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인증제를 논의하는 데에 하나의 패키지처럼 따라붙는 것이 컨설팅이다. 컨설팅이란 인증된 기관의 계약 이행에 대한 모니터링 과정에서 이루어지는 것보다는 비인증기관을 인증기관만큼 능력을 끌어올리기 위한 것으로 규정할 때에 인증 심사를 통해 피기관의 역량을 강화하거나 끌어올리기 위해 실시하는 과정이다. 문제는 이 둘의 관계가 때로는 보완이 아니라 상쇄 관계(trade-off)가 될 수 있다는 것이다. 인증의 지표 척도와 심사 방식을 강화하면 이 기준에 적합한 기관의 수는 적어질 수밖에 없다. 그리고 적합하지 않은 기관을 대상으로 컨설팅을 할 경우 자본의 여력이나 재투자할 능력이 없는 기관의 경우는 컨설팅을 받아들일 수 없어 인증을 포기하게 될 것이다. 반대로 인증지표의 척도가 약하고 심사 과정이 우수하면 컨설팅은 큰 의미가 없게 될 것이다.
때로는 인증제와 컨설팅이 상쇄 관계가 될 수 있다. 인증의 지표 척도와 심사 방식을 강화하면 적합한 기관의 수가 줄어들 것이고, 인증지표의 척도가 약하고 심사 과정이 우수하면 컨설팅은 별 의미가 없을 것이다.