일본의 국제기술협력 추진 체계는 상기 세 분야로 나뉘어있으나, 각 부처간 협업이 잘 이루어져 있다. 주관부처가 다를 경우에도 외무성에서 주관하는 국제협력기구(JICA)의 기술협력 프로젝트와 연계하고 있다. [표 2]에서 지적하듯 2008년 출범한 신JICA 체제는 기존의 국제협력은 행의 해외경제협력업무와 외무성의 무상자금 협력 업무를 통합하여 JICA로 일원화하여, 다원 화된 조직의 협업을 위한 노력을 기울인 예라고 볼 수 있다. 일본의 국제공동연구 수행체계는 일정부분 한국과 비슷하나 가장 확연한 차이는 JICA와 JST, 외무성과 문부과학성의 각 수행기 관인 부서간의 연계성에 있다. 일본은 또한 중소기업 및 민간의 연구 참여를 격려하는 점이 특징이며 민간참여를 통해 유럽시장에 표준화된 기술습득을 유도하고 있다. 이는  FP 및 EUREKA에 민간기업 참여가 저조한 한국과의 사례와 비교된다고 볼 수 있다.
일본의 국제공동연구 수행체계는 한국과 어느정도 비슷하지만 JICA와 JST, 외무성과 문부과학성의 각 수행기관인 부서간의 연계성은 다르다.