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아동 및 청소년을 대상으로 하는 연구에서의 연구윤리 위반행위는 위에서 살핀 세 가지 차원의 문제점뿐만 아니라 보다 심각한 부작용을 초래할 수 있다. 부적절한 연구과정을 통해 미성년자인 연구대상자가 심리적, 육체적, 사회적 피해를 직․간접적으로 받을 수 있다는 점이 그것이다. 인지발달학적 측면에서 자율적이고 성숙한 판단능력이 아직 갖춰지지 않은 아동․청소 년을 대상으로 하는 연구는 일반 성인을 대상으로 할 때보다 더욱 신중히 이뤄져야 한다. 아동․청소년들에게 궁극적인 이익이 기대되는 연구라 할지라도, 연구에 참여한 아동․청소년의 권리가 침해된다면 그 연구는 결코 정당화될 수 없는 것이다(한국아동권리학회, 2005). 한국청소 년정책연구원 원장을 지낸 이재연 교수는 연구에 참여하는 아동․청소년들이 자신의 권리를 제대로 인지하지 못하고 자신의 권리를 보호할 기회조차 부여받지 못하는 한국 연구풍토의 현 상황을 지적하며, 연구대상자의 권리보호에 대해 다음과 같이 권고한다.
미성년자를 대상으로 하는 연구는 연구 대상자에게 심각한 부작용이 있을 수 있다. 이들에 대한 연구는 성인을 대상으로 한 연구보다 신중히 이뤄져야 한다. 아동 청소년들의 권리를 침해하는 연구는 정당화 할 수 없다.  이들의 권리 보호에 힘써야 한다.