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한편, 혁신생태계는 각각 독립된 것이라기보다는 상품, 서비스, 자본, 인력, 지식 등을 포함한 전반적인 경제사회 활동의 국경간 연결성 강화 및 글로벌 가치사슬의 심화로 글로벌 차원에서 서로 연계되고 개방되어 있다. 이에 따라 혁신생태계는 글로벌 차원에서 고려되고 협력적 논의를 통한 상호보완과 효율적인 발전이 모색되어야 할 것이다. 이를 위해 국내외 혁신생태계 및 혁신정책의 현황, 특징, 주요 성과 및 발전동향 등에 대한 분석을 바탕으로 글로벌 협력의 필요성, 주요 상대국 및 대상분야, 추진방안에 대한 검토가 필요하다. 예를 들면, APEC은 최근 3년간 정상선언을 통하여 혁신을 역내 경제성장의 주요엔진으로 인식하고 혁신주도형 성장을 주도할 수 있는 환경을 조성하기 위한 협력 논의를 지속하고 있다. 특히 무역과 투자의 자유화를 통해 지역경제통합 및 개방경제를 지향하는 APEC의 특성에 따라 혁신의 주요 주체인 스타트업과 중소기업에 논의가 집중되었으며, 중소기업의 글로벌화 및 현대화에 대한 노력이 지속되고 있다.
혁신 생태계는 글로벌 차원에서 서로 연계되고 개방되어 있으므로, 협력을 통한 상호보완과 발전이 이루어져야 한다. APEC이 그 특성에 맞게 스타트업과 중소기업에 대하여 집중한 것처럼, 국내외 혁신생태계와 상대 특성에 맞는 추진방안을 검토해야 할 것이다.