그러나 작은도서관의 이러한 양적 증가에도 불구하고 인력부재 및 관리소홀 등으로 인하여 운영이 부실화되는 작은도서관이 증가하고 있다. 하지만 그동안 국가 단위의 작은도서관 관련 정책 연구는 거의 이루어지지 않았으며, 지방자치단체별 작은도서관 정책과 지원 내용에도 큰 차이를 보이고 있는 것이 사실이다. 그에 따라 작은도서관이 수도권 지역에 집중되는 현상과 도시 지역과 농산어촌 지역과의 운영 현황 격차 등이 문제점으로 나타났다. 그리고 지방자치단체와 작은도서관 운영자 사이에는 정책 내용과 지원에 대한 요구에 있어 상당한 인식 차이를 나타내고 있다.
작은도서관에 대한 국가 단위 관련 정책 연구의 미비, 지방자치단체별 정책 및 지원 내용의 차이 등으로 인한 운영 부실, 수도권 집중 등의 문제점이 나타나고 있다.