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다음으로, 공공기관의 부채증가를 설명할 수 이론은 주인대리인 이론을 들 수 있다. 주인대리인 이론에서는 주인은 대리인의 역선택(Adverse Selection)과 도덕적 해이(Moral Harzard)를 막기 위해 통제를 강화할 인센티브가 필요하다고 주장한다(Eisenhardt, 1989; Stiglitz, 1987). 주인의 통제시스템이  약할  때  대리인의  도덕적  해이로  인한  비효율이  증가하게  된다.  선행연구들은 주인-대리인 관계에서 발생하는 근본적인 공공기관의 비효율성을 막기 위하여 다양한 통제장치가 필요하다는 것을 강조한다(곽채기, 2003; 박석희, 2006). 구체적으로 대리인으로서의 공공기관이 도덕적 해이에 빠졌을 때 조직의 낭비와 비효율이 증가하게 되고, 기관의 재무구조는 악화된다. 악화된 재무구조 때문에 결국 공공기관은 사업을 추진하고 운영경비를 유지하기 위해 차입에 의존하게 되어 부채가 증가하게 된다. 최근 정부가 공공기관부책감축 대책의 일환으로 발표한 공공기관 정상화 대책은 주인대리인 이론 관점에서 주인인 정부가 대리인인 공공기관의 도덕적 해이로 발생한 방만경영에 대한 통제를 통하여 부채를 줄이고자 하는 정책적 의지를 표명한 것이라 할 수 있다.
공공기관의 부채증가는 주인대리인 이론으로 설명된다. 이 이론에 의하면 주인은 대리인의 역선택과 도덕적 해이를 통제하기 위한 장치가 필요하다. 대리인으로서 공공기관이 도덕적 해이에 빠지면 기관의 재무구조가 악화되기 때문이다.