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관광진흥개발기금의 세입 중 높은 비중을 차지하고 있는 출국자 납부금은 항공교통부문에서 발생하였으나, 기금의 용도 중 항공·공항부문의 사업 활용은 미비하다. 2014년 국정감사결과보고서에서는 관광기금 운영자금 융자심사·선정의 전문성 및 중립성, 공정성 확보 문제와 함께, 관광기금 출국납부금 수수료 부과 비율의 적정에 대한 문제점이 지적된 바 있다. 기금 존치평가, 부담금 운용평가 등 외부평가에서는 기금사업의 차별성, 부담금 징수에 대한 비판적 의견이 제시되고 있으며, 특히 출국납부금은 부담금으로서의 부과 정당성이 낮은 것으로 평가되고 있다.
부담금 징수에 대한 비판적 의견이 제시되고 있으며, 특히 출국납부금은 부담금으로서의 부과 정당성이 낮은 것으로 평가되고 있다.