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정보통신기획평가원은 ‘부적정집행’이란 연구비를 해당과제 연구활동에 사용했으나, 실수부주의로 인한 증빙서류 미비, 연구비 사용계획 변경시 전문기관 미승인, 경미한 규정 위반 사항 등이며, ‘부정집행’은 연구과제 외의 목적으로 고의적이고 부당한 이익을 챙긴 경우를 의미한다. 그러나 중소기업기술정보진흥원에서는 ‘불인정집행’을 실수부주의에 의한 경미한 오집행을 의미하며, ‘부적정집행’을 의도적인 사업비 유용 등에 대한 사항으로 정의하고 있다. 연구관리전문기관에 따르면 위탁회계법인에서 연구기관의 연구비 집행 내역에 대한 상시점검과 정산 컨설팅으로 부적정집행을 최소화하여 효율적 예산집행을 유도하고 있다고 한다. 그러나 부처가 연구개발비 지급 ․ 정산업무 등을 연구관리전문기관에 위탁하였지만, 연구관리전문기관은 해당 부처의 R&D 관리규정을 근거로 정산업무의 일부를 회계법인에 재위탁하면서 연간 93억원이 넘는 연구비가 별도로 지출되고 있다. 이러한 점에서 연구관리전문기관의 고유 역할과 위탁정산을 위한 연구비 지출의 효과성 측면에 대하여 면밀한 검토가 필요해 보인다. 이와 별도로 각 연구관리전문기관의 연구비 부정집행 건에 대한 내부 적발 비율은 전체 적발 건수 중 44.3%에 불과한 것으로 나타났다. 특히, 중소기업기술정보진흥원은 ’16~’18년 평균 11.5%에 그치고 있어 자체적인 적발 건수는 낮은 것으로 보인다.
연구관리전문기관에 따르면 위탁회계법인에서 연구기관의 연구비 집행 내역에 대한 상시점검과 정산 컨설팅으로 부적정집행을 최소화하여 효율적 예산집행을 유도하고 있다고 한다.