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그럼에도 불구하고 북한지역 선사ㆍ고대문화유산에 대한 직접적인 관찰과 조사가 결여된 탓에 남한고고학 해석의 적지 않은 부분에 많은 논란이 있다. 특히, 중국 동북지역에서 우리 남해안에 이르는 지역, 즉 우리 조상의 활동무대였던 지역의 사회ㆍ문화적 현상에 대한 고고학적 복원문제 특히, 문화의 계통성, 편년, 주민이동의 문제는 현재 공백(?)으로 남은 북한지역의 선사ㆍ고대문화유산―특히 매장문화재―에 대한 정보가 충분하지 않은 탓에 체계적인 해석이 어렵다. 사실, 그러한 문제에 접근함에 있어 남한 학계가 현재 의거하는 정보는 대부분이 1960년대 중반까지 축적된 것들이다. 예를 들어, 신석기나 청동기시대문화의 등장이 어떻게 이루어졌는지는 1960년대 이전에 발표된 용천 신암리(평북), 회령 오동, 무산 호곡동(이상 함북) 등 유적의 발굴보고로부터 얻어진 정보에 의지하고 있다. 그러나 당시의 유적조사, 유물분석, 보고서 간행의 수준이 현재 연구의 해상도와는 커다란 괴리가 있어 연구진행의 큰 제한요인이 되고 있다. 더구나 몇 안 되는 수의 유적에 의존하여 우리 선사ㆍ고대의 문화를 복원한다는 것 자체도 매우 위험천만한 일이 될 수밖에 없다.
북한지역 고대문화유산에 대한 직접적인 조사가 결여된 탓에 남한고고학 해석에 많은 논란이 있다. 특히, 매장문화재에 대한 정보가 충분하지 않은 탓에 체계적인 해석이 어렵다. 현재 의거하는 대부분의 정보가 1960년대 중반까지 축적된 것이라 현재의 연구진행의 큰 제한요인이 되고 있다.