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지역 간 보험료 차이의 문제도 해결하기 쉽지 않았습니다. 농작물 재해보험의 보험료는 시·군 단위로 산출하고 있었습니다. 이로 인해 재해가 잦은 지역과 적은 지역 간 보험료 격차가 발생했습니다. 보험료가 높은 지역의 농업인들은 보험료를 전국단위로 산출해 달라고 요구한 반면, 읍·면·동 단위로 세분화하여 보험료를 산출해 달라는 요구도 있었습니다. 보험료율 산출단위가 변경되면 일부 지역의 보험료는 낮아질 수 있으나 그만큼 일부 지역의 보험료는 오를 수밖에 없는 상황이었습니다. 보험료 부담이 큰 농업인들의 부담을 완화하기 위해 보험료가 낮은 농업인들의 보험료를 높이는 것은 또 다른 민원을 야기할 뿐이었습니다.
농작물 재해보험의 보험료는  시·군 단위로 산출되는데 재해가 잦은 지역과 적은 지역간의 보험료 격차가 발생하고 이로 인한 민원이 야기됩니다.