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2009년도에는 유망품목 중심으로 수출을 더욱 조직화하기 위하여 '농식품 수출선도조직' 사업을 개시하고 10개 품목, 13개 선도조직을 선정하였다. 파프리카, 배, 김치 품목에 2개 조직이 선정되었고 딸기ㆍ새송이버섯ㆍ감귤ㆍ단감ㆍ백합ㆍ장미ㆍ유자차 품목에 각각 1개의 선도조직이 출범하였다. 농식품 수출선도조직 사업은 수출업체 주도로 생산자와 상호 구속력이 있는 계약을 체결하고, 재배단계부터 안정성ㆍ품질관리ㆍ선별ㆍ마케팅ㆍ수출 등을 일괄 수행함으로써 수출을 경쟁력을 높이기 위해 추진되었다. 그 결과 업체들이 자율적으로 상품의 품질, 규격을 표준화하고 공동으로 마케팅을 수행하기 시작했다.
이후에는 유망품목 중심 수출을 위해 10개 품목에 대한 선도조직 13개를 개설해 수출업체와 생산자 간 견고한 계약을 맺고, 판매의 전 과정을 대비하는 재배법을 구축했다.