다만 여전히 여성의 보호 내지 남녀평등의 실현과 관련하여, 그리고 사상․양심․종교의 자유의 보호는 국내법에 따른다고 함으로써 이슬람법에 바탕을 둔 국내법에 의해서 여성의 권리와 사상․양심․종교의 자유가 제한될 수 있는 여지를 인정하고 있고, 이런 점에서 이슬람국가가 인권을 보호, 증진할 의지가 없는 것은 아닌가하는 우려를 낳고 있다는 비판이 있다. 또한 제도적 측면에서 인권위원회에 회원국이 제출하는 국가보고서 검토 및 이에 대한 의견제시이외에는 개인이나 단체의 고발이나 진정은 물론이고 회원국의 진정이나 고발을 접수, 처리하거나 인권침해의혹을 조사하고 이의 시정을 요구할 수 있는 실효적이고 효율적인 인권보장제도가 없다는 문제점이 있다.
여성 인권과 종교의 자유에 대해서는 여전히 국내법에 따르기 때문에 이슬람국가의 인권 보호 의지에 대한 비판이 제기되고 있다. 인권 침해 상황에 대한 구체적인 대응책이 없는 것도 문제점이다.