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 간혹 배를 출발시키는 사람들도 있었지만 삼별초가 작은 배를 타고 추격하여 활을 쏘는 바람에 꼼짝할 수가 없었다. 성안의 사람들은 놀란 나머지 흩어져 숲속에 숨었고 아이들과 부녀자들의 통곡 소리가 거리를 메웠다. 삼별초는 금강고(金剛庫)의 무기를 군졸에게 나누어주고 성문을 닫아걸고 굳게 지켰다.
 배중손과 노영희는 삼별초를 지휘해 시가지에 집결시킨 후 승화후(承化侯) 왕온(王溫)을 왕위에 올리고 관부(官府)를 설치했다. 이때 대장군(大將軍) 유존혁(劉存奕)과 상서좌승(尙書左丞) 이신손(李信孫)이 각각 좌우승선(左右承宣)으로 임명됐다.
 반란에 불응한 장군 이백기(李白起)와 몽골에서 보낸 회회(回回·이슬람)인들은 거리에서 참수됐다. 장군 현문혁(玄文奕)과 직학(直學) 정문감(鄭文鑑) 부부도 모두 죽였다. 참지정사(參知政事) 채정(蔡楨)과 추밀원부사(樞密院副使) 김련(金鍊), 도병마녹사(都兵馬錄事) 강지소(康之紹) 등은 강화도를 탈출했다.
 이렇게 저항하려는 세력과 몽골에 항복한 조정을 따라 목숨을 부지하려는 세력이 양립하자 삼별초는 더 이상 강화도에 웅거할 수 없다는 판단을 내렸다. 강화도 수비군 중 일부가 육지로 갔기에 그들을 이용하면 몽골군이 바다를 건너는 것은 시간문제라고 생각한 것이다. 삼별초는 진도로 옮기기로 했다.
 반란을 일으킨 지 사흘 뒤, 삼별초는 1000여 척의 배에 재물과 인원 등을 싣고 남쪽으로 떠났다. 그들이 도착한 곳은 진도 벽파진으로, 강화도를 떠난 지 두 달 보름 뒤인 8월 19일이었다. 삼별초는 용장성(龍藏城)에 터를 잡은 후 산성을 개축하고 성안의 용장사를 궁궐로 삼는 등 건물을 짓고 왕을 황제로 칭했다.

저항 세력과 몽골에 항복한 조정을 따르려는 세력이 양립하자 삼별초는 강화도를 떠나 진도 벽파진에 도착했다.