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전술한 바와 같이 간접배출의 포함으로 인해 우리나라 배출권거래시장이경기변동에 매우 민감한 가격 변동성을 보일 수 있으며 과다한 잉여 배출권이 발생할 수 있다. 나아가 급격한 가격 변동성은 기업들의 감축투자 유인을왜곡시켜 비효율성을 야기할 수 있다. Chatterton(2013)은 간접배출을 포함한배출권거래제의 가격위험 완화 방안으로서 직·간접 배출권 시장의 분리(separation of direct and indirect markets), 발전부문의 배출권거래제 제외(exclusion of power generation) 등을 제안하였다.
배출권 거래가 큰 변동성을 보이면 잉여 배출권이 발생된다. 이러한 변동성을 줄이기 위해 직·간접 배출권 시장의 분리,  발전부문의 배출권거래제 제외 등이 필요하다.