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기획재정부는 경비율 적용 과세기준을 현행 직전연도 수입금액에서 당해연도 수입금액 기준으로 변경(이하 “쟁점규정의 변경”이라 한다)할 경우 기준경비율 적용대상자 여부를 연도 말에 알 수 있게 되어 제도 적용의 예측가능성이 저하되고, ｢부가가치세법｣에서 영세 자영업자의 신고 및 증빙수취 부담 등을 경감해 주기 위해 운영하고 있는 “간이과세제도”와 비교하였을 때 신고 및 증빙수취 부담 수준이 서로 상반되게 요구되는 법 간의 부조화 문제가 발생하게 되어 간이과세자 등 영세 자영업자들이 예측하지 못한 세부담 등의 피해를 입을 수 있으므로 현행 단순경비율 적용대상 기준의 큰 틀을 유지하면서, 당해연도 수입금액이 복식부기의무자의 수입금액 기준에 해당하는 사업자에 대하여는 단순경비율 적용대상에서 배제하는 방안을 검토하겠다는 의견을 제시하였다.
기획재정부는 경비율 적용 과세기준에 대해 직전연도 수입 금액에서 당해 연도 수입 기준으로 변경하는 것이 제도의 예측가능성을 저하시키고, 영세 자영업자들에게 세부담 피해를 줄 수 있다고 말했다.