유니버설은 드림웍스와 관계가 있는 회사이고 배급, 비디오, DVD출시 판매 등을 하는 회사로 일본지사는 2년 전에 만들어졌다. <태극기 휘날리며>의 일본 배급권을 먼저 사기 위해 본사인 런던 그리고 LA 쪽에 상의를 하고 진행했다고 한다. 2003년 2월경에 5분 분량의 테스트 촬영을 한 것을 보았고, 대본, 스태프, 캐스트 등의 기초 자료를 보고 선 구매를 결정했다. <태극기 휘날리며>의 일본 배급권을 선 구매한 이유에 대해 담당자는 다음과 같은 이유를 꼽았다. 첫째는 <쉬리>의 강제규 감독 작품이라는 점이 작품 만듦새에 대한 신뢰를 주었고 둘째는 원빈, 장동건이라는 배우가 가지는 일본에서의 스타성, 셋째 남북문제의 한국전쟁을 다룬 소재로 일종의 <쉬리>의 연장선이라 생각하고 결정했다. 또한 이 영화가 한국영화로서는 드물게 예산이 큰 것도 어떤 면에서는 장점으로 광역개봉을 할 수 있는 영화의 요건을 갖춘 것이라고 보았다. 일본에서는 할리우드 영화가 강세인데 그 이유는 지루한 것을 참지 못하는 젊은이들이 같은 값이면 할리우드 영화를 선택하기 때문이다. 그러니 할리우드 영화와 경쟁할 만한 영화가 되어야 한다는 것이다. 더구나 유니버설의 체인은 멀티플렉스의 광역 개봉이 기본이므로 이러한 개봉 시스템과 걸맞는 영화여야 한다는 것도 중요한 고려요소였다. 다만 일본극장의 주 관객은 젊은 여성으로 이들이 전쟁영화를 좋아하지 않는다는 것과 <태극기 휘날리며>의 스토리에 멜로적인 요소가 많지 않다는 것이 다소 우려되는 부분이라고 했다.
유니버설의 일본지사 담당자는 <태극기 휘날리며>의 일본 배급권을 선구매한 이유로, <쉬리>의 강제규 감독의 작품이라는 것, 원빈과 장동건이 가지는 스타성, 남북문제의 한국전쟁을 다룬 소재라고 설명했다. 할리우드 영화와 경쟁할 만한 영화가 되어야 한다면서도 주 관객층이 젊은 여성으로 이들이 전쟁영화를 좋아하지 않는다는 것은 다소 우려되는 부분이라고 말했다.