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DNA데이터베이스는 입력 대상, 가족검색, 다른 데이터베이스와의 연동을 통해 확장될 수 있다. 데이터베이스 설립 논쟁 당시 입력 범위를 둘러싸고 논란이 있었는데, 데이터베이스의 적극적 옹호자들은 살인 강간과 같은 흉악범들만 입력해서는 효율적 활용이 힘들다고 주장하고 있다. 이러한 주장을 반영해 현행 디엔에이법은 11개 범죄에 대해서 DNA를 채취하고 있다. 수사기관이 전국민의 지문과 주민등록번호를 보유하고 있는 상황에서 입력 대상 범죄가 지나치게 광범위하다는 비판이 제기되고 있다. 디엔에이법이 국회를 통과하기 전 대법원은 “디엔에이감식정보의 채취 대상 범죄 범위가 지나치게 넓고, 수사 단계에서까지 디엔에이감식시료채취가 허용되는 문제점들을 안고 있어, 법률안과 같은 내용의 입법에는 반대”한다고 밝힌 바 있다. 데이터베이스 설립 후에도 이러한 논쟁은 계속 되고 있는데, 2014년 8월 헌법재판소의 재판관 9명중 5명은 “주거침입, 재물손괴 등으로 인한 폭력행위 등 처벌에 관한 법률 위반죄의 경우는 상대적으로 죄질이 경미하고 재범의 위험성도 높다고 보기 어려우며, 재범의 위험성은 대상자의 직업과 환경, 당해 범행 이전의 행적, 그 범행의 동기, 수단, 범행 후의 정황, 개전의 정 등 여러 사정을 종합적으로 평가하여 행위자별로 판단해야 할 문제이지, 특정 범죄전력만 가지고 도식적으로 일반화할 수 있는 문제가 아니다”라며 현행 법률에서 지정한 범죄 항목에 문제를 제기하기도 하였다.
DNA DB의 옹호자들은 흉악범만 입력하면 DB의 효율적 활용이 힘들다 주장한다. 이를 반영한 현행 DNA법은 11개 범죄에 대해 DNA를 채취하고 있는데, 대상이 광범위하단 비판이 있다. DB 설립 후에도 논쟁은 이어졌다. 14년 8월 헌법재판소에서는 상대적으로 죄질이 경미한 범죄는 재범 위험이 낮으며, 재범 위험은 다양한 사정을 고려해야 하며 범죄전력으로 일반화할 수 없다 밝혔다.