그러나 이 사업의 실행과정에서 다음과 같은 많은 논란이 제기되었다. 첫째, 학교 교육과 관련된 문제를 과도하게 외부에 의존하는 경향이 있다는 지적. 둘째, 교수 및 학교가 학생작업을 지도하는 것은 당연한 의무인데, 학교(교수) 측에서 학생 지원에 대해서 일정 수수료를 물리는 등 사실상 지원금을 유용했다는 의혹. 셋째, 단순히 학교별 나눠 먹기식 사업이라는 지적. 넷째, 지원금 지급방식의 불합리성 때문에 학생에 대한 교수의 권력관계화가 심화된다는 지적. 다섯째, 사후지원 방식의 문제점. 이 가운데 앞의 네 가지 문제는 애니메이션의 특수성을 인정하는 방식으로 해결이 가능하다. 독립 애니메이션과 달리 학교가 주도적 역할을 하는 대학창작 애니메이션의 특수성을 인정한다면 학교 지원 자체의 적법성 문제는 해결 가능하다. 단, 이 사업이 학생 명의를 내건 채 비공식적으로 학생의 포션을 학교나 교수측이 징발하는 불법적 성격을 제거하기 위해서는 지원조건에 처음부터 학생, 교수의 공동작업임을 명시할 필요가 있다. 여기서 교수는 단순한 지도교수가 아니라 지원 프로젝트의 기획자로 등록되며 그에 합당한 역할을 수행해야 한다. 이정도의 보완책으로 부족하다면 대학창작 지원사업 자체를 학생 지원과 학교 지원 두 가지 형태로 분리해서 시행하는 방안도 고려해 볼 수 있다. 그럼에도 불구하고 여전히 학교 중심의 대학창작 지원정책이 무의미하다는 논란이 있다면 2003년의 사업결과를 놓고 다시 한 번 판단할 필요가 있다. 즉 2004년의 사업에서는 대학창작 애니메이션 지원사업을 포기하고 이 예산을 독립 애니메이션 지원사업으로 흡수하여 독립 애니메이션에 대한 지원을 적극 확대하는 것도 한 방안이 될 수 있다.
대학창작 애니메이션 지원사업에서 제기된 논란으로 학교 교육과 관련된 문제를 외부에 과도하게 의존한다는 것, 학생 지원에 수수료를 물려 지원금을 유용했다는 것, 학교별 나눠먹기식 사업이라는 것 등이 있다. 이러한 문제를 해결하기 위해 지원조건을 학생, 교수 공동작업으로 하거나 사업 자체를 학생지원, 학교지원 형태로 분리하거나 예산을 독립 애니메이션 지원사업으로 흡수하는 방법이 있다.