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그러나 이와 같은 자체평가 중심의 통합평가제도 구축은 현재까지 자체평가의 관대화 등의 문제가 지속되고 있다는 점을 고려할 때 한계 또한 크다고 할 수 있다. 또한 자체평가 중심의 통합평가제도를 추구한 대부분의 국가는 여전히 국무조정실 등 평가총괄기관에 의한 가이드라인 제공과 교육, 업무지원, 평가정보관리 등의 역할이 존재한다. 따라서 자체평가 중심의 통합평가제도로 전환하는 것은 평가에 대한 전반적 품질이 개선되고 정부 전반의 평가에 대한 인식이 전환되는 시점에서 적용할 때 부작용이 적을 것이라고 사료된다. 따라서 제1안은 중장기적 관점에서 적용가능하다고 할 수 있다.
자체평가 중심의 통합평가제도는 자체평가의 관대화와 여전히 평가총괄기관이 필요하다는 문제가 있으므로 전반적인 평가 품질 개선과 정부의 인식 전환 후에 적용해야 한다.