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개선대책에 대한 수립권자와 개발사업자간 이견 발생과 이견 조정이 난항을 겪게 될 경우 지금까지는 국토교통부에서 조정 기능을 수행하고 있다. 국토교통부 역시 광역교통개선대책의 수립권자로서 객관성이 미약할 수 있다는 지적에 대해 이를 극복하기 위한 방안으로 한국교통연구원에 설치된 광역교통개선대책평가센터를 활성화하여 지자체 협의단계에서 여건 조사자료, 수요예측결과, 필요 교통시설의 여부 진단 및 적정 사업 규모 등 기본적인 검증절차를 마련토록 한다. 이를 통해 적정 수준의 개선대책이 수립될 수 있도록 객관적이고 공정한 전문기관에서 수립권자와 개발사업자간 갈등 발생시 조정기능을 강화하여야 한다.
국토교통부는 개선대책에 대한 수립권자와 개발사업자간의 이견 조정이 힘들 경우 조정 기능을 수행하기 위해 한국교통연구원의 광역교통개선대책평가센터를 통해 검증절차를 거친다.