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우리나라의 경우 전체 공공 부문에 대한 회계감사 책임과 권한은 오직 감사원에만 있다. ｢헌법｣ 제97조와 ｢감사원법｣ 제20조에 의하면 감사원만이 국가와 법률이 정한 단체의 회계를 상시 검사ㆍ감독하게 되어 있다. 미국 등 선진국의 사례와 국제최고감사기구(INTOSAI)의 사례를 보더라고 국가의 최고감사기구인 감사원이 중심이 되어 회계감독과 재정위험 통제활동을 하고 있다. 하지만 감사원의 제한된 자원으로 우리나라의 6만 5000여 개에 달하는 모든 공공기관을 직접 감독하는 것이 어렵고 효과적인 재정 감시체계 마련을 위한 전산기반이 부족하다.
우리나라에서는 감사원에만 공공부문 회계감사의 책임과 권한이 있다. 그러나 감사원의 제한된 자원으로 모든 공공기관을 다 감독하는 것은 시스템적으로 어렵다.