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디지털교과서 개발을 위한 기간이 매우 짧았던 점과 예산의 부족은 두말할 필요도 없다. 국정인 초등학교 사회, 과학 디지털교과서는 1종당 1.43억 원의 예산이 배당되었다. 중학교 사회와 과학은 아직 디지털교과서 가격이 산정되지 못한 상황이다. 실제 개발에 소요된 비용의 정확한 정산과 전송료 산정 등이 완료되지 않았기 때문이다. 출판사들은 디지털교과서를 통해 수익이 창출될 수 있는 구조가 마련되지 않은 채 개발이 이루어졌기 때문에 충분한 예산을 투입하는 데 주저할 수밖에 없으며, 면담 결과 디지털교과서를 통한 수익 창출 가능성에 대해서도 매우 회의적인 반응을 보였다(디지털교과서 개발자 심층 면담, 2014. 10. 8, M 출판사 담당자, B 출판사 담당자, D 출판사 담당자). 출판사 관계자들은 짧은 개발 기간과 적은 예산에도 불구하고 현재 수준의 디지털교과서가 나오게 된 것은 거의 기적에 가까운 일이라며 당시의 어려움을 회고했다. 또 한편으로는 여러 가지 어려움이 있었더라도, 교과서 개발 전문가로서 본인들이 바람직하다고 생각하는 이상적인 디지털교과서를 개발하지 못한 점을 매우 아쉬워하기도 하였다.
디지털 교과서 개발 기간이 짧고 예산이 부족하여, 출판사들은 디지털 교과서 개발의 수익창출에 회의적이었음에도 현재 수준으로 나온 것을 기적이라고 회고하며, 본인들이 생각하는 이상적인 디지털 교과서를 개발하지 못한 점은 아쉬워했다.