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이후 복수노조 문제는 계속적으로 법에 의해 금지되어 오다가, 1997년 노동조합법이 폐지되고 노동조합 및 노동관계조정법 이 제정되면서 복수노조 설립을 금지하는 조항이 삭제되었다. 그러나 부칙 제5조에 의하여 경과 규정을 통한 유예를 규정하면서, 법이 허용한 노조 설립 자유가 언제 관철될 것인지에 관한 노사 간의 치열한 논의들이 13년간 지속되어 왔다. 다만 복수노조 문제는 헌법상 단결권에 관한 직접적 제한으로, 복수노조 허용에 관한 법리적인 대립이 있었던 것은 아니며, 복수노조 허용 이후의 단체교섭과 관련하여 어떠한 제도를 도입할 것인지, 즉 ‘교섭창구 단일화 문제’와 ‘타임오프 제도’를 둘러싸고 많은 법적 견해들이 제시되었다. 전체적 관점에서 볼 때, 복수노조 허용은 자주적 단결권을 확대하고자 하지만, 교섭창구 단일화 제도는 소수노조의 단체교섭권과 단체행동권을 제한하게 된다. 이에 대한 법적 공방들은 크게 후자의 제한이 ‘본질적’인 것인지, ‘허용될 수 있는 수준’의 것인지에 대한 견해를 달리하고 있다고 요약할 수 있다.
복수노조 허용 이후의 단체교섭과 관련하여 어떠한 제도를 도입할 것인지에 대해 많은 법적 견해들이 제시되었는데, 복수노조 허용은 자주적 단결권을 확대하려고 하지만 교섭창구 단일화 제도는 소수노조의 단체교섭권과 단체행동권을 제한하게 된다.