일본예술원은 회원 외에 탁월한 예술작품을 제작한 자 및 예술의 진보에 공헌하는 현저한 업적을 인정받은 자에 대해 매년 일본예술원 수상식을 거행한다. 최근 국립기관의 독립 행정법인화가 잇따른 가운데 국립예술원은 문부과학성 사업소관부국에 의한 점검·개선에 대해 다음과 같이 보고한다. ‘국가적으로 공적이 현저한 예술가의 현창(顯彰)이라는 점을 고려하면 국가적인 사업으로 계승되어야 한다. 또 예술가가 일부 지역에 편재 거주하는 등의 실태를 감안하면 전국적인 시야에서 심사·평가가 실행되어야 한다. 따라서 일본예술원은 금후에도 국가에서 운영되어야 하는 기관이다.’라고 정의하고 있다.
일본예술원은 비회원을 대상으로 매년 수상식을 거행하는데, 이를 국가적인 사업으로 계속 운영되어야 하며, 예술원의 운영주체는 국가이어야 한다고 주장했다.