셋째, 위원회나 재판소의 운영도 문제다. 무엇보다 2004년 아프리카 연합 의회는 재판소를 신설될 아프리카 사법재판소(the Court of Justice of the African Union)와 통합하는 결정을 하였다. 그리고 2008년 7월 1일 아프리카 사법 및 인권재판소 규율을 위한 의정서(Protocol on the Statute of the  African Court of Justice and Human Rights)를 채택하였다. 2006년 아프리카 인권재판소는 재판관을 선출하였지만, 판결에 대한 강제이행이 보장되지 않고, 통합이 예정되어 있는 재판소가 활성화되기는 매우 힘들 것이다. 넷째, 아프리카의 환경이 아직 인권친화적이지 못하다. 근래 아프리카가 경제적으로 많이 성장하고 있지만 여전히 경제적 성장에 중점을 두고 있고, 정치적으로도 불안한 면도 있어 인권을 중시하고, 인권감수성이 예민하지 못하다. 인권을 위한 민간단체의 활동도 성장하는 과정에 있다.
셋째, 위원회나 재판소의 운영도 문제다. 판결에 대한 강제이행이 보장되지 않고, 통합이 예정되어 있는 재판소가 활성화되긴 힘들 것이기 때문이다. 넷째, 아프리카는 아직 인권친화적이지 못하다. 경제적 성장에 중점을 두고 있고, 정치적으로도 불안한 상황이기 때문이다.