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 1990년대 연안 오염의 심화로 적조발생이 장기화되고 1995년 남해안과 동해안에서 발생한 대규모 Cochlodinium 적조로 대규모 수산 피해가 발생하면서 적조는 심각한 사회경제적인 문제로 대두되었다. 1996년 8월 해양수산부가 출범 이후 국립수산과학원의 직제 개편으로 적조연구부와 2개의 적조관련과가 신설되었고, 적조생물의 분포 파악, 환경과 적조와의 관계, 적조저감 및 예찰 등 10여개의 적조 관련 과제가 수행되었다. 현재까지도 신속한 적조예보를 위해 선박, 육상 및 항공 감시 등 입체적 적조예찰 활동을 하고 있다. 특히 선박감시는 적조 발생 우려가 있는 전국 연안 70개 정점(동해안 9개, 서해안 16개, 남해안 45개)에 대하여 매년 3월부터 11월까지 적조발생 동태를 파악하고 있다. 육상감시는 전국 연안 39개 시군의 93개소별로 24개 예찰반이 구성되어 평상시 2회 이상, 적조 발생시는 매일 예찰 활동을 실시하였다. 또한 유해적조 발생시는 전국 연안을 4개 구역으로 나누어 항공 감시활동(지방해양경찰청 항공대 협조) 강화는 물론 인공위성이나 인공위성 추적 표류 부이 등 첨단기술을 활용한 적조탐색 연구도 진행 중이다. 적조예찰 결과는 전국 192개소에 Easy Fax, 8대의 자동응답장치시스템(ARS), 인터넷 등을 통하여 어업인 및 관련기관에 통보되고 있다.동해안 최초의 유해적조는 대단위 해역연구소가 출범하던 해인 1995년 9월 발생을 시작으로 2015년까지 총 11회 발생하였다.
1990년대 연안 오염의 심화로 적조발생이 장기화되고 1995년 남해안과 동해안에서 발생한 대규모 Cochlodinium 적조로 대규모 수산 피해가 발생하면서 적조는 심각한 사회경제적인 문제로 대두되었다.