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한편, 학교생활 행복도와 교육 맥락 변인과의 구조적 관계 분석에서는 학교생활 행복도에 영향을 미치는 학생 및 학교 수준의 예측 변인을 도출하기 위해 2 수준 구조방정식 모형을 사용하였다. 일반적으로 다층 구조방정식 모형은 계층적으로 내포된 자료(예를 들어, 학생이 학교에 속해 있는 경우)에서 발생하는 종속적인 자료 구조와 집단 간의 차이를 모형 안에 적절하게 포함시킴으로써 집단 내 구조모형(학생 수준)과 집단 간 구조모형(학교 수준)을 동시에 추정하고, 각 수준에서 잠재 및 관찰 변인 간의 관계를 확인하는 데 유용하다. 특히 구조방정식 틀 안에서의 다층 모형은 학생 수준의 구조모형과 학교 수준의 구조모형을 서로 독립적으로 추정할 수 있다는 장점이 있어 위계 선형 모형(HLM; Hierarchical Linear Model)의 접근법에 비해 더욱 큰 유연성이 있다. 예를 들어, 학생 수준에서의 계수(절편 또는 기울기)를 학교별로 무선화 하여 학교 수준의 잠재 변수를 측정할 수 있을 뿐 아니라, 학생 수준에서 사용되지 않은 변수에 대하여도 학교 수준에서 독립적으로 잠재 변수를 측정하는 것이 가능하다.
학교생활 행복도와 교육 맥락 변인과의 구조적 관계 분석에서는 학생 및 학교 수준의 예측 변인을 도출하기 위해 2 수준 구조방정식 모형을 사용하였다. 구조방정식 모형은 집단 내 구조모형과 집단 간 구조모형을 동시에 추정하고 잠재 및 관찰 변인 간의 관계를 확인하는 데 유용하다.