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이와 함께 연구개발 종료 이후 3~5년이 경과한 2개 사업에 대해 추적평가를 시범 추진하였다(바이오그린21 : 농진청, 2010년 종료 / RFID/USN클러스터 구축 : 미래부, 2010년 종료). 추적평가 제도가 원활히 정착될 수 있도록 유도하기 위해 부처와 더불어 제도를 수립할 수 있는 체계도 마련하였다. 부처가 자체적으로 심층분석을 하고 미래부가 메타평가 방식으로 상위평가를 실시하는 것과 더불어, 부처가 자체적으로 해당 사업의 성격, 특성 등을 반영하여 평가방법 및 절차 등을 설정할 수 있도록 자율성을 부여하는 내용이다. 그리고 종료 이후 사업의 발생 성과 및 중장기적 파급효과에 관한 평가를 통해 연구성과의 활용・확산체계를 마련하여, 후속사업 등에 연계성과 및 과학기술적・경제사회적 파급효과 분석 등을 통해 사후 성과의 활용・확산체계를 파악하도록 하였다.
연구개발이 끝난 2개 사업에 대해 추적평가를 했으며 추적평가제가 잘 뿌리내릴 수 있게 제도 수립 체계도 준비하였다. 또한 평가 종료 후 사업의 발생 성과 등을 통해 사후 성과의 활용 및 확신체계를 살필 수 있게 하였다. 