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그러나 질적인 측면에서 보면 지식무형자산의 수준이 대단히 낮으며 개선되지 못하고 있다. 5년 주기별 논문 당 평균 피인용수는 OECD 평균에도 미치지 못하고 있으며, 상위 50개 국가 중 31위에 머무르고 있는 실정이다. 특허의 경우도 양적인 부분에서 정부 R&D의 특허생산성(R&D 10억원 당 출원 건수)은 미국 및 일본 대학의 4-5배 수준에 달하고 있으나 우수 특허의 비율이 낮고 활용도가 떨어져 질적인 수준이 높지 않다는 한계점을 가지고 있다. 논문에서 우수한 성과가 나타났더라도 특허와 연계되지 않거나 특허가 출원되더라도 권리를 국외기관에서만 보유하는 사례가 발생하고 있다. 그리고 사업화와 표준화와 같은 지식의 효과는 39위, 기술료와 같은 지식의 확산은 19위에 그치고 있다.
지식무형자산의 질적 면에서는 논문 당 피인용수, 특허 출원건수 대비 우수특허 비율과 활용도, 논문의 특허 연계, 사업화와 표준화 등 지식 효과, 기술료 등 지식 확산 등 항목들이 전체적으로 저조하다.