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마르코프 코호트 시뮬레이션에서의 전이확률은 주기마다 각 주기의 마지막에 발생한다고 가정하기도 하는데, 현실적으로 환자의 전이과정은 연속적으로 발생하는데, 모형에서 설정된 한 주기 내에 발생할 수도 있어, 최근에는 half-cycle correction이 활용되기도 하며, 생존곡선의 생존 추정치로 추론하기도 한다. 이는 건강 결과(health outcome)를 측정하는 데 중요한 측면으로 고려되고 있으나, Briggs 등은 이러한 교정이 경제성 평가에서 비용증가분(incremental costs)과 편익(benefits)을 도출하는 데는 그다지 영향을 주지 않기 때문에 중요하지 않을 수도 있다고 제시한다.
마르코프 코호트 시뮬레이션은 환자의 전이가 주기의 마지막에 발생한다 가정하지만 현실적으론 결과를 도출하는데는 크게 영향을 주지 않는다.