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대법원은 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행해지는 세무조사결정이 있는 경우에는 납세 의무자는 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담하게 되는 점, 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 행하여져야 하고, 더욱이 동일한 세목 및 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유 등 권익을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험마저 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 납세 의무자로 하여금 개개의 과태료 처분에 대하여 불복하거나 조사 종료 후의 과세처분에 대하여만 다툴 수 있도록 하는 것보다는 그에 앞서 세무조사결정에 대하여 다툼으로써 분쟁을 조기에 근본적으로 해결할 수 있는 점 등을 종합하면, 세무조사결정은 납세의무자의 권리·의무에 직접 영향을 미 치는 공권력의 행사에 따른 행정작용으로서 항고소송의 대상이 된다고 판시한 바 있다.
대법원은 납세 의무자의 법적 부담, 세무조사는 최소한만 행해져야 한다는 점, 동일 세목과 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지돼야 하는 점, 분쟁 조기 해결책으로 기능할 수 있다는 점을 이유로 세무조사결정은 항고소송의 대상이 된다고 판시한 바 있다.