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한편 실제 규제심사과정에서 규제심사관은 규제비용관리제의 적용대상으로 판정하였으나, 이후 비용전문위원회에서 제외대상으로 결과가 뒤바뀐 경우도 있다. 국토교통부 관계자에 따르면 올해 공공주택건설 등에 관한 특별법에서 공공임대주택의 입주자 선정절차에서 자산기준이나 소득기준을 좀 더 강화하는 규정을 신설하였다. 이러한 공공임대주택의 대상자는 주로 장애인이나 저소득층 등을 대상으로 하기 때문에 규제비용관리제의 적용에서 제외될 것으로 예측하였고, 전문가의 자문의견에서도 동일한 의견을 받았으나 1차 심사에서 규제비용관리제의 적용대상으로 판정을 받았다. 그러나 이후 비용전문위원회에서 해당 규제를 규제비용관리제의 적용에서 제외한다고 결정하였다.
공공임대주택의 신청절차에서 자산, 소득기준을 좀 더 강화하는 규정을 신설하였다. 규제비용관리제의 적용대상으로 판정하였으나, 이후 비용전문위원회에서 제외대상으로 결과가 뒤바뀌는 경우도 있다.