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 그러던 중 브런슨 목사 사건이 터졌다. 브런슨 목사는 20년 이상 터키에서 거주하고 있는 미국인이다. 이즈미르에서 장로교 부활교회 목사로 일하고 있던 그는 2016년 4월 체류연장 신청을 했다. 10월 7일 경찰에 소환되자 브런슨 목사는 일상적인 비자 문제 협의인 줄 알고 출두했으나 즉시 체포됐다. 그는 변호사와 미국 영사 접견권마저 거부당한 채 구금됐다.
 법원의 공식기록에 따르면 브런슨 목사는 ‘무장 테러조직원’이다. 판사는 브런슨 목사가 2016년 7월 불발 쿠데타의 배후인 귈렌운동과 관련된 인물이라고 말했다고 한다. 터키 국영 아나돌루통신에 따르면 2017년 8월 24일 검찰은 브런슨 목사가 테러조직을 후원하고 정치·군사 스파이 행위를 했다는 증거를 제출했고, 2018년 3월 5일 법원은 이를 받아들였다.
 브런슨은 반정부 테러단체인 쿠르드노동자당(PKK)과 쿠데타 주도 세력인 귈렌운동을 지원했다는 혐의를 받고 있는데, 오는 10월에 재개될 재판에서 유죄 선고를 받으면 최대 35년을 감옥에서 살아야만 한다.
 브런슨 목사는 이런 혐의를 강력히 부인하고 있다. 자신은 정치활동을 한 적이 없다는 것이다. 시리아 난민을 도왔을 뿐인데 터키 당국은 자신이 쿠르드노동자당을 지원한다고 하고, 교회를 세우자 귈렌운동가들의 도움을 받았다며 자신을 몰아세웠다고 하면서 결백을 주장하고 있다.
 브런슨 목사는 지난 7월 25일 1년9개월간 수감생활을 마치고 석방됐지만 가택연금(軟禁) 상태다. 터키 당국은 가택연금과 출국금지를 해제해 달라는 브런슨 목사와 미국 정부의 요구를 모두 거부했다. 삼권분립(三權分立)을 지키는 국가에서 행정부가 사법부의 판단에 개입할 수 없다는 이유를 들었다. 그러나 적어도 2016년 쿠데타 불발 이후 터키에서 사법부는 독립적인 판단을 하기 어려운 상황이다. 때문에 터키 정부의 브런슨 목사 석방 거부는 설득력이 없다는 것이 중론(衆論)이다.

터기 당국은 삼권분립을 지키는 국가에서 행정부가 사법부의 판단에 개입할 수 없다는 이유로 가택연금과 출국금지를 해제해 달라는 브런슨 목사와 미국 정부의 요구를 모두 거부했다.