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 법의학에 대한 낮은 인식 수준, 검사들의 횡포는 법의학에 일생을 바치기로 마음먹은 그에겐 참기 힘든 것이었다. 게다가 국과수 법의관의 월급은 3000원으로, 쌀 한 가마 값이었다. 당시 문 박사의 서울의대 동기생이 중앙청 맞은편 시립순화병원(현 서울특별시 서북병원)에 의사로 근무하며 월급 1만5000원을 받았던 시절이었다고 한다.
 실의에 빠진 문국진 박사는 부산으로 스승 장기려 박사를 찾아가 “선생님 죽을죄를 지었습니다. 더 이상 못 하겠으니 외과의사로 받아주십시오”라고 간청했다.
 “그분이 정말 대단하신 양반이오. ‘법의학은 학문도 아니야, 그런 것 하면 못 써’하시던 분이 ‘넌 내 얘기를 안 듣고 그 길로 갔지? 하지만 이제는 너를 받을 수 없다. 넌 5년이란 기간 동안 한 우물을 팠지 않느냐. 한 우물을 파면 반드시 네가 후회하지 않을 날이 올 것이야. 너같이 굳은 결심을 가진 사람은 그 의지를 반드시 살릴 수 있으니 돌아가라’며 매몰차게 돌려보내시더라고. 법의학은 학문도 아니라며 반대하셨던 분 맞나 싶을 정도였지. 아무튼 그때 장기려 박사님이 나를 받아주셨다면, 오늘날 법의학자 문국진은 없었겠지요.”
 그런데 문국진 박사를 잠재의식 속에 법의학에 붙들어 놓은 역사적 사건이 있었다. 바로 4·19혁명이었다. 경무대 근처 국과수에 근무하던 문국진 박사는 혁명 당일 의과대학생들이 경무대로 스크럼을 짜고 몰려가는 장면을 목격한다.

4·19 혁명 당일 의과대학생들이 경무대로 스크럼을 짜고 몰려가는 장면을 목격한 것이 국과수에 근무하던 문 박사를 법의학에 붙들어 놓았다.