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또한 출범 후 융합연구사업이 본격적으로 추진되어 2014년 7월 국가과학기술연구회는 󰡔융합클러스터 및 융합연구단 사업 추진 계획󰡕을 발표하였다. 먼저 융합클러스터는 출연(연) 고유임무에서 공통으로 수행가능하거나 사회적 수요가 큰 융합연구 주제를 발굴하고 기획하는 것으로 2년 이내의 기간 동안 유형에 따라 3천만-2억원의 규모로 추진된다. 3개 유형 중 산업밀착형을 제외하고 나머지 초기탐색형 또는 임무연계형 연구는 모두 출연(연)의 참여로 이루어진다. 그리고 융합연구단은매칭 금액을 합하여 100억원 정도의 규모로 추진된다. 또한 산·학·연 협력 형태로주관 출연연구기관에 융합연구단을 설치하여 한 공간에서 연구를 수행한다. 연구회는 융합연구위원회 및 융합연구본부를 두어 융합연구단의 자문 및 평가·관리를수행할 계획이다(미래창조과학부, 2014f). 기존의 NAP, CAP 등 계속사업은 유지하고 2014년 하향식 2개 및 상향식 3개 과제를 포함하여 총 5개의 신규과제를 발굴할 예정이다.
국가과학기술연구회는 2014년 융합연구사업 관련 추진 계획을 발표했다. 융합클러스터는 출연연의 임무에서 융합연구 주제를 선정하여 기획한다. 융합연구단은 주관 출령연구기관에 설치되며 기존의 계속사업에 더해 5개 신규과제를 진행할 예정이다.