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그러나 당시 수출입 승인기관이 대부분 서울에 소재해 있고 수출입 승인업무 자동화 시스템을 갖춘 승인기관은 1997년 9월까지 50개 기관 중 6개에 불과함에 따라 지방에 위치한 무역업체들이 일일이 서울까지 출장을 오거나 우편을 이용하여 처리하는 불편과 시간 지연은 여전히 해소하지 못하였다. 이에 통상산업부는 1997년 11월‘대외무역 관리규정’을 개정하였고, 그에 따라 관세청 등 관련 기관에서 전산프로그램의 개발·설치 및 시험운영이 이루어지면서 1998년부터는 무역업체가 독자적으로 무역 자동화 망(후일 국가 관세종합정보망)에 가입하여 자신의 PC를 통하거나 한국무역협회 등 대행처리 사업자를 통해 지방에서 수출입 승인업무를 신청하고 승인결과를 받아 볼 수 있게 되었다.
수출입 승인기관이 대부분 서울에 있어 지방의 무역업체들의 불편에 따라 1998년부터는 PC나 한국무역협회 등 대행처리를 통해 수출입 승인업무를 신청하고 승인결과를 받아 볼 수 있게 되었다.