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조선 시대의 학자인 조욱(趙昱, 1498년-1557년)의 학문과 덕행을 기리기 위해 세운 서원이다. 서원이 언제 건립되었는지는 기록마다 차이가 있지만, 일반적으로 그의 제자들이 1654년에 세웠다고 한다. 그리고 1714년 ‘용문서원(龍門書院)’으로 사액(賜額 ;조선 시대에 임금이 사당이나 서원 등에 이름을 지어 새긴 편액(扁額)을 내리던 일)이 되었다. 이후 기록인 <운계서원지(雲溪書院誌)>  에 의하면, “1838년에 임금이 용문사(龍門寺)에 행차했다가, 용문서원이 사찰 이름과 같다고 하여 ‘운계서원’으로 이름을 바꾸게 되었다”라고 기록되어 있다. 이 서원은 고종의 서원철폐(書院撤廢 ; 1871년 전국의 47개소 서원(사우 포함)만 남기고 모두 없앰)령으로 없어졌다가, 이후 여러 차례 다시 지었다고 한다. 이후 1932년에 조욱의 후손과 유림들이 서원을 복원하고 매년 조욱의 생일인 음력 8월 21일에 제사를 지내고 있다. 현재 서원에는  재실(齋室)과 사당 건물만 남아있으며 재실은 사당의 출입문으로도 사용된다. 사당은 앞면 3칸, 옆면 2칸 규모로, 지붕은 옆면에서 볼 때 ‘八(여덟 팔)’자 모양인 팔작지붕을 하고 있다.
이후 기록인 <운계서원지(雲溪書院誌)> 에 의하면, “1838년에 임금이 용문사(龍門寺)에 행차했다가, 용문서원이 사찰 이름과 같다고 하여 ‘운계서원’으로 이름을 바꾸게 되었다”라고 기록되어 있다. 조선 시대의 학자인 조욱(趙昱, 1498년-1557년)의 학문과 덕행을 기리기 위해 세운 서원이다.