이러한 저조한 연구협력은 한국정부가 시행하는 제도개편에 따른 부서 다원화와 부서간의 원활하지 않은 조직적 협업 현황을 통해 살펴볼 수 있다. 이는 최근 2013년 발행된 ‘한ㆍEU S&T 협정 평가’에서 잘 드러난다. EC(European Commission)의 협정 평가에 따르면, 한국 주무부처가 분절화되어 있고 커뮤니케이션이 원활하지 못해 한국 연구기관들과의 접촉은 물론 EU 컨소시엄 관련 네트워크 형성에 많은 어려움이 있음을 지적했다. 조직의 분절화 및 다원화가 진행될수록 조직 협업이 어려운 이유는 Allison이 제시한 정책결정모형에서도 찾아볼 수 있다. 모형의 핵심적 주장은 정책결정모형 중 하위조직의 목표를 우선시하는 사실에 있다. 행위자-이해관계에서 정부부처는 각 부처의 예산확충과 영향력 증대를 위해 부처간 이해상충을 보일 수 있다. 즉 국내 정부 내 하위 조직의 분절화와 이해상충에 따라 국제과학기술협력제도의 실효성과 일관성은 떨어질 수밖에 없다.
‘한ㆍEU S&T 협정 평가’에 의하면 한국은 부처 간 분리성으로 인해 다양한 관련 기관과 협력하는 데에 한계점이 있다. Allison의 정책결정모형에 따르면 조직이 다양하게 나뉠수록 이해상충이 발생하기 때문에 국제과학기술협력제도의 연구 성과가 미비한 것이다.