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과학자들이 핵무기 사용으로 인해서 촉발될 수 있다고 주장했던 갈등은 두 가지였다. 첫째 콤프턴(Arthur Compton)과 프랭크(James Frank)는 1945년 6월 12일 위원회에 제출한 “프랭크 보고서(Frank report)”에서 미국이 핵무기를 사용하면 전후 미국이 국제사회에서 핵무기를 통제하는 데 어려움을 겪을 것이라고 주장하며 핵무기 사용을 반대했다. 미국은 트루만이 대통령직을 수행하기 이전부터 전후 세계질서를 관장할 국제기구를 통해서 핵무기를 통제하는 방안을 구상하고 있었기 때문에, 프랭크 보고서의 주장은 고려해볼 가치가 있는 것이었다. 특히 당시 미국에서는 전후 국제기구를 통해서 핵무기를 통제하기 위한 방안으로 소련과 핵무기 프로그램에 대한 정보를 공유해야 한다는 주장이 제기되고 있었다. 1944년 8월 보어(Niels Bohr)는 루즈벨트 대통령에게 전후 군비경쟁을 피하기 위해서 소련에 핵무기 프로그램에 대해서 알려야 한다고 주장하기도 했다. 소련도 핵무기를 개발하기 위한 노력을 하고 있고 전쟁 이후 핵무기를 개발할 수 있는 기술력도 가지고 있기 때문에 비밀을 유지하는 것보다 정보를 교환하는 것이 전후 평화로운 국제관계의 형성을 위해서 필요하다고 설명했다.
콤프턴과 프랭크는 미국의 핵무기를 사용한다면, 미국이 국제사회의 핵무기 통제에 어려움을 겪을것이라며 핵무기 사용을 반대했다. 특히 소련도 핵무기 개발의 기술력이 있고, 개발을 노력하고 있어 핵무기 통제를 위해 소련과 핵무기 프로그램에 대한 정보를 공유해야 한다고 설명했다.