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따라서 재정사업 자율평가의 결과를 예산과의 직접적으로 연계하는 것은 정책 담당자의 입장에서 성과목표ㆍ지표 달성에만 집착하게 되어 수단적 가치가 종국적 가치를 대체하는 목표의 전환(displacement)이 생길 수 있다. 또한, 사업 예산의 편성도 과거 성과 실적 뿐만 아니라 사회적 중요성, 정책 수요, 향후 전망, 정치적 의사결정 등 다양한 요인들에 의해 영향을 받게 된다. 성과를 지향하는 재정운용을 위해서는 재정사업 자율평가가 예산편성과 일정한 방식 정도로 연계되는 것이 바람직한 방향일 것이다. 2007년도 예산안 편성 시 정부가 제시한 ‘미흡 등급 사업의 10% 삭감 원칙’은 성과관리제도를 조기에 정착시키기 위한 재정당국의 의지가 반영된 운영 방향으로 볼 수 있다. 다만, 이와 같은 원칙대로 평가결과를 예산에 직접적으로 연계하는 것은 평가대상 선정 및 지표의 적정성, 공공부문 성과 측정의 한계 등으로 인해 현실적으로 어려운 측면이 있다. 따라서 재정사업 자율평가 결과를 예산과 연계하는 다각적인 방안을 모색해야 할 것이며, 평가로부터 얻은 제도개선 제안(recommendation)을 부처에 적극적으로 권고하는 것도 유용한 방안이 될 수 있을 것이다.
예산과 재정사업 자율평가의 결과를 직접적으로 연계하는 것은 성과목표ㆍ지표 달성에만 집착하게 되어 수단적 가치가 종국적 가치를 대체하는 목표의 전환이 생길 수 있다.