그런 와중에 1945년 9월 8일 미군이 인천에 도착하였고, 미군정이 실시되었다. 과거 일본 총독부의 지위와 체계를 그대로 인수하고 그들만이 38도선 이남의 한국에서 '유일한 정부'임을 강조하였다. 나아가 "미국의 정책은 미군이 이른바 한국 임시정부나 그 밖의 어떠한 정치조직들의 정치적 목적을 금하는 것"이라고 하며 인공과 그 외 모든 정치조직을 인정하지 않았다.
이에 인공은 전국인민대표자대회를 열어 정치 기반을 강화하려고 했지만 미군정은 표면상으로 '한 나라에 두 개의 정부가 있을 수 없다'는 이유를 내세워 인공의 활동을 극도로 제한하였다. 주한미군 사령관 하지(Hodge) 장군은 1945년 12월 12일 성명에서 "인민공화국은 그 자체가 선택한 명칭 여하를 불문하고 어떤 의미에서든지 정부도 아니고 그러한 직능을 집행할 아무런 권리도 없으며, 따라서 어떠한 정당이든지 정부로 행세하려는 행동이 있으면 이것을 불법 행동으로 취급하도록 주둔군과 군 정부에 명령을 내렸다."라고 발표하였다. 이후 인공은 점차 해체되기 시작하였다.
45년 미군이 인천에 상륙했고, 이들은 한국 내 모든 정치조직을 인정하지 않았다. 주한미군 사령관은 정부로 행세하려는 모든 조직의 행동을 불법이라 발표하는 등 인민공화국의 활동을 제한하였고, 인공은 해체의 순서를 밟게 되었다.