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규제영향분석서를 준비하고 활용하는 데에는 또한 제약요인들도 존재하며, 이러한 요인들이 꼭 제거되어야 할 요인들인지에 대해서는 명확한 결론에 도달하지는 않고 있다. 첫째, 규제의 입법화는 규제담당 기관들의 재량에 제약을 가함으로써 가용한 정부 개입수단들을 제한하는 역할을 한다. 둘째, 좋은 분석은 상당한 시간과 자원을 필요로 하며, 제한된 예산으로 인하여 요구되어지는 수준의 분석을 수행하지 못할 경우 오히려 규제대안의 개발과 집행의 효과성을 저해할 수 있다. 셋째, 같은 맥락에서 규제영향분석을 수행하는 기관들이 영향분석에 요구되는 분석을 수행할 만큼 충분한 조직적 역량을 가지고 있지 않을 경우 마련된 규제분석은 순응을 담보하기보다는 저항을 유발할 수 있다. 마지막 기관 규제영향분석 역량의 증진과 관련하여 TBS-RAS는 중요한 역할을 수행하고 있다.
규제영향분석서를 활용할 때에는 규제의 입법화, 제한된 예산, 규제담당 기관들의 미흡한 조직적 역량 등의 제약요인이 있을 수 있지만, 이 요인들을 꼭 없애야 하는지에 대해서는 확실한 결론이 없다.