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조화로운 해석은 둘 이상의 조약들이 상호 충돌할 수 있는 규정을 갖고 있는 경우, 양 조약 모두의 유효한 적용과 양립을 확보하기 위한 해석 방식이다. 이는 조약의 해석자인 국가 또는 WTO 패널, 상소기관이 각 조약의 대상과 목적을 저해하지 않는 범위 내에서 조약간 충돌을 피하기 위하여 해석시 재량을 행사함을 전제로 한다. 조약법에 관한 비엔나 협약은 조화로운 해석에 관한 명시적인 규칙을 두고 있지 않지만, 그렇다고 이를 금지하지도 않았다. WTO 회원국들은 가능한 한 WTO 협정상의 의무와 자신이 가입한 비 WTO 조약 규정과 모두를 신의성실하게 준수할 일반 국제법상의 의무가 있다. 아울러 비엔나협약 제31조 1항에 따른 목적론적 해석, 그리고 “당사국간의 관계에 적용될 수 있는 국제법의 관계규칙”을 고려할 의무를 규정한 제31조 3(c)항이 조화로운 해석의 법적 기초를 제공한다고 생각된다. 이러한 점에서 조화로운 해석 방식은 WTO 패널과 상소기관의 WTO 협정 해석방식을 규정한 DSU 제3.2조에 반하지 않는다. 유엔국제법위원회(ILC) 또한 “국제법의 파편화”에 관한 최종결론에서 국제법규범의 충돌로 인한 파편화의 해결방안으로서 조약간 조화로운 해석을 제안한 바 있다. 2011년 무역환경위원회 의장이 작성한 “무역과 환경에 관한 각료 결정 초안” 또한 조약 해석원칙에 따라, 다자간환경협정과 WTO 협정의 모든 규정은 조화롭고 신의성실에 입각하여 해석되고 이행되어야 한다고 규정하고 있다.
비엔나 협약에 조화로운 해석에 대한 명시는 없지만 금지하지도 않았다. WTO 회원국들은 협정상의 의무와 조약 규정을 준수할 국제법상의 의무가 있다. 조화로운 해석 방식은 DSU에 반하지 않으며 유엔국제법위원회도 조약간 조화로운 해석을 제안한 바 있다.  “무역과 환경에 관한 각료 결정 초안” 역시  다자간환경협정과 WTO 협정의 모든 규정은 조화롭게 해석되고 이행되어야 한다 규정하고 있다.