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TPP 협정에서 유전자원 및 전통지식 보호문제는 상표나 저작권을 다룬 절(節,Section)이 아니라 특허와 인접분야를 다룬절 안에 현재 포함되어 있는 상황이다. 하지만 유전자원 및 전통지식 보호가 유독 특허에만 속한다거나 심지어 지재권 보호가능성도 논란 중임은 앞에서 설명하였으므로 여기서 따로 살펴본다. 유전자원 및 전통지식 보호를 다룬 조문에 관해서는 다른 지적재산권 조항들과 반대로 미국 등이 아니라 개도국들이 주도적으로 제안하고 있음은 TPP 협정에서도 마찬가지이다. 개도국들의 제안은 크게 나누어 유전자원이나 전통지식을 (주로 선진국의 기업들이) 활용하는데 사전에 알리고 동의를 얻을 것, 그런 활용행위로부터 생기는 이익을 해당 자원이나 지식을 간직해 온 주체와 공정하게 분배할 것, 전통지식과 유전자원에 대한 적절한 보호를 위해 고려가능한 방법 중에 지적재산권으로 보호하는 방법이 있음을 명확히 선언할 것,각국 특허청이 특허출원의 심사에서 신규성을 구비하였는지 공지 공용기술을 조사함에 있어 유전자원 및 전통지식에 관해충실하게 조사할 것 등으로 나뉜다. 하지만 미국과 일본은 전통지식과 유전자원관련 문제를 지적재산권 보호에 관한 장(Chapter QQ)에 포함시키는 것 자체를 반대하고 있고, 미국과 캐나다는 개도국들의 관련 제안들이 환경문제를 다룬 장(章)에 포함되어야 적절하다는 입장을 피력 중이다.
TPP협정에서 유전자원과 전통지식 보호문제에 대하여 별도의 절에 두고 있지않고, 특허등과 같은 인접분야에서 다루고 있는 상황이다. 개도국들의 입장은 지적재산권 보호에 관한 장을 두어 자원과 지식을 활용함에 있어 동의와 이익의 분배, 보호방법을 명확히 할것을 요구하지만 미국과 일본은 반대하고 있다. 또한 미국과 캐나다는 환경문제를 다룬 장을 통해야 한다는 입장이다.