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수업에서도 학습부진의 원인을 찾을 수 있다. 개별 학습자의 진도가 아니라, 교육과정·교과서 진도 나가기에 초점을 맞추는 수업에서 진도를 따라가지 못하는 학생들은 책상에 엎드려 자거나 수업 시간이 끝나기만을 고대하며 창밖만 멍하니 바라볼 수밖에 없다. 가장 좋은 건강관리 방법이 예방이듯이, 학습부진 학생들 지도에서 가장 바람직한 방법은 학습부진이 아예 발생하지 않도록 하는 예방적 지도이다. 이를 위해서는 교육과정·교과서 진도가 아니라 학습자의 진도가 중시되는 교실 수업으로 바뀌지 않으면 안 된다. 아무것도 알아듣지 못한 채 기나긴 수업 시간을 인내로 버텨내고, 방과 후 한두 시간의 보정학습만으로 긴 시간 동안 결손된 학습 내용을 메우기는 역부족이다. 블록타임으로 수업을 운영, 반드시 일정 시간은 부진학생을 위한 맞춤형 학습을 한다거나 개별학습 점검, 협력학습·프로젝트학습 등의 다양한 수업 방식을 적용하여 부진학생들에게도 참여할 수 있는 기회를 제공하는 등 학습부진이 정규 수업에서 최소화되도록 해야 한다.
학습자의 진도가 중시되는 수업이 필요하다. 사후에 방과후 학습이나 보정학습이 아니라 처음부터 학생들 위주로 수업을 한다면 학습 부진학생들을 줄일 수 있을 것이다.