행정통합 연구는 기본적으로 큰 틀에서 정치이념, 정부형태에 따라 좌우될 수밖에 없는데, 각 시기별로 남북관계가 변화하고 이에 따라 통일정책 기조가 바뀌게 되면 자연히 행정통합 연구의 기본전제가 변화하게 된다. 1990년대에는 기능주의 이론에 입각하여 점진적인 행정통합 방안이 제시되었던 것이 2000년 6 · 15 남북공동선언을 계기로 우리의 ‘남북연합제’와 북한의 ‘낮은 단계의 연방제’가 유사한 것으로 파악하여 신기능주의적 입장에서 남북연합정부 구축을 모색하게 되었다. 최근에는 북한 정세의 불확실성이 고조되고 미국과 중국 등의 주변 국가들이 관련된 국제정세도 급변함에 따라 생각지 못한 시기에 통일이 갑작스럽게 다가올 수도 있으며, 이 경우 점진적 통일보다는 독일식의 흡수통일도 가능할 수 있을 것이라는 상황을 전제로 하는 연구가 전개되고 있다.
행정통합 연구는 정치이념이나 정부형태에 따라 달라지기에 남북관계가 변해 통일정책 기조가 바뀌면 연구의 기본전제도 변한다. 우리나라는 점진적 행정통합 방안에서 남북연합정부 구축, 흡수통일 순서로 연구가 전개되었다.