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다만, 프로그램에 기반하여 국가재정운용계획을 수립하려면 관련된 재정정보 및 의사결정을 종전보다 조금 더 이른 시기에 시작해야 할 필요가 있을 것으로 보인다. 총액배분자율편성제도(Topdown)는 재정당국이 모든 사업을 하나하나 조정 하던 방식에서 벗어나 재정당국은 부처별 · 분야별 한도를 사전에 제시하고 이에 근거하여 각 부처가 자율적으로 예산을 편성하는 제도이다. 동 제도는 예산편성시스템을 상향식 편성방식에서 하향식 편성방식으로 바꾸는 것으로서 국가재정운용계획과 연계하여 도입됨으로써 예산편성과정을 합리화하는데 긍정적인 역할을 수행할 수 있을 것으로 보인다. 우리의 경우 예산 총액배분자율편성제도는 2004년도 예산편성 시 4개 기관에 시범실시하고, 2005년도 예산편성 시 53개 전체 중앙관서 중 국회, 대법원, 헌법재판소, 중앙선거관리위원회, 감사원 등 5개 독립기관을 제외한 48개 부처를 대상으로 전면 적용하였다. 동 제도는 그 동안 법적 근거 없이 운용되었으나 2006년 10월 4일 제정된 국가재정법 제29조제2항에 예산안편성지침에 지출한도를 포함하여 통보가 가능하도록 규정함으로써 법적근거를 마련하게 되었다.
총액배분자율편성제도는 재정당국이 부처별·분야별 한도를 사전에 제시해 각 부처가 자율적으로 예산을 편성하는 제도이다.