해방의 기쁨도 잠시, 서대문형무소는 또 한 번 우리 현대사의 아픔을 겪는다. 이승만 독재정권과 박정희 군사정권, 전두환·노태우 신군부정권을 거치면서 그들 정권에 저항하였던 반독재 투쟁,민주화운동가들이 대거 서대문형무소에 수감되었다. 정권 유지를 위한 대중 감시 및 통제 장치로 서대문형무소가 그대로 운용되었던 것이다. 진보당 사건(1958), 민족일보 사건(1960)으로 조봉암(1899~1959)과 조용수(1930~1961)가 사형당했고, 동베를린 간첩단 사건(1967), 제2차 인혁당 사건(1974), 재일교포 유학생 간첩단 사건(1975) 등으로 많은 사람이 옥고를 치르거나 사형당했다.
해방 이후 서대문형무소는 또 한 번 우리 현대사의 아픔을 겪는다. 여러 정권에 저항하였던 반독재 투쟁, 민주화운동가들이 서대문형무소에 수감되어 옥고를 치르거나 사형당했다.