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 중랑구의 감성마을, 마포구의 우리동네나무그늘 등, 지역사회에서의 활동력과 영향력이 매출보다 더욱 도드라지는 기업들이 이를 증명하고 있다. 둘째, 2012~2013년 자치구의 마을공동체와 사회적경제 중간지원조직이 막 태동하던 시기에, 인큐베이터가 마을기업에 대한 지원뿐만 아니라 자치구 생태계의 활성화를 위한 중요한 인프라로서의 역할을 감당했다는 점이다. 현재 각 자치구 중간지원조직의 형성에 따른 인큐베이터 역할의 변화와 상호 협력 시스템의 설계가 과제로 등장하였다. 셋째, 마을기업의 업종이 사회서비스 분야나 마을관리와 같은 종합적 영역으로까지 확대, 발전하는 데 기여한 부분이다. 특히 이러한 업종의 기업들은 다수의 지역주민을 조합원으로 확보하면서, 규모화의 성과를 보였다. 하지만, 이러한 기업들이 개별법에 의해 만들어졌던 생협(의료생협, 소비생협)과 동종업이라는 이유로 2년차 지원에서 탈락하는 등 정책적으로 보호되지 못한 측면이 있다. 넷째, 씨앗기 도입은 행자부의 마을기업 공모식 선정제도, 매칭 형태의 예산제도, 2년에 한정된 지원사업 등의 제약으로 인해, 본래 취지대로 운영되는 데 한계가 있었다. 씨앗기의 필요성이 공유되면서 단순 공모식의 선정제도는 일부 개선되었으나, 지방정부의 자율성은 여전히 제한적이며, 심사기준이나 선정방식 등도 시도별 특성을 반영하여 발전시키는 데 한계가 있었다. 행자부에서 매년 새로운 지침이 나오기 때문에, 전년도 인큐베이팅 과정의 주민들이 감수해야 하는 변동요인이 상존하게 되는 점도 있었다.
씨앗기의 필요성이 공유되며 선정 제도는 개선됐으나 행자부에서 매년 새로운 지침이 나와 주민들이 감수해야 하는 변동 요인 상존과 심사 기준이나 선정 방식 등도 한계가 있었다.