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둘째, 혁신기업 선정 기준을 정부 인증에서 민간의 참여와 책임을 분담하는 방식으로의 전환이 필요하다. 중소벤처기업부의 「벤처기업정밀실태조사」 상에서 2016년 기준 벤처기업 중 대다수(93%)가 정부기관이 선별한 기술평가 보증·대출 기업이며 다수(73%)가 고도성장기, 성숙기에 해당하기 때문에 벤처 인증 제도의 실효성이 떨어지는 문제가 제기되어 왔다. 혁신창업 기업의 기준을 업력이 일정 기간 이하이면서 벤처캐피털(모험자본) 투자를 받은 기업 혹은 R&D 투자 비율이 일정 수준 이상인 기업(연구개발기업)으로 단순화할 필요가 있다. 유럽연합의 경우 신생 혁신기업을 영업비용 대비 연구개발비 비중이 15% 이상이며 업력이 일정 기간 이하인 중소기업으로 한정하여 정부 지원과 세제혜택의 기준으로 삼고 있다.
과거 혁신기업선정이 실효성이 떨어지므로 업력이 일정기간 이하이면서 벤처캐피탈 투자를 받은기업 혹은 연구개발비율이 일정수준 이상인 기업 등을 대상으로 민간이 참여와 책임감을 분담하여 혁신기업이 선정 되어야 한다.