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문제는 이와 같이 다수기관 간 연계사업이 확산되고 있음에도 불구하고, 평가나 감사분야에서는 아직 이 영역이 적극적으로 다루어지지 않고 있다는 데 있다. 정부업무평가를 보면 다수부처 연계사업에 대한 평가가 있기는 하나 여전히 각 기관 중심적 성격을 벗어나지 못하고 있다. 감사에서도 마찬가지로 주로 단일기관 관점에서 사업이나 정책을 점검하거나 연계 미비로 인한 유사․중복을 지적하는 데 초점을 맞추었지 다수부처 연계사업 자체에 대한 감사는 상대적으로 소홀하였다고 할 수 있다. 그 결과 다수부처 연계사업은 사실상 성과관리나 감사에서 상당히 벗어나 있었다고 볼 수 있다.
기관간 연계사업이 확산됨에도 성과관리나 감사분야는 각 기관 중심적 성격을 벗어나지 못하고 있다.