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 광해군이 정치적으로 실패하고 폐주가 되는 배경에는 광해군이 왕위에 오르기 어려운 서얼의 둘째 왕자였다는 사실이 뒤따른다. 선조(宣祖)의 나이 40세가 되었을 때 좌의정 정철 등이 건저(建儲·세자 책봉) 문제를 제기했으나 선조는 자신이 총애한 인빈의 아들 신성군을 염두에 두고 있었다. 결국 정철은 파직당하고 유배를 가게 됐다. 이 일로 인해 동인은 남인과 북인으로 나뉘게 된다.
 그러나 임진왜란이 일어나자 광해군은 졸지에 왕세자가 되어 분조(分朝)를 이끌며 많은 공을 세웠다. 왜란이 끝나자 서울을 떠나 파천(播遷)했던 선조는 민심을 잃고 광해군이 추앙받게 되자 심기가 불편해졌다. 광해군은 아침마다 선조의 처소로 문안 인사를 드리러 갔지만 선조는 그를 접견조차 하지 않았다. 선조의 태도는 분명 광해군에 대한 견제였다.
 선조는 1602년에는 이조정랑(吏曹正郞) 김제남(金悌男)의 딸을 새로운 왕비로 맞았다. 선조가 새로이 맞이한 중전 인목왕후(仁穆王后)는 광해군보다 아홉 살 연하인데 결혼 4년 차에 아들을 낳았다. 영창대군(永昌大君)이 태어나자 왕위계승을 둘러싼 파쟁이 확대됐다. 광해군이 서자이며 둘째 아들이라는 이유로 영창대군을 후사로 삼아야 한다는 소북(小北)과 광해군을 지지하는 대북(大北)이 크게 대립했다.
 이러한 상황에서 1607년 선조가 쓰러져 병석에 누웠다. 선조는 두 살짜리 영창대군을 보위에 올릴 수는 없어 병석에서 비망기(備忘記)를 내려 광해군에게 전위(傳位)하겠다고 했다. 우여곡절 끝에 정인홍(鄭仁弘) 등 대북세력의 후원에 힘입어 광해군은 파란만장했던 16년의 왕세자 세월을 마감하고 마침내 왕위에 올랐다.

선조는 이조정랑 김 씨의 딸을 왕비로 맞이해 결혼 4년 차에 영창대군을 낳았고 왕위계승을 둘러싼 파쟁이 확대됐다.