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그러나, 앞서 1.의 가. 항 기초사실에서 본 바와 같이 ○○고등학교가 매일 아침 각 반에서 진행되는 ‘경건회 시간’을 두고 학생들이 참석하지 않으면 담임선생님이 학급지각으로 처리하고 주의를 주기도 하였고, ‘수요예배’ 시에는 선생님들이 수시로 학급을 돌면서 교실에 남아 있는 학생이 있는지 여부를 확인하고, 적발되는 경우에는 청소를 시키는 등의 불이익을 주거나 심지어 체벌을 가하기도 하였다면, 이는 원고를 비롯한 기독교를 신앙하지 않는 학생들에게도 본인의 진정한 의사에 관계없이 사실상 위와 같은 ‘경건회 시간’이나 ‘수요예배’의 참석이 강제된 것이라 보지 않을 수 없고, 또 위와 같은 ‘경건회 시간’이나 ‘수요예배’는 어느 학교나 시행하는 통상적인 학교의 행사라기보다는 그 내용상 특정 교리와 의식을 주입하는 종교적인 색채가 강한 것이므로, 앞서 본 법리에 비추어 보면 이는 피고의 선교나 신앙실행의 자유보다 더 본질적이며 인격적 가치를 지닌 상위의 기본권에 해당하는 원고의 신앙의 자유를 위법하게 침해한 것에 해당한다 할 것이다.
○○교등학교가 경건회에 결석하면 지각처리하고 수요예배때는 불참자에게 불이익을 주고 체벌을  했다. 이것은 기독교를 믿지않는 학생들에게 특정교리와 의식을 강요함으로 인격적 가치를 지닌 상위 기본권인 신앙의 자유를 침해한 것이라 할 수 있다.