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첫째, 시민이 추진하는 모니터링 목표와 관련하여 제도의 틀 내에서 충실한 이행을 평가할 것인지 또는 제도의 변화를 예고할 수 있도록 성 평등 목표에 따라서 운영 과정 전체 또는 개별 단계들을 평가할 것인지는 쟁점이 될 수 있다. 물론, 현재의 성별영향분석평가 제도 또한 정책의 성 평등성 강화를 목표로 하고 있지만, 정책 변화의 주체를 행정으로 성별영향분석평가센터 등을 통한 전문가나 여성(단체)의 지원을 기본적인 제도 운영의 틀로 설정하고 있다.반면, 성 주류화는 그 자체로 젠더 거버넌스의 광범위한 작동을 요청한다는 점에서 모니터링을 통해서 대상 과제의 선정, 분석평가에의 여성 요구의 수용, 정책 개선안의 여성 지위 향상 지여, 이와 같은 성인지 정책 산출과 실행을 행정의 주요 책무화할 수 있는 추진체계 구성과 여성(단체)의 참여 등을 기준으로 현행의 성별영향분석평가의 전 과정을 평가할 수도 있기 때문이다.
시민 모니터링 목표가 현재 행정 주체로 실행되는 성별영향분석평가의 이행을 평가할 것인지, 성 주류화의 시각으로 운영과정 전체를 평가할 것인지가 쟁점이 될 수 있다.