노무현 정부 출범 이전 개별 연구자 차원에서 산발적으로 이루어지던 통일인프라 연구는 평화 번영 정책과 연계되어 종합적인 추진체계를 갖춰 연구가 진행되었다. 통일연구원이 주관하고 대학 또는 다른 연구 기관이 참여하는 협동연구가 그 시발이었다. 통일연구원에서 수행된 3개년의 협동연구는 총 6개의 주제를 가지고 이루어졌다. 3개년의 협동연구 수행 동안 이루어진 주제(분야)는 통일(대북)정책이나 남북관계, 경제, 법 제도, 통일교육, 북한이탈주민 등으로 대북 및 통일문제의 다양한 분야를 포괄하기에는 턱없이 부족하였다. 하지만 3개년 동안 동일 주제에 의한 실태조사에서부터 문제점 파악 및 정책적 대안 모색에 이르기까지 일관성과 지속성을 가지고 연구과제의 수행이 이루어진 점은 높이 평가할 수 있다.
노무현 정부 이후 마련된 통일 인프라 연구의 종합적 추진체계인 3개년의 협동 연구는 다양한 분야의 통일문제를 포괄하기에는 부족하나 일관되고 지속적으로 과제 수행이 이뤄진 점에 의의가 있다.