부당이득반환청구권의 귀속주체가 국가이므로, 국가재정법 제96조에 따라 그 소멸시효기간은 5년이다. 한국자산관리공사는 변상금 징수권의 소멸시효를 중단시키기 위한 방법으로 부당이득반환청구소송을 활용하는 것으로 보인다. 그리하여 그 청구금액도 변상금액 그대로를 구하는 경우가 많다. 민사상 부당이득반환청구로써 변상금 징수권의 소멸시효를 중단시킬 수 있는지, 또는 변상금 부과고지로써 부당이득반환청구권의 소멸시효를 중단시킬 수 있는지가 문제된다. 채권자가 동일한 목적을 달성하기 위하여 복수의 채권을 갖고 있는 경우, 채권자로서는 그 선택에 따라 권리를 행사할 수 있되, 그 중 어느 하나의 청구를 한 것만으로는 다른 채권 그 자체를 행사한 것으로 볼 수는 없으므로, 특별한 사정이 없는 한 다른 채권에 대한 소멸시효 중단의 효력은 없다. 변상금 부과·징수권을 민사상 부당이득반환청구권과 법적 성질을 달리하는 별개의 권리로 보는 다수의견에 따르면, 한국자산관리공사가 변상금 부과·징수권을 행사하였다 하더라도 이로써 변상금 징수권의 소멸시효가 중단됨은 별론으로 하고, 민사상 부당이득반환청구권의 소멸시효가 중단된다고 할 수 없다. 이와 마찬가지로 민사상 부당이득반환청구권의 행사로써 변상금 징수권의 소멸시효가 중단된다고도 할 수 없다.
채권자가 복수의 채권을 갖고 있는 경우, 그 중 어느 하나의 청구를 한 것만으로는, 특별한 사정이 없는 한 다른 채권에 대한 소멸시효 중단의 효력은 없다.  한국자산관리공사가 변상금 부과·징수권을 행사했다고 하더라도 민사상 부당이득반환청구권의 소멸시효가 중단되지 않는다.