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시스템적 사고는 시스템의 구성요소들을 따로 분리하지 않고 시스템 전체의 차원에서 바라본다. 특히 시스템적 사고는 순환적인 인과관계를 중요시 한다는 점에서 기존의 방법론들과 차별화된다. 시스템적 사고는 여러 가지 변수들이 서로 서로 연결되어 있기 때문에 한방향으로 흐르는 단선적인 인과관계로는 파악할 수 없고, 시스템의 특성은 그 구성요소들의 연결방식에 의해 규정되기 때문에 구성요소들의 특성만 파악해서는 전모를 이해할 수 없다고 본다. 다시 말해서 시스템적 사고는 방법론적 환원주의를 배격하고 전체주의(holism)적인시각을 견지한다. 이러한 사고방식은 헤겔 등 많은 철학가들의 사상에서 찾아볼 수 있고, 사회학, 정치학, 인류학 등 다양한 사회과학에서 중요하게 취급되고 있다. 하지만 시스템은 그 특성 상 매우 복잡하기 때문에 전체 시스템과 구성요소 간의 순환론적인 인과관계 즉, 인과루프(loop)를 이해하는 것은 매우 어려운 일이다. 이러한 어려움이 바로 대부분의 과학이 환원론적인 방법론을 채택한 이유이기도 하다.
시스템적 사고는 시스템의 구성요소들이 서로 연결되어 있기 때문에 따로 분리하지 않고 시스템 전체의 차원에서 바라보며 순환적 인과관계를 중요시한다. 그러나 시스템은 그 특성상 인과루프를 이해하는 것이 매우 어려운 일이기 때문에 대부분의 과학이 환원론적 방법론을 채택하고 있다.