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그러나 동시다발적 FTA 추진정책으로 인해 단기간에 걸쳐 다수의 FTA가 집중적으로 체결됨으로써 많은 문제점을 드러내고 있는 것도 사실이다. 특히 FTA의 가장 중핵이라 할 수 있는 원산지규정(rules of origin)이 개별 협정별로 상이하게 규정됨으로써, FTA의 직접적 수혜자인 수출업체가 원산지 규정을 이해하는데 어려움을 겪고 있을 뿐만 아니라, 특혜관세혜택의 수혜를 위하여 과도한 비용을 지불하거나, 심지어 특혜관세혜택을 포기하는 경우도 있다. 더욱이 개성공단에 입주하고 있는 업체들의 경우에는 개별 FTA에서의 역외가공 인정여부에 따라 생산제품에 대한 관세대우가 달라지고, 수출판로 및 가격경쟁력에 중요한 영향을 받게 된다.
동시에 많은 FTA 추진정책을 실행하는 것은 문제가 존재한다. 원산지규정이 다르게 적용되어 규정의 혼란이 오고, 특혜관세혜택과 관련한 문제, 인정에 따른 관세대우 등 여러 문제가 존재한다. 