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많은 공공갈등에서처럼 제주해군기지 건설갈등의 경우도 정책참여자들 간의 정보불균형이 불신과 갈등을 가져오는 주요요인이 되었다. 군기지 등 군사시설이나 특히 비선호시설 입지가 이루어지는 경우 입지지역의 생태환경적 변화, 지역사회의 공동체 변화, 인근 마을지역의 삶의 방식 변화, 문화재 훼손가능성, 지역발전정도, 주변국가간의 역학관계 등 다양한 측면에 대한 사실조사가 이루어져야 할 것이다. 사실조사는 객관성과 중립성을 확보하기 위한 합리적 절차를 통해서 심각한 대립을 하고 있는 이해당사자들이 참여하는 공동사실조사(joint fact-finding) 형태를 가질 필요가 있다. 환경영향평가나 갈등영향분석 과정에서도 대표성을 가진 시민참여가 중요하며, 이들이 전문적 평가나 분석과정을 이해할 수 있도록 하는 프로그램운영도 필요한 것으로 보인다.
제주해군기지 건설갈등은 정책참여자들 간의 정보불균형으로 인한 것이므로, 대립중인 이해당사자들이 참여하는 공동조사형태로서의 다양한 측면에 대한 사실조사가 필요하며, 시민참여, 분석 이해를 돕는 프로그램운영 등이 필요하다.