청국은 8월 23일 '조중상민수륙무역장정(朝中商民水陸貿易章程)'의 체결로 종주관계를 확인하였으며, 1894년 청일 전쟁이 발발할 때까지 조선에 대한 내정간섭을 강화하였다. 뿐만 아니라 조선의 정치와 외교를 지도한다는 명목으로 11월 마건상(馬建常)과 독일인 묄렌도르프를 고문으로 파견하였고, 군란 진압 이후에도 청군 3,000여 명을 계속 주둔시켰다.
이후 조선 정부는 청국의 적극적인 내정간섭을 받는 처지가 되었다. 결국 일본을 모델로 자주국가 건설을 지향하여 개화당이 1884년 일으킨 갑신정변은, 임오군란으로 청국의 내정간섭이 강화되면서 자연스레 싹트게 된 일이었다.
청국은 장정을 체결하여 종주관계를 강화하고, 고문 파견/군 주둔 등을 통해 조선의 내정에 적극적으로 간섭했다. 개화당의 갑신정변이 모순적인 결과를 불러온 것이다.