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혁신도시의 핵심이라 할 수 있는 산학연 클러스터 구축을 일관성 있고 단계적으로 추진하기 위해서는 최근의 여건 변화(광역 경제권 도입, 공공기관 통폐합으로 이전기관의 변경, 지역산업의 변화 등)를 반영한 혁신도시 클러스터 중장기 로드맵의 수립이 필요하다. 혁신도시 산학연 클러스터 구축계획 가이드라인에서 제시하고 있는 바와 같이 2030년을 목표로 혁신도시별 발전비전, 특성과 여건을 고려하여 단계별 클러스터 구축계획을 수립할 수 있다. 예를 들면 1단계(2007~2012)에는 이전공공기관과 연계한 유치대상 기관을 선정하고 유치 활동 전개 등 산학연 클러스터 구축의 준비작업을 진행하고, 2단계(2013~2017)에는 이전공공기관 및 유치대상인 기업, 대학과 지역산업과의 협력 네트워크를 구축·가동하고, 3단계(2018~2030)에서는 산학연 클러스터의 활성화를 통해 혁신의 성과를 창출하고 광역적으로 확산하는 데 초점을 두도록 한다.
혁신도시의 핵심인 산학연 클러스터 구축을 위해 여건 변화를 반영한 중장기 로드맵의 수립이 필요하다. 2030년을 목표로 단계별로 계획을 수립할 수 있다. 기간을 나눠서 준비와 실행과 성과 창출에 중점을 두고 계획을 수립한다.