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구조개혁 컨설팅은 사업 설명회를 시작으로 진행되었는데, 사업 설명회를 통하여 대학구조개혁 정책의 근본적인 취지에 대한 이해와 함께 컨설팅을 통하여 대학교육의 질을 제고하기 위한노력이 필요함을 설명하였다. 이후 구조개혁 컨설팅은 대학에 따라 두 번 혹은 세 번에 걸쳐 진행되었다. 먼저 1차 컨설팅에서는 해당 대학의 현황을 파악할 수 있는 자료를 토대로 해당 대학의 이행과제를 잠정적으로 도출하였다. 컨설팅 위원들은 해당 대학을 방문하여 대학의 현황을 파악하고 대학 관계자들과 면담을 통해 대학의 강점과 약점을 파악하는 과정을 거쳤다. 1차 컨설팅 종료 후 대학으로부터 이행과제 의견서를 받았으며, 이는 2차 컨설팅 과정에 컨설팅 위원들에게 전달되었다. 2차 컨설팅에서는 대학으로부터 받은 이행과제 의견서에 대한 집중적인 검토 및 면담 과정을 통해 이행과제를 결정하는 데 목적이 있었다. 이를 위해 대학 의견서에 대한 사전 검토를 통해 대학 관계자와 면담을 진행하였고, 이행과제에 대한 조정이 이루어졌다. 2차 컨설팅 종료 후, 1차와 마찬가지로 대학으로부터 이행과제 의견서를 받았으며 의견서는 컨설팅위원들에게 전달되었다. 3차 컨설팅에서는 지난 두 번의 컨설팅 과정에서 대학과 컨설팅 위원들이 협의한 과제에 대한 최종 확인에 주된 목적을 두었다. 이를 위해 대학의 의견서를 사전에 검토하였고 이를 토대로 면담을 진행하였다. 각 대학들은 컨설팅을 통해 이행과제 및 계획을 자체적으로 수립･추진하고 컨설팅 종료 여부에 따라 별도의 이행점검 과정을 거쳐 재정지원제한 해제 여부가 결정되었다.
대학구조개혁 컨설팅은 대학교육의 질을 높이기 위한 노력이 필요함을  설명했다.  2차 또는 3차에 걸친 컨설팅을 통해 각 대학은 필요 과제 계획을 자체적으로 수립하고 추진하여 종료 후 점검 과정을 거친 후 재정지원제한 해제 여부를 결정하였다.