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대학이 자율적인 대학혁신 체제를 구축할 수 있도록 유도하기 위해서는 장기적인 고등교육 발전 계획을 수립할 필요가 있다. 잦은 정책 변화로 많은 혼란을 가중시키고 있는 만큼, 장기적인 안목에서 개별 대학들이 특성화를 통해 체제 개편을 꾀할 수 있도록 재정 지원 계획을 필두로 고등교육 추진 정책에 대한 구체적인 로드맵을 설정할 수 있어야 할 것이다. 특히, 재정지원을 통한 정책 추진이 의도했던 소기의 목적을 달성할 수 있도록 재정 지원의 목적, 성과 평가 지표 및 방법, 향후 지원 방안 등을 PDCA(Plan, Do, Check, Action)에 의거하여 연도별로 제시할 수 있어야 할 것이다. 그리고 이러한 중장기 발전 계획 수립에는 대학 관계자는 물론, 산업계, 기업 등, 사회 각계각층의 의견이 반영될 수 있도록 해야 할 것이다. 또한 타 부처와의 긴밀한 연계를 통해 창조경제의 구현과 국가 경쟁력 강화라는 큰 틀에서 무엇보다 국가 차원의 종합계획이 우선되어야 할 것이다.
배타성이 계약상에 암묵적으로 이미 존재하는 경우 그 사실을 명확히 기재하는 것이 필요하다.