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관리업체 중 환경부고시 ‘온실가스 배출권의 할당, 조정 및 취소에 관한 지침’에서 지정하는 기준에 해당하는 업체는 온실가스 배출권할당의 대상 업체(할당업체)가 된다. 할당업체는 정부로부터 부여받은 배출권 할당량 내에서 생산 활동 및 온실가스 감축을 하되, 남는 허용량과 부족한 허용량을 배출권시장에서 거래할 수 있다. 2015년부터 시행 중인 총량규제 방식의 온실가스 배출권거래제를 통해 지정된 할당업체는 ｢온실가스 배출권의 할당 및 거래에 관한 법률｣제10조에 따라 온실가스･에너지 목표관리제의 적용을 받지 않는다. 배출권거래제는 온실가스･에너지 목표관리제와 별개의 제도라기보다는 목표관리제의 효율성을 제고하기 위한 보조적 정책의 하나로 이해될 수 있다.목표관리제 대상 업체 중 에너지 소비량(온실가스 배출량)이 상대적으로 많은 업체들이 배출권거래제의 대상이 되며, 배출권거래제는 이들 업체들이 할당받은 배출권 하에서 배출권 시장을 활용하여 효율적으로 생산 활동을 영위하도록 도와주는 것이 주요 목적이기 때문이다.
온실가스 배출권 할당업체는 부여받은 할당량 내에서 생산 활동을 하고 남거나 부족한 양을 배출권 시장에서 거래할 수 있다. 총량규제방식으로 지정된 업체는 온실가스･에너지 목표관리제의 적용을 안 받는데 이는 배출권거래제가 목표관리를 효율적으로 하기 위한 보조 정책임을 시사한다.