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그럼에도 불구하고 지역통계의 문제점은 여전히 국민과 지역통계의 이해당사자들에게 각인되고 말았다. 일찍이 김범식·송영필(1995) 및 한국은행 충북본부(2005)는 지역통계의 양적 부족, 정확성 및 신뢰성 부족, 시의성 저하, 통계관리 및 활용도 미흡, 지역통계 전문인력 부족 등을 제시하였다. 또한 정동명·최봉호(2005)는 지자체의 낮은 통계인식과 취약한 조직 및 인력의 문제, 대부분의 조사통계 단위를 전국 혹은 시도로 설계한 점, 표본조사 및 가공분석통계의 미흡 등 지역통계의 양적인 부족, 그리고 통계품질의 문제(정확성과 보안 등) 및 활용성 저조 등을 지역통계의 문제점으로 제시하고 있다.
지역통계의 양적 부족, 통계품질의 문제 등 다양한 지역통계의 문제점은 여전히 국민과 지역통계의 이해당사자들에게 각인되었다.