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그러나 이러한 대학에 대한 R&D 투자의 증가와 함께 대학 R&D지원사업은 부처별로 복잡다기하여 중복˙비효율적으로 지원된다는 유사˙중복에 대한 지적이 다수 제기되고 있다. 특히 과학기술 및 산업인력양성분야는 부처별, 기술분야별로 특화하여 지원하는 경향이 강해 중복지원의 가능성이 높다. 또한 대학의 특성화에 관계 없이 양적 성과지표 위주로 유사하게 추진되면서 사업간 차별화가 부족하고 사업 목적과 효과 측면에서 유사중복이 존재하는 경우도 존재하고 있다. 유사중복 문제와 함께 연구 성과의 질적 수준의 저조와 사업 목표대비 성과가 미흡한 점도 지속적으로 제기 되고 있다. 대학R&D 투자가 증가함에 따라 SCI논문 수, 등록특허 수 등 연구결과의 양(量)은 세계적인 수준에 진입하였으나, 질적 수준은 정체하거나 저조하며 경제적 성과창출은 미흡한 것으로 나타났는데, 과학적 성과로서 전체 SCI(E) 논문 수는 2008년 34,352편에서 2014년에는 54,691편으로 세계 12위를 기록하였으며, 논문피인용횟수는 2012년 0.54건에서 2013년에는 0.53건으로 하락하였으나, 2014년에는 0.55건으로 다시 미미하게 상승하는 등 질적수준은 양적증가와 비교하여 크게 개선되지 않고 있다. 기술적 성과인 특허의 경우, ‘SMART’ 등급 기준으로 A등급 이상은 11.9%에 불과하다. 한편, 경제적 성과인 공공(연) 및 대학의 기술이전 사업화 성과를 살펴보면 기술이전 건수는 2009년 3,468건에서 2013년에는 7,495건으로 계속 증가중이나, 건당 기술료는 지속적으로 감소하여 2009년 29백만 원에서 2013년에는 18백만 원 수준으로 하락하였다.
대학 R&D 지원사업은 부처별로 다양하고 중복되어 비효율 적이다. 또한 성과지표 위주로 서로 비슷하게 추진되기에 사업간 차별화가 없고 목적과 효과 측면에서 유사하다. 그래서 전체적인 양적증가에 비해 질적 수준의 저조와 목표대비 성과가 미흡하다.