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또한, 기업은 자사의 특허출원 중에 특허 박스의 적용을 선택하여 자격이 있는 기업으로 간주될 수도 있다. 이 경우 특허출원 기간 중 출원된 지식 재산의 활용으로 인한 수익을 얻을 경우 이후 특허를 취득하게 되면 특허를 취득한 시점이 속한 이후 회계연도 내에 발생하게 되는 수익에는 특허 박스의 혜택이 적용될 수 있다. 이는 해당 지식 재산에 대해 특허 박스의 적용을 선택한 시점부터 그에 대해 특허를 받은 시점 사이에 해당 지식 재산을 매각한 경우에도 마찬가지이다(CTA 2010 s 357CQ). 아래에서는 이 부분에 대해 구체적으로 논의한다.
기업은 출원 준비중, 박스적용에 자격있는 기업으로 생각될 수 있다. 취득 후, 그 시점이 속한 이후의 회계연도 내에 발생하는 수익이 해닥 박스 혜택에 적용된다.