결론적으로 심의위원회의 무리한 고시 예고에 반발한 만화가들의 집단행동으로 결국 웹툰의 청소년 유해매체고시는 철회되고 대신 자율규제로 가닥을 잡았다. 2012년 4월 9일 방송위와 한국만화가협회는 ‘웹툰 자율규제 협력’을 위한 업무협약을 체결하고, 웹툰 자율규제 체계 마련을 위한 상호협력, 민원 등 웹툰 관련 불만 제기 사항에 대한 정보공유 및 자율조치 등을 위한 협의, 웹툰을 활용한 청소년의 올바른 인터넷 이용환경 조성사업 협력 및 홍보 등의 내용을 골자로 합의하면서 사태가 봉합되었다. 그러나 이번 웹툰 검열사태는 2012년 총선과 대선 국면과 맞물리면서 정부가 만화계의 강력 반발에 따른 정치적 부담을 덜기 위해서 조기 정리가 되었지만 보수 정부의 문화 검열의 한 단면을 보여주었다.
웹툰의 청소년 유해매고시가 만화가들의 집단행동으로 철회되고 양측이 자율규제를 합의하면서 사태가 봉합되었다. 이는 선거로 인한 정치적 부담 덕에 해결되었으나 보수 정부의 문화 검열의 측면을 볼 수 있었다.