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그러나 농산물의 경우 일부 진전은 있었지만 무려 300개 가량의 품목에 대하여 추가 협의가 필요하고, 섬유도 미국의 수정안이 미흡한 것으로 지적되었다.이번 임시회 회기 중 국내 동향은 다음과 같다.여야 정치권이 2년여 간 밀고 당기는 싸움 끝에 도입하기로 한 ʻ개방형 이사제ʼ 등을 담은 ʻ개정 사학법ʼ에 대하여 개신교 보수교단은 2006년 말까지 시한을 정하고 ʻ재개정ʼ을 요구하며 삭발 등 강경투쟁을 벌였다. 특히 교단 산하에 73개 초중고교가 있는 대한예수교장로회 통합(예장통합) 등 보수 교단들의 반발이 거셌다. 개방형 이사제가 도입되면 건학이념이 훼손되고 경영권이 침해되는 등 위헌적 요소를 갖고 있다는 것이 개정 사학법의 재개정을 요구하는 주된 이유였다. 그러나 정치권이 2006년 말까지 이 문제를 해결하지 못하고 결국 해를 넘기자 한국기독교총연합회(한기총), 예장통합, 한국교회연합을 위한 교단장협의회(교단장협) 등을 중심으로 재개정을 촉구하는 대규모 기도회가 2007년 2월과 4월 영락교회와 여의도순복음교회에서 잇따라 열렸다.2월 이노메디시스의 비소세포성 폐암 치료제 ʻ이노락ʼ이 항암 세포치료제로는 세계 최초로 시판 허가를 받았다. 뒤이어 크레아젠이 개발한 신세포암 치료제 ʻ크레아박스RCCʼ, 이노셀의 간암 치료제 ʻ이뮨셀LCʼ, 엔케이바이오의 악성림프종 치료제 ʻ엔케이엠주사제ʼ 등 4종의 항암 면역세포 치료제가 임상실험을 추후 마무리하는 것을 조건으로 시판허가를 받았다.
보수 교단들은 개방형 이사제 도입에 대해 반발하고 위헌적 요소를 갖고 있다며 개정 사학법의 재개정을 요구했다.