그러나 공동제작 영화로 인정받는 것은 그리 쉬운 문제가 아니었다. 기존의 예가 거의 없었기 때문에 공동제작 영화임을 신고하고 인정받기 위한 과정에서 정확한 가이드가 부족하다는 것이 가장 큰 문제였다. 예를 들어 변주현씨가 처음 받아본 문화관광부 서류에 일본주재 한국영사관에서 직인을 받는 조항이 있어 이를 어렵사리 이루었는데, 알고보니 굳이 그럴 필요가 없는 내용이었다. 또한 영화가 완성되고 난 후, 프린트를 일본에서 가져올 때 통관문제 역시 애매한 문제로 남아있다. 통관시 합작영화 관세 규정을 적용하기 위해서 문화부 합작영화 신고필증을 제시하자 세관 측에서는 이 영화의 계약서에서 제시한 20%의 제작비 투자, 즉 6억 8천만 원을 외국에 투자한 것이니 이 부분에 대해서 따로 부과세 10%를 내야 한다고 주장해서 현재 프린트 수입이 보류된 상태이다. 현재 <미션 바라바>가 보여주는 공동제작 규정의 가장 큰 맹점은 공동제작 영화로 신고를 하긴 했으되, 아직 한국영화로 인정을 받지 못했기 때문에 그 지위가 애매하다는 점이다.
공동제작 영화를 신고하거나 한국영화로 인정받기 위한 정확한 지침이 필요하다. 필요한 서류와 통관 절차 그리고 세금문제 같은 것이 정확하게 정해져 있지 못해 혼란스럽다. 현재 공동제작한 영화가 겪고 있는 문제점을 잘 보여주는 것이 <미션 바라바> 이다.