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대법원은 이러한 태도를 전제로 수사기관의 전자정보에 대한 압수수색에 대하여 그 집행에 이르기까지 엄격한 사법통제를 견지하고 있다. 대법원은 이른바 ‘제약회사 사건’에서 전원합의체의 다수의견은 전자정보에 대한 압수·수색 과정에서 이루어진 현장에서의 저장매체 압수․이미징․탐색․복제 및 출력행위 등 일련의 행위가 모두 진행되어 압수․수색이 종료된 경우 특별한 사정이 없는 한 구분된 개별 처분의 위법이나 취소 여부를 판단할 것이 아니라 당해 압수․수색과정 전체를 하나의 절차로 파악하여 그 과정에서 나타난 위법이 압수․수색 절차 전체를 위법하게 할 정도로 중대한지 여부에 따라 전체적으로 압수․수색 처분을 취소할 것인지를 가려야 한다고 보았다. 아울러 “여기서 위법의 중대성은 위반한 절차조항의 취지, 전체과정 중에서 위반행위가 발생한 과정의 중요도, 위반사항에 의한 법익침해 가능성의 경중 등을 종합하여 판단하여야 한다”고 판시하였다. 이에 대하여 반대의견으로 처분의 적법성은 압수의 대상이 된 전자정보별로 가분적으로 달리 평가될 수 있어 압수․수색의 적법성은 ‘대상별’로 전체적으로 판단되어야 한다는 의견, 압수처분 이후에 이루어진 다른 압수처분에 어떠한 잘못이 있다고해서 적법하게 수집된 증거의 효력까지 소급하여 부정할 것은 아니라고 본 의견이 있었다.
대법원은 압수,수색이 종료된 경우 그 과정에서 나타난 위법이 절차 전체를 위법하게 할 정도로 중대한지에 따라 전체적으로 압수, 수색 처분을 취소할 것인지를 판별해야 한다고 보았다. 동시에 위법의 중대성은 위반행위가 발생한 과정의 중요도, 위반 사항에 의한 법익침해 가능성의 경중 등을 한군데에 모아 판단해야 한다고 판시하였다.