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교육행정정보시스템에서 나타난 일부 우려들과 사회단체, 학계의 개인정보의 유출·오용·남용 등 침해 사례가 빈번하게 발생하고 있다는 지적을 시작으로 결국 국정과제 회의 시 개인정보 보호에 관한 체계적인 기본법의 필요성이 부각되었고, 이에 따라 정부혁신지방분권위원회가 주축이 되어 「개인정보보호기본법」 제정을 추진하였다. 2003년 10월 국정과제회의에서 「개인정보보호기본법」 제정의 추진을 결정한 후 2004년부터 정책토론회 및 포럼 등을 통해 의견을 수렴하였다. 또한 정부, 시민단체, 정치계에서도 개인정보 보호에 관한 입법안을 마련했다.
교육행정정보시스템에 대한 우려와 빈번한 개인정보 침해 사례로, 개인정보보호기본법 제정을 추진하여, 정책토론 등 의견 수렴이 있었다.