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 마흐디 저항군의 수단 통치는 1899년으로 끝났다. 수단은 영국의 승인하에 이집트가 총독을 보내 다스리는 형식으로 식민 지배를 받았다. 이집트와 영국의 통치를 거쳐 수단이 독립한 것은 1956년에 이르러서였다. 1952년 이집트 나세르의 군사혁명은 수단 독립의 청신호가 됐다. 혁명정부는 수단이 독립해야만 영국의 영향력이 소멸될 것이라고 보았다. 더군다나 혁명 지도자였던 나기브의 어머니는 수단 출신이었다. 영국은 수단 독립을 막고자 노력했으나 실패했다.
 신생 독립국의 앞날은 평탄하지 않았다. 5차례나 군부(軍部) 쿠데타가 이어질 정도로 정치적 혼란이 극심했다. 초대(初代) 국회에서부터 북수단이 남수단을 압도했다. 사실 남수단은 독립 당시 미래에 대한 막연한 기대를 지니고 수단 독립 대열에 합류했다. 그러나 독립 후 수단의 정치는 북부를 중심으로 이루어졌다.
 수단 정부가 아랍이슬람화 정책을 밀고 나가면서 비(非)무슬림 수단인들의 불만이 팽배할 수밖에 없었다. 더군다나 1969년 쿠데타로 집권한 누메이리(1969~1985년 재임) 정권은 1983년 북부에서만 적용되던 이슬람법을 남부에도 강제 시행, 비무슬림들의 정서를 자극했다.
 이슬람이 정치적 목적 달성을 위한 수단으로 전락할 때, 진정한 신앙의 힘이 발휘되기는 어렵다. 누메이리 정부는 18개월 동안 50명 이상의 절도범 손목을 잘랐고, 외화를 소지한 죄로 콥트정교인을 교수형에 처했으며, 맥주를 판 가난한 여인은 태형에 처했다.

1952년 나세르의 군사혁명은 수단 독립의 청신호가 되었으며 1956년에 이르러서야 수단은 독립을 이뤘다.