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첫째, 학교의 목적 유형, 규모 등 학교 특성을 고려한 평가항목과 학업성취도 평가 결과의 적용 비율을 차등화해야 한다. 현재 시·도 교육청 및 학교 수준의 평가는 공시자료인 기초학력 미달 학생 비율과 학교 향상도를 통해 일괄적으로 모든 학교에 동일하게 적용하여 학교교육의 책무성을 점검하고 있다. 학교의 책무성은 학교에 부여된 책임과 의무를 수행하여 성취한 학교교육의 결과를 학부모 및 국민들에게 보여주는 것이라고 볼 수 있다(강상진, 강인수, 김경성, 2008). 즉, 학교교육의 책무성 점검은 학생들의 입학 당시부터 현재까지의 학교교육의 결과를 점검하는 개념이다. 그러나 학업성취도 평가 결과는 당해 연도 학생들의 결과로 성취 수준이 높은 학생이 입학할 경우 그 학교는 높은 평가를 받게 되며, 성취 수준이 낮은 학생이 입학할 경우 낮은 평가를 받게 될 가능성이 있다. 또한, 모든 학교의 교육목적이 모든 교과에 대한 학업성취 향상에 국한되어 있지 않으며, 학교유형에 따라 추구하는 교육목적도 다양하다. 따라서 학교별로 목적 유형, 입학 당시 학생의 특성 등을 고려하여 학업성취도 평가 결과가 학교 평가에 적절하게 활용되어야 하며, 이를 통해 보다 공정한 시·도 교육청 및 학교 평가가 이루어져야 할 것이다.
현재의 교육청 및 학교 수준의 평가는 모든 학교를 일률적인 방식으로 평가하고 있다. 학업성취도 평가 결과는 그 해에 입학한 학생들의 성취 수준에 따라 다르게 나타난다. 또한 학교마다 학교가 추구하는 교육목적이 다르기 때문에 학업성취도 평가 결과는 각 학교의 특성을 고려하여 학교 평가에 반영되어야 한다.