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태조의 집권기에 최고 통치기구는 고려의 제도와 똑같은 도평의사사였다. 이런 고려의 유제는 태종대에 의정부로 바뀌면서 조선적인 체제로 변하게 된다. 이것도 태조의 치세를 과도기로 오해하는 계기가 되었지만, 조선의 도평의사사는 고려의 도평의사사 체제와는 완전히 다른 것이었다. 오히려 활동면에서 보면 조선의 의정부보다도 직접적이고 강력한 권한과 실천적 구조를 지니고 있었다. 그렇다고 신권론자들이 주장하듯이 도평의사사가 왕권까지 무시하는 권력기구는 아니었다. 이것은 앞서 말한대로 태조의 행정적 경험과 개혁파의 혁명적 욕구가 맞아 떨어진 결과였다
조선의 도평의사사는 고려의 제도와 같은 이름을 가져 비슷한 체제로 오해받았으나, 두 제도는 완전히 달랐다.