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셋째, 환경비용 추정방법에 따른 총 환경오염비용의 차이는 약 10% 수준이지만, 연료별로 환경오염 비용의 크기와 구성은 크게 다르게 나타났다. 휘발유와 LPG의 경우 AEA(2005) 방법의 추정결과는 netcen(2002) 방법과 대체로 유사하나, 질소산화물(NOX)의 비중은 2배로 상승한다. 경유의 경우 AEA(2005) 방법의 추정결과에 의하면 환경비용의 67%가 질소산화물(NOX)에 의해 발생하고, 초미세먼지(PM2.5)의 환경비용 비중은 17%에 불과하다. 반면, netcen(2002) 방법의 경우 초미세먼지(PM2.5)에 대한 단위당 피해비용이 AEA(2005) 방법보다 크다. 질소산화물(NOX)의 단위당 피해비용은 AEA(2005) 방법이 netcen(2002) 방법보다 더 크다. 이러한 이유로 경유에 대한 사회적 비용 추정결과는 이들 두 방법 사이에 차이가 크게 나타난다. CNG의 환경비용 구성비도 AEA(2005) 방법을 적용한 결과로는 질소산화물(NOX)이 54%로 가장 높고, 일산화탄소(CO)는 35%를 차지하여 netcen(2002) 방법으로 추정한 결과와 상당히 다르게 나타났다. 이는 질소산화물(NOX)의 단위당 피해비용의 차이에 기인한다.
환경비용 추정방법에 따라 휘발유, LPG, 경유와 CNG의 총 환경오염비용의 차이는 약 10% 수준이지만 연료별 비용의 크기와 구성은 AEA 방법과 neten 방법에 따라 다르게 나타났다.