변상금 부과의 예외사유는, 국유재산법에 규정된 2가지 경우와 판례상의 예외사유인 ‘점유나 사용․수익을 정당화할 법적 지위에 있는 경우’이다. 그동안의 판례를 살펴볼 때, 이러한 예외사유는 인정된 경우가 그리 많지 않다. 따라서 대부분의 경우는 변상금 부과대상이 되는지 여부가 명확하고, 그 여부가 불분명한 경우는 그리 많지 않을 것이다. 변상금 부과요건에 해당하는지 여부가 불분명한 경우가 생긴다면, 한국자산관리공사는 일단 변상금부과처분을 한 후 그 처분에 관한 항고소송 여부 및 그에 대한 법원의 판단을 지켜보면 될 것이다. 만일 한국자산관리공사가 변상금 부과요건에 해당하는지 여부에 대한 판단을 잘못하여 권리의 일부가 시효소멸하는 경우가 생긴다면 그로 인한 불이익을 한국자산관리공사가 지는 것이 타당하다고 생각한다.
만일 변상금 부과요건 해당 여부가 불분명하다면 한국자산관리공사는 우선 변상금부과처분을 하고 그 경과를 지켜보면 된다. 만일 이 과정 중 권리의 일부가 시효소멸된다면 그 불이익을 한국자산관리공사가 지는 것이 타당하다.