단일 문화재 보수정비 사업에 막대한 예산과 엄청난 인력이 투입되는 데다 진전이 빠르지 않아 오해의 시선이 하나 둘 싹트기 시작했다. 1999년 미륵사지 석탑의 해체 수리를 결정할 당시의 기본 방침은 원형에 대한 자료 부족, 풍화 등 훼손 정도, 구조 및 양식의 특수성, 수리의 난이도 등을 종합적으로 고려해 충분한 시간을 갖고 수리하도록 했다. 따라서 국립문화재연구소는 미륵사지 석탑에 대한 다양한 학술조사를 진행하고, 실험연구를 통해 수리 기술을 개선했다. 어느 것 하나도 허투루 하지 않겠다는 일념으로 모든 구성원이 한 걸음 한 걸음 신중히 걸었다. 이와 동시에 미륵사지석탑 보수정비 사업에 대해 의문을 갖는 사람들을 이해시키기 위한 노력도 소홀히 하지 않았다.
단일 문화재 보수 정비 사업은 투입되는 예산과 인력에 비해 느린 진행 속도로 오해를 받지만 이는 구성원들이 매우 신중하게 정비를 진행하기 때문이다.