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이렇게 대학의 자율적인 사건 처리가 위축되는 사법판단이 이루어지는 데에는 대학 내 징계과정에서의 절차적 하자의 문제도 존재한다. 징계절차가 규정에 따라 정해진 대로 따라야 하는데 때로는 진행과정이 소홀하여 징계절차의 하자가 중요한 징계처분취소의 사유가 되기도 한다. 그 중 문제가 되는 것이 징계대상자의 출석 및 진술권, 기피신청권의 보장여부 및 징계시효에 관한 것이다. 판례상 대학에서 성희롱ㆍ성폭력 행위에 대해 징계절차를 진행하는 과정에서 징계혐의자의 진술권이나 조사신청권 등에 대해 피해자 보호를 이유로 이를 제한하는 것은 인정하고 있으나, 조사ㆍ심의위원이나 징계위원의 기피신청권에 대해서는 엄격하게 적용하고 있는 편이다. 그러므로 이 점을 고려하여 대학에서 징계절차를 진행함에 있어 피해자 보호와 직접적으로 연관되지 않는 징계혐의자의 권리보장을 최대한 존중하는 방향으로 징계절차가 이루어질 필요가 있다. 또한 형사소송절차 등 별도의 사법절차의 진행으로 인해 징계시효가 도과하는 경우 이를 시효계산에서 배제하는 등 징계처리에 있어 절차적 보완이 이루어져야 한다.
사법판단이 대학의 자율적인 사건 처리를 위축시키는 내용으로 나오게 되는 배경에는 대학 내 징계과정의 절차적 문제도 있다. 따라서 징계대상자의 출석 및 진술권, 기피신청권의 보장여부 및 징계시효 등과 관련된 절차적 보완이 필요하다.