실무상으로는 채권자들 대부분이 개인회생채권조사확정재판 신청서를 제출하기 보다는 이의신청서를 제출하는 경우가 많다. 채무자 회생 및 파산에 관한 법률 제604조 제1항의 이의신청은 개인회생채권조사확정재판의 신청을 뜻한다고 볼 수 있을 것이다. 이러한 이의신청서가 제출된 경우 채무자가 채권자의 이의내용을 인정하여 개인회생채권자목록 수정허가신청서를 제출한 경우에는 이를 개인회생채권조사확정재판의 신청으로 처리하지 않지만, 채무자가 채권자의 이의내용을 인정하지 않은 경우에는 제출된 이의신청서를 제출한 채권자에게 송달료 및 인지대를 납부하도록 하여 개인회생채권조사확정재판 신청으로 처리하는 경우도 있다.
채권자가 개인회생채권조사확정재판에 대해 이의신청서를 제출할 경우, 이는 채무자가 이의내용을 인정하는지 안 하는지에 따라 확정재판 신청 처리 여부가 다르다.