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 이후 서해에는 우리 고속정 전진기지, 전탐감시대, 항공기지, 유도탄 기지를 집중적으로 건설했고, 북한도 서해에 함정 전진배치, 유도탄 기지 증강, 해안포 집중 등 서해는 남북한 간에 강력한 ‘구역방어’를 위한 공격 전력이 집중하는 곳으로 급변했다.
 남북이 NLL을 두고 일정 수준의 전투력이 강화된 상태에서 일종의 힘의 균형이 작용했다고 볼 수도 있고, 특별히 위기를 조장할 이유가 없었을 수도 있을 것이다. 아무튼 1999년까지 남북 간에는 강력한 해상 충돌 없이 NLL은 평온하게 유지됐다. 이러한 가운데 해상의 전투전력은 점점 더 정교하고 강력하게 집중돼 왔다. 일례로 북한은 고속함정에 저격수를 배치하고, 전차에 달던 포를 함정에 장착하는 등 1990년대 들어 해상 근접전투에 필요한 조치를 해 오고 있었다.
 남북한 간에 점점 증강된 전투력을 보유한 시기인 1999년을 기점으로 NLL 인근 해역은 ‘전투의 바다’로 변했다. 서해에서 북한과의 해상교전이 3차례 있었다. 1999년 제1연평해전에서 우리 군의 피해는 없었다. 2002년 제2연평해전에서 우리 군은 전사 6명, 부상 13명, 참수리 357호정 침몰이라는 대규모 피해를 입었다.
 3차 교전인 대청해전에서 우리 군은 피해가 없었고, 북한 함정은 대규모 인명피해가 났고, 함정은 예인 상태로 퇴각했다. 그 이후 잠수정의 어뢰에 의한 천안함 피격사건이 발생했다. 천안함은 해전의 성격으로 볼 때 제2차 대전 이후 잠수 함정의 어뢰로 함정을 공격한 첫 사례로 기록됐다.

서해에는 우리 고속정 전진기지, 전탐감시대, 항공기지, 유도탄 기지를 건설했고 북한도 서해는 남북한 간에 강력한 구역방어를 위한 공격 전력이 집중하는 곳으로 급변했다.