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시민사회를 향한 정부의 부정적 인식은 2008년 광우병 촛불시위에서 비롯되었다. 경찰청이 작성한 "2008년 불법 폭력시위 관련 단체 현황" 자료에는 2008년 광우병국민대책회의에 참가한 1840개 단체 전부와 한국진보연대 소속 50개 단체가 불법폭력시위 관련 단체에 포함되어 있다. 또한 참여연대와 민주사회를위한변호사 모임을 비롯한 시민사회단체와 천주교정의구현사제단과 한국YMCA 등 종교단체, 한국기자협회 같은 직능단체까지도 불법폭력시위 관련 단체로 분류하였다. 그러면서 새마을운동중앙회, 바르게살기운동중앙협의회, 한국자유총연맹 등 보수 관변 3단체에 2010년 비영리민간단체지원법에 의한 정부보조금 가운데 80%를 지원하였다.
정부는 2008년 불법 폭력시위 단체를 정리한 자료에 시민사회단체와 직능단체 등 광우병 촛불시위에 참여한 모두를 기록했다. 동시에 보수 단체 세 곳에는 정부보조금의 대부분을 지원했다.