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세금계산서는 거래당사자간에 재화 또는 용역을 제공하고 부가가치세를 징수하였다는 사실을 증명하는 기능을 할 뿐만 아니라 상호검증 작용을 수행하고 있다. 그러나 세금계산서를 발급하지 아니하거나 발급받지 아니하는 행위 또는 거짓으로 기재된 세금계산서를 발급하거나 발급받는 행위를 하게 되면 위와 같은 세금계산서의 기능을 저해함으로써 진정한 거래를 은폐 내지 왜곡시킬 뿐만 아니라 예납되었거나 예납되어야 할 부가가치세액을 은폐 내지 감소시킨다. 따라서 조세범처벌법에서 이러한 행위를 처벌하는 것은 거래질서를 확립함과 동시에 예납되었거나 예납되어야 할 부가가치세액을 확보하기 위한 것이라고 할 수 있으므로 그 보호법익은 거래질서의 확립과 예납되었거나 예납되어야 할 부가가치세액의 확보라고 보아야 한다. 한편 부가가치세 포탈죄는 그 신고 납부기한이 경과하여야 기수가 되므로 세금계산서를 발급하거나 발급받을 때에는 부가가치세액의 예납이 이루어질 뿐 부가가치세액의 포탈이 이루어지지 않으므로 세금계산서 관련 범죄의 보호법익은 부가가치세액의 확보와는 직접적으로 관련이 없다.
세금계산서는 거래 내역과 부가가치세 징수 사실 증명과 더불어 상호검증 기능도 있다. 허나 세금계산서를 거짓으로 발급할 수 있으며 부가가치세액을 은폐시킬 수 있다. 따라서 이 행위를 처벌하는 것은 예납되었거나 되어야할 부가가치세액을 확보하는 것을 보호법익으로 하고 있다.