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금옹 김학배(1628∼1673)와 적암 김태중(1649∼1711)의 학문과 덕행을 추모하고 이를 계승하고자 세운 서당이다. 김학배는 조선 후기 문신이다. 현종 4년(1663) 과거에 급제하고 벼슬이 예조좌랑에까지 이르렀다. 학문과 후학양성에도 정성을 다하였으며, 저서로는 『금옹문집』이 있다. 김태중은 김학배의 제자로 오로지 학문 연구와 후진양성에 힘썼다. 운곡은 김학배가 운계초당을 지어 김태중을 비롯한 문생들에게 학문을 전수한 유서깊은 곳이다. 그런데 초당을 지은지 3년 뒤에 김학배가 금양으로 이사하여 18년간 비어 있었다. 이에 숙종 16년(1690) 김태중이 운곡초당을 수리하여 학문과 후진양성에 주력하였다. 영조 37년(1761) 후생들이 앞면 4칸·옆면 2칸 규모의 서당을 다시 세우고 운곡서당이라 하였다.
18년간 비어있던 운곡초당은 1690년에 수리되었고 이후 1761년에 후생들이 재건축하며 운곡서당이라 하였다.