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현행 재정성과관리제도의 문제점으로 예산 연계성이 낮은 것을 지적하는 주장과(박노욱 외, 2015) 재정사업 자율평가 결과가 예산의 증감에 영향을 미쳤다는 주장(윤기웅･공동성, 2012)이 있다. 두 연구 모두 재정성과관리제도가 실효성을 가지기 위해서는 성과평가의 결과가 차년도 예산안 편성에 연계되어야 한다는 것을 전제로 하고 있다. 실제로 기획재정부는 예산안 편성 지침을 통해 사업의 성과가 부진할 경우 해당 사업의 예산을 삭감하도록 하고 있어, 성과평가와 예산편성 과정은 연계되어야 한다. 하지만, 분석 결과는 연구에 따라 다른 결과를 도출하고 있다. 따라서, 재정성과관리제도의 성과 중 하나로 ‘예산 연계성’에 대한 분석을 통해 문제점을 도출할 필요성이 존재한다.
현행 재정성과관리제도의 문제에 관해 여러 주장이 있지만, 모두 성과평가가 재정성과관리제도의 예산안 편성과 연계되어야 한다고 주장한다. 이러한 '예산 연계성'에 대한 분석을 통해 문제점을 찾아내야 한다.