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4대강 주요지점의 연평균 수질변화 추이를 보면, BOD는 개선되고 있으나, 난분해성 유기물질(COD) 개선효과는 미미하고, 주요 하천의 인농도는 0.5㎎/L이상으로 부영양화 기준(0.02㎎/L)을 초과하고 있다. 1989년 ‘맑은물공급 종합대책’ 이래 하수도 사업에 대한 집중적인 투자의 결과 유기물질 처리 측면에서는 가시적인 성과를 거둔 것으로 볼 수 있다. 하수도의 발전단계를 5단계로 구분할 때, 2세대와 4세대에 걸쳐 있는 상황으로 평가된다. 하수도 역사가 길고 투자가 많이 이루어진 선진국은 4세대에서 5세대로 진입중이나, 우리나라의 하수도는 최근 집중적으로 투자가 이루어지긴 하였으나 선진국들에 비해 역사가 일천해 2세대와 4세대에 걸쳐있는 상황이다. 발전 단계가 이와 같이 혼재되어 있는 이유는 하수처리시설 중심의 투자에 따른 비효율의 문제와 더불어 지역 간 및 처리시설 간 균형적인 고려가 부족했기 때문으로 볼 수 있다. 최근 들어서는 기후변화와 4대강 사업 등 물환경여건의 변화에 따라 녹조, 큰빗이끼벌레 등 수질 및 수생태계를 위협하는 새로운 수질환경 악화 요인도 대두하고 있는 실정이다.
우리나라는 맑은물공급 종합대책을 통해 하수도 사업에 집중적으로 투자하여 최근 유기물질 처리 면에서는 가시적인 성과를 거뒀으나, 하수처리시설 중심의 투자에 따른 비효율 문제와 지역  간 및 처리시설 간의 불균형, 수질환경 악화로 발전단계가 2세대와 4세대에 걸쳐있는 상황이다.