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합동방재센터의 설치 및 운영에 관한 사항은 기관 간 공동훈령인 ｢화학재난 합동방재센터의 설치 및 운영에 관한 규정｣을 근거로 한다. 이 법령에서는 합동방재센터의 기능과 각 구성원의 역할, 인사, 예산에 대한 사항을 정하고 있다. ｢화학재난 합동방재센터의 설치 및 운영에 관한 규정｣에 의하면 합동방재 센터의 인력과 예산은 관계기관인 국민안전처, 행정자치부, 산업통상자원부, 환경부, 고용노동부, 해당 지방자치단체 등으로부터 지원을 받도록 하고 있다. 이는 훈령에 의해 설치된 협업조직은 독립적인 기관으로서 예산을 배정받을 수 없으며 인사권을 갖지 못하는 상황을 보여준다.
법령에 따르면 합동방재센터의 인력과 예산은 관계기관으로부터 지원을 받는다. 따라서 센터는 독립된 예산을 배정받을 수 없고 독립적인 인사권도 갖지 못한다.