문제는 작품 선정과 집행 면에서 여러 가지 문제점을 도출하고 있다는 것이다.  첫째, 심사위원 구성의 문제를 들 수 있다. ‘정부주도’였던 심사가 1998년부터는 ‘업자주도’로 바뀌면서 심사위원의 절대 다수는 영화제작․배급업, CATV 관련 업계 인사들로 구성되었다. 1998년의 경우 23명 중 17명이 업계 관련 인사였다. 그러므로 당연히 그들의 이익과 관련이 있는 영화만 선정한다는 의혹을 받고 있다. 물론 허우샤오시엔이나 차이밍량 같은 널리 이름이 알려진 감독들은 기본적으로 선정이 되지만 다른 감독의 작품은 그렇치 않다. 허핑 감독은 보조금 지급 대상작 선정기준은 작품의 질과는 무관하다고 말한다. 선정이 되기 위해서는 모종의 결탁이 필수적이라는 것이다. 또한 보조금 집행이 전적으로 영화사의 재량에 달려 있고 이에 대한 규정이 없는 결점이 있다. 이에 따라 보조금이 NT 1,300만 달러가 지급된다고 할 경우 어떤 경우 영화사는 NT 200만 달러를 떼고 감독에게 NT 1,100만 달러를 지급하며 영화에서 남는 순이익의 배분에도 불이익을 준다.
정부주도의 작품 선정과 집행 심사가 민간주도로 바뀌면서 그들 입맛에 맞는 영화만 선정된다는 의혹이 있다. 유명 감독 작품들은 선정되지만 기타 작품은 배제되어 채택을 위해 부정한 방법이 동원되고 있으며 보조금 집행에 대한 명확한 규정이 없어 배분의 불균형으로 인한 불만이 있다. 