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다음으로 WTO내 제도 개선을 생각해 볼 수 있다. WTO내에서 WTO 협정과 비통상 조약간 관계는 주로 ‘무역과 환경’ 의제에서 논의되고 있다. 2001년 제4차 WTO 각료회의에서 채택된 각료 선언문에서 회원국들은 “무역과 환경의 상호지지(mutual supportiveness of trade and environment)”를 증진하기 위하여 다자간 환경협정과 WTO 규칙간의 관계에 대한 협상을 하기로 합의하였다. 각료 선언문에 따르면, WTO 회원국들은 다자간 환경협정의 당사국이자 WTO 회원국인 국가들간 WTO 규칙의 적용가능성, 다자간 환경협정 사무국과 관련 WTO 기관간 정기적인 정보교환 절차에 대한 협상을 진행하기로 합의하였다. 또한 회원국들은 무역환경위원회에게 환경 조치가 시장 접근에 미치는 영향에 대하여 특별히 관심을 기울일 것을 지시하였다. 이에 따라 2011년 무역환경위원회 의장은 “무역과 환경에 관한 각료 결정 초안”에서 다자간 무역협정과 WTO간 정보교환, WTO 회원국 국내 차원에서의 조화 노력, 다자간 무역협정의 WTO에서의 옵저버 지위 부여, WTO 분쟁해결절차에서 환경관련 전문가 활용 강화 등을 제시하였다. 이러한 제도적인 개선방안은 규범 충돌의 직접적인 해결책은 아니다. 하지만 WTO 패널과 상소기관에게 정보를 제공하고 분쟁해결시 비 WTO 조약을 고려, 참조하도록 하는 무언의 압력으로 작용할 수 있다.
제4차 WTO 각료회의에서는 다자간 환경협정과 WTO 규칙간의 관계에 대한 협상 진행이 합의되었다. 이에 무역환경위원회 의장이 “무역과 환경에 관한 각료 결정 초안”을 통해 제시한 다자간 무역협정과 WTO간 정보교환 등의 제도적인 개선방안은 규범 충돌을 직접 해결하지는 못하지만 분쟁해결과정에서 정보를 제공하고 비 WTO 조약을 고려하도록 압박하는 역할을 할 수 있다.