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국토환경계획의 연동을 위해서는 각 계획을 수립하는 실질적인 기준의 성격을 지닌 지침의 정합성을 높이는 것이 중요한데, 특히 도시관리계획의 경우에는 이에 상응하는 지자체 단위의 환경계획이 없으므로 도시관리계획에 대한 전략환경영향평가가 이러한 역할을 하도록 근거를 마련하는 것이 필요하다. 단기적으로는 전략환경영향평가 검토에서 도시관리계획 수립 지침과 전략환경영향평가 매뉴얼 등에서 기술하고 있는 내용을 도시관리계획의 전략환경영향평가에도 반영할 수 있도록 하고, 장기적으로는 도시관리계획 수립 지침 및 용도지역 변경의 주요 근거로 활용되고 있는 토지적성평가 관련 지침에 대하여 환경성을 강화하는 방향으로 개선해 나가야 한다.
국토환경계획을 위해서 단기적으로는 도시관리계획에 대한 전략환경평가 검토에서 메뉴얼 내용을 지자체 단위로 반영하고, 장기적으로는 토지적성평가 관련 지침의 환경성 강화가 필요하다.