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셋째, 현재의 평가지표와 종합의견 결정흐름도 적용방식이 대체적으로 기금존치평가기준으로서의 역할을 수행하고 있으나 체계적이지 못하고 불필요하게 복잡하기 때문에 이를 평가 단계에 맞게 보다 체계적인 형태로 단순화하고 일부 지표의 경우 개선을 할 필요가 있다고 보인다. 
 특히 평가지표 중 ‘기금재원의 안정성 지표’는 기금존치 평가에서 포함할 필요가 없어 보인다. 
기금재원이 수년 후 제대로 확보되지 못할 경우, 그러한 기금은 다음 단계 기금존치 평가에서 존치의 문제가 심각하게 제기될 것이다. 그런데 이 지표를 포함하여 즉 ‘새로운 재원을 조성할 구체적이고 이행 가능한 계획의 존재 여부’를 평가내용으로 할 경우 오히려 불필요한 재원확보 노력을 부추겨서 국민부담을 늘리는 부작용이 있을 수 있다. 앞으로의 기금재원의 안정성을 평가해서 현재 기금의 존치를 결정할 것이 아니라, 현재 기금재원이 불안정할 경우 현 기금의 폐지를 결정하면 될 것이다.
 정부혁신지방분권위원회가 발표한 특별회계  기금의 정비방안은 한정된 재원을 국가 전체적 우선순위에 맞게 활용하고 재정의 칸막이를 최소화하고 재정구조를 단순화하기 위해 기금제도의 정비원칙과 방향을 제시했다는 점에서 바람직하다고 본다. 
 그러나 정부의 기금 정비방안의 추진과정에서 폐지하기로 결정되었던 여성발전기금이 최근 존치하기로 변경된 경우에서와 같이 확정된 기금 정비방안이 계획된 일정에 맞춰 차질 없이 진행할 수 있도록 정부의 지속적인 재정 개혁의지가 필요하다.
평가 지표와 종합의견 결정 흐름도 적용 방식이 체계적이지 못하고 복잡하기에 평가 단계에 맞게 체계적인 형태로 단순화하고 일부 지표의 경우 개선할 필요가 있다.