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다음으로 상급단체에 가입해 있지 않은 미가맹, 독립노조의 증가도 양대 노총의 노동자 대표성 논란을 가중시키고 있다. 노동조합 현황조사에 따르면, 2000년 이후 한국노총과 민주노총의 조합원 수는 거의 큰 변화가 없었으나 미가맹노동조합의 경우 2000년에 4만 명에서 2015년 현재 44만 5,000명으로 무려 10배 이상이 증가한 것으로 나타났다(고용노동부, 2015). 미가맹노조의 증가는 한국노총과 민주노총 등 양대 노총의 지도력의 위기를 간접적으로 보여주는 것으로, 경제적인 측면에서 한국노총이 강조해 온 실리주의의 위기이며 이념적인 측면에서 민주노총이 강조한 민주노조의 위기로 볼 수 있다.
상급단체에 가입하지 않은 미가맹 조합의 증대가 양대 노총의 대표성에 논란을 일으켰다. 이는 한국노총과 민주노총의 지도력이 위기에 처했음을 보여준다.