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연구소는 수산 가공 분야에서도 많은 성과를 거두었다. 1970년대 중반 전체 어획량 중 약 30%를 차지하고 있던 잡어류의 가공법 연구를 통하여 어단, 비스킷, 각종 팽화(膨化) 스낵제품 등의 개발에 성공하였고 수산물 분야 신규 건조가공기술을 개발하여 수산물 건조가공업계에 널리 보급하였다. 이외에도 우리나라 전통 발효식품인 젓갈류를 분말로 만드는 기술(1980) 효소를 이용한 젓갈의 단기숙성법 연구(1980), 서구풍의 안초비 필렛(Anchovu Fillet) 제품 개발(1978~1979) 등 젓갈류의 새로운 제조 유통방법도 제시하였다. 이처럼 식품연구소는 다양하고 활발한 연구 활동을 통하여 농수산물 가공산업 및 축산업의 산업화와 수출증진에 기여하였다.
또한 식품연구소는 잡어류를 가공해 스낵제품을 개발하고, 수산물 건조가공업계에 신규 기술을 공유하고, 젓갈 제조/유통방법을 다양화했다. 이러한 여러 분야의 연구는 상품 전반 수출증진에 기여했다.