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그러나 2000년 이후 다시금 시 ․ 도 교육청이 자율적으로 학교통 ․ 폐합을 추진하게 되면서 통 ․ 폐합 성과가 낮아졌다. 2000~2005년(3기) 동안 통 ․ 폐합 학교 수는 연평균 79개교(총 474개교)에 불과하였다. 통 ․ 폐합 성과가 저조하자 2006년부터 중앙정부가 통 ․ 폐합을 다시금 추진하게 되었고, 2008년부터 통 ․ 폐합지원금이 신설 ․ 운영되기 시작하였다. 그 결과 2006~2009년(4기) 동안 통 ․ 폐합 학교 수가 연평균 88개교로 늘어나 총 352개교에 이르렀으나, 이는 당초 목표로 했던 통 ․ 폐합 대상 676개교의 52.1%에 불과한 수준이었다.
2000년 이후에는 교육청 자율 추진으로 학교의 통폐합 성과가 낮아졌다. 3기동안 통폐합 학교 수는 연평균 79개교 였고, 관련 지원금 운영으로 목표의 약 52%만 증가했다.