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그러나 민간 종자기업의 지원서비스는 민간사업의 영역을 침해하여 오히려 민간기업에 악영향을 줄 수 있음에 유의하여야 한다. 기관이 운영하는 종자산업진흥센터가 담당한 지원사업이 과다할 경우 민간기업의 역량 개발에 악영향을 줄 우려가 있으므로 공공과 민간기업간의 역할 분담에 기관이 솔선수범할 필요가 있다. 이를 위해 농업 선진국 중에서 기관과 유사한 역할을 하는 공공기관 사례를 조사 발굴하여 벤치마크 하는 등의 노력이 필요하다. 특히 외국 선진 종자기업의 최근 동향 및 연구 노하우를 국내 민간 종자기업에 전파하는 역할이 바람직하다. 농업 선진국에서 민간을 중심으로 한 종자산업 생태계를 조성하기 위해서 어떠한 시행착오와 대책을 마련하였는지를 연구하고 민간에게 기술지원이 필요한 부분을 선제적으로 파악하여 이에 대한 적절한 지원 및 기술교육 등을 강화함으로 민간 기업이 자생할 수 있도록 하는 기관의 역할이 요구된다. 이를 위해 국가 및 지자체와의 협업, 관련 인프라 구축, 기업의 해외진출 지원 및 기술 교육 등 다양한 아이디어를 강구하는 것을 고려해 볼 필요가 있다.
그러나 민간 종자기업의 지원서비스는 민간시업에 좋지 않은 영향을 줄 수 있다. 예로, 민간기업에 대한 지원사업이 과다하면, 역량 개발에 방해가 될 수가 있다. 따라서, 기술지원이 필요한 건 선제적으로 파악하여 도와주되, 자생할 수 있도록 도와야 한다.