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제3기 (1990-2005)는 "정착과 공생"의 시대이며, 정치적 권리에 대처하기 시작한다. 1990년에 시행된 개정 출입국 관리 및 난민 인정법(이하, 입관법)은 일본계와 그 가족에 대해서, 그리고 1991년의 입관 특례법은 구 식민지 출신자와 그 자손에 영주권과 유사한 자격을 인정했다. 또한 1998년에 공표된 영주 허가의 기준을 기존의 20년이 아니라 일반적으로 10년의 거주가 기준이 되고 일본계 2세인 경우 1년으로 족하게 되었다. 2000년 법무성의 제2차 출입국 관리 기본 계획에서는 “공생해 나가는 사회 만들기에 노력할 필요”를 명기한다. 1995년에 대법원은 “영주자 등”의 지방 선거권을 법률에 의하여 인정하는 것은 헌법이 금지하고 있지 않고, 입법 정책의 문제라고 판시했다 (日本裁判所, 1995. 民集, pp.639). 1996년부터는 외국인 회의, 지방 공무원의 문호 개방을, 2002년부터는 조례에 근거하는 주민 투표에 외국인의 참여가 각지에서 가능하게 되었다.
제3기는 정치적 권리에 대처하기 시작한 정착과 공생의 시대이다. 다수의 법은 영주 허가의 기준을 확대하였으며 외국인과의 공생해 나가는 사회 만들기에 노력을 기했다.