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1963년 대통령에 당선된 이후 박정희는 강화된 권력과 선거 정당성을 기반으로 꾸준히 이원조직의 약화를 시도하게 된다. 1963년 한일 국교정상화 협상에 따른 정치적 위기가 심화되자 박정희는 이를 계기로 한일협상의 책임을 물어 김종필을 공화당에서 몰아내고 민간출신 정치인 현오봉(63년 선거에서 공천을 받은 구 정치인이었던)을 공화당 사무국을 관장하는 사무총장에 임명하는 데에 성공한다. 이후 공화당의 사무국 조직은 150명으로 축소되고 마침내 1965년 2월에는 이원조직을 사실상 해체하는 당헌 개정을 하게 된다. 이원조직의 중추였던 당 사무국이 관장하던 후보공천 권력과 당의 행정업무는 공화당 총재인 박정희에게로 이관된다. 또한 당의 재정업무 또한 사무국으로부터 재정위원회(또 다른 구정치인 출신인 김성곤이 운영하던)로 이관된다. 이로써 개인화된 정당에 대한 대안적인 실험으로써 시도되던 공화당의 이원조직은 해체되고, 민주공화당은 점차 박정희 개인의 지배하에 종속되는, 한국의 전통적인 정당의 모습으로 회귀하게 된다.
박정희는 강화된 권력과 선거 정당성을 기반으로 이원조직의 약화를 시도한다. 이원조직의 후보공천 권력과 행정업무는 박정희에게, 재정업무는 재정위원회로 이관된다. 이로써 공화당의 이원조직은 해체되고, 민주공화당은 박정희 개인의 지배 아래에 종속되고 만다.