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먼저, 법원은 특히 고문방지협약에 따른 소멸시효 적용 배제 주장에 대해서, 고문방지협약의 “국내법 체계 안에서”라는 조문을 근거로 소멸시효제도를 국내법리에 따라 해석해야 한다고 판단하였다. 예를 들면, 고문에 의한 허위자백에 따른 형사처벌 피해자의 손해배상청구 사건이 있었는데, 사건의 배경은, 원고가 고문 등 가혹행위를 한 가해자를 수사기관에 고소하였으나 검사가 무혐의 처분을 하였고, 이에 법원에 재정신청을 하였으나 법원이 재정신청에 대한 결정을 10년간 연기하다가 10년이 지나서야 이를 인용하여 뒤늦게 가해 경찰관들에 대한 유죄판결이 확정된 경우였다. 원고는 소멸시효의 기산점을 고문사실이 명백하게 입증된 날로 볼 수 있는 위 재정신청이 인용된 1998. 10. 28.부터 진행되는 것으로 보지 않으면 고문방지협약 제14조의 고문행위 피해자가 적절한 배상을 받을 수 있는 실효적인 권리를 보장하도록 할 것에 위배된다고 주장하였으나, 항소심 법원은 “위 고문방지협약 제14조의 규정은 체약 당사국에게 그 국내법 체계 안에서 고문 피해자의 손해배상청구권을 실효적으로 보장할 의무를 부여하고 있는 것에 불과하다고 보아야 할 것이지, 그 국내법을 변경하면서까지 고문 피해자에게 손해배상청구권을 인정하라는 것은 아니라고 보여지므로, 위 고문방지협약 제14조의 규정만을 이유로, 고문 사실의 입증이 용이하지 아니한 것에 불과하고 법률상의 장애사유는 없는 경우에, 소멸시효의 기산점에 관한 우리 민법상의 일반 원칙을 무시하고, 고문 사실이 완전하게 입증될 때까지 소멸시효가 진행하지 아니한다고 볼 수는 없다 할 것이어서, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다 하겠다.”라고 판결하였다.
고문에 의한 허위자백에 따른 형사처벌 피해자의 손해배상청구 사건에서 원고가 재정신청을 한 지 10년이 지나고야 법원이 이를 인용하여 뒤늦게 가해자에 대한 유죄판결이 확정됐다. 이 사건의 원고는 소멸시효의 기산점을 위 재정신청이 인용된 날부터 진행해야 한다고 주장했다. 그러나 항소심 법원은 고문방지협약의 규정이 국내법을 변경하면서까지 고문 피해자의 권리를 인정하라는 것은 아니므로 원고의 주장을 받아들일 수 없다고 판결했다.