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“경제경제･인문사회분야” 역시 피평가기관을 경제정책･자원인프라 분야와 인적자원･공공정책 분야의 2개 분야로 구분하고는 있으나 분야별 피평가기관의 연구영역 및 규모 등의 차원에서 차이가 있으며, 분야별 13개의 연구기관에 대한 상대평가를 통해 5개의 상대등급을 부여하다보니 피평가기관의 평가결과에 대한 부담이 커지는 것도 사실이다. 엄격한 평가를 통해 기관의 역량을 제고한다는 차원에서는 긍정적이지만, 다른 통합평가제도와 비교했을 때 상대적으로 강도 높은 성과관리를 요구받고 있다는 점도 사실이다. 특히 평가결과가 기관장의 성과 및 해당 기관의 차기 예산배분 등에 영향을 미치기 때문에 평가결과 등급배분에 대한 조정이 필요해 보인다.
경제와 인문사회 분야는 경제 분야와 정책 분야로 나눠 피평가기관을 두고 있다. 평가를 통한 기관을 점검은 긍정적이나, 다른 제도와 비교하면 성과에 몰리는 경향이 있어 조정이 필요하다.