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 10월 28일, 국회예산정책처의 정원을 92인으로 하는 국회예산정책처직제안 이 통과되고, 처장 이하 2실 1국 1관 1심의관 15팀으로 구성하는 국회예산정책처직제시행규칙  등 관련 법규가 연이어 제정되었다. 10월 29일 원활한 기관 형성을 위해 국회사무처, 국회도서관으로부터 직원들이 파견되었으며, 그 밖의 직위에는 경제 및 재정 전문가를 공모하여 충원하였다. 국회예산정책처는 국회 내의 공간이 여의치 못하여 2007년경 국회 부속청 사가 완공되기까지 여의도 인근의 건물에 청사를 마련하기로 하고, 사무실 임차를 추진하였다. 그 결과 2003년 12월 말에 지하철 5호선 여의도역과 가까운 한국투자증권빌딩 3개층(17~19층)을 임차하여 청사로 사용하였다. 2004년 3월 3일, 박관용 국회의장, 이헌재 부총리 겸 재정경제부 장관, 김병일 기획예산처 장관 등 국회, 정부 및 학계 등 유관기관 주요인사 400인이 참석한 가운데 국회예산정책처 개청식을 가졌다. 2004년 10월 22일, 국회운영위원회에서 최광 처장의 직무 수행에 있어 정치적 중립성 유지 논란과 관련하여 ‘국회예산정책처장 면직 동의안’이 상정되었다. 같은 해 11월 18일 가결됨으로써 최광 처장은 13개월의 재임 끝에 면직되었다. 2005년 6월 2일, 기획예산처 예산관리국장 재정기획국장 기획관리실장 등을 역임한 배철호 국가보훈처 차장이 공모를 거쳐 제2대 처장으로 임명되었다. 같은 해 11월에는 한국투자증권 측의 사무실 이전 요청에 따라 여의도 인근 서울증권빌딩으로 청사를 이전, 4개층(10~12층, 14층)을 사용하였다.
최 처장은 직무 수행에 있어 정치적 중립성 유지 논란이 일어나 국회예산정책처장 면직 동의안이 상정됐고 13개월의 재임 끝에 면직됐다.