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｢중앙정부부처 지배구조: 모범운영 기준｣(2005)에는 이사회의 운영에 관한 원칙이 제시되어 있다. 각 부처는 이사회를 통해 운영되어야 하며, 이사회는 장관이 정한 (비부처기관인 경우 법률에 정한) 전략적 틀 안에서 장관을 자문하고, 부처의 성과를 활성화시킴으로써 부처의 대표를 지원한다(원칙 2). 이사회는 임원진을 지원하고 건설적 차원에서 그들의 역할에 도 전하도록 사외이사를 포함한다(원칙 4). 이사회는 위험관리․지배구조․내부통제의 효과를 보장할 수 있는 장치를 해두어야 하며, 이것에 관해서 사외이사를 의장으로 하는 감사위원회와 정부내부감사지침에 따라 운영되고 있는 내부감사기구의 자문을 받도록 되어 있다(원칙 5). 이로써 중앙정부조직의 운영 권한은 사실상 재무관에서 재무관을 의장으로 한 이사회로 옮겨졌으며, 따라서 위험관리와 내부통제시스템 운영 및 관리 책임도 이사회로 옮겨갔음을 의미한다.
｢중앙정부부처 지배구조: 모범운영 기준｣(2005)에 제시된 이사회 운영 원칙은 이사회를 통한 부처 운영과 장관에 대한 자문, 임원진 지원 및 사외이사 포함 의무, 위험관리와 지배구조 및 내부통제 보장장치 마련과 내부감사기구의 자문 등이다.