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상수도보급율은 읍지역이 80.8%였으나, 면지역은 33.0%에 머물렀으며, 면지역의 대부분은 간이상수도나 자가지하수에 의존하고 있다. 한편 농산어촌의 경우 폐기물처리시설 부족으로 생활쓰레기, 폐영농자개, 외부유입쓰레기 등을 주로 자체 소각이나 매립에 의존함으로써 농산어촌 환경오염이 심화되고 있으며, 이는 지하수오염과 연계되어 농어민의 건강을 해칠 우려가 있다. 이상에서 지적한 문제점에 대한 개선방안을 검토하면, 농어촌구조개선사업계정과 농어촌특별세전입금사업계정의 사업을 성격에 따라 재편성할 필요가 있다. 즉 농어촌구조개선사업계정은 농업생산기반, 농산물유통개선, 기술개발 등 경쟁력 강화 사업위주로 개편하고, 농어촌특별세전입금사업계정은 복지 · 교육 및 지역개발 관련사업으로 특화할 필요가 있다. 농어촌특별세관리특별회계는 1994년 7월1일부터 한시적으로 농어촌특별세가 도입된 것을 계기로 1994년 8월에 설치되었고, 설치근거는 농어촌특별세관리특별회계법이다. 농어촌특별세관리특별회계의 설치목적은 우루과이 라운드(UR)가 타결됨에 따라 농림수산업의 경쟁력 강화와 농어촌산업기반시설의 확충 및 농어촌지역개발을 위하여 농어촌특별세를 신설하고 이를 효율적으로 관리하기 위하여 설치되었다.농어촌특별세관리특별회계의 세입원은 농어촌특별세법에 의한 농어촌특별세액, 융자금의 원리금 수입, 결산상 잉여금, 재정융자특별회계로부터의 예수금, 공공자금관리기금으로부터의 예수금, 그리고 기타 수입금으로 구성된다.
농어촌특별세전입금사업계정은 사업 성격에 따라 복지 · 교육 및 지역개발 관련 사업으로 특화할 필요가 있다.