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프로그램 예산제도는 예산을 프로그램 중심으로 관리함으로써 투입되는 예산이 무엇에 사용되는지를 쉽게 알 수 있도록 해주고, 투입되는 비용 대비 성과의 파악을 보다 용이하게 함으로써 투입비용 대비 성과가 높은 곳에 재원이 배분되도록 도와주는 효과를 가져올 수 있다. 과거의 품목별 예산체계는 예산사업이 지나치게 세분화되고 비목이 복잡하여 성과평가가 곤란하고 효과성 및 책임성이 결여된다는 문제점이 있었기 때문에 프로그램 예산제도는 예산의 기본구조를 정책기능 중심으로 새롭게 체계화한 것이다. 프로그램 예산제도는 기존의 품목별 예산제도에 비하여 일반인이 쉽게 이해할 수 있도록 예산이 편성됨으로써 재정전문가와 일반 국민의 관심을 유도할 수 있는 장점이 있어 예산의 용도에 대한 감시가 보다 용이할 것으로 예상된다. Kong(2005)도 지적하듯이 “전문 연구자들이 언론(media)과 함께 정부성과를 비교하는 일에 관여하면, 성과중심 관리와 예산은 시민의 관심을 사로잡게 될 것이다”.
프로그램 예산제도는 품목별 예산체계와 달리 프로그램 중심으로 예산관리해 투입비용 대비 높은 성과에 재원을 배분하고 재정전문가와 국민의 관심을 유도해 감시가 쉽다. Kong도 전문연구자들의 관여로 시민들이 성과중심 관리와 예산에 관심을 갖는다고 주장했다.