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국가인권위원회는 양심적 병역거부에 대해, 전쟁 및 이에 수반하는 인간의 살상에 국가인권위원회는 반대하기 때문에 병역의무를 이행할 수 없다는 병역거부자들의 종교관, 세계관, 가치관에 입각한 확고하고 진지한 거부로서, 헌법 및 시민적 및 정치적 권리에 관한 국제규약 에 비록 명시적으로 규정되지 않았다 하더라도 모든 사람에게 보장되는 보편적 인권인 양심의 자유에 해당하며, 개인의 양심에 기반한 결정을 존중하는 것은 다양성을 추구하는 민주사회의 중핵적인 요소이며 그것이 민주사회의 기본질서 유지에 중대한 해악이 되지 않는 한 국가는 개인의 양심의 자유를 최대한 보장하여야 한다는 입장을 유지해 오고 있다.
국가인권위원회는 양심적 병역거부에 대해 보편적 인권인 양심의 자유에 해당하며 민주주의의 기본질서 유지에 해약이 되지 않는 한 국가는 이를 최대한 보장해야 한다는 입장이다.