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정부가 민간투자사업 추진의 필요성을 주장하고 있지만, 민간투자사업과 관련된 다양한 문제가 제기되었다. 이에 정부는 2005년 3월에 민간제안사업에 대한 적격성조사 제도를 도입하였다. 또한 민간투자사업 운영현황 및 추진실적 등 민간투자사업의 전반적인 진행 사항이 매년 예산결산특별위원회 및 소관 상임위원회에 보고되고 있고, 민간투자사업의 용지보상비 ‧ 건설보조금 등은 국회 심의·의결 절차를 거쳐 예산이 확정되고 있다. 그러나 민간투자사업 시행자와의 실시협약 체결 전에 국회에서 관여할 수 있는 사항은 매우 제한적이다. 국회는 시설사업기본계획의 고시 전, 임대형 민간투자사업(BTL, Build Transfer Lease)의 총한도액을 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제7조의2에 따라 의결하고 있으나, 정부는 수익형 민간투자사업(BTO, Build Transfer Operate) 중에서 정부고시사업에 한하여 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제8조의2에 따라 타당성 분석 결과 요약을 국회에 제출하고 있을 뿐이다. BTO 사업들은 대부분 민간제안사업으로, 실시협약 체결 전까지 사업추진 관련 내용은 공식적으로 국회에 제공되지 않는다.
민간투자사업과 관련된 문제가 제기되자 정부는 적격성조사 제도 도입, 운영현황 같은 진행사항 정기보고, 국회를 거치는 예산 확정 절차 등을 시행하였다. 그러나 국회는 BTO 일부의 타당성 분석 결과 요약만을 제출받는 등 민간투자사업 시행자와의 실시협약 체결 전에 관여하기는 어려운 상황이다.