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2) 침해자 이익산정
그 밖에 개별적인 어려움이 있는 경우로 특허권 침해로 얻었던 이익의 조사 시 간접경비가 공제되어야 하는 문제점을 들 수 있다. 무단으로 특허발명을 실시한 것에 기인하는 침해자 이익만이 반환되어야 한다. 전통적으로 특허를 침해하는 행위로 인해 전체적으로 얻어진 이익은 보통 여러 요소가 함께 작용한 결과이고, 따라서 부분적으로만 특허발명사용에 전가될 수 있음을 독일 판례는 근거로 삼는다. 결국 피해자는 그 외의 이익창출적 요소들과 비교하여 특허발명의 중요성에 상응하는 이익지분만을 배상받게 된다. 
이러한 경향에 대하여 독일 의장법 제14a조에 관한 최근 판결에서 독일 연방통상법원은 근본적인 변화를 시사하고 있다고 한다. 위 판결에서 독일 연방통상법원은 전체매출액 135,000유로 중에서 생산관련 제조원가인 74,000유로와 이에 비례하여 계산된 간접비용 55,000유로를 공제하여 판매금액의 4% 정도인 6,000유로가 이익이라고 피고가 주장하였음에도 침해자의 매출액에서 침해품의 제조 및 영업에 사용된 변동비용만을 공제하는 것이 기본적으로 타당하며, 따라서 임대료나 감가상각비와 같은 고정비용은 공제되어서는 안 된다고 하였다.
또한, 연방통상법원에 의하면 침해에 기인하는 정도로만 이익이 반환되어야 한다는 규칙에 의거하여 다음과 같은 것을 고려해야 한다. 즉, 경우에 따라서는 침해물이 보호된 목적물과 동일한 복제물이 아니거나, 그 외에 얻어진 수익금을 위해서 중요한 의미가 있는 특별한 특성을 나타내는 것을 고려해야 하지만, 예를 들어 영업에 해당하는 그 이외의 침해자의 고유한 급부가 이익을 가져왔던 정황은 고려되지 않는다. 이는 의장법 제14a조에 따라 이익이 완전히 반환되어야 한다는 것에 근거한다. 이러한 원칙을 특허법 및 실용신안법 영역으로 전용할 때, 침해자는 반환되어야 하는 이익의 산정 시 공제항목을 주장할 수 있는 가능성이 지금까지의 관례에 비추어 볼 때 상당히 제한된 것이다.
연방통상법원에 따르면 침해에 기인하는 정도로만 이익이 반환되어야 한다는 규칙에 의하여 고려해야 하는 것은 경우에 따라서는 침해물이 보호된 목적물과 동일한 복제물이 아니거나, 그 밖에 얻어진 수익금을 위해서 중요한 의미가 있는 특별한 특성을 나타내는 것을 고려해야 하지만, 영업에 해당하는 그 이외의 침해자의 고유한 급부가 이익을 가져왔던 정황은 고려되지 않는다.