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두 번째 단계는 첫 번째 단계의 결과를 바탕으로 주요 부문별 2050 비전을 설정하는 것이다. 본 협동연구에서는 산업부문, 교통 부문, 에너지 부문 등에 대한 2050 저탄소 비전을 설정한다. 각 부문에 대한 전문 연구기관의 조사와 브레인스토밍을 통해 정성적 스토리라인과 주요 정량적 지표를 설정할 계획이다. 스토리라인과 정량적 지표 설정 시 잠정적으로 설정하는 시나리오는 크게 세 가지이다. 첫 번째는 현재 상태가 크게 변하지 않고 유지되는 기준 시나리오이다. 두 번째는 사회·경제적으로 큰 구조적 변화는 없으나 온실가스 감축에 대한 의지는 높은 시나리오이다. 세 번째는 구조적 변화와 함께 온실가스 감축이 발생하는 시나리오이다.
본 협동연구는 현 상태 유지, 구조 유지 및 높은 온실가스 감축 의지 발생, 구조 변화 및 온실가스 감축 발생이라는 세 시나리오로 정성적 스토리라인과 주요 정량적 지표를 설정할 계획이다.