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 윤종구 제독은 해사와 서울대 경영학과를 졸업한 후 대위 때인 1975년 미국 하버드대로 유학갔다. 소련경제학을 전공해 1978년 석사학위를 마치고 귀국해선 국방정보본부의 소련 분석관으로 일했다. 그를 눈여겨본 이가 당시 합참본부장 유병현(柳炳賢) 육군 중장(육사 특7기)이었다. 유 중장은 대장 진급 후 1978년 11월 창설된 한미연합사 부사령관으로 임명됐을 때 윤 소령을 자신의 부관으로 데려갔다. 한미연합사령부 창설의 현장을 경험하고 난 후 1979년 정보본부로 복귀한 윤 소령은 다시 미 조지타운대학으로 유학을 떠나 러시아지역학으로 박사과정을 마친 뒤 1984년 귀국했다. 그가 중령으로 정보본부에서 근무하던 그해 11월 23일 모스크바 국제관계대학에서 조선어를 전공하고 평양주재 소련대사관에서 통역보조로 일하던 청년 바실리 야코블레비치 마투조크(당시 22세)가 판문점으로 관광 왔다가 군사분계선(MDL)을 넘어온 사건이 발생했다.
 마투조크의 미국 망명 요구에 북한군 경비병이 그를 데려가겠다며 분계선을 넘어와 총을 쐈고 우리 측도 응사해 20여 분간 격렬한 총격전이 벌어졌다. 당시 윤성민(尹誠敏) 국방부장관은 윤 중령을 불러 마투조크 합동신문에 참여하라고 지시했다. 서강대 교수로 위장한 윤 중령은 유창한 러시아어로 접근했다.
 “여자친구가 있느냐”는 등의 쉬운 질문으로 시작해 마투조크에게 접근하자 마투조크는 놀라운 이야기를 털어놓았다. 그해 카피차 소련 외무차관이 국경회담차 북한을 방문했을 때 자신도 수행했는데, “차관을 따라 상장 계급을 단 북한 장성들이 동행했으며, 대화 내용 중 북한에 T-72 전차와 항공기 등을 제공한다는 내용이 있었다”고 토로한 것이다. 이어진 고급 정보에 윤 장관은 물론 미 CIA(중앙정보국) 한국지부장인 제임스 딜레니도 깜짝 놀랐다고 한다.

하버드대에서 소련 경제학을 전공한 윤 제독이 국방정보본부의 중령으로 근무하던 때에 평양 주재 소련대사관에서 통역 보조로 일하던 청년이 MDL을 넘어온 사건이 발생했다.