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CST는 창설 이후 실제 적용에 있어서는 문제가 많았다. 즉 CST 가맹국인데도 불구하고 아제르바이잔과 아르메니아는 나고르노 카라바흐(Nagorno Karabakh) 자치주에 대한 영유권을 둘러싸고 전쟁을 벌였으며, 이 과정에서 러시아는 아르메니아를 간접적으로 지원하였다. 또한 러시아는 조지아내 압하지아(Abkhazia) 분리주의 운동을 직·간접적으로 지원하였으며, 타지키스탄에서는 우즈베키스탄이 싫어하는 친러 인사인 현 대통령이 러시아의 지원 하에 대통령에 당선되었다. 이러한 러시아의 정책에 반발하여 1999년 CST가 1차 연장될 시 아제르바이잔, 그루지야, 우즈베키스탄이 참여하지 않았다.
CST는 실제 적용에 있어 문제가 많았다. 러시아와 우즈베키스탄 등 몇몇 가맹국들이 조약에 어긋난 국가적 행동들을 하였고 이에 반발하여 많은 국가들이 CST연장 참여를 거부했다.