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현재 국가어항 개발방식은 각 어항별로 어항기본사업, 어항정비사업, 어항환경개선사업을 수립해 추진되고 있다. 
 2013년이 되면 현재 진행 중인 104개 국가어항개발사업이 마무리되고 그 이후에는 완공된 국가어항의 유지ㆍ보수 업무와 새로이 지정된 신규국가어항에 대한 개발사업을 추진하게 된다. 
 또한 2013년이 되면 13개 다기능어항 사업도 완료될 예정이다.
 이 같은 상황에서 국가어항의 개발방식을 과거와 같이 개별 어항을 대상으로 사업을 지속하는 것은 바람직스럽지 않다. 
 특히 다기능어항 사업을 추진하면서 각 어항마다 수산물가공공장, 수산물도매시장, 수산체험관, 마리나시설, 인공해수욕장, 축양장 건설 등 다양한 수익제고 사업과 체험관광 사업이 추진되고 있는 상황에서 막대한 예산이 소요되는 이 같은 사업을 각 국가어항마다 추진하는 것은 비효율적일 뿐만 아니라 중복투자가 되어 예산낭비를 초래할 수 있다. 
 특히 다기능어항의 시설투자의 경우에는 정부의 재정투자 이외에 민간투자가 추가되어 있다. 
 재정투자가 기본시설과 친수공간 그리고 조경시설에 대해 투자가 이루어지는 반면 민간투자는 수익사업을 위한 기능시설과 어항편익시설로서 수산물저장ㆍ판매시설, 음식점 및 숙박시설, 레저시설 등이 포함된다. 
 이 같은 사업들을 개별 어항마다 추진하는 것은 막대한 정부재정이 소요될 뿐만 아니라 시설의 효용성 측면에서도 바람직스럽지 않다.
국가어항의 개발방식을 개별 어항 대상으로 지속하는 것은 막대한 정부 재정이 소요되며 시설 효용성 측면에서도 바람직하지 않다.