과학관과 본관은 우리나라의 근대시기 교육시설로서의 역사성과 소위, 신식건축의 특징을 비교적 잘 보여주는 자료로서 그 가치가 높다고 할 수 있어 등록문화재로 보존, 관리하는 것이 바람직하다고 판단된다. 또한, 이를 통해 배화여자고등학교가 위치한 서촌의 역사적 공간을 재조명하고 개발논리에 밀려 상업화가 되어가는 장소성을 회복하는데 중요한 계기가 될 것으로 기대된다. 이밖에, 배화여자고등학교 경내에 위치한 다목적 강당 역시 근․현대기 한국건축의 과도기적 특징을 잘 표현한 작품으로 볼 수 있어 향후 별도로 등록문화재로서의 등록 여부에 대한 추가적인 검토가 필요할 것으로 보인다.
배화여고는 근대시기 교육시설로서의 역사성, 신식건축의 특징을 잘 보여주고 있기에 등록문화재로 보존, 관리하는 것이 바람직하다.