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군사혁명위원회는 '국가재건최고회의'로 재편하여 3년간의 군정통치에 착수하였다.군정기간 중 군사혁명세력은 '특수범죄(반혁명, 반국가행위)처벌법', '정치활동정화법' 등의 조치로 정치적 반대세력과 군부 내의 반대파까지 제거하였다. 또한 핵심권력기구로서 '중앙정보부'를 설치하고 '민주공화당'을 조직한 후 대통령제 복귀와 기본권 제한, 국회에 대한 견제를 골자로 하는 헌법 개정을 시행하였다. 군사정변 후 군부는 무엇보다 자신들의 정치 기반을 확고히 하는 데 주력하였다. 군부를 안정적으로 통제하면서 민간 정치인들의 정치활동을 제한하였다. 국민들의 저항을 최소화하기 위해 군정을 2년간 실시한 후 민정이양을 하겠다고 약속하였다. 이와 함께 국가안전보장에 관련되는 국내외 정보사항 및 정부 각 부처의 정보수사 활동을 감독하기 위해 중앙정보부를 창설하였다.
군사혁명위원회가 국가재건최고회의로 개편된 이후 특수범죄처벌법, 정치활동정화법 등으로 세력을 공고히 했다. 최고회의는 중앙정보부와 민주공화당을 조직하면서도 민정이양을 약속해 국민들의 반감을 줄이고자 했다.