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특허심판원은 사건 제7항 발명을 ‘쑥잎을 메탄올 또는 에탄올로 추출하여 쑥추출물을 얻고, 이 쑥추출물을 탈지하고 클로로포름으로 용출시켜 소분획물을 얻고, 이를 다시 실리카겔컬럼에 충전하여 용출시키는 것을 특징으로 하는 자세오시딘을 유효성분으로 하여’(이하 ‘구성 1’이라 한 다) ‘이에 약제학적으로 허용되는 물질이 첨가된’(이하 ‘구성 2’라 한다) ‘위장질환 치료제용 약학적 조성물’(이하 ‘구성 3’이라 한다)로 나누어서 확인대상발명과 대비하였고, 구성 2 및 3이 대응 구성과 실질적으로 동일하며 다만 구성 1에 있어서 차이가 있다고 보았다. 즉, 구성 1을 제조방법(쑥잎을 메탄올 또는 에탄올로 추출하여 쑥추출물을 얻고, 이 쑥추출물을 탈지하고 클로로포름으로 용출시켜 소분획물을 얻고, 이를 다시 실리카겔 컬럼에 충전하여 용출시키는 것)으로 한정된 자세오시딘으로 파악하였다. 이와 관련하여 특허심판원은 양대응구성이 쑥잎을 알콜로 추출하여 얻어진 자세오시딘을 유효성분으로 한다는 점에서 동일하지만, 구성 1이 ‘쑥추출물을 탈지하고 클로로포름으로 용출시켜 소분획물을 얻고, 이를 다시 실리카겔 컬럼에 충전하여 용출시키는’ 추가의 정제공정을 거쳐서 자세오시딘만을 유효성분으로 하는데 비해, 확인대상발명은 추가의 정제공정을 거치지 않고 자세오시딘뿐만 아니라 유파틸린을 비롯한 미지의 물질을 더 포함 하는 쑥추출물을 유효성분으로 한다는 점에서 차이가 있다고 판단하여, 구성 1과 확인대상발명 의 대응구성을 서로 균등한 구성이라고 볼 수 없으며, 따라서 확인대상발명은 이 사건 제7항 발 명의 권리범위에 속하지 않는다고 판단하였다.
특허심판원은 사건 제7항을 구성 1,2,3으로 나누어 확인대상발명과 대비하였고 구성 2와 3이 대응 구성에선 실질적으로 동일하나 구성 1에 있어 차이가 있다고 보았다. 이와 관련해서 확인대상발명은 구성 1과 비교했을 때 서로 균등한 대응구성이라 하기 어렵고, 확인대상발명이 사건 제7항 발명의 권리범위에 속하지 않는다고 판단내렸다.