세부 운영에 있어서는 대상사업으로 선정된 복지교부금(포괄보조금)의 분야별로 이들 사업의 프로그램이 제시되어 기존의 국고보조사업과의 차별화(기능과 특성)가 이루어지도록 하되, 이 경우 폐지 또는 금지의 사업을 명확히 설정하여야 한다. 아울러 동일 프로그램내의 보조사업간 할당된 재원을 전용할 수 있는 재량권을 확대하여 현장 중심의 탄력적인 재정 운영체제를 구축할 필요가 있다. 특히, 연도 말 과다집행에 따른 재정낭비나 집행 잔액의 반납에 따른 행정력 손실을 최소화하기 위해 배정된 보조금의 집행 잔액에 대한 전액 국고귀속 보다는 연도 말 불지출액의 상당부문, 또는 최소한 사업집행에서의 효율성이 인정되는 만큼은 해당 기초자치단체의 보유분으로 인정하도록 한다.
대상사업 선정 복지교부금의 분야별 프로그램 제시로 차별화를 주되, 폐지 또는 금지 사업을 명확히 설정해야 한다. 아울러 탄력적 재정 운영과 보조금의 집행 잔액의 기초자치단체 보유분 인정이 필요하다.