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오전의 교과 활동과 오후의 4가지 주요 자유학기 활동으로 하는 형태의 교육과정 편성·운영 방식은 그것이 취하고 있는 이분법적 구분으로 인하여 교과 활동을 자유학기 활동과 무관한 것으로 인식하게 하는 경향이 있다. 오히려 교과 활동을 종래의 교사 주도형 강의 위주 방식에서 벗어나 교과 및 단원 등의 특성에 따라 학생 참여형 활동으로 구성하여 운영하는 것도 자유학기제의 중요한 활동임을 인식할 필요가 있다. 자유학기제에 있어서 중요한 것은 오전·오후 편성보다 학교가 처한 현실을 고려한 다양하고 창의적인 교육과정 편성·운영이다. 따라서 최소한 기본 모형을 제시하되, 각 학교는 제시된 기본 모형을 참고로 학교의 실정을 고려한 다양하고 창의적인 교육과정을 편성·운영하도록 안내할 필요가 있다.
자유학기제에 있어서 오전·오후의 이분법적 편성보다 학교의 실정을 고려해서 다양하고 창의적으로 교육과정을 편성하고 운영하는 것이 중요하다.