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전자등록부(전자등록계좌부)는 그 구성체계 및 기능이 다르므로 상법상 주주명부의 목적을 달성할 수 없다. 이에 따라 상법은 전자등록제도를 도입함에 있어서 전자등록부(전자등록계좌부)를 주주명부와 별개의 제도로 인정하고 주주명부(전자주주명부 포함)와 명의개서제도를 그대로 유지하고 있다. 주식ㆍ사채 등의 전자등록에 관한 법률 은 전자등록계좌부에 대하여 권리이전효력 및 권리추정효력을 부여하였지만, 발행회사에 대한 대항력은 인정하지 않고, 발행회사가 주주명부를 작성할 수 있도록 전자등록주식의 소유자명세 통지제도를 두고 있다(동법 제37조). 이처럼 전자주주명부와 전자등록부는 그 기능 및 구성체계에 차이가 있다.
전자등록부가 상법상 주주명부의 목적을 달성할 수 없음으로 전자등록제도를 도입하여 별도의 제도로 인정하고 주주명부와 명의개서제도를 그대로 유지하도록 하고 있다.