자모의 체계에 대해 이러한 비판이 있긴 했지만, 이는 근본적으로 전체 자모의 수에 변화를 가져온 것은 아니기 때문에 큰 문제가 되지는 않았다. 이보다 오히려 새로운 6자모의 제정이 큰 논란이 되었다.
 형태주의 원칙에 대해 철저히 따르는 것을 원칙으로 하는 '조선어신철자법'은 불규칙 용언들을 위해 새로 6자모를 세웠다. 불규칙 용언들은 한 형태부 내에서 음운이 교체하므로 현행 음운 규칙으로는 설명하기 힘들다. 그런데 '조선어 신철자법'에서는 이들 불규칙 활용을 다른 음운 현상과 같은 것으로 인정하고 교체되는 음운을 새로운 자모로 고정시키고자 하였다. 이에 새 문자들이 창안되었다. 이 문자들은 '훈민정음' 창제법에 의거하여 새로 만든 것이거나 이미 소실된 문자를 복원한 것이다. 조선어문연구회(1950,2-2)에서는 이들의 음가 및 이름, 제정의 필요성에 대해 다음과 같이 기술하였다.
 이상의 설명을 통해 볼 때, 결국 이들 문자는 불규칙 용언의 교체를 고정시키기 위해 고안된 것임을 알 수 있다. ㄹ 탈락(갈고-가니), 러 불규칙(푸르다-푸르러), ㄷ 불규칙(듣다-들어), ㅅ 불규칙(긋고-그어) 등을 규칙적으로 고정시켜 처리하기 위한 것이다. 결국 새로운 6자모는 규칙 현상뿐만 아니라 불규칙 용언까지 다른 음운 교체 현상과 똑같이 처리하고자 한 것이라 할 수 있다.
새 6자모의 제정은 큰 논란이었다. 형태주의 원칙의 '조선어신철자법'에서는 불규칙 용언들의 불규칙 활용을 다른 음운 현상과 같다고 보고, 교체되는 음운을 고정하고자 새 문자를 창안했다. 이는 '훈민정음' 창제법에 의거해 만들거나 이미 소실된 문자를 복원한 것이었다. 이로써 규칙 현상과 불규칙 용언까지 다른 음운 교체 현상과 똑같이 처리하고자 했다.