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하한 정국은 대통령의 인사권 행사를 둘러싼 당청 갈등으로 몸살을 앓았다. 노무현 대통령이 7월 3일 핵심측근인 김병준 전 청와대 정책실장을 교육부총리로 기용하자, 여당 내에서는 ʻ코드인사ʼ, ʻ회전문인사ʼ 논란이 제기되며 또다시 반발기류가 형성되었다. 당 지도부는 “인사권은 행정부 수반인 대통령의 고유권한”이라며 당내 반발을 수습하고, 국회 인사청문 절차도 무난히 치러냈으나 이는 당청 인사갈등의 예고편에 불과하였다. 여권 내에서 또다시 김 부총리 문제가 부상하면서 당청 인사 갈등이 본격화되기 시작하였다. 김 부총리가 국민대 교수 재직시절 제자의 설문조사 내용을 자기 논문에 그대로 인용했다는 표절의혹에 논문 이중게재 의혹까지 겹치면서 여당 내에서 사퇴압박 여론이 급속히 고조되었다. 결국 김 부총리는 8월 1일 국회 교육위원회에서 청문회 형식의 ʻ소명절차ʼ를 밟은 뒤 2일 사의를 표명하여 사태를 해결하였다.김 부총리 사퇴 이후 한숨 돌린 당청은 다시 문재인 전 청와대 민정수석비서관을 법무부장관으로 기용하려는 것을 둘러싸고 대립의 날을 세웠다. 여당은 8월초 내정단계에서 거론된 문 전 수석에 대한 ʻ비토(반대)론ʼ을 공식 제기하였다. 이에 청와대가 공개적인 반박을 가하면서 갈등의 파고는 다시 높아졌다. 그 후 노 대통령과 당 지도부는 8월 6일 오찬회동을 갖고 “인사권이 대통령의 고유권한이되, 당의 의견을 경청한다”는데 합의하여 파국의 위기를 넘겼다. 여권은 당정청 간 소통의 활성화를 위하여 한명숙 총리, 열린우리당 김근태 의장, 김한길 원내대표, 청와대 이병완 비서실장이 참여하는 ʻ4자회동ʼ을 가동하였다.
노 대통령이 핵심 측근인 김 정책실장을 교육부총리로 기용하여 반발 기류가 형성되자 대통령의 인사권은 고유권한이라며 당 지도부는 당내 반발을 수습했다.