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 일본 측은 의도적으로 사행(使行)을 지체시키고 있었다. 교토에서도 마찬가지였다. 이런저런 핑계로 연기되다가 선조의 국서(國書)가 일본 조정에 전달된 것은 11월 7일이다. 한양을 출발한 지 8개월이 지나서였다. 그러고 히데요시와의 접견이 있었다. 그러고 나서 곧장 귀국을 요구하는 바람에 11월 11일 조선 통신사 일행은 교토를 떠나야 했다.
 히데요시 답서 형식의 국서도 처음에는 내주지 않았다. 사절들이 여러 차례 항의를 하자 “내가 명나라에 들어가는 날 (조선이) 군사를 거느리고 일본군 진영으로 향한다면 두루 이웃의 맹약을 맺을 수 있을 것이다”라는 등의 침략 야욕을 드러낸 내용이 포함된 국서를 내주었다.
 이듬해 1월 28일 부산에 도착한 일행은 3월경에야 선조에게 복명(復命)했다. 1월 부산에 도착했을 때 황윤길은 이미 “반드시 전란(戰亂)이 있을 것입니다[必有兵禍(필유병화)]”라는 내용을 긴급보고 했다. 3월에 이들이 복명하자 선조는 이들을 인견(引見)하며 물어보았다. 《선조수정실록》 선조 24년 3월의 기록이다. 참고로 수정실록은 뒤에 기록된 것이라 ‘월’만 나와 있고 ‘일’은 모두 1일로 돼 있음을 밝혀둔다.
 〈복명한 뒤에 상이 인견하고 하문하니 윤길은 지난번의 치계(馳啓·긴급 보고) 내용과 같은 의견을 아뢰었고 성일은 이렇게 아뢰었다.
 “그러한 정상은 발견하지 못했는데 윤길이 장황하게 아뢰어 인심이 동요하게 만드니 일의 마땅함에서 볼 때 매우 어긋납니다.”

히데요시 답서 형식의 국서도 내주지 않아 여러 차례 항의를 하자 침략 야욕을 드러낸 내용이 포함된 국서를 내주었다.