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최근 불거진 미래창조과학부 산하기관의 사례에서 보듯이, 페이퍼컴퍼니를 설립하여 정상적인 회계증빙, 세금신고, 대금지급 후 일부자금을 되돌려 받는 등 수법이 지능화되고 있어 공익신고를 통한 사후적발만으로는 한계가 있다. 더 중요한 것은 정부R&D과제의 선정단계에서부터 조직적으로 선정비리가 발생하고 있어, 단순히 연구비 부당집행의 문제가 아니라 정부R&D사업 목적과 무관하게 부적합한 기업이 R&D과제에 참여함으로써 정부R&D 정책의 근간을 흔들고 있는 것이다. 따라서 정부R&D과제의 선정 평가 시스템을 보다 공정하고 투명하게 운영할 수 있도록 프로세스 개선을 통해 해당 R&D과제의 수행 역량을 보유한 건전한 기업이 선정되는 사전 통제 기능이 강화될 필요가 있다.
정부R&D사업의 선정비리로 인해 사업 목적과 맞지 않는 기업이 참가하여 정부R&D 정책에 큰 혼란을 주고 있다. 따라서 사업 목적에 맞는 기업이 선정될 수있도록 선정 프로세스가 개선돼야 한다.