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1999년 2월 국민건강증진법 개정에 따라, 담배사업자 등이 출연하는 부담금의 산정 ․ 징수절차 등을 기존의 담배사업법이 아니라 국민건강증진법에서 정하도록 되었다.
국민건강증진기금은 [표 1]에서 보는 바와 같이, 2005년도에 담배부담금 수입(실적치) 1조 2,915억원을 조달하여 전년 대비 60.2%의 증가를 기록하였다. 
이에 따라 정부예금회수 2,427억원, 예치금 이자수입 등 36억원을 포함하면, 건강증진기금은 2005년도에 총 1조 5,378억원을 조달하는 실적을 거두었다. 
기금 조달실적이 크게 늘어난 것은 정부의 담배 값 인상에 따라 담배부담금이 궐련 20개비 1갑당 종전의 150원에서 354원으로 204원 인상된데 기인한다.
2005년도 기금운용실적에 의하면 사업비 운용 1조 2,795억원, 여유자금 운용 2,583억원으로 총 1조 5,378억원 규모인데, 이는 전년도 운용실적의 1.7배에 해당한다. 
국민건강증진법에 의하면 기금은 금연교육 등 흡연자를 위한 건강관리, 건강생활 지원사업, 보건교육 및 자료 개발, 질병의 예방 ․ 검진, 암치료 사업, 영양관리, 구강건강관리, 지자체 건강증진사업 및 공공보건의료 확충 등에 사용하도록 규정되어 있다. 
그리고 동법 부칙에 의한 ‘기금사용의 한시적 특례’에 따라 2006년 12월 31일까지는 당해년도 기금 예상수입액의 65% 이내에서 건강보험급여에 사용하도록 규정하고 있다.
국민건강증진법에 의하면 기금은 금연교육 등 흡연자를 위한 건강관리 등에 사용하도록 규정되어 있다.