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교과 수업의 편성은 <표 Ⅴ-1-2>와 <표 Ⅴ-1-3>에도 제시되어 있듯이 크게 3가지, 즉 계통적 학습을 위한 교과 활동과 교과·영역 간 융합·연계 교과 활동, 진로 연계 교과 활동 등으로 이루어질 수 있다. 이 가운데 교과·영역 간 융합·연계 교과 활동과 진로 연계 교과활동은 자유학기제에서 특히 강조되는 것이다. 교과 활동을 이 3가지로 구분하여 교과 수업을 운영하는 방식을 [그림 Ⅴ-1-2]와 같이 달리하여 구상할 필요가 있다. 즉 자유학기제에서 교수·학습 방법의 다양화가 강조되고 있지만 이러한 다양화가 모든 교과 활동에서 일률적으로 이루어져야 하는 것은 아니다.
자유학기제의 교과 수업 편성은 학습, 교과·영역 간 융합·연계, 진로 연계 교과 활동 3가지로 이루어지나, 모든 교과 활동을 이처럼 운영할 필요는 없다.