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하지만 2014년 이후 매출 신장세가 둔화되었고 혁신역량 제고를 위한 인력수급 문제가 지속되는 한계점이 나타났다. 특히 1차 진흥계획 추진에도 불구하고 뿌리산업이 주력산업과 함께 성장이 동반 침체되고, 3D 및 영세산업 이미지로 인해 인력부족과 입지 어려움이 지속되자 정부는 현재와 같은 뿌리산업 구조로는 지속 가능성이 낮다는 인식하에 2017년 10월 제2차 뿌리산업진흥기본계획을 수립하여 현재 추진 중이다. 2차 기본계획에서는 고부가가치화, 공정혁신, 선순환일자리환경 조성과 같은 산업혁신을 통해 지속가능한 뿌리산업을 육성한다는 목표를 설정하고 관련 사업을 추진 중인데 2차 기본계획의 세부과제별 추진일정은 <표 1>과 같다.
1차 진흥계획 추진에도 불구 뿌리산업이 침체되어 2017년 10월 제2차 뿌리산업진흥기본계획을 수립 추진 중이다.  2차에서는 지속가능한 뿌리산업 육성을 목표로 사업을 추진중이다.