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더욱이 규제비용 상쇄를 위해서는 한 부처내의 서로 다른 부서 간에 협력이 매우 중요한데, 예컨대 신설･강화규제를 담당하는 실･국내의 법령에서 상쇄를 하지 못하게 되면 다른 실･국의 법령을 폐지･완화하여야 한다. 이러한 경우 신설･강화규제를 담당하는 공무원은 소관 법령을 제정하거나 개정하는 과정에서 필요한 규제비용분석을 실시하는 것이지만, 신설･강화규제와 폐지･완화규제가 서로 다른 법령일 경우 폐지･완화 규제를 담당하는 공무원은 자신의 업무도 아닌 타 법령의 제･개정 때문에 규제비용분석이라는 추가적인 업무를 하는 상황이 될 수밖에 없다.
신설･강화규제 담당인 실･국내 법령에서 규제비용 상쇄를 하지 못한다면 다른 실･국 법령을 폐지･완화하여야 하기 때문에 부서 간의 협력이 중요하다.