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일부 연구학교에서 자유학기제 운영을 위한 시수 조정 시, 시수가 많이 배정되어 있는 교과목보다 기술·가정 및 예술·체육 중심으로 감축을 하고 있었다. 국어, 영어, 수학, 사회, 과학 등 주요 교과목에서 시수를 감축할 경우 향후 기초학력에 대한 우려 때문인 것으로 여겨 진다. 그러나 특정 과목에서의 시수 감축은 학생들의 편중된 과목 이수의 결과를 가져오며, 다양한 과목을 통하여 개발할 수 있는 역량과 창의성을 키우기 힘들 수 있다. 또 시수 감축으로 확보된 진로탐색 프 로그램 시간이 일부 교사에게만 전가되는 문제도 발생한다. 시수가 감축된 특정 과목 교사가 해당 시수를 진로탐색 프로그램으로 운영하는 사례가 많기 때문이다. 이를 감안하여 시수가 많은 과목을 1차시씩 줄인 학교의 한 교사는 감축된 시수를 고학년(3학년)에 보충하는 것을 고려하고 있다. 한편, 이와 같이 시수 조정은 다른 학년의 시수 조정 에도 영향을 끼치므로 자유학기제로 인한 시수 조정과 관련한 3개년 로드맵이 필요하다는 의견이 있다.
자유학기제 운영에서 진로탐색 프로그램을 위해 비주요 과목의 시수를 줄이면 과목 이수의 균형성 및 프로그램 담당 교사 문제가 발생할 수 있다. 반면 주요 과목의 시수를 줄이면 타 학년의 시수도 조정해야 할 수 있다. 따라서 시수 조정에 관한 3개년 계획의 필요성이 제기된다.