부가가치세 부과처분 취소
[1] 구 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제59조 단서의 취지는,당초 세금계산서상 공급가액이 후발적 사유로 증가하거나 감소한 경우 과세관청과 납세자의 편의를 도모하기 위하여 그 사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 그에 관한 수정세금계산서를 교부할 수 있게 함으로써 공급가액 증감액을 수정세금계산서 교부일이 속하는 과세기간의 과세표준에 반영하도록 하는 데에 있으므로,그와 같이 후발적 사유로 당초 세금계산서상 공급가액이 감소함에 따라 수정세금계산서를 교부받은 경우 그에 대응하는 매입세액공제액 감소로 인하여 발생한 부가가치세액 증가분에 관하여는 구 국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호에 따라 수정세금계산서 교부일이 속하는 과세기간의 과세표준신고기한 다음날부터 부과제척기간이 진행한다.[2] 甲 주식회사가 乙 주식회사 등과 공동으로 주택건설사업을 시행하면서 도로개설비용 분담금을 지급하기로 하고,2000. 2. 14. 乙 회사에게서 그에 관한 세금계산서를 교부받은 다음 2000년 제1기 부가가치세를 신고하면서 이를 매출세액에서 공제하였는데,이후 분담금을 지급하지 않았다는 이유로 乙 회사에 의해 제기된 민사소송에서 이를 감액하는 내용의 조정에 갈음하는 결정이 확정되었고,이에 따라 2006. 7. 18. 乙 회사에게서 그 차액에 해당하는 금액을 당초 공급가액에서 차감하는 내용의 수정세금계산서를 교부받았는데도 2006년 제2기 부가가치세를 신고하면서 이를 전체 매입세액공제액에서 차감하지 않자,과세관청이 2008. 3. 3. 이를 반영하여 甲 회사에 2006년 제2기 부가가치세 부과처분을 한 사안에서,수정세금계산서 부과에 따른 부가가치세는 그 교부일이 속하는 2006년 제2기에 귀속되고,그 부가가치세 부과제척기간은 과세표준신고기한 다음날인 2007. 1. 26.부터 진행하므로,위 처분은 부과제척기간 경과 후 이루어진 것으로 볼 수 없다고 한 사례.
후발적 사유로 당초 세금계산서상 공급가액이 감소함에 따라 수정세금계산서를 교부받은 경우 그로 인한 매입세액공제액 감소로 인한 부가가치세액 증가분은 수정세금계산서 교부일이 속하는 과세기간의 과세표준신고기한 다음날부터 부과제척기간이 진행하여야 하는 바,  2006. 7. 18. 乙 회사에게서 그 차액에 해당하는 금액을 당초 공급가액에서 차감하는 내용의 수정세금계산서를 교부받았는데도 2006년 제2기 부가가치세를 신고하면서 이를 전체 매입세액공제액에서 차감하지 않자 과세관청이 2008. 3. 3. 이를 반영하여 甲 회사에 2006년 제2기 부가가치세 부과처분을 한 것은 부과제척기간 경과 후 이루어진 것으로 볼 수 없다.