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그런데 주택재건축사업의 경우 기존 주택에 거주하던 조합원들이 다른 곳으로 이주하여야 할 필요가 생기는데, 이때 조합원입주권을 양도하고 새 주택으로 이주하거나, 조합원 입주권을 보유한 채 다른 주택을 구입하기도 하고, 재건축사업이 완료된 경우에도 임대차기간 등의 문제로 다른 주택에 계속적으로 거주하는 등의 다양한 경우가 발생한다. 이에 따라 조합원입주권과 관련하여서는 1세대 1주택 비과세에 관한 규정의 적용 여부가 문제되는데, 종래에는 소득세법상 명확한 규정이 없어 논란의 여지가 있었으나, 2005. 12. 31. 이후 소득세법 제89조 제2항과 같은 법 시행령 제156조의2에 상세한 규정을 두고 있다. 다만 위 규정들에 따라 조합원입주권을 소유한 경우에 1세대 1주택 비과세의 혜택을 받기 위하여는 ‘조합원입주권 소유자 1세대 1주택 특례적용신고서’를 양도소득세 과세표준 신고기한 내에 첨부서류와 함께 제출하여야 하고, 관련 규정이 부동산 정책에 따라 비교적 자주 변경되고 있는 편이므로, 양도시점의 규정 및 부칙 규정을 확인해둘 필요가 있다.
주택재건축사업 시 발생하는 조합원 이주 문제는 입주권 양도 후 새주택 이주·입주권 보유 새주택 구입·재건축 완료 후에도 임대주택에 계속 거주 등 여러 형태로 발생하는 바, 1세대 1주택 비과세에 대해 시행령은 특례적용신고서 제출을 요하나 관련규정이 자주 변하므로 확인이 필요하다.