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본 제도의 공제율 변화 추이를 살펴보면, 제도 도입 시기인 2012년에는 공급하는 자에 대해서 공급가액의 0.3%를 공제하였다가, 다수 공급자의 전자상거래 참여 활성화를 위하여 2013년 0.5%로 공제율이 확대되었다. 이후 2014년에는 국제유가의 안정을 고려하여 0.3%로 공제율을 환원하였다. 그리고 2016년에는 석유시장 유통개선을 지원하기 위하여 석유제품을 공급하는 자 외에 공급 받는 자도 세액공제를 받을 수 있도록 대상을 확대하였으며, 공제율은 공급하는 자에 대해서는 0.1%로 축소하였고, 공급 받는 자는 0.2%로 신설하였다.
2012년에는 공급자에 대해 공급가액에 공제하였다가 2013년에 확대되었다. 2016년에는 공급자의 공제를 축소하고 공급받는 자까지 대상을 확대하였다.