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2011년도부터 사업타당성조사 제도의 시행 이후 기재부와 방사청, 소요군 등 외부 관련 기관은 사업타당성조사 절차 및 결과에 대해 기관별로 수정 요구 사항을 제기하였다. 대표적인 것으로 기재부는 사업추진계획의 경제성 검토항목에서 다루어지던 총사업비 적절성에 대한 검토 결과를 별도의 장으로 분리해서 제시할 것을 요구하였다. 기재부의 입장에서는 총사업비 관점에서 특정 사업이 반영된 중기 예산으로 추진할 수 있는지 여부가 가장 큰 관심사항이기 때문이다. 또한 해당 예산의 집행을 통해 국민경제, 특히 산업계에 미치는 경제적 효과 및 기술 파급효과 등도 관심사이기 때문이다.
2011년 사업타당성조사 제도의 시행 이후, 기재부는 중기 예산 추진여부, 예산집행의 경제효과에 대한 관심으로 총사업비 적절여부를 검토 및 제시할 것을 요구했다.