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병역법의 정당한 사유를 해석함에 있어 자유권규약 제18조가 일종의 특별법으로서 그 법원(法源), 즉 재판규범이 된다고 할 것이므로, 일선 법관으로서는 이 사건 법률을 적용함에 있어서 우리 헌법뿐만 아니라 자유권규약 제18조를 아울러 검토한 후 그 결론에 이르러야 한다. ... 자유권규약 제18조에서 양심적 병역거부권을 도출할 수 없다는 대법원과 헌법재판소의 판단은 국제인권규약에 대한 정당한 방법론적 해석으로 보기 어려울 뿐만 아니라 우리나라가 선택의정서에 가입한 취지에도 맞지 않다. 따라서 자유권규약과 그 위원회의 해석이 헌법 제6조 제1항에 따라 이 사건 법률의 정당한 사유를 해석함에 있어서도 영향을 미치는 만큼 정당한 사유에는 양심적 병역거부가 포함된다고 보는 것이 타당하다.
양심적 병역거부는 자유권규약과 헌법 제6조 제1항에 따라 병역법의 정당한 사유라고 보는 것이 타당하다.