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또한 정치적 갈등이 다시 심화되었으며, 심지어 군사적 긴장까지 제기되었다. 이 시기 양안관계의 악화는 대만의 ‘독립문제’와 직접적인 관련성을 가지고 있었다. 리덩후이(李登輝) 대만 총통이 취임하면서 ‘대만독립’ 문제가 대만 내에서 최대의 정치 쟁점으로 부각되었고, 이에 따라 양안관계는 극도의 긴장관계(대만해협 위기)로 전환되었다. 1996년 리덩후이 총통이 미국을 방문하면서 긴장은 고조되었고, 1999년 양안관계를 특수한 국가 대 국가의 관계로 상정한 ‘양국론(兩國論)’이 제기되면서 중국의 반발을 더욱 야기 시켰다. 양안관계의 긴장 국면은 천수이볜 정부에서 더욱 고조되면서 양안관계는 기본적인 민간교류를 제외하고 공식적인 교류는 침체 일로에 이르게 되었다. 이 기간 양국 정부간에 직접적인 접촉이나 협상은 없었으며, 1998년 한차례 회의가 있기는 하였지만 해협교류기금회와 해협양안관계회는 거의 아무런 기능을 하지 못하였다고 할 수 있다.
'대만독립' 문제가 정치 쟁점으로 부각되면서 양안관계는 긴장관계로 전환되었다. 이후 천수이볜 정부에서 더욱 긴장이 고조되면서 공식 교류가 침체되었으며 이 기간 양국 정부의 직접적 접촉이나 협상은 없었다.