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그 동안 법령해석업무는 정부입법에 대한 심사업무를 주로 하는 각 법제심의관실(또는 법제관실)에서 부수적인 업무로 처리하였으나, 2005. 7. 13. ｢법제처 직제｣ 및 ｢법제처 직제 시행규칙｣의 개정으로 법령해석업무를 전담 처리하도록 하기 위하여 3팀 25명으로 구성되는 법령해석관리단을 신설하도록 하였다. 법령해석관리단은 법제처에 제출된 법령해석안건에 대하여 질의 배경 등 사실조사, 해석 요청기관 및 법령 소관 기관의 의견수렴, 판례 및 해석례 분석, 그간의 법령 운영 관행 등 종합적이고 전문적인 사전검토를 통하여 법령해석안건이 법령해석심의위원회에서 보다 심도 있게 심의될 수 있도록 하는 간사 역할을 수행하는 등 정부유권해석제도의 총괄적인 운영을 담당하고 있다.
2005년 법 개정을 통해 법령해석업무를 전담으로 처리하는 법령해석관리단이 신설되어 기존보다 심도 있는 법령해석의 조사, 분석, 심의 등을 수행하며 정부유권해석제도의 총괄 운영을 담당한다.