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2000년대 초 참여정부가 들어서면서 법무부와 여성부는 「가족법」의 제정 및 호주제도 폐지를 중요 개혁과제로 내세우고, 2003년 5월 16일 여성부에 ‘호주제도 폐지 특별기획단’을 발족시켰다. 같은 달 27일에는 호주제도의 전면 폐지를 내용으로 하는 「민법」개정안이 의원입법안으로 국회에 제출되었으며 6월 4일에는 법무부에 법무자문위원회 가족법 개정 특별 분과위원회가 구성되어 호주제 폐지를 추진하였다. 그러자 유림(儒林) 등 전통을 중시하는 일각에서는 격렬한 저항을 보이는 등 사회적 합의 과정이 쉽지 않았다. 중앙일보 인터넷신문이 2004년 12월에 실시한 여론조사에서는 호주제 폐지를 반대하는 국민이 찬성하는 국민의 2배에 달했다. 이러한 논란의 중심에는 자녀가 어머니의 성을 따를 수 있도록 하는 항목이 있었다. 그러나 양성평등에 대한 법적 해석은 대중의 여론과 달랐다.
법무부와 여성부는 호주제를 폐지 시키는 것은 주요 과제로 상정하고, 기획단을 발족 시켰는데 유림들의 격렬한 반대와 함께 사회의 반대에 맞서게 됐다. 큰 반대 원인은 자녀가 어머니의 성을 따를 수 있게 하는 항목이 포함됐기 때문이다.