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시스템 감사가 우리나라 중앙부처의 자체감사 실무에 적용될 때에는 사실상 컨설팅(지원과 자문, 권고 중심) 방식에 의한 자체감사를 시행하려는 노력들이 시도되고 있다(다음의 컨설팅 감사 사례 참조). 컨설팅 방식 중심의 자체감사는 감사 착수 전에 미리 충분한 자료조사 및 (사전)분석을 통해서 핵심사안을 정확히 파악하여 감사의 초점을 명확히 한 후 실지감사에 착수하는 방식이다. 따라서 적발 및 지적 위주의 감사보다는 공공기관의 운영체계 및 시스템 전반을 분석하여 원인을 규명함으로써 보다 근원적인 처방을 제시하는 감사방식이라고 할 수 있다(정부합동감사 결과보고서, 2007; 노동부 본청 감사실 내부자료, 2010; 2010년 경기도자체감사 보도자료에 관한 각종 신문).
시스템 감사의 한 방법인 컨설팅 감사는 중앙부처의 자체감사 실무에 적용되며 사전 자료조사 및 분석을 요하며  공공기관의 운영체계 및 시스템 전반에 대한 처방을 내리는 감사방식이다.