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BRT의 운영방식은 운영 및 비용을 오로지 공적기관이 부담하는 방식, 공적기관이 정비와 운행계획의 작성 등을 담당하고, 운영은 민간사업자 등이 실시하는 이른바 『상하 분리』 방식, 정비와 운영을 민간사업자가 전부 담당하는 방식 등 다양한 형태가 존재한다. 현재 일본에서는 공공지출의 삭감을 요구하는 강한 의견과 경영상 민간 사업자에 의한 정비는 어려움이 있기 때문에 『상하 분리』 방식이 주목 받고 있다. 그러나 이번 BRT 사업은 광역대중교통망을 정비하는 사업임에도 불구하고 대중교통서비스에 대한 관련 지방자체단체들의 생각이 다르기 때문에 민간사업자인 JR 동일본이 BRT의 정비와 운영을 전부 담당하고 있다. 일부에서는 이번 BRT 사업이 기간적인 철도를 대체하는 광역교통수단이기 때문에 관련 지방자치단체 등이 보다 적극적으로 관여해야 한다는 의견도 있다.
BRT는 『상하 분리』 방식, 운영과 비용을 공적기관만 부담하는 방식 등 여러 방법이 있다. 현재 일본은 민간사업자가 이를 운영하기 힘들어 운영만 민간사업자가 하는 상하분리 방식을 하고 있지만 지방자치단체는 의견이 다르다. 