그러나 이러한 평가에 대하여는 현재 대한민국 정부조직 내의 다른 부처에서도 박물관을 운영하고 있다는 사실에 비추어 볼 때, 그 근거가 취약한 것은 아니냐는 의문이 제기될 여지도 있다.그러나 정부조직 내의 타 부처에서 관리하는 박물관은 그것이 당해 부처의 행정수단에 근거하여 이루어진다는 점에서 정당성이 인정될 수도 있으나, 문화재청의 경우는 정부조직법이나 문화재보호법의 어느 규정에 근거하더라도 문화재정책 이외의 행정작용을 할 수 있는 근거를 찾을 수 없다는 점에서 그와 같은 의문은 관련법령의 규정취지를 제대로 파악한다는 전제하에서는 전혀 의미가 없는 지적이라고 할 수 있을 것이다. 따라서 현행의 문화재청과 그 소속기관 직제 제2조의 규정은 행정조직 상호간의 “협동과 조정”의 원칙을 파괴할 수 있는 규정으로 평가될 수 있을 것이다. 나아가 문화관광부의 외청인 문화재청이 문화재부 또는 문화유산부로 승격되기 위하여 직제를 개편하고 이와 관련된 법령을 정비하고자 한다면, 법무부의 외청인 검찰청이 검찰부로,행정자치부의 외청인 경찰청이 경찰부로 확대하고자 하는 것과 다를 바 없으며, 이와 같은 조직개편은 거대정부가 되는 것으로서 현 국가정책과도 부합하지 않으며 문화관광부 외에 문화유산부를 따로 두어야 할 정도로 문화유산관리 업무가 그렇게 독자적인가에 대한 의문이 든다. 이는 효율성 측면에서도 많은 부작용을 유발할 것이다.
현행 문화재청과 그 소속기관 직제 제2조의 규정은 행정조직 상호간의 "협동과 조정"의 원칙을 파괴할 수 있는 규정으로 평가될 수 있다. 또한 문화관광부의 외청인 문화재청이 문화재부 또는 문화유산부로 승격되기 위한 조직개편은 거대정부가 되는 것으로서 현 국가정책과도 부합하지 않으며 효율성 측면에서도 많은 부작용을 유발할 것이다.