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또한, 핵무기 프로그램에 가려 본격적으로 제기되지 않았던 생화학 무기에 대한 조사·폐기과정도 수행되어야 한다. 북한은 현재 비교적 규제가 느슨한 생물무기금지협정(CWB)에만 가입하고 있으며, 화학무기금지협정(CWC)에는 가입하지 않은 상태이다. 그러나 북한은 미국, 러시아에 이어 세계 3위 수준의 생화학무기 비축국가로 알려지고 있으며, 미사일 탑재능력을 보유함으로써 심각한 잠재적 위협이 되어왔다. 북한의 화학무기는 2천 500～5천 톤 규모의 사린가스, 시안화 수소가스, 머스타드 포스겐 등 치명적인 화학무기를 보유하고 있으며, 화학무기 군사기지 4곳, 화학무기 생산 및 저장기지 11곳, 기타 연구개발기지 13개가 있는 것으로 보고되고 있다. 또한, 1960년대부터 탄저, 콜레라, 역병, 천연두, 황열병 등 10～13개의 병원균 개발이 시도된 이래 5개의 생물무기기지, 16개의 생물공학 및 이중용도 기반시설이 있는 것으로 보도되기도 하였다.33 이들 생화학무기는 통일과정에서 조사·폐기되어야 할 대상이며, 오염위험이 높기 때문에 신속하고 국제적 관심이 집중되어 온 분야로 핵프로그램의 적절한 통제는 대외적인 통일외교환경 조성의 출발점이 되며, 본격적인 남북통합의 기본적 전제라고 할 수 있다.
북한은 생화학 무기 보유국 중 세계 3위를 차지하고 있으며, 위험성이 큰 각종 화학무기 및 기지를 보유하고 있음에도 화학무기금지협정에 가입하지 않았다. 또한 생물무기기지 및 관련 시설도 보유하고 있다. 바람직한 남북한 통일을 위해 생화학 무기의 오염성을 고려하여 조사 및 폐기가 이루어져야 할 것이다. 