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교육개발협력 연구･사업의 협업은 기관간의 협력에서 시작한다. 그리고 각 기관의 전문성을 최대한 활용하여, 기존의 교육개발협력 협업망에 손쉽게 참여할 수 있도록 추진해야 한다. 이를 위해서는 각 기관의 설립목적 및 핵심기능에 근거하여 교육개발협력 분야에서 기여할 수 있는 전문영역을 발굴하고, 각 기관별 전문성에 근거한 분업화가 필요하다. 해외 사례에서 확인하였듯이, 협업이 성공하기 위해서는 분업 및 전문화를 통한 업무와 역할 분담이 필요하다. 교육개발협력 연구･사업을 수행하는 주체들은 원조전담기관, 정출연, 민간단체, 학계 등 다양하지만, 한 기관이 교육개발협력 분야에서 요구되는 교육 분야 전문성, 국제개발협력전문성, 지역전문성을 모두 갖추기는 어렵다. 또한 교육 분야의 주제영역별로도 교육일반, 기초교육, 중등교육, 고등교육 등 각 기관의 전문영역도 다르다. 뿐만 아니라, 주체의 특성에 따라서 연구의 전문성을 갖고 있는 경우도 있고, 사업 수행에 전문성을 갖고 있기도 하다. 예를 들어, 원조전담기관이나 민간단체 등은 사업 수행의 경험이 풍부하지만, 연구 역량을 토대로 한 정책개발과 사업평가 등에서는 어려움이 있다. 앞에서 확인하였듯이, 국내에서 교육개발협력 연구･사업에 참여하는 기관들은 어느 정도 각각의 전문영역을 특화시켜왔다. 따라서 교육개발협력 관련 정책의 개발과 사업실행, 그리고 평가가 유기적으로 연계될 수 있도록 협력을 강화하고, 각 주체가 갖고 있는 주제영역별 전문성이나 역할 수행 상의 전문성을 적극적으로 활용할 필요가 있다.
기관의 설립목적과 핵심기능을 바탕으로 교육개발 협력에서 기여할 수 있는 전문영역을 발굴하고, 기관의 전문성 바탕의 분업화가 필요하다. 국내의 교육개발협력  연구･사업 참여 기관들은 어느 정도 각자의 전문영역을 특화시켜왔기 때문에 교육개발협력 관련 정책의 개발, 사업시행, 평가의 과정이 유기적으로 연계될 수 있도록 협력의 강화와 적극적인 주체의 전문성 활용이 필요하다.