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정치경제적 측면에서 연계는 배출권거래제에 대한 각 국가의 통제력을 제한하는 효과를 가져온다. 연계 후의 배출권가격은 연계 전의 각 시장의 배출권가격의 중간지점에서 형성되나 규모가 큰 시장의 가격에 접근하여 형성된다. 따라서 상대적으로 규모가 작은 시장의 국가는 자국 시장에 대한 통제력이 제한된다. 또한 규모가 작은시장의 국가라도 가격 상한 조치 등을 통하여 연계된 전체 시장에 영향을 미치므로 시장의 상대적 규모에 관계없이 각 국가의 정책적 조치는 전체 시장에 영향을 주고 각 국가의 배출권거래제는 외부 사정에 의하여 영향을 받는다. 연계는 시장의 범위를 확장하여 배출권의 추가발행이 배출권 가격에 미치는 영향을 희석함으로써 각국가의 배출권 추가발행으로 얻는 이익과 한계환경손실의 관계를 왜곡하여 각 국가가 감축목표를 관대하게 설정하여 배출권의 수출로 소득을 증대시키려는 행태를 유발할 수 있다
배출권거래제에 대해 국가간 연계를 하여 각 국가의 배출권가격에 대한 통제력을 제한한다. 배출권가격은 시장의 규모가 클수록 가격 상한선을 올릴수록 영향이 크다.  배출권 추가발행을 통해 이익이 발생하므로 감축목표를 적게 설정할 수 있다.