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한편, 배출권거래제도의 영향을 간접적으로 살펴본 본 연구의 정량분석 결과는 온실가스 감축정책 추진 대상 차별화의 필요성을 시사하고 있다. 중소기업 자료를 이용한 분석에서 환경규제 적용집단과 비적용집단의 매출액 차이가 감소된 것으로 나타났고 이는 대기업보다는 중소기업의 경우 환경규제로 인한 경쟁력 저하의 문제가 심각해질 가능성이 높음을 나타낸다. 대기업의 배출량 대비 중소기업의 배출량 비중이 미미한 점을 고려해볼 때 온실가스감축규제의 주된 목표를 대기업에 두는 방향으로 정책을 설계해야 할 것이다. 또한, 목표관리제를 통한 5개 소재산업의 온실가스배출저감 효과 및 매출액 감소의 효과가 실증적으로 확인되었으나 효과의 정도가 미약하게 드러났고 대기업까지 포함할 경우 추정된 결과가 불명확해진다. 따라서 기술적 감축여력이 적은 소재부문의 주요 기업들은 한계저감비용이 이미 높은 수준일 가능성이 존재한다. 그러므로 대기업의 자발적 감축 유인을 높일 수 있는 방향으로의 배출권거래제도 개선이 필요하다.
본 연구의 정량분석 결과에 따르면 중소기업의 온실가스 배출량이 대기업에 비해 미미하고 환경규제로 인해 경쟁력 저하가 심각해질 우려가 있으므로 대기업을 온실가스감축규제의 주된 목표로 해야 할 것으로 보인다.