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그런데 법령해석기관에 해석요청을 하기 위한 전제요건인 ‘해석상 의문’에 대한 판단은 당해 법령 소관기관장이 행하기 때문에 그 해석상 의문의 존부에 대한 판단권한은 일종의 법령해석의 판단여지의 영역이므로 일정한 폭의 판단 허용범위가 긍정된다는 점에서, 해석상 의문이 있는 경우에 반드시 법제처에 법령해석을 요청하여야 한다는 것과는 부조화스러운 면이 있다. 즉, 해석상 의문이 있음에도 소관기관장이 의문의 소지가 없다는 판단을 해버리는 경우에는 지방자치단체장이나 민원인의 법제처에 의한 법령해석을 해달라는 요청은 무의미해질 뿐 아니라 특히 민원인의 경우에는 개별 사건에서 권익침해를 가져올 우려가 있을 수도 있다는 점에서 다른 해결방안이 요청된다. 당해 법령 소관기관장이 법제처에 법령해석을 요청하는 경우에는 질의의 요지, 법령해석의 대상이 되는 당해법령의 조문 및 관련법령, 대립되는 의견 및 이유, 법령해석요청기관의 의견이 있는 경우에는 그 의견 및 이유를 구체적으로 명시하여야 한다(｢법제업무 운영규정 시행규칙｣ 제22조).
‘해석상 의문’에 대한 판단은 소관기관장이 행해서 만약 해석상 의문이 있더라도 소관기관장이 반대로 판단을 하는 경우는 자치단체장 등의 해석요청이 의미없게 되고 민원인의 권익침해가 있을 수 있다. 소관기관장은 법령해석을 요청하는 경우 질의의 요지 등을 명시해야 한다.