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한편 재건축이 시행되는 경우에는 기존의 주거용 건축물이 멸실되기 때문에 재산세의 과세대상이 변경된다. 즉, 기존의 주거용 건축물은 그 과세대상이 주택과 건축물을 통합한 주택분 재산세로 과세되지만, 주택재건축이 시행되면 그 주거용 건축물이 멸실됨에 따라 재산세 과세대상이 나대지인 토지로 변경되어 토지분 재산세가 과세된다. 이 때 토지분 재산세는 그 대상 토지의 용도 등에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상, 분리과세대상으로 구분하여 과세되는데(지방세법 제106조), 종합합산과세대상에 대하여는 0.2~0.5%의 누진세율이, 별도합산과세대상에 대하여는 그보다 다소 낮은 0.2~0.4%의 누진세율이 각각 적용되고, 분리과세대상에 대하여는 그 종류별로 별도의 단일세율이 적용된다. 그런데 지방세법 제106조 제1항 제3호 마목 및 같은 법 시행령 제102조 제5항 제7호 ‘주택건설사업에 제공되고 있는 토지’는 재산세 분리과세대상으로 정하고 있는 바, 주택재건축사업의 경우 사업대상 토지는 전부 주택건설용 토지에 해당하므로, 결국 재건축사업용 부동산에 대하여는 재산세가 분리과세된다.
재건축이 시행되는 경우는 재산세의 과세대상이 변경된다. 즉 주거용 건축물이 멸실되어 토지로 변경되므로 토지분 재산세가 과세되는 것이다. 그러나 주택재건축사업의 경우 토지가 주택건설용 토지에 해당하여 이는 재산세가 분리과세된다.