2006년에는세간의주목을받아왔던 최종길교수 사건의 판결이 있었다. 알려진 대로 이는 1973년 10월 18일 밤에서 19일 새벽 사이에 서울대학교 법대 최종길 교수가 중앙정보부에서 조사를 받던 중에 사망한 사건이다. 이에 중앙정보부는 그가 간첩활동을 자백한 뒤 용변을 구실로 7층 화장실 창문을 통하여 투신자살하였다고 발표하였다. 이후 1988년 천주교 정의 구현 사제단의 진정에 따라 검찰의 내사가 있었으나, “피진정인들을 형사 처벌할 수 있는 단서나 증거를 발견하지 못하였고, 또한 최교수가 타살되었다는 증거도, 자살하였다는 증거도 찾지못했다”고 발표되었다. 의문사위원회는 2002년 5월 27일 “최종길이 심한 고문을 받아 소생 불가능한 상태에 이르게 되자 중앙정보부의 수사관들이 최종길을 7층에서 바닥으로 던졌거나, 고문으로 인하여 이미 사망한 최종길을 자살로 가장하기 위하여 상당한 높이까지 사체를 운반한 다음 아래로 추락시켰거나, 또는 수사관들이 사체를 바닥으로 운반한 다음 발바닥에 둔기 등으로 외력을 가하였거나, 그렇지 않더라도 심한 고문과 협박을 당하던 최종길이 이에 항거하고 자신의 결백을 주장하기 위하여 스스로 뛰어내려 죽음에 이르렀다고 추정할 수 있다”는 결론을 내렸다. 이에 유족들은 바로 5월 29일에 소를 제기하였다. 국가는 사건 발생 28년 7개월이 경과한 이후에 비로소 소가 제기되었으므로 손해배상청구 권은 시효로 말미암아 소멸하였다고 주장하였다. 하지만 제2심인 서울고등법원에서는 원고의 청구를 인정하면서, 소멸시효에 대하여는 다음과 같이 판결하였다(서울고법 2006.2.14. 선고 2005나27906 판결). 기산점에 관하여는 사건 발생일이 아니라, 박정희 전 대통령의 재 임기간 동안에는 박정희 정권의 불법적인 공권력 행사로 이루어진 이 사건과 관련하여 손해 배상청구권을 행사할 수 없었고, 의문사위원회에서 사건의 전모를 발표한 시점 이후에야 권리를 행사할 수 있게 된 것이다.
최종길 교수는 중앙정보부에서 조사를 받던 중 사망했는데, 중앙정보부는 그가 간첩활동을 자백한 뒤 투신자살했다고 발표했다. 천주교 정의 구현 사제단의 진정으로 검찰의 내사가 있었지만 어떤 단서·증거도 발견하지 못했다. 의문사위원회가 최종길의 죽음이 자살이 아닐 수 있다는 결론을 내리자 유족들은 소를 제기했다. 국가는 사건발생 후 28년 7개월이 지나 손해배상청구권이 소멸했다고 주장했으나 서울고등법원에서는 원고의 청구를 인정하며 의문사위원회의 발표 이후에야 권리 행사가 가능해졌다고 판결했다(2005나27906).