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그러나 그와는 별개로, 우리나라에서 어떤 법률이 헌법에 위반되는지를 최종 판단하는 기관인 우리 헌법재판소는 대체복무제도를 마련함이 없이 양심적 병역거부자를 형사처벌하는 병역법 제88조제1항 제1호는 양심의 자유를 침해하지 않는다고 누차 결정해 왔다(헌재 2004. 8. 26. 2002헌가1: 헌재 2004. 10. 28. 2004헌바61등; 헌재 2011. 830. 2008헌가22등). 나아가 헌법상 최고법원인 대법원 또한, 양심 및 종교의 자유를 이유로 현역입영을 거부하는 자에 대하여 현역입영을 대체할 수 있는 특례를 두지 아니하고 형벌을 부과하는 병역법 제88조 제1항이 위헌이라고 할 수 없으며 양심적 병역거부가 위 병역법 제88조 제1항의 적용을 거부할 정당한 사유가 될 수 없다고 누차 판결해왔다 (대법원 2004. 7. 15. 선고 2004도2965 전원합의체 판결 및 대법원 2007. 12. 27. 선고 2007도7941 판결 등 참조).
우리 헌법재판소는 대체복무제도를 마련하지 않고 양심적 병역거부자를 형사처벌하는 병역법이 양심의 자유를 침해하지 않는다고 누차 결정해왔다. 나아가 대법원 또한 이에 동의하였으며 양심적 병역거부가 정당한 사유가 될 수 없다고 판결해왔다.