법인세부과처분취소
[1] 법인세법 제3조 제3항 제5호 및 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항 전문은 비영리국내법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하는 고정자산의 처분으로 생기는 수입에 관하여 법인세를 부과한다고 규정하고 있을 뿐,고유목적사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 경우에는 달리 본다는 규정을 두고 있지 아니하므로,토지의 처분대금을 법인세 과세소득으로 보아야 하는지를 결정하는 경우 해당 비영리법인이 토지를 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 없는지는 따질 필요가 없다.[2] 법인세법 제41조 제1항 제1호는 내국법인이 타인으로부터 매입하여 취득한 자산의 취득가액은 매입한 자산의 매입가액에 부대비용을 더한 금액으로 한다고 규정하고 있고,법인세법 제42조 제1항 본문은 내국법인이 보유하는 자산의 장부가액을 증액 또는 감액한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 하도록 규정하고 있으며,구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제2호는 '양도한 자산의 양도당시의 장부가액'을 손비로 규정하고 있다.이러한 각 규정을 종합하여 보면,구 법인세법 시행령 제19조 제2호에서 정한 '양도한 자산의 양도당시의 장부가액'이란 취득 당시 매입가액 등을 기초로 하되,기업회계에 따른 장부가액이 아니라 세무회계에 따른 장부가액을 의미하고,자산의 취득 후 기업회계상 평가차익이 발생하였더라도 이를 '자산의 장부가액'에 반영할 수 없다.이러한 법리는 비영리사업회계에 속하는 자산이 수익사업회계에 전입된 때 비영리사업과 수익사업의 구분경리에 관한 법인세법 시행규칙 제76조 제4항에 의하여 기업회계에 따른 장부가액이 당초 매입가액에 평가차익이 추가된 시가로 계상되었더라도 마찬가지이다.
비영리국내법인이 토지의 처분 대금이 법인세법 제3조 제3항 제5호 등에 따라 법인세 과세소득에 해당하는 지 결정하는 경우, 해당 비영리법인의 토지의 직접 사용 불가능에 정당한 사유가 있는지 살펴 볼 필요가 없고, 구 법인세법 시행령 제19조 제2호에서 정한 ‘양도한 자산의 양도당시의 장부가액’이란 취득 당시 매입가액을 기초로 한 세무회계에 따른 장부가액이므로 자산의 취득 후 발생한 기업회계상 평가차익을 ‘자산의 장부가액’에 반영할 수 없으며, 이러한 법리는 비영리사업회계에 속하는 자산이 수익사업회계에 전입된 때 법인세법 시행규칙 제76조 제4항에 의하여 기업회계에 따른 장부가액이 당초 매입가액에 평가차익이 추가된 시가로 계상되었더라도 적용된다.