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외부 조직과 연구개발을 수행하는 데 있어 저해 요인으로 기술 유출에 대한 위험성이 있다(<표 3-1> 참조). 따라서 혁신성과에 대한 보호 방식이 존재하는가는 외부 연구개발을 활성화시키고 기업 성과로 연결시킬 수 있는 중요한 제도적 기반이 된다. [그림 3-6]은 제품혁신 및 공정혁신 보호방법 활용도에 대해 조사한 결과이다. 정보 원천 활용 현황이나 협력 현황과 마찬가지로 외부 연구개발 수행기업이 비수행기업에 비해 높은 활용도를 보이고 있다. 가장 많은 활용도를 나타낸 보호방법은 특허권 등록으로 수행 기업의 67.6%가 활용하는 것으로 조사되었다.
외부 조직과의 연구개발 수행은 기술 유출에 대한 위험성을 갖고 있다. 따라서 보호 방식의 유무는 중요한 제도적 기반이 되며 특히 특허권 등록이 많이 활용된다.