하지만 서로 유사한 성격의 사업지원인 만큼 이러한 지원이 궁극적으로 효율성을 갖추기 위해서는 한국문화콘텐츠진흥원의 스타 프로젝트와 영화진흥위원회 파일롯 지원사업 간에 상호 조율이 필요할 것이다. 2002년 총 25억의 예산을 스타 프로젝트에 책정한 콘텐츠진흥원은 지원대상을 장르 불문, 기획단계, 제작단계, 마케팅 등 제작 전 공정에 대해 지원하겠다고 공표했고 이미 상품화된 프로젝트와 기획단계 프로젝트 모두 지원 가능하게 했다. 이러한 지원 시스템은 애니메이션 장르의 윈도우 융합의 가능성과 전망을 충분히 보장하는 것으로서 그 자체 결함을 내포하고 있다고 보기는 어렵지만, 콘텐츠진흥원과 영화진흥위원회가 유사한 사업을 시행하고 있음에도 불구하고 지원내용 면에서 차이가 존재함으로 인해 발생할 수 있는 혼란을 조정할 필요성은 제기될 수 있을 것이고, 그 역할을 주무부인 문화관광부에서 적극적으로 수행해 준다면 한결 효율적인 지원이 될 것이다. 경우에 따라서 입장차이는 있을 수도 있겠지만 문제는 이러한 현실 속에서도 효율적인 지원방안을 모색해야 하며, 이는 문화관광부나 영화진흥위원회, 콘텐츠진흥원 모두에게 던져진 과제일 수밖에 없다.
한국문화콘텐츠진흥원의 스타 프로젝트와 영화진흥위원회 파일롯 지원사업은 유사한 사업을  시행하고 있지만 지원내용 면에서 차이가 있어 혼란이 있을 수 있다. 주무부인 문화관광부가 적극적으로 조정한다면 효율적이 지원이 될 것이며, 이는 모두의 과제일 것이다.