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그런데 일반(사법)경찰에게 수사종결권을 부여한다면 특별사법경찰에게도 수사종결권을 부여할 수밖에 없는데, 이 경우 국가기관 간에 극렬한 대립과 갈등 및 혼란이 발생할 것이다. 즉, 향후 해양경찰, 국정원, 기무사, 국세청, 관세청, 시ㆍ도청 등 소속 특별사법경찰의 독자적 수사종결권 부여문제로 논란이 확산될 것은 물론 관할권 충돌 내지 경합의 문제가 발생하더라도 해결할 수 있는 방법이 사라지게 될 것이다. 왜냐하면 특별사법경찰은 어느 것이나 ‘특별한 사항’에 관하여 수사활동을 행하는 것으로 되어 있으나, 그 수사활동에 대하여 사항적 제한을 받지 아니하는 일반사법경찰이 존재하므로 특별사법경찰의 수사활동의 범위는 항상 일반사법경찰의 그것과 경합되는데, 이러한 양쪽의 사법경찰의 수사활동의 범위가 경합되는 경우, 수사의 제1차적 책임을 특별 사법경찰이 갖고 있다고 해석한다고 하더라도 사법경찰관에게 독자적인 수사 종결권을 인정하여 검사의 수사지휘를 배제하게 되면, 법논리상으로 형사소송법에 규정된 특별사법경찰의 수사에 대한 검사의 지휘․통제․감독기능 역시 모두 사라지게 될 것이기 때문이다.
수사종결권을 일반경찰에게 부여한다면 특별사법경찰에게도 부여해야 하는데 국가기관 간에 대립과 갈등 및 혼란이 발생할 것이다. 그리고 독자적 수사종결관 부여문제의 논란, 관할권 충동 내지 경합 문제가 발생하더라도 해결할 수 있는 방법이 사라지게 될 것이다.