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그런데, 문제는 이러한 이원적 구성이 법체계상으로나 실제 업무상 중복과 혼란, 효율성 저하를 초래하고 있다는 점이다. 앞서 살펴본 바와 같이 북한인권법은 제13조 제2항에서 북한인권기록센터의 업무로 북한주민의 인권 실태 관련 자료 및 정보의 ‘보존’을 명시하고 있으면서 동시에 동조 제5항에서 기록센터에서 수집･ 기록한 자료를 3개월마다 법무부로 이관하여 북한인권기록보존소에서 북한인권 기록 관련 자료를 ‘보존’･‘관리’하도록 하고 있다. 특히 북한인권법 시행령 제14조 제3항은 자료의 ‘원본’을 법무부장관에게 이관하도록 하고 있어, 실제로 통일부 소속 북한인권기록센터에서는 원본은 보관하고 있지 않도록 하고 있다. 즉, 법률 상으로는 북한주민의 인권실태의 주된 담당기관인 것처럼 되어 있는 북한인권기 록센터가 실제 업무적으로는 기록 원본조차 보관하고 있지 못한 상황인 것이다. 또한 현행 법체계상으로는 법무부 소속 북한인권기록보존소로 원본이 이관된 후 추가조사의 필요가 발생한 경우 북한인권기록보존소에서 자체적으로 조사를 할 수 있는지 법적 근거가 없어 논란이 발생할 수 있는 문제도 있다. 특히, 조사된 북한인권기록이 통일 후 인권침해 가해자에 대한 형사소추의 증거로 사용될 수 있다는 점에서 살펴보면 이들 자료의 증거능력의 측면에서도 통일부 소속 북한인 권기록센터에서 조사하도록 하고 있는 현 제도는 한계를 내포하고 있다.
그런데, 문제는 이원적 구성이 법체계와 실무에 비효율성을 초래한다는 것이다. 북한인권법 제13조 제2항과 5항 및 제14조 제3항을 참조하면 북한인권기록센터에는 원본이 없다는 점과 이후 원본에 대한 추가조사가 필요한 경우에 조사를 위한 법적 근거가 없다는 점의 문제 역시 존재한다. 특히, 이는 통일 후 인권침해 가해자 형사소추 시 증거능력 측면에서 한계를 보인다.