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결제리스크가 있는 모든 차액결제시스템(CD, 타행환, CMS, 은행지로, 직불카드, 지방은행공동망 및 어음교환)과 자금조정거래를 대상으로 참가기관으로부터 일정금액의 유동성이 높은 유가증권을 사전에 담보로 받아 두었다가 결제불이행사태 발생시 담보증권을 처분하거나 한국은행 대출담보로 사용하여 결제자금을 확보하게 된다. 유동성 확보 및 담보관리 문제 등을 고려하여 적격담보증권은 통화안정증권 및 국공채로 한정하고 있으며, 담보징구비율은 순채무한도 적용대상 시스템에 대하여는 순채무한도의 10%, 여타 차액결제시스템에 대하여는 전반기중 일평균 교환부금액의 30%로 설정되어 있다. 2000년 5월말 현재 금융기관의 납입담보 총규모는 약 3조 5천억원 수준으로 이는 최대 교환부 기관의 결제불이행시에도 여타 금융기관의 공동분담에 의하여 차액결제가 종료될 수 있는 수준이다.
모든 차액결제시스템과 자금조정거래를 대상으로 결제불이행사태 발생시 결제자금을 확보하게 된다.