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이와 더불어 총괄원가 정보의 활용과 관련하여 몇 가지 문제를 지적할 수 있다. 먼저 한국도로공사의 총괄원가 산정 방식의 측면이다. 2015년 기준 고속도로통행료 총괄원가 중 유료도로관리권상각비는 전체 총괄원가의 38.3%를 차지하고 있다. 일반적인 자산상각방식은 자산을 내용연수기간으로 나누어 정액으로 상각한다. 그러나 한국도로공사는 유료도로관리권 상각 시 통행료수입에서 수선유지비 등 필요경비를 제외한 수익만큼 상각하고 있다. 그 결과 통행료수입이 증가할 경우 총괄원가도 동시에 증가하게 되는 순환적 구조를 갖고 있다. 따라서 통행료를 대폭 인상하더라도, 총괄원가 대비 통행료수입으로 계산되는 원가보상률의 분자와 분모가 동시에 커지기 때문에 원가보상률은 크게 올라가지 않는다. 따라서 고속도로 통행료의 원가보상률만으로는 요금수준이 적절한지 측정하기 어려운 구조이다.
한국도로공사는 유료도로관리권을 상각할 때 통행료수입에서 필요경비를 제외한다. 따라서 통행료수입과 총괄원가가 비례해 통행료를 인상해도 원가보상률의 상승은 적다. 이 때문에 원가보상률만으로는 요금수준의 적절성을 알기 어렵다.