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 전두환 사령관은 부대 정비에 나섰다. 비서실장으로는 전방부대에 있던 허화평 대령을 데려왔다. 그는 강창성 사령관 시절 서울지구보안부대 대공(對共)과장을 하다가 윤필용 사건 이후 부산 피복창으로 좌천되기도 했었다.
 허화평 전 의원은 “전두환 사령관은 부임 직후 제대할 날만 기다리면서 일을 하지 않던 대령·중령급 장교들을 내보내고 전방에서 중대장을 마친 육사 출신의 빳빳한 인력들을 보안사로 데려왔다”고 말했다.
 그는 전두환 사령관과 김재규 정보부장 사이는 원만했다고 기억했다. 전두환 사령관이 선배들에게 붙임성 있게 구는 성격이었고 김재규도 전 장군이 박정희 대통령의 총애를 받는 장군이라는 것을 잘 알고 있었기 때문에 부딪칠 일이 없었다는 것이다. 
 보안사의 일반정보활동도 부활했다. 허화평 전 의원은 “전두환 사령관이 박 대통령에게 ‘일반정보활동을 해야겠습니다’라고 했고 박 대통령도 바로 오케이 했다”고 했다. 하지만 일선에서 정보수집활동을 했던 준위급 실무자들은 “10·26 이후 합동수사본부가 만들어지면서 일반정보활동이 완전히 회복됐다”고 말했다.
 전두환 사령관 부임 후 시국은 급박하게 흘러갔다. 5월에는 신민당 전당대회에서 김영삼이 총재로 선출됐고, 8월에는 YH사태가 발생했다. 10월 들어 김영삼 신민당 총재 제명, 부마사태 등이 숨가쁘게 이어졌다. 그 와중에 시국대처 방안을 놓고 김재규 중앙정보부장과 차지철 경호실장은 날카롭게 대립했다. 전두환 보안사령관은 권부(權府) 내의 갈등 상황에 대해 보고하기로 결심했다. 1987년 4월 당시 전두환 대통령은 측근들과의 자리에서 이렇게 회고했다.

허 전 의원은 전 사령관은 일을 하지 않던 대령·중령급 장교들을 내보내고 중대장을 마친 육사 출신의 인력들을 보완사로 데려왔다고 하며 김 정보부장과의 사이는 원만했다고 했다.