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조직 면에서는 앞서 운영 면에서 유리하다고 판단한 대행 기관을 어떠한 방법으로 조직하는 것이 좋은지에 대한 판단이다. 즉 기존 청소년 단체에 위탁하는 것이 좋은지 아니면 국방부 산하에 법인 단체를 신설하는 것이 좋은지에 대한 분석이다. 전자는 J-ROTC 프로그램을 기존 스카우트연맹, 항공소년단 등과 같은 유사 청소년단체에 위탁하는 것을 말한다. 이는 법인 신설에 따른 각종 소요를 절약할 수 있고 순수 민간단체라는 이미지를 부각시킬 수 있다. 반면 군부대 를 비롯한 군 관련 기관과의 원활한 협조가 제한될 수 있다는 단점이 있다. 반대로 국방부 산하에 법인 단체를 신설할 경우에는 주도적인 프로그램 운영에는 유리하나 과도한 인력, 설비 소요는 물론, 법과 예산 등의 구비에 막대한 노력이 요구된다.
J-ROTC 프로그램을 청소년 단체에 위탁하면 비용 감축 및 민간단체 이미지 구축이 가능하나 기관 협력이 어렵고, 국방부 산하 법인 단체를 만들면 프로그램 운영의 강점이 있으나 법인 운용에 따른 소요가 크다.