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 무군사 활동을 통해 왕세자로서 광해군의 위상은 확고해진 것처럼 보였다. 하지만 그렇지 않았다. 명 조정이 트집을 잡았기 때문이다. 조선은 1594년부터 광해군을 왕세자로 책봉해 달라고 명 조정에 주청(奏請)했다. 광해군이 전란을 극복하는 데 공을 세워, 온 백성이 그를 추대하고 있다는 명분을 내세웠다. 명 조정은 조선의 요청을 거부했다. 광해군이 맏이가 아니라 둘째이므로 그를 책봉하면 ‘장유(長幼)의 질서’가 무너지게 된다는 것이다.
 주청사(奏請使)가 여러 번 북경에 갔지만, 명은 오히려 광해군에게 왕세자 자리에서 물러나라고 촉구했다. 명은 후금의 도전이 거세지는 상황에서 조선을 명에 붙잡아두기 위해 조선의 요청을 들어주는 것이 관행이었던 왕세자 책봉 문제까지도 문제 삼았던 것으로 볼 수 있다. 왜란 때 군대를 보내 조선을 구원해 준 자신들의 재조지은을 상기시키는 것도 잊지 않았다.
 1608년 광해군이 왕위에 오른 후 왕위계승을 승인해 달라는 주청에 대해서도 명은 다시 차서(次序) 문제를 걸어 여전히 둘째 아들 광해군은 승인할 수 없다고 했다. 즉위한 지 1년이 돼서도 명은 광해군을 조선 국왕으로 책봉하지 않고 조선에 보낸 문서에서도 임시로 국사를 담당하는 권서국사(權署國事) 광해군이란 호칭을 썼다.
 조선의 사절이 임해군이 중풍에 걸려 왕세자 자리를 감당할 수 없다고 이유를 대자 명은 임해군이 왕위를 사양한다는 사실을 증명하라고 요구했다. 결국 명의 사절이 서울로 와서 임해군을 직접 만나겠다고 우겼다. 당시 임해군은 역모 혐의를 받아 강화도에 유배되어 있었다. 광해군과 조선 조정은 이들 사절에게 은 수만 냥을 주고 위기를 넘겼다. 정치적 곤경은 넘겼지만 좋지 못한 선례를 남겼다.

1608년 광해군이 왕위에 오른 후 왕위계승을 승인해 달라는 주청에 대해서도 명은 다시 차서(次序) 문제를 걸어 여전히 둘째 아들 광해군은 승인할 수 없다고 했다. 즉위한 지 1년이 돼서도 명은 광해군을 조선 국왕으로 책봉하지 않고 조선에 보낸 문서에서도 임시로 국사를 담당하는 권서국사(權署國事) 광해군이란 호칭을 썼다.