당사자소송은 항고소송과 달리 대세적 효력이 인정되지 않고 직권심리가 가능하지만 변론주의를 원칙으로 하고 있으며 판례는 직권심리의 적용을 제한하고 있어(대법원 1994. 10. 11. 선고 94누4820 판결) 구별 실익이 크지 않고, 취소소송과 부당이득반환청구 소송의 병합이 허용되므로(행정소송법 제10조, 대법원 2009. 4. 9. 선고 2008두23513 판결) 소송운용을 통해 해결할 수도 있을 것으로 보인다. 그러나 가장 큰 차이는 관할이 달라지는 문제라고 생각되며, 민사소송은 가집행이 가능하나 당사자 소송은 가집행선고를 금지(행정소송법 제43조)하고 있는 점 등에서도 실무상 차이가 있다.
당사자 소송은 대세적 효력이 인정 안되고 직권심리가 가능하지만 변론주의가 원칙이며 판례는 구별실익이 크지 않고, 소송운용을 통해 해결이 가능하다.