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독립성 확보를 위한 임기보장의 현실적 필요성이 강하게 제기되었으나, 독임제 기관장인 정무직공무원에 대해 임기보장을 하는 입법례가 없는 점 등 부정적인 의견도 많이 제기되어 결론을 내리지 못하고 이 문제는 국회운영위원회의 결정에 따르기로 하였다. 법안심사소위원회(2003. 6. 18)와 국회운영위 전체회의(2003. 6. 20)에서는 이 문제에 대해 격론을 벌였으나 최종적으로는 임기보장 규정을 두지 않는 것으로 결론지었다. 이렇게 하여 당초 제출된 한국의정연구원법안은 폐기되고 최종 수정된 국회예산정책처법안 이 국회운영위원회안으로 채택되어 본회의를 통과하였다(2003. 7. 1). 이로써 의회 재정전문기관 설립에 있어 가장 중요하고도 힘든 제1단계 작업이 의장님의 의정연구원 설립 의사 천명 후 1년 만에 그 결실을 보게 되었다. 청사 마련 국회 내의 사무실 부족으로 직제상의 정원인 92인과 사무보조원 21인 등이 근무할 수 있는 공간을 국회 내에 확보하는 것이 현실적으로 불가능하였다. 당시 국회 경내에는 2007년 말 완공을 목표로 국회부속청사, 즉 현재 국회의정관 공 사가 진행되고 있었는데, 완공 이후 국회 내로 청사를 이전 입주하기로 하였다.
독립성 확보를 위한 임기 보장의 필요성이 제기되었으나 결론을 내리지 못하고 국회운영위 결정에 따르기로 했고 국회운영위 전체회의에서 임기 보장 규정을 두지 않기로 결정했다.