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또한, 동 사업은 재정지원사업 최초로 ‘자율공모’로 추진한다. 공과대학이 처한 현실은 저마다 다를 수밖에 없다. 지역별도 어떤 산업이 우세한지, 대학의 규모가 큰지 작은지, 학과별로 여성이 선호하는지 여부 등에 따라 학교별로 처해진 여건은 매우 다를 것이다. 따라서 일률적으로 특정 지표를 정해서 성과를 나타내는 것은 매우 어려울 수밖에 없으며, 대학이 학교별 특성과 여건을 고려하여, 자체적으로 계획을 수립하고, 성과목표를 설정하며, 필요한 예산도 스스로 결정하도록 할 계획이다. 이를 통해, 기존 재정지원사업의 한계를 극복하고, 대학의 현재 여건보다는‘잠재력과 발전 가능성’에 중점을 두고 지원 대상을 선정할 수 있을 것으로 기대한다.
학교별 공과대학이 처한 현실은 다르므로 동 사업은 재정지원사업 최초로 대학의 현재 여건보다는 '잠재력과 발전 가능성'에 중점을 두는 '자율공모'를 추진한다.