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현재 성과계획서체계에서는 성과관리 비대상사업 기준이 분명하지 않다. 예를들어, 2015년 성과계획서에서 통일부의 프로그램 ‘통일정책’의 경우, 예산안에서는 단위사업으로 ‘통일준비위원회’가 있지만, 성과계획서에서는 성과관리 비대상으로 되어 있다. 또한 각 부처의 ‘행정지원사업’의 경우 부처에 따라 성과관리 대상으로 설정한 경우도 있고 그렇지 않은 경우도 있어 이에 대한 기준 마련이 필요한 것으로 보인다. 통일부의 경우 프로그램 ‘통일행정지원’은 성과계획서에 반영되어 있다. 그러나 프로그램내의 단위사업인 ‘통일업무지원’, ‘통일정보화’, ‘본부 전산운영’ 등은 성과계획서에 반영되어 있지만 ‘통일업무 R&D’, ‘대북활동지원’ 등은 성과관리 비대상으로 되어 있다. 또한 국무조정실 및 국무총리비서실의 경우 성과계획서에서 ‘행정지원’ 사업은 아예 성과관리 비대상으로 되어 있다.
성과계획서에서 통일부의 '통일정책'의 경우 예산안에는 있지만 성과계획서에서는 성과관리 비대상으로 되어 있다. 이처럼 성과관리 비대상 산업 기준이 분명하지 않으므로 기준 마련이 필요하다.