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끝으로 지방교육재정과 일반지방재정을 통폐합하는 것만으로는 필요한 교육재원을 충분히 확보할 수 있다는 보장이 없으므로 이에 대한 대비가 필요하다는 점도 간과해서는 안 될 것이다. 우선 아래에서 제안될 재산 소득과세 중심의 목적세인 교육자치세가 높은 투명성과 수용성을 통해 주민감시기능을 강화할 수 있다고 하더라도, 교육재정운용의 효율성으로 연결되기 위해서 지방정부가 교육자치세의 세율을 실질적이고도 자율적으로 결정할 수 있어야 한다. 이렇게 지방정부가 변화하는 교육수요에 따라 교육재정 관련 세율을 조정할 수 있는 상황에서 중장기적으로 중앙정부의 이전재원인 지방교육재정교부금의 배분을 지방정부의 교육투자 자구노력과 연계하여야 할 것이다. 일반지방재정과 지방교육재정의 통합을 통해 확보된 교육재정분권이 점증하는 교육재원의 확보로 이어지기 위해서는 지방정부가 지방교육재정교부금의 증감에 어떻게 대응하는가를 염두에 두고 배분방식을 정교하게 설계해야 한다는 의미이다(구균철, 2013). 지방교육재정교부금을 학생 수를 기준으로 배분되는 부분과 자체재원 확보노력의 상대적 크기에 의해 배분되는 부분으로 나누어 운용하는 것이 좋은 예가 될 것이다.
교육재원의 확보를 보장하기 위해 지방정부가 교육재정 관련 세율을 조정하고 지방교육재정교부금의 배분을 정교하게 설계하여 교육투자 자구노력과 연계하는 등 교육재정운용의 효율성을 높여야 한다.