한편 백제 말기에는 목탑에서 석탑으로 전환되는 점을 중시하여 제석사의 중건 가람에는 탑이 건립되지 않았을 수도 있다는 견해도 제출되었으며, 발굴보고서에서는 창건기 유물로 추정되는 인동당초문 암막새가 금당지에서는 다량 출토되었지만 목탑지에서는 전혀 출토되지 않았던 점을 근거로 역시 중건 가람에서는 탑이 건립되지 않았을 것으로 추정하였다. 왕궁리의 왕궁은 무왕이 죽고 의자왕이 즉위하자 사찰로 기능이 변화되었다. 왕궁리의 왕궁성이 사찰로 변화되었음에도 불구하고 왕궁과 깊은 관련 아래에서 축조된 제석사가 재차 중건되었다는 것은 흥미로운 점이다.
백제말기의 상황과 출토물로 볼때, 중건 가람에는 탑이 건립되지 않았을 것으로 추정하였으며, 왕궁성이 사찰로 기능이 변화되었음에도 제석사가 중건된 것은 흥미롭다.