이상에서와 같이 합성어 형성 시 나타나는 발음의 문제 말고도 다음과 같은 문제점도 지적하였다. 첫째, 사이시옷을 적는데 순우리말과 한자말을 달리 규정하고 있다는 점이다. 순우리말로 이루어진 합성어에는 사이시옷을 받쳐 적지만, 한자 합성에서는 사이시옷 소리가 섞여 나더라도 표기하지 않게 하였다. 이것도 문제지만, 더 큰 문제는 한자어 앞에나 뒤에 순우리말이 붙으면 사이시옷을 적고 한자말이 붙으면 사이시옷을 붙이지 말라고 규정한 점이다. 이것은 '제 + 밥'은 '젯밥'으로 적게하고, '제 + 사'은 '제상'으로 적게 한다고 하였다. 둘째, '된소리로 날 때'와 'ㄴ 소리가 덧날 때', 'ㄴㄴ' 소리가 덧날 때 사이시옷을 붙인다고 규정한 점이다. 여기에는 두 가지 문제가 있는데, 하나는 'ㄴ' 소리가 나는 경우에도 'ㅅ'을 표기하겠다는 것으로서 사이시옷을 일관되게 적는다는 점에서는 좋으나 본래 소리와 너무 동떨어진 표기라는 점에서 문제가 있다고 하였다. 또 하나는 된소리로 나거나 'ㄴ' 소리가 덧나거나 'ㄴㄴ' 소리가 덧나는지 안 나는지를 판단하는 것이 있어야 하는데 우리 맞춤법이나 표준 발음법에는 이를 지정하는 규정이 없다는 점이다. 이러한 문제점을 지적하면서 남영신(1998)에서는 사이시옷을 적지 말자고 하였다. 사이시옷을 적지 않으면 표기에 일관성이 생겨 '내가, 코등, 기발, 배속'에서처럼 합쳐진 두 낱말의 형태가 변하지 않고 그대로 유지되는 장점이 있다고 하였다. 이렇게 사이시옷을 한동안 쓰지 않도록 하고 음운 변화를 면밀히 검토하여 일정한 규칙이 발견되면 그때 가서 일관성 있는 규정을 만들거나 표준 발음법을 만들어 이 문제를 해결하는 것이 합리적이라고 하였다.
남영신(1998)은 순우리말 합성어에는 사이시옷을 적지만 한자 합성에서는 적지 않는 것과 한자어 앞/뒤에 순우리말이 오면 사이시옷을 적고 한자말이 오면 적지 않는 것은 문제이며, '된소리로 날 때'와 'ㄴ소리가 덧날 때', 'ㄴㄴ소리가 덧날 때' 사이시옷을 적는 규정은 본래 소리와 동떨어지며, 된소리로 나거나 소리가 덧나는지 판단하는 규정이 없다고 했다. 그는 사이시옷 문제를 더 면밀한 검토 후 규정이나 표준 발음법을 만들어 해결하자고 했다.