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2004년 12월부터 2005년 8월까지 첫 단계로 수입신고 등 총 57종에 대한 식품 분야 민원종합시스템 구축에 총 34억 9,000만 원의 예산을 투입하여 식품안전관리시스템 구현을 본격 추진하였다. 여기에는 행정자치부와 정부민원포털, 관세청, 식품 위탁기관 간 시스템 연계도 포함되었다. 주요 내용은 인터넷으로 민원을 신청하고 그 처리 과정을 조회·공개하며 이러한 전 과정이 전자인증/서명, 전자 지불 및 보안체계를 통하여 안전하게 처리되는 기반체계 구축이었다. 아울러 내부 정보시스템과 행정자치부 정부 민원 포털과의 연동을 통해 업무처리의 편의성을 제공하기 위한 민원종합시스템을 구축하였다. 특히 기존 전자문서교환방식(EDI: Electronic Data Interchange)의 수입 식품 검사시스템을 인터넷에 기반을 둔 시스템으로 전환함으로써 건당 3,000∼4,000원의 수수료를 전액 무료화해 수입식품의 신고·검사를 의뢰하는 민원인들의 편의를 대폭 개선했다는 평가를 받았다.
행정자치부와 정부민원포털, 관세청, 식품위탁기관 간 시스템 연계가 포함된 식품안전관리 시스템 구현을 본격 추진했다. 이로인해 인터넷으로 민원을 신청하고 처리과정을 안전하게 하는 기반체계가 구축됐고, 업무처리 편의성을 위한 민원종합시스템도 구축됐다.