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제주항공은 7일 이스타항공 인수합병(M&A) 추진 과정에서 제주항공이 셧다운과 인력 구조조정을 지시했다는 의혹이 불거진 데 대해 “이스타 측에서 계약의 내용 및 이후 진행 경과를 왜곡 발표해 제주항공의 명예가 실추됐다”며 “신뢰가 심각하게 훼손된 것에 대해 유감을 표한다”고 밝혔다.
     제주항공은 “이스타항공의 경영상 어려움에 따라 양사 간 협의를 통해 이루어진 운항중단 조치를 마치 제주항공이 일방적으로 지시한 것처럼 매도했다”며 “당시 조업 중단, 유류 지원 중단 통보를 받아 어려움을 겪던 이스타항공을 도와주려던 제주항공의 순수한 의도를 왜곡한 것임을 명백히 밝힌다”고 강조했다.
     이스타항공은 지난 3월9일 국제선 운항을 중단한 데 이어 같은 달 24일부터는 국내선까지 아예 운항을 중단하는 ‘셧다운’에 돌입했다.
  양측은 셧다운 이후 가속화된 구조조정에 대한 책임 공방을 벌여왔다.
     이스타항공조종사노동조합은 양사 경영진 간 회의록과 녹취록을 공개하며 제주항공이 이스타항공에 3월 셧다운과 구체적인 구조조정 규모를 지휘했다고 주장했다.
  반면 제주항공은 “이스타항공의 구조조정(희망퇴직) 계획은 양사의 주식매매계약(SPA) 체결 이전부터 이스타항공이 자체적으로 준비한 사안이며, 제주항공이 이를 요구하거나 강제한 사실은 없다”고 반박했다.
    양사의 사장이 나눈 대화 녹취록에 따르면 최종구 이스타항공 대표는 통화에서 “셧다운이라는 게 항공사의 고유한 부분이 사라지는 것인데 조금이라도 영업을 해야 하지 않겠느냐”고 말했지만 이석주 당시 제주항공 대표는 “지금은 셧다운하는 것이 예를 들어 나중에 관(官)으로 가게 되더라도 이게 맞다”고 말했다.
  녹취록에서 최 대표는 “국내선 슬롯 중요한 게 몇 개 있는데 이런 게 없어지면 M&A의 실효성이 없어지는 것 아니냐”고 우려했지만, 이 대표는 “그건 저희가 각오하고 있다.
  저희가 국토부에 달려가서 뚫겠다”며 오히려 안심시키기도 했다.
   제주항공은 “노조에서 제주항공이 구조조정을 요구했다는 증거로 언론에 공개한 파일에는 구조조정 목표 405명, 관련 보상비용 52억5000만원이 기재된 엑셀 문서가 있었는데, 이는 3월 9일 12시 주식매매계약후 양사가 첫 미팅을 했고 당일 17시경 이스타항공에서 제주항공으로 보내준 엑셀파일의 내용과 완전히 동일했다”며 “이스타항공이 이미 해당 자료를 작성해뒀다는 것이며, 제주항공이 구조조정을 지시했다는 이스타 측의 주장이 거짓이라는 증거”라고 주장했다.
 
제주항공은 이스타항공과 인수합병 과정에서 제주항공이 일방적으로 지시한 것처럼 매도 돼 제주항공의 명예가 훼손된 것에 대해 유감을 표한다고 밝혔다.