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이와 같은 국가인적자원개발이 시작된 초기의 추진체계는 정부부처사이의 협력을 제대로 끌어내지 못하는 한계를 노정하기 시작하였다. 각 부처에 산재한 많은 인적자원 관련 내용들을 모은다고 해서 중복과 사각지대를 분명하게 구분해 내기 어려울 뿐만 아니라, 정책을 총괄하는 곳에서 각 관련 정책에 대한 전문성을 갖춘다는 것은 교육인적자원부의 역량만으로는 한계가 있었기 때문이다. 이러한 한계를 극복하기 위해 2007년에 인적자원개발회의를 국가인적자원위원회로 바꾸고 대통령이 의장을 맡도록 인적자원개발기본법을 개정하였다. 그리고 교육인적자원부의 인적자원정책국을 인적자원정책본부로 격상하여 부처 간정책의 총괄 조정 기능을 강화하려고 하였다.
정부는 국가인적자원개발 초기에 발생한 정부부처 사이의 협력 문제, 정책의 전문성 문제 등의 한계점 극복을 위해 2007년부터 관련 법 개정 및 행정조직의 승격 등 여러 해결책을 내놓았다.