국토안보부는 기존의 부서에 있는 22개 기구를 통합하여 창설되게 된다. 이에 대해 하나의 부서 내에 너무 많은 종류의 업무를 통합시키는 것의 효율성에 대한 우려가 제기되고 있다. 일부에서는 현재의 계획대로 국토안보부가 창설되어지게 될 경우 국토안보부의 고위 관리들은 테러방지라는 본연의 업무가 아닌 부서가 자리를 잡도록 하는 데에만 수개월에서 수년을 소비해야할지도 모른다고 지적하고 있다. 이러한 측면에서 국토안보부에 대한 기존이 구상을 보다 간소화시켜서 해안 경비대, 관세청, 이민국, 운송안전국 등만 통합하여 국경 및 운송 관련 안전 확보, 국가 기간 시설 보호를 위한 정보 수집 및 활동에 국한시키고, 위기 상황 관리나 생화학 연구 등은 다른 관련 부서에 이관해야 한다는 주장이 제기되기도 한다
국토안보부는 22개 기구를 통합‧창설되는데, 국토안보부의 업무는 국경‧운송 안전, 국가시설 보호를 위한 정보 수집‧활동으로 한정하고, 위기상황 관리나 생화학 연구 등은 타부서로 이관해야 한다는 주장이 있다.