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본 글에서는 2007년도 예산안부터 전면적으로 도입되는 프로그램예산제도의 정의 및 유용성, 프로그램 예산구조, 제도도입 추진현황, 외국의 사례 등에 대하여 살펴 본 후 제도 도입의 문제점과 개선과제를 다음과 같이 제시하였다.우선 프로그램예산구조 측면에서 다음과 같은 점을 제시하였다.첫째, 현행 조직구조 하에서 운용되도록 설계된 프로그램예산구조를 다부처사업의 파악도 가능하도록 하는 방안을 강구하고, 둘째, 부처별로 적절한 포괄범위에 입각한 적정 수의 프로그램을 설정하기 위한 충분한 연구를 지속하며, 셋째, 정책목표의 달성이나 성과관리를 용이하게 하기 위해서는 프로그램의 특성에 따라 적정한 단위사업의 수에 대한 연구를 지속해야 할 것이다.다음으로, 다른 재정개혁과의 연계성 측면에서 다음과 같은 점을 제시하였다. 첫째, 프로그램에 기반하여 국가재정운용계획을 수립하기 위해서는 프로그램을 운용하는 각 부처와 재원배분 방향과 규모를 결정하는 재정당국은 긴밀하게 협의해야 하고, 둘째, 프로그램예산제도의 근본취지가 부처에게 자율성을 부여하고, 그 성과에 대하여 책임을 지게 하는데 있는 것이므로 지출한도의 설정은 종전대로 부처별 ․ 분야별 ․ 부문별로 하고, 프로그램단위의 예산편성은 사업부처의 자율에 맡기는 것이 좋을 것으로 보인다, 셋째, 프로그램예산제도 도입초기부터 성과관리제도와 연계시키는 방안을 적극 강구해야 할 것이며, 이를 위해서는 프로그램별이나 단위사업별로 올바른 성과목표나 성과지표를 개발하는데 전념해야 하고, 넷째, 디지털예산회계시스템은 프로그램예산제도가 효과적으로 운영되는데 필수불가결한 기술적 장치이므로 시스템의 개발 및 보완에 만전을 기해야 할 것이다.
프로그램예산구조 측면에서 정책목표의 달성이나 성과관리를 용이하게 하기 위해 프로그램의 특성에 따라 적정한 단위 사업의 수에 대한 연구를 지속해야 한다는 점을 제시했다.