들에 의한 불상(佛像), 묘비 훼손 등이 잇따르고 이에 대한 불교도들의 불만이 고조되어 종교 갈등이 심화되자 마쓰라는 1558년 히라도에 주재하던 예수회 사제 가스파 빌렐라를 추방한다.
 포르투갈 상인들이 선교사가 주재하지 못하는 상황에 불안감을 느끼던 차에, 설상가상으로 1561년 포목품 거래를 둘러싼 분쟁으로 포르투갈 상인과 일본인 상인 간에 살상사건이 발생한다. 미야노마에(宮ノ前) 사건으로 알려진 포르투갈-일본인 간 최초의 유혈 충돌 사건이다. 문제를 일으킨 일본인들이 제대로 처벌되지 않자 포르투갈 상인들은 일본교구장 코스메 데 토레스 신부와 상의하여 무역 포스트를 히라도에서 옮기기로 결정한다.
 이때 새로운 장소 물색 임무를 맡은 루이스 데 알메이다 신부를 적극적으로 포섭하고 나선 것이 나가사키 일대를 영지로 하던 오무라 스미타다이다. 오무라는 기독교 포교 허용과 선교사의 안전을 확약함으로써 포르투갈 상선의 영지 내 입항(入港)을 유치한다. 오무라는 토레스 신부와의 관계를 더욱 돈독히 하기 위해 이듬해 스스로 기독교로 개종하고 일본 최초의 기리시탄 다이묘(세례명 바르톨로메오)가 된다. 기리시탄 탄생의 배경에는 이처럼 물고 물리는 다이묘 간의 긴박한 생존 경쟁이 있었다. 세속적 이익을 매개로 정치 권력자의 후원을 얻자 기독교는 빠른 속도로 기층민 사이에 퍼져 나갈 수 있었다.⊙

마쓰라는 기독교 포교를 허용하기는 했지만 기독교에 호의적이지는 않았는데 기독교인들에 의한 불상 훼손 등이 잇따르자 마쓰라는 예수회 사제 빌렐라를 추방했다.