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국가 인권위원회는 국가기구이며, 소속 위원장, 상임위원 및 직원은 공무원의 신분이다. 그러나 국가 인권위원회는 사법부, 입법부, 행정부의 어느 한 부문에 속해서는 안 된다. 이를 제도적으로 보장하기 위해 사법부, 입법부, 그리고 행정부의 수반인 대통령이 선출 또는 지 명하는 사람을 대통령이 임명하도록 하고 있다(국가인권위원회법 제5조). 이로써 사법부, 입 법부, 행정부 어느 한 편에 치우치지 않고 독립적으로 그 직무를 수행하는 것이 어느 정도 보장될 수도 있을 것이다. 그런데 여기에만 그친다면 인권위원의 선출 또는 지명의 문제는 그 권한을 가진 기관의 자율성에 맡겨 두어야 할지도 모른다. 그래야만 삼권분립의 원칙과  취지에 부합할 수도 있을 것이다.
국가 인권 위원회는 국가기구이며 직원들은 공무원의 신분이다. 하지만 사법부, 입법부, 행정부의 어느 부문에도 속하면 안 되며 이는 제도적으로 보장되고 있다.