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하부조직으로 육상과 해상재난을 통합 관리하기 위해 소방방재청과 해양경찰청을 통합하여‘중앙소방본부(소방총감)’와 ‘해양경비안전본부(치안총감)’를 설치하였다. 중앙소방 본부장과 해양경비 안전본부장은 차관과 대등한 위치에서 장관을 보좌하여 소관 사무를 처리하고 소속 공무원을 지휘·감독하며, 장관의 지휘 아래 인사와 예산상의 독자성을 갖도록 하였다. 그리고 안전행정부의 안전관리 기능과 소방방재청의 방재 기능을 이관받아 ‘안전정책실’과 ‘재난관리실’을 설치하여 각종 재난의 예방-대비-대응-복구 전 과정을 통합 관리하도록 하였으며, ‘특수재난실’을 신설하여 항공·에너지·화학·가스·통신 인프라 등 분야별 특수재난에 대응하도록 하였다.
소방청과 해양경찰청을 통합하여 소방총감 및 치안총감을 설치하였다. 안전정책실과 재난관리실을 만들어 재난을 관리할 수 있게 하였고 특수재난실에서 분야별 특수재난을 관리할 수 있게 하였다. 