신청이 이유 있는 때에는 사건에 대한 공소제기를 결정한다(같은 조 2항 2호). 종전에는 재정법원이 부심판 결정을 하였지만, 현행법에서는 법원이 공소제기 결정을 하고 검사가 공소를 제기하도록 하였으므로, 위 결정이 있을 경우 관할 지방검찰청검사장 또는 지청장은 지체 없이 담당 검사를 지정하고 지정받은 검사는 공소를 제기하여야 한다(같은 조 6항). 위 결정에는 죄명과 공소사실이 특정될 수 있도록 이유를 명시하여야 한다(규칙 122조). 이는 재정결정에서 그 결정의 취지를 명확히 함으로써 검사가 재정결정의 취지와 다른 내용으로 공소를 제기하는 것을 방지하고자 하는 것이다.
사건에 대한 공소제기가 결정되었을 때(같은 조 2항 2호)는 죄명과 공소사실이 나타날 수 있도록 이유를 명시해야 한다(규칙 122조).