폐사하지 아니한 송아지의 설사분변에서 로타바이러스 감염증이 확인되었고 대장균 감염증만이 원인이 되었다고 보기에는 폐사율이 지나치게 높기 때문에, 폐사한 송아지들이 대장균 이외에 로타바이러스에도 감염되었을 가능성이 높다고 할 수 있지만, 폐사한 송아지의 어미 소 체내에 로타바이러스 항체가 존재하는 것으로 확인되었고, 어미 소에 백신을 접종한 후 모유를 수유하였다 하여 반드시 송아지에게 충분한 면역력을 갖는 수준의 항체가 형성되는 것은 아니며, 어미 소의 수유 시기나 과정에 문제가 있을 수도 있고, 이 사건 백신 대신 코미팜 제품을 접종시킨 후로도 2009년 동절기가 도래할 때까지 상당기간 폐사율이 종전 수준을 유지하였으며, 달리 이 사건 백신의 효능에 의문을 제기할 만한 공식적인 보고가 없었던 점에 비추어 볼 때, 원고 주장과 같이 이 사건 백신이 효능이 없어서 원고 농장에서 송아지들이 집단으로 폐사하였다고 단정하기는 어렵다.
송아지의 설사에서 로타바이러스가 확인됐다. 어미 소는 항체를 갖고 있지만, 모유 수유를 해도 송아지는 면역력을 갖진 못했다. 코미팜 접종 후에도 폐사율은 그대로였다. 백신 효과가 없어 농장에서 송아지가 대량 폐사했다고 말할 수 없다.