예나대학은 중세 대학의 전통적 학부 구조를 그대로 유지한 채 학부 외부에 존재하는 궁정 직속의 연구소들을 설립해서 혁신을 시도했다. 연구소들은 궁정의 개입을 통해 당시의 촉망받던 여러 신예 학자들을 신속하게 원외 교수로 초빙할 수 있었고, 이를 통해 연구과 교육에서 첨단적 작업과 논의가 가능하게 되었다. 이후 19세기 초에 들어와서는 예나대학은 중세 신분 대학의 성격을 철폐하고 대신 근대적 대학법을 도입하여 학문과 예술에서 정치적 중립성을 보장받는, 정부 하의 자치 조직으로 변화된다. 이로써 대학은 정치적 독립 신분의 지위는 상실했지만 정부와 법을 통해 정치적 보호를 받는 자치기관이 되는 근대 이후의 대학 모델이 탄생한 것이다. 이런 정치적 중립의 모델은 다른 독일 대학에서도 급속히 수용되었고 결국 대학은 정부의 보호를 받으며 자유롭고 활발하게 학문적 논의를 이어가고 새로운 학문적 패러다임을 형성시킬 수 있었다. 정부와 대학의 이런 협력은 동시에 대학의 학문이 정부 정책의 입안과 실천에 핵심적 토대가 작용하게 되었다(Gerhard Müller 2006).
예나대학에 설립된 궁정 산하의 연구소에서 연구가 이루어졌다. 19세기 초 예나대학은 전통적 성격에서 근대적인 성격으로 전환되어 정치적 중립을 갖게 되었다. 독일 대학들은 이런 특성을 받아들여 정부와 대학의 상호작용을 통해 학문의 새로운 시대가 열리게 되었다.