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이러한 산업단지 조성 및 관리를 담당하는 기관 이외에도 2000년대에 들어와 지역산업 육성정책과 혁신클러스터 정책이 추진되며 다양한 클러스터 관리기관이 설립되어 운영되어 오고 있다. 산업경쟁력의 원천이 연구개발 역량에 있다는 점이 부각되며 산업기술 연구개발 지원을 위한 조직이 설립되었는데 한국산업기술평가원과 한국산업기술재단 등이 이에 포함된다. 정부는 이 두 기관을 중심으로 지역산업육성체계를 마련하였는데, 각 지역별로 테크노파크를 설립하여 지역의 혁신관리 기관 기능을 하게 하였으며, 정부차원에서는 한국산업기술진흥원이 지역산업육성사업을 전담하는 지역산업단을 관리하게 하였다. 또한 각 지역별로 기술 인프라를 구축하기 위하여 지역기술혁신센터(TIC)와 지역협력연구센터(RRC)를 설립하였다.(산업통상자원부 외 2013:221-2) 지역기술혁신센터와 지역협력연구센터는 지역대학에 기술 인프라를 구축하기 위하여 설치되었으며, 테크노파크는 공간적으로 지역의 산업기술단지의 역할을 하며 지역의 기술 네트워크를 관리하는 클러스터개발기관(CDA: cluster development agent)의 역할을 하고 있다.
지역산업 육성정책과 혁신클러스터 정책이 추진되며 한국산업기술평가원, 한국산업기술재단, 지역기술혁신센터, 지역협력연구센터 등 다양한 클러스터 관리기관이 설립되어 운영되어 오고있다.