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배출권거래제가 가시화되자 제도적 문제점과 보완점에 대한 논의가 이루어지기 시작하였다. 당시의 주요한 쟁점사항들을 살펴보면, 우선, 배출권의 할당에 대해서, 구체적인 할당량 산정식의 부재로 업체들에 배출권거래제에 대한 불확실성 우려가 나타났고, 할당 산정에 대한 규정과 관련된 논의가 지속되었다. 또한, 배출권거래제 대상 업체의 입장에서는 무상할당의 비중이 비용부담에 영향을 미치게 되므로 유상할당의 회피 또는 점진적 도입에 대한 논의가 지배적이었다. 산업계에서는 탄소누출업종에 대한 무상할당 배려 등을 요구하면서 배출권거래제에서 업종의 정의와 범위에 대한 논의 요구도 있었다. 또한, 배출권거래제를 시행하는 경우, 우리나라 여건이 배출권거래제의 효율성을 담보할 수 있을 것인지에 대한 논의도 있었다.
배출권거래제 대상 업체는 유상할당을 피하거나 점진적 도입에 대한 의견이 우세하였다. 산업계는 탄소누출업종에 대한 무상할당 배려와 배출권거래제에서 업종의 정의와 범위에 대한 논의 요구를 하였다.