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한편 R&D의 지속적 확대 못지않게 중요한 것은 제한된 연구개발 재원의 효율적 활용이다. 그러기 위해서는 연구개발 거버넌스를 포함한 체제 개혁도 지속적으로 이루어져야 한다. 현재농림식품 R&D는 농림축산식품부, 농촌진흥청, 산림청이 분담하여 추진하는 체제이다. 그리고 농림식품과학기술위원회를 통해 정책 및 투자방향, 우선순위 등을 심의한다. 그러나 여전히 기초·응용 연구간 조정, 연구 과제의 기획·평가·활용 등에서 비효율성이 제기된다. 체제 개혁을 통한 효율성 제고, 전략과제 기획에서의 시의성 반영 등을 위해 지속적인 노력이 필요하다. 이러한 노력이 병행될 때 제한된 연구개발용 재정 자원의 효율적 사용이 가능할 것이다.
제한된 연구개발 재원의 효율적 활용을 위해 연구개발 거버넌스를 포함한 체제 개혁을 통해 효율성을 제고하는 등 지속적인 노력이 필요하다.