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둘째, 항만부문 표준지침을 통해 산정된 운행비용과 실제 지불비용 간의 차이이다. 도로부문의 운행비용 절감편익 산정시에는 대상사업에 대한 수많은 표본이 존재한다. 예를 들어 C구간을 건설하는 도로 건설 사업일 경우 기점인 A와 종점인 B의 확률적인 표본은 전국 어디라도 될 수 있다. 중심극한정리에 의해 표본이 증가하면서 정규분포에 가까워지게 된다. 다시 말해, 도로부문의 경우 고정비와 변동비를 포함한 거리당 원단위를 적용해도 편익산정에 크게 문제가 되지 않는다. 하지만 항만의 경우 인접항만 이용 가정에 따라 거리가 근거리이며 기종점이 대상항만과-인접항만으로 한정된 경우에는 현실과 다른 편익이 나타날 개연성이 크다.
도로와는 달리 항만의 경우 현실과 다른 편익이 나타날 수 있기 때문에 항만부분 표준지침을 통해 산정된 운행비용과 실제 지불비용 간에 차이가 발생할 수 있다.