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그러나 생물무기는 여러 측면에서 한계를 보인다. 생물작용제가 보관되거나 외부로 이동하거나 공격대상에 살포되었을 시 얼마나 오랫동안 발병력(virulence)이 유지되느냐의 문제이다. 외부로 배출되었을 시 생물작용제는 자연스럽게 폐사되기도 하고 자외선이나 습도 등의 환경적 요인으로 인해 스스로 약화되기도 하기 때문이다. 또한 생물무기는 대량살상무기라는 측면에서 얼마나 공격 대상과 비공격 대상(non-target)을 구분할 수 있느냐의 문제가 제기되었다. 이는 곧 얼마나 생물무기가 정확하고 예측가능한지의 문제로 귀결되기도 했다. 요컨대 생물작용제를 공격 가능한 상태로 유지하는 기술은 비국가 행위자나 저개발국이 쉽게 획득하기는 어렵다. 따라서 많은 국제사회의 우려와는 달리 생물무기가 광범위하게 확산되지는 않고 있다. 그러나 생물안보와 관련한 보건, 안보 분야 등 셀 수 없는 민간연구소에서 유출 혹은 도난되어 악용될 소지는 다분히 높다.
생물무기에도 한계가 있다. 생물작용제의 발병력 유지 기간 문제인데, 외부 배출 시 폐사되기도 하고 약화되기도 한다. 발병력 유지 기술은 쉽게 얻을 수 없기 때문에 생물무기의 확산은 없었다. 그러나 민간연구소에서 유출, 도난되어 악용될 소지는 여전하다.