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범정부적 조직으로 동 본부가 설치되었지만, 재정규모는 기존 조직에 의한 사업 수행과 차별화되지 않음. 
이는 구체적인 재정계획에 토대를 둔 명확한 정책과제 개발이 선행되지 않은 채, 방대한 조직 신설이 이루어진 사례로 지적됨.
특히 260억원에 불과한 저출산 대응예산의 82%를 15,000명 대상으로 고가 시험관 아기 시술비에 지출하는 재정운용은 저출산 대응을 위한 국가의 정책우선순위에 심각한 문제를 제기함. 
2006년도 장애인 복지재정은 예산 5,502억원, 기금 3,020억원으로 총 8,522억원이며, 정부 총 지출에서 차지하는 비중은 0.38%에 불과함. 
장애인 복지정책 수행은 8개 부처와 1개 위원회의 다원화된 정책구조와 10개 회계 ․ 기금이 관련되는 복잡한 재정구조를 띄고 있음. 
장애인정책과 재정사업을 총괄 기획 ․ 조정 ․ 평가하는 ‘Control Tower’ 기능을 ‘보건복지부’에 부여하고, 장애인복지특별회계(안)제도를 도입하여 재정 확충과 사업의 효율적 추진을 도모하도록 하는 획기적인 전환이 필요함.
2006년 정부가 역점을 두는 13만명 대상으로 2,900억원이 투자되는 ‘사회적 일자리지원 사업’에서 ‘장애인 일자리 지원’이 포함되지 않는 것은 장애인 정책개발에 대한 의지와 역량 부족임. 
2006년도 식약청 예산안은 1,486억원 규모로, 정부 총 지출의 0.07%임. 
그러므로 정부가 4,800만 국민의 식품 ․ 의약품 안전관리를 위한 투자액은 인구 1인당 약 3,000원임.
2006년도 식약청 예산은 정부 총 지출의 0.07%이며 정부가 국민의 식품·의약품 안전관리를 위해 투자한 금액은 인구 1인당 약 3000원이다.