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동시에, 핵실험 이후 나와즈 샤리프(Nawaz Sharif) 파키스탄 총리의 일방주의적 권력 행사로 민-군 갈등이 초래되고 있었다. 핵실험 직후의 비상사태 선포와 함께 샤리프 총리의 일방적인 국책 사업 결정 등으로 야기된 당시의 국내정치적 분열은, 경제사정의 악화와 그 영향을 우려하던 군부로 하여금 샤리프 총리의 정치적 역량에 대한 우려를 갖게 했던 것이다. 당시 카라마트(Jehangir Karamat) 참모총장은 악화된 경제사정으로 인해 안보부문이 부정적인 영향을 받을 수 있다는 우려를 공개적으로 표출했고, 샤리프 총리는 카라마트 참모총장을 경질함으로써 정치상황에 대한 군부의 우려를 묵살했다. 이러한 민-군 갈등은 카르길 위기 이후인 1999년 가을 군부의 쿠데타로까지 확대되었다.
핵실험 후 비상사태로 야기된 정치적 분열은 파키스탄 총리의 일방적 권력 행사로 민-군 갈등을 빚었으며 참모총장은 이것이 안보를 위협할 것을 우려했으나, 묵살당했다. 결국 1999년, 군부 쿠데타가 시작됐다.