한편, 방송쿼터제에 의한 국산 애니메이션 의무 방영시간 확대로 1999년 10월 25%에서 순차적으로 35%, 공중파는 최고 50%로 확대되어 얼핏 국내 창작물의 상영기간과 여건이 개선된 것처럼 보인다. 하지만 방송사들이 애니메이션 총 방영시간을 줄이는 편법으로 이에 대응하고, 방송사의 제작단가 현실화가 이뤄지지 않아 작품의 질적 수준이 답보상태인 상태에서 방송쿼터제의 효과에 대해서는 지극히 회의적이다. 또한 방송쿼터제에 의한 의무방영은 방영 프로그램에 대한 질적 평가, 재방과 본방의 차이 등을 고려하지 않는다는 문제가 있으며, 방영 프로그램의 의무적인 예고나 재방송 비율에 대한 감시 및 모니터를 할 수 있는 기관이 부재하므로 창작 활성화에 크게 기여하지 못한다. 방송쿼터제의 단순점수제도 역시 문제의 소지가 있다. 점수평가의 절대적인 가치기준이 불분명하여 이대로 시행된다면 오히려 외국 업체와 OEM업체의 공동제작이 국내 순수창작물에 비해 더 유리하게 될 가능성이 많다는 것이다.
방송쿼터제에 의한 국산 애니메이션 의무 방영시간 확대는 국내 창작물의 상영기간과 여건이 개선되어 보인다. 하지만 방영 프로그램에 대한 질적 평가, 재방과 본방의 차이 부재의 문제가 있으며, 이를 감시와 모니터하는 기관이 부재해 창작활성화에 기여하지 못하고 있다.