하지만 지리적표시를 통한 전통문화표현물 보호는 몇 가지 한계를 갖는다. 즉 지리적표시제도를 통해서는 유형의 전통문화표현물만을 보호할 수 있다. 지리적 표시와 결합된 지식은 보호의 대상이 될 수 없으며 공유의 영역이라고 할 수 있다. 결과적으로 이러한 지식은 제3자가 부정적으로 유용할 수 있게 된다는 점에서 한계를 드러낸다. 또한 TRIPs 제22조의 보호수준 즉 일반적 보호수준으로는 전통 문화표현물을 충분히 보호할 수 없다. 이러한 관점에서 협정 제23조의 보호수준 과 다자등록시스템의 제안은 보다 나은 보호를 제공할 수 있다는 점에서 전통문화표현물 보호에 도움이 될 수 있을 것으로도 보인다.
지리적 표시제도는  지리적 표시와 결합된 지식은 보호의 대상이 되지 않기 때문에 제 3자가 부정적으로 유용할 수 있게 된다는 점에서 한계를 드러낸다.