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셋째, 평가의 일관성과 사업의 특수성을 동시에 반영해야 하는 어려움이 따른다. 예비타당성평가 대상이 되는 사업 가운데는 국가전략 차원에서 추진되는 사업이나, 문화재보호 등 경제성 분석 틀 안에서 계량화되지 않는 특수한 평가항목이 월등히 중요한 경우가 발생한다. 예비타당성평가 체계의 정책성 분석에서는 이러한 사업 특수성을 평가의 틀 속에 반영할 수 있도록 하고 있다. 한편, 사업특수성이 종합평가에서 차지하는 비중이 지나치게 클 경우 다른 사업과의 평가일관성이 떨어질 위험성이 존재한다. 따라서 예비타당성평가 체계가 일반적으로 적용될 수 있는 분석 틀로서 가치를 유지하기 위해서는 해당 사업의 특수성이 사업의 시행여부를 결정하는 데 있어 얼마만큼 중요한 영향을 미쳤는지를 객관적으로 보여줄 수 있어야 한다.
셋째, 평가의 일관성과 사업의 특수성을 동시에 반영해야 하는데 예비타당성평가 체계의 정책성 분석에서는 사업 특수성을 평가의 틀 속에 반영할 수 있도록 하고 있다.