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교통분야 역시 교통물류연구, 철도기술연구, 항공안전기술연구 등 미래의 교통을 선도할 연구주제들이다. 공통분야로는 기술촉진연구와 기술사업화지원 등이 대표적이다. 이상의 국토교통연구개발(R&D)은 짧게는 1~3년, 길게는 5~10년 이상 추진되는 연구과제이며, 단기간의 성과보다는 중·장기적인 산업발전을 이끌 예산항목들이다. 국토교통정보화 사업은 R&D와 달리 현재의 국토교통 관련 시스템을 정보화하는 작업이다. 건설사업과 교통산업 등 산업 전반의 관리 운영과 철도, 항공 등 교통수단의 관리, 그리고 수자원, 주택 등 인프라의 통합적 관리와 효율성 제고를 위해 추진되고 있다. 특히 최근에는 빅데이터 체계 구축과 연계되는 예산항목이 추가되었다.
국토교통연구개발은 중·장기적인 산업발전을 이끌 연구과제이며, 국토교통정보화 사업은 국토교통 관련 시스템을 정보화하는 사업으로 최근 빅데이터 체계 구축과 연계하고 있다.