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첫째, 모둠별 협력 학습을 통해 키우고자 하는 역량에 부합하는 수업 내용 선정 및 학습 과제 구성이 중요하다. 특히 중등학교급의 경우, 제한된 수업 시수 안에서 학생들이 교과의 주요 개념에 대해 파악하면서 활동 위주 수업을 전개하는 데 어려움이 따르기 마련이다. 단원 내 소주제 간의 연관관계에 대한 파악을 바탕으로 지식의 적용이나 가치문제 탐색에 어울리는 학습 주제를 선정하여 이에 부합하는 학습 과제를 구안할 필요가 있다. 한편 학습 조직을 협력적으로 구성하더라도 개별 학습과 협력 학습 조화를 이룰 수 있도록 함으로써 활동을 위한 활동에 그치지 않고, 학생 스스로 교과의 주요 개념에 대한 스스로의 생각을 정리할 수 있는 기회를 제공하는 것 또한 중요하다.
모둠별 협력 학습으로 역량에 맞는 수업 내용을 선정하고 학습 과제를 구성하며, 학생 스스로 교과의 개념에 대해 생각하고 정리할 기회를 주는 것도 중요하다.