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국세와 지방세의 세목조정이 오히려 국가균형발전, 즉 수평적 형평성을 저해할 가능성이 있는 것이다. 따라서 세목조정이 될 국세는 가능한 세원이 고르게 분포되어 있고 세수조달이 안정적이어야 한다. 셋째, 국세와 지방세의 세목조정을 통해 국세의 징수업무를 지자체에 이관할 경우 국세징수기관에 비하여 징세비용(administration cost)을 최소화하지 못 하는 X비효율성(Xinefficiency)이 발생할 가능성이 있다. 즉, 중앙정부에 비해서 지자체는 국세이양에 따른 증세비용의 증대와 비효율적인 관리를 할 수 밖에 없다. 따라서 징세비용의 최소화와 효율적인 관리가 가능한 세목조정이 되어야 한다. 세목조정을 위한 대상세원의 선정검토앞서 살펴보았던 국세와 지방세의 세목조정의 문제점을 토대로 지자체간 세수 불균형을 완화하고 지방세수의 신장성, 안정성을 제고하기 위해 다음과 같은 원칙 하에 세목조정이 이루어져야 한다. 첫째, 국세와 지방세의 조정을 통해 지방세의 신장성이 제고될 수 있어야 함. 즉, 신장성이 낮은 재산과세의 비중은 낮추고 소득과세나 소비과세의 비중이 높아질 수 있도록 지방세수구조가 개선되어야 한다(세수신장의 원칙).
세목조정을 위한 대상세원의 선정검토에서 국세와 지방세의 세목조정의 문제점을 토대로 지자체간 세수 불균형을 완화해야 한다.