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온라인 감시로 인해 시민의 자유가 침해되는 것을 최소화하기 위한 가장 이상적인 조치는 감시 프로그램들이 특정한 단어와 문구가 포함된 문서나 메시지만을 감시하도록 설정하는 것이다. 그러나 테러리스트들이 외국어로 통신하는 경우를 가정하여 다양한 외국어로 된 검색 단어나 문구의 상세한 목록을 만드는 것은 신속하게 진행되어야 할 수사과정에서 지나치게 비효율적이라 할 수 있으며 또한 거의 불가능한 일이기도 하다. 한편 법원은 영장을 발부함에 있어서 시민의 자유에 대한 침해의 최소화를 지향하면서도 수사기관의 광범위한 재량을 허용하는 경향을 보이고 있다. 이에 따라 수사현실을 고려하면서도 침해를 최소화시킬 수 있는 장치가 마련되어야 할 것인바, 우선 수사기관이 수사와 무관한 정보를 사용할 수 없도록 하여야 하고, 수사의 목적과 무관하게 취득된 정보는 반드시 폐기하도록 해야 한다. 또한 온라인 감시 프로그램을 이용해서 용의자를 감시할 수 있는 기간의 상한도 설정되어야 한다. 수사기관의 감시에 대해 규정하고 있는 미국의 해외정보감시법은 통상적으로 감시기간을 90일로 제한하고 있고, 애국법은 그 기간을 120일로 연장할 수 있다고 규정하고 있다. 전화도청 등의 종래의 감시 기법과 비교할 때 시민의 자유가 무분별하게 침해될 우려가 있는 온라인 감시 장치를 활용할 수 있는 기간도 엄격하게 제한되어야 마땅하다. 다만, 감시대상 용의자가 테러와 연관되어 있다는 상당한 이유가 인정되는 경우에는 그 기간을 연장할 수 있는 규정도 마련되어야 할 것이다.
온라인 감시로 인해 발생하는 시민의 자유 침해를 방지하기 위해 수사현실을 고려하면서 침해를 최소화시킬 수 있는 장치가 필요할 것이다. 우선 수사기관이 수사와 무관한 정보를 사용하거나 수집하지 않도록 해야 한다. 더불어 온라인상에서 용의자를 감시할 때 그 기간의 상한을 설정해야 할 것이다. 다만, 테러와 같은 심각성이 인정되는 경우, 기간 연장을 위한 규정도 마련되어야 할 것이다.