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그러나 소프트웨어 저작권 침해를 둘러싸고 벌어지는 실제 분쟁을 살펴보면, 법리적인 책임은 별론으로 하고, 침해자로 지목된 기업만을 일방적으로 비난할 수 없는 경우도 많다. 극단적인 경우에는 저작권자가 일부러 침해행위를 유도한 것이 아닌가 하는 의심이 들 정도로 자신의 소프트웨어 유통 과정을 충분히 관리감독하지 않은 사례도 심심치 않게 볼 수 있다. 또한 현실적으로 분쟁이 생긴 후 협상하는 과정에서 저작권자가 과다한 손해배상을 요구하는 경우도 빈번하다. 그러나 보통 저작권법 위반죄의 혐의로 형사 고소가 함께 이루어지고 이것이 심리적으로 매우 큰 압박으로 작용하기 때문에, 침해자로 지목된 기업의 입장에서는 어쩔 수 없이 상당히 불리한 조건으로 합의에 응하게 되는 경우가 많다.
소프트웨어 저작권 침해로 인한 분쟁 사례를 살펴보면, 침해자 기업에게 부당하게 느껴지는 경우도 있지만, 형사 고소가 함께 이뤄지기 때문에 기업으로서는 불리한 조건에서 합의 수 밖에 없다.