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행정조사기본법은 적용제외 사항으로서  행정조사를 한다는 사실이나 조사 내용이 공개될 경우 국가의 존립을 위태롭게 하거나 국가의 중대한 이익을 현저히 해칠 우려가 있는 국가안전보장․통일 및 외교에 관한 사항,  국방 및 안전에 관한 사항 중 다음 각목 군사시설 군사기밀보호 또는 방위사업에  관한사항「병역법」·「향토예비군설치법」·「민방위기본법」·「비상대비자원관리법」 에 따른 징집소집 동원 및 훈련에 관한 사항의 어느 하나에 해당하는 사항,  「공공기관의 정보 공개에 관한 법률」의 정보에 관한 사항,  「근로기준법」에 따른 근로감독관의 직무에 관한 사항,  조세형사행형 및 보안처분에 관한사항,  금융감독기관의 감독검사조사 및 감리에 관한 사항  「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」,「표시광고의 공정화에 관한 법률」,「방문판매등에 관한법률」,「전자상거래 등에서의 소비자 보호에 관한 법률」,「약관규제에 관한법률」 및「할부거래에 관한 법률」에 따른 공정거래위원회의 법률위반행위 조사에 관한 사항 등을 들 수 있다.
행정조사기본법은 적용제외 사항으로,  행정조사를 한다는 사실이 공개될 경우 국가에 피해를 입힐 수 있는 사항을 말한다. 그 예로는 국가안전보장 통일에 관한 사항,「공공기관의 정보 공개에 관한 법률」에 관한 사항,  공정거래위원회의 법률위반행위 조사에 관한 사항 등이 있다.