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동북지역의 전략적 신흥산업 발전과정 중에 존재하는 문제도 적지 않다. 첫째, 현행 체제가 구역 내 신흥산업의 발전요구에 부합하지 못하고 있는 문제이다. 우선 현재의 동북지역합작은 지방정부가 제의한 비제도적인 협력메커니즘이다. 정부간 많은 인식의 공감은 영도자들의 리더십으로 보증된 것이다. 실익이 문제가 되는 상황이 발생하면 인식에 차이가 발생하여 지역합작이 이루어지기 곤란하다. 현재 동북지역의 지방정부는 지방이익을 추구하기 위해 이미 신흥산업발전의 다차원 다형식의 합작관계를 수립하고 있다. 그렇지만 이런 관계는 상당히 제약이 느슨하고 협력효과도 뛰어나지 못하다. 그다음 구역 내 정부간 제도적인 협력은 공통된 인식을 확립하기는 하지만 통일적인 협력전략계획이 결여된다. 근년 각지 정부가 더욱 더 공통된 인식을 가지고 있지만 통일적인 협력전략과 계획은 없다. 현재 경제건설에서 각 지방정부간 뚜렷한 경쟁행위가 자연적으로 존재한다.
동북지역의 전략적 신흥산업 발전에 있어서 현행 체제로서는 각지 정부와의 협력을 기대할 수 없다. 그 원인은 지방정부 간 다차원 다형식의 합작관계에 있다. 이런 관계에서의 효과적 협력을 이뤄지기 힘들며 만약의 경우에 지역 합작이 발생할 수 있어서이다.