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도입에 반대하는 의견의 중심에는 협의 ・ 합의제도와 같이 무고한 자의 범죄 연루에 대한 위험을 지적하는 것이었는데 그 외에도 다음과 같은 비판이 지적 되었다. 미국에서는 배심원이 면책을 받은 증언의 신용성을 낮게 보는 경향이 있고, 형사면책제도를 실시한 건수도 감소하고 있으므로 일본에서 이 제도를 도입할필요가 있는지 의문이다. 면책은 검사의 청구와 법원의 결정에 의한 일방적인 것이므로 제도에 내재하는 협상 요소는 없다고 하지만 제도를 이용하여 면책을 주는 과정에서 협상 요소는 있기 마련이다. 증언의 전 단계에서 어떠한 증언을 할 것인가에 관하여 검사와 협의하고 그런 다음에 면책을 준 다음 증언을 강제로 하게 하는 것이기 때문에 여기에는 구조적 위험이 잠재하고 있다. 조직으로 부터 보복을 받지 않도록 실효적인 보호조치를 갖추지 않은 채 면책제도만을 먼저 실시하는 것은 신중한 검토가 필요하다. 제1회 공판기일전의 증인신문에 이 제도를 도입하는 것은 변호인의 참여권이 없어 유효한 반대신문이 이루어 질 수 없으므로 반대한다.
형사면책제도 도입 반대의 입장에서는 무고한 자의 범죄 연루에 가능성에 대한 위험, 면책 제도에서 협상에 대한 구조적 위험이 잠재함을 근거로 내세운다. 무엇보다 면책제도의 도입을 위해서는 선결적으로 조직으로부터 보복을 받지 않는 보호조치를 마련해야 한다.