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그런데 이와 같이 각 층에 단순비례배분으로 표본을 할당할 경우 특정한 층에 너무 작은 표본 크기가 배당되는 등의 문제점이 발생한다. 예를 들어, 전라 지역의 자율고 고등학교에 44명(학년당 약 15명)의 표본이 배당되는데, 이 경우 한 학교를 방문하여 이렇게 소수의 표본만 조사한다는 것은 매우 비효율적이다. 또한 본 연구에서는 선정된 한 학급 전체를 조사할 계획이므로 실제로는 학년당 약 30명의 학생이 조사되게 된다. 이렇게 되면 전체적으로 표본크기가 목표한 것보다 커지게 된다. 아니면 전라 지역의 자율고에 대해서는 한 학급에서 15명만 조사해야 하는 어려움이 생기게 된다. 즉, 목표보다 표본크기가 커지는 것을 허용하든가 아니면, 다른 층에서 일부 표본크기를 줄여서 변형비례배분 형태의 표본설계를 수행해야 한다. 그러나 <표Ⅱ-9>에서 볼 수 있듯이 변형비례배분을 수행하여도 단순비례배분에 비하여 각 층의 표본크기가 크게 달라지지는 않는다.
표본 할당에 단순 비례 방식을 이용하면 너무 작은 크기로 나뉘는 비효율적인 문제가 있다. 하지만  변형 비례 배분 방식은 표본크기를 목표보다 크게 설정하거나 혹은 표본크기를 줄여도 각 표본 크기에는 큰 변화가 없다.