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실제로 교육행정상 징계처분의 효력은, 대상자가 불복하여 행정소송을 진행한 경우에 도, 재판실무상 형사상 유무죄의 판단과 별개로 판단하고 있다. 서울대학교 학생 징계처 분 취소소송 사안에서 “교육기관의 징계는 교육목적의 적정한 실현과 교육기관 내부의 질서유지를 위한 자율권의 영역에 속하는 것으로서, 그 하자가 객관적으로 중대하고 명 백한 것이 아닌 한, 이를 무효로 보거나 가벼이 취소할 수는 없다”고 판시한 바 있다(서 울고등법원 2003. 8. 22. 선고 2002누16865 판결). 또한 “징계혐의사실의 인정은 형사재 판의 유죄 확정여부와는 무관한 것으로 형사재판절차에서 유죄의 확정판결을 받기 전이 라도 징계혐의사실은 인정될 수 있는 것이며, 그와 같은 징계혐의사실의 인정이 무죄추정에 관한 헌법 또는 형사소송법 규정에 저촉된다고 볼 수 없다”고 판단하였다(대법원 1986. 6. 10. 선고 85누407 판결 참조). 이와 같이 징계와 형사책임의 차이를 명시한 판결들을 참고할 때 교육행정 절차와 형사 절차의 목적이 다르고, 교육행정이 사법절차에 앞서 판단할 수 있으며, 최종 결론의 시점 또한 서로 다를 수 있음을 더욱 분명하게 확인 할 수 있다.
교육행정상 징계처분의 효력은 재판에 있어서 형사상 유무죄를 판단하는 것과는 별개로 판단한다. 관련 판례에 따르면 징계혐의사실의 인정은 그 목적과 판단, 결론의 시점이 다르기 때문에 형사소송법에 저촉되지 않고 별개로 판단 및 처벌할 수 있다.