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 이에 대한 호조판서 이이의 언급은 실망스럽다.
 “선비는 동류(同類)끼리 상종함을 면치 못하는 것인데 가끔 식견의 차이로 서로 의심하고 저지함을 면치 못하는 자가 있기는 합니다만 어찌 사적(私的)으로 서로 붕당을 만드는 일이야 있겠습니까. 급작스레 벌을 줄 수는 없습니다.”
 이이는 선조의 눈과 귀를 가리려 하고 있었다.
 실은 머리 좋은 선조가 신하들끼리 맺고 있던 붕당의 실상을 몰랐을 리 없다. 선조가 선조 15년(1582) 1월 이이를 이조판서로 임명한 것은 동서인 양측의 신망과 불신을 동시에 받고 있는 중립적 인사를 통해 붕당의 완화를 의도했던 것이다. 하지만 이 직을 이이가 성공적으로 수행했는가는 별개의 문제다. 예를 들어 이이는 자기 문하에 있던 정여립을 높게 평가해 관직에 등용하려고 애썼지만 선조는 정여립을 부정적으로 보았다. 결국 정여립은 훗날 비극적인 최후를 맞게 된다.
 그럼에도 불구하고 이 한 해 동안 이이는 8월에 형조판서, 12월에 병조판서를 역임할 만큼 선조의 두터운 총애를 받았다. 사실 이준경(李浚慶), 노수신, 이이 등을 중용하며 이끌어온 이때까지의 정치는 선조가 높은 평가를 받을 수 있는 대목이다.
 선조 16년 6월 11일 병조판서 이이의 사소한 실수가 조정에서 큰 문제가 된다. 격무에 시달리던 이이가 이날 대궐에 들어왔다가 현기증이 생겨 선조를 알현하지 않고 병조에만 잠깐 들렀다가 집에 돌아간 것이 반대파들에게 탄핵의 실마리를 제공했다. 임금을 업신여긴다는 이유였다. 즉 무군(無君)의 죄를 범했다는 말이다. 무군은 불충(不忠) 불경(不敬) 중에서도 가장 큰 죄이니 처벌은 사형에 해당됐다. 사헌부·사간원의 탄핵이 있었고 홍문관까지 나섰다.

선조가 이이를 이조판서로 임명한 것은 붕당의 완화를 의도했던 것이라 이이는 정여립을 관직에 등용하려 애썼지만 선조는 부정적으로 봐서 정여립은 비극적인 최후를 맞았다.