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통상 수사기관이 가지는 증거인멸의 염려는 ‘우연히 발견한 증거’의 확보 문제로 떠오른다. 물적 증거에도 위법수집증거배제법칙이 적용됨을 처음으로 천명했던 대법원 2007도3061 판결이 대표적 사례다. 다툼이 된 압수물(문건)은 압수 장소에 존재하지 않았다. 누군가 파쇄를 위해 우연히 압수 장소에 가져오는 바람에 수사관이 발견했다. 법원은 해당 사건의 압수가 위법하다며 증거능력을 부정했는데, 압수･수색 장소에 우연히 반입되어 현존하게 된 물건은 압수･수색 장소에 보관 중인 물건이 아니라는 이유였다. 해당 문건은 피고인의 혐의 입증에 결정적인 자료였고 파쇄직전이었기 때문에 증거인멸이 확실한 상황이었지만, 수사기관으로서는 달리 적법하게 문건을 압수할 방법이 없었다. 증거인멸이 확실하다면 증거인멸의 현행범으로 체포할 수 있지 않았겠냐고 반문할 수 있겠지만 받아들이기 곤란하다. 증거인멸 혐의를 확인하기 위한 문건의 열람, 즉 수색의 근거가 부족하기 때문이다. 수사의 단서인 범죄혐의 유무를 당사자의 의사에 반해 강제적으로 확인할 수는 없다.
'우연히 발견한 증거'의 확보는 증거인멸의 염려로 여겨진다. 대법원은 2007도3061 판결에서 우연히 압수 장소에 반입된 물건은 그 장소에 보관 중인 것이 아니라는 이유로 증거능력이 부정됨을 밝혔다. 증거인멸이 확실하더라도 수색의 근거가 부족하기에 적법하게 문건을 압수할 수 없다.