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비록 생체인식 기술이 그 정확성과 보안성을 근거로 각광을 받고 있지만, 이는 자칫 생체인식 기술에 대한 과도한 신뢰를 부여할 수 있다. 생체인식 기술 역시 완전하지 않으며, 또한 각 생체인식 기술마다의 취약점을 가지고 있음을 인식해야 한다. 즉, 각 생체인식 기술은 일정한 오류율을 가지고 있으며, 특정한 신체적 질병이나 외부 조건에 따라 인식률이 떨어질 수 있기 때문이다. 이 때문에 생체인식 기술이 애초에 의도했던 효과를 가져오지 못할 수도 있으며, 이용자를 차별하거나 이용자의 재산, 신체 등에 피해를 야기할 수도 있다. 예를 들어 금융거래에 생체인식 정보가 활용될 경우, 본인 거부율이 높으면 고객의 인증에 실패하여 고객의 불편을 초래하게 되며, 타인 수락율이 높으면 금융 사고를 초래하게 될 것이다. 출입통제에 사용될 경우, 정당한 권한이 있는 사람이 건물에 들어가지 못하거나(본인 거부), 침입자가 건물에 들어가는 사태(타인 수락)가 초래될 수 있다.
생체인식 기술의 발전에도 불구하고 아직 일정한 오류가 발생하고 있는데 특히 금융거래나 출입통제 시 인식률이 떨어지게 되면 이용자를 차별하게 되거나 재산상, 신체상의 피해를 가져올 수도 있다.