울산보도연맹사건에서 판결은 국가가 처형자명부 등을 통해 희생자들의 신원확인이 가능하였음에도 아무런 조치를 취하지 않았고, 전시 중 군∙경이 저지른 위법행위는 사법기관의 판단을 거치지 않고는 외부에서 거의 알기 어려워 원고들이 권리를 행사할 수 없는 장애사유가 있었던 점 등을 이유로 피고의 소멸시효 주장이 신의칙상 허용될 수 없다고 판단하였다. ‘원고들이 국가의 위법에 대한 의심만으로 소송을 제기하여 손해배상을 청구한다는 것은 좀처럼 기대하기 어려운 일’이라고 보는 것이다. 지금까지 국가의 중대한 인권침해 범죄에서 같은 논리로 소멸시효 주장을 배척한 사례들이 있었다. 수지김 사건, 최종길 교수 사건, 함주명 사건, 인혁당 사건 등에서 소멸시효 주장을 배척한 공통된 논거는 국가가 장기간 사건의 진상을 은폐∙왜곡하였고, 일반 국민으로서는 이러한 사실을 알 수 없었기 때문에 손해배상 청구를 한다는 것을 기대하기 어렵다는 점, 국가기관의 불법이 중대하다는 점 등에 비추어 볼 때 국가의 소멸시효 항변이 신의칙에 반한다는 것이다. 울산보도연맹사건에서 소멸시효를 배척한 이유도 동일하다. 반면 문경 사건에서는 국가가 진상조사 등 유족들이 사건의 진상을 밝히기 위해 국가기관에 진실규명을 지속적으로 요청한 점에 비추어 볼 때 유족들 자신은 문경학살사건의 진상을 알고 있었다고 봄이 상당하고 객관적으로 손해배상 청구권을 행사함에 장애사유가 있었다고 보기 어렵다고 하면서, 이는 국가가 정보기관 등을 통해 장기간에 걸쳐 사건의 진실을 철저히 은폐∙왜곡하여 온 사례와는 다르다고 판단하고 있다.
울산보도연맹에서 판결은 신원 확인에도 불구하고 조치를 취하지 않았고 피고의 소멸시효 주장이 허용될 수 없다고 판단했다. 이러한 사례가 몇 가지 있었는데 그 사례의 이유와 이번 사건의 이유가 동일하다. 반면 문경 사건에서는 장애사유 확인이 어렵다 하며 국가가 사건을 은폐한 사례와 다르다 판단하고 있다. 