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5. 행정부가 시행하는 조세특례평가는 일몰도래 항목에 대한 사후평가를 중심으로 제도정비 측면의 실효성을 보다 제고할 필요가 있는 것으로 평가된다. 2016년 조세특례평가는 “공동위탁 R&D 세액공제 우대” 등 신규 도입에 대한 예비타당성조사 2건과 “신용카드 등 사용금액 소득공제” 등 일몰도래 항목에 대한 심층평가 6건이 수행되어, 실효성이 없는 것으로 평가된 2건의 신규안은 세법개정안에 반영되지 않았으나, 일몰도래 6건은 부분적인 제도의 필요성이나 효과성을 근거로 모두 일몰연장(확대연장 1건, 단순연장 2건, 축소연장 3건) 되었다. 2016년 시행된 성과평가는 조세특례 미시자료 수집의 한계에도 불구하고 국세청이나 관련 부처의 자료지원과 설문조사 등을 기반으로 제도의 타당성과 효과성 등 분석이 비교적 충실하게 이루어진 것으로 평가된다. 그러나 평가결과를 종합한 최종 결론의 구성이 다양한 정책대안을 제시하는 방식으로 이루어져, 정책결정에 미치는 영향력을 작게 한 측면이 있다. 또한 행정부는 이러한 평가결과에 대해, 정책적 타당성은 다소 있으나 효과성이 없는 것으로 평가된 3건(“외국인근로자 과세특례”, “에너지절약시설투자 세액공제”, “신용카드 등 사용금액 소득공제” 중 전통시장 ․ 대중교통 이용분)은 제도를 축소해 일몰연장하는 등 소극적인 정비를 수행하였다. 2015년에 시행된 14건의 심층평가에서도 효과성이 없는 것으로 평가된 “중소기업투자세액공제”가 일몰연장 되었고, 타당성과 효과성이 모두 없는 것으로 평가된 “신성장동력 및 원천기술 R&D 세액공제” 역시 단순 일몰연장 되었고 올해 세법개정안에서는 대상 확대가 제안되었다.
2016년 시행된 성과평가에선 정책적 타당성은 다소 있으나 효과성이 없는 것으로 평가된 3건을 제도를 축소해 일몰연장하는 등 소극적인 정비를 수행하였고, 2015년에 시행된 14건의 심층평가에서도 효과성이 없는 것으로 평가된 “중소기업투자세액공제”가 일몰연장 되었다. 이런하 모습들로 미루어 봤을 때 행정부가 시행하는 조세특례평가는 일몰도래 항목에 대한 사후평가를 중심으로 제도정비 측면의 실효성을 보다 제고할 필요가 있다.