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현재 정부가 특성화고등학교를 지원하는 방식은 각종 국고보조금 사업을 통해서 이에 적극적으로 참여하는 학교에 재정 지원을 하는 것이다. 교육부만이 아니라 고용부, 중소기업청 등 수많은 부처가 특성화고등학교를 대상으로 사업을 진행하고 있으며, 이들 사업은 거의 다 취업을 확대하기 위한 것이다. 이 사업들을 통해서 여건이 좋은 학교들은 엄청난 예산을 확보하여 활용하고 있는 반면, 전혀 사업에 참여하지 않는 학교도 존재한다. 학교에 따라서는 넘쳐나는 예산을 소진하기에 바쁜 상황이 발생하기도 한다. 다수의 부처가 시행하는 사업 위주로 학교가 운영되면서 학교 간 차이가 확대되고 있고, 학교 내에서도 우수한 학생들에게 혜택이 집중되는 경향이 나타나고 있다.
현재 특성화고등학교 지원은 여러 국고보조금 사업을 지원하는 것이며 많은 부처가 사업을 진행하고 있다. 이러한 지원은 취직을 위해서이며 이 보조금 사업에 관여하지 않는 학교는 자체예산이 많아서다.