또한 지방자치적 관점에서 근본적으로는 지방자치이외에 교육 자치를 독자적으로 하는 비교법적인 예는 없다고 할 수 있는데 헌법상 정치적 중립성을 보장하는 문제와 이를 선거로서 해결하는 것이 타당한지에 대해서 근본적인 검토도 필요하다고 할 것이다. 그리고 저출산 여파로 교육받는 학생의 숫자는 줄어드는 것을 고려 지방교육청의 전반적인 교육비용이 감소하는 것을 고려하여 기존의 지원금을 적절히 사용하는지 즉 부당한 재정누수가 없는지도 면밀히 고려하여 전반적인 지원규모를 책정하는 노력도 지속적으로 이루어져야 할 것이다. 그동안 교육청과 정부는 누리과정 예산부담 주체를 놓고 갈등을 빚어왔다. 현행 지방재정교부금법에는 시·도 교육청의 재원인 교부금을 교육기관에 사용하도록 돼 있다. 교육청은 이를 근거로 어린이집이 교육기관이 아닌 보육기관이기 때문에 교부금으로 누리과정 어린이집지분을 편성할 수 없다는 입장을 유지해왔다. 정부는 누리과정 예산이 교부금에 이미 반영됐기 때문에 별도의 국고 지원이 필요하지 않다는 입장을 고수해왔으며 교육청의 반발이 거세지자 학교시설개선비 등으로 누리과정 예산을 우회 지원했다. 이러한 갈등의 봉합책으로서 12월 2일 국회에서 3년 간 한시적으로 적용되는 '유아교육지원 특별회계법안'이 여·야의 합의로 통과했다. 특별회계는 누리과정 예산지원을 위해서만 쓸 수 있는 목적을 가진 돈으로 총 3조 9,409억 원이다. 특별회계를 신설하면서 어린이집 누리과정 예산의 42%에 해당하는 8,600억 원을 국고로 지원한다. 나머지 어린이집분 1조 2,000억 원은 특별회계 교부금으로 교육청이 부담해야 한다. 내년 누리과정에 필요한 예산은 유치원 1조 8,360억 원, 어린이집 2조 679억 원 등 총 3조 9,039억 원이다.
지방자치적 관점에서 교육 자치에 대한 근본적인 검토가 필요하고 부당한 재정 누수가 없는지를 고려하여 지원규모를 책정하는 노력도 이루어져야 한다.  또한 교육청과 정부는 누리과정 예산부담 주체를 놓고 갈등을 빚어왔는데, 이러한 갈등의 봉합책으로서 국회에서 유아교육지원 특별회계법안이 통과했다.