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반민족행위자특별조사위원회(반민특위)는 특별조사위원회, 특별재판부, 특별검찰부로 구성된 독립적인 기구로 발족했다. 반민특위는 1949년 1월 5일부터 업무를 시작했다.
 1월 8일에 맨 먼저 화신의 박흥식(朴興植)을 검거한 것을 시작으로 1월 31일까지 서울에 거주하는 대표적인 친일파 15명을 검거했다. 최남선(崔南善)과 이광수(李光洙)는 2월 7일에 검거했다. 그러나 반민특위 활동은 이승만과 반민특위의 반민법 운영방법에 대한 논쟁으로 좀처럼 진척되지 않았다. 이승만은 반민특위는 조사만 하고 처벌은 검찰과 법원에 넘겨야 한다고 주장했다.
 논쟁의 실질적인 핵심은 친일 경찰의 처벌문제였다. 이승만은 경찰은 치안의 ‘기술자’이므로 장공속죄(將功贖罪)로 다루어야 한다고 주장했고, 반민특위는 엄중한 심판으로 민족정기를 바로잡아야 한다고 주장했다. 이승만이 중시한 치안유지란 반공체제의 확립이었다.
 김구는 처음에는 이승만과 가까운 생각을 했으나, 바로 이승만의 ‘기술자’ 주장을 반박하고 돌아섰다.
 김구는 4월 29일 충남 예산에서 거행된 ‘윤봉길렬사비’ 제막식에 참가했다.
 5월 18일에 이문원(李文源), 최태규(崔泰奎), 20일에 이구수(李龜洙) 세 국회의원이 반공법 위반으로 경찰에 검거된 것은 국회프락치 사건의 발단이었다.
 1949년의 상반기는 흔히 그들의 ‘전성시대’였다고 일컬어지는 국회의 소장파 세력과 이승만의 사활을 건 정치투쟁으로 온 사회가 또다시 졸버그(Aristide R. Zolberg)가 말한 ‘광기의 순간(moments of madness)’에 휩싸였다. 쟁점이 된 것은 반민족행위자, 곧 친일파의 처벌방법 문제였다.

친일 경찰의 처벌 문제에 대한 논쟁에서 이 씨는 경찰이 장공속죄를 다루어야 한다고 주장했으며 김 씨는 이 씨의 주장을 반박하고 돌아섰다. 