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또한, 지방자치단체의 일반집행기관인 지방자치단체의 장과 그 교육·학예에 관한 사무의 특별집행기관인 지방자치단체의 교육감은 각각 지방자치법 제105조와 지방교육자치에 관한 법률 제20조에 근거하여 각자의 고유한 인사권을 가지고 있으므로 특별한 사정이 없는 한 조례로써 상호 그 인사권에 관여할 수 있도록 하는 것은 위법하다. 따라서 이 사건 조례안 제3조제2항에서 이 사건 연구위원회의 연구위원 중 2명을 제주특별자치도 교육감이 추천하는 자로 위촉하도록 규정한 것은 지방자치단체장의 인사권을 사실상 교육감과 공동으로 행사하도록 하여 그에 관한 교육감의 관여를 허용하는 것이고 지방자치단체장이 스스로 이 사건 연구위원회의 특성을 고려하여 그러한 관여를 허용한 것도 아니므로, 위 규정은 관련 법령에 위배되어 위법하다고 판시한 경우가 있었다(대법원 2009. 9. 24. 선고 2009추53 판결).
지방자치단체의 장과 교육감은 특별한 사정이 없는 한 상호 인사권에 관여하는 것은 위법하다. 따라서 연구위원 중 2명을 제주특별자치도 교육감이 추천하는 자로 위촉하도록 규정한 것은 위법하다는 대법원의 2009추53 판결이 있었다.