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미이수 교과 및 미개설 선택교과 온라인수업의 운영은 교육부-시 도교육청-교육연구기관 간 협의를 통해 결정된 온라인수업 사업실행계획에 따라서 각 시 도교육청이 산하 학교로부터 온라인수업 신청을 받는 것으로 시작한다. 각 학교에서는 온라인수업 참여가 필요하거나 희망하는 학생과 신청 과목을 조사하여 해당 시 도교육청으로 보내고, 시 도교육청은 산하 학교로부터의 신청 학생 및 과목을 취합하여 온라인수업 콘텐츠 및 시스템 운영 기관인 한국교육개발원으로 보내게된다. 한국교육개발원은 시 도교육청별 신청 내용에 따라 방송고 사이버교육시스템에 신청 학생 등록 및 과목 개설을 하여 학생들이 온라인수업을 수강할 수 있도록 한다. 고등학교 미이수 교과 및 미개설 선택교과 온라인수업의 전체적인 운영 절차를 보여주고 있다.
온라인수업은 시 도교육청에 신청해야 한다. 학교에서는 희망하는 학생과 신청 과목을 시 도교육청을 통해 한국교육개발원으로 보낸다. 한국교육개발원은 과목을 개설하여 신청 학생들이 온라인수업을 수강할수 있게한다.