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재정지원에 선정된 수혜대학의 사후관리를 위한 평가도 실시하고 있다. 대체로 현장점검, 자체평가, 연차평가, 중간평가, 종합평가 등의 형식으로 이루어지고 있으며 성과를 관리하기 위한 목적으로 이루어진다. 40개 사업 중 현장점검을 실시하는 사업은 3개이다. 지역혁신인력양성사업은 1차 연도 연차평가를 대신하여 컨설팅 목적으로 현장점검을 실시하며, 이공분야 대학중점연구소 사업은 신규선정 및 단계 지원 후 6개월 이내에 지원계획에 대한 이행 현황 점검을 위한 현장점검을 실시한다. 그리고 학교기업 지원사업의 경우 사업수행 현황, 사업비 사용실태 및 평가관리 등을 위해 정기 또는 수시로 현장실태점검 및 조사를 실시하게 할 수 있도록 규정하고 있다.
학교기업 지원사업의 경우 사업수행 현황, 사업비 사용실태 및 평가관리 등을 위해 정기 또는 수시로 현장실태점검 및 조사를 실시하게 할 수 있도록 규정하고 있다.