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혁신생태계론에 대한 비판적 입장도 있다. Papaioannou et al.(2007)은 생태계의 개념이 사회 내에서 역동적으로 변화하는 혁신환경을 묘사하는 데 사용되는 것이 적절한가, 또한 혁신은 기본적으로 복잡한 경제, 사회, 정치적 요소들이 작동하는 속에서 불연속적이고 불균등한 역사적 과정으로 발생한다고 보는 슘페터적 전통을 중시하는 경향이 있는데, 이 전통과 생물학적 용어들이 조화될 수 있는가라는 문제를 제기한다. 생물생태계와 혁신생태계가 추상적인 유사성을 갖는 것처럼 보이지만, 혁신생태계는 역사적으로 발전되어 온 복잡한 사회적 상호의존성과 네트워크를 포함하고 있다는 점에서 차별적이라는 주장이다. 그러나 생태계의 관점이 역사적으로 대규모의 불연속적인 혁신을 설명하는 데는 한계가 있을지 모르지만, 일정 범위내의 소규모 혁신활동과 그에 따른 동태적 변화과정을 설명하는 데는 유용한 개념이 될 수 있을 것이다.
생태계라는 생물학적 용어가 역사적으로 여러 복잡한 요소에 의해 불연속적이고 불균등한 과정에서 생겨 온 혁신을 설명할 수 있냐는 비판이 있다. 그럼에도 혁신생태계론은 일정 범위 안에서의 소규모 활동과 동태적 변화를 이해하는데 도움이 될 것이다.