또한, 장기적인 지향점을 달성할 수 있도록 국가 R&D 사업 등을 활용하여 현장에서 산업인터넷 시스템을 도입 및 업그레이드하는 과정에서 발생하는 문제를 해결해야 한다. 산업별, 기업별로 구축하고자 하는 스마트공장이 무엇인지에 따라 어떤 방법론을 활용하는 것이 효과적인지, 이를 위해 R&D 등을 통해 국가가 지원할 것은 무엇인지에 대한 논의가 필요하다. 국가 스마트공장 전략 추진의 최일선 조직으로서 민관합동 스마트공장추진단의 R&D 기능도 강화해야 한다. 현재도 스마트공장추진단은 국가 R&D 사업을 추진하고 있으나, 과제기획 기능이 없어서 현장의 스마트공장 구축 과정에서 나타나는 문제를 과제화하여 수행하고 이를 다시 현장에 반영하는 체계가 미흡하다. 독일 Industrie 4.0에서는 컨베이어 벨트 제거, 공정 모듈화 등과 같은 구체적인 목표 하에 R&D를 시행하고 있음을 참고할 필요가 있다.
국가 R&D 사업을 통해 현장에서 발생하는 산업인터넷 관련 문제를 해소해야 한다. 따라서 어떤 스마트공장이 필요하고 국가는 어떤 지원을 해야 하는지 논의해야 하며 민관이 함께 스마트공장을 추진하는 R&D 기능도 중점화할 필요가 있다.