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그러나 액셀러레이터가 창업 생태계에서 일정한 역할을 하기에는 아직 많은 애로점이 있다. 액셀러레이터 사업에 대한 기대에도 불구하고 지원 예산의 규모가 거의 증가하지 않고 있는 이유이기도 하다. 국내 액셀러레이터의 전문 역량이 미흡하고 협업 체계가 취약하며, 성장기반이 구축되어 있지 않기 때문이다. 특히 국내 액셀러레이터의 글로벌 마인드와 역량이 크게 부족하며, 이것은 사업 성과를 내는데 애로가 되고 있다. 따라서 정부는 액셀러레이터의 전문역량 강화, 협업 체계 확충, 성장기반 구축을 위해 노력 중이다. 전문역량 강화를 위해서는 액셀러레이터가 성장단계별 산업별 지역별로 특화할 수 있도록 유도하며, 글로벌 진출 역량도 강화하기 위한 프로그램을 발굴한다. 협업 체계 확충을 위해서는 SW 분야 등에서 대기업 수요에 기반하여 스타트업을 발굴하는 창업기획사 선정, 대기업이나 선도벤처를 대상으로 한 창업기획사 발굴 등을 모색한다. 성장기반 구축을 위해서는 액셀러레이터의 성과 정보에 대한 정보공개 및 공유체계 등을 모색한다.
국내 액셀러레이터의 역량이 부족하고 성장기반도 갖추어져 있지 않아 제대로 된 역할을 하기에는 아직 문제가 많다. 그래서 정부는 이를 개선하기 위한 프로그램과 방법 등을 연구한다.