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형사소송법 제106조 제3항에 정보저장매체 등을 압수할 수 있도록 규정을 둔 지 수년이 지난 현재까지도 정보저장매체의 압수ㆍ수색을 둘러싼 많은 해석상의 쟁점들에 대하여 문제가 제기되고 있는 실정이다. 특히 동 조항에서 ‘출력과 복제압수의 원칙’과 ‘원 정보저장매체의 예외적 압수’를 명문으로 규정하였으나 실무에서는 이를 오히려 ‘원 정보저장매체 압수의 원칙’과 ‘출력과 복제압수의 예외적 압수’로 뒤바꿔 변칙적으로 운용한다는 점이 비판의 중심에 서 있다. 이러한 문제점을 끊임없이 지적하자 실무에서도 정보저장매체와 관련한 압수ㆍ수색절차에서 해당 법조항과 적정절차를 철저히 준수하도록 각종 내부지침을 마련하여 시행해 오고 있다. 현재 실무에서도 학계에서 우려하는 바와 같이 마구잡이로 법 규정을 수사편의주의만을 추구해 온 과거의 사고에서 탈피하여 적정절차를 철저히 준수하려는 경향이 강하게 나타나고 있다.
정보저장매체 압수, 수색 규정은 문제가 제기되고 있다. 출력자 복제압수의 원칙과 원 정보저장매체의 예외적 압수를 변칙적으로 운영하는 것이 비판의 중심이다. 이를 통해 실무에서도 적정절차 준수 지침을 마련해 준수하려는 경향이 나타나고 있다.