1990년대 들어 다양한 연구개발 사업을 추진함에 따라 1998년 2월에 과학기술처를 과학기술부로 승격하였고, 이듬해인 1999년 과학기술혁신을 위한 특별법이 제정되었다. 이러한 배경에는 1997년 동아시아 외환위기로 인한 국내 정치 경제 구조의 변혁에 대한 시대적 요청이 있었고, 탈추격형 혁신체제로의 전환을 모색하여 창조에 기반한 기술개발에 대한 인식의 전환이 있었기 때문이다. 이러한 인식의 전환은 국제과학기술 협력의 범위를 동구권까지 넓히는 계기 가 되었다. 정부 내 조직만으로 추진되던 국제과학기술 협력이 과학기술정책관리연구소 산하 과학기술국제협력센터가 설치되는 등 과학기술부의 기능이 과학기술 국제협력을 촉진하기 위한 부분적 수정이 이루어졌다.
과학기술처를 과학기술부로 승격하고 과학기술혁신을 위한 특별법이 제정된 배경에는 창조에 기반한 기술개발에 대한 인식의 전환이 있었으며 이에 과기부의 기능은 과학기술 국제협력 촉진으로 확대되었다.