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설문조사의 첫 번째 어려움은 비인가 대안학교의 범위와 규모를 정하는 일이었다. 비인가 대안학교의 형태와 운영방식이 서로 너무나 다르기 때문에 조사대상을 어떻게 정해야 할지 규정하기 어려웠다. 그래서 우선 교육부의 2017년 미인가 대안교육시설 현황(2017년 9월 기준, 시도교육청 수합 자료)를 기반으로 대안교육단체들의 회원명단과 인터넷 검색을 통해 리스트를 만들어 이메일 및 전화로 모두 접촉한 후 현재 운영 중인 곳 287개를 추렸다. 앞서 언급한 것처럼 여기에는 대안교육에 대한 다양한 정의나 다양한 형태들이 걸러지지 않은 채 뒤섞여 있다. 그럼에도 불구하고 어떤 방식으로든 집계되기 어려운 한계를 인정한 상태로 가능한 최대한의 기초자료를 만든다는 측면에서 의미가 있으리라 보았다.
설문조사 시 비인가 대안학교의 조사대상은 교육부의 미인가 대안교육시설 현황에 기초해 인터넷 검색으로 리스트를 만들어 이메일과 전화 접촉 후 현재 운영 중인 곳을 추려 가능한 최대한의 기초자료를 만들었다.