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또한, 교사에 의해 선정되고 재구성된 교육 내용을 학생들에게 효율적으로 가르치기 위한 수업 방법의 개선 역시 수업 혁신의 핵심이다. 교육부에서는 보도자료(2013. 5. 28)를 통해 자유학기제의 교수·학습 방법으로 국어, 영어, 수학 교과는 문제해결, 의사소통, 토론 등을 활성화하고, 사회, 과학, 기술·가정 등의 교과는 실험, 실습, 현장체험, 프로젝트 수업 등을 강화하도록 하는 가이드라인을 제시하였다. 또 한 이러한 수업의 효과를 높이기 위해 “학생 간의 역 할 분담 및 의사교환 등을 통해 학습하는 코러닝”을 활용하는 협력학습을 강조하고 있다.
협력학습을 강조한 자유학기제의 교수·학습 방법 가이드라인을 교육부가 제시, 교사에 의해 재구성된 내용을 가르치기 위한 방법의 개선도 수업혁신의 중요한 부분이다. 