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둘째, 절차법적 한계는 적법절차의 원칙, 행정절차 준수, 영장주의 등으로 구분된다. 적법절차의 원칙은 행정조사에 그대로 적용된다. 행정절차 준수와 관련해서는 ｢행정조사기본법｣에서 개괄적 규정을 두고 있으나, 행정행위의 형식을 취하는 행정조사의 경우에는 ｢행정절차법｣이 적용된다. 영장주의의 적용 여부에 대하여도 다툼이 있으나, 원칙적 긍정설이 다수설이다. 그러나 행정조사에 영장주의가 적용될 것인지의 여부는 행정조사의 성격, 조사의 필요성, 기타 권익보호제도의 존재 등을 고려하여 개별적으로 결정하여야 한다는 개별적 결정설도 유력하다(박균성, 2006: 382).
절차법적 한계는 적법절차의 원칙, 행정절차 준수, 영장주의 등으로 구별되고, 적법절차의 원칙은 행정조사에 그대로 적용된다.