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한국은 정부 차원의 합동대응체계를 운영 중이다. 대북제재 관련 안보리 결의 1874호 이행을 위한 ｢선박･화물검색 지침(2009년 7월)｣상의 내용을 PSI에도 준용하여 PSI 상황발생 시 정부는 <그림 1>에서 보는 바와 같이 외교통상부를 주무기관으로 업무를 분장하여 합동대응체계를 가동하고 있다. 차단작전은 수역별로 해양경찰청과 해군 등 주관부서를 구분하여 실시하되, 실제 차단･검색 업무는 해상에서는 관세청 및 해양경찰청, 그리고 공중에서는 국방부와 국토해양부 주도로 수행하고 있다. 외교통상부는 PSI 주관 부처로서 정기적으로 관계부처 협의회를 개최한다. 특히 외국으로부터 구체적인 승선･검색 요청 및 관련 정보를 접수하는 경우, 사안별로 PSI 관계부처 협의회를 소집하여 정부의 종합적인 대책을 논의한다.
한국은 정부차원의 합동대응체계를 운영하고 있는데, PSI 상황 발생시 정부는 외교통상부를 주무기관으로 업무를 분장해 합동대응체계를 시행하고 있다.