그러나  삼존상의 대좌는  여러 면에서  원형이  훼손되어 있다.  우선 불보살상마다각각 팔각난간형 대좌가 상층부 앙복련이어야 하는데, 복련끼리 겹쳐져 있다. 이 렇게 대좌 받침의 원형을 유지하지 못한 것은 목부재의 교체나 단청 채색 등을 하면서 상하가 교란되면서 그원형을 인지하지 못한 것이라 여겨진다. 다음으로 3 좌의 팔각난간형 대좌 또한 상당히 많은 상중하대의 목부재가 교체되거나 난간의 하엽이나 중대의 궁창널 등의 조각양식이 후대의 모작이나 근래에 제작된 것으로 여겨지고, 단청의 개채로 인하여 원형을 간직하고 있지 못하는 등 훼손이 심하여 예술적 가치가 상대적으로 미흡하다고 판단된다.따라서 진도 쌍계사 목조석가여래삼존상의 역사적 학술적 예술적 가치와 비교할 때 목조대좌는 여러 가지 점으로 미루어 그에 미치지 못하여 국가문화재로 지정하기에는 미흡하다고 판단된다.
삼존상의 대좌는 상층부가 복련끼리 겹쳐졌는데 상하가 교란되며 원형을 인지하지 못한 듯 하다. 3 좌 팔각난간형 또한 목부재 교체, 양식이 모작이나 후대 제작같고, 훼손이 심해 예술 가치가 낮아 목조대좌는 국가문화재가 되기 힘들다.