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물론 중소기업 적합업종을 선정하는 과정에서 진통이 적지 않았다. 가장 큰 논란은 얼마만큼의 시장을 중소기업 영역으로 지정해 보호할 것인가였다. 매출액이나 시장 규모 등 일률적인 기준으로 적합업종을 선정하는 것은 지나치게 포괄적인 규제가 될 수 있다. 대기업 활동을 규제할 경우 소비자 만족은 오히려 줄어들 수 있다는 점도 적합업종 지정에 쟁점이 됐다. 중소기업 영역을 지정해 이들을 보호하겠다는 취지는 좋지만 대기업의 경쟁력이 소비자에 더 큰 이익을 주는 경우가 많기 때문이다. 대기업 진출이 막힐 경우 대기업과 거래하는 협력업체의 일감이 끊길 수 있다는 우려도 제기됐다.
중소기업 적합업종 선정에는 그 영역 지정과 소비자 만족이 큰 쟁점이 되었다.