수준별 교육과정은 학생들의 능력, 적성, 필요, 흥미에 대한 개인차를 최대한 고려하여 교육과정의 차별화, 다양화를 꾀함으로써 학생 개개인의 성장 잠재력과 교육의 효율성을 극대화하고 나아가 자주적 생활과 평생학습의 태세를 갖춘 유능한 민주시민을 양성하는데 그 목적이 있다고 교육부는 밝히고 있다. 그러나 아직 구체적인 ‘수준’에 대한 사전 연구가 충분히 이뤄지지 않은 상황에서의 수준별 교육과정 도입은 단순한 우열반 편성 이상의 의미가 없는 것이다. 또한 학생의 흥미와 능력, 적성, 필요를 고려한 단계별 교육이 아닌 동일한 교육내용을 단계별로 구성하여 학습자의 학습 속도에 따라 이수 속도를 달리한 것에 불과하다. 아울러 교사의 수업부담 증가와 학생들의 학습량 증가로 수업의 질이 오히려 떨어질 가능성도 없지 않다고 한다. 평가에서도 각 단계를 통과하기 위한 사교육과 과외활동이 폭발적으로 증가될 것이며, 그 만큼의 엄청난 사교육비 지출이 이뤄질 것이다. 무엇보다 학교에서 가르치는 지식 교육은 다양한 교육적 가치 중 일부에 불과하다. 그 일부에 불과한 지식 교과의 성적이 학교교육의 모든 것이 되어버리는 것이 수준별 교육과정인 셈이다.
교육부는 개인차를 최대한 고려한 수준별 교육과정을 언급하는데 여기서의 '수준'이란 의미에 대한 사전 연구가 중요하다. 이 '수준'이 제대로 정의되지 않으면 단순한 우열반 편성이 되거나 교사와 학생들의 부담 증가, 사교육 폭발 등의 문제가 발생할 것이다.