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그러나 몇 가지 문제점과 개선점이 분석되었는데, 첫째 학교 규모에 따라 소규모 학교의 교원 수로는 전담교사를 선정해 따로 두기 어려운 상황이라는 것이다. 둘째, 설문 조사에서는 체육전담교사의 선정시 교사의 체육지도 능력을 가장 많이 고려(36.6%)한다고 하였으나 면담 조사 결과 실제로 선정에 특별한 기준이 마련되어 있지는 않으며 교사들의 기피 현상이 있는 것으로 분석되었다. 기피하는 이유로는 체육교육 전문성에 대한 부담, 수업 환경이 학생 관리나 실제 수업에 어려운 상황, 담임을 맡지 않아 발생하는 경제적, 승진 차원의 불이익, 수업뿐 아니라 학교스포츠클럽이나 방과후 체육 활동 등의 업무 부담 과중 등 때문이며, 또한, 이러한 기피 현상으로 적절한 자격과 역량을 갖춘 전담교사를 배치하지 못했을 때, 문제점이 야기될 수도 있다는 우려가 있다.
하지만 학교 규모에 따라 전담교사를 선정하기 어려운 상황, 체육전담교사의 선정에 특별한 기준이 없고 교사들이 기피하는 등의 문제점이 분석되었다.