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 다만, 펜톤공정으로는 중금속의 효율적인 제거는 기대할 수 없다.   색도는 침출수 자체에 함유된 각종 유기물질에 의하여 영향을 받기 때문에 배출허용기준이 300이지만 70~90이하로 유지되고 있다.  다른 하나의 원인으로는 펜톤 공법으로 처리하는 관계로 잔류 Fe3+로 인하여 색도가 상당이 낮은 수준으로 유지되기 매우 어려운 문제를 가지고 있다. TCE, PCE는 휘발성물질이므로 배출허용기준이 비록 0.3과 0.1이지만 불검출로 유지되는 이유는 생물학적 처리과정에서 포기에 의하여 제거되기도 하지만, 펜톤산화에 의하여 산화되는 결과로 인하여 불검출되는 결과를 보이고 있는 것으로 판단된다. 유기질소 농도가 불검출되는 이유로서는 생물학적 처리에 의하여 유기물질이 미생물의 영양요소가 되어 제거되기도 하지만 펜톤산화에 의 하여 유기질소에 함유된 유기물질이 화학적 산화에 의하여 제거되고 Fe3+가 응집제 역할을 하므로 인이 동시에 제거되는 효과가 있기 때문인 것으로 판단된다. 34   일반항목 BOD, COD 그리고 SS는 처리공정에 따라 서로 연관성을 가지고 있는데 수도권 매립지 처리공정의 특성으로 인하여 비록 생물학적 처리공정을 거친다고 하더라도 침출수 원수 특성상 생물학적으로 처리될 수 있는 수준이 한정적이기 때문에 BOD 수준이 비록 낮다고 하더라도 CODcr은 높게 유지될 수밖에 없는 현실이다. 또한 후단 공정이 펜톤공정을 거치기 때문에 Fe3+에 의한 응집 침전 효과로 잔류 부유물질의 농도는 낮은 수준을 유지할 수 있다.
다만, 펜톤공정으로는 중금속의 효율적인 제거는 기대할 수 없다. 다른 하나의 원인으로는 펜톤 공법으로 처리하는 관계로 잔류 Fe3+로 인하여 색도가 상당이 낮은 수준으로 유지되기 매우 어려운 문제를 가지고 있다.