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교육부는 보통교부금으로 시·도교육청을 통해 교과교실제를 운영하는 학교를 대상으로 운영비를 지원하고 있으며, 신규 및 전환으로 도입하는 학교들을 대상으로는 시설비(리모델링비)를 지원하고 있다. 교육부에서 시·도교육청에 교부한 총 운영비는 2015년에는 804억 원, 2016년에는 672억 원이고, 총 시설비는 2015년에 81억원, 2016년에 43억 원이었다(<표 2> 참조). 운영비 교부 기준은 교과교실제를 운영하는 학교의 학급 규모에 따라 이루어진다(16학급 미만: 0.5억 원, 16~23학급: 0.8억 원, 24학급 이상: 1억 원).
교육부는 보통교부금으로 교과교실제를 운영하는 학교에 운영비를 지원하고 있으며, 신규 및 전환으로 도입하는 학교에는 시설비를 지원하고 있다.