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 한편 또다시 이조판서가 되어 조정으로 돌아온 이이를 누구보다 반긴 사람은 선조였다. 10월 22일 선조가 이이를 위로하기 위해 따로 불렀다. 이 자리에서의 대화야말로 당시 선조의 붕당 정국에 대한 인식과 이이에 대한 총애를 극명하게 보여준다. 다소 미안한 마음에서 던진 말이겠지만 선조의 첫마디는 대단히 인상적이다.
 “내가 마치 한 원제(漢元帝)가 임금 노릇 할 때와 같이 소인배를 멀리 물리치지 못하여 나라가 거의 망해가고 있다.”
 국망(國亡)을 언급했다는 것은 당파싸움에 대한 선조의 인식이 그만큼 절박했다는 뜻이기도 하다.
 이이가 조정에 복귀하자 선조는 기뻐하며 “이제 경이 있으니 내 마땅히 모든 것을 맡기겠다”고 말한다. 그런데 이 말이 끝나자마자 이이는 정여립을 천거한다. 정여립은 원래 동인이었다가 동인이 몰락하자 서인에게 줄을 대려 하고 있었다. 이이는 정여립이 남을 업신여기는 병통이 있기는 하지만 많이 배웠고 재주가 있다며 천거를 했다. 이에 선조는 “정여립은 칭찬하는 사람도 있지만 헐뜯는 사람도 많으니 어디 쓸 만한 자라고 하겠는가”라고 그 자리에서 부정적 의사를 밝혔다. 선조 18년 5월 다른 이야기를 하다가 다시 정여립에 관한 자신의 생각을 밝히는 대목이 나오는데 역시 그대로였다. 그때는 이미 이이는 세상을 떠난 후였다.
 “정여립의 사람됨에 관해서는 내가 누차 만나서 그 사람됨을 살펴보니, 기질이 매우 강한 자인 듯하나 실로 그가 어떠한 사람인지 모르겠다.”

이이가 이조판서가 되어 조정으로 복귀하자 선조가 모든 것을 맡기겠다고 말할 정도로 기뻐했다.