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정부는 2009년 과학기술분야 정부출연(연) 운영 효율화 추진방안(국가과학기술위원회, 2009)에서 ‘임무지향적 연구수행’ 방향을 수립하고 유사기능 및 과제의통합조정, 과제의 대형화 등을 추진하였다. 이에 따라 정부는 출연(연)을 임무중심형 기관운영 체제로 전환하고 이와 함께 출연(연)의 고유 기능 중 하나인 “국가적 또는 사회적 문제 해결”을 위해 융합연구체제로의 개편을 추진하였다(국가과학기술위원회 운영위, 2010). 출연(연)의 임무는 기초․미래선도형과 공공· 인프라형, 그리고 산업화형의 세 가지로 구분되었다. 그리고 이러한 임무를 중심으로 협력분야를 도출하여 융합연구를 추진하고 있다.
임무중심형 기관운영 체제로의 전환된 정부출연(연)의 임무는 기초·미래선도형과 공공·인프라형, 그리고 산업화형의 세 가지가 있으며, 이를 중심으로 융합연구를 진행 중이다.