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이밖에 한·미관계에는 주요 이슈들이 존재한다. 가장 큰 이슈는 방위비분담협정(SMA: Special Measures Agreement)인데, 2013년 이에 대한 협상이 시작될 것이며, 미국은 높은 수준의 방위비 분담률을 요구할 것으로 전망된다. 또한 2014년 3월 만료인 한·미원자력협정 개정문제도 주요 이슈로 등장할 것이다. 한국은 원자력의 평화적 이용을 확대하기 위해 한·미원자력협정의 개선과 핵연료주기활동의 보장을 요구하고 있다. 이에 대해 미국은 비확산 원칙에 따라 한국의 핵연료주기활동을 거부한다는 입장이어서 논란이 예상된다. 전작권 문제 관련하여 한·미 군당국은 2013년 2월 한국 차기정부 출범 이후 이에 대한 본격협의를 시작해 3월 말까지 최종안을 만들 계획이다. 이 과정에서 한·미 간 군사지휘체계 및 미군 재배치 문제 등이 재논의 될 전망이다.
한미관계의 주된 이슈는 방위비분담협정이다. 미국은 방위비 분담률을 요구할 것이다. 또한, 한미원자력협정을 개정하는 것도 문제화 될 것이다. 양국은 3월 말까지 협정을 최종지을 예정이다.