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한편 헌법재판소는 지난 2016년 9월 29일 재판관 전원 일치 의견으로, 보호의무자 2인의 동의와 정신건강의학과 전문의 1인의 진단이 있으면 보호입원이 가능하도록 정한 정신보건법 제24조 제1항, 제2항2)이 헌법에 합치되지 않는다는 결정을 선고하였다. 앞서 헌법재판소는 2016년 4월 14일에 이 위헌제청 사건에 대하여 공개변론을 실시하여 당해사건 대리인, 이해관계기관 및 관련 전문가의 의견을 들은 바 있다. 헌법재판소의 이번 결정은 보호입원 제도 자체를 위헌이라고 본 것이 아니라, 심판대상조항이 보호입원을 통한 치료의 필요성 등에 관하여 독립적이고 중립적인 제3자에게 판단 받을 수 있는 절차를 두지 아니한 채 보호의무자 2인의 동의와 정신과전문의 1인의 판단만으로 정신질환자 본인의 의사에 반하는 보호입원을 가능하게 함으로써, 결국 제도의 악용이나 남용 가능성을 배제하지 못하고 있다는 점에 위헌성이 있다고 본 것이다. 즉, 심판대상조항이 정신질환자를 신속·적정하게 치료하고, 정신질환자 본인과 사회의 안전을 도모한다는 공익을 위한 것임은 인정하나, 단지 보호의무자 2인의 동의와 정신과전문의 1인의 판단만으로 정신질환자에 대한 보호입원이 가능하도록 하면서 정신질환자의 신체의 자유 침해를 최소화할 수 있는 적절한 방안을 마련하지 아니하고 결과적으로 기본권을 지나치게 제한하고 있다는 것이다. 따라서 심판대상조항은 법익의 균형성 요건을 충족하지 못하고 과잉금지원칙을 위반하였으며, 결국 신청인의 신체의 자유를 침해한 것으로 결정하였다.
헌법재판소는 제 3자의 진단을 바탕으로 한 보호입원에 대한 조항을 헌법불일치로 처리하였다. 환자 스스로의 의견은 반영되지 않은 채, 보호입원 제도가 부당하게 이용될 수 있음에 초점을 맞추어 기본권 위반 소지가 있다고 본 것이다. 