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그러나 현행 보호입원 제도가  입원치료⋅요양을 받을 정도의 정신질환이 어떤 것인지에 대해서는 구체적인 기준을 제시하지 않고 있는 점,  보호의무자 2인의 동의를 보호입원의 요건으로 하면서 보호 의무자와 정신질환자 사이의 이해충돌을 적절히 예방하지 못하고 있는 점,  입원의 필요성이 인정되는지 여부에 대한 판단권한을 정신과전문의 1인에게 전적으로 부여함으로써 그의 자의적 판단 또는 권한의 남용 가능성을 배제하지 못하고 있는 점, 보호의무자 2인이 정신과전문의와 공모하거나, 그로부터 방조⋅ 용인을 받는 경우 보호입원 제도가 남용될 위험성은 더욱 커지는 점,  보호입원 제도로 말미암아 사설 응급 이송단에 의한 정신질환자의 불법적 이송, 감금 또는 폭행과 같은 문제도 빈번하게 발생하고 있는 점,  보호입원 기간도 최초부터 6개월이라는 장기로 정해져 있고, 이 또한 계속적인 연장이 가능하여 보호입원이 치료의 목적보다는 격리의 목적으로 이용될 우려도 큰 점,  보호입원 절차에서 정신질환자의 권리를 보호할 수 있는 절차들을 마련하고 있지 않은 점,  기초정신보건심의회의 심사나 인신보호 법상 구제청구만으로는 위법⋅부당한 보호입원에 대한 충분한 보호가 이루어지고 있다고 보기 어려운 점 등을 종합하면, 심판대상조항은 침해의 최소성 원칙에 위배된다.
현행 보호입원 제도가 정신질환의 입원치료 요건에 대한 구체적인 기준 미흡, 보호의무자와의 이해 충돌, 전문의 1인에게 부여된 입원의 필요성 인정, 보호입원기간의 장기화와 연장 가능성에 따른 악용가능성, 권리보호절차의 미비점, 위법 보호입원에 대한 보호 장치 미흡 등을 종합하면 심판대상조항은 침해의 최소성 원칙에 위배된다.