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그럼에도 불구하고 발생주의 재무정보를 포함한 국가회계 결산보고서가 방대한 분량에 비하여 그 내용이 중복되는 부분이 많고 또한 이해하기가 어려울 뿐만 아니라 국회나 중앙정부의 의사결정에 활용되는 사례가 당초 기대했던 수준을 미치지 못한다는 비판적인 시각도 존재하고 있다. 이와 함께 감사원이 재무제표 결산검사를 수행함에 있어 주요 선진국과 같은 감사절차의 이행(engagement audit)과 감사의견(audit opinion) 표명이 이루어지지 않고 있어 국가회계정보의 신뢰성 제고 측면에서 다소 한계가 존재한다는 비판도 제기되고 있다. 또한 정부가 재무보고와 관련된 내부통제제도에 대한 모범기준(best practice) 등의 운영지침을 마련하고 있지 않은 실정이어서 아직도 국가 회계투명성 확보를 위한 정부의 체계적이면서도 지속적인 노력이 요구되고 있는 상황이다.
국가회계 결산보고서가 중복이 많고 이해도가 낮은 것, 국회나 중앙정부가 활용하는 사례도 적은 것, 신뢰성의 한계, 정부의 재무보고와 관련한 운영지침 마련 부족의 이유로 국가 회계투명성을 위한 정부의 노력이 필요하다.