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반면 소련의 경우 생물무기금지협약 비준 이후로도 비밀리에 생물무기 개발을 유지해왔다. 왜 소련이 협약을 위반하면서까지 생물무기 개발을 지속했는가에 대해서는 아직까지 논란이 분분하다. 이에 관해 설득력을 얻는 주장 가운데 하나는, 닉슨의 결정 이후로도 미국 중앙정보국(CIA: Central Intelligence Agency)이 비밀리에 보유하고 있던 탄저균, 패독(shellfish toxin), 야토병(tularemia), 브루셀라병(brucellosis) 등의 배양균 존재가 1975년 상원의회 청문회 당시 폭로되었기 때문에, 소련의 생물무기 개발 역시 재개되었다는 것이다. 1992년 옐친(Boris Yeltsin) 대통령은 생물무기 포기 선언을 했다. 그럼에도 불구하고 스웨덴 방위연구청이 분석한 러시아의 생물학전 수행능력에 대한 분석은 여전히 러시아가 공격용 생물무기와 관련 프로그램을 보유하고 있음을 보여준다. 러시아의 생물무기 보유지속에 대해서는 소연방 붕괴 이후 사회경제적 위기, 서방과의 관계 및 러시아 인접국들과의 관계 악화, 강대국으로서 러시아의 지위 재건, 그리고 생물무기금지협약의 비효율적 체제 등이 지적되었다.
소련은 생물무기금지협약을 어기고 몰래 생물무기 개발을 했는데, 미국의 CIA도 생물무기를 몰래 갖고 있던 게 폭로되었기 때문이다. 러시아는 옐친 대통령의 선언에도 불구, 스웨덴 방위연구청에 의해 여전히 생물무기 관련 프로그램을 갖고 있다는 것이 밝혀졌다. 그 이유로 사회경제적, 외교적 요인 등이 있다.