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그러나 형벌규정에 대한 헌법불합치결정에 대해서는 단지 헌법불합치결정의 본질과 효력에 비추어 허용 여부를 결정할 것이 아니다. 형벌규정에 대한 헌법불합치결정은 그것이 적용중지의 헌법불치결정이든, 잠정적용의 헌법불합치결정이든 관계없이 위헌으로 확인된 형벌규정의 효력상실시기를 적어도 개선입법의 효력발생 시까지 유예한다는 점에서 법 제47조 제3항에 명시적으로 위배된다. 또한 입법자에 의해 사후적으로 행해진 개선입법의 소급적용과 잠정적용 헌법불합치결정에 의한 위헌적인 형벌규정의 적용은 헌법상 죄형법정주의원칙(헌법 제12조 제1항), 형사소급입법금지원칙(제13조 제1항) 등과 관련하여 위헌성의 문제를 야기한다.
형벌규정의 허용 여부를 헌법불합치결정에 따라서만 결정해서는 안 된다. 위헌 형벌규정의 효력을 개선입법 효력이 나올 때까지 유지한다는 점에서 위법이며, 원칙에 비추어 위헌이기 때문이다.