일본에서는 문화청 소속 독립행정법인으로 일본국립박물관과 일본국립미술관을 관할하고 있으며 이 두 기관 소속의 박물관과 미술관이 있어 그 들도 독립행정법인으로 설립되어 있다. 공립의 경우는 운영이 어려운 경우 독립행정법인으로 각 지자체에서 직접 운영한다. 이러한 제도는 현재 과도기이며, 비영리법인으로 기업 등이 뮤지엄을 관리하는 제도로 NPO단체에 위탁해서 운영을 하는 사례가 있다. ‘지정관리제도’가 바로 이러한 형식이다. 결국 일본은 국립박물관이 독립행정법인이므로 우리와 같은 운영․관리체계를 가지고 있다고 보기 어렵다. 이와 같은 구조를 명확히 인식하는 것이 필요하다.
일본의 경우 독립행정법인이나 지정관리제도를 통해 박물관이나 미술관을 운영한다. 일본의 국립박물관은 독립행정법인에 해당하며, 우리나라와는 운영 및 관리에 차이가 있다.