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한편 환급제도는 영세율 제도와 달리 정책대상자인 외국인 관광객 중 일부를 배제하고 있다. OTA를 통해 선결제한 고객, 단체관광객, 법인의 경우 환급이 불가하다. 외국인 관광객 중 OTA 선결제 이용객 및 단체관광객이 60∼70%로, 대부분이 환급대상에서 제외되어 제도의 실효성에 한계가 있다. 또한「외국인관광객 등에 대한 부가가치세 및 개별소비세 특례규정」에 의해 환급대상 외국인관광객의 범위에서 ‘법인’은 제외된다. 이로 인해 환급받지 못한 외국인 투숙객이 호텔에 민원을 제기하는 등 형평성 논란도 발생한다. 게다가 외국인관광객이 결제 이후 호텔에서 환급전표를 받고, 도심 또는 보세구역에서 창구 사업자를 통해 환급을 받아야 하므로 시간 및 비용 소요가 추가로 발생한다. 이와 관련하여 2014년과 2015년의 조세지출규모 실적치가 2014년도 조세지출예산서에서 전망한 250억원의 6%에 불과한 15억원으로 미미하게 나타났으며, 이후 조세지출예산서의 전망치 역시 15억원 수준에서 크게 벗어나지 않았던 것으로 보인다.
환급제도는 OTA를 통해 선결제한 고객, 단체관광객, 법인의 경우 환급이 불가하며 환급전표를 받고, 도심 또는 보세구역에서 창구 사업자를 통해 환급을 받아야 하므로 2014,15년의 조세지출규모 실적치가 6%에 불과했다.