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2006도 국민연금기금과 공무원연금기금의 주식 직접운용 수익률이 각각 5.7%, 6.0%를 기록하고 주식부문 시장평균수익률은 4.0%였다. 주식 직접투자 부문에서 타 연금기금이 양호한 수익률을 기록했음에도 불구하고 사학연금기금이 마이너스의 수익률을 기록했다는 점에서 자산운용전략 및 전술에 대한 심층적인 원인분석을 거쳐 분산투자 및 위험관리를 엄격하게 할 필요가 있다고 본다. 공적연금기금의 자산운용성과를 향상시키기 위해서는 자산운용을 담당하는 직원에 대한 성과보상체계를 강화할 필요가 있다. 공무원연금과 군인연금은 자산운용을 담당하는 일반직에 대한 성과보상체계를 마련하고, 사학연금은 상대적으로 상위등급에 대한 성과보상을 강화하는 방안을 검토할 필요가 있다. 또한 자산운용성과에 대한 중장기 성과지표를 개발하여 관리하고 계약직직원에 대한 성과보상체계를 강화할 필요가 있다. 공무원연금기금은 1990년대 말에 정부구조조정에 따른 공무원의 대량 퇴직으로 연금재정이 악화됨에 따라 급여자금을 확보할 목적으로 공공자금관리기금으로부터 1999 ~ 2000년 동안 총 1조 2천억원을 차입하였다. 역사적 특수성으로 불가피하게 생긴 재정차입금이지만 국가재정의 효율적 사용이라는 측면과 공적연금재정의 안정성 측면에서 재정차입금은 계획대로 상환될 필요가 있다고 본다. 국가가 공무원연금재정에서 발생하는 수지적자를 국고보전금으로 보전해주고 있음에도 불구하고 재정차입금까지 제공함으로써 재정투입이 필요한 다른 분야에 대한 투자가 제약받는다고 볼 수도 있기 때문이다.
공적연금 기금의 자산운용 성과를 향상시키기 위해서 직원에 대한 성과보상체계와 계약직 직원에 대한 성과보상체계를 강화하며 중장기 성과 지표를 개발하고 관리하여야 한다.