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평가 제도를 운영하는 과정에서 평가제도 관리체계를 내실화하기 위한 방안은 계획수립 단계, 모니터링 및 평가 단계, 성과정보 활용 단계의 측면에서 논의될 수 있다. 첫째, 계획수립 단계에서 제기되는 주요 이슈 중 하나는 성과목표 설정 및 측정지표의 설계와 관련한 문제이다. 성과목표는 이후의 측정 지표 설정 및 관리, 평가, 활용 등의 과정에 영향을 미치므로 목표 설정의 타당성이 반드시 검토되어야 한다. 그러나 현행 성과관리시행계획과 성과계획서 상에 나타난 목표설정과 관련한 타당성 검토가 구체적이지 않고, 대부분 과거의 경향에 따라 일정 비율을 반영하여 상향 혹은 하향 조정하는 형태로 이루어지고 있다. 이로 인해 정책을 둘러싼 환경적 요인이나 조직이 보유한 역량에 대한 체계적인 진단을 고려하지 않고 ‘달성 가능한’ 수준에서 목표를 설정하도록 유도할 가능성이 제기된다. 목표의 적절성을 평가하는 과정이 현재보다 구체적으로 적시되어야 하며, 가능한 다양한 대내외적 요인을 고려하여야 할 필요가 있다. 물론 현재의 성과계획 수립 단계에서도 대내외적 요인을 고려하고 있으나, 평가목표에 대한 직접적인 검토가 보편화 된 것은 아니다. 또한 평가지표 설계 과정에서 목표를 측정하기 위한 지표의 타당성 검토가 반드시 이루어져야 할 필요가 있다. 특히, 목표 달성 여부 혹은 미달성 여부가 어느 정도 정책에 의해 영향을 받은 것인지를 검토하는 과학적 검증 작업이 병행되어야 할 필요가 있다. 이를 위해 지표를 설계하고 개발하는 단계부터 평가 전문가, 평가 담당기관, 피평가 기관 및 정책 담당자가 함께 참여할 수 있도록 제도화된 장치가 마련되어야 한다.
평가제도 관리체계를 내실화하기 위한 방안중 계획수립 단계의 주요 이슈는 성과목표 설정 및 측정지표의 설계로, 성과목표는 이후의 측정 지표 설정 및 관리, 평가, 활용 등의 요인이므로 목표 설정의 타당성이 검토되어야 한다. 목표의 적절성에 대한 평가가 구체적이어야 하며, 여러 대내외적 요인을 숙고해야하고, 또한 목표 달성 또는 미달성 여부가 정책에 의해 영향을 받는지 검토하는 과학적 검증 작업이 병행되어야 한다.