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한편 세수오차가 커지고 있는 데는 세수추계방식의 문제에도 일부 기인한다. 2000년대 이후 경상GDP에 대한 국세수입의 탄성치의 변동성이 크게 확대되는 점은 회귀방정식을 이용한 전통적인 세수추계 모형으로는 정확한 세수를 추계하는 데 한계를 배태할 수밖에 없음을 의미한다. 회귀방정식은 세수의 장기적인 부양성을 추정하는 방법으로 장기적인 추세를 살펴보는 데 유용한 방법이다. 반면 회귀방정식은 경기순환구조에서의 세수의 특징을 포착하는 데 한계가 있으며, 세법개정 효과 등 재량적인 제도 변화도 반영하지 못한다는 한계를 내포하고 있다. 평균적인 세수 탄성치가 1이라 하더라도 이러한 평균 개념에 입각하여 세수 전망을 할 경우 세입증가율을 오도할 가능성이 커진 상황이다. 이러한 한계를 보완하기 위해서는 세수구조 변화에 따른 행태변화, 마이크로 시뮬레이션 모델의 설정 등 보다 미시적인 접근방법으로 보완할 것을 제안한다.
회귀방정식을 이용한 전통적인 세수추계 모형은 경기순환구조에서의 세수 특징을 포착하는 데 한계가 있고, 제도 변화도 반영하지 못하여 세수오차가 커지게 한다. 따라서 세수구조 변화에 따른 행태변화 등 보다 미시적인 접근방법으로 보완해야 한다.