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평화권과 관련한 주목할 만한 헌법재판소의 결정례로는 양심적 병역거부 사건을 들 수 있다. 물론 헌법재판소는 한국헌법 제19조(양심의 자유), 자유권 규약 제18조(양심 및 사상의 자유)에 비추어 볼 때 대체복무제를 규정하지 않은 병역법 제5조가 헌법에 불합치하다고 판결하였으나, 국제사회에서는 양심적 병역거부를 평화권의 주요한 내용의 하나로 보고 있다. 예를 들면 유엔인권이사회 자문위원회의 평화권보고서(2012년)의 ‘평화에 관한 권리선언 초안’ 제5조, 르아르카 평화권선언(2006년) 제5조, 평화권에 관한 산티아고 선언 제5조 등이 “개인은 평화에 위협이 되는 활동에 대해 시민적 불복종과 양심적 병역거부권을 개별 또는 집단의 구성원으로서 갖는다”
헌법재판소는 양심적 병역거부가 헌법에 불합치한다고 판결했다. 그러나 유엔인권이사회 평화권고보서에 따르면 국제사회는 양심적 병역거부를 평화권의 중요한 내용으로 보고 있다.