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 실제로 이준경의 유차가 올라간 직후 이이가 가장 먼저 그것을 비판하는 〈논붕당소(論朋黨疏)〉를 써서 올렸다. 이때 이이는 관직을 그만두고 처가가 있는 황해도 해주와 파주를 오가며 지낼 때였다. 홍문관 응교였다가 물러나 관직에 있지도 않은 이이가 격한 논조의 소를 올렸다는 것은 ‘심의겸의 당’과 ‘뭇 소인’ 중에 바로 자신이 포함돼 있음을 알고 있었기 때문이다.
 《선조실록》은 처음으로 수정작업이 이뤄진 실록이다. 즉 《선조수정실록》은 훗날 인조반정(仁祖反正)으로 권력을 잡은 서인들이 인조와 효종 대에 걸쳐 다시 쓴 것이다. 이이의 〈논붕당소〉도 《선조실록》에는 언급조차 없지만 《선조수정실록》 1572년(선조 5년) 7월에는 전문이 다 실려 있다. 참고로 《선조수정실록》은 1년부터 임진왜란이 일어난 25년까지는 날짜를 특정할 수 없다며 모두 ‘1일’이라고 표기하고 있다.
 이이는 먼저 이준경이 우려한 네 가지 항목 모두 잘못된 것이라고 비판했다. 그중에서도 특히 붕당론은 전혀 근거가 없는 난언(亂言)에 불과하다고 폄하했다. 그의 상소는 상당 부분 이준경에 대한 인신공격으로 가득 차 있다.
 “선(善)을 좋아하는 마음이 없는 것은 아니지만 식견이 밝지 못하고, 나라를 걱정하는 생각이 없는 것은 아니지만 재기(才器)가 부족하며, 선비를 사랑하는 뜻이 없는 것은 아니지만 거만하여 자기를 높였습니다.”
 “지난 몇 년 동안 시정에 시끄러운 말이 왁자하게 퍼져 여우와 쥐 같은 무리들이 사림을 음해하고자 하였는데, 준경이 주동자라는 말이 있었습니다.”

이때 이이는 관직을 그만두고 처가가 있는 황해도 해주와 파주를 오가며 지낼 때였다. 홍문관 응교였다가 물러나 관직에 있지도 않은 이이가 격한 논조의 소를 올렸다는 것은 ‘심의겸의 당’과 ‘뭇 소인’ 중에 바로 자신이 포함돼 있음을 알고 있었기 때문이다. 실제로 이준경의 유차가 올라간 직후 이이가 가장 먼저 그것을 비판하는 〈논붕당소(論朋黨疏)〉를 써서 올렸다.