조선을 건국한 태조의 얼굴을 보관하고 있다는 상징적인 의미 때문인지 경기전은 자주 풍파를 겪었다. 1894년 동학농민혁명 때에 이와 관련된 재미난 일화가 있다. 관군이 전주성을 점령한 동학 농민군을 진압하려고 전주성 안을 향해 대포를 쏘다 그만 경기전 건물의 처마가 부서지고 조경단이 파손되는 ‘사고’가 발생한 것. 당시 전주를 점령하고 있던 농민군의 지도자 접주 전봉준(全琫準)은 관군을 지휘한 초토사 홍계훈에게 보내는 소지문(訴志文)에서 “전주감영에 대포를 쏜 것이 저희 죄라고는 하지마는 성주를 시켜 대포를 쏘아 경기전을 무너뜨린 것은 옳으며, 군대를 동원해서 문죄를 한다면서 무고한 백성을 살해하는 것은 옳습니까?”라고 비난을 했던 것이다.
태조의 얼굴을 보관하고 있는 경기전은 동학농민혁명 때 파손되는 등 많은 풍파를 겪었다.