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 “얼마 지나지 않아 실무자들이 현지를 다시 답사했습니다. 어느 사이 미8군 팻말이 붙어 있었고, 그 누구도 들어가지 못하게 철조망이 둘러쳐져 있었어요. 5부장관회의에 이 사실을 보고했더니 당시 김일환(金一煥) 국방부차관이 ‘미8군에서 사용하겠다는 청원이 있어 어쩔 수 없이 동의했다’고 전했습니다.”
 결국 미국 측의 강력한 반대로 원자력연구소 부지는 서울대 공과대학 근처 육군공병대 불도저연습장으로 낙점됐다. 국방부가 나서 여러 후보지를 놓고 안보평가를 한 끝에 그곳에 짓기로 한 것이다. 국방부가 부지를 선정한 것은 한국 정부가 원자력연구소를 안보시설로 보았다는 뜻이다.
 원자력연구소 담당자들은 서울대 윤일선(尹日善) 총장을 찾아가 연구소의 부지시설계획과 공과대학과의 연구협력을 설명하며 13만평을 원자력연구소 부지로 할애해 달라고 했고, 인접 사유지 12만평을 합쳐 약 25만평의 연구소 부지를 확보할 수 있었다. 박익수 전 위원장은 “이 대통령이 처음부터 원한 장소는 아니지만 최초의 연구기관은 서울 근교에 건설하고 계속해서 대전 이남에 분산 건설하겠다고 보고해 결재를 받은 것은 지금 생각하면 잘한 일”이라고 했다.
 트리가 마크-Ⅱ 도입을 결정한 정부는 1959년 7월 14일 서울시 공릉동의 원자력연구소 부지 안에서 원자로 건설을 위한 기공식을 가졌다. 원자로 건물 설계는 당시 촉망받던 건축가인 김중업(金重業)씨가 맡았다. 김중업은 설계를 위해 2개월간 미국, 영국, 프랑스, 독일 등지를 돌며 방사선 차폐시설, 방호시설, 동위원소 생산시설 등에 대한 구조물을 시찰하고 두 권의 노트로 정리해 보고했다.

미국 측의 반대로 국방부가 여러 후보지를 놓고 안보평가를 한 끝에 원자력연구소 부지는 육군공병대 불도저연습장으로 낙점됐고 한국 정부가 원자력연구소를 안보시설로 보았다는 뜻이다.