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패총(貝塚)이란 수렵·어로·채집에 의하여 살아온 옛 사람들이 조개를 먹은 뒤 버린 조개껍데기와 생활쓰레기가 함께 쌓여 이루어진 유적으로 조개더미라고도 한다. 신안 가거도패총은 가거도 북쪽 끝에 있는 등대의 서쪽 경사면에 있다. 이 패총은 1968년 서울대학교 인류학 조사팀에 의해 발견되었다. 처음 조사될 당시에는 연대가 신석기 후기의 것이며 서해안의 신석기유적과 관련이 깊은 것으로 보았으나 최근에는 이 유적에서 돋을무늬토기나 눌러찍은무늬토기 등이 출토되는 것으로 보아 연대가 신석기 전기까지 올라갈 수 있으며 남해안 일대에 퍼져있는 신석기시대 패총과 공통점이 많다는 것을 알게 되었다. 신안 가거도패총은 고고학계 연구가들의 귀중한 자료로서 활용가치가 있어 기념물로 지정하여 보전하고 있다.
서울대학교 인류학 조사팀에 의해 발견된 신안 가거도패총은 가거도 등대의 서쪽에 위치해 있다.