조선시대의 분황사 관련 기록에는 사세(寺勢)가 쇠락하였거나 이미 폐사되었음을 짐작할 수 있는 내용이 있다. ‘분황사 구층탑(九層塔)은 신라삼보(新羅三寶)중 하나로서 임진왜란(壬辰倭亂)때 절반이 훼손되었고 그 후에 어리석은 중이 탑을 고치려다가 또 절반을 훼손하였다’고 한다. 그러나 신라삼보에는 분황사 석탑이 아닌 황룡사 목탑이 포함되므로 기록의 신빙성에는 의문을 갖게 한다. 한편, 조선 전기 문인들의 시구(詩句)를 통해서도 분황사에 대한 내용을 짐작할 수 있다. 서거정(徐居正, 1420～1488)의 시(詩)에서는 ‘분황사 탑이 우뚝 솟아 있고 황룡사 장육상이 남아 있으며 사찰의 절반 정도는 민가가 들어차 있음’을 나타내고 있는데, 분황사 석탑을 백탑(白塔)으로 표현하고 있다. 어세겸(魚世謙, 1430～1500)의 시에서는 ‘분황사 석탑의 앞뒷면이 이미 훼손되었음’을 짐작할 수 있는 내용이 있다.
조선시대의 분황사 관련 기록을 보면 구층탑이 임진왜란때 절반이 훼손되고 전기 문인들의 시구에서 절의 모습과 석탑의 훼손정도가 표현되어 있는것으로 보아 절의 쇠락을 짐작할수 있다.