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시설준공 후 20년간 장기에 걸쳐 정부부담이 발생하는 BTL사업 특성상 BTL정부지급금이 어느 수준에서 관리되는 것이 적정한가를 평가하는 것은 매우 중요하므로, 정부지급금추계서 제출 시 2% rule에 대한 준수 여부 및 세부내역을 함께 제출하도록 할 필요가 있음.
한도액안 편성 시 시설 운영단계의 효율성 고려 필요 
BTL사업을 통해 민간의 창의와 효율을 살리는 것이 중요한데, 지역특성이나 수요보다는 행정구역 중심으로 시설을 건립함으로써 중복투자, 시설 이용률 저조 등의 문제점이 나타남.
BTL사업의 한도액안 편성 시 지역적 특성과 수요에 부합하도록 시설의 유형과 규모를 결정해야 할 것이며, 중복투자로 인한 비효율을 예방하기 위하여 광역시설의 건설을 유도하는 방안을 모색할 필요가 있음. 
1. 교육과학기술부: 국립대 기숙사시설
2013년도 BTL사업으로 신청된 교육과학기술부 소관 사업은 강릉원주대 외 2개교 생활관 신축과 서울과학기술대학교 생활관 신축 2개 사업으로, 총한도액은 613억원임.
서울과학기술대학 사업에 대한 민자적격성 여부가 검증되지 못한 상태에서 BTL한도액안이 반영된 문제가 있음.
당초 서울과학기술대학사업과 서울교육대학사업을 번들링하여 타당성 및 적격성 조사를 마쳤으나 2013년도 BTL한도액안에는 서울과학기술대학만 반영됨.
민자적격성 조사(VFM분석) 과정에서 VFM값 산정에 영향을 미치는 가산금리, 낙찰율 등의 중요 변수 적용에 있어 신뢰성이 떨어지고, 운영비 산정의 경우 해당 시설의 특성을 고려하지 않은 문제가 있으므로 민자적격성에 대한 재검토 필요.

민간의 창의와 효율을 살리는 것이 중요한 BTL사업에서 중복투자, 시설 이용률 저조 등의 문제점이 나타났기 때문에 광역시설의 건설을 유도하는 방안을 모색할 필요가 있다.