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대체복무 논의의 전제는 양심적 병역거부가 (헌)법적으로 정당하다는 것을 받아들이는 것이다. 헌법재판소와 대법원에서 정당한 병역거부사유로 인정을 받았지만 아직도 양심이나 신념이 아니라 이를 빙자한 병역거부일 수 있다는 의심 때문에 양심적 병역거부를 부정적으로 바라보게 된다. 그러한 부정적 시각은 병역거부의 사유인 양심을 어떻게 심사하고 정당성 여부를 판정할 것인가의 문제와 현역복무와 형평성이 있는 대체복무의 내용(기간과 합숙여부 등)을 어떻게 구성해야 하는 가의 문제를 혼동하게 한다. 병역거부가 정당하다면 현역복무에 상응하는 형평성 있는 대체복무를 부과하면 된다. 대체복무의 종류와 기간을 정하는데 정당하지 않은 병역거부를 상정해서는 안 된다. 그래야 양심적 병역거부 대체복무제도를 제대로 기획하고, 양심적인지 기피목적인지를 판별할 수 있는 제도적 장치를 마련할 수 있게 된다.
대체복무 논의를 하기 위해서는 기본 전제로 양심적 병역거부가 법적으로 정당하다는 것을 인정하는 것으로부터 출발한다. 따라서 그 부정적인 시선의 극복을 위해 현 제도와의 형평성 등의 조정 및 정당성에 대한 심사가 중요하다.