한편 FTA 체결이 다변화되고 다양한 형식의 FTA가 체결되고 있는 시점에서 공동제작협정 체결 상대국이 아닌 서로 다른 FTA 체결 상대국 간의 차별적 대우를 정당화하기 위한 문제의식도 필요하다. 비록 FTA는 최혜국대우의 예외로서 체결되는 것이 일반적이나, 최근 FTA는 이를 기본 의무로 설정하고 있는 경우도 종종 나타난다. 따라서 만약 FTA 내에서 서비스 무역과 관련한 일반적 의무로 최혜국대우 원칙이 포함되어 있는 경우에는 일국이 부여하는 공동제작에 따른 혜택이나 기준이 FTA 체결상대국별로 다를 수 있음을 법적으로 뒷받침해줄 수 있도록 최혜국대우에 대한 면제 또는 유보가 필요하다(이한영ㆍ김재철, 2011, 57쪽).
FTA 내 서비스 무역 관련 의무로 최혜국대우 원칙이 포함된다면 공동제작에 따른 혜택이나 기준이 FTA 체결상대국별로 다름을 법적으로 지지하도록 최혜국대우에 대한 면제나 유보가 요구된다.