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이러한 기본권 침해의 정당성에 대해 재판소는, 설사 데이터의 보관이 기본권의 본질에 불리한 영향을 미치는 것이 아니고 해당 규정이 공익적 목적을 충족한다고 할지라도, 그러한 침해가 실제 반드시 필요한 경우로 제한되도록 충분히 보장하고 있지 않다는 점에서 ‘비례의 원칙’의 한계를 초과한 것으로 판단하였다. 구체적으로는 ① 모든 개인의 모든 전자통신 수단과 트래픽 정보를 어떠한 구별이나 제한 또는 예외가 없이 중대범죄와의 전쟁이라는 목표 하에서 다루도록 하고 있다는 점, ② 그러한 침해를 정당화할 만큼 심각한 위법행위에 대해서만 데이터를 접근･사용한다는 것을 보장하는 객관적인 기준을 가지고 있지 않다는 점, ③ 데이터의 보관 기간의 설정이 꼭 필요한 경우로 한정되기 위한 객관적인 기준을 마련하고 있지 않다는 점 등이 주요한 이유이다. 나아가 동 지침이 데이터 오남용 또는 불법적인 사용에 대하여 충분한 보호 장치가 없다는 점과 유럽연합 내에서만 수집･보관되어야 함을 규정하는 내용이 없다는 점 등도 문제이라고 밝혔다.
중대범죄와 관련된 모든 개인 데이터 보관이 공익적 목적을 충족한다고 해도, 수집·보관할 데이터의 객관적인 기준이 없고, 불법적인 사용에 대한 보호 장치도 없다는 점을 들어 비례의 원칙을 위반한 기본권 침해에 해당한다.