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이처럼 일본에서는 고등교육 체제 개편이 활발하게 이루어지고 있다. 그러나 소기의 목적, 즉, 새로운 고등교육 체제로의 이행을 통한 고등교육 혁신 방안이 효과를 거두기 위해서는 여러 가지 문제가 산적해 있는 상황이다. 첫째는 입시 개혁을 필두로 한 많은 혁신 방안에서 제시하고 있는 능력･학력을 무엇으로 보는가이다. 2007년에 개정된 학교교육법에는 초등학교, 중학교 교육의 목적으로 ‘확실한 학력’, ‘살아가는 힘’ 등의 표현이 등장한다. ‘확실한 학력’은 ‘기초적인 지식과기능’, ‘사고력, 판단력, 표현력’, ‘주체적인 학습태도’ 등을 말한다. 그러나 이를 입시, 혹은 대학교육에 대한 논의에 직접 적용하면 혼란을 야기한다. 교과와 기초적인 학력･능력과의 관계를 명확하게 인식할 필요가 있기 때문이다. 뿐만 아니라 지식･능력을 어떤 방법으로 측정할 것인가의 문제를 들 수 있다. 각 교과･과목에 대한 지식･능력은 범위가 한정되고 특정의 논리를 가지고 있기 때문에 이를 바탕으로 설문을 만들어 응답을 객관적으로 평가할 수 있다. 그러나 범용적인 능력이나 사고･응용력 등은 직접 측정하기 어렵다. 때문에 일반적으로 가설적인 상황을 설정하여 이에 대한 반응을 측정하는 방법이 이용되고 있지만 신뢰성, 타당성의 문제가 제기되고 있다.
일본의 성공적인 고등교육 체제 개편에는 능력･학력에 대한 인식 정도와 측정 방법이라는 문제가 있다. 학교교육법 상의 ‘확실한 학력’ 등의 표현은 입시에 적용하기 어렵다. 또한 객관적인 측정이 어려운 능력에 가상의 상황 설정이라는 방법을 적용하는 것은 신뢰도가 낮다는 문제가 있다.