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그러나 규제비용관리제의 도입은 그 자체로도 기업에 영향을 미치는 규제에 한하여 직접비용과 직접편익을 객관적이고 합리적인 방법을 통해 측정하여야 하는 부담을 증가시켰을 뿐만 아니라, 더불어 규제영향분석제도의 비용편익분석도 강화되는 영향을 미쳤다. 이렇듯 규제비용관리제의 도입은 일선 공무원들의 업무부담을 상당부분 가중시켰으나 제도의 안착을 위한 인적･물적 지원 및 공무원의 전문성 강화를 위한 구체적인 대안을 제시하지 못하고 있는 실정이다. 뿐만 아니라 시범기간 동안 우리나라 현실에 맞는 규제비용관리제를 마련하기 위하여 하위 구성 요소들에 대한 지속적인 정비를 수행하였음에도 불구하고 규제비용관리제의 기본 취지인 기업 및 소상공인의 규제부담 완화라는 제도의 목적을 달성할 수 있을지에 대해서는 아직 논란의 여지가 있다.
규제비용관리제의 도입은 규제에 대한 직접비용과 직접편익을 측정하는 부담을 증가시키고, 규제영향분석제도의 비용편익분석도 강화시켰다. 따라서 기본 취지인 기업과 소상공인의 규제부담 완화를 달성할 수 있을지 의문이다.