짧은 기간의 사업결과 예술영화관 네트워크가 필요하다는 공론을 이끌어내는 역할도 하였지만 여러 가지 문제점도 발생하였다. 애초에 위원회는 2007년까지 전국 스크린수의 3%, 40개관을 목표로 예술영화관 지원사업을 시작하였다. 그런데 2004년 지원현황을 보면, 오히려 전년도 보다 3개관이 줄어든 9개관만이 지원될 예정이다. 시네큐브, 코아아트홀 등 예술영화를 주로 상영하는 극장으로 알려진 곳에서도 지원신청을 하지 않았고, 중앙극장처럼 단편영화 정기 상영회를 열고 있는 극장도 제외되어 있다. 이렇게 지원 신청이 저조한 것은 현재의 지원방식으로는 실익보다 오히려 극장의 정체성을 찾기 어려운 조건이 크다는 점 때문이다.
예술영화관 지원사업에 해당되는 극장이 3개관 감소했으며 지원 신청 또한 저조하다. 그 이유는 현재의 지원방식이 극장의 정체성을 찾기 어렵게 만드는 문제점을 갖기 때문이다.