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현재 국가 수준의 중학교 교육과정 운영 지침은 자유학기제가 도입  되기 이전의 교육과정 지침으로서 앞으로 자유학기제가 전면 도입 어 활발히 운영되기에는 한계가 있다. 우선적으로 자유학기제를 운영 하는 학교에서 어떤 교육과정의 운영 지침을 따라야 하는가에 대한 언급이 전혀 없다. 즉, 교육과정상에 자유학기제에 대한 언급이 이루 어지고 있지 않다. 자유학기에 기본교과의 시수는 감축하고 자율과정이 운영되어야 하며, 전체 학기 동안에 진로탐색 활동은 강조하고 모 든 수업에 있어서 참여와 활동 중심으로 구성하는 전반적인 수업 방 법의 개선이 요구된다. 이러한 변화를 포함하여 앞으로의 방향성을 담을 수 있기 위하여 현행 중학교 교육과정 지침의 개정이 요구된다.
중학교 자유학기제 도입은 적극적인 참여와 활동을 통해 진로탐색을 할 수 있도록 돕고 있으나, 명확한 운영지침이 없어 효율적이지 않다. 따라서 교육과정 운영 지침의 개선이 시급하다.