국립해양문화재연구소는 국내 유일의 수중발굴조사 기관입니다. 그러므로 수중발굴에 참여하는 조사원은 우리나라 전역에서 나오는 수중문화재발굴에 참여할 수 있습니다. 수중은 육상과 달리 한 번에 수천에서 수만 점의 유물이 발굴되며 화물을 운반하려고 적재했던 상태 그대로를 볼 수 있습니다. 이러한 광경을 육안으로 볼 수 있는 조사원은 국내에 국립해양문화재연구소가 유일할 것입니다. 개인적으로 수중발굴이 육상발굴과 다른 점은 육상발굴은 비가 오면 작업을 할 수 없는데 해양발굴은 비의 영향을 받지 않으며 조류가 빠르거나 바람이 거세면 작업을 할 수 없습니다. 바다라는 자연에 순응하며 살아야 하는 것이 수중발굴입니다.
국립해양문화재연구소는 수중발굴조사기관으로는 국내 유일의 기관이며, 따라서 소속 조사원은 국내 전역의 수중발굴현장에 투입될 수 있다.