이러한 필요성 때문에 충남역사문화연구원에서는 웅진단 관련 유구의 확인 및 정비복원을 위한 학술발굴조사를 실시하였다. 발굴조사 결과 동일한 위치에서 5차례에 걸쳐 1동의 건물지가 초축 및 중건된 현황을 파악하였다. 건물지는 담장시설과 함께 확인되었는데, 그 방향은 서쪽에 위치한 금강과 평행하게 배치되었으며 남향에 가깝다. 조성 시기는 조선시대 전기부터 후기까지로 추정된다. 출토 유물은 대체로 기와류가 다수를 차지하며 분청사기편과 백자편이 소량 수습되었다. 제기류 유물은 북쪽 담장 석렬 외부에서 집중적으로 발견되었다. 의례에 활용된 제기를 한 곳에 폐기하였던 것으로 추정할 수 있으며, 수습된 제기 유물을 통해 ‘웅진단’ 유적의 성격을 파악해 볼 수 있겠다.
충남역사문화연구원에서 웅진단 유적을 조사하여 동일한 위치에서 5차례에 걸쳐 1동의 건물지가 중건된 현황을 파악하였고 다수의 기와류와 제기류 유물 등을 수습했다.