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 오긍선은 알렉산더 덕분에 학비에 대한 걱정 없이 미국에서 공부에 전념할 수 있었다. 그는 센트럴대학 교양학부에 입학, 물리와 화학을 수학하였다. 1904년 센트럴대학을 졸업하고 루이빌의과대학 대학원으로 진학하였다. 대학원 재학 중 미국 의사면허를 취득한 뒤, 의학박사 학위를 받았다. 한국인으로 서재필(徐載弼)에 이은 두 번째 의학박사였다.
 6개월간에 걸친 인턴 생활을 마무리하던 1907년, 오긍선은 남장로회 선교부로부터 한국 파견 선교사 자격을 얻어 귀국하였다. 그해 군산 병원에서 대니얼 선교사의 후임으로 병원 일을 책임졌다. 한편 자신의 사재와 월급 등을 기부하여 1909년 옥구군에 구암교회 예배당을 건립, 헌당하였다. 또한 교육 사업에도 관심을 쏟아 군산의 안락학교와 영명학교에서 가르치기도 했다.
 1910년 봄, 선교부의 지시로 군산을 떠나 광주로 가서 광주기독병원장에 취임하였고, 1911년에는 목포로 가서 남장로회 설립 선교 병원인 프렌치 병원 일을 맡았다.
 선교 초기부터 세브란스와 연희전문학교는 미국에서 파송된 북장로교와 남장로교, 감리교회의 연합 기관으로 재정과 소요인력의 대부분이 이들의 헌금으로 유지되었다. 그래서 당시 이들 학교의 이름 앞에는 ‘연합’이라는 의미의 ‘Union’이라는 타이틀이 있었다.
 미국 내에서 남과 북이 치열하게 전쟁을 치렀던 1865년 이후, 북군의 승리로 전란이 끝났음에도 미국은 아직까지 남과 북으로 나뉜 두 개, 아니 50개의 나라였다. 그런데 조선에 와서 일하던 남과 북 출신의 장로교, 감리교 선교사들이 전도와 교육, 사회 복지 각 분야에서 괄목할만한 일을 하면서 남과 북의 지역감정과 적대적 모순을 떨쳐버리고 하나로 연합한 모습은 그리 흔치 않은 것이다. 그들은 조선에 단 하나의 장로교만을 세우기로 맹약한 터였다. 그리고 전도의 결과로 얻어진 신자들을 서로 빼앗아가지 않기로 약조했다.

알렉산더 덕분에 미국에서 공부에 전념할 수 있었던 오 씨는 의학박사 학위를 받아 한국인으로 두 번째 의학박사가 되었고 1907년에 한국 파견 선교사 자격을 얻어 귀국하였다.