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한편 자유학기제 교육과정 편성·운영과 관련하여 오전에는 기본교과를, 오후에는 자율과정을 천편일률적으로 편성하는 데서 오는 여러 가지 어려움이 토로되기도 하였다. 이는 일선 학교에서 정책 의도를 다소간 오해하고 있는 데서 비롯한 현상이라고 할 수 있다. 자유학기제 기본 계획에서 제시하고 있는 모형들은 예시적 성격의 것이지만, 학교의 입장에서는 반드시 따라야할 전범(典範)으로 받아들여지고 있기 때문이다. 또한 여기에는 교과 학습을 효율적으로 운영하기 위한 고충도 숨어 있는 것으로 파악된다. 교과 수업을 분산해서 배치하고 그 사이 체험활동을 포함한 자율과정이 운영될 경우 교과에 대한 계통적인 학습이 지장을 받을 수 있기 때문이다. 자유학기제가 전면 시행되고, 모든 학교들이 동일한 방식으로 교육과정을 편성할 경우 여러 가지 문제를 야기할 수 있음을 충분히 미루어 짐작할 수 있다. 가령 모든 학교들이 오후에 일률적으로 체험활동을 진행하게 될 때, 체험장 확보 등에 있어서 큰 혼란이 초래될 가능성이 있다는 것이다. 이에 대한 충분한 홍보와 보다 융통성 있는 교육과정 편성운영 방안이 모색될 필요가 있다. 더 나아가 소규모 학교의 경우 자유학기제를 시행하는 학년과 그렇지 않은 학년을 모두 담당하는 교사들이 다수 발생하게 되는데, 이 경우 교육과정 편성과 운영이 결코 만만치 않다는 것을 예상할 수 있다. 이에 대한 대책 수립도 반드시 고려되어야 한다.
한편 오전엔 기본교과, 오후엔 자율과정을 똑같이 편성하리라는 우려가 있다. 이는 예시 모형을 무조건 따라야 한다는 오해와 교과 학습을 효율적으로 운영하고자 하는 고민으로 인한 것이다. 오해와 고민의 해결을 위해 홍보와 융통성있는 교육과정 편성운영 방안이 제시되어야 한다. 더 나아가 학년 별 자유학기제 시행을 달리하는 소규모 학교의 교사에 대한 대책도 반드시 필요하다.