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이에 따라 특허법원은 이 사건 제7항 발명을 ‘쑥잎을 메탄올 또는 에탄올로 추출하여 쑥추출물 을 얻고, 이 쑥추출물을 탈지하고 클로로포름으로 용출시켜 소분획물을 얻고, 이를 다시 실리카겔 컬럼에 충전하여 용출시키는 것을 특징으로 하는 자세오시딘’을 유효성분으로 하여 이에 약제학적으로 허용되는 물질이 첨가된 위장질환치료제용 약학적 조성물이라고 해석한 후, 이 사건 제7항 발명을 확인대상발명과 대비한 결과 확인대상발명은 이 사건 제7항 발명의 권리범위에 속하지 않는다며 원고의 청구를 기각하는 판결을 하였다. 원고는 위 특허법원의 판결에 불복하여 대법원에 상고를 제기하였다.
특허법원은 7항 발명을 쑥추출물로 만든 자세오시딘에 허용된 물질을 첨가한 위장질환치료제용 약물이라고 해석하여, 확인대상발명이 그 권리범위에 속하지 않는다고 판결했다.