지난 2002년, 2003년의 시네마테크의 활동을 고려할 때 가장 큰 문제는 역시 안정적인 프로그램의 운영과 관련한 문제다. 이는 직접적으로 프린트 판권구매의 문제와 연결되어 있다. 서울아트시네마의 시네마테크프로그램으로 소개된 254편의 영화들 중 ‘독립영화, 관객을 만나다’에 상영된 국내 작품들을 제외한 168편은 고스란히 저작권을 가지고 있는 국가에서 들여와서 다시 반출하는 형식으로 작품을 수급하고 있다. 이로 인해 소요된 비용은 2002년 한 해 동안 1억 5천만원에 육박하고 있다. 또한 자막을 제작하는데 들어가는 비용(번역 포함) 또한 만만치 않다. 이러한 비용은 2002년 한 해 동안 시네마테크사업비의 대략 70%에 달하고 있다.    이러한 문제는 지역의 경우 더 심각하다. 해외에서 프린트를 수급해 회고전을 치를 경우 프린트의 국내 체류일정으로 인해 지역순회상영은 사실 일정상 어려움이 발생할 수 밖에 없다. 설사 지역순회 상영이 가능할지라도 대부분의 상영료를 회당으로 지불할 경우 지역의 재정적인 어려움을 고려할 때 시네마테크 부산을 제외한 경우 이는 사실상 불가능하다.
지난 시네마테크 활동의 가장 큰 문제는 프린트 판권구매와 밀접해있다. '독립영화, 관객을 만나다' 프로그램에서 상영된 60% 이상의 작품들이 저작권 보유국에서 들여와 다시 반출하는 형식으로 수급되었고, 여기에 자막 제작(번역 포함)비용까지 더해 한 해 사업비의 70% 가량이 쓰였다.