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현재 자체감사 책임자를 대부분 내부발령을 통하여 임용하는 것이 문제이므로, 자체감사의 독립성 및 전문성을 확보하기 위해서는 자체감사기구의 책임자를 개방형으로 임용하는 등의 인사제도 개선이 필요하다. 아울러 감사기구 책임자에 대한 임기를 장기로 정하거나 정년을 정해놓으면 수감기관으로부터 독립을 유지하는 데 도움이 된다는 측면에서 감사책임자의 임기를 어느 정도 보장하는 것도 중요하다. 그리고 감사책임자의 이와 같은 임기나 임면 관련 규정 외에도 소속 직원인 감사담당자의 임명과 관련한 권한을 어느 정도 인정하는 방안도 고려할 필요가 있다.
자체감사 책임자를 내부발령을 통하여 임용하지 말고 개방형으로 임용하고 임기를 정해 놓고 직원 채용에 대한 권한을 인정하는 등의 제도 개선이 필요하다.