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현재 우리나라는 2005년 5월 24일 정부혁신지방분권위원회 주관으로 열린 ‘특별회계기금 정비관련 관계부처 장관회의’에서 교통시설특별회계는 2006년 12월 기한만료와 함께 폐지하기로 결정되었다. 이에 대해 안정적인 사회간접자본의 확충이 위협받을 수 있다는 반대의 목소리와 국가의 전반적인 재정 효율성 향상을 위해서는 폐지해야 한다는 찬성의 목소리가 대립하고 있는 실정이다. 교통시설특별회계의 설치 목적이 ‘공공교통시설의 효율적인 확충’인 만큼 동 회계의 폐지로 인해 교통시설 관련 예산의 감축이 급격히 발생해서는 안 될 것이다. 따라서 다음과 같은 방향으로 교통정책이 보완되어야 할 것이다. 첫째, 국가재정운용계획에서 건설교통부의 사회간접자본에 대한 각종 기본계획이 충분히 반영되어야 할 것이다. 둘째, 국민 전체에서 이용자와 수익자가 상대적으로 적은 교통시설에 국고 지원을 적게, 그리고 민자유치를 많이 활용해야 할 것이다. 그러나 많은 국민들이 이용하는 간선도로 및 간선철도 등에 대해서는 가능한 국고를 많이 지원하여 시의 적절한 교통서비스를 지원해야 할 것이다. 셋째, 작은 비용으로 큰 생산성을 창출하기 위해서는 건설교통기술에 대한 연구개발사업에 보다 많은 지원을 해야 할 것이다.
우리나라는 특별회계기금 정비관련 관계부처 장관회의에서 교통시설 특별회계는 폐지하기로 결정됐다.