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 무상급식에는 다음과 같은 문제가 있다. 첫째, 무상급식에 대한 논의에는 우선 충분하고 지속가능한 재정의 확보가 우선되어야 한다. 그러나 무상급식을 하겠다는 자치단체는 서울과 울산 등을 제외하고 거의 재정상태가 나쁜 단체들이다. 또한 우리나라 자치단체들의 재정자립도는 지속적으로 하락해 왔다. 그럼에도 불구하고 국민부담을 더 늘리겠다는 자치단체는 없다. 
 둘째, 예산지출의 우선순위에 관련된 문제다. 지역 내에 무상급식보다 더 시급하게 예산이 필요한 곳이 아직 산재해 있다. 고령화에 따라 급증하는 저소득 노인층과 소득양극화에 따라 중산층에서 추락한 저소득층에 대하여 한 끼 더 지원하는 것이 고소득층의 자녀에 대하여 한 끼 더 지원하는 것보다 우선되어야 한다. 
 셋째, 교육자치의 목적은 국가와 지역의 발전에 기여할 인재를 양성하는 데 있다. 그런데 무상급식에 대한 지출은 교육수준의 개선과 관련이 없다. 오히려 교육의 질을 높여서 주민을 만족시키는 것이 중산층의 욕구를 충족시키는 것이고 이들에게 기회를 확충하는 것이다. 
 넷째, 무상급식은 앞으로 자치단체의 경직적 경비가 될 것이고 계속 증가하여 두고두고 국가재정에 큰 부담이 될 가능성이 높다. 학생과 학부모들은 매년 더 높은 수준의 급식을 요구할 것이고, 지역 간 급식의 수준을 서로 비교할 것이다. 지역의 농민들은 수입산 대신 비싼 국내산 유기농 생산물을 사용하도록 로비하고 강요할 것이다. 

무상급식을 하겠다는 자치단체는 거의 재정상태가 나쁜 단체들인데 지속가능한 재정의 확보가 우선되어야 할 것이다.