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보문사 극락보전 오른쪽에 서 있는 3층 석탑으로, 고려 명종 15년(1185) 승려 지눌이 절을 새단장하면서 나한전의 본존불인 석가여래상을 증명하기 위해, 당시 경내의 운계암 뜰에 이 탑을 세웠다 한다. 땅 위에 커다란 자연석 암반을 두어 바닥돌을 삼고 그 위에 2층 기단(基壇)과 3층의 탑신(塔身)을 올린 독특한 모습이다. 위·아래층 기단과 탑신부의 각 층 몸돌에는 기둥모양을 조각하였다. 지붕돌은 밑면에 4단씩의 받침을 두었으며, 네 귀퉁이에서 위로 들려 있다. 형식적으로 통일신라의 일반적인 양식을 따르고 있으나, 기단의 기둥조각 수가 줄고, 지붕돌 받침수가 4단으로 줄어드는 점 등으로 보아 고려시대에 세운 것으로 보인다.
고려시대에 세운 것으로 보이는 보문사 극락보전 오른쪽에 서있는 3층 석탑은 승려 지눌이 나한전의 보존불인 석가여래상을 증명하기 위해 세웠다.