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사전준비 부족에 따른 의무시설개선사업의 연례적인 이월 및 이에 따른 치료 지연 우려
의무시설개선사업은 2008년부터 2011년까지 예외 없이 이월이 발생함. 
2011년에는 3억 800만원으로 이월액이 비교적 적으나 잠수의무지원센터 건립 예산 전액이 이월되었음. 
2011년 예산에 미편성된 수도병원에 대한 시설개선사업 추진으로 무계획적인 사업 운영을 보여줌.
2012년에도 9월 말 기준 26.6%의 집행실적으로 이월 가능성이 높음.
군 간부에 대한 건강검진을 민간병원의 출장검진으로 실시하여 국방부 내부적으로도 군 의료기관에 대한 신뢰도가 부족한 것으로 인식될 우려
군 간부는 건강보험의 직장가입자로 보험료를 납부하고 있으며, 건강보험공단이 실시하는 건강검진을 받고 있음.
국방부는 건강보험공단을 통한 검진이므로 별도의 예산이 소요되지 않으며, 군 의료기관은 장병들에 대한 검진과 진료에 집중하는 것이 효율적이라는 입장임.
그런데 군 의료기관을 보유하고 있으며, 연간 1,800억원의 예산을 투입하고 있음에도 불구하고 민간병원을 이용하는 것은 군 병원에 대한 신뢰도가 낮은 것으로 인식될 우려가 있음.
군 병원에서 건강검진을 실시할 경우 건강보험공단으로부터 수수료를 받아 국고에 세입 조치할 수 있다는 점에서도 군 병원 실시를 검토할 필요가 있음.
군 간부가 군 병원에서 건강검진을 받을 경우 2012년 1인당 검진비 4만 580원×15만명=60억 8,700만원의 국고 수입 증대 예측 가능

예외 없이 이월이 발생한 의무시설개선사업은 2011년에 잠수의무지원센터 건립 예산 전액이 이월되었고 예산에 미편성된 시설개선사업 추진으로 무계획적인 사업 운영을 보여준다.