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셋째, 고등교육 재정지원사업이 대학의 자율성을 보장하는 방식으로 추진되어야 한다. 평가와 연계된 차등적 재정지원 방식은 국고지원의 효과성과 효율성을 제고하는 대신 대학에 대한 간접적인 통제로 작용할 수도 있다. 이러한 부작용을 최소화하기 위해서는 대학별 재정운용의 자율성을 보장하는 방식으로 재정이 지원되어야 할 것이다. 특히, 대학에 대응투자를 요구하는 상황에서 대학본부에 지원하는 재정이 없는 사업단 단위 지원에 편향된 사업을 추진할 경우 대학의 전체의 역량을 제고하기 위한 인프라 확충에 어려움이 따를 수 있다. 따라서 기관단위 지원과 사업단 단위 지원 간 균형을 고려하면서 총괄 교부의 폭을 조율하는 방식으로 재정운영에 대한 각 대학의 자율성을 확대할 필요가 있다. 기본적으로 대학 스스로 자율적인 편성과 집행이 가능한 재정지원을 전제로 하여 대학에 대한 재정적 통제는 최소한에 그쳐야 한다.
총괄 교부의 폭을 조율하는 방식으로 재정운영에 대한 각 대학의 자율성을 확대할 필요가 있다. 기본적으로 대학 스스로 자율적인 편성과 집행이 가능한 재정지원을 전제로 하여 대학에 대한 재정적 통제는 최소한에 그쳐야 한다.