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 마. 재정운용체계2006년도 예산안은 정부가 그동안 의욕적으로 추진하였던 3대 재정개혁과제 즉, 국가재정운용계획과 예산 총액배분 자율편성제도, 그리고 성과관리 시스템이 어느 정도 정착되기 시작한 가운데 편성되었다. 국가재정운용계획과 예산 총액배분 자율편성제도는 시행 2년차에 접어들었으며 성과관리 시스템은 올해 재정사업 자율평가제도를 처음 도입하여 전체 주요 재정사업의 1/3에 해당하는 총 40개 부처, 555개의 재정사업(약 35조원)에 대해 부처별 자율평가를 실시하여 그 결과를 예산편성에 활용하였다. 앞으로 갈수록 어려워지는 세입여건 하에서 이러한 재정개혁이 성공적으로 이루어져 보다 효율적인 재정운용이 될 수 있어야 할 것인 바, 이와 관련하여 몇 가지 개선사항을 지적하면 다음과 같다.첫째는 국가재정운용계획에 대한 것으로서 동 계획이 비록 연동계획으로 수립되기는 하나 변동의 폭이 지나치면 그 의의가 별로 없다는 것이다. 전술한  바와 같이 이번에 제출된 20052009 국가재정운용계획은 20042008 국가재제 1 부  총괄분석  13정운용계획 및 올해 5월에 국회 보고된 20052009 국가재정운용계획(시안)과 국채발행규모 등에서 많은 변화가 있었다. 상황의 변화에 적절히 적응해야  하는 점은 인정하더라도 이렇게 되면 중장기적 시계에서 단년도 예산편성의 단점을 보완하는 것이 아니라 단년도 예산편성에 맞추어 중장기 계획을 변경하는 셈이 된다.
재정사업 자율평가제도를 40개 부처와 555개의 재정사업을 대상으로 실시하여 결과를 예산편성에 활용했다.