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둘째, 정부의 개선 노력에도 불구하고 시장의 벤처기업 식별 기능이 미흡한 상황은 지속되었고, 이로 인해 법적 정의에 불가피하게 의존하는 벤처기업 정의에 대한 논란은 끊이지 않았다. 이에 정부는 2006년 6월에 보다 객관적이고 시장 친화적인 벤처기업 선별 기능을 목표로 벤처기업 확인 제도를 대대적으로 개편하였다. 종전 3가지 벤처확인 유형 중 ‘신기술평가기업(신기술기업 및 기술평가 기업)’을 벤처기업 정의에서 제외하는 대신 기술 평가를 거쳐 일정 규모 이상(벤처투자기관으로부터 투자 받은 금액이 자본금의 10% 이상이고 5천만 원 이상)의 보증·융자를 받은 ‘기술 평가 보증·대출기업(기술평가를 통해 기술보증기금으로부터 보증을 받거나, 중 소기업진흥공단으로부터 대출을 받은 기업)’을 벤처 투자 기업 유형에 포함하였다. 또한 연구개발기업은 기업부설 연구소 보유 및 연구 개발 투자비 요건 외에 사업성 평가도 받도록 하였다.
정부는 2006년에 객관적이고 시장 친화적인 벤처기업 선별을 위해 벤처기업 확인 제도를 대대적으로 개편하였다.