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 2003년 1월 말 감사원은 ‘현대상선 측이 산업은행으로부터 대출받은 4000억원 가운데 2240억원을 북한에 지원한 것으로 보인다’는 내용의 감사결과를 발표했다. 당시 국회는 그해 2월 26일 민주당 의원들이 불참한 가운데 본회의를 열어 ‘대북송금 사건 특검법’ 처리를 강행, 찬성 158표(반대 1표, 기권 3표)로 특검법을 통과시켰다. 노 대통령은 특검법에 대해 거부권을 행사할 것으로 알려졌으나 뜻밖에도 특검법을 수용했다. 김대중 전 대통령 측이 발끈할 수밖에 없었다.
 국민의당 박지원 전 대표에 따르면 당시 대북송금 특검은 민주당에서 모두 반대했다. 당 대표였던 정대철, 사무총장 이상수 의원은 물론 노 대통령의 정치적 스승이라던 김원기 고문도 청와대를 방문해 반대 뜻을 전했다. 그러나 “당시 문재인 민정수석이 야당의 요구, DJ와의 차별화를 위해” 특검을 강행했다는 이야기가 나왔다.
 이와 관련, 문 대통령은 지난 2011년 6월 펴낸 회고록 《문재인의 운명》에서 이렇게 회고했다.
 〈… 특검법에 대해 거부권을 행사하고, 검찰에도 수사해선 안 된다는 ‘특별지시’를 내리는 방안을 검토했었다. 노 대통령도 그렇게 하기로 했었다. 그러려면 대북송금이 김대중 전 대통령의 ‘통치행위’였음을 인정해야 하는데, (이런 계획을 모른) 김 전 대통령이 기자회견에서 ‘(대북송금을) 사전에 몰랐다’고 말해 특검을 수용할 수밖에 없었다. 이 문제로 김 전 대통령 측이 꽤 오래 서운해했다. …〉

국민의당 박지원 전 대표에 따르면 당시 대북송금 특검은 민주당에서 모두 반대했다. 당 대표였던 정대철, 사무총장 이상수 의원은 물론 노 대통령의 정치적 스승이라던 김원기 고문도 청와대를 방문해 반대 뜻을 전했다. 그러나 “당시 문재인 민정수석이 야당의 요구, DJ와의 차별화를 위해” 특검을 강행했다는 이야기가 나왔다.