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기존 어항정보화의 한계점은 크게 유사한 자료의 중복 관리, 다양한 어항 관련 기초자료의 분산, 이러한 정보 간의 호환성 부족으로 상호연계성이 떨어지는 점 등이다. 따라서 이러한 한계점을 극복하기 위해서 첫째, 통합적인 어항 중심의 정보화시스템 구축을 통해 기존 어항 관련 기초자료의 한계점을 극복한다. 둘째, 이러한 데이터웨어하우스 형태의 DB 기반 위에 정책적 활용을 위한 분석용 데이터마트를 개발할 필요가 있다. 셋째, GIS 기반의 자료관리 체계를 구축함으로써 정보의 상호 연계성을 제고할 필요가 있다. 넷째, 대국민 맞춤형 서비스를 제공하는 방향으로 어항정보시스템이 추진되어야 한다.
어항정보화 한계 극복에는 통합 어항 중심 정보화시스템, 데이터웨어하우스 DB 기반 분석용 데이터마트, GIS 기반 자료관리 체계, 대국민 맞춤형 서비스 개발과 제공이 필요하다.