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형사사법통합정보체계추진단에서 설명하고 있는 시스템의 구성방식은 검찰,경찰 법무부 법원 등 기관별로 구축돼 있는 데이터베이스를 서비스 관점으로 구축 파티셔닝해 시스템을 통합하여 한 곳에 집중시키는 통합형 정보프로세스 구축방식임 당초부터 형사사법통합정보체계는 통합형을 염두에 두고 시스템을 구축하여 왔고 이미 차연도 사업이 년 월에 완료된 상태이지만 일부 기관이 시스템 구성방식에 대한 이견으로 사업이 지연되고있음. 시스템 구성방식의 변경은 시스템의 설계방식을 변경해야 하는 것이기 때문에 추가적인 예산책정이 필요하게 되며 사업추진의 지연도 불가피 하게 됨. 따라서 동 사업을 계획대로 추진하고 예산의 불필요한 추가지출을 막기위해서는 추진기관 간의 시스템 구성방식에 대한 명확한 합의가 필요함 형사사법통합정보체계 구축의 핵심인 전자적 형사사법절차가 그 법적 정당성을 인정받기 위해서는 전자적으로 처리되는 서명 날인에 대한 법적효력을 인정하고 그 절차를 명문화시키며 전자문서의 진정성을 보장하는 전제조건을 규정하는 절차법 즉 형사소송법의 개정이 필요함.
시스템 구성 방식의 변경은 설계 방식을 변경해야 하기 때문에 추가적인 예산 책정이 필요하며 사업 추진의 지연도 불가피하게 된다.