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2000년대에는 남북관계가 비교적 순탄하게 이어졌고 남북한 사이의 교류협력도 활발하게 추진된 만큼 정부 차원에서 다양한 수준의 남북한 농업 분야 협의가 진행되었다. 이러한 협의에 대비하여 의제를 개발하거나 협상 내용을 중심으로 향후 전망과 협상의 구체적인 내용을 분석하는 연구도 다수 있었다(김영훈 외[2002a; 2005; 2012b]). 2005년 8월 개성에서 개최된 제1차 남북농업협력추진협의회 이후 2007년 제 2차 정상회담을 전후하여 실무회담 및 총리급 회담이 열려 구체적의 협의가 있었지만 구체적인 실행으로 이어지지는 못하였다.
순탄해진 남북관계로 여러 농업분야 협의가 진행, 관련 의제 개발·협상 분석 연구가 다수 있었으나, 2005년 남북농업협력추진협의회 협의내용은 실행되지 못했다.