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둘째, 국민통합 제고를 목표로 하는 대통령 자문위위원회는 정치적 논란으로 전환될 가능성이 매우 높은 정책내용을 다루게 됨에 유의해야 한다. 예를 들어 정부혁신, 지방분권, 4대강 사업, 녹색성장 또는 국가 브랜드 제고 등의 주제와 국민통합을 비교해본다면 후자가 다른 어떤 주제보다 이념논쟁으로 전환될 수 있는, 휘발성이 높은 주제라는 것이다. 이를 고려한다면 정책레짐을 구성하고 정책 아젠다를 설계하는 과정 자체가 사회적 합의에 기초할 수 있도록 조직구조를 설계하고 업무 프로세스를 획정하는 것이 필요하다. 이를 위해 이 연구는 미래의 국민통합위원회가 대한민국 100년의 미래비전을 바탕으로 사회적 합의를 구축할 수 있는 공론화 기제를 폭넓게 수용하며 이를 바탕으로 정책레짐을 구성하고 정책 아젠다를 작성해 나갈 것을 제안한다(가칭 「대한민국 100년 국민통합위원회」의 조직과 편제에 관한 자세한 내용은 부록 2 참조).
대통령 자문위위원회의 목표는 국민통합 제고이다. 따라서 논란의 여지가 있는 정책내용을 다루게 됨에 유의해서 정책 레짐을 구성, 정책 아젠다 설계 과정 자체를 사회적 합의에 기초할 수 있게 조직구조 설계, 업무 프로세스를 확장할 필요가 있다.