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특허권 침해죄로 처벌하기 위해서는 유효한 고소가 있어야 하는데, 고소 이후에 특허에 대한 무효심결이 확정되면 무효인 특허에 기한 고소로서 하자가 생기게 된다. 판례는 “특허법 제225조 제1항 소정의 특허권 침해죄는 피해자의 고소가 있어야 논할 수 있는 죄인바, 특허를 무효로 하는 심결이 확정된 때에는 특허법 제133조 제1항 제4호의 경우에 해당되지 아니하는 한 그 특허권은 처음부터 없었던 것으로 보게 되므로(특허법 제133조 제3항 참조), 무효심결 확정 전의 고소라 하더라도 그러한 특허권에 기한 고소는 무효심결이 확정되면 고소권자에 의한 적법한 고소로 볼 수 없다 할 것이고, 이러한 고소를 기초로 한 공소는 형사소송법 제327조484) 제2호 소정의 공소제기의 절차가 법률의 규정에 위반되어 무효인 때에 해당한다”고 판시하였다.
특허권 침해죄는 피해자의 고소가 있어야 하는데 특허가 무효가 되면 그 특허권은 처음부터 없었던 것이므로 무효심결이 확정되면 이 고소를 기초로 한 공소도 무효가 된다.