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그러나 과거사 문제의 미청산으로 한·미 및 미·일 간 등변과 달리 한·일 간에는 부등변을 이루는 이등변삼각체제에 머물러 있다. 1990년대 말부터 한·일관계에서 냉전시대의 동반자 의식이 약해지면서 과거사 문제가 대두했고, 한국의 경제성장으로 한·일 관계가 수직에서 수평적 관계로 변화되었다. 이러한 변화를 반영하여 1998년 10월에 발표된 「21세기를 향한 새로운 한·일 파트너십」 공동선언 이후 한·미·일 대북 조정·감독 그룹(TCOG)을 조직하는 등 점차 정삼각형으로 변화를 꾀하기도 했다. 그러나 고이즈미 총리의 잇단 야스쿠니신사 참배와 아베 정권의 출범 이후 과거사 문제 재연으로 관계발전이 난관에 봉착해 있다.
한일관계가 한국의 경제성장으로 좋은 방향으로 변화를 꾀했으나 과거사 문제로 다시 난관에 봉착해 있다.