등기협력의무가 부동산 거래에 있어서 배임죄의 처벌을 정당화하는 근거가 될 수 있는지에 대하여는, 매도인이 등기절차이행의무를 이행하는 것 역시 자기 사무의 처리일 뿐인 점, 대법원 2008도10479 전원합의체 판결이 동산의 이중매매에 관하여 배임죄의 성립을 부정하였는데, 동산과 부동산 사이에 법리 적용의 차이를 둘 이유가 없는 점 등에 비추어 근본적 의문이 든다. 배임죄의 본질을 어떻게 이해하든 배임죄의 주체는 타인의 사무를 처리하는 자이고, 타인의 사무와 타인을 위한 사무는 구별되어야 하는데, 매도인에게 부동산 등기협력의무가 있다고 하더라도 그 의무의 이행이 매수인의 사무가 될 수는 없다. 판례가 등기협력의무를 근거로 하여 배임죄의 성립을 인정해 온 데에는 나름대로 이유가 있었으나, 민법이 시행된 지 반세기가 넘어 등기를 갖추어야만 소유권을 취득한다는 관념이 국민들 사이에서 확고하게 자리 잡았고, 부동산보다 중요한 가치를 가진 재산도 많아졌으므로, 원칙으로 돌아가 당사자 사이의 채권채무 관계에서 그 내용이 매매계약이든 대물변제예약이든 그 대상이 부동산이든 동산이든 묻지 않고 민사상 채무불이행에 불과한 사안을 배임죄로 처벌할 수 없다는 점을 분명히 해 둘 때이다.
등기협력의무가 배임죄 처벌 정당화의 근거가 돼야 하는지 의문이 든다. 매도인의 등기협력의무 이행이 매수인의 사무는 아니다. 등기를 갖춰야 소유권이 취득된다는 관념이 자리잡혔고 부동산보다 중요한 가치를 가진 재산도 많아졌으므로 채권채무 관계에서 민사상 채무불이행에 불과한 사안을 배임죄로 처벌할 수 없음을 분명히 할 때다.