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하지만 대한노총은 자유당 출범을 주도한 조직 중 하나였을 만큼 이승만 정권과 유착되어 있었고 노동자들의 민주화 운동을 폭력적으로 진압하는 데 앞장서기도 해 비판을 받았다. 대한노총의 행보에 반발한 세력들은 1959년 10월 제2노총이라 할 수 있는 전국노동조합협의회(이하 전국노협)를 출범시켰다. 이런 가운데 대한노총은 1960년 4.19 혁명 시기 위원장이 축출되고 전 간부가 사퇴하는 등 해산위기에 처했다. 이후 대한노총과 전국노협 두 조직은 통합을 결의하고 1960년 11월 25일 한국노동조합총연맹(당시 줄임말은 한국노련)을 결성하였다. 이후 1961년 5.16 군사쿠데타로 정당 및 노동조합 해체령이 발부되어 일시 해산되었다가 노조 활동 재개가 허용되자 한국노동단체 재건조직위를 꾸렸다. 재건조직위는 섬유, 광산, 체신, 철도, 운수, 금융, 전력, 금속 등 산별조직들을 결성하고 그 해 8월 30일 한국노동조합총연맹(이하 한국노총)을 재건하였다.
1959년 출범한 전국노동조합협의회은 대한노총이 해산위기에 처했을 때 통합을 결의했으나 군사쿠데타 이후 해체령으로 일시 해산 되었다. 그러나 노조 활동 재개 허용 후 그 해 8월 30일 한국노동조합총연맹이 재건되었다.