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2004년 12월 대통령 훈령 제135호 ‘통합형사사법 체계구축기획단 규정’에 근거하여 위원회가 발족되고 관련 기관 간 합의 도출에 나섰지만, 어디까지를 형사사법통합체계 구축 범주로 포함할 것인가에 대한 이슈가 민감하게 대두되었다. 시스템 범주를 결정하는 데 가장 첨예하게 대두된 문제는 인권침해였다. 2006년 9월 국회도서관 대회의실에서는 ‘빅 브러더, 당신의 모든 정보가 국가에 의해 그물망처럼 감시될 것’이라는 주제로 공개 토론회가 열렸다. 당시 여당이었던 열린우리당은 형사사법 통합정보체계 구축은 「헌법」 제10조와 제17조에 의해 보장된 ‘정보의 자기 결정권’을 부정하는 것으로, 개인정보를 국가가 공동으로 이용하겠다는 전체주의적 발상이라는 주장을 펼쳤다. 범죄 피해자는 말할 것도 없고 참고인과 피고인의 가족관계 등 기본 이력은 물론 보호되어야 할 개인정보(병력, 종교, 정당 활동 등)가 전산으로 관리, 공유됨에 따라 인권침해의 소지가 더욱 증폭된다는 것이다. 이날 하루에만 수천 개의 댓글이 달린 각종 인터넷 포털 사이트에서도 네티즌의 반응은 뜨거웠다. 그들의 의견도 핵심은 인권침해였다. 검찰은 정보 장악을 통해 경찰과 법원 등 국가기관을 통제할 뿐 아니라 국민의 개인정보를 훤히 들여다보게 될 것이며 해킹으로 인한 정보유출 가능성도 농후하고, 국민 편의라는 미명 아래 빅 브러더라는 절대 권력을 키우고 있다며 누구를 위한 독점인지 의심스럽다는 등의 부정적 의견이 팽배하였다.
2004년 ‘통합형사사법 체계구축기획단 규정’에 의해 위원회가 발족되었으나 형사사법 통합정보체계 구축시 포함 범위에 대한 논란이 있었는데 검찰은 범죄 피해자와 피고인 등 관련자들의 이력 뿐 아니라 국민의 개인정보까지 관리하려고 하여 인권침해가 가장 큰 문제였다. 이런 인권침해로 얻어지는 정보력으로 여타의 국가기관을 무력화하고 권력을 강화하려는 검찰에 대해 대부분 부정적 반응을 보였다.