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  농어업유산 신청단계에서는 지정계획을 지자체에 알리면 해당 지방자치단체장과 주민협의회 대표가 마을주민의 의견 수렴과 협의를 통해 보전 및 활용가치가 있는 유산을 발굴하여 신청서를 작성하게 된다. 신청서와 함께 농어업유산 설명서, 농어업유산 소유자의 동의서, 농어업유산이 소재하는 지역 주민의 1/2이상이 서명한 동의서 또는 주민협의회 위원 2/3 이상이 서명한 동의서를 첨부 하여 시장군수에게 제출한다. 신청서를 받은 시장군수는 지정기준에 따라 조사한 후 그 결과를 첨부하여 시도지사를 경유하여 농림축산식품부장관에게 지정을 요청하여야 한다.  농어업유산 신청을 접수한 농림축산식품부는 업무 담당자, 외부전문가, 공무원 등으로 구성된 예비조사반을 구성하여 서면조사를 통해 기본 요건이 부합하는지를 심사하고, 서면조사 부합지역에 대해 현지조사를 실시하여, 조사결과가 지정기준에 부합할 경우 심의위원회에 심의를 요청한다. 심의위원회는 조사팀의 보고서를 바탕으로 지정 여부를 심의하고, 지정 결정을 지자체에 통보한다. 심의과정 중 부적합한 사항이 보완될 수 있을 경우 신청자에게 기한을 정하여 보완하도록 하여 재심의할 수 있다.  국가농어업유산으로 지정된 해당 시군은 보전 및 활용계획을 작성하여 시도의 검토를 거쳐 제출하게 된다.  국가중요농업유산자원으로 지정되면 1단계로 멸실훼손변형자원은 복원 하여 유산자원의 가치품격전통성 등을 갖추도록 한다. 2단계로 유산자원의가치를 저하하거나 방문객에게 혐오감을 갖게 하는 주변환경(마을길, 폐가, 담장, 지붕, 배수로, 방치폐기물시설 등)을 정비한다.
농어업유산 신청단계에서는 지정계획을 알리면 해당 지방자치단체장관 주민협의회 대표가 보전 및 활용가치가 있는 유산을 발굴해 신청서를 작성한다.