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첫째, 유럽통합이 개별적인 국민국가(Nation-state)간 통합이라면, 통일은 단일 국민국가 내 대립하고 있는 합법적(de jure) 정부와 실질적(de facto) 정부 간의 결합이라는 점이다. 둘째, 통합은 국가 간 평화적 수단에 의한 공동체 형성이 전제되지만 분단국 통일의 경우 역사적·이념적 대립이 오랫동안 지속되어 왔으며, 무력에 의한 통일의 가능성이 완전히 배제되지 않는다. 셋째, 이와 관련하여 통합이론은 국가간 상호의존을 통합의 중요한 요소로 간주하고 있으나 분단국의 경우 각각 분단 이전 국가의 대표성과 정통성을 계승하고 있다고 주장하므로 상호의존을 거부하려는 경향이 내재되어 있다. 넷째, 통합이론은 기본적으로 정치·경제·사회·문화의 다차원적이고 상호연계되는 통합의 과정을 포괄적으로 상정하고 있으나, 통일은 비교적 단기간의 정치·제도적 단일 대표정부의 수립을 목표로 한다. 이러한 차이로 인해 통합이론을 단순히 통일과정과 일치시켜 논의하는 것은 한계가 있다. 그러나 본 연구의 경우 통일을 단순한 일시적 정치제도적·법적 단일정부의 수립만으로 파악하지 않고 통일직전의 분단해소기, 체제통합기, 국가 완성기라는 장기적이고 단계적인 과정으로 파악하고 있는 바 통합이론에서 제시하고 있는 제반 변수와 이들 변수간의 이론적 관계는 본 연구의 심화를 위해 반드시 지적하여야 할 사항이라고 할 수 있다.
결합 대상, 무력 동원 가능성, 상호의존에 대한 태도, 단일 정부 수립 등의 차이로 인해 통합이론을 통일과정과 동일하게 볼 수는 없다. 그러나 본 연구에서는 통일을 분단해소기, 체제통합기, 국가 완성기라는 장기적이고 단계적인 과정으로 파악하고 있으므로 본 연구의 심화를 위해서는 통합이론에서 제시된 변수들과 변수들 간의 이론적 관계를 반드시 살펴야 한다.