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수행기관별로 교육개발협력 연구･사업을 담당하는 조직이 다르고, 기관 내에서 업무를 추진하는 방식도 상이하게 나타난다. 원조전담기관인 KOICA의 경우에는 경제사회개발부 내에 교육･보건팀을 설치하여, 교육분야 지원전략을 수립하고 해당 분야의 조사 분석 및 기술 자문 등의 업무를 수행하고 있다. 그리고 총괄 팀장과 함께, 담당 과장 1명과 교육전문관 1명이 관련 업무를 총괄한다. 그러나 교육개발협력 사업의 실질적인 수행은 각 지역의 담당자가 현지사무소와 협력하여 수행하고 있다. 따라서 지역별로 교육 분야 사업이 있는 경우에만 협력이 요구되며, 이 경우에도 주로 교육･보건팀이나 KOICA가 자체 보유한 전문인력풀을 활용한 개인적인 협력의 형태로 진행한다. 또한 민간단체와의 협력은 분야와 상관없이 민관협력실에서 전담하기 때문에, 분야별로 협력은 어려운 실정이다. 관계자 면담결과에 따르면, 유상원조의 경우에도 한국수출입은행의 경협총괄본부와 경협사업본부의 지역 담당부서에서 필요에 따라 개인 연구자 중심으로 협력을 진행하고 있다. 그리고 민간단체의 경우에는 굿네이버스나 월드비전과 같은 대형 개발NGO에서 최근 교육 분야를 전담하는 인력을 두고 있지만, 대부분의 NGO는 지역이나 프로젝트 단위로 업무를 수행하고 있다(박환보 외, 2014). 따라서 각 주체들이 공동의 목표를 가지고 교육개발협력 사업의 기초조사, 사업의 발굴, 사업수행 및 평가에 이르는 일련의 과정을 교육 관련 기관과 협업하기는 매우 어려운 상황이다.
KOICA는 경제사회개발부 내에 교육,보건팀을 설치하여 관련 업무를 수행하고 있으며 교육개발협력 사업의 실질적인 수행은 각 지역의 담당자가 현지사무소와 협력하여 수행한다. 따라서 주로 교육 보건팀이나 전문인력풀을 활용한 굿네이버스나 월드비전과 같은대형 NGO에서 협력을 진행하고 있지만 지역이나 프로젝트 단위로 업무를 수행하고 있어 일련의 과정을 교육 관련 기관과 협업하기는 어렵다.