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실제 특허권자의 권리행사는 특허법이 정하는 정당한 절차이기 때문에 이를 문제삼을 수 없으나, 그 행사의 방법이 적절한 지에 대해서는 논란이 작지 않다. 먼저 금지청구권 행사에 대해 살펴본다. 컴퓨터 관련 발명의 개발자가 선의의 창작자인 경우에는 통상실시권을 허여하자는 주장이 있다. 특허제도가 강력한 점은 선의의 발명자에 대해서도 동일 유사한 발명에 대해서는 특허권의 침해를 인정한다는 것이나, 특허법의 발명의 장려를 목적으로 한다는 점에서 일방적인 권리부여 방식은 합리성을 갖는다고 보기 어렵다. 물론 제도적 보완으로서 선사용권을 부여하고 있지만, 이는 제한적일 수밖에 없다. 따라서 후발 발명자의 고의성이 없는 침해에 대해서는 금지청구권의 행사에 대해 엄격한 요건을 부여하도록 하는 것이 산업정책적으로 타당하다. 이처럼 금지청구권의 요건을 강화하는 것은 기술 발전을 의도하는 특허법의 목적과도 다르지 않다. 아울러 권리행사에 있어서 엄격한 요건을 두도록 하는 방안이다. 대표적으로 권리남용에 대한 논의이다. 현행 특허법은 1963년 특허법과 비교할 때, 권리남용이나 강제실시에 관한 규정이 없다. 대신 제정제도를 두고 있으나, 제정제도가 남용의 입법취지를 승계하고 있다고 하더라도, 실제 이용에 한계가 있으므로 이에 대한 대비가 필요하다.
기술 발전을 의도하는 특허법의 목적에 따라 컴퓨터 관련 발명의 개발자가 선의의 창작자인 경우 특허권자의 금지청구권의 행사에 대해 엄격한 요건을 부여하도록 하는 것이 산업정책적으로 타당하다고 할 수 있다.