한편, 청군과 일본군의 파병으로 사태가 심상치 않게 돌아감을 감지한 전봉준은 동학 농민군을 이끌고 재봉기하였다. 그러나 결과는 농민군의 참패였다. 일본군의 신식 무기에 밀려 동학군은 수많은 사상자를 내고 후퇴하였다.
우금치의 전투에서 1만여 명의 농민군 중 살아남은 자는 500여 명으로 후일을 기약하고 해산하였다. 북상하던 김개남군은 청주에서 일본군과 관군의 공격을 받아 전주로 후퇴하였으나, 패주하던 중 김개남이 체포되었다. 손병희의 북접부대도 일본군과 관군의 공격에 타격을 입고 충주에서 해산하였다.
이후 순창에 은신한 전봉준은 1894년 12월 1일 관군에 체포되어 이듬해 사형을 당하였다. 전봉준을 먼저 심문한 자는 조선의 대신이 아닌 일본 공사였다. '왜놈을 몰아내자! 권귀를 쫓아내자!'는 동학농민봉기가 종말을 고하였다. 농민의 운명도, 조선의 운명도 내리막길을 치닫고 있었다.
청일 전쟁을 본 전봉준은 동학농민군과 함께 봉기를 일으켰으나 일본군의 신식 무기에 밀려 패배했다. 우금치 전투 패배 이후 김개남군은 패주 도중 잡히고, 전봉준이 은신 중에 체포되어 사형당하며 동학농민봉기는 끝나갔다.