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보통 정책을 위한 증거와 관련되어 나타나는 비판이나 쟁점들은 이러한 증거의 질과 관련된 것들이다. 이 쟁점들은 다시 내적타당도와 관련한 쟁점과 외적타당도와 관련한 쟁점으로 나눌 수 있다. 이 중 전자에는 질적인 증거의 중요도와 앞서 언급한 증거의 위계에 관한 것이다. 우선 초기의 증거기반 정책에서 무시되어 온 질적인 증거의 중요도에 대해 재평가해야 한다는 주장이 강해지고 있다. 특히 대표본을 이용한 질적 연구는 정책을 위한 중요한 증거로서 평가되어야 한다는 것이다. 다른 하나는 랜덤화된 통제실험(RCT)이 보건의학에서와 같이 모든 분야에서 가능한 방법이 아니라는 것이다. 특히 형사사법 분야와 같이 민감한 분야에서 이러한 랜덤화된 통제실험은 현실적인 방법이 될 수 없다는 것이다(Head, 2010:17).
증거의 질 관련하여 내적타당도는 그 중요도와 위계에 관한 것으로 질적 증거를 재평가하여 특히 대표본을 중요한 증거로 삼아야한다는 것과, 형사사법에서 랜덤화된 통제실험은 현실적 방법이 아니라는 주장이 있다.