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대통령 주재로 열린 제1차 규제개혁장관회의 및 민관합동 규제개혁 점검회의에서 ‘비용’을 기준으로 하는 규제비용총량제 도입계획이 처음으로 구체화되었다. 2004년에도 규제비용총량제와 유사한 형태의 규제총량제를 추진하려는 시도가 있었지만, 법적 근거와 구체적인 제도의 설계 없이 추진한 결과 규제품질을 고려하지 않은 단순한 규제 수 감소만을 규제개혁의 성과지표로 삼았기 때문에 실질적으로 기업이 체감하는 규제부담 감축에는 미흡한 성과를 보였다. 당시 부처별 연간 규제 신설 건수를 2%로 제한하였으나 별다른 성과를 거두지 못하고 2006년에 폐지된 경험을 바탕으로 재추진되는 규제비용총량제는 양적 감소가 아닌 객관적･과학적 방식으로 계산된 비용을 기준으로 하되, 비용계산이 어려운 경우 예외적으로 등급방식을 적용토록 설계하였다. 이후 규제비용총량제는 1차, 2차에 걸쳐 시범운영되면서 2016년 7월 19일부터 국무조정실에서 제정･공표한 총리훈령인 ‘국민부담 경감을 위한 행정규제 업무처리 지침’과 함께 ‘규제비용관리제’로 명칭이 변경되어 각 부처에 전면 도입되었다.
2004년에 시작해 규제품질을 고려하지 못해 2006년에 폐지된 경험을 바탕으로 재추진되는 규제비용총량제 도입계획이 총 2차에 걸쳐 시범운영되었다. 과학적 방식으로 계산된 비용을 기준으로 한 등급방식 설계와 더불어, 국무조정실로부터 공표된 총리훈령과 함께 각 부처에 전면 도입되었다.