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댐, 강과 호수를 포함하는 호소 시스템은 지구상 물의 구성 비율 중 0.03% 정도를 차지한다. 최근 호소는 산업의 발달과 도시화, 그리고 기후변화의 요인으로 인해 수질이 악화되고 있으며, 비점오염원으로 인한 부영양화가 발생되고 있다. 국내 수계의 부영양화에 따른 미세조류 대량 증식은 최근 사회 및 환경적으로 문제시되어 근본적인 해결책이 필요한 상황이다. 반면 미세조류를 이용한 수계 오염원 저감에 관한 긍정적인 측면도 보고되고 있다. 대표적으로 미세조류를 활용한 도시 폐수의 유·무기 오염원 저감, 방사성 폐수의 스트론튬, 세슘 오염원 저감, 농약류, 의약품류 등의 난분해성 유기 오염물질 저감, 폐광산 폐수 내 중금속 제거 등이 있으며, 그 사례는 아래와 같다.
최근 호소는 부영양화로 인해 미세조류가 대량 증식하여 이에 대한 해결책이 필요하다. 그러나 한편으로는 미세조류를 이용한 수계 오염원 저감에 대한 긍정적인 측면도 보고되고 있다.