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또한, 대학구조개혁에 따른 정원감축 시 정책수단이 보완될 필요가 있는 것으로 보인다. 대학재정지원사업에서 구조조정(정원감축) 가산점을 부여함에 따라 부실대학보다 우수대학의 정원감축이 강화되는 결과가 초래되고 있다. 일반대학의 2013년부터 2016년까지의 정원감축 현황을 보면, 2015년 시행 대학구조개혁평가 결과 2018학년도까지의 권고감축률 보다 A등급은 3.53%p, B등급은 2.36%p만큼 초과 감축하고 있다. 이는 중하위 등급인 C등급이 －0.12%p, D등급이 －2.30%p 차이가 나고 있는 것과 비교되는 수치이다. 교육 수요자의 입장에서 부실대학보다 우수대학 진학기회가 감소되는 것은 바람직하지 못할 것이다. 대학재정지원사업에 의해 사실상 우수대학에 기준 이상의 정원감축이 요구되지 않도록 정책수단이 보완되어야 할 것이다.
대학구조개혁에 따른 정원감축이 부실대학이 아닌 우수대학의 정원 감축으로 이어지고 있는데 이는 교육수요자 입장에서 바람직하지 못하므로 이에 대한 정책수단의 보완이 필요하다. 