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마지막으로 현재 규제영향분석과 규제비용총량제가 서로 보완적으로 역할을 하기 위해서는 규제영향분석에 통합된 규제비용총량제의 지침 마련이 시급하다. 현재 시범사업기간 중의 규제비용총량제는 규제영향분석과의 통합된 서식이 없이 독립적으로 시행되고 있어, 신설·강화규제를 도입할 시 규제영향분석과 규제비용총량제를 각각 실시해야 되는 번거로움이 있어 행정적 이중부담의 문제가 발생할 수 있다. 규제영향분석과 규제비용총량제는 본질적으로 비용·편익분석에 근거하고 있으므로, 통합된 서식이 마련될 시 규제영향분석의 과정에서 규제비용분석은 특별한 부담 없이 시행될 수 있다.
규제영향분석에 통합적으로 사용될 규제비용총량제의 지침이 필요하다. 시범사용되는 규제비용총량제는 독립된 사용으로 행정적 이중부담의 문제가 발생할 수 있기 때문이다.  