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또한, 자유학기제의 안정적 도입과 정착을 위한 지원체제 구축을 위하여 교육부는 중앙부처, 청 및 공공기관과 민간기관의 교육기부 등을 이끌어 내 중앙단위 지원체제를 구축하고, 시·도교육청은 광역 자치단체, 교육지원청은 기초자치단체로 이어지는 연계·협력 체제를 형성하고 있다. 부처와의 협력 등 중앙단위의 지원체제를 구축하기 위하여 중앙부처의 학생 체험 관련 프로그램을 조사하고, 이를 시·도교육청에 안내하여 자유학기제 운영 프로그램 반영을 지원하고 있으며, 유관 전문·연구기관 간 네트워크 구축으로 협업기관을 발굴·확대해 나가고 있다. 2014년도에는 국립공원관리공단, 에너지관리공단, 한국언론진흥재단, 잡월드 등 19개 기관과의 협업으로 자유학기제 운영학교의 다양한 체험 기회 확대를 위해 노력하였다.
교육부와 시·도교육청은 자유학기제 지원체제를 마련하기 위해 노력하고 있다. 이를 위해 자유학기제 체험 프로그램에 반영할 중앙부처의 프로그램을 조사하고 체험 기회를 제공할 각종 기관과 협업하고 있다.