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2012년 이후 기초학력 부진에 관한 국가 통계에서 특성화고등학교는 공식적으로 제외된 상태이다. 교육부는 2019년 3월 기초학력 보장을 위해 “한 아이도 놓치지 않고 기초학력 책임진다” 라는 방안을 밝혔다. 그 때 제시한 기초학력 미달 통계에서 직업계 고교 정보는 없다. 유은혜 부총리는 “모든 학생들을 대상으로 기초학력 진단-보정 시스템 적용을 대폭 확대하여 학생 맞춤형교육이 가능하도록 하겠다.”라고 밝혔으나,“모든 학생”속에 특성화고등학교와 마이스터고등학교는 제외된다. 가장 중요한 이유는 기초학력 실태를 파악할 수 있는 중요한 지표인 학업성취도 평가에서 직업계 고등학교를 제외했기 때문이다. 2012년 이후 특성화고와 마이스터고에서는 학업성취도평가 대신 직업기초능력평가를 대한상공회의소에 의뢰하여 현재까지 실시하고 있다. 직업기초능력평가는 노동시장에서의 직무 역량을 측정하여 신호기제로 활용하겠다는 목적으로 개발된 것이나 현재로서는 활용도가 극히 미미함에도 불구하고 매년 전체 2학년 학생을 대상으로 실시하고 있다. 직업기초능력평가를 실시함으로써 특성화 고등학교에서 기초학력 문제가 수면 아래로 내려갔다는 교사들의 의견이 있다(임 언 외, 2019).
교육부는 2019년 기초학력 보장을 위해 '한 아이도 놓치지 않고 기초학력 책임진다' 는 방안을 밝혔지만 직업계 고교의 정보는 없다. 대신 2012년 이후 대한상공회의소에 직업기초능력평가를 의뢰하여 실시하고 있으며 이때문에 특성화 고등학교에서 기초학력 문제가 잠잠해졌다는 교사들의 의견이 있다.