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그 동안 전속고발제도의 폐지 문제에 대하여는 많은 논의가 있어 왔는 바, 그 찬반 입장을 간단히 살펴보면, 전속고발제도의 존치를 주장하는 입장에서는, 공정거래법 사건의 위법성 판단은 공정거래 분야의 전문성이 확보된 공정위의 조사를 거친 후 사안의 중대성에 따라 공정위의 전문적 판단에 따라 형사고발을 결정할 필요가 있고, 전속고발권이 폐지되는 경우 고발의 남용 위험이 있고, 이로 인하여 검찰의 수사가 확대될 경우 기업활동이 위축될 우려가 있다는 것을 근거로 내세운다. 반면 전속고발제도의 폐지를 주장하는 입장에서는 공정위가 전속고발권을 보유함으로써 실제 피해를 입은 당사자가 배제된 채 자의적인 판단에 따라 검찰에의 고발 여부를 결정하여 형사피해자의 재판절차진술권과 소비자의 기본권을 침해하고, 검찰에 형사고발하지 않을 경우 공정위가 법원의 재판을 거치지 않고 위법행위에 대해 형사처벌을 면제시켜 주는 효과를 발생 시킨다는 점에서 삼권분립원칙에 반할 우려가 있으며, 소극적인 고발권 행사로 인하여 형사처벌을 통한 공적 집행의 실효성 확보가 어렵다는 근거를 제시한다.
전속고발제도 폐지 문제에 대해 존속을 주장하는 이유는 빈번한 고발 남용과 공정위의 전문성이 필요하다는 입장이며 존폐를 외치는 입장은 삼권분립원칙에 위배될 수 있다는 우려와 재판절차진술권 및 소비자의 기본권 침해, 그리고 형사처벌 실효성의 미비함을 주장하였다. 