박물관의 등록·운영은 건설교통부나 교육인적자원부와 같은 연관부처의 업무와 밀접한 연관이 있다. 시설의 용도변경과 관련하여 대학박물관의 경우 교육인적자원부와, 기타 박물관은 건설교통부와 더욱 밀접한 관계가 있다. 따라서 이러한 연관성을 인정하여 그 권한행사에 이들 부처의 참여를 유도하는 것이 타당하다. 예를 들어 대학박물관의 경우 지방에서 박물관자료를 발굴·조사할 때하는 이들이 상당한 역할을 담당한다. 따라서 대학박물관에 대한 육성, 지원이 필요하다. 그런데 실제 대학교의 입장에서 대학박물관은 소요예산에 비해 그 성과가 별로 없는 애물단지 취급을 받고 있다. 대학교에서는 교육부에서 주관하는 대학평가 때 대학박물관을 갖춘 대학교의 경우 가점이라도 주길 원하지만 교육인적자원부는 모든 대학이 추진하는 정책이 아니므로 이를 평가하여 가점을 주는 것은 어렵다는 이유로 이를 거부하고 있다. 이러한 경우 유기적 업무추진을 위해서라도 박물관 등록·운영에 관한 권한행사에 관련부처의 참여를 유도하는 것이 타당하다.
박물관의 등록 및 운영은 건설교통부, 교육인적자원부 같은 연관 부처의 업무와 관련이 깊기 때문에, 그 권한행사에 관련 부처의 참여를 유도해야 한다.