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평가제도 운영 과정에서 제기되는 한계점 중 하나는 평가에 앞서 수립되는 계획이 올바르게 정립되었는지 여부이다. 각 중앙행정기관은 성과관리 및 평가 계획을 수립하는 과정에서 부처의 미션과 비전에 부합하는 정책 목표와 이를 달성하기 위한 관리 과제를 설정하고, 과제의 성과를 평가하기 위한 측정 지표를 설계한다. 엄밀한 의미에서 정부업무 평가는 평가 그 자체가 아니라 계획을 수립하는 단계부터 시작된다고 볼 수 있다. 전문가 자문 결과 정책 목표와 사업 목표에 부합하는 측정지표가 설계되어 있다면, 이를 달성하기 위한 예산 및 인력 등 자원 투입의 효율성과 효과성을 제고할 수 있으나 그렇지 않을 경우 미완성된 지표를 달성하기 위해 불필요한 노력을 낭비하는 결과로 이어질 수 있을 뿐 아니라 본래 의도했던 정책목표와 사업목표를 달성하지 못하는 본질적인 문제도 지적되었다.
수립한 계획이 정책 및 사업 목표에 부합하지 않다면 평가에 문제가 발생한다. 부합하게 수립된 계획의 실행에 대한 효율성과 효과성을 제고할 수는 있으나 그렇지 않은 경우 의도한 목표를 달성하는 못하는 본질적인 문제가 발생한다.