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협업의 수행 및 평가를 기관 내 다른 평가와 연결하여 시너지 효과를 기대하는 방안도 고려해볼 수 있다. 각 기관은 정부업무평가기본법에 의거하여 매년성과관리시행계획을 수립하여 제출하고, 성과관리시행계획에는 기관의 주요정책이 포함되어 성과관리의 대상이 된다. 그러나 성과관리시행계획에 포함되는 주요 정책에 협업 과제는 포함되지 않는 경향이 있는데 협업 과제를 기관내 주요 정책으로 선정하여 성과관리의 대상으로 삼아 관리하면 보다 적극적인협업을 기대할 수 있다. 기관에서는 협업 과제를 성과관리 대상에 포함함으로써 성과관리와 더불어 협업도 활성화할 수 있으며, 협업 평가에서는 기관 내 협업 과제들이 성과관리 대상인지를 점검함으로써 기관들의 협업에 대한 동기부여가 가능하다. 또한 협업의 활성화는 부서장이나 기관장의 의지와 관심의 영향을 많이 받으므로, 기관의 협업 수행을 측정할 수 있는 지표를 부서장이나 기관장 평가에 포함한다면 부서장 및 기관장의 협업 활성화에 대한 동기부여가 가능할 것이다.
각 기관의 성과관리시행계획에 협업 과제를 포함시켜 협업 평가에서 그 과제들이 성과관리로 적합한지 점검하면서 부서장이나 기관장 평가에 협업의 수행 정도를 반영한다면 협업은 더욱 활성화 될 것이다.