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‘자율과 책임의 과학기술 혁신 생태계 조성’이 셋째 과제다. 이 과제를 통해 과학기술 컨트롤타워를 강화하고 총괄˙조정 효율성을 제고하는 것이 목표다. 자율과 책임성이 강화된 연구자 중심으로 R&D 시스템을 혁신하려는 목표도 있다. 이를 위해 2017년 국가과학기술정책 자문․조정 기구를 통합하고 과학기술총괄부처의 기능을 강화시킬 것이다. 행정 효율화를 위해서는 각종 R&D 관리규정 및 시스템˙서식을 일원화하고 간소화 할 것을 추진하고 있다. 소통 강화를 위해선 정부R&D 정보제공 체계의 개선으로 관련 정보의 개방을 확대하고, 국민참여 기반의 국민생활 문제 해결 R&D를 추진할 예정이다. 해외교류 확대를 위해선 재외 동포 및 북한 과학기술인 교류를 확대하고, 인류 공동 문제해결에 기여하는 과학연구로 글로벌사회 국가 지위를 향상시키려는 계획이다.
‘자율과 책임의 과학기술 혁신 생태계 조성’ 과제를 통해 과학기술 컨트롤타워의 기능을 강화하고 총괄˙조정 효율성을 제고하며 자율과 책임성이 강화된 연구자 중심으로 R&D 시스템을 혁신하려는 목표를 갖고 있다.