우선 가장 중요한 것으로 이미 국보 제30호로 지정되어 있는 경내 모전석탑의 존재이다. 분황사 모전석탑은 방형 석축 기단부 위에 안산암을 전돌 모양으로 치석한 부재를 사용하여 전탑 방식으로 탑신부를 축조한 삼층 모전석탑이다. 1915년 에 현재 상태로 수리하였는데, 수리 당시 2층 탑신부에서 석제 사리함이 발견되었다. 사리함에서는 각종 구슬, 가위, 바늘 등의 방물과 함께 숭녕중보, 상평오수 등 중국 주화가 출토되기도 하였다. 석탑의 기단부 외곽 조사 결과, 현재의 기단부가 교란층 상부에 올라가 있어 1915년 수리 과정에서 기단부를 확장한 것으로 추정되며 탑신 사리함에서 발견된 숭녕중보의 존재로 보아 창건 이후 고려 전기에 이미 해체보수 했을 가능성이 크다.
분황사 모전석탑은 전탑 방식의 삼층 모전석탑으로 1915년 수리시 발견된 사리함 속에는 방물과 중국 주화가 출토되었고, 당시 기단부 확장이 추정되며 고려 전기 이미 해체보수 한 것으로 보인다.