다음으로 황제의 신변안전 및 국방력 강화와 관련된 군사 분야의 개혁을 추진하였다. 원수부를 신설하여 황제가 직접 중앙과 지방의 육해군을 모두 지휘하게 하였다. 아울러 원수부 내에 육군헌병대를 설치하여 전군의 헌병업무를 관할토록 하였다.
이 시기에 중앙을 경비하고 황제를 호위하는 시위대와 호위대, 지방을 경비하는 진위대가 신설 또는 증강되었으며, 고급장교 양성을 위한 무관학교가 설립되고 시위기병대가 설치되었다. 황제의 대워수 복장은 프러시아식 군복을 착용하게 하였고, 대한제국의 국가와 국기, 훈장을 제정하는 등, 대한제국과 황제의 권위를 상징하는 정책 수립에 노력을 기울였다.
군사 분야의 개혁으로는 원수부, 무관학교, 시위기병대 설치 등이 있다. 이를 통해 황제는 군 지휘권을 얻었다. 제국과 황제의 권위를 높이기 위해 군복/훈장 등을 정했다.