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 그는 또한 교육제도의 개선을 통한 관리임용이 토지개혁과 함께 중요한 사안이라고 보았다. 그는 사대부에 대한 관리임용제도에 매우 비판적이었다. 사대부들이 과거를 통하여 관직에 등용된 이후 실제 정무는 하급 서리에게 일임하고 문학으로 자기수양을 한다며 유유자적하면서 사실상 무위도식하는 폐단이 바람직하지 않다고 보았다. 따라서 사대부도 전문적인 직업군으로 실적에 따라 보상을 하는 전문적인 관료체제가 필요하다고 강조하였다. 그는 교육제도와 임용제도를 개선하기 위하여 교육·관직 진출에서 세습 문벌의 특권을 제한하고 서얼 구분없이 능력에 따라 입학을 허락하도록 하여야 하며, 과거제 대신에 인품과 능력 본위의 관리 선발을 보장하는 공거제(貢擧制)를 실시해야 한다고 제안하였다. 반계의 사상은 자신의 시대에는 채택되지 못하였으나 이익·안정복·정약용 등에 영향을 주었다. 나아가 정조 대왕은 반계의 지리·농학적인 혜안을 수용하여 수원에 화성을 건축할 정도로 그의 사상은 시간을 뛰어넘어 조선 사회에 영향을 미쳤다.
 이익(1678~1763)의 《성호사설》은 이수광의 《지봉유설》과 마찬가지로 백과사전적인 성격을 띠고 있다. 독서하거나 사물을 접하면서 얻은 지식이나 사색 중에 떠오른 것을 그때마다 적어두었던 사소한 지식이라고, 사설(僿說)이라 겸손하게 이름 지었다. 성호사설은 천지문, 만물문, 인사문, 경사문, 시문문 3,007 항목으로 구성되어 있으며 광범위한 사회·역사 현상을 기록하고 있다. 다산이 성호 선생을 사숙(私淑·시대가 달라 존경하는 사람으로부터 직접 가르침을 받을 수는 없으나, 그 사람의 인격이나 학문을 본으로 삼고 배우는 것)하면서 도덕과 학문이 고금을 통하여 견줄 만한 사람이 없었다고 할 정도로 높이 평가한 대학자이다.

따라서 사대부도 전문적인 직업군으로 실적에 따라 보상을 하는 전문적인 관료체제가 필요하다고 강조하였다. 사대부들이 과거를 통하여 관직에 등용된 이후 실제 정무는 하급 서리에게 일임하고 문학으로 자기수양을 한다며 유유자적하면서 사실상 무위도식하는 폐단이 바람직하지 않다고 보았다. 그는 사대부에 대한 관리임용제도에 매우 비판적이었다.