1심 판결은 또한 ‘채무자가 시효완성 전에 채권자의 권리행사나 시효중단을 불가능 또는 현저히 곤란하게 하였거나, 그러한 조치가 불필요하다고 믿게 하는 행동을 하였거나, 객관적으로 채권자가 권리를 행사할 수 없는 장애사유가 있었거나, 또는 일단 시효완성 후에 채무 자가 시효를 원용하지 아니할 것 같은 태도를 보여 권리자로 하여금 그와 같이 신뢰하게 하였거나, 채권자 보호의 필요성이 크고 같은 조건의 다른 채권자가 채무의 변제를 수령하는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 채무자가 소멸시효의 완성을 주장하는 것이 신의성실의 원칙에 반하여 권리남용으로서 허용될 수 없다’고 전제한 다음, ‘원고들이 국가로부터 희생자들의 생사를 알 수 있는 어떠한 통지도 받지 못한 사실, 유족들이 피해자 명단과 생사확인 여부 등을 요구하였으나 국가가 아무런 조치를 취하지 않은 사실, 이에 원고들이 2007. 11. 27.에야 비로소 구체적인 희생자의 명단과 사망경위를 알게 된 사실, 국가가 처형자 명부 등을 통한 신원확인이 가능한데도 아무런 조치를 취하지 않은 사실, 전시 중 경찰이나 군인이 저지른 위법행위는 외부로서는 알기 어려워서 원고들이 국가의 위법에 대한 의심만으로 손해배상을 청구한다는 것은 기대하기 어렵다는 점, 이 사건에서 피고도 50년 전에 발생한 사건이라 법적 절차에 대한 자료가 없다고 주장하는 점 등을 종합하여 본다면 2007. 11. 27.까지 원고들이 권리를 행사할 수 없는 장애사유가 있었고, 피고가 소멸시효 완성을 주장하는 것은 신의칙상 허용될 수 없다’고 판단하였다.
1심 판결은 채무자의 소멸시효 완성의 주장이 권리남용으로서 허용 불가한 사정들을 전제로 제시된 사실관계와 주장을 종합하여 2007. 11. 27까지 원고들이 권리행사가 불가한 장애사유가 있었고 피고의 소멸시효 완성에 대한 주장은 신의칙상 허용될 수 없다고 판단하였다.