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교통시설사업의 투자효율성을 제고하기 위해 타당성평가 제도를 제정·운용하였으나, 기획재정부가 수행하는 예비타당성조사 이후에 본 타당성평가의 실효성 문제, 건설기술진흥법에 의한 타당성조사와의 중복 문제 등으로 인하여 제대로 운용되지 못하였다. 최근, 국토교통부는 교통네트워크 측면에서 수단간 중복투자 조정기능 제고, 국가 기간망 차원의 차별화된 타당성평가제도의 필요성 등에 따라, 타당성평가제도의 실효성 제고를 위한 제도 개선을 추진하고 있다. 뿐만 아니라, 예비타당성조사 대상의 사업비 기준이 상향조정(500억원→1,000억 원)될 것으로 전망됨에 따라, 총사업비 1,000억 미만 사업에 대한 타당성평가제도의 기능은 점차 중요해질 것으로 판단된다. 타당성평가 실효성 제고의 일환으로, 국가통합교통체계효율화법이 일부 개정되었는데, 소관부처 내 관리부서가 수행하는 타당성조사제도와의 중복문제를 해소하기 위해, 타당성평가 수행 시 건설기술진흥법의 타당성조사를 대체할 수 있도록 새로운 조항을 신설하였다.
교통시설사업의 효율을 고려하여 타당성평가제도를 도입하였으나, 기획재정부는 중복문제, 실효성 문제로 이를 제대로 추진하지 못했다. 그러나 실효성을 제고하기 위한 제도 개선과 사업비 상향조정으로 이 제도가 더욱 중요해질 것으로 보인다. 