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둘째로, 기금 운영에 관한 정책제언의 한계가 존재한다. 타당성 검토과정에서 기금의 운영과 관련하여 목적과는 달리 오용될 가능성을 제시한 바 있으며, 이에 대한 대책마련이 필요하다는 점을 지적하였다. 그러나, 대책마련을 위해서는 기금의 운영과정과 대기업 및 협력사간의 거래관계에 대한 심도 있는 이해가 필요하다. 특히 대기업이 기금의 용처를 제시하는 경우, 기금의 활용이 그 목적에 부합하는지 여부를 파악하기 위해 대기업과 협력사간의 거래관계, 업계의 관행, 그간의 상생협력활동에 대한 이해가 필요하며, 이러한 거래관계나 관행도 대기업별, 협력사별로 다양하기 때문에 일반화하기 어렵다. 따라서, 본 조세특례에서 해당 거래관계에 대한 이해를 바탕으로 한 정책제언의 한계가 존재한다. 물론 조세특례 제도와 관련한 의사결정에서 본 기금이 목적에 맞게 효과적으로 활용되고 있는지를 고려할 필요가 있으나, 본 심층평가가 기금에 대한 운영감사나 컨설팅이 아니라 조세특례제도에 대한 심층평가라는 점을 고려할 때, 기금운영에 대한 사항은 검토의 목적과 범위를 벗어나는 측면이 있다. 따라서 기금운영에 대한 현재 운영의 문제점을 제시하고, 이에 대한 관련기관의 개선방안 마련이 필요하다는 수준에서 정책제언을 제시하고자 한다.
기금 운영에 관한 대책마련을 위해 기금의 운영과정과 대기업, 협력사의 거래관계에 대한 이해가 필요하다. 본 심층평가가 조세특례제도에 것이라는 점을 고려하여 현재의 기금 운영의 문제점을 제시하고, 이에 대한 관련기관의 개선방안 마련을 요구하는 수준에서 쟁책을 제언하고자 한다.