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한편 국민의 의료보장 수단으로서 건강보험은 1996년부터 당기수지 적자를 보이기 시작하여 2000년 건강보험이 단일보험자로 통합되고, 2002년 재정통합까지 거치면서 적자 수준은 급격히 높아지고 있다. 건강보험은 2002년 이래 현재까지 총 5차례의 당기수지 적자를 기록하였고, 특히 최근 5년간은 연평균 지출 증가율이 12.7%로 연평균 수입 증가율 10.5%를 초과하면서, 앞으로도 만성적인 적자를 면치 못할 것이라는 우려를 낳고 있다. 조세연구원, 한국보건사회연구원, 국민건강보험정책연구원 등이 실시한 건강보험 재정 추계에서도 유사한 결론을 내고 있어 건강보험 재정 안정화 문제는 일시적인 불균형의 문제가 아닌 지속적인 문제로 자리 잡을 것이 분명하다(전병목․이은경, 2010; 신영석 외, 2010; 박일수․이동헌, 2010).
건강보험은 2002년 이래 현재까지 총 5차례의 당기수지 적자를 기록하였고 특히 최근 5년간은 연평균 지출 증가율이 연평균 수입 증가율을 초과하면서, 앞으로 건강보험 재정 안정화는 지속적인 문제가 될 것으로 예상된다.