1990년대에는 ‘생산적ㆍ자원절약형 국토이용체계의 구축, 국민복지향상, 국토환경보전을 위한 국토 및 지역개발’을 정책기조로 지방분산형 국토종합개발계획을 추진하였다. 제3차 국토종합개발계획(1992~2001)이 주된 사업으로서 지방분 선형 국토 골격을 유지하고, 생산적인 국토이용 체계의 구축 및 국민복지향상과 환경보전을 위한 국토 및 지역개발이 추진되었다. 이 시기에 농어촌발전 촉진법(1990)에 의한 농어촌 정주생활권이나 환경보전 중기계획 수립과 함께 환경정책 기본법과 환경 법제의 정비 및 환경영향평가제도가 강화되기 시작하였다. 지역개발정책은 국민의 복지 수준 균등화를 위한 개발의 활성화와 주민의 삶의 질 제고에 기여할 수 있는 자연환경의 보전에 기초함으로써 개발과 보전의 논리를 조화하는 데 역점을 두었다.
지방분산형 국토종합개발계획을 1990년대에 진행하였고, 이 시기 농어촌발전 촉진법을 바탕으로 환경정책 기본법과 환경 법제의 정비를 강화하기 시작하였다. 지역개발정책은 개발과 보전을 조화롭게 이루는 데 핵심을 두었다.