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IT활용감사는 감사업무의 특성에 따라 적용범위 및 방법이 달라지나 일반적인 적용절차는 적용 가능성 검토, 자료 접근, 자료 분석으로 구성된다(INTOSAI, 2007). 보다 구체적인 절차로서 유럽감사원(European Court of Auditors)은 IT활용 감사기법지침(Guidelines on Computer Assisted Audit Tools)을 통해 제시하였다(호진원, 2010). 즉 IT활용 감사절차는 적용 가능성 검토, 데이터 수집, 데이터 무결성 분석, IT통제환경 점검2)을 통한 감사테스팅, 감사결과 도출로 구분되며 여기서 적용 가능성 검토는 IT활용감사가 감사목적에 부합하는지를 검토하여 데이터 형태를 고려한 가장 적합한 분석방법을 도출하는 데 있다. 앞서 제시한 절차를 통해 정리하면 IT활용 감사절차는 기획단계, 분석단계, 확인단계로 구성된다. 여기서 감사기획단계는 감사업무가 정보시스템을 활용하는데 적합한지를 검토하는 것이며, 분석단계는 적합한 감사사례를 대상으로 자료를 수집하고 분석하는 업무이다. 마지막으로 확인단계는 분석결과 도출된 결과에 대해 업무 담당자의 면담과 관련 서류 검토를 통해 최종 확인하는 과정이다.
유럽감사원은 IT활용 감사기법지침을 통해 구체적인 감사절차를 제시하였다. IT활용 감사절차는 기획단계, 분석단계, 확인단계로 구성되어있다. 이는 적용 가능성 검토, 데이터 수집, 데이터 무결성 분석, 감사테스팅, 결과 도출 순서로 이뤄진다.