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사례연구를 진행하기 위해서는 사례를 선정하는 것이 필수적인데, 이에 관해서 Yin (2009)은 사례란 1) 이론적으로 중요성이 높거나(critical to theory), 2) 극단적 혹은 매우 독특한 것, 3) 전형적인 것, 4) 새로운 정보를 보여주는 것(revelatory), 혹은 5) 시간에 따른 흐름을 보여주는 것으로 선정되어야 한다고 주장한다. 본 연구는 이러한 조건에 비추어 연구의 사례로 제주 해군기지 관련 갈등사례를 선정하고자 한다. 이 사례를 선정하는 이유는 무엇보다도 제주 해군기지 사례가 갈등의 해결이라는 측면에서 한마디로 서술하기 어려운 상황에 있다는 점이다. 제주 해군기지 건설을 둘러싼 갈등은 2012년 당시에는 관련 부처에서 갈등관리 우수사례로 선정될 정도로 잘 해결된 사례로 간주되었지만, 이후 갈등은 점차로 심화되어가는 양상을 보였으며 현재까지도 이러한 갈등의 불씨는 남아있는 상태다. 하지만 한편으로 군항의 건설이라는 측면에서만 살펴보면 군항의 건설은 2016년 2월 26일에 완공되었고 현재 해군기지로의 기능은 시작된 상태이므로 갈등사례는 해결되었다고 이야기하는 것도 틀린 결론이라고 할 수는 없다. 즉, 제주 해군기지 관련 갈등사례는 갈등해결이란 어떤 것이라는 이론적 논의를 분명히 하는 데에 매우 중요한 정보를 보여줄 수 있는 사례인 것이다. 또한 사례연구의 기본적인 연구문제들이 주로 “왜”와 “어떻게”라는 질문에 대한 답을 구하는 일이라는 기존의 문헌들을 고려해 볼 때(Yin, 2009), 제주 해군기지 사례를 주 연구사례로 삼는 것은 결국 “이 사례를 둘러싼 다양한 논의와 입장들이 현재 어떻게 정리되어 있고, 이것은 갈등의 해결이라는 측면에서 어떻게 이해될 수 있는가?” 라는 문제에 대한 답을 구하는 작업이라는 면에서 적절한 사례의 선정이라고 할 수 있다.
제주 해군기지 건설을 둘러싼 갈등은 2012년 당시에는 잘 해결된 사례로 간주되었지만, 이후 갈등이 심화되어 현재까지도 갈등의 불씨가 남아있는 상태다. 이 사례에서 갈등해결이란 어떤 것이라는 논의를 하는 데 중요한 정보를 보여 줌으로써  제주 해군기지 사례를 주 연구사례로 삼는 것은 결국 “이 사례를 둘러싼 다양한 논의와 입장들이 현재 어떻게 정리되고, 이것은 갈등의 해결이라는 측면에서 어떻게 이해될 수 있는가?” 라는 문제에 대해 답을 구하는 적절한 사례라고 할 수 있다.