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셋째, 교육개발협력 연구･사업 예산의 대부분을 외부 재원에 의존하기 때문에, 연구･사업의 안정적인 추진이 어렵고, 기관간의 협업을 지속하기에도 한계가 있다. 각 기관이 수행하는 교육개발협력 연구･사업 예산의 출처가 상이하고, 발주기관의 요청에 따라 진행되거나 공모에 참여해야 하기 때문에, 타 기관과의 안정적인 협업이 어려운 실정이다. 또한 기관별로 행재정시스템도 다르고, 특히 교육 관련 기관들은 국제업무를 추진하기 위한 예산 집행에 어려움을 겪고 있다. 따라서 협업이라는 큰 틀 속에서 교육개발협력 연구･사업 예산을 안정적으로 확보하고, 기관간의 협업을 중장기적으로 추진할 수 있는 지원 방안 모색이 필요하다. 아울러 기관 차원에서도 협업을 통한 교육개발협력 연구･사업의 추진을 위한 행재정시스템의 개선 방안을 모색할 필요가 있다.
교육개발협력 연구에 있어서 유관 기관들의 협업체계를 구축할 필요가 있지만, 기관별 특성 등으로 협업의 지속이 어려운 상태이다. 각 연결망에서 중심기관들 간의 협업이 중요하므로 안정적인 예산확보 및 지원방안이 필요하다.