또한, 아파트 작은도서관은 「주택건설기준 등에 관한 규정」을 통해 설치 기준만 제시되어 있을 뿐 운영을 위한 관리주체가 명확하지 않아 아파트 작은도서관의 증가에도 불구하고 휴·폐관에 따른 운영 부실로 이어지고 있다. 실제 「공동주택관리법」 시행령 제19조(관리규약의 준칙) 제1항 제19호에 따르면 관리규약의 준칙에는 ‘공동주택의 관리책임 및 비용부담’을 포함하도록 되어 있으며, 아파트 작은도서관은 공동주택 내 복리시설로 주민공동시설이기 때문에 관리책임과 비용 부담의 근거가 되고 있다. 그러나 「공동주택관리법」에서 입주자 등은 관리규약의 준칙을 참고하여 관리규약을 정하도록 되어 있어 관리규약 사항으로 공동주택 내 복리시설로써 주민공동시설인 아파트 작은도서관의 포함여부가 명확하지 않다.
또한 「공동주택관리법」 등 법령의 미비로 아파트 작은도서관의 관리주체가 명확하지 않아 운영 부실로 이어지고 있다.