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이러한 공간적 입지는 아니지만 2000년대 이후 추진된 혁신클러스터 정책사업을 통하여 산업집적지 경쟁력 강화사업의 시행으로 지역별 전략산업을 중심으로 소규모 산학연 협의체(미니클러스터)가 구성되었다. 미니클러스터는 수도권에는 IT 및 부품소재, 충청권에는 IT 및 기계, 대경권에는 기계 및 전자, 동남권에는 기계, 자동차, 조선부품 및 항공, 호남권에는 광, 중형조선, 자동차 및 친환경 바이오, 강원권에는 의료기계 등 각 지역의 전략산업을 중심으로 각 업종별로 2011년 12월말 현재 193개 사업대상 단지 내에 77개의 미니클러스터에 7,087명의 산학연 전문가가 참여하여 활동 중이다.(산업통상자원부 외 2013: 282)
혁신클러스터 정책사업을 통해 구성된 미니클러스터는 2011년 12월말 현재 193개 사업대상 단지 내 77개의 미니클러스터에 7,087명의 산학연 전문가가 활동 중이다.