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1963년 초 공화당 이원조직이 공개되자 우선 군부세력 내부에서 반발이 일어났다. 군부 내의 선임장교 그룹은 김종필을 견제하기 위해 1300명으로 출범한 공화당 사무국을 재정부족을 이유로 600명으로 줄이는 데에 성공한다. 또한 사무국이 주도하던 지역사회의 신인발굴을 통한 국회의원 후보공천 역시 부분적으로 타협이 이뤄지게 된다. 당 사무국은 1963년 총선에서 정치경험이 없는 지역사회의 신인들을 주로 공천하고자 하였으나, 박정희의 암묵적 지원을 받는 선임장교 그룹과 민간인들은 이전 시대의 구정치인들을 약 20여명 의원후보로 공천하고 이들은 대부분 1963년 선거를 거쳐서 국회에 진출하게 된다.
1963년 군부 내 선임장교 그룹은 공화당 사무국의 규모를 줄이고 국회의원 후보공천에 관여했다. 결국 선임장교 그룹 등은 구정치인들을 공천했고 이들은 대부분 국회에 진출하게 된다.