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 일본이 자국의 높은 비관세장벽을 해소하는 문제도 한국에서는 논란의 대상이다. 즉, 일본의 비관세장벽이 높다는 사실은 국내 업계와 외국의 연구에서도 널리 알려진 사실이나, 과연 FTA를 체결한다고 하여 일본의 비관세장벽이 제거될 수 있을 것인가에 대한 의문이 제기되고 있다. 특히 일본의 비관세장벽은 사회/문화적 배경과 관련이 깊기 때문에 완화 혹은 제거가 용이하지 않다는 한국측의 견해에 대해, 일본측은 일본기업의 고비용 비즈니스 관행으로 경쟁을 제한해 왔으나, 양국간 FTA는 비즈니스 관행을 교정하고 경쟁력을 촉진시키는 계기로 작용하여 비관세장벽을 허무는 촉매제가 될 것이라고 주장하고 있다. 원칙적으로 볼 때, FTA가 경쟁을 촉진하고, 비관세장벽을 완화시킬 수 있더라고, 실효를 거두기 위해서는 이러한 비관세장벽을 정밀하게 조사하고, 이의 시정을 협정문에 반영시키는 것이 중요하다, 일본측은 양국간 무역자유화가 일본의 비관세장벽을 완화시킬 수 있을 것임을 제시하고 있으나, 비관세장벽이 개선되도록 하는 내용을 시장접근과 경쟁정책관련 협정문에 포함시킬 경우, 일본의 비관세장벽은 상당 부분 개선될 수 있을 것이다.
 일본의 높은 비관세장벽 해소 문제가 한국에서 논란의 대상인데, 양국간 FTA가 경쟁촉진 및 일본의 비관세장벽을 완화 내지 제거하기 위해서는 비관세장벽의 정밀한 조사 후 시정내용을 협정문에 반영하고 시장접근과 경쟁정책 관련 협정문에 비관세장벽 개선 내용을 포함시켜야 할 것이다.