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그러나 공무원 노사관계의 역사가 순탄하지는 않았다. 공무원노조법이 시행되기 이전 공무원노동조합을 표방하는 단체가 출범하게 되었다. 전국공무원노동조합(전공노)의 연가 투쟁(2002년)과 총파업투쟁(2004년) 등 불법 집단행위가 발생하여 상당수의 공무원들이 징계로 인해 공직을 떠나야 했으며, 그에 따른 해직자의 발생은 지금까지 공무원 노사관계의 불안정요인의 한 요소로 작용하고 있다. 전공노는 해직자들이 노동조합에 가입되어 있다는 등의 이유로 2009년 고용노동부로부터 ‘노조 아님’ 통보를 받아 합법노조의 지위를 상실하였다. 2009년 전공노, 전국민주공무원노동조합(민공노), 법원 공무원노동조합의 통합으로 탄생한 전공노 또한 4차례에 걸쳐 고용노동부에 설립신고서를 제출하였으나 같은 이유 등으로 설립신고가 반려되어 아직 합법적인 공무원노동조합의 지위를 갖지 못하고 있다.
공무원노조법 시행 전 공무원노동조합 표방단체가 출범했는데 전국공무원노동조합의 연가 투쟁 등의 불법집단행위로 인한 해직자의 발생은 공무원 노사관계의 불안정 요인으로 지금까지 작용하고 있다. 이후 전공노는 합법노조의 지위를 상실하였다.