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추계과세의 적법요건인 추계의 필요성․합리성․타당성 등을 주장․입증하여 추계에 의한 소득금액이 상대적으로 정당하다는 것에 대한 입증 책임은 기본적으로 과세관청인 정부에 있다. 대법원의 판결(84누216, 1986.3.25.)에서 추계과세의 요건에 관한 입증 책임은 기본적으로 과세관청에게 있고, 과세관청이 그 추계과세의 요건에 관하여 입증하지 못하였다면 특별한 사정이 없는 한 그 추계과세는 위법하다고 하였다. 또 “종합소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이고, 그 입증 책임은 과세관청에 있다(98두915 판결,1999.10.8)”는 요지로 일관되게 판결한 바 있다.
대법원의 판결(84누216)에 따르면 추계과세 정당성에 대한 입증 책임은 과세관청인 정부에 있다. 만약 과세관청이 납세자의 자료가 부족하거나 위조되어 신뢰성이 부족하다고 판단한 경우를 제외하고는 과세관청이 입증하지 못할 경우 추계과세는 위법이 된다. 