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그러나 벤처기업확인제도의 운영과정에서 여러 가지 문제점들이 드러나면서 동 제도의 무용론이 대두되고 있다. 거름종이를 통해 식별된 벤처기업 간 경영 실적 및 성과 차이로 인한 이질성은 확인제도의 신뢰성을 떨어뜨릴 뿐만 아니라 피해가 선의의 벤처기업으로 확산되는 경우도 나타나고 있다. 외형적 실적 확보가 용이치 않은 벤처기업의 특성 상 기술성 평가에 의한 벤처기업 인증이 불가피한 측면이 있다. 그러나 이들 기술평가 보증·대출 유형의 벤처기업은 벤처투자기업 유형이나 연구개발기업 유형에 비해 성장잠재력이 크게 낮은 반면에 수적으로도 절대 다수를 차지하고 있다. 이와 같은 열위에도 불구하고 동일한 벤처기업의 지위와 혜택을 부여하는 것이 문제라는 지적이다. 벤처기업과 이노비즈기업와 같은 유사인증 제도도 벤처기업 확인제도의 선별력을 약화시킬 수 있다는 우려가 제기되고 있다.
그러나 젠처기업확인제도의 무용론이 대두되고 있다. 외형적 실적 확보가 용이치 않은 특성상 확인 식별에 어려움이 있기 때문이다. 또한 이런 유사인증 제도도 선별력 약화의 요인이 될 수 있다.