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 동 사업은 2006년에도 2,471억원 규모로 계속 수행되며, 2006년에는 보건의료 R&D 사업 등이  다시 기금으로 이관되었다. 2005년과 2006년에 기금으로 이관된 43개 사업에 대한 2006년도 운용규모는 4,366억원에 이른다. 예산사업의 기금이관에 따라  국민건강증진법을 개정하여 ‘암치료 사업’ 등에 기금이 사용되도록 하였는데, 이는 순리적인 사업수행이라기보다 예산사업의 기금이관을 합법화하기 위한 조치이며 법의 무리한 확대 적용이라고 볼 수 있다.둘째, 2005년도 건강증진기금의 건강보험 지원액은 9,253억원이다. 이는 당해연도 담배부담금 수입의 71.6%이며, 담배부담금 수입에 이자수입을 포함한 조달액에 대해서는 66.8% 수준이다. 국민건강증진법에 의하면, 기금의 보험급여 사용금액은 ‘당해연도 기금 예상수입액’의 100분의 65를 초과할 수 없다. 따라서 ‘기금 예상수입액’을 ‘담배부담금 수입액’ 또는 ‘담배부담금 수입과 이자수입을 합한 금액’으로 정의한다면, 2005년도 건강보험 지원액은 법의 허용한도를 초과하였다는 문제가 제기된다. 셋째, 건강보험 지원이 시작된 2002년 이래 2005까지 기금에서 지원된 건강보험 급여비용은 총 2조 6,354억원이다. 2006년도 운용계획까지 포함하면 건강보험 지원액은 2002~2006년간 총 3조 7,066억원이며, 이는 기간 중 기금 사업비 총액 4조 7,880억원의 77.4%에 해당한다. 건강보험 지원이 특별법에 의한 조치이므로 적법성에는 하자가 없을 지라도, 기금 사업비의 5분의 4정도를 환자 진료비에 사용한 것은 담배부담금을 재원으로 기금을 설치한 목적을 크게 훼손시키고 있다.
예산사업의 기금 이관에 따라 국민건강증진법을 개정하여 암치료사업 등에 기금이 사용되도록 했는데 이는 법의 무리한 확대 적용이라 볼 수 있다. 