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둘째, 증거보전절차 역시 피의자, 피해자 모두에게 중요한 절차라고 할 수 있다. 특히 피의자 입장에서는 증거방법의 증거가치 감소 가능성이 있는 증거에 대해 사전에 법관에게 증거조사를 하도록 함으로써 검사와 대등하게 자신에게 유리한 방어권을 행사할 수 있다. 비록 수사 절차이기는 하지만 법관이 관여할 뿐만 아니라 이때 작성된 조서는 이후 공판에서 절대적 증거능력을 갖기도 한다. 증거보전의 특례 규정인 성폭력특례법 제41조는 성폭력 피해자 등과 경찰은 피해자가 공판기일에 출석하여 증언하는 것에 현저히 곤란한 사정이 있을 때에는 그 사유를 소명하여 제30조에 따라 촬영된 영상물 또는 그 밖의 다른 증거에 대하여 해당 성폭력범죄를 수사하는 검사에게 형사소송법상의 증거보전의 청구를 할 것을 요청할 수 있다고 규정하고 있다. 그리고 검사로부터 성폭력특례법 제30조 제1항, 아동‧청소년 성보호에 관한 법률 제26조 제1항에 해당하는 피해자를 증인으로 하는 증거보전의 청구가 있을 경우 법원은 원칙적으로 그 증인을 신문하도록 하고 있다. 이 경우 검사, 피해자, 피해자의 법정대리인, 피해자 변호사, 피의자 또는 피고인 및 변호인에게 증인신문기일을 통지하여야 한다. 다만 피해자의 변호사가 증인신문 기일을 통지 받기 위해서는 변호사 선임 등을 증명할 수 있는 서류가 제출된 경우에 한한다.
증거보전절차는 사건의 주체들에게 매우 중요한 과정이다. 특히, 피의자는 검사에게 자신의 방어권을 동등한 입장에서 주장할 수 있다. 성폭력특례법 제41조에 의거, 공판참석이 불가할 경우, 사유를 소명하고, 제30조에 의거하여 증거보전의 청구를 할 수 있도록 하였다. 