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 이러한 연구들은 몇 가지 문제점을 내포하고 있다. 먼저, 외국인직접투자가 어느 정도로 유입될 것인가에 대해서는 논란이 적지 않았다. 본원과 일본 아시아경제연구소(아지껜)는 나름대로 외국인직접투자가 유입되는 규모를 추정하여 이에 상응하는 생산성 향상을 외생적으로 모형에 반영하는 방식을 사용하였다. 또한 기존 연구는 완전경쟁만을 가정함으로써 양국간 FTA 체결로 예상되는 규모의 경제를 전혀 고려하지 않았다. 기존 연구들이 시뮬레이션 모형분석에서 모형내 전 지역에 대해 수입탄력성, 생산요소산 대체탄력성 등 주요 파라메터를 동일한 것으로 가정함으로써 각 개별 경제의 특성이  제대로 반영되지 않았다는 점도 지적되었다. 마지막으로 기존 연구들은 주로 관세철폐를 분석하는 데 치우쳐, 그동안 일본과의 교역에서 중요한 이슈로 작용해왔던 비관세장벽 완화의 효과를 분석하지 않았다.
 본 보고서는 이러한 기존 연구의 문제점을 제거하고, 한/일 FTA의 경제적 효과를 새로이 추정하였다. 기존 연구에서 외생적으로 가정하였던 외국인직접투자 대신 자본축적의 효과를 모형화함으로써 투자를 내생화하였다. 또한 완전경쟁모형과 규모의 경제가 반영된 모형을 동시에 사용함으로써 모형을 반전시키고, 이와 함께 다양한 분석결과를 제시하였다. 뿐만 아니라, 외부전문가에게 의뢰하여 한국경제에 상응하는 일반균형시뮬레이션(CGE)모형의 파라메터를 추정하고, 추정된 `한국적` 파라메터를 시뮬레이션에 반영하였다. 양국간 교역에 작용하는 비관세장벽의 정도와 개선의 효과를 분석하는 것은 용이하지 않으나, 본 연구에서는 비관세장벽의 개선 효과도 심도 있게 분석함으로써 연구대상의 범위를 확대하였다.
 따라서 본 보고서는 한/일 FTA의 경제적 효과에 대한 국내외 연구결과를 종합적으로 분석하고, 기존 연구에서 미진했던 부분을 보완한 연구결과를 제시함으로써 양국간 FTA 체결에 관한 논의를 활성화하는 데 기여하고자 한다. 
기존의 연구들은 각 개별 경제의 특성을 고려하지 않았고, 주로 관세철폐만을 분석하는 데 치우쳐 있다는 한계점을 지적받는다. 이에 기존의 문제점을 제거하고 연구대상의 범위를 확대하였다.  본 보고서는 한/일 FTA의 경제적 효과에 대한 연구결과를 분석하고 미흡한 부분을 보완하여 제시함으로써 양국간 FTA 체결에 관한 논의를 활성화하는 데 기여할 것이다.