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특허제도와 저작권제도는 그 본질적인 차이가 작지 않다. 그러한 차이 때문에 WIPO나 각국에서는 SW를 어떻게 보호할 것인지에 대한 논의가 많았다. CONTU 보고서에서도 1970년대 논란을 거쳐 SW를 어문저작물의 일 유형으로 보호하자는 권고에 따라 미국저작권법이 개정된 바있다. 그러나 저작권법이 갖는 보호범위의 한계 등에 따라 80년대 전후로 SW발명에 대한 논란이 작지 않게 일어나기도 하였다. 이러한 논란은 2014년 현재 여전히 유효하나, 미국 연방대법원의 일련의 판례에 따르면 SW특허에 대한 지속적인 확대는 어느 정도 제한받고 있는 것으로 생각된다.
특허와 저작권은 그 본질적 차이가 크므로 SW발명을 저작권법으로 보호하는 것에 논란이 있지만, 미연방대법원은 SW특허의 지속적인 확대에 제한을 가하고 있다.