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이러한 한미 양국의 동맹군사 구조는 최근 수년 동안 근본적인 재구축을 맞이하게 되었는데, 그 중심에 있는 현안이 바로 ‘전시(戰時) 작전 통제권의 전환’이다. 이 문제는 2005년 10월 21일의 제37차 한미 연례안보협의회의(이하 SCM:Security Consultative Meeting) 공동성명 제9조에 “지휘관계와 전시 작전 통제권의 전환에 관한 협의를 ‘적절히 가속화’(Appropriately accelerate) 한다"는 내용이 포함된 것을 계기로 양국 사이의 본격적인 논의가 시작되었다. 하지만 한국과 미국은 가장 중요한 사항인 ‘전환 시기’에 관하여 좀처럼 이견을 좁히지 못했으며, 그 과정에서 한국은 국내외적으로 극심한 정치･사회적 논란을 겪어야만 했다.
한미 양국의 동맹군사 구조는 ‘전시(戰時) 작전 통제권의 전환’을 중심으로 재구축되었다. 한미 연례안보협의회의(SCM) 공동성명의 구절이 중심이었는데, ‘전환 시기’에 대해선 이견을 좁히지 못했다.