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 1949년 10월 육군본부 정보국 특무대(CIC) 내에 군경(軍警)합동수사본부가 설치됐다. 김창룡은 본부장으로 임명됐다. 군경합동수사본부는 1950년 1월 조선노동당 남반부 정치위원회 총책 성시백과 관련자 186명을 체포했다. 김일성의 직접 명령을 받고 남파된 성시백은 1948년 4월 백범 김구 선생을 평양에서 열리는 남북협상에 참석하도록 설득한 장본인이다.
 3월에는 남로당의 거물 김삼룡과 이주하를 체포했다. 김창룡은 이주하를 직접 신문했다. 이주하는 “나와 함께 북으로 가자”면서 오히려 김창룡을 설득하려 들었다. 김창룡은 “당신은 죽은 목숨이다”라고 일갈했다.
 “당신들이 남으로 내려왔기 때문에 죽게 됐다는 얘기가 아니다. 북한에 있었어도 죽은 목숨이다. 당신들 남로당에게는 김일성이 갖고 있는 군대가 없기 때문에 죽은 목숨이다.”
 이주하는 “김일성은 신문 등 언론이 없는 장군”이라면서 “내가 그보다 더 인민을 위해 일할 수 있을 것”이라고 우겼다. 6·25 후 남로당이 숙청된 것을 보면 김창룡이 이주하보다 공산주의자들의 속성을 더 정확하게 알고 있었던 셈이다.
 ‘한국의 마타하리’라는 여간첩 김수임도 김창룡이 체포했다. 김창룡은 남로당 조직책 이중업이 탈출한 후 그의 월북 경로를 추적하다 미 24사단 헌병사령관 존 E. 베어드 대령의 동거녀 김수임이 연루된 사실을 발견했다. 김수임은 이화여대 출신으로 남로당 간부 이강국(북한 외무성 부상 역임)과 내연관계였다.

남로당 조직책 이 씨의 탈출 후 월북 경로를 추적하던 김 씨는 미 24사단 베어드 대령의 동거녀가 연루된 사실을 발견했고 여간첩도 체포했다.