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발전부문을 배출권거래제에서 제외하는 방안도 고려해볼 수 있다. 발전부문을 제외할 경우 배출권 잉여분이 줄어들면서 동시에 간접배출 규제로 인한전력 수요 절감을 동시에 얻을 수 있다. 그러나 발전사가 배출권거래제에서제외될 경우 유동성과 거래량에 큰 제약이 생길 수 있다. 산업부문의 감축관련 의사결정은 일일 단위가 아닌 중장기적인 관점에서 이루어지는데 반해 발전사는 일일단위로 비용최소화 전원믹스를 결정한다. 따라서 산업부문의 할당대상업체들은 발전사에 비해 훨씬 덜 빈번하게 시장 거래에 참여할 것으로예상된다. 이러한 상황에서 발전사가 제외된다면 유동성과 거래량이 위축되어가격위험이 오히려 높아질 수 있다(Chatterton, 2013). 이와 함께 우리나라 전체 온실가스 순배출량의 약 38%(2011년 기준)를 차지하는 발전사가 규제 대상에서 제외될 경우 국가 감축목표 달성에 지장을 줄 우려가 있고 온실가스규제를 받지 않는 발전사에게 일종의 횡재이윤이 돌아가게 된다.
발전부문을 배출권거래제에서 제외하는 경우 배출권 잉여분 감소와 전력 수요 절감을 얻을 수 있다. 그러나 유동성과 거래량 위축으로 가격 위험 증가, 온실가스 감축 목표 달성 지장, 발전사에게 횡재이윤 돌아감의 문제로 규제 대상에서 제외해서는 안 된다.