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종합감사는 자체감사 대상기관의 주 기능, 주 임무 및 조직․인사․예산 등 업무 전반의 적법성과 타당성 등을 점검하고 문제점에 대한 시정․개선 대안을 제시하여 기관운영의 건전성과 효율성을 확보하는 데 있다. 또한 종합감사는 대상기관의 주요 활동과 업무 전반에 대한 합법성 감사를 기초로 하되 시스템적 접근방법에 따라 점검․분석․평가하는 것이다. 감사대상 기관의 운영실태 전반에 대한 종합적․거시적 이해를 통해 폭넓은 개선방안을 모색하고, 대상 업무의 위험도와 중요도를 기준으로 선정한 특정 핵심 이슈에 대해서는 감사역량을 집중하여 포괄적이면서도 근원적인 문제해결을 지향한다. 종합감사는 재무감사 사항을 포함하며, 특정 정책이나 사업이 아닌 특정 기관의 업무 전반을 감사대상으로 하고 합법성 준수 여부, 기관운영의 투명성 및 책임성 제고에 더 중점을 둔다는 것에서 성과․특정감사와 구분된다(감사원, 2012b).
종합감사는 대상기관 업무의 적법성과 타당성을 점검하고 문제에 대한 시정․개선 대안을 제시하여 기관운영의 건전성과 효율성을 확보, 시스템적 접근방법에 따라 점검․분석․평가하여 포괄적이면서도 근원적인 문제해결을 지향한다.