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 실미도 부대에서 살아남은 김모 소대장과 상급 부대(공군 2325전대)의 최모 대위가 서류 뭉치를 불태웠다.
  이때 소각되지 않은 서류는 국군정보사령부에 넘겨졌고, 1997년 가을 보안 감사를 앞두고 이모 소령이 소각했다.
  버스 안에서 생존한 공작원 4명에 대해서는 조직적인 회유와 협박을 가했다.
  실미도사건 진상조사보고서에 따르면 ‘윗선’의 지시를 받은 김모 기간병이 공작원 4명을 만나 “조사가 들어오면 입을 다물고, 나와 같이 월남(미국과 전쟁 중이던 베트남)에 가자”고 회유했다.
  또 김 모 전 실미도 부대 파견대장은 생존 공작원에게 “실미도에서 잘 먹고 잘 있었다고 대답하라, 그러면 살려준다”고 강요했다.
  생존 공작원들은 그러나 실미도 생활을 낱낱이 증언했다.
  하지만 이들의 증언은 공군 수사당국의 ‘축소 수사’로 세상에 제대로 알려지지 않았다.
  당국은 실미도 안에서 기간병들이 공작원들끼리 동료 대여섯 명을 때려죽이도록 하거나, 공작원들의 실미도 탈출 과정에서 기간병·경찰·민간인 등이 숨진 경위조차 제대로 수사하지 않았다.
  7개월 만에 사형 집행…50년째 매장지도 숨겨공군본부 검찰부는 생존 공작원 4명에 대해 초병 한 명을 살해한 혐의만으로 군사 재판에 넘겼다.
  이 과정에서 공작원 4명을 사건 직후부터 구속했지만, 가족에게 알리지도 변호사 선임권을 고지하지도 않았다.
  국방부 과거사진상규명위는 당시 이런 축소수사로 사건의 진상이 은폐됐고, 공작원들은 변호인의 도움을 받을 권리를 마지막까지 침해당했다고 지적했다.
  군사 법원은 1심과 2심 모두 공작원들에게 사형을 선고했다.
  이후 공작원 4명은 모두 대법원에 상고하지 않았다.
  실미도 부대의 관리 책임이 있는 군 측에선 4명이 직무유기 혐의로 기소됐을 뿐이다.
  김모 공군 2325전대장(대령)이 가장 높은 직책이었고, 그나마 이모 2325전대 공작과장과 최모 2325전대 첩보통신소장 등 2명은 1심 진행 중 공소 취소 처분을 받았다.
  결국 김 2325전대장과 한모 실미도 부대장 등 2명에 대해서만 재판이 진행됐고, 이들은 각각 선고유예와 집행유예로 풀려났다.
  실미도 부대 창설을 주도하고 관리한 중앙정보부 관계자들은 수사 선상에 오르지도 언급되지도 않았다.
  1972년 3월 10일.
  서울 구로구 오류동의 공군 2325전대 안에서 공작원 4명의 사형이 비밀리에 집행됐다.
  서울 총격전 발생 7개월 만에 수사, 재판에 이어 사형까지 일사천리로 진행된 것이다.
 
생존 공작원들은 실미도 생활을 증언했지만 공군 수사당국의 축소 수사로 알려지지 않았고 당국은 실미도 탈출 과정에서 기간병·경찰·민간인 등이 숨진 경위조차 제대로 수사하지 않았다.