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한편, 청소년참여법정 진행에서 소년부 판사의 개입시기도 중요한 논점이었다. 먼저 소년부 판사가 처음부터 개입하여 진행해야 한다는 방안과 청소년참여법정은 성인 자원봉사자인 진행인이 진행하고 소년부 판사는 마지막 단계에서 부과과제를 확인하는 방안을 검토했다. 소년부 판사가 처음부터 관여하는 방안은 법관으로부터 재판을 받을 권리와 관련하여 위헌성 시비를 차단하는 장점이 있지만, 소년부 판사의 업무 부담을 가중시킬 우려가 컸다. 청소년참여법정을 심리개시결정 전에 조사절차로 진행하므로 보호사건 본연의 재판으로 보기 어렵고, 청소년참여법정 결과에 대해 즉시 소년부 판사의 확인절차를 거치므로 위헌성 논란을 극복할 수 있다고 보았다. 이와 더불어 소년부 판사가 청소년참여법정의 진행에 개입하면 참여인단과 부과과제 이행으로 참여한 보호소년을 위축시킬 가능성도 고려하여, 최종적으로 소년부 판사는 마지막 단계에서 개입하는 것으로 결정되었다.
소년부 판사가 처음부터 청소년참여법정에 참여하는 경우 소년부 판사의 업무량이 너무 많아지거나 참여한 보호소년이 자유롭게 재판에 참여하지 못 할 가능성 등을 생각하여, 소년부 판사는 마지막 단계에서 참여하는 것으로 정해졌다.