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그러나 정부측의 이러한 입장에도 불구하고 대개 어업에 종사하는 마을 주민들이 해군기지가 들어서면 오염수 등의 문제로 생업에 큰 피해를 입을 가능성이 있다는 점을 지적하였다. 또한 마을에 해군이 들어서면서 마을 분위기가 달라질 것이라는 점, 그리고 어업피해 보상액과 토지보상액이 과소평가되어 책정됐다는 점 등 여러 문제점들을 제기하면서 반대 측 주민들은 제주도청 및 법원에 항소를 하고 여러 정부기구에 문제점들을 호소하고 협상 통로를 찾고자 시도하였다. 실제 2008년 12월에 해군제주기지사업단이 주최한 어업피해보상설명회에서는 해녀보상 68억원, 정치망 어선 9월 7000만원으로 어업피해보상액 규모를 제시하였다(김봉현, 2008). 그러나 어촌계원들의 반발로 보상액 증액을 검토하며 2009년 12월에는 어업분야 보상100억원, 사업부지 토지 보상액 510억원까지 예상되었다(홍정표, 2010). 그러던 중 국회에서 대폭적인 예산 삭감이 있었고, 2013년 4월 언급된 용지보상비는 62억원으로 대폭 하락하였다(이승록, 2013).
어업 종사 마을 주민들은 여러 문제점을 제기하면서 제주도청 및 법원에 항소를 하고 여러 정부기구에 호소하고 협상 통로를 찾고자 했다. 이에 정부는 상당 금액의 보상액을 제시, 검토하였으나 국회에서 대폭 삭감되었다.