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그런데 해양수산부의 계획대로 운항관리자가 한국해운조합에서 분리되면 운항관리자비용 부담금은 더 이상 한국해운조합에 귀속되어 세입 ․ 세출외로 운영될 필요가 없어지게 된다. 따라서 운항관리자와 관련된 연안여객선 안전관리 혁신대책을 마련함에 있어 해양수산부는 동 부담금에 대한 향후 운영방안 및 세부적인 계획까지 고려하여 방안을 마련하여야 하는데 현재까지 귀속주체 등 운영방식에 대한 방안을 마련하지 못하였다. 동 부담금은 예산이나 기금이 아니기 때문에 2015년 예산안 및 기금운용계획안 심사과정에서 논의되지 않을 가능성이 있는데, 부담금 운용의 적정성과 관련하여 법안심사 과정에서 검토할 필요가 있다.
운항관리자비용부담금이 한국해운조합에 귀속되지 않는다면 위 부담금 운용에 있어 세부계획이 필요하나 현재 해수부에서는 운영방안을 마련하지 못한 상태이므로 법안심사시 검토가 필요하다.