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이러한 상황이었기 때문에 1998년 10월, 김대중 정부는 부패를 보다 체계적으로 통제하기 위해 국무총리실에 부정방지대책협의회를 설치했다. 협의회는 그해 12월, 20년 뒤 우리나라의 청렴 수준을 국제투명성기구(Transparency International)가 발표하는 CPI(Corruption Perception Index) 지수로 7점대, 그리고 순위는 선진국의 중간 수준으로 끌어올릴 것을 목표로 제시하고 이를 위해 여러 가지 제도설계 및 규제개혁 등의 조치와 함께 독립적인 부패방지기구 설치를 제안하면서 그 활동을 종료했다. 그 뒤 부패방지기구는 실제로 설립되어 반부패특별위원회(대통령 자문기구) →부패방지위원회 → 국가청렴위원회 → 국민권익위원회로 이어지면서 부패통제정책을 총괄하는 기구로서 자리를 차지하고 있다
1998년 설치된 부정방지대책협의회는 우리나라의 청렴 수준을 국제 수준으로 끌어올릴 것을 목표로 제시했고, 반부패특별위원회 → 부패방지위원회 → 국가청렴위원회 → 국민권익위원회로 이어지는 부패방지기구가 설립되었다.