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다음으로 검찰의 형사보상금 지급 건수는 법원의 형사보상 처리 및 인용 건수와 유사한 양상을 보이고 있다. 즉 검찰의 지급 건수는 2010년 전년도의 23.9배로 폭증하였으며, 2012년까지 매년 2배 이상씩 증가한 보상금을 지급하였다. 지급 건수와 달리 지급 금액은 2011년까지 두드러지게 증가하지 않았으나, 2011년과 2012년 사이에 2.4배, 2013년과 2014년 사이에 1.6배로 두 차례 크게 증가하였다. 또한 지급 건수가 2013년부터 감소세로 돌아선 것과 달리 지급 금액은 2014년까지 꾸준히 증가하였다. 이러한 검찰의 형사보상금 지급 현황에는 앞서 언급한 양벌규정 위헌결정과 재심사건에 대한 무죄판결의 영향이 크게 미치고 있으며, 지급 현황이 변화하는 추이는 재심사건에 대한 피고인 보상의 지급 현황과 대체로 일치한다. 즉 최근 5년간 형사보상금 지급 현황을 보면, 전체 피고인 보상에 있어 구속사건에 비해 재심사건이 차지하는 비율이 절대적으로 높다. 이때 재심사건에 대한 피고인 보상의 지급 건수는 96.4%에서 99.1% 사이, 지급 금액은 83.1%에서 99.1% 사이를 유지하고 있다.
검찰의 형사보상금 지급 건수는 2012년까지 두배 이상씩 증폭하였다. 이는 양벌규정 위헌결정과 재심사건에 대한 무죄판결이 영향을 주었고, 형사보상금 지급현황은 재심사건에 피고인 보상의 지급현황과 동일하다. 전체 피고인 보상에 구속사건보다 재심사건이 비율이 훨씬 높다.