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대학특성화는 모든 대학을 한 줄로 서열화하기 보다는 비교우위가 있는 학문 분야의 경쟁력 심화 과정을 의미하며, 개별 대학 내 또는 대학 간 비교우위에 있는 분야에 자원을 집중함으로써 수준 높은 경쟁력을 갖추게 하는 동시에 대학 서열화로부터의 탈피를 지향한다. 이는 대학 간 기능 분화와 재정투자의 효율성 차원에서 특정 대학의 특정 분야를 집중적으로 육성하여 궁극적으로는 국가 전체적으로 볼 때 필요한 우수 인재를 양성, 공급한다는 목적을 표방하며 추진되었다. 이러한 형평성과 효율성의 균형은 재정배분 과정에서도 매우 중요한 것으로 간주되어, 신청한 사업의 규모, 사업의 특성, 학교 규모 등을 고려하여 재원을 합리적으로 배분해야 한다는 논리가 강조되고 있다.
대학특성화는 특정 대학,특정 분야를 집중 육성하고 합리적인 재정 배분을 통해 자원을 집중하여 수준 높은 경쟁력을 갖춘 인재를 양성하고 대학 서열화로부터의 탈피를 지향한다.