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 김방경 장군의 운명을 뒤흔든 것은 그가 처음 서북면 병마사로 나갈 때 침략했던 몽골이었다. 당시 고려 왕조는 강화도(江華島)로 천도해 대몽항쟁을 벌이고 있던 중 원나라와 개경 환도 문제를 놓고 갈등을 빚고 있었다. 그러던 중인 1268년(원종 9년) 임연(林衍)이 난(亂)을 일으켰다.
 임연을 제거하라는 명을 받은 김준(金俊)이 오히려 임연에게 제거되고 원종은 임연에 의해 폐위됐다. 임연은 안경공 창(安慶公 淐)을 왕으로 즉위시키면서 반원(反元)의 입장을 굳혀 개경으로의 환도를 거부하고 강화도에서 계속 정권을 쥐려 했다.
 이에 몽골 수도에 있던 세자가 황제에게 임연을 토벌해 줄 것을 청했다. 황제는 몽가독(蒙哥篤)에게 군사 2000명을 주며 토벌을 명했다. 이때 세자가 김방경에게 몽가독을 도우라고 했으나 김방경은 몽골군이 대동강을 건너면 백성들이 놀라는 것은 물론 혼란을 틈탄 변란(變亂)을 염려했다.
 실제로 북계(北界)의 반민(叛民)인 최탄(崔坦) 등은 몽가독에게 ‘사냥을 핑계로 대동강을 건너 왕경(王京·개경)을 엄습하여 왕족을 사로잡고 옥백(玉帛)을 얻자’고 유혹했고 몽가독은 이 말을 따르려 했다. 김방경은 이런 사실을 세자에게 알리고 몽골군의 진격을 중단시켰다.
 임연이 등창으로 급사하자 원종은 개경 환도를 단행했고 이에 불만을 품은 세력은 삼별초를 중심으로 대몽항쟁을 계속했다. 이것이 1270년 6월 일어난 삼별초의 난이다. 지도자는 배중손(裵仲孫) 등이었다. 삼별초는 승화후 온(承化後 溫)을 왕으로 추대해 고려와 별도의 조정을 만들었다.

고려 왕조는 원나라와 개경 환도 문제를 놓고 갈등을 빚고 있던 와중에 임연이 난을 일으켰다.