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셋째, 교섭단위 분리제도를 좀 더 적극적으로 활용할 필요가 있다. 노조법 제29조의3 제2항은 “현격한 근로조건의 차이, 고용형태, 교섭 관행 등을 고려하여 교섭단위를 분리할 필요가 인정되는 경우에 노동위원회는 ‥‥ (중략) ‥‥ 교섭단위를 분리하는 결정을 할 수 있다”고 규정하고 있다. 그러나 노동위원회와 법원은 교섭단위분리를 광범위하게 허용하는 것이 교섭창구단일화제도의 취지에 반한다는 이유로 매우 엄격한 요건 하에서만 교섭단위의 분리를 인정하고 있다. 그러나 현재와 같이 승자독식의 창구단일화제도와 실효성이 낮은 공정대표의무제도 하에서 교섭단위분리신청에 대하여 엄격한 요건을 요구하는 것은 모든 노동조합에 대하여 교섭권을 보장하는 것을 원칙으로 하고 있는 헌법 제33조 제1항의 취지에 반하는 것이다. 왜냐하면, 교섭창구단일화제도는 헌법이 보장한 기본권(단체교섭권)을 법률로서 제한하는 것을 예외적으로 허용한 것인데, 교섭창구단일화를 이유로 기본권(단체교섭권)을 회복하는 기능을 가진 교섭단위분리를 엄격하게 제한하는 것은 최소침해의 원칙에 위반되기 때문이다. 따라서 교섭단위분리에 대한 전향적인 접근이 필요하다.
교섭창구를 단일화해야 한다는 이유만으로 교섭단위 분리 제도를 지나치게 막는 것은 기본권을 보장하는 헌법 정신에 위배된다. 따라서 교섭단위 분리에 대한 적극적인 검토가 요구된다.