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한편 2005년 9월 정기국회 국정감사에서 전자민원서류의 위·변조 가능성 문제가 제기됨에 따라 행정자치부는 인터넷 민원발급 서비스를 중단하고 전자민원 서비스 전반에 관한 보안 점검을 실시하였다. 인터넷으로 발급받을 수 있었던 주민등록 등·초본과 토지대장, 건축물대장, 개별공시지가, 병적증명서 등의 발급이 일시 중단된 것이다. 같은 기간 대법원의 인터넷 등기부 등본 발급과 국세청의 홈택스 서비스 역시 잠정 중단되었다. 각급 관공서에서는 인터넷 민원서비스 발급이 중단되자 직접 서류를 발급 받으려고 모여든 사람들로 북새통을 이루었다. 당시 서울중앙지법에 따르면 민원서비스가 중단된 2005년 9월 28일 하루 동안 대법원을 다녀간 민원인은 1,500여 명으로 평소에 비해 두 배 이상 많았다고 한다.
2005년 9월 정기국회 국정감사에서 행정자치부는 인터넷 민원발급 서비스를 중단하고 전자민원 서비스 전반에 대한 보안 점검을 실시하였다.