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이러한 다양한 우수 사례와 달리, 일부에서는 수정 보완이 필요한 사례도 발견되었다. 첫째, PDF 형식의 탐구활동지를 제공하고 있는 것은 개선되어야 하는 문제점 중의 하나이다. 중학교 디지털교과서 과학 1(A 출판사)의 탐구활동은 서책교과서의 탐구활동의 내용을 동일하게 옮겨 놓았으며, 입력 기능을 추가하여 답을 입력할 수 있고, 정답을 확인해 놓을 수 있도록 구현해 놓았다. 따라서 학생들은 과학 탐구활동을 하면서 얻은 결과를 디지털교과서에 입력을 할 수 있다. 그리고 이 디지털교과서는 탐구활동 부분에서 활동지를 PDF 파일 형태로 제공하였다. PDF 파일이기 때문에 직접 탐구활동의 답을 입력하는 것은 불가능하다. 교사들은 이와 같은 PDF 형태의 탐구활동지를 교사가 일부 변형하여 사용하거나, 학생들이 직접 입력할 수 있게 한글로 변환하여 제공할 필요가 있다고 언급한 바 있다(연구학교 심층 면담, D중학교, 2014. 6. 29.).
PDF 형식의 탐구활동지의 제공은 직접 답을 입력하는 것이 불가능하기 때문에 교사가 변형해서 사용하거나 학생들이 답을 입력할 수 있게 한글로 변환해 제공하도록 개선이 필요하다.