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그러나 현재 운영되고 있는 성별영향분석평가제도가 당초에 의도했던 대로 운영되고, 그 성과를 나타내고 있는지에 대해서는 우려의 목소리가 있는 것도 사실이다(한정원 외, 2008: 4; 김경희 외, 2010: 6). 공무원들이 작성한 성별영향분석평가서를 보면, 분석대상이 되는 수혜집단의 성비가 50대 50 이면 성평등하며, 그에 따라 해당사업은 성평등 향상을 위해서 개선해야 할 사항이 없다고 판단하는 경향이 있다. 이러한 경향은 복지 분야를 포함한 인적대상사업 영역에서 빈번하게 나타나고 있음을 알 수 있다. 노인일자리 사업의 경우 수혜집단에서 여성의 비율이 높기 때문에 남성의 비율을 높여야 한다고 분석평가서의 개선사항에서 제시하는 사례가 적지 않다. 이는 여성노인의 절대 다수가 경제적 빈곤에 직면해 있는데도 불구하고 분석평가서를 작성하는 공무원들이 여성이 처한 사회경제적 상황을 고려하지 않은 채, 성평등 개념을 단순하고 기계적으로 이해하기 때문이다. 또한 성별영향 분석평가 결과 제시된 정책개선안이 적극적 조치인 경우, 일부 공무원들은 적극적 조치가 역차별일 수 있으며 여성과 남성 모두의 성평등을 향상시킨다는 성별영향분석평가제도의 취지와 맞지 않는다는 이유로 반발감을 나타내기도 한다.
성별영향분석평가제도의 운영과 성과에 대한 우려가 있다. 노인일자리 사업과 인적대상사업영역 등에서 성평등 향상을 위한 개선사항이 없다고 판단하는 경향이 있었는데 이는 분석평가서를 작성하는 공무원들이 성평등 개념을 오해하고 기계적으로 인식하기 떄문이다. 또한, 적극적 조치를 역차별로 인식한다는 등의 반발감을 나타내기도 했다.