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이 선택 교과제는 자유학기제의 활동 중 특히 교과 연계·융합을 기본 취지로 하고 있는 ‘선택 프로그램 활동’과 유사한 것으로 볼 수 있다. 선택 교과제는 <표 Ⅳ-4-1>에 제시된 필수교과(국어, 사회, 수학, 과학, 음악, 미술, 보건체육, 기술·가정, 외국어)를 선택교과로 하여 학생들이 자신의 흥미 및 관심에 따라 선택하도록 하는 것이다. 즉 9개의 필수교과는 <표 Ⅳ-4-1>에 제시되어 있듯이 필수 이수하고, 이들 교과는 다시 선택교과로 하여 학생들의 흥미 및 관심에 따라 선택하도록 하여 과제학습 및 심화·보충학습 등을 하도록 하는 것이다. 물론 지침에 제시되어 있듯이 이들 필수교과 외에도 학교의 재량에 따라 신설할 수도 있다.
선택 교과제는 선택 프로그램 활동과 비슷하다. 선택 교과제는 필수교과는 무조건 이수하고, 이후 학생들의 관심사나 학교의 재량에 따라 자유롭게 선택하는 것이다. 