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넷째, 현재 우리나라 기획재정부는 예산을 편성하는 기획예산처(현 예산실 중심의 2차관실)와 경제정책을 총괄하는 재정경제부(현 경제정책국 중심 1차관실)가 통합된 조직이어서 그 권한이 지나치게 강하다는 비판의 목소리가 크다. 예산을 통제하여 재정건전성을 제고하는 것이 기획예산처의 주요 목적이고, 경제정책을 통한 경기부양이 재정경제부의 최우선 목표이다. 이렇게 서로 상반된 목표를 가진 두 조직이 외형상 하나로 통합되어 있기 때문에 현재의 시스템 아래에서는 상호견제의 원리가 실제로 작동하기 어렵다. 일례로, 경제정책국이 현실적이지 않은 낙관적 경제전망을 세우고 이에 따라 세수전망 및 지출전망을 작성하더라도 예산실을 통한 실질적인 견제가 작동하지 못할 수 있다. 결과적으로 세수결손과 지출의 확대는 국채발행을 증가시키고 나아가 국가채무를 확대하여 재정건전성을 악화시키고 있다.
넷째, 기획재정부는 예산의 편성과 경제정책을 총괄하고 있어 그 권한이 지나치다. 예산의 통제로 재정건전성을 이루고 경제정책으로 경기부양을 해야하는 상반된 목적을 가지게 된다. 결국, 국가채무를 증가시켜 재정건전성을 악화시키게 된다.