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그러나 참여정부가 주로 진보 시민단체 활동가들과 일종의 가족주의적 네트워크를 구축하고, 진보단체 인사들의 정부 진출이 확산되면서 참여정부의 이념 편향성이 문제가 되었다. 송호근은 과거에 비해 시민사회의 참여가 크게 증진되었음에도 불구하고 노무현 정부가 비판받는 것은 보수단체는 과소 대변(under representation)되고 진보단체는 과잉 대변(excess of representation) 되었기 때문이라고 지적한다. 시민사회의 이념화는 '시민 없는 시민운동'의 문제를 낳으면서 결과적으로 시민사회를 약화시켰다.
그러나 시민사회의 참여가 증가한 것에 비해 전반적으로 이념 편향성을 보여 진보단체가 과잉 대변되고 있다는 비판이 있었다.