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 이 와중에 일간신문을 통해 육종철(陸鐘撤) 한양대 교수는 “상업용 발전소는 당연히 한전 소관”이라고 했고, 박익수 원자력상임위원은 “원전은 단순한 발전설비가 아니다”라는 내용의 지상 논쟁을 벌이기도 했다. 박 전 상임위원은 “당시 원전이 단순한 발전설비가 아니라는 의미는 국책적 다른 목적을 가질 수 있는 것이라는 취지”라고 했다.
 이 싸움으로 인해 원전사업은 정치문제로 비화했고, 정일권(丁一權) 국무총리는 직속자문기관으로 박충훈(朴忠勳) 부총리를 위원장으로 한 ‘원자력발전 추진위원회’를 구성했다. 1968년 4월 9일 위원회는 원전 건설과 운영은 한전이 담당하고, 원자력발전 기술의 개발과 원자력 안전규제, 핵연료와 방사성 폐기물, 원자력 기술자 양성과 자격검정은 원자력청이 담당한다는 결론을 내렸다.
 원자력발전추진위가 한전의 손을 들어준 것은 돈 때문이었다. 당시 한국은 충분한 자금이 없었다. 돈이 없는 나라가 사회간접자본에 투자를 하려면 외국은행에서 돈을 빌려야 했다. 돈을 빌리려면 담보를 제공해야 했고, 원자력청은 그게 없었다. 한전은 발전소를 담보로 제공할 수 있었고, 원자력발전추진위는 한전에 원전 건설과 운영을 맡기게 됐다.
 이로써 원자력발전의 주체가 된 한전은 50만kw급 원전 2기를 짓는다는 계획을 수정해 58만7000kw급 원전 1기부터 짓는다는 결정을 내렸다. 일이 본격적으로 추진되자 원자로 노형을 둘러싼 논의가 시작됐다. 1968년 6월 24일 한국전력은 고리 1호기 건설 소요자금을 344억원(외자 9500만 달러, 내자 83억 원)으로 추정해 놓고, 미국의 제너럴 일렉트릭, 웨스팅하우스, 컴버스천 엔지니어링, 영국의 원자력수출공사(UKAEA)에 턴키 방식으로 예비견적서를 내라는 안내서를 보냈다.

원전 사업이 정치 문제로 비화하면서 정 국무총리가 구성한 원자력발전 추진위원회는 원전 건설과 운영은 한전이, 핵연료와 방사성 폐기물 등은 원자력청이 담당한다는 결론을 내렸다.