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더욱이 산학협력 교육과정 개발과 운영의 총괄책임을 담당할 가능성이 높은 산학협력단의 경우 대학의 중앙행정조직과는 별도로 조직되어 독립채산 시스템으로 운영되는 경우가 많다. 이러한 상황에서 산학협력 교육과정의 개발, 운영의 담당 주체는 상당히 모호할 수밖에 없다. 산학협력 교육과정은 현장실습 및 실무교육이 중심이 되고 융복합 교과목과 같이 여러 학문분야의 협력을 필요로 하는 경우가 많다. 분과학문을 중심으로 짜인 대학의 조직구조와 학과이기주의 등으로 학교 현장에서 학과 간 협력을 이끌어 내기 매우 어려운 상황이라는 점은 앞서 면담자료를 통해서도 확인한 바이다.
학과 간 협력을 통한 실질적인 산학협력 교육을 위해서는 대학 행정조직 및 산학협력 조직 간 책임소재를 명확히 해야한다.