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하지만 수사기관이 클라우드시스템과 같이 복잡한 정보시스템에 대해 압수수색하는 경우에는 수사에 필요한 정보가 어디에 저장되어 있는지 또는 해당 시스템의 작동방법이 어떻게 되는지 알 수 없기 때문에 오히려 시스템관리자의 협조 없이는 증거수집이 불가능할 수 있으며, 해당 시스템에 비밀번호가 설정되어 있거나 전자정보가 암호화 처리된 경우에는 보안조치의 해제 없이 그 내용의 확인도 어려울 수 있다. 물론 범죄 피의자에게 암호화된 정보에 접근할 수 있는 비밀번호 등을 요구할 수 있겠지만 이 경우에도 앞의 검토와 같이 헌법상 보장된 진술거부권을 침해할 소지가 있어 수사상 한계가 발생할 수 있다.
수사기관이 클라우드시스템을 압수수색하는 경우 관리자의 협조 없이 증거수집이 불가능할 수 있으며 정보가 암호화된 경우에는 내용의 확인도 어려울 수 있어 수사상 한계가 있다.