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 복지관내 작은도서관은 사회복지법인 재무회계규칙에 의거 운영비를 집행하고 그 외 작은도서관은 시의 재무회계규칙과 물품관리규칙 등에 의해 정산검사를 받게 되지만 민간단체들은 이러한 운영비 집행 회계능력이나 물품관리 능력이 부족한 실정이다. 민간단체의 회계능력 부족은 곧 지도감독 담당자에 대한 업무감사로 이어져 작은도서관 담당자는 업무량 증가뿐만 아니라 청내 감사에 대한 부담도 증가함에 따라 작은도서관 업무담당을 기피하고 있다. 또한 민간단체에 대한 정산검사 및 감독에 있어서 민간단체는 적은 운영비에 비해 정산검사에 대한 압력은 크다고 생각하여 시민단체와 보조금 정산검사에 대한 거부감이 나타나 갈등으로 표출될 소지도 있다.  3) 자료공유시스템 구축 어려움 도서관리 프로그램 및 규정의 다양성작은도서관은 공간이 협소하기 때문에 장서 소장에 한계가 있어 타도서관과의 자료공유는 작은도서관 성공을 위한 전제조건이 되나 공공도서관과 작은도서관 도서관리프로그램이 다양하므로 이를 통합하기 어렵다. 국립중앙도서관의 공공도서관표준자료관리시스템(KOLASⅡ)을 사용하고 있는 공공도서관과 각각 다양한 프로그램을 개발하여 운영중인 공공도서관, 문고단위로 책꽂이, 실크로드, 미라클 등 다양한 도서관리프로그램을 각기 사용하고 있기 때문에 자료공유를 위한 통합도서검색, 공동 회원정보 관리, 자료의 처리현황 정보, 공동목록 적용 등에 있어 해결해야 할 과제들이 산적해 있다.
작은 도서관 담당자는 업무량 증가와 청내 감사에 대한 부담도 증가해 작은 도서관 업무 담당을 기피하고 있다.