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적정 지식 재산 수익의 낮은 마진이 특허 박스 손실이 발생시키기도 하는데 이것은 일시적인 경우일 수 있다(예: 제품이 상업화 초기 단계이기 때문에 개발비용이 계속 들어가거나 초기 간접비용이 높은 단계). 또는 현재 적정 지식 재산 수익이 전용 사용권에서 기인하는데 그 사용권의 로열티(실시료)가 높아서 마진이 낮은 상황이 오래 지속되는 경우도 있을 수 있다. 낮은 마진이 일시적인 경우라면 잠재적인 RP를 매년 모니터링해서 특허 박스의 적용 선택을 위한 올바른 시기를 선택할 수 있다. 낮은 마진이 오래 지속되는 경우라면 특허 박스 제도로 인해 기업이 유의미한 혜택을 볼 가능성은 낮아진다.
적정 지식 재산 수익의 낮은 마진이 특허 박스 손실을 일으키기도 하는데 이것은 일시적거나 지식 재산 사용권의 로열티가 높아서 마진이 낮은 것일 수도 있다.