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2006년 선진 안전관리프로그램인 우수농산물관리제(GAP; Good Agricultural Practice)를 도입함에 따라 기존에 운영하던 농산물 인증제도를 정비할 필요가 있다.제도 도입의 목적을 달성한 농산물품질인증제를 농산물의 안전성 확보와 농업환경 보전을 위하여 농산물의 생산, 수확 후 관리 및 유통 전 단계에서 위해요소를 관리하는 농산물우수관리제도로 개편한다.외국의 인증기관과 국내의 인증기관간 경쟁하지 않도록 현행과 같이 외국의 인증기관은 수입되는 농산물에 대한 우수관리인증을 하도록 하였다.국내 농산물우수관리제도가 제대로 정착이 이루어지지 않은 초기임을 감안할 때 국내 인증기관의 활성화에 도움이 될 것으로 기대된다.이력추적관리제도가 농산물의 생산단계부터 판매단계까지 이력의 기록관리가 핵심임을 감안할 때 이력추적관리 농산물을 취급하는 생산․유통 및 판매자에게 이력추적관리기준을 준수토록 하되, 표시․포장을 변경하지 않는 단순 유통․판매자는 제외하였다.현실적으로 기록유지가 어려운 노점․행상 등 영세업자에게는 기록관리 준수의무를 제외함으로써 동 제도가 활성화될 것으로 기대된다.지리적표시 등록거절사유에 상표법에 따른 상표와의 권리가 상충되는 부분을 정비하고, 지리적표시 등록거절사유가 없는 경우 신청자뿐만 아니라 일반인도 알 수 있도록 공고․열람 및 이의신청의 근거를 마련하였다.선출원 중인 상표 및 품종명칭과의 분쟁방지를 위해 지리적표시권의 효력이 미치지 아니하는 범위에 지리적표시 등록신청서 제출 이전에 출원되어 심사중인 상표 및 품종명칭도 포함하도록 하였다.
우수농산물관리제를 도입함에 따라 농산물품질인증제를 농산물우수관리제도로 개편하고 외국의 인증기관은 수입되는 농산물에 대한 우수관리인증을 하도록 하였다.