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특별시장광역시장 또는 도지사는 경제특별구역의 지정을 위하여 경제특별구역 개발계획서를 작성하여 이를 재정경제부장관에게 제출하여야 하며, 재정경제부장관은 경제특별구역위원회의 심의의결에 따라 경제특별구역을 지정하도록 하였다.경제특별구역에 입주하는 외국인투자기업에 대하여는 중소기업의사업영역보호및기업간협력증진에관한법률상의 고유업종분야에 대한 대기업의 참여 제한, 근로기준법상 유급휴일월차유급휴가 및 유급생리휴가, 파견근로자보호등에관한법률상의 파견대상업종 및 파견기간에 대하여 예외를 인정하도록 하였다.시도지사는 경제특별구역에 입주하는 외국인투자기업 및 외국인의 편의증진을 위하여 공문서를 외국어로 발간접수처리하는 등 외국어 서비스를 제공하도록 하였다.외국학교법인은 경제특별구역위원회의 심의의결에 따라 교육인적자원부장관의 승인을 얻는 경우 경제특별구역에 외국교육기관을 설립할 수 있도록 하였다.외국인은 경제특별구역위원회의 심의의결에 따라 보건복지부장관의 허가를 받거나 보건복지부장관에게 등록하는 경우 외국인전용 의료기관이나 약국을 개설할 수 있도록 하고, 외국의 의사 또는 약사 면허자는 보건복지부장관이 정한 기준에 따라 경제특별구역에 개설된 외국인전용 의료기관 또는 약국에 종사할 수 있도록 하였다.경제특별구역에 관한 정책을 수행하기 위하여 재정경제부에 경제특별구역위원회를 두고, 이를 보좌하는 실무기구로 경제특별구역기획단을 두도록 하였다.
외국학교법인은 교육인적자원부장관의 승인을 얻으면 경제특별구역에 외국교육기관을 설립할 수 있도록 하며 시도지사는 구역에 입주하는 외국인의 편의증진을 위해 외국어 서비스를 제공한다.