셋째, 절차 측면에서 보면 현행의 국방 내장형 소프트웨어 관리절차가 전 수명주기를 아우르지 못한다. 방위사업청 주도로 「무기체계 내장형 소프트웨어 획득 및 관리지침」을 제정하여 운영 중이나, 국방정보화 표준 및 분류체계 적용, 신뢰성 시험 및 규격화 등 방위사업청의 주요 임무 범위인 획득단계를 중심으로 제정되어 있다. 전력지원체계 내장형 소프트웨어의 경우 내장형 소프트웨어의 특성을 고려한 관련 지침 및 절차가 미비하여, 일반 전력지원체계의 관리절차를 따르고 있다. 무기체계와 전력지원체계에 내장된 내장형 소프트웨어를 모두 아우르는 공통의 상위 방침 및 절차 수립이 요구된다.
국방 내장형 소프트웨어 마스터플랜(안)은 연구 수준으로 머물러 있어 공식 문서로서의 위상을 확보하지 못하고 있다.