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특별교부금 중 비정치적으로 배분되는 항목을 감안하여 최연태⋅김상헌(2008)은 유사한 시도를 하였는데, 이때 전국 234개 시⋅군⋅구의 2003~06년 특별교부금 자료를 이용하였다. 그러나 이들이 지역별 특별교부금 총액 중 재해대책수요분과 그 잉여분을 이용한 우수단체재정지원분을 차감한 금액을 종속변수로 하여 회귀분석하는 과정에서는 세부 내역이 존재하는 2005~06년의 2개년간 자료만을 사용하였다. 분석 결과, 지역구 의원 수 및 행정자치위원회 소속 여부에 대하여 통계적으로 유의한 결과를 얻음으로써 정치적 영향이 있다고 결론짓고 있다. 이들은 2개 연도에 국한된 자료의 한계뿐만 아니라 예결위 소속 여부, 여당 여부 및 당4역 여부와 같은 정치적 요인에 대해서는 통계적으로 유의한 결과를 얻지 못하여, 특별교부금의 정치적 배분에 대한 결론은 사실상 모호하다는 한계를 지닌다.
최연태⋅김상헌은 전국 지역별 2003~06년 특별교부금 자료의 분석을 통해 지역 의원의 수와 행정자치위원회 소속 여부가 정치적으로 연관이 있으며, 이외의 정치적 요인과 특별교부금 사이를 연관 짓기는 어렵다고 밝혔다. 