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규제비용분석은 규제도입으로 인한 비용 및 편익 중 직접비용과 직접편익만을 고려하여 측정되어야 한다. 비용·편익항목의 식별은 ‘규제비용총량제 매뉴얼’에서 제시한 직접비용 및 직접편익의 기준에 맞게 규제비용분석담당자, 해당규제 담당공무원, 피규제자의 대표성을 갖는 기관(관련 협회 등)의 의견교환 및 논의를 통해 결정되어야 한다. 직접비용 및 직접편익항목의 설정은 피규제자의 특성을 고려하여 설정하되 객관적 분석이 되기 위해서는 자의성을 배제하도록 노력해야한다. 직접비용 및 편익항목이 적절하게 설정되었는가는 규제비용분석 후 비용전문위원회의 비용분석 적정성 심의의 중요한 기준 중 하나이다.
규제비용분석은 직접비용과 직접편익만 고려하여 측정되어야하며 이 항목들이 알맞게 설정되었는지는 비용전문위원회의 비용분석 적정성 심의의 중요한 기준 중 하나가 된다.