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정부는 이번 세법개정안에서 R&D 비용 세액공제의 인건비 대상에서 연구 관리직원을 제외하고, R&D 설비투자 세액공제의 경우 현행 대기업 3%, 중견기업 5%, 중소기업 10%의 공제율을 대기업 1%, 중견기업 3%, 중소기업 6%로 낮추는 내용을 제안하였다. 이러한 개정 내용은 R&D 지원제도의 효율성을 높이고, R&D 설비투자 세액공제의 대기업 집중도를 낮추기 위한 취지로 이해된다. 연구 관리직의 경우 R&D 업무와 관계되지 않는 직원이 포함될 수 있어 조세회피 수단으로 이용될 수 있고, R&D 설비투자의 경우 대부분 이익창출 단계에서 이루어지는 경우가 많은데 설비투자 여력이 있는 대기업에 대한 세액공제 비중이 90%대 중반을 상회하고 있어 지원의 실효성이 크지 않기 때문이다.
설비투자 여력이 있는 대기업에 대한 세액공제 비중이 90%대 중반을 상회하고 있어 지원의 실효성이 크지 않기 때문이다.