그러나 출범 당시 서울시 내부 사정과 무관하게 애니메이션 센터는 애니메이션 관계자들에게 지대한 관심의 대상이었다. 서울 애니메이션 센터 이전에 이미 춘천 애니타운이 설립되어 있었지만 지역적 한계를 넘지못하는 상황이었다. 서울 애니메이션 센터 역시 중앙정부가 아닌 지자체 산하기관이지만 서울이라는 수도의 중앙성, 상징성으로 인해 <춘천시의 만화이미지정보센터>나 <부천시의 경기 디지털 아트하이브> 등 여타 지자체 산하의 애니메이션 지원센터들과는 달리 중앙 지원기관으로서의 의미를 갖게 되었고, 애니메이션 관계자들은 서울 센터에 다양한 기능들을 요구하여 반영하도록 했다. 그러나, 서울 애니메이션 센터는 장기적이고 체계적인 정책과 비전 수립 과정을 통해 사업을 수행하지 못했다. 당시 애니메이션 진흥을 위해 필요한 사항들을 백화점식으로 쭉 나열하는 가운데 만화애니메이션에 관련된 것이라면 무조건 하고보자는 식으로 끼워 넣기 방식의 사업을 진행해 왔고, 이렇게 자기 위상을 분명히 하지 않은 채 반복해 온 사업 진행은 많은 문제를 노정했다. 결국 5년여에 걸친 사업 속에서 서울 애니메이션센터는 자기 위상 정립을 할 단계에 와 있다. 서울 애니메이션 센터의 위상을 가늠해 보기 위해 센터의 주요 시설과 사업내용을 간략히 살펴보겠다.
서울 애니메이션 센터는 수도라는 상징성에 의해 여타 지자체 산하의 애니메이션 지원센터들과는 달리 중앙 지원기관으로서의 의미를 갖게 되었고, 애니메이션 관계자들에게 지대한 관심의 대상이었다. 하지만 기대에 맞는 장기적이고 쳬계적인 정책과 비전 수립과정을 통해 사업을 수행하지는 못했고, 이에 다시 자기 위상 정립을 할 단계를 맞았다.