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 어장환경조사는 독도 주변의 28개 정점에서 수층별 수온, 염분, 용존산소 외 5개 성분분석 및 부유생물량 조사를 실시하였다. 수산자원 생물상에 대한 조사는 삼중자망과 사각통발을 투망한 후 전체 어획물의 출현종, 우점종 등을 조사하였고 수중 잠수조사는 연구원이 직접 잠수하여 저서생물에 대한 채집, 확인과 촬영을 하였다. 그 결과, 독도 주변해역의 수질은 모두 1등급 수준이었고 어구는 삼중자망 21종, 통발 7종이 조사되었으며 무척추동물 130종, 해조류 33종이 발견되었다. 본 연구결과를 토대로 향후 독도 주변해역의 수산자원관리에 도움이 될 것으로 기대된다. 15. 고래류의 생태계 기반에 관한 연구 (2002~2006)본 연구의 목적은 우리나라 연근해 고래류 자원의 보존과 관리를 통하여 고래의 다양한 경제적 활용에 대한 과학적 근거를 마련하는 것이다. 이를 위해 한반도 주변해역 밍크고래 자원의 심층평가, 혼획좌초에 의한 비 자연사망조사, 계통군 정의를 위한 DNA분석, 멸종위기의 한국계 귀신고래조사, 소형고래류의 생태학적 특성 조사, 고래관광 타당성 조사, 고래류의 음향학적 연구, 상괭이의 생태학적 연구 등을 수행하였다. 혼획좌초한 고래류는 밍크고래, 참돌고래, 쇠돌고래 등이고 혼획 밍크고래 mtDNA의 염기서열로부터 40개의 유전자형을 관찰하였으며 소형고래류 조사에서 참돌고래, 낫돌고래 등을 발견하여 생태학적 특성을 분석하였다. 또한 경북 연안에서 귀신고래 육상 조사를 실시하여 연안 회유의 가능성에 관한 정보를 수집하였고 수중촬영과 사진을 이용한 개체식별 조사를 실시하였으며 고래관광 타당성을 검토하였다.
어장환경조사 결과 독도 주변해역 수질은 1등급 수준이며 33종의 해조류와 130종의 무척추동물이 발견됐다.