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 히데요시 사후 권력을 장악한 이에야스는 주인선 제도를 공식적으로 제도화하였다. 천령(天領·막부 직할령)으로 편입된 나가사키를 주인선의 출·도착항으로 지정하는 한편, 나가사키 부교(奉行·막부의 지방 통치 행정기관)를 두어 수출입 품목·가격·유통 전반을 관리하고자 하였다. 이에야스는 당시 동아시아 통치자로서는 놀라울 정도로 교역 확대에 적극적이었다. 그는 세키가하라 전투에서 승리하여 실질적 대권을 거머쥔 이듬해인 1601년부터 베트남, 캄보디아, 태국 일대의 왕국과 스페인령(領) 마닐라 등지에 사절을 파견해 국교를 수립하고 교역 관계를 맺는 데 심혈을 기울였다. 남중국해 이원(以遠)의 동남아 지역은 16세기 후반부터 일본 상인(또는 왜구)들이 빈번하게 왕래하고 있었다. 당시 이들의 무역은 사무역(또는 밀무역)에 해당하는 것이었고, 종사자들의 지위도 불안하였다.
 1604년 주인선 제도로 동남아 지역 도항(渡航)이 공인되자, 일본인들의 남방 진출이 크게 증가한다. 1604년부터 1635년 사이에 총 355통의 주인장이 막료(幕僚)·다이묘·호상(豪商) 등에게 발급되어 매해 평균 10척 이상의 주인선이 남중국해 일대를 왕래했으며, 1만명 이상으로 추정되는 일본인이 동남아(東南亞) 각지의 교역 중심지에 체류하면서 일본인 집단거류가 형성될 정도로 남방무역이 활성화되었다. 
 주인선 무역으로 인해 타격을 입은 것은 포르투갈이었다. 일본인들의 동남아 직접 진출은 중계무역을 독점하던 포르투갈의 지위에 영향을 미쳤고, 무엇보다 최대 교역품인 중국산 생사(生絲·염색되지 않은 비단실)의 공급을 둘러싼 환경이 변하면서 포르투갈의 일본 내 입지 자체가 흔들리는 결과로 이어졌다.

이에야스는 베트남, 캄보디아, 태국 일대의 왕국과 스페인 마닐라 등지에 사절을 파견해 국교를 수립하고 교역 관계를 맺는데 심혈을 기울였다.