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1991년 지방의회제도가 실시되고, 1995년 지방자치단체장을 선거로 선출하면서 본격적인 지방자치제도가 시작되었다. 이때부터 법령의 해석집행과정에서 중앙부처간의 이견뿐만 아니라 중앙부처와 지방자치단체와의 의견대립도 문제되기 시작하였다. 이에 따라 1999년 10월 대통령령인 ｢법제업무 운영규정｣의 개정으로 제한적으로나마 지방자치단체도 둘 이상의 중앙부처간 해석의견이 달라 해당 법령의 집행업무를 수행할 수 없는 경우에 우선 해당 중앙부처로 하여금 법제처에 법령해석을 의뢰하도록 요청하고, 만일 20일 이내에 법제처에 해석요청을 하지 않는 경우에는 지방자치단체가 직접 법제처에 법령해석을 요청할 수 있게 되었다. 이는 지방자치단체도 2이상 중앙부처의 법령해석이 상충되는 경우에는 법제처의 정부유권해석제도를 이용하여 법령해석에 관한 정부견해를 통일하고 신속하게 일선 행정기관의 민원행정 처리를 하려는 취지라고 할 것이다. 이는 지방자치단체로 하여금 정부유권해석제도를 매개로 중앙부처간 이견이 있는 사무에 대해 직접적으로 해결을 도모할 수 있도록 함으로써 실제로 법령의 집행업무를 수행하는 일선 지방자치단체의 법령해석 필요성과 적시성에 부응하는 계기를 마련하게 되었다고 본다. 따라서 이 당시 정부유권해석제도는 종전의 중앙부처간 이견의 조정자로서의 역할과 더불어 지방자치시대를 맞아 일선지방자치단체의 법령집행업무에 도움을 줄 수 있는 역할을 수행할 수 있게 되었다.
지방자치제도가 시작된 이후 중앙부처와 의견 대립이 문제되기 시작했다. 법제업무 운영규정의 개정 이후 해석 의견이 달라 업무가 불가능한 경우 중앙부처가 20일내 법제처에 법령해석을 의뢰하지 않으면 지방자치단체가 직접 법령해석을 요청할 수 있게 되었다. 이는 정부견해를 통일하고 빠르게 민원행정을 처리하려는 목적이며 지방자치단체가 직접적으로 해결할 수 있도록 도모했다고 본다.