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추계과세는 기장자료에 의한 과세가 어려운 상황에서 과세당국이 보충적으로 사용하는 과세소득을 결정하는 방법이다. 미국과 독일, 그리고 일본에서 추계과세제도는 세무 조사과정에서 납세자의 기장자료에 의하여 과세소득의 결정이 어려운 경우에 한하여 과세당국이 최후의 수단으로 선택하도록 하는 예외적·보충적 방법으로 정착되어 있다. 우리나라 추계과세제도의 문제점으로는 세무행정 종사자가 과세자료 처리 시 장부에 의하여 과세할 것인지, 추계에 의하여 과세할 것인지 검토하는 과정에서 ｢소득세법｣ 시행령 제143조 1항의 내용이 명확하지 않아서 불확실성이 존재하고 결과적으로 세무행정 종사자들의 판단에 일관성이 없게 된다는 점이다. 감사원의 감사활동에 주는 시사점은 우선 추계과세제도 관련 불복청구 건수와 전체 건수에서 차지하는 비중을 조사하고 이를 통하여 추계과세제도의 정비가 얼마나 국세행정의 효율성에 기여할 수 있는지를 파악할 필요가 있다는 것이다. 다음으로 납세자가 추계과세를 요구하면 수용할 수 있는지에 대하여 국세행정에서 거부한 사례가 다시 조세심판원에서 수용되는 경우가 있고 결과적으로 사례에 따라 추계과세의 적용이 일관성 없이 이루어지므로 추계과세제도가 적용되는 것에 대한 원인분석 및 대책을 어떻게 마련하고 있는지 감사가 필요하다. 마지막으로 세무행정 종사자의 자의적 판단이 개재될 여지가 없었는지 대하여 파악해야 할 필요가 있다.
추계과세는 기장자료 과세가 어려울 때의 보충으로 미국과 독일, 일본에서는 최후의 수단으로 선택하는 예외적·보충적 방법으로 정착되었다. 반면 우리나라의 경우 불확실하고 일관성이 없다. 감사원은 이 제도가 국세행정 효율성에 기여할지를 파악하고 이것이 적용되는 것에 대한 원인분석 및 대책을 어떻게 준비하는지, 종사자의 자의적 판단 여지가 없었는지 감사를 해야 한다.