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또한 헌법재판소는 최초 입원기간이 6개월로 강제입원이 장기입원으로 이어지는 경우가 빈번하고, 실제 보호의무자와 정신의료기관 간 이해관계에 따라 계속입원이 가능한 구조 역시 문제를 삼았다. 이러한 구조를 개선하려면 입원 과정에서 독립적이고 중립적인 제3자에게 입원의 필요성을 판단 받을 수 있는 절차를 마련하는 것이 시급하다. 정신보건법 전면개정시새로 도입된 ‘입원적합성심사위원회’는 공공적 심의기능을 갖추기 위한 과도기적 장치로서, 설치기관을 국·공립 정신의료기관 및 대통령령이 정하는 기관으로 한정(개정법 제46조제1항)하고 있다. 그러나 이 기관들이 연간 17만5천 건에 달하는 강제입원사례를 모두 심사하는 것은 제한된 인력과 시간의 문제가 있어 결과적으로 형식적인 서류심사기관으로 전락할 가능성이 있다. 보호입원제도를 계속 적용하는데 있어서 환자의 적법절차 보장과 치료받을 권리가 동시에 보호·실현되는 법·제도적 환경을 조성하기 위해서는 국·공립 정신의료기관 등이 운영하는 입원적합성심사위원회의 보호입원 적부심사 단계를 넘어 보호입원에 대하여 법원의 청문(hearing)절차를 마련하는 입법개선이 요구된다. 지난 2016년 2월에 발표한 보건복지부의 ‘정신건강종합대책’에서는 장기적으로 사법기관이 입원여부를 심사하는 것으로 예정하고 있다.
강제입원을 관리 감독하기위해 ‘입원적합성심사위원회’를 도입했으나 시간과 인력 부족 문제로 어려움이 많다. 현재의 보호입원제도를 유지시키기위해 사법기관의 입법개선이 필요한 상황이다.