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그러나, 다른 한편 공정위가 담합 혐의 등을 입증할 뚜렷한 물증을 확보하지 아니한 채 자진신고자의 진술에만 의존하는 경우 담합 등 중요 사범에 대해 효과적으로 대응하지 못하는 한계가 있다. 더욱이 자진신고자 등에 대하여 과징금 감면은 물론 고발도 면제함에 따라 형평성 문제가 발생할 수 있고, 이는 공정거래법 중요 위반자에 대한 제재의 실효성 확보 및 엄격한 법집행에 있어서 한계를 드러내는 것임이 분명하다. 특히 중요 공정거래법 위반사건인 담합사건을 고발하면서 자진신고 및 조사협조를 이유로 담합의 주도자이거나 담합행위로 인해 과도한 이익을 취득한 대기업을 고발하지 않은 경우 공정거래법의 입법 목적 달성에 있어서 문제가 있다는 지적은 충분히 경청할 만하다.
공정위가 자진신고자의 진술에만 의존해 조사하거나 자진신고 및 조사협조를 이유로 자진신고자의 처벌을 감면 또는 면제할 경우 중요 위반자에 대한 제재와 엄격한 법 집행이 어려워지므로 주의해야 한다.