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 문국진 교수는 1925년 3월 평양에서 중국어 통역관이었던 아버지 문기정(文崎正)과 어머니 홍숙정(洪淑正) 사이에서 독자(獨子)로 출생했다. 학교 성적이 우수했던 그는 명문 명륜소학교(明倫小學校)와 평양고보(平壤高普)를 거쳐 평양의과대학에 진학했다. 평양의과대학 본과 3학년 때 6·25전쟁이 발발하자, 문국진은 1951년 1월 홀어머니와 누이, 그리고 여동생과 함께 월남했다. 월남한 문국진은 대학로에 있던 서울의대 2학년에 편입해 서울생활을 시작했다.
 평범한 의대생이었던 문국진이 법의학자의 길에 들어선 것은 차라리 운명(運命)에 가까웠다. 그가 대학 3학년 때의 일이다. 종로구 원남동 근처를 걷다 갑자기 쏟아지는 소나기에 잠시 몸을 피하려고 들어간 곳이 헌책방이었다. 비가 그치기를 기다리며 이 책 저 책 뒤적거리다 그의 인생을 바꾸어놓은 한 권의 책을 그곳에서 발견한다. 후루하타 다네모토(古畑種基)라는 법의학자가 쓴 《법의학 이야기(法醫學の話)》라는, 당시로서는 낯선 책이었다.
 “지금도 하시가키(서문) 구절이 줄줄 생각나요. ‘사람에게는 생명도 중요하지만 권리도 그에 못지않게 소중하다. 사람의 생명을 다루는 의학이 임상의학이라면, 사람의 권리를 다루는 의학은 법의학이다. 고문수사는 절대 안 되고 반드시 과학적으로 증명해야 한다. 법의학은 인권을 소중히 여기는 문화가 발달된 민주국가에서만 발달한다.’” 그는 당시 감동이 떠오르는 듯 천장을 쳐다보며 말을 이었다.

문 씨가 의대생에서 법의학자의 길에 들어선 것은 운명인데 종로구 원남동 근처를 걷다 소나기를 피해 헌책방으로 들어가서 그곳에서 인생을 바꾸어놓은 책을 발견한다.