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예를 들어 과학기술정보통신부에서 신원확인을 위한 SW를 개발하기 이전에 산업통상자원부에서 동 SW를 탑재할 휴대용 장치를 개발하고, 경찰청에서는 SW와 탑재장치를 활용하는 시스템을 구축하게 되기 때문이다. 과학기술정보통신부에서는 다부처사업을 추진하는 과정에 나타날 수 있는 이러한 문제점을 해결하기 위하여 공동으로 과제를 기획하였으며, ‘참여부처 협의회’를 구성하고, 복합인지 기술개발 사업 공동운영규정 등을 마련하여 문제를 해결하고 있다는 입장이다. 그러나 실제 과제 추진이 개별 부처 단위로 이루어지기 때문에 상호 연계가 약해질 우려도 있다.따라서 부처별 역할이 상호 연계될 수 있는 예산 집행 구조를 갖추는 것이 필요하지만, 각 부처 사업 예산이 부처별로 집행된다. 2018년 예산안에 편성된 과학기술정보통신부의 다른 다부처사업의 경우 부처별 예산을 모아 공동으로 집행하거나, 부처별 과제를 조율할 별도의 총괄과제를 두고 있는 것과 대비된다. 예를 들어 치안현장 맞춤형 연구개발 시범사업은 과학기술정보통신부와 경찰청의 예산이 단일 사업단에서 함께 집행된다. ‘국민안전감시및대응 무인항공기 융합시스템 구축 및 운용’ 사업에서는 각 부처의 역할을 조율할 총괄과제를 두고 있으며, 각 부처 사업 예산은 총괄과제의 조율을 통해 집행된다.
과학기술정보통신부는 문제점을 해결하기 위해 공동으로 과제를 기획했으며 참여 부처 협의회를 구성해 문제를 해결하고 있다는 입장이다.