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해양생태계의 보전 및 관리에 관한 기본방향을 설정하고 주요사업을 확정하는 등 해양생태계의 보전 및 관리를 종합적이고 체계적으로 추진하고자 한다. 이에 해양수산부장관은 해양생태계를 종합적이고 체계적으로 보전·관리하기 위하여 해양생태계보전·관리기본계획을 10년마다 수립하여야 한다. 기본계획에는 해양생태계의 현황 및 그 이용상황, 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 기본방향 및 주요사업, 해양생물의 서식환경 및 이동 경로의 보호·복원에 관한 사항, 해양생태축의 구축·추진에 관한 사항, 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 교육·홍보 및 민간협력의 증진, 관계 중앙행정기관 및 지방자치단체의 협조, 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 국제협력, 사업시행에 소요되는 경비의 산정 및 재원조달 방안에 관한 사항, 그 밖에 해양생태계의 보전 및 관리에 관하여 대통령령이 정하는 사항이 포함되어야 한다. 이에 따라 해양생태계의 보전 및 관리가 종합적이고 체계적으로 이루어질 수 있을 것으로 기대된다.
해양수상부장관은 해양생태계의 종학적, 체겨적 보전과 관리를 위해 해양생태계의 현황, 이용상황, 해양생태계 보전 및 관리의 주요사업 및 기본방향 등을 담은 해양생태계보전 ·관리기본계획을 10년마다 수립해야 한다. 