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 이 두 입장 중 어느 한 입장도 현재의 과학기술로는 경험과학적으로 참 거짓을 밝힐 수 없다는 데 문제의 심각성이 도사리고 있다. 왜냐하면 아직 유전자와 환경의 상호작용에 관한 과학적 지식이 아직 걸음마 단계에 불과하기 때문이다. 사실 모든 생물체에 있어서 유전자는 하나의 잠재태에 불과하며, 이 유전자가 현실화되는 되는 데에는 환경적 요인이 반드시 필요하다. 또한 대부분의 생명현상들은 단일 유전자에 기인하는 것이 아니라 여러 개의 유전자가 복합적으로 작용하여 발생한다. 그래서 특정 지역에 안전한, 혹은 특정 인종에게 안전한 유전자 변형 식품이 다른 지역에서는 혹은 다른 인종에게서는 얼마든지 위해할 수 있다. 뿐만 아니라 유전자는 때로 오랜 시간이 흐른 후 발현되기도 하기 때문에, 지금 여기서 안전한 유전자 변형 식품이 미래의 어느 시점에 인간과 생태계에 위해할 수도 얼마든지 있다. 이 모든 복합적 요인들을 고려하여 유전자 변형식품의 위해성 여부를 과학적으로 입증하기는 현재 기술뿐만 아니라 미래에도 거의 불가능하다고 학자들은 입을 모으고 있다.유전자 변형 생물체 자체뿐만 아니라 이러한 생물체를 연구 개발하는 과정에서도 자연환경을 위태롭게 할 수 있다. 실제로, 언론의 보도에 따르면, 일본에서는 유전자 진단 등을 하고 있는 대학병원과 종합병원의 40% 이상이 DNA를 일반 폐기물과 같이 버리거나 배수구에 흘러보내고 있음이 일본 후생성 연구반의 실태조사 결과 드러났다.
유전자는 오랜 시간 뒤에 발현되기도 하기 때문에 안전한 유전자 변형 식품이 미래의 어느 시점에서는 인간과 생태계에 위해 할 수도 있다.