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경계조정을 하기 위해서는 먼저 다수의 주민들이 원하거나, 그동안 수차례에 걸쳐 진정이나 건의가 들어온 지역, 고속도로나 국도의 신설 또는 수계 변경 등으로 인해 생활권이나 학군이 변동되는 지역, 도시계획 등 지역개발사업과 관련하여 불합리한 지역 등을 지방자치단체에서 조사하여 대상지를 선정하여야 한다. 그다음, 대상지의 지세, 거리, 교통편의, 경계를 획정할 적절한 지형·지물 등에 대한 현지 조사를 실시하고, 양 기초자치단체 간 협의와 해당 지방의회의 의견 수렴을 거쳐 시·도지사에게 경계조정을 건의하면, 시·도지사는 시·도의회의 의견을 청취한 후 행정자치부 장관에게 경계조정 건의를 하게 된다. 행정자치부 장관은 건의 지역에 대한 조정의 필요성 등을 검토하고 경계조정에 관한 대통령령을 제정하게 된다.
경계조정은 지방자치단체의 대상지 선정 및 평가가 먼저 이루어지고 이를 바탕으로 시·도지사에게 경계조정이 건의되며 시·도지사는 다시 행정자치부 장관에게 건의하고 장관은 관련 대통령령을 제정하는 과정으로 진행된다. 