새로 설립된 예술위에는 또 하나 중요한 난관이 있었는데, 그것은 더 이상 이전과 같은 방식으로 문예진흥기금을 모금하지 않는 상황에서 기존의 재정 구조로는 곧 재정난에 빠질 수밖에 없다는 것이었다. 문예진흥기금은 1973년 제정된 문화예술진흥법 제19조(기금의 모집)에 따라 극장, 영화관, 미술관, 박물관, 문화재 등을 관람할 때 일정 비율(2~6.5%)을 부가 징수함으로써 조성되었지만, 2001년 정부의 준조세 정비방침에 따라 2003년 12월 31일자로 모금이 폐지되었다. 예술위 지원 제도 운영을 위해 새로운 문예진흥기금 조달 방안을 만들거나 그렇지 않으면 국고로 운영해야 하는 상황 속에서 정부기관(문화부, 기획재정부 등)에 대한 예술위의 종속 위험도 예술위의 독립성을 위협하고 있었다. 기금으로는 예술위가 독립적인 결정을 할 수 있고 다년간 사업의 계획을 세울 수 있지만 국고 예산으로는 독립적인 사업 기한을 결정할 수 없으며 독자적인 사업 결정을 하기도 어려운 까닭이다.
문예진흥기금은 극장, 영화관, 미술관, 박물관, 문화재 등을 관람할 때 일정 비율을 부가 징수하여 마련되었지만, 2003년에 모금이 폐지되어 더는 이전 방식으로 모금하지 않아 새로 설립된 예술위는 기존의 재정 구조로는 곧 재정난에 빠질 수도 있는 난관에 부딪쳤다.