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사업 성별영향분석평가를 위한 대상과제 선정 기준에 대해서는 여성가족부가 매년 지침을 통해서 안내하였다. 일반적으로 「성별영향분석평가법」이 시행되기 전까지는 크게 세 가지가 선정 기준을 활용하였다(여성가족부, 2005~2011, 각 년도). 첫째, 국민생활과 밀접하고 직접적인 영향을 줄 수 있는 정책은 우선적으로 선정한다. 예를 들면 경제성장과 관련이 깊은 정책, 국민 생활과 밀접하게 관련되는 복지, 고용, 교육 부분 정책이 이에 해당된다. 둘째, 성별 통계상 정책 수혜도의 성별격차가 발생하고 있는 정책 또는 향후 성별 격차의 발생 우려가 있는 정책 셋째, 수혜대상 범위가 넓으며 파급효과가 큰 중요 정책 중에서 선정할 것을 권장하였다. 예를 들면 당해 연도 주요 업무계획, 국정과제에 포함된 정책, 국가인적자원개발계획에 포함된 사업, 여성권한척도 등 양성평등 관련 국제지표에 영향을 주는 정책 등의 선정기준을 제시하였다.
성별영향분석평가법 시행 전에는 성별영향분석평가 대상과제가 국민생활에 밀접하고 직접적인 영향을 주는지, 정책 수혜도에 성별격차 혹은 그 우려가 있는지, 수혜대상 넓고 파급효과 큰지에 대한 기준으로 선정됐다.