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 2003년 일간지 《알와딴》의 편집장이 됐지만, 이븐 타이미야(1263~1328)를 비판하는 글이 지면에 나가도록 했다는 이유로 불과 52일 만에 편집장에서 해임됐다. 이븐 타이미야는 이슬람 종교사에서 “코란이 창조되지 않은 말씀”이라고 주장하다가 옥고(獄苦)를 치른 아흐마드 이븐 한발(780~855)의 보수적인 신앙을 이어 받은 학자다. 그는 코란을 문자적으로 해석했고, 성인(聖人) 공경과 같은 대중적인 믿음을 강력히 비판했다. 이슬람으로 개종(改宗)했는데도 불구하고 몽골 지배층을 불신자(不信者)라고 비난했으며, 신학과 철학으로 신앙을 표현하는 것을 배격했다. 사우디아라비아의 건국 종교이념인 와하비(Wahhabi) 사상은 아흐마드 이븐 한발과 이븐 타이미야를 사상적 원조로 삼는다. 그런데 이븐 타이미야를 비판하는 글이 나가도록 했으니 사우디아라비아의 지도층이 발칵 뒤집어질 만한 일이었다.
 사우디아라비아와 달리 서구(西歐)에서는 이때부터 카슈끄지를 진보적인 언론인으로 바라보기 시작했다. ‘보수적인 종교이념에 도전하는 용감한 언론인’이라는 이미지가 만들어진 것이다. 그가 아무나 할 수 없는 용기를 낸 것은 사실 대단한 일이다.
 카슈끄지가 ‘사상(思想)의 자유’라는 기치를 내걸고 사우디아라비아의 철옹성(鐵甕城) 같은 국가이념인 와하비 사상에 반기를 든 것은 아니다. 그는 실은 무슬림형제단을 추종하는 인물이었다.
 1928년 이집트에서 시작한 무슬림형제단은 세속적(世俗的) 서구사상에 반대하고, 이슬람을 종교를 넘어 삶의 전반에 영향을 끼치는 총체적인 생활방식으로 보는 근대 이슬람주의 운동의 대표적인 사상이다. 와하비와 다른 점은 와하비가 사우디아라비아 왕정(王政)의 수호사상이라면, 무슬림형제단은 민주주의라는 제도를 이용하여 정권을 잡는 것을 목표로 삼는다는 점이다. 무슬림형제단은 이슬람의 가치가 철저히 스며든 국가를 꿈꾼다. 서구가 카슈끄지를 ‘진보적 언론인’으로 보는 것은, 면밀히 살피면 사실 실상과 다른 것이다. 무슬림형제단이 다양한 사유(思惟)가 공존(共存)하는 사회를 지향하는 운동은 아니기 때문이다. 

한발의 보수적인 신앙을 이어 받은 학자 타이미야는 코란을 문자적으로 해석했으며 대중적인 믿음을 강력히 비판했다.