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그러나 이와 같은 종전 실무에 대해서 다음과 같은 비판이 있었다. 첫째, 특허발명의 기술적 범위와 유효성분, 효능 및 효과가 동일한 선행처분은 존재하지만 해당 특허발명의 실시는 허가되지 않았던 경우, 선행처분으로는 해당 특허발명을 실시할 수 없었음에도 불구하고, 해당 특허발명을 처음으로 실시할 수 있게 한 후행처분에 기초해서는 연장등록이 인정되지 않는다. 이는 특허발명의 실시에 정령에서 정하는 처분을 받는 것이 필요한 경우에는 존속기간 연장등록 거절이유가 되지 않는다는 것을 전제로 하는 일본특허법 제67조의3 제1항제1호의 명문규정에 반한다. 둘째, 1987년 법 개정 당시와 같이 주로 새로운 유효성분, 효능 및 효과에 대한 개발 인센티브가 중요한 시점에서는 적절한 규정일 수 있으나, 1990년 이후 그 중요성이 증가하고 있는 제형, 용법 및 용량에 특징이 있는 약물전달 시스템의 보호 및 혁신에 대해서는 적절하지 않다.
종전 실무에 대해서 특허발명의 연장등록과 적합한 규정 실시가 아니었다는 비판이 존재한다. 특허발명의 실시에는 특정 상황이 적용되어야 하는데, 이와 같은 상황은 규정에 어긋난다는 것이다. 또한 특정 약물전달 시스템에는 적합하지 않다. 