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형집행정지는 담당 검사가 소속 검찰청의 장의 허가를 받고 ‘형집행정지결정서’에 의하여 형집행정지의 결정을 한 후 ‘형집행정지지휘서’에 의하여 구치소 교도소장에게 형집행정지를 지휘한다(자유형 등에 관한 검찰집행사무규칙 제30조 제1항, 제28조 제2항). 이때 각급 지방검찰청에 설치된 형집행정지 심의위원회(이하 심의위원회)는 형집행정지 및 연장여부의 적정성을 심의한다. 심의위원회는 필요한 경우 담당검사나 교정시설의 의무과장, 형집행정지 대상자가 갖고 있는 질병에 대한 전문 의학지식을 갖춘 의사 등을 참여시켜 그 의견을 듣고 심의결과를 소속 검찰청의 장에게 보고하고, 검찰청의 장은 심의위원회의 의견을 참고하여 형집행정지 및 연장 결정을 한다. 다만, 심의위원회의 개최가 의무적인 것은 아니어서 검찰청의 장의 판단에 따라 생략될 수 있고, 심의결과는 권고사항으로 소속 검찰청의 장은 이에 기속되지 아니하고 참고하여 형집행정지 및 연장여부를 결정한다(자유 형집행정지 업무처리지침 제9조 내지 제15조).
형집행정지제도는 담당 검사가 해당 검찰청장의 허가를 받은후 교도소장에게 지휘를 한다. 지방검찰청에 형집행정지 심의위원회는 개최가 의무는 아니지만, 형집행정지 및 연장여부의 적정성을 심의한다. 검찰청장은 의견에 기속되지 않고 참고하여 형집행정지 및 연장여부를 결정한다.