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다섯째, 군사합의서는 한반도형 군비통제 모델을 만들었다. 유럽의 군비통제는 군사적 신뢰구축, 운용적 군비통제, 군축을 단계적으로 추진했다. 한반도 군비통제도 유럽사례를 모델로 삼아서 단계적 군비통제 과정을 거쳐야 하는 것으로 여겨졌다. 그러나 군사합의서는 한반도 군사상황과 안보질서를 감안하여 가장 시급하고 현실적으로 전쟁방지와 협력여건 조성을 위해 필요한 조치들을 선별하였다. 그 결과 교과서적으로 단계적 군비통제 과정을 따르지 않고 배치제한 구역 설정, 비무장지대의 비무장화 조치, 교류·협력 보장장치 등 군사적 신뢰구축과 운용적 군비통제를 선택적으로 조합한 군비통제 방안이 합의되었다.
그 동안 한반도는 유럽사례를  쫓아 군비통제 과정을 단계적으로 시행하려 했지만 군사합의서를 통해  한반도 상황에 알맞은 독자적인 군비통제 모델을 구성하였다.