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추진과정에서 일선 교육행정에서 교육 행정정보시스템 사용의 법적 근거를 확보하고자 「교육기본법」 개정을 통해 제23조의2, 학교 및 교육행정기관의 행정업무의 전자화를 신설했고, 학생의 신상정보보호에 신중해야 한다는 국가인권위원회의 권고도 있었으며 교직단체의 반발도 만만치 않았다. 그러나 이러한 우여곡절을 겪으면서도 교육 행정정보 시스템은 참여정부 말기 안정화 및 정착단계를 거쳐 고도 활용단계로 접어들게 되었다. 이에 정부는 2009년 차세대 교육 행정정보시스템 구축계획을 수립, 시스템을 시·도 단위로 통합해 2011년 3월부터 운영하기 시작하였으며 2013년부터는 학생 서비스도 시작하였다.
여러 우여곡절끝에 교육 행정정보 시스템은 안정화 및 정착단계를 거쳐 고도 활용단계로 접어들었고 정부는 시스템을 시 도 단위로 통합하고 학생 서비스도 시작하였다.