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적법한 행정조사의 경우 이를 방해하거나 막을 근거는 없으며, 만약 그로 인하여 예기치 않은 손실이 발생한다면, 법률에 규정이 있는 경우는 그에 대한 보상을 받을 수 있게 된다. 행정조사 과정에서 귀책사유 없이 재산상의 특별한 희생을 받는 자는 헌법 제23조 제3항에 따라 정당한 보상을 받을 수 있도록 근거법률에서 보상을 규정하여야 하고, 토지보상법 제27조 제3항에서 토지수용을 위한 출입조사시 이에 대한 보상 규정을 두고 있다. 다만, 소량의 샘플이나 미량의 식품을 수거하여 검사하는 것과 같이 손실이 경미할 경우에는 재산권 행사의 사회적인 제약에 해당되어 보상을 요구 할 수 없다. 이때 시료는 최소한으로 채취하여 그 시료의 소유자 및 관리자의 정상적인 경제활동을 방해하지 않는 범위에서 이루어져야 한다.
적법한 행정조사를 막을 근거는 없으며 조사로 인한 손실은 규정에 따라 보상 받을 수 있다. 다만 소량의 샘플을 수거하는 등 그 손실이 경미할 경우 보상을 요구할 수 없고 이때 수거는 최소한으로 진행되어야 한다.