그러나 일본 등의 방해 공작과 공화제 추진설 등 유언비어가 난무하는 가운데 오해가 증폭되면서 독립협회는 정부에 의해 강제 해산되었다.
설립 당초의 독립협회는 모화관에 독립문을 짓고 독립공원을 조성하는 것이 주요 사업이었다. 아관파천 직후 정부나 백성 모두 절실히 바란 것도 바로 국권을 굳건히 하는 일이었고, 그러한 자주독립의 소망과 굳건한 의지를 나타낸 상징물이 독립문이다. 독립문은 청국 사신을 맞던 모화관 터에 건립되었으니, 직접적으로는 청국으로부터의 독립을 기념하려는 의미가 있었다.
말하자면 독립문의 '독립'은 과거 500년 동안의 사대 조공을 폐했으니 청국으로부터 자주독립했다는 의미가 있었다. 그러나 거기에는 당장 위협을 가해오는 일본, 나아가 러시아 등 구주 각국에게서 독립하겠다는 의미도 포함되어 있었다.
공화제 추진설 등의 유언비어가 퍼지며 독립협회는 강제 해산되었다. 독립협회는 독립문 설립과 독립공원 조성을 목표로 삼았었는데, 독립문은 청국으로부터의 자주독립을 기념하며 그 외 각국에서도 독립하겠다는 의미를 담았다.