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셋째, VAT의 효율적 징수방안 문제이다. 전자상거래 관련 VAT 징수에 대해 문제가 되는 부분은 용역의 수입부분이다. OECD 조세위원회의 징수방법 검토에 따르면, B2B거래에 있어서는 대리납부방식, B2C거래에는 등록방식 및 정보처리기술에 기초한 방식이 현실적인 징수방법이라고 판단하였다. 등록방식이란 거래가 행해지는 각국의 사업자들에게 등록을 실시하도록 하는 방식이다. 우리나라의 경우에는 수입되는 거래유형에 따라 C2B거래, B2B거래와 C2C거래, B2C거래로 구분하여 징수방법을 달리 규정하고 있지 아니하다. 즉 거래유형에 따른 구분 없이 모두 대리납부방법에 의해 외국법인 또는 비거주자의 용역에 대한 소비지국 과세를 실현해왔다. 이는 그동안 B2C거래의 비중이 크지 아니하였기 때문으로 판단되며, 전부 대리납부방식의 테두리에서 과세하였기 보다는 이 부분에 대한 과세는 포기하여 왔다고 판단된다.
셋째, VAT 효율적 징수방안으로 용역의 수입부분 문제이다. B2B거래에 있어 등록방식 및 정보처리기술 방식을 현실적 징수방법으로 판단했지만, 우리나라는 거래유형 구분 없이 전부 대리납부방법에 의해 과세하여 징수방법을 달리 규정하지 않았다.