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연방순회항소법원은 양 당사자가 제기한 5가지 쟁점에 대해 검토한 후 지방법원의 판결을 일부 확정하고, 일부 파기하여 환송하였다. 연방순회항소법원은 ① ’356 특허에는 불명확성에 기한 무효사유가 없고, ② 보정에 의해 청구범위가 실질적으로 변경되어 중용권이 발생한 것이며, ③ 증액손해배상을 인정하지 않은 것은 지방법원의 재량권 남용이 아니라고 판시하여, 지방법원의 판결을 지지하였다. 한편, 연방순회항소법원은 ④ Presidio는 일실이익이 아닌 합리적인 실시료에 해당하는 손해배상액만을 받을 자격이 있어 새로이 합리적인 실시료를 산정해야 하고, ⑤ 영구적 침해금지명령과 관련하여 회복할 수 없는 피해에 대해 관련 증거를 재검토할 필요가 있다고 판시하며, 사건을 지방법원으로 파기·환송하였다. 이하에서는 각각의 쟁점에 대한 판단을 보다 상세히 살펴보기로 한다.
연방순회항소법원은 양 당사자가 제기한 5가지 쟁점에 대해 검토한 후 3가지 쟁점에 대한 지방법원의 판결을 확정하고, 합리적인 실시료 재산정 및 영구적 침해금지명령 관련 피해 재검토를 이유로 나머지 판결은 파기하여 환송하였다.