마지막으로, 기본권헌장의 적용과 관련하여 리스본조약은 폴란드와 영국에 대한 별도의 의정서, 즉  “폴란드 및 영국에 대한 EU 기본권헌장의 적용에 대한 의정서”(Protocol(No. 30) on the Application of the Charter of Fundamental Rights of the European Union to Poland and to the United Kingdom)를 첨부하고 있다. 이 의정서는 폴란드와 영국이 특별히 요구하여 리스본조약에 대한 해석상의 유보를 요구하여 첨부된 것이다. 의정서는 두 개의 조항을 두고 있다. 먼저, 제1조 1항에 의하면, “헌장은 유럽연합 사법재판소 또는 폴란드 또는 영국의 모든 재판소가 폴란드 또는 영국의 법, 규정, 행정법규, 관습 또는 행위가 헌장에 의해 확인되는 기본권, 자유 및 원칙과는 일치하지 않는다고 판단할 능력을 확대하는 것은 아니다”고 규정하고 있다. 또한 제2조는, “헌장의 규정이 (폴란드 또는 영국의) 국내법 및 관습에 대해 언급하는 경우, 그 규정은 헌장에서의 권리 또는 원칙이 폴란드 또는 영국의 법 또는 관습에서 인정되고 있는 범위 내에서 (양국에) 적용된다”고 명시하여 기본권헌장의 폴란드 및 영국에 대한 적용범위를 제한하고 있다.
기본권헌장의 적용과 관련하여 리스본조약은 "폴란드 및 영국에 대한 EU 기본권헌장의 적용에 대한 의정서"를 별도로 첨부하고 있다. 해당 의정서에서는 기본권헌장의 폴란드 및 영국에 대한 적용범위를 제한하고 있다.