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그러나 현재 자동산정기에서 제시하고 있는 측정방법은 앞서 제시한 피규제자수를 기준으로 한 산식만을 제공함에 따라 실질적으로 행정부담 측정 시 담당공무원의 혼란을 가중시키고 있다. 실제로 시범기간동안 몇몇 부처의 공무원들은 한국행정연구원의 비용분석실로 전화를 걸어서 이러한 경우 비용계산을 어떻게 해야 하는지를 물어오기도 하였다. 규제비용관리제가 본격적으로 운영되어 적용대상인 27개 부처가 모두 자동산정기를 활용하게 되면, 이러한 문제는 더욱 빈번하게 발생할 가능성이 있어 공무원의 비용측정 편의를 지원하도록 자동산정기의 개선이 필요할 것으로 판단된다.
현재 자동산정기에서 제시하고 있는 측정 방법은 행정부담 측정 시 담당 공무원의 혼란을 가중시키고 있어 개선이 필요한 상황이다.