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둘째, 법원의 사전허가는 심판기관의 성격을 약화시키고 피고인의 공정한 재판을 받을 권리를 침해할 수 있다. 입법론들이 제시하는 바와 같이 수사기관이 정보저장매체 등을 압수하였더라도 이를 분석하지 못하고 즉시 봉인한 후 정보저장매체를 압수한 이유와 누가, 어떻게 분석할 것이며, 정보저장매체를 언제 환부할 것이며, 관련성이 없는 정보는 어떻게 할 것인지를 구체적 계획을 수립하여 법원에 허가서를 제출해야 한다고 한다. 이에 더하여 전자정보의 복제본이나 이미징한 것을 법원에 보관해야 한다고 주장한다. 그러나 이러한 주장은 법원이 수사기관의 수사에 불필요하게 깊숙하게 관여하도록 하는 것과 다름없다. 이는 심판기능에 전념해야 할 법원이 불필요하게 수사에 관여하는 셈이 되고, 해당 사건이 공소가 제기되기 전에 법원이 깊숙한 수사의 개입으로 해당 사건에 대하여 이미 예단을 갖게 되어 유죄의 심증을 가질 수도 있는 것이므로 공소장 일본주의의 제도를 몰각시키는 바람직하지 못한 현상을 불러올 위험성이 높아진다는 점에서도 법원의 사전허가를 받아야 한다는 주장은 타당하지 않다.
압수 저장매체에 대하여 수사기관이 분석하기 전에 압수 사유, 분석 방법, 향후 처리 방안 등에 대해 사전에 법원 허가를 받고 더욱이 복사본까지 법원에 보관해야 된다는 개념은 독립 심판기관이 수사에 깊이 관여하여 법관의 예단 방지 제도를 무력화시키는 것으로 바람직한 것이 아니다. 