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이에 본 연구에서는 정부추진체계를 정부조직구조, 조직운영, 법제도로 구분하여 문제점을 살펴보았다. 정부조직구조에서는 국무조정실이 제 역할을 못하고 있으며, 부처 이기주의로 부처 간 갈등이 발생하고 있었다. 무엇보다도 통상과 관련해 중앙정부와 지방정부 간의 협력이 심각한 문제임을 알 수 있었다. 조직운영에서는 통상정책의 로드맵이 구성되어 있었으나 정착 개별부처의 중장기 계획에는 전혀 반영되지 않고 있었으며, 부처 간 정보 공유가 이뤄지지 못하고 있었다. 또 하나의 문제점은 협업으로 승진과 보상체계가 명확하지 않으며, 순환보직으로 통상전문가가 부족하다는 것을 지적하였다. 법제도 측면에서 통상정책 영향평가의 공정성 문제와 통상협상 관련 정보 공개의 소극성을 지적하였다.
정부추진체계를 정부조직구조, 조직운영, 법제조로 구분하여 살펴봤을 때, 부처간 갈등이 심하고, 통상정책 로드맵이 개별부처에 반영되지 못하며, 통상정책 영향평가의 공정성 부족 등 많은 문제가 있었다.