거점형 문학관에서 거점의 기준은 주제, 운영형태, 그리고 지역이 될 수 있다. 하지만 운영형태와 주제에 따른 거점 지정은 각각 효율성과 포괄성이란 측면에서 약간의 문제점이 발견된다. 운영 형태별 거점은 현재의 문학관 간 차이를 확대시킬 가능성, 주제별·작가별 거점은 상당수의 문학관이 포함되지 못할 가능성이 높다. 반면에 지역별 거점 형성은 적어도 포괄성이란 측면에서는 큰 문제가 없고, 근접한 문학관 네트워크여서 효율성이 낮지는 않을 것으로 보인다. 덧붙여 거점형 문학관 제도 도입이 국립한국문학관 설립에서 비롯된 문제임을 감안하면 지역별 거점 형성이 바람직하다. 앞에서 거점형 문학관을 열린 개념으로 보아야 한다고 말한데서 보듯이, 운영 형태별·주제별 거점은 지역 거점 이후 검토할 수도 있고, 다른 형태의 네트워크를 구축할 수도 있다.
거점형 문학관의 거점을 운영형태와 주제에 따라 지정하면 각각 효율성과 포괄성의 문제가 발생할 수 있다.