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 2모작에서는 시듦병 발생이 적으므로 돌림병과 잎마름병 방제에 보다 중점을 둔다. 종합 방제 시 10일 간격의 5회 방제는 기본적인 방제 횟수이므로 기상 환경 및 병 발생 상태에 따라 추가 방제를 하여 안전한 농사가 되도록 해야 한다. 나. 충해 방제(1) 진딧물충해에 의한 참깨의 수량 감소는 전 세계적으로 볼 때 25% 정도로 추정되고 있으며 충해 중에서는 진딧물의 피해가 가장 심하다. 진딧물은 생육 전반에 걸쳐 참깨에 직접적인 피해를 줄 뿐만 아니라 바이러스 병을 전염시키는 원인이 되며, 1년에도 여러 세대를 거치므로 참깨 생육에 회복할 수 없는 치명적인 피해를 주기 전에 미리 적당한 방법으로 방제되어야 한다. 진딧물은 가물 때 발생이 많으며, 우리나라에서는 유묘기인 5월 하순부터 발생하여 6월 중순이 가장 많다. 그 이후에는 장마의 시작으로 발생량이 현저히 감소한다. 진딧물 피해의 뚜렷한 증상은 잎이 심하게 오그라들고 아래로 꼬이며 생장점이 크게 손상을 받는다. 방제 약제로는 사이플루트린수화제(바이린), 델타메트린유제(데시스) 1,000배액을 살포하여 방제한다. 과채류 후작 하우스에서 진딧물이 급격하게 번지므로 발생 초기에 철저히 방제하여야 한다.(2) 거세미나방류거세미나방의 유충인 거세미는 참깨의 줄기가 목질화되기 전 생육 초기에 참깨 줄기를 절단함으로써 회생할 수 없는 피해를 주는 해충이다. 거세미류의 발생은 6월 중순과 8월 상중순에 심하게 나타나는데 1모작과 2모작 참깨 유묘기에 피해를 주게 된다.
진딧물은 우리나라에서 유묘기부터 발생하는데 참깨에 직접적인 피해를 줄 뿐만 아니라 바이러스 병을 전염시키는 원인이 되기 때문에 피해를 주기 전에 방제되어야 한다. 