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제주도 해군기지 건설갈등사례를 통해 알 수 있는 시사점과 개선방안은 첫째, 갈등이 예상되는 대규모 국책사업을 계획단계부터 입지선정, 집행단계까지 체계적이고 투명하게 추진하는 것이다. 정부와 해군은 제주해군기지 건설갈등이 심화되기 전에 해군기지 건설의 필요성과 당위성을 제주도민과 해당 지역주민들에게 충분히 설명하고 동의를 구하는 과정을 거쳤어야함에도 불구하고, 이를 소홀히 하였다. 2002년 화순항 개발계획이 변경되었을 때에도 해군은 이를 공표하지 않았고, 주민들이 직접 확인요청과 정보공개를 요구하고 해양수산 부가 화순항 항만개발계획이 변경되었음을 인정하면서 해군기지 건설계획이 밝혀지게 된 것이다. 이는 해군기지 건설사업이 국가안보와 국가이익을 위한 사업이기 때문에 지역주민과의 협의가 불필요하다는 이유를 들수 있으나, 그렇다고 국가안보와 같은 중대한 국책사업이 중앙정부나 국방부, 해군에서 일방적으로 결정하는 것은 바람직하지 못하다. 오히려 전체 국민을 대상으로 보다 적극적이고 체계적인 여론수렴과정과 숙의과정을 거치고 그 후에 순차적으로 입지선정절차에 따라 해당지역주민과의 세부적인 논의과정을 거치는 것이 바람직하다고 보여진다. 즉 국가안보와 관련된 사업이라 할지라도 참여적 정책결정과 공정한 여론수렴은 갈등예방과 국책사업의 성공적 마무리에 있어서 필수적이라 할 수 있다.
우리는 제주도 해군기지 건설갈등사례를 통해 정부와 해군은 갈등이 예상되는 대규모 국책사업을 계획단계부터 입지선정, 집행단계까지 투명하게 공개, 추진하여야 한다는 것을 알 수 있다. 그 이유는 참여적 정책결정과 공정한 여론수렴은 갈등예방과 국책사업의 성공적인 마무리에 있어 필수적 사항이기 때문이다.