문경 민간인 학살 사건과 울산보도연맹 사건의 가장 큰 차이점은 문경학살 사건에서는 원고들이 2000. 3. 18.에 헌법소원을 제기하였던 반면, 울산보도연맹 사건에서는 진상규명을 위해 사법적인 절차를 밟은 적이 없다는 점이다. 사법적인 절차에 의해 피해구제를 받으려고 한 시점을 민법 제766조 제1항의‘손해 및 가해자를 안 날’로 보기 때문에 이와 같은 판단을 하게 된 것으로 보인다. 또 하나의 차이점은 문경 민간인 학살사건에서 1960. 4. 19. 이후 국회 차원의 진상조사가 이루어졌다는 점이다. 그러나 문경학살 사건은 거창 양민학살 사건과 같이 책임자를 밝혀내어 처벌을 한 것도 아니기 때문에, 울산 보도연맹 사건과 질적인 차이가 있다고 할 수는 없다. 울산 보도연맹 사건에서는 소멸시효의 기산점으로“손해 및 가해자를 안 날”을 “손해의 발생, 위법한 가해행위의 존재, 가해행위와 손해의 발생 사이에 상당인과관계가 있다는 사실에 대해 현실적이고도 구체적으로 인식하였을 때”를 의미한다는 거창사건의 대법원 판결을 인용하면서, 울산 보도연맹 사건에서는 유족들이 사망자 명단과 사망 경위 등 구체적인 사건의 진상을 진실화해위원회의 결정을 통해 2007. 11. 27. 알았다고 판단했다.
울산 보도연맹 사건에서는 소멸시효의 기산점으로“손해 및 가해자를 안 날”을 “손해의 발생, 가해행위와 손해의 발생 사이에 상당인과관계가 있다는 사실에 대해 인식하였을 때”를 의미한다는 거창사건의 대법원 판결을 인용하면서, 울산 보도연맹 사건에서는 유족들이 구체적인 사건의 진상을 진실화해위원회의 결정을 통해 알았다고 판단했다.