그리고 동궁 내 식수의 공급을 담당한 우물도 확인되었다. 우물은 평면 원형의 석축 우물로, 안지름 약 1.2~1.4m, 깊이가 7.2m에 이르는 굉장히 깊은 우물이다. 우물 내부에서는 기와편, 토기편, 다량의 동·식물 유체와 인골이 출토되었다. 우물 내부 퇴적양상은 깊이 4.8m 구간을 기준으로 상·하부로 구분된다. 4.8m 하부 구간은 통일신라 말기에 이루어진 우물 폐기행위와 관련되며 폐기 당시 의례와 관련된 소형 사슴 1개체도 조사과정에 수습되었다. 그리고 4.8m 상부 구간은 고려 초기에 퇴적되었던 것으로 확인되었으며, 이 층 내에서 고인골 4개체가 수습되었다. 이 고인골 4개체를 대상으로 체질인류학·자연과학(탄소·질소안정동위원소, DNA분석)·법의학·컴퓨터공학 등 다양한 학문들과 학제 간 분석연구를 실시하였다. 이러한 학제 간 융복합 연구를 통해 고인골의 연령, 키, 성별 등 체질적 특성, 식생활, 생전의 생김새에 대한 연구를 실시하였다.
동궁 내 식수 공급의 원천이었던 우물의 내부에서 다량의 동·식물 유체와 인골이 출토되었다. 또한 내부 퇴적양상은 깊이에 따라 상하부로 나뉘며 하부는 통일신라 말기, 상부는 고려 초기에 퇴적되었던 것으로 확인되었다.