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보호결정을 하는 지방출입국･외국인관서의 장은 출입국관리공무원이 속한 동일한 집행기관 내부의 상급자에 불과하여 기관이 분리되어 있다고 볼 수 없고, 그 밖에 사법부 등 외부기관이 관여할 여지가 전혀 없으므로, 보호명령과 관련하여 객관적･중립적 기관에 의한 절차적 통제가 이루어진다고 보기 어렵다. 법무부장관은 보호명령을 발령･집행하는 행정청의 관리감독청에 불과하므로, 이의신청이나 보호기간 연장에 대한 법무부장관의 심사 및 판단은 보호의 적법성을 담보하기 위한 통제절차로서의 의미를 갖는다고 보기 어렵다. 행정소송 등 일반적･사후적인 구제수단으로는 외국인의 신체의 자유를 보장하기에 미흡하고, 출입국관리법 등 관련 법령에 의할 때 보호명령을 받는 자가 자신에게 유리한 진술을 하거나 의견을 제출할 수 있는 기회가 전혀 없다. 따라서 심판대상조항은 헌법상 적법절차원칙에 위반된다.
지방출입국･외국인관서의 장은 출입국관리공무원의 상급자에 불과하고, 법무부 장관 또한 보호명령을 집행하는 관리감독청에 불과하여 보호의 적법성을 보장할 수 없기 때문에 외국인의 권리를 침해하므로 심판대상조항은 헌법에 위배된다.