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교육인적자원부는 고등교육부문의 예산을 2005 ~ 2009년 동안 연평균 7.8% 증가시킬 계획이며, 이는 전체 교육예산 연평균증가율인 7.1%를 크게 상회하는 수치이다. 또한 고등교육부문의 핵심사업이라 할 수 있는 학교육경쟁력강화사업의 2006년도 예산액은 전년 비 29.4% 증가한 4,310억원이다. 이와 같이 교육인적자원부는 학교육경쟁력강화사업을 역점사업으로 설정하여 추진하고 있는 만큼, 2005년도 결산분석을 토 로 한 다음과 같은 개선이 이루어질 사업이 보조금으로 수행될 경우, 경상이전비로 예산을 확보하였으나 학의 사정에 따라 자본이전비로 전환하려면 복잡한 행정절차를 거쳐야 하기 때문에 집행에 많은 시간이 소요될 수 있다. 그러나 출연금으로 수행될 경우에는 이러한 문제가 발생하지 않는다. 이와 관련하여 2004년 10월 19일 국회에 제출된 국가재정법안 제12조는 ‘국가는 국가연구개발사업의 수행, 공공목적을 수행하는 기관의 운영 등 특정한 목적을 달성하기 위하여 법률에 근거가 있는 경우 해당 기관에 출연할 수 있다’고 규정하고 있다. 2006년 학경쟁력강화사업의 예산이 크게 증가한 원인은 2단계 BK사업의 2006년 예산이 2005년 1단계 BK사업에 비해 56.8% 증가한 2,900억원으로 편성되었기 때문이다.
교육인적자원부의 고등교육부분 예산은 전체 교육예산 연평균증가율인 7.1%를 크게 상회하는 수치로 2006년도 예산액은 전년 비 29.4% 증가한 4310억원이다.