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호남고속철도 2단계 구간은 현재 기본계획 변경 중으로 현재까지 국고 및 공단 자체분 투자 분담비율에 대해  협의된 바는  없다. 다만 광주송정~고막원 구간에 대해 현재 한국철도시설공단은 550억원의 예산을 요구하였으나, 현재 정부는 한국철도 시설공단에 50:50의 분담비율을 제안하고 있다. 이렇게 입장이 다른 이유는 정부는 고속철도구간이기  때문에  기존  비율대로  분담을  하자는  의견이고,  공단은  광주송 정~고막원구간은 기존선로의 시설개량 및 속도향상을 통한 고속철도서비스를 향상 시켜  고속전용선의  효과를  기대하는  사업으로,  일반철도  고속화  사업이기  때문에 국고 100%로 진행해야 한다는 입장이다.
광주송정~고막원 구간의 투자 분담율에 대해 정부와 한국철도 시설공단의 입장이 다른것은 정부는  고속철도구간으로 생각하고, 공단은 일반철도 고속화사업이라는 서로 다른 견해때문이다. 