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그러나 제안제도는 그 순기능에 비하여 아직까지 국민 또는 공무원들의 적극적인 제안 참여 활동이 부족한 수준이고, 각 행정기관별 여건에 따라 제안 활성화 정도가 크게 좌우되고 있다. 모든 행정기관 및 지방자치단체의 적극적인 제안문화 동참을 유도하고, 우수한 제안이 심사·채택과정에서 탈락되지 않도록 채택·실시공무원에 대한 공동 인센티브를 더욱 확대할 필요가 있다. 그리고 각급 행정기관 제안 담당 공무원들이 민원·비제안 분류 과정에서 자의적 판단을 배제하고 해당 분류기준에 따라 분류함으로써 국민의 소중한 의견이 사장되지 않도록 교육프로그램을 지원해야 한다.
긍정적인 제안제도의 활성화는 행정기관의 환경에 크게 의존하므로 귀중한 국민 의견이 많이 반영될 수 있도록 보상 확대와 교육을 통하여 제도 인식 제고에 힘써야 한다.  