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취득세 보전 규모(지방교육세 포함)가 2.4조 원으로 결정됨에 따라 취득세 감소분 보전을 위한 국세인 부가가치세의 감소와 연동하여 자연 감소하게 되는 지방교부세(19.24%)와 지방 교육재정교부금(20.27%)의 추가적인 보전을 위하여 취득세 세율인하에 따른 지방세수 등의 감소분에 대한 보전액은 총 4.0조 원으로 확정되었으며 당초 부처 간 협의된 지방세수 등의 감소분에 대한 보전방법은 부가가치세의 6%를 지방소비세로 이양하되 2014년에는 우선 3%만 이양하고 부족분은 예비비로 1.2조를 지원하며, 2015년에 나머지 3%를 포함하여 6%를 지방소비세로 이양하기로 협의하였다. 그러나 국회에서 관계 법령안의 심의 도중 정부의 동의하에 2014년부터 부가가치세의 6%를 모두 지방소비세로 이양하는 것으로 심의·확정되었다.
취득세 보전 규모가 결정됨에 따라 지방교부세와 지방교육재정교부금의 추가적인 보전을 위해 감소분에 대한 보전액이 확정되었다. 지방세수 등의 감소분에 대한 보전은 부가가치세 일부를 이양하는 것으로 협의했다.