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동서독 분단 시절인 1961년 11월 24일 서독에 설치되어 통일 후 폐지될 때까지 약 30년 동안 동독에서 벌어졌던 약 4만 여건의 인권침해사례를 기록하는 역할을 수행했던‘잘쯔기터 주 법무성 중앙기록보존소’의 역할을 참조하여, 북한주민의 인권침해 사례를 수집 기록하는 기관을 설치할 것인지, 설치할 경우 어느 부서에 설치할 것인지 북한인권법 제정과정에서 논란이 있어왔다. 북한주민들이 당하고 있는 인권침해의 본질적 원인과 피해의 광범위성 측면에서 자유권 침해 가 본질적이라는 점, 서독의 경우와 같이 인권침해사실 기록 자체가 북한정권 내 인권침해자들에게 경고적 효과가 있다는 점 등을 고려하여 인권침해사실을 기록하는 기관의 설립 필요성은 인정되었으나 이후 어느 기관 소속으로 할지 역시 논란이 되었다. 그동안 발의된 법안의 경우 국가인권위원회 소속으로 하고 있는 경우가 다수였고, 서독의 경우를 예로 들어 법무부를 소속기관으로 하는 안도 있었으며, 통일부 소속의 경우는 북한인권침해 기록 기능보다는 주로 인도주의적 지원을 예상하고 있는 인도주의정보센터의 형태로 주장되어 왔다.30) 이 역시 북한인권 문제를 바라보는 정치적 입장에 따른 갈등이었으며, 결국 절충 을 통해 통일부에 북한인권기록센터를 설치하되 북한주민의 인권 상황과 인권증 진을 위한 정보를 수집하여 매 3개월마다 법무부에 관련 자료를 이관하고 법무부 에는 자료를 보관하는 별도의 기구(북한인권기록보존소)를 두는 것으로 정리가 되었다(법 제13조, 시행령 제15조 제1항).
북한 인권법 제정과정에서 계속 논란이 됐던 북한주민의 인권침해사례를 수집 기록하는 기관의 설치문제는 절충을 통해서 통일부에는 북한인권기록센터를 설치하여 매 3개월마다 북한인권 상황과  그 증진을 위한 정보를 수집하여 그 자료를 법무부에 따로 설치되는 북한인권기록보존소에 이관하는 것으로 정리가 됐다(법 제13조,시행령 제15조 제1항).