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즉, 미래창조과학부장관의 기술성 평가는 예비타당성조사 대상사업 후보군선정의 과정으로서, 적합성 여부에 대한 의견 제출에 그친다. 예비타당성 조사대상사업의 선정 여부는 기획재정부장관이 결정한다. 예비타당성 조사에는 경제성, 정책성 분석과 함께 기술성 분석이 포함되어 있으나, 이 과정에서 사전기술성 평가 결과의 반영 의무는 명시되어 있지 않다. 결국, 기획재정부의 예비타당성 조사 결과에 따라 사전기획 및 공동기획연구를 거쳐 기술성 평가에서 적합 의견을 받은 사업도 부적합 판정을 받아 중단될 수 있다. 공동 연구개발사업 활성화를 위해서는 국가연구개발사업의 예비타당성 조사 과정에 사전기술성 평가 결과의 반영을 의무화하는 등 과학기술적 전문지식을 보유한 미래창조과학부의 기능과 권한을 더욱 강화할 수 있는 제도 개선이 이루어져야 할 것으로 판단된다.
예비타당성조사에서 미래창조과학부장관의 기술성 평가는 의견 제출에 불과하며 선정 여부는 기획재정부장관이 결정한다. 공동 연구개발산업 활성화를 위해 전문지식을 보유한 미래창조과학부의 기능과 권한을 강화하는 제도 개선이 필요하다.