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첫째, 학교폭력 발생시 전담기구가 사안조사를 할 수 있는 시간적 여건이 부족하고, 책임교사의 수사 전문성도 떨어짐으로 인해 공정한 사안조사가 어렵다. 전담기구의 사안조사는 책임교사의 역할에 전적으로 의존하고 있는데, 학교폭력 사안에 대한 정확한 이해와 자치위원회 개최를 위한 근거자료 마련을 위해서는 책임교사의 사안조사가 경찰수사에 이를 정도로 상세하고 가해 ․ 피해 여부가 정확하게 구분되어야 한다. 그러나 2-3일내에 신속하게 사안조사를 하여 자치위원회를 개최해야 하는 학교 현장의 상황에서 사실관계를 정확하게 파악할 시간적 여유가 없게 되어, 피해학생의 신고내용에 의존하고 있는 현실이다. 이로 인해 실제 가해행위와 다른 결과로 사안조사가 이루어져 이후 가해학생이 자치위원회에서 과다한 결정을 받거나 분쟁조정단계에서 많은 액수의 손해배상을 해야 하는 사례가 있다. 이러한 사건들이 재심이나 행정심판단계에서 바로잡힌다 하더라도 이 과정에서 가해학생이나 피해학생 모두 상처를 입기 때문에 사안처리가 보다 전문화되고 정확할 필요가 있다.
학교폭력 발생시 수사 전문성이 떨어지고 빠르게 처리되는 조사로 인해 공정성이 떨어진다. 대부분 피해학생의 신고에 의존하고 있어 가해학생이 가해행위보다 과한 처벌을 받는 경우가 있어 보다 전문적이고 공정한 사안조사가 필요하다.