동남리 사지는 1938년 이시다 모사쿠·사이토 다다시에 의해 조사됐지만, 1993·94년 충남대박물관에 의해 재발굴되었다. 충남대박물관의 재발굴에서는 금당지에서 방형적심토(한 변 160~180cm)를 초석으로 한 동서 5칸, 남북 3칸 크기의 건물지를 확인했지만 목탑이나 중문, 남문, 회랑의 흔적은 찾을 수 없었다(도6-3·4). 이 유적에 대해서는 불탑이 없는 가람인지, 그렇지 않으면 금당의 남쪽 좌우에 쌍탑이 있었는지에 대해 논란이 있었다. 최근의 재조사 결과, 금당지와 중문지 사이의 공간에서는 어떠한 건물지의 흔적도 찾을 수 없었다. 금당지의 적심토를 기단의 초석으로 사용한 사례는 부여 관북리 유적과 익산 왕궁리 유적의 소위 대형전각건물지에서 유사한 흔적이 확인되어 주목을 끌었다.
동남리 사지는 충남대박물관에 의해 재발굴되었는데, 금당지에서 건물지가 확인되었지만 목탑, 중문, 남문, 화랑의 흔적은 찾을 수 었었다. 이 유적지에 대해 불탑의 우무 등이 논란이 있어왔다.