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대기업·공공부문·정규직 중심의 분권화된 노동조합의 조직구조 또한 노동시장의 이중구조화를 가중시키는 요인이다. 2012년 기준으로 우리나라의 전체 노조조직률은 10.2%이나 1,000명 이상 노조에 속하는 조합원수 비율은 무려 72.4%에 달한다(고용노동부, 2013). 그간 산별체제로의 전환 노력이 기울여져 왔음에도 임금결정은 여전히 기업 단위에서 이루어지는 경향이 강하며 노조가 갖는 업종이나 지역별 또는 직종별 임금 수준의 평준화 내지 표준화 기능이 극히 취약하다(노용진 외, 2014). 가설적으로는 노동조합의 존재가 정규직과 비정규직의 임금격차를 ‘축소’할 가능성과 ‘확대’할 가능성이 모두 존재한다. 하지만 실제에 있어서는 노동조합의 존재가 정규-비정규 간 임금격차를 ‘확대’한다는 가설을 지지하는 방향으로 결과가 나타나고 있으며(이인재, 2009b, pp.219~226), 이는 우리나라에서 집단적 근로조건 결정시스템의 기능이 전반적으로 저하되고 있음을 의미한다(김훈·박종희, 2011).
대기업·공공부문·정규직 중심의 분권화된 노동조합의 조직구조는 현실적으로 노동시장 내의 정규-비정규 간 임금격차를 '확대'하는 이중구조화를 가중시킨다. 이는 우리나라에서 집단적 근로조건 결정시스템의 기능이 전반적으로 저하되고 있음을 의미한다.