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그러나 항공협정은 기본적으로 상호 영향을 주는 부문이 있기 때문에 무조건적인 항공자유화 추진은 오히려 국적항공사에 부정적인 영향을 줄 수 있다. 실제로 중국도 선별적 자유화를 통한 항공사 보호 정책을 강하게 추진하고 있으며, 일본도 자유화 지역을 확대하면서도 항공산업 보호주의를 강화하고 있다고 판단된다. 그리고 항공운송산업의 강자인 미국은 항공자유화를 주도적으로 추진하고 있으나, 자국 항공사에 대한 외국인 지분비율 한도 설정 등 국익을 보호하기 위한 정책을 병행하고 있다. 이러한 상황에서 국가는 국적항공사들이 안정적으로 운영할 수 있도록 노선 확대 전략을 수립해야 할 필요성이 있다.
항공협정은 국적항공사에 부정적 영향을 줄 가능성이 높다. 예컨대, 중국과 일본은 보호주의를 강하게 하고 있다. 각 국가는 국적항공사 운영을 돕기 위해 전략을 세워야 한다. 