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 공모사업은 행정자치부 마을기업 사업비 지원 공고, 서울시 마을기업 공간임대보증금 지원 공고 두 가지로 진행되었다.  2013년 마을기업 지원 공고는 행정자치부의 사업비 지원 공모(1년 차5,000만 원, 2년 차 재지정3,000만 원)와 서울시의 공간임대보증금 1억 원 지원을 골자로 하여 상반기는 2013년  3월 7일, 하반기는 2013년 6월 14일에 각각 지원 공고가 진행되었다. 2013년도에는 마을기업사업단이 사업을 시작한 이후 처음으로 진행된 행정자치부 지원 공고를 진행하였는데, 당시 사업단에서 선발되어 직무훈련 교육을 받은 25명의 인큐베이터가 자치구로 파견되어, 지역 구석구석을 발로 뛰며 마을기업의 주체들을 발굴하고, 마을기업으로 성장시켰다. 특히, 2013년 공고의 가장 큰 특징은 지원 자격을 협동조합 법인격으로 제한하였다는 점이 다. 2012년 협동조합 기본법이 제정된 이후 협동조합 설립이 용이해졌고, 협동조합의 구성, 운영 원리, 원칙 등이 마을기업의 협동적 운영원리와 잘 맞닿아 있기 때문에 공모 자체를 협동조합의 경우로 한정하게 되었다.  2013년 공모 신청 기업 현황을 보면, 총 신청 단체가 137개로, 행정자치부(사업비) 마을기업 신규 102개(재지정 및 2년 차 연장 기업 포함), 서울시(공간임대보증금) 마을기업에 67개 기업이 신청하였음을 알 수 있다. 이 중 자치구 심사, 서울시 심사를 거쳐 총 행정자치부 마을기업 24개, 서울시 마을기업 24개가 선정되었으며, 사업비와 공간임대보증금을 동시에 지원받은 기업 수는 8개 기업이다.
2013년에는 마을기업사업단이 처음으로 행정자치부 지원 공고를 진행했는데 사업단에 선발되어 직무훈련을 받은 25명의 인큐베이터가 자치구에 파견돼 마을기업의 주체를 발굴했다.