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한편 예산 부족 등으로 인한 보상금의 지급 지연은 또 다른 문제점을 야기하기도 한다. 형사보상의 청구인 또는 변호인이 지급 지연 여부, 지연사유, 지급 예정시기등 진행 상황에 관한 정보를 습득하는 절차가 미흡한 것이다. 국민권익위원회의 실태조사에 따르면, 청구인의 관련 문의에 대해 유관부처 간에 서로 떠넘기기식 답변만 하거나 사전에 아무런 고지 없이 보상 결정금액의 일부만 먼저 입금하는 사례가 발생하기도 하였다. 국민권익위원회의 제도개선 권고에 따라 법무부와 대검찰청은 청구인이 형사사법포털(KICS)에서 진행 상황을 조회할 수 있는 사업을 추진하였으며, 2014년 9월부터 형사사법포털에 ‘형사보상금 지급조회’ 시스템을 구축하여 시행하고 있다.
보상금 지급 지연은 문제를 야기하는데 청구인/변호인이 보상금지급절차 정보에 접근하기 어렵다는 것이다. 법무부와 대검찰정은 청구인 형사보상금 지급조회 시스템을 구축, 2014년 9월부터 운영한다.