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반면 남구청은 경제적, 기술적 측면에서 시범사업의 미래 비전에 점차 부정적인 태도로 바뀌었다. 애초 계획과 달리 지역 내부의 자원(농업부산물)이 부족하다는 결론에 이르러 외부에서 농업부산물과 음식물쓰레기 등을 반입해야 하는 판단에 대해 마을주민들 사이에 외부 음식물 쓰레기 반입에 반대 의견이 높았다. (주)동호가 제안한 바이오플랜트의 입지지역도 개발제한구역이라는 제약 탓에 대안적 선택이 되기 어려웠다. 또한 국비와 지방비로 충당할 것으로 알려진 시범사업비 전액이 바이오가스플랜트 설비비에 투자되어, 나머지 토지매입과 퇴비화시설 비용(나주에 있는 소화슬러지 퇴비화 생산업자 공급 가능)을 마련하기 어려웠고, 생산된 열에너지를 각 가정에 보급하는 배관비용의 일부를 개별가구가 부담할 수밖에 없게 되었다. 그리고 전력과 열 판매수익도 불확실하다는 전망이 우세했다. 주민들의 국내외 관련 시설 견학이 이루어졌지만, 정작 자신들의 참여와 개입은 이미 정해진 사업프로젝트에 대한 찬반 의견 개진에 그쳤다. 남구청이 주최한 주민설명회에서 찬반의견이 양분되면서 대립한 주민들은 결국 주민투표를 거쳐 남구청이 사업을 반려하도록 만들었다. 사실상 프로젝트 책임자이자 컨설턴트가 되어야 하는 남구청은 한국환경공단에 비해 전문성이 부족한 상황에서 이해관계자인 중앙부처, 그리고 분열된 지역주민들과의 갈등관계에 놓이면서 스스로 사업을 포기하는 태도를 보였다.
바이오플랜트 사업이 쓰레기 반입의 문제, 입지 문제 그리고 국비, 지방비가 설비에만 투자되는 등의 문제가 발생하였고, 주민의 참여도 형식적인 절차에 그쳐 결국 주민투표를 통해 사업이 반려되었다. 이런 이유는 사업의 책임자가 되어야 했던 남구청의 전문성 부족이 큰 이유였다.