실제로 1998년에 보수한 보광전 상량문(上樑文)에서 확인된 바로는, 정유재란 이후에 중건된 보광전이 70여년 만에 불상이 비에 젖을 정도로 노후화되어 또다시 중건했음을 밝히고 있다. 또한, 석탑에 대한 훼손과 보수에 관한 내용을 짐작할 수 있는 기록도 일부 보이고 있으며1), 1915년에 최종적으로 보수한 현재의 석탑은 창건 당시의 원형에서 최소 4개층 이상 축소되고 3층만 복원된 모습이다. 이처럼 분황사 가람은 유구상으로 확인된 대대적인 변천 이외에도 건물의 평면(平面) 규모를 그대로 유지하는 선에서 시행되는 해체보수 등 여러 차례의 중건이 더 있었을 것으로 추정된다.
보광전은 정유재란 이후, 70년 후, 1915년, 1998년에 걸쳐 중건 및 보수 복원되었고 원형에서 최소 4개층 축소된 3층만 복원된 모습이다.