일반적으로 학설은 부가가치세 환급세액 지급청구권을 공법상의 권리라고 보고 있다. 대상 판결의 다수의견은, 부가가치세법령의 내용, 형식 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 납세의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무는 그 납세의무자로부터 어느 과세기간에 과다하게 거래징수된 세액 상당을 국가가 실제로 납부받았는지 여부와 관계없이 부가가치세법령의 규정에 의하여 직접 발생하는 것으로서, 그 법적 성질은 정의와 공평의 관념에서 수익자와 손실자 사이의 재산상태 조정을 위해 인정되는 부당이득 반환의무가 아니라 부가가치세법령에 의하여 그 존부나 범위가 구체적으로 확정되고 조세 정책적 관점에서 특별히 인정되는 공법상 의무라고 봄이 타당하다고 보고 있다.
부가가치세 환급세액 지급청구권은 납세의무자에게 과다 징수된 세액을 국가가 실제로 납부받았는지에 관계없이 부가가치세법령에 의하여 범위가 구체적으로 확정되는 공법상의 권리이다.