법인세부과처분취소
[1] 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제76조 제1항 제2호가 신고한 과세표준에 원래 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우 이를 공제하여 과소신고소득금액을 산정하도록 한 것은 만약 이를 공제하지 아니하면실질적으로 과소신고한 과세표준에 대하여도 과소신고가 없는 것처럼 되어 성실신고의 유도라는 가산세 본래의 목적을 달성할 수 없다는 것을 고려한 것인 점,납세의무자가 수 개의 과세기간에 안분하여야 하는 손금을 일시에 산입함으로써 손금불산입의 대상이 되고 그에 따라 수 개의 과세기간에 걸쳐 자동으로 손금추인되는 것은 납세의무자가 성실신고를 하지 아니한 때문인 점 등에 비추어 보면,구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법 시행령'이라 한다) 제118조 제2항의 '과세표준이 되지 아니하는 금액'에는 각 사업연도 소득금액 산정 시 익금으로 계상하지 말았어야 할 금액 및 손금으로 계상하였어야 할 금액 등 과세표준을 증가시키는 항목들은 특별한 사정이 없는 한 모두 포함된다.그리고 구 법인세법 시행령 제118조 제3항이 '익금에 산입한 금액에 대하여 그 익금과 직접 대응하는 손금을 공제한 금액'만을 과소신고금액으로 하도록 규정한 것은 익금과 그에 직접 대응하는 손금을 동시에 누락한 경우 등에 익금에서 손금을 공제한 잔액만을 과소신고소득금액으로 보겠다는 것이므로,손금에 대응하는 익금이 이미 익금으로 계상되어 있는 경우 그 손금을 다시 공제한 금액만을 과소신고금액으로 볼 것은 아니다.[2] 비영리내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 점,비영리법인이 고유목적사업에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 계상한 경우에 한하여 일정한 범위 안에서만 손금에 산입하도록 하고 있으나,고유목적사업준비금을 계상하지 않고 고유목적사업에 지출한 경우에는 비영리내국법인의 수익사업에 속하는 잉여금 및 자본원입액에서 상계할 수밖에 없는 점,구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 '법인세법'이라 한다) 제52조가 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고부당한 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 경우에 과세권자가 이를 부인하고법령에 정한 방법에 의하여 객관적이고타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도인 점,법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목이 업무무관 가지급금을 손금에 산입하지 않도록 규정한 입법목적은 차입금을 보유하고 있는 법인이 특수관계자에게 업무와 관련 없이 가지급금 등을 지급한 경우에는 이에 상당하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하도록 하는 조세상의 불이익을 주어,차입금을 생산적인 부분에 사용하지 아니하고특수관계자에게 대여하는 비정상적인 행위를 제한함으로써 타인자본에 의존한 무리한 기업확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고,기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하는 데에 있는 점 등을 종합하여 보면,법인세법 제52조의 부당행위계산부인이나 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목의 업무무관 가지급금의 손금불산입 관련 규정은 비영리법인의 경우 법인세의 납세의무가 있는 수익사업에 관한 거래에 대하여만 적용되고,비영리법인이 고유목적사업에 사용하기 위하여 수익사업에 속하는 차입금을 특수관계자에게 무상으로 대여한 경우에는 그것을 수익사업에 관한 거래로 보기 어려우므로 이에 대하여는 부당행위계산부인이나 업무무관 가지급금의 손금불산입 관련 규정을 적용할 수 없다.
구 법인세법 시행령 제118조 제3항이 익금과 그에 직접 대응하는 손금을 동시에 누락한 경우 등에 익금에서 손금을 공제한 잔액만을 과소신고금액으로 본다는 것이고, 구 법인세법 제52조의 부당행위계산부인이나 같은 법 제28조 제1항 제4호 (나)목의 업무무관 가지급금의 손금불산입 관련 규정은 비영리법인의 경우에는 법인세 납세의무가 있는 수익사업에 관한 거래에만 적용되며, 비영리법인이 고유목적사업에 사용하기 위하여 수익사업에 속하는 차입금을 특수관계자에게 무상으로 대여한 경우 위 규정을 적용할 수는 없다.