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제3차 기본 계획 역시 한계점이 존재하는데 국가청소년위원회 출범으로 청소년정책의 총괄 · 조정 기능과 부처 및 지자체 연계협력 구축을 중요한 정책 방향으로 설정하고 추진했으나 실질적인 성과를 가져오지는 못하였다. 청소년기에서 성인기로의 이행과 관련하여 진로교육 및 진로체험을 제한적으로 접근(취약위기계층 중심)하였으며, 향후 매체환경의 변화가능성과 신종 유해환경의 등장을 전망하는 등 선도적인 보호정책이 제시되지 못하였고, 청소년친화도시 및 지역사회 환경 조성을 위한 정책 제시가 미흡하였다. 또한 위기청소년 원스톱서비스가 수요자인 청소년에게 적시성 있고 실효성 있게 운영될 수 있도록 체계적인 정책을 제시하지 못하였다.
제 3차 기본 계획은 취약계층 중심의 제한적 청소년 진로교육, 신종 유해환경 보호 정책 미 제시, 청소년친화도시 조성을 위한 정책 미흡으로 성과가 떨어졌다.