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2004년도 기획예산처 기금운용평가단은 수계관리기금의 관리조직규모나 전문성으로 볼 때 적극적으로 연기금투자풀을 활용하여 여유자금을 관리할 것을 권고한 바 있다. 그러나 환경부는 연기금투자풀의 불안정성을 이유로 연기금투자풀 운용을 자제하도록 하는 방향으로 자금운용정책을 펼치고 있다. 그러나 연기금투자풀을 활용하는 것이 곧 자금운용의 안정성을 떨어뜨리는 것은 아니며, 포트폴리오 구성을 어떻게 하느냐에 따라 안정성을 확보할 수 있다. 따라서 기금에서 자금을 직접 운용하는 것과 외부위탁기관을 활용하여 운용하는 방식 사이의 비용, 편익에 대한 심층적으로 검토를 통해 자금운용의 효율성을 높이는 방향으로 자금운용방식이 개선될 필요가 있다. 제기문화 ․ 관광분야에서 현재 운용되고 있는 기금은 문화관광부 소관으로 문화예술진흥기금, 문화산업진흥기금, 관광진흥개발기금, 국민체육진흥기금, 지역신문발전기금, 신문발전기금 등 6개, 방송위원회 소관으로 방송발전기금 1개로 총 7개의 기금이 운용되고 있으며, 2006년에 설치된 신문발전기금을 제외한 총 6개의 기금이 2005년도 결산심사 대상이다. 과거 문화 ․ 관광분야의 정책 추진체계와 소관 업무의 변화로 인해서 문화 ․관광분야는 타 부처에 비해 다양한 정책 영역을 가지고 있으며, 각 영역들은 안정적 재원 확보와 신축적 재정 운용을 위해서 기금에 의한 정책 수행을 하고 있다.
그러나 환경부는 연기금투자풀의 불안정성을 이유로 연기금투자풀 운용을 자제하도록 하는 방향으로 자금운용정책을 펼치고 있다. 그러나 연기금투자풀을 활용하는 것이 곧 자금운용의 안정성을 떨어뜨리는 것은 아니며, 포트폴리오 구성을 어떻게 하느냐에 따라 안정성을 확보할 수 있다.