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B. 제도의 문제점과 개선방향
1. 제도의 실시목적의 문제와 개선방향
우리나라 현행 육아휴직제도는 모성보호를 목적으로 실시하고 있다(남녀고용평등법 제3장 참조). 그리하여 근로여성에게만 적용되고 있다. 여기에는 국제기준에 의한 모성보호에 대한 이해부족과 함께 육아는 여성의 고유한 역할이거나 1차적 담당자라는 사고가 반영되어 있다.
UN, ILO, EC의 국제조약과 권고, 지령, 기타 각종 국제문서, 나아가 세계 대다수의 국가의 고용관계법에서 사용하고 있는 모성보호의 용어는 남성과는 달리 여성만이 소유하는 모성기능 즉 임신, 출산, 생리, 수유의 기능의 보호를 의미하고, 이것은 남녀간의 본질적인 차이인 생물학적인 차이에서 비롯되는 보호로서 성차별에 해당되지 않는 여성만에 대한 유일한 특별보호로 되어 있다. 그리고 이 모성보호는 임산부 여성의 건강 뿐 아니라 태어나 영아의 건강을 보호함으로써 다음 세대의 건강한 인력을 확보하는 사회적 기능을 가진다고 하여, 모성보호의 비용부담은 개인근로자나 개별사업주가 단독으로 책임질 문제가 아니라 국가의 사회보장제도 혹은 공적기금에서 지급되어져야 하는 것으로 확립되어 있다(ILO의 모성보호조약(제103호)과 권고등 참조). 모성기능의 보호에서 비롯된 것이 아닌 여성근로자의 건강보호와 가사노동수행의 지원 등을 위한 종래의 여성보호는 남녀고용평등의 기반을 마련하기 위해서 남녀공동의 보호로 하되, 이로 인해 여성근로자의 근로조건이 저하되는 일이 없도록 하는 것이 국제기구의 공통된 입장이라고 할 수 있다. 
우리나라 육아휴직제도는 모성보호가 목적이므로 근로여성에게만 적용된다. 이는 국제기준의 모성보호에 대한 이해가 부족한 것이다. 국제기준 및 외국의 모성보호는 여성만이 소유하는 모성기능이다. 이 비용부담은 국가의 사회보장제도나 공적기금에서 지급되는 것으로 확립되어 있다. 이와 달리 여성보호는 남녀고용평등의 틀을 마련하지 위한 것으로 여성근로자의 근로조건이 불평등을 받지 않게 하는 것이 국제기구의 입장이다.