1990년대 이슬람 원리주의가 득세를 하면서, 중앙아시아 이슬람에 대한 많은 논평들은 급진운동의 세속적 응용에 초점을 맞추었다. 1990년대 중반 아프가니스탄에서 탈레반이 집권하였다. 이 사건을 계기로 많은 이들이 중앙아시아 이슬람 저항운동을 현실에 존재하는 실재의 위협으로 간주하기 시작했다. 특히 타지키스탄 내전과 1999년 카리모프 대통령을 겨냥한 타시켄트에서의 폭탄 테러를 통해 이슬람 원리주의자들이 샤리아에 근거한 이슬람 국가 수립을 지향하는 단체라는 것을 국민들은 의식하기 시작했다. 폭력적이고 반서구적인 이슬람 저항운동이 태동했다. 이 이슬람 원리주의 운동은 세속 체제, 국가 및 지역 안보를 위험한 상태로 이끌어나갈 수 있었던 요소였다. 지도자들뿐만 아니라 이슬람 성직자, 국민들은 이슬람 원리주의가 국가 안정성에 위협이 될 수 있는지에 대한 논의에 들어갔다. 결론을 내리기는 쉽지 않았지만, 이 지역에 이슬람의 정치화가 이루어졌다는 것은 사실이었다. 이슬람의 정치화는 이슬람 원리주의 단체의 과격한 행동으로인한 결과만이 아니며 정부가 초래한 것도 아니다. 이는 우즈베키스탄에서 이슬람의 합법성에 의한 논쟁과 매우 밀접히 연관되어 있다. 즉 정치적 영역에서 이슬람을 중요한 위치에 놓은 것이었다. 그러나 또 다른 주장도 있다. 정치적인 불평들이 과격 이슬람주의의 보호 아래 등장하기 시작했던 사실이다. 우즈베키스탄 정부는 이슬람 원리주의자들에게 사법적 형벌을 부과하였으며, 많은 이들이 감옥에 수감되었다.
1990년대 폭력적이고 반서구적인 이슬람 원리주의가 득세를 하면서, 중앙아시아 지역에서 이슬람의 정치화가 이루어졌다. 이러한 이슬람의 정치화는 이슬람의 합법성에 의한 논쟁과 연관되어 있어, 이슬람 원리주의 단체의 과격한 행동으로인한 결과만이 아니며 정부가 초래한 것도 아니다.  일각에서는 이슬람 원리주의자들에 대한 탄압에 대한 저항을 원인으로 보기도 한다.