2008년 이명박 정부가 들어서면서 예술위의 독립성은 완전히 부정되기 시작한다. 첫 번째 일어난 일은 정권에 의해 예술위 위원장이 강제로 교체된 사건이다. 이명박 정부의 초대 문화체육관광부 장관 유인촌은 취임하자마자 노무현 정부의 ‘코드인사’라고 주장하며 노골적으로 문체부 산하단체장들에게 자진사퇴를 강요했다. 유인촌의 거명에는 김윤수 국립현대미술관장과 더불어 2007년 9월에 취임한 김정헌 예술위 제2대 위원장도 포함되어 있었다. 유인촌은 문체부 산하 공공기관장들에게 사퇴 압력을 가하여 그 자리를 이명박 캠프 인사들을 중심으로 한 낙하산인사로 채우고 있었다. 예술위 위원장이 사퇴 압력에 굴복하지 않자, 유인촌 당시 문체부 장관은 2008년 12월, 2대 위원장을 중도해임한 뒤, 2009년 2월, 3년 임기의 3대 위원장으로 오광수를 임명한다. 김정헌 위원장이 이에 불복하고 법정 싸움으로 대응하면서 ‘한 기관 두 위원장’ 사태가 야기되기도 했다. 3대 위원장인 미술평론가 오광수가 “1982년부터 87년까지 민중미술 작가들을 옥하고 작품을 압류하는 등 군부정권이 미술계를 단속하는데 쓰인 ‘미술인 블랙리스트’를 작성한” 2인 중 하나라는 것은 언론을 통해 알려져 있다
이명박 정부의 초대 문화체육관광부 장관 유인촌은 취임하자마자 노무현 정부의 코드인사라고 문체부 산하단체장들의 자진사퇴를 강요했는데 김윤수 국립현대미술관장도 포함되었고 그 자리를 이명박 캠프 인사들을 낙하산인사로 채우고 있었다. 김정헌 예술위원장은 법정 싸움으로 대응해 ‘한 기관 두 위원장’ 사태가 야기되기도 했다.