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정부는 이런 현실적 수요를 반영하여 규제개혁이 추진되는 과정에서 다양한 형태로 민관협력 구조를 설계하여 집행해 왔다. 1998년 본격적인 규제개혁이 추진되기 시작한 이래 현재까지 규제개혁이 추진되는 일반적인 과정을 살펴보회가 논의를 거쳐 의사결정을 수행하는 구조를 취하고 있다. 규제를 발굴하고 개선안을 결정하며 규제개선 상황을 모니터링하는 일련의 과정에 민관협력을 보장하는 메커니즘이 설계되어 있는 방식이다. 그러나 실제 민관협력이 작동하는 현장에서는 정권 변화에 따라 규제개혁 추진 체계 설계 방식이 다소 다른 경우도 있었다. 그러나 대부분의 경우, 민관협력 구조 설계의 초점은 규제 발굴 단계의 협조관계 구축에 초점을 두고 있다. 이는 규제개혁의 제반 과정에 모두 민관협력을 포함하는 것은 아니고, 시대적 상황 혹은 규제개혁 추진 정책의 필요성에 따라 민관협력 구조를 설계해 왔다는 것을 의미한다. 즉, 민관협력의 의미를 때로는 의견 수렴 차원으로 이해하기도 하고, 때로는 신산업에 대한 국정 동력 확보 구조로 이해하기도 하였으며, 또 한편으로는 민원 혹은 정책 애로사항을 수집하는 창구로 이해하기도 한 것으로 보인다(최병선･이혁우, 2014). 이런 민관협력 인식 차이는 각 정권별 민관협력 조직의 위상변화 및 권한 변화로 연계되어 그 성과에도 영향을 미친 것으로 볼 수 있다. 자연스러운 결과로 규제개혁위원회의 위상도 변화하였으며, 민간위원의 참여를 보장하고 있는 위원회의 특성에도 불구하고 그 실질적 영향력은 변화를 보인 것으로 볼 수 있다.
민관협력 구조는 시대적 상황이나 규제개력 추진정책 필요에 따라 설계해왔다. 이에 대한 인식은 의견 수렴, 국정 동력 확보 구조, 민원이나 정책 애로사항 수집창구와 같이 다양했는데 이런 차이는 정권별 조직의 위상과 권한 변화로 이어져 성과에도 영향을 미쳤다. 위원회의 특성과 상관없이 규제개혁위원회의 위상이나 실질적 영향력은 변할 수밖에 없었다.