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 마을기업 지원을 위해 씨앗기 과정을 이수해야 함은 사업비 지원 프로세스와 동일하나, 행정자치부의 마을기업으로 지정받는 사항에 따라 구분되어 있다.  구 분 사업비 지원 공간임대보증금 지원공통사항지원조건 교육과정 및 팀워크숍 과정 이수 지역주민 5인 이상 출자 및 참여 협동적 운영원리의 법인 설립약정체결 2개월 이내에 체결하되, 체결 당시 법인 설립다른사항지정 및 관리 주체 행정자치부 서울시공간임대보증금은 초기 최대 1억 원(2012~13년 1억 원, 2014년 8천만 원)까지 지원받을 수 있도록 설계되었으며, 5년 내 상환하는 것을 조건으로 자부담 10% 이상을 부담하는 주민 모임 혹은 사업비를 지원받은 마을기업이 지원할 수 있도록 했다. 최초의 설계는 마을기업(당시 안전행정부), 사회적기업(고용노동부), 예비 사회적 기업(서울시) 등 기존 지원 사업에 의거하여 사업비나 인건비 등을 지원받고 있는 기업도 서울시 마을기업의 신청요건을 충족하면 공간임대보증금 지원이 가능하도록 하였으나, 지원제도가 1년 차를 넘어가면서 중복지원에 대한 문제 제기로 인해 마을기업 외에 다른 유형의 사회적경제 조직은 참여가 제한되었다. 공간임대보증금은 서울시가 계획 및 시행지침 수립 등 제도적 기반을 마련하고 최종 심사를 거쳐 마을기업을 선정한다. 각 자치구는 마을기업에 대한 사업 공모와 신청 기업에 대한 현장실사 및 1차 심사를 내부 심사위원회를 통해 진행한다. 서울시의 2차 심사를 거쳐 최종 선정된 마을기업과 실제 약정을 체결하고, 법인으로 설립된 기업과 임대인마을기업자치구 간 임대차계약을 체결하도록 한다.
기존 지원 사업에 의거하여 사업비나 인건비 등을 지원받고 있는 기업도 서울시 마을기업의 신청요건을 충족하면 공간임대보증금 지원이 가능하도록 하였다.