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지난해 민간단체에 대한 서울시의 예산 지원을 둘러싸고 한 차례 논란이 있었다. 2011년 10월 박원순(朴元淳) 시장이 취임한 이후 서울시의 예산지원 대상 선정 기준이 특정이념과 정파적 성향에 휘둘리는 것 아니냐는 것이었다. 2011년 서울시 예산으로 북한 관련 사업을 진행한 단체는 11개였다. 이 중 지난해 사업비를 지원받은 곳은 3개뿐이었다.
 이에 대해 박원순 시장은 지난해 6월 14일 자신의 페이스북에서 민간단체 지원을 결정하는 공익사업선정위원회와 관련해 “전원이 오세훈 전 시장 시절에 위촉돼 한 명도 제가 바꾼 적이 없고, 어느 단체를 선정해라 말한 적도 없다”며 “공정한 평가와 심사에 한 치의 비난받을 구석이 없다”고 주장했다. 박원순 시장의 글 중 일부를 그대로 옮긴다.
 “공정한 평가와 심사에 한 치의 비난받을 구석이 없었습니다. 사실 일부 북한인권단체들은 지나치게 정치적일 뿐 아니라 특정 정파적 성격을 드러내는 등 일반 시민단체로서의 공정성이나 정체성을 보이기도 했던 것이(보이지 않았던 것도) 사실입니다. 서울시가 그런 단체까지 지원하라는 법은 없는 것입니다. 그 예산도 모두 피 같은 시민들의 세금에서 나오는 것인데 서울시민을 위해 얼마나 아껴 써야 하는 것입니까? 비판하는 사람들이야말로 정파적인 입장에서 하는 일방적인 주장에 불과합니다. (중략) 일방적으로 특정 정파를 지지하거나 폭력을 행사하고 사회적 갈등을 유발하는 단체까지 도움을 줄 수는 없습니다. 이제 한국사회는 극단적이고 폭력적인 사회가 아니라 보다 평화적이고 온건한 사회로 나가야 할 것입니다. 서울시가 그 중심에 있겠습니다.”

서울시의 예산 지원을 둘러싸고 박 시장이 취임 이후 서울시의 예산 지원 대상 선정 기준이 이념과 성향에 휘둘리는 것 아니냐는 논란이 있었다.