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특별교부세의 경우, 정부의 시책사업 우선 편성의 의미가 크고, 특히 사업심의위원회를 구성 운영하여 운영의 객관성과 투명성을 높이고자 한 점은 그간의 특별교부세의 단점이 보완된 면이 있음은 분명하다. 그러나 이는 동시에 자치단체의 재원결정권이 제한되고 주민참여에 의하여 의회가 선정한 고유사업에 대한 정부의 불신이 컸음을 의미하는 것이기도 하다. 즉, 그간의 자치단체 고유사업에 대한 중앙정부의 평가는 재원낭비적인 요소가 있다고 본 것이다. 민간위원이 참여하는 사업심의위원회를 운영하여 시책사업을 선정하는 것과 기존의 주민과 의회 중심으로 결정되었던 시책사업이 다르게 움직일지는 향후 주목해서 지켜볼 대목이다.
특별교부세의 사업심의위원회의 운영은 특별교부세의 단점을 보완시켰지만, 동시에 그간의 자치단체 고유사업에 대하여 중앙정부는 재원낭비적 요소가 있었다고 평가한 것을 의미한다.