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지방청사 관리 · 운영은 지방청사 보유면적과 지방청사 에너지관리로 구분된다. 현행 제도상으로는 지방청사 보유면적이 기준면적을 초과할 경우 초과면적의 200%를 적용하여 기준재정수요액에 패널티를 적용하고 있다. 그러나 지자체가 보유면적이 현재보다 작은 청사로 단기간에 이전하지 않는 이상 청사보유면적 자체로 지자체의 세출절감을 유도하기는 어렵다고 볼 수 있다. 2009~2015년까지 지방청사 면적과 관련하여 패널티를 적용받은 지자체는 부산, 인천, 대전, 전북, 성남, 강릉, 광양, 옹진, 임실 등 9곳으로 전체 243개 지자체의 3.7%에 불과하였다.
지방청사의 관리는 보유면적과 에너지관리로 구분되며 기준 면적 초과시 강력한 패널티가 적용되지만 이 제도의 효과는 미비하며, 따라서 세출절감을 유도하기는 어렵다.