다수의견의 판시 이유 중,「 정리위원회가 나름대로 내부적 처리 기준을 세워 결정의 종류를 달리하였으나, 실제 조사결과의 처리에 있어서는 조사관들의 개인적 판단 기준의 편차에 따라 그 기준이 모든 경우에 엄격하게 지켜지지는 않았다.」는 부분 및「 조사는 대개 희생자의 유족인 신청인 및 친척 등 참고인 진술 등을 토대로 이루어졌고, 제적등본이나 재소자명부 등 사건 당시의 상황을 뒷받침하는 객관적 자료도 상당 부분 수집⋅검토되었으나, 조사보고서에는 참고인들의 진술 중 조사관이 중요하다고 생각한 일부 진술 부분만이 발췌되어 있거나 대단히 축약적으로 요약되어 있어 조사관의 주관적인 해석이나 평가, 선별이 작용하였을 가능성을 배제할 수 없고, 적어도 한국전쟁 전후 희생사건의 경우에는 가해자 측으로 지목된 군이나 경찰 등으로부터 개별 신청대상자의 피해경위 등에 대하여 개별적으로 의견을 제시받은 경우는 없었던 것으로 보인다. 정리위원회는 조사관들이 작성한 조사보고서의 조사결과를 토대로 최종 결정을 하였고, 정리위원회 위원들의 심의과정에서 근거자료나 신청인 또는 참고인의 진술을 듣는 등으로 그 사실관계를 다시 확인하는 절차를 거친 바는 거의 없는 것으로 보인다.」는 부분 등은 어떤 근거에 의한 것인지 불명한 것이거나, 어떤 측면에서는 당연하다고 할 수 있는 의미 없는 수사에 불과하거나, 진실규명신청 건수 및 사건의 특성 등에 비추어 불필요 또는 현실적으로 불가능한 것에 대한 지적에 지나지 않는 것이고, 그러한 사정이 구체적으로 해당 사건 및 그 피해자에 대한 진실규명결정의 신빙성을 의심하거나 흔들만한 사유가 된다고 보기는 어렵다.
판결의 내용 가운데, 정리위원회가 내부 기준을 준수하지 않았다는 것과 심의과정에서 사실관계를 제대로 확인하지 않았다는 것에 대하여 이를 뒷받침할 만한 명확한 근거가 부족하다. 따라서 피해자가 밝히고자 하는 진실의 신빙성을 저해하는 이유로 볼 수는 없다. 