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실질적으로 국토교통부의 항공·공항부문 시행사업을 살펴보면, 크게 항공발전지원, 일반공항 건설 관리, 국토교통연구개발 프로그램 등의 사업이 시행되고 있다. 이 중에서도 항공 안전, 국제협력, 전문 인력양성 등의 사업은 「교통시설특별회계법」에서 규정하고 있는 범위 외의 사업으로 예산 활용에 문제가 있을 것으로 판단된다. 위에서 제시한 국토교통부 항공·공항부문의 세입·세출활용현황을 살펴보면, 최근 5년간(2011년~ 2016년) 총예산은 약 1조 5,958억 원으로 연평균 약 29.1% 증가하는 추세를 보이고 있다. 그리고 위 세출항목 중 가장 높은 연평균 증가율을 보이는 것은 계정 간의 전출금으로 연평균 약 65.2%가 증가하였으며, 최근 5년간 총예산 대비 총 전출금은 약 8,891억 원으로 전체 예산의 약 55.7%를 차지하고 있다. 이 전출금은 「교통시설특별회계법」에 따라 도로 및 철도 계정으로 전출되어 각 계정에서 활용되고 있으며, 항공·공항 부문에서는 활용되지 못하고 있기 때문에 이에 대한 개선방안이 필요하다.
국도교통부의 항공/공항부문 시행사업 중 교통시설특별회계법의 규정에 벗어나는 사업은 예산 활용에 문제가 있을 것으로 판단된다. 세출항목중 연평균 증가율이 높은 것은 전출금이며 항공/공항 부문에서 활용될 방안이 필요하다.