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이 중 시 차원에서 이루어지는 마음치료센터를 살펴보면, 1995년 한신대지진을 계기로 효고현에 처음 설립된 이후, 니가타 지진 때는 니가타현에, 동일본 지진 때는 이와테, 미야기, 후쿠시마 현에 설치되는 등 대형재난참사가 발생한 지역을 중심으로 마음치료센터를 설치하여 운영하고 있다(전진아, 2014). 마음치료센터에서는 재난 발생 후 중장기적인 참사 트라우마 예방, 조기발견, PTSD 치료를 맡는 지역 거점 기관으로 역할을 수행하고 있다. 그 중 효고 재난 트라우마 센터(Hyogo Institute for Traumatic Stress)는 일본에 설립된 최초의 트라우마로 인한 스트레스 및 PTSD를 다루는 기관이면서, 연구, 훈련, 상담 등의 서비스를 제공하고 있다. 현재는 재난으로 인한 정신건강 문제 뿐 아니라 범죄 피해자, 학교폭력 피해와 관련사건, 아동학대 및 가정폭력, 직업적(work-related) 스트레스에 이르는 광범위한 정신건강 문제를 다루고 있는 등 그 기능 및 역할을 확대하고 있다.
일본은 대형재난참사 발생 지역을 중심으로 마음치료센터를 운영하고 있다. 마음치료센터는 재난 이후 중장기적인 참사 트라우마 예방 및 조시발견, PTSD의 치료를 담당하는 지역 거점 기관으로 활용되고 있으며, 현재는 그 기능과 역할이 더욱 확대되고 있다.