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일반적으로 거래비용이 존재하거나, 시장지배력을 가진 참여자가 있거나, 온실가스 배출규제 이외에 다른 규제가 존재할 때, 그리고 시장 불확실성이 클 경우 배출권거래제의 효율성은 저해된다(Tietenberg, 2006;Hahn and Stavins, 2011). 이처럼 효율성 저해요인들이 존재하는 경우에는 효율적 배분과 동일하게 초기할당을 할 때에만 효율성이 달성된다. 초기할당과효율적 배분점이 서로 일치하기 위해서는 규제 당국이 참여업체들의 한계감축비용을 정확히 알아야 한다. 그러나 참여업체들의 한계감축비용을 정확히안다는 것은 현실적으로 불가능하며 배출권거래제 도입의 취지에도 어긋난다.왜냐하면 배출권거래제를 도입하는 이유가 시장참여자들에 대한 정보가 없어도 참여자들의 자발적인 거래를 통해 주어진 감축목표를 비용효과적으로 달성하는데 있기 때문이다.
배출권거래제의 효율은 여러가지 요인으로 방해를 받는다. 이때 초기할당과 효율적 배분점을 일치해서 문제를 해결해야 하는데 배출권거래제를 도입하는 이유와 문제 해결방법이 서로 상충하기 때문에 효율성을 달성하기 어렵다.