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각 부처에서는 Top-Down 방식(지정공모형)과 Bottom-Up 방식(품목지정형, 자유공모형)을 혼합하여 과제를 공모하고 있다. 각 부처 사업의 과제공모 형태를 분석한 결과 동일한 유형의 사업에 대하여도 공모 방식 포트폴리오는 부처별로 차이를 보이고 있었다. 먼저, 산업부의 경우 기술장비지원, 산학연협력, 사업화지원을 제외하면 지정공모 유형의 비중이 높은 편으로 조사되었다. 기술장비지원 사업은 자유공모형으로 운영되며, 산학연협력에서도 자유공모 유형이 절반 이상을 차지하고 있다. 사업화지원 사업의 경우, 품목지정형이 절반 정도를 차지하고 있으며, 기술기반 연구개발은 세 가지 유형이 비교적 고른 분포를 보이고 있다.
각 부처 사업의 과제공모 형태 분석결과 지정공모형, 품목지정형, 자유공모형을 혼합하여 사용하며 부처별로 차이를 보이고 있다.