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중앙행정기관과의 장과 지방자치단체의 장이 사무를 처리할 때 의견을 달리하는 경우 이를 협의･조정하기 위해 국무총리 소속으로 행정협의조정위원회를 설치하도록 하고 있다. 위원회는 중앙행정기관의장과 지방자치단체의 장이 사무를 처리함에 있어 의견의 불일치가 있는 경우에 그 문제를 협의하고 조정하기 위한 분쟁조정기구의 하나이다. 행정협의조정위원회는 당연직위원으로 기획재정부장관, 행정자치부장관, 국무조정실장 및 법제처장, 안건과 관련된 중앙행정기관의 장과 시･도지사 중 위원장이 지명하는 사람, 그리고 그밖에 지방자치에 관한 학식과 경험이 풍부한 사람 중에서 국무총리가 위촉하는 사람 4명 등, 13인 이내의 위원으로 구성된다. 그러나 행정협의조정위원회의 결정이 법적 구속력이 없어서 이행을 강제할 수 없다는 점이 행정조정위원회의 실효성을 약하게 하고 있다.
행정협의조정위원회는 중앙행정기관의 장과 지방자치단체의 장 간의 의견 불일치를 조정하기 위한 분쟁조정기구의 하나로 위원장의 지명과 국무총리의 위촉으로 위원이 구성되는데 위원회의 결정이 법적구속력이 없어 실효성이 약하다.