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2단계는 앞서 설정된 임무-기능구조를 이용하여 실제로 군의 임무수행 능력이 어떠한지에 대한 평가를 수행하는 단계로서, ④ 능력영역별 부대할당과 ⑤ 부대기반 능력평가의 세부단계로 구성된다. 우선, 능력영역별 부대할당은 1단계에서 설정된 시 나리오를 기반으로 임무별로 어떤 부대가 해당 기능을 수행하는지 식별하여 해당 능력영역에 관련부대를 할당한다. 여기서 부대단위는 대대/연대급이 적절한데, 이것은 이들 부대가 무기･장비, 병력, 준비태세 등의 전투 자산을 보유하고 작전수행의 기본 단위가 되기 때문이다. 예를 들어, 킬체인 임무수행을 위해서 전장인식-전략 기능에는 무인기대대 등, 전략타격 기능에는 현무대대 등, 공중전투기능에는 비행대대 등이 할당될 수 있을 것이다. 능력영역별 부대할당이 끝나면, 이어지는 평가를 위하여 기능별 부대 현황자료(무기/병력/군수/훈련)를 준비한다. 평가대상 능력별로 해당 임무수행을 위해 어떤 부대가 얼마나 투입되는지, 해당 부대가 무기･장비는 얼마나 갖고 있는지, 병력 규모는 어떠한지 등의 정보를 제공하여 이어지는 평가에서 판단 자료로 활용하기 위한 목적이다. 보다 정확한 정보를 제공하고, 효율적으로 평가를 수행하려면 부대별 편제, 준비태세 등의 DB 구축이 반드시 필요하다. 특히 준비태세 평가를 위해서는 정보체계에 입력되어 있는 정보들을 바탕으로 각 평가단위 부대별 목표 대비 물자보유율, 장비보유율, 장비가동률 등의 정량적 자료가 제공되어야 한다. 이와 같이 제공되는 정량적 자료의 범위와 객관성을 증대시킴으로써 전문가 평가결과의 신뢰성을 향상시킬 수 있다.
2단계는 군의 임무수행 능력 평가 단계로서 능력영역에 맞게 관련 부대를 할당하는 단계와 부대기반 능력평가 단계의 세부단계로 구분된다. 효율적인 평가를 위해서는 부대별 편제, 준비태세 등의 DB 구축과 정량적 자료 제공 등이 필요하다.