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전통적 감사는 주로 감사인의 직관에 의존하여 불특정 다수 수감자나 피감기관의 업무를 투망식으로 감사하는 방식이다. 시스템 감사는 이러한 방식을 지양하고 보다 과학적이고 체계적인 접근방식을 활용해서 공공기관의 핵심문제점 중심으로 진단하는 방법을 사용하는 감사이다. 또한 시스템 감사는 공공기관의 주요 정책․사업․제도․업무 시스템 등 감사대상 업무를 전략적으로 선택하여 다양한 기준에 따라서 체계적으로 진단․분석한다(이종철, 2007:11). 이에 발견된 문제점의 발생원인을 사람․업무환경․제도 등 다양한 관점에서 검토한다. 그리하여 시스템 감사는 종합적․근원적 개선대책을 제시하는 데 중점을 둔 감사이다.
전통적 감사를 극복하고자 만들어진 시스템 감사는 과학적이고 체계적인 접근 방식으로 감사 대상의 문제점을 다각도로 검토하여 종합적이고 근원적인 대책을 제시하고자 한다.