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경찰, 법원, 법무부 모두가 형사사법 업무를 하나의 시스템에 묶는 것에 대해 회의론을 제기했다. 이 문제를 결정하기 위해 2006년 9월부터 형사사법정보시스템의 방향을 연계형으로 하느냐 통합형으로 하느냐를 놓고 혁신위원회, 행정안전부, 한국전산원이 참석하는 회의를 세 번이나 개최하였다. 회의 결과 추진단은 경찰 제안대로 기본적으로는 통합형의 시스템을 만들지만 시스템 안에서 분리하기로 결정했다. 결국 처음의 취지가 변경되며 시스템의 구조를 변경하기에 이른 것이다. 일부에서는 여전히 이런 방침에 불만을 토로했다. 대검찰청은 시스템 구성 방식에 있어서 처음대로 통합형으로 나가야 한다는 입장을 고수했다. 추진단은 각 기관 간의 조율과 협력을 통해 갈등을 해결해나갔다. 그런 노력 끝에 2007년 9월 11일 음주·무면허 운전 사건에 대한 전자약식사건을 ‘통합형’ 시스템으로 구축하고, 나머지는 ‘연계형’ 시스템으로 구축하기로 협의해 정리했다.
경찰, 법원, 법무부 모두 형사사법 업무를 하나로 묶는 시스템에 대해 오랜 갈등이 있었으나 2007년 음주, 무면허 운전 사건 전자약식사건을 통합형 시스템으로, 나머지는 연계형 시스템으로 구축하기로 협의했다.