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추계과세관리와 관련하여 세무행정 종사자가 과세자료 처리 시 장부에 의하여 과세할 것인지, 추계에 의하여 과세할 것인지 검토하는 과정에서 ｢소득세법｣ 시행령 제143조 1항의 내용이 명확하지 않아서 불확실성이 존재하여 결과적으로 세무행정 종사자들의 판단에 일관성이 없게 되고 조세일실을 야기한다. 법령에서 추계과세기준이 불명확하기 때문에 세무행정 종사자는 결과적으로 과세상의 판단에서 판례나 심판례에 의존하게 되나 추계결정사유요건에 대한 과세관청 판단과 국세심판이나 법원의 판례의 입장이 상이한 경우가 많아서 문제가 된다.  이 과정에서 세무행정 종사자의 자의적 판단이 개재될 여지가 있다. 따라서 추계과세 사례의 근거를 수집하여 그 사이에 모순적 근거나 자의성 개입의 여지가 없었는지 감사하는 것이 중요하다.
과세금액을 결정할 때 장부를 기반으로 할지 추계를 기반으로 할지는 담당자의 판단으로 결정된다. 이 기준이 불명확함으로 문제가 될 가능성이 많으므로 이를 감사할 때 추계 사례를 기반으로 판단해야 한다.