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 대원군의 쇄국정책은 천주교를 박해하면서 시작된 것으로 알려진 경우가 있기 때문에 대원군과 천주교의 관계를 살펴볼 필요가 있다. 조선의 천주교는 1783년 이승훈(李承薰)이 동지사(冬至使)의 일원으로 청국에 다녀오는 기회에 프랑스 신부로부터 세례를 받고 귀국하면서 전래된 이후 천주교신앙공동체가 설립되어 교세가 확장되기 시작했다.
 그러자 천주교에 대한 박해가 시작되었다. 천주교가 조상에 대한 제사를 금지하는 데서 발단되었는데 그 명분은 위정척사였다. 1785년 을사박해(乙巳迫害)를 시작으로 1791년 신해박해(辛亥迫害), 1801년 신유박해(辛酉迫害)로 이어졌다. 신유박해를 거치면서는 일체의 서양서적 전래가 금지되고 천주학 관계는 물론이고 과학, 지리 등의 저술 유입도 철저히 금지되어 쇄국의 일차적 배경을 이루게 되었다.
 이러한 박해에도 불구하고 조선 천주교회 지도자들은 교황청에 선교사 파견을 요청했다. 1836년에는 모방(Maubant) 주교가 밀입국해서 포교하다가 1839년에 체포되어 참형을 당했다(기해박해·己亥迫害). 프랑스는 이를 계기로 함대를 조선에 파견, 외교적 간섭과 통상수교를 요청하였으나 거절되었다.
 조선은 청국에 대해 프랑스 함대의 내한을 상세히 보고하면서 프랑스인들이 다시 오지 못하도록 부탁하는 동시에 청국을 통해 마카오에 있는 프랑스 함대 함장에게 회답을 보냈다. 이 회답서는 모방 신부 등 3인의 살해 배경과 그들을 살해한 것이 조선의 법에 따른 것임을 설명하고 외교적으로는 청국의 종주권을 인정하고 있다.

그러자 천주교에 대한 박해가 시작되었다. 천주교가 조상에 대한 제사를 금지하는 데서 발단되었는데 그 명분은 위정척사였다. 1785년 을사박해(乙巳迫害)를 시작으로 1791년 신해박해(辛亥迫害), 1801년 신유박해(辛酉迫害)로 이어졌다.