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그리고 관리·운영기준의 문제다. 각각의 기반시설에 대해서는 시설 설치 이후의 관리·운영에 관하여 관리운영규정을 두는 방식을 채택하고 있으며, 시설 방호를 위한 안전기준 등을 설정하고 있다. 또한, 관리운영을 위한 재원조달 방식에도 차이가 있다. 예를 들어, 유료도로는 통행료의 징수·관리와 이에 대한 소관부처의 감독권한, 「철도사업법」에 따른 철도운임의 조정 등이 그러하며, 그밖의 시설에 대해서도 점용허가와 점용료의 징수 등이 그러하다. 그밖에도 비관리청에 의한 유지·보수공사 등에 대한 허가 등의 관리행정체계도 각각 다른 방식을 채택하고 있다.
기반시설 설치 이후의 관리 등에 대해 관리운영규정을 둬 안전기준 등을 정하고 관리운영을 위한 재원조달에는 유료도로는 통행료의 징수와 철도운임의 조정 등이 있다.