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 기반구축사업에서는 신발산업진흥센터의 경우 1단계 사업기간(2000년~2003년)이 종료되고 2단계 사업이 시작되는 2004년 초에 장비구축이 이루어지는 등 사업 추진실적이 저조했다. 뿐만 아니라 재정자립화를 전제로 국비가 한시적으로 지원되었던 신발산업진흥센터의 경우 방만한 인력  조직 운용(2005년 9월 현재 정원 42명, 현원 47명)과 재정자립도 미비(2005년 9월 현재 재정자립도 7%)로 향후 센터 운영의 효율성 저하 및 운영비 조달의 어려움이 예상된다. 또한 중소 신발업체의 신제품 개발 시제품제작 지원이라는 센터의 설립 목적과 기능에 비추어 대규모 장비구축으로 일부 장비의 중복구입 등의 문제점이 발생하였다. 기술개발사업에서는 기술개발과제 신청에 있어 연구자간 경쟁률이 낮아서 우수과제발굴에 한계가 있었으며(공통핵심과제 경쟁률 1.7:1, 중기거점과제 2.5:1, 신발기초과제 2.1:1), 기업의 참여 없이 대학  연구소가 독자적으로 수행하는 신발기초과제의 비중이 기술개발사업 투자비의 20% 정도로 높은 편이었고, 기술개발과제의 사후성과평가에 필요한 관련 정보  자료 D/B구축이 부실하였다.인력양성사업과 관련하여 신발산업 관련 교수, 연구소 직원 및 기업 등 국내 전문 인력에 대한 해외연수를 지원하였으나, 지원규모의 과다(일인당 평균 연수지원비 1개월당 5천만원), 지원대상자 구성비율(교수, 연구소 직원 75%, 기업 25%)의 편중, 인력양상사업의 재원 대부분이 정규교육과정을 중심으로 투입됨으로서 신발업계의 수요를 직접 반영하는 인력양성프로그램 개발의 미흡 등의 문제점이 있었다.
신발산업진흥센터는 방만한 인력 조직 운용과 재정자립도 미비로 센터 운영의 효율성 저하 및 운영비 조달의 어려움이 예상된다.