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그런데 2007년 감사원이 주관한 ‘자체감사기구 운영 표준모델’ 구축과 관련한 사전연구 결과와 2009년 조사한 내용에서 나타난(감사연구원, 2009), 자체감사 운영실태와 관련한 결과를 보면 다음과 같은 상호 모순적 상황이 존재하고 있는 것을 엿볼 수 있다. 즉, 공공감사 연구회가 152개 공공단체(공적단체, 교육자치단체, 국가기관, 정부투자기관, 지방자치단체)의 자체감사기구를 대상으로 설문조사한 내용 중에서 “자체감사기구가 가장 공통적으로 확보해야 할 요인”에 대한 대다수의 답으로 “감사의 독립성”이 중요하다고 하였다(김명수, 2007;이영균, 2007; 최정운, 2007). 또 이 조사결과에서 보면 우리나라 자체감사기구가 수행하는 감사내용 중 성과감사보다는 주로 전통적인 재무 및 합법성 감사에 압도적 비중을 두고 있어 전체 자체감사 업무 비중의 73.69%가 재무 및 합법성 감사에 치중하고 있는 것을 알 수 있었다. 성과감사의 필요성에 대한 인식은 92개 기관 60.5%가 그렇다고 하면서도, 성과감사를  전혀 실시하지 않는 자체감사기구도 있었다. 그와 같은 이유에 대해서는 감사기관에게 적합하지 않은 업무, 감사기구의 전문성 부족, 감사인원의 부족, 성과감사의 객관성 확보 및 개량화어려움이 있으므로 외부감사기관이 담당해야 한다는 대답이었다(김명수, 2007; 감사연구원,2009).
공공감사 연구회가 152개 공공단체의 자체감사기구를 대상으로 설문조사한 내용 중 "자체감사기구가 가장 공통적으로 확보해야 할 요인"에 대해 대다수가 "감사의 독립성"이라고 답하였다. 또한 우리 나라 자체감사기구는 성과감사의 필요성에 대해 약 61%가 필요하다고 답했음에도 불구하고 실제 업무 비중의 약 74%가 재무 및 합법성 검사에 치중하고 있었다.