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등기특별회계상의 개별사업은 수익자부담원칙에 부합해야 한다. 등기업무는 모든 국민이 실제 상시 이용하기보다는 부동산 등 권리관계를 확인할 실익이 있는 일부 국민들이 사실상 주로 이용한다. 가령 부동산등기라면 등기명의자나 부동산거래업자 등이, 상업등기라면 기업이나 상업관련자가, 민사법인등기라면 학술, 종교 등 사업관련자가 시스템 개발 및 유지비용을 부담하는 것이 맞다. 특허제도의 경우 심사수수료를 재원으로 해서 특별회계가 적용되듯, 등기제도의 경우도 그 이용자가 수수료를 부담하는 방식, 곧 수익자부담원칙을 적용하는 것이 법제도의 체계상 앞뒤가 맞다. 따라서 현행과 같이 등기제도 이용자가 낸 수수료 등으로 등기관련 개별사업을 운영하는 것은 재원과 사업목적의 긴밀성 관점에서 적절하다고 판단된다. 한편, 등기수수료 납부대상자를 부동산등기법과 상업등기법 등 관련법에 근거해서 등기사항 열람․발급제도와 등기신청제도의 이용자로 한정한 것 역시 그 합리성을 인정할 수 있다. 등기사항 열람/발급 수수료(700원~1,200원)나 등기신청수수료(1,000원 ~ 15,000원) 역시 방문신청/발급의 경우보다 전자신청/발급의 수수료가 저렴한 점, 등기관의 과오 등 국가의 과실로 인한 등기업무처리나 국기기관 업무처리를 위한 등기신청/발급시에는 따로 수수료를 받지 않는 점 등을 고려하면 그 부과기준이 자의적이라고 볼 아무 근거도 찾을 수 없다.
등기특별회계상 개별사업은 수익자부담원칙을 적용해 등기제도 이용자가 낸 수수료로 등기관련 개별사업을 운영하는 것이 합리적이다. 또 등기수수료 납부대상자를 등기사항 열람 및 발급제도와 등기신청제도의 이용자로 한정하는 것도 타당하다고 볼 수 있다.