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그리고 조세특례제한법 제104조의7 제3항은 정비사업조합에 대한 부가가치세 과세특례를 정하고 있는데, 그에 따르면 정비사업조합이 조합원에게 관리처분계획에 의하여 분양하는 주택 및 상가 등 건축물로서 해당 정비사업의 시행으로 건설된 것에 대하여는 부가가치세 과세 대상으로 보지 아니한다. 반면 정비사업조합이 재화 또는 용역을 공급받거나, 정비사업조합이 일반인에게 체비지 및 보류지, 건축물 등을 공급하는 데 대하여는 위와 같은 과세특례가 적용되지 아니하여 부가가치세법 일반 법리에 따르게 된다. 따라서 일반 분양분 중 국민주택 규모를 초과하는 주택, 상가 등은 부가가치세 과세 대상이 된다.
정비사업조합의 정비사업으로 건설된 건축물은 부가가치세 과세 대상이 아니다. 반면 정비사업조합이 재화, 용역을 받거나 일반인에게 건축지를 공급하는데에는 특례가 적용되지 않는다.