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정부통합전산센터의 효과는 다양한 부분에서 나타나고 있다. 정보시스템 가동률은 거의 100%를 달성하고 있고 IT 서비스 및 인프라, 재난관리, 정보보호 등 4개의 핵심 분야에서 운영체계 국제인증을 획득함으로써 정보자원관리의 전문성을 대폭 향상시켰다. 장비당 월평균 장애 시간은 통합 전 67분에서 지금은 3.6초까지 떨어져 있어 실질적인 무중단 전자정부 서비스를 실현하고 있다. 정부 전체가 필요한 전산 자원을 공동구매하여 구축, 운영함에 따라 구매 단계에서 약 30%, 운영 및 유지보수 단계에서 약 30%의 비용 절감효과를 거두고 있다.
정부통합전산센터는 정보시스템 가동률, 정보자원관리의 전문성, 무중단 전자정부 서비스, 비용 절감 등 다양한 부분에서 효과를 나타내고 있다.