권리관계 확인과정에서 접하게 되는 어려움 중 하나는 기증자료의 권리관계에 관한 문제이다. 기증자료의 소유권이 연구소에 귀속되더라도 해당 자료의 저작권은 기증자에게 남아 있을 수 있으며, 때로는 기증자가 해당 자료의 저작권자가 아닌 경우도 있기 때문이다. 연구소는국립문화재연구소아카이브운영규정에 포함된 ‘자료기증서’와 국립문화재연구소저작권관련처리매뉴얼을 통해 기증자료의 소유권 및 저작권의 소유가 누구에게 있는지를 확인하고, 저작권이 기증자에게 있는 경우 기증자의 저작권양도의사를 확인하고, 저작권이 기증자가 아닌 다른 사람에게 있는 경우에는 향후 활용을 위하여 ‘저작권 관련 처리지침’에 따른 ‘저작권 표기에 관한 사항’을 기록하도록 조치하고 있다.
기증자료의 권리관계 문제 발생에 대비하여 연구소는 국립문화재연구소 아카이브 운영 규정에 포함된 매뉴얼을 통해 기증자료와 저작권의 소유권이 누구에게 있는지와 양도의사 등을 확인, 기록하고 있다.