공산성은 내부에 비탈진 곳이 너무 많고 평탄한 곳이 너무 적어서 왕궁의 여러 건물을 세우기에 부적당하며 제민천 부근에 밀집 분포하였을 민가와도 멀리 떨어진 산지에 해당하므로 백제왕이 늘 거주하며 정사를 돌보던 공간으로 보기 어렵다는 견해도 꾸준히 제기되었다. 공산성의 진남루 남쪽 기슭 평탄지를 비롯해 공주시내의 평지에 정청-내전 등의 시설을 갖춘 왕궁이 있고 공산성은 배후의 군사적 거점이자 궁원 역할을 했다는 것이다. 웅진 천도 초기에는 왕궁이 공산성 안에 있다가 동성왕 8년(486) 무렵 바깥의 평지로 평상시 왕궁을 옮겼을 것이라는 견해도 있다. 아직 공산성 바깥에서 왕궁터가 확인되지 않았으므로 동성왕 때 공산성을 중심으로 왕궁시설을 확대했다는 정도로 이해하자는 절충론도 있다. 동성왕 때의 궁실 중수는 왕궁을 대대적으로 수리하면서 동시에 기능적으로도 왕도 범위를 확대한 것이라는 해석이다. 백제 웅진도읍기의 왕궁이 공산성 바깥에 있었다는 시각은 사비도읍기의 도성제를 의식한 측면이 있다. 그래서 지금의 공주시가지를 한성도읍기의 풍납토성에 비견하고 풍납토성 둘레 3.5km에 갇혀 있던 일반 거주구역이 웅진 천도 이후 공주시가지로 상당히 넓어졌다고 이해하기도 한다. 풍납토성-공주시가지-부여 나성으로 이어진다는 도식적 이해라고 할 수 있다.
공산성은 지리적인 이유로 민가와 떨어져 있어 백제왕이 정사를 돌보던 공간으로 보기 어렵다는 견해가 존재한다. 웅진 천도 초기는 성내에 왕궁이 있다가 동성왕 8년 때 바깥으로 옮겼다거나, 공산성을 중심으로 왕도 범위를 확대했다는 절충론이 제기되기도 한다.