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 1596년 7월 마닐라를 출발해 멕시코로 향하던 산 펠리페호가 동중국해에서 풍랑을 만나 도사(土佐)의 우라도(浦) 앞바다에 표착한다. 산 펠리페호의 선장과 선원들은 화물과 소지품을 몰수당하는 등 일본 측의 비우호적 태도로 고초를 겪다가 이듬해 4월 겨우 수리를 마치고 일본을 떠날 수 있었다.
 산 펠리페호 사건이 역사가들의 관심을 끄는 것은 산 펠리페호가 일본에 머무르던 기간 중에 갑작스런 기독교 탄압 사태가 벌어졌기 때문이다. 히데요시는 산 펠리페호가 도착한 지 석 달 후인 1596년 10월 교토와 오사카 일대에서 포교 활동에 종사하던 사제와 신도들을 색출하여 처형할 것을 명한다. 대대적인 색출로 24명이 체포되었고, 압송 과정에서 그들을 도운 2명 등 총 26명의 기독교인이 나가사키로 압송되어 이듬해 2월 처형된다.
 이것이 소위 ‘나가사키 26성인(聖人) 순교’ 사건이다. 이 사건으로 스페인인 4명, 멕시코인·포르투갈인 각 1명, 일본인 20명이 나가사키의 니시자카(西坂) 언덕에서 사형에 처해졌다. 이후 일본의 ‘골고다 언덕’으로 불리게 된 곳이다.
 우발적 사건이나 다이묘의 사적 처벌이 아닌 일본 최고 권력자의 공식 명령에 의해 기독교도가 처형된 것은 이때가 처음이다. 3개월에 걸쳐 체포지에서 멀리 떨어진 나가사키로 이동시킨 후 처형한 것은 이동 과정에서 기독교 금지령을 널리 알리고, 기독교 포교의 중심지인 나가사키에서 본보기를 보임으로써 공포 효과를 극대화하기 위한 것이었다. 이로써 나가사키는 일본 최초의 기독교 순교지가 된다. 

히데요시는 산 펠리펠호가 일본에 머무르던 기간에 갑자기 오사카 일대에서 포교 중인 사제와 신도를 색출해 처형할 것을 명했기 때문에 산 펠리페호 사건이 역사가들의 관심을 끈다.