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미래전략기획단은 당시 행정자치부의 ‘미래전략기획단 구성･운영계획’이 통보되면서 2005년 5월 연수원 내에 구성되었다. 기구의 성격은 미래전략기획 연구동아리로서, 연수원의 향후 10~20년을 준비하는 장기적인 발전전략을 구상하는 역할을 맡았으므로 처음 구성된 당시에는 지방행정연수원의 전북 이전과는 직접적인 관련은 없었다. 기획단의 단장은 기획협력과장이 맡았으며, 연수원 내의 6개 각 과별로 4~5급 직원이 1명씩 참여하여 혁신적인 아이디어를 발굴하고 연구하는 데 초점을 맞추었다. 외부 전문가 10명 내외로 자문단도 설치하여 운영하기도 하였으며, 미래전략기획단에 속한 직원 일부는 당시 행정자치부 미래전략 연구 TF에 참석하기도 하였다.
미래전략기획단은 연수원 내에 구성되었고 기구는 미래전략기획 연구동아리의 성격을 띄었고 기획단에는 외부전문가와 자문단도 포함되었다.