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시기적으로 약간 늦었지만, 학교제도 안에서도 기존의 틀을 깨려는 움직임이 시작되었다. 그 기본적인 동기는 만화나 자동차와 같은 특정 분야에 관한 흥미와 소질은 출중하면서도 입시 위주 교육(교과 중심의 수업)에 적응하지 못하는, 그래서 중도에 학교를 그만두려는 학생들을 위해 특성화된 학교를 만들 필요가 있다는 것이었다. 5·31 교육개혁 방안에 포함된 이 과제는 1996년 교육부의 ‘중도탈락예방 종합대책’으로 구체화되었고, 1년 여 후인 1998년 3월 초에 6개의 대안교육 특성화고등학교 개교로 결실을 맺었다. 공교육 제도 안에서 대안교육이 가능하도록 한 이 특성화고등학교 제도는 외형상 일반 고교와 아무런 차이가 없었지만, 내용적으로는 보통교과의 비중을 절반 가까이 줄이는 대신 아이들의 흥미에 부합하는 다양한 ‘특성화 교과’를 학교장 권한으로 개설할 수 있게 했다는 점에서 큰 차이를 가지고 있었다.
5·31 교육개혁 방안은 입시 위주 교육(교과 중심의 수업)에 적응하지 못하는 학생들에게  '특성화 교과'를 실시함으로  특정분야에 흥미와 소질을 발전시켜  교육 할 수 있도록 학교장 권한으로 개설하게 했다.