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6·25 남침으로 국가가 존망의 위기에 놓여 있던 때에도 군내에서는 엄청난 부정부패가 자행되고 있었다. 대표적인 것이 국민방위군 사건이었다.
 중공군의 개입으로 연합군이 후퇴를 시작하던 1950년 12월 11일 정부는 ‘국민방위군 설치법’을 공포했다. 17~40세 장정(壯丁)들을 소집해서 관리하기 위해서였다. 나중에 정부가 발표한 바에 의하면 239만여 명이 등록했으나, 실제 징집된 것은 68만여 명이었고, 27만여 명이 낙오병이 됐다.
 국민방위군 지휘부는 이들에게 돌아가야 할 물자들을 착복하거나 군 상층부, 정치권에 상납(上納)했다. 그 규모가 전체 예산 209억원 가운데 10%가 넘는 23억원과 쌀 5만2000석에 달했다. 9만여 명의 장정이 아사(餓死), 병사(病死), 동사(凍死)했다. 결국 국회에서 이철승(李哲承) 의원 등이 문제 삼으면서 이 사건은 정치스캔들로 비화했다. 1951년 4월 국민방위군은 해산되었다. 사령관 김윤근(육군 준장, 전 대한청년단장), 부사령관 윤익헌(육군 대령) 등 5명은 군사재판에서 유죄 선고를 받고 총살당했다.
 김창룡 합동수사본부장도 이 사건을 주의 깊게 관찰했다. 당시 육군참모총장은 정일권(丁一權)이었다. 6·25 개전 당시 육군 준장이었던 정일권은 소장 진급과 함께 육군참모총장 겸 육해공군 총사령관이 됐다. 함경북도 경원 출신인 그는 만주 간도로 건너가 그곳에서 광명중학교를 나왔다. 이후 그는 만주육군군관학교와 일본육군사관학교, 일본육군대학교를 거쳐 만주군 헌병장교가 됐다. 정일권은 그 시절 함경도 젊은이들의 우상이었다. 함경도 출신의 우수한 학생들이 광명중학교로 진학했다. 이 가운데는 해방 후 북한 보위부에 들어간 이도 많았다.

국민방위군 지휘부가 정치권에 상납한 물자들의 규모가 23억 원과 쌀 5만 200석에 달했고 국회에서 이 의원 등이 문제 삼으면서 5명은 유죄 선고를 받고 총살당했다.