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그러나 거소투표를 하는 경우 선거관리가 제대로 이루지지 않아 권한 없는 대리, 부정투표의 위험에 노출되는 등 충분한 정보에 기반한 보통, 직접, 비밀선거의 권리를 누리지 못하는 경우가 있었다. 2012. 10. 경향신문, YTN 등 언론에서는 장애인거주시설에서의 거소투표에서 발생한 대리선거 의혹을 보도한 바 있으며, 거소투표시에 시설 관리자가 거주인의 동의를 받지 않고 부재자 신고를 한 후 대리투표를 한 사안으로 법원의 판결을 받은 예도 있었다. 선거관리위원회에서도 거주시설의 일괄 거소투표자 신청을 묵인·방조했거나, 거소투표 대상자가 아닌 지적장애인들의 거소투표 신청을 묵인했거나 대리투표를 목격하고도 방조했다는 증언이 있는 등 관리감독의 소홀이 지적되고 있다(여준민, 2014).
거소투표시 보통, 직접, 비밀선거의 원칙에 부합하지 못하는 사례들이 지적된다. 일례로 장애인거주시설에서의 대리투표가 있다. 대리투표의 묵인, 방조도 이에 해당한다. 소홀한 관리감독이 낳은 문제점들이다.