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하지만 반복매매지수는 2회 이상 거래가 이루어진 부동산만을 대상으로 하기 때문에 표본의 수가 상당히 줄어든다는 단점을 가지고 있다. 물론, 동일 아파트로 간주하는 가정에 따라 관측 빈도가 줄어드는 문제를 완화할 수 있지만, 이에도 한계가 있어서 완전한 해결책이 되지 못한다. 실제로 한국감정원에서는 아파트 단지명이 같고 면적이 같은 아파트 중에서 1층, 최고층, 그 외의 층으로 세 분류를 한 뒤, 같은 분류에 들어가면 동일한 아파트로 간주하였다. 하지만, 이러한 방식에 대한 정당성을 부여할 만한 근거가 없을 뿐만 아니라, 이렇게 하더라도 표본의 수가 줄어드는 것을 완전히 해결하지는 못한다. 이처럼 표본의 수가 줄어드는 것을 해결하는 한 가지 방법으로 McMillen(2012)은 매칭(matching)을 이용한 방법을 제시하였다. 구체적인 방법은 다음 장에서 서술되겠지만, 간략히 이야기하면 2회 이상 거래되지 않아서 매매가격을 비교할 수 없는 아파트에 대해서 이와 가장 유사한 성질을 가진 아파트를 매칭한 후 지수를 산정하는 방법으로, 이 방법을 이용하면 일반적으로 표본 수는 증가한다는 것이다.
반복매매지수는 표본의 수가 상당히 줄어든다는 단점을 가지고있다. 표본의 수가 줄어든 것을 해결하기위해 McMillen은 2회 이상 거래되지 않아 매매가격을 비교할 수 없는 아파트를 유사한 성질을 가진 아파트와 매칭한 후 지수를 산정하는 매칭을 제시하였다.