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김종직의 학문과 덕행을 기리고 지방민의 유학교육을 위하여 지은 서원으로 조선 명종 22년(1567)에 짓고 위패를 모셨다. 임진왜란으로 불탄 것을 선조 39년(1606)에 다시 지었다. 인조 12년(1634)에는 이름을 예림서원으로 바꾸고, 박한주와 신계성을 더하여 모셨다. 숙종 6년(1680)에 지금의 위치로 옮겨지었다.  현종 11년(1670)에는 사액을 받아, 나라에서 공인과 경제적 지원을 받았다. 고종(재위 1863∼1907) 때 서원철폐령으로 헐리었다가 고종 11년(1874)에 강당을 짓고 예림재라 하였으며, 다시 예림서원으로 복구하여 오늘에 이르고 있다.  건물의 구조는 교육공간은 앞에, 제사공간은 뒤에 위치한 전학후묘의 배치를 하였다. 사당인 육덕사와 유생들의 모임 및 학문을 닦는 곳인 강당, 생활공간인 돈선재와 직방재, 그리고 전사청, 독서루 등이 남아있다. 김종직의 저서인 『이존록』과 『점필재문집』의 목판이 보관되어 있다.
김종직을 기리고 지방민의 유학교육을 위한 서원의 구조는 교육공간과 제사 공간을 전학후묘로 배치했고 김종직의 저서의 목판이 보관되어 있다.