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수납관리의 적정성을 판단하기 위해 체납자에 대한 과․오납 환급 여부를 살펴본 결과, 분석대상 중 1.6%가 부적정하게 환급된 것으로 나타났다. 지방세기본법 에 따르면 과․오납이 발생하면 당해 납부 의무자의 미납된 징수금에 우선적으로 충당하고 그 사실을 과․오납금 청구권자에게 통지하도록 하고 있다. 그러나 과․오납을 환급한 33건의 경우 기존 체납금이 존재하는 데도 불구하고 과․오납을 환급하는 것으로 나타났다. 예를 들어, 2006년 자동차손해배상보장법 위반 과태료 90만 원을 체납한 장기 체납자에게 2011년 주민등록법 위반과태료에 대한 과․오납 환급금 4만 원을 환급하였다. 이와 관련하여 업무 담당자와 면담한 결과, 현행 세외수입시스템은 담당 세목에 대해서만 체납금을 확인하고 다른 세목의 체납금은 시스템상에서 확인하지 못하여 과․오납금을 체납금에 먼저 충당하고 있지 못한 것으로 파악된다.
일부 환급건에서 지방세기본법을 따르지 않고 기존 체납금이 존재하는데도 불구하고 과오납을 환급한 것으로 나타났다. 현행 세외수입시스템상 다른 세목의 체납금 과오납금을 확인하지 못해 체납금에 먼저 충당하고 있지 못한 것으로 파악된다.