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 공사 감리는 전문기관인 조달청에 의뢰하여 조달청의 기술진이 담당하게 되었다.1986년 10월 18일 역사적인 수산연구단지 조성의 첫 삽을 뜨게 되었고, 같은 해 10월 22일에는 황인성 농림수산부장관, 수산청장, 지역주민 및 시공관계자 등이 참석한 가운데 현지 공사현장에서 기공식이 개최되었다.공사추진은 예산 사정상 1986년부터 1988년까지 연차적(3개년 계획)으로 시공하였는데 1차 공사는 국립수산진흥원 본관, 연구동, 어구어법동 및 기계실동 등 총 4,302평 규모로 6,577백만 원이 투입되어 2년간의 공사 끝에 1988년 10월 30일 완공되었으나, 상수도, 진입도로 등 기반시설이 완성되지 제 1 장  동해수산연구소 개소 전의 수산시험조사38않아 약 6개월간 시설공사를 마무리 한 다음해인 1989년 5월 6일 국립수산진흥원이 먼저 영도 청사에서 신설된 신청사로 이전을 완료하였다.1989년 12월 8일 강영훈 국무총리, 유관 국회의원, 수산청장, 수산단체, 어업인 및 지역주민 등 다수 인원이 참석한 가운데 수산연구단지 준공식을 개최하였다. 2. 동해 권역의 주요 수산시험조사사업해양환경 조사연구해양의 구조와 변동을 파악하기 위한 정선 및 연안 정지해양관측은 현재까지도 계속 실시되고 있다. 인공어초 효과조사는 1975년부터 1984년까지는 증양식분야에서 담당해 오다가 1985년부터는 해양조사 분야에서 실시하게 되었다. 1987년에는 인공위성 수신에 의한 해양표층의 해황을 조사하기 위한 해양원격탐사사업이 NOAA 위성수신장치의 설치와 함께 시작되었으며, 1981년부터 한국해양자료센터(KODC)를 운영하였다.
수산시험조사사업해양환경 조사연구 해양 구조와 변동을 파악하기 위한 정지해양관측은 계속 실시되고 있으며 인공어초 효과조사는 1985년부터 해양조사 분야에서 실시됐다.