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효율성 분석은 기금출연 지출의 산업별 생산, 부가가치 및 취업유발효과를 분석하였다. 분석결과 출연금 지출(약 1조원, 18년 누적)에 의한 생산유발효과가 약 2.03조 발생하며, 부가가치 유발효과는 0.55조 수준으로 나타났으며, 취업유발인원은 4,943명으로 추정되었다. 평균 내국세율을 고려할 때, 부가가치 유발에 따른 추가 조세징수액은 665억원으로 본 제도로 인한 조세지출 규모보다는 큰 것으로 나타났다. 다만, 기금출연시 지정기부금 인정으로 인한 법인세 감면, 투자상생협력촉진세제상 비용인정으로 인한 감면 등을 모두 고려한다면, 본 기금출연으로 인한 조세혜택이 기금출연으로 인한 조세징수액보다 클 것으로 추정된다. 그러나 지정기부금 인정으로 인한 법인세 감면과 투자상생협력촉진세제상 비용인정으로 인한 감면금액을 추정하는 것은 본 심층평가의 범위를 벗어나므로 구체적인 분석은 어렵다는 한계가 존재한다.
조세지출의 산정을 위해 사용하는 효율성 분석으로는 구체적인 분석이 어렵다. 그 이유는 법인세 감면과 투자상생협력촉진세제상 비용을 고려한 지정기부금을 인정해 주기 때문에 평가의 변수가 발생하기 때문이다.