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나나중학교에는 교사들은 수업상점과 벌점이라는 상벌제를 만들어 학생들이 수업에 참여하도록 만들기도 하고, 숙제를 해오도록 유인한다. 이 제도는 연구진이 연구를 진행하던 2014년 1학기까지 운영하다가 2학기부터 폐지되었다. 학생은 어느 수업 시간이든 수업 상점자로서 수업일지에 3번 이름이 적히면 상점 1점을 받는다. 반대로, 어느 과목의 수업 시간이든 담당 교사는 수업태도가 좋지 않거나 수업 자료를 잘 챙겨오지 못한 학생에게 수업 벌점 후보자로 불러 수업일지에 이름을 적을 수 있다. 수업 벌점자로 이름이 적힌 학생들은 담임교사에게 보고된다. 이 학생들은 담임교사의 재량에 따라 처분되는데, 명심보감에 나오는 구절 등 특정 문구를 반복해 쓰는 ‘3000자 쓰기’의 벌칙을 받기도 하고, 방과 후 교실청소를 하기도 한다. 또한, 어느 수업시간이든지 상관없이 수업 벌점 후보자로 총 3번 걸리면 벌점 1점이 부과된다. 벌점이 총 30점이 넘으면 징계고, 60점 이상이 되면 선도위원회에 회부되며 위원회의 결정에 따라 교내 봉사 등의 처벌을 받는다. 이런 점들 때문에 학생들은 수업벌점자로 이름이 적히는 것을 싫어한다.
수업상점과 벌점이라는 제도를 학업 성취를 높이기 위하여 어느 학교에서 도입을 하였지만 상점의 기준은 명확하였으나 벌점의 기준과 벌칙은 교사의 주관성이 매우 섞여있었고 벌칙을 받을 시 낙인이 찍힐 수 있었기에 학생들이 기피하기 시작했다. 그렇기에 2014년 2학기부터 시행을 하지 않게 되었다.