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학교 자율 운영을 위한 핵심 제도로 학교운영위원회를 도입하였다. 초중등교육법은 이 제도의 목적을 “학교 운영의 자율성을 높이고 지역의 실정과 특성에 맞는 다양하고도 창의적인 교 육을 할 수 있도록” 하고자 하는 것으로 규정하였다. 교장 독임제 학교 운영의 문제를 보완하면서 학교 구성원들의 참여를 통해서 민주적이고 투명하게 학교를 운영하고자 하는 의도에서 도입되었다. 학교에 따라 취지에 맞게 학교운영위원회를 운영한 사례가 나타나기도 했지만, 위원 구성에 어려움을 겪는 학교가 적지 않은 사실에서 짐작할 수 있는 것처럼, 상당수 학교에 서 학교운영위원회는 형해화하였다.
학교 운영의 자율성을 높이고 지역의 실정과 특성에 맞는 다양하고도 창의적인 교육을 위해 학교운영위원회를 도입했다.