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‘효율’ 이후 ‘혁신’의 문제가 본격적으로 등장한 것은 2000년대 들어서다. 혁신의 문제는 경제발전이 초래한 지역간, 산업간, 계층간의 불균형을 해소해야하는 정치적 과제로부터 비롯되었다. 산업기술 및 과학기술의 대외의존을 축소해야한다는 인식도 확대되었다. 무엇보다 고부가가치 혁신산업의 대부분이 외자기업의 가공무역에 의존하고 있기 때문에 중국경제가 하위 저부가가치 산업에고착될 수 있다는 위기인식이 정치적으로 주목받기 시작했다. 2006년 전면적 소강사회 건설계획이 포함된‘11·5 규획’이 발표되었고 자주적인 혁신능력의 강화를 목표로 하는‘국가 중장기 과학기술 발전계획 2006-2020’이 추진되기시작했다. 정책실행을 위한 정책 기구도 대대적으로 개편되었다. 2009년 거대중앙부처였던 경제무역위원회가 해체되어 국유기업의 감독, 관리, 개혁을 담당하는 국유자산관리위원회와 산업부문별 산업정책, 경제관리 및 규제, 기술혁신및 투자 등을 담당하는 국가발전과개혁위원회(발개위)와 상무부가 신설되었다. 국유기업과 비공유 경제부문의 정책기능이 분화되어 전문화된 경제기구가 등장한 것이다. 정책기구의 개편 이후 중소기업 육성, 신흥산업육성 등을 위한 국가중심 정책기능이 강화되어 왔다.
2000년대 등장한 '혁신'은 경제발전으로 인한 불균형해소를 위한 정치적과제로 추진됐다. 중국경제가 하위 저부가가치산업에의 고착우려가 제기되어 자주적 혁신능력 강화를 목표로 '국가 중장기 과학기술발전계획2006-2020'이 추진됐다. 전문정책기구로 국가발전개혁위원회와 상무부가 신설되어 중소기업과 신흥산업육성이 강화됐다.