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공공기관평가과는 공공기관의 주요 사업 및 예 결산을 평가하는 것이 주요 임무다.공공기관평가과는 설립 첫 해에 인원도 모두 채워지지 않은 상황에서 처음으로 공공기관 편람의 성격을 띠는 공공기관 현황 분석을 발간했고, 공공기관에 대한 공공기관 정부지원 예산안을 평가했다. 공공기관 정부지원 예산안 평가에서는 일부 공공기관들이 자체수입을 적게 계상함으로써 정부의 예산 지원을 더 많이 받으려 한다는 점과 여유자금을 과다하게 보유하고 있다는 점이 지적되었다. 이 분석 결과는 의원실에서 활용해 대정부질문으로 이어졌고, 많은 언론에서 기사로 다루어져 공공기관의 잘못된 예산 및 재무관행이 시정될 수 있는 계기가 마련되었다. 공공기관 부채증가의 원인 규명 및 공공요금 관리체계의 개선2011년부터 본격적으로 공공기관의 경영 및 사업 평가가 시작되었다. 먼저 공공기관의 재무현황 평가를 통해 공공기관의 재무건전성 문제를 집중적으로 다루었다. 국가경제에 직접적인 영향을 미치는 30대 공기업의 자산, 부채, 손익 등 재무현황을 분석했고, 그 결과 지금까지 구체적으로 드러나지 않았던 공기업의 금융부채 규모가 밝혀졌으며, 부채증가의 원인 및 감소방안이 제시되었다. 또한 일반 국민의 생활에 직접적으로 영향을 미치는 전기, 수도, 가스, 도로, 철도 등 5대 공공요금의 원가 구조에 대한 분석과 함께 공공요금의 관리 방안이 제시됐다.
공공기관의 주요 사업 및 예결산을 평가하는 공공기관평가과는 공공기관 현황 분석을 발간했고 공공기관 정부지원 예산안을 평가했다.