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마지막 전제 조건 요소로 꼽히는 근원적 이해차이 파악 역시 강정마을 주민과 해군, 정부의 사이에서는 찾아보기 어려운 조건이었다. 근원적 이해 차이를 파악하는 행위는 갈등 상황에서 양 이해관계자가 대립하는 입장의 이유와 이해관계 근거를 명확히 파악하는 일이다. 갈등 상황이 변화하면서 점차로 중재적 입장을 택하기 어렵게 가치관 대립으로 흐르는 경우가 발생하면 점점 더 해결이란 요원해진다는 점에서 이 명확한 상호 이해는 해결을 위한 가장 중요한 조건 중 하나이다. 그러나 7년에 걸친 텍스트 마이닝 분석 결과 강정마을 사례의 경우 주민과 정부의 서로 이념적 입장 차이만을 밝혔을 뿐 근원적 이해 차이를 파악하려는 노력은 매우 적었음을 알게 되었다. 정부의 경우 지속적으로 국가, 안보를 위해 해군기지 건설이 필요하다는 정당성만을 내세웠고, 이에 반대하는 주민의 경우 제주가 평화의 섬이며 환경을 보존하는데 군사기지가 부정적이라는 점만을 계속해서 강조해왔던 것이다. 이러한 양측의 논리는 그 자체로 타협이 거의 불가능한 가치판단의 차이만을 드러낸다는 점에서 근원적 이해차이 파악이 양측 모두 매우 낮은 수준이었음을 확인했다.
주민은 제주의 환경 보존과 군사기지가 부정적이라는 점만을 강조했고, 정부는 국가, 안보를 위해 해군기지 건설이 필요하다는 정당성만을 내세웠다. 양측은 대립하는 이유와 이해관계 근거를 명확히 파악하지 않고 오직 가치판단의 차이만을 드러냈다는 점에서 근원적 이해차이 파악이 매우 낮은 수준이었음을 확인하였다.