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2단계 사업 추진 후 전자 인사관리 시스템에 대해 시스템 전체의 통일성과 자료의 호환성을 해치지 않는 범위 내에서 부처별 업무 특성을 감안한 제한적 customing 작업을 보다 강력히 추진할 것을 각 부처로부터 요구받았다. 그리고 상급기관이 하급기관의 공무원에 대한 인사자료를 실시간으로 수집할 수 있는 체계를 마련할 것과 만약에 발생한 시스템 에러로 인해 업무 공백이 문제시되지 않도록 즉각적인 장애 복구 대책을 수립할 것 등의 요구 사항도 제기되었다. 그리하여 행정자치부 자치정보담당관실에서는 이에 관한 수요 조사를 실시, 중앙인사위원회의 전자 인사관리 시스템에 대한 수요가 많다는 결과가 나오자 3단계 사업을 추진하였다.
각 부처에서 전자 인사관리시스템에 대한 제한적 customing 작업의 강력 추진과 인사자료의 실시간 수집체계 마련, 즉각적인 장애복구대책 수립이 제기됐다. 결과 3단계 사업이 추진됐다.