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그러나 최근 일본의 교육재정의 변화는 지금도 계속되고 있다고 할 수 있을 정도이다. 교육재정뿐만이 아니라 국가와 지방의 관계에 관한 재무 행정 개혁의 추세는 (1) 지방중심(지방단체에 권한과 재원의 이양)과 (2) 시정촌 합병 진행(1999년 때의3,232 단체에서 2016년 현재 1,751 단체로 격감)은 교육 재정의 실태에 큰 변화를 가져오고 있다. 지방공공단체에게 특정재원이 되는 각종 국고 보조금이 폐지 또는 감소되는 만큼 일반재원인 지방교부세 교부금으로 전환되었다. 광역자치단체인 도도부현의 총예산에서 교육비의 비율을 보면 1960년대 중반에는 대체로 27%대를 1970년 중반에는 29%대 정도의 추이였다. 그러다가 1980년대 중반부터는 저하 경향을 보여 1988년도에는 27.1%로 되었다. 기초자치단체인 시정촌의 총예산에서 교육비의 비율을 보면 1960년대 중반에서 1970년대 초반부터 중반까지는 20~21%의 추이를 보여줬다. 그러다가 1970년대 중후반부터 감소 추세를 보여 1988년에는 16.7%가 되었다.
지방중심과 시정촌 합병 진행은 일본의 교육 재정에 큰 변화를 가져오고 있다. 지방공공단체에게 특정재원이 되는 각종 국고 보조금이 폐지 또는 감소되고 일반재원인 지방교부세 교부금으로 전환되면서 광역자치단체와 기초자치단체의 총 예산에서 교육비의 비율은 감소하는 추세를 보였다.