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정부조직법의 개정은 국회 내에서도 야당의 반대가 있었으나, 교육부관계자들10)이 국가인적자원개발의 중요성을 설명하면서 지속적인 설득작업을 하여 정부조직법 개정안은 2000년 12월 27일 임시국회에서표 대결 끝에 통과됐다. 이는 아슬아슬한 표 대결에서 캐스팅보트를 쥐고 있던 당시 한국신당 김용환 대표가 “교육부총리 신설에 원칙적으로 반대하나 대통령의 국정쇄신 구상을 국회가 막는 것은 곤란하다”며 정부 쪽 손을 들어준 덕분이었다. 당시 표결상황은 재적 247명 중 찬성130명 반대 111명이었다. 이는 표결 직전에 정문화의원 등 야당의원113명 발의로 정부 제출법안 중 교육부를 인적자원부총리로 하는 부분을 삭제하는 수정안이 제출되어 부결되었던 점을 감안하면 상당한 반대가 있었던 것과 아울러 당시 140석 이상을 보유한 다수당이었던 야당 내에서도 상당수의 찬성이 있었음을 알 수 있다.
정부조직법 개정안은 교육부 관계자들이 국가인적자원개발의 중요성을 지속적으로 설명한 끝에 2000년 12월 27일 임시국회에서 야당의 상당한 반대에도 불구하고 아슬아슬하게 통과됐다.