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2차 계획기간에는 1차 계획기간 23개 업종 중 3개 업종에만 시행했던 과거활동자료량 기반 할당방식(이하 벤치마크방식)을 확대하고 있다. 이 방법론은 제품 생산 시 설비의 효율성을 고려하여 배출권을 할당하는 방식으로, 업체별 설비 효율성을 반영할 벤치마크계수를 설정하여 배출권을 할당하는 방식이다. 여기서 벤치마크계수란, 제품의 생산량당 온실가스 배출량을 국내외 동종시설과 비교하여 효율적인 설비를 벤치마크로 삼아 이에 맞게 온실가스 배출량을 줄이도록 조정하는 계수이다. 벤치마크 방식 하에서는 탄소대량배출기업의 불로소득을 일정부분 제한할 수 있을 것으로 예상된다.
2차계획에서는 제품생산시 설비 효율성을 감안해 배출권을 할당하는 벤치마크방식이 확대되는데, 이를 통해 탄소대량배출기업의 부당이익을 제한할 수 있을 것으로 기대된다.