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국가보훈처로 일원화할 경우 일반회계는 총계주의원칙으로 인해 수입과 지출을 직접 연계하여 사용할 수 없는 관계로 타기금의 기존 자금들을 활용하기가 어려운 문제가 있다. 
따라서 현재 군인복지기금, 일반회계, 보훈기금으로 분산되어 있는 제대군인지원 관련 사업을 보훈기금으로 일원화하고 기존의 각 회계 ․ 기금에서 지원되던 금액만큼 보훈기금으로 전출시키는 방안을 검토할 필요가 있다. 
군인복지기금과 군인연금기금(군인연금특별회계)의 통합운영 검토 필요.
군인복지기금은 복지 및 체육시설의 운용수입금과 정부출연금을 조성재원으로 하여 군인복지기금법에서 규정한 군 복지사업을 수행하며 2006년도 기금운용계획안 규모는 5,598억원, 순조성 규모는 9,334억원으로 계획되고 있다. 
또한, 군인복지기금의 2006년도 여유자금운용 규모는 2005년 대비 19.9% 증액된 1,753억원이다.
한편, 군인연금기금은 군인연금법에 규정된 제 급여에 충당하기 위한 준비금을 마련하기 위한 목적으로 1963년부터 운용되고 있다. 
주요 사업은 군인의 2006년도 기금운용계획안 분석복리 증진을 위한 사업과 기타 기금의 증식을 위한 사업으로 되어 있으나, 실제 운용 내역을 보면 여유자금 운용과 특별회계 전출금으로 운용된다. 
2006년도 군인연금기금의 순조성 규모는 2,782억원, 운용규모는 897억원으로 전액 여유자금으로 운용될 계획이다. 
그런데 국민연금, 공무원연금, 사학연금 등 여타 연금기금들의 사례를 보면 각종 복지사업은 연금기금의 틀 속에서 운영되고 있다.
군인복지기금은 군인복지기금법에서 규정한 군 복지사업을 수행하며 군인복지기금의 2006년도 여유자금운용 규모는 1753억 원이다.