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우리 대법원은 공정거래위원회의 전속고발권에 대해서는 고소불가분의 원칙이 적용되지 않는 것으로 보고 있는데, 고소불가분의 원칙에 대한 적용범위를 엄격하게 해석하여 친고죄와 유사한 반의사불벌죄에 대해서도 고소불가분의 원칙은 적용되지 않는다고 판시하였다. 즉, 대법원은 “형사소송법이 고소와 고소 취소에 관한 규정을 하면서 제232조 제1항, 제2항에서 고소취소의 시한과 재고소의 금지를 규정하고 제3항에서는 반의사불벌죄에 제1항, 제2항의 규정을 준용하는 규정을 두면서도, 제233조에서 고소와 고소취소의 불가분에 관한 규정을 함에 있어서는 반의사불벌죄에 이를 준용하는 규정을 두지 아니한 것은 처벌을 희망하지 아니하는 의사표시나 처벌을 희망하는 의사표시의 철회에 관하여 친고죄와는 달리 공범자간에 불가분의 원칙을 적용하지 아니하고자 함에 있다고 볼 것이지, 입법의 불비로 볼 것은 아니다”고 판시하고 있는데, 공정거래위원회의 고발권행사에 대해서도 마찬가지의 입장을 취하고 있는 것이다.
대법원은 공정거래위원회가 가진 전속고발권에 대해 고소불가분의 원칙이 적용되지 않는 것으로 보고 있는데, 범위를 엄격히 해석해 친고죄와 유사한 반의사불벌죄에 대해서도 고소불가분 원칙은 적용되지 않는다고 말했고, 공정거래위원회의 고발권도 유사한 입장을 취하고 있다.