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 1948년 8월 15일 대한민국 정부가 수립됐다. 정부 수립으로 바로 정치·사회 혼란이 사라진 것은 아니었지만, 이제 비밀결사의 시절은 저물고 있었다. 이 무렵 염동진도 시력을 거의 잃어가고 있었다. 백의사 대원들은 육군의 첩보부대와 맥아더사령부가 만든 KLO(Korea Liaison Office·켈로부대)로 흡수되었다. 삼민주의청년단으로 가지 않은 남의사 요원들이 정보조직인 군통과 중통으로 들어간 것과 비슷하다. KLO부대는 6・25 때 눈부신 활약을 펼쳤다. 염동진은 6・25 때 북한군에 체포되어 납북되어 가다가 처형당한 것으로 알려져 있다.
 이후에도 백의사라는 이름은 간혹 신문에 등장한다. 1950년대, 백의사라는 이름을 내세워 ‘정치자금’을 요구하다가 붙잡혀서 감옥살이를 하게 된 사람들에 대한 보도가 간혹 나왔다.
 백의사가 신익희·유진산 등 후일의 민주당 정치인들과 가까웠던 탓인지, 민주당 주변서 정치 낭인으로 떠돌다가 어려움을 겪은 사람들도 있었다. 군사정부 시절인 1962년 6월 1일 중앙정보부는 ‘반혁명쿠데타 사건’을 적발했다고 발표했다. 여기에는 조중서・이성렬・인순창 등 전 백의사 간부들이 포함되어 있었다. 이성렬은 “옛 8240부대 출신자들을 동원해 박정희 장군(당시 국가재건최고회의 의장)을 암살하려고 동조자들을 물색하다가 가까이 지내던 민주당계 정치인들과 함께 반혁명음모죄로 엮여 들어갔다”고 했다. 몇 년간 감옥생활을 하다가 특사를 받아 석방된 그는 1969년에는 ‘3선 개헌반대 범국민투쟁위원회’ 최고위원 중 한 명으로 이름을 올렸다. 

1948년 8월 15일 대한민국 정부가 수립되고 바로 정치·사회 혼란이 사라지진 않았지만 비밀결사의 시절은 저물기 시작했고 백의사 대원들은 KLO로 흡수되었다.