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대검찰청은 3월 13일 국회 재정경제위원회가 고발한 외환은행 헐값 매각 의혹 사건을 중수부에 배당하고 본격적인 수사에 착수하였다. 론스타가 2003년 8월 17일 외환은행을 공식 인수하고 경영권 양도에 관한 본 계약을 맺은 지 1년 7개월여 만의 일이었다. 수사는 국회가 고발한  ʻ외환은행 매각 비리 사건ʼ 국세청과 금융감독원이 고발 또는 통보한 ʻ탈세 및 업무상 배임 사건ʼ 금감위가 넘긴 ʻ외환카드 주가조작 사건ʼ 등 세 갈래로 나뉘어 진행되었다.검찰은 론스타 한국 사무실을 압수수색하여 총 920상자 분량의 서류철을 확보하고 이를 분석하며 전현직 경제부총리 5명을 조사하는 등 9개월 가까이 수사를 진행하였다. 검찰은 론스타의 외환카드 주가조작 혐의를 밝혀내는 등 일부 성과를 거두었다. 하지만 외환은행 헐값 매각이 변양호 전 재정경제부 금융정책국장과 이강원 전 외환은행장이 주도한 것으로 결론을 내리고, 이들을 사법처리하는 선에서 수사를 끝냈다. 외환은행 매각 과정에 변 전국장의 윗선이 관여했을 것이란 의혹은 끝내 규명하지 못하여 ʻ반쪽 수사ʼ라는 비판을 받았다.검찰과 법원의 갈등이 외환은행 헐값매각 의혹이나 사행성 게임비리 등 검찰이 수사한 주요 사건에서 피의자들에 대한 구속영장이 무더기로 기각되면서  표면화되었다. 수사 방해나 다름없다는 검찰의 반발과 무리한 강제수사를 견제하여 피의자의 방어권을 보장하도록 한다는 법원의 논리가 맞서면서 불붙은 법원검찰 갈등은 9월 “검사의 수사기록은 던져버려야 한다”는 이용훈 대법원장의 발언을 계기로 ʻ폭발 수준ʼ에 이르렀다. 정상명 검찰총장의 유례없는 유감표명에 ʻ말실수ʼ를 인정한 이 원장의 간접 사과로 진정되었다. 그러나 양 기관의 충돌은 11월 론스타 경영진의 체포영장 기각과 이에 불복하는 검찰의 준항고 제기로 다시 고조되었다.
검찰은 론스타의 외환카드 주가조작 혐의를 밝혀내는 등의 일부 성과를 거두었지만 외환은행 매각 과정에서의 의혹을 규명하지 못하여 반쪽 수사라는 비판을 받았다. 