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 태완선 부총리는 한전에 있는 김 이사를 개량형 가스냉각로와 경수로 양쪽을 모두 아는 사람으로 보고 그에게 노형 선택을 맡긴 것이다. 김종주 이사는 문희성(文熙晟) 계장과 함께 미국형과 영국제에 대한 조사를 마치고 미국산 경수로가 낫다는 내용의 보고서를 올렸다. 김 이사는 “BWR은 구조는 간단하나 터빈이 원자로 내에 있어 터빈까지 방사능에 오염돼 안전에 문제가 있다고 판단했다”며 “한전으로는 PWR에 더 호감이 갔다”고 했다. 그의 결정에 대해 정래혁(丁來赫) 한전 사장도 “김 이사의 판단이 옳다”고 격려했다. 태완선 부총리가 이를 받아들여 미국제 경수로를 선택한다는 결정을 내리자 아이젠버그가 강하게 반발했다.
 화가 단단히 난 아이젠버그를 달래기 위해 김 이사는 “다음에는 영국에서 만드는 개량형 가스냉각로를 구매하겠다”는 말로 간신히 아이젠버그를 달랬다. 운명의 장난인지 얼마 후 가스냉각로에 문제가 있는 것이 발견됐고, 영국 정부는 가스냉각로의 수출을 금지했다. 영국 정부는 문제를 일으킨 부품을 회수해 교체하는 리콜 조치도 취하면서 사이즈웰(Sizewell) B 원전부터 경수로로 건설하겠다고 공표했다. 이 사건으로 잘나가던 가스냉각로는 된서리를 맞았고, 세계 원전시장에서 자취를 감추고 말았다. 한국이 선택한 경수로의 시대가 열리게 된 것이다.
 한국이 개량형 가스냉각로를 선택했더라면, 원자력 태동기 한국 원자력 산업은 큰 혼란에 빠졌을 것이다. 후에 알려진 사실이지만 가스냉각로를 도입한 나라들은 골머리를 앓고 있었다. 일본은 도카이무라 1호기가 덩치에 비해 생산하는 전기는 적고, 경수로에 비해 발전단가는 비싸며, 보수유지비와 연료비가 높다는 사실 때문에 불만이 커지고 있었다. 이후 일본은 더 이상 가스냉각로를 짓지 않았다. ‘신의 한 수’로 경수로를 선택했다는 점에서 김종주 이사는 원자력 기술을 도입한 이승만 대통령에 이어 한국 원전의 줄기를 바로 세운 공로자 반열에 올랐다.

김 이사는 미국산 경수로가 낫다는 내용의 보고서를 올렸으며 BMR의 구조는 간단하나 안전에 문제가 있다고 판단해 PWR에 호감이 갔다고 했고 장 한전 사장도 격려했다.