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일본은 2001년까지 중국 다음으로 북한의 중요 무역상대국이었다. 더군다나 1987년부터 2006년 일본의 대북제재가 있기 전까지 북한은 2001년 단 한 차례를 제외하고 일본과의 무역에서 흑자를 기록하였다. 그러나 2002년 일본인 납치문제가 이슈화되고 2006년 제1차 북핵실험으로 일본정부가 국제사회의 대북 경제제재조치에 동참하게 되면서 북일무역은 쇠퇴하기 시작하였다. 이때부터 남한은 일본을 제치고 북한의 두 번째 교역 대상국이 되었다. 그 결과 2000년 남북교역을 포함한 북한의 대외무역에서 북일무역이 차지하는 비중이 4억 6,365만 달러(19.4%)로 중국의 4억 8천803만 달러(20.4%)에 2천500만 달러밖에 차이가 나지 않았던 현실에서 2003년 대일교역의 비중이 8.5%로 처음으로 10% 이하로 감소한 이후 2006년에는 2.8%로 급속히 축소되었다. 이후 일본은 2007년부터 북한의 10대 교역 대상국에서도 제외되었고, 2009년 6월부터 북일무역은 완전 중단되었다.
일본은 2001년까지 중국 제외 가장 중요한 북한의 무역상대국으로, 북한은 2001년을 제외하고 계속 일본과의 무역에서 흑자를 기록했다. 일본의 대북제재 동참 이후  북일무역은 쇠퇴하기 시작하여 2009년에는 북일무역이 완전히 중단되었다.