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기타공공기관들의 지정 사유를 기관의 주요 유형별로 살펴보면 다음과 같다.
이러한 유형 구분은 동일 기관에 대하여 복수로 적용될 수 있다. 
예를 들어 출연연구기관은 다른 법률에 의하여 이사회 중심체제가 구축되어 있는 기관인 동시에 기관 운영의 자율성이 요구되는 기관이다.
다음의 유형은 정해방(2012)의 현행 공공기관운영법상 공공기관지정제도의 개선방안에 대한 연구와 과거 정부산하기관 관리기본법 제 3조 제 2항의 적용 제외 대상 기관을 기초로 분류한 것이다.
첫째, 다른 법률에 의하여 책임경영체제가 구축되어 있는 기관이다. 
출연연구기관은 정부출연기관 등의 설립 ․ 운영 및 육성에 관한 법률, 과학기술분야 정부출연기관 등의 설립 ․ 운영 및 육성에 관한 법률에 따라 경제인문사회연구회, 기초기술연구회, 산업기술연구회에 설치된 이사회를 통하여 원장 임명 등 주요 사안을 의결 ․ 운영하고 있는 기관으로, 연구의 공정성과 객관성 확보를 위한 현행 연구회 체제 유지 필요성이 인정되어 기타공공기관으로 지정되어 있다.
기타공공기관들의 지정 사유를 기관의 주요 유형별로 살펴보는데 유형 구분은 동일 기간에 대해 복수로 적용될 수 있다.