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 제96대 고다이고(後醍醐·재위 1318~1339) 천황은 즉위 초부터 여러 차례 막부 타도 음모를 꾸몄다. 그는 막부에 체포되어 이키섬·시마네(島根) 등으로 유배됐지만, 틈만 나면 재기를 노렸다. 여기에 호응한 사람이 가와치(河內·오사카)의 악당(惡黨·막부에 복종하지 않는 지방의 신흥 무사세력) 구스노기 마사시게(楠木正成·?~1336)였다.
 1333년 막부의 장수 아시카가 다카우지(足利尊氏·1305~1358)가 고다이고 천황의 밀지(密旨)를 받고 가마쿠라 막부를 멸망시켰다. 막부 타도의 오랜 꿈을 이룬 고다이고 천황은 연호를 겐무(建武)로 바꾸고 친정(親政)에 나섰다. 하지만 고대 천황 중심의 통치체제를 복원하려는 그의 노력은 이미 시대의 흐름에 맞지 않았다. 그는 무사세력의 강한 반발을 받았다. 이 틈을 타서 야심가 아시카가 다카우지가 반란을 일으켰다. 구스노기 마사시게는 고다이고 천황의 편에 서서 싸웠지만 전사(戰死)했다. 그는 후일 에도시대 이후 ‘천황을 위해 죽은 충신(忠臣) 중의 충신’으로 추앙받으면서 메이지유신의 지사들에게 큰 영향을 미쳤다.
 교토를 점령한 아시카가 다카우지는 고묘(光明) 천황을 옹립하고, 무로마치(室町) 막부를 열었다. 고다이고 천황은 요시노로 탈출해 자신이 정통 천황이라고 주장했다. 막부가 옹립한 황실을 북조(北朝), 고다이고 천황 이후 이어진 황실을 남조(南朝)라고 한다. 60년 가까이 이어진 남북조의 대립은 1392년 남조의 고카메야마(後龜山) 천황이 무로마치 막부의 중재 아래 북조의 고코마쓰(後小松) 천황에게 3종 신기를 넘기고 양위하는 것으로 막을 내렸다.

고다이고 천왕은 막부에 체포되어 이키섬·시마네 등으로 유배됐지만 틈만 나면 재기를 노렸다.