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Matrix 조직에서는 조직구성원이 이중의 상사를 가지며 이중의 명령체계 속에 존재한다. 즉 일반적인 행정 사항에 대해서는 종적 서열 상 관리자에 해당하는 담당자의 명령에 따라야 하지만, 프로젝트 관련 업무의 경우에는 해당 프로젝트를 관리하는 담당자의 명령에 따라야 하는 것이다. 이 조직은 구조형태로 볼 때 Project 조직과 전통적인 기능적 조직을 합한 것이기 때문에 전통적 기능적 구조에 Project 조직을 추가하여 수직적 구조에 수평적 구조를 더한 것을 의미한다. 따라서 전통적 조직구조의 특징인 피라미드형, 계층제의 원리, 명령통일의 원리, 계선과 막료의 관계를 근본적으로 파기하고 있는 조직 구조적 특징을 지닌다. 그 장점은 첫째, 특례사업과 관계되는 모든 문제를 처리하는 책임자로서 1인을 임명하게 되므로 특례사업이 강조된다. 둘째, 기능조직에 전문가의 지위가 마련되어 있기 때문에 인력이 융통성 있게 이용된다. 셋째, 모든 계획을 위하여 전문적 지식이 공평하게 될 수 있고 지식과 경험이 한 특례사업에서 다른 특례사업으로 이전될 수 있다. 넷째, 특례사업이 없어 그 사업에 종사하는 자들의 필요성이 없을 때라도 그들이 근무할 기능적 부서가 있다. 다섯째, 특례사업의 필요성과 고객의 욕구에 대한 반응이 일반적으로 더 빠르다. 여섯째, 특례 사업 간의 관리의 일반성이 유지될 수 있다는 것 등이다. 이상과 같은 장점이 있는 반면 몇 가지 문제도 따른다. 직능과 프로젝트 구조가 포함되어 있어 갈등이 발생할 우려가 많고 비공식집단과 상하관계의 유지가 곤란하다는 것이다(김병섭･박광국･조경호, 2001: 115-118).
Matrix 조직은 수직적 구조에 수평적 구조를 더한 것으로 전통적 조직구조의 특징을 파기한다. 그 장점은 1인 책임자로 특례사업이 강조되고, 전문가가 있어 인력의 융통성이 있으며, 전문적 지식의 수평화로 지식과 경험이 특례사업간에 유동적이고 관리가 통일되며, 특례사업이 없을때 그들이 근무할 부서가 있으며, 특례사업의 필요성과 고객의 욕구에 반응이 빠르다. 단점은 갈등의 우려가 많고 비공식집단과 상하관계의 유지가 어렵다.