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만약 의견협의를 실시한 결과 소관부처와 관련부처 간에 합의가 이루어지지 않을 경우에는 법제처에서 운영하는 정부입법정책협의회에 의견 협의를 요청할 수 있다. 의견 협의 요청은 소관부처는 물론이거니와 관련부처도 할 수 있다. 정부입법정책협의회 개최를 요청하게 되면, 법제처에서는 정부입법정책협의회 또는 실무협의회를 소집하여 의견협의를 실시하게 된다. 정부 입법정책협의회를 통하여 의견 조정을 한 결과 정부의 통일된 의견이 도출되면 해당 법률안의 소관부처에서는 그 통일된 의견을 국회에 제출하여야 하며, 관련부처의 경우에도 국회에서 의견 조회가 있을 때에는 그 통일된 의견대로 국회에 대응하여야 한다. 또한 정부 입법정책협의회를 통한 의견 조정 결과 정부의 통일된 의견이 도출되지 않은 경우에도 해당 법률안의 소관부처 및 관련부처에서는 정부 내 이견이 있음을 국회에 전달하여야 한다.
소관부처와 관련부처 간 합의에 도달하지 못할 경우 정부입법정책협의회에 의견 협의를 요청할 수 있고 이에 따라 의견 조정이 이루어지면 소관부처는 이를 국회에 제출해야 한다. 의견 조정에 실패하더라도 양측은 이를 국회에 전달해야 한다.