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또한 영해기점무인도서의 관리를 위해서는 법령에 산재된 관리주체들 간의 권한과 의무를 명확히 하고, 관련 기관들 간의 긴밀한 협조체제를 구축할 필요가 있다. 무인도서법에 따라 무인도서 전반을 관리하는 주무부처는 해양수산부이지만, 영해기점 설정에 관한 영해 및 접속수역법의 주무부처는 외교부이고, 영해기점표의 매설·관리는 국립해양조사원이, 영해기점 무인도서 형상의 훼손상태 점검․관리는 해양경찰청이 담당하고 있다. 무인도서법이 규율하지 않는 다른 법률에 규정된 특별 규정을 어떻게 해석하느냐에 따라 영해기점무인도서의 점검과 관리에 관한 적용법규가 달라질 수 있기 때문에 사전에 혼란을 방지하고 관계기관들이 긴밀히 협조할 수 있는 체계를 마련할 필요가 있다.
영해기점무인도서의 관리를 위해 주체들 간의 권한을 명확히 하고 긴밀한 협조체제를 구축해야 한다. 무인도서법이 규율하지 않는 특별규정은 해석에 따라 적용법규가 달라질 수 있기이다.