확률적 귀납논리가 역사적으로 검증된 가설 확증의 논리적 구조를 명확히 하는 데 도움이 되는 것은 사실이지만, 여기에는 명백한 한계가 있다. 첫째 한계는 모든 가설 확증의 방식이 가설 연역 방법을 취하지 않는다는 것이다. 개개의 증거는 가설을 지지하지 못하지만, 특정 상황 맥락에서 증거들의 조합이 가설을 그럴듯하게 만든다. 로마 제정법에서 많이 사용된 이러한 ‘증거 조합(combination of evidence)’의 논증은 과학 논문에서도 자주 등장한다. 가설 확증의 보편적 계산 형식을 가정해도, 그것은 하나가 아니다. 그런 형식들은 사실 사후 분석에 개입하는 이론적 도구들이며, 어떤 도구를 사용할 것인지를 결정해주는 형식 절차는 없다. 둘째 한계는 ‘동일 확률(equal probability)’과 관련된다. 가설 확증 논증의 개연성을 보편적인 확률 계산 형식으로 대체시키려면, 계산의입력은 확률 값으로 주어져야 한다. 확률 값 1/6은 사물, 사람 및 개인이 처한 상황적 특수성을 초월한 것이다. 주사위를 던져 1이 나올 확률과 내일 비가 올 확률이 1/6로 주어질 때 확률 계산식에서 의미가 있는 것은 기대치 1/6일 뿐이다. 동일 확률에 근거한 계산식의 특정 결과는 도박 기계로 구현될 수 있지만, 양형 및 경제 활동 등 현실적 문제에 대해서는 아니다. 기호를 바탕으로 원인을 진단하는 것은 아프리카에서 중국에 이르기까지 모든 문명권의 고대 의서에서 발견된다. 질병의 분류와 원인 진단은 몸에 나타나는 기호, 곧 증후군에 의지하며, 진단은 가망성에 근거한 개연적 판단이다. 한의학의 안면망진(顔面望診)에서는 장기의 기능과 절기의 순환이 얼굴 부위의 색으로 나타나는 것으로 가정되어 있다.
확률적 귀납논리가 역사적으로 검증된 가설 확증의 논리적 구조를 명확히 하는 데 도움이 되는 것은 사실이지만, 모든 가설 확증 방식이 가설 연역 방법을 취하지는 않는다는 점, 동일 확률에 근거한 계산식의 특정 결과는 도박 기계로 구현될 수 있지만 양형 및 경제 활동 등 현실적 문제에 대해서는 그렇지 않다는 점에서 한계가 있다.