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 1950년 전쟁이 터졌다. 윤 전도사는 “고아를 두고 이들을 두 번 죽일 수 없어 우리만 도망칠 수 없다”며 공생원을 지켰다. 그게 시련의 단초였다. 7월 중순 이후 목포에 진입한 인민군은 윤치호가 이승만(李承晩) 정권 아래 구장(區長)을 맡은 데다, 부인이 일본인이라는 점을 들어 그를 인민재판에 회부했다.
 “윤치호 반동은 인민을 착취했고, 해방 후에는 이승만 괴뢰 정권에 가담하여 사회사업이라는 파렴치한 가면을 쓰고 인민이 피땀 흘려 모은 금전을 갈취한 악질 반동분자요. 게다가 그의 처 지즈코는 우리 민족의 철천지 원수인 일본 사람이오. 그는 총살감이오. 반동이라 인정하는 동무는 손을 드시오.”
 손을 드는 사람은 아무도 없었을뿐더러 주민은 도리어 그의 편에 서 줬다. “윤 동지는 이승만 정권 때 구장을 지냈습니다만, 실제로는 구장이라기보다 목포 시민들이 사랑하는 거지 대장이었습니다. 오로지 불쌍한 고아들을 위해 애써 온 사람입니다. 그리고 윤 동지의 부인은 일본인이긴 하지만 해방이 되었을 때 부모 없는 고아를 위해 헌신해 온 고마운 분입니다. 특히 윤 동지는 일본 경찰에 체포되면서까지 독립운동을 위해 몸 바친 애국자입니다.” “옳소!” (윤기 저서 《어머니는 바보야》 중에서)
 윤치호를 죽여야 한다는 동조가 없자, 인민에게 봉사한다는 조건으로 대반동의 인민위원장 직을 맡게 했고, 사무실까지 설치했다. 3개월 동안 목숨을 부지한 세월, 인민군이 후퇴하자 이번엔 인민군을 도운 이유로 국군에 붙잡혀 갔다. 주변 인사들이 구명운동을 해 줘 1951년 1월 가까스로 석방됐지만 삶의 여정은 길지 않았다. 당시 300명의 원아를 돌보고 있던 치호가 전남도청에 원아들의 구호식량 요청을 하겠다며 길을 나섰다가 소식이 끊긴 것이다. 그때 윤치호의 나이 마흔둘이었다.

윤 전도사는 “고아를 두고 이들을 두 번 죽일 수 없어 우리만 도망칠 수 없다”며 공생원을 지켰다. 7월 중순 이후 목포에 진입한 인민군은 윤치호가 이승만(李承晩) 정권 아래 구장(區長)을 맡은 데다, 부인이 일본인이라는 점을 들어 그를 인민재판에 회부했다.