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통합 환경은 다양한 이해관계자가 복잡하게 연관되기 때문에 이를 조율･조정하고 사업 진행을 관리 감독할 수 있는 협력체계(governance)가 반드시 필요하다. JIE 사례와 같이, 통합은 기존 사업 추진방식과 달리 추진 주체 간의 유기적인 협력과 명확한 임무 및 역할 정의가 필요하다. 국방부는 통합환경에 대한 협력체계를 주도해야 하며, 합참과 각 군은 이를 지원하고, 국군지휘통신사령부와 사이버 작전사령부는 통합환경 운영을 지원하고, 합동 상호운용성 기술센터는 통합환경 구축을 위한 기술을 지원하는 형태의 협력체계 구성을 검토할 필요가 있다.
통합 환경은 다양한 이해관계를 조율, 조정, 사업 진행을 관리 감독할 협력체계가 필요해 각 부서마다 역할을 정의해 지원하는 형태의 협력체계 구성을 검토해야 한다.