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2차 촉진계획(’06~’08)은 기술혁신형 기업의 성장시스템을 구축하기 위해 지식, 사업화, 금융, 제도의 격차 해소에 주력하였다. 그 결과 공공기술 이전, R&D 성과 사업화, 국제협력, 기술금융, 기술평가 등 전(全)방위적으로 기술이전·사업화를 촉진하기 위한 기반이 마련되었다. 먼저 기술현물출자 인정, 가치평가 표준모형 개발·보급 등의 평가 기반 뿐만 아니라 신성장동력 펀드 조성, 기술평가보증 확대 등 기술금융 기능이 강화되었다. 이에 따라 기술평가정보 종합유통시스템을 구축·운영(’08.6월)하였고, 기술평가 기반의 신용대출도 확대(’06년 17,402억 원 → ’08.10월 31,154억 원)되었다. 또한 기술사업화를 목표로 사업기획과 기술개발을 순차적으로 연계·지원하는 사업화연계기술개발사업(R&BD)도 성공적으로 착수(’06년)되었다. 또한 공공연구기관의 기술사업화 경험 축적 및 제반 환경 개선에 따라 보유기술자산 및 투자 등의 확대에 비례하여 양적 성과가 증대하였다. 다만, 양적 성과 중심 기술이전·사업화 정책들의 개별 추진으로 인해, 상호 연계를 통한 실질적인 성과 창출에는 다소 미흡하다는 평가를 받았다.
2차 촉진계획은 기술혁신형 기업의 성장시스템 구축을 위해 지식, 금융 등의 격차 해소에 주력했다. 그 결과 기술이전·사업화를 촉진하기 위한 기반을 마련했고 다양한 사업을 성공적으로 착수하여 양적 성과가 증대했다. 다만 상호 연계를 통한 실질적인 성과 창출에는 다소 미흡하다는 평가를 받는다. 