진실화해위원회에 접수된 사건들은 대부분 50여 년이 흐른 오래된 사건들이다. 시효가 문제되지 않을 수 없다. 하지만 소멸시효가 완성되지 않아야 청구권을 행사할 수 있다. 민법상 “소멸시효는 권리를 행사할 수 있는 때로부터 진행”(제160조제1항)한다. 이처럼 국가범죄로부터 간신히 목숨을 건진 이나 유족이 자신의 청구권을 행사할 수 있게 되는 때, 곧 소멸시효의 기산점에 대하여 대법원은 거의 사건 발생시점으로 보려는 듯이 보인다. 삼청교육대 사건에서도 법원은 기산점을 구타당한 시점, 퇴소한 때, 또는 계엄 해제 시로 본다. 1980년 국보 위의 조치에 따라 강박에 의해 재산을 양도하게 된 피해자들이 제기한 소송에서도, 양도 시점, 합수부에서 풀려난 시기, 계엄 해제된 1981년 1월 21일 등이라 하였다. 합동수사단에 끌려가 재산을 빼앗긴 이들이 계엄이 해제되었다 하여 서슬 푸른 5공 정권 아래서 다시 소를 제기하기를 기대하는 것은 지나치다는 생각도 강하다. 하물며 살아나오는 것만도 다행으로 여겨지던 삼청교육대에 대해서도, 거기서 퇴소하였을 때 바로 손해배상을 청구할 수 있는 상태가 되었다고, 곧‘권리를 행사할 수 있는 때’가 되었다고 보는 것이 법원의 기본입장인 것이다. 법원은 국가의 인권 침해 사안에 한해서만은 법률상 장애에 대해서도 매우 좁고 엄격히 해석적용하여 그것을 인정하지 않는 듯한 느낌이다. 소송에서 국가가 소멸시효를 들어 항변하는 것 자체에 대하여 효력을 부인하려는 시도도 강하다. 공공선을 추구하는 국가의 본질상 그러한 소송행위는 할 수 없다는 견해가 제시되기도 한다. 국가가 저지른 비인도적인 범죄에 대하여 스스로 소멸시효를 주장하는 것은 신의 성실의 원칙에 어긋난 권리남용에 해당한다는 주장은 법원내에서도 나온다. 특히 대법원에서는 받아들여지지 않지만, 하급심에서는 이런 이유를 들어 국가의 소멸시효 항변을 인정하지 않고 원고의 청구를 인용한 판결도 심심치않다.
대법원은 국가의 인권 침해 사안에 한해서만은 매우 좁고 엄격히 해석한다. 그러나 하급심에서는 비인도적인 범죄에 대하여 스스로 소멸시효를 주장하는 것은 권리남용이라고 보며 이런 이유를 들어 국가의 소멸시효 항변을 인정하지 않고 원고의 청구를 인용하기도 했다.