하지만 일부 회사에서 CIO는 권한이 많은 조직이 아니다. CIO 산하에 CISO가 있는 경우 CISO의 전사 보안 위험에 대한 가시성의 확보나 CISO의 전사 통제 업무에 어려움이 있을 수 있다. 더욱이 정보보호 조직과 IT 운영조직이 업무에서 종종 부딪힐 때도 있다. IT 운영조직의 임무가 영업, 개발 등 전사 조직이 효율적이고 편리하게 IT 인프라를 이용할 수 있도록 지원하는 것이라고 한다면, 정보보호 조직은 효율과 편리를 조금은 희생한다고 하더라도 보안 위험을 최소화하기 위해 전사 조직을 지원하면서 통제하기도 해야 하는 조직이기 때문이다. 근본적으로 임무의 성격이 상충하는 측면이 있다.
CIO 산하에 CISO가 있는 경우 가시성 확보나 전사 통제 업무가 어려울 수 있으며 더욱이 정보보호 조직과 IT 운영조직의 임무 성격이 상충하여 부딪힐 수 있다.