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형사조정은 당사자의 동의를 전제로 한 자율적인 분쟁해결 절차이고, 피해자지원센터에서 조정을 할 뿐 조정위원들의 중립성이 담보되어 있으며, 2006년 4월 시범 시행한 때로부터 당사자로부터 중립성 시비로 문제가 된 사례도 없었던 점에 비추어, 중립성 문제는 그야말로 기우라고 할 것이다. 그럼에도 불구하고 피해자지원센터로부터 형사조정기구를 분리함으로써 중립성 시비에서 벗어나고, 나아가 피해자지원센터가 순수한 피해자 지원단체로서 본연의 업무에 보다 충실하게 할 필요가 있었다. 그래서 2009년 11월 피해자지원센터에 소속되어 있던 형사조정위원회를 별도 기구로 분리하여 검찰청에 설치하는 것으로 변경하게 되었다. 이에 따라 기존의 ｢고소사건 형사조정 실무운용 지침｣을 폐지하고, 2009년 10월 29일 새로이 대검 예규로 ｢형사조정 실무운용 지침｣을 제정하여 시행하였다. 새로 제정된 대검 예규는 검찰청에 형사조정위원회를 설치하는 내용뿐 아니라, 형사조정 대상사건의 범위 및 적합성 등을 검토하여 업무집중도를 강화하는 내용도 반영하였다. 즉, 형사조정 대상사건을 분쟁해결에 적합한 사건으로 한정하고, 민사사건 등에 해당하여 명백히 무혐의･각하 처리할 사건에 대하여는 조정회부를 금지하되, 형사조정의 본래 의미를 살리는 차원에서 혐의가 인정되는 사건도 조정회부가 가능토록 하며, 증거위조･허위진술 등으로 명백히 무혐의인 사건에 대하여는 조정을 중단하고 주임검사에게 반송하도록 하는 등의 내용을 포함시켰다. 또한, 사실상 사문화되어 활용되지 않던 경찰 접수 고소사건의 형사조정제도를 폐지하였다.
중립성 문제에서 벗어나기 위해 피해자지원센터 소속이던 형사조정위원회를 별도로 분리하였다. 형사조정 대상 사건은 분쟁에 한정하고 무혐의 사건에 관해 조정회부를 금지하였다. 중거위조나 거짓 진술등으로 무혐의인 사건은 조정을 멈추고 주임검사에게 반송케 하는 등의 내용이 포함되었다. 또한 경찰 접수 고소사건의 형사조정제를 없앴다. 