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이에 특허심판원은 2008. 11. 28.에, 특허권자가 주장하는 실시할 수 없었던 기간 중 미국 임상시험기간은 1) 해당 임상시험 자료가 본건 특허발명에 대하여 새롭게 실시된 임상시험 성적으로 제출된 것이 아니고, 2) 본건 미국 임상시험 실시자가 추가 임상 시험을 실시한 의도가 일본에서의 승인을 위한 것이 아니라 미국에서 레지오넬라균으로 인한 폐렴에 대한 승인을 위한 추가 데이터를 생성하는 것에 있었으며, 3) 본건 미국 임상시험을 일본에서 의약품의 제조 (수입) 승인에 사용하는 경우에는 일본 후생노동성의 담당과에 사전 상담을 하는 것이 일반적인데, 그 사전 상담이 되지 않았던 것 등을 이유로 인정할 수 없으며, 일본 임상시험기간 또한 본건 특허의 설정등록일 이후의 기간에 대해서만 연장기간으로 인정할 수 있다고 판단하였다. 따라서 특허심판원은 본건 특허 제1659502호의 특허권의 존속기간 연장등록출원 제2006-700042호에 따른 연장등록은 실제 본건 특허발명을 실시할 수 없었던 기간인 2년 6월 5일을 초과하여 등록된 것이라고 판단하여, 원고 청구를 인용하고 본건 특허발명의 연장등록을 무효로 하는 심결을 내렸다.
특허심판원은 미국 임상시험 자료가 새로 실시된 성적이 아니고, 시험의 의도가 본건을 위해서가 아니며, 일본 후생노동성에 사전 상담을 하지 않았기에 기간을 인정할 수 없다는 결론 하에, 연장등록이 초과되어 등록된 것이라고 판단하고 원고 청구를 인용하여 이 사건 특허발명의 연장등록을 무효로 하는 판결을 내렸다. 