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대학의 각 사업단은 예산집행의 경직성 문제를 제기하면서 사업비 편성과 지출에 대한 재량권의 확대를 요구하고 있으나 이는 후속 BK21 사업을 기획할 때 출연금 사업에서의 출연금 사용과 관리 등에 관한 규정을 준수하고 있다는 기본적인 전제 하에서 복합적 사업을 추진하는 사업단에게 출연금 집행과 운영에 관한 재량권을 일정 범위 내에서 인정할 수 있을 것이다. 사업목적 달성 평가세계적 수준의 연구중심대학을 육성하기 위한 대학재정 지원정책은 연구인력에 대한 직접적 지원과 대규모 재원의 집중지원을 통해 가능하다는 인식 하에 정부가 주도적으로 재정지원 방향을 설정하고 사업을 추진해 갔다.(1) 연구인력 지원 미흡세계적 수준의 대학원연구중심대학 육성을 통한 고급 R&D 인력을 양성하기 위한 BK21 사업에 1조 2,300억원이라는 막대한 재원을 투자한 결과 연구인력에게 연구비를 안정적으로 지원하고 대학원의 연구력을 제고하는 데 이바지했다는 긍정적 평가가 있다. 이는 기존의 R&D 사업은 연구과제를 중심으로 기성 연구자에 대한 연구비 지원의 형태로 추진되었으나 BK21 사업은 대학원생, 박사후 연구자와 계약교수 등의 연구비를 지원하면서 예산상 연구인력에 대한 인건비가 전체 사업비의 70% 이상을 차지하도록 유도하였다는 점에서 연구인력 지원의 효과가 컸다고 평가할 수 있을 것이다.그러나 우수 대학원생과 신진연구인력을 유치하는 실질적인 유인책은 미흡하였다고 할 수 있다.
BK21 사업은 연구비를 지원하면서도 인건비가 전체 사업비의 70% 이상을 차지할 수 있도록 유도했다는 점에서 연구인력 지원의 효과가 컸다고 평가할 수 있다.