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그러나 개장 초기, 화훼 재배 농민들은 화훼공판장의 상장 경매제도에 적응하지 못했다. 수십 년 간 익숙해져 있던 유사 도매시장의 관행과 달랐기 때문이다. 유통공사는 이를 해결하기 위해 농가 지원책을 마련하고 농가와 지속적인 간담회를 마련해 나갔다. 이러한 적극적인 소통 노력으로 화훼 경매 실적은 연간 10% 이상 증가하기 시작했다. 개장 첫해인 1991년 17.2억 원이었던 총 화훼 매출액은 1992년 72.4억 원으로 급증했으며, 2011년에는 1,000억원으로 껑충 뛰었다. 절화(切花, 꽃꽃이, 꽃다발, 화환에 쓰이는 꽃) 경매 실적 또한 1991년 개장 시기부터 경매물량 연평균 증가율이 43.1%, 경매금액 연평균 증가율이 42.7%로 꾸준히 증가했다.
화훼공판장 상장 경매제는 기존의 관행과 달랐기 때문에 대상 농민들에게 바로 적용되지는 못했다. 이에 공사는 농가 지원책 마련과 지속적인 소통을 통해 화훼 경매 실적을 높였다.