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조세에 있어서 가장 중요한 원칙 중에 하나가 조세평등주의이다. 이는 전자상거래에 대한 조세에 있어서도 마찬가지의 문제인데, 전통적인 거래와 전자상거래간 또는 전자상거래 상호간에 중립적인 과세가 이루어져야 할 것이다. 즉 동일한 상품을 거래하는데, 거래의 양식이 서로 다르다고 하여 조세부담에 있어서 차이가 발생하게 되면 조세평등주의에 위배되기 때문에 그 정당성을 인정할 수 없다고 할 것이다. 이러한 관점에서 살펴보면 징세의 편의를 위하여 전자상거래에 대하여 공급지국 과세원칙을 채택하는 것은 그 타당성을 인정할 수 없다고 할 것이다. 왜냐하면, 공급지국 과세원칙을 채택하게 되면, 기업들이 서버를 부가가치세를 과세하지 않거나 최소한, 그 세율이 매우 낮은 저세율 국가로 옮길 것이기 때문이다.
조세평등주의에 의해 전통적 거래와 전자상거래는 조세부담에 있어 동일해야 한다. 이를 바탕으로 전자상거래에 대해 공급지국 과세원칙은 기업들의 저세율 국가로의 서버 이전 때문에 불합리함이 발생할 것이다.