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신속한 대응이 필요한 사스, 메르스, 신종코로나19와 같은 유행 감염병 대응은 모두 질병관리본부의 직무 책임에 속한다. 그런데 메르스나 사스와 신종코로나19에 대응하는 주체로서 질병관리본부에 대한 평가는 엄청난 차이를 보이고 있다. 왜 그런 차이가 나타나는가? 2015년 발생한 메르스(중동호흡기증후군, MERS) 바이러스 감염 사태는 186명을 감염시켜 38명의 사망자를 냈다. 감사원은 보건복지부와 질병관리본부 등에 대한 감사를 통해 해당 공무원에 대한 징계 조처 등을 취했다. 복지부동이라는 비판도 당연히 등장했다. 그러나 질병관리본부의 복지부동은 책임 회피적 태도가 아니라 책임이 주어지지 않은 시스템 수준의 재량 부족이 근본 원인이었다. 1급(실장급)인 질병관리본부장이 장관이 지휘하는 각 부처의 역할을 조정하고 적재적소에 자원을 투입하면서 위기상황에 대응하는 것은 불가능하다. 실제로 메르스 사태에서 질병관리본부는 본부장이 브리핑에 조차 나서지 못하는 등 메르스 통제의 중심에 서지 못한 것이 초기 역학조사 부실로 이어졌다는 지적이 나왔다. 이에 따라 차관급 격상 없이는 문제가 지속될 것이라는 지적이 제기되었다(동아일보, 2015. 6. 20).
메르스와 신종코로나19에 대응하는 주체로서 질병관리본부에 대한 평가에 엄청난 차이를 보인다. 메르스 사태에서는 공무원의 책임 회피가 아니라 시스템 상 재량 부족이 문제였다. 당시 질병관리본부장은 실장급으로 장관이 지휘하는 각 부처의 역할을 조정하여 위기상황에 대응하는 것이 불가능했다.