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그럼에도 불구하고 부처 간 협업의 어려움에 대한 현장과 학계 등의 목소리가 높다. 일례로, 협업의 경우 공통의 목표를 해결하기 위해 자발적인 차원에서 이루어져야 성과도 좋고 협업기관 간 협업수행 만족도도 높을 수 있다. 그러나 지금까지의 협업과제 수행방식을 보면 협업수행을 정부차원에서 확산하자는 시류에 떠밀려하다 보니 협업과제에 해당하지 않거나 목표공감대 형성이 어려운 갈등과제들이 협업과제로 선정되는 등의 문제가 있었다. ‘협업을 위한 협업과제 선정’이 아닌 ‘상호 기관간 윈-윈 할 수 있는 공통의 목표설정과 달성이 가능한’ 과제를 협업과제로 선정하는 방안 등이 모색될 필요가 있다고 판단된다.
협업은 공통의 목표를 달성하기 위해 자발적으로 이루어져야 하지만 목표공감대 형성이 어려운 문제가 있었다. 문제 해결을 위해 상호간 공통의 목표설정과 달성 가능한 방안이 필요하다.