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유교 문화권이라는 설명 방식이 가지는 또 다른 문제는 바로 일본의 문제다. 기존의 여러 비교 문화학적 연구들이 일본을 한국이나 중국과는 다른 독립적인 클러스터로 구분했다시피(Haire, Ghiseli and Porter, 1966; Ronen and Kraut, 1977; Hofstede, 1976; Hofstede, 1980;Ronen and Shenkar, 1986), 일본이 과연 유교적 문화권이라는 이름으로 다른 두 나라와 같이 묶일 수 있는지는 비판적 판단의 대상이 될 수 있다. 잘 알려져 있다시피 일본에서 유교의 영향력은 에도 막부 시기에 주자학이 전래되기는 했지만 상당히 제한된 수준에서만 이뤄졌다. 따라서 유교는 그것이 춘추전국 시대 이후 한나라 때부터 강력한 정치적 영향력을 행사하기 시작한 이후 중국과 한국을 위주로 형성된 ‘중화권 문화(Chinese cultural sphere)’에 강력한 영향을 미친 반면, 일본에 있어 유교는 상대적으로 크게 약화된 형태로 영향력을 가졌다고 볼 수 있다.
기존의 비교문화학적 연구에서 일본을 한국, 중국과는 다른 클러스터로 구분한 것과 같이, 에도막부 시기에 제한된 수준에서 전래된 주자학의 영향만으로 일본을 유교 문화권으로 묶는 것은 비판의 대상이 될 수 있다.