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또한, 대도시권 내 지자체 간 갈등을 조정하는 중앙정부의 조정권에도 한계가 있으며, 사업지연 결과를 초래하기도 한다. 2010년 현재 수도권 법정 교통계획의 사업수는 총 125개(도로 61개, 철도 64개)이며, 이 중 지연사업은 도로 17개(28%), 철도 14개(22%)다.5) 철도 지연사업 14개의 지연사유 중 지방자치단체 등과의 협의 지연이 9개(64.3%)로 다수를 차지하고, 나머지 5개(35.7%)는 사업성 부족으로 나타났다. 철도사업의 경우 대부분 사업 및 정부지원 규모가 크고 지자체에 미치는 영향이 크기 때문에 통과노선 및 정차역에 대한 갈등이 빈번하다.
2010년 현재 철도 사업수는 64개, 이 중 지연은 14개다. 철도사업은 통과노선, 정차역에 대한 갈등으로 지방자치단체와 협의 지연이 빈번하게 일어난다.