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첫째, 정부가 보상액 및 방식을 미리 정하는 진행되어 주민이 개입할 여지가 없다는 점을 들 수 있다. 가령 경주시의 특성이나 다른 산업과 연관이 낮은‘양성자 가속기’대신에 다른 국책 사업을 유치하도록 정부와 협상하는 주도적인 참여의 행위는 없었다. 또 보상의 배분 문제에 있어서도 주민 참여 없이 시의원의 결정에 따라 이루어졌다. 현재 밝혀진 바로 경주 방폐장 보상 금액의 경우 3000억원 중 절반인 1500억원을 미래 사업이 아닌 현안 사업에 투자되었다. 정부의 보상에 대한 설문조사 결과를 살펴보면, 부정적 응답(79.2%)이 긍정적 응답(20.8%)보다 월등히 높은 것으로 나타나기도 하였다.
예를 들어 경주의 경우, 정부가 주민의 참여없이 보상액과 방식을 미리 정해 보상에 대한 시민들의 부정적인 응답이 79% 정도로 훨씬 높았다.