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한국연구재단은 연구비 정보관리시스템의 세부과제별 연구비 총액과 비목별 연구비 총액의 합계가 일치하지 않는 등 정보관리시스템을 통해 사업별 연구비 집행 내역을 체계적으로 파악하지 못하는 것으로 나타남.
한국연구재단은 국회예산정책처 평가 과정에 나타난 정보관리시스템의 문제점을 보완하였다고 밝히고 있으나, 향후 미래창조과학부는 구체적인 보완사항을 확인할 필요가 있음. 
한국산업기술평가관리원은 2010년 연구비 집행내역을 관리할 수 있는 ‘실시간통합연구비관리시스템’을 구축하여 운영하고 있으나, 관리 대상 전체 R&D 사업에 적용하지 못하고 있음. 
6) 출연연구기관의 위탁공동연구개발비 증가율이 높아, 출연금 확대를 통한 출연연구기관의 안정적 연구환경 조성 취지 훼손 가능 
과학기술분야 24개 출연연구기관의 주요사업(‘출연금 R&D 사업’) 직접비 중 위탁공동연구개발비가 2010~2012년 기간 중 크게 증가하여, 증가된 출연금 예산이 출연연구기관의 안정적 연구환경 조성이라는 본래의 취지에 어긋난 방식으로 사용되는 것이 아닌지를 검토할 필요가 있음. 
24개 출연연구기관의 주요사업 직접비는 2010년 5,939억원에서 2012년 7,730억원으로 연평균 14.1% 증가하였으나, 위탁공동연구개발비는 2010년 545억원에서 2012년 797억원으로 연평균 22.8% 증가함. 
공동연구개발비는 출연연구기관의 출연금 R&D 사업 중 외부 연구개발주체에 대한 연구비 지원 사업으로 사용되는 비용임. 위탁연구개발비는 연구의 일부를 외부기관에 용역을 주어 수행하는 데 드는 비용임. 

한국연구재단은 연구비 정보관리시스템을 통해 사업별 연구비 집행 내역을 체계적으로 파악하지 못하는 것으로 나타났다.