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그럼에도 불구하고 현실적으로는 제대군인의 취업률이 매우 저조할 뿐만 아니라 전문성 부족에 따른 경쟁력의 취약으로 취업대상 분야도 보수가 낮은 하위직에 주로 취업하는 실정이다. 제대군인 지원사업의 문제점으로는 제대군인 취업지원사업예산의 대령급 이상 제대군인으로의 편중, 국방부와 국가보훈처로의 사업 추진체계의 이원화, 제대군인 인적정보 D/B의 내용부실과 그에 따른 활용도 저조 등을 들 수 있다. 따라서 전직지원사업 추진의 전문성과 효율성 제고를 위해서 국방부와 국가보훈처의 상호 사업추진 체계를 확실히 할 필요가 있으며 또한 효과적인 제대군인 인적정보 D/B 구축과 아울러 국방부와 국가보훈처간의 완벽한 정보공유도 시급히 해결해야 할 과제이다. 동시에 직업군인의 전생애를 고려한 전문성 향상 교육 및 훈련이 강화되어야 할 것이다. 정부는 2007년도 국방 분야 예산안의 주요 목표를 자주적 전쟁억제능력 확충 및 방위충분성 전력기반 구축, 군 복무여건 및 장병사기복지 증진에 두고 있다. 이에 따라 국방부는 장병사기복지 증진을 위해 병영시설을 개선하고, 의무체계 현대화를 통해 장병보건 및 복지관리를 개선한다는 계획이다. 국방부는 의무체계 현대화를 위해 2007년도 군 의무관련 예산안을 전년대비 51.2% 증액된 1,261억원으로 계상하였다. 주요 역점사업으로 의무인력 전문화, 의료시설 개선, 의무물자 및 장비 현실화, 의료지원의 접근성 및 이동성 보장 등을 들 수 있다.
이에 따라 국방부는 장병사기복지 증진을 위해 병영시설을 개선하고, 의무체계 현대화를 통해 장병보건 및 복지관리를 개선한다는 계획이다. 국방부는 의무체계 현대화를 위해 2007년도 군 의무관련 예산안을 전년대비 51.2% 증액된 1,261억원으로 계상하였다.