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 이에 대해 김관진 국방부장관은 “5월 중 일본을 방문해 군사정보보호협정을 체결할 예정이었지만, 국민적 관심이 크고 정치권에서도 졸속처리 문제를 지적하는 만큼, 5월 중에는 방문하지 않고 국회 차원의 논의를 거쳐 처리하겠다”고 답했다. 
 국방부 관계자는 “일본과의 군사협력에 우려가 제기되지만, 군사정보보호협정은 아주 기초적인 것으로서 상대방에게 정보를 줬을 때 잘 관리되는지 시스템을 확인하는 것”이라면서 “주한미군과 주일미군이 세트로 움직이는데, 기초적인 정보를 공유하는 것은 합리적인 국익 차원에서 냉정하게 봐야 하지 않느냐”고 말했다.
 국방부장관이 5월 일본 방문도 미루고 재검토에 들어간 것은 야당 원내대표의 반대뿐만 아니라 일본군 위안부·독도 문제가 해결되지 않은 상황에서 일본 자위대와 손잡는 것이 부담스러웠을 것이라는 분석이다. 이 밖에 중국 반발설, 북한 자극론, 일본의 협력확대 요구설 등이 더해졌다.
 그러나 김민석(金珉奭) 국방부 대변인은 정부가 일본과의 군사협정을 계속 추진할 것임을 분명히 했다. 김 대변인은 지난 5월 21일 브리핑에서 “일본과 군사협정 체결을 추진 중이며, 중국과도 추진 중”이라고 밝혔다. 김 대변인은 “부정적인 여론 때문에 국방부가 한일 군사정보보호협정 체결을 중단하는 것 아니냐는 추측이 있는데, 이는 사실이 아니다”라며 “현재 일본 측과 협정 관련 협상을 추진 중”이라고 말했다. 그는 “중국과도 상호군수협정과 유사한 협정 체결을 추진 중”이라고 덧붙였다.

국방부 김 대변인은 정부가 일본과의 군사협정 체결을 계속 추진할 것이며 중국과도 추진 중이라고 밝혔다.