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지역과학기술과 혁신 부문 정책과제는 지자체가 주도하며 각 정부의 지역 개발 사업과 연계되어 추진되었던 만큼 지자체와 중앙 정부 간 효율적인 협력 체계를 구축하는 것이 주요 선결과제였으며, 이와 관련하여 평가위원들은 “지자체의 행정 여건이 열악하고 중앙 부처와의 소통이 부족하다”고 평했다(지식경제부, 2009, pp.38-43;pp.72-73). 또한 지역혁신체제 확립 관련 정책과제에 대해서는 “지역별･산업별 맞춤형 지원이 부족하다”는 평가가 반복적으로 제기되었다(산업자원부, 2007, pp.101-102;지식경제부, 2013, pp.67-70; 산업통상자원부, 2016, pp.82-85).
지역과학기술과 혁신 부문 정책과제는 각 정부의 지역 개발 사업과 연계되어 추진되었던 만큼 지자체와 정부 간 효율적인 협력을 구축하는 것이 중요한 선결과제였다.