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국토의 균형 발전을 위해 2003년 12월 국회에서 제정된 법이 바로 신행정수도건설특별법, 국가균형발전특별법, 지방분권특별법이었는데, 지방행정연수원 등 공공기관의 지방이전은 바로 국가균형발전특별법과 관련되어 있다. 국가균형발전특별법 제18조 제1항에는 ‘정부가 공공기관의 수도권 집중을 억제하고 지역의 특성 있는 발전을 위하여 수도권 소재 공공기관의 지방이전 시책을 추진해야 한다’고 명시하였으며, 동법 제18조 제3항에서 ‘관계 중앙행정기관의 장, 지자체의 장 및 이전 대상 공공기관의 장은 공공기관 지방이전 시책에 다른 공공기관별 이전 계획 수립 등의 조치를 시행해야 한다’ 고 명시하고 있다. 또한, 국가균형발전특별법에서 대통령 자문 기구로 국가균형발전위원회를 설치하도록 함에 따라 사무처리기구인 국가균형발전기획단과 부처 차원의 업무지원을 위한 국가균형발전지원단이 구성･운용되었다. 실무적으로는 국가균형발전위원회에 구성된 공공기관지방이전특별위원회가 지방이전 대상기관 선정 업무를 담당하였다. 국가균형발전위원회는 2009년 6월 지역발전위원회로 개편되어 운영되고 있다.
국토 균형발전을 위한 국가균형발전특별법에는 수도권 집중억제하고 공공기관 지방이전 추진을 명시하였다.  또한 국가균형발전위원회를 설치하여 지방이전 대상기관 선정업무를 담당하게 하였다.