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둘째, 마그넷 스쿨은 당시 미국 공립학교에 대한 대안교육운동을 배경으로 하고 있다. 1960년대부터 획일적 또는 관료제적 공립학교 운영에 대한 불신으로 인해 시작한 대안적 학교운동으로, 독특한 교육과정 및 교수학습방법을 도입한 다양한 형태의 실험학교들이 자발적으로 발생하게 되었다. 학생 스스로 학습목표와 학습내용 및 방법을 결정하는 자유학교(free), 교실디자인을 개방한 열린 학교, 그리고 몬테소리학교 등이 대안사립학교 형태로 등장했다. 대안적 교수학습법의 하나로 제기된 방법이 학생 개인의 흥미 및 소질에 따른 맞춤형 교육을 제공하는 개별화 교육운동이었다.
공립학교의 불신으로 시작한 대안학교는 독특한 교육과정과 교수학습방법을 도입하였다. 대안적 교수학습법은 학생 개인의 흥미와 소질에 따른 맞춤형 교육을 제공하는 학습법이다.