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피고가 침해소송 중 자유실시기술의 항변을 제기하면 그에 대하여 법원은 어떻게 대응하여야 하는가? 지금까지 대법원은 그러한 항변을 인정하여 왔다. 자유실시기술의 항변에서는 피고가 본인의 제품을 선행기술과 비교하여 진보성이 결여되었다는 점을 주장, 증명하면 되는데 반해, 특허발명에 대하여는 특허발명을 선행기술과 비교하여 진보성이 결여되었다는 것이 명백하였음을 주장, 증명하여야 하므로 ‘명백성’ 요건이라는 점에서 양자가 서로 다르고 그런 점에서 피고가 특허발명의 진보성 결여의 주장보다 피고 제품의 자유실시기술임에 대한 주장을 선호할 수 있다. 본디 자유실시기술의 항변 법리는 대상 특허발명의 무효사유에 대하여 판단할 수 없는 한계를 극복하기 위하여 개발된 것이라는 점, 동 법리가 진보성 법리를 포섭할 수 있는지에 대한 이론적 근거가 약하다는 점 및 판단할 내용이 많아져서 소송경제가 저하된다는 점을 감안하면 향후 침해소송에서 자유실시기술의 항변이 인정되지 않아야 한다. 원래 침해소송에서 자유실시기술의 항변 법리는 동 절차에서 특허의 무효사유에 대하여 판단할 수 없으므로 우회적으로 신규성, 진보성을 판단할 수 있게 하기 위하여 발전된 것인데, 현행 법리에 의하면 침해소송 법원이 신규성은 물론 진보성도 판단할 수 있으므로 이제 자유실시기술의 항변을 인정할 필요가 없는 것이다.
피고가 침해소송 중 자유실시기술의 항변을 제기하면 대법원은 그 항변을 인정해왔다. 하지만 특허발명의 무효사휴에 대한 판단이 불가하여, 신규성, 진보상의 판단을 우회적으로나마 가능하게 했던 자유실시기술의 항변 법리가 현행 법리에서는 약화되었다는 점과, 소송의 경제성을 감안하면 향후 침해소송에서 자유실시기술의 항변은 인정되지 않아야 한다. 