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통상 구속력 있는 유권해석이란 법원에 의한 사법해석을 의미하는 것으로 본다. 따라서 일반인이나 행정기관의 질의에 의한 행정해석 뿐만 아니라 정부유권해석도 그 내용과 다른 사법해석이 나올 경우 그 효력이 부인될 수밖에 없다. 또한 정부유권해석을 다른 행정기관이 따르지 아니할 경우에도 이를 강제할 수 있는 법적 수단이 있는 것도 아니다. 그러나 정부유권해석은 정부 견해의 통일과 행정운영의 일관성을 위한 기준을 제시한다는 의미에서 이에 위반될 경우 잘못된 법령집행으로 인한 징계나 감사원의 감사 등을 통해 책임을 묻게 될 수 있으므로 법령집행업무를 수행하는 행정기관에 대한 사실상의 구속력을 가진다고 할 수 있다. 즉 정부유권해석이 대통령이나 국무총리의 행정각부에 대한 지휘･감독권에서 발현되는 것이므로 감사원과 상급 행정기관은 정부유권해석과 다르게 법령집행업무를 수행하는 공무원에 대한 징계를 요청할 수 있고, 또한, 모든 법령에 대한 법제심사 및 행정 심판 등을 통해 법령에 대한 전문성을 갖춘 국무총리소속기관인 법제처의 법령해석에 대해 그 해석을 뒤집을 만한 명확한 논리도 없이 그에 따르지 않고 공무원이 자기책임 하에 법령집행을 하는 것은 불가능하다고 할 것이므로 정부유권해석은 현실적인 구속력을 갖게 된다. 예컨대, 민원인과 행정청간에 의견이 엇갈리는 경우 법제처가 정부유권해석을 통해 민원인의 손을 들어 주게 되면 행정청은 그 유권해석에 따라야 하고, 민원인은 자신이 원하는 바를 달성했기 때문에 행정심판이나 행정소송을 제기할 필요성이 없어진다. 이 경우 정부유권해석이 최종적 법령해석으로 받아들여지게 되는 것이므로, 결국 분쟁해결 및 국민의 권익구제를 위한 법령에 대한 최종적 유권해석이라는 법원의 기능을 정부유권해석이 대신하게 된다는 것이다.
통상적으로는 법원에 의한 사법해석만을 구속력 있는 유권해석으로 받아들인다. 그러나 정부유권해석은 예외적으로 행정기관에 대해서는 현실적인 구속력을 지니게 된다. 예컨대 예컨대, 민원인과 행정청의 의견이 다른 경우 정부유권해석이 민원인의 손을 든다면 행정청은 그 유권해석에 따라야 하고, 민원인은 행정심판이나 행정소송을 제기하지 않아도 된다. 이는 정부유권해석이 최종적 법령해석이 되는 것이므로 결론적으로 법원의 기능을 정부유권해석이 대신할 수 있다는 것이다. 