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총리령과 부령은 헌법 제95조에서 병렬적으로 규정하고 있을 뿐 우열관계에 대한 명문의 규정이 없어서 문제가 제기된다. 총리령 우위설은 행정부의 일체성을 유지하기 위한다는 점과 국무총리가 행정각부에 대한 통할권을 가지고 있다는 점(헌법 제86조 제2항)을 근거로 총리령이 부령보다 상위라고 본다(김철수, 2006: 1264). 동위설은 총리령과 부령의 우열에 관한 규정이 없다는 점, 총리령과 부령 모두 법률이나 대통령령의 위임을 받아 발하는 위임명령이거나 집행명령이라는 점, 국무총리도 고유사무에서는 행정각부와 동등한 독임제 행정관청일 뿐이라는 점을 근거로 총리령과 부령의 우열이 있을 수 없다고 본다(권영성, 2006: 1020).
총리령과 부령의 우열관계는 국무총리가 행정각부에 대한 통할권을 가지고 있어 총리령이 부령보다 상위라는 관점과 총리령과 부령 모두 위임명령이라는 점등을 근거로 우열이 없다는 관점도 있다.