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마지막으로 인종 지역 간의 갈등으로 인한 치안 불안 요인이다. 인종 간의 갈등이 상존하면 종종 폭발하기도 한다. 특히 수하르토 정권 시절인 1970년대에는 정부의 이주 프로그램 하에서 많은 자바 인들이 파푸아로 이동함에 따라 현지 원주민들과의 분쟁을 일으킨 바 있다. 2001년 2월에는 칼리만탄 원주민 다약족과 이주민인 마두라족 간의 유혈 충돌로 400여 명이 숨지기도 했다. 또한 말루꾸에서도 종족적 갈등의 문제로 인해 상호 다투고 싸우면서 적지 않은 인명 피해가 발생하였다. 양 부족 간의 잘못된 오해의 발단으로 인해 결국 큰 종족 싸움으로 확대되고 결국 적지 않은 인명 피해까지 발생하는 종종 발생하고 있다.
부족 간의 오해로 인한 종족싸움으로 인명피해가 발생하고 치안이 불안해졌다. 자바인들의 파푸아원주민과의 갈등, 칼리만탄원주민과 이주민 간의 충돌, 말루꾸의 종족 간 갈등이 그 예이다.