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또한 현 군인연금기금의 재정적자 상황을 고려한다면 기금을 효율적으로 관리할 수 있는 자산운용시스템의 개발 등이 요구된다. 
 그러나 현재 군인연금과의 구성을 보면, 연금과장을 비롯하여 연금운영 담당 4명, 연금급여담당 5명, 연금정책담당 2명, 심의담당 2명, 기금담당 2명 등 총 16명이 군인연금관련 업무를 수행하고 있다. 
 이 규모는 효율적인 연금업무 부문별 분석 수행을 위해서는 절대적으로 부족한 것으로 지적되고 있다. 
 절대적인 운용관리인원의 부족과 전문가의 부재로 자립적인 기금 증식사업 등의 업무수행에 있어 여러 가지 제한이 따른다. 
 타 연금에 비해 연금규모는 작지만, 한반도의 특수한 상황 인식 하에 군인의 미래에 대한 안정적인 생활 보장의 중요성과 현재 군인연금의 자립도가 현저히 낮은 재정구조를 고려한다면, 단순히 기금의 규모만으로 중요도를 판단하여 관리되기에는 무리가 있다. 
 결과적으로 향후 기금의 안정적이고 전문적인 운용을 위해서는 보다 효율적인 작업환경의 조성이 필요하다. 
 현재의 국방부내 복지보건관실 하에 하나의 과로 조직되어 있는 것은 효율적인 군인연금관리와 자산운용이 가능하게 하기 위해서는 과소 설치된 조직이다.
군인연금 관련 업무를 16명이 수행하고 있는데 이 규모는 효율적인 연금업무 부문별 분석 수행을 위해선 절대적으로 부족하다.