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첫째, 한국은 집행기구로 교육감을 두어 독임제를 채택하고 의결기구로 지방의회 교육위원회(상임위)를 설치하여 기관 대립형 형태를 취하고 있는 반면에, 일본은 행정위원회 성격의 교육위원회라는 합의제 집행기구를 채택하고 있다. 1948년 미국교육사절단 권고에 따라 ‘교육위원회 법’을 제정하여 전국 모든 자치단체에 교육위원회를 설치하고 주민 직선(공선제)으로 교육위원을 선출하여 교육을 자주적으로 운영할 수 있는 제 수단(예산안 편성권, 조례안 작성권 등)을 가졌다. 그러나 교육위원 선거과정에서 정치적 대립이 격화되는 등 폐해가 지적되어 1956년 교육위원회 법을 폐지하고 지교행법이 제정되어 교육위원 선임방법의 변경과 교육위원회의 기능 축소를 가져왔다. 교육위원회는 지자체장이 의회의 동의를 얻어 임명한 교육위원 3~6인으로 구성되며, 교육위원회가 가진 조례안 작성 및 예산안 편성권 등이 지자체장에게 귀속되었다.
일본은 교육위원회라는 합의제 집행기구를 채택하고 있는데 이는 미국의 권고에 따라 자주적 교육 운영 수단을 가졌으나 선거과정에 폐혜가 지적되어 위원회와 지자체장으로 권한이 분리되었다.