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 현재 우리나라의 위기관리 조직은 큰 틀에서 보면 중앙정부는 기능별로 조직이 어느 정도 유지되고 있지만, 지방자치단체는 기관별로 다른 조직편성과 운용을 하고 있어 일원화된 지휘통제와 업무계선을 유지하는 쪽으로 재편해야 한다. 이런 측면에서 장차 중앙정부와 지자체 위기관리 조직의 재편 방향을 제시하고자 한다. 
 먼저, 국가안전보장회의 사무처 기능을 복원시켜 외교안보수석실과 국가위기관리실로 이원화(二元化)된 위기관리 업무를 통합해 국가위기관리사령탑으로서 기능과 역할을 하게 해야 한다. 
 이것이 어려울 경우 현행 국가위기관리실의 조직과 기능을 기획조정, 위기관리, 정보분석, 그리고 비상대비, 민방위 기능이 통합된 자원관리 등으로 재편성해 국가위기관리사령탑 기능을 수행토록 해야 한다. 현재 미국의 국가안전보장회의(NSC) 체제를 벤치마킹할 필요가 있다.
 둘째, 현재 행정안전부와 소방방재청으로 이원화된 재난, 민방위 업무를 일원화해 업무중복과 혼선 최소화 그리고 지자체의 부담을 덜어주어야 한다. 그리고 차기 정부는 미국의 국토안보부(DHS)처럼 민방위, 재난, 핵심기반 등을 총괄하는 독립기관을 신설해 부처 간 업무조정ㆍ통제, 지방자치단체와의 협조 그리고 통합성이 발휘되게 해야 한다. 
 셋째, 중앙정부-지자체 간 위기관리 조직계선을 연계시키고, 중앙정부의 집행기능은 지자체에 이양해야 한다. 헌법과 지방자치법을 개정해 지자체도 비상대비, 재난 등의 국가사무를 관장하도록 범위를 재조정하고 지방자치단체장의 책무도 함께 규정해야 한다. 그리고 지자체장에게 인력, 조직, 예산은 물론 경찰도 소방처럼 통제권을 주되 위기관리 업무에 대한 행정적·정치적 책임을 묻도록 해야 한다. 이러한 조치들은 차기 정부에서 대내외 안보환경과 국민여론 등을 고려해 추진하는 것이 바람직할 것으로 본다. 

국가안전보장회의 사무처를 국가위기관리사령탑으로서 역할을 하게 하고 이원화된 업무를 일원화하여 업무 중복을 최소화하는 방향으로 중앙정부와 지자체 위기관리 조직을 재편해야 한다.