특히 선택형 수준별 교육과정은 다양한 교과목 개설과 학생선택권의 강화를 통하여 수요자의 요구에 기초한 다양성을 강화하려는 의도로 제시되었지만, 역시 교육적 정당성의 문제와 실효성 미비란 문제를 지니고 있다. 첫째, 교육적 정당성에 있어 보편교육이자 교양교육의 시기인 중등교육에 일반 선택 26과목, 심화선택 53과목 체제인 현 ‘선택’ 교과의 도입은, ‘전문 과정’에 적합하므로 선택교과의 비중과 범위가 부적절하게 짜여져 있는 것이다. 또한 내용적으로도 다양한 선택과목이라는 것이 기존 과목들을 나열하고 분철해 놓은 것에 불과하며, 교육 내용조차 기존 교과와 다르지 않게 구성되어 있다는 비판을 받고 있다. 이밖에도 학교지원 행정이 미비하고, 교사수급 부족으로 학생들의 선택권은 주어졌지만 선택의 여지는 없는 상황이며 입시체제 내에서 학생의 선택이 제한된다는 문제도 있다.
특히 선택형 수준별 교육과정은 교육 정당성과 실효성이 문제다. 선택교과 도입은 교과 비중과 범위가 부적절하고, 행정 미비, 교사수급 부족으로 다양한 선택과목도 기존 교과와 다르지 않고 학생들의 선택권도 없는 실정이다.