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그러나 대상판결이 상표법 제6조 제2항은 사용에 의해 식별력을 취득했음을 입증했음을 알 수 있는 한 가지 방법을 예시한 것에 불과하다는 입장을 받아들여, 서울대학교 상표가 누구에게나 식별력을 획득했음이 인정되어, 비록 글리세로인산염, 마약제, 부신호르몬제 등과 같은 개별 지정상품별로 상표법 제6조 제2항에 따라 상표로서 사용하여 식별력을 획득했는지를 입증하지 않더라도, 지정상품별로 사용에 의한 식별력을 획득했다는 법리를 개발한 것인지는 분명하지 않다. 적어도 원심판결은 “교육업 등과 관련하여 사용에 의한 식별력을 취득하고 수요자에게 인식되는 과정과 이후의 과정에서, 식별력이 없다고 보았던 근거(새로운 관념을 낳지 않는 식별력 없는 표장의 단순한 결합)가 소멸되는 상태에까지 이르게 됨으로 상표법 제6조 제1항 제4호, 제7호에 해당하지 않게 된 경우에는 각 지정상품에 대하여 사용에 의한 식별력을 취득하였는지 여부를 더 이상 따질 필요가 없다”고 판시하여, 사용에 의해 식별력을 획득한 경우와 사용에 의해 새로운 관념이 발생한 경우를 구분한 것으로 해석할 여지라도 있다. 반면 대상판결이나 대상판결에 대한 재판연구관의 판례해설을 보더라도, 기존의 판결의 문언을 구체적인 타당성을 위해 차용하는 외에 사용에 의한 식별력 획득과 사용에 의한 새로운 관념 발생 사이를 구분하는 방법, 지정상품별 식별력 획득 입증 여부 등에 관하여 의미 있는 논의를 제공하지 못했다.
원심판결은 사용으로 새로운 관념이 생긴 경우와 식별력을 획득한 경우를 구분했다는 해석 여지라도 주지만 대상판결에는 구분 방법에 대한 유의미한 논의가 없고, 상표법 제6조 제2항에 따라 입증하지 않더라도 지정상품별의 식별력 획득 입증 여부는 분명하지 않다.