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하지만, 특목고자사고와 일반고 간에 단지 학생선발권과 교육과정 자율성에만 차이가 있는 것이 아니다. 교육의 질을 가늠할 수 있는 주요 지표인 학급당 학생 수와 교사 1인당 학생 수를 비교하면, 일반고의 교육 여건은 아직 선진국 수준에 미달하고 있는 반면, 특목고의 교육 여건은 OECD국가와 비교해도 평균 이상으로 좋아 특목고와 일반고 간에 분명한 정책적 차별이 있다는 것을 알 수 있다. 정부는 일반고 역량 강화방안을 통해 학교 간 서열화를 극복하고 일반고에 대한 차별을 좁힌다고 하지만, 교육과정 자율성을 좀 더 확대해 주고 한시적으로 재정 지원을 해주는 것은 단편적이고 표면적 대응에 지나지 않는다.특히, 고교 유형에 따른 계층화가 교육 불평등을 더 심화시키는 요인이 되고 있다는 점에서 정책적 관심이 필요하다. 고교 유형별로 가구소득에서 체계적인 차이를 보이고, 전국 대학 입학자 중 12.4%에 불과한 특목고  자율고 학생이 명문대 2014년에 622억원, 2015년에 480억원, 2016년에도 481억원을 지원하였다.  일반고의 학급당 학생 수는 평균 31.3명으로 특목고(24.4명)에 비해 6.9명 많고, 자율고(30.3명)에 비해 1명 많다.
정부는 일반고 역량 강화방안을 통해 학교 간 서열화를 극복하고 일반고에 대한 차별을 좁힌다고 하지만, 교육과정 자율성을 좀 더 확대해 주고 한시적으로 재정 지원을 해주는 것은 단편적이고 표면적 대응에 지나지 않는다.