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위와 같은 연구들은 국내에 혁신학교를 확장하고 활성화하는데 실질적으로 기여하였으나, 다음과 같 은 한계를 가지고 있다. 첫째, 아래로부터의 개혁을 강조하는 혁신학교는 소규모 학교(small school)를 중심으로 한 변화를 강조하고 있으나, 소규모 학교의 어떠한 요인, 여건, 맥락 등이 교육적 활동에 용이 한지 구체적인 변화의 과정과 결과를 명확히 제시하지 못하고 있다. 소규모 학교를 주목한 기존의 연구 들은 ‘작은 학교 살리기’라는 목적 아래, 통･폐합 위기를 극복한 성공적인 사례들에 중점을 둔 경향이 있다(정바울･황영동, 2011; 진동섭 외, 2014). 둘째, 기존의 혁신학교에 관한 실증적인 선행 연구들은 경기도와 전북 등과 같은 특정 지역의 맥락에만 집중화된 경향이 있다. 물론 혁신학교를 추구하는 각 지역의 뿌리에는 민주성, 미래성, 공공성, 지역성과 같은 공통적인 교육 철학적 요소가 나타나기도 있지만, 특정 지역에서 나타난 혁신학교의 교육적 효과나 방향성이 다른 지역의 맥락에 그대로 적용될 수 없을 것이다. 그러므로 최근에 혁신학교의 분위기가 조성된 지역의 소규모 학교의 사례를 통해 소규모 학교의 어떠한 측면들이 교육적 변화와 성장에 기여하는지를 역동적으로 제시할 필요가 있다. 셋째, 학교의 혁신적 변화를 추구하는 교사들의 집단화된 노력과 열정을 충분히 부각하지 못하였다. 이에 교사들이 자발적으로 변화의 주체가 되어 다양한 교육적 논의를 거쳐 교육혁신을 실행하는 모습과 장면들에 대한 역동적 사례를 부각할 필요가 있다.
혁신학교를 확작하고 활성화하는데 기여한 반면, 위 연구들은 소규모 학교를 중심으로 한 변화를 강조하고 특정 지역의 맥락에만 집중화되었으며 학교의 혁신적 변화를 추구하는 교사들의 집단화된 노력과 열정을 충분히 부각하지 못했다는 한계를 가진다.