부가가치세부과처분취소(과세사업과 비과세사업의 겸영 사건)
과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고,매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며,과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면원칙적으로 공통매입세액의 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 한다.다만 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 거래상대방에게서 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체에서 국고보조금·단체보조금·환경개선특별회계 출연금을 지급받는 경우라면이는 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없으므로 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 정한 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항을 유추적용할 수는 없다.따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 한다.
과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액의 경우 공통매입세액의 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가리는 것이 원칙이지만 사업자에게 비과세사업에 해당하는 용역의 공급의 대가로 거래상대방이 별도의 공급대가를 지불하는 것이 아니라 국가나 지방자치단체에서 국고보조금·단체보조금·환경개선특별회계 출연금을 통해 지불하는 경우 이는 부가가치세법 시행령을 유추적용할 수 없어서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 한다.