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한·남태평양해양연구센터는 2005년 5월 설립 이후 비상설기지로 운영되고 있으며, 연 중 4~5개월의 장기간 연구원 파견과 계절적 해양조사연구 수행에 따른 관련지원 업무 등을 수행하고 있다. 마이크로네시아 Chuuk주에 센터를 설립함으로써 남태평양의 열대해양 생물에 대한 연구기반과 모든 해양과학분야에 대한 연구기반을 구축하는데는 성공하였으나, 당초 해양수산부(현 국토해양부)에서 적극적으로 남태평양 해양과학기지 구축을 추진하던 입장이 소극적으로 변화하면서 관련 연구사업의 추진도 지지부진한 실정이다. 또한 남서태평양 해양생물자원 개발연구는 2008년 종료됨으로써 열대해양생물다양성 확보추진에 애로가 있다.
한·남태평양해양연구센터는 비상설기지로서 해양조사연구를 위한 관련지원 등을 수행한다. 현재 개발연구의 종료로 열대해양생물의 다양성을 확보하는 것에 어려움이 있다. 