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한국의 농업 혁신시스템은 중앙 집중 및 정부 주도의 컨트롤타워 방식이다. 하향식(top-down) 방식의 연구개발 기획으로는 실험실 수준(lab-scale)의 기술과 현장(field-scale)의 기술 간의 괴리감이 존재할 여지가 있을 수 있다. 또한 국공립연구기관과 대학 등 기술 공급자 위주의 혁신정책 하에서는 기술 사용자인 농업인 및 기업이 수동적인 입장이 될 수밖에 없다. 농업 과학기술의 혁신을 위해서는 현재와 같은 공급자 주도의 기술개발이 아니라 사용자와 함께 연구하는 상향식(bottom-up) 시스템이 확대될 필요가 있다. 정부 주도 및 중앙 집중의 연구개발사업은 최소화하고 다양한 이해관계자가 함께 참여하는 네트워크 형식의 현장 수요자 중심의 연구개발사업이 확대되는 것이 바람직하다. 정부는 혁신의 주체(actor)가 아닌 촉진자(facilitator)로서 최소한의 역할과 기능을 담당하여, 혁신주체의 활동을 지원하는 형태를 띠도록 역할에 대한 분담을 명확히 해야 한다.
농업 과학기술의 혁신을 위해서는 공급자 주도의 기술개발이 아니라 사용자와 함께 연구하는 상향식(bottom-up) 시스템이 확대될 필요가 있다. 정부는 최소한의 역할과 기능을 담당하여, 혁신주체의 활동을 지원하는 형태로 역할에 대한 분담을 명확히 해야 한다.