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해당 법안에는 보건복지부장관이 5년마다 관계 중앙행정기관의 장이 소관별로 제출한 방과후돌봄에 관한 계획을 종합·조정하여 방과후돌봄기본계획을 수립하고(안 제6조), 이에 따라 시·도지사가 시행계획을 수립하도록 하고 있다(안 제7조). 이에 대한 관계부처의 의견으로 보건복지부는 별도의 기본계획을 수립하기보다는 「아동복지법」에 따른 아동정책기본계획을 활용하자는 입장이고, 기획재정부는 별도의 기본계획 수립 시 각 법률에 근거한 기본계획 간 충돌이 발생할 수 있고, 학교 인프라를 기반으로 전체 아동에게 방과후 돌봄을 제공하는 교육부에서 주도하는 것이 바람직하다는 입장을 제시하였다. 행정안전부는 정규교육과의 관계 등을 고려하여 시행계획의 수립 주체를 지방자치단체의 장이 아닌 시·도교육감으로 하는 것이 바람직하다는 의견을 제시하였다.
해당 법안은 보건복지부장관이 방과후돌봄 기본계획을, 시·도지사가 시행계획을 수립게 한다. 보건복지부는 기존 정책을 활용, 기재부는 교육부가 하자고 하였다. 행안부는 시행계획 수립은 시·도교육감이 옳다고 보았다.