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교육과정에 대한 논의와 더불어 어떻게 가르칠 것인가에 대한 방법적인 논의가 이루어져야 할 필요가 있다. 교양적 기술들과 세미나식 수업방법 및 발견법적 체험의 강화가 필수적이라는 점에서 문제중심학습(PBL: Problem-Based Learning), 혹은 프로젝트기반수업(PBL: Project-Based Learning)과 자기주도학습(SDL: Self-Directed Learning) 등과 같은 수업 방법의 개발이 필요하다. PBL은 교수자가 제시한 어떤 특정 상황을 기반으로 하는 비구조적 과제를 해결하기 위해 소그룹으로 편성된 학습자들이 스스로 학습목표를 정하고 각자의 역할을 분담하여 자료를 공유하고, 토론을 거쳐 협동적으로 문제를 해결하는 것이라 할 수 있다(최봉선, 2007 등). 자기주도적학습이란 학습자 스스로가 자신의 학습욕구를 진단하고 학습목표를 설정하여 학습에 필요한 인적․물적 자원을 확보하고 적절한 학습전략을 선택․실행하며 자신이 성취한 학습결과를 스스로 평가하는 학습자 주도 방법이라고 할 수 있다(윤광보 외 재인용, 2005). 특히 PBL의 경우 학습자가 당면하고 있는 실제적 문제를 해결하고 협동학습 환경을 강조한다는 점에서 산학연계 교육과정에 적합한 형태라 할 수 있을 것이다.
어떻게 가르칠 것인가에 대한 방법적인 논의가 필요하다. PBL은 비구조적 과제 해결을 위해 편성된 학습자들이 스스로  목표를 정하고 역할을 분담, 토론을 거쳐 문제를 해결하는 자기주도적학습이다. PBL의 경우 학습자의 실제적 문제 해결과 협동학습을 강조한다는 점에서 산학연계 교육과정에 적합하다.