1552년(명종 7)에 명종(明宗, 생몰 1534~1567/재위 1545~1567)이 교지를 내려 쌀열 섬 지기를 수확할 수 있는 크기의 논을 하사하였다. 한편 조선 중기인 1592년(선조 25) 임진왜란으로 일출암(日出庵)이 불에 탔다. 임진왜란이 일어나자 건봉사는 의승군(義僧軍)의 본거지가 되었는데, 특히 사명대사(泗溟大師) 유정(惟政)이 이곳에서 의승군을 일으킨 것은 건봉사를 우리나라의 대표적 호국불교 도량으로 꼽는 제일의 이유가 되었다. 사명대사가 건봉사를 의승군의 거점으로 삼은 것은 건봉사가 당시 700여 명의 스님들이 수행할 수 있을 정도로 전국 최대의 규모를 지니고 있었기 때문이다.
임진왜란이 일어나자 사명대사는 당시 전국 최대 규모의 건봉사를 의승군의 거점으로 삼아 건봉사는 우리나라의 대표적 호국불교의 도량이 되었다.