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먼저, 인권전담 사무조직(인권센터) 설치를 강행규정 또는 임의규정으로 제시할 것인지에 대한 바람직한 위상이 논란이 될 수 있다. 센터는 그 위상을 어떻게 설정하느냐에 따라 지방자치단체내에‘설치’또는 외부기관을‘지정’할 수 있으나, 인권에 관한 종합적인 시책을 기획하고 추진하는 기관의 성격을 감안하면 지방자치단체가 직접 운영하는 방안이 가장 바람직하다. 민간위탁과 같이 센터를 지정하는 방식이 되면, 지도·감사 관계가 성립되기 때문에 수탁기관은 이를 피하기 위해 지방자치단체에 협조관계로 갈 수 밖에 없고, 이에 따라 업무상 독립성 확보에 문제발생 소지가 있을 수 있다(예, 광주광역시, 부산광역시).
인권 관련 시책을 기획하는 기관의 성격을 감안해 인권전담 사무조직의 설치 규정은 지방자치단체가 직접 운영하는것이 가장 바람직하다. 이를 통해 업무상 독립성 확보를 할 수 있다.