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헌법불합치결정은 법적 안정성의 보호와 입법형성권에 대한 존중의 관점에서 위헌인 법률조항의 효력을 형식적으로 존속하게 하는 것이므로 그와 같은 정당화 사유가 인정되는 경우에 한해 제한적으로만 사용되어야 할 것이지만, 그 정당화 사유로서 법적 공백으로 인한 법적 혼란과 법적 공백을 메우기 위한 입법적 보충의 필요성은 바로 위헌결정의 효력으로서 즉시 또는 소급적인 효력상실로부터 초래되는 것이다. 법적 안정성의 보호와 입법형성권의 존중을 위한 입법적 보충을 위해서는 위헌결정의 효력을 시간적으로 제한하는 것이 불가피하고, 그것이 바로 헌법불합치 결정의 정당화 근거이며 또한 소송법적 효력이기도 하다. 따라서 위헌결정의 시간적 효력, 특히 형벌규정에 대한 위헌결정의 소급효를 제한하기 위하여 헌법불합치결정을 활용하는 것이 헌법불합치결정의 본질에 비추어 부당하다는 지적은 논리적으로 타당하기는 하지만, 이로 인한 법적 공백의 방지와 이를 메우기 위한 입법자의 입법적 보충이 필요불가결하다는 측면에서 본다면 양자는 동일한 상황을 헌법불합치결정의 개념과 효력으로 분리하여 따로 이해하고 있는 것에 불과하다고 볼 수 있다.
헌법불합치결정은 위헌인 법률을 잠시 존속시켜 관련된 법이 계정될 때까지 그 효력을 인정해 주는 결정이다. 이 결정은 법적 효력이 즉시 소멸할 때 오게 될 사회적 혼란을 막아준다.