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이러한 해외 유사사례와는 달리 우리나라의 경우 적용제외대상을 결정하는 시스템은 해당 법안의 규제심사를 담당하는 개별 공무원의 판단에 의존함에 따라 사실상 규제비용관리제의 적용기준의 형평성을 확보하기 어려울 뿐만 아니라 기업 및 소상공인에게 상당한 비용을 유발하는 규제임에도 안전을 빌미로 규제비용관리제의 적용에서 제외될 가능성이 높다. 실제로 시범사업기간의 결과를 통해 우리나라 규제비용관리제의 적용을 받을 것으로 예측되는 규제는 체 규제의 30-40%에 불과한 것으로 나타났다. 반면 영국의 적용비율은 2013년 48.7%, 2014년 52%에 이어 2015년 상반기 88%에 이르고 있다.
우리나라는 해외 유사사례와 달리 적용제외대상을 결정을 개별 공무원의 판단에 의존함으로 형평성을 확보하기 어렵고 안전을 빌미로 규제비용관리제의 적용에서 제외될 가능성이 높다.