이밖에 양국의 역사학자들 뿐만 아니라 정치지도자들은 자국의 영토 경계가 어디인가를 놓고도 매우 민감하게 충돌하였다. 현재 우즈베키스탄에 속하는 부하라와 사마르칸트는 소연방 시기부터 우즈베키스탄 영토가 되었으나, 타지키스탄 정부는 이 역사적 도시들은 타지크 민족의 공간이며 전통적인 거주지였음을 강조하면서, 독립 초기에는 이 도시들을 타지키스탄 국가로 편입시켜야 한다고 강력히 주장했다. 1924년 소연방에서 우즈베키스탄이 출범할 때에 사마르칸트와 부하라가 우즈베키스탄으로 귀속되었는데, 당시 타지키스탄은 소연방 구성 공화국이 아니었고 우즈베키스탄공화국에 소속되어 있었다. 타지키스탄이 소연방 구성공화국이 아닐 때에 이 역사적 도시들이 우즈베키스탄으로 분할된 것은 민족적으로 매우 고통스러운 일이 되었다는 것이다. 타지크 인들은 영토 주권에 관련, 부하라와 사마르칸트가 우즈베키스탄에 귀속되어 있는 것에 대해 매우 강한 불만을 제기하고 있다. 그들은 우즈베크 인들은 인종적 우월성이라는 이데올로기로 무장한 인종주의자라고 비난하였다. 타지키스탄은 독립 이후 이 도시들이 타지키스탄에 재편성 될 수 있도록 국경 조정에 대해 강력히 요구했었다. 현재 사마르칸트와 부하라를 귀속받기 위한 노력을 많이 하지 않고 있지만, 독립 당시에 타지크 민족은 이러한 민족적 감정을 가졌던 것이다. 즉 양국은 자신들이 고대로부터 살아왔다는 입장을 가지면서 과거 소비에트 시기의 영토 분할도 잘못되었다고 주장하고 있으며 다른 입장을 가지고 있다. 이에 반해 우즈베크 인들은 자신들의 땅이던 레닌아바드(현재 타지키스탄의 수그드)가 1924년 국경 획정이 되던 때에 타지키스탄에 양도되었다는 사실을 부각시키면서, 타지크 학자들의 영토 주권 주장을 반박하였다.
현재 우즈베키스탄에 속하는 부하라와 사마르칸트는 소연방 시기부터 우즈베키스탄 영토가 되었으나, 타지키스탄 정부는 이 도시들은 타지크 민족의 전통적 공간이며 과거 소비에트 시기 영토 분할의 고통스러운 피해라고 주장하며 타지키스탄 국가로 편입시켜야 한다고 말했다. 이에 우즈베크 인들은 자신들의 땅이던 레닌아바드가 1924년 국경 획정 시기에 타지키스탄에 양도되었다는 사실을 부각시켜 이를 반박했다.