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1960년 초에는 농업협동화를 기초로 새로운 지도방식인 ‘협동경리의 기업적 지도’를 채택하는 한편, 지도체계에도 변화를 가져왔다. 기존의 농업성을 ‘농업위원회’로 개편하여 그 아래에 ‘가금 및 축산총국’(1960년대 말 ‘가금총국’, 現 ‘국영목장관리 총국’)을 두었다. 가금 및 축산총국은 각 도에 설치된 가금 및 축산총국을 관할하였으며, 대규모의 닭공장, 돼지공장, 종축장과 원종장을 직접 관리하였다. 이와 함께 도 및 군 인민위원회의 농업지도 기능을 분리하여 각각 ‘도농업위원회’(現 ‘도농촌경리위원회’)와 ‘군협동농장경영위원회’를 설치하고, 동 위원회에 가축방역부서를 두어 가축방역소와 가축병원도 분리하여 소속시켰다. 한편, 기존 가축병원들을 수의방역소로 개편하고, 수의방역용 약품을 증산하는 등 수의방역사업을 지속적으로 강화하였다. 이와 같이 농업부문을 별도로 관리하는 체계로 이행, 수의방역 사업을 강화함으로써 이전 시기에 형성하였던 수의방역체계 확립의 기초가 마련되었다.
1960년대 초반 농업 협동화를 기초로 한 협동경리의 기업적 지도를 채택하였고, 이는 농업 부문을 별도로 관리하는 지도체계의 변화를 가져왔다. 또한 수의 방역 사업을 강화하여 이전에 형성했던 수의 방역체계의 기초를 확립했다.