이 사건 진실규명결정의 내용에 중대하고 명백한 오류가 있다거나 그 자체로 증명력이 부족함이 분명하다고 보이지도 아니할 뿐만 아니라, 도무지 이 사건 심리과정상 정리위원회의 조사자료를 보관하고 있는 국가 측에서 참고인 진술내용 등의 모순점이나 부족한 점을 지적하고 그에 관한 자료를 제출하는 등으로 이 사건 진실규명결정의 증명력을 탄핵하려는 시도조차 해 본 흔적을 찾을 수 없다. 피고 소송수행자는 이 사건 진실규명결정이 간접⋅전문 증거에 의한 결정이라는 등의 간략한 사유를 내세워 이 사건 진실규명결정이 있다는 이유만으로 국가배상책임을 인정하여서는 안 된다는 원론적인 주장을 하는 데 그쳤을 뿐이다. 이러한 소송진행 과정에 비추어 볼 때, 원심이 특별한 사정이 없는 한 유력한 증거가치를 가지는 이 사건 진실규명결정을 근거로 원고들이 주장하는 바와 같은 국가의 손해배상책임 발생 원인사실을 인정한 것은 충분히 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 진실규명결정이 갖는 증명력에 관한 법리를 오해하고 자유심증주의의 한계를 벗어난 위법이 있다고 할 수 없다. 과거사정리법의 제정취지는 국가권력의 다른 한 축을 맡고 있는 행정부나 법원도 마땅히 존중하여야 한다. 입법적 결단으로 제정된 과거사정리법에 따라 이루어진 정리위원회의 진실규명결정은, 그로써 더 이상의 무용한 논란이나 시비를 뒤로 하고 우리나라의 굴곡 많았던 과거사를 문자 그대로 정리하자는 것이다. 이것을 변론주의와 처분권주의가 적용되는 민사소송절차에서 다시 검증할 수 있도록 하여야 한다는 피고의 주장에 법원이 동조하는 것은 예외적인 사정이 없는 한 타당성이 있다고 보기 어렵다. 이 사건 진실규명결정은 일반적인 행정위원회가 사인(私人) 간의 분쟁에 대하여 내린 재결(裁決)과는 그 구조가 근본적으로 다른 것이다.  이상과 같은 이유로 다수의견에 찬성할 수 없음을 밝힌다.
피고 소송수행자는 간략한 사유를 내세워 국가배상책임을 인정하여서는 안 된다는  주장을 하고 있다. 과거사정리법의 제정취지는 행정부나 법원도 존중하여야 하고 정리위원회의 진실규명결정은 과거사를 정리하자는 것이며, 이것을  다시 검증할 수 있도록 해야 한다는 피고의 주장에  법원이 동조하는 것은 타당성이 있다고 보기 어렵다. 이 사건 진실규명결정은 일반적인 행정위원회가 사인(私人) 간의 분쟁에 대하여 내린 재결(裁決)과는 다른 이야기이다. 이런 이유로 다수의견에 찬성할 수 없다.