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평가제도의 다양성과 맞물려 제기되는 문제점은 평가지표 역시, 너무 많다는 것이다. 평가제도가 다양하다 보니, 평가의 목적, 특성에 맞춰 수립해야 하는 사업목표, 성과목표 등이 달라지게 되고, 그에 따라 관리해야 하는 성과지표들도 많아지게 된다. 이는 궁극적으로 평가의 질을 낮추는 원인이 될 수 있다. 명확한 정책 목표를 바탕으로 이에 부합하는 성과지표들을 찾기란 사실상 어려운 일이다. 그렇기에, 너무 많은 평가제도는 조직 입장에서 쉽게 목표를 달성할 수 있을만한 적당한 지표들을 선정하게 하는 부작용을 초래할 수 있다. 이의 현상이 지속되면, 평가지표들 자체의 타당성이나 신뢰성이 떨어져 그 결과에 대해서도 불신하게 되는 문제가 발생할 수 있다. 특히, 현재의 정부업무평가제도가 갖고 있는 가장 큰 문제는 지표의 타당성을 검증할 수 있는 시스템이 부재하다는 점이다. 가장 쉽게 목표를 달성할 만한 성과지표들을 마련하고, 목표 달성률이 낮으면, 또 다른 성과지표들로 대체하고 있는 현실이 이의 문제를 잘대변한다.
평가제도의 다양성으로 관리해야 하는 성과지표들도 많아지는 문제가 야기된다. 이는 타당성과 신뢰성이 떨어지는 평가지표들로 인해 결과에 대해 불신하는 문제를 일으키는데 현재의 정부업무평가제도의 가장 큰 문제는 지표의 타당성 검증시스템의 부재에 있다.