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하지만 본 연구는 몇 가지 한계점을 안고 있다. 첫째, 사용된 자료의 기간에 대한 한계점이다. 앞서 언급했듯이 배출권거래제 관련 자료로 배출권 거래 시행 첫해의 자료만을 이용하였기 때문에 목표관리제와 배출권거래제의 효과성을 엄밀하게 비교·분석하는데 한계점이 있었다. 둘째, 기업의 전략적 대응이라는 관점에서 온실가스 감축 효율성의 추이를 설명하였다. 하지만 각 기업별 특징(생산 및 운영 관리 특징, 에너지 효율 관련 기술 보유 여부, R&D 투자액 등), 업종별 당시 상황 및 경기 상황 등이 온실가스 감축 효율성 개선(또는 악화)에 영향을 줬을 가능성은 충분하다. 따라서 불확실성에 대한 기업의 전략적 행동으로만 온실가스 감축 효율성의 추이를 일반화하여 해석하기에는 한계점이 있다.
목표관리제 시행에 따른 온실가스 감축 효율성에 대한 이 연구는 한정된 자료 기간과 기업 측 관점의 자료를 이용했다는 점에 있어서  연구 결과에 한계가 있다.