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4단계에서는 2단계 및 3단계 검토에 의해 도출된 개선사항을 토대로 수정·보완하는 단계이다. 예컨대, 특별행정심판 허용요건인 전문성·특수성이 결여된 경우, 이를 보완하거나 준사법절차 상의 대심적 심리구조를 취하지 않은 경우, 이를 보완하는 단계이다. 이러한 수정·보완의 기회를 제공하지 않고 행정조직적 차원에서 국민권익위원회를 총괄·조정기관으로 확정하여 특별행정심판기관을 통합하는 경우, 개별 특별행정심판기관의 반발이 우려된다. 따라서 헌법상 그리고 행정심판법에서 규율하고 있는 특별행정심판을 허용하기 위한 기본적인 전제조건을 결여한 경우, 개별 특별행정심판기관 스스로 수정·보완하도록 하고 그 결과에 따라 국민권익위원회에 통합하거나 해당 기관을 존속하는 것을 결정하는 것이 바람직하다.
개선사항 수정·보완하는 4단계 없이 특별행정심판기관을 통합하는 경우, 개별 특별행정심판기관의 반발이 우려된다. 개별 특별행정심판기관 스스로 수정·보완하고 국민권익위원회에 통합하거나 존속시키는 것이 좋다.