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본 연구는 두 감축정책의 효과성 분석을 통해 시사점을 제시하였지만 몇 가지 한계점을 안고 있다. 첫째, 사용한 자료의 기간의 문제점이다. 본 연구는 배출권거래제와 관련하여 배출권거래제 시행 첫해의 자료만을 이용하였기 때문에 목표관리제와 배출권거래제의 효과성을 엄밀하게 비교·분석하는데 한계점이 있었다. 둘째, 기업의 전략적 대응이라는 관점에서 온실가스 감축 효율성의 추이를 설명하였다. 하지만 각 기업별 특징(생산 및 운영 관리 특징, 에너지 효율 관련 기술 보유 여부, R&D 투자액 등), 업종별 당시 상황 및 경기 상황 등이 온실가스 감축 효율성 개선(또는 악화)에 영향을 줬을 가능성은 충분하다. 따라서 불확실성에 대한 기업의 전략적 행동으로만 온실가스 감축 효율성의 추이를 일반화하여 해석하기에는 한계점이 있었다.
본 연구는 사용한 자료 기간이 충분치 않다는 점과 기업의 전략적 행동이 행해져 온실가스 감축 효율성 추이가 일바화 되었다는 한계점이 있다.