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첫째, 회계검사를 행정조사, 특히 간접강제조사로 볼 경우 그 법적 근거가 미약하다. 즉, 현행 연구개발사업 근거 법률에는 연구개발비 회계검사의 근거, 절차, 방법 등에 관한 규정이 미비하다. 연구개발 근거 법률에 연구개발비 회계검사의 근거조차 없는 경우가 있으며, 시행령에서만 출연금 등의 사용실적 보고의무를 규정하고 있을 뿐이다. 즉 “주관 연구기관의 장은 매년 출연금 등의 사용실적을 중앙행정기관장이 정하는 서식 ─ 사업계획과 그 집행실적과의 대비표, 주관 연구기관의 자체 회계감사 의견서 ─ 에 따라 다음 연도 3월 31일까지 보고하여야 한다”고 정하고 있다.
연구개발사업 근거 법률에 연구개발비 회계검사의 근거, 절차, 방법 등에 관한 규정이 미비해, 회계검사를 간접강제조사로 볼 수 있는 법적 근거가 미약하다.