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의료기관은 의원, 보건소, 보건의료원의 1차 의료기관과, 병원 및 종합병원 등 2차 의료기관, 의료급여지정 2차 의료기관인 3차 의료기관으로 분류된다. 의료급여 대상자는 1차, 2차, 3차 기관의 순으로 단계적으로 진료를 받을 수 있다. 즉 보건의료원이나 보건소등에서 1차 진료를 받고 1차의료기관의 의뢰가 있는 경우에 한하여 상급병원으로 단계적인 진료를 받을 수 있다. 연간 급여일수가 365일을 초과하는 수급자 비율도 2005년 약 22.9%에 달하고 있는 등 의료급여 지원으로 인한 도덕적 해이가 많이 발생하여(유원섭, 2005), 급여 상한일수 초과자나 중복 방문자등에 대해서는 선택 의료급여기관을 지정하도록 하고 있다.
의료기관은 1차, 2차, 3차로 분류되며 의료급여 대상자는 이 기관 순으로 단계적 진료를 받을 수 있다. 의료급여 지원의 도덕적해이 문제해결을 위해서 선택의료급여기관을 지정하기도 한다.