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국가 차원의 대규모 기초 학력 지원 사업이 진행되면서 단위학교에서는 큰 노력을 기울여 왔다. 학교는 단 한 명의 학습부진학생도 놓치지 않기 위해 시스템을 구축해갔으며, 선생님들은 학습부진학생들을 헌신적으로 지도하였다. 그러나 이러한 노력에도 불구하고 학교와 교사의 역량만로는 지원하기 어려운 학생들에 대한 문제가 제기되었다. 학습장애로 어려움을 겪는 학생, 학습속도가 늦어 어려움을 겪는 학생, 학습결손의 누적으로 어려움을 겪는 학생, ADHD 등 정서행동 문제로 어려움을 겪는 학생, 돌봄(보육)이 부족하여 어려움을 겪는 학생 등 담임이나 교과교사들이 지도 지원하기 어려운 학생들에 대한 교육부, 시·도 교육청, 단위학교의 한층 높은 수준의 지원이 요청되었다.
국가 차원의 기초 학력 지원 사업 진행으로 학교와 교사가 노력해왔으나 학습장애 등으로 어려움을 겪는 학생에 대해서는 교사 차원의 지원이 어려워 교육부 등 단위학교보다 높은 수준의 지원이 요청되었다. 