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정부는 그동안 지원수준의 증대 및 청년공제Ⅱ의 도입 등을 통해 청년공제의 성과를 제고하기 위한 여러 조치들을 취해오고 있지만 전문가 및 정책대상 대다수가 청년공제가 높은 수준의 성과를 거두고 있다는 평가에 동의할지는 불투명하며, 동 사업의 실효성에 대한 논란은 앞으로도 지속될 것으로 보인다. 사업시행 초기부터 논란이 되고 있는 저조한 가입률 및 예산집행률 문제는 정부 및 사업운영기관의 대응조치를 통해 해결되어 더 이상 큰 쟁점이 되지 않을 것으로 예상되지만, 청년공제가 내포하고 있는 이직 및 해고에 의한 가입해지와 사중손실 발생의 문제를 고려해야 한다. 물론 현실에서 사중손실의 발생여부를 가리는 것이 어렵지만, 청년취업자들과 기업들이 가입신청에 대한 의지가 있음에도 불구하고 지원물량이 조기 소진되고 예산제약으로 인해 가입이 불가능한 상황이 발생할 경우 사중손실은 자원배분의 적절성 측면에서 중요한 성과기준으로 고려될 수밖에 없다.
정부는 청년공제의 성과를 위해 여러 조치를 취해오고 있다. 그러나 사업 실효성에 대한 논란은 여전히 지속되고 있으며, 이직 및 해고에 의한 가입해지와 사중손실 발생 문제에 대한 고려가 필요하다.