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그러나 2008년 금융위기 이후 등록금 부담이 사회 문제화 되면서 등록금 인상률은 크게 둔화되었으며, 2009년 하반기에 실시된 ‘사립대학 경영부실 진단 및 실태 조사’에 ‘등록금 의존율’ 지표가 포함되면서 대학의 등록금 인상에 제동이 걸리기 시작하였다(교육과학기술부, 2009.12.31.). 이후 정부는 대학 구조개혁 추진을 위해 매년 전체 대학을 대상으로 평가를 실시하였는데, 2010년에 실시된 ‘학자금 대출 제한 대학 평가’와 평가 결과의 활용 범위를 ‘학자금 대출 제한’에서 ‘모든 정부 재정지원 사업 제한’으로 확대․적용한 2011년 이후의 ‘정부 재정지원 제한 대학 평가’에서는 ‘등록금 인상 수준’이 지표에 포함되었다(교육과학기술부, 2010.9.7., 2011.8.16.) 그리고 대학의 과도한 등록금 인상을 억제하고 합리적인 등록금 책정을 유도하기 위해 2010년 1월에 「고등교육법」이 개정되었는데, 이를 통해 각 대학은 등록금을 책정하기 위해 교직원, 학생, 관련 전문가 등으로 구성된 ‘등록금 심의위원회’를 설치․운영해야 하며 (제11조 제2항 및 제3항), 각 대학은 등록금 인상률을 직전 3개 연도 평균 소비자 물가상승률의 1.5배를 넘지 않도록 하고(동조 제4항), 이를 초과하여 인상할 경우 해당 대학에 행․재정적 불이익을 줄 수 있도록 하는(동조 제5항) ‘등록금 인상률 상한제’가 도입되었다.
금융위기와 사립대학 실태 조사의 등록금 의존율 평가로 인해 등록금 인상률이 정체되었다. 정부는 대학의 학자금 대출 범위를 모든 사업으로 확대하고, 재정 평가에 등록금 인상률을 포함해 구조개편을 실시했다. 또한 적절한 등록금 규정을 위해  「고등교육법」에서 등록금 심의위원회 설치와 물가를 고려한 등록금 인상률과 상한제를 규정해 위반 시 규제할 수 있는 방안을 마련했다.