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민･군 기술 협력 사업은 국가과학기술심의회 산하 민･군 기술협력 특별위원회에서 논의하고 있다. 여기에서 국가적으로 중점 추진해야 할 핵심기술을 선정하고 사업화를 결정한다. 국방과학연구소는 민･군 협력진흥원을 두어 관련 업무를 맡고 있다. 물론 이곳에서 다루는 예산은 다른 연구개발에 비해 규모가 매우 작다. 부처 간 기술협력을 유도하는 성과가 다소 부족했다는 평가도 있다. 2018년에는 민･군 기술협력 특별위원회 소속 관계부처 합동으로 ‘제2차 민･군 기술협력사업 기본계획’을 수립하여 해양무인체계 관련 추진과제를 선정하고 핵심기술개발 로드맵을 제시한 바 있다. 그럼에도 불구하고 군은 이와는 별개로 자체적인 해양무인체계 핵심기술개발 목록을 선정하여 추진하고 있다. 민간의 축적된 해양무인체계 기반기술(민･군 공통으로 적용되는 기반기술)을 활용하는데 소극적이라는 비판이 나올 수 있는 대목이다. 물론 민간 기술 수준이 군 시험평가 기준을 충족할 수 있을 것인지, 전력화화지원요소는 어떻게 할 것인지 등에 대한 우려가 있는 것도 사실이다.
민군 기술 협력 사업은 특별위원회에서 의논하고 있으며 핵심기술을 고르고 사업화를 결정한다. 국방과학연구소는 진흥원을 둬 업무를 처리하며 예산은 매우 적고, 성과가 미비하다는 평이 있다. 18년에는 제2차 사업 계획을 수립해 로드맵을 내보였지만 군은 별개로 개발을 추진하고 있다.