이러한 형태로 실시되는 미디어교육의 가장 큰 한계는 전체 학생을 대상으로 하지 못한다는 점이다. 따라서 관심을 갖고 적극적으로 참여하는 학생만을 대상으로 하게 된다. 또 미디어교육이 부차적, 예외적인 교육으로 인식되어 지속적으로 이루어지지 않으며, 내용구성에서도 다양한 이론이 뒷받침되기보다는 미디어의 기술적 측면만을 강조하는 실습위주의 교육으로 흐를 우려도 있다. 특별활동으로 이루어지는 미디어교육은 보통 학교와 연계된, 제작경험이나 미디어교육 경험을 가진 강사들에 의해 이루어지는 경우가 많은데 특별한 커리큘럼이나 교육과정이 구성되어있지 않은 현실에서 지도교사에게 전적으로 의존해야 하는 미디어교육은, 그 강사들의 수준이나 학생들을 다루는 능력, 훈련 정도에 따라 천차만별인 경우가 대부분이다. 장비나 기자재와 시설의 부족으로 인해 영상 제작 등 실습 위주로 이루어져야 할 수업이 영화 감상 수준에서 그치는 경우도 많다. 또 특별활동은 1년 단위로 학생들이 선택해서 결정하기 때문에 지속적이고 체계적인 교육이 이루어지지 않는다는 문제점을 지니고 있다. 특히 영상물 제작의 경우, 학생들간의 유대감이 수업을 이어가는 중요한 요소의 하나인데, 한 학기나 1년 단위로 구성원이 바뀌고 장기적인 지속성을 갖추지 못해 수업을 진행하는데 어려움이 많다고 한다. 프로젝트 중심의 협동학습을 통해 학생들의 창의력과 협동심을 길러줄 수 있는 기회를 제공하는 미디어교육의 커다란 장점이자 효과가 현실적인 조건이나 환경들 때문에 오히려 미디어교육을 어렵게 하는 방해요인으로 작용하고 있는 셈이다. 이 밖에도 현장에서 미디어교육을 해 나가는 교사나 강사들의 이야기를 들어보면, 교육공간 확보의 어려움, 학교나 학교 교사와의 갈등, 장비와 기자재의 부족 등 특별활동의 형태로는 개선하기 어려운, 미디어교육의 제도화를 통해 구조적으로 해결해야 할 문제들이 산적해 있는 것이다.
미디어교육의 제도화에는 해결해야 할 문제들이 많다. 일부 학생들의 특별활동으로 시행되어 전적으로 외부 강사의 역량에 의존하여 기술적 측면만 강조되거나 영화 감상 수준에 머물기도 한다. 또한 1년 이라는 단기 운영으로 구성원들 간의 협업과 유대감이 중요한 미디어작업에 있어 지속성으로 갖지 못한다는 문제점이 있다.