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첫째, 국가수리과학연구소는 연구소내 노사갈등 및 운영 미숙 등의 문제로 인하여 기관고유사업비 집행률이 저조하다.1) 기관고유사업은 기관의 설립 목적을 달성하기 위해 수행하는 기본 사업이다. 그럼에도 불구하고, 수리과학연구소는 담당 인력의 중도퇴사 등으로 인하여 기관고유사업비의 집행률이 2013년 67.7%에서 2014년 55.0%로 악화되었다. 2) 구체적으로 살펴보면, 계산수학연구의 집행률은 2013년 61.6%에서 2014년 48.5%로 낮아졌으며, 수학원리응용연구의 집행률은 2013년 71.9%에서 2014년 49.5%로 낮아졌다. 수리모델연구의 집행률은 2013년 69.8%에서 2014년 79.6%로 높아졌으나, 여전히 80% 미만의 집행률을 보이고 있다.
노사갈등 및 운영미숙으로 인해 국가수리과학연구소의 기관고유사업비 집행률은 절반 이하이며 수학원리응용연구의 집행률도 저조한 상태이고 수리모델연구의 집행률도 80% 미만에 머물고 있다.