제석사는 왕궁리 유적의 동편에 위치하여, 왕궁성과 밀접한 관련을 가지고 있었음은 일찍부터 지적되어 왔다. 그것을 제석정사가 불탄 639년인 같은 해에 건립된 백제궁과 백제대사와 연결시킨 견해는 주목할 만하다. 백제궁은 서민이, 대사는 동민이 건립했다고 하였으니, 왕궁성과 제석사의 배치와 일치하였음은 주목된다. 제석사가 왕권과 깊은 관련이 있었음은 『관세음응험기」에서도 드러난다. 신하들이 초석을 열어 사리병에 들어 있는 사리를 확인하고자 하였으나, 보이지 않았던 사리가 대왕에게 사리병을 가져가니 사리가 보였다는 것은 제석사와 왕권이 밀접한 관련이 있음을 보여주는 예라고 하겠다. 이렇게 볼 때 제석사는 사비시기 여타 사찰과는 격이 다른 중요한 사찰이었다고 하겠다.
제석사가 왕권과 관련이 있음은 왕궁성과 유사성 및 문헌에서도 나타난다.