신문 사업은 한성신보에 맞대응을 하자는 의미도 있어 일본 측이 예민하게 반응하였다. 서재필은 암살위협에 시달렸다. 조선의 왕후까지 잔인하게 살해한 마당에, 일본의 정책에 방해가 된다면 누구인들 없애지 못할까. 이런 두려움이 서재필과 유길준을 떨게 하였다.
1896년 1월말 일본 공사 고무라 쥬타로는 서재필과 유길준을 위협하여 독립신문의 발간 사업을 포기하도록 종용하기까지 하였다. '조선은 민도가 뒤떨어진 나라이니 민권주의 사상을 전파해서는 안되며, 한성신보와 경쟁되는 신문을 창간하는 것을 묵과하지 않겠다.'는 것이었다.
이처럼 일본의 방해 공작이 엿보이는 가운데 새 신문은 발간 사업을 중지하거나 아니면 한성신보에 흡수되어 좌초될 상황이었다. 그러나 얼마 후 일어난 한 사건이 신문 발간을 순조롭게 하였다. 아관파천, 즉 고종의 러시아 공사관 피난이 그것이다.
한성신보와 대립되는 독립신문이기에 일본은 포기하라고 위협을 가했고, 서재필은 암살위협에 시달렸다. 신문 사업이 위기상황에 처해 있을 때, 아관파천이 이를 해결해주었다.