기관의 목표를 달성하기 위해 연구소는 5가지 중장기 목표 및 10개의 전략 과제를 설정하고 있다. ‘문화유산 연구·정보 중심기관’이라는 목표를 위해 ‘기본연구의 초우량화’와 ‘연구정보 활용 지식기반구축’이라는 전략과제를 설정하고 있으며, ‘문화유산 국가 R&D 초우량 연구기관’이라는 목표를 위해 ‘문화유산 융복합 연구’ 및 ‘문화유산 보존 선대적 대응 연구’라는 전략과제를 설정하고 있다. ‘문화 유산 정책 선도 연구기관’이라는 목표를 위해서는 ‘연구정책의 선순환 체계’와 ‘정책기여 실용연구’라는 전략과제를, ‘문화유산 연구 교류·국제협력 중심기관’이라는 목표를 위해서 ‘국내외 네트워크 활용 공동연구’와 ‘국제협력과 문화트렌드 제고’라는 전략을, ‘창조·창의적인 연구조직’이라는 목표를 위해 ‘성과창출형 R&D 관리’와 ‘소통하는 연구조직’이라는 전략과제를 설정하고 있다.
연구소는  ‘문화유산 연구·정보 중심, ‘문화유산 국가 R&D 초우량 연구’, ‘문화 유산 정책 선도 연구', ‘문화유산 연구 교류·국제협력 중심', ‘창조·창의적인 연구'를 목표로 삼고 10개의 전략과제를 설정했다.