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제도운영의 적절성에서는 전자상거래 시장참가자의 매매실적에 따라 법인세(소득세)의 일부를 일정 한도 내에서 매도자-매수자 간 차등하여 세액공제 해주는 방식으로 운영 중인 점을 고려하여, 세 가지 측면에서 검토할 필요가 있다. 첫째, 매출규모가 큰 정유사 등에게 0.1%의 세액공제를 제공하면서 상대적으로 소규모인 주유소 등에게는 0.2%의 혜택을 주되 납세액의 10% 한도를 설정하여 외견상 매수자가 더 큰 혜택을 가져가는 것으로 보이나, 실제 혜택 규모도 이에 상응하는지 분석하여야 한다. 둘째, 한국거래소는 경쟁매매 이외에도 협의매매까지 전자상거래시장에서의 실적으로 인정해주고 있는데, 이는 본 제도의 정책목표에 부합하는지 판단이 필요하며, 운영상의 적절성 검토 역시 필요하다. 셋째, 조세특례의 혜택이 전자상거래 참여도를 뚜렷하게 제고할 만큼 충분한지도 검토가 필요하다.
조세특례 제도운영의 적절성을 검토하기 위해 첫째 소규모 주유소에게 주는 혜택이 실제 상응하는지, 둘째 한국거래소가 인정하고 있는 협의매매에 대한 판단, 셋째 조세특례 혜택이 참여도 제고에 기여하는 지에 대한 검토가 필요하다.