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마지막으로 중재재판소는 차고스 제도의 육지주권에 관한 분쟁과 영국의 해양보호구역 선포에 관한 분쟁을 별개의 문제로 취급하여, 전자에 대해서는 관할권을 부인하였으나 후자의 문제에 대해서는 관할권을 행사할 수 있다고 판결하였다. 중재재판소는 원칙적으로 협약 제288조 제1항에 따라 협약에 관한 분쟁을 해결하기 위해 필요한 부수적인 사실확정이나 법적 결정을 할 수 있는 관할권이 있지만, 사건의 실질적인 쟁점과 소송물이 협약에 관련된 것이 아니고 부수적인 연관성을 가진 것에 불과하다면 관할권을 행사할 수 없다고 판시하였다. 중재재판소는 영토주권에 관한 부차적인 쟁점(minor issue)이 협약의 해석이나 적용에 관한 분쟁에 수반될 수 있는 가능성을 완전히 배제하지는 않았지만, 일단 소송물이 협약과 관련이 없는 영토분쟁인 경우에는 중재재판소가 관할권을 행사하기 어렵다는 점을 명시적으로 밝혔다.
중재재판소는 협약 제288조 제1항에 따라 영국의 해양보호구역 선포에 관한 분쟁 처럼 사건의 실질적 쟁점 협약에 부수적인 연관성을 가진 것이라면 중재재판소가 관할권을 행사하기 어렵다고 밝혔다.