보존과 개발의 갈등으로 인한 민원업무의 급증은 문화재 보존관리업무를 담당하고 있는 부서의 업무부담을 가중시켰고 민원업무는 정보화를 통해 민원접수, 처리과정, 결과통보 등 전 과정을 하나의 시스템으로 관리하여 민원업무의 투명화, 효율화가 필요했다. 이에 따라, 2003년 문화재 정보화 중장기 전략계획(ISP)을 수립하고 문화재 지정/해제, 정기조사, 현상변경, 국고보조, 보수정비, 지표·발굴조사, 출토유물, 천연기념물관리, 무형문화재 전승자 관리 등 24개 분야 문화재 보존관리업무 전반을 온라인으로 처리하는 문화재 전자행정시스템을 구축하였다. 이를 통해 민원처리 기간이 대폭 단축되었을 뿐만 아니라 문화재 지정부터 발생하는 보존관리 이력정보들이 체계적으로 축적·관리되고 지자체 및 협업기관과 정보를 연계·공유하여 문화재 행정의 효율성·투명성이 한층 강화되었다. 2018년 말 현재 총 120종의 표준화된 전자서식을 사용하여 업무를 처리하고 있으며, 문화재청·지자체 직원, 수리기술자, 지표·발굴사업자, 무형문화재 전승자 등 4,000여 명의 사용자가 문화재 전자행정시스템을 이용하고 있다.
문화재 보존관리를 담당하는 부서의 업무를 경감시키기 위해 24개 분야의 업무를 온라인으로 처리하는 문화재 전자행정시스템을 구축하였다. 결과적으로 민원처리 기간의 단축 및 문화재 보존관리 등 업무의 투명화, 효율화를 증가시켰고, 이는 현재에도 활발히 사용되고 있다.