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공인인증서에 대한 비판은 현재 공인인증서 발급을 위해 공인 인증 기관이 사용하고 있는 기술에 대한 비판과, 전자 금융 거래에 공인인증서 강제를 통해 특정 기술을 강제한 것에 대한 비판으로 나뉠 수 있다. 현행 공인인증서 발급에 사용되는 기술에 대한 비판은 보안에 극도로 취약한 액티브엑스 기반이라는 점과 공인인증서가 특정 폴더에 저장돼 유출이 쉽다는 점에 집중되고 있다. 또 전자 금융 거래에 공인인증서 강제를 통해 특정 기술을 강제한 것에 대한 비판은 특정 기관에 공인인증서 발급에 대한 독점력을 주어 새로운 기술의 발전을 막고, 새로운 시장의 발전을 저해한다는 것이다. 최상위 인증기관인 한국인터넷진흥원 전자서명인증관리센터에서 발급하는 공인인증서는 액티브엑스 기반의 PKI 방식에 의존하는 기술에서 크게 진보하지 못하고 있다.
현재 공인인증서 발급에 사용되는 액티브엑스 등의 기술에 대한 비판과, 전자 금융 거래에 공인인증서 강제를 통해 특정 기술을 강제해 새로운 기술과 시장의 발전을 막는다는 비판이 제기되고 있다.