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한편 EU가 과징금을 산정하는 데 있어서 피해를 고려한다는 부분은 기본 과징금의 조정 단계에서도 나타난다. 앞서 관련 매출액의 일정 비율로서 산정된 기본 과징금은 조정 단계에서 위반행위의 고의성, 자진신고 여부 등을 고려하여 과징금 액수를 가산(반복성, 주도성, 은폐) 또는 감경(작은 역할, 자진신고)한다. 이 과정에서 EU 경쟁위원회는 관련 매출액에 비해 지나치게 높은 매출액을 보유하고 있는 위반행위자에 대해서는 과징금의 ‘억지효과(deterrence effect)’를 확보하기 위해 과징금을 증액할 수 있는데, 이때의 과징금은 ‘위반행위로 인한 부당이득(amount of gains improperly)을 상회하는 정도’로 부과할 수 있도록 규정되어 있다 (EU 과징금 고시, §30-31).49) 해당 내용은 가산․감경과는 별도의 항목으로 규정되어 있는 것으로서 위반행위로부터 발생한 피해가 과징금 액수보다 큰 경우를 대비하여 2006년에 신설된 조항이다 (Connor, 2013, p. 59). 즉 기본 과징금 산정 이후에도 억지효과를 담보하기 위한 수단으로서 별개의 항목을 규정한 것이다. 요컨대 기본 과징금의 최대 30% 기준으로도 위반행위의 피해를 전부 내부화하지 못하는 경우까지 감안한 것으로 해석할 수 있을 듯하다.
EU에서는 부당매출액에 대한 과징금 산정을 고의성 및 자진신고 여부등을 고려하여 액수를 산정한다.  이때 관련 매출액에 비해 더 높은 매출액을 보유하고 있는 위반자의 억지효과를 확보하기 위해 과징금을 증액 할 수 있는데, 위반행위로 인한 부당이익 보다 높게 부과할수 있다.