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2005년에는 그 다음 단계로 미국 재정사업평가도구(PART)를 참고하여 한국에맞게 다시 설계하여 3년을 주기로 한 재정사업 자율평가가 시작되었다. 이 자율평가제도는 기재부가 부처와 협의 후 재정사업 중 1/3을 선정하여 성과를 자율적으로 평가하는 것을 의미한다. 기재부는 체크리스트와 가이드라인을 제시하고 사업수행기관에서는 성과를 점검하고 평가한다. 그리고 그 결과를 기재부가 다시 검토하고 환류하는 체계이다. 자율평가의 결과에 따라서 예산배정 시 우선순위 및 예산규모가 영향을 받게 된다. 그리고 성과관리중심 예산체계 도입과정의 마지막 과정은2006년 사업을 평가하는 재정사업 심층평가를 실시한 것이다. 이것은 외부평가자에 의해 실시되며 심층평가가 필요하다고 판단되는 사업을 선정하고 평가하여 사업추진체계 개선 및 예산편성 시 활용하는 방식이다.
한국에 맞게 재설계한 재정사업평가도구에 따라 각 부처는 예산배정 및 규모를 평가받고 개선이 필요한 부처는 심층평가를 받게 된다.