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다음으로 사업운영 및 평가관리 부문에서는 사업단을 독립적으로 운영하게 하고사업단장에게 책임을 주어 사업단 구성 및 운영, 과제 세부기획에 대한 권한을 부여하였다. 그러나 평가 및 성과관리 측면에서는 양적지표 중심의 평가가 이루어졌다. 이는 사업단별로 정량적인 평가척도를 사전에 설정하고 단계평가 시에 양적지표 중심의 자체평가서를 작성하게 한 점을 그 예로 들 수 있다. 사업 신청 시에 제출하는 계획서 상에는 연차별 연구평가의 착안점과 그 척도를 기재하도록 되어 있으며 그 내용은 세부 연구목표와 가중치, 평가의 착안점과 척도를 가시적이고 정량적인 방식으로 기재하도록 되어 있다. 연차평가 및 단계평가에서도 단기적 성과 중심의 평가가 이루어졌고 정성적 지표를 보완하였음에도 불구하고 이러한 질적인 지표조차 계량화된 측면이 크다. 그 예로는 자체평가 시에 정성평가를 보완하여 도입한 게재학술지의 등급, 발표논문의 인용도, 기술료, 단계평가 시에 학술논문의 질적 수준또한 정량지표화 한 점 등이 이에 해당한다. 평가방식은 사업후반부로 갈수록 성과의 실용화 및 사업화, 성과관리가 강조되고 있으며 현재 사업종료 이후에 연구성과 실용화진흥원이 운영되고 있다.
사업운영 및 평가관리 부문에서는 사업단을 독립적으로 경영하게 하고 사업단장에게 책임을 주고 사업단 구성 및 운영, 과제 세부기획에 대해서도 권한을 줬으나 평가 및 성과관리 측면에서는 양적지표 중심의 평가가 이뤄졌다.