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그리고 항공보안법이나 관련 규정에서 일반 보안검색 외에 예외적인 보안검색 실시의 기준, 절차, 방법에 관하여 정함으로써 항공운송사업자의 추가 보안검색으로 인한 관련 기본권 침해를 방지하기 위한 조치를 마련하고 있다. 구체적으로, 항공보안법은 공항운영자등이 국토교통부장관이 고시하는 항공보안장비를 사용하도록 하고, 항공보안장비의 종류, 성능 및 운영방법 등에 관한 기준을 고시하도록 하고 있다(제27조). 이에 항공보안법 시행령은 법 제27조에 따라 국토교통부장관이 고시하는 항공보안장비를 사용하여 보안검색을 하도록 하면서, 일반적인 보안검색 방법이 아닌 승객에 대한 신체검색이나 개봉검색은 검색장비의 경보음이 울리는 경우, 무기류나 위해물품을 휴대하거나 숨기고 있다고 의심되는 경우, 엑스선 검색장비에 의해 내용물을 판독할 수 없는 경우 등에 예외적으로 실시하는 것으로 정하고 있다(제10조 제3항).
항공보안법은 항공보안장비를 사용하도록 하고 항공보안장비의 종류 등에 관한 기준을 고시하도록 한다. 이에 승객에 대한 신체검색은 검색장비의 경보음이 울리는 경우, 의심되는 경우 등에 기본권 침해를 방지하기 위한 조치를 마련하고 있다.