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자치분권 종합계획이 지니는 두 번째의 의의는 지방의 지위에서 찾을 수 있다. 중앙집권 체제에서 우리나라의 중앙-지방은 상하 복종 또는 지도 감독의 관계였다. 단체자치의 전통하에서 지방은 상위의 법령안에서 자치법규를 제정할 수 있었다. 다수의 특별법에 따라 지방의 지위와 권능은 크게 제약받았다. 중앙-지방의 관계를 정부간 관계라고 정의할 수 없었다. 자치분권 종합계획은 지방정부라는 용어를 직접 쓰고 있지는 않지만 2018년 상반기에 시도된 헌법개정안의 취지에 따라 지방 역시 정부라는 인식 위에 중앙-지방의 관계를 구축할 계획이다. 중앙-지방은 국정의 동반자로서 파트너십에 기초하여 국가의 목표를 추구한다. 종전에는 중앙정부가 지방자치와 분권에 저해되는 법령의 제정을 일방적으로 추진하였다. 향후에는 정부가 추진하는 법령 중 자치분권에 영향을 미치는 법령은 자치분권사전협의를 거쳐야 한다.
두번째로 자치분권 종합계획은 지방의 지위로 나타난다. 중앙집권 체제 하에선 중앙-지방은 상하관계였다. 반면, 자치분권 종합계획하에선, 중앙-지방은 파트너십에 기초하여 함께 국정을 꾸린다.