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이처럼 분쟁의 기능이 확대된 만큼 판정의 효과적인 이행은 WTO 전체의 원활한 운영을 위해서도 긴요하다. 그러나 WTO 판정의 이행은 그동안 지속적으로 그 효율성에 대해 문제가 제기되어 왔다. Horlick과 Coleman의 연구에 의하면, 2008년 기준으로 패소국이 WTO 판정을 이행한 비율은 완전이행(full compliance)이 67%, 부분이행(partial compliance)이 24%, 불이행(non-compliance)이 9%로 조사되었다. 패소국의 약 2/3가 판정을 완전이행하였다는 사실은 고무적으로 비추어질 수도 있겠으나, 반대로 패소국의 1/3이 제대로 이행을 완료하지 않았다는 사실은 WTO 이행체제에 여전히 구조적인 문제가 있음을 암시한다.
WTO 전체의 원활한 운영을 위해 판정의 효과적인 이행이 중요하나, 패소국의 1/3이 이행을 완료하지 않았다는 점에서 WTO 이행체제에 구조적 문제가 있음을 시사한다. 