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규제비용관리제의 효과성을 측정하는 방법은 실제 기업에 대한 규제부담이 어느 정도 완화되었는지를 살펴보는 게 가장 직접적이고 확실한 방법일 것이다. 규제비용관리제는 다양한 피규제자들 중에서 특히 기업, 소상공인 등의 경제활동과 관련되어 비용을 발생시키는 규제가 신설･강화되는 경우 발생한 비용만큼 기존규제를 폐지･완화하여야 하는 원칙을 구현하는 제도이기 때문이다. 따라서 규제비용관리제가 도입되기 이전과 이후로 구분하여 실제 기업 및 소상공인의 규제부담 전체를 측정하여 그 변화추이를 비교분석하면 규제비용관리제의 도입으로 실제 규제부담이 감소하였는지 여부를 측정할 수 있다. 실제 규제부담의 양적 감소와 기업･소상공인의 규제개선 체감도를 조사하는 것도 효과성 평가의 한 방법이 될 수 있는데, 기업･소상공인들의 규제체감도가 제도 도입 전･후로 유의미한 차이를 나타낸다면 규제비용관리제를 통한 기업･소상공인의 규제부담완화목표는 달성되었다고 볼 수 있을 것이다.
규제비용관리제의 효과성을 측정할 때는 실제 기업에 대한 규제부담 전체를 측정하여 변화추이를 비교분석하는것이 가장 확실하다. 실제 규제부담의 양적 감소와 기업･소상공인의 규제개선 체감도를 조사하는 것도 효과성 평가의 한 방법이 될 수 있다.