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대통령제 하에서 국무총리제의 한계는 보좌기관의 기능 및 조직 측면에서도 나타난다. 대한민국의 대통령은 ‘제왕적 대통령’이라 불릴 만큼 상당한 권한이 대통령에게로 집중되는 구조로 되어 있다. 이러한 상황에서 청와대와 국무총리실의 관계 역시 수직적이며 일방적인 관계를 맺을 수밖에 없다. 청와대가 행정각부를 실질적으로 통할하고 있는 상황에서 국무총리의 행정각부 통할권은 적극적으로 발휘되기 어려우며, 국무총리실 조차 청와대의 지시를 받아 활동하는 경우도 많다. 특히 국무조정실 기능 및 조직 형태 역시 대통령 비서실과 중복되어 있기 때문에 일반 행정기관에 대한 국무총리실의 행정통할 역할을 더욱 약하게 만들고 있다.
한국 대통령은 많은 권한이 집중돼 청와대와 국무총리실의 관계도 수직, 일방적이다. 국무조정실 기능, 조직형태도 비서실과 중복돼 행정기관에 대한 국무총리실 행정통할 역할을 약하게 한다.