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2차 에기본에 대한 평가에서 세제 개편은 에너지원 간 소비왜곡 개선을 위해 발전용 유연탄에 개별소비세를 부과하여 외부비용의 내재화에 어느 정도 진전이 있었다. 그러나 전기요금 개편은 주택용 누진제 완화 이외의 실제 성과가 미흡하고, 계시별 요금제 (TOU) 및 수요관리형 요금제를 대폭 강화할 계획을 여러차례 밝혔으나 실제 성과가 미흡하다. 또한 발전용 에너지원에 대한 낮은 과세, 적정 공급비용 미반영으로 인해 다른 에너지원과 비교하여 전기가격은 낮고, 그에 따라 전기수요는 증가하는 에너지믹스 왜곡 현상이 발생하고 있다. 즉, 전력소매요금에 공급비용 적기반영이 미흡하여 소비자에게 적절한 가격신호가 전달되지 못하고 있어 합리적인 전력소비를 유도 하는데 한계를 보이고 있다.
2차 에기본 평가를 보면 세제개편은 외부비용 내제화에 성공했으나 전기요금 개편은 성과가 부족했으며, 발전용 에너지원과 관련한 에너지 믹스 왜곡현상은 합리적 전력소비를 이끌어내지 못했음을 보여준다.