독립애니메이션은 두 가지 측면에서 적극 보호, 육성해야 할 분야이다. 첫째, 독립 애니메이션은 애니메이션의 공공성 지향, 사회 비판적 기능이라는 차원에서 지나치게 산업논리로 치우쳐가는 작금의 애니메이션 관련 지원정책들을 해독해줄 기초 분야이다. 독립 애니메이션은 산업화 논리 속에 가속화되어 가는 우리 영상문화의 획일성을 견제하고 영상문화의 다양성을 보장해 주는 분야이다. 둘째, 독립 애니메이션의 미학적 실험은 제도 상업 영화권에 지원군 역할을 하여 상업 애니메이션을 더욱 풍요롭고 다양하게 해줄 산업예비군적 성격도 갖고 있다. 현재 영화진흥위원회, 서울 애니메이션 센터 등 애니메이션 지원기관들이 독립단편 창작 애니메이션을 지원하고는 있지만 그 규모나 성과 면에서 아직 만족할 만한 수준에 이르지 못하고 있고 지원제도 자체도 많은 문제점을 안고 있다. 앞서 지적했듯이 대부분의 지원사업이 일회성 작품 지원에 머무르기 때문에 독립 애니메이션의 인프라 구축에 실질적인 기능을 수행하지 못한다. 영화진흥위원회나 콘텐츠진흥원, 서울 애니메이션센터의 제작지원 사업이 있는 한 개별 작품들은 계속 만들어지겠지만 그것이 인력 재생산을 위한 체계적인 지원으로 이어지지 않는 한 기획, 제작능력의 축적으로 이어지지 못하며 이벤트성 개별 작품지원에 머무를 수밖에 없다. 이제 의욕과 능력을 갖춘 인력이 현장에서 지속적으로 작업할 수 있는 여건을 마련할 대인 지원 프로그램 구상으로의 전환이 필요한 시점이다.
독립 애니메이션은 우리 영상문화의 획일성을 견제하고 다양성을 보장해 줄 수 있으며, 독립 애니메이션의 미학적 실험이 상업 애니메이션의 산업예비군적 성격도 갖고 있으므로 적극 보호, 육성해야 한다.