이번 국토안보부의 창설은 9.11 테러 사건과 같은 재앙이 다시 발생하는 것을 막으려는 취지에서 비롯되었지만, 한편으로는 테러 공격에 제대로 대응하지 못한데 대한 책임을 적절하지 않았던 미국의 대테러 전담 기구 운영으로 전가하려고 하는 정치적 의도가 담겨져 있다는 비판도 제기되고 있다. 단지 국토안보부라는 초대형 부서를 창설하는 것으로 정보 기관들간의 협조 부족과 같은 이제까지의 모든 문제점들이 해결될 수 있을지, 아니면 막대한 예산만 낭비하고 단지 부시 대통령에게 정치적 보호막을 제공해주는 것에 그칠지에 대해 우려하는 목소리도 제기되고 있다. 9.11 테러 사건과 관련하여 FBI 내에서 관련 정보가 제대로 관심을 끌지 못하고 묻혀버렸던 경우에 비추어 볼 때, FBI 보다 훨씬 방대한 국토안보부내에서 정보의 수집과 분석과 보고가 보다 원활하게 이루어질 것이라는 보장은 없다고 할 수 있다.
국토안보부의 창설은 테러에 제대로 대응하지 못한 책임을 전가하기 위해 창설되었다는 비판이 있다. 이러한 부서의 창설의 실효성에 대한 우려도 제기된다.