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국고보조사업에 대한 기준보조율은 모든 지자체에 일률적으로 적용되므로, 지자체의 재정형편 및 사업수요 등에 따라 지방재정 간 불균형을 야기할 수 있다. 이에 정부는 ｢보조금관리에 관한 법률｣ 제10조에 근거하여 지자체별 재정상황 등을 고려하여 기준보조율에서 일정 비율을 가감하는 차등보조율 제도를 운영하고 있다. 차등보조율은 기준보조율에 일정 비율을 더하여 적용하는 인상보조율과 일정 비율을 감하여 적용하는 인하보조율로 구분되며, 인상보조율은 재정사정이 특히 어려운 지자체에 대해서 적용된다(｢보조금관리에 관한 법률 시행령｣ 제5조19)).
국고보조사업의 지자체 별 차이 발생을 해소하기 위해 정부는 ｢보조금관리에 관한 법률｣ 제10조에 따라 차등보조율 제도를 도입했다. 