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따라서 전반적으로 평가주체의 중립성, 객관성, 전문성 확보수준은 보통정도로 판단하였으며, 평가주체의 선정과정 등에 대해 비교적 엄적한 기준을 개발･적용하고 있는 통합평가의 경우 상대적으로 우수하다고 평가하였다. 그러나 “지방자치단체 출연 연구기관 평가”의 경우 1차적으로 각 시도에서 평가가 수행되고, 행자부에 대해서는 보고만을 하고 있다. 따라서 상대적으로 평가의 중립성 등이 확보되지 못할 가능성이 더 낮아 미흡하다고 보았다. 또한 “개방형 직위의 운영 실태에 대한 조사･평가”의 경우 정기적 평가로 실시되고 있지 않았기 때문에 미흡하다고 보았다.
통합평가는 평가주체 선정과정이 철저해 점수를 높게 준 반면 지방자치단체 출연 연구기관 평가는 평가주체가 시도여서 중립성 담보가 어렵고 비정기적이어서 낮게 배점했다.