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 그러나 동 기간 참여 학 전체를 상으로 한 졸업생 취업률이 9.2% 포인트 상승하였다. 이는 재정지원을 받은 특성화분야의 졸업생 취업률 상승이 지원을 받지 않는 분야보다 낮았다는 사실을 의미한다. 또한 취업률과 관련하여 취업의 장소, 고용의 형태, 학교육에 한 지방기업의 만족도 등 질적인 요소가 추가적으로 고려될 필요가 있다. 지방 학에서 장학금을 지원받은 졸업생이 수도권에 취업을 했다면 동 사업의 재원이 궁극적으로는 수도권 경제발전에 기여하였다고 볼 수 있고, 고용이 상 적으로 비정규직에 집중되었다면 직장이동이 빈번히 발생될 것을 예상할 수 있다. 또한 궁극적으로 동 사업이 자립형 지방화를 추구하는 사업이라면 지역의 가장 중요한 경제주체인 기업체의 수요를 적극적으로 반영하여 만족도를 증가시킬 필요가 있다.마지막으로 실제 사업자인 학 차원에서 동 사업의 2005년도 34.0%에 그치는 것으로 나타났다. 이렇게 실집행률이 저조한 것은 사업연도가 회계연도와 일치하지 않기 때문이다. 2005년도에 지역균형발전을 위한 지방 학지원사업의 세부사업은 사업기간을 2005년도 하반기부터 2006년 상반기로 잡고 있다. 이에 따라 교육인적자원부 차원에서는 사업자에게 회계연도 내에 가능한 모든 재원을 배분하지만, 실제 사업자 차원에서는 회계연도 내 집행률이 50%에 미치지 못하는 문제가 연례적으로 발생하고 있다. 이러한 문제를 해결하기 위해서는 사업주체인 교육인적자원부가 사업연도를 가능한 한 앞당겨 학의 학기와 맞추어 3월에 시작하도록 하는 방안을 적극적으로 검토할 필요가 있다.
교육인적자원부 차원에서 사업자에게 회계연도 내에 가능한 모든 재원을 배분하지만 문제가 발생하고 있고 이를 해결하려면 사업연도를 앞당겨 시작하도록 검토할 필요가 있다.