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우리나라의 경우 1998년 제6차 한국은행법 개정으로 한국은행은 금융기관에 대한 감독권한을 신설된 금융감독원에 이관하여야 했고 금융기관에 대한 검사나 공동검사를 금융감독원에 요구할 권한만을 갖게 되었다. 금융기관에 대한 공동검사제도는 금융기관에 대한 중복검사문제를 피하면서 한국은행이 통화신용정책 수행에 필요한 정보를 입수할 수 있도록 하기 위해 도입된 것이나 실제 운영과정에서 여러 가지 문제점들이 나타났다. 금융감독원이 정한 일정과 계획에 따라 검사가 이루어져 한국은행이 원하는 시기에 금융기관 검사가 이루어질 수 없었고 검사결과가 검사완료 후 2-3개월이 지나야 통보되는 등 시의성이 떨어지는 문제도 있었다. 또한 직접 조사권이 없는 한국은행의 자료 및 정보 제공요청에 금융기관이 협조하지 않는 사례가 빈번하였고 종국에는 금융감독원이 한국은행의 공동검사 요청을 거부하는 사례까지 발생하였다. 이후 양 기관 간에 양해각서(MOU)가 체결되고 공동검사가 재개되었으나 한국은행은 통화신용정책의 효율적 수행을 위한 정보 및 자료 취득에 계속 어려움을 겪고 있었다.
이러한 문제점을 보완하고자 당초의 국회 발의안에서는 통화신용정책 수행에 필요한 범위내에서 한국은행이 은행과 이를 자회사로 하는 금융지주회사를 단독으로 검사할 수 있도록 되어 있었으나 금융감독원 등 관계기관 간의 협상과정에서 한국은행에 단독검사권을 부여할 경우 중복검사로 인해 금융기관의 업무부담이 가중되고 통합금융감독기구의 설립 취지에도 반한다는 의견이 강하게 대두되면서 단독검사권을 한국은행에 부여하는 안이 백지화되고 현행 공동검사제도를 보완하는 선에서 일단락되었다. 즉 공동검사 거부사태의 재발을 방지하기 위해 한국은행의 공동검사 요청시 금융감독원이 ‘지체없이’ 응하도록 하는 내용만을 법에 규정하고 2002년 10월 한국은행과 금융감독원이 체결한 금융기관 공동검사에 대한 양해각서를 강화해 나가기로 하였다.
우리나라는 제6차 한국은행법 개정으로 금융기관 감독권한이 한국은행에서 신설된 금융감독원으로 이관되었다. 한국은행은 금융기관 검사나 공동검사를 금융감독원에 요구할 권한만을 가졌다. 그러나 이것은 실제 운영과정에서 여러 문제점이 나타났고 끝내 금융감독원이 한국은행의 공동검사 요청을 거부하는 일까지 발생했다. 그래서 공동검사 거부사태의 재발방지를 위해 한국은행의 공동검사 요청 시 금융감독원이 지체 없이 응하는 내용을 법에 규정하고 양 기관 간 체결한 양해각서를 강화하기로 했다.