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그러나 좁은 의미의 환경기초시설은 공공부문에서 설치하는 오염처리시설로 정의된다는 점에서 상하수도 분야와 폐기물처리 분야의 집행실적이 여타 분야보다 더 낮다는 사실은 문제가 아닐 수 없다. 
 또한 이러한 환경기초시설의 입지선정 및 시설공사상의 어려움을 감안하더라도 지나치게 저조한 집행실적과 이로 인한 연례적인 과다한 이월은 환경재원의 효율적 배분을 저해할 뿐만 아니라 1년을 회계기간으로 설정한 우리나라 자연환경보전이용시설사업은 주요지역별로 자연생태계를 관리하고 이용할 수 있는 자연학습, 생태관찰 시설설치를 지원하는 사업이다. 
 2005년도 세입·세출 결산 분석정운용원칙에 비추어 적정하지 못하다. 환경부는 매년 반복되는 지방자치단체자본보조의 집행실적 부진을 해결하기 위하여 여러 차원에서 이전보다 더욱 적극적인 노력이 요구된다. 
 첫째, 관련예산을 편성함에 있어 매년 집행이 저조한 사업에 하여는 현지조사 등을 통해 정확한 실정을 파악하여 예산편성단계에서 재차 이월될 가능성이 있을 경우 다음연도 예산안에 이를 고려하여 지원예산을 축소하는 등 당초 정부가 'Topdown' 예산제도를 도입한 취지에 충실한 예산편성이 이루어지도록 하여야 할 것이다.
 둘째, 관련예산을 교부함에 있어 연내 집행가능성을 고려한 교부가 이루어져야 할 것이다. 지방자치단체에서 교부된 금액이 다음연도로 과다하게 이월된 다면 환경부가 예산서에 반영된 로 교부만 해주었다고 주장하더라도 결산상의 책임이 해제된다고 할 수는 없다.
환경부는 매년 반복되는 지방자치단체자본보조의 집행실적 부진을 해결하기 위해 연내 집행 가능성을 고려한 예산 교부 등의 적극적인 노력이 요구된다.