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둘째, 인권들이 서로 충돌할 수 있다는 점이다. 부패영향평가에서 부패유발요인이라는 기준은 다른 긍정적인 정책 작용과 충돌할 가능성이 높지 않다. 그러나 특정한 인권의 보장을 강화하는 정책을 실시할 때에는 다른 인권에 부정적 영향을 미칠 수 있는 가능성이 높다. 예를 들어 전통시장 상인을 위한 대형마트의무휴업 정책은 전통 시장 상인에게는 긍정적 영향을 주지만, 소비자의 시장 선택권이나 마트 사업주의 경영의 자유에는 부정적 영향을 준다. 그리고 이러한 경우뿐만이 아니라 대부분의 정책이 결국 공동체 구성원의 자유와 권리를 일부는 제약하고 일부는 실현하는 구조를 취하기 때문에 인권 사이의 충돌이나 공익과 인권 사이의 충돌은 인권영향평가에 있어서 상수와 같은 존재라고 인식하여야 한다. 따라서 인권영향평가의 평가 기준은 단순히 일정한 목록의 인권일 수는 없으며, 그러한 인권을 최적화하여 보장하도록 하는 비례성 원칙 등이 포함되어야 한다. 그러나 비례성 원칙을 적용한 체크리스트는 일정한 목록의 인권을 토대로 한 체크리스트에 비교할 때 상대적으로 복잡할 수밖에 없다. 따라서 비례성원칙과 같은 세분화된 인권평가 기준을 포함하는 인권영향평가지침은 일정한 교육을 전제로 해야 원활한 자체 평가가 가능할 수 있다.
개인 간에 또는 공동체와 구성원 간의 인권들은 서로 충돌할 수 있으므로 인권영향평가에는 인권을 최적화하여 보장하도록 하는 비례성 원칙이 포함되어야 한다. 비례성 원칙을 포함하는 인권영향평가지침은 복잡하여 일정 교육을 받아야 시행이 가능하다.