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하지만 2006년부터 지정 후, 사후관리체계가 본격적으로 체계화되기 시작했다는 것을 고려할 때 2006~2007년간 높은 부적합률은 새로이 정비된 사후관리체계의 한계를 노출시키는 것으로 평가할 수 있을 것이다. 
구체적으로 보면 HACCP 제도 활성화사업은 크게 HACCP 제도 적용업체 지정과 지정 후 사후관리사업으로 구분되는데 2007년부터 재정비된 사업의 추진체계를 보면, HACCP 적용업체 지정은 식품의약품안전청 본청에서 주관하고 지정 후 사후관리는 지방청에서 수행하며 지정과 사후관리를 위한 기술적 지원은 보건산업진흥원 내에 구성된 HACCP 지원사업단 에서 추진한다. 활성화사업 추진체계 2006년도부터 HACCP 제도 적용업소에 대한 정기 사후관리는 지방청에 의해 추진되고 특별한 경우에 한해서 본청에 의한 특별사후관리평가가 이루어지고 있는데 지방청은 연 단위의 정기사후관리 평가계획을 수립하고 이를 적용업체에 사전에 통보 후, 현장 평가를 실시하여 부적합 판정시에는 시정행정조치를 그리고 적합 판정시에는 개선을 요구하고 있다. 
사후관리의 주요 내용은 HACCP 제도 운영의 기반이 되는 작업장 환경 등을 점검하는 선행요건관리평 보건복지가족부와 실제 제도 운영실태를 평가하는 관리평가로 구성되어있다. 이러한 평가를 위하여 2007년도에 전담인력이 지방청에 배치되고 지원사업단평가지원실이 신설되어 지정평가와 사후관리를 지원하고 있다.
HACCP 제도 활성화사업은 HACCP 적용업체 지정을 식품의약품안전청이 주관하고 사후관리는 지방청에서 수행하며 사후관리를 위한 기술적 지원은 HACCP 지원사업단에서 추진한다.