2000년 이후 정치, 외교 안보, 행정, 법제, 경제, 사회 문화통합 연구는 상호 밀접하게 관련되어 있음에도 불구하고 각 영역별로 독자적으로 연구가 수행되고 있는 문제점이 있다. 통합연구가 적실성 있는 연구결과를 산출하기 위해서는 첫째, 연구내용에 있어 정치, 외교 안보, 행정, 법제, 경제, 사회 문화 분야의 통합연구가 상호 유기적으로 이루어져야 한다. 둘째, 현재까지의 통합연구는 사회과학 중심으로 이루어지고 있다. 향후에는 과학기술, 국토, 건설 토목, 해양 등 비사회과학 분야로까지 통합연구를 확대하여야 한다. 셋째, 2000년 이후 현재까지의 통합연구는 내적통합보다는 제도통합이 많이 연구되어 왔다. 앞으로는 내적통합 연구를 강화하여야 한다. 넷째, 다양한 분야에서의 갈등관리 내지 갈등조정을 할 수 있는 연구주제에 관심을 갖고 연구역량을 강화하여야 한다.
아직도 개별적으로 수행되는 통합연구에서 적절한 결과를 얻기 위해선 1) 각 분야를 유기적으로 연결 2) 비사회과학 분야의 도입 3) 무관심했던 내적통합을 강화 4) 다양한 분야의 갈등 관리/조정에 쓸 수 있는 주제를 다뤄야 한다.