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신길중은 학생 선택프로그램을 두 유형으로 구분하여 운영하였다. 하나는 교과 연계 선택프로그램이고, 다른 하나는 진로적성 선택프로그램이다. 전자는 자유학기제로 인한 학력 저하의 우려를 해소하기 위해서 수업 시수가 감축된 국어, 영어, 수학, 과학, 도덕 등의 교과와 관련된 프로그램으로 마련되었다. 1학년 8개 학급의 학생들이 총 10개 프로그램 중 하나를 선택하도록 하고, 한 프로그램 당 학생 수는 30명 내외로 운영되었다. 이외에도 신길중은 학생들이 적성에 따라 프로그램을 선택하고 관련 직업을 탐색할 수 있는 진로적성 학생 선택프로그램도 운영하였다. 이 프로그램은 학생들의 요구뿐만 아니라 담당교사의 적성 및 관심을 고려하여 편성하며, 필요 시 학교 외부의 전문가를 초빙하여 수업이 이루어지기도 한다. 이러한 교과 연계형 선택 프로그램의 일부를 예시적으로 제시하면 다음과 같다.
신길중은 자유학기제로 인한 학력 저하를 방지하고자 적은 수업시수로 진행하는 교과 연계 선택 프로그램과 적성별로 직업을 탐색할 수 있는 프로그램인 진로적성 프로그램을 운영하고 있다.