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 이에 대해 북측은 “흥왕사지의 면적・위치・지형도 등을 확인하여 발굴대상지로 적절한지 검토하겠다”고 답했고 쌍방은 2006년 초 실무협의를 열기로 하고 회의를 마쳤다.2006년 1차 실무협의는 1월 21일 ~ 22일 중국 베이징에서 개최되었다. 남측에서는 정태헌 역협 집행위원장, 김광운 집행위원(국사편찬위원회 연구관), 기광서 집행위원(조선대 교수), 신준영 사무국장이 참석했고 북측에서는  민화협의 김명성 참사, 김철남 참사, 한기범 참사가 참석했다.우선 개성지역 역사유적 남북공동 발굴조사 착수 시기는 4월로 합의되었 다. 공동 발굴조사 대상지에 대해 북측은 “남측 제안에 반대는 없는데 ‘흥왕사지’를 2월 초에 현지답사하여 확인・검토한 후 최종 의견을 내겠다”고 했다. 다음으로 공동 발굴단의 구성과 운영에 관한 협의가 이어졌다. 가장 중요한 사항은 최소한 3개월의 발굴조사 기간을 확보하는 것이었다. 당시까지 남측인사가 평양이나 개성시내에 3개월간 체류한 사례는 없었다. 그러나 남측조사단이 개성공단에서 숙식하면서 시내 유적지로 출퇴근하면 3개월 체류도 가능하지 않을까 싶었다. 북측도 이에 동의했다. “이미 현대 등 남측인력들이 개성공단에 상주하고 있으므로 발굴조사를 위한 남측 인력들의 비교적 장기간의 상주도 가능할 것으로 판단된다”는 의견이었다. ‘비교적 장기간’이 어느 정도 기간인지는 그 자리에서 확인할 수는 없었지만 일단 첫 번째 난관이 풀어지는 순간이었다.
중국 베이징에서 개최된 2006년 1차 실무협의에서 개성지역 역사유적 남북공동 발굴조사 착수 시기가 합의됐다.