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2006년 3월 서울시교육청 교육 정보센터에서 김진표 부총리 겸 교육인적자원부 장관과 교육 관련 단체 대표들이 참석한 가운데 이른바 교육 행정정보시스템의 개통식이 열렸다. 이로써 2003년 3월 교육부의 1차 개통 후 마찰을 빚어 왔던 ‘교육 행정정보시스템’이 드디어 새롭게 정비되어 전국 1만여 곳의 학교에서 개통식을 맞이하게 되었다. 이날 개통된 ‘교육 행정정보시스템 교무업무시스템’은 기존 교육 행정정보시스템의 27개 영역 중 전국교직원노동조합이 요구했던 3개 영역(교무·학사, 입학·진학, 보건)의 데이터베이스를 분리하여 별도 구축된 시스템으로, 교사의 업무 효율성 증진과 교육지원 기능을 높였다는 평가를 받게 된다. 실제로 교무업무는 대폭 간소화되었다. 예컨대, 종이문서 85종이 없어졌으며 전자문서관리로 업무처리절차가 간소화되었고, 교육행정 관련 업무통계 자료를 쉽게 검색, 처리할 수 있게 되었다. 또한 학교별 데이터베이스 구축 및 권한 분리, 학생의 주요 개인정보의 암호화와 7단계 보안체계 등을 구현하여 그간 논란이 되었던 안전성과 신뢰성을 일정 수준 확보하는 데 성공하였다. 기존의 클라이언트/서버(C/S) 기반의 학교 단위 분산 연계시스템과 비교할 때 무엇보다 두드러진 특징은 인터넷을 통한 전국 교육 정보공유체제의 확립과 이용자 접근성이 높아졌다는 데에 있었다.
‘교육 행정정보시스템 교무업무시스템’은 전국교직원노동조합의 요구를 반영하여 교사의 업무 효율성과 교육지원 기능을 제고했다. 또 학교별 데이터베이스를 구축하고 권한을 분리했고, 학생의 개인정보를 암호화 하는 등 보안체계를 마련하여 안정성과 신뢰성을 높였다. 무엇보다 인터넷을 통한 전국 교육 정보공유 체제가 마련됐고 이용자의 접근성이 높아진 것이 특징이다.