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그러나 1990년대 하반기에 다시금 극동지역에 대한 정부 정책 관련 변화의 시도들이 이루어졌다. 1996년 러시아의 심각한 사회경제 위기가 발생한 상황에서도 <2005년 극동 및 자바이칼 경제·사회발전>이라는 연방 특별프로그램이 채택되었다. 동 프로그램은 극동지역을 시장경제에 맞게 적응시켜야할 필요성에서 출발하였다. 그러나 소비에트 시기와 달리 당시 취할 수 있는 국가지원 규모는 전체 재원의 20~30%를 상회해서는 안 되었다. 그러므로 부족한재원은 지방정부 예산이라든지, 특별경제구역이나 투자자들에 대한 정부 개런티등과 같은 수단을 통해 조달해야만 했다.
1996년 러시아의 경제위기 상황에서도 다시 극동지역 발전을 위한 연방 특별프로그램이 채택, 지방정부와 투자자 개런티 등으로 재원을 조달했다.