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지식재산권 분야에서 Seminole Tribe of Florida v. Florida 판결과 대응될만한 연방대법원 판결이 1999년에 내려진다. 이것이 이른바 Florida Prepaid 판결이다. 대학교 학자금 마련을 위한 투자 방법과 관련된 특허를 소유하고 있던 College Saving Bank는 Florida 주의 기관인 Florida Prepaid Postsecondary Education Expense Board(이하 Florida Prepaid 위원회)가 자신의 특허를 침해하였다며 뉴저지 지방법원에 소송을 제기하였다. Florida Prepaid 위원회는 주권면책을 주장하며 특허침해소송을 각하해줄 것을 요청하였으나, 뉴저지 지방법원과 연방순회항소법원 모두 특허권자의 손을 들어주었다. 이에 Florida Prepaid 위원회가 연방대법원에 상고한 것이 이 사건이다. Florida Prepaid 판결의 쟁점은 의회가 특허침해에 대항하는 주의 주권면책을 폐기하는 법률을 제정할 수 있는지 여부였다. 연방대법원은 Seminole Tribe of Florida v. Florida 판결과 같은 논리로 하급심 판결을 파기하였다. 구체적으로, 연방대법원은 의회가 주의 주권면책을 폐기하는데 헌법 제1조의 입법권을 행사할 수 없다는 점을 재확인하였다. 그리고 연방대법원은 수정헌법 제14조를 적용하여 특허권자를 구제해야 할 만큼 주가 특허침해를 저지르고 있지 않다고 판시하였다. 이와 같이, Florida Prepaid 판결은 주가 스스로 주권면책을 포기하지 않는 한, 주가 특허권을 무단 사용하더라도 특허권자가 주에 침해책임을 물을 수 없음을 보여준다.
투자 방법 관련 특허 소유자인 College Saving Bank는 Florida는 주의 기관인 Florida Prepaid 위원회에 특허 침해 소송을 제기했다. 하지만 연방대법원은 의회가 주의 주권면책을 폐기하는데 헌법 제1조의 입법권을 행사할 수 없고 특허권자를 구제해야 할 만큼 주가 특허침해를 저지르고 있지 않다고 판시하였다. 지식재산권 분야에서 주가 주권면책을 스스로 포기하지 않는 한 특허권 무단 사용이 가능함을 보여주었다.