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일본에서도 노동기준법에서 정한 계산방법에 의해 연장근로의 가산임금을 계산하지 않고, 연장근로의 가산임금을 기본급에 포함하여 지급하거나 정액수당 및 관리직수당으로 지급하는 다수의 사례가 발견되고, 이는 개별노동분쟁을 다발시키는 원인이 되고 있으며, 이와 관련하여 이러한 임금지급방법의 적정성이 다투어지고 있다. 연장근로․야간근로․휴일근로에 대해 정액수당을 지급하는 것의 유효성과 관련하여, 일본 최고재판소는 할증임금을 노동기준법 제37조에서 정한 계산방법에 의하지 않고 일정수당으로 대체․지급하는 것도 노동기준법 제37조의 계산에 의한 할증임금을 하회하지 않는 한 적법하다고 보지만, 이 경우에도 통상의 임금과 할증임금부분이 혼연일체되어 이를 구별할 수 없는 경우에는 위법한 것으로 본다. 즉 일본 판례는 사용자가 지급한 부분 중 어떠한 부분이 할증임금에 상당하는지 명확하여야 하고, 시간외수당의 고정급으로 지급하는 정액수당이 노동기준법 제37조에 기초하여 계산된 시간외할증수액을 하회하는 경우에는 사용자가 그 차액에 대한 지불의무를 부담한다고 본다. 반면, 시간외근로의 유무 또는 범위와 관계없이 일정액의 총임금을 지급하는 제도, 즉 기본급과 할증임금이 구별되지 않는 정액급제에 대하여, 일본 최고재판소는 통상의 근로시간의 임금에 해당하는 부분과 할증임금에 해당하는 부분으로 구별되지 않는 임금제도는 노동기준법 제37조에 위반한다고 본다.
일본에서도 노동기준법에서 정한 계산방법에 의해 연장근로의 가산임금을 계산하지 않고, 연장근로의 가산임금을 기본급에 포함하여 지급하거나 정액수당 및 관리직수당으로 지급하는 다수의 사례가 개별노동분쟁을 다발시키는 원인이 되고 있으며, 이와 관련하여 이같은 임금지급방법의 적정성에 대해 논해지고 있다.