애초에 미디어센터에 독립 애니메이션이 들어가는 부분에 대해 일각의 우려가 있었다. 그것은 기왕에 서울 애니메이션 센터 등을 비롯해 몇몇 지자체를 중심으로 애니메이션 센터들이 있는데 제대로 이용도 못하고 있는 센터를 활성화하려는 노력을 하지 않고 또다시 새로운 단체를 통해 대안을 모색하는 것에 대한 우려였다. 실제로 서울 애니메이션 센터에는 산업 애니메이션 진흥기관, 기획창작 애니메이션인들의 공동센터, 교육시설, 일반 서울시민들의 애니메이션 향유를 위한 아카이브 등 다양한 기능이 복합적으로 혼재해 있지만, 센터의 시설들은 상당 부분 제대로 활용되지 못한 채 비효율적으로 운영, 방치되어 있다. 센터의 이러한 기능과 장비들을 적극 활용할 필요가 있다. 다행히 그동안 사업 중복 문제를 심각하게 노정하던 각 지원기관들이 2002년 후반기 이후로 위상의 가닥을 잡아가고 있는 듯 보인다. 서울 애니메이션 센터 관계자에 따르면 서울 애니메이션 센터는 향후 독립작가들 육성에 보다 중점을 둠으로써, 방송용 상업 애니메이션 투자 및 국내외 마케팅에 비중을 둔 한국문화콘텐츠진흥원이나 극장용 애니메이션 중심의 영화진흥위원회 사업과 차별화될 전망이라고 한다. 독립 애니메이션 집중 지원이라는 점에서 영화진흥위원회의 사업과 겹칠 만한 부분이 없잖아 있지만 원활한 네트워크를 통해 공조체제를 유지할 수 있다면 그 자체가 문제는 아니라고 본다. 현재 서울 애니메이션 센터의 교육사업은 창작자, 특히 독립작가 육성, 보호에 비중을 두고 있는데, ‘독립’의 외연과 내포를 좀더 확대하여 퍼블릭 액세스 운동으로의 확대가 가능하다. 그것은 서울 애니메이션 센터의 기존의 시설과 노하우가 있기에 가능하다. 영화진흥위원회는 미디어센터 위탁사업을 진행한 경험을 서울 애니메이션 센터에 전수하거나 센터와 공동으로 애니메이션 미디어센터 사업을 추진하는 방안을 고려해 볼 수 있다.
몇몇 지자체의 애니메이션 센터들이 활성화되지 않고 있는 상황에서 미디어센터에 독립 애니메이션이 들어가는 데 대해 일각의 우려가 있었다. 다행히 각 지원기관들이 사업 중복을 문제삼으면서 서울 애니메이션 센터는 독립작가 육성, 한국문화콘텐츠진흥원은 방송용 애니메이션 투자 및 국내외 마케팅, 영화진흥위원회는 극장용 애니메이션을 중점화하는 것으로 각 사업이 차별화되었다. 이로써 서울 애니메이션 센터의 교육사업은 기존의 시설과 노하우를 통해 향후 퍼블릭 액세스 운동으로 확대가 가능할 것이다.