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6호처분시설 운영에 있어서 가장 큰 문제점은 재정적 지원이 모두 지방자치단체의 보조금에 의존해야 한다는 점이다. 다른 아동복지시설과 달리 6호처분시설은 비행청소년을 주된 대상으로 하고 있고 전국 단위의 시설이기 때문에 해당지역 거주자가 아닌 청소년이 수용될 가능성이 높다. 따라서 지자체의 예산에만 의존할 경우 해당지자체 거주지를 갖지 않는 비행청소년의 경우 지원을 받지 못하는 문제점이 발생한다. 이와 관련하여 일본은 우리나라 아동보호치료시설과 유사한 아동 자립지원시설이 전국에 58개 설치되어 있고, 국공립이 56개소이지만, 사립시설은 2개에 불과하다. 경비부담에 있어서도 국가와 지방자치단체가 모두 부담하고 있고 시설에서 생활하는 아동 1인에 대한 1년간 지원금액이 7600만원에 이르고 있다. 따라서 현재 6호시설인 아동보호치료시설의 경우 예산지원을 지방사무가 아닌 국가사무로 전환하여 국가적 차원에서 예산지원이나 인력지원이 이루 어질 수 있도록 하여 6호처분시설의 지역별･시설별 편차를 최소화해야 한다.
6호처분시설 운영의 문제점은 지방자치단체의 보조금에 의존해야 한다는 것이다. 해당 지차체에 거주지가 없는 비행청소년은 지원을 받지 못한다. 일본은 아동보호치료시설을 국공립 56개소를 설치했다. 6호시설의 예산 지원을 국가사무로 전환하여 지역 편차를 없애야 한다. 