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목표관리제도는 초기(2012년)에는 다량의 온실가스를 배출하거나 에너지를 소비하는 사업장과 업체를 적용 대상으로 실시되었으나 기간이 경과할수록 적은 규모의 사업장과 업체가 적용받도록 적용기준을 강화하는 구조로 되어 있다. 즉, 목표관리제 초창기인 2011년 12월 31일까지는 연간 온실가스 배출량이 125,000 CO2톤 이상이거나 에너지 소비량이 500TJ 이상인 업체, 또는 연간 온실가스 배출량이 25,000 CO2톤 이상이고 에너지 소비량이 연간 100 TJ 이상인 사업장이 목표관리제 적용 대상이었다. 2014년 1월 1일부터는 기준 연간 온실가스 배출량이 50,000 CO2톤 이상이거나 에너지 소비량이 200TJ 이상인 업체, 또는 연간 온실가스 배출량이 15,000 CO2톤 이상이고 에너지 소비량이 연간 80 TJ 이상인 사업장에 적용되어 보다 소규모의 사업장과 사업체에 목표관리제가 적용되도록 설계되어 있다. 2015년부터는 목표관리제 초창기 적용 대상 사업장과 사업체(연간 온실가스 배출량이 125,000 CO2톤 이상인 사업체, 또는 연간 온실가스 배출량이 25,000 CO2톤 이상인 사업장)는 온실가스 배출권 거래제 대상으로 전환되고 나머지는 목표관리제 대상으로 남게 되었다.
목표관리제도는 처음 다량의 온실가스 배출이나 에너지 소비율이 높은 업체를 대상으로 시작하여 갈수록 작은 업체도 적용받을 수 있도록 기준을 바꾸어 왔다. 그리하여 2015년 부터는 처음 적용 대상이었던 사업장은 온실가스 배출권 거래제 대상으로 전환되고 소규모의 사업장만 목표관리제의 대상이 되었다.