문경 양민학살 사건에 대해서도 또한 2007년 6월 26일 진실화해위원회에서 국군의 위법한 행위로 벌어진 일이라 인정하였다. 하지만 법원은 다수의 피해자와 목격자가 생존하였으므로 손해배상 청구에 장애사유가 있었다고 할 수 없고, 과거사법 제정과 진실화해위원회 활동은 시효이익 또는 시효 주장의 포기로 볼 수 없으며, 진상 규명의 지속적 요청으로 보아 문경학살 사건의 진상을 알 수 있었다고 볼 수 있기 때문에, 늦어도 관련 헌법소원을 제 기한 2000년 3월 18일부터 3년이 경과한 뒤 제기한 소에 대하여 피고가 소멸시효를 주장하는 것은 부당하거나 권리남용이 되지 않는다고 보았다. 그리하여 사건이 발생한지, 또 그 규 명 노력에 탄압이 가해진지 5년이 지났으므로 소멸시효가 완성되었다고 보아 재산적∙정신적 손해를 인정하지 않았다. 울산과 문경의 유족들 모두 사건의 진상에 대하여 어느 정도는 짐작하였다고 할 것이고, 그러기에 그동안 줄기차게 진상 조사 요구를 해 온 것이다. 그리고 그 과정에서 정부가 가해사실을 인정한 바 없고, 오히려 유족들이 탄압을 받기도 했다. 대부분의 집단희생자 유족들이 겪어온 길을 이들도 또한 걸어온 것으로 양 당사자들은 서로 달리 취급되어야 할 까닭을 알 지 못할 것이다. 좀 차이가 나는 것은 문경 학살 유족들이 헌법재판소에 헌법소원을 한 것이라 하겠는데, 그 때 민사재판을 청구하지 왜 헌법소송을 하였느냐고 비난 받아야 할 일은 아니라 여겨진다. 그 역시 사실을 확실히 파헤치려는 피 어린 노력의 하나였을 뿐이기 때문이 다. 따라서 서울중앙지방법원 제19민사부와 제24민사부에는 이런 사건을 바라보는 시각 차이가 존재한다고 보아야 할 것이다. 후자가 소멸시효에 대하여 기산점을 매우 이르게 잡고, 그 주장의 권리남용 인정을 매우 엄격하게 한 것은 근래의 관련 판결들에 비추어 이례적이라 할 수 있다.
문경 양민학살 사건에 대해 법원은 사건의 진상을 알 수 있다는 점에서 소멸 시효를 주장하는 것은 부당하다고 보았다. 울산과 문경의 유족들은 진상 조사 요구를 꾸준히 해왔으나 정부가 가해사실을 인정한 바 없고 유족들은 탄압을 받기도 했다. 그러나 문경의 유족들은 소멸시효에 대해 기산점을 빠르게 잡고 권리 남용 인정을 엄격하게 하였다는 점에서 이례적이라고 볼 수 있다.