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둘째, 법원이 분석행위를 허가하지 않을 경우, 기 발부한 압수ㆍ수색영장의 효력이 어떻게 되는지도 검토하여야 한다. 만일 법원이 불허가를 한다면 법원이 기히 발부한 압수ㆍ수색영장의 효력은 상실되는 것으로 보아야 할 것이다. 만일 그렇게 된다면 법원은 자신이 대물적 강제처분을 허락한 것을 스스로 부정하는 셈이다. 법원이 압수ㆍ수색영장을 발부를 해 놓고서 수사기관의 분석행위를 허가하지 않는다면 법원 스스로 압수ㆍ수색영장의 발부행위를 스스로 부정하는 것이어서 논리적 모순을 범하는 것이기 때문이다. 여기에는 수사기관이 분석 행위의 허가를 청구한 범위를 축소하여 일부는 기각하고 일부에 대해서는 허가를 하였을 경우에는 압수ㆍ수색영장의 효력이 어떻게 되는지도 생각해 볼 문제이다.
법원의 압수·수색영장을 허가하지 않는다면 이 효력은 상실된다. 그것은 법원이 스스로 대물적 강제처분 허락을 부정하는 것이며 이는 논리적 모순에 해당된다. 