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기계적 증거의 대두와 그로 인한 여러 가지 장점만 부각시키면 형사절차는 기계적 증거의 수혜분야로 여겨진다. 형사절차의 여러 면에서 이러한 기계적 증거가 사건 해결에 결정적 역할을 하였기 때문이다. 그러나 이런 현상이 확대 일로에 있으면서 전통적으로 반대신문 보장을 중심으로 이루어지는 기존의 형사 절차의 근간이 무너진다는 심각한 부작용의 우려도 없지 않다. 이러한 기계적 증거는 반대신문의 대상이 되기에는 여러 가지 난점이 있다. 우선 기계적 증거를 생성한 기계나 그 기계에 적용된 알고리즘은 반대신문할 수 없다. 편법으로 기계나 알고리즘을 만든 사람 또는 운용자를 신문하는 방법이 있긴 하지만, 이는 반대신문권 보장의 본래적 의미에서 벗어난다. 기계적 증거에 대한 무한 신뢰도 문제가 없지 않다. 기계적 증거를 생성한 알고리즘이 무오류가 아니기 때문이다. 특히 기계적 증거 생성에 인공지능 알고리즘이 차지하는 비중이 늘면서 이러한 기계적 증거의 생성에는 인공지능 알고리즘이 가진 문제점이 그대로 투영된다.
형사절차에서 기계적 증거가 결정적 역할을 하게 되면서 반대신문이 어려워지는 부작용이 우려되고 있다. 또한 기계적 증거를 생성한 알고리즘에도 오류가 있을 수 있으므로 기계적 증거에 대한 무한 신뢰에도 문제가 있다.