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또한 교육부는 한국연구재단과 협력하여 전문대학에 NCS 기반 교 육과정 적용을 확대하고 있다. 전문대학에서의 NCS 기반 교육과정 적용은 ‘특성화 전문대학 육성사업’과의 연계(사립대학 75개교, 국공 립대학 4개교), ‘NCS 거점센터’ 지정(특성화 전문대학 중에서 권역별로 5개 내외) 등을 통해 확산시키고 있다(교육부․고용노동부, 2016). 2016년 교육부 업무보고자료에 의하면, 특성화 전문대학과 지역전략 산업 간 연계를 강화하여 지역산업 전문 인력을 양성하기 위한 특성 화 전문대학 육성사업(SCK)에 총 2,971억 원(2016년)을 투입할 계획 이다. 특성화 전문대학에의 현장중심 NCS 기반 교육과정 도입을 2015년 70.6%에서 2016년 75%까지 확대하여 취업률을 72%까지 제고할 계획이며(교육부, 2016a), 전문대학 교원의 현장 역량 강화를 위해 NCS 관련 유관 기관과 협업하여 심화연수를 추진할 계획을 세웠다 (교육부, 2016b). 이러한 계획에 따라 특성화 전문대학 육성사업 (SCK)과 연계하여 NCS 기반 교육과정 운영을 확대하고 있다. 이에 SCK 사업 참여 대학 수는 2014년 78개교에서 2015년 79개교, 2016 년 83개교로 증가하였다(교육부 보도자료 2017b).
교육부는 한국연구재단과 협력, NCS 기반의 교육 인프라 구축을 증진시키고 있다. 업무보고에 따르면, 특성화 대학과 지역거점 산업 간의 연계를 통한 SCK 사업에 집중 투자할 계획이다. 