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물론 본 연구는 일말의 한계점 또한 지니고 있다. 먼저는 KEEPⅠ 데이터가 제7차 교육과정 내에서 수집되었으므로(2005-2009년), 그 이후로 현재의 2015 개정 교육과정 적용 시기까지 교과목의 변화, 사회문화적 풍토의 변화 등이 변인들 간의 관계에 영향을 주어 실제 교육 현상이 본 연구에서 조사한 결과와는 달라졌을 수 있다. 또한 선택된 변수들 중에는 흥미롭지만 해석이 용이하지 않은 것들도 있었다. 예컨대, 중학교 3학년 때 부모와 학생 각각이 인생에서 중요한 것으로서 돈과 명성을 얻는 것을 꼽았을 때 이후 수능에서 과학 심화과목 선택 확률이 낮아짐을 알 수 있었는데(BYS22001, BYH07002) 이러한 일부 결과들에 관하여는 보다 심층적인 이론적 논의나 질적 연구가 이루어질 필요가 있다. 한편 학생들의 수능 과학탐구영역 심화과목 선택에 영향을 미치는 요인들이 다양한 범주 하에서 논의될 수 있었으므로, 향후에는 이를 적절히 이론화하는 개념적 틀을 만드는 일이 요구된다. 예컨대 상술한 범주들 간의 상호연관성을 생각해보자면 지역 관련 변수들은 학교 수준 변수들과 상관관계를 지닐 수 있다. 여가 및 취미생활 관련 변수들은 또래들과 관련된 변수들 및 가정환경 관련 변수들과 연관이 있을 개연성이 높다. 추후 연구에서는 이러한 변수들이 학습자 개인의 특성과 어떻게 상호작용하는지를 가설-연역적 방법으로 조사한다면 좋을 것이다.
본 연구는 KEEP I 데이터가 현재 2015 개정 교육과정에 적용하기에는 실제 교육 현상이 조사한 결과와 다를 수 있고, 선택된 변수들 중 해석이 용이하지 않은 것들이 있다는 점에서 한계가 있다. 그러나 변수들은 수능 과학탐구영역 심화과목 선택에  영향을 미치므로 이를 가설-연역적 방법으로 조사할 필요성이 있다.