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2005년에 개정된 현행 지방교육재정교부금법은 특별교부금을 국가시책사업, 지역현안수요, 재해로 인한 특별수요 발생시 교부할 수 있도록 하고 있다.그러나 교육부는 이를 시행하기 위한 구체적인 시행령 및 시행규칙이 마련되어 있지 않은 상태에서 특별교부금을 교부해오고 있다. 반면, 행자부 소관인 지방교부세법은 특별교부세 운영에 관해 필요한 사항을 대통령령에서 정하도록 위임하고 있고, 시행령 및 시행규칙을 통해 자세한 사항까지 규정하고 있다. 교육부는 지방교육재정 특별교부금의 교부가 객관적이고 합리적인 기준에 의해 이루어질 수 있도록, 지방교육재정교부금법에서 교육부 특별교부금 교부기준을 시행령 또는 시행규칙에서 마련하여 공개하도록 의무화할 필요가 있다. 즉 행자부의 지방교부세법 시행규칙과 같이 교부대상별 산정항목, 교부기준 및 방법을 공식적으로 규정함으로써 교육부장관의 자의적인 판단에 따른 교부를 최소화할 필요가 있다. 지방교육재정교부금법 제5조의2(특별교부금의 교부).이는 근본적으로는 지방교육재정법에서 동 사항을 시행령에 위임하는 규정이 없기 때문이라 할 수 있다. 2007년도 예산안 분석 (II) 5. 대학(원)교육역량강화사업 가. 2단계 연구중심대학육성(BK21)(1) 사업 개요제2단계 BK21사업(연구중심대학육성사업)은 2006년부터 2012년까지 총 2조 3백억원(연간 2,900억원)이 투입되는 고등교육부문의 대형 국가전략사업이다.
2005년에 개정된 지방교육재정교부금법은 특별교부금을 국가시책사업 등의 발생시 교부할 수 있도록 하고있으나 교육부는 구체적 시행규칙이 없이 특별교부금을 교부해오고 있다.