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식의약품 종합정보서비스사업의 가시적 성과는 무엇보다도 민원종합시스템 구축으로 인터넷을 통한 민원상담은 물론, 민원신청·처리결과 확인, 신고 수수료 전자납부 등이 원스톱 처리가 가능해졌다는 점이다. 행정자치부가 관할하는 전자정부 시스템과 정보가 연계되면서 건축물 관리대장 등 첨부해야 할 민원서류가 대폭 간소화되었고, 이밖에도 민원처리 과정을 인터넷이나 휴대폰 문자서비스를 통해 공개함으로써 민원서비스의 질을 대폭 향상시켰다. 식약청 공무원들은 행정 포털 구축으로 결제를 위한 이중입력이나 별첨 자료를 따로 작성해야 하는 수기작업이 대폭 생략되고 부처 간 정보공유로 업무 효율성이 개선되었다.
식의약품 민원종합시스템은 민원 절차의 원스톱 처리를 가능하게 했다. 행정자치부 전자정부 시스템 연계로 서류 간소화 등의 서비스 질 향상과 공무원들의 업무 효율성도 개선됐다.