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그럼에도 헌법재판소는 후술하는 바와 같이 모두 5건에 걸쳐 형벌규정에 대한 헌법불합치결정을 하였고, 대법원은 실정법상 또는 해석상의 문제점을 들어 형벌규정에 대한 헌법불합치결정의 기속력을 명시적으로 부인하기에 이르렀다. 이와 같은 양 기관 사이의 입장 차이를 두고 학계에서도 형벌규정에 대한 헌법불합치결정의 허용여부와 그 정당화사유 등을 두고 다양한 논의가 이루어지고 있다. 아직 헌법불합치결정의 사례가 많지 않지만, 그에 대한 이론적 실무적 문제점이 드러나고 있으므로 논의의 결과에 따라 양 기관의 입장이 함께 개선되거나 수정되어야 한다. 일정한 사유와 조건으로 형벌규정에 대한 헌법불합치결정이 허용된다면 헌법재판소는 그와 같은 범위 내에서 적절하게 헌법불합치결정을 활용할 수 있을 것이고, 대법원 또한 그와 같은 범위에서 헌법불합치결정의 기속력을 인정하여야 한다. 반대의 결론에 이르는 경우 헌법재판소는 형벌규정에 대한 헌법불합치결정의 사용을 자제하거나 단순위헌결정이 가지는 문제점을 해결할 수 있는 다른 방안을 모색하여야 할 것이다.
헌법재판소와 대법원의 헌법불합치 결정의 허용 여부와 그 정당화 사유에 관한 논의가 이루어지고 있다. 헌법불합치 결정이 허용된다면 적절히 활용해야 할 것이며, 기속력을 인정해야 한다. 헌법불합치 결정이 허용되지 않는다면 사용을 자제하거나, 문제점을 해결할 방안을 모색해야 한다.