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한편, 아동수당 제도를 시행하면서 사회적 비용이 이슈화되었다. 아동수당 처음 도입으로 만 6세미만 약 245만명의 아동이 한 번에 아동수당을 신청하고, 소득･재산조사가 필요함에 따라 발생하게 된 사안이다. 10% 선별에 따른 사회적 비용으로 크게 4가지가 있다. 소득･재산 조사 관련 제출 서류 종류, 소명 시 제출 자료 등을 안내하고 이를 접수, 처리하는 ‘담당자 인건비’, 아동수당 신청 시 부모 등 보호자의 금융재산을 각 금융기관을 통해 조회한 후, 이를 당사자에게 알리는 ‘금융조회 통보비용’, 소득･재산수준을 고려한 선별지급 시 다른 세제혜택을 조정하지 못하고 유지해야 하는데 이 때 발생하는 ‘자녀세액공제 유지비용’, 소득･재산조사 과정에서 아동수당 신청 부모 등 보호자의 별도의 소명자료 제출, 주민센터 방문･신청시 대기시간 장기 소요 등으로 인한 ‘국민불편 비용’ 등이 있다. 실제로 제도 시행 초기 아동수당 조사과정에서 총 5천만 건의 자료가 사용되었고, 국민이 불편을 감수하고 소명･제출한 자료는 55만 건이었으며, 100명 미만의 소수 아동을 탈락시켜야 하는 시･군･구 125개에서는 최종 3,400여명 선별을 위해 아동가구원 총 113만여명의 소득･재산 조사를 실시하기도 하였다.
아동수당 제도를 시행하면서 아동수당을 신청하고, 소득/재산조사가 필요함에 따라 ‘담당자 인건비’, ‘금융조회 통보비용’, ‘자녀세액공제 유지비용’, ‘국민불편 비용’ 등의 사회적 비용이 발생하게 된다.  