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최근 법원의 판단을 보며 드는 가장 큰 우려는 지금의 양심 심사방식이 대체복무 심사위원회에도 영향을 줄 가능성이 높다는 것이다. 아직도 양심적 병역거부자들에게 ‘군대 간 사람들은 비양심적이냐’고 할 정도로 양심에 대한 이해가 낮은 사회에서 만들어지는 심사기구는 양심을 심사한다는 그 어렵고도 난해한 문제를 어떤 방식으로 풀어갈 수 있을까. 양심을 빙자한 병역기피자를 걸러낸다는 명목으로 지나치게 협소하게 양심을 판단하는 지금의 재판과정이나 판례를 참고사례로 삼게 된다면, 양심의 자유를 보장하고자 했던 헌재 결정의 취지는 사라질 가능성이 높다. 게다가 국방부장관 소속 심사위원회의 심사위원 29명 중 과반수 출석으로 회의가 열리고 그 중 과반수 찬성으로 의결이 되는 상황에서 군의 입장을 대변하는 국방부장관 지명자가 9명이라면, 심사위원회의 독립성이 보장되었다고 할 수 있을지 의문이다. 이런 방식으로 대체복무 심사가 이루어진다면 제도가 시행된 이후에도 양심의 심사를 빙자해 양심의 자유는 계속 침해당할 수밖에 없다.
최근 법원의 판례를 보면 양심을 지나치게 협소하게 판단하고 있다. 이런 판결이 대체복무심사위원회에도 영향을 준다면 헌재의 결정 취지를 제대로 반영할 수 없을 것이다. 또한 심사위에 국방부장관 지명자가 9명 들어간다면 독립성이 보장될지 의문이 든다.