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북한산성 수구문지 주변에 있다. 임진왜란과 병자호란 등 거듭된 외침이 일어나자 조정에서는 도성 외곽방어를 위해 천연의 요새인 북한산에 산성을 축성해야 한다는 의견이 대두되었다. 거듭된 논의 속에 1711년(숙종37) 북한산성 축성을 결정하여 그해 4월부터 9월까지 공사가 진행되었다. 축성공사는 훈련도감, 금위영, 어영청 등 삼군문의 병사들이 주도적으로 추진했지만, 이외에도 전국 사찰의 많은 승려가 동원되었다. 축성 후 산성 방어와 관리를 위해 성내에 승군이 주둔할 수 있는 11개의 사찰이 건립되었다. 이들 사찰에는 군사관련 시설과 함께 승장 11인, 수승 11인, 의승 350인 등을 두었다. 승려들은 각도의 승려들 중에서 차출하여 2개월씩 교대로 산성방어를 담당하였다.서암사의 승려들은 가까이 있는 수문 일대의 방어를 주로 담당했다. 이러한 역할은 1894년 승군제도가 폐지될 때까지 약 200여 년간 지속되었다. 일제강점기까지 남아있었던 서암사는 1925년 대홍수 때 매몰되어 폐사 되었다고 한다. 발굴 조사 결과 만 여평의 절터에는 대웅전과 산신각, 세심루, 군기고가 있었던 것으로 확인되었다. 조선시대의 수파문 기와편과 청화백자편, 명문기와, 백자편 등이 출토되었다.
일제강점기 때까지 남아있었던 서암사에는 산신각과 대웅전 등이 있었던 것으로 확인되었다.