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이와 관련하여, 교원조직과 교육조직의 분리는 전체적으로 어떻게 관리 운영하고 의사결정을 할 것인지에 대한 문제가 제기되고 있다. 기계적으로 교원조직과 교육조직을 분리하면 교원의 귀속조직, 학사과정의 학위 프로그램, 또는 대학원의 학위 프로그램 각각에서 관리 운영이 이루어지고 교원이 참가해야 하므로 비효율적이라는 문제가 있다. 법제상으로는 대학의 근간을 규정하는 대학 설치 기준은 기본적으로 학부･대학원 체제를 염두에 두고, 학생 정원이나 필요로 하는교원 수를 규정하는 형태로 되어 있다. 그러나 교원조직과 교육조직의 관계가 유동적일 경우, 이러한 기준은 아무런 소용이 없다. 이를 어떻게 개선하느냐가 문제가 된다. 변화하는 사회의 지적요구에 대학이 유연하게 대응하기 위해서는 학위 프로그램을 중심으로 대학조직 형태의 변혁은 매우 중요하며, 정부의 정책이 장기적으로 열매를 맺기 위해서는 대학의 주체성이 무엇보다 필요하다 할 수 있다(金子元久, 2016a).
교원과 교육 조직의 분리는 관리 운영이 각각 이뤄져 비효율적인 문제가 있지만, 교원조직과 교육조직이 유동적이면 기준이 중요한 것이 아니라 어떻게 개선하느냐가 중요하다. 학위 프로그램을 중심으로 대학조직 형태의 변혁은 매우 중요하며 대학의 주체성이 필요하다.