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그러나 나고야 의정서의 규정은 기술적·입법적인 면에서 해결해야 할 매우 복잡한 문제를 가지고 있으며, 당사국 간에 존재하는 이해관계를 해결해야 하는 문제도 내포하고 있다. 생물유전자원의 공유대상국을 선진국은 자원제공국으로 주장한 반면, 개발도상국은 원산지국으로 주장하여 개도국이 2010년 9월 몬트리올 협상에서 합의안으로 제시한 “Party providing such resources that is the country of origin of such resources or a Party that has acquired the genetic resources in accordance with the Convention“이 최종적으로 채택되어 향후 해석의 여지를 남겼다. 결국 원산지국(협약규정에 따라 생물유전자원을 획득한 국가 포함)을 의미하는 것이라는 해석이 지배적이다.
나고야 의정서의 규정은 해결해야 할 매우 복잡한 문제를 가지고 있으는데 생물유전자원의 공유대상국을 선진국은 자원제공국으로 주장한 반면, 개발도상국은 원산지국으로 주장하였는데 원산지국을 의미하는 것이라는 해석이 지배적이다. 