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 윤치호의 행방불명에 대해 세 가지로 생각해 볼 수 있다. 하나는, 강제적으로 맡겨진 부역으로 인해 우익에 붙잡혀 갔을 가능성이다. 그가 제 아무리 사회사업을 한다 해도 반공청년단 입장에선 인민위원장까지 지낸 그는 숙청 대상이었을 것이다.
 다른 하나는, 좌파에 의해 납북 혹은 살해됐을 가능성이다. 인민위원장까지 시켜 놨는데 국군에 풀려난 것을 괘씸하게 여겨 그를 위해(危害)했을 가능성이다. 전쟁 이후 낮에는 국군, 밤에는 빨치산 공비가 판을 치던 세상인지라 그가 자유로울 수 없었을 것이라는 어쩔 수 없는 추측이다.
 공생원을 탐낸 사람들이 해코지했다는 설도 있다. 전쟁이 나고 외국 원조가 시작되면서 사회사업에 돈이 몰릴 것이라 생각한 사람들이 납치했을 것으로 보는 주장이다. 그가 홀연히 자취를 감추고 없는 지금, 생각이야 많지만 가능성에 머무는 수준에서 억지 해석일 따름이다.
 아름다운 청년, 윤치호는 갔어도 그의 꿈은 남았다. 가난한 이, 부모 없이 고통스러운 삶을 살아야 했던 이들에게 윤치호는 아버지요, 삼촌이요, 큰형님이었다. 1919년 서울에 오긍선(吳兢善)에 의해 우리나라 최초의 경성 고아 구제회가 창립되고 경성보육원이 설립된 이후 1928년에 윤치호가 목포에 세운 공생원이 두 번째 고아원이다.
 전쟁 이후 한때 고아들을 해외로 입양시키는 일이 제법 돈벌이가 된다는 소문에 우후죽순 격으로 고아원이 생겨나기도 했다. 미군과 해외 원조기관으로부터 들어오는 긴급구호 식량과 지원물자를 빼돌려 착복할 뿐 아니라 원생에게 돌아갈 몫을 자신의 것으로 가로채는 악덕 사회사업자가 생겨난 것도 이 무렵이었다.

윤치호의 행방불명에 대해 세 가지로 생각해 볼 수 있다. 하나는, 강제적으로 맡겨진 부역으로 인해 우익에 붙잡혀 갔을 가능성이다. 다른 하나는, 좌파에 의해 납북 혹은 살해됐을 가능성이다. 공생원을 탐낸 사람들이 해코지했다는 설도 있다.