그러나 경쟁환경은 더욱 가중되고 있고, 전문도서관에 대한 인식이 그다지 높지 않은 상황에서 예산 및 인력의 감축현상도 상당히 나타나고 있다. IMF 이후 인력 및 예산 감축에 따른 아웃소싱 등으로 사서 스스로 위상이 저하되었다고 느끼고 있다. 또한 과학기술분야 전문도서관 중 대전지역에 소재하는 정부출연연구기관 소속 전문도서관의 경영실태를 보면 6년 동안 직원수는 거의 절반으로 줄어들었으며 예산도 물가상승과 관계없이 줄어들었다. 또한 조직 측면에서도 많은 전문도서관이 전산부서나 행정부서에 통폐합됨으로써 단위부서로서의 기능을 상실한 지 오래이다. 아울러 수서목록과 같이 고객과의 상호작용 정도가 낮은 업무를 대상으로 외부업체에 아웃소싱하는 사례까지 늘고 있어 전문도서관의 정체성에 위협이 되고 있다.
전문 도서관의 인지도는 높지않으며 IMF 이후 예산 감소와 인력 감축, 아웃소싱 대체 등의 현상을 보인다. 조직 측면에서도 단위 부서로서의 기능은 상실되었고 정체성 문제까지 나타난다.