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한편, 멕시코와의 FTA에 대한 논의는 1998년부터 시작되었다. 세디오(Ernesto Zedillo) 멕시코 대통령은 1998년 11월 일본을 방문하여, 양국간 자유무역협정 및 투자협정 체결에 관한 논의를 제의하였고, 다음해 2월 일본의 무역진흥회(JETRO)와 멕시코의 상공진흥청 등 비정부기관이 중심이 된 “일/멕 경제관계긴밀화위원회”를 발족하였다. 양 기관은 2000년 4월 양국간 FTA 체결을 긍정적으로 평가하는 연구결과를 발표하였으며, 일본의 경제단체연합회와 신일본/멕시코 21세기위원회 등 민간단체들이 양국간 FTA를 조속히 체결할 것을 촉구하였다.
 2001년 현재 양국 경제장관들이 FTA 체결에 관한 논의가 계속 이루어지고 있으나 실질적인 진전은 없는 상태이다. 일본측으로서는 싱가포르와 협정을 체결하는 것이 최우선과제로 남아 있고 멕시코와 FTA를 추진하기 이전에 한국과의 FTA를 체결하는 것을 더 신중하게 고려하고 있기 때문이다.
일본과 멕시코의 FTA논의는 '98년 비정부기관 중심의 연구를 시작했다. 2000년 양국간 FTA체결을 긍정적으로 평가하여 일본의 민간 단체들이 양국간 FTA체결을 촉구하였다. 일본은 싱가포르와 한국의 FTA를 최우선으로 고려하여 실질적 진전이 없다.