어라연은 태고의 신비로움을 갖춘 만큼 동식물의 생태계도 매우 다양하다. 정상에서부터 어라연의 삼선암까지 끊임없이 이어진 소나무는 사시사철 어라연과 함께하는 벗이다. 그 외에도 갯버들, 왕버들, 키버들, 회양목 등의 나무들이 군락을 이루고, 날이 따뜻해지면 엉겅퀴와 패랭이, 쇠별꽃, 홑왕원추리, 덩굴딸기 등이 소담스럽고 싱그러운 빛깔을 낸다. 강바닥에서는 달뿌리풀이 자란다. 냇가에서 흔히 볼 수 있는 달뿌리풀은 위쪽이 자주색을 띠며, 8~9월 꽃을 피운다. 그뿐만 아니라 천연기념물 제259호로 지정된 어름치는 물론, 깨끗한 환경에서만 생존할 수 있는 수달, 황조롱이, 원앙 등의 야생동물도 서식하고 있다.
어라연의 생태계는 매우 다양하다. 천연기념물뿐만 아니라 깨끗한 환경에서만 살아가는 야생동물도 서식하고 있다.