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일본은 둘 이상의 행정기관에 공통되는 정책으로 통일성과 종합성을 확보하기 위해 ｢정책평가법｣을 기반으로 총무성의 행정평가국이 통합평가를 실시하고 있으며, 1) 자체평가에 대한 점검 및 2차 평가, 2) 해당 행정기관과의 공동평가, 3) 사회･경제･정세 변화에 정확한 대응을 하기 위해 해당 행정기관에 의한 평가가 이루어지지 않는다고 인정되는 경우에 행해지는 대체평가 등으로 구성된다(제12조). 일본의 경우는 내각제를 기본으로 하고 있기 때문에 1차적으로 자체평가의 기능을 매우 강조하고 있으며, 통합평가의 기능을 예외적으로 인정하고 있다는 점에서 우리나라와 차이가 있으며 자율성을 강조하는 반면 공통의 평가기준에 입각한 정부 전반의 국정운영 평가기능이 약화될 수 있다는 단점을 지닌다(이광희, 2003).
일본의 통합적 정부업무평가제도는 내각제로서 자체평가의 기능을 강조하고, 통합평가 기능을 예외로 인정하고 있다. 각 기관에서 일관되고 표준화된 수준의 성과관리가 실행됨으로써 양질의 대국민서비스가 제공될 수 있다.