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특히 2005년과 같이 주식시장이 활황이었던 해는 상대적으로 주식시장에 대한 투자비중이 높은 연기금의 수익이 높을 수밖에 없기 때문이다. 그러나 공무원공단 내부자료에 따르면, 1982년 이후 채권과 주식을 포함한 금융자산의 평균수익률은 10.2%인 것으로 나타났다. 또한 전체 주택사업의 1982년 이후 평균수익률도 14.2%에 달하는 것으로 나타났다. 따라서 평균 개념의 수익성 측면에서 가장 문제가 되는 사업은 연금대부사업이라 할 수 있다.
 이는 같은 기간동안, 국민연금 등 다른 공적연금의 수익률이 10% 내외였다는 것과 비교할 때 절반에도 못 미치는 수준이었다.
 2007년도 기금운용계획안 분석 하기 때문이다. 또한 2005년 말 현재 공무원연금과 사학연금의 금융자산규모는 각각 3조 7,137억원, 4조 6,469억원으로 국민연금기금의 2.6%, 3.3%에 그치고 있어 금융자산의 운용에 있어서 규모의 경제를 활용하지 못하고 있다. 셋째, 부동산부문의 수익성이 떨어진다는 점이다.
 2005년도 결산 결과, 공무원연금은 부동산 분야에 전체 자산의 5.7%를 투자하였고, 수익률은 6.7%로 상대적으로 저조하였다. 또한 사학연금은 부동산분야에 3.0%를 투자하였고, 수익률은 0.3%로 매우 저조하였다.
  회계기준의 투명성·형평성 강화 특수직역연금이 공적연금이고, 공무원연금과 군인연금에 대해서는 국고로부터 보전금이 지급된다는 점에서 회계가 국회 및 일반국민을 대상으로 투명하게 공개되도록 회계기준의 투명성을 강화하는 제도개선이 이루어질 필요가 있다.
공무원 공단 내부 자료에 따르면 1982년 이후 전체 주택 사업의 평균 수익률이 14.2%에 달했으며 금융자산의 평균 수익률도 10.2%인 것으로 나타났다.