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하지만 이러한 취지에도 불구하고 PMDU의 설치는 정부 내부로부터도 큰 지지를 받지 못하였다. 먼저 각 부처와의 협의를 통해 PSA 관리를 관장하는 재무부의 경우 자신의 업무분장과 중복되는 새로운 부서의 설치를 결코 반길 이유가 없었으며, 또한 각 부처의 경우에도 아무리 총리가 관심 있는 PSA 과제라고 하더라도 실질적인 집행 및 성과 책임은 각 부처에 있는 상황에서 부처의 전담기능이라 할 수 있는 집행에 대해 개입하는 새로운 기관의 설치는 부담스러운 상황이었다. 이러한 부처 간 갈등의 문제 또는 조정의 문제는 대체로 두 가지 방식의 대안을 요구하는데, 정치적 지지와 명확한 업무분장이 그것이다.
PMDU의 설치는 부처 간 갈등으로 정부 내부로부터 큰 지지를 받지 못하였다. 이러한 갈등은 정치적 지지와 명확한 업무분장을 요구한다.