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상임위원회 인사청문회18대 국회 상임위원회에서는 16대 국회에서부터 실시하였던 국가정보원장, 검찰총장, 경찰청장은 물론 17대 국회에 확대하여 실시하게 된 모든 국무위원과 대통령이 임명하거나 대법원장이 지명하는 헌법재판관, 중앙선거관리위원 등까지 인사청문회를 실시하였다(국회법 제65조의 2항 참조).이 규정에 따라 18대 국회 상임위원회에서 인사청문회를 실시한 건수는 57건이며, 위원회별로는 국회운영위 2건을 비롯하여 법제사법위 7건, 정무위 1건, 기획재정위 4건, 외교통상통일위 3건, 국방위 5건, 행정안전위 12건, 교육과학기술위 1건, 문화체육관광방송통신위 5건, 농림수산식품위 2건, 지식경제위 5건, 보건복지위(보건복지가족위) 2건, 환경노동위 4건, 국토해양위 1건, 정보위 1건, 여성가족위(여성위) 2건 등이다. 상임위원회의 인사청문회에서 쟁점이 있어 야당이 인사청문경과보고서 채택을 반대하거나 공직후보를 사퇴한 사례가 발생하였다. 2009년 2월 10일 제281회 국회(임시회) 제3차 외교통상통일위원회에서는 통일부장관 현인택 후보자에 대한 부동산투기 의혹 등이 있어 민주당 소속의원 등이 퇴장한 가운데 인사청문경과보고서를 채택하였다.법제사법위원회는 2009년 7월 13일 제283회 국회(임시회) 제5차 위원회에서 천성관 검찰총장 후보자에 대한 인사청문회를 실시하였으나, 개인비리 의혹 등이 제기되자 7월 14일 후보를 자진하여 사퇴했다.
상임위원회의 인사청문회에서는 현 후보자에 대한 부동산 투기 의혹으로 야당이 인사청문경과보고서 채택을 반대하거나 천 후보자가 공직후보를 사퇴한 사례가 발생했다.