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본 조사를 위해 과제 연구원이 실태조사 전에 설문조사 및 심층면접조사를 위해 대상 부대를 선정하여 공문과 전화로 협조를 하고, 해당 업무 담당자에게 전화로 실태조사 목적과 취지, 중요성, 계획에 대해 주지를 시켰다. 해당 부대에 도착하여 대상인원을 선정 후 업무 담당자에게 하였던 동일한 내용과 인권침해 구제제도에 대한 교육을 한 후에 설문 및 심층면접조사를 하였다. 이와 병행하여 지휘관, 업무 담당자, 병영생활 전문상담관, 여성고충상담관 등과 인터뷰를 하였으며, 부대별로 사전 계획된 인원을 격리된 장소에 집결시켜 심층면접을 함으로써 설문조사의 단점을 보완하였다.
설문조사, 심층면접을 위해 부대와 인원을 선정하여 목적, 취지, 중요성, 계획에 대해 설명했다. 사전에 설명한 것과 같은 내용으로 설문, 심층면접조사, 인터뷰를 진행했다.