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그러나 「전자거래기본법」은 그 적용범위를 전자문서에 의하여 처리되는 거래로 한정함으로써 「전자거래기본법」이 전자투표와 같은 전자문서에 의한 행위에 적용되지 못하는 한계가 드러났으며, 또한 현행 제도를 운영하는 과정에서 일부 미비점들이 나타났다. 그리하여 정부는 변화된 디지털 환경에 맞추어 전자문서 유통의 안전성을 확보하고 전자문서 이용을 활성화하기 위하여 2012년 「전자거래기본법」을 일부 개정하였다. 그 결과 「전자거래기본법」의 법률 명칭이 「전자문서 및 전자거래기본법」(이하 “전자문서법”이라 한다)으로 변경되었으며, 적용범위는 전자거래에서 모든 전자문서 및 전자거래로 확대되었고, 공인전자주소제도 및 공인전자문서중계자제도가 새로이 도입되었다. 그럼에도 불구하고 공공기관 및 민간부분에서 전자문서의 법적 효력에 대한 법해석 혼란 및 종이문서 위주의 사회적 관행으로 인하여 전자문서 이용률이 여전히 저조한 실정이다.
전자거래기본법은 한계가 있어서 12년도 일부를 개정한 결과, 법률 명칭이 변경되었으며 적용범위도 확대되었고 새로운 제도가 도입되었다. 그런데 아직 공공기관이나 민간에서 법해석 혼란과 종이문서의 관행으로 전자문서 이용률이 저조한 실정이다.