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이와 같이 자유학기제는 나름대로 방향성과 운영 원칙은 정해져 있지만 구체적인 시행 방식은 대체로 학교 자율로 하고 있다. 하지만 학교의 특성상 주어진 테두리 내에서 움직이고자 하는 성향이 강하고 이는 그 동안의 하향식 정책 추진에 익숙해져 있기 때문이다. 따라서 지나치게 개방적인 정책이 학교 현장에는 혼란의 요인이 될 수 있다 는 점도 고려되어야 한다. 아울러 수업 방법의 개선을 강조하고 있는데, 자유학기제가 단순히 수업 방법의 개선만을 추구한다면 지금까지 추진된 여러 정책이나 현장의 노력들과 크게 차별화되지 않아 그 실 효성의 문제가 제기될 수 있다. 또 수업 개선을 촉구하는 종합적인 캠페인으로 인식될 가능성도 있다. 학생의 진로탐색 증진을 위한 활동 강조 등과 같이 보다 명확한 변화 목표를 제공할 필요가 있다.
자유학기제는 나름대로 방향성과 운영 원칙은 정해져 있지만 구체적인 시행 방식은 대체로 학교 자율로 하고 있다. 하지만  지나치게 개방적인 정책이 학교 현장에는 혼란의 요인이 될 수 있다.