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또한 평가를 위한 전산 시스템을 구축하였고, 이를 기반으로 일반대학 1단계 평가(2015.4.24.~5.1.)와 전문대학 평가(2015.5.29.~6.5.), 일반대학 2단계 평가(2015.7.3.~7.9.)를 실시하였다. 대학으로부터 평가편람에 따른 정량 및 정성지표 자료를 제출받고, 평가위원을 선정하여 연수하는 한편 홈페이지나 콜센터를 설치·운영하여 대학과의 긴밀한 의사소통 체제를 구축하고 공정하고 객관적인 평가를 위한 지원체제를 마련하고자 노력하였다. 정량평가와 정성평가(서면· 대면평가) 등을 거쳐 평가 결과를 산출하였다. 세밀한 검증과정을 거쳐 산출된 평가 점수는 대학에 공개되고, 이의신청 접수 및 처리 과정을 거쳐 최종 확정되었다. 최종 평가점수에 따라 대학구조개혁위원회에서는 대학별 등급을 결정하였고, 이를 근거로 대학별 정원감축 비율이 권고되었으며, 정부재정지원제한 여부, 지원 범위 등을 달리하는 조치가 이루어졌다.
일반대학 1~2단계 평가와 전문대학 평가를 실시했다. 정량평가와 정성평가 등으로 평가 결과를 산출했고, 이의신청 접수 및 처리 과정을 거쳐 평가 점수를 확정했다. 점수로 대학별 등급을 결정했고, 이를 근거로 대학별 정원감축 비율 권고 등이 이뤄졌다.