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ISA의 중요한 특징은 기존에 각각의 계좌로 운용하던 예 · 적금, 예탁금, 국내 · 외 자산을 포함하는 집합투자기구(펀드), 파생결합증권 자산 등을 ISA라는 하나의 계좌에 담아 관리한다는 점이다. 계좌 내 복수의 상품에서 발생된 이자 · 배당소득에 대해 계약이 만료(또는 재산이 인출)되는 시점에 소득세를 과세하게 된다. 특히 순이익에 대해 과세하는 손익통산의 방식을 활용하기 때문에 금융상품에서 발생한 손실에 대해서 소득세가 절감되는 효과가 생긴다. 다만, 국내 상장주식의 매매차익은 이미 비과세 되고 있으므로 이를 포함한 금융상품으로부터의 소득 역시 ISA의 비과세 대상이 아니며, 손실 역시 ISA 내에서 손익통산 되지 않는다.
이를 포함한 금융상품으로부터의 소득 역시 ISA의 비과세 대상이 아니며, 손실 역시 ISA 내에서 손익통산 되지 않는다.