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반면에 성인지예산서에는 기관별・사업별로 성평등 목표를 수립하도록 되어 있다. 특히 농촌진흥청은 성별영향분석평가를 적극적으로 수행하고 있으며 성별영향분석평가 결과를 정책개선 이행점검하기 위해 정책개선 이력 관리를 자발적으로 운영하고 있는데, 이 기관의 2016년 성인지예산서를 살펴보면, 성평등 목표가 여성의 역량강화를 통한 성평등 향상에 집중되어 있음을 알 수 있다. 농촌진흥청의 성평등 목표는 1 여성의 경제적 역량 강화 2 여성・가족의 복지 및 건강권 증진으로 구분되어 있다. 이와 같은 성평등 목표는 각각 대상사업과 관련성이 높아 보이는 하위목표들을 <표 VI-1>과 같이 포함하고 있다.
반면에 성인지예산서에선 성평등 목표를 수립해야 한다. 특히 농촌진흥청이 이에 적극적이다. 해당 조직의 성평등 목표는 여성의 역량 강화와, 복지 및 건강권 증진으로 구분되어 있다.