둘째, 조정･통제 조직 측면에서 보면 국방부 내 국방 내장형 소프트웨어 관련 임무와 책임이 불명확하다. 전력정책관은 앞서 살펴본 바와 같이 최근 무기체계 내장형 소프트웨어 관련 정책을 추진하고 있으나, 이러한 정책 추진이 리더십 관심에 따른 한시적 활동으로 그치지 않도록 지속적 임무 수행을 위한 근거가 필요하다. 전력지원관리실 군수관리관은 하드웨어를 중심으로 업무를 수행하고 있어, 국방 내장형 소프트웨어의 효과적 유지보수를 위한 관심과 정책 추진이 요구된다. 또한, 정보화 주무부서인 정보화기획관은 국방 내장형 소프트웨어와 관련하여 부여된 임무가 명확하지 않아 국방 내장형 소프트웨어 관련 역할 발휘가 제한된다.
국방 내장형 소프트웨어 마스터플랜(안)은 연구 수준으로 머물러 있어 공식 문서로서의 위상을 확보하지 못하고 있다.