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그해 9월, 전산망조정위원회는 각 부처에서 인력을 파견 받아 사무국을 설치했다. 사무국장은 위원회 간사인 홍성원 과학기술비서관이 맡았다. 홍 비서관이 1989년 3월 청와대를 떠나자 경제수석비서실 정홍식 비서관이 사무국장을 겸임했다. 노태우 정부는 1989년 6월 1일 청와대 기구인 전산망조정위원회를 체신부로 이관했다. 이 과정에서 대통령이 같은 사안에 대해 두 번 재가하는 희한한 일이 벌어졌다. 1989년 3월 6일, 문희갑 청와대 경제수석은 ‘위원회를 과학기술처 주관으로 운영하도록 개편하고자 한다ʼ는 내용으로 노태우 대통령 재가를 받았다. 기안자는 구본영 경제비서관인 것으로 알려졌다. 과학기술비서관실은 발칵 뒤집어졌다. 정홍식 비서관은 2007년 펴낸 자서전 〈한국IT정책 20년〉에서 당시 상황을 이렇게 적었다.
노태우 정부는 89년 6월 전산망조정위원회를 체신부로 이관했는데, 89년 3월 문희갑 수석이 위원회를 과학기술처 주관으로 개편한다는 내용으로 재가를 받은 것이 알려져, 비서관실이 난리가 난다.