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두 번째로, 국가재정운용계획을 내실화하고 구속력을 높이는 방식으로 지출 검토를 도입하는 방안을 제시하였다([그림 6-2]). 이 방안은 우선순위 분석에서 효과성이 가장 높은 방안으로 분석되었다. 효과성이 예산의 배분적 효율성과 세출절감으로 구성되어 있었다는 점을 상기하면, 국가재정운용계획에 포함시킬 수 있는 분야별 예산 배분계획과 중장기 전망에 따른 지출절약 옵션 등이 지출 검토와 유사하다는 점이 반영된 결과라는 것을 알 수 있다. 다만, 전문가 인터뷰나 선행연구에서 나타난 것과 같이 국가재정운용계획의 수립 단계에서 심층적 재정분석이 미흡하고, 수립된 이후에도 유명무실한 계획 그 자체에 불과하다는 지적이 있다는 점에서 이를 내실화하고 예산 편성 과정에의 적용을 강제하는 형태의 지출 검토 제도의 도입이 주장된 바 있다.
둘째, 국가재정운용계획을 내실화하고 확실하게 적용하는 방식의 지출 검토 도입이 제시되었다. 하지만 현재 재정분석이 부족하고, 도입 후 제대로 적용되지 않을 것을 우려해 예산 편성 시 강제 적용하는 것을 주장했다.