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장애인고용공단에서 지원하는 중증장애인 인턴제인 경우 기간이 3~6개월 동안 짧은 기간이 문제가 된다. 중증장애인의 경우는 장애의 특성을 고려하고 사업장의 환경 적응, 사회생활에 있어 경증장애인과 비장애인에 비해 적응력이 쉽지 아니하며, 반복적이고, 고정적인 근로환경이 주어지지 않는 이상 인턴으로서만 기회제공이 불가피 하고 또한 중증장애인을 가장 선도적으로 인턴제를 하는 비영리기관은 지원금 또한 제약이 있어 이를 전적으로 공단에서 지원하는 형태로 하는 것을 추천한다. 서울시 경우는 전적으로 지원을 해주며 인턴 기간도 최장 12개월로 지원을 하여 보다 많은 중증장애인이 정규직 전환이 되었다.
장애인고용공단의 중증장애인 인턴제는 기간이 짧다는 단점이 있으며 새로운 환경 적응에 어려움이 있는 중증장애인의 특성과 지원금을 고려했을 때 공단의 전적 지원이 가장 이상적이다.