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<표 Ⅳ-1>에서 본 제도와 수입부과금 환급제도가 병행 시행되면서 제도의 변화 시점이 서로 일치하지 않기 때문에 이를 비교하기 위하여 두 제도의 변화 과정을 시기별로 구분하여 병행하였다. 그 결과, 수입부과금 환급제도의 1기(2012년 7월～2013년 6월) 동안에 조세특례제도가 2013년 1월에 변경 적용되었으며, 수입부과금 환급제도의 2기(2013년 7월～2014년 6월) 동안에 조세특례제도가 2014년 1월 개정되어 2016년 12월까지 적용되었다. 그리고 수입부과금 환급제도의 5기(2016년 7월～2017년 3 월)의 9개월 동안 조세특례제도의 세 번째 개정이 2017년 1월에 이루어져 2019년 12월 말까지 적용 예정이다.
병행 시행되는 수입부과금 환급제도의 변화 시점이 서로 일치하지 않아서, 이를 비교하기 위해 변화 과정을 1기, 2기, 5기 등 시기별로 구분하여 병행하였다.