이런 상황에서 예산의결 전 단계에서 의회의 의무지출수반법안 심의와 조정작업에 중앙예산기관이 행위자로 참여하게 되며 조정기능을 어떻게 배분할 것인가의 문제와 예산의결 이후의 단계에서 페이고원칙을 준수하지 못할 경우 어떻게 통제할 것인가의 문제가 발생한다. 전자의 경우 주로 의회 내에 예산위원회를 중심으로 집권화되는 의사결정 구조의 문제가 발생하며 후자의 경우 미국의 일괄삭감조치가 우리나라의 헌법상 가능한가, 권력분립 및 예산권을 고려할 때 통제의 권한을 어느 기관이 갖는 것이 바람직한가 등의 문제가 있다. 이는 전체적으로 페이고제도를 유지하기 위한 기능, 과정, 구조를 우리나라의 예산 및 입법과정에 맞도록 설계하는 작업이다.
조정기능 배분 문제와 페이고원칙 미준수 시 통제의 문제가 발생한다. 전자는 의사결정 구조의 문제가 발생하며 후자는 일괄삭감조치가 헌법상 가능한가, 통제 권한 기관 결정 등의 문제가 있다.