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제3조에서 정한 바와 같이 이 법은 선행교육 또는 선행학습에 관하여 다른 법률에 우선하여 적용되는 특별법이다. 선행교육 또는 선행학습에 관하여 공교육정상화법은 초·중등교육법 또는 고등교육법 등 교육 관련 법률에 우선하여 적용된다. 즉, 학교의 교육활동 시기, 학년 편성 등에 관하여 정한 법률들이 있으나, 적용이 배제되는 사항들(본 매뉴얼 I장 7절)을 제외하고 모두 본 법이 더 우선한다. 예를 들면 초·중등교육법 제24조(수업 등)에 학교의 학기, 수업 일수, 학급 편성 및 휴업일과 반의 편성·운영 기타 수업에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 되어 있다. 또한 초·중등교육법 시행령 제46조(학급편성)에 교육과정의 운영상 특히 필요한 경우에 2개 학년 이상의 학생을 1학급으로 편성할 수 있다고 되어 있고, 제48조(수업 운영 방법 등)에서는 학년 또는 학과 등을 달리하는 학생을 병합하여 수업할 수 있다라고 명시되어 있다. 하지만 이 경우에도 선행교육을 하거나 선행학습을 유발하는 행위는 금지된다는 의미이다.
이 법은 선행교육 및 학습에 관해 초·중등교육법이나 고등교육법 등에 우선하여 적용되는 특별법이다. 예를 들어 초·중등교육법에서 수업, 학급편성, 수업 방법에 있어 필요 시 변형이 가능하다고 규정하나 이 경우에도 선행학습을 유발하는 행위는 금지된다.