국가배상법 규정에 의하여 공무원의 직무행위가 위법하고, 타인에게 손해를 발생시킨 경우 국가는 손해배상 책임을 진다. (국가배상법 제2조) 그런데 과거청산과 관련한 진실화해위원회의 진실규명 결정, 군 의문사 위원회의 진실규명 결정 등에 근거하여 유가족 등이 국가를 상대로 손해 배상 청구 소송을 제기 하는 경우 1차적으로 부딪히는 법률적 문제가 소멸시효 문제라 할 수 있다. 최근의 잇따른 두 개의 판결은 사법부가 이 문제에 대하여 어떠한 견해를 갖고 있는지를 적나라하게 보여준 대칭적 사례라고 할 수 있다. 즉 속칭 ‘문경학살 사건’(서울중앙지방법원 2008가합66691)에서는 소멸시효가 완성되었다고 판결한 반면에, 속칭 ‘울산 보도연맹 사건’(서울중앙지방법원 2008가합57659)에서는 국가의 소멸시효 항변을 배척하고 일부 승소 판결을 하였다.
국가배상법  제2조 국가의 손해배상 책임에서 소멸시효 문제가 발생할 수 있다. 이에 대해 사법부는 ‘문경학살 사건’에서는 소멸시효가 완성되었다고 판결한 반면,  ‘울산 보도연맹 사건'에서는 국가의 소멸시효 항변을 배척하였다.