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그러나 피해의 최소성과 법익의 균형성 요건은 검토를 필요로 한다. 우선, 기본권 제한의 수단은 최소한의 침해를 주는 것이어야 한다. 헌법재판소는 “입법자는 공익실현을 위하여 기본권을 제한하는 경우에도 입법목적을 실현하기에 적합한 여러 수단 중에서 되도록 국민의 기본권을 가장 존중하고 기본권을 최소로 침해하는 수단을 선택해야 한다.”라고 한다. 즉, 적격성 심사의 결과에 따라 부적격 판정을 받은 사람을 일괄적으로 임용에서 배제하는 것 외에도 기본권을 덜 제한하는 수단이 있다면 그것이 채택되어야 할 것이다. 생각건대, 부적격 사유가 중대하지 않거나 능력 부족이 부적격 판단의 원인인 경우에는 교육훈련을 거치는 것을 조건으로 조건부 적격자로 결정하는 방식이 고려될 수 있으며, 이러한 제도적 대안 없이 일괄적으로 해임하는 것은 최소침해의 원칙에 반한다.
피해의 최소성과 법익의 균형성은 신중해야한다. 기본권 제한은 최소로 해야하며 가능한 다른 수단을 사용하여야 한다. 임용에서 부적격 판정을 받은 경우에도 임용을 일괄적으로 배제하는 것이 아닌 제도적인 대안을 마련해야 한다.