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 또 다른 문제는 아프가니스탄의 정치 불안정과 심각한 부정부패이다. 정치 불안정은 지난해 6월 실시된 대통령 선거에서 비롯됐다. 당시 아슈라프 가니 후보가 압둘라 압둘라 후보를 물리치고 당선됐지만 무려 3개월간 부정선거 시비가 벌어졌다.
 외무장관을 역임한 압둘라 후보는 반(反)탈레반 부족 연합체인 북부동맹을 이끌다 암살당한 군벌 아흐마드 샤 마수드 장군의 최측근이다. 아프가니스탄의 우즈베크계(系)와 타지크계 주민들의 전폭적인 지지를 받고 있는 압둘라 후보는 선거 결과에 승복할 수 없다고 버텼다. 아프가니스탄의 최대 민족인 파슈툰족 출신이자 재무장관을 지낸 가니 후보는 선거관리위원회의 재검표 결과에 따라 자신이 대통령이라고 주장했다.
 미국이 통합 정부 구성을 제안하면서 두 후보를 중재해 겨우 부정선거 문제가 해결됐다. 가니 후보는 지난해 9월 대통령에 취임했고, 압둘라 후보는 총리직과 유사한 ‘최고행정관(CEO)’이란 직책을 맡았다. 최고행정관은 안보위원회를 비롯한 안보·경제 기구에서 대통령과 동등한 지분을 가지고 매주 내각 회의를 주재하는 등 실질적 권한을 갖는다. 최고행정관은 또 모든 장관과 2명의 부총리가 참가하는 장관위원회를 이끌고 있다. 이 위원회가 정부의 행정권을 행사한다.
 대통령과 최고행정관 간의 권력분점(分點)은 현행 아프가니스탄 헌법에 아무런 근거가 없다. 또 대통령과 최고행정관의 권한이 모호하다 보니 양측이 사사건건 대립하고 있다. 이 때문에 지금까지 내각 구성도 완료하지 못하고 있는 상태다.

선거 결과에 승복할 수 없다고 버텼던 압둘라 후보는 반탈레반 부족 연합체인 북부동맹을 이끌다 암살당한 마수드 장군의 최측근이다. 