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교육재정의 지출은 크게 국립대학이나 사학보조와 같이 문부과학성이 직접 지출하는 부분, 의무교육비 국고부 담금과 같이 문부과학성이 사용도를 지정하여 국고부담금의 명목으로 지방에 교부하는 부분, 지방이 지출하는 부분 등으로 나눌 수 있다. 다만 아래에서 좀 더 자세히 다루겠지만 교직원 급여의 1/3을 부담하는 의무교육비 국고부담금은 10년 전부터 총액재량제를 도입하여 지자체가 재량껏 활용할 수 있도록 한다. 이로 인해 소인수학급의 실시가 가능해졌다는 장점도 있으나 교원의 급여수준 확보나 비정규 교원 비율의 증가, 지방간 격차의 확대 등의 문제도 발생하게 되었다.
의무교육비 국고부담금은 총액재량제를 도입해 지자체의 재량으로 활용한다. 이는 소인수학급 같은 장점도 있으나, 교원 급여수준 확보나 지방간 격차 확대 등의 문제도 있다.