대상 판결은 부가가치세 환급세액 지급청구에 대해서만 그 법적 성질과 소송의 형태에 대해 판단하고 있고, “부가가치세 환급세액의 지급청구가 행정소송이 아닌 민사소송의 대상이라고 한 대법원 1996. 4. 12. 선고 94다34005 판결, 대법원 1996. 9. 6. 선고 95다4063 판결, 대법원 1997. 10. 10. 선고 97다26432 판결, 대법원 2001. 10. 26. 선고 2000두7520 판결 등과 국세환급금의 환급에 관한 국세기본법 제51조 제1항의 해석과 관련하여 개별 세법에서 정한 환급세액의 반환도 일률적으로 부당이득반환이라고 함으로써 결과적으로 부가가치세 환급세액의 반환도 부당이득반환이라고 본 대법원 1987. 9. 8. 선고 85누565 판결, 대법원 1988. 11. 8. 선고 87누479 판결 등을 비롯한 같은 취지의 판결들은 이 판결의 견해에 배치되는 범위 내에서 이를 모두 변경하기로 한다.”라고 설시하고 있어 대상 판결의 취지는 오납액, 과납액의 반환을 구하는 소송에 적용된다고 보기는 어렵고 공법적 권리의 성질을 가지는 부가가치세 환급세액 반환청구에만 한정되는 것으로 보인다.
대상 판결은 부가가치세 환급세액 지급청구에 대해서만 그 법적 성질과 소송의 형태에 대해 판단하고 있으며, 그 취지는 공법적 권리의 성질을 가지는 부가가치세 환급세액 반환청구에만 한정되는 것으로 보인다.