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전술한 LCOE는 “발전설비에 투입된 비용을 운영기간 동안 회수하는 데 필요한 최소한의 수입 중립적(renenue-netral) 가격으로 시불변 (time-invariant)한 단위 전력당 평균가격(정윤경, 2013, 63쪽)”이기 때 문에 특정의 시장 리스크나 기술 리스크를 반영하지 못하는 단점이 있다. Joskow(2010)에 따르면 미국과 같이 시장에서 전력의 도매가격 이 결정되는 제도 하에서는 LCOE를 활용하여 비교하고자 하는 모든 발전원이 급전(dispatchable) 가능하고, 또한 발전 프로파일이 비슷한 기술 간의 비교만 의미가 있다고 주장한다. 변동적 재생에너지의 경 우, 비급전성(non-dispatchability)의 특성상 발전의 프로파일이 전통적 발전원과 큰 차이가 있고, 특히, 시간대별 전력 요금의 변동, 즉 ‘시장 가치(market value)’의 변동에 따라 능동적으로 의사결정을 할 수 없기 때문에 이를 전통적 발전원의 LCOE와 비교하는 것은 적절하지 않다고 경고하고 있다. Joskow(2010)는 이러한 문제를 개선하기 위한 대안으로 ‘시장 가치평가(market valuation)’를 통해 LCOE를 보완하 는 것을 제안하고 있다.
LCOE는 발전설비에 투입된 비용을 회수하는데 특정 시장과 기술 리스크를 반영못하는 단점과 변동적 재생에너지와 전통적 발전원인 LCOE의 적절하지 않은 비교우위로 이러한 문제를 개선하기 위해선 시장 가치평가를 통해 LCOE를 보안하기를 Joskow는 제안하고 있다.