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IT활용감사를 적용하기 위해서는 우선 감사대상 업무가 해당 정보시스템을 활용하는 것이 타당한지(타당성), 감사 증거로 활용되는 데이터의 활용 가능성은 높은지(가용성), 감사 기간 내에 결론을 도출할 수 있는지(시간제약성)를 고려하여 분석대상을 선정해야 한다(Eckhardt, 2007). 먼저, 타당성 측면에서는 감사목적을 달성하기 위해 IT활용감사가 필요한지에 대한 감사팀 내의 공감대 형성이 필요하며, 비용 및 인력 등 자원의 투입 대비 효과를 기대할 수 있는지에 대해서도 고려해야 한다. 다음으로 가용성 측면은 감사대상 업무가 전산화되어 있는지 여부와 대상 업무가 대량 정보로 구성되어 있는지를 파악해야 한다. 그리고 IT활용감사는 대상기관 업무 및 정보시스템에 대한 현황을 통해 자료를 수집하고 이를 토대로 분석결과를 도출하는 등 복잡한 절차를 거치고 있어 단기간에 분석결과를 도출하는 데 한계가 있다. 따라서 IT활용감사를 수행하기 위해서는 감사기간을 충분히 확보하거나 사전에 분석대상을 선정하여 분석하는 것이 필요하다.
IT활용감사는 정보시스템 활용에 대한 타당성, 데이터의 전산화 여부와 구성에 대한 가용성, 감사 기간을 준수하는 시간제약성을 고려해야 한다. 이것은 복잡한 절차로 인해 시간제약성을 극복하려면 사전 분석이나 충분한 시간 확보가 필요하다.