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많은 예산이 투입되는 것도 반대하는 이유였다. 내무부는 전자주민증 교체와 인프라 구축, 운영 등에 5,000억 원 정도가 들 것으로 추정했다. 그러나 시·군·구청, 읍·면·동사무소, 금융기관 등에 리더기를 설치하고 표준화하는 데 들어가는 비용까지 고려하면 9,000억 원 가까운 예산이 들어갈 것이라는 주장도 제기됐다. 그 과정에서 국회의 입법화가 추진되었다. 전자주민카드 도입을 위한 「주민등록법」 개정안을 두고 국민회의와 자유민주연합은 카드 도입을 원론적으로 찬성하지만 기존 기재 사항 외에 의료보험, 인감 등 7개 항목을 추가하자는 정부안에 대해 사생활 침해라고 맞선 반면 신한국당은 회기 내 통과를 고수하였다.
전자주민증 교체 투자비용과 관공서 및 금융기관 등에의 리더기 설치비 등의 예산 발생 문제가 제기된 가운데 야당은  조건부 카드 도입을 주장하였고 여당은 회기 내 통과를 주장했다.