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 박정양 전권공사는 1887년 11월 이완용(李完用), 이하영(李夏榮), 이상재(李商在) 등 관원들과 함께 인천항을 떠났다. 조선에서 동행하는 미국인 의사이자 선교사인 알렌(Horace N. Allen, 安運)에게는 ‘공사관 외국인 서기관’이라는 직함을 주었다. 알렌은 미국에 보빙사로 다녀온 민영익이 1884년 갑신정변(甲申政變)에서 칼을 맞자 그를 치료해 살린 바 있고, 병원(광혜원)을 운영하고 있었다.
 알렌은 부임하는 박정양 일행의 모습을 일기에 적어 남겼는데 당시의 조선과 미국의 문화적 차이를 알 수 있다. 〈일행은 샌프란시스코에 도착해서 난생 처음 호텔의 엘리베이터를 타게 되었는데, 조종수가 로프를 잡아당겨 위로 올라가자 지진이 났다고 소리쳤으며 그 뒤로 한국인들은 계단을 사용했다.〉 〈참을 수 없을 만큼 불결하며, 씻지 않은 몸에서 무시무시한 냄새가 났다〉고도 적고 있다.
 조선을 출발하면서 알렌은 영단삼약에 대해 모르고 있었다. 워싱턴 도착 후 이를 알게 되자 그는 경악했다. 박정양이 영단삼약 지침에 따라 청국 공사관을 먼저 방문하려 하자 알렌은 사임하겠다고 하면서 강력히 반대했다. 알렌의 외교 조언을 경청한 박정양은 알렌의 말을 들었다. 그리고 영약삼단을 무시하고 독자적인 외교활동을 시작했다. 청국 공사관에 통보하거나 방문하지 않고 국무장관을 직접 예방하여 신임장 제정 날짜를 결정했다. 이를 알게 된 청국 공사가 사람을 보내 영약삼단을 이행하라고 했지만 무시했다.

공사관 외국인 서기관 직함을 받은 알렌은 병원을 운영하고 있었다.