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배출권거래제는 기획재정부가 배출권 할당계획의 조정․수립, 관장부처 간 조정, 배출권 거래시장 운영 및 시장안정화 조치 등을 총괄하고, 4개 관장부처(산업, 농림, 환경, 국토부 등)가 소관 기업에 대한 배출권 할당, 배출량 및 외부사업 인증, 사후관리 등을 통하여 집행업무를 수행하는 체계이다. 반면, 에너지정책의 경우, 가장 핵심적인 국가에너지기본계획과 전력수급계획이 산업통상자원부장관의 주관 하에 수립되고 있다. 이에 따라 관련 재원도 각각 다른 의사결정 체계를 통해 마련되어 집행되는 체계이다. 따라서 기후변화 대응을 위한 기후정책과 에너지정책 간의 상호연관성 제고와 통합적 정책 수립‧집행의 필요성이 존재한다. 그를 감안하면, 소관부처에게 기후‧에너지정책을 통합적으로 관장할 수 있는 권한을 부여하고, 해당 소관부처가 공공 기후금융을 통합적으로 운용하는 방안을 고려할 필요가 있다.
배출권거래제는 기획재정부가 총괄하고 4개 관장부처가 집행하며, 에너지정책은 핵심 계획을 산업통상자원부장관이 주관하고, 관련 재원은 각각의 의사결정 체계로 마련한다. 두 정책 간의 연관성 제고, 통합적 정책의 수립/집행이 필요하다.