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이에 대해 대학은 졸업유예 학생들이 증가하면서 늘어난 재학생을 관리하는데 따르는 행정적인 비용과 재정적인 부담을 해소하기 위해 학점이수를 의무화 하고, 등록금을 징수하는 방식으로 졸업유예제 운영 방식을 변경하고 있는 상황이다. 이에 더하여 아예 졸업유예제를 폐지하고 졸업요건을 충족한 상태에서 졸업시기만을 연기하는 학생들을 ‘수료생’으로 분류하는 대학도 등장하기 시작했다. 또 졸업유예 학생의 비율이 상대적으로 높은 서울지역 대학에서는 졸업유예 학생들에게 도서관 사용에 대한 별도의 ‘자릿값’ 비용을 10만원(서울대, 고려대, 연세대), 5만원(성균관대, 중앙대), 3만원+예치금 15만원(이화여대) 등의 수준으로 부과하고 있으며, 부산 지역의 대학들(부산대, 경성대, 동아대)도 5만원~10만원 상당의 예치금을 부과하고 있는 실정이다(헤럴드경제, 2016.03.10.; 부산일보, 2016.01.31.).
대학은 졸업유예 학생들이 늘어나면서  졸업유예제 운영 방식을 바꾸고 있다. 졸업유예제를 폐지하고 졸업시기만 미루는 학생들을 수료생’으로 구분하거나, 졸업유예 학생들에게 따로 '자리값'을 부과하는 학교도 있다.