이 목조관음보살좌상은 후보된 보관을 제외하면 비교적 손상된 부분이 없이 잘 보존되어 온 작품이다. 제작연대는 대의나 영락 표현, 보계 장식, 왼쪽 어깨와 팔꿈치에 접혀진 주름과 왼쪽 무릎에 늘어진 옷자락의 표현, 자연스럽고 사실적인 기법 등에서 조선초기 15세기의 작품으로 판단된다. 또한 전각의 주존불에 적절한 큰 규모에 당당한 자세와 균형잡힌 비례, 자연스럽고 사실적인 묘사에서 조형적으로 매우 우수한 작품임을 알 수 있다. 이외에도 조선시대 관음전과 그 주존불인 관음보살좌상이 함께 남아 있는 사례가 적은 점에서 조선후기 불교의 신앙적 측면에서 중요한 자료가 된다. 따라서 남장사 관음선원 목조관음보살좌상은 국가지정문화재인 보물로 지정하여 보호할 가치가 높은 작품이라고 판단된다.
목조관음보살좌상은 손상된 부분이 적고 잘 보존되어 온 작품으로 외형이나 표현 등을 통해 조선초기 15세기로 제작연대를 추정할 수 있다. 조선 후기 불교의 자료로 국가지정문화재 보물로 지정할 가치가 있다.