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현재 갈등영향분석의 실시여부는 ‘중앙행정기관의 장은 공공정책을 수립 시행 변경함에 있어 국민의 이해상충으로 인한 과도한 사회적 비용이 발생할 우려가 있다고 판단하는 경우 (갈등관리 규정 제10조)’이다. 즉 중앙행정기관 장의 임의적 결정이 갈등영향분석 시행의 결정적 요인임을 알 수가 있다. 그러나 갈등영향분석 실시는 갈등영향분석은 사안의 해결권한을 갖는 자들의 합리적 의사결정에 도움을 주기 위한 도구임을 감안할 때 그 ‘사안의 해결권한을 갖는 자’의 대상에는 정책이나 사업추진자만이 아니고 그 추진에 영향에 받는 자를 말하는데 소위 이해당사자를 말하고 이들도 포함되어야 한다. 또한 갈등영향분석은 한 번에 끝나는 것이 아니고(정책 내용 등)이 변경될 때 의사결정자의 판단에 의해 계속하여 실시할 수 있다. 즉 갈등을 정책의 흐름에 따라 실시된다고 하면 정책(혹은 사업)결정 이전, 정책결정 직후, 정책 종료 후 사후관리 차원에서 실행될 수 있다. 따라서 갈등영향분석은 다음과 같은 시기와 목적 적용 단계에 따라 크게 4가지로 분류할 수 있다.
현재 갈등영향분석의 실시 여부는 중앙행정기관장의 임의적 결정에 따라 주로 결정되는데, 그 결정에는 사업 추진에 영향을 받을 수 있는 이해당사자도 포함되어야 한다.