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반면 우리나라는 존속기간 연장등록출원인이 제출한 임상시험 및 허가 관련 서류를 바탕으로 특허청이 연장기간을 검토하는데, 연장등록출원인의 제출서류만으로 연장기간의 명확한 산정이 어려울 수 있다는 문제가 있다. 따라서 한국의 식약처가 미국의 FDA처럼 존속기간 연장등록출원 건의 연장기간 산정에 있어 전적인 역할을 담당하지 않더라도, 기간산정 업무의 효율성 및 정확성 측면에서 임상시험 기간 및 허가 관련 서류 검토 기간, 특히 국내에서 주요한 쟁점이 되고 있는 특허권자의 귀책사유로 인한 기간을 산정함에 있어 식약처의 의견을 제공받을 수 있는 절차를 마련하는 방안을 고려해볼 필요가 있다.
우리나라는 특허청이 연장등록출원인이 제출한 서류를 바탕으로 연장기간을 산정하는데, 더욱 명확한 산정을 위해 식약처의 의견도 제공받도록 하는 방안이 제기된다. 