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다목적표본을 이용하고 있는 집세조사와 같이 설계목적이 다른 표본을 차용하고 있거나, 표본설계 시 주요 관심변수를 고려할 수 없는 경우 선정된 표본에 모집단의 세부적인 특성 반영이 미흡할 수밖에 없다. 집세조사에서는 10,000여 표본가구에서 수집한 집세정보로 38개 도시별 지수를 작성하고 있다. 또한 지수작성에 기초 자료로 쓰이는 도시별 평균 전․월세 추정 시 가중치를 적용하지 않는 단순 산술평균의 방식을 취하고 있다. 이와 같은 집세조사의 다목적표본과 추정방법에 대한 논의가 통계개발원의 연구진에 의해 진행되었다. 전백근(2006)은 표본현황과 문제점을 살펴보았는데, 집세표본조사구가 경제활동인구조사, 가계조사 등 다목적으로 설계된 표본으로 정확한 집세 가격변동 파악에 어려움이 있으므로 집세조사를 위한 독립표본이 필요하다고 하였다. 그러나 예산과 인력, 그리고 시스템을 마련하는 것이 현실적으로 어렵기 때문에 이러한 한계를 통계적 추정방법으로 극복하고자 하는 개선안을 제시하였다. 전․월세 금액을 추정함에 있어 연면적, 사용방수, 가구원수 등 다양한 보조변수를 이용하는 것이 집세지수의 정확성과 신뢰성을 높이는 방안이라고 제안하였다. 또한 집세조사 규격이주택유형별로 세분화되어 있지 않아 유형별 집세의 동향을 파악하기 어렵다고 지적하였다.
현행 집세지수 작성방법 검토에서, 전백근은 집세표본이 다목적표본을 이용함에 따라 나타나는 모집단과 표본의 분포 차이로 인해 다목적표본에 의해서는 집세조사에서 기대하는 수준의 표본구성을 기대하기 어렵기 때문에  집세지수를 위한 별도의 표본을 도입하거나 보안책으로 통계적 추정방법을 제시하였고 유형별 집세 동향파악의 어려움을 지적하고 있다.