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헌법재판소는 “공소시효제도는 시간의 경과에 의한 범죄의 사회적 영향이 약화되어 가벌성이 소멸되었다는 주된 실체적 이유에서 일정한 기간의 경과로 국가가 형벌권을 포기함으로써 결과적으로 국가형벌권의 소멸과 공소권의 소멸로 범죄인으로 하여금 소추와 처벌을 면하게 함으로써 형사피의자의 법적 지위의 안정을 법률로서 보장하는 형사소송 조건에 관한 제도이다. 비록 절차법인 형사소송법에 규정되어 있으나 그 실질은 국가형벌권의 소멸이라는 점에서 형의 시효와 마찬가지로 실체법적 성격을 갖고 있는 것이다.”고 판시함으로써, 공소시효를 형의 시효와 마찬가지로 실체법적 성격을 갖는 것으로 파악하고 있다. 이 결정은 실체법설의 입장으로 해석되지만, “공소시효는 범죄행위가 종료된 후 일정한 기간이 경과함에 따라 공소권이 소멸하는 제도이다. 이러한 공소시효의 제도는 시간의 경과로 인하여 범죄의 사회적 관심이 미약해져 가벌성이 감소하고 범인이 장기간 도피생활을 하면서 정신적 고통을 받은 점과 증거가 산일되어 공정한 재판을 하기 어렵다는 점 등을 근거로 하여 범인이 범죄 후 일정한 기간 기소되지 아니함으로써 형성된 사실상의 상태를 존중하여 법적 안정을 도모하고 형벌권의 적정을 기하려는데 그 존재이유가 있다.”고한 결정은 공소시효 제도의 존재이유를, “① 시간의 경과로 인하여 범죄의 사회적 관심이 미약해져 가벌성이 감소한 점, ② 범인이 장기간 도피생활을 하면서 정신적 고통을 받은 점, ③ 증거가 산일되어 공정한 재판을 하기 어렵다는 점, ④ 사실상의 상태를 존중하여 법적 안정을 도모하고 형벌권의 적정을 기하려는 점”이라고 함으로써 결합설의 입장으로 해석될 수도 있다.
헌법재판소는 공소시효 제도의 존재이유를 실체법설의 입장으로 해석되지만 ① 시간의 경과로 인하여 범죄의 가벌성이 감소한 점, ② 범인이 장기간 도피생활로 정신적 고통을 받은 점, ③ 증거가 산일되어 공정한 재판이 어려운 점, ④ 사실상의 상태를 존중하여 법적 안정을 도모하고 형벌권의 적정을 기하려는 점”이라고 함으로써 결합설의 입장으로 해석될 수도 있다.