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그럼에도 불구하고 전시 작전 통제권의 전환이 한반도 유사시에 한미 양국의 군사력 운용의 대표적인 기본인 ‘지휘통일’ 원칙을 훼손, 약화시킬 것이라는 비판은 불가피하다. 아무리 한국군과 주한미군이 전략에서 전술･작전 수준에 이르는 모든 제대에 걸쳐 협조체계를 구축한다고 해도, 지휘권이 분산된 ‘공동’방위체제는 전투력 운용의 효율성 및 결속력에 관한 한 단일 지휘권을 유지하는‘연합’ 방위체제를 결코 따라올 수 없기 때문이다. 이 문제는 2008년 8월 처음으로 한국군의 주도 아래 실시된 을지 프리덤가디언(UFG: Ulchi FreedomGuardian) 한미 연합훈련에서도 드러난 바 있다. 당시 한국군과 주한미군이 개별적으로 사령부를 운영하다 보니 상호 정보 공유 체계가 미비했으며, 양측의 임무분담에서도 혼선이 초래된 것이다. 그 결과 한미 양국 군은 각자 수집한 정보로 다른 결론을 도출하고, 훈련 초반에는 임무 분담 등에 대한 절차가 마련되지 않아 혼란이 생기는 등 전쟁 수행 기능별로 다수의 보완 요소들이 노출되었다.
전시 작전 통제권을 전환하면 한국군과 주한미군의 지휘권이 분산되므로 단일 지휘권일 때보다 전투력 운용의 효율성과 결속력이 떨어진다는 문제점이 있다.