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이 문제를 해결하기 위해서 2006년 9월 7일 정부에서 헌법재판소장(전효숙)임명동의안을 헌법재판관 및 헌법재판소장(전효숙)임명동의(인사청문)안으로 수정한 보정서가제출되었으며, 2006년 9월 7일 제262회 국회(정기회) 제4차 특별위원회에서 참고인에 대한 신문도중, 김정훈 위원으로부터 당일 접수된 보정서 중 헌법재판관 부분은 국회법에 따라 법사위에 회부되어야 하는데 특위로 회부된 것은 잘못이라는 주장이 제기되며 논쟁이 계속되었다.간사 간의 협의로 인사청문회를 하루 더 연장하여 질의를 계속하기로 하여 2006년 9월 8일 제262회 국회(정기회) 제5차 특별위원회에서 헌법재판소재판관 및 헌법재판소장(전효숙)임명동의(인사청문)안 심사를 위한 인사청문회를 진행하였으나, 김재윤 위원 등의 거취문제 제기 등으로 논란이 계속되었고, 엄호성 위원은 헌법재판관 관련 부분을 특위로 회부한 데 대하여 국회법 제82조제2항에 대한 유권해석을 의장에게 요구하기도 하는 가운데, 결국 종합질의를 마치고 후보자가 마무리 발언을 하였다. 그러나 정회 후 속개하여 인사청문결과보고서를 채택하기로 예정된 특별위원회는 속개되지 못하였다.헌법재판소재판관(목영준)인사청문회를 실시한 2006년 9월 11일 제262회 국회(정기회) 제6차 특별위원회에서 위원장이 전효숙 헌법재판소장 인사청문 결과보고서 채택을 위한 일정협의를 간사들에게 부탁하였으나 협의되지 못하였다.헌법재판소재판관(목영준, 이동흡)인사청문결과보고서를 채택한 2006년 9월 13일 제262회 국회(정기회) 제8차 특별위원회의 산회직전 위원장은 파행으로 인하여 헌법재판소장 인사청문 결과보고서의 채택이 불발되어 유감이라고 하면서 이제 의장이 바로 본회의에 부의할 수 있는 상태가 되었다고 발언하였다.
제262회 국회 제6차 특별위원회에서는 헌법재판소재판관 인사청문회를 실시하였으며 전 헌법재판소장 인사청문 결과보고서 채택 일정은 협의되지 못했다.