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미국국립과학재단(NSF)은 연구개발비 회계검사과정에서 어떠한 사항을 검사해야 하는지를 상세하게 정하고 있다. 회계검사는 취득 및 비용지원분과 내의 비용분석 및 감사결과 해결부서에서 실시한다. 연구제안서의 예산분석, NSF 관할기관의 간접비율 결정, 회계시스템 분석 등의 다양한 비용분석을 실시하며, 시간관리시스템 평가, 회계능력 평가, 감사결과 지적사항 해결 등의 업무를 수행한다. ① 연구제안서의 예산분석은 제안된 비용이 적절한지(reasonable), 허용할 수 있는지(allowable), 할당할 수 있는지(allocable)에 대한 고려가 포함된다. ② 피지원 기관에서는 적절한 회계시스템을 갖추어야 연방정부에서는 연구지원금이 규정에 맞게 적절하게 사용되었다는 것을 신뢰할 수 있다. 적절한 회계시스템이 최소한 갖추어야 할 요건은 “기존의 비용 데이터에 근거한 세부예산제안서, 지출항목을 직접비, 간접비, 불허항목으로 구분, 프로젝트․연구지원금별로 비용 구분, 정확한 회계보고서(대차대조표, 손익계산서 포함), 적절한 근거서류 확보․유지(영수증, 구매 장부 등), 비용분담(cost sharing)의 경우 적절한 서류의 작성․유지” 등이다. ③ 피지원기관은 적절한 시간관리시스템을 유지해야 하며, 시간관리를 위해서는 “연구원 이름 및 서명, 연구원이 월별로 프로젝트에 사용한 시간 총계, 상사의 이름 및 서명, 특정 직원이 연구기간 동안 어떻게 시간을 보냈는지 프로젝트별 세부집계표(프로젝트, 휴가, 일반 행정업무, 병가, 기타)” 등의 요소가 최소한 만족되어야 한다. ④ 피지원기관에서 적절한 회계능력이 있는지를 판단하기 위해 회계능력 평가를 실시한다. 이는 기관별로 그 수준이 다양하기 때문에 어떤 회계서류를 제출할 것인가는 비용분석 및 감사결과 해결부서(CAAR)의 직원 재량으로 결정한다. 일반적으로 피지원기관은 최근 2년간의 회계보고서를 제출하도록 요청받는다(김영훈, 2004: 24-25).
미국국립과학재단은 연구개발비 회계검사과정에서 어떠한 사항을 체크해야 하는지 구체적으로 정하고 있다. 첫째, 예산 비용이 적절하고 합리적인지에 대해 검사한다. 둘째, 적절한 회계 시스템이 갖추어져 있는지 확인한다. 셋째, 적절한 시간관리시스템이 유지되고 있는지에 대한 프로젝트별 세부집게표를 확인한다. 넷째, 적절한 회계능력이 있는지 판단하기 위한 회계능력 평가를 실시한다.