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자유학기제로 인하여 새롭게 도입된 개념이 ‘자율과정’이다. 자율과 정은 기본적으로 교과 수업에서 충분히 다루지 못한 다양한 프로그램 을 제공함으로써 학생의 학습 내용 폭과 범위를 확대하는 것에 그 의 미가 있다(교육부, 2013a). 교육부 정책시범학교 운영 계획에서는 자 유학기제의 자율과정 구성을 단위학교별로 초점을 두는 활동이 무엇 인가에 따라서 진로탐색 활동, 동아리 활동, 학생선택 프로그램, 예 술․체육 활동 등으로 초점을 두어 운영할 수 있도록 하고 있다. 다 만, 제시된 여러 모형들에서 강조하는 활동들을 면밀히 들여다보면, 대체로 학생의 적성이나 소질, 흥미 등을 발견하고 키우는 것이 다수 이다.
자유학기제의 자율과정은 교과에서 다루지 못한 다양한 프로그램을 통해 학생의 학습 내용 폭과 범위를 확대하기 위한 것으로 적성 등의 발견 및 향상을 도모한다.