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선정된 분석방법 및 도구에 따라 수업분석계획이 세워지게 되고, 세워진 분석계획에 따라 수업분석을 실행한다. 수업분석 중 수업관찰의 경우에 수업분석자와 교사는 서로 협의를 통해서 직접 수업을 관찰할 수 도 있고 비디오로 촬영하여 동영상 분석을 실시할 수 있다. 이 경우 교사와 학습자 모두 수업공개에 대한 긴장감으로 평소와 다른 과잉행동(지나치게 학습을 많이 하거나 하지 않는 행동)을 하기도 하므로 면밀한 계획과 주의가 필요하다(김현섭, 2013; 이상수 외, 2012; Borich, 2011). 설문 및 검사, 인터뷰 등을 실시할 경우에는 교사와 학습자에게 실시 목적, 진행과정, 결과처리 등을 자세하게 사전안내 후 실시하도록 한다.
선택된 분석방법에 따라 수업분석계획을 세우고 분석을 실행한다. 수업관찰의 경우 동영상 분석을 할 수 있으나 면밀한 계획과 주의가 필요하다. 면담의 경우 분석 의도와 과정을 잘 전달해야 한다.