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특허 박스 제도로 인해 새로운 구조적 문제가 발생하므로 SME에 세무 관련 자문을 제공할 때 이를 고려할 필요가 있다. 이는 대기업이 겪는 문제와는 그 양상이 매우 다르다. 지식 재산을 소유한 SME에 컨설팅을 제공할 때 눈에 띄는 현상 중 하나는 지식 재산권을 개인이 소유하고 있는 경우나 지식 재산권을 누가 소유했는지 불분명한 경우를 자주 접하게 된다는 점이다. 신생기업은 적절한 자문을 제공받기 위해 필요한 전문 인력을 구비하지 못한 경우가 많은 편이며 따라서 지식 재산권을 둘러싼 복잡한(untidy) 상황이 발생할 가능성이 매우 높다.
특허 박스 제도로 인해 새 구조적 문제가 발생해, SME에 세무 관련 자문 제공 시 이를 고려해야 한다. 지식 재산권을 둘러싼 복잡한 상황이 발생할 가능성이 높다.