실사한 두 권의 ‘요한복음’을 대조해보면, ‘숭실본’과 ‘공회본’은 표지 자체가 다르다. 숭실본의 표지는 2년 후에 나온 마태복음(말코복음)과 동일한 유형이나 이름 부분이 회손되어 확인할 수 없으나, 공회본은 앞에서 언급된 마가복음과 동일한 형태의 표지이다. 이 두 책은 페이지 표기와 번역 내용에 차이가 있다. 예를 들면, 숭실본의 12쪽이 공회본의 9쪽과 유사하며, 5:25절의 번역에서 숭실본에서는 “들은자ᄂᆞᆫ 사나니라”이나 공회본에서는 “들은자ᄂᆞᆫ 반다시 사나니라”로 “반다시”라는 말이 포함되어 있다. 또한 숭실본에는 고유명사를 표시한 옆줄도 없다. 따라서 숭실본과 공회본과 서로 다른 책으로, 숭실본이 나중에 출판된 것으로 사료된다.
실사한 숭실본 요한복음과 공회본 요한복음을 살펴본 결과 이 둘은 서로 다른 책이며 숭실본이 나중에 출판된 것으로 파악된다.