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균특회계사업의 집행실적이나 사업의 효과성을 제고하기 위해서는 현행 균특회계사업의 기준보조율을 몇 가지 유형으로 단순화하고 동일한 사업을 수행하는 경우에는 동일한 보조율을 적용함으로써 투명성과 예측성을 제고할 필요성이 있으며, 현재 신활력지역지원사업에서 시범 실시하고 있는 차등보조율제도를 균특회계내 다른 사업에도 확대 적용 하는 방안을 강구해야 할 것임. 균특회계사업은 예산편성이나 집행상의 자율성이 확대되어 있는 바, 이러한 자율성의 확대에 대응하여 그 책임성을 확보하기 위해서는 균특회계사업들에 대한 사전․사후 평가가 제대로 이루어져야 할 것임. 균특회계사업 추진실적에 대한 평가는 사업의 예산집행 실적이나 정부방침에 대한 부합 정도의 형식적인 평가가 되어서는 안 될 것이며 실질적인 균형발전 효과를 평가할 수 있도록 지역의 소득증대, 고용창출, 복지향상 등 균특회계 사업의 실질적인 성과 및 파급효과에 초점을 맞추어야 할 것임. 2005년도 예비비 예산규모는 1조 7,205억원으로 일반회계가 1조 6,452억원, 특별회계가 753억원이었으며, 예비비 집행 현황은 일반회계의 경우 예산액 1조 6,452억원의 89.3%인 1조 4,769억원을 지출하고, 213억원을 다음연도로 이월하였으며 1,470억원을 불용처리 하였음.
균특회계사업 추진실적에 대한 평가는 실질적인 균형발전 효과를 평가할 수 있도록 지역의 소득 증대, 고용창출에 초점을 맞추어야 한다.