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2) 국방부가 국가인권위원회 권고 등을 수용해 2016. 3. 「국방부 군인·군무원징계업무처리 훈령」 제4조의 6제2항에서 영내 폭행·가혹행위 발생 시 형사처벌과 징계의 구별 기준을 정립하는 등 징계절차의 투명성을 강화하기 위해 노력해온 사실은 인정된다. 그러나 일선 부대에서는 지휘관 성향에 따라 징계 양정에 차이가 크고, 이번 방문조사 과정에서도 일부 법무관이 형식적인 적법성 심사의 문제점을 지적하였다. 실제로 인권담당 군법무관에 의한 적법성 심사제도가 도입된 2006년 이후 징계 입창 처분은 1만 건 이하였으나, 2009년 이후 다시 1만 건 이상으로 증가하였다. 국가인권위원회도 이런 문제점을 인식하고 2016년 제3기 NAP에 인권담당법무관의 독립성 강화를 포함하고, 향후 모니터링을 진행하기로 결정하였다. 따라서 이 사안에 대해서는 국방부가 지속적으로 검토하여 인권담당 법무관의 독립성강화 방안을 마련할 필요가 있다고 판단된다.
국방부는 영내 폭행, 가혹행위 징계와 처벌절차의 투명성을 강화해왔으나, 일부 법무관들의 문제점이 드러났다. 군법무관의 적법성 심사제도 도입 후 징계처분이 감소했지만 다시 증가하였다. 이에 담당법무관의 독립성 강화 및 검토, 지속적인 모니터링이 필요하다.