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출연연구기관은 그 자체가 중요한 정책연구 대상이며 연구목표에 따라 분석의대상과 범위, 그리고 깊이를 달리해야 한다. 본 연구는 출연 연구 기관을 중심으로 하는 연구가 아니라 정부연구 개발 사업의 문제해결역량 관련 환경 측면에서 대표적인 수행주체인 출연연구기관을 살펴보는 것이다. 그래서 출연연구기관의 운영과 역할에 대한 상세한 분석보다는 정부연구 개발 사업의 효율적인 문제해결활동 수행에 요구되는 핵심요소에 초점을 맞추어 분석하고자 한다. 즉, 정부연구 개발 사업이 해결해야 할 문제를 적절히 해결하는 역량을 확보할 수 있도록 연구 환경이 적절히 갖추어져 있는가를 중심으로 분석하고자 한다. 구체적으로 지식의 탐색과 활용을 위한 환경이 적절히 갖추어져 있는가를 중심으로 환경구조를 살펴보고자 한다. PBS제도 도입 이후 안정적인 연구 환경 조성은 정부출연연구기관의 중요한 정책적 과제로서 논의되고 있다. 이에 따라 정부는 출연(연) 예산제도 개선안을 수립하여 PBS 제도 도입 이후 경쟁예산 비중의 지나친 증대로 인한 수탁과제 중심의 경쟁체제, 기관고유업무 수행 저해 등의 어려움에 대응하기 위하여 출연금 사업비비중 및 안정적 인건비 수준을 70%까지 확대하는 방안을 수립하여 추진해왔다(국가과학기술위원회, 2011). 그 결과 1996년 PBS 도입 이후 계속해서 감소 추세였던 출연금 사업비 비중은 출연(연)의 안정적 연구 환경 조성에 대한 논의가 국정과제로 부상하면서 2008년 전후로 다시 점차적으로 증대되어 2012년에는 PBS 도입 시점수준까지 증대되었다.
정부연구 개발 사업이 문제를 해결할 수 있는 역량을 확보할 수 있도록 연구 환경이 잘 갖추어져 있는가를 중심으로 분석하며 지식의 탐색과 활용을 위한 환경의 적절성을 중심으로 환경구조를 살펴보며 PBS제도 도입 이후 안정적인 연구 환경 조성은 정부출연연구기관의 중요한 정책적 과제가 되었다.