1935년 이시다 모사쿠·사이토 다다시가 발굴한 군수리 사지는 2005년 국립부여문재연구소에서 재발굴을 실시했다. 재조사는 금당지와 목탑지, 동회랑지 일대에 대해 이루어졌다(도6-1·2). 그중 목탑지의 조사에서는 말각장방형의 굴립주 흔적과 16개소의 기둥구멍, 심초석의 안치 및 심주의 설치를 위한 경사로(474×180cm)가 확인되었고, 금당지 조사에서는 남·북·서쪽의 계단지를 비롯하여 하층 와적기단의 안쪽에서 또 다른 와적기단의 흔적을 찾아 이중기단 건물이었음을 알게 되었다. 금당지 동쪽 20m 지점에서는 동서 폭 6m의 동회랑지와 그 동쪽 2m 떨어진 곳에서 동방기단 건물지의 흔적을 확인했다. 일제강점기에 존재가 확인됐던 동방기단 건물지의 경우 규모나 와적기단의 흔적은 후대의 경작에 의한 삭평으로 확인할 수 없었다
2005년 재발굴된 군수리 사지는 목탑지 조사에서는 굴립주와 기둥구멍 및 경사로 흔적이, 금당지 조사에서는 이중기단 건물이었음이, 동회랑지 조사에서는 동방기단 건물지의 흔적이 확인되었다.