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본 연구의 한계점은 재정패널을 사용하기 때문에 본 연구결과를 일반화하는데 한계를 가진다. 모집단의 정보를 정확히 알 수 없기 때문에 재정패널 자료가 모집단의 9억원 미만 1세대 1주택자를 어느 정도 대표하는지 정확하지 않다. 이런 관점에서 소득공제제도를 도입하기에 앞서 1세대 1주택자의 양도소득, 보유기간 등을 파악할 수 있는 자료 구축이 필요하다. 이는 1세대 1주택 양도소득세 비과세제도를 개선하는 데 중요한 정책자료로 활용될 수 있을 것으로 기대된다. 마지막으로 향후 연구에서는 재정패널 자료와 함께 다른 자료를 활용하여 강건성 검증을 하는 것이 필요하다. 만약 본 연구의 결과가 다른 자료를 사용한 분석에서도 상당히 일관성 있게 발견된다면 동 제도를 소득공제제도로 전환해야 한다는 주장의 설득력은 더욱 힘을 얻을 것이다.
재정패널을 사용한 본 연구의 일반화에는 한계가 있다. 1세대 1주택자의 양도소득과 보유기간을 파악할 수 있는 자료의 분석이 필요하며, 결과가 일관적으로 나타난다면 소득공제제도로의 전환에 대한 주장에 힘이 실릴 것이다.