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그러다가 2006년에 지방정부에 집중되어 있던 공립학교 예산 및 운영 권한을 개별학교에 이양하는 교육제도의 변화가 있었다. 이는 ‘트러스트 학교(trustschools)’ 제도로서 개별공립학교가 종교학교처럼 트러스트를 만들어서 좀 더 자율성을 가지고 학교를 운영하게 하는 것이었다. 이에 협동조합 진영에서는 이를 변용해서 '협동조합 트러스트 학교(cooperative trust schools)'를 제안하였다. 이 모델은 학부모, 교직원, 학생, 지역사회와 외부의 파트너기관이 트러스트에 이사진(trustees)을 선출해서 자신들의 의견을 반영될 수 있게 하는 것이었다. 특히 교직원 참여를 권장하고, 학생의 경우도 법적으로 트러스트의 공식이사는 될 수 없지만, 학생대표로서 이사회에 참석하여 의사를 개진할 수 있도록 권장하는 것이었다. 이에 따라 2008년 이전부터 협동조합특성화 프로그램에 참여하면서 가치와 철학을 공유하던 학교 중에 최초의 협동조합 학교가 등장하였고 이후 주변 지역으로 확산되었다(Shaw, 2014; 박주희, 2016a).
트러스트 학교는 개별학교에 예산을 이양하는 제도로 변화된 트러스트 학교로 좀 더 자율성을 가지고 학교를 운영한다. 더  나아가 협동조합 트러스트 학교를 조성하여 참여를 독려하고 의견이 반영될 수 있게 하는 것이다.