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우선 죄형법정주의의 문제가 있다. 체제불법 청산의 대상이 되는 범죄들은 대부분 체제가 유지되는 동안에는 정권범죄를 정당화하는 사유가 있었거나 아예 처벌법규가 없어서 아무런 처벌을 받지 않았던 것일 가능성이 크다. 그런데 통일 후에 이러한 범죄 행위들을 처벌한다면 형법불소급의 원칙에 위배되는 것이라는 문제가 있다. 이와 관련해서는 소급효 금지 원칙의 배제를 규정한 유엔인권협약 제7조 제2항을 근거로 소급입법을 정당화할 수는 있겠지만 형법불소급의 원칙의 배제를 폭넓게 인정하는 것은 법치국가의 이념에 반할 것이므로 소급입법은 사회적 합의를 바탕으로 신중하게 이루어질 수밖에 없다.
통일 후 체제불법 청산 대상 범죄를 처벌하면 형법불소급 원칙에 위배되고, 원칙 배제를 광의 해석하는 것은 법치국가 이념에 반하므로, 사회 합의를 토대로 이뤄저야 한다.