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이와 같은 긍정적인 평가와 달리 통일준비위원회가 결국에는 길을 잃었다는 비판적 평가도 내릴 수 있다. 우선 통일준비위원회가 2016년에는 한국의 정치적 상황과 맞물려 주도적인 역할을 하지 못하고 2014년과 비교하면 개점휴업의 상태나 마찬가지였다. 이는 대화보다는 대결과 제재를 선호하는 정부의 대북정책과 소위 ‘작은 통로’를 통한 통일준비라는 개념이 서로 상충하였던 것에서 비롯된다. 대북정책과 유리된 국내용 통일준비가 가진 한계가 분명하게 드러났던 것이다. 통일준비위원회가 민간전문가들이 대거 참여하여 민간기구로서 역할을 할 수 있다고 하였지만, 여전히 대통령이 위원장을 맡고 있었기 때문에 탄핵국면 이후 통일준비위원회의 활동은 이뤄질 수 없게 되었다.
대화보다는 대결과 제재를 선호하는 정부의 대북정책과 소위 '작은 통로'를 통한 통일준비 개념이 상충해 민간전문가들이 대거 참여해 기대를 모았던 통일준비위원회는 아무런 주도적인 역할도 못하였다.