지금까지 독립 애니메이션계에는 미묘하게 갈라지는 두 흐름이 있어 왔다. 하나는 한국독립영화협회 산하 애니메이션 분과 및 한국독립영화협회와 일정한 관계를 형성하고는 있지만 외곽에서 단편 애니메이션 작가들의 공동체를 형성해 온 ‘애니마포럼‘ 중심의 흐름이고, 다른 하나는 ’인디아니마‘ 계열의 흐름이다. 한독협과 애니마포럼 쪽은 ’독립애니메이션‘이라는 명칭을 즐겨 사용해 온 반면, 인디 아니마 쪽은 ’단편‘ 애니메이션이라는 용어를 선호해 왔다. 그만큼 독립 애니메이션에 대한 미묘한 해석의 차이가 존재하고 있는 것이다. 한독협 산하 애니메이션 분과와 애니마 포럼이 제도권의 상업논리로부터의 독립, 대사회적 발언에 대한 적극성, 미학적 혁신을 보다 중요한 가치로 생각해 왔다면, 인디아니마는 상업 애니메이션계에 대해 좀더 친화력을 발휘해 왔다고 할 수 있다. 독립 애니메이션계의 정치적 입장이 무엇이든 간에 독립 애니메이션 진영의 독자성은 견실히 확보되지 못한 상태이다. 그렇다고 해서 독립 애니메이션 진영과 제도권 애니메이션계의 교통이 활발하게 이루어지는 것도 아니다. 현재 국내에서 독립 애니메이션 작가 및 창작그룹의 작품, 실험 단편작품, 전국 100여개 학과에 달하는 만화애니메이션 관련학과 학생들의 졸업 작품 등을 포함하면 독립단편 애니메이션 작품 수는 연간 100여 편 이상이지만, 이 가운데 산업적 연계 속에서 제작된 작품은 조범진팀의 <아치와 씨팍>(단편 애니메이션으로 투자사 A2에 의해 진행됨) 뿐이다. 창작팀에서 기획제작사로 변모해 가는 반(半)상업제작사들(예컨대 한국문화콘텐츠진흥원 창작지원실 등에 입주한 팀들)이 다수 존재함에도 불구하고 여기서도 산업계와 연계를 맺고 추진한 사업 가운데 완성사례는 드물다.
독립 애니메이션계에는 '독립애니메이션'이라는 명칭을 즐겨 사용하는 애니마 포럼 계열과 '단편 애니메이션'이라는 용어를 선호하는 인디아니마 계열로 나눌 수 있다. 두 계열의 입장이 무엇이든 간에 독립 애니메이션의 독자성은 견고히 확보되지 못한 상태이다. 현재 독립 애니메이션 작품 수는 연간 100여 편 이상이지만, 산업계와 연계를 맺고 완성된 사례는 드물다.