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공공기관의 경우는 의원입법과 전혀 다른 관점에서 자발적 대상화의 필요성이 존재 한다. 공공기관 자체가 너무나 광범위하며 정부와 비교할 때 스스로 인권영향평가 체크리스트 등을 진행하는 것에 어려움이 많이 발생할 수 있다. 동시에 인권영향평가 시행 초기부터 너무나 광범위한 영향평가 대상을 선정하는 것은 인권영향평가 기관에 과도한 평가부담을 야기할 수 있으며, 이러한 평가부담은 평가 자체의 부실화로 이어질 수 있을 것이다. 따라서 공공기관의 규모, 업무의 성격 및 인권침해 가능성과 범위 등을 고려하여 의무적 실시기관을 정하고, 나머지 기관의 경우에는 의무적으로 인권영향평가를 받도록 하기 보다는 자발적으로 중대한 사안을 선정하여 인권영향평가에 참여하도록 유도하는 것이 인권영향평가의 초기 내실화를 위해 바람직할 것이다.
공공기관 자체가 범위가 너무 넓기 때문에 자체적으로 인권영향평가를 실시하는 것과  평가기관에 수탁하는 것 모두 어려움이 따른다. 따라서 기관별 중대사안에 따라 인권영향평가를 받도록 장려하는 방편이 합리적일 것이다.