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학교 향상도 변화 추이 분석에서는 2012년～2013년 중학교 향상도 및 2011년～2013년 고등학교 향상도 산출 결과를 활용하였다. 해당 자료는 매년 동일한 학교의 동일한 학년을 대상으로 산출한 자료로, 학교 수준에서의 반복 측정 자료이다. 중학교 향상도 변화 추이 분석 연구 대상은 2012년과 2013년에 학업성취도 평가에 참여한 일반 중학교이며, 대상은 3학년이다. 2012년은 총 3,031개교, 612,388명이고 2013년은 총 3,092개교 571,107명이다. 이중 2년 연속 평가에 참여하고 향상도를 산출하였던 3,031개교를 대상으로 하였다. 고등학교 향상도 변화 추이 분석의 연구 대상은 2011년부터 2013년의 학업성취도 평가에 참여한 일반계 고등학교이며 대상 학년은 2학년이다. 즉, 2011년은 총 1,488개교, 467,265명이고, 2012년은 총 1,521개교, 466,764명, 2013년은 총 1,582개교, 461,122명이다. 이 중 3년 모두 평가에 참여하여 학교 향상도가 공시된 학교는 1,465개교이다.
학교 향상도 변화 추이에 2012년~2013년 중학교 및 2011년~2013년 고등학교 향상도를 활용했다. 해마다 동일한 학교의 동일한 학년이 대상인 학교 수준에서 반복 측정한 자료이다. 중학교는 일반 중학교 3학년이, 고등학교는 일반계 고등학교 2학년이 대상이다.