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하지만 김대중 정부가 집권한 1998년 이후부터 중앙인사조직은 집권하는 대통령마다 중앙인사조직을 개편하면서 다시 한 번 변화의 시기를 경험하였다. 1998년정부조직법 개편으로 총무처와 내무부가 통합되면서 행정자치부가 탄생하였고 행정자치부 내에 인사행정 전담기구로 인사국과 행정관리국 그리고 소청심사위원회가 설치되었다. 하지만 바로 이듬해인 1999년 대통령 소속의 심의·의결기구로 중 앙인사위원회가 설치되면서 중앙인사기구가 행정자치부와 중앙인사위원회의 이원체제로 개편된다. 인사정책을 수립하고 인사행정 분야의 개혁 업무를 담당하는 중앙인사위원회는 40년 가까이 큰 변화 없이 유지된 인사제도를 개혁하기 위한 다양한 정책 아이디어를 연구하고 제안하였다. 5년 후인 2004년 노무현 대통령이 집권하면서 행정자치부와 중앙인사위원회로 분리되어 있던 중앙인사기능을 대통령 소속의 합의형 기관인 중앙인사위원회로 통합하여 중앙인사기관으로 정하여 행정기능의 대부분이 중앙인사위원회로 이관되었다. 이 시기의 중앙인사위원회는 대통령이 전폭적인 지지를 받고 있어 과거와는 비할 수 없을 정도의 인사개혁을 제안하고 실천에 옮길 수 있었다. 현재 인사제도의 기본적인 틀과 대부분의 제도가 이 시기에 제안되고 법제화되었다. 하지만 2008년 이명박 대통령의 집권으로 인사조직은 다시 한 번 축소된다. 중앙인사위원회를 폐지하고 신설된 행정안전부에 인사기능을 통합하여 인사업무를 전문적으로 수행하던 조직에서 일반행정, 지방자치, 전자정부 및 국민안전 등 다수의 이질적인 업무를 수행하는 조직의 일부로 인사기능이 포함된다. 그리고 2012년 박근혜 정부로 바뀌고 세월호 사건의 발발로 인한 정부조직개편과 함께 2014년 11월 국무총리 소속 인사혁신처가 신설되어 지금에 이르고 있다.
중앙인사조직은 집권하는 대통령마다 개편을 통해 변화했다. 1998년 총무부와 내무부가 통합되면서 행정자치부 탄생, 1999년에는 행정자치부와 중앙인사위원회의 이원체제로 개편되었다. 2004년 분리되어있던 기능을 중앙인사위원회로 통합하였고 이 시기에 인사제도의 기본적 틀과 제도가 제안되고 법제화되었다. 하지만  2008년 축소되어 행정안전부에 포함되고, 2012년에 국무총리 소속 인사혁신처가 신설되어 지금까지 이어지고 있다.