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한편 1999-1998～2012-2011 기간(이 기간은 차후 KLIPS 자료가 이용 가능한 기간임)에 대해 분석한 결과 어떤 필터 방법을 사용하느냐의 여부에 따라 결과가 다른 것으로 나타났다. 이차식으로 추세를 제거할 경우 실질임금의 경기순행성은 그 이전 시기와 비교하여 현저하게 떨어지는 것으로 나타났다. 예를 들어 실업률을 사용할 경우 추정치는 어느 자료를 사용하든 통계적으로 무의미하게 나타났으며 특히 사업체노동력조사 자료를 사용할 경우 실질적인 의미에서도 영에 가깝게 나타났다. 한편 실질국내총생산을 사용할 경우 고용형태별 근로실태 조사 자료상에서는 실질적으로나 통계적으로나 무의미하게 나타났다. 비록 사업체 노동력 조사 자료상에서는 10% 수준에서 유의하게 나타났고 그 추정치의 크기도 무시할 정도는 아니나 여전히 1998-1997 차분 연도를 분석에 포함시킨 경우와 비교하면 추정치의 크기는 현저하게 낮다고 볼 수 있다. 이는 외환위기 이후 기간에 대해 관찰된 강한 실질임금의 경기순행성이상당부분 1997-1998 기간의 조정에 의해 이루어졌음을 시사한다. 그러나 HP 필터를 사용하는 경우 추정된 경기순행성은 1998-1997 관측치를 제거한 경우에도 실질적으로나 통계적으로나 유의하게 나타났다. 심지어 고용형태별 근로실태조사 자료의 경우 추정된 실질임금의 경기순행성은 1998-1997을 표본에서 제거할 경우에 오히려 더 커진다. 이는 추세선 제거 방법에 따라 결과가 달라질 수 있음을 의미한다.
외환위기 이후 기간에 대한 실질임금의 경기순행성 분석 결과는 필터 방법에 따라 달라졌다. 이차식으로 추세를 제거하면 이전 시기보다 떨어졌는데, 이는 외환위기 기간의 조정에 의해 이후 실질임금의 경기순행성이 이루어졌음을 의미한다. 하지만 HP 필터를 사용했을 때는 추정된 경기순행성이 외환위기 기간 관측치를 제거해도 비슷하게 나타났다. 즉 추세선 제거 방법에 따라 결과가 달라진 것이다.