다른 한편,일본의「박물관법」은 박물관을 역사, 예술, 민속, 산업, 자연과학 등에 관한 자료를 수집․보관․육성해 전시하고 기본적으로 교육목표 하에 일반 공중이 이용할 수 있도록 제공하여 교양, 조사연구, 레크레이션 등에 이바지하기 위한사업을 실행할 수 있고 이러한 자료를 조사․연구하는 기관 중에 지방공공단체(공립박물관), 민법 제34조의 법인, 종교법인 또는 정령(내각에서 정하는 명령 또는 각령/정치상의 명령이나 법령)에서 정하는 기타의 법인(사립박물관)이 제2장의 등록규정(제10조～제17조)에 의하여 설립하는 것을 말한다. 따라서, 독립행정법인국립과 학박물관은「박물관법」의 적용을 받지 아니한다.이는 우리「박물관 및 미술관진흥법」제3조에서 국립박물관을「박물관 및 미술관 진흥법」의 적용대상으로 보는 것과 차이를 보인다. 다시 말해, 일본은 일반 박물관은「박물관법」에서,독립행정법인 형태의 박물관 및 미술관은「독립행정법인국립과학박물관법」,「독립행정법인국립문화재기구법」, 국립미술관은「독립행정법인국립미술관법」에서 각각 구분하여 규율하고 있다.
일본의 독립행정법인국립과학박물관이 박물관법의 적용을 받지 않는 데 반해 우리나라의 국립박물관은 박물관 및 미술관진흥법의 적용 대상이 된다. 일본은 한국과 다르게 박물관의 종류에 따라 각각의 법을 두고 구분하여 관리하고 있기 때문에 이와 같은 차이가 발생한다.