이러한 의학체계를 지향했던 허준을 비롯한 『동의보감』 편찬자들의 문제의식과 지향점은 무엇이었을까?『동의보감』 프로젝트가 당대 선진 의학인 명대 의학을 자주화하기 위한 것이었다거나 조선의학의 고유성을 선창하기 위한 것이었다는 종래의 견해와 달리 최근 연구들은 중국 의학계의 혼란 상황을 극복하기 위한 시도로서 제대로 된 의학의 전범을 세우려는 의제 아래 학술사업이 진행되었다는 점에 주목하고 있다. 『동의보감』은 조선 개국 200년이 지난 17세기 전환기 일본의 침입이라는 국가 전란의 상황에서 국가적 학술기획 사업의 하나로 완성됐지만, 『동의보감』 관련 사료들을 살펴보면, 국가적 문화 사업이었던 『동의보감』의 지향점이 선진문물의 단순 수용이 아니라 좀 더 높은 데 있었음을 알 수 있다. 즉 번다한 의설이 난무했던 당시 중국 의학을 고대 의학의 본뜻과는 멀어진 혼란상황으로 규정하며, 그 의학정신을 회복하고 의학의 도통(道統) 즉 범위와 계통을 제대로 밝히려는 의도 아래 기획된 것이었다. 16~17세기 동아시아 의학계는 금원대(金元代) 이후 쏟아져 나온 의학 이론과 처방을 일대 정리한다는 과제를 공유하며 해결책을 내놓고 있었는데, 이런 작업을 통해 조선의 의학계가 이에 대등하게 동참할 수 있게 됐다. 이런 점에서 『동의보감』은 조선의 고유성에 머무르기보다는 오히려 동아시아 의학의 보편성을 지향하며 이를 선점하고자 했다.
16~17세기 동아시아 의학계는 중국 의학계의 혼란을 해결하고자 했고, 그 작업에 조선의 의학계가 대등하게 동참하게 되었다. 이 점에서『동의보감』은 조선의 고유성에 머무르지 않고 동아시아 의학의 보편성을 지향하며 이를 선점하고자 했다는 것을 알 수 있다.