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선박안전기술공단의 주요사업은 선박검사, 기술연구업무, 기술수탁업무로 나눌 수 있다. 선박검사는 공단의 가장 핵심적인 업무로서, 선박의 도면승인 및 검사업무, 소형선박 및 컨테이너에 대한 검정업무, 화물의 적재 및 고박 등에 대한 승인 등의 업무로 세분화 된다. 기술연구업무는 주로 선박의 감항성 확보와 해상에서의 인명의 안전확보를 위한 조사․시험․연구 및 이와 관련한 기술의 개발과 보급하는 사업이다. 기술수탁업무는 공단의 의무가 아닌, 선박의 설계·건조 감리 등의 용역수탁업무지만, 선박 안전 관리와 관련성이 깊은 사업이라 할 수 있다.
선박안전기술공단의 사업으로 선박검사(도면승인/소형선박 검정/화물적재 승인), 기술연구(감항성 확보, 인명관리 기술개발), 기술수탁(용역의 선박안전관리)가 있다.