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소프트웨어 특허의 발명성을 논함에 있어서 자연법칙을 이용한 것인지가 많은 논란이 되어왔다. 이에 미국특허법과 같이 발명의 정의를 개정할 것을 주장하기도 한다. 즉, 자연법칙을 요건으로 하는 정의는 유연한 특허제도를 이끌어낼 수 없다는 것이다. 그러나 BM을 포함한 소프트웨어 특허는 기술 내지 산업 트렌드에 민감하기 때문에 정책적으로 기술수준을 완화할 경우에는 부실특허의 양산이 가능해진다. 따라서 분쟁 내지 무효에 대한 다툼이 증가할 수 있어 발명의 정의를 엄격하게 두고, 청구된 발명에 대해 심사 내지 사법적 판단을 통해 쉽게 권리가 부여될 수 없도록 하는 것이 법정책적으로 타당하다.
발명의 성립에서 자연법칙의 요건을 완화하면 소프트웨어 특허 문제에서 부실특허와 무효 분쟁 문제가 일어날 수 있다. 따라서 발명을 엄격히 정의하고 발명 심사를 받도록 해야 한다.