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대안학교의 설립･운영에 관한 규정은 제60조의3의 실제 적용을 위한 시행령으로서 법이 위임한 ‘대안학교’ 설립에 필요한 기준이나 교육과정 운영, 학력 인정 등 학교 운영에 관한 세부적인 사항들을 담고 있다. 그런데 이 규정의 제정 당시에는 제60조의3을 도입한 취지를 반영하는 데 상당히 미흡한 수준이었다. 학교 설립 기준을 일반 학교와 동일하게 고등학교 이하 각급 학교 설립･운영 규정을 따르도록 하고 교육과정 편성 역시 학칙으로 정할 수 있도록 하되 국가교육과정에 규정된 교과별 이수 시간의 50% 이상을 준수하도록 하였기 때문이다. 이로 인하여 사실상 이 규정에 의해 학교 설립을 인가 받은 학교는 극소수에 불과하였고, 그나마 제도권 진입을 기대했던 기존의 비인가 대안교육기관들은 아예 인가 신청조차 하지 않았다. 이러한 상황을 개선하고자 교육부는 2009년 11월 동 규정을 대폭 개정하였다. 가장 큰 변화는 학교 설립시 고등학교 이하 각급 학교 설립･운영 규정을 적용하지 않도록 했다는 점과 교육과정 편성 시 국어와 사회 과목만 국가교육과정에 정해진 시수의 50% 이상만 편성하고 나머지 과목들은 학교 차원에서 임의로 정할 수 있도록 한 것이었다. 교사의 경우 자격증을 필수로 하는 점은 변화가 없었으나 이전에 없던 배치 기준을 정하여 일반 학교보다는 기준을 완화하였다.
대안학교의 운영 규정은 제60조가 세부적 내용을 담고 있다. 해당 규정 제정 당시 국가교육과정에 규정된 교과별 이수 시간의 절반 이상을 준수하도록 하여 인가 신청이 어려운 문제가 있어 이후 교육부가 개정하였다. 이에 국어와 사회 과목만 절반 이상 편성하고 학교의 자율성을 높이는 등 기준이 안화되었다. 