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 하지만 좋은 시절은 오래가지 않았다. 8월 18일 총독부는 여운형에게 맡겼던 치안권을 회수했다. 일본 군인과 경찰이 다시 거리에 깔렸다.
 건국준비위원회도 삐걱거리기 시작했다. 해방 전 만들어진 건국동맹 인사들과 해방 후 건국준비위원회에 참여한 인사들 간에 불협화음이 나왔다. 점조직 형태로 만들어졌던 건국동맹 인사들 사이에서도 잡음이 나왔다.
 더 큰 문제는 이념적 갈등이었다. 송진우(宋鎭禹・1887~1945) 등 우파 인사들은 당초부터 건국준비위원회 참여를 거부했다. 건국준비위원회 부위원장으로 참여했던 안재홍은 우파 세력을 보강하려다가 여의치 않자 건국준비위원회에서 탈퇴했다. 9월 4일 여운형은 건국준비위원회 개편안을 내놓았다. 하지만 이때는 이미 건국준비위원회 내에 박헌영이 조종하는 공산주의자들이 주도권을 장악한 뒤였다.
 9월 6일 저녁 서울 계동 경기고등여학교(현 헌법재판소 자리) 강당에서 전국인민대표자대회가 열렸다. 이 자리에서 조선인민공화국 수립을 선포했다. 9월 8일 미군 진주에 앞서 국가 수립을 선포함으로써 정국의 주도권을 장악하려는 의도였다.
 이날 사회를 본 여운형은 “연합군의 진주가 금명간 있을 것이므로 그들과 절충할 인민 총의의 집결체가 있어야 할 것이며, 그 집결체의 준비공작으로서 급히 전국대표대회를 개최하지 않으면 안 되었다”고 해명했다. 주석에 이승만, 부주석에 여운형, 국무총리에 허헌, 내무부장에 김구, 외무부장에 김규식, 재무부장에 조만식, 군사부장에 김원봉이 추대되었다. 본인의 의사는 물어보지 않은 일방적인 인선이었다.

송진우 등 우파 인사들은 당초부터 건국준비위원회 참여를 거부했으며 안재홍은 우파 세력을 보강하려다가 여의치 않자 건국준비위원회에서 탈퇴했다.