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 2000년 초부터 심화조에 대한 조사가 시작됐다. 7월 채문덕은 사형을 당했다. 9월에는 나머지 심화조 단원들이 전격 체포됐다. 체포도 드라마의 한 장면 같이 진행됐다. 사회안전성 봉화예술극장에 사회안전성에서 일하는 모든 성원들을 모이게 한 후, 중앙당의 계응태 비서가 들어와 황진택, 박창선 등 사회안전성의 장성 10여 명을 일거에 공개 체포했다. 전국의 안전부에서 심화조로 파견 나왔던 안전원 6000여 명도 체포됐다. 이들은 총살당하거나 교화소로 보내졌다.
 심화조 사건과 직접적 연관이 없는 이들도 칼바람을 피할 수 없었다. 연좌죄가 적용돼 사회안전성 조직부국장은 중장에서 상좌로 밀려나, 평양시 력포구역 안전부 정치부장으로 갔다. 선전부국장(소장)은 신경성뇌출혈을 일으켜 평양시 보통강구역에 있는 안전성 병원으로 실려 갔다. 정신을 차린 후엔 자살했다. 본부 지도과장(대좌)은 중좌로 철직돼 평양시 평천구역 안전부 정치부 부부장이 되었다.
 심화조 사건의 피해자들에게 김정일은 ‘따뜻한 손길’을 내렸다. 관리소에 잡혀 갔던 사람들에게 “김정일 최고사령관이 높은 배려를 내렸다. 자기 자리에 돌아가서, 자기가 살던 집으로 다시 가서 살도록 하라”는 지시가 내려왔다.
 이 와중에 웃지 못할 일들도 벌어졌다. 처벌 당시, 아버지가 총살된 후 관리소에 가는 가족들 중 혈연관계로 이어지지 않은 사위와 며느리들은 본인이 요구하면 이혼을 할 수 있게 해 줬었다. 이들 중엔 다른 사람을 만나 재혼하고 살던 사람도 많았는데, 다시 돌아와 원래의 남편 또는 부인과 살도록 하라고 해서, 한동안 이혼과 재결혼 바람이 불기도 했다.

2000년 초부터 심화조에 대한 조사가 시작되었고 드라마 한 장면같이 전격 공개 체포된 단원들은 총살당하거나 교화소로 보내졌다.