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현재 국가 교육과정 지침에서 각 교과군별 학교장의 재량권이 20% 이내로 제한되어 있는데, 이로 인하여 자유학기제 운영에 있어 학교장 의 자율적인 교육과정 편성․운영에 일부 제약이 따른다는 것을 알 수 있었다. 심층 그룹 인터뷰(FGI) 중 한 교사가 언급하였듯이, 자유 학기제가 전면 시행되기 전 학교에서 시행해야 할 가장 중요한 일은 ‘교사들의 인식 개선’일 수 있다. 이를 위하여 단위학교에서 시간을 가지고 자유학기제에 대한 취지를 전파하는 것이 중요하며, 따라서 각 학교의 자유학기제 운영 모형에 집중하는 것보다는 교육과정 전반에 대한 인식 개선을 위하여 학교의 자율성을 되도록 살려야 한다고 주장한다.
교육과정 자율 편성에 정해진 한계가 있는 점을 감안하면  자유 학기제 실시에 앞서 학교별 운영 방안 보다는 교육과정에 대한 인식 제고를 위하여 자율화에 더 중점을 두어야 한다.