그러나 이러한 복잡성이 ‘통치’와 ‘규제’에 익숙한 한국이 EU와 협력을 추진할 때 일정부분 장애 요인으로 작용할 수 있다. 가령 프레임워크 프로그램 NoE의 참여조건을 살펴보면 최소 3개의 회원국 또는 준회원국 소속 3개 이상 연구소 및 대학을 공동 연구 네트워크로 구축하는 다자협력의 조건을 제시한다. CP(Collaborative Projects) 역시 최소 3개 회원국 또는 준회원국 소속 3개 기관 이상의 연구소, 대학, 그리고 산업계의 참여를 조건으로 걸고 있다. 한편 중소기업 등이 연구 프로젝트를 Bottom-up 방식으로 자유롭게 제안 가능하고 프로젝트 참여 주체의 해당 정부가 예산 지원이 가능한 EUREKA 역시 협력의 어려움이 제기된다. 민간 차원에서 한국과 EU간 기술협력을 촉진하기 위한 연구개발 코디네이션 기관인 KERC는 EUREKA의 공동연구 계획 시 한국이 구축한 현지 연구소로 KIST 유럽연구소가 유일해 유럽 현지 연구 네트워크 구축에 큰 어려움이 있음을 지적한다. 따라서 이러한 EU의 과학기술 거버넌스의 경향과 동학을 전문적으로 이해하고 과학기술 협력을 조정하며 연구 네트워크 구축을 촉진할 코디네이터(Coordinator)가 부족하여 EU와의 협력은 난관에 봉착할 수 있다.
프레임워크 프로그램 NoE 참여조건의 복잡성은 한국이 EU와 협력 추진할 때 걸림돌로 작용할 수 있다. 회원국 혹은 준회원국간의 다양한 협력 및 적극적 참요거 요구되며 예산 지원 주체인 정부의 협력이나 민간의 네트워크 구축에 어려움이 있다. 이 현황을 전문적으로 이해하고 기술협력 조정 및 네트워크 구축 촉진할 코디네이터가 필요하다.