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지역특구 사업은 대덕연구개발특구 외에도 혁신클러스터의 역할을 할 지역특구를 여러 지역에 균형적으로 선정하여 관련 지원 사업을 추진하였으나 현재는 대덕연구개발특구 사업에 중점을 두는 방향으로 전환되었다. 그에 따라 지역특구 사업은 사업비집행 부진, 특구별 운영 성과 격차 해소, 지역혁신 성과 지표 개발 필요와 같은 정책이슈들이 제기되었다(지식경제부, 2013, pp.49-50). 한편, 지방 대학 육성을 위한 인프라 구축은 질적･양적 성장의 경로를 걷고 있으나 우수 학생 유치 방안과 교원 역량활용 방안과 같은 문제들을 보다 전략적으로 접근할 필요성이 제기되고 있다(교육과학기술부, 2011, pp.101-102; 미래창조과학부, 2015, pp.58-59).
지역특구 사업은 여러 지역의 균형적 선정에서 대덕연구개발특구에 중점을 두는 방향으로 전환되었고 지방 대학 육성 인프라 구축 사업은 우수 학생 유치와 교원 역량활용 방안에 대한 고찰이 필요하다.