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그러나 반대로 특정 규제유형에 대하여 네거티브 규제체계를 적용하는 방안은 특정 산업분야를 선정하여 적용하는 방안에 비해 동일 사업분야내에서 네거티브 규제체계를 일괄적으로 적용함에 따라 창출할 수 있는 시너지효과를 기대하기 어렵다는 한계가 있다. 반면 특정 산업분야를 선정해서 네거티브 규제체계로 전환하는 방식은 연관된 규제에 대한 전반적인 고찰이 가능하기 때문에 동일 산업내의 불합리한 규제체계 정비차원에서 시너지효과를 기대할 수 있으며, 더불어 규제집행체계 및 관리체계의 정비에 있어서도 연관된 여러건의 규제방식의 변경과 이에 대한 통합적인 집행체계 및 관리체계의 정비가 가능하다는 장점도 있다.
특정 규제유형에 네거티브 규제체계를 적용하는 것은 상대적으로 시너지효과를 기대하기 어려운데, 반면 특정 산업분야를 선정하는 방식은 시너지효과와 통합적 관리체계 정비가 가능하다.