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지방자치단체 부정부패의 원인에 대한 검토내용과 부패실태 자료를 보면 예산집행분야, 건설⋅건축 분야 및 인⋅허가 업무 등과 관련하여 많이 발생하는 것으로 나타나고 있다. 전 장의 지자체 부정부패 사례 분석 결과에서 보았듯이 예산집행과정에서 회계부정과 토호세력과 유착된 이권개입 등이 비리의 주된 요인이 되고 있는 것처럼 지자체는 많은 재정을 집행하면서도 회계 처리 기준 등 제도적 장치 미흡 및 절차의 미이행으로 아직도 많은 회계 비리가 발생하고 있다. 또한 각종 사업과 관련하여 지방자치단체의 인⋅허가를 받아야 하는 사항이 너무 많고 그 절차가 지나치게 까다롭기 때문에 민원인 입장에서는 절차가 복잡할수록 많은 시간과 비용이 소요되며, 이를 회피하고자 그만큼 부정이 개입될 소지가 많다. 다시 말해서 엄격한 규제와 제도미비는 담당공무원의 재량권 남용과 뇌물수수로 이어지기 쉽다는 것이다.
지방자치단체 부정부패는 예산집행분야 등과 관련해 주로 발생한다. 복잡한 절차에 따른 많은 시간과 비용을 피하고자 부정이 개입되고, 또한 제도의 미비로 인해 공무원의 재량권 남용과 뇌물수수가 쉽게 나타나는 것이다.