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자체감사기구는 행정감사 규정 및 규칙과 자체 감사지침 등을 기초로 자체감사를 실시하고 있는데, 내부통제는 각 기관장이 경영상의 위험을 적절히 관리하면서 경영목적을 달성하고 있다는 확신을 제공하는 경영관리의 수단이다. 따라서 자체감사는 사후적인 활동보다는 사전 예방적인 감사활동이 강조되어야 할 필요가 있다(이재권, 2002). 그러므로 자체감사기구입장에서는 이러한 목표 달성을 위해 상시 모니터링 시스템을 활성화하여 위험 발생 전에 이를 적극적으로 예방할 수 있는 감시활동이 필요하며, 따라서 자체감사기구는 상시 모니터링을 통하여 해당 기관의 위험요소를 실시간으로 관리․감독하는 것을 주 업무로 하고, 필요한 경우 수시로 감사활동을 병행할 수 있다. 감사원은 외부감사기관으로서 이러한 상시 모니터링이 적절하게 잘 이루어지고 있는지를 실시간 또는 일정 주기로 점검할 수 있도록 상시감사체제를 운영하는 것이 바람직하다. 다시 말해 감사원은 자체감사기구가 감사를 제대로 잘 수행하고 있는지를 확인․점검할 수 있는 상시감사체제 구축이 필요하고, 자체감사기구는 내부통제 강화를 통하여 일어날 수 있는 부정이나 비리를 미리 예방하는 상시 모니터링 체계 구축을 통하여 최고감사기구와 자체감사기구와의 역할을 분담하는 것이 바람직하다. 이러한 체제하에서는 관련 자료의 공유가 정보시스템을 통해서 이루어져야 하며, 감사활동에 필요한 자료의 수집 및 분석활동 또한 전산자료를 활용해야 하므로 CAATs을 활용한 감사가 중요한 역할을 수행할 것이다(Zhao and Yen, 2004).
자체감사기구는 경영목적을 위한 경영관리 수단이다. 이러한 목표달성을 위해 상시 모니터링을 활성화해 적극적으로 감시활동을 해야하며, 감사원은 외부감사기관으로부터 상시 모니터링이 잘 이루어지고 있는지 상시감사체제를 운영하는 것이 바람직하다. 다시말해 감사원은 자체감사기구가 검사를 제대로 수행하고 있는지 체계 구축이 필요하며, 자료 공유가 정보시스템 공유를 통해 이뤄져야하며, 또한 CATTs의 역할을 수행한다.