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현행 자체편성 의무비율 규제는 지상파 지역방송 중 지역민방에만 적용되며, 지역 MBC와 KBS 지역국에는 적용되지 않는다. 이로 인하여 지역방송 중 지역민방에만 자체편성 의무비율을 부과하는 것은 규제 형평성에 어긋난다는 지적이 지속적으로 제기되어 왔다(e.g., 김병선, 2008; 주정민 ․ 강명현, 2012). 이러한 지역방송 간 비대칭 규제로 인하여, 자체제작 및 공동제작 프로그램의 편성시간에서 지역민방과 다른 지역방송 간에 현격한 차이가 발생하게 된다는 것이다(주정민 ․ 강명현, 2012). 더 나아가, 지역방송 간 규제 형평성 이슈를 제기하는 일부 논자들은 KBS가 공영방송사이며 지역 MBC 또한 지역 MBC 또한 공영방송 지배구조를 지닌 서울MBC의 계열사라는 점을 상기할 때, 공영방송에 부과하지 않는 편성규제를 민영방송에만 부과하는 것은 문제가 있다고 주장한다.
자체편성 의무비율 부과는 지역민방에만 해당된다. 공영방송이나 타 지역방송은 제외하고, 지역 민영방송에만 규제를 가하고 있기에 형평성 이슈가 계속 언급되고 있다.