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 동해 연안어장 조사 해역은 속초, 주문진, 포항 영일만 및 구룡포(29개 정점)로서 해수의 일반오염 항목(수온, 염분, pH, 용존산소(DO), 화학적산소요구량(COD), 용존무기질소(아질산질소(NO2N), 질산질소(NO3N), 암모니아질소(NH4N)), 용존무기인(DIP), 부유물질(SS), 엽록소a(Chla), 투명도(Secchi Depth)에 대해 조사하였다. 1996년 8월 해양수산부가 출범하면서 기존의 환경오염조사 과제는 환경부에서 운영하던 해양오염측정망 사업과 병합되어 “국가해양환경측정망” 사업으로 운용되었다. 이 사업은 해양오염방지법을 개정하면서 단순한 오염에 관한 연구가 아닌 해양환경의 보전과 복원으로 확대한 개념을 도입하여 국립수산과학원에서 총괄하여 운영하였다. “동해해양환경측정망 조사”는 강원 거진에서 경북 감포까지 15개 연안 65개 정점에 대해 연 4회(2,5,8,11월)에 걸쳐 해수의 일반오염 항목을 모니터링 하였다. 2000년부터는 해수 일반항목 이외에 유분과 대장균군수, 해양생물(엽록소a)과 해저퇴적물(입도, 강열감량, 화학적산소요구량, 총황화물)등의 조사항목 확대와 더불어 15개 연안 74개 정점, 2개 근해 18개 정점으로 조사정점도 확대하였다. 국가해양환경측정망 사업은 2011년 한국해양환경관리공단으로 이관되었으며, 이후 과학원에서는 해양수산부 “어장관리법”에 의거 전국연안의 마을어장과 양식장 인근 제 2 장  동해수산연구소 개소 후의 수산시험조사68연안에 대해 짝수 월에 어장환경모니터링을 수행하고 있다.
해양수산부가 출범하면서 기존의 환경오염 조사 과제는 국가해양환경측정망 사업으로 운용됐고 해양 환경의 보전과 복원으로 확대한 개념을 도입해 국립수산과학원에서 운영했다.