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 1992~1993년 어병연구실과 유전공학동이 신축되었으며, 1999년 12월 17일에는 수산공학수조동 건립을 위한 기공식이 거행되었고 139억 원을 투입하여 2002년 완공하였다.1990년대 초반에 당시 지역별 수산연구소였던 목포, 여수, 포항, 통영 및 제주수산연구소의 청사가 신축되었는데, 1990년대 후반에 동해수산연구소는 경북 포항시에서 강원도 강릉시 소재 신청사로 이전(1997년 4월 27일)하였 다. 이전 당시 연구소 후보지는 경북 2개소(포항 및 울진)와 강원도 2개소(강릉시 연곡면 영진리 및 동덕리)가 후보지로 선정되었으며, 전문가 TF를 구성하여 주위환경, 양수조건 등 제반여건 등에 대하여 검토한 결과, 강원도 강릉시 연곡면 동덕리로 결정되었다. 이러한 결정은 강릉이 동해의 중심에 위치해 있다는 점, 시내 중심지로부터 다소 떨어져 조용하고 주위환경이 깨끗하다는 점, 향후 확장성이 좋다는 점이 고려된 것이었다. 새로 건립된 동해수산연구소(강릉시 연곡면 동덕리)의 규모는 부지 36,602m2, 건물 4,682m2이었고 이전의 동해수산연구소는 동해수산연구소 포항분소로 개명제 3 절  수산업발전 도약기의 수산시험조사(1990년대 이후)55(현재 독도수산연구센터)되었으며 부지 11,932m2, 건물 374m2이었다.또한 1999년부터 국가연구개발사업인 ‘수산생물방역체계 구축사업’이 국립수산과학원의 고유사업으로 시작됨에 따라, 동해수산연구소에도 수산생물방역 업무의 원활한 수행을 위하여 수산방역동 건립을 추진하였으며, 2010년  6월 23일 착공하여 2010년 11월 19일에 준공하였다.
지역별 수산연구소의 청사가 신축됐으며 경북 포항시에 있던 연구소는 강원도 강릉시 소재 신청사로 이전되었다.