전통지식 그 자체는 특허제도에 포섭되기에 곤란한 점이 있다. 우선 전통지식은 발명자의 특정이 곤란하여 특허를 받을 권리가 누구에게 있는지 알 수 없고, 또한 전통지식이 특허법상 공지된 것으로 볼 수 있는 경우에는 신규성, 진보성 결여를 이유로도 특허를 받을 수 없게 된다. 아울러, 비공지된 전통지식의 경우 공개를 전제로 하는 특허제도와 상충하는 면이있다. 결국 특허제도에서 전통지식이 보호되는 방법은 전통지식에 대해서는 특허를 부여하지 않음으로써 특정인에게 독점되는 일을 방지하는 소극적인 보호 defensive protection가 주를 이루게 되고 적극적인 보호 positive protection는 별도의 입법을 통해서만 가능할 것이다.
전통지식은 발명자를 특정하기 곤란하고, 신규성·진보성이 결여되어 있으며 비공지된 경우가 있기 때문에 특허제도와 맞지 않다. 전통지식의 적극적 보호는 입법을 통해서만 가능하다.