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그러나 당해 회계연도 내에 국고 보조가 집행하기 어려울 것으로 예상되면 국고보조를 하지 않는 것이 예산 낭비를 줄이고 국민 부담을 줄이는 방법이 될 것임. 또한 국고 보조 체계에 대한 종합적인 점검의 필요성도 있다고 보임. 경제자유구역사업은 총 31조 8,541억 원이 소요되는 막대한 규모의 사업인데 동 사업에 대한 국고의 직접적인 지원은 경제자유구역 내 기반시설 건설 사업비의 50%를 지원하는 것에 불과함. 따라서 각 경제자유구역청은 국고 지원의 확대를 주장하고 있음. 정부는 혁신 도시 등 다른 사업과의 형평성을 해하지 않는 범위 내에서 국고 지원 확대를 검토해 볼 필요성이 있음. 2005년도 예산안 분석에서는 중앙과 지방의 역할 분담 문제, 경제자유구역청의 불필요한 업무로 인한 행정력의 낭비 문제, 경제자유구역청의 독립성과 자율성 미확보 문제, 이로 인한 인사상의 비효율성 등의 문제점을 지적하였음. 지적 사항의 개선여부를 검토하면 경제자유구역청의 효율성과 독립성 ․ 자율성, 전문성 등에서 다소 개선된 측면이 존재하지만 보다 더 개선할 필요가 있음. 따라서 경제자유구역법을 개정하는 등의 방법을 통해 지적사항을 지속적으로 개선시키려는 노력이 필요함.
당해 회계연도 내 국고 보조를 집행하기 어려울 것으로 예상되면 국고 보조 체계에 대한 종합적인 점검의 필요성이 있으며 국고보조를 하지 않는 것이 예산 낭비를 줄이는 것이다.