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형사소송법에서 고소불가분의 원칙을 인정하는 취지를 고려해 볼 때 공정거래위원회의 전속고발권에도 고소불가분의 원칙을 유추적용하는 것이 일응 타당해 보이는데, 대법원은 이와 달리 보고 있다. 즉, 대법원은 “독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제71조 제1항은 ‘제66조 제1항 제9호 소정의 부당한 공동행위를 한 죄는 공정거래위원회의 고발이 있어야 공소를 제기할 수 있다.’고 규정함으로써 그 소추조건을 명시하고 있다. 반면에 위 법은 공정거래위원회가 같은 법 위반행위자 중 일부에 대하여만 고발을 한 경우에 그 고발의 효력이 나머지 위반행위자에게도 미치는지 여부 즉, 고발의 주관적 불가분원칙의 적용 여부에 관하여는 명시적으로 규정하고 있지 아니하고, 형사소송법도 제233조 에서 친고죄에 관한 고소의 주관적 불가분원칙을 규정하고 있을 뿐 고발에 대하여 그 주관적 불가분의 원칙에 관한 규정을 두고 있지 않고, 또한 형사소송법 제233조를 준용하고 있지도 아니하다. 이와 같이 명문의 근거 규정이 없을 뿐만 아니라 소추요건이라는 성질상의 공통점 외에 그 고소 ‧ 고발의 주체와 제도적 취지 등이 상이함에도, 친고죄에 관한 고소의 주관적 불가분원칙을 규정하고 있는 형사소송법 제233조가 공정거래위원회의 고발에도 유추적용 된다고 해석한다면 이는 공정거래위원회의 고발이 없는 행위자에 대해서까지 형사처벌의 범위를 확장하는 것으로서, 결국 피고인에게 불리하게 형벌법규의 문언을 유추해석한 경우에 해당하므로 죄형법정주의에 반하여 허용될 수 없다”고 판시하였다.
형사소송법에서 고소불가분의 원칙을 인정하는 취지를 고려해 볼 때 공정거래위원회의 전속고발권에도 고소불가분의 원칙을 유추적용하는 것이 일응 타당해 보이는데, 대법원은 소추조건을 명시하며 이와 달리 보고 있다. 반면에 위 법은 "피고인에게 불리하게 형벌법규의 문언을 유추해석한 경우에 해당하므로 죄형법정주의에 반하여 허용될 수 없다”고 판시하였다.