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 이들 미생물은 지역이나 환경에 따라 종류는 물론 증식 정도가 다르다. 똑같은 재료로 된장을 담그는데도 집마다 혹은 같은 집이라도 해마다 맛이 다른 이유가 여기에 있다. 이 때문에 맛의 균일성과 표준화가 생명인 현대식 장류제조공장에서는 순수 분리한 단일 균주로 발효한다. 공장형 된장의 경우 대부분 메주를 만들지 않고 증자한 콩에 황국균과 유산균을 투입해 속성으로 발효한다고 보면 된다. 전통 된장이 완성되기까지 보통 6~10개월 정도 소요되는 반면 공장형 된장은 3개월이 채 걸리지 않는다.
 공장형 된장처럼 인공적으로 발효할 경우 배양된 황국균과 유산균을 투입하게 되는데, 이 경우 1992년 제정된 생물다양성 협약에 따라 일본에 로열티를 내야 한다. 이들 균주의 추출·배양기술 특허권이 일본에 있기 때문이다. 된장뿐만 아니라 막걸리, 음료 등의 식품 제조에 들어가는 균주 역시 특허권이 일본에 있다. 이 때문에 한국이 일본에 내야 하는 로열티가 상당한 것으로 알려져 있다. 우리 음식인 막걸리를 마시고 된장을 먹을 때마다 판매액의 일부가 일본으로 가고 있는 셈이다.
 이러한 국제상황에 능동적으로 대처하기 위해 2011년 전북 순창에 순창군발효미생물관리센터가 산업통상자원부 승인 법인으로 설립되었다. 발효미생물 자원을 수집하고 체계적으로 관리해 발효산업에 필요한 다양하고 우수한 발효미생물을 발굴 공급하는 것이 이 기관의 설립 목적이다.
 현재 한국종규협회, 한국식품연구원, 전북대학교 RIC, 대상(주), 한국절임(주), 황금나무(주) 등의 입주기관과 기업(산학연관 시스템 구축)이 한 공간에서 미생물 연구에 몰두하고 있다. 정도연(鄭都延) 센터장은 “전통 방식의 된장을 만들 메주를 지푸라기로 묶는데, 이는 지푸라기에 있는 미생물이 발효에 도움이 되기 때문”이라며 이렇게 말했다.

이들 미생물은 지역이나 환경에 따라 종류는 물론 증식 정도가 다르다. 똑같은 재료로 된장을 담그는데도 집마다 혹은 같은 집이라도 해마다 맛이 다른 이유가 여기에 있다.