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복수노조 중 한쪽에 대해서만 단체교섭을 거부하거나 단체교섭에 즈음하여 노조에 따라 회답 내용, 단체교섭 방법 등에 차이를 두는 것도 단체교섭 거부 및 지배 개입의 부당노동행위가 된다. 하지만 최고재판소는 사용자가 복수노조 모두에 거의 동일한 시기에 동일한 내용의 노동조건을 제시하고 따로따로 단체교섭을 한 결과, 종업원의 압도적 다수를 거느린 노조와는 합의가 이뤄졌지만 소수파 노조와는 조합과 의견 대립이 큰 경우에, 사용자가 소수파 노조에 대하여 다수파 노조와 합의에 도달한 노동조건을 수락하도록 요구하면서 강한 태도를 보이더라도 그러한 교섭 태도가 바로 비난을 받아야 하는 것은 아니라고 판시하였다. 또한 단체교섭 방법에서 다수파 노조와는 단체교섭을 회사 내에서 사장 이하의 임원이 출석하여 실시하지만, 소수파 노조에 대해서는 교섭을 회사 밖에서 공장 총무부장 이하가 출석하는 것에 그치는 것도 불성실한 교섭이라고 할 수 없다고 하여 그 불법성을 부정하였다(니시타니 사토시, 2009: 371).
복수노조 중 한쪽에만 단체 교섭을 거부한다면 부당노동행위가 되지만, 최고재판소는 사용자가 복수노조에 동일한 시기에 동일한 조건을 제시하여 다수파와는 합의하고 소수파에게 다수파와 합의한 조건을 수락하도록 강요하더라도 불법이 아니라고 했다.