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3단계 사업은 의료기기 안전관리 정보체계를 목표로 2006년 6월부터 6개월간 총 20억 원의 예산을 투입하여 추진하였다. 의료기기와 마약 분야를 망라한 행정 포털이 확대 구축됨과 동시에 의료기기 안전관리 분야의 사후관리업무를 지원하기 위한 유관기관과의 정보연계 및 공동활용 방안이 수립되었다. 이로써 식품안전관리, 의약품 안전관리에 이어 의료기기 분야의 안전관리체계까지 완성을 보게 되었다. 참여정부 전자정부 31대 로드맵 과제 중 하나인 식의약품 종합정보시스템 구축이 완료됨에 따라 국민 누구나 인터넷으로 식품과 의약품에 관한 정보를 쉽게 검색할 수 있게 되었다. 식품 의약품 안전처는 2006년 10월 식의약품 종합정보시스템 브랜드를 ‘기쁘다(KIFDA:Korea Internet Food & Drug Administration)’로 정하고 서비스를 개시하였다. 수입식품 검사업무 시 처리단계마다 7~8가지의 서류를 출력해 결재하던 관행도 온라인 일괄처리로 대체되면서 처리시간이 종전 4시간에서 10분으로 줄어드는 결과를 보였다. 제약회사와 의료기기업소의 민원도 식약청을 방문하지 않고 사무실에서 인터넷으로 일괄접수할 수 있는 무방문 원스톱 서비스도 함께 실시되었다.
식의약품 종합정보시스템 구축으로 누구나 원하는 정보를 쉽게 검색할 수 있다. 식품 의약품 안전처는 종합정보시스템 ‘기쁘다’를 오픈하여 수입식품 검사업무 시 복잡하던 결재 관행도 온라인 일괄처리로 대체되면서 처리시간도 간소화 되었다. 또한 민원도 무방문 원스톱 서비스로 실시되고 있다.