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반면에 전문연구기관은 조직적, 영속적, 대형 연구체계이다. 연구책임자가 이직하면 다른 전문가가 이어받아 연구를 계속한다. 폐쇄적 비밀연구도 많이 수행한다. 전문연구기관은 연구원을 수천, 수만 명까지 보유하고 융복합적연구를 한다. 연구원들이 제공하는 Mod 1형 연구도 가능하지만 사회적 문제를 해결하는 Mod 2형 연구가 유리한 곳이다. 즉 사회적 문제는 단일 학문분야에서 다루기 어려운 융복합적 성격을 가지므로, 대학보다는 전문연구기관에서 연구하는 것이 유리하다는 의미이다. 참고로 미국은 정부소유 전문연구기관 (National Lab.)을 연구중심대학이 관리하도록 기회를 주고 있다. 이렇게 되면 대학의 교수가 겸직으로 연구에 참여하며, 대학원생에게도 학위논문 연구 또는 post doc의 기회가 많아진다. 그렇지만 대학과 National Lab.의 경영은 엄격히 구분된다. 그러므로 대학과 National Lab.을 혼돈해서는 안된다.
전문연구기관은 조직적, 영속적 대형 연구체계로, Mod 1형 연구도 가능하지만 Mod 2형 연구가 유리해 사회적 문제의 경우 대학보다 전문연구기관에서 연구하는 것이 유리하다. 미국은 연구중심대학에게 정부소유 전문연구기관의 관리 기회를 주고 있다.