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남북한 분업구조의 구축과 남북한 지역간 산업배치의 방향은  당 기간 동안 남북한 산업협력이 진행된 이후의 시점을 전제로 검토 한다. 개별 산업에서의 남북한 분업구조가 어떠한 방향으로 구축되어야 할것인가 하는 문제는 남북한 산업협력이 어느 정도진행된 이 후, 즉 중기 이후부터 검토될 수 있는 사항이다. 그리고 남북한 지역 간 산업배치는 정치적 통일 이후나 장기간에 걸친 남북한 산업협력과 경제통합이후의 시기를 대상으로 한다. 다만, 남북한 지역간 산업배치는 민간 기업이 주도하는 남북한 산업협력만으로 결정되는 것은 아니며, 어떠한 형태로든 정부나 공공부문의 정책적 개입에 영향을 받을 수밖에 없다. 이런 점에서, 남북한 지역간 산업배치는 남북한 산업협력이 추구해야 할 방향성을 의미한다고 볼 수 있다. 다만, 본 연구에서는 남북한 각 산업의 요구를 중심으로 남북한 산업 협력과 분업구조 구축 방향을 분석하기 때문에, 남북한 지역간 산업 배치도 산업의 논리에 의해서만 도출하고 있다.
남북한의 분업구조나 지역간 산업배치는 각각 산업협력과 정치적 통일 및 경제통합 후에 진행 가능하다. 이때 산업배치는 민간 산업협력의 결정으로만 정해지지 않으며 정책의 개입을 받게 된다. 하지만 이 연구에서는 산업적인 관점에 의해서만 논의되고 있다.