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자매결연 체결 및 지원과정에 있어서 문제가 되는 또 다른 사항은 자매결연 시 파트너의 선택이다. 독일의 경우 대부분의 지방자치단체는 연방정부 또는 주정부의 개입 없이 동서독 지방자치단체들이 자발적으로 자신들의 자매 지방자치단체를 선정했다. 이 때 지방자치단체(주로 도시)들의 지리적 여건, 정치적 상황(집권당) 등이 반영되었다. 남북한 통일 이후 남북한지역 지방정부들이 자매결연을 맺을 경우도 각 지방정부 자체적으로 대상 지방정부를 선택하는 것이 이상적이나, 만약 상황이 여의치 않을 경우 중앙정부에서 ‘남북한 지방정부 교류처’와 같은 한시 조직을 신설해 적당한 대상지역을 물색해 주고 관련 정보를 제공하는 것도 나쁘지 않을 것이다.
한반도 통일 후 남과북의 지방정부가 자매결연을 맺을때 지방정부 스스로 대상 지방정부를 선택하는것이 바람직하나 중앙정부에서 한시 조직을 만들어 적절한 지역을 찾아주는것도 대안일 수 있다. 