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둘째, 예산과 결산의 연계가 부족하다. 결산심사는 국가의 지출이 국회의 의해 심의･의결된 예산안에 맞추어 적절하게 집행되었고, 효율적으로 운용되었는지, 그리고 재정지출이 소기의 목적을 달성했는지를 평가하는 것이다. 하지만, 결산의 목적은 여기에서 그치지 않고, 당해 회계연도의 결산결과를 차기 회계연도의 예산안에 반영하는 것 역시 결산의 중요한 목적이다. 따라서 예산과 결산은 밀접하게 연계되어야 한다. 그러나 현재는 당해 회계연도의 결산에서 발견된 집행부진이나 성과미흡 등의 결과를 차기 회계연도의 예산안 심의에 반영하는 제도적 장치가 부족하다. 이러한 제도적 장치의 결여는 우리나라의 결산과 예산이 연계없이 운영되는 결과를 가져 왔다.
결산을 통해 파악된 당해 회계연도의 집행부진, 성과미흡 등이 차기 연도 예산안 심의에 반영되어야 되는데  현재 제도적 장치의 부족으로 결산과 예산이 연계없이 운영되고 있다.