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반면 기업들이 이원화 대학교육 과정에 참여하면서 겪게 되는 문제점을 조사한 결과 응답한 144개의 기업 중 63%가 비용적인 문제를 들었다([그림 3-2] 참조). 이 기업은 직업교육생에게 소정의 임금을 제공하고 4대 보험을 보장하며 이 외에 직업교육생이 이론을 배우는 협력대학과의 협력 계약에 따라 학자금의 일부 내지 전부를 부담하기도 한다. 또한 역량 있고 자사에 적합한 직업교육생의 선발을 하여 이원화 대학교육 과정의 질관리를 하는 기업들이 대부분인데 이런 선발 과정에도 많은 비용과 시간이 들어가고 있다. 이런 재정적인 문제로 인해 50인 미만의 중소기업의 경우(<표 3-8> 참조) 실제 이원화 대학교육 과정 참여에 많은 부담을 가지고 있다. 그리고 36%의 기업은 전문 대학교의 부족하고 부적합한 이원화 대학교육 과정으로 어려움을 겪는다고 하였는데, 여기에는 이원화 대학교육 과정을 제공하는 전문 대학교에 기업이 원하는 교육과정이 없거나 대학의 너무 많은 교육 과정으로 인해 기업 입장에서 전체적인 파악이 어려운 경우, 혹은 어떻게 전문 대학교와의 협력 관계를 구축할 수 있는지 등이 포괄적으로 포함되어 있다. 이 외에 이원화 대학교육 과정의 직업교육생에게 지불해야 하는 임금 규정에 대한 부재(28%)와 이원화 대학교육 과정 형성을 위해 필요한 법적인 규정 부재(18%)도 이원화 대학교육 과정을 진행하는 데 있어 기업 입장에서 느끼는 어려움으로 파악되었다.
기업들이 이원화 대학교육 과정에 참여하면서 겪게 되는 문제점을 조사한 결과 63%가 비용적인 문제를 들었다. 기업들은 교육생에게 4대보험을 보장하고 학자금의 일부 내지 전부를 부담하기도 했다. 또 36%의 기업은 전문 대학교의 부족한 과정 때문에, 28%는  임금 규정에 대한 부재 때문에 어려움을 느낀다고 대답했다.