복합상소가 실패하자 동학의 간부들은 행동방향을 바꾸었다. 최시형은 동학도들을 보은에 집결토록 한 뒤 대규모 집회를 열었다. 모여든 동학도가 2만여 명, 이중 전라도의 동학도가 6천여 명이 넘었다. 이들은 척왜양창의(斥倭洋倡義)의 깃발을 올렸다. 일본과 서양세력을 물리치자는 것이었다.
보은군수가 현장을 방문하여 만류하였고, 양호 선무사로 임명된 어윤중이 거듭 동학의 간부를 면담하고 해산을 권하였다. 그 사이 홍계훈이 경군 600명과 카틀링(Cartling) 기관포 3문을 이끌고 청주에 출동하였다. 그때서야 동학도들은 일단 해산을 결정하였다. 그러나 이 같은 동학도의 움직임은 1894년 2월 때마침 고부군수 조병갑의 탐욕과 포학함에 분노하여 들고 일어선 전라도 지역 농민과 연결되면서 동학농민봉기로 확대되었다.
복합상소의 실패 후 동학도들은 대규모 집회를 열어 척왜양창의를 외쳤다. 군 출동으로 동학도들은 해산했지만, 이들은 이후 고분군수에 분노한 전라도 지역농민과 힘을 합치며 동학농민봉기가 발생하게 된다.