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그러나 이 경우 두 가지 문제점이 발생할 수 있는데, 첫째는 사용용도를 지정하지 않는 교부세의 취지에 어긋나는 점이고, 둘째는 포괄적인 사용용도 내에서 사업 간 불균형적인 지출이 발생할 수 있다는 점이다. 그 외에도 분권교부세를 다시 국고보조금으로 환원시키는 방안, 분권교부세의 재원을 대폭 증가시키는 방안 등이 그에 대한 대책으로 논의되고 있다. 지역복지예산 확충의 필요성 등을 고려한다면, 분권교부세의 보통교부세 통합 이후를 대비한 정책적 대비가 필요한 것이 사실이다. 따라서 단기적으로 현행 분권교부세 상사업을 정리하고, 장기적으로 정부 차원에서 이에 한 대책 마련이 필요하다. 부동산교부세는 종합부동산세의 도입에 따른 자치단체의 재원감소분을 보전하고, 재정형평성을 제고하기 위하여 종합부동산세법에 의한 종합부동산세 총액을 예산에 매년 계상하여 자치단체에 전액 교부하는 제도이다. 즉 기존의 재산세 부과 상이었던 과세물건 중 일부가 국세인 종합부동산세 부과 상이 됨에 따라 발생한 재산세 감소분을 다시 지방자치단체에 환급하는 형식인 것이다. 2005년 종합부동산세 과세로 인해 감소한 재산세액은 4,280억 7,500만 원이나, 실제 교부된 교부액은 3,929억 6,900만 원이다.
분권교부세의 보통교부세 통합 이후에 대한 정책적 대비가 필요하므로 단기적으로는 분권교부세 상사업을 정리하고 정부 차원에서의 장기적인 대책 마련이 필요하다.