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국민복지의 증대를 위한 공공기관의 선진화라는 면에서는 당사자인 정부출연(연)조차도 선진화의 동기와 필요성에 대해서는 대체적으로 공감하면서도 구체적인 이행방법과 실행단계에서는 의견이 크게 갈리고 있다. 정부가 공공기관 선진화의 맥락 속에서 추진하고 있는 정부출연(연)의 선진화사업이 추구하는 최종 목표가 경영의 효율화를 통한 국민복지의 증대라고할 때, 이는 단지 기관 간의 통폐합이나 민영화 등 물리적 변화만으로 달성될 수 있는 것이 아니다. 어떤 형태의 조직이든 간에 내재화되어 있는 비효율을 조장하고 연구성과의 상용화를 저해하는 제도나 의식과 같은 본질적이고 잠재적인 장애요인이 해소되지 않는다면 통합의 효과는 단기간에 그칠 것이기 때문이다.
국민복지의 증대를 위해서 공공기관의 선진화가 필요하다는 것에 대해서는 정부출연조차 공감하고 있지만, 구체적인 이행방법과 실행단계에서 의견이 크게 나뉘고 있다.