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저작권법에서는 프로그램 저작물도 그 보호대상이 되고 있다(일본 저작권법 제10조 제1항 제9호). 저작권법에서의 저작물은 ‘사상 도는 감정을 창작적으로 표현한 것’으로 문예, 학술, 미술 또는 음악의 범위에 속하는 것(동법 제2조 제1항 제1호)이므로, 저작권법상 보호되는 프로그램은 표현으로서의 프로그램이며, 구체적으로 표현된 개개의 프로그램에 대하여 저작권이 성립한다. 한편, 특허법에서의 보호대상인 발명은 ‘자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작 중 고도한 것’(특허법 제2조 제1항)이므로, 특허법상 보호되는 프로그램은 청구항의 기재에 의해 특정되는 기술적 사상으로서의 프로그램이다. 따라서 청구항에 기재된 모든 구성요소를 충족하는 프로그램이라면, 그 구체적 실현과는 관계없이 특허권의 효력이 미치게 된다.
저작권법이 보호하는 프로그램은 표현으로서의 프로그램이며,  특허법상 프로그램은 청구항의 기재로 특정되는 기술적 사상이다. 따라서 청구항에 기재된 모든 구성요소를 충족하는 프로그램은 특허권의 효력이 미친다.