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그러나 프로그램은 계약업무의 편의를 위한 수단일 뿐이며 이와 같이 프로그램의 산정방식이 심사기준과 다르거나 경영상태 평가자료를 잘못 입력하면 적격심사 결과가 달라질 가능성이 있으므로 위 사람들은 적격심사 업무 수행자로서 이를 확인할 의무가 있는데도 이에 대한 검토를 하지 않은 점, 프로그램의 사용자 매뉴얼에도 적격심사내역서와 심사기준을 대조 확인하도록 되어 있으며 실제로 부적격 업체가 낙찰되는 결과를 초래한 점, 또한 심사기준은 대외적 구속력이 없는 행정내부기준에 불과할 뿐만 아니라 심사기준 제6조에 따르면 심사기준의 내용과 다르게 입찰공고 등에 별도로 반영하여 집행할 수 있도록 규정되어 있는 점, 설령 심사기준 [별표]에 따라 2015 회계연도(2016년 3월말 기준) 재무제표로 적격심사를 하더라도 그 결과는 적격점수에 미달되는 점 등을 고려할 때 위 의견들은 받아들이기 어렵다.
프로그램 산정방식이 심사기준과 상이하거나 경영상태 평가자료 입력을 잘못하면 심사결과가 달라질 수 있음에도 적격심사 업무 수행자들이 검토, 기준과 비교해보지 않았고, 심사기준도 행정내부기준에 불과하므로 위 의견들은 받아들일 수 없다.