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 대표적 ‘고슴도치 전력’인 잠수함 전력에서도 일본은 재래식 잠수함 분야에서 아시아를 넘어 세계적 수준이다. ‘고슴도치 전력’이란 상대의 강력한 군사력을 꺾을 순 없어도 공격을 받을 경우 치명타를 입힐 수 있는 비(非)대칭 전력을 말한다.
 일본은 태평양전쟁 중 3대의 항공기 탑재가 가능한 세계 최대의 잠수함 항공모함 C-400형을 건조한 나라로 아시아에서 잠수함 독자설계가 가능한 유일한 나라다. 일본은 한국보다 6척이 더 많은 18척(연습·실험용 2척 포함)의 잠수함을 실전 배치한데다, 2020년대 초까지 잠수함 전력을 22척(훈련용 2척 포함) 이상으로 증강할 계획이다.
 현재 해상자위대가 보유하고 있는 18척의 잠수함은 수중 정숙성과 공격능력면에서 디젤엔진을 탑재한 통상 잠수함으로는 세계 제1의 성능을 자랑한다. 선령(船齡) 또한 매년 신형 잠수함을 한 척씩 만들어 기존 잠수함을 교체해 평균 선령이 15년 안팎으로 선령 30년인 다른 나라의 절반 수준이다.
 전문가들은 “잠수함에 수명연장 프로그램을 적용하지 않고 사실상 조기퇴역시키는 것은 미심쩍은 부분이 있다”며 “보유 숫자로 주변국을 자극하지 않으면서 자연스레 조기 퇴역시켜 보관하다가 유사시에 추가로 40여 척을 동원하려는 의도가 숨어 있는 듯하다”고 했다.
 일본의 잠수함 보유 역사는 1890년대로 거슬러 올라간다. 잠수함 건조 기술을 습득하기 위해 일본은 1890년대부터 미국에 기술자를 파견해 홀랜드급 잠수정 건조 기술을 습득하는 등 노력을 기울였다. 그러나 독자적 기술 습득이 여의치 않자 결국 1904년 미국과 5척의 홀랜드급 잠수정 건조계약을 체결했고, 1905년 10월에는 이를 바탕으로 제1잠수정대를 창설했다.

3대의 항공기 탑재가 가능한 세계 최대의 잠수함 항공모함 C-400형을 건조한 일본은 아시아에서 잠수함 독자설계가 가능한 유일한 나라로 18척의 잠수함을 실전 배치했다.