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제3장에서 미국, 독일, 일본의 정부연구기관을 어떻게 운영하는지 알아보고 우리나라의 출연(연)과 비교하며 설명하였다. 주로 예산배분을 위한 투자우선 순위 결정부터 예산의 배분, 성과평가를 다루었다. 여기서 배울 점은, 3개국 모두 연구기관에 자율성을 부여하고 있다는 점과 연구기관의 평가에서 매우 신중하다는 것이다. 심지어 연구기관의 안정을 해칠까봐 아주 조금씩 경쟁성사업으로 전환하고 있다. 이에 비해, 우리는 급격하게 경쟁적 예산구조(PBS)를 만들었으므로 출연(연)의 많은 부분(협력, 창의, 안정)이 망가졌다고 본다. 이 장에서 미국, 독일, 일본의 주요 연구기관에 대해서도 살펴보았다. 모두들 우리의 출연(연)보다 10배 이상 규모가 크다는 사실, 내부 인적구성에 지원인력의 수가 연구원 수보다 많다는 사실, 독자적 예산배분(묶음예산)과 자율적 평가체계를 가진다는 사실을 볼 수 있다.
미국, 독일, 일본의 연구기관은 자율성을 부여하고 연구기관의 평가에서 매우 신중하다. 또한 우리의 출연보다 10배 이상 규모가 크고, 지원인력의 수가 더 많으며, 독자적 예산배분과 자율적 평가체계를 가진다는 사실을 볼 수 있다.