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또한 교육개발협력과 관련된 다양한 주제에 대해 연구 활동을 수행하고 있는 기관으로 일본 국립교육정책연구소(National Institute for Education Research, NIER)가 있다. NIER는 1949년 설립되어 교육 관련 연구 및 조사를 수행해 왔으며, 2001년 1월 중앙 정부의 조직개편 이후 통합정책연구기관으로 재조직됨에 따라 연구 기능이 더욱 강화되었다(國立敎育政策硏究所, 2014: 2). 관계자 면담에 따르면, NIER는 교육개발 정책 전반 및 다양한 사업의 기조가 되는 연구만을 수행하고 있는데, 특히 학문적 연구 데이터 취합 및 분석을 목적으로 한다. 이와 관련된 사업 활동은 하지 않고 주로 연구에만 집중하고 있기 때문에 교육개발협력에 있어서 주도적인 역할을 하고 있다고 보기 어렵다.
일본 국립교육정책연구소(NIER)는 연구를 목적으로한 기관이기에 교육개발협력에 주도적인 역할을 하고 있진 않다.