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운영에 관해서는 공익서비스 보상 중 벽지노선에 대해서는 우선 벽지노선을 재분류할 필요가 있다. 과거와 달리 교통망과 교통수단이 발달한 여건을 반영하여, 현재 운영 중인 벽지노선이 필요한지를 검토하는 것이다. 둘째, 보상기준을 열차서비스 기반으로 변경하고 별도 회계로 관리할 필요가 있다. 운송협약에 운행열차 유형, 1일 운행횟수, 정차역, 벽지노선회계 관리 등을 구체적으로 규정하는 것이다. 그렇게 하면, 정부는 운영자가 제공하는 열차서비스를 관리·감독할 수 있고, 보상기준과 소요 비용이 명확하니 보상규모도 투명하게 검증할 수 있을 것이다. 셋째, 벽지노선 운영에 경쟁입찰제를 도입하는 것이다. 철도공사 이외 업체가 참여하면 경쟁을 통해 비용 합리화를 유도할 수 있고 보상규모도 축소하는 효과를 기대할 수 있을 것이다. 마지막으로 해당 지자체와 공동운영하는 방안도 검토할 필요가 있다. 지자체가 계속 운영을 요구하는 경우 비용 일부를 분담하게 하고, 반면 운영을 폐지하는 경우에는 현 정부보상액을 버스노선 운영 등 대체 교통수단 운영에 소요되는 비용으로 지원하는 것이다.
첫째,교통망과 교통수단을 반영해 벽지노선이 필요한지 검토한다. 둘째, 보상기준을 열차서비스로 별도 회계 관리한다. 셋째, 벽지노선 운영에 경쟁입찰제를 도입해 비용 합리화를 유도하고 보상규모축소를 한다. 마지막으로 해당 지자체와 공동운영하는 방안으로 정부보상액을 대체 교통수단 운영에 지원한다.