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 세월호와 관련해 8차례나 수사·조사를 진행했으나 김 전 실장에 대한 혐의는 없었다. ‘인간사냥’을 하듯 탈탈 털었는데도 결론은 같았다. 특검 결론도 대동소이(大同小異)할 것이라는 게 법조계의 일반적 견해다. 다만, ‘세월호의 덫’에서 벗어난다고 해도 김 전 실장에게는 ‘군 댓글 공작 의혹’이 버티고 있다.
 김 전 실장은 이명박 정부 시절 군 사이버사령부의 정치 관여 활동에 개입한 혐의로 기소돼 2심에서 징역 2년 4개월의 실형을 선고받았다. 이에 김 전 실장은 불복, 항소했다. 대법원에 최종 판단을 맡긴 것이다.
 검찰은 2017년 11월 8일 법원에 김 전 실장에 대한 구속영장을 청구하면서 사이버사가 2011년 11월 18일~2013년 6월 8일 소셜미디어와 포털사이트 등에 단 댓글 8862개를 범죄 사실로 나열했다. 그 전부가 김 전 실장이 국방부 장관 시절 임관빈 전 국방부 정책실장, 연제욱·옥도경 전 사이버사령관, 이태하 전 사이버사 심리전단장 등과 공모해 저지른 정치관여죄에 해당한다는 주장이다. 특정 정당이나 정치인이 직접 거론되지 않았어도 간접적으로 어떤 세력의 정치적 유·불리에 영향을 미칠 수 있는 내용이라면 군형법상 정치 관여(제94조)라는 게 검찰의 해석이다.
 1, 2심 재판부는 사이버사령부 소속 530단 요원들이 단 댓글이 ‘정치적 의견 공표행위에 해당한다’고 봤다. 또 댓글과 관련해 김 전 실장이 지시를 내리고 보고를 받았다고 판단했다. 검찰의 손을 들어준 것이다.

검찰은 2017년 11월 8일 법원에 김 전 실장에 대한 구속영장을 청구하면서 사이버사가 2011년 11월 18일~2013년 6월 8일 소셜미디어와 포털사이트 등에 단 댓글 8862개를 범죄 사실로 나열했다.