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법정기부금의 이월공제기간을 1년으로 하고, 지정기부금의 이월공제기간을 5년으로 연장하며, 근로자에 대해서도 이월공제를 허용하였다.이미 부과제척기간이 만료된 사업연도에 대하여 사후에 결손금이 증가된 것이 확인된 경우 그 결손금을 이후의 사업연도의 소득금액에서 공제할 수 있는지 여부가 불분명하여 법적 안정성을 침해할 소지가 있다.부과제척기간이 만료된 과세기간의 경우 해당 과세기간의 결손금이 증가한 것이 사후에 확인되더라도 그 후 과세기간의 소득금액에서 공제할 수 없도록 하였다.근로소득공제는 총급여 수준에 따라 일정비율을 공제함으로써 고소득자일수록 실제 지출한 비용에 비하여 과도한 공제가 이루어지고 있다.2012년 1월 1일 이후 발생하는 소득분부터 총급여 4천5백만원 초과분에 대한 근로소득공제율(현행 5%)을 총급여 8천만원 초과 1억원 이하분은 3%, 총급여 1억원 초과분은 1%로 조정하였다.현재 주택임차차입금 소득공제를 받기 위해서는 주택마련저축에 가입하여야 하고, 전세자금 대출이나 모기지론 상환액에 대해서는 소득공제를 하나 월세 비용에 대한 소득공제는 없어 형평성에 문제가 있다.주택임차차입금 소득공제 요건 중 주택마련저축 가입요건을 삭제하고, 부양가족이 있는 총급여 3천만원 이하의 무주택 세대주인 근로자로서 국민주택규모 이하 주택에 대한 월세금액을 지출한 경우 그 금액의 40%를 소득공제하였다.㉑간편장부대상자인 사업자가 복식기장에 따라 소득금액을 계산하는 경우 산출세액의 20%를 공제하여 복식기장을 유도하고 있으나 간편장부에 따라 소득금액을 계산하는 경우에도 산출세액의 10%를 공제해 주고 있어 복식기장 유인효과가 적다.
근로소득공제는 고소득자일수록 지출한 실제 비용보다 과도한 공제가 이뤄지고 있어 2012년 1월 1일 이후부터 발생하는 소득분에 대한 근로소득공제율을 조정하였다.