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한편, 체제통합과정에서 지방행정 구역 역시 새롭게 편성되어야 하며, 지방행정 계층 역시 새롭게 조정되어야 한다. 또한 북한지역 내 지방자치제 실시도 고려되어야 한다. 예멘 사례를 보면, 통일 이후 조직 통합이 중앙수준에서만 이루어 졌을 뿐 지방행정 수준에서는 변화가 없었고, 이로 인해 많은 어려움을 겪은 바 있다. 그러나 오랜 기간 중앙집권적 사회주의 국가체제를 유지해 온 북한이 현실적으로 갑작스럽게 지방자치를 수용하기는 어려울 것으로 보이며, 지방재정의 여건도 고려되어야하기 때문에 실시 시기나 방법 등에서도 정치적 합의가 요구된다.
통일 직후 체제통합과정에서 지방행정 구역과 계층이 새롭게 조정되야 함으로 지방자치와 지방재정의 정치적 함의가 중요하다.