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여섯 개 한자어의 사이시옷 표기 예외에 대한 문제 말고도 사이시옷 전반에 대한 문제점을 지적한 논의들도 많다. 이러한 논의들은 대부분 현행 규정에 대한 것이다.
 유만근(1991)에서는 현행 맞춤법 규정에 사이 된소리 표기가 미비하다며 사이 된소리가 정서법에 완전히 표기된다면 글 읽을 때 공연한 된소리 유발을 막을 수 있다고 하였다. 그리고 사이 된소리 표기를 완벽하게 하기 위해서는 ㅅ 받침보다 된소리가 나는 음절 초성에 표시 기호를 붙이는 것이 더 편리할 것이라 하였다. 이러한 주장은 표기가 발음을 제대로 보여주지 못하는 문제점에 대한 인식에서 비롯된 것이다.
 민현식(1993)에서는 현 사이시옷 규정을 좀 더 세밀하게 할 필요가 있다고 주장하였다. 현 규정을 보면 본문 규정에서 "뒷말의 첫소리가 된소리로 나는 것"이라고 했는데, 이 규정은 너무 포괄적이라는 것이다. 즉 이 규정의 의도는 뒷말의 본음이 평음인데 된소리로 나는 '나루배, 귀밥'류를 '나룻배, 귓밥'으로 적으라는 것인데 뒷말의 본음이 본래부터 된소리인 '개뿔, 개똥, 깨꽃' 같은 예도 '갯뿔, 갯똥, 깻꽃'으로 적도록 할 염려가 있다고 하였다. 따라서 "다만 뒷말의 본음이 된소리일 적에는 앞말에 ㅅ을 받치지 않는다."는 제한 규정을 달아야 한다고 하였다.
현행 사이시옷 규정의 전반적 문제를 지적한 논의도 있다. 유만근(1991)에서는 현행 규정에서 미비한 사이 된소리 표기를 완벽하게 하기 위해서는 된소리가 나는 음절 초성에 표시 기호를 붙이는 것이 좋다고 했다. 민현식(1993)에서는 현 사이시옷 규정은 너무 포괄적이며 제한 규정을 달아야 한다고 했다.