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그러나 ｢공감법｣에서는 별도의 장(제2장)에서 적절한 조직과 인원을 갖춘 자체감사기구가 독립적으로 감사업무를 수행하게 되어 실효성 있는 내부통제가 이루어질 수 있도록 하기위하여 이에 관한 규정을 두고 있다. 구체적으로는 중앙행정기관, 지방자치단체 및 공공기관이 독립성을 갖춘 자체감사기구를 설치·운영하도록 규정하여 자체감사기구를 반드시 두도록 하고 있고(제5조), 독립성과 관련하여 자체감사기구의 장은 감사활동에서 최대한 독립성이 보장되어야 한다고 규정하고 있으며(제7조 제1항), 감사기구의 장은 감사활동의 독립성이 보장될 수 있도록 그 소속이 적정하게 정해져야 한다고 규정하고 있다(제7조 제2항).
｢공감법｣에서는 자체감사기구가 독립적인 감사업무를 수행하여 실효성 있는 내부통제가 이루어지기 위한 규정을 두고 있다. 구체적으로 최대한의 독립성 보장과 정확한 소속 규정 등이 있다.