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정부통합전산센터 기본계획을 확정하는 과정은 쉽지 않았다. 가장 힘든 일 중의 하나는 전산직 공무원을 설득하는 일이었다. 전산직 공무원 입장에서는 우선 그간 부처 내에서 운영하던 전산자원을 다른 곳으로 옮겨서 관리해야 하는 일이 불편했다. 다음은 소속기관, 근무지, 정보화 업무 성격 등의 변경 가능성도 있어 반발이 적지 않았다. 주무부처에서 다양한 성격의 설명회나 워크숍을 수없이 열었지만 전산직 공무원을 이해시키기에는 충분하지 못했다. 또 정보통신부와 행정자치부의 업무 분장도 힘든 일이었다. 결국 노무현 대통령이 나서서 교통정리를 했다. 노 대통령은 ‘정부 전체 정보화는 정보통신부가 주관하는 것이 맞으나 정부 혁신의 차원에서는 행정자치부가 하는 것이 맞다ʼ고 정리했으나 그 후에 논의를 거치는 과정에서 궁극적으로 정보통신부로 주관부처가 넘어갔다. 이 과정을 곁에서 지켜본 정태명 참여정부 전자정부특별위원회 민간위원은 이렇게 회고했다.
정부통합전산센터 기본계획의 확정에 있어 힘든 일은 전산직 공무원을 설득하는 것과 정보통신부와 행정자치부의 업무분장이었다. 결국 노무현 대통령이 교통정리를 했으나 그 후 논의에서 정보통신부로 주관부처가 넘어갔다.