그러나 여기서 문제시되는 것은 문화관광부의 직제 및 동 직제 시행규칙상 박물관업무는 문화관광부 문화정책국 문화정책팀 및 국립중앙박물관 박물관정책과가 담당할 수 있도록 함으로써 일관성 있는 정책 및 규제업무의 수행을 저해할 우려가 있다는 점이다. 이는 특히,중앙행정기관은 정책 및 규제업무를, 산하기관은 집행업무를 수행하는 것이 정부조직법상의 기본원리라는 점을 감안할 때, 박물관업무의 경우 문화관광부 문화정책국 문화정책팀의 업무와 국립중앙박물관 박물관정책과의 명확한 업무조정이 필요하다고 할 것이다. 따라서 문화관광부 문화정책국에서는 기본적인 문화진흥정책 및 박물관정책을 수립하고 국립중앙박물관은 이를 위한 세부적인 정책을 수립․집행하는 것으로 관계를 정립하는 것이 행정조직법의 원리에 비추어 타당한 귀결이라고 할 것이다.
박물관 업무는 일관성 있는 정책 및 규제업무를 저해할 수 있는데 문화정책팀 업무와 국립중앙박물관 정책과의 업무조정이 필요함에 따라 문화정책국은 박물관 정책을 수립하고 국립중앙박물관은 세부정인 정책을 수립해야 한다.