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단, 일부 간접세의 경우 자본이나 노동처럼 상품의 생산에 들어가는 투입 요소에 대해 또는 생산 과정에 대해 부과되기도 하는데 이를 “은폐된 조세”(taxes occultes)라한다. OECD는 동 개념을 ‘자본 설비, 보조재, 운송 및 과세가 가능한 그 밖의 상품의 생산에 사용된 서비스에 대한 소비세’ 및 ‘광고, 에너지, 기계 및 운송에 대한 조세’로 정의하였던 바 있다. 국경세조정작업반은 “은폐된 조세”에 관해서는 국가마다 다양한 의견이 있다고 언급하였을 뿐 이 조세 유형에 국경세 조정이 가능한 지에 관해서는 입장을 명확히 하지 않았다. 또한 일부 국가를 제외하고는 대다수 국가들은 재산세, 인지세, 등록세에 대해서는국경세조정을 시행하고 있지 않으나, 이들 조세에 관해서도 국경세 조정 가부에 관해 국가간 의견 차이가 있다고 설명하였다. 따라서 국경세조정작업반 보고서에 비추어 간접세에는 국경세 조정이 가능하고 직접세에는 불가함이 분명하지만, 은폐 된 조세 등 일부 경우에는 국경세 조정 가부가 여전히 불분명하다고 보인다.
은폐된 조세는 자본이나 노동처럼 상품의 생산에 들어가는 투입 요소에 대해 또는 생산 과정에 대해 부과되는 것으로 국가마다  다양한 의견이 있다고 언급하였을 뿐 이 조세 유형에 국경세 조정이 가능한 지에 관해서는 입장을 명확히 하지 않았다.