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다만, 과세관청은 조합설립추진위원회가 법인세법 제110조에서 정한 비영리법인 수익사업개시신고 등을 하지 아니하는 등의 일정한 경우에는 구체적인 사정에 따라 조합설립추진위원회의 손익이 정비사업조합에 그대로 승계되는 것은 아니고, 조합설립추진위원회가 주무관청의 승인을 받아 조합을 설립하고, 조합의 설립등기일 전에 생긴 손익을 사실상 조합에 귀속시킨 경우에는 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하지 않는 범위 내에서 당해 손익을 조합의 최초 사업연도 손익에 산입할 수 있다고 본다. 그리고 그러한 경우 조합 설립 이전 수년 동안 추진위원회가 사용한 비용은, 비록 도정법 제15조 제4항에 따라 추진위원회의 권리 및 의무가 조합에 포괄적으로 승계됨에도 불구하고 그 손익을 정비사업조합의 손익으로 볼 수 없으며, 이 경우 추 진위원회에 귀속되는 손익으로 볼 뿐이라고 판단한다.
과세관청은 조합설립추진위원회가 법인세법 제110조에서 정한 특정한 경우에 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하지 않는 범위 안에서 그 해의 손해와 이익을 조합의 최초 사업연도의 손해와 이익에 넣을 수 있다고 보았다.