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공공기관은 핵심업무 위주로 기능을 재편하기로 했다. 국민생활과 밀접하고 수요가 많은  SOC,  농림·수산,  문화·예술 등 3대 분야를 중심으로 유사·중복기 능 일원화, 민간경합 영역 철수·축소, 출자회사 정리 등을 추진해 나가기로 했다. 조직 간·조직내 기능간 경쟁요인을 단계적으로 강화하기로 했다. 민간 시장이 성숙하여 공 공기관 직접수행이 불필요한 사업은 철수 또는 축소하여 민간 경제를 활성화하기로 했다. LH의 경우 60㎡ 초과 분양주택공급 폐지, 임대주택관리 민간 개방, 농어촌공사 의 경우 농업기반시설 설계·감리, 저수지 수변개발 사업 등을 민간에 개방하기로 했다. 연구, 교육, 인력 양성 등의 분야에서 발생하는 유사·중복 기능을 일원화하여 시너지 효과를 극대화하기로 했다. 조정 후 주요기능이 이관된 기관은 통·폐합하여 조직을 효율화하되, 관련 인력은 우선 전환배치하여 정원감축은 최소화하기로 했다. 이원화된 HACCP 인증기관 통합 및 직불제 이행점검 기능도 일원화하기로 했다. 과도한 지원조 직 또는 지사 축소, 업무연관성이 낮은 출자회사 정리 등을 추진하여 내부 생산성을 제고하기로 했다.
공공기관은 핵심업무 위주로 기능을 재편하되 국민생활과 밀접하고 수요가 많은  SOC,  농림·수산,  문화·예술 등 3대 분야를 중심으로 유사·중복기능 일원화, 민간경합 영역 철수·축소, 출자회사 정리 등 내부생산성을 제고하고 조직 간·조직내 기능간 경쟁요인을 단계적으로 강화하기로 했다.