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교육과학기술부장관후보자 서남수] "원래 자사고가 추진됐을 때의 큰 방향 중에 하나는 우리 학교의 교육과정 운영이나 이런 것이 너무나 획일화되어 있기 때문에 학생들의 다양한 요구를 반영하는 데 한계가 있다 그렇기 때문에 개별 학교에 여러 가지 자율성을 더 부여함으로써 학교들이 좀 더 다양한 교육과정을 운영하고 학생들의 수요에 맞추는 교육으로 가자 하는 그런 취지로……"
정진후 위원] "그러면 자사고가 수평적인 다양성에 기여했다고 생각하십니까?"
교육과학기술부장관후보자 서남수] "일부 학교는 그런 쪽으로 갔습니다마는 적지 않은 학교들이 그런 쪽보다는 입시위주 교육으로 간 부작용이 있습니다."
정진후 위원] "이렇게 말씀을 하셨어요. ‘자사고 정책은 한국 교육의 모든 교육적 폐해의 근원을 고교평준화 정책이라고 인식하고 있는 현 정부가 70% 내외의 높은 여론의 지지를 받고 있는 평준화정책을 실질적으로 무력화시키기 위해 한 것이다’ 이것 본인이 말씀하신 것 맞지요?"
교육과학기술부장관후보자 서남수] "예 그런 의도가 있었다고 생각합니다."
정진후 위원] "그런 취지에 대해서는 충분히 지금 자사고에 대해서도 그런 근본적인 문제점에 대해서는 같이 가지고 계시지요?"
교육과학기술부장관후보자 서남수] "예 그런데 그 자사고는 그전의 정부에서도 있었던 제도거든요. 그래서 원래 추구했던 목표는 그렇게 교육에……"
정진후 위원] "그러니까요. 정권에 관계없이 자사고 정책의 잘못된 점에 대해서는 이 근본적인 취지는 변함이 없으시냐고 물어봤습니다."

정진후 위원] "그러면 자사고가 수평적인 다양성에 기여했다고 생각하십니까?" 교육과학기술부장관후보자 서남수] "일부 학교는 그런 쪽으로 갔습니다마는 적지 않은 학교들이 그런 쪽보다는 입시위주 교육으로 간 부작용이 있습니다."