법인세등부과처분취소
가. 모든 법인(국가·지방자치단체 등 제외)은 토지 등을 양도한 때에는 그 양도차익에 대하여 특별부가세를 납부할 의무가 있고,이 경우 비영리내국법인이 토지 등을 양도함으로써 생기는 양도차익은 이것이 법인세법 제1조 제1항 단서 각호 소정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당되지 아니하여 그 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세 과세소득에 해당되지 않는 경우에도 그 양도차익은 같은 법 제59조의3에서 정한 비과세 및 면제에 해당되지 않는 한 특별부가세의 과세대상이 된다.나. 종교법인 소유의 토지 일부에 테니스코트 등을 설치하여 직원들의 체육시설로 사용하고,나머지 일부는 나대지 상태로 방치한 경우,위 토지는 구 법인세법 제59조의3 제1항 제17호(1989.12.30. 조세감면규제법 부칙 제9조 제2항에 의하여 삭제되기 전의 것) 소정의 특별부가세 비과세 대상인 위 법인의 고유목적에 직접 사용하는 토지 등이라고 할 수 없다.다. 구 법인세법 제59조의3 제1항 제4호(1988.12.26. 법률 제4020호로 개정되기 전의 것) 소정의 비과세요건에 해당되기 위하여는 공부상 지목에 관계없이 양도일 현재 실제로 경작에 사용한 토지인 경우이어야 할 것이므로,구 법인세법시행령 제124조의4 제3항(1988.12.31. 대통령령 제12565호로 개정되기 전의 것)의 규정내용은 모법의 해석상 당연한 내용을 규정한 데 불과한 것일 뿐더러,나아가 환지처분에 의하여 농지에 해당되지 않게 된 경우에는 일정한 경우 양도일 현재 농지가 아닌 것을 납세의무자의 이익을 위하여 양도일 현재의 농지에 포함시킨 것이므로위 시행령 규정이 모법의 비과세요건을 축소시킨 것이라거나모법에 부합되지 않는 무효의 규정이라고 할 수 없다.라. 피고 세무서장이 갑,을 토지의 양도차익 전부에 대하여 한 특별부가세의 과세처분에 대해 원고가 국세심사 및 국세심판절차에서 과세처분 전부에 대하여 불복한 이상,비록 전심절차에서 주장하지 아니 하였던 을 토지에 대한 위법사유를 소송절차에서 추가하였다 하여 이 부분에 대한 전심절차를 경유하지 않은 흠이 있다고는 볼 수 없다.마. 구 법인세법시행령 제124조의2 제7항이 1989.12.30. 대통령령 제12878호로 신설되기 전의 구 법인세법 제59조의2 제3항과 그 시행령 제124조의2 제6항의 규정은 특별부가세의 과세표준인 양도차익을 계산함에 있어서,양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에 소득세법시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다고 하고 있을 뿐 위 시행령 제170조 제1항 단서와 같은 조항이나 위 시행령의 조항을 준용한다는 규정이 없으므로 특별부가세의 과세표준을 계산함에 있어,양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐 아니라 어느 한 쪽만이 불분명한 경우에도 위 두 가액을 모두 기준시가에 의하여 산정하여야 한다.
종교법인 소유의 토지일부가 나대지 상태로 방치된 경우 위 토지는 실제 경작에 사용된 토지가 아니라고 할 것이므로 특별부과세 비과세 대상에 해당되지 않는다.