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한편, 기존 R&D투자의 경제성 분석은 대부분 타 산업에 미치는 파급효과를 고려하지 않고 있으며, 타 산업에 미치는 효과를 측정한 연구도 대부분 산업연관표를 활용한 분석이 대부분이다. 반면 R&D투자로 인한 지식스톡의 축적과 그 확산을 통한 Spillover효과에 대한 산업별 분석은 거의 이루어지지 않았다. Spillover효과는 어떤 부문의 활동이 그 부문의 생산성 외에 다른 부문의 생산성을 증가시켜 경제 전체의 이익을 올리는 효과를 말한다.26) 정부 R&D투자는 특정 분야 또는 특정 수혜자에 대한 지원이 아니라 R&D투자를 통해 발생한 지식스톡의 파급･확산을 통한 전반적인 생산효과 증대를 목적으로 하기 때문에, 총요소생산성을 활용한 R&D투자의 Spillover 효과를 분석해 볼 필요가 있다.
기존 R&D투자의 경제성 분석은 타 산업에 미치는 파급효과를 고려하지 않았다는 문제점이 있다. 정부 R&D투자의 목적은 지식스톡의 파급을 통한 생산효과 증대이기에, Spillover 효과 분석이 필요하다.