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그러나 관할관제도와 법관이 아닌 자가 재판에 참여하는 심판관제도는 지휘관의 지휘권 확립과 군의 특수성을 반영하고자하는 취지에서 인정되어 왔다. 그러나 관할관 제도는 권력분립과 사법권 독립 원칙에 어긋날 수 있다는 점, 군사법의 법적 안정성과 예측가능성을 해치며, 지휘관에게 권력이 집중되어 권한 남용의 문제가 발생할 수 있다는 점, 관할관이 지휘하는 부대의 악성사고에 대해서는 관할관의 지휘책임에 대한 부담으로 제대로 수사가 이루어지지 않을 수 있다는 점, 심판관이 관할관의 의도를 반영해 지휘관이 군사재판에 간접적으로 개입할 우려가 있다는 점 등 군사법제도의 독립성과, 공정성, 전문성을 해한다는 점 등 여러 가지 문제점을 가지고 있다.
관할관제도와 심판관제도는 지휘관의 지휘권 확립과 군의 특수성을 반영하는 취지에서 인정되어왔으나 관할관 제도는 권력분립과 사법권 독립 원칙에 어긋나는 등 수많은 문제점을 가지고 있다.  