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이러한 이유로 학교효과 연구에서 학교효과는 인과적 개념으로 이해하는 것이 중요하다. 일부 학자는 ‘effectiveness’ 연구와 ‘effects’ 연구를 분명하게 구분하는데(Purkey & Smith, 1983: 6-11). 전자는 인과관계에 초점이 있는 것이고 후자는 학교교육의 결과에 초점이 있는 것이다. 학교효과 연구는 학생 모집단 특성을 고정하였을 때, 어떤 특성을 가진 학교가 다른 학교에 비해 상대적으로 더욱 높은 성과를 나타내는지와 같은 전반적인 성과 차이에 대한 질문과 더불어 그것의 인과관계에 대한 질문이 추가적으로 제기된다. 이러한 이유로 인과관계의 파악이 요구되는데 이를 위해서는 학교효과 연구를 종단적으 로 설계할 필요가 있다.
학교효과 연구는 인과관계 중심의 'effectiveness' 연구와 교육 결과 중심의 'effects' 연구로 구분되며, 성과차이에 대한 인과관계 파악을 위해 종단적으로 설계해야 한다.