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일본 정부는 2013년 발표된 에너지기본계획 법안에 ‘수소사회 실현’을 명문화하며 국가차원의 적극적 정책 의지를 표명하였다. 2016년 말까지는 4대 도시권을 중심으로 100개소 정도의 수소충전소를 확보하고 2020년까지 160곳, 2025년까지 320곳으로 확충하며 2020년대 후반에는 수소충전소 사업의 자립화를 목표로 제시하였다. 일본 정부는 2016년 수소충전소 보조금 지원을 위해 약 3,600억원의 예산을 편성했으며 1개소 당 약 25억원을 지원할 계획이다. 일본의 경우, 정부기관인 경제산업성(METI)과 신에너지개발기구(NEDO)가 각각 규제완화와 기술검증·지원을 담당하고 2009년에 설립된 민간단체인 수소공급이용기술연구조합(HySUT)이 실증사업 및 일반 모델로의 확산을 추진하는 구조로 되어있다. 일본은 지금까지 완성차업체와 에너지기업 등이 개별적으로 수소충전소를 설치·운영해 왔으나, 올해 안에 공동출자회사(SPC)를 설립하여 사업을 추진하는 방안을 계획 중이다. 공동출자회사가 수소충전소를 설치하면 JX, 이와타니, 도쿄가스 등의 에너지기업이 운영을 담당하고 정부는 출자는 하지 않지만 보조금을 지원할 예정이다.
일본은 2013년부터 수소사회를 실현하기 위해 국가적 정책을 펼치고 있다. 2020년 말까지 수소충전소 사업의 자립화를 목표로 보조금을 위한 예산 편성과 정부기관과 민간단체의 협업으로 추진되고 있다.