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이 과정에서 급작스럽게 2013년 이집트에서 무함마드 무르시가 군부에 의해 실각하게 되었다. 사실상 미국은 곤경에 처했다. 어떻든 무슬림 형제단을 지지했고 국제사회에서 공동보조를 취하고 있는 상황 속에서 군부가 다시 등장한 것이다. 압둘 파타 엘-시시 국방장관이 주도한 이 정변에 대해 미국은 애매한 입장을 취했다. 쿠데타로 선언할 수도, 그렇다고 정당성을 확보한 혁명으로 규정하지도 못하고 단순히 상황 안정만 독려했다. 미국 내 여론은 갈렸다. 기존의 오바마 정책을 지지하는 측에서는 군부의 귀환을 규탄하고 쿠데타로 규정, 정당한 선거를 통해 당선된 이슬람 세력을 지지해야 한다는 입장이었다. 반면 이슬람의 약진을 위험으로 인식하는 보수 세력의 경우 군부의 귀환을 반기는 등 첨예하게 갈렸다. 이 과정에서 미국은 엘-시시가 이끄는 군부세력의 강력한 불만을 샀고, 현재까지 양국간 관계는 악화 상황이 유지되고 있다.
2013년 이집트에서 무함마드 무르시가 군부에 의해 실각한 사건에 대해, 미국 내 여론은 군부의 귀환을 쿠데타로 규정하는 입장과 군부의 귀환을 반기는 입장으로 나뉘고 있다. 이에 양국간 관계는 악화 상황이 유지되고 있다.