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 이윽고 이승만은 10월 4일 밤9시 워싱턴을 출발했다. 홀로 남게 된 프란체스카와 주미외교위원부 위원장으로 이승만 자신이 임명한 임병직(林炳稷) 등 여남은 사람이 그를 배웅했다. 워싱턴에서 샌프란시스코를 거쳐 하와이까지는 민간비행기편을 이용했으나, 하와이에서는 군용기를 타야 했다. 콰절린(Kwajalein)산호초와 괌(Guam)섬을 거쳐 10월 10일에 도쿄 인근의 아쓰기(厚木) 군용비행장에 도착했다.42)
 그런데 이승만 귀국의 자세한 과정을 미 국무부는 잘 몰랐던 것 같다. 미 국무부는 1949년 8월에 이승만의 귀국과 그 이후의 정치적 부상에 미국이 얼마나 개입했는가를 내부적으로 은밀히 조사한 일이 있는데, 이승만의 귀국에 관해서는 “이 초기에는 대부분의 결정이 현장에서 군정사령부에 의해 그날그날 이루어졌기 때문에 증빙문건은 문서과에는 거의 존재하지 않는다”는 것이었다.43)
 이승만이 귀국하는데 실무작업을 맡았던 곳은 전쟁부 소속 군사정보국(Military Intelligence Service)의 워싱턴 지부였다. 그곳은 전쟁부 군사정보국과 해군 및 그밖의 정보기관들과 정보를 교환하고 조정하는 역할을 담당하는 기관이었다. 군사정보국 워싱턴 지부는 합동참모본부로부터 워싱턴에 있는 이승만이라는 한국인을 찾아서 서울로 보내라는 전보를 받고 그대로 실행했다. 이 명령을 실행한 사람은 군사정보국 워싱턴지부의 행정관 킨트너(William Kintner) 대령이었는데, 그는 이승만이 누구인지도 전혀 몰랐다.44)

워싱턴을 출발해 하와이에서 군용기를 타야 했던 이 씨는 도쿄 인근의 아쓰기 군용 비행장에 도착했다.