법인세부과처분취소
[1] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제59조의2 제3항 제1호 단서와 그 위임에 의한 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제124조의2 제3항 본문의 규정은 비영리 공익법인 등이 상속세나 증여세의 과세대상이 되지 않은 자산을 출연받고서 단기간 내에 다시 이를 양도한 경우에는 그 실질에 있어서 해당 자산의 처분대가를 직접 출연받은 것과 마찬가지라 할 수 있으므로 출연자가 그 자산을 취득할 당시의 가액을 특별부가세 과세표준 산정에 있어서의 취득가액으로 봄으로써 위 자산양도에 따른 양도소득세나 특별부가세가 탈루되지 않도록 한 취지이고,따라서 공익법인이 출연받은 자산을 그 목적사업에 실질적으로 사용하다가 사후의 필요에 의하여 처분한 경우에는 이에 해당한다고 볼 수 없어 위 법인세법시행령 조항의 단서에서 1년 이상 해당 법인의 목적사업에 직접 사용한 자산의 양도에 대하여는 위 법인세법 조항이 적용되지 않는 것으로 규정하고 있으므로 위 법인세법시행령 제124조의2 제3항 단서와 각 호의 예외규정은 비영리 공익법인 등이 '자산의 양도 이전에' 적어도 1년 이상 목적사업에 출연받은 자산을 직접 사용한 경우에 적용된다 할 것이고,공익법인이 설립조건에 따라 단기간 내에 출연받은 자산을 처분하여 그 처분대금을 목적사업에 사용하려 하는 경우에는 이에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다.[2] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제59조의2 제3항 제1호 단서 규정은 특별부가세의 과세표준을 산정함에 있어서 일정한 자산에 대하여는 납세의무자가 취득할 당시의 가액이 아닌 그 출연자가 취득할 당시의 가액을 취득가액으로 삼도록 하면서 이에 해당하는 자산의 구체적 범위에 관하여는 특별한 제한 없이 대통령령에 그 규율을 위임하고 있으나,위 규정을 적용하면출연자가 해당 자산을 보유한 기간 중에 발생한 양도차익이 특별부가세 과세대상에 포함됨으로써 그에 해당하는 세액만큼이 실질적인 출연액에서 줄어들게 되고 이는 결국 출연자가 해당 자산을 처분하여 양도소득세나 특별부가세를 부담한 후 그 차액만을 출연한 것과 동일한 결과를 가져오는바,그렇다면 위 규정은 그 적용대상으로 자산 출연 후 처분이라는 시간적 순서에도 불구하고그 시간적 간격이나 이용실태에 비추어 실질적으로 자산 처분 후 대가 출연과 동일하다고 볼 수 있는 경우를 상정하고 있음을 충분히 알 수 있고,다만 그 판정기준이 되는 시간적 간격이나 이용실태의 구체적 내용만을 대통령령에 위임한 것이라 할 것이므로이를 가리켜 헌법상의 조세법률주의나 포괄위임금지의 원칙에 위반되는 규정이라고 볼 수 없으며,출연재산이 이를 증여받은 비영리 공익법인에 의하여 곧바로 목적사업에 활용될 수 있는 것인지,아니면 이를 보유하여서는 목적사업에 활용할 수 없고 반드시 처분하여 금전 등 다른 수익재산으로 대체하여야만 목적사업에 활용할 수 있는 것인지는 법인세 특별부가세의 과세대상인 자산처분의 성격을 달리하는 실질적인 요소이므로 이에 따라 조세부담의 차이를 두었다고 하여 헌법상 평등의 원칙에 반한다 할 수 없고,또한 이로 인하여 납세의무자는 적어도 출연자가 해당 자산을 직접 처분한 후 그 대가만을 출연하는 경우보다 불이익한 지위에 놓이지는 아니하므로 이를 헌법상 과잉금지의 원칙에 반한다고 할 수도 없다.
구 법인세법 제59조의2 제3항 제1호는 특별부가세의 과세표준을 산정함에 있어서 일정한 자산에 대해 납세의무자가 취득할 당시의 가액이 아닌 그 출연자가 취득할 당시의 가액을 취득가액으로 삼고 있으므로, 출연자가 해당 자산을 보유한 기간 중에 발생한 양도차익이 그에 해당하는 세액만큼이 실질적인 출연액에서 줄어들게 되고, 이는 출연자가 해당 자산을 처분하여 양도소득세나 특별부가세를 부담한 후 그 차액만을 출연한 것과 동일한 결과이므로, 이를 헌법상의 조세법률주의나 포괄위임금지의 원칙에 위반된다고 볼 수 없다.