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 콩을 삶아 벽돌 모양으로 성형한 메주는 온도와 습도를 적당히 조절하며 수분이 15% 정도가 될 때까지 한 달 정도 건조한다. 이 과정에서 미생물에 의한 발효가 일어난다. 발효가 잘 되고 안 되고는 메주에 핀 곰팡이를 보면 알 수 있다. 전문가들은 “희고 노란 곰팡이가 적당히 어우러져 있는 메주가 잘 뜬 것”이라고 말한다. 바실러스 서브틸리스균과 유산균은 곰팡이 색깔이 흰색을 띠고, 황국균은 노란색을 띤다.
 메주를 잘랐을 때 총천연색 곰팡이가 핀 것은 좋지 않다. 특히 녹색 곰팡이는 우리 몸에 해로운 것으로 알려져 있다. 이 곰팡이는 누룩곰팡이류에 속하는 애스퍼질러스 플라부스균인데, 발암물질인 아플라톡신을 분비한다는 연구결과가 1960년대 초 발표된 바 있다. 다행히 우리 메주와 같이 자연 상태에서 혼합 균주에 의해 발효되는 식품에는 아플라톡신 생성 자체가 극히 적어 크게 위험하지 않은 것으로 밝혀졌다.
 잘 뜬 메주는 햇볕에 건조시킨 후 먼지와 곰팡이를 털어내고 적당히 염도를 맞춘 소금물과 함께 옹기에 담아 숙성시킨다. 된장 명인들은 “옹기는 유약이 발라져 있지 않아야 숨을 쉬며 오래된 것일수록 장맛을 좋게 한다”고 입을 모은다. 이는 어느 정도 과학적 근거가 있는 듯하다. 정도연 박사는 “오래된 옹기에는 다양한 미생물이 박혀 있기 때문에 맛이 좋을 수 있다”고 설명한다. “반면에 똥통으로 사용된 옹기라면 나쁜 미생물이 많아 장이 썩을 것”이라는 말도 덧붙였다.

된장 명인들은 “옹기는 유약이 발라져 있지 않아야 숨을 쉬며 오래된 것일수록 장맛을 좋게 한다”고 입을 모은다. 잘 뜬 메주는 햇볕에 건조시킨 후 먼지와 곰팡이를 털어내고 적당히 염도를 맞춘 소금물과 함께 옹기에 담아 숙성시킨다.