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대법원 역시 비용 지출의 영수증은 총수입금액에서 공제할 필요경비의 계산에 필요한 서류로서 그것이 폐기되고 없으면 필요경비의 공제를 받을 수 없어 오히려 자신에게 불리할 뿐이므로 이를 폐기한 것을 가지고 부정행위라 할 수 없다고 설시하고 있으며(대법원 2000. 4. 21. 선고 99도5355 판결), 이는 영수증의 폐기가 과세관청의 실지조사권이 무력화 되었다고 보기 어렵기 때문에 “국가의 조세 부과 ･ 징수권”을 침해하지 않는 바, 오로지 “손금”의 인정근거가 되는 장부를 비치하지 아니하거나 신뢰하기 어렵다고 하더라도 이와 같은 점을 두고 부정행위의 근거라고 볼 수는 없는 것이다. 그런데 부동산 매매업에 있어서는 앞서 살펴본 바와 같이 등기부등본상 거래가액이 명백하게 드러나는 거래로서, 장부가 작성되지 않았다고 가정하더라도 소득을 적극적으로 은닉할 수가 없는 거래에 해당한다. 이와 같은 점을 볼 때 본 사안에서 장부의 미작성은 오로지 비용 처리의 근거를 상실하는 것에 불과하므로 이를 두고 포탈의 근거라고 판단하기는 매우 어렵다고 볼 것이다
대법원은 비용 지출의 영수증을 폐기한 것을 부정행위로 보지 않으며, 부동산 매매업은 등기부등본상 거래가액이 명백히 드러나는 거래로서 장부가 작성되지 않아도 소득을 적극적으로 은닉할 수 없는 거래로 본다. 따라서 사안에서 장부의 미작성만으로 포탈의 근거로 판단하기는 어렵다.