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 곽상도 의원은 현 정부가 직권을 남용해 김학의 전 차관 관련 사건 수사를 맡은 검찰 특별수사단(단장 여환섭 청주지검장)으로 하여금 자신을 ‘표적 수사’하도록 했다는 입장이다. 곽 의원은 고소장에서 “청와대발(發) 기획 사정을 거쳐 김 전 차관 사건 수사 외압과 관련해 문 대통령이 위법한 수사 지시를 내렸다”고 말했다. 이어 “법에 근거해 설치되지 않은 법무부 검찰과거사위원회의 사실 조작으로 헌법이 보장한 적법절차가 보장되지 않았다”고 덧붙였다.
 과거사위원회는 지난 3월 김학의 전 차관에 대한 건설업자 윤중천씨 등으로부터 뇌물을 받아 챙긴 혐의를 수사해달라고 검찰에 권고했다. 이때 곽 의원과 이중희 전 청와대 민정비서관의 직권남용 혐의도 함께 수사해달라고 했다. 곽 의원 등이 김 전 차관을 내사하던 경찰의 수사지휘라인을 질책하고, 인사에 불이익을 주는 방법으로 수사를 방해했다는 이유에서다. 또 과거사위원회는 곽 의원 등이 이른바 ‘별장 동영상’을 감정하던 국립과학수사연구원에 청와대 행정관을 보내 해당 동영상을 보여달라고 요청해 수사에 부당하게 개입했다고 주장했다.
 검찰은 곽 의원을 한동안 ‘피수사권고대상자’라는 다소 애매한 신분으로 분류하다가 지난 4월 피의자 신분으로 전환한 바 있다. 하지만 그를 수사한 결과, 혐의 입증이 어렵다고 보고 ‘혐의없음’ 불기소 처분을 했다. 법조계에서는 곽 의원의 행위가 직권남용에 해당하는지를 두고 회의적인 시각이 많았다. 

과거사위원회는 김 전 차관이 뇌물을 받아 챙긴 혐의를 수사해달라고 검찰에 권고했을 때 곽 의원과 이 전 민정비서관의 직권남용 혐의도 함께 수사해달라 했다.