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평가수행 단계의 경우, 평가위원의 적절성에서 대체로 적정 수의 평가위원이 참여하고 있으며, 해당 분야를 전공한 전문가들로 구성되고 있어서 전문성이 높은 것으로 분석되었고, 평가모형의 적절성에서 현행 평가지표가 부처의 역량을 진단하고 평가하는데 다소 부족하며 지표의 일관성 및 중복 문제가 제기되었다. 또한 정성적 평가 기준이 다소 모호하며, 부처의 현실과 여건을 반영할 수 있는 명확한 판단근거가 필요하다고 지적되었다. 평가방식의 적절성에서, 총괄부처는 특정평가 방식을 선호하는 반면 부처와 전문가들은 자체평가 방식이 타당하다고 보고 있으며, 평가절차 및 일정에 관하여 부처는 행정자치부의 실태점검 시기를 앞당겨 점검 결과를 환류할 수 있기를 원하는 것으로 나타났다.
평가위원의 수와 전문성은 적절하지만 평가지표는 다소 부적절하다고 분석되었다. 총괄부처와 부처 및 전문가들은 각각 특정평가와 자체평가 방식을 선호하며 부처는 이른 점검을 통한 환류를 원하고 있었다.