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산업재해보상보험및예방기금 책임준비금 과소적립문제와 관련하여 2006년도 기금운용계획안에서의 책임준비금 규모는 2조 5,703억 3,700만원이며 이는 산업재해보상보험법 제84조 및 동법시행령 제87조에 규정된 책임준비금 추정액 4조 7,077억 6,300만원보다 2조 1,374억 2,600만원이 여전히 부족하 것임. 기금운용계획 편성방식 관련 복권기금 임의배분사업 중 사회복지사업의 경우 점유비율이 2004년도 30.0%, 2005년도 17.6%, 2006년도 22.5%로 연도별 증감폭이 크게 나타 나고 있는 등 사업집행의 안정성과 일관성이 저해될 우려가 있음. 또한, 복권및복권기금법 제23조에서는 법정배분사업의 대상으로 국민주택기금을 열거하고 있으나, 동법시행령 제17조에서는 위임의 범위를 일탈하여 국민주택기금을 법정배분대상사업에서 제외하고 있으며, 그 배경에는 2003년 11월 1일 개최되었던 제7차 복권발행조정위원회에서 복권수익금 70%의 배분시 임대주택건설에 대부분을 배분하기로 하고 구체적인 비율은 실무 협의하기로 결정한 사실이 있었음. 이로 인해 2003년도에 국민주택기금에 배분된 복권수익금은 총 수익금의 29.2%였으나, 2006년도 기금운용계획안에서는 48.8%의 수익금을 배분받는 것으로 편성되어 있음. 이와 같은 국민주택기금에 대한 배분비율의 편성은 다른 임의배분사업의 배분비율을 당초 법취지보다 축소되게 하는 결과를 초래하는 바, 이에 대한 재검토가 필요함.
복권기금 임의 배분사업 중 사회복지사업은 점유비율이 연도별로 증감폭이 크게 나타나고 있어 사업 집행의 안정성과 일관성이 저해될 우려가 있다.