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1997년 12월, 우리나라가 국제통화기금(IMF)의 금융 지원을 받으면서 시작된 공공부문 구조조정의 일환으로, 각 부처에 분산된 공무원 교육훈련기관을 통합하여 효율적이고 생산적인 국가전문교육기관으로 육성하자는 움직임이 있었다. 이에 1999년 1월 1일, 연수원은 교육행정연수원, 농업공무원교육원, 건설교통공무원교육원, 국제특허연수원, 통계교육원 등 부･청 소속의 교육기관을 통합하여 국가전문 행정연수원으로 확대･개편되었다. 국가전문 행정연수원은 출범 당시 7부 15과 267명으로 구성되었으며, 주요 기능은 중앙 및 지방자치단체 소속 공무원의 직무 분야별 교육훈련, 교육행정･농업･건설 교통･특허･통계 및 민방위 등 전문분야 민간인 교육과 교육훈련에 관한 연구･연찬 활동으로 확대되었다. 시설은 6개의 청사 중 기존 지방행정연수원과 농업공무원교육원, 국제특허연수원의 3개 청사를 운영하였다.
1999년 각 부처에 분산된 교육기관을 통합하여 국가전문 행정연수원으로 확대, 개편하였다.