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또한 막대한 예산을 필요로 하는 보육정책이 이슈로 제기되면서도 재원확보에 대한 숙고와 논의 없이 진행된 것이 결국 중앙정부와 지방정부 간의 갈등을 야기하게 되었다. 특히, 보육정책의 수혜자가 소득에 관계없이 전 계층으로 확대되면서 지방정부가 감당해야 할 복지예산이 급증하게 되었고, 다른 분야의 복지서비스를 포기하거나 전체 지방정부의 재정이 악화되는 상황까지 초래하게된 것이다. 이로 인해 전국시도지사협의회는 지방정부의 재정적 부담을 고려하지 않은 채 일방적･획일적으로 보육정책을 시행하는 중앙정부에게 유감을 표하며, 사실상  보이콧을 집행하기도 하였다(매일경제, 2010.04.02.).
보육정책이 재원확보에 대한 논의 없이 진행되어 중앙정부와 지방정부 간의 갈등이 야기되었다.