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위와 같이 법률에서는 모든 수사에 관하여 검사의 지휘를 받도록 규정하고 있으나 현실에서는 수사지휘건의를 소극적으로 행하여 검사로서는 수사지휘를 하려고해도 위의 대통령령 제74조에 정한 범죄와 다른 사건에 대해서는 어떤 사건이 경찰수사중인 것을 알 수 없어 수사지휘를 할 수 없다. 환언하면, 수사지휘 및 수사준칙 제74조에서 사법경찰관의 “수사 개시 보고”의무를 정한 이외의 범죄에 대해서는 수사지휘를 하려고 해도 수사지휘를 할 수 없다. 그 결과 법률개정이전인 2012년에는 경찰이 검찰로부터 사전수사지휘를 받는 비율은 14%에 상당하는 건수가 2015년에는 0.5%로 대폭 줄어들었다. 이를 근거로 검찰에서는 “경찰은 이미 수사 자율성을 확보하고 있다고 주장한다.” 이에 대해 경찰은 “특히 검찰이 수사를 지휘하거나 직접 수사하는 0.5%의 사건에서 검찰제도의 문제점이 여실히 드러난다고 주장한다. 정치인과 판ㆍ검사 등 고위공직자 연루 비리나 기업범죄 등 정치ㆍ경제ㆍ 사회적으로 민감한 사건의 경우 경찰이 먼저 단서를 포착해 제대로 수사하려고 해도(자체) 수사권과 영장청구권을 독점한 검찰이 협조하지 않으면 현실상 어렵다는게 경찰의 큰 불만이”라고 한다.
법률에서는 본래 모든 수사가 검사의 지휘를 받도록 되어있으나 "수사 개시 보고" 의무 사건을 제외하고는 수사지휘를 할 수 없으며 실제로 지휘를 받는 사건은 아주 적으며 줄어들고 있다. 이에 검찰은 경찰이 수사 자율성을 확보하고 있다고 말하나 여전히 검찰의 협조가 필요한 사건이 많다는 것이 경찰 측의 의견이다. 