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헌법재판소는 국가기밀과 관련하여 군사기밀보호법상의 군사기밀에 대하여 비공지성 이외에 실질비성을 요구함으로써 대법원에 비하여 엄격한 요건을 제시하였다. 헌법재판소는 국가기밀에 대하여도 “비공지의 사실로서 국가의 안전에 대한 불이익의 발생을 방지하기 위하여 그것이 적국 또는 반국가단체에 알려지지 아니하도록 할 필요성 즉 ‘요비닉성’이 있는 동시에, 그것이 누설되는 경우 국가의 안전에 명백한 위험을 초래한다고 볼 만큼의 실질적 가치가 있는 것 즉 ‘실질비성’을 갖춘 것이어야 한다.”고 판시하였다. 이와 동시에 헌법재판소는 대법원의 국가기밀에 대한 종전의 해석은 국가기밀이라는 문언의 문의적(文意的) 한계를 훨씬 벗어나고, 기밀의 실질적 요건을 헐어버린 것으로써 죄형법정주의에 위배된다고 비판하였다. 대법원의 태도가 국가기밀에 엄격한 요건을 요구하는 것으로 변화된 것도 이와 같은 헌법재판소의 결정에 큰 영향을 받은 것으로 판단된다. 그러나 국가기밀의 실질가치성에 대하여 헌법재판소가 국가의 안전에 명백한 위험을 주는지 여부를 기준으로 판시하는 반면, 대법원은 반국가단체에 이익이 되고 대한민국에 불이익이 되는지 여부를 기준으로 제시하고 있어 대법원에서 인정하는 국가기밀의 범위가 보다 광범위하다고 평가할 수 있다. 이러한 차이점은 대법원이 “그 기밀이 사소한 것이라 하더라도 그것이 누설될 경우 반국가단체에는 이익이 되고, 대한민국에는 불이익을 초래할 위험성이 명백하다면 이에 해당한다.”고 판시하고 있는 반면, 헌법재판소는 “국가의 안전에 명백한 위험을 초래한다고 볼 만큼의 실질가치를 지닌 사실ㆍ물건 또는 지식을 국가기밀로 인정한다.”고 판시하는 것에서 분명하게 나타난다.
헌법재판소는 군사기밀에 대해 실질비성을 요구하며 엄격한 조건을 제시했고, 대법원의 해석은 죄형법정주의에 위배된다고 해석했다. 하지만 헌법재판소는 국가의 안전의 위험을 기준으로 실질가치성에 대해 판시했고, 대법원은 반국가단체에 이익이 되고 대한민국에 불이익이 되는지를 기준으로 제시해 대법원에서 제시하는 국가기밀의 범위가 더 넓다고 할 수 있다. 