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국가인권위에 두어야 한다는 견해는, 북한인권기록보존소는 북한인권 실태를 조사, 연구하고 이를 정리하는 곳으로서 이는 국가인권위의 고유 기능 중 하나라는 점, 법무부는 행정부처로서 북한으로부터 내정간섭 논란거리를 제공할 수 있어서 부적절하다는 점, 인권기록은 비단 형법의 문제가 아니라 국제인권규범에 반하는 반인도적 범죄를 기록하는 것이라는 점 등을 논거로 들고 있다. 이에 대해서는 국가인권위원회의 결정은 권고적 기능에 그친다는 한계가 있고, 향후 소추를 고려한다면 인권침해 대한 최초의 기록방식도 소추를 염두에 두고 정리되어야 할 것인데, 국가인권위는 아무래도 소추를 유념한 기록, 수집에는 한계가 있다는 반론이 제기되고 있다.
고유 기능 활용 및 내정간섭 논란을 피하기 위해 북한인권기록보존소를 국가인권위에 두어야 한다는 견해에, 국가인권위의 결정은 권고에 그치고, 소추를 염두에 두기 어렵다는 반론이 존재한다. 