이해조가 비록 전통 윤리를 내세우기는 하였으나, 유교 사회의 신분질서까지 옹호하는 것은 아니다. 그는 자유종 에서  신분 제도를 비판하며, 만민평등의 당위를 주장하고 있다. 한편, 이해조는 자신의 정치적 이념을 가장 뚜렷하게 드러낸 <자유종>에서 어떻게 나라의 독립을 회복할 것인가 하는 문제에 집중한다. 대한제국이 반식민지 상태로 전락한 당시를 수참하고 통곡할 시대라고 비탄하면서절규하고 있다. 이해조는 개인을 사회의 최소단위라고 보고 있으며, 개별적인 개인들의 각성을 통한 국가의 건설을 지상과제로 설정하고 있는 것이다. 이해조는 당시의 계몽주의자들처럼 근대적 국민의 창출을 지향하는 일종의 만민평등의 국민주의를 꿈꾸었다고 할 수 있다. 이렇게 이해조는 전통적 윤리관을 강조하면서, 한편으로는 개화인으로서의 만민평등을 부르짖게 되는 이율배반적인 태도를 취한다. 그러나 그의 이런 모순된 성향은 현재적 관점에서 그렇다는 것일 뿐 그에게는 일관된 논리로 연결된다이해조는 윤리학 에서 사회는 한 단체가 되어 상호결합을 유지하는데, 연결하여 단체가 되게 하는 ‘원료’는 여론, 풍속, 습관, 문학, 법률등이라고 하였다. 이처럼 문학을 통한 여론의 형성, 풍속의 교화는 그의 정치적 이념을 실현할 수 있는 도구이다. 그는 현실적인 유교의 부패에 대해서는 통렬한 비판을 하지만 풍속의 교화와 이를 기초로 한 국민의 형성을 위해 서구 기독교를 모형으로 유교를 ‘공자교(孔子敎)’로 개혁함으로써 일종의 종교 개혁을 통한 국권회복을 꾀한다.
이해조는 <자유종>에서 자신의 사상을 나타냈다. 그는 전통적 윤리관을 옹호하는 입장이었지만, 유교 사회의 신분 질서를 비판하면서 개인의 각성이 근대국가 건설의 기초라고 주장하기도 했다. 그는 유교가 부패했던 당시 상황에는 비판적인 입장이었지만, 이를 서구적 모델로 개혁하여 국권회복을 주장했던 인물이었다.