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교육과정 거점학교가 많은 긍정적인 효과를 거두고 있지만 풀어야 할 과제도 많이 있다. 학생의 관심과 호응도는 점점 높아지는 데 예산문제가 발목을 잡고 있다. 참여 학교와 학생 수는 증가했지만, 예산 증액은 그에 따르지 못하고 있는 것이다. 또 다른 문제점은 무상교육에 따른 부작용으로 일부 학생의 경우 교육과정 거점학교는 그만두고 싶으면 그만둬도 되는 것이라는 생각을 가지고 있다. 일정부분 수익자 부담으로 돌릴 경우 학생이 교육에 임하는 자세도 좋아질 것이며, 교육청 예산 부족분을 채울 수도 있을 것으로 생각된다. 만족도 조사에서 가장 불만인 점은 거점학교까지의 거리가 너무 멀다는 점이다. 과학교과의 경우 9개 학교가 교육과정 거점학교로 지정되어 있는데 서울시 전역에 9개 학교만 있다 보니 집 근처에 거점학교가 없어 집에서 멀리 등하교를 해야 하는 단점이 있다. 이를 보완하기 위해 서울시 교육청에서는 ‘개방-연합형 종합 캠퍼스 교육과정’이라는 이름으로 인접한 학교 몇 개를 묶어 진행하는 ‘학교 연합형 교육과정’을 3개 권역 11개 학교 16개 과목에서 시범적으로 시행하고 있다. 이 제도는 2015년 개정 교육과정이 적용되는 2018년 이후까지 단계적으로 확대 추진될 예정인데 이 제도가 잘 정착된다면 더욱 많은 일반고 학생들이 적극적인 학습 동기와 의욕을 갖고 수업에 능동적으로 참여할 수 있는 기회가 확대될 것으로 전망된다.
교육과정 거점학교는 예산 문제가 있지만 일정부분을 수익자 부담으로 돌리면 예산 부족분을 채울 수 있다. 또한 학생들의 통학 거리 문제가 있지만 '개방-연합형 종합 캠퍼스 교육과정' 시행으로 보완할 수 있다.