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기획재정부(2015)는 ‘조세특례 심층평가’를 통해 현재 운영 중인 연구개발 세액공제의 문제점에 대해 몇 가지 지적하였다. ① 후속제품 출시 등에 대한 연구개발 지원의 필요성 여부, ② 국가지정 특정산업에 대한 조세지원, ③ 중소기업과 대기업의 공제혜택의 크기 차이 등이 그것이다. 이 가운데 국가 중심의 신성장동력 및 원천기술에 대한 조세지원제도는 재정지원과의 중복성 및 재정손실 초래 개연성 측면 외에도 정부 주도의 신산업 결정이 시장의 수요를 선도할 수 있는지가 주요 문제점으로 대두되었다. 또한, 최근 우리나라의 공동·위탁 연구개발 투자가 급격히 감소한 것으로 나타나는 등 지식의 확산 및 스필오버효과(Spillover effect)를 통한 우리나라의 혁신역량 위축이 우려되는 상황이다.
기획재정부(2015)는 '조세특례 심층평가'에서 연구개발 세액공제의 문제점으로 후속제품 출시에 대한 연구개발 지원, 국가지정 특정산업에 대한 조세지원 및 중소기업과 대기업의 공제혜택의 차이 등을 지적했다.