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그러나 과목중점형 교과교실제 운영학교 중 매년 십여 개 정도만이 선진형으로 전환되고 있는데 이는 2,000개교 가까이 되는 기존 과목중점형 학교 수에 비하면 충분하다고 보기 어렵다. 과목중점형 교과교실제 운영학교가 더는 지정되지 않는 상태에서, 지정된 지 3년이 지난 학교에는 예산 지원이 이루어지지 않기 때문에 과목중점형 학교는 명목상의 교과교실제 운영학교로 남기가 쉽다. 과목중점형 교과교실제 운영학교가 교과교실제 운영을 지속하기 위해서는 신속하게 선진형으로 전환할 수 있도록 하는 등 교과교실제 운영학교 유형을 일원화하여 지원할 수 있는 효율적 방안을 마련하는 것이 필요해 보인다.
과목중점형 교과교실제 운영학교의 교과교실제 운영 지속을 위해서는 신속한 선진형 전환 등교과교실제 운영학교 유형을 일원화해서 지원할 수 있는 효율적 방안 마련이 필요하다.