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한편 정부의 적극적인 지원에 힘입어 창업보육센터의 수가 매우 급격하게 증가했지만, 센터의 수적 증가에 비해서 창업보육 성과는 기대에 미치지 못한다는 지적이 많다. 창업보육센터에 입주한 보육업체 수는 2008년 4,532개사에서 2012년 5,123개사로 근소하게나마 증가했지만, 보육업체의 매출액은 같은 기간 2조 3,204억원에서 1조 7,276억원으로 오히려 감소하였다. 보육업체의 고용 인원도 2008~2012년 기간 동안 2만 2,982명 에서 1만 6,592명으로 크게 줄어들었기 때문이다. 입주업체 당 평균 고용인원도 2008년 약 5.1명에서 2012년 약 3.2명으로 점차 줄어든 것으로 나타나고 있다. 창업보육센터 보육 업체의 고용이 줄어든 것과 관련하여 일부에서는 최근 들어 1인 창업기업이 증가하였기 때문이라고 설명하고 있다. 그러나 통계청의 기업생멸행정통계를 참고해보면, 1인 규모 창업기업 수는 2008년 72만 6,554개사에서 2012년 69만 2,098개사로 2008~2012년 사이에 큰 변화가 없었던 것으로 나타나고 있다. 이는 1인 창조기업이 증가하는 트랜드 때문에 창업보육센터 입주기업의 평균 규모가 계속해서 줄어들고 있다고 보기는 어렵다는 것을 의미한다.
창업보육센터는 증가했지만 고용 인원과 매출액은 오히려 감소하여 그 성과는 기대에 미치지 못했다. 고용이 준 이유가 1인 창업기업의 증가 때문이라는 주장도 있지만, 실제 1인 창업기업 수는 큰 변화가 없었다. 따라서 1인 창조기업 때문에 창업보육센터 입주기업의 평균 규모가 줄었다고 볼 수 없다.