부처간 엇박자도 규제의 복잡성과 규제 대상자들의 혼란을 가중시킨다. 비트코인 기반의 해외송금 핀테크 기업 센트비는 2016년 7월 금융위원회의 주관으로 영국에서 한국경제연구원 보도자료(2017.2.2 개최된 ‘한국 핀테크 데모데이’에서 한국을 대표하는 10대 핀테크 스타트업으로 소개 되었으나, 2016년 11월에는 외국환거래법 위반으로 조사를 받았다. 스마트 모빌리티를 대표하는 전기차의 경우에도 산업부는 시장 활성화를 위해 전기차의 고속도로 버스전용차로 운행을 추진하고 있으나, 국토부는 교통 혼잡방지 및 대중교통 이용활 성화의 취지와 맞지 않는다는 이유로 반대하며 엇박자를 내고 있다. 드론도 소프트웨어는 과학기술정보통신부, 부품 등은 산업통상자원부, 운행 정책은 국토교통부가 담당하고 있기 때문에 향후 어떤 식으로든 충돌할 가능성이 있다. 이와 같이 유사한 내용의 중복적 법령들과 소관 부처의 분산으로 인해 규제의 복잡성은 좀처럼 해소되지 못하고 있는 상황이다.
부처간 엇박자로 한쪽에서는 스타트업을 칭찬하지만 한쪽에서는 규제의 대상으로 삼는 경우가 많아 부처간 충돌 및 규제대상자의 혼란이 가중되고 있다. 중복적 법령과 소관부처 분산으로 복잡성이 해소되지 못하고 있는 상황이다.