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평가를 담당하는 위원들의 전문성 문제도 제기된다. 평가가 완료된 이후 평가 보고서에 대한 검토가 이루어지게 되는데 이 과정에서 평가위원들이 어느정도의 전문성을 갖고 평가를 수행했는지에 대한 문제제기도 제기되었다. 이러한 문제의 원인 중 하나는 평가위원 구성의 다양성과도 연계되어 있다. 전문가 자문에 의하면, 실제 평가 진행 과정에서 대학 교수 등 특정 직업군에 평가 위원이 편중된 경우가 많다는 지적도 제기되었다. 교수들의 경우 특정 분야에서 전문성을 갖추고 있으나, 정책 사업이 지닌 다면적인 속성을 고려한다면 다양한 분야에서 평가위원을 구성하여 다양한 시각에서 교차 검증을 토대로 객관성을 확보하는 방식의 개선이 요구된다.
평가를 담당하는 위원들의 전문성 문제를 개선하기 위해서는 다양한 분야에서 평가위원을 구성하여 다양한 시각에서 교차 검증을 토대로 객관성을 확보하는 방식의 개선이 요구된다.