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어울림 프로그램과 학교폭력예방 선도학교(어깨동무학교)의 기본운영은 다음과 같이 이루어진 다. 우선 어울림 프로그램은 학교폭력예방을 위한 핵심역량(공감, 의사소통, 갈등해결, 감정조절, 자기존중감, 학교폭력인식 및 대처)에 대한 모듈을 포함하고 있고, 학교에서 실시할 수 있는 기본 프로그램과 학교폭력유형별로 특화된 심화프로그램으로 구성되어 있다. 따라서 학교여건에 맞게 선택적으로 모듈을 활용할 수 있다. 이에 비해 어깨동무학교는 학교폭력발생정도, 학교폭력예방활동 수행의지, 학교폭력예방활동에 대한 재정지원의 필요성 등을 고려하여 시도교육청별로 해당 학교를 선정하고 있다. 어깨동무학교에서는 또래활동이 필수이고, 학교구성원 및 지역사회 연계 의사소통활동, 체험형 예방교육활동, 언어 및 사이버폭력예방활동, 기타 단위학교에서 개발한 학교 폭력예방활동 중 한 가지 이상의 활동을 선택하여 운영하도록 되어 있다.
어울림 프로그램은 학교폭력예방을 위해 학교에서 기본 및 심화 프로그램을 선택하도록 하였고, 어깨동무학교는 시도교육청별로 학교의 폭력 비율과 재정지원 등을 고려하여 필수 활동과 한 가지 이상의 활동을 하도록 운용하고 있다. 