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벤처확인제도의 주요 쟁점 중의 하나는 정부 주도 확인의 부작용 문제이다. 그동안 벤처기업 확인이 정부의 벤처인증이라는 잘못된 인식에 의해 시장과 벤처기업에 과도한 기대를 낳을 수 있다는 우려가 제기되어 왔다. 이에 따라 2006년에는 시장 친화적  벤처확인제도의 개편이 이루어졌다. 신기술기업이 부실 벤처기업에 포함될 가능성을 배제하기 위해 신기술 평가 기업을 폐지하는 대신에 기술 평가보증·대출기업을 신설하였다. 확인 절차의 경우 2단계 평가 체제를 구축하였다. 벤처기업 확인 신청 전에 신청 기업이 ‘벤처 확인 자가시스템’에 의해 스스로 평가 항목을 진단하고 민간 평가 기관에 의한 현장 실사로 평가 점검을 실시함으로써 확인 절차의 투명성을 제고하였다. 2012년에는 벤처기업의 혁신 능력 요건을 강화하였다. 혁신 능력 요건의 경우 R&D 투자 비율 기준 외에 R&D 투자 비용이 일정 금액 이상을 충족 하도록 개편하였다. 벤처기업 유형의 경우 특허 기 술 기업과 우수 기술 평가 기업을 신기술 기업으로 통합하는 등 벤처기업 유형이 4가지에서 3가지로 단순화되었다.
벤처확인제도에 있어 주요 쟁점 중 하나인 정부 주도 확인의 부작용을 개선하기 위하여 2006년에는 '벤처 확인 자가시스템'에 의한 2단계 평가체제를, 2012년에는 R&D 투자 비율 뿐만 아니라 투자 비용의 충족요건도 신설하는 등 벤처기업의 혁신 능력 요건을 강화하였다.