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탄력적 근로시간제를 둘러싼 최근 논란이 현행 근로자대표제도 개선 필요성 논의로 이어지고 있는 것은 필연이라고 할 수 있다. 근로기준법(이하 ‘근기법’)에는 탄력적 근로시간제를 비롯한 다양한 근로시간제와 관련하여 근로자대표와의 합의에 의해 근기법에 대한 일종의 적용제외를 가능하도록 하고 있다. 근기법은 위반시 벌칙의 적용을 통해 그 최저 기준의 이행을 확보하는 체제로 이루어져 있으나, 탄력적 근로시간제 등 각종 근로시간제도에서는 근로자대표와 서면합의를 한다면 벌칙의 적용을 받지 않고 유효하게 근기법에서 정한 최저 기준을 저하시킬 수 있다. 이 점에서 현행 제도는 형벌의 적용이라는 공권력 보다 근로자대표와 사용자 사이의 합의를 우선시키고 있다고 할 수 있다. 바꾸어 말하면 근기법의 최저기준을 회피할 수 있는 강력한 권한을 근로자대표에게 부여하고 있는 것이다. 따라서 진정한 의미에서 근로자의 의사와 희망을 정당하게 반영하여야 하고 이를 통해 근로자 보호를 도모할 수 있어야 하는 요청을 충족하는 것이 근로자대표가 가지는 이러한 강력한 권한의 전제가 되어야 한다.
현행 근로자대표 제도에서는 근로자대표와 합의만 한다면 최저 기준을 이행하지 않아도 벌칙의 적용을 하지않을수 있다. 이로인해 최저 기준이 저하될 우려가 있으므로, 근로자 대표는 근로자를 보호하고 요청에 충족될수 있도록 하여야 한다.