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또한 해당 부처별로는 사회통합 프로그램을 운영하는 과정에서 소요되는 재원에 충당하기 위하여 이미 기금을 보유하고 있다. 해당 기금을 가지고 있기 때문에 프로그램을 운영하는데 문제가 없다는 생각을 가질 수 있다. 외국인 사회통합기금을 신설할 경우 각 부처가 가지고 있는 기금을 어떻게 할 것인지에 대한 고민은 있어야 할 것이다. 외국인 사회통합기금과 통합, 각 부처 존치 등 다양한 대안이 가능하다. 이 역시 정책적 판단의 영역이다. 다만, 외국인 사회통합기금의 성격이 수익자부담원칙을 준수하는 것이기 때문에 각 부처가 가지고 있는 기금이 수익자부담원칙과 일치하지 않을 경우 사회통합기금과 통합하는 것은 바람직하지 않을 것이다. 이 경우 각 부처가 별도로 운영하여야 할 것이다.
부처별로 사회통합 프로그램 운영 기금은 보유하고 있지만 외국인 사회통합기금의 경우 어떻게 운영할지 고민해야 한다. 기금이 수익자부담원칙과 일치하지 않을 경우 부처가 별도로 운영해야 한다. 