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효율적인 성과중심의 재정운용을 위해서는 개별적으로 추진되는 프로그램 예산제도, 발생주의 정부회계 및 재정활동의 성과관리제도를 총괄하는 조직 및 프로그램을 마련하는 것을 고려할 필요가 있음. 
정부는 성과중심의 재정운용을 위해 프로그램 예산제도, 발생주의 정부회계제도 및 재정활동의 성과관리제도를 도입하였으나, 성과중심의 재정운용을 총괄하는 조직 및 프로그램을 마련하지 않음.
따라서 각 제도들의 운영은 성과중심의 재정운용을 위해 유기적으로 이루어지기 보다는 개별적으로 각 제도들이 요구하는 산출물을 생산하는 것에 중점을 두고 있는 경향을 보이고 있음.
IX. 발생주의 회계제도와 성과관리에 있어 문제점 및 개선방향
1. 발생주의 회계제도 도입배경 및 성과관리 측면에서 의의 
도입 배경: 재정 건전성 여부를 점검하고 성과평가가 가능한 새로운 선진 재정운영시스템 구축의 필요성이 제기됨에 따라 발생주의복식부기 회계제도(이하 ‘발생주의 회계’라 함)를 도입하게 됨.
법적 근거: 2007년 10월에 국가회계법이 제정되고, 2012년에는 발생주의 회계를 기반으로 한 2011회계연도 결산보고서가 국회에 제출됨. 
성과관리 측면에서 의의: 단순히 사업별 지출내역만 제공되는 세입세출결산에 사업별 투입 원가정보까지 산출됨으로써 사업별 성과파악이 가능해져 성과 중심의 재정운영이 가능해짐.
2. 발생주의 회계제도의 도입과 성과관리에 있어 문제점 및 개선방향
재정운영표 상의 원가정보가 성과관리에 활용되기 어려운 문제점: 비현금성 지출인 감가상각비와 대표적인 간접비인 인건비가 사업 원가에 적절히 반영되지 않고 있어, 인건비와 감가상각비 등이 사업별 원가로 합리적으로 배분되어야 함.

정부는 성과중심의 재정운용을 위해 프로그램 예산제도, 발생주의 정부회계제도 및 재정활동의 성과관리제도를 도입하였으나, 성과중심의 재정운용을 총괄하는 조직 및 프로그램을 마련하지 않음. 따라서 각 제도들의 운영은 성과중심의 재정운용을 위해 유기적으로 이루어지기 보다는 개별적으로 각 제도들이 요구하는 산출물을 생산하는 것에 중점을 두고 있는 경향을 보이고 있음.