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국가연구개발사업은 소관부처가 상이한 여러 법령에 의해 규율되고 있으나 상술한 바와 같이 국가 R&D 사업의 직접적인 실시 근거는 과학기술기본법이며, 본 법률의 소관부처는 미래창조과학부로 되어 있다. 동법은 국가연구개발사업 전반에 대한 정의 기획 평가 및 관리 등에 관한 기본적인 사항을 규율하여 국가 R&D 사업 실시의 총괄 규범으로서 역할하도록 규정되고 있다. 그런데 과학기술기본법 은 해당 분야의 모법으로서 다른 법률보다 선행하여 제정된 것이 아니라, 기본법 제정 이전부터 산발적으로 존재했던 과학기술분야 법령의 지배구조를 재정비하기 위해 제정되었다는 태생적 한계를 지니고 있다. 그 결과 국가과학기술연구개발사업 전반에 대한 선언적 규정을 가진 기본법의 성격을 띠고 있음에도 불구하고 동시에 연구개발사업에 대한 세부적인 내용까지 규정하게 되었으며, 그러한 세부 내용은 기본법을 소관하는 부처 이외의 부처가 소관하는 법령을 구속하지 못하고, 그 영향력이 제한되고 있다. 각 소관부처가 경쟁적으로 국가기술연구개발 관련 입법을 추진함에 따라 기존 및 신규 법령이 과다하게 혼재되어 있으며, 전체 시스템의 총괄규범으로 역할해야 하는 과학기술기본법 의 취약한 위상은 결국 법제 간 충돌, 모순, 중복으로 이어져 법체계의 정합성을 저해하고 있다.
국가 R&D 사업의 실시 근거는 과학기술기본법이며, 본 법률의 소관부처는 미래창조과학부이다. 그러나 동법은 기본법으로서 다른 법률보다 선행하여 제정된 것이 아니라, 기본법 제정 이전부터 산재했던 과학기술분야 법령의 지배구조를 정비하기 위해 제정되었기 때문에 규정이 복잡해지고 법령의 영향력이 약하며 법체계의 정합성을 저해하고 있다.