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국가교통물류기술 R&D 분야에서 소관 부처 법제 간 부정합성 문제 해결을 위해서는 과학기술기본법 과 공동관리규정이 국가 R&D에 대한 총괄규범으로 역할할 수 있도록 법적 위상을 강화할 필요가 있다. 또한, 연구개발사업 결과물의 소유권 귀속 조항과 같이 부처별 규정이 불일치하는 중요 사안에 대해 통일된 기준을 확립하고, 미래창조과학부 장관이 실시하는 다부처공동기획사업 사전 기술성 평가 결과가 사업 예비타당성 조사 과정에서 의무적으로 반영되도록 하는 등 다부처 공동 사업 추진 과정에서 부처 간 실질적 연계를 확보할 수 있는 법제 정비가 이루어져야 한다. 마지막으로 국가교통물류기술 분야R&D 전담 기관 등 신규 조직을 육성하여 부처 간 상이한 방침과 규율을 조정하고 전략적으로 국가교통물류기술 분야 공동 사업을 추진할 수 있는 법 제도적 기반을 확보할 것을 제안한다.
국가교통물류기술 R&D 분야의 문제 해결법은 과학기술기본법의 위상 강화, 부처간 통일된 기준 확립, 다부처 공동사업의 연계를 위한 법제 정비가 있다. 또한 신규조직 육성을 통한 부처간 화합 및 사업추진을 위한 제도 개편도 필요하다.