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기관은 2016년 준정부기관으로 지정되었는데 그간 기관의 설립 근거가 미약하고 대부분의 수입을 특허청 용역사업에 의존하고 있다는 지적이 계속되었다. 이후 기관의 명칭을 한국지식재산전략원에서 한국특허전략개발원으로 변경하고 산업재산권 진단기관으로서의 역할을 담당하도록 관련 법률 등을 개정하였다. 기관이 수행하고 있는 특허동향 조사업무, 기술거래 중개업무 등이 외국에서는 민간부문에서 수행하고 있으며, 현재 기관과 유사한 역할을 하고 있는 외국 공공기관 사례가 거의 없는 점 등을 감안할 때 궁극적으로 공공기관으로서 기관의 역할과 민간부문에서 담당해야 할 부분에 대한 논란이 지속될 가능성이 높다. 4차 산업혁명 등의 환경 변화 속에서 공공기관으로서 기관의 역할 확립을 위한 전략적 포지셔닝이 적극적으로 요구될 것으로 전망된다.
공공기관으로서의 해당 기관의 역할과 민간부문에서 담당해야 할 부분에 대한 논란이 지속될 가능성이 높다. 4차 산업혁명 하의 공공기관으로서의 기관의 역할 확립을 위한 전략적 포지셔닝이 적극적으로 요구된다.