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배출권거래제 시행에 대해 산업계 등에서는 배출권거래제가 미치는 영향에대해 검토하고 기업이 부담해야 하는 높은 비용, 탄소누출과 경쟁력 약화에 대한 우려 등의 의견이 제기되었다. 배출권거래제 도입에 대한 우려는 크게 세 가지 의견으로 요약될 수 있다. 첫째, 배출권구입에 따른 기업의 과다한 비용부담 우려, 둘째, 기업의 경쟁력 약화에 대한 우려, 셋째, 탄소누출(carbonleakage)에 대한 우려가 산업계가 제기하는 배출권거래제에 대한 대표적인 의견이었다. 이러한 세 가지 의견은 온실가스 감축정책을 수립하는 과정에서 산업계의 대응을 예측하게 한다. 온실가스 감축정책과 관련한 감축량과 배출권 거래제와 관련한 할당량 등의 계획 수립 과정에서 감축량은 가능한 줄이고 할당량은 가능한 늘이는 방향의 대응을 예상할 수 있으며, 특히, 이러한 노력은 온실가스 감축 비용이 높은 산업, 경쟁력 약화 부담이 큰 산업, 탄소누출업종 등에서 적극적인 정책수립과정 참여를 통하여 이루어질 것으로 예측할 수 있다.
산업계는 배출권 거래제 도입으로 인한 기업의 비용부담, 기업 경쟁력 약화, 탄소누출 등을 우려하고 있다. 따라서 산업계는 배출권 거래제 시행 과정에서 온실가스 감축량은 가능한 줄이고 배출권 거래제 할당량은 늘리자는 의견으로 대응할 것이라 전망된다.