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원천적으로 중앙부처 차원에서 예산이 늦게 교부된 경우에는 집행부진의 책임을 실제 사업자에게 묻기 힘들다. 그러나 중앙부처 차원에서 충분한 시간을 두고 자금이 배정되었음에도 불구하고 실제 사업자의 예산집행이 지연되는 경우도 있다. 따라서 실제 사업자인 대학의 예산집행에 대한 교육인적자원부의 관리 ․감독을 강화할 필요가 있다. 교육인적자원부의 예산집행에 대한 책임은 실제 사업자에 대한 자금배분으로 끝나지 않는다. 실제 사업자가 예산을 국회가 승인해준 대로 집행하여 사업계획에서 목표한 성과를 달성할 수 있도록 관리 ․감독할 책임이 있는 것이다. 이를 통해 실제 사업자가 회계연도 내에 예산을 집행하도록 유도하고 특별한 사유 없이 이를 이행하지 않은 사업자에 대해서는 일정한 불이익을 가하는 제도를 강화할 필요가 있다.넷째 사업의 특성상 재정지출의 자율성이 부여될 필요가 있는 사업에 대해서는 보조금을 출연금으로 전환해주는 방안을 검토해 볼 필요가 있다. 그러나 출연금은 반드시 법적 근거가 있어야 한다. 따라서 사업주체인 교육인적자 2005년도에 신규사업으로 추진된 대학구조개혁지원사업은 대표적인 사례에 해당한다. 교육인적자원부는 2004년도에 이미 예산이 확정되었음에도 불구하고 2005년 5월에 공고를 내고 9월에 선정결과를 발표하였으며 실제 대학에 대한 교부는 11월, 이후에 실행하였다.
중앙부처 자금이 배정되었음에도 불구하고 사업자의 예산집행이 지연되는 경우에도 사업자에게 책임을 묻기 힘들다.