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 1995년 10월 윤종구 대령은 귀국해 권영해 안기부장(1994년 12월 부임)의 보좌관으로 자리를 옮겼다. 1997년 10월 그는 다시 러시아로 돌아가게 되었다. 한국군을 대표하는 러시아 주재 국방무관이라는 중책을 맡은 것이다. 모스크바에서 그는 러시아에 주재하는 74개국(172명) 무관들을 대표하는 무관단장까지 맡았다. 초대 주러 해군무관 재직 때 해군무관단장을 역임한 데 이어 연거푸 러시아로부터 최고 무관임을 인정받은 것이다.
 2002년 3월 그는 4년6개월간의 러시아 국방무관 임무를 끝내고 귀국해 전역했다. 윤 제독이 귀국하기 전인 2000년 2월 9일, 북한은 러시아와 자동 군사 개입 조항이 없는 ‘친선, 선린 및 협조에 관한 조약’을 맺었다. 
 윤 제독은 “처음 러시아가 조약을 실효하고 새로운 조약을 맺자고 하자 펄쩍 뛰며 거부하던 북한이 러시아마저 떠난다면 고립무원(孤立無援)이라고 판단해 울며겨자먹기로 수용했던 것”이라며 “북한은 정권 수립 이후 등거리 외교를 통해 중국과 소련을 경쟁시켜 가며 실리를 취해왔기 때문에 비록 ‘주체’를 내세웠다 하더라도 중국과 소련 어느 한 곳과도 척을 질 수 없었을 것”이라고 했다.
 북한은 소련과의 우호조약에 서명한 닷새 뒤인 1961년 7월 11일, 김일성이 베이징을 방문해 저우언라이(周恩來) 중국 총리와 ‘조·중 우호협조 및 호상원조에 관한 조약(북·중 우호조약)’에 서명했다. 이 조약 2조에는 ‘체약 일방이 어떠한 한 개의 국가 또는 몇 개 국가의 연합으로부터 무력침공을 당함으로써 전쟁 상태에 처하게 되는 경우에, 체약 상대국은 힘을 다하여 지체없이 군사적 및 기타 원조를 제공한다’는 내용이 담겨 있다. 자동 군사 개입을 보장한 것이다. 그리고 3조를 ‘체약 쌍방은 체약 상대방을 반대하는 어떠한 집단과 어떠한 행동 또는 조치에도 참가하지 않는다’라고 해놓았다.

윤 제독은 “처음 러시아가 조약을 실효하고 새로운 조약을 맺자고 하자 펄쩍 뛰며 거부하던 북한이 러시아마저 떠난다면 고립무원(孤立無援)이라고 판단해 울며겨자먹기로 수용했던 것”이라며 “북한은 정권 수립 이후 등거리 외교를 통해 중국과 소련을 경쟁시켜 가며 실리를 취해왔기 때문에 비록 ‘주체’를 내세웠다 하더라도 중국과 소련 어느 한 곳과도 척을 질 수 없었을 것”이라고 했다.