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협력을 가로막는 또 하나의 장애요인은 승진 및 보상체계의 문제다. 설문 조사결과를 보면, 특히 농림축산식품부의 경우 ‘주관부처 위주의 성과평가’라는 제도적인 문제를 가장 큰 협업저해 요인으로 거론하고 있다는 사실이다. 성과위주의 평가와 협업 촉진이 배타적 개념임에도 불구하고, 한편으로는 기관의 성과를 독려하며 다른 한편으로는 협력을 강조하는 이율배반적 정책 기조가 한중 FTA와 같은 국가적으로 중차대한 사안의 기관 간 비협조 원인이 된다는 점에 주목해야 한다. 한중 FTA를 주도하고 있는 산업부나 외교부 등의 경쟁심과 기타 기관의 상실감 혹은 열패감은 기관 및 단체 간 협업에 근본적 저해 요인이 될 수 있다.
성과위주의 평가와 협업 촉진은 배타적 개념인데 FTA와 같은 국가적 중대 사안에서 기관의 성과를 독려하며 동시에 협력을 강조하는 것은 기관 간 비협조의 원인이 될 수 있다.