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 소위 내곡동 특검은 시작부터 위헌논란에 휩싸였다. 논란은 ‘특검 추천권’ 때문에 벌어졌다. 이전까지 10번의 특검은 대한변협회장(6회) 혹은 대법원장(4회)이 추천했다. 특히 내곡동 특검이 논란이 된 것은 민주당이 특별검사의 추천권을 갖도록 했기 때문이다. 당시 새누리당은 “민주당이 특별검사의 추천권을 갖도록 한 특검법은 정치권의 개입으로 수사의 객관성과 중립성을 해칠 우려가 크다”며 “위헌소지마저 있으므로 추천권자를 중립적, 객관적으로 바꾸어야 한다”고 주장했다. 새누리당은 “특검에서 김대중, 노무현 전 대통령 사저 논란도 함께 조사해야 한다”며 맞불을 놓았다. 논란 끝에 대통령은 거부권까지 검토하다가 결국 2012년 9월 21일 내곡동 특검법을 수용했다. 
 당시 특검법에 따르면, 특별검사는 민주당이 10년 이상 판사·검사·변호사직에 있던 변호사 중에 2명의 후보자를 대통령에게 추천, 대통령이 3일 이내에 이 가운데 1명을 임명하도록 했다. 
 내곡동 특검은 향후, 특검 임명 절차에서 무시할 수 없는 전례(前例)를 남겼다. 여당이 관련된 사건의 특검 후보는 야당이 추천하고 야당이 관련된 사건의 특검 후보는 여당이 추천하는 것이 관례화될 가능성이 있다.
 이런 식의 특검은 정치색을 띨 수밖에 없다. 사건의 실체를 밝히는 것이 아니라 정치 특검으로 변질될 수 있다. 국회가 특검 후보 추천권을 갖도록 하고 여야가 정치적 합의를 하도록 하는 것이 합리적이다. 내곡동 특검에서 남긴 선례가 앞으로도 유지될지 관심이다.

소위 내곡동 특검은 시작부터 위헌논란에 휩싸였다. 특히 내곡동 특검이 논란이 된 것은 민주당이 특별검사의 추천권을 갖도록 했기 때문이다. 논란 끝에 대통령은 거부권까지 검토하다가 결국 2012년 9월 21일 내곡동 특검법을 수용했다.