한국박물관협회에 박물관 및 미술관 모두가 소속되어 있음에도 불구하고 미술관 계열은 별도의 미술관협회, 사립미술관협회 등을 설립 운영하고 있다. 이에 따라 한국박물관협회는 박물관 및 과천현대미술관(미술관 계열에 있어서는 ‘국립중앙박물관’의 역할)에 대한 지원업무를 담당하고 있으며, 과천현대미술관은 미술관 계열의 하위단계를 구성하는 사립미술관협회에 대한 지원업무를 담당하는 사실상의 구조를 형성하고 있다. 이러한 기형적 협회 및 지원체계에 따라 박물관과 미술관을 동시에 지원하는 업무를 수행하는 ‘한국박물관협회’의 지원력이 사립미술관 등 미술관에는 직접 미치지 않는 결과를 초래하고 있다. 이것은 정책에 바탕을 둔 지원책의 강구를 어렵게 하는 원인으로 작용하고 있다.
기형적 협회와 지원체계로 인해 한국박물관협회의 지원이 일부 미술관에는 이뤄지지 않고 있으며, 이와 같은 현상은 정책 기반 지원 정책의 적용을 어렵게 만들고 있다.