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특허권자는 불복하여 심결취소소송을 제기하였고, 지적재산고등재판소는 2014. 5. 30.에 선고된 평성25년(行ケ)제10195호 판결에서 “의약품 제조판매를 위한 선행 및 후행 승인이 있는 경우, 선행 승인의 대상이 된 의약품의 제조판매가 후행 승인의 대상이 된 의약품의 제조판매를 포함한다고 인정되는 때에는 특허발명의 실시에 후행 승인을 받는 것이 필요했다고 인정할 수 없다. 이 사건에서, 각 승인의 심사사항은 의약품의 성분, 분량, 용법, 용량, 효능 및 효과이고, 본건 선행 승인과 후행 승인의 의약품에 특정된 용법, 용량은 상이하다. 따라서 후행 승인에 기하여 이 사건 연장등록출원이 특허법 제67조의3 제1항제1호의 “그 특허발명의 실시에 제67조제2항의 시행령에서 정하는 처분을 받을 필요가 있는 것으로 인정되지 아니하는 때” 라고 볼 수 없다”라고 판시하며, 일본특허심판원의 심결을 취소하고 본건 연장등록출원을 인정하였다. 이후 일본특허청장이 상고하였으나, 최고재판소도 2015. 11. 17.자 평성26년(行ヒ)제356호 판결에서 지적재산고등재판소 판결과 같은 이유로 상고를 기각하였다.
재판소는 평성25년제10195호 판결에서 의약품 제조판매에 선행 승인된 의약품이 후행승인 된 의약품 제조를 포함한다고 인정될 때 특허발명 승인을 인정하지 않았다. 따라서 일본특허심판원의 심결을 취소하고 본건 연장등록출원을 인정하였고, 평성26년제356호 판결도 같은 이유로 기각했다. 