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산업클러스터(industry cluster) 또한 지역혁신체제와 밀접하게 관련된다. 혁신클러스터(innovative cluster)는 지역혁신체제의 하위 영역으로 산업클러스터의 한 부분으로 고려할 수 있다. 우선 산업클러스터는 상호 연관된 특정산업 분야로 전문화된 기업과 기관들이 특정된 지리적 공간에 몰려 있는 집적을 의미한다. 여기서 클러스터의 핵심 요건은 동종 및 연관 기업, 생산적 기업(생산 기능), 관련 기관과 제도, 지리적 집적, 내부분업과 연계, 집적 경제효과 등으로 구성된다(권오혁, 2017: 58). 이와 같이 클러스터는 산업클러스터보다 넓은 범주로 이해할 수 있다. 또한 산업클러스터가 산업지구 내에서 전문기업들의 집적을 의미한다면, 지역혁신체제의 핵심 요소인 학습과 혁신은 산업클러스터에 부분적으로 포함되어 있어서 지역혁신체제와 산업클러스터는 차이가 있지만 중첩되는 부분이 존재한다. 이와 같은 중첩된 부분이 혁신클러스터이다.
산업클러스터는 산업지구 내에서 전문기업과 기관들의 집적을 의미하는데, 지역혁신체제의 중요 요소인 학습과 혁신은 산업클러스터에 부분적으로 포함되어 중첩되는 부분이 생기는데, 이것이 혁신클러스터이다.