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지적재산고등재판소 판결에 대하여 일본특허청장은 불복하여 최고재판소에 상고를 제기하였다. 이에 최고재판소는 유효성분 및 효능·효과가 동일한 의약품에 선행 승인이 존재하더라도, 그 특허권의 기술적 범위에 속하지 않는 선행 의약품에 대한 선행 승인을 근거로 후행 승인에 기초한 존속기간 연장등록출원을 거절할 수 없다고 판단하였다. 즉, 선행 의약품은 본건 특허발명의 기술적 범위에 속하지 않는 것이기 때문에 선행 승인의 존재를 근거로 본건 특허발명의 실시에 약사법 제14조제1항에 의한 제조판매 허가를 받을 필요가 있었다는 것을 부정할 수 없는 것이므로, 심결이 위법하다고 판단한 원심의 판단은 정당하다고 판시하며 특허청장의 상고를 기각하였다.
지적재산고등재판소 판결에 대해 일본특허청장은 인정하지 않고, 최고 재판소에 항소하였다. 이에 최고재판소는 약사법 제14조제1항에 의거, 허가가 필수적이었다는 것을 강조하며, 상고를 기각했다. 