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국가인적자원위원회 체제의 확립에는 국무총리실과 교육인적자원부, 교육인적자원부와 관계부처 등 정책 입안을 둘러싼 세력 간의 논쟁적 전환이 있었다. 국무총리실 인적자원개발･연구개발 기획단과 교육인적자원부의 쟁점은 인적자원정책본부의 조정 및 평가의 범위와 업무 수행 절차에 있었는데 2005년 5월 13일 총리 주재 관계 장관회의에서 인적자원정책본부가 집행 기능은 없이 기획･조정･평가에만 충실한 기구가 되도록 위상과 역할을 정립하고 인력 충원의 방법도 이 자리에서 합의하였다. 관계부처 간 쟁점 가운데 인적자원개발과 연구개발의 중복분야인 과학기술인력 양성은 두 위원회 간의 협의를 통한 조정과 대통령에게 절차를 위임하는 것으로 하였고, 인력수급 전망은 노동부와의 절충 끝에 인력수요 전망은 한국고용정보원이 수행하고, 인력공급 전망은 한국직업능력개발원이 맡는 식으로 배분하였다.
인적자원정책본부가 기획, 조정, 평가에만 충실하도록 역할을 정립하였다. 인적자원개발과 과학기술인력 양성은 두 위원회 간의 협의를 통해 조정하고, 인력수요 전망은 한국고용정보원이, 인력공급 전망은 한국직업능력개발원이 맡기로 하였다.