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협정의 주된 요소인 지적재산권은 살아있는 생명에 특허를 부여하고 이를 사유한다는 원칙에 반대하는 이해당사자들, 또는 협정으로 인해 지적재산권이 남아공의 손을 떠나게 된다고 생각하는 당사자들에게 큰 실망을 안겨주었다. 협정에 따르면 지적재산권은 SANBI의 이름으로, 공동으로 또는 볼 원예관이 독자적으로 얻게 된다. SANBI는 기존에 보유하고 있는 표본을 사용해서 남아공에서 채집한 식물에 대해 특허, 실용특허 또는 식물육종가권리 자격증을 획득할 수 있는 권리가 있는 반면, 볼은 모든 국가에서 이를 획득할 수 있다. 로열티 비율은 협정에 명시되어 있는 7개 종류의 식물자원 모두에 비슷하게 적용된다. 결국 SANBI가 채집한 자원 또는 이미 채집해 놓은 자원 혹은 볼이 제공한 비용으로 야생에서 채집한 자원에 대해서는 제품의 순매출의 10%를 로열티로 SANBI에 지불한다. 그리고 “유전자 공급원 식물자원”으로 규정되어 있는 자원은 볼의 식물자원과 수분되며, 이를 이용할 경우 SANBI에 4%의 로열티를 지불한다. 마지막으로 볼이 유전자 조작이나 다른 기술을 사용해 자원의 기능을 “향상”시킨 경우 SANBI에 로열티로 2%를 지불한다. 또한 볼은 전 세계 마케팅을 할 수 있는 권리와 SANBI의 로고와 상표인 “커스텐보시(Kirstenbosch)”의 무료이용 권리를 획득했다. SANBI는 이를 통해 이름을 세계에 알릴 수 있는 기회라고 여기는 반면, 협정 비판자들은 이에 대한 우려를 제기한다.
협정에 의하면 SANBI는 기존에 가진 표본을 이용하여 남아공에서 채집한 식물에 대해 특허 혹은 식물육종가권리 자격증을 가질 수 있는 권리가 있고 볼은 모든 국가에서 이와 같은 권리를 가진다. SANBI가 채집하거나 볼이 준 비용으로 채집한 자원은 매출의 10%를 로열티로 SABBI측에 낸다. 또한 볼은 마케팅권을 획득했으며 SANBI의 로고를 공짜로 쓸 수 있게 되었다. 