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 항만하역 근로자들과 하역업체는 근로기준법상 평균임금과 실질임금간의 격차를 후생협정을 도입하는 방법으로 해결하고 있다. 후생협정은 각 항별로 이루어지고 있으며, 항운연맹 산하 각 항별 항운노조와 한국항만운송협회 산하 각 항별 항만하역협회가 그 계약의 주체가 되고 있다. 후생협정에는 하역회사에 안전관리의 책임이 있을 뿐만 아니라 항운노조 조합원을 위하여 의료보험, 국민연금 등의 보험료를 법적으로 부담하여야 하고, 산재보험법에 의거한 재해보상의 책임이 있음을 명시하고 있다. 그리고 다수 하역업체의 일을 하고 있는 항만하역 근로자들의 실태를 고려하여 후생협정에 평균임금 액수를 명시하고 있다. 의료보험 및 국민연금 분담금, 퇴직충당금 등의 산정은 대부분 후생협정에서 정한 이 평균임금을 근거로 이루어지고 있고, 산재보상금 산정 또한 대개는 이를 근거로 하고 있는 실정이다. 후생협정에서 정해진 평균임금은 앞서 말한 근로기준법에서의 평균임금 산정문제를 해결하려는 노력에서 나온 것으로 평가할 수 있지만, 일반적으로 실질임금보다 낮은 수준이다. 최근 판례를 보면 항운노동조합과 항만운송협회 사이에 체결된 평균임금 규정을 산재보상보험급여 산정기준으로 삼을 수 없다는 판례가 나왔다.47) 이 판례에 의하면 피재근로자의 재해 전 3개월간의 임금이 구체적으로 밝혀져 있을 뿐만 아니라 그것이 피재자의 통상 생활임금에 해당할 때 피재자가 실제로 지급받은 금액을 기초로 피재자의 평균임금을 산정하여야 한다고 판결하고 있다.
후생협정은 항운노조와 항만하역협회가 계약의 주체가 되어 항운노조 조합원을 위하여 보험료를 법적으로 부담하고 재해보상의 책임이 있음을 명시하고 있다.