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개성공단개발사업에 있어서의 문제점은 여러 가지가 있지만 우선 첫째는 개성공단 기반시설 건설의 집행부진 및 이에 따른 사업지연이다. 
2006년도 기금운용계획안에서 통일부는 북측과의 합의 및 설계 등이 거의 완료되어 공사가 추진되고 있는 만큼 2005년말까지 기금집행에는 큰 문제가 없을 것으로 설명한 바 있었으나, 동 사업의 2005년도 집행실적은 2004년도에 이어 여전히 부진하였다. 
 따라서 사업계획 수립 시 사업진행 상황을 보다 면 히 검토하여 예산이 과다 편성되지 않도록 하는 노력이 필요할 것이다. 둘째, 원산지 판정문제이다. 
 개성공단에서는 원재료를 남한 또는 제3국에서 들여와 제품을 가공·제조하므로 2국 이상에 걸친 생산형태로 볼 수 있고 2국 이상에 걸친 생산제품의 원산지 판정기준은 일반적으로 실질적 변형기준이나 주요 공정기준 등을 따르기 때문에 국제사회에서 일반적으로 인정하는 원산지 판정기준과 국별 판정기준으로 볼 때, 개성공단 입주기업들의 생산제품은 대부분 북한산으로 판정될 가능성이 높다. 
 따라서 북한산으로 판정된 개성공단 생산제품의 가장 큰 애로 사항 중 하나는 해외수출 시 경쟁국보다 높은 관세를 물어야 하는 불이익을 감수해야 한다는 것이다.
 셋째, 미국을 비롯한 일부 국가는 전략물자 및 관련 기술들이 소위 ‘불량국가’나 테러단체에 공급되는 것을 차단하기 위해 다자간 수출통제체제를 형성·운영하고 있는데, 북한은 다자간 수출통제의 적용 대상 국가이기 때문에 전략물자의 반·출입을 제한받음으로써 개성공단 입주기업들의 기업 활동에 실제적인 장애물로 작용하고 있다.
2006년도 기금운용계획안에서 북측과의 설계 등이 거의 완료되었는데 2005년도 집행실적이 부진함에 따라 사업계획 수립 시 예산이 과다 편성되지 않도록 하는 노력이 필요하다.