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한편, 육아휴업은 최장 1년간으로 장기에 걸쳐 직무를 떠나는 것이고, 따라서 여러 가지 조치가 필요하기 때문에 공무의 원활한 운영 및 적절한 인사관리라는 관점에서 육아휴업은 원칙적으로 동일 자녀에 대해 특별한 사정이 있는 경우를 제외하고 1회에 한한다(법 제3조 제1항).
법 제3조 제1항 단서의 ‘당해 자녀에 대해 이미 육아휴업을 한 경우’는 당해 자녀에 대해 이 법에 의한 육아휴업을 한 것을 말하고, 다른 법률에 의해 육아휴업을 한 경우는 포함하지 않는다(통달 제1의 3 전단).
또 직원이 쌍생아 등 복수의 1세미만의 자녀를 양육하고 있는 경우에 있어 그 일방의 1인에 대해 육아휴업의 승인을 받고 당해 육아휴업의 기간중 다른 자녀에 대해서도 양육한 사실이 인정되는 때에는 그 다른 자녀에 대해서도 이미 육아휴업을 한 것으로 취급한다(통달 1의3 후단).
‘특별한 사정’이란 ① 직원이 산전휴업을 시작하였거나 출산함에 따라 육아휴업의 승인이 효력을 상실한 후 당해 산전휴업 또는 출산에 해당하는 자녀가 사망하거나 입양에 의해 직원과 별거하게 된 경우, ② 육아휴업의 승인이 휴직 또는 정직처분에 의하여 효력을 상실한 후 당해 휴직 또는 정직이 종료한 경우, ③ 배우자가 부상 또는 질병으로 인하여 입원한 경우, 배우자와 별거한 경우, 그밖에 육아휴업 종료시에 예측할 수 없었던 사실이 발생함에 따라 당해 자녀에 대해 다시 한번 육아휴업을 하지 않으면 양육에 현저하게 지장이 있는 경우이다(규칙 제4조).
육아휴업은 최장 1년간 동일한 자녀에 대해 특별한 사정이 없으면 1회를 인정한다. 또 1인 자녀에 대한 육아휴업 중 다른 자녀도 함께 양육했을 때는 이미 다른 자녀에 대한 육아휴업도 한 것으로 본다. 특별한 사정은 직원이 육아휴업 승인 효력 상실한 후 해당 자녀의 사망이나 입양에 의해 직원과 별거하게 된 경우나 당해 휴직 또는 정직이 종료한 경우 등이다.