웅진시기 도성의 구조와 관련하여 중요한 문제 가운데 하나는 왕궁의 위치인데, 구체적인 위치 비정을 두고 공산성 내부설과 외부설로 나뉜다. 공산성의 입지가 고지인 점과 더불어 현재까지 성내에서 확인된 유구 가운데 마땅히 왕궁으로 비정할 만한 것이 없다는 점에서 평상시 왕궁은 공산성 남쪽의 현재의 공주 시가지 일원에 있었을 가능성을 배제하기 어렵다. 새로운 자료가 확보되기 전에는 이 문제의 해결이 쉽지 않을 전망이지만, 전술한 바와 같이 한성기 지방 도시의 하나로 이해되는 세종시 나성리 유적의 구조로 미루어 왕궁의 공산성 외부 존재 가능성은 더욱 커지고 있다(박순발, 2017).
공산성 내부 존재설을 뒷받침할 만한 증거가 별로 없고 백제의 한성기 지방 도시로 보이는 나성리 유적의 구조를 볼 때 웅진시기 왕궁이 공산성 외부에 있었을 가능성이 더 크다.