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본 사업은 2005년 문화재청의 로또펀드 5억원의 예산으로 경상권역 조사로 시작되었는데 당시부터 전국단위 조사를 염두에 두고 시작한 것은 아니었다. 1차년도 조사 이후 본 조사사업의 후속진행으로 전국조사가 진행될 필요가 있다는 판단에 따라 2006년과 2008년에 추가 조사가 진행되었다. 1차년도(2005)에는 대구광역시, 울산광역시, 부산광역시, 경상남도, 경상북도를 포함한 경상권역을 시작으로 2차년도(2006)에는 대전광역시, 충청남도, 충청북도, 광주광역시, 전라남도, 전라북도를 포함한 충청·전라권역을 조사하였으며, 3차년도에는 그 외 지역으로 서울특별시, 경기도, 인천광역시, 강원도, 제주특별자치도를 조사하여 2008년에 완료하였다. 경상권역을 제일 먼저 시작한 것은 이 지역이 다른 지역들에 비해 전통건조물이 상당히 많이 남아있었기 때문이다.
본 사업은 1차년도(2005년)경상권역 조사 시작으로 2차년도에 대전, 충남, 충북, 광주, 전남, 전북을 포함한 충청·전라권역을 조사하였고 3차년도에는 서울, 경기, 인천, 강원, 제주도를 조사하여 2008년에 완료하였다.