제목에 드러나듯 『도덕의 계보』는 ‘도덕’이라는 개념이 어떤 역사적 발생 기원을 갖는지 추적하는 작품이다. 니체는 도덕 개념 설명의 도구로 계보학(genealogy)의 방법을 택한다. 계보학이란 본래 한 가족의 가계 족보를 추적하는 방법인데, 그는 이 방법을 철학에 적용하여 도덕이라는 개념이 언제 어떤 조건 하에서 생겨난 것인지 그 발생 연원을 역사적으로 추적했던 것이다. 그러나 어떻게 도덕에 족보가 있다는 말인지 쉽게 이해하기 어려운데, 이는 우리가 도덕을 ‘본래 우리에게 주어져 있는 가능성 또는 능력’이라고 당연하게 생각해왔기 때문이다. 이러한 세간의 고정관념을 깨려는 것이 니체의 의도이고, 이 의도는 책 제목에서부터 잘 드러난다. 그는 계보학의 방법을 택함으로써 ‘도덕’에 대한 기존의 믿음을 깨뜨리며, 도덕적/비도덕적이라는 가치 평가는 우리에게 본래 주어져있는 자연적 능력이나 가능성에 근거한 게 아니라 특정 조건 하에서 역사적으로 형성된 것이라 주장한다.
도덕의 계보에서 도덕을 계보학적 방법으로 추적하는데 도덕에 족보가 있다는 것인지 이해가 어렵다. 이 개념은 도덕이 본래 주어진 것이라는 고정관념을 깨기 위해 제시된 니체의 의도로 니체는 도덕이 특정 조건 하에서 역사적으로 형성된 것이라 주장한다.