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제도 도입부터 다음과 같은 세 가지 논란이 제기되어 왔다. 첫째, 낮은 부가세(TVA) 세율 적용, 각종 사회세 면제 이점을 보기 위해 건설토목교통(BTP)부문 개인사업자들이 1인 기업가 제도로 편입됨으로써 정책 대상 간의 경쟁을 초래하고 제도가 왜곡되는 결과가 초래될 수 있다. 둘째, 고용주들이 인턴, 비정규직 종사자, 중고령 근로자 등 불안정한 직업군 종사자들의 고용에 발생하는 사회세 부담을 최소화하기 위해 1인 기업가 제도를 우회적으로 악용할 가능성이 제기되었다. 셋째, 제도의 간소화나 회계신고의무 완화로 인해 불법노동의 증가와 탈세의 우려가 있다.
제도 도입에 있어서 정책 대상 간 경쟁과 제도 왜곡, 고용주들의 1인 기업가 제도 악용 가능성, 불법 노동과 탈세 증가 우려 등의 논란이 제기되었다.