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상임위원회 인사청문17대 국회에서 소관 상임위원회별로 실시하는 인사청문회는 제16대 국회부터 실시하고 있는 국가정보원장국세청장검찰총장경찰청장은 물론 국무위원 전부와 대통령이 임명하거나 대법원장이 지명하는 헌법재판관중앙선거관리위원까지 확대하여 인사청문회가 제도화되었다. 제17대 국회 임기 동안 국가정보원장 후보자 2인, 국세청장 후보자 3인, 검찰청장 후보자 3인, 경찰청장 후보자 3인, 국무위원 후보자 27인에 대해 상임위원회의 인사청문회가 실시되었다.이중 국회법 개정으로 헌정사상 처음으로 2006년 2월 9일 김우식 부총리 겸 과학기술부 장관 후보자를 비롯한 국무위원들을 대상으로 인사청문회가 3일간의 일정으로 진행되었다는 점은 특기할 만한 사안이다. 국무위원 인사청문회는 민생과 직결된 정책을 책임지는 자리에 있으면서도 정작 인사검증에서 빠져있던 국무위원을 공개적으로 검증함으로써 정부 인사시스템을 한 단계 높이는 계기가 되었다. 하지만 사회 일각에서는 청문회가 생산적이고 대안을 제시하는 자리가 되지 못한 채 통과의례가 되어버렸다는 지적과 함께 또다시 여야의 정쟁으로 점철되었다는 비판이 동시에 제기되었다. 처음 열린 인사청문회의 결과에 대한 여야의 인식 차이도 극명하게 달랐다. 열린우리당은 청문회가 내정자의 흠결 들추기에만 치중한 탓에 본질적 문제인 정책 비전, 주요 현안에 대한 해결 방향 등 정책 검증은 뒷전에 밀렸다고 비판하였다. 열린우리당은 “인사청문회제도를 지금같이 해선 안 된다”며 개선을 요구하였다. 반면 한나라당은 부적격한 장관 후보자들을 내정하였다며 대통령과 여당 측에 비판을 가하고 철회를 요구하였다. 한나라당의 이재오 원내대표는 “만약 부적격 판정을 받은 내정자를 그대로 임명할 경우 국회 상임위원회에서 상당히 어려움을 겪을 것”이라며 “장관 청문회도 해당 상임위가 적격여부를 의결하고 대통령이 이를 존중하도록 하는 관련법 개정을 추진할 것”이라고 말하였다.
국무위원 인사청문회는 정부 인사시스템을 한 단계 높이는 계기가 되었으나 사회 일각에서는 청문회가 또다시 여야의 정쟁으로 점철되었다는 비판이 동시에 제기되었다.