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본 보고서가 제시하는 정책적 시사점은 다음과 같다. 첫째, 일본정부의 FTA 전략은 자국기업의 글로벌 가치사슬 확장과 국내 농산물시장 보호를 핵심으로 하며, 우리 정부도 FTA 전략 수립에 이를 참고할 수 있다. 둘째, 우리의 TPP 참여는 실질적인 한·일 FTA의 체결이라는 관점에서 접근할 필요가 있다. 셋째, 일·EU FTA 협상과 관련하여 이미 EU와 FTA를 체결한 우리나라로서는 일·EU FTA에서 미래최혜국대우(MFN)와 관련한 혜택이 무엇인지 파악하고, 한·EU FTA보다 추가적인 자유화가 이루어진 부분이 있다면 우리도 그러한 개방혜택을 향유할 수 있도록 대응해야 한다. 한편, EU는 일본에 대한 비관세장벽 철폐 중심의 FTA 협상 경험을 바탕으로 우리나라에 대한 압력을 한층 강화할 가능성이 있다. 특히 EU의 일본에 대한 요구는 우리보다 훨씬 다양한 분야에 걸쳐 있다는 점을 감안하여 일본의 비관세장벽에 대한 철저한 조사가 선행되어야 할 것이다. 이는 향후 TPP 참여 시, 또는 일본과의 여타 협상에서 우리가 전략을 수립하는 데 중요한 기초자료가 될 것이다.
실질적인 한·일 FTA의 체결이 될 우리의 TPP 참여에 앞서  자국기업의 글로벌 가치사슬 확장과 국내 농산물시장 보호를 핵심으로 하는 일본정부의 FTA전략을 참고하고 일·EU FTA의 미래최혜국대우와 관련한 혜택, 일본의 비관세장벽 등을 철저히 조사하여 전략을 수립해야 한다.