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국고보조금의 급격한 증가로 인하여 지방자치단체의 자주재정권이 침해되는 문제는 사업성격에 따라 지방자치단체가 수행하는 것이 타당한 사업들은 모두 지방에 이양하고, 새롭게 신설되는 국고보조사업들과 소액사업 및 중복사업에 대해서 엄격한 관리를 통하여 최대한 억제할 필요가 있다. 한가지 방법으로는 부처별 국고보조금 한도를 정해서 국고보조금 총액을 전년도 수준으로 억제하거나 예산증가율 수준에서 억제하는 것이다. 이와 함께 불가피하게 유지해야 하는 국고보조사업들의 경우에는 최대한 용도를 광범위하게 정하고 해당 사업으로 달성해야 하는 성과목표를 부여한 후 그 성과를 평가하는 포괄보조방식으로 국고보조사업의 관리방식을 변경할 필요가 있다.
지자체의 자주재정권을 보장하고, 새로 시작하거나 중복된 국고보조금 사업은 엄격하게 관리하며, 부처별로 국고보조금 한도나 성과 목표를 설정하여 국고보조금의 급증을 막는다. 