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또한 네거티브 규제체계의 적용과 관련해서 한 기존논의의 한계는 ‘원칙허용·예외금지’라는 네거티브 규제체계에서 주장하는 법체계는 명료해 보이지만, 정부가 이 원칙을 적용해 규제개혁에 활용하는 정책지침의 수준에서는 여전히 모호한 점이 많다는 것이다. 정부의 어떤 규제에 대해, 어떤 방식으로 그 형식을 전환하고, 그러면 도대체 어떤 효과가 기대되는지에 대한 지침수준의 내용이 필요하고, 이것이 현장의 규제개혁 관료에서 명확하게 이해되어야 하는데 그렇지 못한 것이다. 일반적인 규제완화와 네거티브 규제체계의 차이에 대한 구분도 필요하지만 이 역시 부족했다. 다음장에서 분석하겠지만 이것이 지난 2013년 이래 수차례에 걸쳐 정부가 네거티브 규제체계의 적용을 내세우며 규제개혁을 했지만 그 성과가 부족한 이유이다.
네거티브  규제체계에서 주장하는 법체계는 명확하나, 정부의 정책지침은 명료하지 못하며 일반적인 규제완화와 네거티브 규제완화의 차이에 대한 구분도 부족하다. 이것이 수차례 규제개혁에도 성과가 미미한 이유이다.