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자유실시기술의 법리와 관련하여 확인대상발명을 특정함에 있어서 확인대상발명의 구성 전체를 대상으로 하느냐 아니면 특허발명과 대응되는 구성만을 대상으로 하느냐에 관하여 이견이 있어 왔다. 대법원 2008후64 판결이 전자를 법리로 채택하였으나, 그 판결에 대하여 비판하는 의견도 있다. 확인대상발명의 구성 전체를 특정하는 작업은 여간 어려운 일이 아니다. 사실 권리범위확인심판에서 실무적으로 가장 문제가 되는 것이 확인대상발명의 특정 문제이다. 그러므로 명확히 특정되어 있는 특허발명과 선행기술을 비교하도록 하여야 하고 특정이 어려운 확인대상발명과 선행기술을 비교하는 작업은 허용되지 않아야 한다.
대법원 판결이 확인대상발명의 구상 전체를 대상으로 하는 것을 채택했지만 전체를 특정하는 작업은 어렵기 때문에 명확히 특정되어 있는 특허발명과 선행기술을 비교하도록 해야한다.