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2004년 12월부터 이듬해 5월 말까지는 7억 원의 예산을 들여 홈택스 서비스 고도화를 위한 BPR/ISP를 추진하였고, 이에 기초하여 2005년 11월부터는 40억 원을 투입, 국세 고객 맞춤 서비스(CRM: Customer RelationshipManagement)를 비롯해 납세자통합정보서비스(IST:Integrated Service for Taxpayers) 구축, 모바일 서비스 제공 등 홈택스 서비스 고도화작업이 진행되었다. 이는 사업자의 업종이나 유형에 상관없이 획일적으로 제공되는 기존 서비스를 납세자의 개별 요구사항을 반영, 차별화된 서비스를 제공하는 것을 목표로 하였다. 전자신고제가 시범 실시된 2000년 7월부터 e-세로 시스템(www.esero.go.kr) 고도화 작업이 마무리 된 2009년 말까지의 홈택스 서비스의 기능 개선을 위한 주요 내용을 정리하면 아래 표와 같다.
2004년 12월부터 2005년 5월 말까지 홈택스 서비스의 능력을 성장시키기 위해 BPR/ISP를 밀고 나아갔으며 2005년 11월부터 국세 고객 맞춤 서비스 구축 등의 홈택스 서비스에 대한 일이 진행되었다.