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국가 관세종합정보망은 수출입신고와 검역 등에 소요되는 시간을 단축하는 데 크게 기여하였다. 2009년 기준으로 통관업무의 100% 전자적 처리가 가능하게 됨으로써 수출통관은 1.5분 이내, 수입통관은 1.5시간 이내, 환급은 5.2시간 이내로 소요시간을 대폭 단축한 것이다. 또한 2016년 10월 기준, 전자통관시스템을 이용한 수출입 통관업무 처리시간 단축, 인건비 절감 등 직접적인 효과가 7,000억 원에 달하였으며 수출입 통관 화물 업무처리 속도가 빨라짐에 따라 무역업체, 관세사, 보세운송업체 등 관련 기관에서 얻은 수익 증대가 2조 원에 이르렀다. 또 항만, 항공 증설이 억제된 효과 역시 3,000억 원에 달했고 전자통관시스템을 이용한 비용 절감 액수가 추가적인 생산 활동에 투입됨으로써 무역업체 등 관련 기업에서 8,000억 원의 생산유발 효과를 발생시키는 등 전자통관시스템을 이용함으로써 연간 3조 8,000억 원의 물류비용이 절감되는 효과를 거두게 되었다.
국가 관세종합정보망은 수출입신고와 검역 등에 소요되는 시간을 줄이고 게다가 전자통관시스템을 이용한 수출입 통관업무 처리시간 단축과 인건비 절감 등 직접적인 효과와 수출입 통관 화물 업무처리 속도가 증가해 얻은 수익 증대가 2조 원 가까이에 이르렀다.