그렇다면 동아시아의 보편의학을 정리하겠다는 『동의보감』 학술사업을 추진하는 과정에서 지역의 특수성을 함의하는 ‘동의(東醫)’를 내세운 까닭은 무엇인가? 이는 『동의보감』 편찬에 관여했던 역사의 주체들이 조선의 국책 문화사업의 의미를 드러내고자 하는 전략의 관점에서 읽을 수 있다. 『동의보감』 서문과 집례에 따르면, 의학의 본류는 고대 성인의 의학으로 금원대 이후 명나라 의학은 그 본지에서 멀어져 잡다한 것을 모아놓은 것에 불과했다. 이에 선조는 『동의보감』 프로젝트를 발주하며 이러한 문제의식과 사업지침을 함께 내렸다. 즉 고대 의학에 연원을 둔 양생을 치료에 앞세우고, 번쇄해진 중국의학의 혼란을 정리함과 동시에 향약을 장려하라는 지침도 함께 내렸다. 이에 부응하여 허준은 고대 의학의 테두리 안에서 작동하는 중국의 북의(北醫)와 남의(南醫)를 인용하면서 조선에 동의의 전통이 있음을 천명했다. 그 의미를 짚어보면, 선조와 허준 등은 중심이라고 인식되었던 당대의 중국을 고대의 중화와 분리하는 전략을 취하면서 보편의학인 고대 성인의 의학 아래 중국의 북의 및 남의 그리고 조선의 동의를 대등하게 위치 지움으로써, 진정한 중심인 고대 의학을 오히려 자신들이 점유할 수 있는 틀을 마련한 것이다. 조선이 중국의 의학기술을 취집하며 이를 분류하는데 노력을 기울였던 시기를 지나 16세기말에 와서는 조선에서 발전시켜온 의학전통을 포괄하면서 오히려 중심으로 인식되던 당대 중국 의학까지도 종합하고 재정리하는 위치에 도달했다. 서명 “동의”에는 이러한 문화적 자부심이 묻어있다.
국책 문화 사업의 관점에서 보았을 때, 『동의보감』 이 ‘동의’를 내세운 바탕에는 조선의 의학 발전에 대한 자부심이 있었다. 당대 중심이었던 명나라 의학은 사실 보편 의학인 고대 의학에서 멀어진 상태였다. 이에 『동의보감』은 고대 의학 아래에 명나라 의학과 조선의 '동의'를 대등하게 놓음으로써 조선 의학의 발전을 알리고, 동시에 진정한 의학인 고대 의학의 정통성을 조선이 이어나가고 있음을 드러낸 것이다.