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2006년부터 2007년까지는 당시 건설교통부에서 연수원 부지 규모에 대한 심사가 주로 이루어진 반면, 2008년부터는 신축청사 건축규모에 대한 심의가 주로 이루어졌다. 2007년 12월 연수원에서 지방이전 계획안을 수정 제출한 이후, 건설교통부는 1차 실무 검토 후 연수원이 제출한 시설 규모 77,444㎡ 중에서 40,131㎡만을 인정하였다(2008.2.11). 기계실, 용역 사무실, 경비실 등 관리 시설과 주차타워, 식당 등 편의시설, 전산실, 시청각실 등 대부분을 업무시설에 포함시켜 인정할 수 없다고 심의하였다. 하지만 이러한 결정은 기계실, 경비실, 매점, 식당, 의무실 등 시설을 인정한 중앙공무원교육원의 사례에 비추어 보더라도 형평성에 문제가 있었다. 이에 연수원은 교육생들을 위한 시설을 업무시설로 본 오류에 대해 설명하고 현 시설 대비 신축 시설의 면적 증가폭이 다른 교육기관에 비해서도 적다는 점을 강조하는 검토의견서를 2008년 2월 13일 건설교통부에 제출하였다.
2008년 신축청사 건축규모에 대한 심의에서 관리시설과 편의시설 등을 업무시설에 포함시키지 않자 연수원은 형평성 문제를 제기하여 업무시설에 포함시키자는 검토의견서를 제출하였다.