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대학의 자율성은 대학 자체의 발전계획 수립과 그에 따른 경영의 전반적 과정을 대학이 주체적, 자율적으로 추진함을 의미하며, 이때 경영의 전반에는 교원의 인사, 교육과정 구성 운영, 학생 선발, 교육과 연구 활동 및 이에 수반되는 모든 재정 운용 등이 포함된다. 대학의 자율성은 헌법 제31조 제4항, 제22조 제1항에 의해 법으로 보장되고 있으나, 근본적으로 대학의 자율성이 필요한 이유는 대학이 학문을 위한 자치공동체라는 대학 본연의 가치에서 찾을 수 있다. 즉, 대학이 고도화된 지식과 문화를 창조･발전시키고 이를 통해 국가와 인류발전에 기여하는 역할을 수행하는데 있어 필요한 고도의 창조성 구현과 다양한 지적 활동의 추구는, 주체적이고 비판적 사고가 보장된 속에서 가능하다는 의미이다. 따라서 대학의 자율성은 학문, 예술, 과학기술 등을 포함한 모든 지적 자본 창출의 원동력이며 이를 침해하는 것은 창조적 활동을 위축시키는 결과를 초래할 수 있다.
배타성이 계약상에 암묵적으로 이미 존재하는 경우 그 사실을 명확히 기재하는 것이 필요하다.