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 선교사들이 일본 사역 활동을 기록하여 교황청에 보고하던 연보(年譜)에는 16세기 후반 기독교 전파가 가장 활발했던 지역의 하나인 아리마(有馬·지금의 나가사키현)의 모습에 대해 “성(城)밖 마을 일대에는 교회와 세미나리오(초급신학교)가 설립되어 있다. 교회의 존재를 알리는 화려한 깃발이 나부끼는 거리에는 세미나리오의 학생들이 오르간 반주에 맞춰 찬송가를 부르며 행진하고 있다”고 기술하고 있다. 
 또 다른 선교 중심지였던 아마쿠사(天草·지금의 구마모토현)의 경우 인구의 3분의 2에 해당하는 2만3000명이 기독교 신자였고, 60명이 넘는 신부가 30곳이 넘는 교회를 배경으로 활동하고 있었다고 한다.
 1570년대에는 정치·경제의 중심 긴키(近畿·교토와 오사카 일대) 지역까지 기독교 세력이 널리 퍼진다. 실권을 잡은 오다 노부나가(織田信長)의 비호하에 천황이 거주하는 교토에 난반지(南蠻寺)라고 불리는 3층 건물의 대형 교회당이 건립되고 선교사들이 공공연히 포교 활동을 펼쳤다. ‘일본의 로마’로 불리던 나가사키에서는 수십 개의 교회에 주일과 축일마다 신자들이 넘쳐나 사제들이 하루에 여러 곳을 방문하여 쉴 새 없이 미사를 집전해야 했다는 기록도 있다.
 1580년대에는 체계적 기독교 포교를 위해 아리마에 세미나리오(기초신학교)가 설립됐다. 이어 후나이(府內·지금의 오이타현)에 콜레지오(고등신학교)가 설립되었다. 신학교는 기독교 문화의 정수(精髓)라 불린다. 체계적으로 이론화된 신학 교육과 유능한 사제 양성을 위한 제도적 토대이기 때문이다. 앞에서 설명한 유럽 방문 소년사절단의 단원들도 세미나리오의 학생들 중에서 선발되었다. 

선교사들이 교황청에 보고했던 연보에 의하면 아리마는 16세기 후반 일본에서 기독교 전파가 가장 활발했던 지역 중에 하나였다.