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한편 문화재청은 2001년에 「문화재보호법」에 등록문화재 제도를 제정하기 전인 1999년에 ‘근대문화유산의 보존과 활용방안 조사연구’(1999.12)를 진행하였다. 이는 전통문화의 개념과 근대화 과정이 우리와 유사한 일본을 중심으로 관련 보호시책의 전개과정, 근대문화유산의 구분 및 선정·지정기준, 그리고 보존 및 활용 사례를 조사한 연구이다. 이 연구는 근대문화유산에 대한 중요성을 재조명함과 동시에 근대시대를 대표하게 될 문화유산들이 대부분 훼손·멸실될 위기에 있다는 인식에 따라 근대문화유산의 개념을 정립하고 분야별·시대별 등의 대표적인 문화유산의 지정·보존을 위한 조사연구로 보존·활용방안을 마련하여 정책에 반영하기 위해 진행되었다. 이 연구조사 결과는 2002년에 진행된 ‘근대문화유산 조사 및 목록화 사업’에 일부 반영되었다.
문화재청이 실시한 ‘근대문화유산의 보존과 활용방안 조사연구’는 근대문화유산의 중요성 재조명과 개념정립으로 보존과 활용방안을 마련을 위한 것이었다. 조사결과는 2002년의 ‘근대문화유산 조사 및 목록화 사업’에 반영됐다.