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우리나라에서 테러방지법만큼이나 그 정당성 여부를 둘러싸고 첨예한 대립이 있는 법이 있다면 바로 국가보안법이다. 국가보안법상 개별 조문, 예컨대 찬양고무죄, 잠입･탈출죄, 편의제공죄 등의 위헌성 여부에 대한 헌법재판소의 결정만 해도 10차례가 넘는다. 1991년 동법 개정을 통해 국가보안법의 해석적용에 있어서 국민의 기본적 인권을 최대한 보장하여야 한다는 규정을 신설하고, 구체적 범죄구성요건의 적용에 있어서 국가의 존립･안전이나 자유민주적 기본질서를 위태롭게 하는 행위만을 처벌대상이 되도록 축소하였음에도 불구하고, 계속해서 동법의 폐지를 주장하는 의견이 학계와 정계에서 끊이지 않는다. 그럼에도 꿋꿋이 그 자리를 지킬 만큼 국가보안법의 존치를 주장하는 목소리 역시 만만치 않다.
테러방지법처럼 그 정당성 여부를 두고 갈등이 있는 법은 바로 국가보안법이다. 국가보안법을 아예 폐지해야 한다는 주장은 학계 및 정계에 지속적으로 제기되고 있으나, 동시에 동법 존치에 대한 목소리도 드높다.