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공인인증서 제도를 도입한 후, 정부는 각각 2002년 9월과 2003년 3월에 인터넷뱅킹과 온라인 증권 거래에 공인인증서 적용을 의무화하였다. 그리고 2004년 4월 1일과 당해 10월 1일에 인터넷 쇼핑몰에서 각각 30만 원 이상과 10만 원 이상 금액의 신용카드 결제에 대해 공인인증서 사용이 의무화되었다. 그리고 금융 감독 위원회와 금융 감독원은 2005년 5월 인터넷뱅킹 해킹 사고로 증폭된 전자 금융 거래의 불안을 해소하기 위해 정보통신부 등과 약 2개월에 걸쳐 ｢전자 금융 거래 안전성 강화 종합대책｣을 마련하고 당해 9월 16일 경제 정책 조정 회의에서 이를 확정하였다. 주요 내용은 전자 상거래에서 전자 상거래 대금을 신용카드로 결제할 경우 공인인증서의 사용 여부는 가맹점의 매출 감소 등을 고려하여 신용 카드사가 자율적으로 결정토록 하였으며, 은행의 계좌이체 방식의 경우에는 30만 원 이상에 대하여 공인인증서를 사용토록 하였다. 다만, 항공권 예매, 등록금 납부 등 본인확인이 가능하고 사고위험이 없는 거래에 대하여는 예외를 허용하였다. 이 조치는 2005년 11월 1일부터 추진되었다.
정부는 인터넷뱅킹, 온라인 증권 거래에 공인인증서 적용을 의무화했고, 인터넷 쇼핑몰에서 10만 원 이상 신용카드 결제 시 공인인증서 사용을 의무화했다. 금융 감독 위원회와 금융 감독원은 ｢전자 금융 거래 안전성 강화 종합대책｣을 마련, 확정했다. 이것은 2005년 11월 1일부터 추진됐다.