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감사원과 검찰은 국가사정기관으로서 기능과 역할 면에서 상호 보완 내지 협력하여야 할 부분이 많다. 감사원은 헌법기관으로서 국가회계검사와 공무원에 대한 직무감찰을 통하여 국가예산 집행의 효율성 및 적정성을 제고하는 데 있으나, 감사활동 과정에 범죄혐의가 있다고 판단되는 사항에 대하여는 감사위원회의 의결 등 엄격한 절차를 거쳐 검찰에 고발 또는 수사요청하고 있다. 이러한 범죄의 수사단서 제공은 개별범죄로서 일회성에 그치는 경우도 있지만, 사건내용에 따라서는 유형화하여 근본적인 범죄내용을 파헤쳐 발본색원할 내용도 있을 것이다. 즉 감사원의 고발은 감사과정에 범죄혐의의 상당성22)을 검토하고 감사위원회의 의결 등 신중한 검토를 거쳐 하는 것이므로 수사를 통하여 감사과정에 밝혀내지 못한 부분까지 더 철저히 파헤쳐 적어도 국가 또는 지방자치단체 등 공공기관을 대상으로 하는 범죄행위가 엄격하게 단죄되어야 한다는 의미가 있다고 할 수 있다. 그런데도 감사원 고발 처리와 관련해서는 감사원과 검사의 업무처리방식, 업무환경과 조직문화 등에 기인한 입장 차이 등으로 처리방향 및 결과에 상당한 간극이 존재하는 것이 사실이다. 본 논문은 사건처리현황을 토대로 간극의 원인을 규명하고 감사원 고발제도의 내실화 방안으로 감사과정상 범죄구성요건을 충족할 수 있는 증거서류의 확보 강구, 감사관의 범죄구성요건 등 수사절차에 대한 이해와 교육, 감사원 고발사건에 대한 검사의 특별관리방안 제도화를 제시하였다. 본 논문에서 제시한 대안이 투명․공정사회의 선도적 역할을 수행하고 있는 감사원의 발전에 미약하나마 보탬이 되기를 기대해본다.
감사원과 검찰은 서로 상호 보완하며 협력해야 하는 경우가 많다. 그러나 감사원 고발 처리와 관련해서는 감사원과 검사 측의 입장 차이와 그로 인한 간극이 존재한다. 본 논문은 그 간극의 원인을 찾고 이러한 경우에 대한 검사의 특별관리방안 제도화를 제시한다. 이 대안이 감사원의 발전에 보탬이 되길 바란다.