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셋째, 교육위원회와 일반자치단체의 장(首長)과 관계에서 한국에 비해 일본의 단체장은 교육에 관한권한과 사무 관장이 많다. 한국에서 교육감이 처리하는 교육조건 정비에 관련된 재정사무와 사립학교지도감독 업무가 일본에서는 단체장에게 귀속되어 있다. 즉, 일본에서 예산편성 및 집행권, 교육재산취득과 처분, 조례안 작성권, 교육에 관한 계약 및 지출 등 교육조건 정비에 필수적인 권한은 모두 지자체장(지사 및 시정촌장)에게 소속되어 있고, 사립학교와 대학 업무도 단체장이 관장한다. 지방교육재정도 한국에서는 특별회계로 일반자치단체 회계와 분리･집행되고 있으나, 일본은 지방교부세법을 근거로 통합하여 운영하고 있다. 이처럼 한국의 교육감은 일본의 교육위원회에 비하여 단체장으로부터 독립성과권한을 크게 보장받고 있는 것이다.
일본의 단체장은 한국에 비해 권한과 사무관장이 많은데, 필수적 권한은 모두 지자체장에 소속되어있고 지방교육재정도 지방교부세법으로 통합운영되는 바, 한국 교육감은 상대적으로 독립성과 권한을 크게 보장받고있다.