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PSI 적용 시 현 해양법 내에서 가장 큰 국제법적 장애는 PSI 차단조치가 공해(EEZ 포함)상에서 적용가능한가의 여부다. 내수 및 영해에서는 PSI 참가국들이 의심 선박을 정지시키고 조사할 수 있는 합법적 권한이 있는 데 반해, 공해에서는 오직 기국(旗國)만이 검문 및 검색할 수 있는 권한을 가지고 있어서 PSI 참가국들의 공해상 차단에 어려움이 존재한다. 특히, 공해에서는 UN 해양법 협약(UNCLOS)에 규정된 형사관할권 및 무해통항권 침해, 항행의 자유 제한 문제 등이 초래되고 있다. 아울러 접속수역과 배타적 경제수역에서도 공해에서의 차단과 동일한 내용의 규범의 충돌 문제가 발생하고 있다. ‘공해상 항행 자유의 원칙’으로 공해상 PSI 실행이 어렵다는 점을 단적으로 보여준 사례가 바로 앞서 논한 ｢서산호 사건｣이다.
PSI를 적용할 경우, 기국만이 검문 및 검색 권한을 가지고 있는 현행 해양법에서 이 조치가 공해(EEZ 포함)상에 적용이 가능한지가 주요한 문제이다.