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지역혁신계정의 재원은 균특회계 전체규모의 1/4정도에 지나지 않은데도 선택과 집중뿐만 아니라 지역안배도 고려하고 있어 투자의 효율성이 떨어지는 문제가 있다. 따라서 균특회계가 국가균형발전이라는 소기의 정책목적을 달성하기 위해서는 새로운 재원의 발굴, 일반회계나 특별회계 전입금 등 안정적 재원의 확  등 추가적인 재원확보방안이 강구되어야 할 것이며, 포괄보조금 성격을 가지는 균특회계의 효율적 집행이나 사업의 사후평가를 용이하게 하기 위해서는 유사 중복성이 높은 사업들을 가능한 한 통폐합해야 할 것이다.또한 근본적으로는 균특회계사업을 지역개발계정과 지역혁신계정으로 구분․ 운영할 필요성이 있는지를 재검토해야 할 것이며, 현재의 균특회계 상사업 가운데 균특회계의 목적 및 취지에 맞지 않는 사업은 국고보조사업으로 이관하는 등 상사업을 재조정하여야 할 것이다. 다만 현실적인 측면에서 단기간의 조정보다는 사업의 효과성 검증 등을 고려하면서 중장기적으로 재조정하는 것이 바람직할 것으로 생각된다. 균특회계 예산편성 측면균특회계의 예산편성과정을 구체적으로 보면 다음과 같다. 지역개발사업 계정의 경우 기획예산처가 시 ․ 도별 예산신청한도를 4월 중에 부여하고 시 ․ 도는 그 범위 내에서 스스로 사업을 선택하여 각 부처로 4월말까지 예산을 해당부처 및 국가균형발전위원회로 신청한다. 이때 각 부처는 시 ․ 도의 예산신청금액을 조정하지 않고 기획예산처에 5월까지 예산요구를 하고 기획예산처는 국가균형발전위원회의 검토의견을 6월말까지 송부 받아 이를 참고하여 예산을 편성하여 국회에 제출한다.
지역혁신계정의 재원은 균특회계 전체규모의 1/4 정도에 지나지 않은데도 투자 효율성이 떨어지는 문제가 있지만 사업의 효과성 검증 등을 고려하여 재조정하는 것이 바람직할 것이다.