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그러나 이러한 친 농촌, 친 기업가 연합은 1990년대에 들어서 퇴조하게된다. 1990년대는 중국 체제전환의 두 번째 단계의 시작이었으며, 이 기간 동안 국가가 주도하는 자본주의가 기업가 주도의 체제전환을 대체하면서 중국에 자리를 잡게 되었다. 이 기간 중국 경제정책의 초점은 농촌보다는 도시 지역과, 중국의 기업가들보다는 외국직접투자(foreign directinvestment)의 유치에 맞추어졌고, 또한 대규모 국영기업(state-ownedenterprise)을 중심으로 하는 산업정책을 채택하기 시작하였다. 이의 당연한 귀결로서 농촌 지역에 대한 우호적 재정 조달 정책이 종식되었으며 소규 모의 저기술, 노동집약적 농촌 기업에 대한 재원이 고갈되게 되었다. 중앙정부는 1994년의 세제개혁을 통해서 중앙정부의 세원을 다시금 강화시켰고 이에 따라 지방정부의 재정 자율성이 대폭 축소되었다. 이와 더불어 기업 경영자에게 대폭 이양하였던 소규모 국영기업의 통제권을 다시 중앙집권화시켰다.
1990년대 중국에 국가 주도의 자본주의가 자리 잡고 도시 지역, 외국직접투자 유치에 경제정책의 초점을 맞춰 대규모 국영기업을 중심으로 하는 산업정책을 채택하며 농촌 지역 우호적 재정 조달 종식, 소규모 저기술과 노동집약적 농촌 기업의 재원이 고갈되었다.