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다음으로 사회통합전형의 낙인효과가 크지 않은 것으로 파악되는 것은 이 전형이 지닌 특수성에 기인한다고 볼 수 있다. 즉, 우리사회에서 가장 민감한 교육적 이슈는 대학 입학 단계에 속한 경우가 많은데, 고등학교 단계에서의 사회통합전형은 대학 단계에서 이루어지는 사회통합전형만큼 파급효과가 크지않기 때문이다. 아울러 고등학교 수준에서 일반전형으로 입학하는 학생들의 경우에도 성적 순서대로 입학이 보장되는 것이 아니라 중학교 당시 내신 성적이 50% 이내에 들어야 한다는 자격 요건이 있지만, 어차피 추첨을 통해 입학이 결정된다. 만약 대학 입학과정에서처럼 모집정원 내에서 사회통합전형이 운영된다면 불이익을 당하는 집단 학생들의 반발이 제기될 수 있는 반면, 자율형 사립고에서의 상황은 그렇지 않다.
고등학교 단계에서의 사회통합전형은 대학 단계에서의 그것보다 파급효과가 작기 때문에 낙인효과가 크지 않은 것으로 파악된다.