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공군작전사령부는 전반적인 항공작전을 지휘하고, 제공작전, 항공차단작전, 근접항공지원작전을 비롯하여 핵 · 미사일 · 장사정포 위협에 효과적으로 대응하기 위한 작전을 수행한다. 공중전투사령부는 공군작전사령부의 통제에 따라 부여된 전투임무를 수행하고, 전술임무기의 전투력 발휘를 보장한다. 공중기동정찰사령부는 공중기동, 감시정찰, 특수임무 및 탐색구조임무를 수행하고, 공중기동전력의 전투력 발휘를 보장한다. 방공유도탄사령부는 탄도탄 및 항공기 등 다양한 공중위협에 대한 방어 임무를 수행하고, 방공관제사령부는 한반도 전구 내 항공통제, 공중감시, 항공기 식별, 항공작전 지원 등의 임무를 수행한다.
공군작전사령부의 통제하에  공중전투사령부, 공중기동정찰사령부, 방공유도탄사령부, 방공관제사령부는 각각 전투임무를 수행하고 있다.