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검찰조직의 또 다른 체계내 문제점은 예산집행과 관련된다. 국가재정법 제6조 제2항에 따르면 검찰청은 독립적 “중앙관서”이므로 법무부와 독립적인 예산편성이 원칙이다. 이는 효율적 통제와 관리 목적 때문이다. 그럼에도 불구하고 독립 편성은 이루어지지 않는다. 그 이유는 검찰과 법무부의 기형적인 관계에서 비롯된다. 정부조직법은 법무부 장관이 검찰사무를 관장토록 한다. 또한 검찰청법 제8조에 의하면 법무부장관은 일반 검사에 대한 일반적 지휘감독권과, 구체적 사건에 대한 검찰총장 지휘감독권을 부여한다. 그런데 이를 근거로 법무부와 예산을 통합하여 운영한다는 것은 설득력이 약하다. 국가재정법 제6조 제2항에 따라 중앙관서들이 독립하여 예산을 편성해야 하는 이유는 제7조 이하의 예산편성과 지출의 합리성과 재정책임을 명확하게 하기 위해서이다. 이 규정들은 다시 감사원법과 감사규칙상 회계감독 대상으로 편성되고 있다. 검찰예산은 그동안 전혀 감독이 안 되다가 2013년부터 국회에 검찰청의 예산을 별도로 보고하는 것으로 변경되었다.
국가재정법에 따르면 검찰청의 예산은 독립적으로 편성되어야 하나, 현재는 법무부와 통합되어 운영되고 있다. 그리하여 검찰예산은 그간 전혀 관리 감독이 안 되었는데, 2013년부터 국회에 따로 보고하는 것으로 바뀌었다.