그러나 현실에 있어서는 이와 같이 가맹본부와 가맹점주 양자 모두의 이득을 위한 파트너십이 갖추어진 최적화된 형태의 프랜차이즈 시스템을 찾기란 쉽지 않다. 일반적으로 프랜차이즈는 지점과 같이 통일적으로 나타나는 시스템 본부의 지휘하에 있는 간결한 경영 조직 및 공격적 시장지향성을 가진 판매 방식으로 이해되지만, 전통적인 판매 방식과 비교하여 프랜차이즈는 강한 협력 시스템을 구축하고 있다는 점에서 구별되며, 프랜차이즈에서의 판매 조직은 판매 업무의 수행에 있어 상당한 지시 구속하에 있게 된다. 이에 따라 상당수의 프랜차이즈 시스템에서는 가맹본부와 가맹점주 간의 ‘수직적 협력’이라는 미명하에 실제로는 가맹점주가 가맹본부의 지시를 받는 이익 대변자로서 가맹본부에 완전히 구속되어 ‘가맹본부의 예 속자 또는 노예’가 되는 경우를 심심치 않게 볼 수 있다.
양자 모두의 이득을 위한 최적화된 형태의 프랜차이즈 시스템을 찿기는 어렵다. 강한 협력 시스템을 구축하고 있고, 판매조직은 상당한 지시 구속하에 있게 된다. 따라서 상당수는 '가맹본부의 예속자 또는 노예'가 되는 경우가 많다.