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방법론의 활용과 관련하여 발생하는 대부분의 문제점은 목표와 도구를 명확히 구분하지 못하거나 도구 자체를 부지불식간에 목표로 인식할 때 발생한다. 어떤 도구를 잘 활용하기만 하면 ‘무엇인가를 가장 잘 한다’ 라는 당초의 목표를 100% 달성할 수 있다면 도구 자체가 목표가 될 수 있다. 그러나 이런 경우는 결코 발생하지 않는다. 어떤 목표 달성을 위한 유일의 완벽한 도구는 존재하지 않는다는 사실은 모든 사람이 인정할 수 있는 지당한 말임에도 불구하고 잊혀지기 일쑤다. 완벽한 수단이란 존재하지 않는다는 점을 인식하여 어떤 dogma에 빠지지 않도록 해야 한다. AHP 역시 목표 달성을 위한 하나의 수단이지 목표 자체가 아니다. 따라서 항상 넓게 보고 깊게 생각하여 잘 활용하는 것이 필요하다.
AHP 방법론을 활용할 때는 그것이 목표 달성을 위한 도구일 뿐 목표 자체가 아니라는 사실을 인식하여 제대로 활용할 필요가 있다.