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그러나 대다수의 철도 민자사업에서 실제 철도수요는 실시협약에서 합의한 수요에 현저히 미치지 못함에 따라 민간투자사업 활성화를 위해 도입한 최소운영수입보장(MRG)제도에 의하여 중앙 및 지방정부가 민간사업자에게 지급하는 보조금 규모가 매우 커서 민자사업의 주무관청에게 큰 부담이 되고 있다. 한편, 신분당선 철도사업, 의정부 경전철 철도사업의 경우에는 MRG 지급요건을 충족하지 못함에 따라 운영적자가 민간사업자에게 귀속되었다. 이에 따라, 대부분의 철도 민자사업이 장기간에 걸친 분쟁, 소송 등을 통해 재구조화가 이루어진 바 있으며, 이러한 과정에서 철도 민자사업에 대한 비판과 회의론이 강하게 대두되었다.
대다수의 철도 민자사업은 여러 문제로 인해 재구조화가 이뤄지는 과정에서 사업에 대한 비판과 회의론이 대두되었다.