그러나 동 법은 1998년 말 효력이 정지되었다. 1997년 동 법을 제정한 이후 아시아 금융위기가 시작되었고, 일본의 경우도 많은 금융기관이 파산하는 등 극심한 경제 불황을 겪게 되어 1997년 5월을 기점으로 경기가 후퇴국면을 맞게 된다. 이에 따라 경기부양을 위한 대책이 필요하였으나, 재정구조개혁법은 이를 위한 탄력적 조항이 없었다. 이에 1998년에 적자 국채발행액을 매년도 삭감해야 한다는 조항의 효력을 일시 정지하는 것이 가능한 탄력조항을 도입하는 등의 개정이 이루어졌다. 이후 참의원 선거결과 하시모토 내각이 후퇴하고 그 뒤를 이은 오부치 내각은 경기활성화를 최우선 과제로 삼으면서 재정구조개혁법의 조문의 효력을 정지시키는 ‘財政構造改革の推進に關する特別措置法(재정구조개혁의 추진에 관한 특별조치법의 정지에 관한 법률)’을 제정하였다.
일본은 1997년 5월을 기점으로 경기가 후퇴국면을 맞자 경기부양을 위한 대책이 필요했다. 이에 1998년 적자국채발행액을 매년 삭감해야 한다는 조항을 일시 정지시키는 탄력조항을 도입하는 개정이 이루어졌다.