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통일준비위원회는 정부와 민간의 협력기구로서 유기적 연계시스템을 구축하여야 한다. 통일준비위원회는 기본적으로 민간이 주도하고 정부가 협력하는 방식으로 운영되었다. 그러나 통일문제는 시민단체나 개인 차원에서 추진할 수 있는 문제도 있지만 정부 차원에서 진행해야 하는 문제도 많다. 따라서 통일준비위원회에서 정부부처의 역할을 더욱 활성화할 필요는 없는지, 더욱 다양한 부처 및 기관의 참여가 필요하지는 않는 지에 대한 검토가 필요하다. 민간과 정부가 더욱 치열한 토론을 함께할 수 있는 환경 조성이 필요하며, 민간 위원 간에도 쟁점 중심의 보다 밀도 있는 내부 토론을 할 수 있도록 구조화하여야 한다. 분과 간 벽을 낮춰 보다 유연한 분과 간 협업 체제 구축이 필요함은 물론 과학 분야 등 추가적인 분과의 설치 가능성도 검토할 필요가 있다. 무엇 보다도 남북관계 등 상황적 요인에 관계없이 위원장 주재 회의가 보다 정례화되고 효율 적으로 운영되어야 한다.
통일준비위원회는 민간이 주도하고 있지만 사실 한계가 있기 때문에 정부기관이 참여할 필요가 있는지에 관해 논의가 필요하다. 분과 사이 벽을 없애 보다 긴밀한 협업 체제를 만들어야 하고, 과학 등 추가적인 분과가 필요한가에 대해서도 검토가 필요하다.