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현재 마이크로바이옴 기반 치료제 개발은 후보 균주의 면역학적 특성을 분석할 수 있는 평가시스템이 불명확하다는 한계가 존재한다. 그러나 ㈜바이오는 이러한 문제점을 개선할 수 있는 면역세포 기반의 평가모델을 활용한 후보 균주 평가 시스템을 개발 완료하였다. 또한, 면역세포 기반으로 선별된 후보 균주들의 생체내 기능을 분석하기 위해 무균생쥐 기반 평가시스템을 활용하고 있으며, 무균생쥐 모델이 환자의 장(臟)내의 균총을 그대로 나타내지 못한다는 치명적인 약점을 극복하기 위해 환자의 장내 균총을 무균생쥐에 이식하여 인간화 마이크로바이옴 동물모델(Humanized Microbiome Mouse, HMM)을 구축하고 이를 전임상 평가모델로 활용할 계획에 있다. 이를 통하여 마이크로바이옴 유래 활성물질(活性物質, active material) 및 약이 어떤 과정을 거쳐서 효과를 나타내는지를 규명하여 환자 질환의 맞춤형 마이크로바이옴 기반 치료제를 개발하려는 사업을 추진하고 있다.
마이크로바이옴 기반 치료제는 후보 균주의 면역학적 특성 분석이 불명확하다는 한계가 있었지만, 현재 한계를 극복하여 유래 활성물질 및 약이 어떤 과정과 효과를 나타내는지 규명하여 환자 맞춤형 마이크로바이옴 기반 치료제 개발을 추진하고 있다.