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공공토론기구의 공공토론 대상사업은 의무적 검토 대상사업과 기타 검토 대상사업으로 구분하여 선택과 집중을 할 필요가 있다. 검토 대상사업 결정 기준은 총사업비 규모, 사회적 파급효과나 국민의 관심사 등을 고려하여 정할 필요가 있다. 이와관련 김동완의원 대표발의 ｢국가공론위원회법안｣(2012. 8. 29.)에서는 총사업비 규모가 5,000억원 이상인 국가, 지방자치단체, 공공기관의 사업을 의무적 공공토론 대상으로 제시하고 있다. 다만, 5,000억원 미만 사업이라 할지라도 갈등발생이 예견되는 분야, 즉, 원자력, 송전선, 고속도로, 고속철도, 대규모 댐과 터널 등의 특정 사업분야는 분야별로 공공토론 실시대상 사업비와 규모 기준을 정할 필요가 있다.
공공토론기구의 공공토론 대상사업결정은  정부와 국민의 다양한 의견을 수렴하여 결정해야한다. 국가법안이 제시한 대상을 포함 특정사업분야별로 모순되거나 충돌되지 않는 범위내 기준을 정할 필요가 있다.