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핵무기 위험도 최종결정과정에서 고려되었지만 핵무기 사용 여부에 영향을 미치지는 못했다. 먼저 1945년 6월 27일 바드(Ralph A. Bard)는 새로운 갈등이 촉발되는 것을 막기 위해서 미국이 일본에 핵무기를 사용하기 며칠 전에 일본에 핵무기 사용을 경고해야 한다고 주장했다. 그는 포츠담회담에서 일본 대표와 비밀리에 접촉해서 핵무기 사용 방안에 대한 일부 정보를 주어야 한다고 조언했다. 하지만 트루만 대통령은 바드에게 경고의 문제는 매우 신중하게 생각해야 할 문제라는 기본적인 입장만을 전달했다. 6월 말까지 맥클로이와 스팀슨은 일본을 위협할 수 있는 효과적인 방법을 찾기 위한 논의를 진행했지만, 사전 명시적인 경고는 가능한 옵션으로 보이지 않았다.
최종결정과정에서 고려된 핵무기 위험도 핵무기 사용 여부에 영향을 주지 못했다. 1945년 바드는 트루만 대통령에게 일본에 핵무기 사용을 경고해야 한다고 주장했으나 이는 받아들여지지 않았다.