그러나 현재 문화콘텐츠투자조합의 문제는 좀더 근본적이다. 즉 리스크가 높은 애니메이션 분야 뿐 아니라 문화콘텐츠투자조합의 전반적인 투자실적이 지극히 미미하다는 점이다. 문화콘텐츠투자조합의 투자실적이 이렇게 미진한데는 효율적인 투자를 가로막는 문화콘텐츠투자조합의 운영규정에도 문제가 있다. 예를 들면 현재 투자조합 1․2․3․4호의 운영자금은 340억 원에 달하지만 실질적인 투자는 70억 원에 그치고 있다. 문화콘텐츠투자조합이 5년 동안 운영되고 애니메이션을 비롯한 기타 콘텐츠의 제작기간이 대부분 2년 이상 걸린다고 전제할 때 2003년말 까지 최소한 70%는 투자가 되어야 운영기간 내에 자금을 회수하고 2차 투자가 진행될 수 있지만, 손실이 발생할 경우 업무집행조합원의 출자금과 정부 출자지분이 동시에 우선 손실처리 된다는 규정 때문에 투자자들의 공격적인 투자가 이루어지지 않고 있다는 지적이 많다. 더욱이 문화콘텐츠투자조합의 경우 정부 출자지분이 10%로 매우 낮기 때문에 정부의 강력한 투자요구도 불가능한 상황이다. 따라서 문화관광부가 조합규정을 전반적으로 재검토, 시장상황에 따라 유연하게 대처할 수 있도록 투자조합의 체질을 개선하지 않으면 저조한 투자실적은 크게 변하지 않을 것이라는 점이다.
현재 문화콘텐츠투자조합의 운영규정은 효율적인 투자를 가로막고 있다. 따라서, 문화관광부가 조합규정을 재검토하여 시장상황에 따라 유연하게 대처할 수 있도록, 투자조합의 체질을 개선해야할 것이다.