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전술한 바와 같이, 제주도가 한국 해양안보에 기여할 수 있는 근거가 명백한데도 그동안 제주해군기지 건설을 반대하는 주장이 계속되어 왔다. 여기에는 과거 제주도의 역사상 경험도 일부는 작용했을 것으로 보인다. 고려를 침략한 몽골제 국은 삼별초의 저항을 완전 진압하고, 그 최후거점이던 제주도를 직할령으로 삼아 일본 침공을 위한 전초기지로 운영했다. 고려 말부터 조선 명종시대에 이르는 240년 동안은 제주도에 30여 차례가 넘는 일본해적(왜구)들의 침범이 있었다. 일제 강점기인 1934년에는 제주도 모슬포에 알뜨르 비행장이 세워져 중국을 공격하기 위한 폭격기가 배치되었고, 제2차 세계대전 막바지에는 미군의 상륙 가능성에 대비해 제주도 전역에 80여 개의 동굴 기지가 설치되기도 했다.
제주도가 한국 해양안보에 기여할 수 있는 근거가 명백한데도, 제주해군기지 건설을 반대하는 주장이 계속되어 온 까닭은 과거 외세의 침략과 전쟁 등 제주도의 역사상 경험도 일부는 작용했을 것으로 보인다.