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감사원과 검찰은 국가사정기관으로서 기능과 역할 면에서 상호 보완 내지 협력하여야 할 부분이 많다. 감사원은 헌법기관으로서 국가회계검사와 공무원에 대한 직무감찰을 통하여 국가예산의 집행효율성 및 적정성을 제고하는 데 있으나, 감사활동 과정에 범죄혐의가 있다고 판단되는 사항에 대하여는 감사위원회의 의결 등 엄격한 절차를 거쳐 검찰에 고발 또는 수사를 요청하고 있다. 이러한 범죄수사의 단서 제공은 개별범죄로서 일회성에 그치는 경우도 있지만, 사건내용에 따라서는 유형화하여 근본적인 범죄내용을 파헤쳐 발본색원할 내용도 있을 것이다. 즉 감사원의 고발은 감사과정에 범죄혐의의 상당성을 검토하고 감사위원회의 의결 등 신중한 검토를 거쳐 하는 것이므로 수사를 통하여 감사과정에 밝혀내지 못한 부분까지 더 철저히 파헤쳐 적어도 국가 또는 지방자치단체 등 공공기관을 대상으로 하는 범죄행위가 엄격하게 단죄되어야 한다는 의미가 있다고 할 수 있다. 그럼에도 불구하고 감사원 고발 처리와 관련해서는 감사원과 검사의 업무처리 방식, 업무환경과 조직문화 등에 기인한 입장 차이 등으로 처리방향 및 결과에서 상당한 간극이 존재하는 것이 사실이다. 본 논문은 사건처리현황을 토대로 간극의 원인을 규명하고 감사원 고발제도의 내실화 방안으로 감사과정상 범죄구성요건을 충족할 수 있는 증거서류의 확보 강구, 감사관에 대한 범죄구성요건 등 수사절차의 이해와 교육, 감사원 고발사건에 대한 검사의 특별관리방안의 제도화를 제시하였다.
감사원과 검찰은 국가사정기관이다. 감사원은 헌법기관으로 국가예산의 집행효용성과 적정성을 제고하고 범죄혐의 판단시 검찰에 고발, 수사를 요청한다.  감사원 고발과 관련해 감사원과 검사의 업무처리 방법, 업무환경과 조직문화 등에서 비롯된 입장 차이 등으로 처리방법과 결과에서 큰 틈을 보이는 것이 사실이다. 이에 감사원 고발 사건에 대한 검사의 특별관리방안의 정책화를 제안하였다.