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무상 정책 도입에 따라 돌봄교실 이용학생은 증가하는 반면, 돌봄교실 운영 및 프로그램 운영에 필요한 비용은 충분히 확보되지 못하여 돌봄교실의 프로그램이 부실하게 운영될 가능성이 높아졌다. 실제로 돌봄교실 현장에서도 프로그램의 부실함이 지적되어 교육부가 학교별로 돌봄교실과 방과후학교 프로그램을 연계하는 등 1개 이상의 무상프로그램을 제공하도록 권장하고35), 2014년 2학기부터 16명 이상이 이용하는 돌봄교실 9,284개실에 프로그램 운영을 위한 재료비 등으로 특별교부금 95억원을 추가 지원하기도 하였다.36) 국회예산정책처가 실시한 방과후돌봄서비스 종사자 인터뷰37)에서도 재료비나 체험을 위한 도구, 물품들이 부족하여 어려움이 발생하고 있다는 의견이 제시되었다.
돌봄교실 무상화에 따라 이용학생 증가에 따른 재원 확보는 충분치 않아서 프로그램이 부실화의 우려가 높아졌고 실제 국회예산처의 돌봄서비스 종사자 인터뷰에서도 예산 부족 문제가 지적되었다.