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 식민통치를 처음 시작하는 일본에 있어 시정시기(始政時期)는 일종의 실험기간인 셈이었다. ‘무방침주의(無方針主義)’라고 할 만큼 별다른 정책이 없었고 강력한 경찰력으로 현지인들을 억눌렀다. 이 시기에는 타이완 전역에서 항일 무장투쟁이 일어나는 가운데 총독부 관리들의 부패도 심각해 3년 동안 총독이 세 번이나 바뀌었다. 초대 총독 가바야마 스케노리, 2대 가쓰라 다로(桂太郞)에 이어 3대 노기 마레스케(乃木希典) 등 무관(武官) 출신 총독들이 식민통치 초기에 곤욕을 치렀다.
 현지인의 무장투쟁 대응과 전염병으로 인한 인명피해에다 재정 지출도 상당했다. 1896년 타이완의 재정 수입은 700만 엔 이하였지만 지출은 2300만 엔으로 세 배를 웃돌았다. 타이완 통치 초기에는 청결을 중시하고 예의를 차린다는 일본인들도 너무 더운 타이완의 기온에 웃통을 벗고 다녔다. 총독부 관리도 부패해 약탈을 저질렀고, 오지(奧地)나 다름없어 일본군의 군기(軍紀)도 엉망이었다. 이 같은 통치에 타이완인들의 반감도 상당했다.
 타이완 통치를 가장 힘들어한 총독은 노기 마레스케였다. 후일 러일전쟁의 영웅이 되는 그는 극심한 항일 무장투쟁에 직면해 본국에 매년 1200만 엔의 군비보조를 요청했다. 당시 노기는 “어릿광대가 야생마를 다루는 것처럼 말 등에 올라타지도 못한 채 발굽에 차일 것 같은 형국”이라는 표현을 써가며 “타이완을 매각하자”고 주장했다. 러시아가 알래스카를 미국에 판 것처럼 1500만 프랑을 받고 프랑스에 팔아버리자는 주장이었다. 이를 ‘타이완 매각론(臺灣賣却論)’이라고 한다. 일본 의회도 일시적으로나마 이 방안을 고려했을 정도였다.

타이완 통치 초기 일본인들은 너무 더운 타이완의 기온에 웃통을 벗고 다녔으며 총독부 관리는 부패해 약탈을 저질렀다.