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첫째, 의료기관은 형식적으로 1, 2, 3차로 구분해 놓았지만 각 의료기관 종별 기능이 명확치 않다(보건복지부, 2011c: 4). 또한 환자가 의료기관을 이용하는 경우에는 1단계와 2단계 진료로만 구분되어 2차 의료기관으로서는 1차 의료기관과의 차별적 전략을 수립하기 어려워 상위 의료기관으로서의 역할을 수행하기 어려운 실정이다. 더욱이 3차 의료기관에서 받는 2단계 진료는 1, 2차 의료기관에서 발급한 요양급여의뢰서가 없으면 원칙적으로 받을 수 없지만 실제로는 그렇지 않다. 예를 들면 3차 의료기관 종사자가 자신이 속한 기관에서 진료를 받을 경우, 3차 의료기관에서 응급진료를 받는 경우, 분만을 하는 경우, 혈우병 진료를 받는 경우가 예외사항이다. 특히 치과, 재활의학과, 가정의학과에서의 진료는 3차 의료기관의 외래진료 증가에 큰 역할을 하고 있는 것으로 지적되고 있다.
형식적으로 의료기관은 1,2,3차로 구분해 놓았지만, 각 기관별 차별적 전략 수립의 어려움과 원칙과 실제의 차이 등으로 인해 각 의료기관 종별 기능이 명확하지 않다.