행정처분취소
가. 의제매입세액공제를 규정한 부가가치세법 제17조 제1항과 동조 제3항을 대비하여 볼 때 부가가치세의 면제를 받고 농산물 등의 공급을 받은 사업자가 그 농산물 등을 원료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급에 있어 매출세액 전부를 납부하게 되면부가가치세를 면제받지 아니하고공급받은 경우보다 더 많은 세액을 부담하게 되고 따라서 최종 소비자는 당초에 면제받았던 부가가치세까지 합하여진 고가의 물품을 구입하게 되는 셈이 되어 농산물의 공급에 있어 부가가치세를 면제한 취지에 어긋나는 불합리한 결과로 되기 때문에 의제매입세액의 공제를 규정한 것이다.나. 부가가치세법 제17조 제3항은 그 소정의 재화에 대하여는 의제된 매입세액을 공제하되 그 금액계산방법을 시행령에 위임하였고 동법시행령 제62조 제1항도 공제하여야 할 의제매입세액이 존재할 것을 전제로하여 재무부령으로 반드시 공제율을 정하도록 하면서 다만 그 공제율은 시행규칙(재무부령)에 위임하여 정하도록 하였음에도 불구하고,동 시행규칙(1984.5.1 부령 제1609호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항 단서는 그 소정의 제조업에 대하여는 같은 항 본문이 정한 원칙적인 율을 적용하지 아니한다고 하면서도,그에 적용할 별도의 율을 규정하지도 아니함으로써 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액계산을 불가능하게 하고,나아가 의제매입세액공제를 할 수 없도록 하였으니 위 단서규정은 모법인 부가가치세법 및 동 시행령에 위반되는 무효의 것이다.
구 부가가치세법시행규칙 (1984.5.1 재무부령 제1609호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항 단서 규정은 모법인 부가가치세법 및 동 시행령에 위반된다.