편집 과정을 거치면 마스터 클립과 함께 여러 서브 클립이 생성되게 되는데 계속 클립의 개수가 늘어나게 되면 클립을 검색하거나 관리하기가 어렵게 된다. 따라서 이러한 불편을 없애기 위해 대부분의 넌리니어 시스템에서는 간단한 미디어 관리 도구를 구현해 놓았거나 데이터베이스를 사용하여 관리한다. 사용자는 시간을 요구하는 디지타이징 시간에 해당 클립에 대한 여러 가지 정보들을 관리 도구에 입력하면 후에 하드디스크에 저장되어 있는 실제 미디어들의 상태를 디렉토리 형태로 보거나 특정 성질을 사용하여 검색할 수 있게 된다. 네트워크 환경에서 동작하는 온라인 넌리니어 시스템의 경우 다양한 사이트에서 무수한 클립들이 저장되기 때문에 관리 프로그램의 규모는 바로 넌리니어 시스템의 사용 규모를 결정짓는 요인이 된다.
장면 전환 시나 장면 중간에 들어가는 효과 기능은 넌리니어 시스템의 용도를 결정하는 요소가 된다. 쇼나 오락 프로그램 그리고 광고 등은 하나의 장면을 만들기 위해 수십 개의 효과를 쓰고 있는 경우도 많은데, 이를 위해 간단한 와이프, 디졸브 등의 범용 2차원 효과뿐만이 아니라 키를 이용한 사용자 정의 효과와 PIP 기능을 제공한다. 최근 개발된 넌리니어 시스템은 효과 기능을 보강하기 위해 렌더링 없이 실시간으로 3차원 효과를 지원하여 넌리니어 시스템의 가치를 높이고 있다.
마지막으로 장면에 들어가는 CG 기능 또한 넌리니어 시스템에 없어서는 안 되는 기능이다. 많은 넌리니어 시스템에서는 CG 전문 회사에서 제공하는 CG 프로그램을 넌리니어 시스템과 플러그인 형식으로 연계하여 제공하거나 자체 구현하여 제공하기도 한다. 어떤 방법이든 사용자가 별도의 CG 프로그램에서 자막을 작성하고 넌리니어 시스템에서 완성된 자막을 읽어 와야 하는 번거로움을 피하는 장점을 제공한다.
편집 과정에서 많아지는 클립을 쉽게 관리하기 위해 넌리니어 시스템에서는 간단한 관리 도구와 데이터베이스를 사용한다. 온라인의 경우, 관리 프로그램의 규모에 따라 넌리니어 시스템의 사용 규모가 결정된다. 넌리니어 시스템은 장면 구성 효과를 위해 범용 2차원 효과, 사용자 정의 기능과 PIP 기능을 제공하고, 최근에는 실시간으로 3차원 효과를 지원하여 가치가 높아지고 있다. 넌리니어 시스템은 CG 프로그램을 플러그인으로 연계하거나 자체 구현하여 별도의 프로그램이 필요 없다.