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노조에 의한 임금 프리미엄은 매우 흥미로운 추정 결과를 보여주었다. 시간당 기본급에서는 노조 임금효과가 오히려 마이너스이거나 유의하지 않은 것으로 나타났다. 반면 총시간당 임금에서는 1997년까지는 마이너였으나, 2002년 이후는 플러스로 전환되어 4～7% 정도의 임금 프리미엄을 나타냈다. 이것이 사실이라면 앞서 본 바와 같이 초과근로수당에 집중되는 노사 담합으로 인하여 기본급을 낮게 책정하는 관행이 자리잡고 있는 것으로 보인다. 결국 이로 인하여 통상임금과 관련한 분쟁이 발생하였지만, 지난 시기 동안 이러한 구조와 관행이 오랫동안 지속되었음을 알 수 있다.
노조에 의한 임금 프리미엄을 통해 보았을 때, 초과근로수당에 집중되는 노사 담합으로 인하여 기본금을 낮게 책정하는 관행이 자리잡고 있다.