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이에 1999년에 「정보화촉진 기본법」이 개정되면서 정보시스템 감리 시행에 대한 별도 규정이 마련되었다. 또한 감리인의 요건, 감리절차, 기본점검표 등을 포함하는‘정보시스템 감리기준’이 고시되었으며 이를 준용하여 감리업무를 수행하도록 하였다. 법령의 정의에 따르면, 정보시스템 감리는 발주자와 사업자 등의 이해관계로부터 독립된 감리인이 정보시스템의 효율성을 향상시키고 안전성을 확보하기 위해 정보시스템의 구축 및 운영 등에 관한 사항을 종합적으로 점검하고 문제점을 개선하도록 하는 것이다. 그러나 감리의 실시 및 개선사항 반영 여부는 권고사항에 그쳤다.
정보화촉진기본법 개정으로 감리시행에 대한 규정이 마련되었고 정보시스템 감리기준이 고시된 바, 이는 독립된 감리인이 효율성과 안정성을 위해 문제를 개선하기 위함이다.