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D고등학교 역시 C고등학교와 마찬가지로 국가수준 및 서울시 교육과정 준수를 위해 필요한 부분은 필수과목과 과목군내 선택과목으로 운영하며 나머지는 모두 개방선택과목으로 편성된다. 1학년은 모두 같은 과목을 이수하므로 학급별 시간표에 따라 교과교실로 이동하여 수업하며, 2,3학년은 개인별 시간표에 따라 교과교실로 이동하여 수업을 한다. 나눠진 이수과정(인문, 자연)은 없고 단일 이수과정으로 학생 개인별로 필요한 과목을 선택한다. 따라서 수업시간표는 개인별로 다르다. 과목 선택 전 선택과목의 학습 내용을 소개하는 책자를 제작하여 모든 학생들에게 배포하며, 과목 선택 기간 중 진로진학 상담교사 및 전교과 교사의 집중 상담을 받도록 하고 있었다. 입시과목 중심의 획일적인 선택을 지양하고 선택확대의 의의를 살리도록 지도하고 있었다. 학생들이 스스로 과목을 선택하였기 때문에 학생의 높은 요구 수준을 고려하여 지나친 암기 중심의 수업에서 탈피하고 교수·학습 방법에 대한 적극적인 연구에 임하도록 교사들에게도 발전의 계기가 되었다. 이렇게 운영한 결과 입시 과목 위주의 획일적 교육과정 운영으로 인한 학교 부적응 등의 문제가 완화되었고 선진형 교과교실제 운영으로 학급별 교실 수업에서 야기되는 생활지도상의 문제가 대폭 감소한 것으로 나타났다.
D고등학교의 학생들은 2학년 부터 직접 듣고싶은 수업을 선택하여 시간표를 짜는 등 입시에만 주력을 쏟는 단일화된 교육방식에서 벗어났다. 덕분에 학생들의 학교 적응 문제가 상당 부분 개선되었다.  