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 트리가 마크Ⅱ 원자로는 준공하기까지 커다란 우여곡절을 겪었다. 5·16 직후에도 원자로 탱크 용접 부위의 균열로 인해 원자로 설치 공사는 중단돼 있었고, 군사정부도 오원선 원자력원장을 중심으로 내분을 신속하게 수습하고 원자로를 신속히 완성해야 했다. 1961년 6월 25일 부임한 정태하 소장은 미국에서 오랜 기간 유학하고 조선전업에서 3개 화력발전소를 건설했던 인물이었다. 군부세력은, 원자력원장에는 오원선 대령을 임명했지만, 연구소장에는 영어도 유창하고 미국과 인적 네트워크가 강한 인물을 임명해 일을 신속하게 추진할 필요가 있었다.
 정태하 소장이 취임했을 때, 설계자, 원자력연구소, 시공업자 사이의 여러 가지 문제로 공사는 반년 넘게 중단상태였다. 원자로 설치는 제너럴 어토믹사(General Atomic)의 하청사인 홈스나버(Holmes Narver)가 담당했다. 고작 우리 손으로 할 수 있는 것은 중앙산업이 담당한 토건업무였다. 더구나 중앙산업은 자금난으로 공사를 제대로 진행하지 못했다.
 정 소장은 부임하자마자 원자로 탱크 용접 부위 균열 문제부터 수습에 나선다. 제너럴 어토믹사의 프레드릭 호프먼 사장과 직접 담판한다. 마침 이탈리아 국립원자력위원회가 도입한 한국과 동일기종의 연구용 원자로의 내벽 에폭시 도장(塗裝)이 방사선 조사로 손상돼 원자로 냉각수가 누설됐다는 보고를 받자, 이를 제너럴 어토믹사에 보완대책을 요구해 결국 알루미늄 라이너를 무상으로 제공하겠다는 답변을 받아냈다. 1961년 8월 29일 제너럴 어토믹은 약속대로 알루미늄 라이너를 제작해 보내왔고, 원자로 공사는 재개된다. 당시 우리나라는 알루미늄 용접기술이 없어 2만 달러를 주고 미국에서 용접기사를 불러와야 했을 정도였다.

정 소장은 이탈리아 국립원자력위원회가 도입한 연구용 원자로 내벽 에폭시 도장이 손상됐다는 보고를 받자 제너럴 어토믹사에 대책을 요구해 알루미늄 라이너를 제공하겠단 답변을 받았다.