이런 긍정적인 면에 반하여 페이고제도의 조정이 의회전체의 의무지출수준에 대한 의사나 국가 전체의 바람직한 의무지출의 수준으로 조정하는 작업이 아니고 신규 의무지출 프로그램의 도입을 억제함으로써 현재 수준의 의무지출 수준을 고수하도록 하는 조정이라는 근본적인 한계가 존재한다. 또한 조정자가 조정과정에서 자신의 선호를 반영할 때 사회전체의 선호가 아닌 예산위원회의 고유의 선호를 추구하거나 의회전체의 중위선호를 추구할 경우 사회적으로 바람직하지 않은 의무지출 프로그램이 발생할 수 있는 한계가 있다. 이를 고려하여 사회적으로 바람직한 의무지출 의사결정이 이루어지도록 정치적인 통제장치가 요구된다.
페이고제도의 조정은 여러가지 한계를 지닌다. 때문에 사회적으로 바람직한 의무지출 의사결정이 이뤄질 수 있게 하는 정치적 통제장치가 필요하다.