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정보수사기관이 보유하고 있는 개인정보 파일에 대한 감독이 제대로 이루어지고 있지 않은 점도 문제다. 개인정보보호법 제32조는 공공기관이 보유하고 있는 개인정보 파일을 행정안전부에 등록하도록 하고 있는데, 국가 안전, 외교상 비밀, 그 밖에 국가의 중대한 이익에 관한 사항을 기록한 개인정보파일 및 범죄의 수사, 공소의 제기 및 유지, 형 및 감호의 집행, 교정처분, 보호처분, 보안관찰처분과 출입국관리에 관한 사항을 기록한 개인정보파일은 예외로 하고 있다. 즉, 정보수사기관이 보유하고 있는 개인정보 파일은 행정안전부에 등록이 되어 있지 않기 때문에, 어떠한 개인정보를 어떠한 법적 근거 하에 얼마나 수집하고 있는지 제대로 감독할 수 있는 시스템이 부재한 상황이다.
개인정보보호법은 공공기관이 보유 중인 개인정보 파일을 행정안전부에 등록하도록 하고 있는데 정보수사기관이 보유한 파일은 등록 예외이기 때문에 제대로 감독할 수 있는 시스템이 부재하다.