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 동도서기론은 근원적으로 박규수에 의해 전개된 북학파의 이용후생과 부국강병을 모체로 하고 이를 통해 근대화와 국가 독립 유지를 목표로 한다는 점에서 기본적으로 급진적 개혁의 방향과 일치하지만, 개혁의 대상과 추진 방법에 있어서는 차이점을 보인다. 김옥균 등의 급진적 개혁 노선은 일본 후쿠자와 유키치(福澤諭吉)의 영향을 받아 인류 문명이 미개(未開)·반개화(半開化)·문명개화(文明開化)의 세 단계로 발전한다고 보고 조선이 서양에 견주어 문명화가 덜 이루어진 상태에 있다고 파악했다.
 이들은 구체제에 대한 전반적 혁신을 전제로 서양의 정치·경제·사회 제도뿐 아니라 서양의 사회윤리 내지 기독교까지도 전면적으로 수용하는, 즉 서구 문명을 조선에서 실현하는 것을 목표로 삼았다. 동도서기의 점진 개혁론이 전통적인 지배 체제의 유지를 기초로 했다면, 김옥균·박영효는 전제왕권의 제한을 통한 입헌군주제(立憲君主制)로의 정치개혁을 목표로 하였다. 이들은 민씨 외척정권을 타도하고 권력을 쟁취한 뒤 개혁을 추진하는 입장으로, 갑신정변을 주도했다.
 박규수의 사랑방 문하생이면서도 점진적 개혁론자인 김윤식은 김옥균·박영효 등 급진론자들에 대해 “갑신정변의 역적들은 서양을 높이고 요순(堯舜)과 공맹(孔孟)을 폄하하며, 인륜 도덕을 야만이라 하여 그 도(道)를 바꾸려 하면서 매번 개화라 칭한다”고 비판했다. 동도서기의 점진적 개혁론을 ‘조선형’이라고 한다면 화혼양재의 급진적 개혁론은 ‘일본형’ 개혁론이라고 할 수 있는데 두 논리는 모두 조선의 근대화라는 점에서는 그 목표가 같지만 개혁을 위한 현실적 행동 노선에서는 큰 차이가 있음을 알 수 있다.

김 씨와 박 씨는 전제왕권의 제한을 통한 입헌군주제로의 정치개혁을 목표로 하여 민씨 외척정권을 타도해 권력을 쟁취하고 갑신정변을 주도했다.