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 이후 무사히 강화도에 도착한 고종은 잘못을 뉘우치고 손돌을 후히 장사하였으며 그 넋을 위로하는 사당도 세웠다. 바로 이 ‘손돌목’이 우리나라에서 명량해협의 울돌목에 이어 두 번째로 험한 뱃길이며 조수간만의 차가 전국에서 제일 크니 강화도는 가히 천험의 요새였다고 할 것이다.
 강화도에 은거한 고려의 대몽항쟁은 40년 동안 이어졌다. 항쟁이 장기화되자 무인정권과 왕・문인 세력 간에 갈등이 생겼다. 왕과 문인 세력은 몽골과 강화한 뒤 조공하자는 친조(親朝), 뭍으로 나가자는 출륙(出陸)을 주장했다. 전쟁에 지쳤기 때문이기도 했지만 무인 세력에게서 권력을 되찾자는 의도도 깔려 있었다.
 고종 44년(1257) 최항이 죽고 이듬해 최씨 무인정권의 마지막 후계자 최의가 피살되면서 최씨 정권이 흔들렸다. 고종은 태자 전(倎·훗날의 원종)을 몽골에 보낸다. 원종은 즉위 후 직접 태자(훗날의 충렬왕)를 데리고 몽골에 들어가면서 강화의 분위기는 무르익었고 마침내 원종 11년(1270) 개성으로 환궁했다.
 최씨에 이어 무인 세력을 대표한 임유무가 죽으면서 무인정권이 몰락하자 그해 5월 27일 환궁을 명한 것이다. 여기서 우리가 주목할 부분은 최씨 무인정권은 무슨 힘으로 지금의 미국을 능가하는 군사력을 가진 몽골과 40년간 싸웠느냐는 것이다. 최씨 무인정권을 지탱한 군사력은 바로 삼별초에서 나온다.
 삼별초는 몽골이 고려를 침략하기 전인 고종 17년(1230) 당시 권력자 최우가 조직한 것이다. 최우가 처음 만든 것은 ‘야별초’였는데 ‘별초’라는 말이 암시하듯 이들은 정예군이었다. 야별초는 원래 도둑을 방지하는, 지금의 경찰과 같은 기능을 수행했는데 점점 그 인원수가 늘어나자 좌별초-우별초로 나뉜다.

강화도에 은거한 고려의 대몽항쟁이 장기화되자 왕과 문인 세력은 몽골과 강화한 뒤 조공하자는 친조와 뭍으로 나가자는 출륙을 주장했다.