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그러나 이 탈북청소년 교육 종단 조사 자료들은 남한의 일반학생과의 비교가 가능하지 않고, 이 연구 패널 성격 자체가 초, 중학교 모두 북한 출신과 중국 출신 학생들을 고루 포함하고 있지 않다는 점 등에 의해 연구 결과를 해석하기가 어렵다는 한계를 지닌다. 북한출신 중학생 집단이 가장 적응에서 어려움을 겪는다고 할 때 그것이 일반적으로 고학년으로 갈수록 학교에 대한 만족도가 떨어지고 있다는 것을 의미하는지, 아니면 북한출신 탈북청소년이기 때문에 나타나는 현상인지에 대한 판단이 가능하지 않다. 일반적으로 한국의 초등학생보다 중학생들의 학교교육 만족도가 떨어진다(김정원 외, 2009; 182-186; 남궁지영 외, 2012: 70; 남궁지영 외, 2014: 170;  박경호 외, 2015: 88 등)고 보고되고 있기 때문이다.
탈북청소년 교육 종단 조사 자료는 연구 결과를 해석하기 어렵다는 한계가 있다. 북한 및 중국 출신 학생으로 조사 범위가 넓고, 고학년이기 때문인지 북한출신 청소년이기 때문인지 판단이 불가능하다.