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그러나 공무원연금, 군인연금, 사학연금 등 특수직역연금의 회계에서 투명하지 못한 면이 발견되고 있다. 첫째, 연금수지 적자에 대한 보전으로 국가로부터 국고보전금을 지급받는 공무원연금과 군인연금의 회계에서 초과 편성된 국고보전금의 회계처리방식에 차이가 있어 비교가능성이 떨어진다. 공무원연금은 2005년도 기금운용계획에서 국고보전금으로 7,330억원을 신청하였으나, 실제 연금 수지차는 6,096억원만 발생함에 따라 1,234억원의 차액이 발생하였다. 이에 대해 2005년도 공무원연금관리공단 결산서는 6,096억원만 국고보전금으로 계상하고, 과대 계상된 차액은 선수부담금(先受負擔金)으로 처리하였다. 반면 군인연금은 2005년도 특별회계에서 국고보전금으로 8,564억원을 신청하였으나 실제 연금 수지적자는 7,983억원만 발생함에 581억원의 차액이 발생하였다. 이에 대해 2005년도 군인연금 특별회계의 결산서는 8,564억원 전부를 국고보전금으로 계상하고, 군인연금기금의 2006년도 기금운용계획을 변경43)하여 581억원의 특별회계 결산잉여금을 수입으로 처리하였다. 이에 따라 2005년도 결산서에서 공무원연금의 국고보전금은 실제로 발생한 수치차인 6,096억원이 계상된 반면, 군인연금특별회계의 국고보전금은 예산액인 8,564억원이 반영되었다.   둘째, 공적연금회계에 누적적립기금 외에 별도의 책임준비금이 계상되고 있지 않다. 연금제도에서 책임준비금은 미래에 발생할 연금급여의 충당을 위한 준비금으로 대차대조표 부채계정에 계상될 필요가 있다.
2005년도 결산서에서 공무원연금의 국고보전금은 실제 수치 차가 계상됐지만 군인연금특별회계의 국고보전금은 예산액이 반영돼 초과 편성된 국고보전금의 회계처리방식에 차이가 있다.