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그러나 역사적인 의원내각제는 1961년 5.16 군사쿠데타로 제2공화국이 무너지기면서 9개월만에 막을 내렸다. 군부주도의 계엄 하에서 대통령제와 국회단원제를 내세운 제3공화국헌법은 1962년 12월 국민투표를 거쳐 공포되었다. 그러나 당시 박정희 대통령은 집권연장을 위해 1969년에 대통령의 재임을 3기까지 연장하는 개헌을 추진했다. 또한 1972년 10월에 국회를 해산하고 정당과 정치활동을 금지하는 긴급조치를 발동한 뒤, 헌법개정안을 공고해 11월 국민투표를 거쳐 ‘유신헌법’이 성립했다(제4공화국)(김선택, 2011:180~184). 자방자치도 통일 이후로 연기한다며 정지했다. 이후 1979년 10.26사태와 12.12군사쿠데타를 거쳐 등장한 신군부는 1980년 ‘서울의 봄’과 광주민주화운동을 무력으로 진압하며 개헌을 추진했다. 이후 대통령을 대통령선거인단의 무기명 투표로 선출하도록 하는 대통령간선제에 대한 개헌요구가 계속되었다.
5. 16 군사쿠데타가 일어나면서 제3공화국헌법이 공포되었다. 헌법은 박정희 대통령의 재임과 독재를 위해 계속 고쳐졌으며, 신군부가 등장한 후에도 마찬가지였다. 이후 대통령간선제에 대한 개헌요구가 지속적으로 제기되었다.