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셋째, 갈등관리심의위원회제도 등 운영체계 개선을 통한 갈등영향분석제도의 정합성을 제고시킨다. 갈등영향분석의 실시에 대한 결정은 최종 의사결정을 내릴 수 있는 기관의 장이 맡는다. 실시가 결정되면 갈등영향분석은 해당 부서 담당자가 직접 실시하거나, 갈등영향분석 전문가에 의뢰하여 수행케 하는 것이 더 일반적이다. 갈등분석 전문기관에게 의뢰하는 경우에는 객관성과 공정성을 높이고 분석의 전문성을 확보하는 한편 신뢰관계를 구축하여 갈등해결의 중요한 제3지대를 마련할 수 있다. 반면에 관련 비용이 수반되어 예산마련이나 결정이 쉽지 않고 모든 사업에 적용하기 어려운 문제점도 있다. 갈등영향분석 운영체계의 문제점을 개선할 방안으로 갈등관리심의위원회의 역할강화 방안이 있다. 현재 많은 공공기관에서는 갈등예방 및 해결에 관한 조례를 가지고 있고, 그 조례에 따라 갈등관리심의원회를 두고, 갈등영향분석 실시여부를 결정하도록 규정하고 있다.
갈등관리심의위원회제도란 갈등 발생 시  갈등영향을 분석하고 결과에따라 해결방안 모색 등 제3지대를 마련하는 제도이다. 그러나 예산마련이 쉽지 않아 모든 사업에 적용할 수 없는 문제도 있다.