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나아가 2016. 11. 30.부터 시행될 예정인 지자체장과 검사 직권에 의한 출생신고 절차에 있어서도 친생추정 조문과의 충돌이 예상된다. 자녀가 출생한 이후 수년이 지났음에도 불구하고 출생신고를 하지 않는, 즉 ‘방임’에 의한 아동학대가 우려되는 사례를 발견한 검사가 동 조문에 따라 직권으로 출생신고를 하고자 할 경우, 친모에게 법률상 배우자가 있는데 그 사람이 자녀의 생부가 아니라면, 검사가 직권으로 아동에 대한 출생신고를 진행할 수 있을지 여부가 의문이다. 이러한 문제는 현재 아동보호전문기관의 아동학대 사례 지원 과정에서도 발생하고 있다. 친모가 혼인외 자녀의 출생신고 의무를 이행하고 있지 않아, 아동보호전문기관의 장이 법원에 “피해아동의 출생신고에 있어서 필요한 친권자의 의사표시에 갈음하는 행위를 승낙한다.”는 취지의 결정을 구하는 피해아동보호 명령을 신청해서, 법원으로부터 인용 판결을 받았음에도 불구하고, 출생신고 수리 관청에서 친모가 생부가 아닌 남성과의 사이에 법률혼 관계가 있다는 이유로 출생신고 수리를 거부하는 사례가 발생하고 있는 것이다.
지자체장과 검사 직권에 따른 출생신고 절차와 친생추정 조문의 충돌이 예상된다. 방임에 의한 아동학대 우려 사례 발생 시, 친모의 법률상 배우자가 자녀의 생부가 아니라도 검사 직권으로 아동의 출생신고를 할 수 있는지가 문제이며 이런 문제는 아동보호전문기관의 아동학대 사례 지원에서도 발생한다.