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그러나 최근 무상급식, 누리과정 등 교육복지사업이 확대되면서 교육환경개선시설비 등 학교시설 안전 관련 예산이 줄어드는 부작용이 발생하고 있다. 그 결과 시 ․ 도 교육청 교육환경개선비 최종예산액(또는 결산액)이 지방교육재정교부금의 해당 교부액을 크게 하회하는 사례도 관찰되고 있다. 더욱이 교육환경개선사업 예산편성 및 집행이 시 ․ 도 교육청의 자율에 맡겨져 있는 상황에서 교육부의 관련 지침은 시 ․ 도 교육청의 협조를 이끌어낼 수 있는 유인체계가 부족하여 잘 지켜지지 않고 있다. 나아가 현재 교육환경개선사업 예산편성이 매년 약 1조 5천억 원 범위 안에서 세부교부 신청을 받는 방식으로 운영되고 있어 불필요한 사업이 포함되어 있을 가능성도 있다. 따라서 중장기투자계획이 체계적으로 수립 ․ 시행될 수 있도록 대응 방안을 마련할 필요가 있다.
교육복지 사업비 증가로 안전관련 예산이 줄어들고, 교육부의 관련 지침이 시도 교육청의 협조를 이끌어내기 어려운 현시점에서는 중장기투자계획이 체계적으로 수립될 수 있도록 대응 방안이 필요하다.