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대한불교조계종 제6교구 본사인 마곡사(麻谷寺)의 대웅보전에 봉안되어 있는 불상이다. 17세기 이후 우리나라 불상의 형식으로 정착하는 석가, 아미타, 약사불의 삼세불상으로 구성되어 있다. 중앙의 석가불을 중심으로 오른쪽에 아미타, 왼쪽에 약사불이 안치되어 있다.중앙에 위치한 석가불은 항마촉지인의 수인에 왼손은 무릎에서 수평으로 뉘어 2지와 3지를 거의 직각에 가깝게 구부렸다. 아미타여래상은 중품하생인, 약사불은 반대의 중품하생인의 수인을 하였으나 약함은 놓여 있지 않다. 석가불은 오른쪽 어깨를 둥글게 덮은 변형식의 편단우견을 입었으며, 양쪽의 여래상들은 속에 편삼을 입은 모습이다.세 여래상은 착의법과 수인형식을 제외하면 거의 비슷한 형상인데 전체적으로 얼굴이 작고 신체의 비례가 짧은 작고 단정한 모습이다. 양 어깨에서 흘러내린 옷주름들이 한 번씩 반전되어 접혀져 내려오면서 대의의 끝단을 둥글게 처리한 점이나 양 무릎 밑으로 흘러내린 옷주름들이 가파른 속도감을 보이면서 양측으로 접혀져 흘러내린 모습, 왼쪽 무릎에 유난히 크게 표현된 소매자락 등이 특징적이다.머리의 육계는 밋밋하며 중간계주와 정상계주는 따로 만들어 끼워 넣었다. 얼굴은 둥글고 작으며 거의 일자에 가깝게 처리된 얇은 입술이나 구부린 손가락의 표현 등은 같은 시기 다른 불상에 비해 부드러우면서도 사실적이다.이 불상과 관련된 복장물은 아직 조사된 바 없어 정확한 조성연대는 알 수 없다. 다만 불상이 안치된 대웅보전은 각순(覺淳)대사와 공주목사 이주연(李奏淵)이 1651년에 중창한 것으로 알려져 있어 비슷한 시기에 제작되었을 가능성도 있다. 또한 이 시기인 1650～1659년 사이에 마곡사 주지를 지낸 운혜(雲惠)는 당시 유명한 조각장인으로 「사적기」에는 그가 편수를 맡았다는 기록도 있어 이 불사에 총책임을 맡았던 것으로 보인다. 따라서 이 삼세불상은 17세기 중엽에 조성된 작품일 가능성이 높다고 판단된다.공주 마곡사 대웅보전 목조삼세불상은 17세기의 시대적 특징을 보이면서도 둥글고 작은 얼굴에 짧은 비례라든지 주름의 폭이 넓으면서 그 끝단을 부드럽게 둥글게 처리한 점, 그리고 왼쪽 무릎 위에 유난히 크게 표현된 소매자락 등은 같은 시기 다른 불상과는 다른 점이다. 17세기 삼세불상을 대표하는 목조삼세불상 가운데 하나로 조형적으로 우수하고 연구가치도 높다.
공주 마곡사 대웅보전 목조삼세불상은 17세기 삼세불상을 대표하는 목조삼세불상 중 하나이다.