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 박원종·성희안·류순정 등 ‘반정 3훈(反正三勳’은 세상을 떠났지만 정국공신(靖國功臣) 명단에 올랐던 가짜 공신들이 중앙권력을 여전히 장악하고 있었다. 게다가 정국공신 1등에 올랐던 홍경주는 살아 있었다.
 중종은 훈구(勳舊)와 사림(士林)의 상호견제와 균형을 통해 왕권을 강화하려 했는지 모른다. 조광조는 이 점을 과소평가했다. 내친김에 훈구의 뿌리를 통째 뽑아 버리려 했다. 훈구의 격렬한 반발에도 불구하고 마침내 조광조는 11월 일곱 차례의 주청을 통해 위훈삭제를 관철했다. 2, 3등 공신 일부와 4등 공신 전원이 훈작(勳爵)을 삭탈당했다. 전체의 4분의 3에 달하는 76인의 훈작이 날아갔다. 당위(當爲)에도 불구하고 그것은 반동(反動)을 부르기에 충분했다.
 훈구의 전횡도 싫었지만 사림의 독선에도 중종은 넌덜머리를 내기 시작했다. 위훈삭제가 이뤄진 지 불과 4일 만에 훈구파는 대대적인 반격에 나선다. 중종의 생각이 반(反)사림으로 돌고 있음을 간파한 두 사람이 있었다. 남곤과 심정이 그들이다.
 결국 중종은 당파를 형성하려 했다는 이유를 들어 조광조 일파를 잡아들인다. 처음에는 국문(鞠問)도 않고 죽이려 했으나 여의치 않자 일단 조광조·김정·김구·김식·윤자임 등을 옥에 가두었다. 그후 조광조와 김정·김구·김식 등은 사형을 시키기로 했으나 영의정 정광필이 눈물로 호소하여 일단 능주로 유배되는 선에서 마무리되는 듯했다. 그러나 훈구파의 김전·남곤·이유청이 각각 영의정·좌의정·우의정에 올라 유배 가 있던 조광조 일파에게 사약을 내리도록 중종을 설득했다. 결국 한 달 후인 12월 20일 조광조에게 사약이 내려왔다.

반정 3훈은 세상을 떠났지만 정국공신 명단에 올랐던 가짜 공신들은 중앙권력을 장악하고 있었으며 정국공신 1등인 홍경주는 살아 있었다.