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제도운영의 적절성에 대하여 살펴보면, 본 조세특례가 협력중소기업에 대한 지원이 아닌 정상적인 대가 지급에 대하여 오용될 가능성에 유의해야 한다. 가장 큰 비중을 차지하고 있는 성과공유제의 경우 협력중소기업의 기여에 대한 정상적인 지급을 성과공유의 형식으로 하여 출연 후 기금을 통하여 지급하게 되면 대기업은 조세혜택을 받을 수 있다. 따라서 특정 기업에 큰 금액의 지원이 이루어지는 경우에는 정상적인 대가 지급을 대신하는 것이 아닌지 협력재단에서 사전 승인이나 사후 점검의 단계에서 자세히 검토할 필요가 있다. 그리고 기존에 이루어지던 협력업체에 대한 경상적인 지원을 상생협력 사업으로 전환하여 조세특례의 혜택을 적용하게 되면, 중소기업에 대한 지원 증가를 유발하지 못하고 조세특례의 혜택만 대기업이 받게 되는 문제점이 발생한다. 따라서 기존의 지원을 대체하는 사업이 아니라 새로운 추가지원을 유발하는 사업에 대하여 본 조세특례가 적용되도록 지원사업의 심사를 엄격히 할 필요가 있다.
대기업이 협력중소기업에게 정상적인 지급을 성과공유의 형태로 지급하여 조세혜택을 받거나, 기존 경상적인 지원을 상생협력 사업으로 전환하여 조셰 혜택을 대기업만 취하지 않도록 사전 승인이나 사후점검에서 자세히 검토해야 한다.