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둘째는 재원배분과 관련된 문제이다. 우선 시 · 도별 배분과 관련해서는 지역별 배분 기준이 존재하기는 하지만 동 기준에 의할 때 지자체별 신청한도 중 50%에 대해서만 낙후도, 재정력 지수 등 지역의 특성을 반영하게 되어 있어 균형요소를 강조하는 지역개발계정 자율편성 부문의 목적에 충실한 기준으로 보기 어렵다는 문제가 있고, 기초 자치단체별 배분과 관련해서는 객관적 배분기준 자체가 없다는 문제가 있다. 따라서 시 · 도별 배분 기준에 있어 균형요소를 강화하고, 이와 더불어 기초 자치단체 재원배분 기준이 마련되어야 할 것이다. 셋째는 균특회계 사업편제와 관련된 문제이다. 균특회계 사업은 크게 지역개발계정사업과 지역혁신계정사업으로 나뉘고, 지역개발계정은 다시 자율편성대상사업과 재해예방 등 국가직접편성사업으로 나뉘는데, 지역개발계정의 자율편성대상 사업 중 자율편성사업으로 존치시키기에는 다소 무리가 있는 사업들이 포함되어 있다는 점이다. 자율편성대상 사업은 타 분야 사업에 비해 국가차원에서 일괄적으로 추진할 필요성이 상대적으로 적으면서 지자체 재정능력상 원활한 추진이 가능하고, 사업의 성과가 조기에 나타나 지자체가 사업을 유치하는데 유인을 제공하는 사업이라야 할 것이다. 이와 같은 조건에 부합하지 아니하여 지자체 선호도가 낮은 사업 중 국가적으로 필요한 사업이라면 국가가 주도적으로 편성하는 것이 바람직할 것이고, 지자체 선호도도 낮고, 국가 전체 차원에서 볼 때 집행의 필요성 낮은 사업이라면 이를 폐지하고 지역개발을 선도할 수 있는 신규사업을 발굴하는 것이 합리적일 것이다.
자율편성대상 사업은 지자체 재정능력상 원활한 추진이 가능하고 사업의 성과가 조기에 나타나 지자체가 사업을 유치하는데 유인을 제공하는 사업이어야 할 것이다.