그러나 번역에 있어 여러 가지 난관에 봉착한 것은 “하나님”에 대한 표기였다. 당시 일본성서에는 “카미(神)”, 한문성서에는 “상제(上帝)”로 되어 있었다. 또 로스 목사가 주도해 간행한 한국어 성경에서는 “하느님”으로 표기되어 있었다. 그런데 이 책에서는 일본의 표기를 따라 “신(神)”으로 정하였다. 그밖에도 “세례”, “그리스도”와 같은 용어도 한글로 표기하기는 어려운 일이었다. 결국 고유명사는 모두 헬라어 원문으로 하는 것으로 정하였다. 그래서 세례는 “밥테슈마”, 그리스도는 “크리슈도스”, 예수는 “예수쓰” 등과 같이 표기하였다. 그러나 한글로 번역하면서 관료나 지식인들의 편의를 위하여 중요한 단어는 한자로 표기하고, 그 오른 쪽에 한글로 토를 달았으니 이것이 로스 역과는 다른 점이다. 또한 서명에 언해를 붙인 것은 세종 이후의 유서와 불서의 한글번역은 “언해”라고 하였기 때문에 이를 따른 것으로 볼 수 있다.
성경을 번역함에 있어 '하나님','세례','그리스도'와 같은 용어를 한글로 표기하는데는 어려움이 많았다. 이러한 고유명사들은 헬라어 원문을 기준으로 하였고, 중요한 단어는 한자로 표기하고 오른 쪽에 한글 토를 달아 편의성을 더했다.