공소제기 후 번복증인에 대한 수사가 허용되어서는 아니 되는 이론적 근거에 관해서는 공판중심주의에 반하기 때문이라는 견해, 공소제기 후에는 원칙적으로 법원에 의하여 증인신문이 행하여지기 때문이라는 견해, 수사의 공정성과 공판절차의 소송적 구조를 파괴하기 때문이라는 견해, 적법절차에 위배되기 때문이라는 견해 등이 제기되고 있는데, 위 견해들 공히 그와 같은 번복증인에 대한 수사가 우리 형사소송법 체계가 예정하고 있는 정상적인 재판운용을 침해하는 행태라는 평가에는 의견이 일치하는 것으로 보인다. 한편, 그와 같은 번복증인에 대한 수사의 결과로 작성된 진술조서 등의 증거능력을 부정하는 근거에 대한 이론을 본격적으로 전개하고 있는 문헌을 찾기가 쉽지는 않으나, 2007. 6. 1. 형사소송법 일부 개정(2008. 1. 1. 시행)으로 법 제308조의 2에서 위법수집증거의 배제를 명문화하기 이전임에도, 그 이론적 근거를 위법수집증거배제법칙에서 찾아야 한다는 견해들이 있어 주목할 만하다.
공소제기 후 번복증인에 대한 수사가 허용되어서는 아니 되는 이론적 근거 중에는 공판중심주의에 반하기 때문이라는 견해 등 여럿이 있는데, 번복증인에 대한 수사가 형사소송법 체계가 예정하고 있는 정상적인 재판운용을 침해하는 행태라는 평가가 공통적이다.