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공무원 인식조사에서도 동 제도의 운영 성과에 대한 체감도가 여성에 비하여 남성이 높게 인식하고 있어 제도 운영이 어느 정도 실효성을 거두고 있는지 보다 체계적인 평가가 이루어질 필요가 있다. 성별에 따른 불평등 내지 불공정성에 대한 인식이 강하면 근무동기나 직무만족 저하 등 조직 전반에 부정적인 영향을 줄 수 있다. 특히, 상대 성에 대한 부정적 인식 내지 비호감은 제도 추진상의 장애요인으로 작용하여 운영 성과를 저해할 수 있다. 주요 선진국과 비교하여 우리나라는 과거부터 여성에 비하여 남성의 경제활동참가율이 매우 높았던데 기인하여 공사부문 모두 남성 중심적인 조직문화가 지배해 왔음을 부인할 수 없다. 이는 예를 들어 가정보다는 조직을 우선시하는 풍토를 형성시켰고 고위직으로 갈수록 그리고 남성일수록 가정 친화적 정책에 대한 우선순위가 높지 않게 나타날 수 있다. 이러한 요인들은 성별 또는 직급별로 성별영향분석평가 대상 과제 선정이나 정책개선 방향 설정에도 영향을 미칠 수 있다. 결국 상대 성에 대한 이해를 도모하고 존중하며 배려하는 문화의 확산이 요구 되며 성 불균형의 당사자인 여성의 주관적 체감을 개선하기 위한 방안이 검토되어야 한다.
제도운영의 실효성에 대한 체계적인 평가가 필요하다. 성별에 따른 불평등, 불공정성에 대한 인식은 조직전반에 부정적 영향을 미쳐 상대 성에 대한 부정적 인식, 비호감은 운영성과를 저해한다. 따라서 상대 성에 대한 이해와 존중 및 배려 문화의 확산과 여성의 주관적 체감 개선을 위한 방안검토가 필요하다.