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남북기본합의서의 법적 성격에 대해 종래 국내학자들 간에 동 합의서를 조약으로 보는 견해, 조약이 아닌 신사협정으로 보는 견해, 광의에 조약에 해당한다고 보는 견해등 의견의 차이가 있었으나 대법원은 국가 간의 조약 또는 이에 준하는 것으로 볼 수 없다고 하여 신사협정에 해당하는 것으로 판시하였고, 헌법재판소도 “한민족공동체 내부의 특수관계를 바탕으로 한 당국 간의 합의로서 남북당국의 성의 있는 이행을 상호 약속하는 일종의 공동성명 또는 신사협정에 준하는 성격을 가짐에 불과하다”고 판시한 바 있다.  그러나 대법원 판결이나 헌법재판소 판결이 상당한 권위를 갖지만 엄격한 의미에서 우리나라에서는 판례의 법원(法源)성이 인정되지 않고 있다. 반면, 통일부 남북회담본부에 따르면 북한은 남북기본합의서에 대해 중앙인민위원회와 최고인민회의 상설회의 연합회의의 승인(1991. 12. 26)과 김일성 주석의 최종 비준을 거쳤다고한다. 이것은 북한이 남북기본합의서에 대해 조약으로서의 법적 지위를 인정했다는 것을 말해 준다. 당시 헌법인 1992년 북한 헌법에 따르면 조약의 비준 결정은 최고인민회의 권한에 속하고(제91조 제19호), 조약의 비준 공포는 주석의 권한에 속하는 것으로 규정되어 있다(제107조 제5호).
북한은 남북기본 합의서를 절차에 따라 승인하여 조약으로서의  법적 지위를 인정하였다. 그러나 우리는  합의서의 효력에 대해  의견차이를 보이고 있다.  대법원, 헌법재판소에서는 합의서 이행을 약속하는 공동성명 또는 신사협정 으로 판시하였으나  우리나라는 판례를 법원성으로 안정하지 않기에  확정 되었다 할 수 없다.