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단체의 예산 요구에 따라 지출한도 내에서 자율 편성되기 때문에 지방자치단체의 수요가 적은 사업은 예산이 삭감되거나 사업 자체가 폐지될 수도 있다. 이것은 지역발전을 위해서 지방자치단체의 우선순위에 따라 재원배분이 이루어져 국가 재정운용의 효율성이 제고된다고 볼 수 있다. 그러나 이런 과정에서 지방자치단체는 보조율이 높은 사업에 대한 요구가 많아지게 되고 그 결과 상대적으로 낮은 보조율을 적용 받는 분야는 사업추진에 어려움이 예상된다. 향후 보조율의 수준은 사업의 성과 평가 결과와 지역의 재정 수준과 낙후정도 등을 반영하고 사업의 외부효과의 정도와 국가 정책적 우선순위를 반영하여 설정 해야할 것이다. 국가균형발전특별회계는 예산의 편성과 사업의 집행 관리 사후 평가 등의과정에서 특별회계의 관리․운용주체인 기획예산처와 국가균형발전 정책을 수립 하는 국가균형발전위원회 그리고 사업 집행을 관리 ․감독하는 사업의 소관부처의 각각의 역할과 책임한계가 불명확한 문제를 가지고 있다.문화 ․관광 분야의 사업이 포함되어있는 지역개발계정의 경우 지역의 특성과 우선순위를 반영하기 위해서 시 ․도별 지출한도 내에서 자율 편성하게 된다.
지방자치단체의 수요가 적은 사업은 예산이 삭감되거나 사업 자체가 폐지될 수 있어 보조율이 높은 사업의 요구가 많아지고 보조율이 낮은 분야의 사업추진에 어려움이 예상된다.