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 된장이 맛있으려면 우선 원재료인 콩이 좋아야 한다. 된장에 사용하는 콩은 메주콩이라 불리는 백태다. 현재 국내에서 주로 재배되는 백태 품종은 황금, 태광, 대원 등이다. 맛으로 승부를 거는 된장 명인들은 국산 콩을 고집하며, 이 중에서 선택해 사용하고 있다. 전문가들에 의하면 국내에서 재배되는 콩은 같은 품종이라도 지역에 따라 품질이 다르다.
 식품 전문가들은 “된장은 콩 속의 단백질이 발효 과정을 거치면서 아미노산이나 펩타이드 형태로 바뀌어 맛을 낸다”면서 “단백질 함량이 높은 콩으로 만든 된장이 더 감칠맛이 난다”고 말한다.
 전통 된장 맛의 두 번째 비밀의 열쇠는 발효에 있다. 발효는 각종 미생물이 효소를 만들고 이들이 단백질을 분해하는 과정이다. 신동화 교수는 “메주의 발효 상태가 장류의 품질과 밀접한 관계가 있다”며 “발생한 미생물의 종류에 따라서 생성되는 물질도 달라지게 되어 있어 장류의 맛에 영향을 미친다”고 말한다. 그의 설명이다.
 “콩의 단백질은 단백질분해 효소인 프로테아제(Protease)만 첨가하면 쉽게 분해되어 아미노산을 얻을 수 있습니다. 그런데도 굳이 복잡하게 자연발효 과정을 거치는 것은 메주에 관여하는 미생물이 단일 균주가 아니기 때문입니다. 메주에는 복합 미생물이 관여해 다양한 맛과 향을 내는 물질을 생성합니다. 가령 된장과 간장의 경우 황국균(黃麴菌·누룩)의 단백질 분해와 효모의 알코올 발효, 그리고 세균의 산 생성 등으로 독특한 맛과 향의 조화가 이뤄지죠.”

현재 국내에서 주로 재배되는 백태 품종은 황금, 태광, 대원 등이다. 맛으로 승부를 거는 된장 명인들은 국산 콩을 고집하며, 이 중에서 선택해 사용하고 있다.