현재 기본적 인권의 보장을 위한 EU법 체계에는 기본권헌장과 ECHR을 중심으로 한 두 개의 법질서가 형성되어 있다. 그런데 만일 EU가 ECHR에 가입하게 되면, 두 법질서의 관계에는 적지 않은 문제가 야기될 것이다. 사실 유럽지역에서 개인의 인권보장은 주로 ECHR에 의해 설립된 유럽인권재판소에 의해 수행되어 왔다. 특히 ECHR은 개인의 제소권을 인정함으로써 다양한 분야에서 막대한 양의 판례를 축적해오고 있다. 또한 인권에 국한된 것은 아니지만, 그동안 EU도 독자적 법질서를 구축하면서 acquis communautaire(Community acquis)를 형성해 왔다.  그러나 유럽인권재판소는 ECHR에 의거하여 EU의 행위, 혹은 EU법을 실시하는 회원국의 행위가 ECHR를 침해했는가 여부를 판단할 수 밖에 없다. ECHR에 위반되는 EU법과 EU의 행위를 어떻게 개정할 것인가는 EU의 전속적 권한에 속하는 사항이다. EU법과 ECHR(‘유럽협약체제’)이라는 두 법질서 간에는 위계관계가 없다. 또한 EU와 유럽평의회는 이 별개의 법질서 운영의 책임을 지고 있으나 그 설립 배경은 서로 상이하고, 결국 독립된 지역적 국제기구이다. 그러나 현재 47개 유럽평의회 회원국에는 EU 27개 회원국이 모두 포함되어 있어 ECHR에 규정된 의무를 국내적으로 실시할 책임이 있다. 그 과정에서 ECHR과 국내법뿐 아니라 EU법과도 중복 내지는 저촉되는 문제를 피할 수 없다. 결국 이러한 문제를 해결하는 최적의 방법은 EU가 ECHR에 가입하는 것이다. 이로써 유럽인권재판소를 중심으로 한 독립적 외부기관에 의한 EU법에 대한 사법적 통제가 가능하게 되어 결국에는 유럽 지역에서 기본권 인권의 보호가 확대․강화되는 효과가 있을 것이다.
EU가 이러한 ECHR에 가입한다면 두 법질서 관계에 있어 다소 문제가 야기되기는 하겠지만, EU의 회원국들은 기본적으로 ECHR에 규정된 의무를 국내적으로 실시할 책임이 있다. 이 과정에서 서로간의 법이 중복, 또는 저촉될 요지가 있기 때문에, 결국 문제 해결을 위한 최적의 방법은 EU가 ECHR에 가입하는 것이다. 이로써 유럽 지역의 기본권 인권 보호가 확대, 강화될 수 있을 것이다.