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한편, 유전자원 및 전통지식의 이용자 입장에서는 금전적/비금전적 이익공유의 강화로 따른 추가부담이 우려된다. 특허는 연구와 개발을 촉진시키기 위한 도구로, 그리고 연구 개발의 결과로 얻어지는 혜택 및 이익을 극대화 시키는 방법으로 유용하지만 유전자원 관련 특허를 이용해야 하는 입장에서는 유전자원의 이용에 따른 비용을 전가 받게 될 가능성이 제기되고 있다. 기존 특허권을 가진 기업들은 특허를 통한 이익 발생시 유전자원 제공국에게 보상을 제공해야하며, 특허권 이용자에게 비용부담 발생하게 되었고, 특허권 이용자입장에서는 로열티 상승에 따른 비용 증가를 피할 수 없는 상황이 될 것이다.
특허는 연구 개발을 촉진하기 위한 도구지만 유전자원 관련 특허를 이용하는 입장에서는 유전자원의 이용 시 로열티 상승으로 인한 비용 증가를 피할 수 없다. 