이와는 별도로, 뽑기 기계 운영 업체들의 올바르지 못한 운영 방식도 우려되는 부분이다. 국회 교육문화체육관광위원회 소속 더불어민주당 김병욱 의원실이 게임물 관리위원회에서 받은 ‘인형 뽑기방 관리 및 안전망 구축을 위한 현장 실태조사 결과 보고’(2017년 3월)에 따르면, 뽑기방 이용자 중 응답자 70%는 ‘집게 힘이 부족하다’,‘집게가 흔들려 경품이 떨어진다’등 집게 성능 조작 가능성에 대해 의구심을 제기했다. 게임물관리 위원회가 제출한 ‘인형 뽑기방 법령 위반 현황’을 보면, 2017년 1월부터 2016년 8월 말까지 법령 위반으로 제재를 받은 업소는 141곳 165건으로 등록증 미부착 85건, 안내문 미부착 39건, 등급분류 위반 및 미필 19건, 시설 기준 위반 1건, 기타 21건 등이다. 이 중 ‘등급분류 위반 및 미필’에 집게 등 기계를 개·변조해 확률을 조작하는 행위가 포함됐다. 또한 대부분의 경우 무인관리 시스템으로 유지되고 있어 그로 인한 부작용도 지적되고 있다. 관리자 없이 화폐 교환기만 놓아두는 경우 화폐 교환의 문제가 발생하기도 하는데 교환기가 꽉 차면 화폐 교환이 불가능해져 주변의 은행이나 가게 등에서 피해를 호소하곤 한다. 또한, 무인이라는 특징 때문에 동전 절도의 표적이 되기도 한다.
기계 개, 변조로 확률을 조작하는 등의 뽑기 기계 운영 업체들의 올바르지 못한 운영 방식이 문제가 되고 있다. 또한 무인관리 시스템으로 운영되는 경우가 대부분이라 화폐 교환기 작동에 오류가 생길 경우 소비자들이 피해를 볼 수 있으며 동전 절도의 표적이 되기도 한다.