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셋째, 제도 운영이 좀 더 안정적이고 지속될 수 있도록 여러 부처와의 협력체계를 구축하고 연계장치를 마련하였다. 대표적으로 2006년 당시 행정자치부가 주관하던 국정시책 합동평가의 평가항목에 성별영향분석평가 과제수를 포함시킨 것을 들 수 있다. 2006년은 제도 시행 2년차로서 상당히 초기부터 연계장치를 마련했다고 볼 수 있다. 합동평가는 평가결과에 따라 지방자치단체 에 예산지원 등 많은 인센티브를 제공하는 것이어서 지방자치단체가 매우 중요시 여기는 평가제도이다. 그 결과 합동평가지표에 분석평가 과제 수를 포함한 것은 지방자치단체의 적극적인 참여를 이끌어내는 데 긍정적인 영향을 미쳤다. 실제로 이후부터 지방자치단체의 분석평가 과제 수는 기하급수적으로 증가하였다. 물론 이러한 양적인 증가 이면에는 분석평가서의 질 개선이 필요하다는 지적도 상존하고 있었다. 그리고 2006년 당시 기획예산처는 예산편성과정에 성별영향분석평가를 적용하기 위해 ‘2007년 예산안 편성 및 기금운영계획 작성지침’에 각 행정기관은 성별영향분석평가 결과를 사업계획에 반영하여 예산을 요구하도록 명시하였다. 한편 법제처는 2006년에 ‘법제업무 심사관련 법령입안 심사기준안’에 법령입안 심사 시 성별영향을 고려하도록 명시하였다(여성가족부, 2006, 2007a). 중앙인사위원회도 2006년에 ‘2007년도 교육훈련지침’에 정책의 성별영향평가를 각 부처 주요시책에 포함시키고, 5급 승진리더과정에 성별영향 분석평가와 관련한 교과목을 반영하였다(여성가족부, 2007b). 그리고 통계청은 2007년에 통계법(제18조) 개정을 통해 통계작성기관은 새로운 통계를 작성하고자 하는 경우, 조사사항의 성별구분 사항에 대해 미리 통계청장의 승인을 받을 것을 명시하였다(여성가족부, 2007c). 이러한 제도적 기반 강화 노력과 함께 여성가족부는 성별영향분석평가를 추진해 왔다.
성별영향분석평가 제도 운영이 안정적이고 지속될 수 있게, 국정시책 합동평가항목에 성별영향분석평가 과제수를 포함해 질 개선의 여지가 남았지만 지방자치단체의 적극적인 참여를 이끌어낼 수 있었다. 또 예산편성에 성별영향분석평가를 적용하고 법령입안 심사에 성별영향을 고려하도록 하며 각 부처 주요시책과 5급 승진리더과정에 성별영향 분석평가를 포함시켰다. 또 통계작성에 성별구분 사항을 꼭 포함시키도록 명시했다.