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이처럼 한-ASEAN 무역협정은 포괄적 기본협정 체결에 이어 상품, 서비스, 투자 분야로 지속적으로 확대⋅심화되면서 일견 체계적으로 무역 촉진과 원활화를 위한 제도 정비에 중요한 역할을 한 것으로 보인다. 그러나 실제 무역에 있어서는 관세뿐만 아니라 ASEAN 시장의 핵심 무역 장벽인 비관세 분야를 다루는 데 미진한 부분이 많았다. 시장 개방에 부정적인 행정당국의 각종 관행과 심지어 명백한 협정 위반 행위들이 지속되는 경우가 빈번하게 발생했다. 특히 많은 경우 시장 개방과 제도 개선을 통해 낙후된 국내 정책 구조와 인프라를 개편하는 것이 중장기적으로 합리적인 정책방향임에도 불구하고 단기적인 안목으로 국가 간 합의를 위반하는 사례가 흔히 발생했다.
한-ASEAN 무역협정은 무역 원활화를 위한 제도 정비에 기여할 것으로 기대됐지만 실제로는 비관세 분야에 적용하기 곤란했다. 행정당국의 각종 관행과 위반 행위가 끊이지 않았기 때문이다.