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 미궁에 빠져들던 이 사건은 2006년 당시 니스만 검사의 활약 덕분에 실마리를 찾게 됐다. 니스만 검사는 이란의 배후 지원 아래 헤즈볼라 조직원들이 저지른 것이라는 수사 결과를 발표했다. 또 자폭테러범이 당시 나이 29세의 레바논 남부 출신 시아파 무슬림인 이브라힘 후세인 베로이며, 테러 공격이 발생한 날, 그의 고향에서는 ‘순교(殉敎)’를 기리는 명판(名板)이 새겨졌다는 사실 또한 밝혀냈다.
 사건이 발생한 지 10여 년 만에 테러범의 신원이 밝혀지고 당시 부에노스아이레스 주재 이란 대사관이 이를 지원했다는 증거가 나옴으로써 이란은 궁지에 몰리게 됐다. 모사드는 2008년 시리아의 수도 다마스쿠스에서 헤즈볼라의 제2인자인 이마드 무그니야를 AMIA 폭탄테러의 배후로 간주해 보복 살해했다. 
 무그니야는 헤즈볼라 내에서 최고지도자인 하산 나스랄라 다음으로 중요한 인물로, 해외 테러와 비밀 군사작전의 총괄 책임자였다. 미국이 현상금으로 2500만 달러를 내걸 정도로 무그니야는 각종 테러에 깊숙이 개입해 왔다. 1983년 4월 63명이 숨진 레바논 주재 미국 대사관 차량 폭탄테러, 같은 해 10월 미군 241명이 목숨을 잃은 베이루트 미국 해병대 기지 폭탄테러, 1985년 미국 TWA 여객기 납치 사건, 1992년 아르헨티나 주재 이스라엘 대사관 폭탄테러 등을 배후 조종한 인물이 무그니야였다.
 이란 정부는 니스만 검사 의문사에 상당히 당혹스런 모습을 보이고 있다. 이란 정부는 그동안 니스만 검사의 수사 결과에 대해 상당히 반발해 왔다. 이란 정부는 2013년 아르헨티나 정부와 합의해 수사에 협력하기로 약속했다. 양국은 합동 진상조사위원회를 꾸리기로 했다. 하지만 니스만 검사와 아르헨티나 유대인 사회가 “이란과의 합동 조사위원회가 사건을 맡으면 투명한 조사를 기대할 수 없다”고 반대해 양국의 합의가 사실상 무산됐었다.

미궁에 빠져들던 이 사건은 2006년 당시 니스만 검사의 활약 덕분에 실마리를 찾게 됐다. 니스만 검사는 이란의 배후 지원 아래 헤즈볼라 조직원들이 저지른 것이라는 수사 결과를 발표했다.