종합소득세부과처분취소
가. 법인세법상의 소득액은 같은 법 제9조 제1항에 따라 그 사업년도에 속하거나 속하게 된 익금의 총액에서 그 손금의 총액을 공제한 금액을 의미하는 것으로 상업장부 등이 상업법규상 적법하게 계산되었을 경우에는 기업회 계상의 당기결산금(또는 결손금)에 세법이 정하고 있는 바에 따른 가산 또는 감산의 조정과 규제(이른바 세무조정)를 거친 수익과 비용의 차액만이 법인세의 과세소득이 되는 것이나,상업장부 등이 적법하게 계산되지 않았을 경우에는 이를 상업계산상의 정정을 한 연후에 조정과 규제를 한 다음 그 금액을 법인소득계산의 기초로 삼아야 하는 것이므로(이러한 경우에는 상업계산상의 정정까지를 포함하여 세무조정이라 일컬을 수 있다) 이와 같이 본다면합계잔액시산표만으로는 법인의 과세소득계산의 기초로 삼을 수 없다.나. 구 법인세법(1979.12.28. 법률 제3200호로 개정되기 전의 것) 제33조 제4항,같은법시행령(1979.12.31. 대통령령 제9699호로 개정되기 전의 것) 제93조 제2항에 의하면추계방법으로서 사업수입금액에 소득표준율,동업자율 또는 직전과세기간의 본인소득율을 곱하여 소득금액을 산출하는 이른바 비율법을 규정하고 있는 바 이러한 추계방법은 사업수입금액이 판명된 경우에 적용할 수 있는 방법이라 할 것이고같은법시행령 제93조의2에 의하면추계방법으로서 동업자권형,사업효율, 생산수율, 원단위투입량,비용의 관계비율,상품회전율 및 매매총이익율에 의하여 산정되는 비율법에 의하여 사업수입금액을 산정하도록 규정하고 있어 이것은 사업수입금액자체의 추계방법임이 명확하다.다. 추계의 합리성이 과세관청에 의하여 일응 입증되었을 때에는 좀더 사실과 근접한 추계방법이 존재한다는 것에 대하여 납세의무자가 입증을 할 필요성이 있다.라. 대표자의 급료는 특별한 사정이 없는 한 당해 법인의 필요경비(손금산입액)라 할 것인데 소득세나 법인세과세처분취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역안에 있는 것이어서그 입증이 손쉽다는 것을 감안해 보면납세의무자가 그에 관한 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 하는 것이 마땅하고이와 같은 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것은 공평의 관념에도 부합된다.마. 구 법인세법시행령 (1979.12.31. 대통령령 제9699호로 개정되기 전의 것) 제94조 제3항이 정하는 대표자는 실질적으로 그 회사를 사실상 운영하는 대표자이어야 하고비록 회사의 대표이사로 법인등기부상에 등재되어 있었다고 하더라도 회사를 실질적으로 운영한 사실이 없었다면이와 같은 인정소득을 그 대표자에게 귀속시켜 종합소득세를 부과할 수 없다고 보아야 한다.
법원은 이 사건 쟁점과 관련하여 합계잔액시산표만으로는 법인의 과세소득계산의 기초로 삼을 수 없고, 소득세나 법인세과세처분취소소송에 있어서 법인의 필요경비인 대표자의 급료에 대한 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자의 입증의 필요성을 인정하고 있으며, 위 구 법인세법시행령 제94조 제3항 소정의 "대표자"는 회사를 사실상 운영하는 대표자로서, 형식상 법인등기부상에만 등재되어 있다면 인정소득을 그 대표자에게 귀속시켜 종합소득세를 부과할 수 없다고 판시하였다.