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이처럼 WTO는 GATT 시절보다 강화된 분쟁해결제도를 보유하고 있지만, 판정의 효과적인 이행이라는 측면에서는 패소국의 조속한 이행을 강제할 수 없는 구조적인 흠결 때문에 패소국의 불이행을 방조하는 측면이 존재한다. 특히 아래에서 살펴보는 바와 같이, 분쟁해결절차에 소요되는 시간이 협정이 목표하였던 것보다 장기간 지속되고, 제소국이 요구할수 있는 구제(remedy) 조치도 장래효에 한정되어 제소의 실익도 적은 편이다. WTO 회원국들도 이러한 문제점을 인식하고 DSU 개정협상의 한 주제로서 판정의 “효과적인 이행(effective compliance)” 문제를 논의하고 있다. 그러나 효과적인 이행을 위한 회원국들의 제안서가 WTO구제절차의 구조적인 흠결을 치유하는데 근본적인 해결책을 제시하지는 못하는 것으로 보인다. 예를 들어 제소국이 다른 회원국들과 공동으로 패소국에 대해 보복하자는 집단보복(collective retaliation)과 개도국에게는 조건없이 교차보복(crossretaliation)권한을 부여하자는 제안은 그 취지나 실행 방법에 있어 회원국들의 반발을 사고 있다.
WTO는 패소국의 이행을 강제할 수 없어 불이행을 방조하고 있으며, 제소국의 구제조치 또한 절차에 묶여 제소국의 실익이 적다. 이에 회원국들은 판정의 효과적 이행 문제를 논의하였으나, 구조적 문제를 근본적으로 해결하지 못하고 있다. 일례로 집단보복과 교차보복의 경우 회원국들의 반발을 사고 있다.