정리위원회의 조사보고서는 대상 사건 및 시대상황의 전체적인 흐름과 사건의 전모에 관한 개괄적인 조사 및 정리를 바탕으로, 개별 신청인들이 진실규명을 신청한 피해자가 대상 사건의 희생자인지, 그 가해 주체와 지휘·명령 체계, 가해의 위법성 여부 등을 종합하여 최종적인 결론으로 진실규명(희생자 ’확인’ 또는 ‘추정’) 또는 불능으로 판단하고 있는바,진실규명신청 사건 피해자들이 국가를 상대로 개별적으로 제기한 민사소송에서 이러한 조사보고서가 사실상 유일한 증거로 제출될 것으로 보인다. 이에 대하여 다수의견은,「 조사보고서는 일반적인 행정처분이나 사실확인적 보고문서와 마찬가지로 그에 대하여 법률상 추정과 같은 정도의 증거가치를 부여할 수 없고, 그 조사보고서나 처분 내용이 법률상 ‘사실의 추정’과 같은 효력을 가지거나 반증을 허용하지 않는 증명력을 가진다고 할 수는 없다. 」는 입장이다. 그런데, 진실규명 피해자들이 제기한 민사소송에서 증거로 제출되는 조사보고서는 다수의견이 말하는 일반적인 행정처분이나 사실확인적 보고문서와는 달리 보아야 할 특수성이 있다. 즉, 과거사정리법에 따른 정리위원회의 활동 및 그 결과물로서의 조사보고서는, ‘왜곡되거나 은폐된 진실을 밝혀냄으로서 민족의 정통성을 확립하고 과거와의 화해를 통해 미래로 나아가기 위한 국민통합에 기여하기 위한’ 분명하고도 특수한 목적 하에 설치된 독립된 국가 산하기관으로 하여금활용 가능하거나 실효성 있는 사실상 모든 법적, 제도적 장치 및 방법을 총동원하여, 공정하고 객관적인 조사를 통하여 내린 최선의 결론이라 해도 과언이 아닐 것이고, 진실규명 대상 사안 자체의 특성 및 시간적 경과에 따른 조사방법상의 한계 등을 감안할 때, 현재 시점은 물론이고 앞으로도 법원을 비롯한 다른 어떤 국가기관이나 단체 또는 개인도 정리위원회의 조사보고서 이상의 조사결과물을 내 놓을 수 없을 것으로 보인다.
진실규명신청 사건 피해자들의 국가 배상소송에서 증거로 정리위원회의 조사보고서를 제출한다. 이에 대하여 다수가 "조사보고서는 행정처분 혹은 사실확인적 보고문서로 특정사건에 대한 증거나 사실추정, 또는 반증의 효력을 가진 것은 아니다" 라는 의견이다. 하지만 과거사정리법에 따라 정리위원회의 진실조사 활동의 결과물로 왜곡, 은폐된 진실을 밝혀서 국민화합을 도모하는 목적으로 설치된 독립 국가 산하기관이며 동원 가능한 모든 제도와 장치를 이행하여 공정한 조사로 내린 결론이기 때문이다. 