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위의 조항에 따라 먼저 설립된 학교는 고등학교였다. 교육부는 이례적으로 1997년에 초중등교육법 시행령 제정을 추진하면서 특성화고등학교의 설립도 함께 추진하였다. 말하자면, 새로운 학교의 개념을 구안하고 그러한 학교의 설립 근거가 될 법령을 마련하는 것과 실제로 그것에 의해 설립될 학교들의 인가 과정까지 동시에 추진한 셈이었다. 본래 학교를 설립하기 위해서는 최소 1년 전에 인가를 받도록 되어 있었지만, 이때에는 예외적 조치를 적용한 것이었다. 이에 따라 1998년 3월 초에 6개의 대안교육 특성화고등학교 (간디, 성지, 양업, 원경, 한빛, 화랑)와 1개의 직업교육 특성화고등학교(부산 디자인고)가 문을 열었다. 이후 완만한 증가를 거쳐 현재까지 설립(또는  전환)된 대안교육 특성화 고등학교는 26개교(공립 5, 사립 21)이다. 전체 현황은 다음과 같다(이종태, 2018)
교육부의 추진으로 1998년 3월 초 6개의 대안교육, 1개의 직업교육 특성화고등학교가 문을 열었고, 지금은 그 수가 26개교(공립 5, 사립 21)에 달한다.