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결과적으로 2005년 회계연도 마감일인 12월 31일 현재 학구조개혁지원사업의 실집행률은 8.4%, 학특성화지원사업의 실집행률은 17.5%에 그치게 되었다고 볼 수 있다.둘째, 예산사업의 주관부서인 교육인적자원부의 사전적인 사업 준비가 미흡했기 때문이다. 통상적으로 정부는 다음연도의 예산사업을 전년도에 사업계획을 작성하고, 정부예산안을 국회에 제출한다. 국회는 회계연도 개시 30일전까지 예산안을 의결하도록 되어 있다. 따라서 정부는 회계연도 개시일로부터 종료일까지 예산을 집행할 수 있는 충분한 시간을 확보하고 있다고 볼 수 있다. 그러나 사업수행과 예산지출에 한 사전준비가 충실히 이루어지지 않았을 경우에는 사업시작이 늦추어질 수밖에 없다. 특히 학경쟁력강화사업과 같이 사업을 공고하고, 지원한 사업자에 한 평가와 선정과정이 필요한 경우에는 집행이 더 지연되고, 결국에는 연말에 밀어내기 식으로 예산집행이 이루어지기 쉽다. 학구조개혁지원사업은 표적인 사례에 해당한다. 교육인적자원부는 2004년도에 이미 예산이 확정되었음에도 불구하고, 2005년 5월에 공고를 내고, 이와 함께 학구조개혁지원사업은 2004년 예산 요구 시에는 총사업비 800억원을 모두 민간경상이전비로 신청하였으나, 실제 집행하는 과정에서 58.0%에 해당하는 464억원을 민간자본이전비로 전용하였다.
학구조개혁지원사업의 실집행률은 8.4%, 학특성화지원사업의 실집행률은 17.5%에 그쳤다.