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그러나 이러한 성과에도 불구하고 여전히 종자업체의 영세성 등으로 인해 민간육종기반 및 인력양성은 미흡한 실정이다. 종자산업의 향후 높은 성장잠재력을 고려할 때, 민간육종연구기반의 지속적인 확충이 필요하다. 세계 각국 및 글로벌 종자회사는 유전자원 확보 및 R&D에 막대한 연구비를 투자하고 있다. 대표적 종자회사인 ‘몬산토’의 종자 R&D 투자 규모(1조원)는 국내종자 R&D 예산(535억원)의 19배에 달한다. 향후 글로벌 수출 종자 및 수입대체 품종 개발을 위한 R&D 투자 확대가 요구된다. 한편, 2012년 1월부터 식물신품종보호법에 따라 품종보호대상이 모든 식물로 확대되면서 국내 로열티 부담 증가가 예상된다. 지속적인 국산화를 통한 전략적인 로열티 절감 노력이 병행되어야 할 것이다.
세계 유수의 종자회사는 막대한 연구비를 투자하고 있는 반면, 국내 종자업체는 영세성으로 인하여 기반과 인력양성이 부족하다. 식물신품종보호법 이후 국내 로열티 증가가 예상되므로 지속적 국산화가 이루어져야 한다.