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2003년 5월 국가인권위원회는 교무·학사, 입·전학, 보건 등 3개 개인정보 영역과 교원 개인정보 27개 항목을 교육행정정보시스템에서 제외하라는 권고안을 발표했다. 총리 직속 교육행정정보화위원회가 새로 구성된 것이 바로 이 시점이었다. 전국교직원노동조합의 교육행정정보시스템 입력 거부, 학생부 CD 제작·배포 논란 등 진통 속에 교육행정정보화위원회는 수차례 회의를 거듭했다. 논란의 핵심은 서버를 어디에 몇 대 구축하느냐였다. 전국교직원노동조합은 3,000대 정도의 서버를 구축하자는 의견이었지만 당시 구축된 서버는 16대밖에 없었다. 서버를 무작정 늘리기엔 비용도 엄청나게 들 수밖에 없었다. 나중에는 800대 정도로 서버를 줄이는 것으로 논의가 진전됐다.
2003년 5월 국가인권위원회는 교육행정정보시스템에서 3개 영역과 27개 항목 제외를 권고했고, 교육행정정보화위원회는 전국교직원노동조합의 요구보다 줄어든 약 800대의 서버를 구축하기로 했다.