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아동보호 전문기관을 시군구 지자체를 기초로 단시간에 완전 공공화시킬 경우, 현행 공무원 및 위탁 민간법인의 반발, 소요비용의 부담 등 다양한 현실적 어려움이 제기될 수밖에 없다. 공공기관 전환형은 아동보호체계의 재편 과정에서 예산되는 이러한 실행 장벽을 가장 최소화하는 방안으로 해법을 제시한다는 점에서 장점이 있다. 공공기관 전환형의 핵심은 아동보호 전문기관을 공공기관으로 전환하는 것에 있으며, 우선적으로 중앙아동보호 전문기관의 공공기관화, 중장기적으로는 지역 아동보호 전문기관의 공공기관화를 지향한다. 단기적으로는 공공기관으로 전환된 중앙아동보호 전문기관이 지역아동보호 전문기관을 위탁 운영하는 방식을 취한다. 이러한 방안은 단기적 이행비용이 절감되는 효과와 지역아동보호 전문기관을 위탁운영했던 법인의 반발, 공무원 확충의 필요성에 대한 부담 완화 등에서 장점이 있다고 평가된다.
공공기관 전환형은 중앙아동보호 전문기관과 지역 아동보호 전문기관의 공공기관화를 말하며 우선 공공기관화 된 중앙아동보호 전문기관이 지역아동보호 전문기관을 위탁 운영하여 비용 경감, 기존법인의 반발, 인력 보충의 부담 경감 등이 강점이다.