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공공요금사업을 수행하는 공기업이 공공요금 인상요인이 발생하여 정부에 요금인상을 요청하더라도 정부가 원가상승분만큼 요금을 인상하지 않고 공공요금을 규제하는 이유 중 하나는 원가산정이 불분명하고 검증체계가 미비하기 때문이다. ｢공공요금 산정기준｣에 따르면, 공공요금사업을 수행하는 사업자는 공공요금 산정과 검증을 위해 요금정산보고서와 요금산정을 위한 재무제표 및 관련 회계자료를 소관부처에 제출하여 검토과정을 거친 후 기획재정부에 제출하여야 한다. 그러나 원가산정의 적정성은 사후 제출되는 보고서만으로 신뢰성 있는 검증이 어려운 실정이다. 실제로 감사원은 한국가스공사에 대한 감사에서 한국가스공사가 총괄원가를 부적정하게 산정하여 천연가스도매요금을 과도하게 인상시켰다고 지적하였다.
공공요금사업을 진행하는 공기업이 공공요금 인상 이유가 생겨 정부에 요금인상을 주장하더라도 정부가 공공요금을 규제하는 이유는 원가산정이 불명확하고 신뢰성을 전제로 한 검증이 어렵기 떄문이다. 