그러나 독립 애니메이션 지원정책들에는 보다 근본적인 문제가 숨어있다. 그것은 영화진흥위원회를 비롯한 공공기관들이 독립 애니메이션의 공공적 기능을 언급함에도 불구하고 사실상 그러한 언급은 수사학에 머무를 뿐 지원기관들의 실질적인 정책에는 암암리에 독립애니메이션을 제도권 상업 애니메이션의 젖줄, 미래의 지원군에 국한해 사고하는 경향이 만연해 있다는 점이다. 여기서 자본의 논리로부터 독립된 일반 시민들의 미학적, 사회정치적 자기표현으로서의 애니메이션의 의의는 고려되지 않으며 궁극적으로 산업화된 시스템에의 기여 내지는 국가 이미지 제고 등 범국가적인 의도와 기획의 욕망이 지원정책에 전면화되고 있다. 국가 주도 혹은 지자체 주도의 지원정책이 갖는 근본적인 문제일 수도 있을 것이다. 그러나 본질적으로 독립 애니메이션은 상업 애니메이션과 분리하여 사고할 필요가 있다. 양자는 자본과의 관계, 지배적인 사회 시스템과의 관계 등에 있어 정체성 자체가 서로 다른 영역에 속하는 분야이다. 극단적으로 독립 애니메이션은 산업화된 애니메이션의 외부에서 제도권 애니메이션의 문법과 미학적 지향을 비판할 때 존재 근거가 뚜렷해지는 독자적인 메커니즘을 갖고 있다. 독립 애니메이션을 보호, 육성해야 하는 중요한 이유는 그것이 획일적인 시장 논리로부터 독립된 시민들의 자발적인 표현 욕구를 충족시킬 수 있는 형식이라는 점, 그를 통해 건전한 시민사회의 참여와 비판기능을 강화할 수 있다는 점일 것이다.
독립 애니메이션 지원정책들이 갖고 있는 한계는 지자체를 중심으로 자본의 논리가 작용하고 있다는 점이다. 독립 애니메이션은 제도권에 속한 상업 애니메이션과 분리하여 보호되어야 한다. 이는 시민들이 자발적인 표현 욕구를 충족하고 건전한 시민 사회의 비판 기능을 수행할 수 있도록 하기 때문에 중요하다.