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따라서 일본의 경우 테러자금조달억제와 관련하여서는 그 두 가지 구성요소인 테러리스트 및 그 관계단체의 지정과 자금동결조치는 각각 별도의 차원에서 이루어지고 있다. 즉 테러리스트 및 그 관계단체의 지정은 그 동안 정보보 유기관의 협력없이 그 지정에 있어 어려움을 겪은 재무성 및 경제산업성이 외무성, 법무성, 경찰청 등의 정보보유기관의 협력 아래 테러리스트 및 그 관계 단체를 원활하게 지정하기 위하여 “외국환관리및외국무역법” 제10조에 의하여 설치된 “테러리스트 등에 대한 자금동결 등과 관련된 관계성청 연락회의”에서 지정하도록 하고 있기 때문에 관계성청 간의 정보교환 등 긴밀한 업무협조가 이루어지고 있으며, 이렇게 지정된 테러리스트나 그 관계단체에 대하여는 재무대신이 “외국환관리및외국무역법”의 규정에 의한 자금동결 등의 조치(지불 등 및 자본거래에 관한 허가제도)를 취하도록 되어 있는 구조라 할 수 있다.
일본의 테러자금조달억제의 구성인 '테러리스트 및 그 관계단체 지정'과 '자금동결조치'는  개별적으로 처리된다. 전자의 경우 외국환관리및외국무역법 제 10조를 통해 생성된 관계성청을 통하고, 후자는 같은 법에 명시된 규정에 의해 조치되어진다.