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매년 약 6조원에 달하는 공탁금이 정부재정의 범위 밖에서 별도로 운영되고 있어 공탁출연금 운용의 투명성과 효율성의 문제가 제기되고 있는 바, 대법원과 기획재정부의 계획대로 공탁출연금을 여타 회계 또는 기금처럼 정부재정으로 편입하여 운영하여야 할 것으로 판단된다. 2016년부터 공탁출연금이 기금화 되면 기금의 명칭을 선정함에 있어 공탁출연금 사업의 목적이 국민들에 대한 사법서비스 수준 향상과 사법제도 개선이라는 점을 고려하여 사법서비스진흥기금 또는 사법제도개선기금 또는 공탁출연금기금 중에서 선택하는 것이 바람직할 것으로 보인다. 또한 기금 관리 주체에 관하여는 기금의 규모가 소규모인 점을 감안하여 기금의 통일적이고 효율적 관리·운용을 위해서 신설된 기금운용심의회와 기존의 공탁금관리위원회를 통합하는 방안을 검토할 필요가 있다.
공탁출연금 운용의 투명성과 효율성 문제로 이를 정부재정으로 편입해 운영해야 할 것이다. 공탁출연금의 기금화 이후 명칭을 변경해야 할 것이고, 기금 관리의 효율성을 위해 기금운용심의회와 공탁금관리위원회를 통합해야 한다.