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한편, 동북지역 국유기업 비효율성의 또 다른 측면은 기업경영상의 비효율이다. 이는 국유기업의 고비용 저효율 구조에서 비롯된다. 이와 관련하여 세 가지 문제를 지적할 수 있다. 첫째, 동북지역 국유기업의 자산 부채율이 높아서 경제적 효율성이 지극히 낮았다. 2002년 말 기준으로 동북지역의 국유기업은 900여 개이며 자산 부채율 평균은 76.4%로 전국 국유기업 자산 부채율 평균인 64.8%보다 훨씬 높았다. 둘째, 동북지역 국유기업은 여전히 사회적 책임을 수행하며(企業辦社會) 많은 관련 인원을 고용하여 당시 사회복지 비용부담이 매우 커서 어려움을 겪고 있었다. 즉 국유기업이 다수인 동북지역에서는 국유기업들이 학교, 경찰, 검찰, 사법, 의료 등 각종 기관에 약 80억 위안의 보조금을 부담해왔다고 평가된다. 셋째, 동북지역의 국유기업은 여전히 정부로부터 기능이 완전히 분리 독립되어 있지 못하고 또한 그로 인해 연성예산제약(soft budget constraint)의 문제가 지속되었기 때문에 설사 부채율이 높고 적자가 계속 누적되었다 하더라도 퇴출되지 않고 정부로부터 재정 지원을 계속 받아왔다.
한편, 동북지역 국유기업에서는 고비용 저효율 구조로 인한 기업경영상의 비효율도 나타난다. 이는 높은 자산 부채율과 사회복지 비용부담, 그리고 연성예산제약의 지속으로 인해 발생한다.