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대폭적으로 축소된 인사조직은 5년 후 1960년대 초반에 다시 큰 변화를 겪게된다. 1960년 의원내각제인 제2공화국의 출범과 함께 인사조직은 국무원 사무처의 인사국으로 승격된다. 동시에 인사책임자를 국무위원으로 임명하여 인사책임자가 국가의 최고의사결정기구에 참여하게 된다. 하지만 바로 다음해인 1961년 7월 군사정부가 들어서면서 국무원 사무처는 내각 사무처로 명칭이 바뀐다. 그로부터 2년 후인 1963년 박정희 대통령의 제3공화국 출범과 함께 다시 중앙인사기구인 내각 사무처는 총무처로 개편된다. 총무처는 대통령의 통제를 받을 총무처 장관이 단독으로 관리하는 비독립단독형 기관으로 소청심사위원회와 인사위원회를 포함하는 조직으로 설계되었다. 1963년 설치된 총무처는 이후 1998년까지 유신정권인제4공화국, 전두환 대통령의 제5공화국, 노태우 대통령의 제6공화국 그리고 김영삼 대통령의 문민정부까지 모두 4명의 대통령이 통치하는 기간 동안 위상과 기능을 안정적으로 유지하였다.
인사조직은 축소와 확대를 반복하다가 김영삼 대통령부터 4명의 대통령이 통치하는 기간은 안정적으로 유지됐다.