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둘째, 효과성 등 전반적 평가에 관한 주요 설문항목 결과를 분석해 보면, 조사항목 모두에 대해 행정부가 입법부 보다 긍정적으로 평가하고 있다. 프로그램 예산제도가 정부업무(예산편성 및 예산심의 등)에 도움이 되고 있는지, 프로그램 예산제도가 잘 정착되고 있다고 생각하는지, 프로그램 평가의 결과의 활용을 통한 예산배분이 이루어지고 있는지, 프로그램 예산제도의 도입으로 재정운영의 투 명성이 높아졌다고 생각하는지, 프로그램 예산제도의 도입으로 효율성이 높아졌다고 생각하는지, 프로그램 예산제도의 도입으로 성과중심의 재정운영이 강화되었다고 생각하는지에 관하여 행정부는 약간 긍정적인 평가를 하는 반면, 입법부는 약간 부정적인 평가를 하고 있다. 한편 프로그램의 성과평가 결과와 프로그램 예산의 연계가 잘 이루어지고 있다고 생각하는지와 프로그램 예산제도의 도입으로 부처의 자율성과 책임성이 높아졌다고 생각하는지에 관하여는 행정부와 입법부가 모두 부정적인 평가를 내리고 있다.
프로그램 예산제도의 도입으로 인해 정부업무에 도움이 되는지, 정착성, 투명성, 효율성에 대한 전반적 평가에 대해 입법부 보다 행정부에서 긍정적으로 평가하고 있다. 그러나 부처의 자율성과 책임성에 관하여는 행정부와 입법부 모두 부정적인 평가를 내리고 있다.