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‘2008년 항공ETS지침’ 채택 이후 유럽의회와 이사회는 2009년 6월 5일, 2013년1월 1일 이후의 ETS시행을 위하여 기존EU ETS지침을 상당부분 개정하는 내용의 수정지침 (Directive 2009/29/EC)을 채택하였다. 2009년 수정지침은 EU ETS의 III단계 (Phase III) 운영34)을 위한 개정으로, EU의 온실가스 감축목표를 달성하기 위해 탄소배출권거래제도의 기능을 강화, 확대, 향상시키는 것을 내용을 한다. 수정지침의 주요 내용 중 항공부문에 대한 ETS 편입지침 관련 내용을 유지하고, 해운부문과 관련하여서도 국제해사기구 (IMO)에서 2011년 말까지 구체적인 감축목표 제시가 없을 경우2013년부터 시행하도록 유럽위원회에서제안하게 하는 내용이 포함되었다.
2009년 수정지침은 EU의 온실가스 감축목표 달성을 위한 탄소배출권거래제도의 기능 강화, 확대, 향상이 그 내용으로, 항공부문, 해운부문에 대한 내용이 포함되었다. 