워터마킹이라는 용어의 어원에 대해서는 몇 가지가 있으나 고대에 파피루스를 제조하는 과정에서 섬유질을 부드럽게 하기 위해서 물에 풀어 두었다가 압착기로 물을 제거하는 과정에서 발생되는 압착기의 틀 자국을 워터마크라고 이름 한 것으로 알려져 있다. 또한, 중세에 제지업자들이 자신들이 공급하는 종이에 대한 품질을 보증하고, 다른 업자들이 모조품을 공급하는 것을 막기 위해서 종이에 투명하게 자신의 제품임을 나타내는 마크를 새겨 넣은 것을 워터마크라 하였으며 현대에 와서는 지폐를 제조하는 공정에서 위조지폐를 방지하기 위해서 삽입된 특수한 마크나 무늬를 의미한다. 현재 우리가 가지고 있는 지폐에는 빛을 투과시킬 때만 확인할 수 있는 특정한 그림이 있는데 이것이 워터마크의 일종이라고 할 수 있다.
워터마킹이라는 용어의 어원에 대해서는 다영한 정의가 있은데 우리나라는 종이에 특정하게 자신의 제품임을 나타내는 마크를 워터마크라고 한다.