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그러나 조세심판원은 다음의 사례에서 납세자의 기장자료의 중요한 부분이 미비하다는 이유를 들어 추계과세를 주장하는 납세자의 요구를 수용함으로써 대법원 판례에서의 주된 흐름과 배치되는 결정을 한다. 우선 주요 원재료의 허위기장률이 50% 이상인 경우에 대한 추계과세의 결정으로서 심판례(국심2003서1671, 2003.08.26)에서는 유류구입비의 허위기장률이 100%이며, 청구인이 영위하는 업종(중기대여업)의 특성상 매출금액에 비례하여 유류구입비등의 매출원가가 소요된다고 보는 것이 합리적인 점등을 종합하면 청구인이 비치․기장한 장부는 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당하므로 추계과세가 정당하다고 하였다. 또 심판례(국심2004중3721, 2005.02.16)에서는 청구인의 경우 영세인쇄업을 영위하는 사업자로서 쟁점 세금계산서의 매입액을 부인할 경우 원재료 부실기장률이 50%에 달하여 청구인이 비치, 기장한 장부는 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당한다 할 수 있으므로 청구인의 2000년도의 소득금액을 추계조사결정함이 타당한 것으로 판단된다고 하였다.
조세심판원의 심판례를 살펴보면, 청구인이 기장한 장부는 유류구입비의 허위기장률이 100%이거나 원재료 부실기장률이 50%에 달하는 등 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 추계조사결정함이 타당한 것으로 판단하여 대법원 판례에서의 주된 흐름과 배치되는 결정을 하였다.