이와 관련하여 구황동 원지유적의 서쪽 담장과 함께 노출된 상층 건물지의 중복 관계를 주목할 필요가 있다. 원지의 서쪽 담장은 2차 원지의 석축 배수로 서쪽에 나란히 위치하고, 남쪽의 축대와 북쪽의 출입시설까지 연결되어 원지의 서쪽 경계를 이루는 남북담장이다. 이 담장은 기초 석렬만 남아 있는 상태로 담장의 폐기 후 두 동의 건물지가 들어서 있다. 이 두 건물은 원지 서쪽 담장을 덮고 남북으로 나란히 배치되어 있는데, 그 위치와 전체적인 배치 상태로 보아 원지 서북쪽 건물지군에 소속된 건물지라는 점은 분명해 보인다. 이 서북쪽 건물지군은 분황사에 소속된 부속 유구로 추정되고 있으며, 구황동 원지유적이 운영되던 시기에는 중복관계 없이 정확한 조화를 이루며 공존하였다. 그러나 어느 시기엔가 원지의 담장을 폐기하고 건물지군의 일부가 원지구역 내부로 침범하고 있는 것이다. 그 시기는 건물지 북쪽에서 출토된 지진구(地鎭具) 중 압출 화형 백자의 연대를 참고로 할 때, 신라 왕조의 국운이 기울어 폐망에 이르는 10세기 대에 해당하는 것으로 판단된다. 이처럼 나말려초(羅末麗初)에 원지의 담장을 폐기하고 분황사 소속의 건물이 들어서는 것은 원지와 분황사의 운영시기 및 주체가 달랐음을 보여 주는 중요한 단서이다.
원지의 서쪽 담장은 기초 석렬만 남아 있는 상태로 담장의 폐기 후 두 동의 건물지가 들어서 있는데, 이처럼 나말려초에 원지의 담장을 폐기하고 분황사 소속의 건물이 들어서는 것은 원지와 분황사의 운영시기 및 주체가 달랐음을 보여 주는 중요한 단서이다. 