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국가교통물류기술 R&D 사업의 예산 지원방식 및 배분구조는 국가과학기술 심의회를 통해 의결된 정부 R&D예산의 지원방식과 배분구조를 준수한다. 국가교통물류기술 관련 연구관리 전담기관은 국토교통부 산하 국토교통과학기술진흥원이며, 국토교통과학기술진흥원에서 공모되는 국토교통 R&D 과제를 출연(연), 대학, 민간기업 등에서 수행하고 있다. 국토교통 R&D는 국토교통부의 관계법령과 지침에 따라 추진되며, 국토교통과학기술진흥원은 R&D 기획, 관리, 평가와 건설 교통신기술 인증업무 등을 담당하여 수행한다. 국토교통과학기술진흥원은 국토교통부에서 필요로 하는 국책과제 및 R&D에 대한 기술 및 사업에 대한 연구는 지속적으로 진행하고 있으나, 국가교통물류기술의 원천기술 확보 및 성과확산, 산업화를 위한 타부처 연계 및 협조는 미흡한 상태이다. 따라서 앞서 본 과제에서 지적한 국가교통물류기술 R&D 전담기관에 이를 고유임무로 배정한 후 국토교통과학기술진흥원과의 역할분담 및 협업 연계체계를 구축해야 한다.
국토교통과학기술진흥원은 국가교통물류기술의 원천기술 확보 및 성과확산, 산업화를 위한 타부처 연계 및 협조는 미흡한 상태이므로, 국가교통물류기술 R&D 전담기관에 고유임무로 먼저 배정한 후 국토교통과학기술진흥원과의 역할분담 및 협업 연계체계를 구축해야 한다.