인간의 사고와 행위를 제한하는 인과 기반을 경험적 연구의 도움을 받아 탐구하겠다는 자연주의적 태도는 합리성의 제한성 관점과 양립한다. 그러나 확실성 추구의 시대정신 속에서 철학의 자율성 개념에 대한 자연주의적 반발은 역으로 그러한 양립성을 위협하는 식으로 전개되었다. 그 하나는 사람들이 형식적 절차에 따라 판단하지 않는다는 경험적 사실에 근거해 인간은 오류를 범하게끔 인지적으로 편향되었다는 주장이다. 이러한 주장은 철학의 자율성 관점 속에서 탄생한 형식적 합리성에 대한 극단적 반발에 지나지 않는다. 올바른 반발은 합리적인 것과 비합리적인 것의 이분법에서 벗어나는 것이다. 합리성의 제한성 관점에서 합리적이라는 것은 상황에 합당한 판단과 맞물리며, 상황을 초월한 보편적 합리적 기준이라는 것은 없다. 추론 형식이라는 것도 그것들이 지켜지지 않았을 때 우리가 합당하다고 받아들일 수 없는 경우들에 대한 인식 없이는 설정될 수 없는 것이다. 논리적 무모순성은 합당한 판단이 가져야 할 자질과 같은 것이다. 실제 사고가 형식적 절차에 내용을 끼워 맞추듯 진행되는 것은 아니다.
인간의 사고와 행위에 대한 자연주의적 연구 방법은 경험적 연구를 이용하는데 이것은 형식적 합리성을 이분법적으로 판단하게 하였다. 그러나 합리성은 상황 속에서 판단되며 절대적 합리 기준은 존재하지 않는다. 한편 추론 형식 또한 논리적 합당성을 지녀야 한다.