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해군기지가 들어서면 제주도가 공격당한다는 주장도 있다.70)  제주해군 기지에 배치될 군함들은 향후 한국해군의 주력함이 될 것이며, 유사시 외부 위협 세력의 표적 가운데 포함될 개연성은 충분하다. 하지만 그렇다고 해서 유독 제주도 한 곳만 적의 집중적인 공격 위협에 놓이거나, 그것도 가장 우선적으로 공격 받을 것이라는 주장은 정당성을 갖지 못한다. 왜냐하면 해군 작전사령부와 2006 년 완공된 16만 평(약53만m2) 규모의 대형 작전기지가 있는 부산, 동해, 인천, 목포, 평택 등을 비롯해 기존의 해군기지가 다수 존재하기 때문이다. 게다가 전시 초기에는 해군보다 기동성이 높은 공군기지와 이를 방어하는 지상 방공부대가 우선적인 표적이 될 가능성이 높다. 또한 국가 차원의 제반사회 기능 마비를위해 수도권과 주요 산업시설을 직접 겨냥할 수도 있다.
해군기지가 제주도에 들어섬에 따라 제주도가 우선 혹은 집중 공격 대상이 된다는 주장은 타당하지 않다. 기존 해군기지가 다수 존재하고 대표적 우선 공격 표적인 공군과 지상 방공부대, 수도권과 주요 산업시설이 존재하기 때문이다.