다만 몇 가지 아쉬운 점이 있다. 가장 아쉬운 점은 보존 상태가 좋지 않다는 것이다. 서면 좌협시 보살은 보관을 비롯한 여러 부분에 보수가 있었고, 특히 우협시 보살은 얼굴이 전혀 남아있지 않다. 동면 약사여래좌상 역시 코와 입의 보수가 있으며, 신체도 박락이 심하여 완전한 상태가 아니다. 남면 상은 중앙 본존불입상이 머리를 잃었고, 우협시보살상은 아예 사라지고 없다. 또 네 면의 조각을 동시에, 동일한 솜씨로 제작하지 않았을 가능성이 큰 점도 아쉬움 가운데 하나이다. 특히 동면 약사여래좌상의 신체부분, 북면의 보살입상은 서면 조각과 비교해 보면 물론 시기차가 크지는 않겠지만, 제작 시기와 솜씨에서 분명한 차이가 드러난다. 이상과 같이 굴불사지 사면석불은 국보로 승격할 만큼 중요하고 한국조각사에서 의미가 큰 조각임에는 틀림없지만, 현재의 보존 상태를 고려하면 국보로 승격하기에는 어려움이 있다고 판단한다.
굴불사지 사면석불은 역사적 가치는 충분하나 비치된 여려 보살상들의 얼굴전체 또는 신체 일부분이 없어졌고 일부 장식들도 삭아 부스러지는 등 보관 상태가 좋지 않을뿐만 아니라 제작 시기와 솜씨에서도 차이가 뚜렷하여 국보로 등록 되기가 어렵다. 