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한편 농어촌상생협력기금의 경우, 해당기금이 본 조세특례에 해당하지만 타 기금과의 성격이 상이하여 본 제도인 대·중소기업 상생협력을 위한 기금출연 시 세액공제 와는 연관성이 낮다고 할 수 있으며, 출연금액도 대·중소기업상생협력기금과 비교할 때 크지 않은 수준으로 파악된다. 특히, 농어촌상생협력기금의 경우, 세액공제로 인한 조세지출 수준은 매우 낮은 것으로 판단되는데 이는 농어촌상생협력기금 대부분이 공공기관에서 출연하고 있고, 공공기관은 공공기관 지방이전으로 인한 대규모의 세액공제를 받는 상태에서 최저한세를 적용으로 인해 상생협력기금 출연에 대한 세액공제를 거의 받지 못하고 있기 때문이다. 향후, 공공기관 지방이전으로 인한 세액공제 적용기간이 경과한 후에는 상생협력기금 출연으로 인한 조세지출이 발생할 것으로 예상되나, 현재 기준으로는 조세지출이 미미한 수준으로 파악되고 있다.
농어촌상생협력기금은 대중소기업 상생협력기금에 비해 적은 금액 수준이고, 세액공제로 인한 조세지출 수준도 낮다. 이 기금 대부분이 공공기관에서 나오고, 상생협력기금 출연에 대한 새액공제를 거의 못 받기 때문이다.