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수업의 운영과 관련해서는 온라인수업 혹은 온라인학교가 학생 및 학부모의 자발성과 참여에 지나치게 의존하는 경향이 있다는 지적이 있다. 국가 수준의 온라인 차터스쿨 연구에서 온라인 차터스쿨의 3분의 1이 자신의 능력에 따른 학습(self-paced courses)에 전적으로 의존하고 있는 것을 발견하였다. 또한, 온라인학교 학생들이 일주일 동안 실시간 수업에 할애하는 시간이 일반 공립학교 학생들이 하루 동안 실시간 수업에 참여하는 시간보다 적은 것으로 나타났다. 이는 온라인교육을 받는 학생의 경우 교사 및 또래 학생과의 직접적인 의사소통이 매우 적음을 의미한다. 온라인학교의 교실 및 교사 일인당 학생 수 또한 30명으로 차터스쿨(20명)이나 공립학교(17명)에 비해 현저히 높은 것으로 나타났다. 교실 및 교사 일인당 학생 수를 늘림으로써 비용 효과성을 높일 수 있다는 것이 온라인교육의 장점이기도 하지만, 전적으로 온라인수업에 의존하는 온라인학교의 경우 교사 일인당 학생 수가 지나치게 높은 경우 학생 관리 및 학생의 학업성취에 부정적인 영향을 미칠 수 있다는 단점이 있다.
온라인 수업이 학생 및 학부모의 자발성에 의존하는 경향이 있다. 또한 온라인학교 학생들은 일반학교보다 수업 참여 시간과 교사 및 또래 학생들과 의사 소통 시간이 적었다. 교사의 일인당 학생 수도 많아서 비용효과성은 높으나 학생 관리 및 학생의 학업성취에 부정적인 영향을 미칠 수 있다.