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 좌의정 자리에서 물러나 한직으로 밀려나기도 했던 김홍집은 1887년 다시 좌의정 겸 내무대신으로 정계에 복귀해 개혁정책을 추진해 나가던 중 1894년 동학혁명을 맞게 된다. 혁명의 배경은 일본의 농산물 수탈과 일본으로 반출되는 콩의 유출을 금지하는 방곡령(防穀令)과 관련이 깊다.
 1876년 조선이 개항하면서 일본 상인들은 조선의 통제를 받지 않고 쌀·콩 등 농산물을 매점하여 일본으로 반출하기 시작했다. 조선은 곡물의 절대 비축량이 부족하여 식량난이 가중되었다. 1888년(고종 25)에는 흉년까지 들자 전국 여러 곳에서 연달아 폭동이 일어났다. 곡물 수출항인 원산(元山)을 관장하던 함경도관찰사 조병식(趙秉式)은 한일통상장정(韓日通商章程)을 근거로 원산항을 통하여 일본으로 반출되는 콩의 유출을 금지하는 방곡령을 발동하였다. 1892년 방곡령 사건이다.
 일본은 방곡령 시행으로 막대한 피해를 입었다고 보상을 요구했으나 조선이 거절하자 이듬해 군대를 동원하여 피해배상을 강요했다. 조선은 배상금 11만환을 지불하기로 하고 이 문제를 해결하였다. 이에 농민들과 동학교도들이 궐기하기 시작했다. 동학군의 기세가 강성해지자 조선은 다시 청에 원병을 요청하였다. 그러자 일본도 10년 전 체결한 톈진조약을 구실로 양국의 세력균형과 동학 토벌 명분으로 일방적으로 조선에 출병했다.
 서울에 군사를 배치한 일본은 조선에 청과의 관계 파기와 청 군대의 철수를 요구했다. 거절당하자 청군과 조선 공략을 이미 계획한 일본군은 경복궁을 습격하고 무력으로 억압했다. 민씨 정권이 이에 저항하자 일본은 당시 동학농민군의 지지를 받고 있던 흥선대원군을 끌어들이고, 고종은 김홍집을 영의정에 임명했다.

1876년 조선이 개항하면서 일본 상인들은 조선의 통제를 받지 않고 쌀·콩 등 농산물을 매점하여 일본으로 반출하기 시작했다. 조선은 곡물의 절대 비축량이 부족하여 식량난이 가중되었다. 1888년(고종 25)에는 흉년까지 들자 전국 여러 곳에서 연달아 폭동이 일어났다.