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그러나 조달업무는 전통적으로 복잡한 절차와 많은 구비서류가 수반됨에 따라 조달청, 국방조달본부, 한국전력 등 대형기관들은 일찍이 자체 전자조달시스템을 구축·운영해왔다. 하지만 공공조달 단일창구의 부재로 인해 조달업체들은 큰 불편을 겪었다. 당시만 해도 중앙부처, 지방자치단체, 공기업 등 모든 공공기관의 조달정보를 한눈에 접할 수 있는 단일창구가 없었고, 기관 간 정보공유가 이루어지지 않았다. 때문에 관련 공무원과 조달업체 간 조달 비리 개연성이 상존하는 등 개선의 여지가 많았다. 이에 정부는 기존 조달체계의 문제점을 전 공공기관 차원에서 해결하기 위해 2002년 국가종합전자조달시스템 구축사업을 전자정부 11대 중점 추진과제로 선정하여 추진하였다.
대형기관들은 자체적으로 전자조달시스템을 구축, 운영했지만 공공조달 단일창구의 부재로 조달업체는 불편을 겪었다. 이에 정부는 2002년 국가종합전자조달시스템 구축사업을 중점 추진과제로 선정하였다.