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셋째, 출연연구기관 사업구조와 평가제도의 개선이다. 출연연구기관에서 새로운 지식탐색을 위한 활동은 일부분에 지나지 않는다. 창의연구사업의 경우 전체 사업비의 5%에 불과하다. 새로운 지식을 탐색하기 위한 연구 활동이 이루어지지 않는다면 새로운 경쟁연구 주제를 확보하기가 어렵고 출연연구기관별 경쟁연구 분야를 유지하기도 어렵다. 경쟁적인 연구위치를 확보하기 위해서는 끊임없는 지식의 탐색과 깊이 있는 활용이 중요하다. 따라서 새로운 지식탐색을 위한 창의적 연구, 기초적 연구를 수행할 수 있는 사업구조를 확대하고, 모든 연구원들이 일정기간 동안 그리고 주기적으로 기초연구를 통한 지식탐색활동을 할 수 있는 여건을 조성해야 한다. 이를 위해서는 양적 경쟁 중심의 개인평가제도의 개선도 이루어져야 한다. 즉, 대형과제 확보 그 자체가 양적 평가결과를 좌우하는 현재의 평가체계에서 벗어나야 한다. 개인평가제도의 개선은 협력적 집단지성이 발휘될 수 있도록 개인단위 경쟁방식의 지나친 촉진도 개선되어야 한다. 이를 위해서는 물론 개인단위 평가와 보상이가시적인 평가결과에만 의존하는 것이 아니라 비가시적인 평가, 예를 들면 전문성수준에 대한 인정 등을 통해 적절하게 반영되는 조직문화가 조성되어야 하며, 이것이 이루어지기 위해서는 전문성 중심의 내부지배구조의 확립이 필요하다.
창의연구사업은 전체 사업비의 5%에 불과하기에 꾸준한 연구 활동이 시행되지 않으면 새로운 경쟁연구 주제 확보가 어려워지며 출연연구기관별 경쟁연구 분야의 유지도 어렵다. 따라서 새로운 지식탐색을 위해 사업구조의 확대와 지식탐색활동 여건을 만들어야 한다. 이를 위해선 양적 경쟁 위주의 개인평게제도의 개선이 필요하다.