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REMI 모형을 사용한 이번 분석은 분명한 한계를 갖는다. 우선 탄소세의 부과 대상을 제조업의 연료연소 기원 온실가스 배출에 국한하였다. 제조업에서 화석 연료 연소를 통해 배출하는 온실가스가 국내 배출량의 대부분을 차지하는 것이 사실이다. 그러나 심상정 의원 발의안처럼 화석연료 자체에 세금을 부과한다면 산업 외에 다른 부문, 특히 수송부문에 영향이 클 수 있다. 제조업 다음으로 배출을 많이하는 발전부문을 제외한 것도 한계점인데, 전력사용을 통한 간접배출에 과세를 함으로써 발전부문에 대한 영향을 어느 정도 설명을 하였다고 본다. 이외에도 REMI 모형이 갖는 내생적 한계점들이 있으나 탄소세 부과라는 충격의 파급효과가 산업연관을 통해 지역별, 산업별로 나타나는 양상을 보여준 결과는 높은 유용성을 갖는다.
탄소세의 부과 대상을 제조업의 연료연소 기원 온실가스 배출에 국한한 경우, 수송 부문에 영향이 클 수 있다. 또한, 발전부문은 제조업 다음으로 배출을 많이 함에도 제외된 것은 이 모형의 한계이다.