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다음으로 제도 운영 추진절차를 간략히 보면, 대상과제 선정 ⇒ 분석평가서 작성․제출 ⇒ 검토의견 통보(원안동의, 개선의견) ⇒개선의견 통보시 반영결과 제출(수용, 일부수용, 불수용) ⇒ 종합결과보고서 제출(다음 해 2월)의 순서로 하도록 되어 있다. 성별영향분석평가법 시행 이전의 절차와 비교했을 때 의미 있는 점은 분석평가서에 대한 검토의견을 중앙은 여성가족부 장관이, 지방자치단체는 분석평가책임관이 통보하고, 각 기관(또는 부서)은 그에 대한 반영결과서를 제출하도록 공식화 했다는 것이다. 이러한 절차 도입은 분석평가 결과에 대해 책임성을 갖게 하고, 정책개선으로 반영될 수 있도록 한다는 데 의미가 크다.
제도 운영 추진 절차에서 분석평가에 대한 검토의견을 중앙은 여성가족부 장관이, 지방자치단체는 분석평가책임관이 통보하고 각 기관이 반영결과서를 제출하게 해 책임성과 정책개선을 노렸다.