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교육행정정보시스템은 정부가 2001년 전자정부 11대 과제 중 중점과제로 선정하고, 2002년 9월까지 시스템 설계를 하면서 사업에 속도가 붙게 되었다. 그러자 전국교직원노동조합과 시민단체들이 반대하면서 2003년 논란이 정점에 달했다. 교육행정정보시스템을 통해 전국 1만여 개 초ㆍ중ㆍ고교와 16개 시·도 교육청 및 산하기관, 교육인적자원부를 인터넷으로 연결해 교무·학사·인사·예산·회계 등 교육 관련 전체 업무를 처리하자는 것이 정부 구상이었다. 개별 학교 단위로 관리되던 학생생활기록부, 건강기록부 등의 학사기록을 한 곳에 모아 인터넷으로 통합 관리하고 학생과 학부모, 그리고 교사들이 함께 이용하게 하자는 것이었다.
정부의 의지로 교육행정정보시스템 사업에 속도가 붙었다. 이 사업은 학교, 교육청, 관계기관을 연결, 학사기록의 통합관리와 이용을 목적으로 한다. 그러나 전교조와 시민단체의 반대가 있었다.