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2006년 선거에서는 경선제도가 보완되었지만 제도 자체의 문제와 운영상의 문제가 드러났다. 먼저 제도의 측면에서 보면 경선 제도는 법적 강제사항이 아니라 정당의 자율적인 사항이어서 회피 현상을 막을 수 없었고 전략공천과 단수공천을 혼용함으로써 경선을 병행하기 어려운 구조가 되었다는 점이 지적되었다. 운영의 측면에서 보면 ‘선 중앙당 심사 후 국민 참여경선’ 방식, 즉 중앙당 공천심사위원회에서 먼저 후보들을 심사하여걸러낸 소수의 후보자를 지역구에 보내어 경선하게 하는 방식은 정당의 하부구조가 약하고 지역위원장의 영향력이 큰 우리나라 상황에서는 기득권자들의 선출을 보장할 가능성이 크다. 둘째, 낮은 정치 관심, 정치 불신 등으로 특히 지방선거는 낮은 투표율을 보이고 있는 가운데 지방선거 후보 경선은 더욱 관심을 받기 어려워 정당성을 얻기 어렵다. 셋째, 과열․혼탁․불법 경선을 막기 위한 안전장치가 없어서 불법선거가 될 우려가 크며 경선 결과에 불복하는 것을 막기 어렵다. 마지막으로 공천 할당제와 인센티브 제도가 오히려 낙천 효과를 가져와 많은 여성 후보들이 경선에서 탈락하였다(김형준‧박명호 2006,320~326). 거대 양당의 광역의회 공천 결과를 보면 이런 문제점을 분명히 알 수 있다.
경선제도 제도적 측면에서는 회피현상과 공천 혼용으로 인한 경선을 병행하기 어려운 구조라는 문제가 있다. 운영적 측면에서는 기득권자 선출을 보장할 가능성이 큰 점, 지방선거 후보 경선은 관심이 저조해 정당성을 얻기 어려운 점, 불법선거가 될 우려, 공천 할당제와 인센티브 제도로 많은 여성후보들이 탈락한다는 문제점이 있다.