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 갈등의 뿌리는 서 총장 취임(2006년)보다 이전으로 거슬러 올라간다. 2004년 7월, 학생과 교직원 등 환영 인파가 모인 가운데 노벨상 수상자 로버트 러플린(Laughlin)이 총장으로 취임했을 때, 학교는 축제 분위기였다. 히딩크 감독과 비견됐던 그는 ‘세계 대학 월드컵’이 있다면 KAIST를 4강은 물론 우승까지 끌어올릴 기세였다.
 기대와 희망이 컸던 만큼 실망도 빨랐다. KAIST를 사립화, 종합대학화, 탈(脫)이공계화, 학부중심화하겠다던 그의 ‘기이한’ 포부는 교수들의 반발에 막혔다. 한국어를 하지 못하는 총장은 교수들의 만류에도 KAIST를 ‘당신들의 대학(your university)’이라 칭하는 등 돌발 행동을 이어 나갔다. KAIST 이사회와 정부는 결국 러플린이 KAIST 총장보다는 스탠퍼드대 교수가 어울린다고 판단해 2년 총장 임기를 더 이상 연장하지 않았다. 러플린은 미국으로 돌아갔다.
 정재승(鄭在勝) 바이오 및 뇌공학과 교수는 당시 《한겨레21》 칼럼을 통해 “KAIST는 외국인 총장을 영입할 만큼 개혁을 원하고 있었으며, 아마 러플린 총장이 연임되지 않더라도 차기 총장을 다시 외부 인사에서 찾을 만큼 개혁 의지가 강하다”라며 “풍부한 행정 경험을 갖추고, 내가 일하는 터전을 ‘우리 대학’이라 부르고, 자신이 옳다고 믿는 개혁을 향해 교수들을 설득하는 외국인 총장이라면, 대학 발전에 도움이 될 수도 있다”고 주장했다.

러플린이 총장으로 취임했을 때 학교는 축제 분위기였지만 KAIST를 사립화, 종합대학화하겠다던 그의 기이한 포부는 교수들의 반발에 막혔다.