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시정조치 사항국회의 시정요구에 대하여 교육인적자원부는 대학교육협의회와 시정조치를 위한 간담회를 개최하였다. 
 교육인적자원부와 대학교육협의회는 학문분야 평가사업비 미집행 사유 발생 방지를 위하여 학문분야평가 사전 예고제를 도입하고 불가피하게 학문분야 평가사업비 미집행 사유가 발생할 경우는 당해목적 사용을 전제조건으로 이월 승인 요청을 하거나 반납 조치하도록 하였다. 
 교육인적자원부는 학문분야 평가개선 방안의 추진을 통해 평가거부 사태가 발생하지 않도록 하고 예산집행 과정상 사업변경이 발생하지 않도록 한국대학교육협의회에 대한  지도감독을 강화할 것을 국회에 보고하였다. 
 그리고 향후에는 이러한 일이 발생하지 않도록 한국대학교육협의회 및 교육인적자원부 소관 실·국장에게 주의조치 하였다는 조치결과를 국회에 보고하였다. 
 2004년도 학문분야 평가인정제의 평가대상 학문분야는 기계공학분야, 생물·생명공학분야 그리고 신문방송·광고홍보학분야이며, 평가대상 대학은 설립 후 6년이 경과하여 3회 이상의 졸업생을 배출한 대학으로, 평가대학 수(대학원 수)는 기계공학분야 81개교(대학원 55개교), 생물·생명공학분야 75개교(대학원 70개교), 신문방송·광고홍보학분야 58개교(대학원 27개교)이었다.
교육인적자원부는 대학교육협의회와 시정조치를 위한 간담회를 개최하고 평가사업비 미집행 사유가 발생하면 반납 조치하도록 했다.