1998년 보광전 수리 공사 시 해체한 종도리에서 확인된 보광전 중창과 중수 내용을 기록한 상량문(上梁文)4)에 의하면, 분황사가 지금처럼 사역(寺域)이 축소된 시기는 임진왜란 이후로 여겨진다. 즉, 분황사는 임진왜란(1592)으로 인하여 약사여래가 화를 당했으며, 그나마 남아있던 일부 전각들도 정유재란(1597)으로 전소되었던 것으로 보여 진다. 이후 광해군 원년(1609)에 거사 신희인이 주도하여 전각(보광전(普光殿) 등)을 중창하고, 5,360근의 청동으로 약사여래를 주조·봉안하였다. 숙종 6년(1680)에는 허물어져 가던 보광전을 중수하였으며, 상량문은 이때 작성하였던 것이다. 따라서 현재 보광전에 봉안된 약사여래입상은 광해군 원년(1609)에 주조된 바로 그 불상이며, 지금까지 몇 차례의 개금불사가 있었음을 알 수 있다.
상량문에 의하면, 정유재란 때 전소된 것으로 보여지는 보광전은 광해군 원년에 중창, 숙종 6년에 중수되었으며, 현재 보광전에 봉안된 약사여래입상은 임진왜란으로 화를 당하였다가 광해군 원년에 주조되었다.