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이 상황에서 2012년부터 시리아 내전이 격화되기 시작했다. 혼돈 국면에서 ISI는 알-카에다의 일원으로 월경(越境)하여 ‘누스라 전선(Jabhat al-Nusra)’휘하로 시리아 반군진영에 가담하게 되었다. 2012년과 2013년만 해도 알카에다 계열의 누스라 전선과 반(反)아사드 저항운동을 함께 수행했다. 시리아 반군진영에 가담한 ISI는 영역을 확장하여 ‘이라크-시리아(샴, 또는 레반트) 이슬람 국가(Islamic State of Iraq and al-Sham / Levant, 이하 ISIS)’로 재편했다. 이와 동시에 시리아 내 반군 장악지역에서 이슬람 성법을 구현한다는 명분하에 현지 주민들에 대한 강압적이고 잔학한 통치이념을 전파하기 시작했다. 독자적 국가 수립의 단계로 전환하기 시작한 것이다. 이에 반군 내부에서 ISIS에 대한 불만이 폭증하기 시작했고, 급기야 알카에다인 누스라 전선도 ISIS와의 결별을 선언하게 되었다.
시리아 내전이 격화되자 ISI는 반군진영에 가담하여 ISIS로 재편했다. 동시에 독자적 국가 수립을 위한 강압적인 통치이념을 전파하기 시작했다. 이에 불만이 폭증해 알카에다인 누스라 전선마저도 ISIS와 결별을 선언했다. 