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그러나 연산가능일반균형 모형은 장점 못지않게 단점도 많이 가지고 있다. 경제주체의 최적화를 반영하는 방정식 및 변수를 설정하는 방법에 따라 분석결과가 크게 달라질 수 있다. 설사 방정식 및 변수를 동일하게 설정하더라도 분석대상 기간의 선택에 따라서도 분석결과를 완전히 달라질 수 있다. 연산가능일반균형 모형을 사용하는 연구자마다 다른 분석결과가 제시하고, 한 명의 연구자가 서로 다른 결과를 도출할 수도 있다. 긍정적 정책효과를 과대추정하거나 부정적 효과가 미미한 것으로 조정할 수도 있다. 따라서 동일한 정책의 효과를 분석한 연구자들끼리 분석결과에 대한 합의 도출이 쉽지 않은 것으로 알려지고 있다.
연산가능일반균형 모형의 단점으로는, 경제주체 최적화 방정식의 결과값 차이, 연산가능일반균형 모형의 다른 결과, 긍정적 효과의 과대추정 또는 부정적 효과의 과소추정이 있다.