그동안 EU조약과 로마조약이 기본권에 관한 별도의 목록을 갖고 있지 못한 점에 대해서는 많은 비판이 있었다는 점에서 볼 때 유럽헌법조약과는 달리 EU 기본권헌장이 리스본조약 본문 속에 포함되지 않은 것은 상당히 유감스런 일이다. 하지만 비록 기본헌헌장의 全文이 리스본조약 본문 속에 포함되지는 못했지만 리스본조약이 ‘기본권헌장에 규정된 모든 권리, 자유 및 원칙이 제조약과 동등한 가치를 가진다’는 명시적인 규정을 둠으로써 형식적ㆍ법률적으로 기본권헌장은 리스본조약의 일부를 구성하고 있다고 볼 수 있다. 그리고 유럽헌법조약을 기초할 당시 수정된 기본권헌장의 조문은 위에서 살펴본 바와 같이 수정된 내용은 리스본조약 하에서도 그대로 유지되고 있다. 셋째, 리스본조약은 EU의 ECHR 가입에 대해 규정하고 있다. 이에 대해서는 아래에서 상세하게 검토한다. 넷째, TFEU에 대해서는 기존의 TEU의 규정을 그대로 답습하고, 절차에 대해서만 수정하고 있다. TFEU 제18조는, “제조약의 적용 범위 내에서, 또한 제조약의 특정 규정을 침해하지 않는 범위 내에서 국적을 사유로 한 차별은 금지된다”(1단)는 ‘국적에 의한 차별금지’를 규정하고 있다. 그 입법절차에 대해, “유럽의회 및 이사회는 일반입법절차에 따라 차별을 금지하기 위한 법규를 채택할 수 있다”고 함으로써 국적에 의한 차별금지에 관한 법규는 ‘일반입법절차’에 의해 채택될 수 있음을 명시하고 있다. 그러나 TFEU 제19조에서 보는 바와 같이, “성, 인종 또는 민족적 기원, 종교 또는 신념, 장애, 연령 또는 성적 성향 등의 사유에 따른 차별”, 즉 국적 이외의 사유로 한 간접적 차별에 관한 ‘적절한 조치’는 ‘특별입법절차’를 적용한다(1항).
EU 기본권헌장은 리스본조약 본문에는 포함되지 않았지만, 리스본조약이 기본권헌장에 규정된 모든 권리 및 자유 등을 제조약과 동일하게 본다는 것을 명시해 둠으로써 기본권헌장이 리스본조약의 일부를 구성하고 있다고 볼 수 있다. TFEU에 따르면 국적에 의한 차별을 금지하고 있는데, 반면 성, 인종, 종교 등 국적 외의 사유에 대한 간접적 차별에 관한 조치는 특별입법절차를 적용하고 있다.