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 이러한 방법은 최초 설정된 트렌치와 매장주체부의 방향이 전혀 맞지 않거나 위치가 엉뚱하게 지정되는 경우 트렌치의 위치가 매장주체부와 연결되지 않는 경우도 발생하게 되므로 이들의 구조를 파악하기가 매우 어렵다. 또한 중심 둑이 잘못 설정되면 구획의 한 단면을 자르므로 토층해석에 있어 매우 어려움이 따른다. 이러한 트렌치 제토 방법은 분(墳)보다는 묘(墓)를 중심으로 한 조사방법이라 할 수 있다. 두 번째, 계단식 제토는 다수의 둑을 남겨 두고 구획성토 또는 분할성토라는 공정방법을 염두해 두고 조사하는 방법이다. 특히 평면적인 축조 양상의 파악이 가능하며, 구획지점의 교차상태를 통해 축조 순서 등을 밝히는데 용이하다. 하지만 둑이 너무 많으며 매장주체부와 둑이 어긋날 경우 단면상에서 드러난 현상 외에 평면상에서 드러나는 현상을 파악하기 힘든 단점이 있다. 세 번째로 수평식 제토는 둑을 계속 제거하면서 조사를 진행하는 방법으로 평면상에서의 변화 양상에 대한 자료를 얻는에 용이한 방식이다. 하지만 몇 차례에 걸쳐 둑을 설정하고 제거하였기 때문에 이들을 연결시키고 전체적으로 해석해 내는데 있어서 상당한 어려움이 따른다. 사진상에서도 전체 토층 상황을 한 눈에 파악할 수 있는 자료를 확보할 수 없고 전적으로 보고자의 의견을 따를 수밖에 없는 단점이 존재한다. 마지막으로 트렌치 및 계단식 제토를 혼용한 방법으로 트렌치를 통하여 상부에서부터 생토면까지 확인한 후 나머지 분면을 계단식으로 제토하며 평면상의 정보를 취득하는 방법이다.
트렌치 제토 방법은 중심 둑이 잘못 설정되면 구획의 한 단면을 자르므로 토층 해석이 어려움이 따르기에 분보다는 묘를 중심으로 한 조사 방법이라 할 수 있다.