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셋째, NCS 학습모듈은 활용 대상이 명확하게 정해져 있지 않다. 학습모듈은 NCS의 능력단위에 부여된 1단계부터 8단계 사이의 수준에 맞추어 개발된다. 그렇지만 모든 학교와 교육훈련기관에서 수준에 관계없이 NCS 학습모듈을 활용할 수 있도록 하고 있다(김성남 외, 2015). 현재 교육부에서는 정책적으로 특성화고와 전문대학에 NCS 기반 교육과정으로의 개편을 유도하고 있으며, 고용노동부에서는 NCS 기반 교육훈련과정을 운영하는 폴리텍대학과 직업훈련기관에 NCS를 적용하도록 장려하고 있다(교육부·고용노동부, 2016; 교육부·한국연구재단, 2015; 최동선 외, 2015). 그러나 학습모듈은 특성화고에서만 교과서의 지위를 가지며 나머지 교육훈련기관에서는 교재, 부교재와 참고자료 등으로 자율적으로 선택해 활용하고 있다. 최동선 외(2014)의 연구에서는 해당 능력단위가 어떠한 수준의 교육과정이나 자격구조에 포함되는가에 따라 NCS 학습모듈의 활용 대상이 결정된다고 해석할 수 있는 것으로 보았다.
NCS 학습모듈은 활용 대상이 명확히 정해져 있지 않아 학교와 교육훈련기관에서 수준에 관계없이 활용되고 있다. 최동선의 연구에서는 능력단위가 어떤 수준의 교육과정에 포함되는가에 따라 NCS 학습모듈의 활용 대상이 결정된다고 말했다.