이렇게 해서 사회학이라는 용어의 발명을 통해 사회학사에 커다란 족적을 남겨놓은 콩트는 또 다른 주장을 통해 향후 사회학의 발전에 커다란 장애가 되는 인물이 되었다. 그 결정적 과오가 되는 주장은 다음과 같다. 즉, “사회학적 설명이 과학적인 것이 되려면, 개인 행위자들의 의도, 합리적 이유 그리고 일반적으로 그들의 의식의 내용을 배제하고 물질적 원인들로만 사회현상을 설명하는 것이 과학적이다”라는 인상을 강하게 심어준 것이다. 결국 콩트의 사상은 ‘과학적 접근방식은 의식의 내용을 무시해야 한다’는 실증주의적 발상의 형태로 인문사회학에 상당한 부정적 영향력을 행사했다 (Gellner, 1987). 겔너에 의하면, 심리학에서의 행동주의, 구조주의, 그리고 사회과학분야에서 기능주의의 몇 가지 분파들, 경제학에서 프리드만(Milton Friedman)의 도구적 행동주의, 인류학에서의 문화주의 등은 모두 다 콩트의 영향을 받은 것이다. 이들 여러 분야의 이론들은, “사회현상을 설명함에 있어서 모든 주관적 자료들을 제거하는 것이 과학의 특징적 성격이다”라는 원칙에 결정적 중요성을 부여한 사상운동들이었다. 인류학은 제도들 사이의 관계를 분석하는 데 제한되어야 한다고 주장했던 말리노우스키(Malinowski)의 기능주의도 콩트적인 발상의 생각이었다. (Boudon, 2006: 201-202쪽)
콩트의 사상은 실증주의적 발상의 형태로 인문사회학에 부정적 영향력을 행사했다. 이러한 콩트의 사상은 심리학에서의 행동주의, 구조주의, 경제학에서 프리드만의 도구적 행동주의 등에 영향을 끼쳤다. 이 이론들은 '사회현상을 설명함에 있어 주관적 자료들을 제거하는 것이 과학의 특징적 성격이다'라는 원칙에 결정적 중요성을 부여한 사상운동들이었다.