등록세등부과처분취소
[1] 주택건설사업자가 주택건설용으로 취득한 부동산을 등기일로부터 3년 이내에 주택건설사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용한 경우에도 '정당한 사유'가 있으면중과대상에서 제외된다 할 것인데,이때의 '정당한 사유'라 함은 법령에 따른 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 주택건설사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘겼다는 등의 내부적인 사유도 포함하며,이러한 정당한 사유의 존부를 판단함에 있어서는 등록세 중과 제도의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면비영리법인인지 여부,주택건설사업에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단,주택건설사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애의 정도,당해 법인이 토지를 주택건설사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부,행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다.그리고 위와 같은 중과세율에 의한 등록세의 추가 부과요건은 특별한 사정이 없는 한 위 지방세법령에 규정된 유예기간의 경과일 또는 다른 업종에 사용한 날 충족된다.[2] 법인이 합병한 때에는 합병 후 존속하는 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방세와 가산금 등을 납부 또는 납입할 의무를 진다[구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제15조].이러한 합병으로 인한 납세의무 승계제도의 취지와 대도시지역 내 부동산등기에 대한 중과제도의 입법 목적 및 관련 규정의 체계 등에 비추어 보면,어느 법인이 주택건설용으로 부동산을 취득하기는 하였으나,아직 3년의 유예기간이 경과하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하지 아니하고 있던 상태에서 다른 법인에 합병됨으로써 합병 시까지는 등록세 중과요건이 충족되지 아니한 경우에도,합병 후 존속법인은 소멸법인에 이미 발생한 등록세 중과와 관련된 법률상의 지위를 승계한다고 봄이 타당하다.따라서 합병 후 존속법인이 소멸법인의 부동산 취득 등기일로부터 3년 이내에 이를 주택건설사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용한 경우에는 합병 후 존속법인이 중과세율에 의한 등록세를 추가 납부할 의무를 부담한다고 보아야 하고,그 흡수합병이 기업의 구조개선 등을 위하여 불가피하였다는 등의 사정은 위와 같은 중과 대상에서 제외되는 '정당한 사유'에 해당하는지 여부의 판단에서 고려될 수 있을 뿐이다.[3] 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이다.그러므로 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는,과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다.비록 과세관청이 질의회신 등을 통하여 어떤 견해를 표명하였다고 하더라도 그것이 중요한 사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것이라면공적인 견해표명에 의하여 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여된 경우라고 볼 수 없다.또한 비과세 관행 존중의 원칙도 비과세에 관하여 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 존재하여야 적용될 수 있는 것으로서,이는 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 의미하고,단순히 세법의 해석기준에 관한 공적인 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없으며,그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 증명책임은 그 주장자인 납세자에게 있다.
합병 후 존속법인 역시 주택건설사업자였던 소멸법인이 주택건설용으로 취득한 부동산을 등기일로부터 3년 이내에 주택건설사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용한 경우 정당한 사유가 없으면 중과세 대상이 되는 것으로, 단순히 세법 해석기준에 관한 공적 견해 표명이 있었다는 사실만으로 정당한 사유에 해당할 수 있는 일반적으로 받아지는  해석이나 조세 관행이 있었다고 볼 수는 없다.