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보다 근본적으로 지방교육재정과 일반지방재정 간의 통폐합은 지방재정조달구조의 합리성을 제고하기 위한 기본토대가 될 것이다. 첫째로 앞서 현행 지방정부 교육재정 조달구조의 지자체 간 수직적 형평성이 낮음을 확인하였다. 즉, 1인당 지역소득이 높은 지역일수록 지방교육재정을 위한 평균유효지방교육 세율은 낮아지기 때문에 형평성 기준을 충족시키지 못한다고 평가할 수 있었다. 다양한 원인이 있겠으나 근본적인 문제는 지역소득의 차이가 지자체부담금의 차이로 변환되는 제도적 설계가 부재하기 때문으로 보인다. 시도세전입금 및 담배소비세전입금과 같이 법률에 의해 지자체부담분이 일률적으로 고정되어 있고, 지방교육재정교부금 산정방식과 두 재정간 분리운영으로 인해 지방교육세율을 탄력적으로 올리거나 내릴 유인이 거의 없다. 이에 따라 지방교육재정으로 전입되는 지자체부담금의 규모는 지역소득의 지역 간 격차만큼 차이가 벌어지지 않아 결과적으로 평균유효지방교육세율은 감소하게 되는 것이다.
지방교육재정을 위한 지자체부담금이 지역소득 차이를 제대로 반영하지 못하면서 형평성이 어긋나고 있으므로, 지방교육재정·일반지방재정 간 통폐합같은 근본적인 지방재정조달구조의 변화가 필요하다.