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남지장사는 통일신라 신문왕 4년(684)에 양개조사가 세운 절이라고 전한다. 조선시대에 고승 무학대사가 수도한 곳이기도 하며, 사명대사가 임진왜란 때 승병들의 훈련장으로 사용하기도 하였다. 그 뒤 임진왜란 때 불탔던 것을 효종 4년(1653) 인혜대사가 청련암과 함께 다시 세웠으나, 순조 6년(1806)에 또 화재를 2년 뒤 다시 세웠다고 한다. 청련암은 법당과 생활공간의 기능을 겸한 특이한 평면을 가진 건물로, 앞면 3칸·옆면 2칸 규모이다. 그러나 실제로 법당의 기능보다 강당의 기능을 가진 건물로 ‘인법당’으로도 부르고 있다.  남지장사 청련암은 부분적으로 옛 건축수법을 간직하고 있는 소박한 구조의 건물이다.
남지장사는 684년 양개조사가 세웠다고 추정되며 사명대사에 의해 임진왜란 때 승병들의 훈련장으로 이용됐다.