또한 불국사 금동아미타불좌상, 금동비로자나불좌상과 함께 통일신라 3대 금동불상으로 잘 알려진 금동약사여래입상金銅藥師如來立像이 봉안되어 있었다고 한다. 등신대等身大의 입상立像으로 법의는 통견通肩이며 가슴 앞에는 매듭이 보이고 두 팔에 걸친 법의는 흘러내렸다. 등 뒤에는 광배를 달았던 흔적이 있으며, 앞면에는 주홍과 녹색을 칠했던 흔적이 있다. 두 손은 정확히 알 수는 없지만, 오른손은 시무외인施無畏印을, 왼손은 약단지藥壺를 들게 한 것으로 생각된다. 조성 연대는 9세기를 전후한 시기로 추정된다. 1930년에 조선총독부박물관 경주 분관으로 옮겼다고 하며, 국보 제28호로 지정되어 있다.
통일신라 3대 금동불상 중 하나인 금동약사여래입상은 1930년 조선총독부박물관 경주 분관으로 옮겼으며, 국보 제28호로 지정되어 있다.