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 원세훈 원장은 전임(前任) 김성호(金成浩) 원장이 하지 않은 국정원 조직·기능 개편도 단행했다. 대북정보 수집을 3차장 산하에서 1차장 산하로 이관했고, 과학정보 수집과 외사방첩 분야를 3차장 산하로 뒀다.
 조직·기능 개편의 잡음은 시간이 흐르면서 나오기 시작했다. 최근 일련의 국정원 사건은 무리한 조직개편과 잦은 인사에 따른 후유증이라는 지적이 있다. 기자가 만난 전직 국정원 관계자들은 하나같이 자신의 이름을 밝히지 말 것을 요청했다. 자신의 이름이 거론될 경우 자신을 아는 현직 직원들이 불이익을 당할 수 있기 때문이라는 것이다. 전직 국정원 관계자들은 “원세훈 원장이 부서장 회의에서 공개적으로 ‘전직 직원들을 만나지 말라’고 두 차례에 걸쳐 지시했다”고 전했다. 이에 대해 국정원 측은 “업무 보안유지를 위함이었으나 일부 직원들이 오해하고 있다”고 밝혔다.
 국정원 사정에 밝은 한 관계자의 말이다.
 “이명박 정권이 들어서면서 국정원 내 특정지역 출신이 당하고 있습니다. 설명할 수 없는 인사난맥이 벌어지고 있습니다. 얼마 전 현직 공관장을 만났는데 제게 ‘직원을 시도 때도 없이 바꾼다. 이 자리에 있는 동안 얼마나 바꾸는지 한 번 세어나 보자는 생각이 들 정도다. 일을 제대로 맡길 수가 없을 지경이다. 그냥 상황이 바뀌기를 기다리고 있다’고 하더군요. 상황변화라는 게 뭐를 뜻하겠습니까. 정권이 바뀌거나 원장이 바뀌는 것 아니겠어요.”

전직 국정원 관계자들은 국정원 조직·기능 개편을 단행한 원 원장이 전직 직원들을 만나지 말라고 지시했다고 했다.