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1999년 이후 지역경제의 활성화, 국가균형발전, 지역경쟁력 제고 또는 주민체감 지역발전을 위해 중앙정부는 주로 비수도권 지방자치단체와 공동으로 클러스터와 지역혁신체제 구축을 모토로 지역산업정책을 추진여 왔다. 이는 지역간의 균형과 지역 성장이라는 두 마리 토끼를 겨냥한 중앙정부의 야심찬 산업정책이다. 이 산업정책은 지방자치단체와 공동으로 추진되기는 했지만 중앙정부가 주도한 인프라 구축, R&D 지원, 인력양성, 기업지원 서비스 등 기능별 산업정책수단을 통해 특정 산업의 선별과 육성을 겨냥한, 사실상 수직적인 산업정책이다. 이러한 점에서 과거 우리나라 산업정책의 유산을 일정 정도 계승하고 있다.
1999년 이후 지역간 균형과 지역성장을 위하여 지방자치단체와 중앙정부가 공동으로 지역산업정책을 추진해왔지만,  사실상은  중앙정부가 주도한 특정 산업 선별과 육성정책이다.