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정부조직 진단의 경우에 있어서 현실적으로 부처 간 이해관계, 정밀진단 관련 시간제약, 여타 외생변수 등으로 인해 진단의 어려움이 많다는 것 또한 사실이다. ‘조직진단 및 개편에 대해 관료들이 취하는 입장은 그가 어느 부처에 소속되느냐에 따라 상이하게 나타날 수 있다’고 갈파한 마일스(Miles)의 주장에서도 조직진단의 어려움을 헤아릴 수 있다. 더욱이 민간부문과는 달리 공공부문의 경우, 상대적으로 서비스 측정의 곤란성, 고객 불명확성, 법적 제약성, 평가항목에 대한 가중치 선정의 난제 등은 또 다른 측면의 정부조직 진단의 어려움이라고 생각된다. 그럼에도 불구하고 정부조직 진단 및 조직 관리의 근원적 목적은 정부조직의 체질개선과 변화 혁신의 유도를 통한 정부 전반의 역량제고가 핵심일 것이다. 이를 위해 고객인 국민의 수요변화에 대한 정부기능의 대응 적합성 및 적절성 등의 분석이 전제되어야 한다.
정부조직 진단은 다양한 요인들로 인해 현실적 한계가 있는 것이 사실이나 정부 조직의 체질 개선과 역량 제고라는 목적 달성을 위해서는 정부 기능의 대응 적합성 및 적절성에 대한 분석이 필요하다.