영화진흥위원회가 파일롯 지원사업을 시행하면서 봉착하게 된 문제의식은 한국문화콘텐츠진흥원이 본질적으로는 위원회의 해당사업과 대동소이한 사업내용을 포함하고 있다는 것에서 출발한다. 한국문화콘텐츠진흥원의 사업이 시작되기 이전에 영화진흥위원회의 파일롯 제작지원 사업은 구체적인 지원방식의 문제점이 지적되기도 했지만(예-지나치게 빠른 지원금 회수시기/ 투자유치에 성공한 성공적인 파일롯 작품에 대한 제작비 회수) 사업의 취지에 대해서는 비교적 긍정적인 반응이 주를 이루었다. 그러나, 한국문화콘텐츠진흥원이 영화진흥위원회의 지원사업과 유사한 사업내용(파일롯 제작지원, 스타 프로젝트)을 담고 있음으로 해서, 윈도우 면에서 극장용 장편이라는 폐쇄성이 존재하고, 지원규모 면에서도 상대적으로 콘텐츠진흥원보다 지원예산 규모가 작은 영화진흥위원회의 파일롯 지원 사업에 대한 실효성에 문제제기가 대두된 일은 어떻게 보면 자연스러운 결과이다. 애니메이션 장르의 특성상 윈도우간 융합이나 미디어 믹스 상황에 유연하게 대처해 갈 수 있는 사업 모델로서 아무래도 극장용 장편 애니메이션 사업만 지원 대상에 놓은 영화진흥위원회의 파일롯 지원사업은 장점(극장용 장편 중심)보다는 지원 신청 프로젝트의 사업 확장 가능성(TV 시리즈, OVA, 극장용 등)을 고려하지 못한 단점을 더 내포하고 있다 해도 과언은 아닌 것이다.
한국문화콘텐츠진흥원과 영화진흥위원회가 본질적으로는 비슷한 지원사업을 하고 있기 때문에, 지원예산 규모가 상대적으로 작은 영화진흥위원회의 파일롯 지원 사업에 대한 실효성에 문제가 제기됐다.