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 그러나 이종욱 박사(서강대 교수)는 《화랑세기》 필사본에 대하여 “근세 어떤 사람의 역사소설”이라고 한 이기동 박사의 주장을 반박하면서 “그것은 소설적인 구성이 아니라 골품(骨品) 사회 신라에서 필요한 내용들”이라고 주장했다. 일반인에게 그 내용이 알려지기 시작한 것도 비로 그 이후부터였다. 
 《화랑세기》 필사본을 진본이라고 주장한 이종욱 박사는 1999년 직접 그것을 역주(譯註)하여 세상에 내놓았다. 그는 또한 《화랑세기로 본 신라인 이야기》(2000), 《화랑》(2003) 등의 저술을 통하여 화랑의 역사에 새로운 숨결을 불어넣으려고 노력했다. 
 다른 한편으로 향가를 연구한 국어국문학의 신진학자인 신재홍 박사도 《화랑세기 역주》(2009)를 내놓았다. 그는 필사본의 진위 문제를 떠나 그 내용이 이제까지 묻힌 역사, 내밀한 역사였던 것을 마침내 육감적인 모습을 드러내 보여주고 있다고 진단했다. 그는 이 역주본의 머리말에서 “향가 연구가 《화랑세기》와 만나는 지점이 여기이다. 《화랑세기》는 앙상한 《삼국사기》, 꿈같은 《삼국유사》와는 상당히 다른 위치에 놓인 역사서이다. 이 자료에 기술된 인물과 사건은 간략하지만 생동감이 넘친다”고 역주 작업을 한 소감을 밝히고 있다.
 이렇게 《화랑세기》 필사본의 내용이 역주본과 기타 연구 저술로 세상에 나오자, 일반인들의 관심도 높아져 소설로 재구성되고, TV 드라마로 제작되기까지 했다. 한때 베스트셀러가 되었던 김별아 작가의 《미실》과 MBC 드라마 《선덕여왕》에서는 미실을 신라 당대에 화랑도를 이끌었던 여장부로 묘사했다.

《화랑세기》 필사본을 진본이라고 주장한 이종욱 박사는 1999년 직접 그것을 역주(譯註)하여 세상에 내놓았다. 그는 또한 《화랑세기로 본 신라인 이야기》(2000), 《화랑》(2003) 등의 저술을 통하여 화랑의 역사에 새로운 숨결을 불어넣으려고 노력했다.