이 판결에서는 “문경학살 사건이 발생한 날로부터 5년이 경과한 1954. 12. 24.손해배상 청구권이 소멸하였고, 적어도 헌법소원을 제기한 2000. 3. 18.에는 가해자와 피해자를 알 수 있었으므로 이 시점을 기산일로 보더라도 역시 손해배상 청구권은 시효소멸하였다”고 판단하였다. 나아가 “문경학살 사건 이후에 국회 차원의 조사가 이루어지기도 했고, 원고들도 사건의 진상을 밝히기 위한 노력을 하는 등 손해배상청구권을 행사하는데 장애사유가 없었고, (이 점에서 의문사 사건 등에서 국가가 정보기관 등을 통하여 장기간에 걸쳐 사건의 진실을 철저히 은폐∙왜곡하여 온 사례와는 다르다고 할 것임). 유족들 자신이 사건의 진상을 알고 있었다고 봄이 상당하고, 원고들이 헌법소원을 제기한 2000. 3. 18.로부터 3년이 경과한 때 이 사건 소를 제기한 점을 종합하여 볼 때 피고의 시효소멸 주장이 현저히 부당하거나 불공평하게 되는 경우로서 권리남용에 해당한다고 보기 어렵다”고 판단하였다.
해당 판결에서는 문경학살 사건이 발생한 날로부터 5년 뒤인 1954년 손해배상 청구권이 이미 소멸하였고, 헌법소원을 제기한 2000년에도 가해자와 피해자를 알 수 없었기에 이 시점을 기산일로 보더라도 청구권이 시효소멸했다고 판단하였다.