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남북한 관계와 대북정책을 어렵게 만드는 또 다른 요인은 비핵화와 평화체제 사이의 딜레마이다. 진보 정부이든 보수 정부이든 남북한 관계에서 한국 정부의 장기적 목표는 북한의 비핵화와 국가전략 변화이다. 특히 한국의 보수 정부와 미국은 북한의 핵 폐기가 선행되어야 한반도에서 진정한 평화가 달성될 수 있다는 인식을 가지고 있다. 하지만 북한은 미국의 대북 적대시 정책이 폐기되고 북미 평화협정이 체결되어 관계가 정상화된 이후라야 비핵화를 고려해 볼 수 있다는 입장을 가지고 있다. 그 이전에는 핵무기 보유국으로서 핵 억지력을 가지고 북한만의 비핵화가 아닌 미국 등 다른 핵보유국들의 핵 군축도 상호적으로 이행되어야 한다고 주장하고 있다.
통일 문제에는 비핵화와 평화체제 사이 딜레마가 존재한다. 한국 보수정부와 미국은 북핵폐기 선행을 주장하며, 북한은 미 대북 정책이 바뀌어 관계가 정상화된 이후에 비핵화가 가능하다는 입장이다.