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2006년에 시작된 ‘기업 지식재산활동 조사’는 연구개발을 활발히 수행하는 국내 기업(기준연도에 1건 이상의 특허 또는 실용신안을 출원)을 대상으로 시행되었다. 기업을 대상으로 한 것은 조사 시행 당시 내국인 특허출원을 기업이 주도하고 한데 반해(특허청, 2005), 지식재산 부분에서 대학이나 공공연구기관에 비해 기업을 대상으로 한 조사 통계가 상대적으로 많지 않았기 때문이었다. 또한 특허 또는 실용신안 출원 수를 기준으로 한 것은 특허출원 건수가 연구개발비 규모와 밀접한 관계가 있기 때문에 출원 규모에 따라 조사대상 기업을 선정하는 것이 기업의 전반적인 지식재산활동 현황을 이해하는데 효과적이라고 판단하였기 때문이다.
‘기업 지식재산활동 조사’는 국내 기업을 대상으로 시행되었다. 기업을 대상으로 한 이유는 내국인 특허출원을 기업이 주도했지만 기업 대상의 조사통계가 상대적으로 적었기 때문이다.