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FOS 연계표의 가장 큰 문제점으로는 많은 수의 기업들이 하나 이상의 제조업 분야에 속해 있었으며, 실제로 D&B데이터에서는 두 개 이상의 SIC가 부여된 기업들이 다수 존재하는 것이다. 이는 해당 기업들을 어떠한 제조업 분야로 분류하느냐에 따라 FOS 연계표의 구성이 크게 바뀔 수 있다. 이러한 문제점을 극복하기 위한 FOS 연구자들은 산업섹터와 기술 분야 간의 격차를 줄이기 위해 기업이 창출하는 특허를 여러 산업에 나누어 배치하는 방법을 고려하였지만, 오히려 산업섹터와 기술 분야 간의 격차가 더욱 커져 1기업-1제조업의 원칙으로 연계표를 작성하였다.
많은 기업이 제조업 분야에 하나 이상 속해있었다는 것이 FOS 연계표의 가장 큰 문제였다. 이는 분류방법에 따라 표의 구성이 바뀐다는 것을 의미한다.