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자유무역 시대의 도래로 외국 농산물의 수입이 불가피한 상황에서 민간이 사업을 수행할 경우 무분별한 저가 농산물의 반입 가능성이 높다. 이는 곧 국내 생산기반의 붕괴를 의미하는 것이다. aT는 WTO 협상에 따라 시장접근물량(TRQ, Traffic Rate Quotas)을 수입관리하는 국가기관으로 지정되었다. TRQ제도는 농산물의 관세화 개방으로부터 국내 농업을 보호하기 위한 것으로, 국내 시장에 영향이 큰 주요농산물에 대해 일정 물량 만큼만을 저율관세로 수입하고 이를 공공기관인 aT가 관리하여 시장교란을 최소화하는 사업이다.
aT는 자유무역 협상의 단점(무분별한 저가 농식품의 수입)을 대비하기 위해 WTO에 따른 시장접근물량의 수입관리를 맡아 시장교란을 최소화했다.