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이명박 정부에서 추진한 고교 체제 개편 정책(이른바 ‘고교다양화 300 프로젝트’)은 도입 초기부터 ‘일반 고등학교 위기’ 논란(중앙일보, 2011. 5. 17.)을 불러일으켰고, 학교 교육과정 편성․운영의 자율성이 많이 부여된 학교일수록 고등학교 3년간 학생들이 국˙영˙수를 더 많은 단위로 공부하고 있는 것으로 나타났다(민용성 외, 2011). 이것은 일반 고등학교 중에서 자율 고등학교나 창의경영학교를 지정하여 교육과정 편성˙운영의 자율성을 부여함으로써 학생들의 요구에 맞는 ‘학생맞춤형’ 교육을 실시하고자 한 이전 정부의 의도가 제대로 구현되지 못했음을 의미한다.
이명박의 고교 체제 개편 정책으로 인해 자율 고등학교일수록 소수 과목 위주만 공부하는 것으로 나타났다. 학생 맞춤형 교육을 주장한 이전 정부의 의도를 무너뜨린 것이다.