자연법이 인간 도덕성의 형이상학적 기반으로 등장하되, 실천 영역의 윤리와 자연법을 분리시키는 사고방식은 중세 신학 전통으로 이어진다. 자연법은 신성법과 결부되었으며, 인간 도덕성을 규정하는 것은 자율성이 아니라 ‘원초적 양심(synderesis)’이었다. 아퀴나스는 원초적 양심을 자연적 성향으로 규정함으로써 인간 도덕성과 자연법을 연결시켰다. 원초적 양심에 바탕을 둔 이성으로 파악할 수 있는 도덕률은 “선을 지향하고 악을 멀리하라”는 정도의 최소한의 것이다. 현실 세계의 실제 판단은 아퀴나스에게도 상황적 특수성을 고려한 개연적 판단일 수밖에 없다. 최소주의 입장의 도덕률은 그러한 개연적 판단에서 지향되어야 할 뿐이고, 실천적 문제 해결은 현실적 제약과 상황적 특수성의 고려에 의해 이뤄진다. 이 점에서 아퀴나스 또한 실천 영역의 윤리를 이상적인 자연법과 거리를 두는 로마 제정법 전통을 따른다. 자연법에 따른 원초적 양심은 그 자체로 선하지만, 현실세계의 양심(conscience)은 상황적 제약을 받는다. 현실세계에서 인간의 양심은 실수와 잘못된 결과에 자유롭지 않다. 토마스 아퀴나스에게 자율성은 인간 도덕성을 규정하는 개념이 아니다. 스토아 전통에서 자율성이 현자에게 부여된 속성이라면, 아퀴나스에게 자율적 인간은 양심에 따라 상황에 합당한 판단을 추구하는 사람이다. 그리고 그 양심은 공익을 지향한다는 점에서 개인 차원에 속하는 것으로 여겨지지 않았다. 그것은 불확실한 현실 속에서 함께 알아가는 과정에 필수적인 심성으로 여겨졌다인간 도덕성을 규정하는 근대적 자율성 개념의 역사적 뿌리는 이성으로만 자연의 지식을 확보할 수 있다는 ‘인간 이성의 자율성(autonomy of human reason)’이다. 그로티우스(H. Grotius)에게서 명백히 나타나기 시작한 이성의 자율성 개념은 데카르트 이후 자연과 도덕 둘 다 합리적 사고의 대상이라는 관점으로 굳어진다. 확실성 추구의 시대정신이 열린 것이다.
아퀴나스는 원초적 양심을 최소한의 것으로 파악하고 현실 세계의 실제 판단은 현실적 제약과 상황적 특수성의 고려에 의해 이루어진다고 보았다. 이처럼 상황에 따라 합당한 판단을 추구하는 자율적 인간 개념이 등장하였고, 이는 근대적 자율성 개념, 인간 이성의 자율성으로 이어진다. 이러한 이성의 자율성 개념은 그로티우스, 데카르트를 거치며 자연과 도덕 모두 합리적 사고의 대상이라는 관점으로 굳어진다.