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 1596년 7월 마닐라를 출발해 멕시코로 향하던 산 펠리페호가 동중국해에서 풍랑을 만나 도사(土佐)의 우라도(浦) 앞바다에 표착한다. 산 펠리페호의 선장과 선원들은 화물과 소지품을 몰수당하는 등 일본 측의 비우호적 태도로 고초를 겪다가 이듬해 4월 겨우 수리를 마치고 일본을 떠날 수 있었다.
 산 펠리페호 사건이 역사가들의 관심을 끄는 것은 산 펠리페호가 일본에 머무르던 기간 중에 갑작스런 기독교 탄압 사태가 벌어졌기 때문이다. 히데요시는 산 펠리페호가 도착한 지 석 달 후인 1596년 10월 교토와 오사카 일대에서 포교 활동에 종사하던 사제와 신도들을 색출하여 처형할 것을 명한다. 대대적인 색출로 24명이 체포되었고, 압송 과정에서 그들을 도운 2명 등 총 26명의 기독교인이 나가사키로 압송되어 이듬해 2월 처형된다.
 이것이 소위 ‘나가사키 26성인(聖人) 순교’ 사건이다. 이 사건으로 스페인인 4명, 멕시코인·포르투갈인 각 1명, 일본인 20명이 나가사키의 니시자카(西坂) 언덕에서 사형에 처해졌다. 이후 일본의 ‘골고다 언덕’으로 불리게 된 곳이다.
 우발적 사건이나 다이묘의 사적 처벌이 아닌 일본 최고 권력자의 공식 명령에 의해 기독교도가 처형된 것은 이때가 처음이다. 3개월에 걸쳐 체포지에서 멀리 떨어진 나가사키로 이동시킨 후 처형한 것은 이동 과정에서 기독교 금지령을 널리 알리고, 기독교 포교의 중심지인 나가사키에서 본보기를 보임으로써 공포 효과를 극대화하기 위한 것이었다. 이로써 나가사키는 일본 최초의 기독교 순교지가 된다. 

이것이 소위 ‘나가사키 26성인(聖人) 순교’ 사건이다. 우발적 사건이나 다이묘의 사적 처벌이 아닌 일본 최고 권력자의 공식 명령에 의해 기독교도가 처형된 것은 이때가 처음이다.