정부부처의 개편 이후 연구개발 협력을 담당하는 부서가 다양화됨에 따라 조직적 협업 (Organizational Cooperation)이 제도 성패여부의 중요한 요소 중 하나가 되었다. 한국과 EU 간 과학기술협력은 한ㆍEU 과학기술협력협정 이후 분야 전문가 파견, 2006년에 순차적으로 맺은 한ㆍEU 갈릴레오 협력협정, 과학기술과 핵융합 협력협정 등을 통해 EU로의 국제과학기술 협력의 다변화를 꾀하는 듯 보였다. 2007년 이후로 EU FP7에서 한국 연구주체의 참여율은 저조하며, 과제 선정 건수 역시 미국, 호주, 캐나다, 이스라엘과 비교 시 매우 적다.
정부부처 개편 후 연구개발 협력을 담당하는 부서가 다양화 되어 조직적 협업이 제도 성패여부의 중요한 요소가 되었다. EU FP7에서 한국 연구주체의 참여율은 저조하다.