법인세부과처분취소
[1] 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조특법'이라 한다) 제26조 제1항,제130조 제1항,구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 조특법'이라 한다) 제130조 제1항,구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제130조 제2항,조세특례제한법 부칙(2001. 12. 29.) 제2조 제1항,제22조(이하 '부칙조항'이라 한다),구 조세특례제한법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것) 제23조 제1항,구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것) 제23조 제1항,조세특례제한법 시행령 부칙(2003. 12. 30.) 제8조,제32조의 문언 내용과 체계 및 개정 연혁,구 조특법은 임시투자세액의 공제요건과 배제요건을 구분하여,제130조 제1항에서 제26조 제1항의 임시투자세액 공제요건을 갖춘 사업에 대한 투자 중에서 수도권 안의 투자에 대하여 임시투자세액의 공제를 배제하고 있는 점,배제요건에 관한 개정 조특법 제130조 제1항의 적용관계를 규정한 부칙조항은 배제범위가 종전보다 확대됨에 따라 기존의 임시투자세액이 공제되는 사업(이하 '임시투자세액 공제사업'이라 한다)에 대하여 구 조특법의 배제요건을 그대로 적용하기 위하여 마련된 규정으로 보일 뿐,개정 조특법 시행 후에 새로이 임시투자세액 공제사업으로 추가된 사업에 대하여도 구 조특법의 배제요건을 적용하기 위한 것으로는 보이지 않는 점 등에 비추어 보면,부칙조항에서 적용대상 사업장을 명시적으로 한정하고 있지는 않지만,부칙조항의 적용대상인 '사업장'이란 '개정 조특법 제130조 제1항의 사업장 중에서 구 조특법 시행 당시 이미 임시투자세액 공제사업으로 지정되어 공제요건을 갖춘 사업장'만을 의미한다.따라서 개정 조특법 제130조 제1항이 시행된 후에 비로소 임시투자세액 공제사업으로 지정된 사업의 사업장에 대하여는 부칙조항이 적용되지 아니하므로,임시투자세액 공제사업으로 지정된 이후로서 공제대상 투자 당시에 시행 중인 규정에 의하여 배제 여부를 판정하여야 한다.[2] 국세기본법 제44조,법인세법 제66조 제2항 제1호 및 제4항은 관할세무서장 등이 내국법인의 신고 내용에 오류나 누락이 있어 법인세의 과세표준과 세액을 경정한 경우에도 경정에 오류나 누락이 있으면다시 경정하도록 규정하고 있는 점,한편 국세기본법상의 경정청구제도는 원래 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 관할세무서장에게 과세표준신고서에 기재된 과세표준이나 세액 등의 결정 또는 경정을 청구하는 것으로서,과세처분에 대한 행정심판절차인 심사·심판청구 등과는 청구의 대상,결정기관, 결정절차 등에서 차이가 있고,그에 대한 관할세무서장의 결정이나 경정의 효력에 관하여 국세기본법에 특별한 규정이 없는 점,납세자의 경정청구를 거부한 관할세무서장의 처분에 대하여는 이의신청 또는 심사·심판청구 등의 불복절차가 별도로 마련되어 있는 점 등에 비추어 보면,관할세무서장이 납세자의 경정청구를 받아들여 과세표준이나 세액 등을 결정 또는 경정하였더라도 거기에 오류나 누락이 있는 경우에는 이를 바로잡는 처분을 할 수 있다.
구 조특법의 부칙조항은 개정 조특법 제130조 제1항 시행 이후 임시투자세액 공제사업으로 지정된 사업장에 대해서는 적용되지 않기에 임시투자세액 공제사업으로 지정된 이후 투자 당시 시행 중이던 규정에 따라 임시투자세액 공제의 여부를 정하는 것이 옳으며, 국세기본법 제44조 및 법인세법 제66조 제2항 제1호 및 제4항 등의 본문에 따르면 관할세무서장 등이 내국법인의 신고 내용에 하자가 있어서 과세표준과 세액을 경정한 경우에도 그 하자가 유지될 경우 다시 경정함을 요하는 점이나 국세기본법상 경정청구제도는 과세처분의 행정심판절차인 심사와 심판청구대상에서 차이가 있는 점 등을 고려하였을 때, 관할세무서장이 납세자의 경정청구에 대해 이를 받아들여 과세표준 및 세액의 결정과 경정에 있어 하자가 있을 시 이를 바로잡는 처분을 할 수 있다고 봄이 타당하다.