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SW특허의 본질은 알고리즘의 보호이다. 알고리즘은 아이디어의 응용(application)으로 볼 수 있으며, 추상적인 것이기 때문에 명세서를 통해서 확인할 수밖에 없다. 따라서 허여된 특허의 침해에 대한 판단은 쉬운 일이 아니다. 따라서 본 장에서는 개정안에 대한 논의 단계, 심사단계 및 SW특허 제도화 이후의 이슈 내지 개선방안에 대해 살펴보았다. SW 자체가 아닌 SW를 실시함으로써 나타날 수 있는 문제점들의 대응방안에 대해 살펴본 것이다. 심사단계의 신규성 판단을 위한 다양한 선행기술을 추적하고 활용할 수 있어야 한다. 사실상 인간의 능력이 갖는 한계일 수 있는 데이터베이스의 축적은 비용과 시간이 소요될 수 있는 사안이기도 하다. 따라서 정책적으로 SW특허를 인정하였다면, 이에 대한 부실특허의 개선방안에 있어서 무엇보다도 중요한 데이터베이스의 구축이 우선해야 한다. 이와 더불어, 신규성 및 진보성이 판단에 있어서 심사를 진행하는 심사관에 대한 공직자의 긍지를 심어줄 수 있는 심사정책을 마련해야 한다. 미국의 경우, pro-patent 정책을 펴나갔지만 심사관에 대한 대우가 제대로 이루어지지 못하면서 심사인력이 이탈하였고, 그에 따른 부실특허가 양산됨에 따라 특허법의 개혁이 이루어진 것을 참고할 필요가 있다.
SW특허의 본질은 알고리즘의 보호라서 특허의 침해에 대한 판단이 어려워 SW가 아닌 SW를 실시함으로써 나타날 수 있는 문제점들의 대응방안을 살펴보았다. 심사를 진행하는 심사관이 긍지를 갖도록 심사정책을 마련해야 한다. 미국은 pro-patent 정책을 폈지만 심사인력의 이탈로 부실특허가 많아져 특허법을 개혁한 것을 참고해야 한다.