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 이번 의혹 제기의 핵심은 유골이다. 전문가들이 밝힌 유골의 특이사항은 지름 6~7cm 크기의 두개골 원형 골절과 오른쪽 골반 골절이다. 유골 사진을 처음 공개한 《한겨레》는 “망치 가격이 확실하다”는 유족 측의 입장을 1면 제목으로 선택했다.
 서울대 의대 법의학연구소의 이윤성(李允聖) 교수가 이장 당시 작성한 검시 소견서에는 “머리뼈와 오른쪽 관골의 골절은 둔체에 의한 손상이지만 이 손상이 가격에 의한 것인지 넘어지거나 추락하면서 부딪쳐 생긴 것인지는 판단할 수 없다”고 명시돼 있다.
 모든 언론은 두개골에 남은 원형 함몰 흔적에 집중했다. 네 조각이 난 골반 골절은 큰 관심을 받지 못했다. 사실 ‘두개골 함몰’은 37년 전 수사 당시 이미 확인된 내용이다. 수사 당국은 ‘우측 후두부 함몰 골절’을 결정적 사인으로 적시했다. 유족 측의 요구로 사체를 검안했던 의학박사 조철구(趙澈九)씨는 소견서에 “직접 사망의 원인은 우측두 기저부 함몰 골절상으로 인한 두개강 내 손상”으로 기록한 바 있다.
 두개골 함몰 골절은 1993년 3월 SBS 〈그것이 알고 싶다〉 방송 때는 물론, 같은 해 9월에 공개된 민주당의 ‘장준하 선생 사인규명 조사위원회’의 활동보고서, 2002년과 2004년 의문사진상규명위원회 등 이른바 ‘의문사’ 조사 때마다 직접적인 사인으로 지목됐다. 이에 대해 과거 정부나 수사 당국에서 반론을 제기한 적은 없다. 당시 검안 소견에서 분명히 드러난 직경 약 6cm의 함몰 골절 외상(外傷)이 이번 유골 검사를 통해 ‘확인’된 셈이다.

장 선생 사인규명 조사위원회의 활동 보고서 등 의문사 조사 때마다 두개골 함몰 골절이 직접적 사인으로 지목 됐으나 이에 대해 수사 당국에서 반론을 제기한 적은 없다.