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 한편 집권 초기부터 후진타오 체제는 공산당 제도 개혁을 통해 부패 문제를 해결한다는 방침 하에 반부패정책을 강력히 추진했다. 개혁기에 부패문제는 매우 심각한 정치문제로 간주되었으며, 만약 공산당이 부패문제를 해결하지 못하면 통치의 정당성에 치명타를 입을 가능성이 있다. 그래서 1978년 이후 공산당은 다양한 내용과 방식으로 반부패 정책을 추진했다. 1993년부터 1997년까지 5년 동안 장쩌민의 주도하에 추진된 ‘반부패투쟁’은 대표적 예이다. 후진타오 시대도 예외가 아니었다. 단적인 예로, 2003년 한 해에만 부패문제로 총 13인의 장관급(성부급) 고위간부를 조사하여 처벌했다.
 부패문제는 통치의 정당성에 치명타를 주기 때문에 공산당은 1978년 이후부터 후진타오 체제는 집권초기부터 반부패정책을 추진했다.