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아울러 무엇보다도 등기의 공신력을 인정하기 위해 필요한 제도적 요건과 관련하여 최우선 검토되어야 할 사안은 공신력 인정으로 피해를 보게 될 수 있는 진정한 권리자를 보호할 수 있는지 여부이다. 이에 따른 피해보상제도는 그 재원을 등기특별회계에서 마련하는 것이 타당하다는 의견이 있다(김상철․양은상, 2015). 등기와 관련하여 발생한 손해를 일반회계에서 부담하는 것은 등기제도의 이용과 무관한 일반국민에게 재정 부담을 전가하는 셈이 될 수 있다는 측면에서, 수수료 등을 부담하면서 등기제도를 실제 이용하는 사람들이 장차 자신에게 닥칠 수 있는 등기 관련 사고로 인한 손해를 보장받을 수 있도록 일종의 보험제도로 운영하는 것이 타당하다는 것이다.
등기의 공신력 문제에 따른 피해보상제도는 일반 국민에게 재정 부담을 전가하지 않기 위해 일종의 보험과 같은 등기특별회계로 재원을 마련해야 한다.