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그런데 송시열은 윤휴의 제도 개혁 주장을 잘 알면서도 그가 주자 주석을 비판한 것을 끄집어내어 ‘사문난적’, 즉 ‘이단(異端)’이라고 공격하였다. 이에 대해 윤선거는 윤휴의 경전 주석은 작은 일이니 문제 삼을 일이 아니며, 그의 제도 개혁론을 수용하라고 송시열에게 기회 있을 때마다 요구하였다. 그리고 송시열이 주자학만을 내세우고 독선적으로 정국을 운영하는 것을 비판하고 윤휴 등 남인을 인정하고 등용하라고 분명하게 촉구하였다. 이것은 그가 북벌 추진을 정치의 가장 중요한 문제로 간주하고, 이것을 실현하기위해서는 붕당을 넘어선 인재 등용이 필요하다는 그의 소신을 천명한 것이었다.
윤선거는 송시열에게 윤휴의 제도 개혁론 수용을 요구하고, 그의 독선적 정국 운영을 비판하는 한편 남인 등용을 촉구하는 등 붕당과 무관한 인재 등용의 소신을 천명했다.