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조세특례에 의한 감면세액의 사후관리는 조세특례 요건을 충족하는 것으로 판단되어 감면이 적용되었으나, 이후 감면 요건을 충족하지 못하는 것으로 나타나는 경우 해당 감면세액을 추징하는 것으로서, 조세특례제도 운용에 있어 이미 실시된 감면세액에 대한 세무행정 차원의 관리 · 통제제도로 볼 수 있다. 현재 ｢국세기본법」및「조세특례제한법」,「지방세특례제한법」상에 감면세액에 대한 사후관리가 규정되어 있다. 「국세기본법」에서는 국세 감면에 따른 운용 범위를 벗어난 자금 또는 자산에 상당하는 감면세액은 세법에서 정하는 바에 따라 감면을 취소하고 징수할 수 있음을 규정하였고,「조세특례제한법」과 ｢지방세특례제한법」은 감면요건을 충족하지 못한 경우 감면세액 및 이자 상당 가산액을 추징하도록 규정하고 있다.
조세특례에 의한 감면세액 사후관리는 감면이 적용된 후 감면 요건을 불충족한 것이 나타날 때 해당 감면세액을 추징하는 것으로, ｢국세기본법」, 「조세특례제한법」, 「지방세특례제한법」상에 규정돼 있다.