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3세대 유전자가위인 CRISPR/Cas9는 구현의 메커니즘 측면에서 1세대 및 2세대와 확연한 차별성을 갖는다. CRISPR은 1987년 일본의 요구르트 회사에서 산업적으로 이용되는 유산균에 감염되는 파지(phage)를 연구하다가, 원핵생물체에 짧은 반복염기서열이 유사하게 존재하는 것을 확인함으로써 발견되었다. 이후 이 염기서열에 CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeat)이라는 이름이 붙여졌고,2007년 CRISPR은 박테리아가 외부 침입에 대응하는 면역체계의 일부로 확인되었다.
CRISPR/Cas9는 3세대 유전자가위로 구현의 매커니즘에서 1세대, 2세대와 확실한 차별성이 있다. 이는 유산균 감염 파지 연구 과정에서 발견되었다.