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기존의 시스템을 대체할 새로운 시스템에 대한 요구가 큰 상황이지만 제기된 업무 중복 문제, 행정 비효율성 등의 문제에도 불구하고 국교위를 설치하고자 한다면 문제완화를 위한 세심한 설계가 필요하다. 교육부 존치를 전제로 국교위를 설치하고자 할 경우에는 먼저 국교위가 담당해야 할 역할을 명확히 규정하고, 교육부의 업무 중에서 신설될 국교위 업무와 중복되는 부분은 모두 국교위로 이관하는 절차를 밟아야 할 것이다. 또한 김경회의 주장처럼 대상이 광범위하여 다른 합의제기관과 달리 정책결정에 많은 어려움이 따를 것으로 예상되므로 제도를 설계할 때 이 부분을 고려할 필요가 있다. 정책 대상이 광범위하고 갈등이 심한 사안에 대해서는 국교위가 정책 최종결정권을 직접 행사하기보다는 정책 결정 방식(예: 참여 범위, 참여 방식, 결과 해석 등)만 결정하고, 국교위는 이를 조정하는 역할을 담당하게 하는 것도 하나의 보완책이 될 수 있다. 합의제기구 자체가 비효율성을 전제로 하고 있으므로 이를 이유로 설치를 기피하기보다는 기존 제도 속에서 발생한 정책의 불연속성 등으로 인한 국가차원의 손실과의 득실을 헤아릴 필요가 있다.
국교위를 설치하려면 업무 중복, 행정의 비효율성이 없게 설계해야 한다. 역할 규정에 따라 일부 교육부 업무를 이관시켜야 한다. 광범위하고 쟁점이 큰 사안에 대해서는 조정 역할만 할 수도 있겠다. 합의제기구의 비효율성을 이유로 설치를 피하지만 말고 기존 운영에서 발생한 손실과의 득실을 따져봐야 한다.