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정부가 계속비 예산제도를 잘 활용하지 않는 이유는 크게 두 가지로 볼 수 있다. 우선 계속비 예산으로 편성할 경우 예산에 정치적 요구를 적절히 반영하기 어렵다는 점과 또한 보통 개별사업의 총사업비는 물가 상승 등으로 증가하는 경향을 가지기 때문에 이를 계속비 예산으로 고정하는 것은 바람직하지 않다는 것이다. 그러나 정치적 요구를 적절히 반영하기 어렵다는 점은 오히려 계속비 예산제도가 선심성 사업이나 정책 등을 막아줄 수 있다는 것을 의미한다. 
또한 총사업비가 증가하는 경향을 가지기 때문에 계속비 예산으로 고정하는 것이 바람직하지 않다는 점은 계속비 예산은 국회의 승인을 얻고 총사업비를 증액할 수 있으므로 이를 통해 어느 정도 상쇄될 수 있을 것으로 판단된다. 따라서 정부는 현재 개별 사업이 점차 대형화·장기화되는 경향이 있으므로 예산을 운영함에 있어 계속비 예산의 장점인 일관성·계획성 등을 확보할 수 있도록 계속비 예산으로 편성된 사업 수 및 그 금액을 증가시키는 것을 검토할 필요가 있다. 단, 이를 위해서는 우선 계속비 예산제도로 인해 재정의 경직성이 높아지는 것을 적절히 고려하고, 예산을 중·장기적으로 정확히 예측할 수 있는 제도적 장치를 구축하는 것이 선행되어야 할 것이다. 계속비 대상사업 성격의 다양화 필요성 : 계속비 예산제도는 또한 계속비 예산으로 편성되는 사업의 성격이 매우 제한적인 측면이 있다.
예산에 정치적 요구를 적절히 반영하기 어렵다는 점과 물가 상승 등으로 총사업비가 증가하는 경향을 가지기 때문에 정부는 계속비 예산제도를 잘 활용하지 않는다.