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세 번째 고등교육 정책방식은 평가와 연계된 목적형 사업 자금의 배분을 통한 간접적 정책방식이다. 이 정책은 시장원리 중심 정책의 연장으로, 고등교육기관의 경쟁을 평가(지표)와 재원 배분을 통하여 강화하며 국공립대학과 사립대학의 포괄적 경쟁을 강조한다. 연구와 교육을 위한 재정사업자금을 확보하여 정책성과를 내기 위한 수단으로, 대학에 대한 사업자 선발과 사업 결과 평가를 강화하고 이에 따라 자금을 배분한다. 대부분 단기적 사업으로 이루어지며 일부 장기적으로 수행되는 경우일 지라도 정권에 따라 세부 내용이 달라진다. BK21, 대학통합사업, 구조조정, 교육역량 강화사업,대학기본역량진단사업 등 국·공·사립 전체 고등교육체제를 기반으로 평가와 경쟁을 통해 자원을 배분하는 방식이다.
간접적 정책방식은 고등교육 정책방식 중 하나로, 시장원리 중심 정책의 연장이며, 국·공·사립 전체 고등교육체제를 바탕으로 평가와 경쟁을 통해 목적형 사업 자금을 배분하는 방식이다.