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지역산업발전 지원사업군 심층평가(기획재정부, 2012)는 인프라 구축 관련 과잉투자에 따른 재원낭비 가능성을 언급하고 있다. 지역산업기반구축사업(전략산업)과 지역혁신센터 조성·지자체연구소육성사업(특화산업)은  각각  별도로  인프라  구축비를  지원하고  있는  것 을  이러한  주장의  근거로  제시하고  있다.  기획재정부(2012)는  평가대상이  지역산업발전 사업군 즉, 광역선도사업육성사업, 광역권 연계·협력사업(이상 광역선도사업), 지역산업기 술개발업, 지방기술혁신사업, 지역혁신거점육성사업, 지역산업기반구축사업, 기업지원서비 스사업, 지역전략산업기획단운영사업(이상 지역전략사업), 지역연고산업육성사업, 지역혁신 센터조성사업, 지자체연구소육성사업(이상 지역특화사업)로서, 동 사업군과는 다소 상이하 다는 점은 유의할 필요가 있다.
전략산업과 특화산업이 별도로 인프라 구축비를 지원하는 것을 근거로 지역산업발전 지원사업군 심층평가는 인프라 구축 과잉투자에 따른 재원낭비 가능성을 언급했다. 단, 평가대상이 지역산업발전 사업군이라는 점을 유의해야 한다.