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 반면 아프간 반군세력은 점차 세력을 회복하고 있다. 현재 미국이 파악하고 있는 아프간의 반군 세력은 크게 세 갈래다. 
 첫째는 2001년 미군에 의해 축출될 때까지 아프간을 통치하던 탈레반. 현재 파키스탄 퀘타 지역에 본부를 두고 있는 물라 오마르가 지휘하고 있는 단체다. 
 둘째는 잘랄루딘 하카니를 지도자로 두고 있는 탈레반 세력. 이 반군세력은 1980년대 소련이 아프간을 점령하고 있었던 시절 강력한 무력저항을 전개함으로써 유명해졌고, 이 당시 오사마 빈 라덴과 협력하기 시작한 것으로 알려졌다. 11월 초 유엔 직원 다섯 명을 살해한 것도 이 단체다. 
 세 번째는 소련 점령하에서 반군으로 이름을 떨친 굴부딘 헤크마티아르라는 군벌이 지휘하는 단체다. 
 이들 탈레반 단체들은 각기 다른 지역에서 미군 축출을 목표로 반군활동을 벌이고 있다. 반면에 9·11테러 공격을 감행한 알카에다 소속으로 아프간 내에서 활동하고 있는 인원은 100명 정도밖에 안되는 것으로 추정하고 있다. 
 문제는 최근 들어 탈레반 단체들이 알카에다와 깊숙이 연결되면서 이념적으로도 과격화되기 시작했다는 데 있다. 탈레반은 아프간 내에 이슬람 근본주의 국가를 세우는 것을 목표로 한다. 따라서 그들은 해외에 이슬람교를 전파하는 데는 관심이 없다.
 반면 알카에다는 미국이라는 ‘사탄’이 주도하는 국제질서와 현대문명에 대한 전 세계적인 ‘지하드(聖戰)’를 벌이는 단체다. 최근 들어서 탈레반 단체들도 점차 알카에다의 영향을 받으면서 아프간의 경계를 넘어 전 지구적 차원의 성전을 목표로 하는 경향이 점차 두드러지고 있다. 알카에다는 재정적 지원과 적극적인 선전활동을 통해 탈레반의 새로운 이념설정을 지원하고 있다. 

미국이 파악하고 있는 아프간의 반군 세력은 크게 세 갈래인데 첫째는 탈레반 둘째는 하카니를 지도자로 두고 있는 탈레반 세력 셋째는 군벌이 지휘하는 단체이다.