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문제는 이렇게 지향성이 다소 차별화된 제도를 도입하는 과정에서 제도 간의 상충이나 갈등이 발생할 여지가 다분하며, 정치적 견해에 따라 해당 제도에 대한 입장 차이가 극대화될 우려가 있다. 지난 정부에서 야심차게 도입한 비용관리제와 현 정부의 폐지완화 규제심사제도가 대표적인 갈등사례가 될 수 있을 것이다. 규제의 완화와 강화라는 특정 방향성을 목적에 두는 것이 아니라 규제품질의 제고라는 관리적 목적을 통해 제도 간의 상충과 갈등을 조화시키고 통합하기 위한 노력이 필요하다. 이를 위해 행정규제기본법의 전면적인 개편과 함께 향후 제도경쟁력 향상을 위한 종합적 차원의 행정규제 관리 방향에 대한 결정과 폐지․완화 규제심사를 포함해 각종 관리제도의 체계적 정비가 이루어져야 할 것이다.
지향성이 차별화된 제도를 도입하면서 제도 간의 상충이나 정치적 견해에 따른 입장 차이가 생길 수 있다. 따라서 규제품질의 제고라는 관리적 목적을 통해 상충과 갈등을 해결하려는 노력이 필요하다.