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행정종합정보시스템은 원래 제1차 행정 전산망 사업을 통해 구축된 6개 우선 업무추진 결과 구축된 데이터베이스의 통합처리와 정책정보 제공을 위한 통계처리시스템 구축을 목적으로 시작되었다. 그러나 한국전산원의 감리결과, 단순한 통계처리시스템보다는 정보 공동이용 시스템 구축 목적이 강하다는 의견과 제안에 따라 그 명칭이 기존의 ‘통계처리시스템’에서 ‘행정종합정보시스템’으로 변경되었다. ‘행정종합정보시스템(NATIS: NationalAdministration Total Information System)’은 제2차 행정 전산망 사업 기간인 1993년 6월 완성되었는데, 이는 정보 공동이용 시스템의 초기 원형 인프라라고 할 수 있다.
1993년 완성된 '행정종합정보시스템(NATIS)'은 '통계처리시스템'이 정보 공동이용 시스템 구축 목적이 더 강해져서 이름이 변경된 것이다.