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이에 2011년 10월 교육부는 기초학력 미달의 주요 요인임에도 불구하고 그 동안 전문적 지원이 미흡하여 사각지대에 있었던 ADHD, 우울, 난독증 등 ‘정신건강’에 어려움을 겪는 기초학력미달 학생을 지원하는 시스템을 갖추어 나가기 위해 16개 시․도 교육청 대상으로 ‘기초학력 정신건강’ 우수교육청을 공모하여, 응모한 13개 교육청의 계획서 심사 및 담당자 면담을 통해 ‘서울, 대구, 대전, 전남, 경북’의 5개 교육청을 선정하였다. 이러한 5개의 교육청에서는 선도적으로 ‘학습종합클리닉센터’를 설치하여 전문 인력을 구축하고 정서심리 및 학습부진에 어려움을 겪는 학생(학교)에 대한 찾아가는 서비스를 시작하였다.
2011년 10월 교육부는 정신건강 문제로 인한 기초학력미달 학생을 지원하기 위해 5개의 교육청을 선정하고, 선정된 교육청에 '학습종합클리닉센터'를 설치하였다.