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개별적산법의 단점으로는 시스템 경계가 주관적이고, 비용과 시간이 많이 든다는 점, 그리고 새로운 과정 설계가 어렵다는 것이다. 또한 데이터 소유주가 있으므로 활용에 제한이 있고,만일 제한된 데이터가 사용된다면 검증하기가 어려운 점이 있다. 이에 따라 데이터를 완전히 신뢰하기 어렵다. 산업연관분석법의 단점으로는 특정 제품 평가 시 합쳐진(aggregated)데이터가 포함되어 있다는 것과 과정 평가가 어렵다는 것이다. 또한 돈의 가치를 물리적인 단위로 연계하기가 어렵고, 경제 및 환경 데이터를 활용 시 과거의 것을 그대로 활용할 수도 있다는 것이다. 또한 수입된 것이 국내제품으로 간주되고, 개방경제에 적용하는 데는 어려움이 따른다. 그리고 데이터의 불확실성은 개별적산법과 같은 단점으로 들 수 있다.
개별적산법의 단점은 시스템 경계의 주관성, 비용과 시간의 비경제성, 데이터 활용의 제한성 등이다. 산업연관분석법의 단점은 특정 제품 평가시 통합데이터가 포함된 것, 과정평가 어렵다는 점 등이 있다.