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둘째, 학교 특성에 따른 기초학력 미달 학생 비율은 대도시에 비해 중소도시와 읍면지역이 높았다. 중학교 2년간, 고등학교 3년간의 학교 향상도 변화 추이를 살펴본 결과에서도 중학교는 2012년과 2013년에 공통적으로 3개 교과 모두 대도시의 향상도가 가장 높았고 읍면지역의 향상도가 낮았으며 고등학교는 2011년부터 2013년까지 대체로 대도시의 향상도가 높았고 중소도시의 향상도가 낮았는데, 2012년과 2013년에는 영어에서 읍면지역의 향상도가 높게 나타났다. 이는 학업성취도에 있어서 지역에 따른 학력 격차가 여전히 존재하고 있음을 의미한다. 주목할 점은 주로 읍면지역에서 나타나던 학력 저하 현상이 점차 중소도시로 이동하고 있다는 것이다. 이는 정부의 기초학력 보장 정책과 기타 학교의 재정지원 정책이 기초학력 미달 학생이 밀집되어 있었던 읍면지역을 중심으로 인적·물적 지원을 수행해 왔기 때문인 것으로 판단된다. 이러한 결과는 기초학력 보장 정책 수행에 있어 새로운 방향을 모색해야 함을 시사하는 것일 수도 있다. 이미 재정적 인프라를 갖추고 있는 대도시와 정부의 적극적인 지원을 받는 읍면지역에 비해 중소도시는 상대적으로 소외되고 있을 수 있다. 따라서 국가 수준에서 학력 격차를 해소하기 위해서는 그간의 기초학력 보장 정책의 수혜 대상 선정 기준에 대한 심도 있는 검토가 필요한 시점이다.
기초학력 미달 학생은 중소도시와 읍면지역에서 그 비율이 높아 지역별 학력 격차의 존재를 알려주었으며, 특히 읍면지역을 중심으로 추진되었던 정부의 기초학력 보장 정책으로 인해 중소도시의 학력저하 현상이 점차 증가하고 있으므로 기존의 정책 수혜 대상을 검토할 필요가 있다.