공익법인의 회계연도는 정부의 회계연도에 따르며 매 회계연도가 시작되기 전에 다음해에 실시할 사업계획 및 예산을 제출하고 매 회계연도가 끝난 후에 사업실적과 결산을 보고하여야 한다(공익법인의 설립·운영에 관한 법률 제12조). 이 때 사업계획 및 예산서는 추정대차대조표, 추정손익계산서와 부속명세서를 첨부하여 회계연도 개시 1월전까지 제출하고, 사업실적 및 결산서는 대차대조표, 손익계산서 및 부속명세서를 첨부하여 회계연도 종료 후 3개월 이내에 제출한다.  예산은 회계와 계정과목별로 구분하여 추정대차대조표와 추정손익계산서 및 그 부속명세서로 작성하되 추정근거를 명백히 하여야 한다. 법인의 회계는 기업회계의 원칙에 따라 처리하되 ‘목적사업회계’와 ‘수익사업회계’로 구분하며, 회계조직은 재무제표규칙을 준용하고, 재산평가는 재평가를 실시한 경우를 제외하고 취득당시의 시가에 의한다.
공익법인의 회계연도는 다음 해에 실시할 사업계획 및 예산을 제출하고, 회계연도가 마무리된 이후에는 사업실적과 결산을 보고해야 한다. 이때 예산은 추정근거를 명확히 하며, 회계는 기업회계의 원칙에 따라 처리한다.