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규제비용총량제의 운영절차는 기존의 신설·강화규제에 대한 규제심사절차에 총량제 관련 절차가 추가된 것으로 파악할 수 있다. 초기 부처에서 검토된 신설·강화규제 법령은 규제개혁위원회의 비용전문위원회를 통해 총량제 적용여부를 판단받게 되며, 총량제 적용규제로 판단될 경우, 기존에 실시하던 규제영향분석과 함께 규제비용분석을 실시한다. 규제비용분석은 우선 해당 규제의 담당 부처의 자체 규제개혁위원회와 전문가로 구성된 비용전문 TF를 통해 비용분석을 실시하며, 이렇게 실시된 비용분석서는 한국개발연구원 및 행정연구원에 설치된 규제연구센터의 검증을 거쳐 다시 비용전문위원회의 적정성 심의를 받는다. 적정성이 심의된 비용분석서는 규제개혁위원회의 규제심사를 거치게 되며, 최종적으로 신설·강화규제에 대응하는 폐지·완화규제 교환 및 적립분이 최종 판단된다.
규제비용총량제의 운영절차는 기존의 신설·강화규제에 대한 규제심사절차에 총량제 관련 절차가 추가된 것으로 파악된다.