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마지막으로, 이 사건 협정과 대륙붕 문제와의 관계를 살펴보면, 제주도 남부의 대륙붕 개발에 관한 “대한민국과 일본국 간의 양국에 인접한 대륙붕 남부 구역 공동 개발에 관한 협정” (이하 “남부대륙붕협정”이라 한다) 은, 제주도 남부 구역에서의 석유자원의 탐사와 채취를 위한 공동 개발을 목적으로 한 것으로, 이러한 목적 이외의 “본 협정의 어느 규정도 공동 개발 구역의 전부나 어느 부분에 대한 주권적 권리의 문제를 결정하는 것으로 볼 수 없으며, 대륙붕 경계 확정에 관한 각 당사국의 입장을 침해하는 것으로 볼 수 없다.” (동 협정 제28조 참조)는 규정에서 알 수 있듯이 남부 대륙붕 협정과 이 사건 협정은 그 목적과 적용 대상에서 전혀 별개의 것으로서, 이러한 점을 무시한 채 양자를 동일선상에서 비교하는 청구인의 주장은 타당하다 할 수 없다.
제주도 남부 대륙붕 개발에 대한 일본과의 협정은 석유자원의 탐사와 채취에 국한된 공동 개발을 목적으로 하며 이에 주권적 권리 문제는 제기될 수 없다. 대륙붕 협정과 이 사건은 별개되며 이를 무시한 청구인의 주장은 오류가 있다.