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이상의 ‘현실적 부담능력’을 고려한 과징금액수의 감경으로 인해 대기업과 중소기업 간의 형평성에 어긋난 과징금이 산정된다는 논란이 다수 존재한다. 이에 대해 국회 및 언론 등에서는 기업규모별로 차등적인 과징금 산정기준을 마련해야 한다고 주장하지만 핵심문제는 공정위의 ‘재량’에 있다. 거듭 위반유형, 위반행위의 중대성, 관련 매출액 등이 반영된 기본 과징금 산정단계에서 기업에 의한 피해규모는 고려되었기 때문에 기업 규모별로 과징금 부과범위를 달리 적용한다는 것은 이미 기업규모가 반영된 기본과징금에 추가적인 감경 혜택을 주겠다는 의미로 해석할 수 있다. 따라서 실제 과징금 단계에서 대기업에 대한 과징금 액수가 중소기업에 비해 낮다고 지적하기 보다는 그 이전 단계에서 공 정위가 현실적 부담능력을 재량적으로 적용하고 있는지 여부를 검토하는 것이 우선되어야 할 것이다.
상대적으로 중소기업보다 대기업이 과징금을 덜 낸다는  과징금 형평성 논란이 있다. 하지만 공정위에서 이미 중소기업에 현실적 부담능력을 보고 재량을 사용하는지를 먼저 봐야 한다.