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스코우크로프트와 베이커 간의 관계는 이전의 국가안보보좌관과 국무부 장관 간의 관계 예컨대 키신저와 로저스, 브레진스키와 밴스 간의 그것과는 달리 매우 우호적이고 협조적이었다. 스코우크로프트의 회고에 따르면 두 사람은 각각 전략적인 문제와 전술적인 문제를 역할 분담하는 방식으로 협력관계를 지속할 수 있었다고 한다. 스코우크로프트는 그가 국가안보보좌관의 역할을 잘 수행할 수 있었던 배경을 회고하면서 상하 간 그리고 동료 간 신뢰관계 유지와 정책과정의 투명성의 중요성을 강조했다. 그는 다른 국가안보회의 참석자들의 의견을 공정하게 대표하고, 그들의 대통령에 대한 접근에 대해서 개방적 태도를 취하면서, 스스로 자신의 역할을 자제함으로써 협력을 이끌어낼 수 있었다. 스코우크로프트는 국가안보 부보좌관에 공군 출신의 후배로 포드 대통령 정부 하에서 같이 일했던 소련문제와 전략무기 전문가 게이츠(Robert Gates)를 기용하고 스탠포드대학 정치학 교수로 있던 흑인 여성 학자 라이스(Condoleezza Rice)를 참모로 충원했다. 게이츠는 국가안보회의 차관회의를 주관하며 실무적으로 스코우크로프트를 도왔다.
스코우크로프트와 베이커 간의 관계는 매우 우호적이고 협조적인데, 두 사람에 따르면 전략적 문제와 전술적 문제를 역할 분담을 방식으로 협력관계를 지속할 수 있었다고 하며, 특히 스코우크로프트는 동료 간 신뢰관계 유지와 정책과정의 투명성의 중요성을 강조했다.