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현 정부에서도 연구관리전문기관의 ‘1부처 1전문기관’으로 통합을 추진 중에 있으나 이에 대한 장기적인 목적이 불분명하며, 이러한 통합도 형식적으로 진행되고 있다. 기관 형태로의 통합은 기관별로 독립운영이 되면서 본래 통합의 목적인 연구과제 기획과 성과의 유기적 연계, 기관별 상이한 규정 해소 등을 달성하기 어렵기 때문이다. 결론적으로 ‘1부처 1전문기관’으로 통합은 부처별 R&D추진으로 인한 부처별 칸막이를 해소하고 융복합된 R&D기획을 도모하기에는 역부족일 것으로 생각된다. 따라서, 연구관리전문기관을 부처 단위의 단일기관으로의 체계화를 넘어서 유사 분야와 기능을 갖고 있는 연구관리전문기관의 통합이 필요해보인다. 그러나 연구관리전문기관의 분야별 통폐합은 부처간 이해관계와 전문기관의 협의가 필요하므로 단기간내 실현되기 어렵다. 따라서 정부는 다양한 관점에서 효과적인 통합 방안을 마련하되 명확한 기준과 목표를 수립할 필요가 있다. 첫째, 중소기업 R&D의 투자 효율성을 높이고 민간의 R&D투자를 유도할 수 있도록 재정지원 방식을 다양화할 필요가 있다. 정부는 중소기업 R&D에 대한 정부 출연금 형태의 지원 확대로 인한 일명 ‘좀비기업’의 증가를 막기 위해 정부 R&D 졸업제를 도입하고, 직접 출연 위주의 지원방식에서 벗어나 ICT R&D 전용펀드, 구매조건부 R&D 등을 추진할 계획이다.
정부는 정부 R&D 졸업제 도입을 통해 중소기업 R&D에 대한 정부 출연금 형태의 지원 확대로 인한 좀비기업의 증가를 막을 계획이다.