독립 애니메이션은 상업 애니메이션과 직접적인 관계는 없다. 오히려 제도권 외곽에서 상업 애니메이션의 자본논리를 비판하는 외인부대로서, 문화적 다양성의 토대를 이루는 반(反)상업주의 게릴라로서의 성격이 강하다. 지금 당장 가시적인 이윤창출을 하지 못하는 만큼 지원기관들의 주요 지원대상이 아니라는 점도 분명하다. 상업 애니메이션 분야를 주된 지원대상으로 표방한 한국문화콘텐츠진흥원이 2003년부터 대학창작 애니메이션 지원부분을 영화진흥위원회로 이관하게 된 것도 그러한 이유에서이다. 그러나, 문화산업의 근간이 ‘문화’에 있으며 문화적 다양성의 보존이 장기적으로는 상업 애니메이션의 다양함과 성숙함을 촉진하는 매개가 된다는 점에서, 정부 및 지원단체들은 독립 애니메이션을 끌어안아 산업적인 부분과의 연계하려는 노력들을 진행하고 있다.(사실 여러 지원기관들의 독립애니메이션 지원사업은 사회적 비판자, 혹은 주류 애니메이션의 얼터너티브 자체로서 독립 애니메이션의 존재 의의를 인정하기보다는 장기적으로 독립 애니메이션이 상업 애니메이션을 활성화하는 지원군, 내지는 밑거름이 될 것이라는 믿음과 기대로 실행되고 있다.)
독립 애니메이션은 문화적 다양성의 토대를 이루는 반상업주의적 성격을 갖는 까닭에 주요 지원대상에서 배제되어 왔다. 하지만 문화적 다양성의 보존이 장기적으로 상업 애니메이션의 다양함과 성숙함을 촉진하는 매개가 된다는 점에서 정부 및 지원단체들이 산업적인 부분과 연계하려는 노력을 하고 있다.