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2006년 1월 11일 지방자치법 개정으로 지방행정계층구조는 광역계층에 특별자치도가 포함되게 되어 제주도가 제주특별자치도로 출범하게 되었다. 특히 2006년 2월 21일 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」의 제정으로 제주특별자치도에는 자치단체인 시와 군을 두지 않도록 함으로써 시의회가 구성되지 않고 시장 임명제인 행정시가 설치되었다. 이에 따라 제주특별자치도의 자치계층은 단층제이면서 행정계층은 중층제로 구성되어 지방자치법상 지방행정계층구조의 예외가 인정되었다. 또한, 2011년 5월 30일 지방자치법 개정으로 광역계층에 특별자치시가 포함되게 되어 행정중심복합도시 건설에 따라 세종특별자치시가 출범하게 되었다. 특히 2010년 12월 27일 제정된 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」으로 세종특별자치시에는 지방자치법에 규정된 기초자치계층을 설치하지 않고 단층제의 형식을 취함으로써 역시 지방자치법상 지방행정계층구조의 예외가 인정되었다.
지방자치법 개정으로 2006년 제주도가 제주특별자치도로, 2011년 세종특별자치시가 출범했다. 특별법 제정으로 제주특별자치도는 단층제 자치계층, 중층제 행정계층으로 세종특별자치시는 단층제 형식으로  구성되어서 예외가 인정되었다.