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다만 구조적 재정수지는 단순 개념이 아니기 때문에 경기변동과 정책적 요인에 기인한 재정수지를 구분하기 힘들며 경기변동에 대응한 행정부의 정책을 반영하기 어려운 점이 존재한다. 예를 들면 조세수입이 경기변동에 민감하게 반응하지않아 행정부가 경기변동에 대응하여 매년 세율을 조정하는 경우(구조적 재정수지변화 큼)와 조세수입이 스스로 경기변동에 충분히 신축적으로 반응하여 행정부가 매년 세율을 변화시키지 않는 경우(구조적 재정수지 변화 작음)를 고려하면 두 경우 재정수지는 비슷하지만 구조적 재정수지는 다른 모습을 보일 수 있다. 또한 구조적 재정수지를 산출하기 위해 잠재GDP를 도출해야 하는데 잠재GDP는 관측가능한 변수가 아니기 때문에 다양한 통계적 기법을 적용하여 추정하며 적용되는 기법이나 추정기간 등에 따라 추정된 잠재GDP가 크게 달라질 수 있다는 문제가 존재한다. 따라서 구조적 재정수지를 측정하는데 공신력 있는 민관협의 기구(혹은 독립적 재정기구)를 두는 등 제도적 장치를 마련하고 적자규모의 상한선을 설정할때 정책당국, 학계 및 폭넓은 사회적 논의를 통해 합의함으로써 구조적 재정수지를 적용할 때 발생할 수 있는 논란을 미연에 방지해야 할 것으로 보인다.
구조적 재정수지는 경기변동 및 정책적 요소로 인한 재정수지를 분간하기 어렵고 행정부의 방침을 반영하기도 어렵다. 따라서 구조적 재정수지를 측정할때 신뢰할 수 있는 민관협의 기구를 두는 등의 제조적 틀을 세우고 사회적 논의와 합의의 과정을 거쳐 논란을 방지 해야 할 필요가 있을 것이다. 