확실성 추구의 시대정신 속에서 철학의 자율성에 대한 또 하나의 극단적 반발은 특정 이론 혹은 그 이론에 함축된 세계 이해에 근거해 모든 인지 및 심리 과정의 자연화(naturalization)를 꾀하려는 시도였다. 인지 및 심리 과정의 인과적 기반을 탐구하겠다는 태도에는 아무런 문제가 없지만, 그러한 탐구의 토대, 곧 ‘탐구의 탐구법’에 대한 확실한 특정 이론 혹은 관점을 전제하는 것은 그렇지 않다. 자연주의는 자연과 인간에 대한 탐구가 선험적 사고에만 의지할 수 없다는 역사적 인식에 근거한 일종의 형이상학적 태도이며, 그 인식은 특정 사고방식의 사장이 아니라 한계에 관한 것이다. 경험의 통합적 설명을 추구하는그 어떤 형이상학적 태도 혹은 세계 이해도 단순 검증 혹은 반증의 대상이 될 수 없다.
확실성 추구의 시대에서 모든 정신 현상을 자연화하려는 시도가 발생했다. 하지만 자연화는 모든 현상을 자연의 산물로서 분석하려는 형이상학적 태도로, 증명 수단이 될 수 없다는 점에서 시도의 한계가 있다.