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첫째, 혁신시스템에서는 주로 대학과 연구기관, 혁신의 투입요소, 기술개발 투자를 중시하는 반면, 혁신생태계는 시장과 기업 중심의 혁신을 중시한다. 혁신의 핵심주체인 기업들에 대해서는 독립적 수평적 관계보다는 생물생태계의 먹이사슬에 해당하는 가치사슬(value chain)로 서로 연계되어 있는 위계적 구조를 중시한다. 정책적 측면에서 중요한 주체는 지배자(포식자) 보다는 수목환경과 초식동물과 같은 하단의 인프라적 환경과 다수의 혁신주체, 즉, 중소기업, 벤처기업, 예비창업자, 기술지원기관 종사자, 연구개발서비스업 종사자 등이다. 지배자와 중추기업, 글로벌 플레이어 등은 생태계의 진화과정에서 자연스럽게 형성되는 것으로 본다는 점이다.
혁신생태계는 시장과 기업 중심의 혁신을 중시하는데 가치사슬로 서로 관계되어 있는 위계적 구조를 중시하며 정책적 측면에서 보면 하단의 인프라적 환경과 중소기업, 벤처기업 등이 중요한 주체이다.