특검 수사와는 별도로 감사원의 문화체육관광부 기관운영감사도 실시되었다. 감사원은 2017년 1월 9일~13일 예비조사를 실시한 후 2017년 1월 19일~3월 10일 실지감사를 실시하였다. 감사원은 문화예술계 블랙리스트 사건 등을 포함한 사항들에 대한 감사를 실시하였고, 6월 13일 감사보고서를 발표하였다. 감사원은 문화･관광 분야 감사 결과에 대해 “문체부는 문화체육비서관실의 지시에 따라 부당하게 특정 문화예술인･단체 지원 배제를 산하기관에 지시하고, 배제 지시 이행 관리를 총괄하기 위한 TF를 구성･운영하는 등 특정 문화예술인･단체 등의 문화적 표현과 문화예술 활동의 지원 등을 차별하고 문화예술위원회 등의 직무상 독립성을 훼손”하였다고 발표하였다.
감사원은 문화예술계 블랙리스트 건에 대해 문화체육관광부의 운영감사를 실시했다. 이에 대해 문체부가 예술계의 독립성과 표현의 자유를 억압했다고 발표했다.