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제도의 수혜대상 입장에서, 본 제도는 수입부과금 환급제도와 비교할 때 두 가지 측면에서 불리하다. 수입부과금 환급제도의 혜택은 본 제도의 세액공제 혜택과 비교할 때 그 혜택이 상대적으로 여전히 큰 상황이므로 기업 측에서는 환급제도와 세액 공제 제도 간 유불리를 따져 행태를 바꿀 가능성이 크다.  첫째, 본 제도는 국내외 영업환경이 좋아서 대규모 영업이익 흑자를 기록할 때에는 큰 혜택을 얻을 수 있으나 반대의 경우에는 실질적인 효과가 매우 작거나 거의 없다. 하지만 환급제도는 예측 가능한 혜택을 즉각적으로 받아갈 수 있다.  둘째, 본 제도와 수입부과금 환급제도 모두에서 혜택 규모가 축소되고 있으나, 환급제도의 경우에는 세액공제에 비해서 여전히 혜택 규모가 큰 편이다. 그 결과, 기업 입장에서는 내수물량 중 일부를 전자상거래시장을 통해 거래함으로써 리터당 혜택 수준이 높은 수입부과금 환급을 먼저 받은 뒤, 시차를 두고 영업환경에 따라 세액공제 혜택을 최대로 받으려고 노력하는 것이 최적의 행태가 된다.
세액공제는 수입부과금 환급제도와 비교해서 수혜자에게 불리하다. 대규모 영업이익 흑자를 얻을 때에만 한정해 혜택을 기대할 수 있고, 축소중인 세액공제보다 환급제도의 혜택이 더 크기 때문이다. 따라서 수입부과금 환급 혜택 이후 세액공제 혜택을 받도록 거래하는 것이 유리하다.