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 조선정판사 사건에 대한 재판은 1946년 7월 29일~10월 31일 33차례 열렸다. 공산당은 재판을 투쟁의 장(場)으로 활용했다. 재판정 내외에서의 구호 및 투쟁가요 외치기, 범죄 혐의 부인, 고문 주장, 재판 지연전술, 대규모 변호인단 구성 등 1980년대 이후 좌익사범 재판에서 흔히 보게 되는 풍경들이 이때 이미 등장했다.
 재판 첫날에는 수천 명의 공산당원과 좌익세력들이 법원을 둘러싸고 적기가(赤旗歌)를 부르며 “조선공산당 만세!” “판·검사를 때려 죽여라!” 등의 구호를 외쳐 댔다. 이들을 진압하기 위해 미군 헌병까지 출동해야 했다. 진압 과정에서 총격이 발생, 3명의 사상자가 생기고 47명이 체포되었다.
 김창선은 경찰의 고문에 못 이겨 허위진술을 했다고 주장했다. 그는 고문당한 증거를 보이겠다면서 옷을 벗어던지기도 했다. 박낙종 등 피고인들은 재판부 기피신청을 내고, 피고회의를 열겠다고 주장했다.
 이들을 돕기 위한 변호인단의 진용은 막강했다. 일제시대에 항일변호사로 이름을 떨쳤던 허헌이 변호인단의 좌장 역할을 맡았다. 그는 후일 남조선노동당이 결성되자 위원장(당수)을 맡았고, 북한 정권에 참여해 김일성대학 총장, 최고인민회의 의장 등을 지냈다.
 이에 맞서는 검사는 조재천과 김홍섭이었다. 조재천은 후일 민주당 정치인으로 활약하다가 장면 정권하에서 법무부 장관을 역임했다. 김홍섭은 대법원판사, 서울고등법원장 등을 역임했다. ‘사도법관(司徒法官)’이라는 별명으로 널리 알려진 김홍섭은 피고인들에 대해 동정적인 입장을 보였다.

공산당은 조선정판사 사건에 대한 재판을 투쟁의 장으로 활용했다.