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자유학기제에 따른 교육과정 편성·운영의 가장 커다란 쟁점은 교과 활동과 4가지 주요활동(선택 프로그램 활동, 진로탐색 활동, 예술·체육 활동, 동아리 활동, 이하 ‘4가지 주요활동’으로 함)을 어떻게 편성·운영할 것인가 하는 것이다. ‘시범 운영계획’에서는 이와 관련하여 ‘자유학기 운영 모형 적용 예시’를 제시하고 있는데(교육부, 2013a: 6-7), 이들 대부분이 오전에는 교과 활동, 오후에는 4가지 주요 활동으로 편성하는 안으로 제시되어 있다. 그 결과 실제 연구학교의 많은 교육과정 편성·운영도 이러한 형태로 이루어지고 있는 것으로 나타난다. 본 연구의 연구학교 방문 조사에서 확인해 본 결과, 이러한 형태의 교육과정 편성·운영이 그렇게 문제가 되지 않은 학교도 있었지만, 오전에 교과 수업을 일괄적으로 하는 형태에 부담을 느끼고 있는 경우가 많았다. 즉, 오후의 4가지 주요 활동을 위해 교과 수업이 모두 오전에 편성됨으로써 대부분의 교사들이 1∼3교시 또는 1∼4교시의 수업지도를 하는데 부담을 느끼고 있었고, 특히 체육 교사의 경우는 이렇게 편성된 경우 운영에 어려움이 있는 것으로 파악되었다. 또한 이러한 형태의 편성·운영은 교과 활동과 4가지 주요 활동이 이분법적으로 구분되고 있을 뿐만 아니라, 4가지 주요 자유학기 활동을 학교 밖의 체험활동으로 인식하여 운영의 부담을 느끼는 경우도 있는 것으로 파악되었다.
자유학기제를 운영하는 데 있어 교과활동과 4가지 주요활동의 분배가 큰 부분을 차지한다. ‘시범 운영계획’에서 제공한 ‘자유학기 운영 모형 적용 예시’에 따라 많은 학교에서 오전과 오후로 분배하고 있음을 알 수 있다. 본 연구에서는 교과활동을 오전에 치중해 운영하는 이분법적 방식에 어려움을 느끼는 학교가 많으며 특히 체육 교과에서 크게 나타나고 있음을 분석했다. 