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학교는 예산 지원의 지연으로 인한 학교 운영의 불편함과 네트워크 불안정 등의 디지털교과서 활용 환경 문제로 인한 불편함, 업무 담당자의 변경으로 인한 불편함을 지적하였다. 2014년은 특히 예정된 예산이 매우 늦게 학교로 내려왔기 때문에, 환경을 구축하는 단계에 있는 연구학교는 업무를 추진하지 못하는 기간이 상당히 오랫동안 지속되었고, 환경이 구축된 학교는 학교의 다른 경비를 돌려서 디지털교과서를 사용하는 수업을 할 수 있도록 예산을 사용하고 있었다. 이는 일부 학교에 국한되는 상황이 아니라, 전국적인 현상이었으며, 2014년에만 국한되는 상황도 아닌 듯 했다. 한 연구학교의 연구부장은 ‘제발 돈 좀 주고서 일하라고 했으면 좋겠다’고 볼멘소리를 하면서, 2013년에도 7월에 되어서야 연구학교 운영비가 배당되어 발을 동동 구른 학교들이 상당수 있었다고 전했다(C초등학교, 2014. 5. 28).
환경이 구축된 학교는 다른 경비로 디지털교과서를 사용하는 수업을 진행하였지만 환경이 구축되지 않은 연구학교는 추진을 멈추는 등 학교 예산 지원의 오랜 지연으로 학교 운영과 업무추진에 불편함을 호소하였다.