한산도는 임진왜란 당시 삼도수군통제영이 최초로 자리 잡은 곳이며, 앞바다 한산해역은 한산대첩을 이룬 역사의 현장이다. 한산도에는 임진왜란과 관련된 많은 유적이 분포하고 있으며, 그중 한 곳이 바로 망산 별망봉수대이다. 그동안 망산 별망봉수대는 주민의 전언 등을 통해 한산도 옛 진영인 삼도수군통제영이 설치된 시기에 운영되었던 봉수대로만 알려져 있을 뿐, 체계적인 조사가 이루어지지 않았다. 그러나 이번 발굴조사 결과, 별망봉수대의 구조적 특징과 출토유물을 근거로 임진왜란 당시 실전에 사용되었던 봉수대 임을 확인하였다. 망산 별망봉수대에 대한 문화재 조사는 2007년 경남대학교박물관에서 지표조사를 실시한 것 외에 더 이상의 조사가 진행되지 못하였다. 이에 경상문화재연구원은 2017년 ‘비지정 매장문화재 학술발굴조사’에 별망봉수대를 신청하게 되었고 그 가치를 인정받아 학술발굴조사를 실시하게 되었다.
한산도의 임진왜란 유적 중 하나인 망산 별망봉수대는 단순 봉수대로만 알려져 있어 2007년 지표조사 외 별도의 학술 조사가 진행되지 않고 있었다. 그러나 2017년에 그 가치를 인정받아 학술발굴조사를 실시하게 되었다.