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학생수준 모형 설정 시 학생배경 통제변인에 부모의 소득, 다문화가정 여부, 북한이탈주민 가정 여부, 사교육비 등 다양한 통제변인을 탐색할 필요가 있다. 학교수준 모형 설정 시 학교 배경 통제변인으로 지역규모를 조금 더 세분화하여 통제할 필요가 있다. 왜냐하면 같은 서울시라고 강남 3구와 다른 구와는 학교 평균 수업성취도에서 큰 차이를 보일 수 있기 때문이다. 자료의 한계상 위와 같은 세부적인 구분이 힘든 경우 예를 들어, 대도시를 광역시를 포함한 인구 100만 명 이상 대도시와 100만 명 이하의 대도시로 구분하거나 사교육학원 등 각종 교육자원이 많이 밀집해 있는 대도시와 그렇지 않은 대도시로 구분하여 분석을 시도할 수도 있다.
학생 수준 모형 설정 시에는 다양한 학생 배경 통제변인 탐색이  필요하다. 학교 수준 모형 설정 시에는 학교 배경 통제변인으로 지역구를 보다 세분화해야 한다.