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군 구조 분야는 양적 규모를 축소하고 질적 능력을 강화하여 강한 군대를 양성하고 유지하는데 중점을 두고 있다. 이를 위하여 지휘계선을 단순화하면서도 작전능력을 강화할 수 있도록 부대 지휘구조를 강화한다. 병력 규모를 현 61.8만 명에서 50만 명으로 감축하고 국방인력 대비 민간인력 비중을 현재 5%에서 10%로 확대한다. 그리고 북한 핵위협을 효과적으로 억제하기 위해 한국의 독자적 억제능력을 구축할 것임을 명확히 하였다. 군 정찰위성을 포함한 정찰‧감시‧정보 능력, 한국형 미사일 방어체계, 정밀타격능력을 중점적으로 강화할 것이다.
영향을 주는 사업 수행시, 특히 이주, 선주민 토지에 위험물질 저장이나 처리를 할 때 사전동의를 구하도록 하고 있다.