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하지만 이와 같은 취지에도 불구하고 특허 박스 제도의 도입과 시행에는 찬반론이 맞서 있는 상황이다. 찬성론자들은 세제 혜택을 통해 보다 많은 기업들의 이노베이션 투자를 유도하고 혁신기업들에게 경쟁력 있는 외부환경을 제공할 수 있다고 주장한다. 특히 이노베이션이나 R&D에 직접 투자하지 않은 기업들에게 이익이 돌아가는 사회적 불평등을 시정하고 생명과학, 에너지 산업, 컴퓨터 등 신산업분야의 기술혁신을 유도하기 위하여 인센티브를 부여할 필요성이 있다고 주장하고 있다. 즉, 이러한 세제 혜택을 통해 기업들로 하여금 고부가가치 제품과 서비스 개발에 참여를 유도할 수 있다는 것이다.
특허 박스 제도의 도입과 실행에서 찬성론자는 세제 혜택으로 고부가가치 제품과 서비스 개발에 참여와 투자를 유도해 인센티브를 부여할 필요성이 있다고 주장한다.