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 구본웅은 1906년 3월 7일 아버지 구자혁(具滋爀·1885~1959)과 어머니 상산김씨(商山金氏·1884~1907) 사이에 외동아들로 태어났다. 어머니는 일찍 사망해 계모인 변동숙(卞東淑·1890~1974)의 손에서 길러졌다. 변동숙은 시인 이상의 아내이자 서양화가 김환기(金煥基·1913~1974)의 아내였었던 변동림(卞東琳·1916~2004·뒷날 김향안으로 개명했다)의 친언니다.
 구본웅이 세 살쯤 되던 해, 가정부의 실수로 마루에서 떨어져 척추를 다쳤는데 결국 일생을 꼽추의 몸으로 살게 되었다고 한다.
 ― 가정부가 떨어뜨려 척추를 다친 것이 꼽추의 원인이 될 수 있나요.
 차남 구상모는 “선천적 원인이 있었는지 후천적 사고 탓인지 알 수 없으나 집안에선 사고로 척추를 다친 것으로 알고 있다”고 했다.
 “원인은 모르죠. 우리가 보지 못했으니까. 함부로 추측하는 것은 대단히 위험합니다. 꼽추의 원인에 대해 할아버지(구자혁)나 할머니(변동숙)도 아무 말씀이 없으셨어요. 아버지의 친모(상산김씨)가 아들을 놓고 일찍 돌아가셨고 계모(변동숙) 슬하에서 자랐으니 당시 기억을 꺼낼 환경이 아니었어요.”
 3남 구순모는 다만 “현대 의학에서 볼 때 그렇게 다쳐 불구가 된 것은 아닌 것 같다”며 조심스레 말했다.
 “큰할아버지(具滋祿·1875~1945)의 딸(구숙자)이 갓난아기인 아버지를 자주 업었다고 하세요. 등의 어느 부분(척추)이 조금 튀어나온 것 같아 왕고모(구숙자)가 손으로 눌렀더니 자지러지게 울었다고 해요. 아버지가 척추를 다치기 전의 일입니다.

구본웅은 아버지 구자혁과 어머니 상산 김씨 사이에서 외동아들로 태어났지만 어머니가 일찍 사망하며 계모 변동숙의 손에서 길러졌다.