삼층석탑은 통일신라시대에 조성된 것으로 추정된다. 이후 절이 폐쇄되면서 1922년에 무너진 석탑을 다시 세웠다고 전한다. 그런데 국립경주문화재연구소에서 용장사 터에 위치한 불상과 석탑을 조사하는 과정에서 1922년에 복원된 삼층석탑의 기단이 제대로 맞지 않는다는 점을 확인하였다. 그래서 2001년 석탑을 해체하고 북쪽의 기단석을 남쪽으로, 동쪽의 기단석은 서쪽으로 각각 위치를 조정하여 현재 모습으로 복원하였다. 그 밖에도 탑의 위쪽으로 네모난 지대석 위에 기단석基壇石 : 비의 기초가 되는 돌이 있는 것으로 보아 작은 석탑이 있었을 것으로 추정된다. 이 밖에 강당講堂 : 불경을 강의하는 건물 터로 추정되는 곳도 확인되었다.
통일신라시대 조성된 것으로 추정된 삼층석탑이 1922년에 무너져 다시 세웠다. 그러나 복원된 탑의 기단이 제대로 맞지 않아, 석탑 해체 후 기단석의 위치를 조정해 재복원하였다.