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하지만 네덜란드 정부가 혜택을 제공하는 지재권의 범위를 확대하는 방향으로 제도를 수정하였지만 일부 특허 자산이 여전히 이노베이션 박스 활용 자격을 박탈하는 것은 주목할 만하다. 아일랜드의 특허 박스 제도와는 달리 네덜란드는 인수한 지재권에 대해서는 혜택을 제공하지 않는다. 인수한 지재권의 경우에는 인수한 기업이 지재권의 추가적인 개발 활동을 수행한 경우에만 혜택을 제공한다. 그뿐만 아니라 네덜란드의 납세기업이 R&D 비용을 부담하거나 직접 R&D를 수행해야 한다. 특허권과 관련한 R&D 활동이 해외에서 수행되는 경우에는 네덜란드 납세기업이 외부에서 수행되는 R&D 활동을 조정하고 관리하는 등 주도적인 역할을 해야 한다.
네덜란드는 인수한 지재권에 혜택을 미제공하고, 추가적 개발 활동 시 혜택을 제공한다. 지재권 범위 확대로 제도를 수정했지만 일부 특허 자산이 이노베이션 박스 활용 자격을 박탈하고 있다.