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대상판결 1에서 문제가 된 ‘장애인 준강간에 대한 공소시효 배제규정’은 2011. 11. 17. 개정되어 당일부터 시행된 “성폭력범죄의 처벌 등에 관한 특례법” (이하 ‘성폭력처벌법’이라 한다) 제20조 제3항3)으로 신설되었고, 2012. 12. 18. 전부 개정되어 2013. 6. 19.부터 시행된 현행 성폭력처벌법 제21조 제3항으로 되었다. 그런데 2011년 개정 법률은 공소시효 배제에 관한 경과규정을 두지 않았음에 반하여, 2012년 전부 개정된 법률은 부칙 제3조에서 부진정 소급효를 인정하는 경과규정을 두었다. 따라서 피고인이 2006. 5.경 범한 장애인 준강간죄의 공소시효가 행위 당시의 형사소송법 제249조 제1항 제3호에 의하여 7년인지 아니면 범죄 후 신설되었으나 경과규정이 없던 2011년의 성폭력처벌 법에 의해 공소시효가 배제되는 것인지가 쟁점이다. 왜냐하면 2013. 6. 19. 부터 시행된 현행 성폭력처벌법 제21조 제3항 제1호의 공소시효 배제규정은 법 시행 당시 아직 공소시효가 완성되지 아니한 성폭력범죄에 대하여도 적용 한다고 규정하였으므로, 2011년 개정 성폭력처벌법의 공소시효 배제규정이 적용되지 않는다면 피고인이 2006. 5.경 범한 장애인 준강간죄의 공소시효는 2013. 5.경 완성되어 이 사건 공소제기 시점(2014. 2. 12.)에서는 처벌할 수 없기 때문이다.
‘장애인 준강간에 대한 공소시효 배제규정’은 2011/11/17 개정되어 당일부터 시행된 “성폭력범죄의 처벌 등에 관한 특례법”으로 신설, 개정 과정을 거쳤다. 그런데 2011년 개정 법률은 공소시효 배제에 관한 경과규정을 두지 않았음에 반하여, 2012년 전부 개정된 법률은 부칙 제3조에서 부진정 소급효를 인정하는 경과규정을 두었다.