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철도 적자의 원인으로는 철도수요의 부족 등 철도산업의 내재적 특성에 기인하는 구조적인 요인과 인건비 과중, 일반철도의 적자 지속 등 철도경영의 비효율적 요인, 철도부채의 원리금 상환부담 등 정책적 요인 등으로 나눌 수 있다. 아래에서는 철도 운영의 비효율적인 요인과 정책적 요인에 초점을 맞추어 철도경영의 문제점을 살펴보도록 한다.  만성적 적자구조와 정부와 철도공사 간의 역할 분담 미흡정부가 철도 투자와 운영에 지원을 하는 근거로는 철도 투자가 외부경제 효과가 크고,  교통서비스의 이용가능성을 확보해 주며, 국토의 균형발전과 인구 집중을 완화시켜 주고, 정부가 국민에게 일상생활을 영위할 정도의 최소한 교통 서비스를 제공해 줄 의무가 있다는 점 등을 들 수 있다. 이는 철도 투자가 자원의 효율적인 배분 측면 이외에도 공익적 특수성을 감안할 필요성이 있다는 것을 보여준다. 철도노선 중 일부 지역을 운행하는 거리가 짧은 지선서비스나 열차등급이 낮은 부문 등은 특히 공익적 특수성을 많이 띠는 것으로 분류할 수 있고, 이러한 노선의 적자는 상당부분 예견된다. 공익적 특수성을 고려하여 이익을 낼 수 없는 구조라면 정부는 철도운영자에게 운송서비스 제공을 의무화해서는 안 되며, 비용을 보상해 주어야 한다는 논리가 가능해진다. 정부는 비수익 서비스나 노선에 대해 철도운영 사업자와 비용분담 및 역할을 명확하게 설정하는 것이 필요하고, 책임과 의무를 분담하는 구조를 정비할 필요가 있다.
철도 적자의 원인은 구조적인 요인과 비효율적인 요인 그리고 정책적 요인 등으로 나눌 수 있다.