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법정기부금의 이월공제기간을 1년으로 하고, 지정기부금의 이월공제기간을 5년으로 연장하며, 근로자에 대해서도 이월공제를 허용하였다.이미 부과제척기간이 만료된 사업연도에 대하여 사후에 결손금이 증가된 것이 확인된 경우 그 결손금을 이후의 사업연도의 소득금액에서 공제할 수 있는지 여부가 불분명하여 법적 안정성을 침해할 소지가 있다.부과제척기간이 만료된 과세기간의 경우 해당 과세기간의 결손금이 증가한 것이 사후에 확인되더라도 그 후 과세기간의 소득금액에서 공제할 수 없도록 하였다.근로소득공제는 총급여 수준에 따라 일정비율을 공제함으로써 고소득자일수록 실제 지출한 비용에 비하여 과도한 공제가 이루어지고 있다.2012년 1월 1일 이후 발생하는 소득분부터 총급여 4천5백만원 초과분에 대한 근로소득공제율(현행 5%)을 총급여 8천만원 초과 1억원 이하분은 3%, 총급여 1억원 초과분은 1%로 조정하였다.현재 주택임차차입금 소득공제를 받기 위해서는 주택마련저축에 가입하여야 하고, 전세자금 대출이나 모기지론 상환액에 대해서는 소득공제를 하나 월세 비용에 대한 소득공제는 없어 형평성에 문제가 있다.주택임차차입금 소득공제 요건 중 주택마련저축 가입요건을 삭제하고, 부양가족이 있는 총급여 3천만원 이하의 무주택 세대주인 근로자로서 국민주택규모 이하 주택에 대한 월세금액을 지출한 경우 그 금액의 40%를 소득공제하였다.㉑간편장부대상자인 사업자가 복식기장에 따라 소득금액을 계산하는 경우 산출세액의 20%를 공제하여 복식기장을 유도하고 있으나 간편장부에 따라 소득금액을 계산하는 경우에도 산출세액의 10%를 공제해 주고 있어 복식기장 유인효과가 적다.
근로소득공제는 총급여 수준에 따라 일정비율을 공제함으로써 고소득자일수록 실제 지출한 비용에 비하여 과도한 공제가 이루어지고 있다. 2012년 1월 1일 이후 발생하는 소득분부터 총급여 4천5백만원 초과분에 대한 근로소득공제율(현행 5%)을 총급여 8천만원 초과 1억원 이하분은 3%, 총급여 1억원 초과분은 1%로 조정하였다.