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둘째, 국제표준 등이 존재하지 않거나 또는 회원국이 이보다 더 높은 수준의 보호를 원할 경우 과학적 정당성을 입증하거나 특히 동 협정 제5조 제1항과 제2항에 규정된 위험평가를 수행하고 그 결과에 기초하여 SPS조치를 선택하여야 한다. ‘기초’한다는 것은 위험평가의 결과와 SPS조치간의 합리적인 관계를 의미한다. 위험평가는 반드시 SPS조치를 채택하는 회원국에 의해 수행되어야 하는 것은 아니지만, AI에 대한 위험평가는 관련된 AI를 확인하고, 그 AI가 인간 또는 동물의 건강에 미치는 악영향을 확인하며, 그러한 악영향의 가능성을 평가하여야 한다는 요건을 충족하여야 한다. SPS관련 분쟁에서 위험평가의 중요성이 수차례 강조된 바 있으며 SPS 조치의 과학적 정당성은 대부분 ‘위험평가에 기초한 조치’ 여부에 따라 판명되어진다고 해도 과언이 아니다. 결국 위험평가는 가장 대표적인 ‘과학적 증거’에 해당한다고 할 수 있다. 위에서 분석한 두 사건도 최종적으로 위험평가를 실시하지 않은 것이 분쟁에 패하게 된 주된 원인이 되었다.
국제표준이 존재하지 않거나 회원국이 더 높은 수준의 보호를 원할 경우, 동 협정 제5조 제1항과 제2항에 규정된 위험평가를 수행하고 결과에 따라 SPS조치를 선택해야 한다. 이때 SPS조치의 과학적 정당성은 대부분 위험평가에 기초할 만큼 위험평가는 대표적인 과학적 증거이다.