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이 제도는 기능상 피의자・피고인의 기소 협력과 검사의 관대한 처분과의 협상이지만, 법적 구조는 피의자 ・ 피고인 그리고 검사가 사건처리와 증거수집의 방법에 관하여 협의 ・ 합의하고, 상호 합의에 따라 행동하는 것이다. 기소 협력에 응하는 것은 원래 피의자 ・ 피고인의 자유이고, 검사도 본래 권한에 포함되어 있는 권한을 행사하는 것에 지나지 않는다. 그러나 피의자 ・ 피고인 그리고 검사는 명확한 협의와 합의에 따라 행동을 실행한다는 점에서 특색이 있다. 수사・공판협력형 협의・합의제도는 진술을 얻는 것과 교환으로 피의자・ 피고인에 대한 처벌을 단념하거나 완화한다는 점에서 형사면책제도와 공통의 성질을 갖고 있다. 그러나 수사・공판협력형 협의・합의제도는 어디까지나 진술을 하도록 동기를 부여하는 수단에 그치고, 이를 검토한 다음 진술을 할지 여부는 피의자 ・ 피고인의 판단에 위임되어 있는 반면 형사면책제도는 증인에게 면책을 주고 일방적으로 증언 명령을 한다는 점에서 다르다.
수사·공판협력형 협의·합의제도는 진술과 처벌완화를 교환한다는 면에서 형사면책제도와 공통점이 있지만, 이 협의·합의제도는 진술을 할지 여부가 피의자 피고인의 판단에 위임된 반면, 형사 면책제도는 면책을 주고 증언 명령을 한다는 점에서 다르다.