그런데 문제가 되는 것은 문화재청도 박물관과 마찬가지로 엄연히 문화관광부의 소속기관임에도 불구하고 문화재청 직제를 통하여 국립고궁박물관이나 국립해양유물전시관과 같은 「박물관 및 미술관 진흥법」상의 박물관을 둘 수 있도록 함으로써 행정조직 상호간의 “협동과 조정”이라는 기본원칙을 일탈하는 결과를 초래하게 할 수 있다는 것이다. 즉,「박물관 및 미술관 진흥법」의 법적 성질이 문화진흥정책과 관련된 법이라면 동법에서 정한 사무를 담당하는 기관은 박물관이라는 문화진흥정책관련 기관에서 담당함이 타당할 것인데, 문화재정책을 담당하여야 하는 문화재청에서도 이를 담당하게 함으로써 마치 문화관광부 산하의 어느 조직이 문화관광부 산하의 또 다른 조직의 업무를 병행하는 것을 허용하는 결과를 초래한다. 따라서 이는 조직운영에 있어서도 경제적이지 못할 뿐만 아니라 결코 헌법정신에 부합하는 조직의 운영이라고 할 수 없을 것이다.
문화재청은 문화관광부 소속기관임에도 문화재청 직제를 통해 '박물관 및 미술관 진흥법' 상의 박물관을 둘 수 있는데, 이는 행정조직 간의 기본원칙인 "협동과 조정"에서 벗어나는 비경제적이고 헌법정신에 부합하지 않는 조직의 운영이다.