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루터가 바르트부르크성에 은거해 있는 사이에 종교개혁은 더욱 급진화됐다. 루터의 옛 동료 교수이던 카를슈타트나 토마스 뮌처 등은 종교개혁을 사회혁명, 민중혁명으로 이끌어가려 했다. 곳곳에서 농민반란이 일어났다. 하지만 루터는 이들과는 엄격하게 선을 그었다. 심지어 제후들에게 농민반란을 철저하게 진압하라고 독려하기까지 했다. 때문에 루터는 농민 등 기층민중들의 바람을 배신했다는 비판을 받기도 했다.
루터가 바르트부르크성에서 한 일은 결국 사상의 생산-교육-홍보-조직화로 요약할 수 있다. 1년 후 루터가 성에서 나와 비텐베르크로 돌아왔을 때, 루터도, 프로테스탄트 교회도 더욱 강해져 있었다.
그 후 유럽의 역사, 더 나아가 세계의 역사가 바뀌기 시작했다. 신앙의 자유가 인정되면서 가톨릭 보편세계가 무너졌다. 처음에는 제후들에게만 인정된 신앙의 자유였지만, 이는 훗날 양심의 자유, 표현의 자유, 정치적 자유, 경제적 자유로 발전해 나갔다. 가톨릭의 보편주의적 세계관이 무너진 자리에 근대 국민국가가 들어섰다. 유럽세력의 팽창에 따라 그러한 가치관과 질서는 오늘날 세계 대부분의 지역으로 전파됐다.
이 모든 것이 1517년 10월 30일, 루터가 '95개조의 반박문'이라는 대자보를 비텐베르크 교회 문에 못질해 붙인 데서 비롯되었다. 거대한 위선이 세상을 지배하고 다수의 대중은 거기에 따라가는 형국에 루터 혼자서 진실을 보고, 진실을 외쳤다. '95개조의 반박문'을 못질하는 소리는, 근대로의 진군을 알리는 나팔소리였다. 한 사람, 마르틴 루터라는 한 사람이 이 거대한 변화를 일으킨 것이다.

신앙의 자유가 인정되면서 카톨릭의 보편 세계가 무너져 제후들에게만 인정된 신앙의 자유에서 양심의 자유, 표현의 자유, 정치적 자유, 경제적 자유로 발전해 나갔다.