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그러나 다음 절에서 상술하겠지만, 이러한 천연가스 추출방식의 수소생산 확대를 위해서는 이산화탄소 배출문제가 풀어야할 숙제로 남게 된다. 그래서 천연가스 추출방식의 수소 대량생산 및 공급방식은 수소전기차 및 연료전지 산업 육성의 초기단계에서 한시적으로 활용되는 것이 바람직하다. 이를 고려하여 수소경제 활성화 로드맵 은 2030년까지 천연가스 추출방식의 공급비중을 전체 수소필요량 대비 50%수준으로 줄이며, 2040년까지 30%까지 축소하도록 계획되어 있다(김재경, 2019a). 대신, 이산화탄소 배출이 없는 수소 생산방식의 공급비중을 확대하여, 전체 수소 필요량의 약 50%, 2040년까지는 70%까지 도달하게 하겠다는 계획이다(김재경, 2019a; 산업통상자원부, 2019).
천연가스 추출방식의 수소 생산은 이산화탄소 배출의 문제가 있으므로, 2040년까지 이런 생산방식을 전체대비 30%까지 줄이고 이산화탄소 배출 없는 수소 생산방식을 70%까지 올릴 계획이다.