베스트팔렌 지식체계 속에서 과학과 종교의 관계는 윤리학에도 해당한다. 도덕적 정당화라는 것이 인간을 도덕적으로 만들지 않기 때문에, 신에 대한 숭배와 종교적 삶은 도덕적 삶을 위해 여전히 요청된다. 이 점은 파스칼에 의해 벌써 주장되었다. 수학자인 파스칼은 신 존재를 증명할 수 없더라도 믿는 것이 합리적이라는 논의를 펼친 것으로 유명하다. 이 논의의 목적은 불확실한 상황에서 도덕적 삶과 마음의 평화를 위해 신에 대한 종교적 귀의를 강조하려는 데 있다. 어떤 의미에서 파스칼은 경건주의의 합리적 정당화를 꾀한 것이다. 윤리학은 그 당시 자연학의 이상을 완전히 모방할 수 없었다. 물질의 속성을 다루는 자연학의 정당화에는 목적과 수단의 뚜렷한 구분이 없기 때문이다. 도덕적 정당화는 행위의 목적과 주로 관련되는데, 목적의 도덕적 정당화가 수단의 도덕적 정당화를 직접 함축하지 않으며, 역도 성립한다. 이러한 문제는 자연학의 정당화에서는 거의 대등하게 이해된예측 가능성과 비맥락주의의 차이를 가져왔으며, 근대적 합리성의 틀 안에서 합리적인 것과 도덕적인 것의 구분이 필요했다. 합리적인 것의 정당화는 목적 자체가 아니라 목적 달성의 과정 및 수단의 정당화와 관련된다. 이 개념은 근대 합리성 개념에서 도구적 합리성(instrumental rationality)의 파생을 가져왔다. ‘목적을 위한 수단으로서의 합리성’이라는 이러한 도구적 합리성 개념은 막스 베버(M. Weber)에 이르러 정점을 이룬다. 제4장에서 도구적 합리성 자체보다는 도구적 합리성의 좁은 인과적 해석이 현대 공학의 제대로 된 이해를 가로막는다는 사실을 볼 것이다. 합리적 정당화가 예측 가능성의 신념에 근거해 도구적 합리성 개념을 지향한다면, 도덕적 정당화는 주로 보편적인 비맥락주의에 집착했다. 합리적 정당화와 도덕적 정당화를 구분하는 관점 속에서 규범윤리의 ‘절대론(absolutism)’이 정착했다. 이에 대한 비판을 통해 규범윤리의 ‘일반론(generalism)’이 현대에 들어와 대세를 이루게 된다.
베스트팔렌 지식체계 속에서 과학과 종교의 관계에 관한 윤리학은, 자연학의 이해에 관한 한계를 내포하고 있었다. 따라서, 합리적 정당화와 도덕적 정당화를 구분하는 관점 속에서 규범윤리의 ‘절대론’이 정착했으며, 이에 대한 비판을 통해 현대에는 규범윤리의 ‘일반론’이 대세를 이루게 되었다.