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다만, 검찰은 상명하복의 위계 구조상의 이유로 수시로 정치적 중립성과 관련한 논쟁의 대상이 되었고, 현실적으로 그 독립성을 보장함에 있어서 한계를 드러내면서 검찰의 독립성 보장을 중심으로 사법개혁 논의가 진행되던 중 2013년 7월 25일 형사소송법 개정 법률에서 법무부장관의 구체적 사건에 대한 지휘권은 완전히 폐지되었고, 현재 사법개혁은 최고사법관회의의 검사의 임명 절차와 관련하여 검찰의 독립성을 보장하여야 한다는 논의가 계속해서 이루어지고 있다. 이에 대하여는 아래 ‘최고사법관회의의 역사 및 그 개정 논의의 의미’ 부분에서 구체적으로 다루도록 하겠다.
2013년 7월 25일 형사소송법 개정 법률에서 법무부 장관의 특정 사건에 대한 지휘권은 폐지되었다. 현재는 검찰의 독립성 보장을 위한 논의가 이루어지고 있다.