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복권기금의 재원은 대부분 복권기금 수익금 등의 정부내부수입으로서 재원조성과 사업 간의 연계성이 특히 낮다. 
기금의 여유재원을 활용하기 위한 이유로 예산사업을 기금사업으로 이관하는 문제는 재고되어야 한다. 
축산발전기금축산발전기금은 농림부 축산국에서 수행해야 할 사업의 대부분을 기금이 담당하고 있어 사업의 종류가 다양하고 복잡한 구조를 지니고 있다. 따라서 사업간 재원배분의 원칙과 기준이 분명하지 않고 체계적이고 실효성 있는 운영전략을 마련하지 못하고 있어 사업 성과와 효율성을 확보하는 데 문제가 있는 것으로 지적되었다. 
사업 이관에 따른 재원 확보를 위해 기금의 주요 조성재원인 마사회납입금은 농업구조개선특별회계의 수입으로 이관하여 축산 관련사업들을 지원하도록 함. 
융자사업 축산물 가공시설, 유통구조 개선을 위한 융자사업은 이차보전 방식으로 전환하여 예산사업화를 검토할 필요가 있음. 자료: 기획예산처 기금운용평가단, 기금존치평가보고서, 2004.8.
상기 지적사항이 2006년도 기금운용계획안에 반영되었는지를 보면 전년도 수준과 동일하게 편성되어 있다.
복권기금은 재원조성과 사업 간의 연계성이 낮은데 기금의 여유재원을 활용하기 위해 예산사업을 기금사업으로 이관하는 것은 재고되어야 하는 문제이다.