1980년대 양자 관계에 치중되었던 유럽과의 국제과학기술협력은 2000년대 들어 EU 프레임 워크 프로그램 및 EUREKA 등에 참여하는 등 다자간 과학기술 국제협력으로 참여의 폭을 넓혔다. 이러한 국제과학기술협력을 뒷받침하기 위한 전문기관 역시, 2004년 기술협력 국에서 연구 성과의 ‘상업화’를 높여 혁신 증진을 높이기 위한 과학기술 협력국으로 변경되었다. 국제 과학기술 국제협력 업무를 위탁해 수행하는 전문기관 역시 2002년 한국과학기술기획평가원, 2005년 한국 과학 재단, 그리고 2007년 국제과학기술협력재단으로 명칭이 변경되어 제도의 기능 수정이 이루어졌으나 근본적 차이는 없다. 최근 한국은 EU와의 국제과학기술협력을 추진하기 위해 미래창조과학부 및 한국연구재단을 주무부처로 하여 국내 연구자들의 EU 컨소시엄 참여를 위해 노력하고 있다.
기술협력국은 유럽과의 다자간 과학기술 국제협력을 추진하기 위해 과학기술협력국으로 명칭을 변경하였다. 이 외에도 다양한 기관의 명칭과 기능에 개편이 이루어졌으나 큰 변화는 없었다.  