둘째, 행정통합에서 정부조직체계의 재설계 및 구축은 가장 본질적인 부분에 속한다. 따라서 대부분의 행정통합 연구에서 정부조직체계 구축에 대한 대안을 제시하고 있다. 그러나 대안으로 제시되는 것이 대부분 지극히 피상적이고 원론적 수준에 그쳐 실제적인 적용에는 많이 미흡하다. 최근의 연구는 이와 같은 한계를 극복하기 위해 정부조직설계의 이론적 접근을 통해 효과적인 정부조직설계의 원칙을 적용하고, 독일사례에서 얻을 수 있는 실질적인 시사점을 반영하고 있으며, 통일전문가와 조직 인사담당 공무원들에 대한 인식분석에 이르기까지 다각도로 분석하여 도출한 방안을 제시하고 있다. 하지만 이 연구 역시 행정수요를 고려한 설계임에도 불구하고 그러한 행정수요가 아직 구체적이고 세부적이지 못하기 때문에 행정조직 개편에 그대로 적용하기에는 어느정도 한계를 가진다.
행정통합의 핵심인 정부조직체계의 재설계와 구축을 위해 기존 행정통합 연구들이 방안을 제시했으나, 현실에서 적용하기에는 어려움이 존재했다. 이를 극복하기 위해 다양한 대안을 내고 있지만, 여전히 실질적 적용에 한계가 있다.