9.11 테러 사건의 여파가 아직 완전히 가시지 않은 상태에서 또다른 테러 사건을 맞기 위한 노력의 일환으로 이루어지는 국토안보부 창설에 대해 반대 의사를 표한다는 것은 정치인들에게 쉽지 않은 행동이 될 것이다. 이러한 이유로 현재로는 부시 대통령이 제안한 국토안보부가 결국 의회의 승인을 받아 창설 운영되게 될 것으로 보는 시각이 우세하다. 그러나 국토안보부의 필요성 자체는 인정하지만 부시 대통령의 계획이나 추진 절차 등에 대해 우려의 목소리를 제기하는 사람들은 많이 있다. 부시 대통령의 국토안보부에 대해 제기되고 있는 비판 중 대표적인 것들을 정리하면 다음과 같다.
테러 사건을 위한 국토안보부를 반대하는 것은 쉽지 않은 일이라, 부시가 제안한 국토안보부가 승인받을 것이지만, 계획이나 추진 절차에 대한 우려는 계속 제기되고 있다.