영화진흥위원회 내부적으로도 지금까지 실사영화에 편중되어 온 위원회의 지원정책이 애니메이션 지원사업을 유동성 있게 집행할 수 있게 하는데 일정한 걸림돌로 작용하고 있다는 비판이 존재하고, 그럼으로써 결국 수혜자인 애니메이션 업계의 관점에서 볼 때 궁극적으로 영화진흥위원회보다는 콘텐츠진흥원을 애니메이션 지원기구의 중심으로 이해하는데 충분한 역할을 했다는 평가가 가능하기도 하다. 이 대목에서 영화진흥위원회가 애니메이션 지원정책의 자기 정체성과 비전을 충분히 제시하지 못했던 점은 비판받을 여지가 충분하다. 그 결과 2002년을 기점으로 애니메이션을 특화분야로 지정하여 적극 지원하려는 시도들이 모색되고 있다는 점은 영화진흥위원회가 애니메이션 분야에 대한 자기 정체성을 확립해 가는 과정의 일환으로 이해할 수 있을 것이다. 애니메이션 지원사업 예산이 2002년도에 비해 2003년에 대폭 상향 조정된 것도 그러한 모색의 결과이다. 이러한 과정을 통해 영화진흥위원회 뿐만 아니라 콘텐츠진흥위원이나 지자체 애니메이션 진흥기구들이 애니메이션 분야에 대한 자기 정체성과 비전을 특화시키고, 지원 시스템의 효율성을 높이기 위한 후속조치를 진행하는 일정한 모델도 다양하게 제시될 수 있을 것이라고 본다.
애니메이션의 지원에서는 영화진흥위원회보다 콘텐츠진흥원의 지원이 더 큰 역할을 해 왔다. 이에 영화진흥위원회에서는 2002년을 기점으로 애니메이션을 특화분야로 지정하여 지원사업 예산을 늘렸다. 또한 지원 시스템의 효율성을 높이기 위한 후속조치들이 다양하게 준비하고 있다.