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현행 공공서비스 보상제도는 구조적인 문제점을 가지고 있다. 첫째, 벽지노선의 개념이 모호하고 지원체계가 적절하냐는 점이다. 과거 60˙70년대 자동차 등 다른 교통수단이 발달하지 않은 시기에는 철도가 주요 교통수단이었지만, 자동차 보급 확대와 버스운송 사업이 발전한 지금은 철도에만 의존하는 지역이 거의 없는 상황이다. 둘째, 벽지노선 서비스 등을 포함하는 보상기준이 없다는 점이다. 운송협약에 열차운행횟수 등 열차서비스에 관한 구체적인 내용을 규정하지 않기 때문에, 열차운행에 대해 철도공사가 판단하고 운영한 결과를 수용할 수밖에 없는 것이다. 셋째, 보상 결정이 철도공사가 운영한 결과를 토대로 하고 있다는 점이다. 인센티브 등이 없으니, 철도공사 입장에서는 비용을 줄이거나 수입을 늘리려는 노력을 할 유인이 없는 것이다. 마지막으로 벽지노선 운영에 관한 회계를 별도로 구분하지 않고 있다는 점이다. 전체 노선 운영결과를 토대로 노선별로 배분하고 있어, 벽지노선만의 비용 및 수입구조를 명확히 파악할 수 없고, 결국 손실규모를 객관적으로 검증하기 어렵다.
현행 공공서비스 보상제도의 문제점은 자동차보급이 대중화된 지금 지원체계가 적절한가이며, 벽지노선 서비스 등을 포함하는 보상기준이 없다는 점과, 인센티브가 없으니 철도공사 입장에서는 노력을 할 필요가 없고, 마지막으로 회계 구분이 없어 손실규모에 대한 객관적검증하기 어렵다는 것이다.