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 그러나 본연구 지원대상이 되는 선기획 과제 중 A등급 이상의 과제 비중이 2015년 상반기 이후 2016년까지 계속 감소하고 있다. 이는 사업의 착수시점과 비교하여 우수한 선기획연구가 감소하는 것으로 볼 수 있다. 새로운 소재 개발은 연구자의 창의적인 아이디어와 이를 뒷받침할 연구계획이 중요하지만, 시간이 갈수록 이러한 연구아이디어가 고갈되어 우수한 과제 제안이 부족해지는 것으로 해석할 수도 있다. 미래소재디스커버리 지원 사업은 2024년까지 총 28개 연구단을 지원할 계획이다. 그런데 연구단 선정 시 상대적으로 이전에 비해 우수하지 않은 연구과제가 본연구단으로 지원될 우려도 있다. 따라서 미래소재디스커버리 사업은 선기획연구의 상위 평가등급 과제 비중이 감소한다는 점을 고려하여 적절한 경쟁환경에서 신규 본연구단이 선정되도록 할 필요가 있다. 둘째, 2015년 신규 연구단의 1단계 연구가 2017년에 종료된다는 점을 감안하여 엄격한 평가를 통해 연구단의 지속 지원 여부를 평가하고, 평가 결과와 연계한 예산 조정 방안을 마련할 필요가 있다. 과학기술정보통신부에서는 당초 1단계(3년) 연구 수행 후 연구목표 달성 여부 등에 대한 종합평가를 통해 2단계 진입여부를 평가할 계획이라고 밝혔다. 따라서 2015년에 착수한 일부과제는 단계평가 결과에 따라 지원이 종료될 수도 있다. 그런데 과학기술정보통신부는 2018년 예산안에서 2015년에 지원한 4개 과제를 계속하여 지원하는 내용으로 예산안을 편성하였다.
미래소재디스커버리 지원 사업은 2024년까지 총 28개 연구단을 지원할 계획이며 연구단 선정 시 우수하지 않은 연구과제가 본연구단으로 지원될 우려도 있다.