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기업과 대학과의 협력관계에 있어서도 이원화 대학교육 과정의 유형에 따라, 즉 VET 통합과정과 인턴 통합과정이 직업 통합과정과 직업 병행 과정보다는 기업과 대학의 협력관계가 밀접하다고 하지만 실제로 기업과 대학 사이의 협력 계약은 많은 부분이 상대방의 분야에 대하여 간섭하지 않고 존중하며, 반드시 필요한 정도만 참여하기로 한다고 협약되어 있다. 대학은 이원화 교육과정에서 교육을 담당하고, 기업은 직업교육 내지 실무적인 부분을 담당하며 서로 간섭하지 않는다는 것이다. 간혹 기업이 대학의 교육 내용에 대하여 관심을 보이며 기업 입장에서 드물지만 교육 내용에 대한 요구를 한다. 또 예외적으로 상공회의소 또는 협회 혹은 교육서비스 기관 등이 이원화 대학교육 과정에 참여하게 되면 이들이 이원화 대학교육 과정에 참여한 기관들(기업, 대학 등)의 협력관계를 조정하기도 한다. 그러나 이 경우에도 기업과 대학의 각 고유 영역에 대한 자율권은 보장하고 있다. 결론적으로 기업과 대학 간의 내용적인 부분에 대한 협력관계는 대부분의 전공과정에서 최소화로 존재하고 있다. 기업과 대학 간의 계약이나 협정 같은 형식적인 형태로 존재하는 협력관계 형태도 있으나 비교적 많지 않으며, 설령 존재하더라도 문제가 발생할 경우에 해결을 위해 활용할 옵션 정도로 생각되고 있다. 이런 상황으로 인해 이원화 대학교육 과정의 참여 기관들의 협력관계나 정보교환 상황은 오로지 이원화 대학교육을 받고 있는 학생의 몫이 되고 있어, 학생들에게 주어지는 책임감이 크다.
기업과 대학과의 협력관계에 있어서 실제로 기업과 대학 사이의 협력 계약은 상당 부분 상대방의 분야에 서로 간섭하지 않게 협약되어 있다. 결론적으로 기업과 대학의 교육과정 협력관계는 대부분 전공과정에서 최소화되어있다. 이러한 상태에서 이원화 대학교육 과정의 참여 기관들의 협력관계나 정보교환 상황은 학생들의 몫으로 전가되고 있다.