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물론 더 큰 문제는 이러한 보조울이 규정되어 있음에도 불구하고, 실제 예산 배정의 과정에서는 정확하게 지켜지지 않는 문제가 있기는 하다. 그럼에도 규정과 기준의 관점에서 볼 때, 포괄보조금은 기준보조율을 최소한 80% 수준으로 상향 조정하는 것이 의미가 있다. 포괄보조금의 경우 보조율을 일반 보조금 보다 상향 조정해야 하는 이유는 포괄보조금이 사실상 교부금과 같은 성격을 가지고 있으나, 다만 특정 사업을 지원한다는 의미가 강하기 때문이다. 최소한 일반 국고보조 사업과 차별되는 의미로서의 포괄보조금의 성격을 강조하기 위해서는 50%미만의 사업에 대해서는 재조정이 필요하다.
포괄보조금의 보조율 상향은 특정 사업을 지원하는 의미가 강해 일반 국고보조 사업과 차별됨으로 포괄보조금의 성격을 강조하기 위해서는 50%미만의 사업은  재조정이 필요하다.