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한편 유통공사는 WTO 협정에 따라 개발도상국의 보조금 제공 및 수출 국내 운송비 지원 가능 조항을 활용해 국내 수출기업의 물류비를 지원하는 사업도 추진하였다. 특히 사과의 경우 WTO 체제 출범 후 미국산과 중국산이 시장을 잠식하고 있어 유통공사의 수출지원 확대 노력이 절실한 상황이었다. 이에 따라 유통공사는 1990년 과실류 판매촉진을 위한 물류비 지원 사업을 시작하였다. 이밖에도 채소류 및 김치의 경우 수출 가격에 비해 수출 물류비용의 비중이 크다는 문제점을 해결하기 위해 1996년 채소류 수출 포장 자재비 4억 6,400만 원을 지원하는 등 수출업체와 생산자단체에 지원을 확대해 나갔다.
또한 공사는 WTO 협정을 활용, 국내 수출품 중 해외제품이 유행하는 항목에 대해 물류비를 지원하고, 수출 가격에 비해 물류비용이 큰 제품은 포장 자재비를 확대했다.