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미국 등의 사례나 현실적인 감사원의 자원을 고려해 볼 때 재무감사를 일부 외부 감사인에게 위탁 · 대행하는 것이 더욱 확대될 것은 분명한 것으로 보이나 이 경우에도 민간기관이 감사를 대행할 경우 발생할 수 있는 문제점에 대해서도 충분히 고려해야 할 것이다. 구체적인 예를 들자면 감사대상기관과 민간 회계감사인간의 내부거래 혹은 이해관계로 인해 감사인 선임 과정 · 감사의견 표명 등에서 독립성 시비가 발생할 경우, 의견이 적정의견이 아닌 한정의견 · 부적정의견 · 의견거절로 표명되었을 때 이에 대한 제재나 사후관리 문제, 외부 감사인의 품질을 평가하고 관리하는 문제 등을 감사원이 어떻게 평가하고 수행할 것인지에 대한 논의가 필요할 것이다. 또한 정부의 정책 목적상 외부에 정보를 공개할 수 없는 경우 정보공개의 한계 · 감사범위의 선정 · 외부감사인의 비밀 준수 등에 대한 구체적인 검토가 이루어져야 할 것이다. 나아가 기금의 책임성과 투명성을 제고하고 정책수립과 제도개선에 기여하는 측면에서 기금평가제도 및 기관경영평가제도에 회계감사제도를 연계시키는  2004년도 기금 결산 분석방안도 고려해 볼 수 있다. 마지막으로 국회의 예산심의권이 강화되는 추세에 비추어 볼 때 그 동안 소홀한 면이 없지 않았던 ‘정부회계 및 기금의 재무감사 분야’에서 국회의 분석 · 검토기능을 강화하여 정부회계의 투명성과 신뢰성을 제고하는 방안도 적극 검토되어야 할 것이다.
미국 등의 사례를 볼 때 재무감사를 외부 감사인에게 위탁하는 것이 확대될 것이 분명하지만 이 경우 민간 기관이 감사를 대행할 경우 발생할 수 있는 문제점도 고려해야 한다.