퇴계선생 태실의 경우 현존하는 다른 종택의 일반적인 태실과 달리 안채와 丁자형으로 연결된 특이한 배치 형태를 보이고 있는데, 이는 본래의 모습이 아닌 후대에 변형된 결과로 보인다. 다시 말해, 태실을 포함한 온혜파종택의 본채는 최초 건립된 후 중수 등의 과정을 거쳐 적지 않은 변형이 있었던 것으로 짐작해 볼 수 있는데 이와 같은 내용은 1985년 온혜파종택(당시 퇴계태실)의 시․도문화재(경상북도 민속자료) 지정 당시 관계전문가의 현지 조사의견서(“…안채의 경우 최초 건립 당시의 모습에서 많은 개축이 있어 본래의 형태는 알 수 없다…”, “…건물 전체로 보아 원래의 평면은 아닌 듯 개축 시 많은 변화가 있는 듯 생각 된다…”)에서도 제기된 바가 있다. 또한, 조사의견서에는 “…55년 전(지정조사보고서가 1985년 작성된 것이므로 55년 전은 1931년이 됨)전면 개축하였다…”라는 내용도 기술되어 있는데 이는 위의 〈표〉에서 1931년에 이르러 종택을 수리하였다는 내용(“지난 신미년(1931)에 지금 종손 이범교가 옛집을 다시 넓혔다”(선조퇴계선생태실중수기(先祖退溪先生胎室重修記) 중))과 일치하는 것으로 볼 수 있다. 따라서 종택의 본채는 1931년에 이르러 필요에 의해 전면 개축되어 오늘날의 모습과 같이 변형된 것으로 추정해 볼 수는 있으나, 정확한 근거는 찾아볼 수 없다.
정확한 근거는 찾아볼 수 없으나, 1985년의 문화재 현지 조사의견서와 선조퇴계선생태실중수기 등을 보았을 때, 퇴계선생 태실은 후대에 다양한 변형을 통해 특이한 배치 형태를 가지게 됐다.