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사업구조의 기획과 개별사업관리체계는 상위 예산지배구조의 성격과 기능에 의해서 기본 틀이 규정된다. 즉, 세부사업단위에서의 경쟁예산배분제도에 의해 개별세부사업단위를 중심으로 사업구조화가 이루어지고 있으며 사업의 관리도 예산부처에서 요구하는 성과지표 관리체계를 중심으로 이루어지고 있다. 또한 연구 환경구조도 정부연구 개발 사업 수행과 관련된 사업관리제도의 영향을 받는다. 연구수행주체들의 경우 별도의 지배구조 및 관리체계를 구축하여 운영하지만 기본적인 방향과 성격은 정부연구 개발시스템의 예산지배구조에 의해서 기본적인 규제와 통제가 이루어진다. 따라서 문제해결 중심의 연구 개발시스템 전환을 위한 핵심과제는 정부연구 개발예산 지배구조의 역할과 기능을 문제해결 중심으로 변화시키는 것이다. 즉, 핵심은 정부연구 개발예산구조와 예산관리제도를 어떻게 문제해결 중심의 구조와 제도로 전환시키는가이다.
개별사업관리체계는 정부예산 기준을 중심으로 규제되며 연구수행은 별도의 기준에 따라 운영되지만 기본방향 및 성격은 정부연구 예산구조에 의해 규제된다. 이에 따라 지배구조를 정부기준에서 실질적 문제해결 중심으로 전환시키는 것이 관건이다.