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한편, 이러한 정량적인 분석 결과는 뚜렷한 한계를 갖고 있다. 장래 10년간의 장기간에 걸친 효과를 추정함에 있어 사회 및 경제의 변화를 정확하게 예측하여 반영하는 것이 현실적으로 불가능하다. 또한 대부분의 규제 개혁 과제의 효과를 추정함에 있어 사회적으로 가장 이상적인 상태로 규제 개혁이 일어난다는 가정을 전제하였다. 따라서 실제 규제개혁으로부터 발생할 수 있는 효과는 본 연구에서 추정된 효과보다 작을 수 있다. 다양한 분야의 과제에 대한 분석을 수행함에 있어 특정 분야 및 해당 과제의 특성을 감안하여 분석을 시도하였다. 이로써 사회적편익을 추정하는 방식에서 단일한 방법론을 적용하지 못하는 한계도 존재하였다.
정량적 분석결과의 한계는 장기간에 걸친 효과추정에 사회와 경제적 변화를 정확히 예측반영하기 어렵기때문이다. 또한 실제규제개혁에서의 효과는 연구에서 추정된 것보다 작을 수 있다.