1988년 현행 맞춤법이 규정된 이래 사이시옷은 맞춤법의 그 어느 항목보다도 많은 비판을 받아왔고, 논란이 되어 왔다. 특히 많은 비판을 받은 것은 한자어에 대한 사이시옷 규정이다. 이에 대해 일반적으로 제기된 문제점은 현행 규정에서 6개의 한자어(곳간, 셋방, 숫자, 찻간, 툇간, 횟수)에 대해서만 예외적으로 사이시옷을 받쳐 적도록 하였다는 점이다. 이것은 일관성이 없다는 비판을 받아 왔다.
 먼저 시정곤(1988)에서 한자어의 사이시옷 표기에 대해 문제를 제기하였다. 현행 규정에서 두 음절로 된 한자어의 경우 여섯 개의 한자어에 대해서만 사이시옷을 적도록 하였는데, 이 이유는 다음과 같다. 첫째는 뒷말의 첫소리가 된소리로 나는 한자어 모두에 사이시옷을 붙일 경우 그 수가 너무 많아 매우 복잡하다는 것이다. 또 하나는 한자를 익히 알고 있는 사람들은 '호수 – 홋수, 세법 – 셋법' 등과 같은 표기에 거부감을 느낀다는 것이다. 이런 복잡성을 이유로 6개의 한자에만 사이시옷을 받쳐 적도록 하였는데, 이는 오히려 더 복잡하다고 하였다. 일관성 있게 사이시옷을 붙인다면 오히려 예외를 따로 인정하는 것보다 훨씬 간편할 것이라 했다. 그리고 한자어에 익숙한 사람들에게는 예외로 규정한 6개의 예들도 거부감을 일으키기는 마찬가지기 때문에 모든 경우에 사이시옷 표기를 인정하는 것이 낫다고 하였다. 또한 '셋방 – 셋방'으로 쓰는 6개의 경우가 여론 조사 결과라지만 '이과, 주가' 등의 다른 예들도 우리 일상생활에서 흔히 쓰는 말들이므로 여론 조사의 결과를 그대로 반영하는 것도 무리라고 했다. 결국 일관성이라는 면과 언중의 언어생활을 생각해 본다면 한자어의 경우에도 두 말 사이에 된소리가 날 경우는 사이시옷을 모두 허용하는 것이 바람직하다는 것이다.
현행 맞춤법이 규정된 후, 예외적으로 6개 한자어만 사이시옷을 붙인 것은 일관성이 없다는 비판을 받았다. 시정곤(1988)은 이 6개는 뒷말의 첫소리가 된소리로 나는 한자어 모두에 사이시옷을 붙이면 수가 너무 많고, 한자어에 익숙한 사람들의 거부감 때문에 예외로 둔 것인데, 한자어에 익숙한 사람들도 예외에 거부감을 느끼기는 마찬가지이며, 일관성 있는 사이시옷 사용이 훨씬 간편하다고 했다. 따라서 한자어도 해당하는 경우는 사이시옷을 모두 허용해야 한다고 했다.