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이에 따라 전자정부 로드맵에 대하여 임기 말까지 추진할 계획으로 전자정부 전문위원회의 역할과 기능을 승계하면서 당연직 위원의 위상을 차관급으로 격상, 전자정부특별위원회가 재출범하게 되었다. 이는 국민의 정부 경험과 선진 국가의 동향을 고려하고 전자정부 사업에 막대한 국민 세금이 투입되며 범부처 및 다부처 사업의 특성상 부처 간 조정이 중요하다는 판단에 따른 것이었다. 따라서 2005년 6월 행정자치부, 정보통신부 및 기획예산처 등 3개 부처의 차관을 당연직 위원으로 하고 13명의 민간위원을 포함한 2기 전자정부특별위원회가 출범하게 되었다. 이 시기에 대통령비서실도 정부 혁신과 전자정부를 총괄하는 혁신관리 수석을 신설하였다.
전자정부 로드맵 추진을 위해 전자정부특별위원회가 재출범하게 되었으며,  2005년에는 2기 전자정부특별위원회가 출범하게 되었고 대통령비서실도 전자정부 총괄을 위한 수석을 신설하였다.