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 법성현 못지않게 훗날 서원들이 양리에 집중하게 된 것은 그것이 서원의 위상과 관련이 깊기 때문이다. 오늘날에 견줘보면 서울대·연세대·고려대 등에서 고시 합격자를 다수 배출하면 학교의 위상이 높아지고 우수한 후배들이 들어오며 그것이 유기적으로 결합돼 학교 발전에 공헌을 하는 것과 유사한 것이라고 할 수 있다.
 서원의 2차 기능은 선현(先賢)을 모시는 것이다. 배향(配享)은 임금이 생전에 총애하던 신하나 공로 있는 신하를 종묘(宗廟)에 모시거나 학덕이 있는 이를 문묘(文廟) 등에 모시는 것을 말한다. 서원도 문묘처럼 자신들이 학문적으로 추앙하는 현인을 중심에 놓고 모셨다.
 정암(靜庵) 조광조(趙光祖·1482~ 1519), 한훤당(寒喧堂) 김굉필(金宏弼·1454~1504) 등이 문묘에 배향되느냐는 서원의 관심사였다. 문묘에 배향되느냐에 따라 서원의 흥망이 갈렸기 때문이다. 배향 그 자체가 학맥과 가문의 영예였으며 후손에게는 시험 없이 벼슬길에 나서는 문음(門陰) 등 여러 특전이 베풀어졌기 때문이다.
 법성현과 양리, 선현을 모시는 것 못지않게 주목해야 할 서원의 기능이 있다. 바로 도서관 역할이다. 서원들은 하나같이 강론 영역에 장경각(藏經閣) 혹은 장판각이라는 부속건물을 가지고 있다. 여기에는 쉽게 구할 수 없는 귀중한 도서나 중국으로부터 들여온 책이나 문서, 서원 자체에서 출판한 문서 등이 보관돼 왔다.
 일례로 경북 경주의 옥산서원은 866종 4111책을, 경북 안동 도산서원은 907종 4338책을, 부근 병산서원은 1071종 3039책을, 전남 장성 필암서원은 132종 595책을, 대구 달성 도동서원은 95종 529책을 소장하고 있다. 유명 서원들은 귀중한 도서와 문서를 더 많이 확보하기 위해 암암리에 경쟁했을 것이다.

서원의 기능 중 도서관 역할은 법성현과 양리, 선현을 모시는 것 못지않게 주목해야 하넌데 서원들은 하나같이 장경각 혹은 장판각이라는 부속건물을 가지고 있다.