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 요코세우라의 영주였던 오무라 스미타다(大村純忠)는 기독교 포교의 자유와 선교사의 안전을 확약하는 한편, 스스로 세례를 받아 일본 최초의 기리시탄 다이묘(キリシタン大名- 기독교로 개종한 다이묘)가 될 정도로 포르투갈인들에게 호의적이었다. 기독교에 귀의한 오무라는 완전히 종교에 심취하여 주위의 친지와 가신에게 개종(改宗)을 강요하기에 이르렀다. 이러한 오무라의 독단적 행동은 곧 가신과 영민(領民)들의 반발을 불러일으켰다. 오무라를 등지는 가신이 속출하고 요코세우라에 건립된 교회들이 습격을 받아 불타는 등 선교사와 선원들의 안전이 위협받게 되자 포르투갈인들은 입항지를 후쿠다우라(福田浦)로 재차 이전한다. 
 1565년 10월 일본인과 유럽인 간에 벌어진 사상 최초의 무력(武力)분쟁으로 일컬어지는 ‘후쿠다우라 전투’가 발발한다. 후쿠다우라 앞바다에 정박해 있는 포르투갈의 선박을 히라도의 영주 마쓰라 다카노부 휘하의 군대가 공격한 사건이다. 마쓰라는 포르투갈인들이 히라도에서의 무역을 거부하고 여전히 오무라의 영지인 후쿠다우라에 입항한 것에 불만을 품고 포르투갈의 캐락선을 공격하는 보복에 나섰으나, 압도적인 포르투갈의 화력 앞에 무릎을 꿇고 패퇴하고 만다. 유럽 세력의 접근을 거부하며 적대적 태도를 보인 곳은 많아도 자신들과 교역을 하지 않는 것에 불만을 품고 공격해 온 지역은 일본밖에 없을 것이다. 1570년 오무라는 더욱 안전한 항구를 찾기 위해 고심하던 포르투갈인들에게 (당시 조그만 어촌에 불과하던) 나가사키를 제공하였고, 이후 나가사키는 유럽과 일본을 연결하는 접점이자 유럽의 문물이 일본으로 유입되는 관문으로 일본 역사에 큰 의미를 갖는 장소가 된다. 

요코세우라의 영주였던 오무라는 일본 최초의 기리시탄 다이묘가 되며 기독교에 귀의했고 주위의 친지와 가신에게 개종을 강요하기에 이르렀다.