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현행 복수노조 제도가 기업 단위 노동조합 체제를 강제하고 결국 기업 단위 노사관계를 더욱 중심에 두도록 하는 효과를 낳고 있다는 점에서 초기업 단위 노동조합 활동과 단체교섭에 미친 영향에 대해서도 검토할 필요가 있다. 현행 교섭창구단일화 제도에 따라 사업 또는 사업장에서 노동조합이 2개 이상일 때 교섭대표노조를 정해야 하는데, 이때 조직형태는 불문한다. 초기업 단위 노조의 사업장 단위 지부/지회도 교섭창구단일화절차에 참여해야 하는 하나의 노조로 분류된다. 사실상 기업별 노사관계시스템을 강제하는 것이다. 초기업 단위 노조와 기업 단위 노조는 구성의 목적과 조직 대상은 물론 단체교섭에서 다루고자 하는 의제도 차이가 있음에도, 초기업 단위로 조직형태를 변경한 것과 관계없이 교섭은 기업 단위로 진행하도록 강제되고 있다.
복수노조 제도의 실행은 기업 단위의 노사관계를 중심에 두는데 효과를 나타내고 있어서 단체교섭에 미치는 영향의 검토가 필요하다.