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그러나 다른 한편으로는 정보화 마을 수의 양적 팽창에 따른 관리부실과 사업 효과에 대한 부정적인 지적도 있었다. 2006년 11월 시민단체 ‘시민 행동’에서 마을 조성의 양적 증가에 따른 인건비의 지속적인 국가부담 등으로 인한 사후관리의 문제, 사업 추진의 법적 근거 미흡, 정보화 마을에 대한 낮은 인지도, 관련 사업 간에 시너지가 없다는 점 등을 지적하였다. 이에 행정자치부는 정보화 마을 추진과 관련한 법적 근거를 마련하기 위해 노력하였으나 결국 무산되었다. 또한 행정자치부는 일각에서 제기되는 관리부실 등의 문제를 해결하기 위해 정보화 마을운영 내실화에 역점을 두면서 2008년 정보화 마을 운영평가위원회를 설치하고 운영성과가 미흡하거나 의지가 미약한 마을에 대해 지정을 해제하는 평가 환류 제도를 도입· 운영함으로써 문제를 해결해 나갔다.
정보화 마을의 수가 늘어남에 따라 사후관리 부실, 사업 간 시너지 부재 등의 지적이 있었다. 이에 대해 행정자치부는 2008년 평가 환류 제도를 도입하여 정보화 마을 운영의 내실화를 이루려 하였다.