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그러나 모태펀드의 경우 정부가 벤처캐피탈에 LP(limited partner)로 참여하고 투자에 대한 결정은 민간의 업무집행조합원인 GP(general partner)가 담당하기 때문에 공공성과 수익성을 동시에 충족시키기에는 어려움이 상존한다. 즉 제작초기단계의 위험이 높은 프로젝트에는 소극적인 투자가 이루어질 수밖에 없다. 모태펀드 문화계정은 이러한 문제를 해결하기 위해 제작초기 단계 전문펀드의 결성을 통해 투자를 늘리고 있다. 이에 따라 제작초기 투자 목적펀드의 제작초기 투자금액은 2011년 76억 원에서 2014년에는 129.4억 원으로 증가하였고, 2016년에도 모태 펀드 문화계정에서 200억 원을 출자하고 320억 원의 펀드를 결성중이다.
모태펀드는 공공성과 수익성을 동시충족이 어렵다. 이를 해결하기 위해 제작초기 전문펀드의 결성으로 2011년부터 점차 늘려 2016년에 200억 원을 출자, 320억 원의 펀드를 결성중이다.