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전자화문서는 본질적으로 사본이고 그 자체로 원본이 될 수 없으므로 원본과의 동일성이 문제된다. 재판실무에서 전자화문서를 증거로 제출할 수 있지만 상대방이 이의를 제기하면 제출자가 원본과의 동일성을 입증하여야 한다. 그 결과 전자화대상문서의 폐기 여부가 불분명하여 전자화문서와 전자화대상문서의 이중 보관에 따른 보관비용이 증가하고 업무의 효율성이 떨어지고 있다. 우리나라의 판례는 “전자문서를 수록한 파일 등의 경우에는, 성질상 작성자의 서명 혹은 날인이 없을 뿐만 아니라 작성자·관리자의 의도나 특정한 기술에 의하여 내용이 편집·조작될 위험성이 있음을 고려하여, 원본임이 증명되거나 혹은 원본으로부터 복사한 사본일 경우에는 복사 과정에서 편집되는 등 인위적 개작 없이 원본의 내용 그대로 복사된 사본임이 증명되어야만 하고, 그러한 증명이 없는 경우에는 쉽게 증거능력을 인정할 수 없다.”고 판시하고 있다. 또한 “증거로 제출된 전자문서 파일의 사본이나 출력물이 복사·출력 과정에서 편집되는 등 인위적 개작 없이 원본 내용을 그대로 복사·출력한 것이라는 사실은 전자문서 파일의 사본이나출력물의 생성과 전달 및 보관 등의 절차에 관여한 사람의 증언이나 진술, 원본이나 사본 파일 생성 직후의 해시(Hash)값 비교, 전자문서 파일에 대한 검증·감정 결과 등 제반 사정을 종합하여 판단할 수 있다.”고 판시하고 있다.  따라서 전자화문서를 법령에서 정한 신뢰할 수 있는 보관시스템에 보관할 경우에는 전자화대상문서를 폐기할 수 있도록 하는 내용을 법률에서 명시할 필요가 있다.
전자화문서를 증거로 제출시 제출자는 원본과의 동일성을 입증해야 한다. 그 결과 원본과 전자화를 이중보관하는 보관비용이 증가하며 업무 효율성이 떨어진다. 따라서 전자화문서를 법령에 따라 신뢰가능한 보관시스템에 보관하는 경우는 원본문서를 폐기할 수 있도록 법률에서 명시할 필요가 있다.