서울애니메이션 센터는 1999년 서울시가 만화 애니메이션 산업을 지원육성하고 인력 양성을 위해 설립한 비영리 기관이다. 그러나 서울 애니메이션 센터는 설립 과정에서 이 기관의 위상을 분명히 하지 못한 상태로 개관을 했다. 콘텐츠진흥원처럼 만화, 애니메이션 산업 전문 진흥기관인지, 애니메이션인들의 창작활동을 지원하고 재교육하여 공간, 기자재를 대여하는 애니메이션인들의 공동센터인지, 아니면 일반 시민을 대상으로 한 아카이브 기능 중심의 기관인지 분명히 하지 않은 상태에서 한꺼번에 쏟아지는 업계의 요구를 모두 수용하여 좌판 벌리기식 사업을 전개하는 과욕을 부렸다. 그러다보니 산업 지원도 전문적이지 못하고 확실한 창작인력, 전문가들을 생산하지도 못하며 문화적 공공성 보장의 차원에서 일반 시민들의 관심과 참여를 고양시키는 지역 미디어센터로서의 기능도 제대로 수행하지 못하는 어정쩡한 모습을 보여 왔다. 이러한 혼란은 서울 애니메이션 센터의 소속기관을 살펴보면 충분히 짐작이 간다. 센터 설립 과정에서 서울시는 이 기관을 산업경제국이 감독하는 서울산업진흥재단 아래 둠으로써 처음부터 문화정책을 입안, 집행하는 문화관광국과의 연결고리를 차단하였다. 당시 서울시가 애니메이션 업무를 문화관광국이 아닌 산업경제국의 업무로 지정하게 된 근거는 1998년 서울산업진흥대책위원회가 애니메이션을 전자정보통신산업, 소프트웨어산업, 패션디자인산업, 캐릭터산업, 멀티미디어컨텐츠산업 등과 함께 서울형 신산업으로 제안한 것에 근거를 두는데, 춘천을 비롯한 다른 지자체와 마찬가지로 이러한 판단은 "서울의 특성에 맞고 서울이 지니고 있는 산업여건에의 비교우위를 최대한 활용할 수 있으며, 21세기를 선도해 나갈 수 있는 지식 기반형 산업"이라는 경제적 이해 속에서 제안된 것으로 문화 예술적 요구나 문화적 공공성은 애초부터 고려되지 않았던 것이다.
서울시는 1999년 비영리 기관인 서울애니메이션 센터를 만화 애니메이션 산업을 지원육성하고 인력 양성을 위해 설립 했다. 센터는 서울산업진흥재단 아래두어 문화관광국과 연결되지 못하는 구조이다. 이는 센터가 서울의 특성에 맞고 서울의 산업여건에의 비교우위를 활용 할수있으며 21세기 지식 기반형 산업을 염두에두고  제안된 것으로 문화 예술적 요구나 문화적 공공성은 애초부터 고려되지 않았던 것이다.