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대표적인 문제가 보호소년의 군대 문제이다. 본 연구의 설문조사 결과에 따르면, 보호소년의 퇴원 후 계획에서 남녀 간에 차이가 많았는데 가장 결정적인 차이는 남자 보호소년의 22.3%가 군 입대를 계획하고 있는 점이다. 소년원 출원 후에 취업을 하거나 창업을 해도 군 입대를 하게 되면 공백기가 생기게 된다. 이러한 문제를 해결하기 위해서는 법무부와 국방부가 협력하여 소년원에서 이루어진 직업훈련 분야를 인정받아 군대 특기병으로 복무할 수 있도록 해줄 필요가 있다. 그 외에도 창업에 이르기까지 여러 부처의 협력이 필요한데, 소년원에서 자동차 정비를 전공한 소년이 창업을 계획하고 있다면 다음 그림과 같이 부처의 협력이 필요하다. 법무부는 소년원을 통한 직업훈련과 취업알선을 담당하고, 여성가족부는 심리적 지원, 국방부는 특기병 배치, 고용노동부는 취업 알선, 건설교통부는 주거안정, 보건복지부는 복지 지원, 중소기업청은 창업 지원 등의 역할을 담당하여 유기적으로 지원하는 것이다.
취업 및 창업 이후의 공백기라는 문제를 야기하는 보호소년의 군 문제를 해결하기 위해 법무부와 국방부, 여성가족부와 고용노동부, 보건복지부 등 부처가 협력하여 보호청소년을 유기적으로 지원해야 한다.