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정혜사 대웅전에 봉안된 목조석가여래삼불좌상은 중앙에 석가여래을 두고 좌우에 아미타여래과 약사여래를 배치한 삼세불의 형식이다. 나무로 만들고 그 위에 금을 입힌 목조불상으로 현재 파손된 부분이 거의 없어 보존상태가 좋은 편이다. 그러나 삼세불상에 대해서는 관련 자료가 남아 있지 않아 유래과정이나 조성시기를 정확하게 알 수 없다. 정혜사 대웅전 목조삼세불상은 얼굴표현이나 신체비례, 착의법 등에서 예산 수덕사 대웅전 삼세불(보물 제1381호)을 비롯하여 서산 문수사 극락보전 삼세불, 논산 쌍계사 대웅전 삼세불(보물 제1851호), 공주 마곡사 대웅보전 삼세불(충남 유형문화재 제 185호), 공주 동학사 대웅전 삼세불(보물 제1719호) 등 17세기 충청남도에서 조성된 불상의 특징을 보여준다. 특히 상체가 크고 다리가 빈약하게 처리된 점이나 얼굴이 장방형이면서 양 볼이 불룩한 점, 석가불상의 왼쪽 어깨에서 팔을 따라 오른쪽 팔꿈치로 이어지는 옷주름 표현 등은 조각승 법령이 1629년에 조성한 군산 은적사 목조석가삼존불상과도 매우 유사하다. 이에 정혜사 목조삼세불상은 전체 형태와 특징 등에서 17세기의 이른 시기에 해당하는 법령스님의 작품으로 추정된다. 17세기 전반에 형성된 법령의 불상양식은 17세기 후반에 전라북도와 충청남도를 중심으로 독자적인 불상양식을 형성하는데 중요한 기반이 되었다.
정혜사 대웅전에 봉안된 목조석가여래삼불좌상은 중앙에 석가여래을 두고 좌우에 아미타여래과 약사여래를 배치한 삼세불의 형식이다. 나무로 만들고 그 위에 금을 입힌 목조불상으로 현재 파손된 부분이 거의 없어 보존상태가 좋은 편이다.