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한편 부담금의 귀속대상이 국가균형발전특별회계 및 교통시설특별회계라는점에서 부담금 운용의 목적인 특정성을 달성하지 못하고 있는 측면이 있다. 건설교통부 소관의 부담금을 보면 대부분 부담금의 징수에서는 특정지역을 대상으로 하는 특정성을 가지고 있으나 사용에 있어서는 부담금이 특정한 목적으로 사용되지 못하고 있다. 왜냐하면 부담금이 특별회계 사업을 수행하기 위한 재원으로 주로 활용되기 때문이다. 부담금의 특정성을 광의로 해석한다면 동 특별회계의 재원으로 사용되는 것도 부담금 운용의 목적을 달성하는 것으로 볼 수 있으나 부담금과 조세의 큰 차이가 특정성이라는 점에서 이를 광의로 해석하는 것은 바람직하지 않다. 국가균형발전특별회계는 지역균형발전 및 지역혁신 등을 목적으로 하므로 부담금이 동 회계의 재원으로 포함되는 경우 다양한 지역발전 사업으로 사용된다는 점 등을 감안할 때 단순히 특별회계의 재원으로만 사용되고 있는 동부담금들은 그 목적에 부합하지 못하는 측면이 크다. 이에 비추어 볼 때 부담금이 목적에 맞게 사용될 수 있도록 국가균형발, 전특별회계법 등 개별 법률에 관련 규정을 마련함으로써 부담금으로 조성된재원을 특정한 목적으로만 집행하도록 할 필요가 있다고 본다.
건설교통부 소관의 부담금의 징수는 대부분 특정지역을 대상으로 하는 특성을 가지고 있지만 사용에 있어서는 특정한 목적으로 사용되지 못하고 있다.