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셋째 환경개선특별회계로 귀속되는 대부분의 부담금은 징수율 저조라는 공통된 문제점을 보이는데 이는 부과된 건당 금액이나 체납액이 대부분 소액이고,부과건수가 많아 징수 및 체납관리가 어려운데 기인한다. 개선을 위해서는 비단체납자 관리만이 아니라 부담금 징수의 일차적 책임을 가진 지방자치단체의 징수노력을 고양시킬 수 있는 방안을 시급히 마련해야 할 것이다. 체납자의 재산추적이나 압류와 같은 적극적인 체납처분처리를 통하여 체납자와 체납업체에 대한 제재조치를 강화할 필요가 있고 지방자치단체에 교부하는 징수교부금의 목적 외 사용을 감독하고 현행 정률의 징수교부금에서 징수실적에 따른 차등교부금을 도입하여 지방자치단체에 경제적 인센티브를 제안할 필요가 있다.유사부담금 통합 및 벌칙금과 조세 전환 등 제도개선부과매체와 부과목적이 동일하고 부과대상이 유사한 부담금은 통합할 필요가 있으며 특정 환경개선사업과 연계성이 낮거나 조세로 전환하였을 때 환경,개선효과가 클 것으로 기대되는 부담금은 조세 전환을 검토하고 행정벌적 성중점분석 격을 갖는 부담금은 벌칙금으로 전환하는 등의 제도개선이 필요하다.첫째 대기시설물에 대한 환경개선부담금과 대기배출기본부과금은 비록 부,과대상과 부과방식에서 차이가 나지만 부과매체대기오염와 부과목적이 동일하고 개별부과대상의 정도가 중복된다는 점에서 현행 개별부과구조를 유지하더라도 외형적으로는 통합이 필요하다고 할 수 있다.
환경개선특별회계로 귀속되는 대부분의 부담금은 체납액이 대부분 소액이고 부과건수가 많아 징수 및 체납관리가 어렵다는 문제가 있다.