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그러나 이와 같은 생체인식 기기를 구성원들의 동의도 없이 설치하고 지문날인 등 생체인식 정보 제공을 강요하여 종종 논란이 되고 있는데, 이미 2000년대 중반부터 이러한 갈등이 발생하였다. 2005년 서울대에서 기숙사에 정맥인식기를 설치하여 학생들이 국가인권위원회에 진정서를 제출한 바 있으며, 연세대, 공주대, 충남대 등에서 대학 도서관에 지문인식기를 설치하여 인권침해 논란이 일기도 했다. 국가인권위원회는 중앙도서관에서 열람실 좌석 이용시 학생들의 지문 인식 시스템을 설치, 운영하고 있는 것은 사생활의 비밀과 자유를 침해할 우려가 높다며, 총장과 교육인적자원부 장관에게 개인정보 보호에 필요한 조치를 취할 것을 권고한 바 있다. (2005. 7. 25.자 04진인3372 결정) 같은 해 전라북도 중고등학교의 급식시설에 지문인식기를 설치해 지역 시민단체와 전교조가 이에 반발하였 고, 국가인권위원회는 이에 대해서도 인권침해라고 판단하였다. 2007년에도 경기도 학교의 교사들이 지문등록 강요에 반발하였다. 한편, 2016년, 법원은 출퇴근 지문인식을 거부한 교수에 대한 징계가 부당하다고 결정하였다.
서울대 기숙사에 정맥인식기를 설치하거나 대학 도서관들에 지문인식기를 설치하는 등 생체인식 기기의 설치로 인한 인권침해 논란이 일기도 했다. 국가인권위원회는 중앙도서관의 지문 인식 시스템을 인권침해로 판단하고 개인정보 보호에 필요한 조치를 취할 것을 권고하였다.