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그런데 이들 법안의 심의 과정에서 교육부와 대안교육기관 관계자들 사이에 큰 갈등이 발생했다. 당초 대안교육기관 관계자들은 등록제에 대하여 대체로 수용하는 분위기였지만, 교육부가 등록을 의무화하는 동시에 등록하지 않는 대안교육 현장들은 강제로 폐쇄한다는 수정안을 제출하면서 분위기가 완전히 반전되었다. 즉, 대안교육연대는 물론 많은 대안교육 기관 현장들이 강력 반발하였고 공개적인 시위와 성명서 등을 통해 교육부를 성토하기에 이르렀다. 그 여파로 19대 국회에서도 김춘진 의원이 대표발의한 법률 제･개정안과 박혜자 의원이 대표발의한 법률안이 모두 제대로 심의되지 못한 채 회기 종료와 함께 폐기되고 말았다.
교육부와 대안교육기관은 등록제 수용에 대해서 갈등이 발생하였는데, 대안교육기관들이 공개적인 시위와 성명서를 제출하여 규탄하였다. 