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비선호시설의 입지와 관련한 갈등은 경우에 따라 중앙정부･지자체･사업관련 업체 등의 행위자가 복잡한 상호관계를 보일 수 있으며, 이러한 과정에서 기관들이 하나의 목소리를 내지 못하고 저마다의 입장과 이익에 따라 각기 다른 목소리를 낼 수 있다. 이러한 정부 간 거래비용의 발생은 그 자체로도 협상의 비효율을 증가시키게 되며, 우리나라의 특성상 정부에 대한 주민의 인식이 중앙정부와 지자체 등을 구분하지 않는 경향이 있는데, 이러한 혼란은 갈등상황에 부정적인 영향을 미칠 수 있다. 폐기물 처리시설의 입지와 관련된 공공갈등의 핵심당사자는 정부와 주민이므로 기관 간 갈등이 주민에 직접적인 영향을 미치지는 않을 수 있으나, 기관 간 의견의 차이로 인한 행정력 소모는 물론, 관련 기관이 각자 다른 의견을 낼 경우 주민들의 혼란이 가중되어 전체 갈등양상이 복잡하게 전개될 수 있다. 그리고 폐기물 처리시설의 입지 정책의 또 다른 특성은 정부와 주민 외에 시설의 설치와 운영을 위탁받아 운영하는 민간업체가 있다는 것인데, 지자체 및 정부가 주민의 반대로 사업을 철회 또는 취소하려고 하는 경우에 민간업체의 반발이 있을 수 있다. 이러한 경우 정부 및 기업은 애초에 정책을 공동으로 추진하려는 의도를 가지고 있었던 것으로 볼 수 있으므로, 기관 간 견해의 차이가 있는 것으로 보는 것이 타당할 것이다. 분배비용과 기관비용에서의 퍼지셋 멤버십은 4개의 구간으로 구분하여, 갈등이 없는 경우(0), 주민 간 또는 정부기관 간 의견의 차이는 있으나 갈등으로 이어지지는 않은 경우(0.33), 갈등이 외부로 표출되어 드러난 경우(0.67), 그리고 이것이 심화되어 법적 소송이 발생한 경우(1)로 설정하였다.
비선호시설의 입지와 관련된 갈등은 복잡한 상호관계를 보일 수 있는데, 기관들은 각기 다른 목소리를 낼 수 있고, 우리나라 특성상 주민 인식이 중앙정부와 지자체를 구분하지 않는데, 이러한 혼란은 갈등상황에서 부정적인 영향을 미칠 수 있다.