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운영 면은 이 프로그램을 국방부가 직접 운영하는 것이 좋은지 아니면 대행 기관을 조직･활용하는 것이 좋은지에 대한 비교 과정이다. 미국처럼 국방부가 직접 프로그램 운영 시 안보적 성격을 충분히 반영하는 정책 추진에는 유리하나 청소년 교육 과정에 국방부가 지나치게 개입한다는 오해를 불러일으킬 수 있다. 뿐만 아니라 고등학교나 학생을 직접 상대하기가 쉽지 않으며 안보 의식 강화에는 유리하나 건전한 시민의식 함양에는 다소 미흡한 측면이 있다. 따라서 운영  면에서는 국방부가 프로그램을 직접 운영하기보다 대행 기관을 조직하여 프로그램을 운영케 하는 것이 상대적으로 유리하다.
국방부가 프로그램 운영 시, 안보 의식 강화에는 유리하나 건전한 시민의식 함양에는 미흡한 측면이 있어, 직접 운영하기보다 대행 기관을 조직하여 운영케 하는 것이 유리하다.