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17세기에 들어서자 대항해 시대는 새로운 국면에 접어든다. 해양진출의 후발 주자인 네덜란드·영국은 포르투갈·스페인의 해양로(sea-lane) 패권(覇權)에 거세게 도전했다. 가톨릭 교권(敎權)이 설정한 전통의 기득권(旣得權)은 의미를 상실했다. 이는 권위가 아니라 기술·자본의 우위가 해외 진출을 좌우하는 경쟁 본위 시대로의 레짐 체인지(regime change)를 의미했다.
 가장 먼저 도전장을 던진 것은 네덜란드였다. 포르투갈의 동아시아 해양로 구축 사정을 파악한 네덜란드의 동인도회사(VOC)는 향신료 제도(Maluku Islands)를 직접 노렸다. 기존 최대 상품이었던 후추는 독점 붕괴에 따른 공급 증가로 수익성이 폭락하고 있었다. VOC는 수익성이 높은 육두구(nutmeg)·클로브(clove) 확보를 위해 향신료 제도의 암본(Ambon)에 상륙하여 포르투갈 세력을 몰아내고 거점을 확보한다.
 암본 사건 이후 VOC와 포르투갈은 아프리카 동안의 모잠비크에서 시작하여 동인도·말라카·마카오에 이르기까지 인도 에스타도의 전략적 요충지에서 동아시아 해양 패권을 건 일진일퇴의 공방전에 돌입한다. 포르투갈은 전략적 거점과 천혜의 요새를 확보하고 있었으나, 오랜 독점의 함정에 빠져 군사 시설은 낙후되고 관리자들의 기강은 해이해져 있었다. VOC는 1619년 자바 섬의 자야카르타(지금의 자카르타)를 점령한 후, 항만과 요새를 건설하여 아시아 공략 거점으로 조성한다. 네덜란드인들은 이곳을 자신들의 조상 이름을 따 바타비아(Batavia)로 명명하였고, 바타비아는 제2차 세계대전 이후 인도네시아가 독립할 때까지 ‘네덜란드령 동인도’(Dutch East Indies)의 수도로 식민제국의 중심이 되었다. 

해양진출의 후발 주자인 네덜란드·영국은 포르투갈·스페인의 해양로 패권에 도전했고 가톨릭 교권이 설정한 전통의 기득권은 의미를 상실했다.