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 ‘국방개혁 307계획’ 논란의 핵심인 상부구조의 개편을 집중적으로 조명할 필요가 있다. 소위 ‘통합군(統合軍)’이냐 ‘합동군(合同軍)’이냐로 알려져 있지만, 기본적으로 문제설정부터 잘못돼 있다. 현재 우리 군의 ‘합동군제’가 무엇이고, 어떻게 생겨나서 어떻게 운영돼 왔는가를 살펴보자.
 노태우(盧泰愚) 대통령은 1990년 10월 우리 군제(軍制)를 ‘합동군제’로 전환했다. 창군 이래 획기적인 군제변경이었다. 그때까지 각군 참모총장은 군정(軍政)·군령(軍令)을 통합해 행사하고, 합참의장은 국방부장관에 대해 자문기능만 수행하는 ‘비통제형 합참의장제’였다. 현재의 합동군제는 국방부장관 예하의 합참의장이 군령(用兵)을, 각군 참모총장은 군정(養兵)을 담당하는 군정·군령 2원화체제다. 군정이란 군사력을 기르고 유지하는 기능을 말하는 것으로, 군수·전력증강·훈련·교육·동원·인사·예산 등을 가리킨다. 군령이란 군사력을 실제로 운용하는 기능으로, 작전·정보 등의 분야를 말한다.
 1994년 12월, ‘평시작전통제권’(정전시 작전통제권)이 한국군으로 전환됨에 따라 국방태세의 전면적 변환이 불가피하게 됐다. 이에 따라 합참의 강화가 급선무가 됐고, 일차적으로 ‘통제형 합참의장제’인 합동군제로 전환하게 된 것이다. 이에 따라 합참의장은 군령에 대해 장관을 보좌하면서, 전투를 주임무로 하는 작전부대를 작전지휘하고, 합동작전을 위해 창설된 합동부대를 지휘하게 됐다. 

1994년 12월 평시작전통제권이 한국군으로 전환됨에 따라 통제형 합참의장제인 합동군제로 전환하게 되었고 합참의장은 작전부대와 합동부대를 지휘하게 됐다.