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현재 공인인증서 논란의 핵심은 전자금융거래에 공인인증서 사용을 의무화한 정책(이하 ‘공인인증서 의무화정책’)이다. 정부는 각각 2002년 9월과 2003년 3월에 인터넷 뱅킹과 온라인 증권거래에 공인인증서 적용을 의무화하였다. 공인인증서 의무화정책은 2006년 12월 28일 금융감독위원회에서 시행한 「전자금융감독규정」에 의해 명문화되었 다. 또한 2006년 4월 28일 제정되고, 2007년 1월 1일부로 처음 시행된 「전자금융거래 법」에서 전자금융거래에 사용되는 인인증서 기술 선택에 대해 금융위원회에 권한을 부여하였다. 그리고 2006년 12월 28일부터 금융위원회에서 개정하여 시행한 「전자금융 감독규정」은 전자금융거래에서 공인인증서 의무화 예외의 책임을 금융감독원장에게 위임 하였다. 같은 날 2차 개정된 「전자금융감독규정시행세칙」 제31조 4항에 따라 금융감독 원은 “전자상거래에서 지급결제로서 30만원 미만의 신용카드 결제 또는 온라인 계좌이체”는 공인인증서 사용의 예외로 규정하여 공인인증서 의무화 대상에서 제외하였다. 이 와 같은 조치에 따라 전자금융거래를 위해서는 공인인증서를 발급받아 사용해야만 했다.
정부의 인터넷 뱅킹, 온라인 증권거래 공인인증서 적용 의무화와 '전자금융감독규정'에 의한 명문화, '전자금융거래법'에서 공인인증서 기술 선택에 대한 권한 부여 등, 현재 공인인증서 의무화정책은 공인인증서 논란의 핵심이라고 할 수 있다.