이상과 같이 구황동 원지유적 출토 유물을 살펴보면, 1・2차 원지 시기를 포함하는7∼9세기 대 분황사 출토유물과 많은 유사점을 쉽게 찾을 수 있다. 그러나 구황동 원지유적에서는 분황사에서 출토되는 고려시대 유물이 거의 전무하다 해도 무방할 정도로 출토되지 않는 점을 주목할 필요가 있다. 실제로 분황사에서 출토된 기와류는 창건기에 해당하는 고식 연화문 막새에서부터 1차 중건기의 초화문 막새, 그리고 고려시대에 해당하는 일휘문 막새가 함께 출토되었다. 그러나 구황동 원지유적에서는 분황사 창건기와 1차 중건기에 해당하는 와당만 출토될 뿐 고려시대 제작품이 전무하다 해도 과언이 아니다. 이것은 분황사가 신라 선덕여왕 3년(634)에 창건되어 8세기 중반경의 1차 중건을 거쳐 13세기 전반까지 법통이 이어진 점을 감안하면, 두 유적 사이의 존속시기 차를 단적으로 보여주는 자료이다. 만약 구황동 원지유적이 분황사의 사원지라면, 법통의 단절과 함께 사세(寺勢)가 기우는 13세기 이전까지는 함께 운영되었어야 하겠지만 유물의 출토 양상은 전혀 그렇지 않다. 따라서 구황동원지유적은 분황사에 속한 사원지가 아니라는 것이 명확해진다.
분황사가 7세기에 창건되어 13세기 전반까지 법통이 이어져 고려시대 유물인 일휘문 막새까지 출토된 반면 구황동 원지유적은 출토 유물을 살폈을 때 고려시대 제작품이 거의 출토되지 않은 것으로 보아 구황동 원지유적은 분황사에 속한 사원지가 아님을 알 수 있다. 