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 무로마치 막부는 1467~1477년 쇼군의 후계자 자리를 놓고 벌인 내전인 ‘오닌(應仁)의 난’으로 사실상 무너졌다. 이후 일본에서는 100년 가까이 지방 군벌(軍閥)들이 할거하는 전국(戰國)시대가 펼쳐졌다.
 막부정권과 전국시대를 거치면서 천황의 삶은 고달파졌다. 15세기 중엽부터 120여 년 동안은 신상제(新嘗祭·추수감사제)를 올리지 못했다. 원래 천황은 고대부터 농경사회의 제사장(祭司長) 역할을 수행하는 것이 가장 기본적 직무 중 하나였다. 그걸 못 하게 된 것이다. 교황이 돈이 없어서 120년 동안이나 크리스마스나 부활절 미사를 거행하지 못하는 경우에 비견할 만한 일이다.
 제104대 고카시와바라(後柏原·재위 1500~1526) 천황은 아예 즉위식도 올리지 못했다. 천황은 막부에 손을 벌렸으나, ‘오닌의 난’ 이후 제 코가 석 자였던 무로마치 막부는 “즉위식 같은 거 올리거나 말거나 마찬가지니, 그냥 넘어가라”고 면박을 줬다. 고카시와바라 천황은 즉위 22년이 되어서야 한 사찰의 도움으로 뒤늦은 즉위식을 올릴 수 있었다. 휘호나 그림을 내다 팔아 연명한 천황도 있었다고 한다.
 이렇게 어렵던 형편은 전국시대 말이 되면서 조금씩 펴지기 시작했다. 천하의 패권(覇權)을 놓고 다투기 시작한 다이묘(大名·영주)들이 자신을 다른 다이묘들과 차별화하기 위해 천황의 조정으로부터 명목상의 관작(官爵)을 구하게 된 것이다. 천황의 경제적 이해관계와 다이묘들의 정치적 이해관계가 맞아떨어진 것이다.

막부정권과 전국시대를 거치면서 천황의 삶은 고달파졌다. 15세기 중엽부터 120여 년 동안은 신상제(新嘗祭·추수감사제)를 올리지 못했다. 원래 천황은 고대부터 농경사회의 제사장(祭司長) 역할을 수행하는 것이 가장 기본적 직무 중 하나였다.