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 이와 관련하여 또 한 가지 논란은 한/일 FTA로 인한 양국간 무역자유화는 한국에게 경제적 손실을 초래할 것으로 나타났다. 한국의 후생수준은 0.19%(금액으로는 연간 7.7억 달러)가 악화되는 반면, 일본은 0.14%(62억 달러)의 후생수준이 개선될 수 있을 것으로 나타났다. 일반적으로 무역자유화가 이루어지면 경제적 후생이 향상되는 것으로 인식하고 있기 때문에 한국의 후생이 악화되는 것은 의외의 결과로 받아들여졌다. 한국의 후생수준이 악화되는 과정을 시뮬레이션변동분할기법(Decomposition Approach)을 사용해 분석해 본 결과, 양국간 관세철폐시 한국의 자원배분이 경제 전반에 오히려 불리하게 이루어지는 것으로 나타났다. 즉, 한국의 후생수준이 악화되는 것은 양국간 FTA 체결시 한국의 생산자원이 1차산업 및 경공업 중심으로 재배치되는 데에 기인한다고 볼 수 있다. 한국의 1차산업과 경공업은 기술혁신의 속도가 다른 중화학공업 분야에 비해 더디기 때문에 업종별 부가가치가 상대적으로 낮다. 
 무역자유화로 경제적 후생이 향상되는게 일반적이다. 한/일의 무역자유화로 일본의 후생은 향상되는 반면 한국은 악화될 것이다. 이유는 한국의 생산자원이 1차산업과 경공업 중심으로 재배치되어 자원배분이 경제 전반에 오히려 불리하게 이루어져 한국에게 경제적 손실을 초래한다.