정관변경허가를 신청할 경우에는 민법 제42조, 여성가족부 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제6조의 규정에 따라 법인 정관 변경허가 신청서와 함께 정관 변경사유서, 개정될 정관(신·구조문대비표 포함), 정관변경과 관계있는 총회 또는 이사회의 회의록 사본, 기본재산의 처분에 따라 정관이 변경된 경우에는 처분 사유, 처분재산목록, 처분 방법 등을 적은 서류를 제출 하여야 한다.  특히 정관변경의 경우는 당해 법인의 총회나 이사회에서 의결을 거쳤다고 하더라도 주무관청의 허가를 얻지 못하면 효력이 없으며 등기를 마치지 않으면 제3자에게 대항할 수 없다.
정관변경허가 신청을 위해서는 민법 제42조에 따라 일곱 종류의 서류를 제출해야 한다.  이에 더해 주무관청의 허가를 얻고, 등기까지 마쳐야 한다.