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다음으로 식품의 고부가가치를 담보하는 대표적 제품인 고기능성식품을 제조하는데 핵심적인 역할을 하는 원소재의 발굴 및 상용화와 관련한 영역에서도 일본의 비교우위가 두드러진 것으로 나타났다. 전통적으로 생명공학(BT; Bio Technology) 분야에대한 높은 과학기술 수준을 보유하고 있는 일본은 BT를 기반으로 하는 기능성 식품 소재 개발에 대한 오랜 연구 경험과 역량을 가지고 있는 것으로 평가된다. 이와 함께, 발굴된 소재에 대한 기능성을 평가·검증하는 기술 또한 매우 우수한 것으로 조사되었다. 반면, 한국, 중국 및 대만 등도 여타 서구 국가들에 비해서는 상대적으로 높은 BT 수준을 보유하고 있으나, 소재를 발굴하고 이를 제품화하는 역량에 있어 아직까지 일본과차이가 있는 상황이다.
고기능성식품을 제조하는데 원소재의 발굴 영역에서 일본이 우위에 있는 것으로 보여지며 한국과 달리 기능성 식품 소재 개발과 발굴된 소재에 대한 기능성을 평가하는 기술 역시 우수한 것으로 조사되었다.