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본 연구의 목적이 한국은행에서 발간하고 있는 전국 산업연관표를 기업규모별로 분할하는데 있으므로 산업연관표를 비롯하여 산업통계의 이용과 관련된 부분이 본 연구의 한계로 지목되었다. 본 연구에서는 기업 규모별 분할과정에서 광업제조업조사, 경제총조사, 서비스업 총조사, 기업경영분석 등 통계청과 한국은행에서 조사, 발간하고 있는 산업분야 통계를 주요자료로 이용하였다. 하지만 산업별 조사의 방식과 항목의 차이로 인해 중소기업과 대기업 간의 연관관계를 파악하는데 한계가 있음을 확인하였다. 이를 보완하기 위해 중소기업을 대상으로 실사를 거쳐 중소기업과 대기업 간의 거래관계를 조사하고 조사 결과를 보조 지표로 삼아 분할과정에서 활용하였다. 하지만 최종 샘플의 대표성과 관련된 문제에 더불어 중소기업만을 대상으로 실사를 하여 대기업 부문을 추계하는 과정에서 발생할 수 있는 오류로부터 자유로울 수 없었다. 또한 중소기업이 조사과정에서 기업정보의 외부 공개를 극도로 꺼림에 따라 조사과정에서 많은 어려움이 있었다. 따라서 향후 대ㆍ중소기업 산업연관표 작성과정에서 보다 정확한 통계정보 수집과 접근이 중요한 과제로 대두되었다. 가장 현실적인 방안으로, 기업의 회계 및 경영정보가 공개되는 세금관련 정보에 접근하여 관련 산업 분야 중소기업의 거래관계를 파악하는 방안이 제시되었다. 또한 현재 중소기업청에서 주관하고 있는 중소기업 실태조사의 조사항목에 수정을 요청하여 보다 자세한 중소기업과 대기업간의 거래관계 정보를 수집하는 것이다. 중소기업이 우리 경제에서 차지하는 중요성을 감안하여 중소기업과 관련된 조사가 보다 정밀하고 현실적인 방향으로 발전해나가야 할 것이며, 응답자의 부담을 최소화하는 방식으로 통계를 수집하는 방안을 마련해야 할 것이다.
산업연관표를 통해 대기업과 중소기업을 구별하는데는 한계가 있어 향후 작성시에는 보다 정확한 통계정보 수집의 필요성이 대두되었다. 그 방안으로 세금을 추적하여 중소기업의 돈의 흐름을 읽고 중소기업 실태조사를 수정, 보완하여 정확한 정보를 수집하는 방법이 제시되었다. 중소기업은 국가경제의 중요한 축을 담당하고 있기 때문에 조사를 좀 더 철저하고 정밀하게 하여야 할 것이다.