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첫째, 복무관리 및 회계 분야에서는 ▲ 「복무규정」에 따라 연차일수 공제 시 직원들의 지각현황을 파악하여 조퇴·외출시간에 합산하여 누계시간 8시간을 연차 1일로 계산하여 공제하여야 하는데도 지각시간을 합산에서 제외하여 그만큼 연차수당(432,980원)을 과다 지급하였다. 그리고 ▲ 국고보조금 사업 수행에 따라 발생된 수익금은 국고보조금 교부조건에 따라 국고 반환하거나, 당해 보조사업의 목적범위에 맞게 집행하였는지 심사를 받아야 하는데도 이를 이행하지 않았다. 또한 ▲ 매년 1월에 필수적으로 소요되는 인건비 및 사업비 등을 일시적으로 퇴직급여충당금에서 집행하였다가, 이후 국고보조금이 교부되면 이를 다시 퇴직급여충당금 적립계좌로 이체하는 등 퇴직급여충당금의 목적 외 사용이 반복되고 있다.
국고보조금 사업 수행시 발생된 수익금은 교부조건에 따라 국고 반환하거나 당해 보조사업의 목적범위에 맞게 집행하였는지 심사를 받아야 하는데 이를 이를 하지 않았다.