넷째, 유지보수를 위한 전문조직 및 세부 전략이 미비한 실정이다. 국방부에 따르면 패트리어트 및 함정 이지스 전투체계의 경우 매년 많은 유지보수 비용이 지출되는 것으로 파악된다. 또한, 전시 긴급한 유지보수 소요가 발생할 경우를 대비하여 중요 체계에 대해서는 군 자체적으로 유지보수 능력을 갖추는 것이 필요하다. 공군은 1997년 군수사령부 예하에 항공소프트웨어지원소를 창설하여 항공기 SW 등의 유지보수를 수행하고 있다. 항공소프트웨어지원소는 2014년 조직의 프로세스 수준에 대한 인증제도 중 산업표준이라 할 수 있는 CMMI의 레벨4를 획득함으로써 능력을 대외적으로 인정받았다. 내장형 소프트웨어의 유지보수 중요성이 커짐에 따라 육군과 해군은 전담조직의 필요성을 인식하고 2016년 각각 전담조직을 신설하였으나 아직 역량은 미흡한 실정이다.
국방 내장형 소프트웨어 마스터플랜(안)은 연구 수준으로 머물러 있어 공식 문서로서의 위상을 확보하지 못하고 있다.