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한편, 작년부터 국가재정운용계획에는 과세기반 확대에 핵심적인 중기 세제개편 방향을 포함하고 있다. 중기 세제개편방안은 장기적인 세제의 미래 모습을 설정하였다는 점에서 긍정적이나, 중기 개편방향이 당해 연도 세제개편안과의 큰 연계성을 가지고 있지 않다는 한계가 있다. 당해 연도 세제개편안은 장기적 세제개편 원칙과는 상관이 없이 매년 일몰이 도래하는 비과세 · 감면 항목의 폐지여부, 당해연도 이슈가 된 문제를 해결하기 위한 세제상의 대응방안 등을 위주로 나열식으로 제시되고 있을 뿐이다. 이러한 단편적인 세제개편은 서로 다른 목표의 충돌, 목표달성을 위한 부적합한 수단의 선정 등의 문제를 야기할 수 있다.
과세기반 확대를 위해 중기 세제개편 방향을 포함하고 있는데 이는 장기적 모델이라는 장점과 동시에 연도 세재개편안과 연계성이 떨어지는 한계가 있어 목표 설정 등의 문제를 야기한다.