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대법원이 근로자성의 판단과 관련하여 변화된 모습을 보이기 시작한것은 대법원 2006. 12. 7. 선고 2004다 29736 판결(이하에서는 ‘2006년 판결’이라 지칭함)에서이다. 이 판결에서 대법원은 “근로기준법상의 근로자에 해당하는지 여부는 계약의 형식이 고용계약인지 도급계약인지보다 그 실질에 있어 근로자가 사업 또는 사업장에 임금을 목적으로 종속적인 관계에서 사용자에게 근로를 제공하였는지 여부에 따라 판단하여야 하고,여기에서 종속적인 관계가 있는지 여부는 업무 내용을 사용자가 정하고 취업규칙 또는 복무(인사)규정 등의 적용을 받으며 업무수행 과정에서사용자가 상당한 지휘․감독을 하는지, 사용자가 근무시간과 근무장소를지정하고 근로자가 이에 구속을 받는지, 노무제공자가 스스로 비품․원자재나 작업도구 등을 소유하거나 제3자를 고용하여 업무를 대행케 하는 등 독립하여 자신의 계산으로 사업을 영위할 수 있는지, 노무 제공을 통한 이윤의 창출과 손실의 초래 등 위험을 스스로 안고 있는지, 보수의 성격이 근로 자체의 대상적 성격인지, 기본급이나 고정급이 정하여졌는지 및 근로소득세의 원천징수 여부 등 보수에 관한 사항, 근로 제공 관계의 계속성과 사용자에 대한 전속성의 유무와 그 정도, 사회보장제도에 관한법령에서 근로자로서 지위를 인정받는지 등의 경제적․사회적 여러 조건을 종합하여 판단하여야 한다. 다만, 기본급이나 고정급이 정하여졌는지, 근로소득세를 원천징수하였는지, 사회보장제도에 관하여 근로자로 인정받는지 등의 사정은 사용자가 경제적으로 우월한 지위를 이용하여 임의로 정할 여지가 크기 때문에, 그러한 점들이 인정되지 않는다는 것만으로 근로자성을 쉽게 부정하여서는 안 된다.”라고 판시하여, 1994년 판결의 판단원칙을 기본으로 하되, 사용종속을 판단하는 기준에 변화를 주었다.
대법원의 2006년 판결은 근로자성에 대한 판단의 근거로 근로자가 사용자에 대해 종속관계에 있는지를 적용했다. 종속관계의 여부는 취업과 업무의 규칙을 사용자가 지정하며 업무수행 과정에서 사용자가 상당한 지휘 및 감독을 하는지, 보수의 성격이 근로 자체의 대상적 성격인지 등으로 판단한다. 다만 급여와 근로소득세의 원천징수, 사회보장제도 등에 대해서는 사용자가 임의로 정할 여지가 크기 때문에 그런 기준으로 근로자성을 쉽게 부정할 수는 없다.