소록도 천주교 병사 성당은 완만한 구릉지 위에 자리 잡고 있으며, 성당의 입구를 서향으로 하고 지성소인 제단을 동쪽에 설치하였다. 전체적으로 일자형태의 바 실리카식 형식로 건축되었으나 내부의 예배공간은 아일 없이 네이브로만 구성되어 있으며, 또한 별도의 앱스와 크란셉트도 생략하였다. 지붕가구는 목조 트러스 구조이며, 그 위에 개판을 깔고 슬레이트를 얹었다. 창호와 문은 목재 틀에 유리창을 끼워 넣었으며 출입문 상부에는 캐노피를 설치하였고 외벽 측면에는 부축벽을 만들어 시각적인 안정감을 더했다. 또한, 동쪽 벽면에는 수직창을 내어 실내로의 자연스러운 채광을 유도하였다. 성당 내부에는 교황 요한바오르 2세가 방문하여 선물한 십자가가 모셔져 있으며, 그 아래에는 교황이 직접 앉은 의자가 배치되어 있다. 성당은 전적으로 한센인들에 의해 직접 건축 되었으며, 자신들의 건강을 기원하는 의미로서 장수를 상징하는 거북이 형태로 계획하였다고 전해져 오고 있다. 즉, 서편의 성당 입구는 거북이의 머리, 고해실과 성모상이 위치한 공간은 앞발, 동쪽에 위치한 제단 공간은 뒷발에 해당되는데 이는 서양의 종교시설이지만 동양의 인문적 요소들 이 반영된 독특한 건축형태를 보이고 있다고 할 수 있다.
소록도 천주교 병사 성당은 서양 종교의 시설이지만 동양의 인문적 색깔을 띤다. 성당 입구는 거북이 머리, 고해실과 성모상 쪽은 앞발, 제단 공간은 뒷발로 건물 전체가 거북이 형상을 하고 있다.