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한편 규제비용총량제 하에서 규제비용분석을 실시할 대상에 대해 적절하게 이해하지 못한 경우도 발생하였다. 어떤 부처의 경우 모든 규제비용분석서에서 국민에게 미치는 간접비용, 간접편익을 분석하고 추계하였으나 규제비용분석서에는 반영하지 않아 전체 국민경제에 미치는 비용과 기업에게 미치는 비용의 크기를 동일하게 기재하여 전체적인 영향을 파악하기 어려웠다. 이는 규제비용총량제는 기업에게 미치는 직접순비용만을 분석하는 것으로 오해하여 발생하는 것으로 생각한다. 기업에게 미치는 직접순비용은 규제 신설과 폐지를 판단하는 중요한 정보이지만, 국민경제 전체에 미치는 영향이 매우 클 경우는 그 점을 고려하여 규제 신설과 폐지를 결정하는 경우가 있다. 규제비용분석서는 사실상 규제영향분석서이므로 국민경제 전체에 미치는 간접비용과 간접편익도 충실하게 분석해서 작성할 필요가 있다. 그러므로 규제비용분석서에 국민경제 전체에 미치는 간접비용과 간접편익에 대한 수치 정보를 정확하게 전달하여 규제가 미치는 전체적인 영향을 판단할 수 있도록 할 필요가 있다.
규제비용분석서는 규제영향분석서나 마찬가지이기 때문에 국민경제 전체에 미치는 간접 비용과 간접 비용 효과에 대한 수치를 정확하게 전달해야 한다. 그래서 이 규제가 미치는 영향을 정확하게 판단할 수 있도록 해야 한다.