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공정거래법의 개정으로 검찰총장을 포함하여 고발요청권을 가진 해당 부처가 공정위에 고발을 요청하는 경우 공정위는 반드시 고발하여야 하는 고발의무가 부과되었다. 그런데 공정위의 판단과 고발요청권자의 판단에 많은 차이가 있는 경우, 즉 공정위에서는 고발을 하지 않고 행정 제재로 마무리한 사건에 대하여 고발요청기관들이 수시로 고발요청을 하여 형사처벌이 되는 경우에는 국민 및 기업들에게 많은 혼선을 주게 되고 공정위의 법 집행에 대한 신뢰에도 문제가 발생할 가능성이 있으므로 공정위와 고발요청기관 간에 구체적이고 명확한 고발 기준을 정립하는 것 또한 필요하다.
법 개정으로 요청권 있는 부처가 공정위에 고발을 요청할 경우 고발해야 하는 의무가 생겼는데, 법집행 신뢰도를 위해서는 구체적인 고발 기준을 정립할 필요가 있다.