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연차휴가를 출근율을 고려한 보상적 성격으로 규정하고 있다는 점, 연차휴가를 복잡하게 설정하여 근로자들이 이해하고 사용하기 어렵게 한다는 점, 기본적인 근로조건임에도 불구하고 연차휴가를 근속연수에 따라 차등적으로 적용한다는 점 등은 지속적으로 제도적 개선 사항으로 지적되어 왔다. 이에 따라 최근에는 근로기준법 제60조 제3항을 삭제하는 입법적 개정이 있었다. 기존의 조문을 살펴보면, “사용자는 근로자의 최초 1년간의 근로에 대하여 유급휴가를 주는 경우에는 제2항(1개월 개근시 1일의 유급휴가)에 따른 휴가를 포함하여 15일로 하고, 근로자가 제 2항에 따른 휴가를 이미 사용한 경우에는 그 사용한 휴가 일수를 15일에서 뺀다”라고 규정하였다. 따라서 월 단위로 취득한 연차휴가 일수가 다음 년도의 연차휴가 일수에서 제외되었다. 결국 근속연수가 2년 미만인 경우에는 제대로 된 연차휴가를 받지 못하는 경우가 일반적이었는데, 이는 기간제 및 파견근로자와 같이 비정규직 근로자가 많은 현실에서 비정규직 차별로 작용하였다.
연차휴가는 실제 근로자들이 사용하기 어렵게 만드는 여러 문제들로 인해 제도의 개선이 요구되어 왔다. 이에 따라  근로기준법 제60조 제3항을 삭제하는 입법적 개정이 이루어졌다.