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바이오 기술은 환경 분야에서도 널리 사용될 예정이다. 최근에는 미생물과 효소 등을 이용하여 오염된 토양과 물에서 오염물질을 제거하고 원래의 환경으로 회복시키는 생물회복 촉매제에 대한 관심이 높아지고 있다. 또한, 기름 찌꺼기를 섭취하는 미생물을 대량 배양하여, 유조선 사고로 인한 해양 오염을 제거하는 기술에 대한 연구도 진행되고 있다. 이러한 환경 바이오 기술은 기존의 화학약품보다 독성이 적으며, 회복이 빨리 진행되는 장점이 존재한다. 환경 분야에서는 바이오 에너지 생산을 들 수 있다. 바이오 에너지에는 옥수수로 만든 바이오 에탄올이나 바이오 디젤과 같은 연료를 예로 들 수 있다. 이러한 연료는 옥수수뿐만 아니라 고구마, 사탕수수, 해조류, 버드나무 등에서도 얻을 수 있다. 바이오 에너지는 저장이 쉽고 오염이 적으며, 수분, 온도 등 조건이 맞으면 어느 곳에서나 적은 자본으로 개발과 생산이 가능하다는 장점이 있다.
미생물과 효소 등을 이용한 생물회복 촉매제에 대한 관심이 높아지고 있으며 환경 바이오 기술은 화학약품보다 독성이 적고 회복이 빨리 진행된다. 바이오 기술은 환경 분야에서도 점차 사용이 확대 될 것이다.