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배출권거래 비용은 이행연도 단위로 차년도 말에 사후 정산한다. 예를 들면 다음과 같다. 배출권거래제 법에 따르면 2015년 동안 발생한 배출량에 대해서는 2016년 3월까지 주무관청에 보고하고, 2016년 6월까지 최종 확정된 배출량에 해당하는 배출권을 제출하도록 되어 있다. 따라서 2015년 배출로 인하여 발전사업자에게 발생한 배출권거래 비용은 2016년 6월 이후에 알 수 있다. ‘전력시장운영규칙’은 이를 보전해주기 위한 금액을 산정을 위하여 2016년 9월까지 2015년 ‘배출권거래 비용 기준가격’을 결정하도록 되어 있다. 이 ‘기준가격’을 근거로 발전사업자에게 정산할 것으로 보인다.
배출권거래 비용은 이행연도 단위로 차년도 말에 '전력시장운영규칙'에서 결정한 기준 가격을 근거로 발전 사업자에게 사후 정산한다.