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다음으로 두 안의 차이점을 제시하면 다음과 같다. 첫째, 국무총리 지휘의 직접성 여부이다. 국가안전처의 경우 국무총리 소속으로 관계 부처의 총괄·조정 시 국무총리의 명을 받도록 되어 있어 직접적 통제하에 있다고 할 수 있다. 반면 국민안전부의 경우 행정각부의 하나로서 국무총리의 지휘·감독은 대통령의 명령을 필요로 한다. 둘째, 외청의 존재 여부이다. 국민안전부의 경우 소방 기능과 해양안전 기능을 별도의 독립된 외청의 형태로 두어 수행하도록 하는 반면 국가안전처의 경우 두 기능을 모두 내부의 보조기관의 형태로 수행하게 된다. 따라서 국민안전부안의 경우 소방방재 청이나 해양경찰청이 폐지되지 않고 소방청과 해양안전청으로 명칭만 변경된다.  셋째, 해상 수사 및 정보 기능의 포함 여부이다. 국가안전처의 경우 기존의 해양경찰청의 해상과 육상을 포함한 모든 수사 및 정보 기능을 경찰청으로 이관하고 해양경찰청은 폐지되도록 하였지만,  국민안전부의 경우 육상에서의 수사 및 정보 기능만을 경찰청으로 이관하고 해상에서의 수사 및 정보 기능을 해양안전청을 통해 수행하도록 하였다.
국가안전처는 국무총리의 직접적인 통제하에 있다고 말할 수 있으며 소방 기능과 해양안정 기능을 내부 보조기관 형태로 수행한다. 