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특성화 고등학교에도 일반 고등학교처럼 학교 부적응 학생 또는 정서적으로 어려움이 있거나 심리 치료가 필요한 학생들을 위한 ‘Wee 프로그램’이 운영된다. 특성화 고교 학생들의 경우 중학교를 거치면서 이미 Wee클래스나 Wee 센터를 경험한 적이 있기 때문에 다시금 Wee 프로그램을 활용하려하지 않는 경향이 있다고 말하는 교사도 있었다. 학교마다 1명의 담당자가 예산 범위 안에서 프로그램을 운영하고는 있으나, 학업 문제, 진로 문제, 정서 문제가 복합적으로 얽혀있는 학생들의 비율이 높은 상태에서 학생들을 돌보기에는 역부족인 상황이다.
특성화 고등학교에서도 Wee프로그램을 운영하고는 있지만 현실적으로 학생들이 받아들이지 않으려 하고 예산문제 등이 겹쳐 운영에 어려움을 겪고 있다.