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첫째, 현행 조직구조 하에서 운용되도록 설계된 프로그램예산구조를 다부처사업의 파악도 가능하도록 하는 방안을 강구하고,  둘째, 부처별로 적절한 포괄범위에 입각한 적정 수의 프로그램을 설정하기 위한 노력을 지속하며,  셋째, 프로그램의 특성에 따라 한 프로그램에 어느 정도의 단위사업이 포함되는 지가 적정한지에 대한 연구를 지속해야 할 것임. 나. 다른 재정개혁과의 연계성 측면 첫째, 프로그램에 기반하여 국가재정운용계획을 수립하기 위해서는 프로그램을 운용하는 각 부처와 재원배분 방향과 규모를 결정하는 재정당국은 긴밀하게 협의해야 할 것임.  둘째, 프로그램예산제도의 근본취지가 부처에게 자율성을 부여하고, 그 성과에 대하여 책임을 지게 하는데 있는 것이므로 지출한도의 설정은 종전대로 부처별 ․ 분야별 ․ 부문별로 하고, 프로그램단위의 예산편성은 사업부처의 자율에 맡기는 것이 좋을 것으로 보임. 셋째, 프로그램예산제도 도입초기부터 성과관리제도와 연계시키는 방안을 적극 강구해야 할 것이며, 이를 위해서는 프로그램별이나 단위사업별로 올 바른 성과목표나 성과지표를 개발하는데 노력해야 할 것임. 2007년도 예산안 분석 넷째, 디지털예산회계시스템은 프로그램예산제도가 효과적으로 운영되는데 필수불가결한 기술적 장치이므로 시스템의 개발 및 보완에 만전을 기해야 할 것임. 다. 제도개선과제 첫째, 프로그램예산제도가 도입되면 종전보다 정부의 예산편성이나 집행의 자율성이 커지게 되는데, 이에 대응하여 국회의 재정통제권을 강화하기 위해서는 국회의 예결산 심의대상인 입법과목을 단위사업으로 하는 방안을 검토할 필요성이 있음.
프로그램예산제도의 도입으로 정부의 예산편성이나 집행의 자율성이 커지는 것에 대응하기 위하여 국회의 예결산 심의 대상인 입법과목을 단위사업으로 하는 방안을 검토할 필요가 있다.