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두 번째 쟁점은 미래성장동력 분야 투자재원의 효과성에 관한 것이다. 미래성장동력 정책의 목표는 글로벌 시장 환경의 성장 가능성을 예측하여 국내 민간기업이 적극적으로 해당분야의 기술적 우위를 점하도록 함으로써 선제적으로 미래시장을 선점 내지는 장악할 수 있도록 지원하는 것이다. 이에 따라 정부의 R&D투자는 민간의 자발적인 기술혁신(R&D)을 구축하지 않으면서, 이를 유발 내지는 강화할 수 있도록 지식의 이전･파급･확산을 유인하는 핵심 정책수단이다. 다만, 지식의 이전 및 확산의 정도는 산업이나 기술의 특성에 따라 분야별로 다르게 나타날 수 있기 때문에, 정부의 R&D투자를 보다 효율적･효과적으로 집행하기 위해서는 미래성장동력 분야 지원에 따른 파급효과의 차이를 분석해 볼 필요가 있다.
글로벌 시장 환경의 성장성을 예측하여 국내 민간기업이 해당분야에서 기술 우위를 점하도록 정부R&D투자로 지원한다. 다만, 지원에 따른 산업이나 기술 특성에 따른 파급효과 차이를 분석 고려해서 집행해야 한다.