거창 양민학살 사건과 울산보도연맹 사건의 가장 큰 차이는 소멸시효의 기산점이다. 전자의 경우 국가의 불법행위가 밝혀진 시점은 책임자들에 대한 유죄판결이 선고된 1951. 12. 16. 이다. 반면 울산보도연맹 사건에서 사망자 명단 및 사망경위가 밝혀진 시점은 진실화해위원회의 진상규명이 있었던 2007. 11. 27.이다. 또 하나의 차이점은 국가의 후속조치이다. 거창 양민학살 사건에서 국가는 진상규명을 하여 책임자를 처벌하고, 명예회복 및 위령사업 등을 위한 특별법을 제정하는 후속조치를 취하였으나, 울산보도연맹 사건에서는 진상규명, 사망자 명단 확인 등 후속조치를 전혀 취하지 않았다. 그 때문에 거창 양민 학살 사건의 판결에서는 ‘국가가 소멸시효 완성을 주장하는것이 현저히 부당하거나 불공평하게 되는 경우에 해당한다고 보기 어렵다’고 한 반면, 울산보도연맹 사건에서는 ‘국가가 아무런 후속조치를 취하 지 않았고, 전시 중 경찰이나 군인이 저지른 위법행위는 외부로서는 알기 어려워서 원고들이 국가의 위법에 대한 의심만으로 손해배상을 청구한다는 것은 기대하기 어려웠는데, 국가가 소멸시효 완성을 주장하는 것은 신의칙상 허용될 수 없다’고 판단하게 된 것이다.
거창 양민학살은 국가의 불법행위가 밝혀진 시점이 책임자들에 대한 유죄판결이 선고된 시점이고, 국가의 후속조치가 있었다. 그러나 울산보도연맹 사건은  20007년에야 국가의 불법행위가 밝혀졌으며, 다른 후속조치도 없었다. 따라서 법원은 울산보도연맹 사건에서만 국가가 소멸시효 완성을 주장할 수 없다고 판단한 것이다.