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그러나 신산업투자위원회의 운영은 규제개혁위원회 운영과 중복된다는 문제점이 있다. 규제개혁위원회는 신설·강화 규제안에 대하여 국민의 일상생활과 사회·경제활동에 미치는 파급효과를 고려하여 중요규제 여부를 판단한다. 비중요규제는 심의를 받은 것으로 간주하여 부처에 통보하고, 중요규제는 본위원회 또는 분과위원회(경제분과위원회, 행정사회분과위원회)에 상정하여 본심사를 실시한다. 신산업 분야의 규제의 틀을 마련하는 과정은 규제의 신설·강화로 이어질 수 있는 것이기 때문에 신산업투자위원회 운영은 이러한 규제개혁위원회 심사과정으로 다시 반복될 수 있다.
신산업 분야 규제 틀 마련 과정은 규제 신설, 강화로 이어질 수 있어, 신산업투자위원회와 규제개혁위원회 운영이 중복된다는 문제가 있다.