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따라서 환경개선특별회계가 회계자체의 독립성을 확보하고, 예산회계법이 규정하는 특별회계 설치목적에 부합되기 위해서는 환경개선특별회계를 일반회계와 분리하여 운용하여야 할 것으로 본다. 환경개선특별회계를 일반회계와 분리하여 운용하는 방안으로 현행 환경개선특별회계 사업들 중 기본사업과 환경관련부담금과 연계성이 없는 일부 주요사업을 일반회계 사업으로 시행하는 것을 생각할 수 있을 것이다. 이렇게 분리된 재정운용 방식은 원인자 부담원칙에 따라 징수한 환경관련부담금과 연계된 사업을 환경개선특별회계를 통해 시행함으로써 환경개선특별회계 세입과 세출의 연계성을 제고해 나갈 수 있을 것으로 본다. 환경부가 설치 · 운용하는 일반회계는 타 부처들이 운용하는 일반회계와는 달리 재정사업을 수행하지 않고 단지 환경개선특별회계 세입예산 충당을 위한 국고재원의 전출기능을 담당하고 있다. 환경개선특별회계의 세입예산안 중 일반회계 전입금의 비중이 약 60% 정도를 차지 하는 이유는 2005년도에 지방양여금특별회계의 폐지로 인해 지방자치단체에 지원되었던 수질오염방지양여금이 일반회계 전입금에 포함되었기 때문이다.
지방양여금특별회계 폐지로 수질오염방지양여금이 일반회계 전입금에 포함됐기 때문에 일반회계 전입금은 환경개선특별회계의 세입 예산안에서 약 60%의 비중을 차지한다.