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그러나 기초연구의 성격이 미국에서 강조하고 있는 근원연구(fundamental research)로서 이루어지고 있는가에 대해서는 부족한 점이 있는 것으로 나타나고 있다. 연구자들과의 면담 및 언론보도에 의하면 기초연구 지원이 확대되고 있지만 근본적인 원리발견, 해당 분야에의 난제에 도전 등 어려운 연구과제에 대한 도전과 이를 지원하는 환경이 부족하다는 점을 지적했다. 구체적으로 기초연구과제이지만 기초-응용연구가 많이 이루어지고 있으며, 어려운 난제를 지속적으로 연구하기보다는 연구결과가 예상 가능한 연구를 중심으로 연구활동이 이루어지고 있음을 지적하고 있다.
기초연구의 성격이 미국에서 강조하고 있는 근원연구로서 이루어지는 것에는 부족한 점이 있다. 기초-응용연구가 많고 결과가 예상 가능한 연구로 주된 활동이 이루어진다.