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지식창출형, 선도형 고등교육체제를 만들기 위해서는 연구개발(R&D)부문에서의 혁신이 불가피하다. 그동안 연구개발사업의 상당부분이 선행연구가 이루어진 영역이거나, 선진기술을 국산화하는 방식의 단기 추격형 방식이었다. 추격형이고 상용화도 시도하지 않는 연구개발은 소모적이다. 그러한 연구개발에 대해서는 낮은 평가 점수를 주어 비중을 낮추어 갈 필요가 있다. 추격형이지만 상용화까지 시도하는 중기 연구개발은 상대적으로 높은 점수를 주어 장려해야 한다. 원천기술을 개발하는 장기 선도형 연구개발은 가장 높은 점수를 주어 장려해야 한다. 원천 기술을 개발하는 연구 과정과 상용화 시도 과정에 대한 질적 평가가 필요하다. 아울러 질적 평가에 유효한 평가지표 개발을 통한 책임성 강화가 필요하다.
그 동안 연구개발부문은 단기 추격형의 방법으로 행해지고 있었으며 이는 비용적으로 굉장히 소모적인 과정으로 중기 연구개발 중심으로 바뀌어야 한다.