위원회는 진상조사에서 공정하고 객관적인 관점을 유지하지만, 기계적 중립이 아니라 피해자 또는 고발자의 관점에서 실질적 공정성을 추구해야 한다. 가해자는 국가의 이름으로 국가권력을 동원한 권력자들이기 때문이다. 재판 또는 징계 절차를 통해 가해자 개인에게 책임을 묻거나 피해자가 법적인 배･보상을 받는 일은 쉽지 않을 뿐 아니라 피해자의 피해를 온전하게 복구할 수 없다. 피해자 또는 고발자에게 2차적인 가해도 생겨날 수 있다. 더욱이 블랙리스트 사태에서 저질러진 ‘정책 범죄’는 개별적･구체적･물질적 피해를 입증하기 어렵다. 진상 조사와 피해 판단 행위가 오히려 가해자의 관점에서 피해자 또는 고발자를 재단하여 배제하는 오류를 범할 수도 있다.
위원회는 진상조사에서 실질적 공정성을 추구해야하는데, 재판은 피해자의 피해를 온전히 복구할 수 없고 2차적 가해도 생길 수 있으며 정책범죄는 입증 자체가 어렵운 등의 이유 때문이다.