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기관별 직무차이 및 임금격차 분석을 살펴보면, 기본적인 기술통계값에서 확연하게 기관별 임금격차가 드러난다. 이를 분산의 동질성이 가정되지 않을 때, 개별 기관들 사이의 평균차이에 대한 다중비교기법인 Games-Howell 분석을 활용하여 기관별 임금차이를 분석한 결과 대부분의 다중분석에서 기관별 임금차이가 95% 수준에서 통계적으로 유의미한 것으로 확인되었다. 다음으로 수행직무와 임금 사이의 상관관계가 존재하는지를 살펴보기 위해 개인별 직무점수와 연봉총액에 대해 상관관계 분석을 수행하였다. 그 결과 개인이 수행하는 직무내용에 대한 직무점수와 연봉총액 사이에 상관관계의 정도를 나타내는 상관계수값이 0.162로 나타나 무기계약 사무보조직이 수행하는 직무내용과 임금 사이에는 상관관계가 없는 것으로 볼 수 있다. 또한 기관별 직무점수를 통해 중앙행정기관 일반행정 무기계약직이 수행하는 직무의 기관별 차이 여부를 확인하기 위해 Games-Howell 분석을 활용한 결과 대부분의 기관에서 기관간 직무차이가 존재하는 것으로 나타나고 있다. 마지막으로 무기계약 사무보조직 중 일반행정 세부직종을 대상으로 임금결정요인을 분석하기 위해 다중회귀분석을 실시한 결과 유사직무를 수행하는 중앙행정기관 무기계약 사무보조직종의 일반행정 세부직종의 임금수준에 영향을 미치는 주요 요인은 임금체계유형(호봉제)과 근속인 것으로 나타났다. 결론적으로 현재 중앙행정기관 무기계약 사무보조직종(일반행정)의 경우에 수행직무는 임금수준에 아무런 영향을 미치지 못하며, 따라서 기관별 임금격차는 불합리한 차별요인이라고 결론내릴 수 있다.
다중비교기법인 Games-Howell 분석을 활용하여 기관별 임금차이 분석 결과 기관별 임금격차가 드러났다. 또한 직무점수와 연봉총액의 상관관계 분석을 수행한 결과 무기계약 사무보조직종의 직무내용과 임금 사이에 상관관계가 없는 것으로 나타났다. 그러므로 중앙행정기관 무기계약 사무보조직종의 경우 수행임무 임금수준에는 어떤 영향을 미치지 못하며 기관별 임금격차는 불합리한 차별요인이라 할 수 있다.