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CEReS는 문부과학성으로부터 연간 500만 엔의 예산지원과 대학 자체 예산을 합쳐 약 900만 엔의 예산으로 운영되고 있는데, 이는 최소한의 유지비용에 불과하여 센터 운영에 많은 어려움을 겪고 있다. 따라서 부족한 예산 때문에 운영비를 최소화할 수 있는 여러 방안을 강구하고 있는데, 위성자료 수신 및 처리는 민간 소프트웨어(수신자료 변환 및 각종 보정에 대한 소프트웨어)를 구입하여 자동화한 뒤 1명의 비전문인력이 담당하고 있으며, 위성안테나 유지·보수는 정기적으로 민간업체에 용역을 주고 있다. 직접 수신하지 않는 위성자료에 대해서는 기상청과 협조하여 원자료의 형태로 넘겨받고 있다. 연구분야도 농업, 재난재해, 대기환경, 식생환경으로 한정되어 있으며, 결국 당초 15명으로 출발한 교수진은 현재 10명(이학부 5명, 공학부 5명)으로 줄어들었다.
예산이 부족한 CEReS는 운영비를 줄이려 노력 중이다. 이를 위해 민간 소프트웨어를 통한 자동화와 민간업체 용역을 도입했다. 연구분야도 농업, 재난재해, 대기환경, 식생환경으로 한정했으며 교수진은 5명이 줄어들었다.