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그럼에도 불구하고 시장의 벤처기업 식별 기능이 미흡한 상황은 지속되었고, 이로 인해 법적 정의에 불가피하게 의존하는 벤처기업 정의에 대한 논란은 끊이지 않았다. 이에 정부는 2006년 6월에 보다 객관적이고 시장친화적인 벤처기업 선별 기능을 목표로 벤처기업 확인제도를 대대적으로 개편하였고, 당시 벤처투자기업, 연구개발기업, 그리고 기술평가 보증·대출기업으로 구분된 벤처기업 확인유형은 현재까지 적용되고 있다. 그 결과 벤처기업 확인제도를 통해 법적으로 정의되어 온 우리나라의 벤처기업 수는 1998년 12월 말 1,697개에서 2016년 11월 말 현재 33,137개에 이르고 있다.
번처기업의 법적 정의에 대한 논란에 대응하여 정부는 기업 확인제도를 개편하였다.