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공공토론제도를 도입하거나 공공갈등관리 관련법을 제정할 경우 공공갈등관리 관련 개별 법률․ 제도와의 중복․ 충돌 문제가 검토되어야 한다. 왜냐하면, 논의되고 있는 공공갈등관리 관련 법률안과 현행 개별 법률 ․ 제도는 그 목적, 적용대상, 적용원칙, 적용기법, 참여범위 등에 있어서 때로는 중복되고 때로는 차이가 있는 것으로 나타나고 있기 때문이다. 예를 들어 김동완 의원 대표발의 ｢국가공론위원회법안｣(2012. 8. 29.)에서는 “공공정책의 갈등 조정 및 해소 등에 관하여는 다른 법률에 우선하여 이 법을 적용한다. 다만, 국가안보 또는 비밀유지에 관한 법률의 적용을 받는 공공정책에 대하여는 이 법을 적용하지 아니한다.”고 규정하고 있다(안 제4조). 이는 법적용과 해석에 있어 이 법이 다른 법의 특별법이 된다는 것이다.
공공갈등관리 관련 법률안과 제도들은  중복․ 충돌 문제가 나타나는데, 김동완 의원 대표발의 국가공론위원회법안에서는 다른 법률에 우선하여 이 법을 적용한다고 규정하는데 이는 이 법이 다른 법의 특별법이 된다는 것이다. 