반면 페이고제도는 중요한 문제점과 한계를 갖는데, 먼저 기존의 프로그램과 신규 프로그램 사이에 존재하는 비대칭적인 취급이라는 매우 중요한 문제점을 갖는다. 페이고제도는 의무지출에 대한 관할권을 위원회에 부여함으로써 이미 이해집단에 의한 협력이 공고한 기존의 프로그램의 경우 기득권이 인정되고 이에 대한 구조조정은 이루어지지 않은 채 새로운 프로그램의 신설은 매우 어렵게 한 것으로 환경변화에 따라 새로운 의무지출이 필요할 경우 불합리한 의무지출 프로그램이 존속되게 된다. 기존의 프로그램에 대하여는 기득권을 인정하여 이전에 비하여 오히려 재정통제가 느슨해진 반면 사회적으로 필요한 새로운 의무지출의 도입 가능성은 보다 어려워진 결과가 나타날 수 있다. 이는 의무프로그램을 설계하고 구성하는 우리나라와 같은 경우 보다 심각한 문제이다. 또한 페이고제도는 의무지출 프로그램의 내용에 따른 자연적 지출 증가는 통제하지 않고 있으며 이는 급속한 고령화의 변화를 겪는 나라의 경우 의무지출 증가의 문제를 갖게 된다. 선거를 통한 정책의 우선순위의 변화를 유권자가 요구할 경우에도 정치적으로 정당한 의무지출 프로그램의 구성을 막는 문제도 있다. 경직적으로 이를 막는 것은 재정민주주의에 위배된다고 할 수 있다.
반면 페이고제도는 비대칭적인 취급이라는 문제점이 있으며 기존의 프로그램에 대한 재정통제가 느슨해진 반면 새로운 의무지출의 도입 가능성은 어려워지게 한다. 또한 본 제도는 자연적 지출 증가는 통제하지 않으며 이는 고령화 변화를 겪는 나라의 경우 의무지출 증가 문제를 갖게 되며, 정당한 의무지출 프로그램의 구성을 막기도 한다.