고려 말년에는 대대적인 중창사업이 계획돼 공민왕이 중창하려 했으나 못했다. 공양왕 2년에는 연복사 승려 법예(法猊)가 낡아 무너지게 된 오층석탑과 삼지구정(三池九井)을 다시 본래 모습으로 하면 국태민안할 것이라며 왕을 설득시켜 근처 민가 30여 호를 헐어 담장을 넓히고 삼지구정을 팠으며 홍복도감(弘福都監)에 베 2천 필을 들여 탑을 수리하게 했다. 그리하려 오층 목탑을 세웠으나 헌신(憲臣)의 비난이 있어 완공하지 못하고, 조선조 태조가 등극한 초년(1392) 12월에 비로소 완성했다. 이듬해 봄에는 목탑에 단청을 하고 탑에 불사리와 대장경, 비로자나불화상(畵像)을 안치했으며, 그다음 해에는 나라의 복리를 염원하는 문수회로서 완공식을 거행했다. 당시의 장엄함을 “꿩이 구름 밖을 나는 듯, 새가 저 하늘가에서 날개 치는 것 같으며, 채색이 휘황하여 공중에 번쩍인다”고 표현했다.
고려 말년 공양왕 때 연복사를 중창하려고 했다. 탑을 수리하고 삼지구정을 파는 등 시도를 했으나 쉽게 이루어지지 못 했고, 결국 조선 태조에 휘황찬란하게 비로소 탑을 완성했다.