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행정부도 이런 취지에서「2016~2020년 국가재정운용계획｣에서 유사 · 중복 사업의 통폐합, 민간투자사업의 활성화, 평가체계 개선을 통한 재량지출의 구조조정을 제시하고 있다. 세부적으로 살펴보면, 행정부는 2015~2016년에 이어 2017년에도 ‘다문화 가족지원’, ‘대학 R&D’, ‘중소기업지원’, ‘일자리 창출’을 중심으로 유사한 정책 목표를 가진 다부처 사업을 하나의 부처 소관으로 이양하거나 부처 내 사업의 경우 하나의 사업으로 통합을 실시할 예정이다. 또한 행정부는 민간투자사업 활성화를 위해 BTO-rs, BTO-a 사업방식의 도입, 건설기간 중 사업시행자의 대기업 계열사 편입 제외 등의 규제완화, 공공청사 등 임대형 민자사업(Bulid-Transfer-Lease, BTL)의 대상을 확대할 계획이다. 마지막으로 행정부는 기존에 일반재정 · R&D · 지역사업 분야별로 실시되던 재정사업 자율평가를 개선하여 부처별 통합재정사업평가로 전환하고 미흡사업 예산의 10%을 삭감하던 것에서 부처 내 평가대상사업 예산의 1%를 삭감함으로써 실질적인 세출구조조정 효과를 높이고자 하였다. 또한 행정부는 100억원 이상(계속사업의 경우 매년 20억원) 신규 국고보조금사업에 대한 적격성 심사를 도입하고 국고보조금사업을 3년 주기로 연장평가하여 사업폐지(즉시 폐지, 단계적 폐지)와 예산감축 반영을 검토할 것을 제시하였다.
2016~2020년 국가재정운용계획에 따르면, 행정부는 유사한 다부처 사업을 통합하고, 민간투자사업 활성화를 위해 관련 규제를 완화하며 민자사업 대상을 확대할 계획이다. 또한 재정사업 평가체계를 개선하여 세출의 구조조정을 제안하고, 국고보조금사업을 정기적으로 평가하여 향후 사업 진행방향을 검토할 방침이다. 