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남북한 통일의 과정에서 북한주민의 남한지역으로의 대규모 인구이동 및 이에 따른 북한지역의 인구공동화가 가장 큰 문제로 대두될 것이며, 이러한 문제는 남북한의 주민등록제도와 관련 법제의 통합에 결정적인 걸림돌로 작용할 수 있다. 통일 이후 공직선거 실시를 위한 남북한 주민의 선거인 파악을 위해 북한주민의 거주와 이전의 자유를 엄격하게 제한하고 통제해온 현행 북한의 공민등록법과 이에 따른 공민증과 평양시민증을 그대로 유지할 경우 거주와 이전의 자유를 보장하는 남한의 헌법 제14조와 사회적 특수계급의 제도를 인정하지 않고 어떠한 형태로든 창설을 금지하고 있는 남한의 헌법 제11조 제2항에 따라 북한 주민들의 기본권 침해할 수 있으나, 남북한의 통일이 형태가 어떤 방향으로 이루어질지 모르는 상황에서 북한의 주민등록법제를 통일 즉시 무조건 폐지하거나, 남한의 주민등록법과 제도를 북한 지역에 그대로 확대･적용하는 것도 쉽지 않다. 따라서 통일에 따른 갑작스런 인구이동에 따른 사회적 혼란과 북한지역의 인구공동화 피해를 최소화하기 위해 남북한의 주민등록제도 및 관련 법제를 통합하면서 남한주민과 북한주민과의 형평성 및 남한의 헌법 정신을 준수하기 위해 거주와 이전의 자유에 대한 문제를 우선 해결할 필요가 있다.
남북한 통일의 과정에서 북한지역의 인구공동화가 큰 문제로 대두될 것이다. 따라서 통일에 따른 사회적 혼란과 북한지역의 인구공동화 피해를 줄이기 위해 남북한의 주민등록제도 및 관련 법제를 통합하면서 남북한 주민의 형평성 및 남한의 헌법 정신을 지키기 위해 거주와 이전의 자유에 대한 문제를 해결해야 할 것이다. 