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다른 한편으로 정부는 공공부문의 임금․직무체계에 대해서도 직무 및 성과 중심의 합리적 임금․직무체계로의 전환을 큰 방향으로 설정하고 있다. 직무 및 성과 중심의 합리적 임금․직무체계란 기본적으로 기존의 연공 중심 임금․직무체계에서 탈피하여 수행하는 직무와 직무 수행의 결과를 중심으로 임금 수준이 결정되는 보상체계를 말한다. 이러한 측면에서 무기계약직으로 전환된 근로자의 보상체계에 대한 비판이 제기되고 있다. 그것도 입직 경로를 달리하는 기존 정규직과의 임금 수준 격차가 문제로 제기되기보다는, 유사한 직무를 수행하는 무기계약직 사이의 기관별 임금 격차의 부당성에 대해 집중적으로 문제가 제기되고 있다.
정부는 공공부문에서 근속연수 중심에서 벗어나 보직과 성과중심으로 임금이 결정되는 보상체계로 전환하려 한다. 그러나 유사직무 무기계약직 간에  임금 격차가 문제로 대두 되고 있다.