비인도적 범죄에 대한 공소시효 배제의 국제관습은 민사상 소멸시효에도 그 취지가 인정되어야 하며, 명백하고 진정한 권리를 희생하면서까지 소멸시효를 인정하는 것은 시효제도의 입법취지에 반한다고 설시하였다. 이 또한 국가가 상고하지 않아 제2심 판결로 확정되었다. 이른바 인혁당 재건위 사건은 확정판결 사건인데, 의문사위원회의 결정이 바탕이 되면서 그와 관련하여 소멸시효 문제가 제기되었고, 그에 대한 판단이 이루어졌다는 점에서 특기할 만하다. 2002년 9월 16일 의문사위원회는 인혁당재건위 사건이 고문에 의해 조작되었음을 인정하자, 유족들은 이 사건에 대한 재심 청구를 하였고, 2007년 1월에는 이전 판결들이 취소되고 주요 기소 내용에 대해 무죄가 선고되었다. 유족들은 또 2006년 10월 31일에 손해배상의 소도 제기하였다. 이때에도 국가는 소멸시효의 완성을 주장하였다. 곧, 사형집행이 이루어진 1975년으로부터 5년이 경과하였을 뿐 아니라, 2002년 9월 16일의 의문사위원회 결 정이 있었을 때부터는 사건의 진상을 파악하여, 권리를 행사할 수 없었던 객관적인 장애가 소멸되었을진대 그 결정일로부터도 3년이 지나서 소를 제기하였다는 것이다. 하지만 2007년 8월 21일 서울중앙지방법원은 이에 대하여“재심판결이 확정된 2007. 1. 31.까지는 원고들이 피고에 대하여 이 사건 손해배상청구권을 행사할 수 없는 객관적인 장애가 있었다고 볼 수 있고, … 피해를 당한 원고들을 보호할 필요성은 큰 반면, 피고의 그에 대한 채무이행의 거절을 인정하는 것은 현저히 부당하고 불공평하다고 할 것이어서, 피고가 원고들의 손해배상청구권에 대한 소멸시효가 완성되었음을 주장하는 것은 신의성실의 원칙에 반하여 권리남용으로서 허용될 수 없다”고 하여 국가의 시효주장을 배척하고 손해배상의 지급을 명하는 판결을 하였고(2006가합92412), 국가가 항소 제기 하지 않아 그대로 확정되었다.
비인도적 범죄에 대한 공소시효 배제는 재심 및 이를 근거로 한 손해배상청구권 행사에 있어 중요한 국제관습이다. 이는 인혁당재건위 사건에 대한 2심 재판부의 판결을 통해 확인 가능하다. 재판부는 재심을 통한 무죄판결이 있기까지 유족들이 손해배상청구를 할 수 없는 상황이었다고 판단했다. 또한, 소멸시효가 완성되어 손해배상소송이 무효라는 국가측 주장은 신의성실의 원칙에 반하는 권리남용이므로 허용될 수 없다고 명시했다.