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두 번째는 직접적인 발달장애인 진단, 치료계획 수립 및 수행과는 별도로 발달장애인들이 내외과적․치과적인 증상으로 의료기관 이용 시 의료기관 선택, 이동 및 도우미, 편의시설, 의료비 부담 등 여러 가지 어려움이 있는 부분에 대해서도 효율적이고 체계적인 지원이 필요하겠다. 2011년 발달장애인 지원정책 기획단에서 시행한 설문조사 결과, 발달장애인의 의료기관 이용 시 문제점으로는 의료비 부담, 도우미 부재, 의료시설의 불균형 등이 제시되었다. 아울러 의료기관 접근성 문제와 발달장애에 대한 이해부족으로 인한 기피현상 등도 흔히 볼 수 있는 어려움이다. 이를 개선하기 위한 방안으로 첫째, 의료비 부담 경감을 위하여 본인 부담금 수준을 낮출 수 있는 의료보장 확대가 필요하며 둘째, 발달장애인 교통지원 확충을 위하여 제도적 지원이 필요하다. 셋째, 의료기관 이용 시 도우미 지원인 기존 활동 보조인 서비스를 확대 시행해야 할 것이며 병원 내에서도 발달장애인의 병원 이용 시 발생되는 여러 가지 어려움을 도와줄 수 있는 사례 관리자가 필요하겠다. 지역마다 상황이 다르므로 지역별 발달장애인 거점병원에서 포괄적으로 계획을 수립하며 직접 또는 지역의 병의원들과 연계하여 발달장애인들에게 도움을 줄 수 있겠다.
발달장애인이 의료기관을 이용할 때의 문제점을 개선하기 위해 의료보장의 확대 및 교통지원과 도우미 서비스를 확대하는 등 체계적이고 효율적인 지원이 필요하고,  지역별 상황에 맞는 포괄적 계획을 세워 병의원과 연계해서 발달장애인에게 도움이 될 수 있도록 해야 한다.