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그러나 이 판결에 대하여 미국과 중국, 캐나다, 일본 등 많은 국가들이 강력하게반발을 하고 있으며, EU의 조치가 외국항공사들에게 추가적인 비용을 발생시켜EU 역내 항공사에 대한 사실상의 보호 장벽이 될 것으로 우려하고 있다. EU ETS를 항공분야에 확대, 적용하면서 외국항공사에 대해서도 ETS참여의무를 부과한 것은 탄소누출을 방지하여 전체 탄소배출량을 감소시키는데 도움이 된다는 긍정적 측면이 있지만 ETS로 인한 EU항공사들의 경쟁력 약화에 따른 대책의 일환으로 이용된다는 점에서 자국 산업의 보호를 위한 무역장벽으로 작용될 소지가 있다는 비판의 대상이 되었다. ECJ의 선결적 결정에도 불구하고, 이들 국가들은 EU ETS에 대응하기 위한 다양한 옵션을 고려하고 있는데, EU ETS에 자국 항공사들이 참여하는 것을 금지하거나, EU항공사와의 운행권에 관한 논의를 거절하는 것, EU항공사에 대한 보복적 세금을 부과하는 것 또는 ICAO협약상의분쟁해결규정인 84조 옵션을 이용하는것, WTO 제소 등이 논의되고 있다.
EU의 대책으로 해외항공사들에게 추가비용을 부담시켜 EU 항공사에 보호막이 될 것으로 염려된다. EU ETS를 항공분야에 확대함으로 EU항공사들의 경쟁력 감소에 따른 대응책으로 활용되는 부분에서 자국 산업을 위한 무역장벽이 될 가능성이 있다는 비판을 받았다. 