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2012년 3월에는 ‘디지털교과서 연구학교 운영 계획(교육과학기술부, 2012. 3)’을 발표하였는데, 2012년에 운영되는 디지털교과서 연구학교는 시도교육청 디지털교과서 연구학교협의회를 구성하고 디지털교과서 교과목별 창의적 수업 사례 제안 및 현장 적합성 검토를 수행하며, 지역별 학교별 특성을 반영하여 연구 주제의 다양성 추구하도록 하였다. 이에 대한 구체적인 사업 내용을 살펴보면 연구학교 시설 및 운영비를 지원하는데 연구학교 운영비는 16개 시 도별로 균등 배분하여 지급하고 연구학교 운영에 따른 인터넷 사용료, 인프라 유지 보수 비용 등은 시도교육청에서 자체 부담하도록 하였다. 또한 디지털교과서 오류 등에 따른 사용자 지원은 중앙 콜센터 및 홈페이지를 활용하도록 하였으며, 연구학교 지정 종료에 따라 운영이 종료된 연구학교의 인프라는 PC 실습실, 방과 후 학습활동 등에 활용토록 하고, 시도교육청에서 활용 실태를 점검하도록 하였다. 아울러 교사 연수 지원을 위해 시도교육청 및 연구학교의 협의 하에 디지털교과서 연구학교 노하우가 풍부한 디지털교과서 선도요원을 선정하여 연구학교 교사 연수 지원하고 교육정보원을 통해 기기 선정, 인프라 관련 등 기술 자문 지원을 하도록 하였다. 이러한 지원 하에 2012년도에는 초 3～중 1까지 디지털교과서가 연구학교에 적용되었으며 구체적인 과목과 종수는 <표 Ⅱ-2>와 같다.
12년 디지털 교과서 연구학교 운영계획을 통해 연구 주제의 다양성을 추구하도록 했다. 그 내용에는 연구 학교 운영비 균등 배분, 중앙 콜센터 및 홈페이지를 통한 오류 지원, 시도교육청의 실태 점검 등이 있다. 아울러 디지털교과서 선도요원을 선정해 기술 지문 지원을 두었다. 