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그러나 평가기반 컨설팅이 기대한 성과들을 달성하기 위해서는 다양한 개선 노력들이 필요하다는 점 또한 지적하고 있다. 우선, 개별 대학의 특수성이나 각 대학이 처한 상황 및 여건을 충분히 고려하여 평가가 수행되어야 하며, 컨설팅은 대학별 맞춤형으로 추진되어야 한다는 의견을 제시하였다. 만일, 평가가 전국 대학 평균과 같은 일률적인 기준에만 의존할 경우, 지방 대학이나 소규모 대학들이 불리할 수 있다는 것이다. 둘째, 보다 정확하고 일관성 있는 평가가 선행되어야 한다는 점을 지적하였다. 정성적 평가의 기준이나 정확성이 개선될 필요가 있으며, 평가위원 간 편차나 반복측정의 분산을 최소화하기 위한 개선 노력이 필요하다고 보았다. 셋째, 컨설팅의 결과로 이행해야 할 과제와 목표만을 제시하는 것이 아니라, 그 목표를 달성하기 위한 구체적인 방법이나 관련된 성공 사례 등을 자세히 안내해 줄 수 있어야 한다는 점도 언급하였다. 넷째,컨설팅 기간을 연장하여 컨설턴트들이 대학을 분석하고 이해하는 데 충분한 시간이 보장되어야 한다는 점을 지적하였다. 그리고 마지막으로, 컨설턴트들의 전문성이 확보되어야 한다는 점을 지적하였다.
평가기반 컨설팅의 개선사항은 대학별 여건이 반영된 평가와 맞춤형 컨설팅, 정확하고 일관성 있는 평가의 선행, 목표 달성을 위한 방법과 사례 제시, 컨설팅 기간 확대, 컨설턴트의 전문성 확보 등이 있다.