또한 도서관에서 편목할 때 서명의 채택방식도 혼란의 원인이 되었다. 곧 초판 본을 소장한 도서관에서 『금강반야바라밀경』(동국대), 『금강반야바라밀경전부대의윤관』(국립중앙도서관)이라는 서명을 채택함으로써 초판본의 존재를 확인하기 어려웠던 것이다. 또 용성스님의 저술전집인 『용성대종사전집』 제5책 에는 1937년에 발행된 제4판이 영인 수록되어 있다. 바로 제4판의 권말 판권기에는 1926년에 간행된 재판이 초판, 해당판이 3판으로 명시되어 있다. 이 분야 의 연구자들은 원본보다는 이 전집에 수록된 영인 자료를 이용하면서 이 판권기의 기록을 그대로 수용하였기 때문에 혼란은 지속되었던 것이다. 이러한 여러 이유로 인해 현재 초판은 1926년, 재판은 1935년, 3판은 1937년에 발행된 것으로 소개되고 있다. 그러나 초판은 1924년, 재판은 1926년, 3판은 1935년, 4판은 1937년, 5판은 1939년에 발행되었다는 사실은 현전본으로 확인이 된다.
초판본을 소장한 도서관에서 서명을 채택했고, 연구자들이 원본보다는 전집에 수록된 영인 자료를 이용하면서 판권기의 기록을 그대로 수용했기 때문에 혼란이 일어날 수밖에 없었다. 이러한 여러 이유로 인해 판본의 제작 시기를 파악하는 데 어려움이 있었다.