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첫째, 건강보험 보험료 부과와 관련한 가장 큰 문제는 직장과 지역으로 이원화되어 있는 보험료 부과체계이며 재정수입상의 대부분의 문제는 여기서 비롯된다(신영석 외, 2011: 109). 직역 간 부과요소의 차이, 피부양자 자격의 차이, 보험료 부담 주체의 차이, 소득 산정기준의 차이 등 현행 부과체계상의 형평성을 저해하는 문제가 이원화 체계에서 파생되기 때문이다. 한편 건강보험 부과체계의 개선을 통해 재정수입을 안정화시키고 합리화하려는 노력의 일환으로 지난 10년간 9차례의 부과체계와 관련된 연구가 있었으나, 아직까지 부과체계의 개선이 이루어지지 않고 있다(차흥봉, 1998; 노인철, 1999; 최병호, 2001; 배운국․김진수, 2002: 차흥봉 2004; 이용갑 외, 2006; 서울대산학협력단, 2010; 신영석 외, 2011). 그 이유는 보험료 부과체계 개편에 있어 보험료 부과의 형평성, 건강보험의 사회연대성, 국민적 수용성, 보험료 부과의 합리성과 행정 편의성이라는 기본원칙에 맞는 제도의 설계가 쉽지 않기 때문이다.
직장과 지역으로 나누어져 있는 현행 건강보험료 부과체계는 형평성을 저해하는 문제가 파생되며 재정수입상의 문제도 대부분 여기서 비롯된다. 지난 10년간 9차례 부과체계 개선 연구가 있었으나 형평성 및 합리성과 행정 편의성에 맞는 제도의 설계가 쉽지 않아 이루어지지 않았다.