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문민정부가 추진하였던 ‘작고 효율적인 정부’가 당초의 목표를 달성하였는지는 의문이다. 예를 들어, 최대용(2004)에 의하면, ‘행정쇄신위원회’가 경제부처가 관할하고 있는 토지, 금융, 물류 등 기업 활동과 관련한 규제개혁 과제를 제대로 완수하지 못하였다는 지적을 제기하고 있는데, 개혁에 대한 관료들의 저항을 극복하는데 한계가 있었기 때문이다. 개혁을 단행하기 위해 관료, 기업, 일반 국민 등 규제와 맞물려 있는 다양한 이해관계자에게 규제개혁이 미치는 영향과 이에 따른 반응에 대한 체계적인 분석과 접근이 시도되어야 했으나, 단임제 체제 하에서 ‘행정쇄신위원회’가 개혁의 동력을 충분히 확보하기에 전문성과 물리적인 시간이 제한되어 있었다.
문민정부는 당초 목표에 달성 여부에 의문이 있다. 행정쇄신위원회의 전문성과 시간의 제한 속에 다양한 과제와 개혁에 대한 저항을 극복하는 데 한계가 있었다는 지적이 제기되었다.