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 또한, CITES 부속서 등재종의 목록을 반영한 통합공고를 1993년 10월에 고시하고 CITES 수출입인허가 업무처리를 위한 지침 발간을 1993년 12월에 완료함으로써 국내 이행 기반 마련을 완료하였다. 한편, 국제 사회의 비난의 직접적 원인이었던 호랑이 뼈와 코뿔소 뿔의 수입, 판매 및 의약품의 제조 등을 금지 하고 위반시 최고 5년이하 징역 또는 2천만원 이하 벌금 처벌 규정을 포함한 약 사법 개정안이 1994년 12월에 시행되었다. CITES 사무국에서도 가입 이후 우리나라의 이행 현황 점검 및 주요 권고 사항 전달을 위하여 1993년 12월 실무대표단을 1994년 1월에 고위급 대표단을 보내어 요구사항을 제시하였다. 이들 방문단은 CITES 관련 국내 입법 추진 상황 및 처벌 수준 검토, 호랑이 뼈와 코뿔소 뿔에 대한 국내 이용 제한 방안 수립, 통관 및 단속 효과 증대를 위한 조치 마련, 대국민 홍보 및 환경 단체와의 협력 등을 요구하였다. 법률 정비와 함께 정부는 CITES 대상 종에 대한 불법 거래 단속을 지속적으로 강화하였다. 1993년 상아 450kg을 밀반입하던 관련자를 적발, 고발하였으며 1995년 검찰, 경찰, 세관 및 시도 약사감시원 등을 활용하여 28,467개소의 한의원, 한약도매상, 약국 등을 대상으로 단속을 실시하였다. 또한 1997년 우리나라 재외교민과 여행객에 의해 웅담 불법 반입이 이루어지고 있다는 국제 민간단체의 비난에 대응하기 위하여 전국에서 웅담을 취급할 가능성이 있는 한약취급업소 및 제약회사 등 28,790개 업소에 대해 불법 거래 일제조사를 실시하기도 하였다.
정부는 CITES 대상 종에 대한 불법 거래 단속을 강화하며 밀반입하던 관련자를 적발 및 고발하였고 한의원과 한약도매상 등을 대상으로 단속을 실시했다. 