신청이 법률상의 방식에 위배되거나 신청권 소멸 후에 된 것이거나 이유 없는 때에는 결정으로 신청을 기각한다(법 262조 2항 1호). 기각결정이 확정된 경우에는 다른 중요한 증거를 새로 발견한 경우를 제외하고는 소추할 수 없다(같은 조 4항). 신청이 법률상의 방식에 위배된 때라 함은 신청인이 고소, 고발인이 아닌 경우, 고발인이 재정신청 대상이 아닌 범죄에 대하여 신청한 경우, 신청서의 기재 요건을 흠결한 경우 등을 말한다. 신청이 신청권 소멸 후에 행해진 때라 함은 형사소송법 제260조 제3항의 기간 경과 후에 신청이 이루어진 경우, 신청을 취하한 후에 신청한 경우, 검사의 공소제기 후에 신청이 이루어진 경우 등을 말한다. 재정신청이 법률상의 방식에 위배된 경우 이를 기각하여야 함에도 재정법원이 이를 간과한 채 형사소송법 제262조 제2항 제2호 소정의 공소제기결정을 한 관계로 그에 따른 공소가 제기되어 본안사건의 절차가 개시된 후에는, 다른 특별한 사정이 없는 한 이제 그 본안사건에서 위와 같은 잘못을 다툴 수 없다(대법원 2010. 11. 11. 선고 2009도224 판결, 2010. 11. 25. 선고 2009도3563 판결 등 참조). 신청이 이유 없는 때라는 것은 죄가 되지 않는 경우, 범죄혐의가 없는 경우, 소송조건을 흠결한 경우 등이다. 검사가 범죄혐의가 없다는 이유로 불기소처분을 한 사건을 심리한 결과 범죄혐의는 인정되나 여러 가지 사정을 고려하여 볼 때 기소유예의 불기소처분을 할 만한 사건이라고 인정되는 경우에는 재정신청을 기각할 수 있다(대법원 1997. 4. 22. 자 97모30 결정).
신청이 신청인이 고소 및 고발인이 아닌 경우 등으로 법률상의 방식에 위배되고 기간 경과 등으로 신청권 소멸 후에 신청되었을 때, 그리고 죄가 되지 않는 경우 등 이유 없는 때에는 신청 기각을 결정하며, 이때는 중요한 증거를 새롭게 발견한 경우를 제외하고 소추할 수 없다. 