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국가 공공감사시스템이 효율적으로 운영되기 위해서는 최고 감사기구와 자체감사기구가 유기적 협조체제를 유지하면서 상호 간 감사의 중복 또는 감사 사각이 없도록 적절한 역할분담이 이루어져야 한다. 감사원은 공공감사에 관한 기준과 지침 시달, 전문 직무교육의 실시 및 자체감사의 결과에 대한 평가와 개선 권고 등의 지도․지원 역할을 수행하고, 자체감사기구는 소속 기관의 일상적인 회계 집행과 업무수행과정 및 내부통제 등에 대해 전문성을 가지고 감사업무를 수행해야 한다. 그러나 우리나라의 공공감사체계는 이러한 역할분담을 수행하기에 제도적 기반이 미비하였고, 자체감사업무의 부실 수행과 감사원의 지도․지원 역할의 한계 등 취약한 구조로서 공공감사 발전의 근본적인 제약요인이 되었다(성용락, 2013).
국가 공공감사시스템의 효율적인 운영을 위해선 유기적 협조체제와 적절한 역할분담이 필요하다. 감사원, 자체감사기구 각자의 역할을 수행해야하지만 제도적 기반의 부족으로 인해 제약이 많았다.