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퇴원손상심층조사는 의료기관 손상 퇴원환자의 규모 및 의도성, 기전, 부위와 양상 등 손상 관련 정보에 대해 의무기록조사를 통한 근거기반의 손상예방정책 수립의 기초 통계자료를 2005년부터 매년 생산하고 있다. 질병관리본부가 직접 수행하며 조사대상은 조사 모집단 561개 병원(100병상 이상) 중 170개 표본병원을 네이만 비례법으로 선정하였으며, 표본환자의 추출은 전년도 총 퇴원환자의 약 9%를 계통추출법(systematic sampling method)을 사용하여 추출하였다. 조사방법은 퇴원요약자료(discharge summary abstract)의 데이터베이스 구축 여부에 따라 달리하였으며, 자체조사 표본병원은 조사항목과 관련된 자료를 추출한 후 미비한 부분과 심층조사 항목에 대해 의무기록을 추가 조사하여 질병관리본부 웹 시스템으로 자료를 제출하고, 방문조사 표본병원은 질병관리본부에서 파견한 의무기록 조사전문연구원이 의무기록을 검토하여 구조화된 조사표를 작성하고 있다. 조사항목은 의료기관정보, 인구사회･지리학적정보(성별, 나이, 출생일, 거주지 우편번호, 진료비 지불방법), 내원정보(입원일, 퇴원일, 입원경로), 질병 및 치료정보(주진단코드, 부진단코드, 손상외인코드, 주수술코드, 주수술일, 부수술 및 처치･특수검사코드, 퇴원후 향방, 치료결과, 원사인코드) 등으로 구성되어 있다. 손상환자의 경우 외인정보(손상의도성, 손상 발생장소, 손상시활동, 손상기전, 손상 발생일), 손상 유형별 정보(운수사고유형, 자살위험요인･동기, 중독물질) 등을 추가하여 심층조사하고 있다.
퇴원손상심층조사는 손상 정보에 대한 의무기록조사를 통해 손상예방정책 수립의 기초 통계자료를 생산한다. 질병관리본부가 수행하며 네이만 비례법으로 모집단인 병원 중 170개 표본병원을 선정하고, 계통추출법으로 퇴원환자의 약 9%를 추출한다. 퇴원요약자료의 데이터베이스 구축 여부에 따라 조사방법을 달리하고, 추가 조사·검토를 통해 구조화된 조사표를 작성한다. 여러 항목을 조사하며 손상환자는 추가로 심층조사한다. 