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 공공기관(340개)도 중대본ㆍ인사처 등을 중심으로 마련된 복무 관련 각종 지침을 기관 특성에 맞게 시행 중이다.
 코로나19 확산 방지를 위해 유연‧재택근무, 시차출퇴근제, 점심시간 교차제 등을 활용하여 근무밀집도를 최대한 완화하고,
 기관별 특성에 맞는 대응 절차(매뉴얼) 수립 후 대응 조치 실시 및 비상대응체계 구축 등을 통해 대처해 나갈 계획이다.
 지방공사공단, 지방출자출연기관 등 지방공공기관에서는 사회적 거리 두기 단계에 따른 대응 지침을 바탕으로 지방자치단체 주도로 거리 두기를 적극 시행 중이다.
 근로자의 근무 유연화(재택근무, 시차출퇴근 등), 보유관리 중인 다중이용시설 방역소독 및 휴관 등을 통해 기관 내외 밀집도 완화를 위해 노력하고 있으며,
 기관별 업무특성여건을 고려하여 자치단체 주도 기관 이행실적을 점검해 나가는 한편, 사회적 거리 두기를 적극 이행할 수 있도록 지속 관리해 나갈 예정이다.
 보건복지부 중앙사고수습본부(본부장: 박능후 장관)는 수도권 사회적 거리 두기 2단계 격상조치에 따른 이동량 변동 사항을 파악하기 위해 휴대폰 이동량, 카드매출 자료, 대중교통(지하철, 버스, 택시) 이용량을 분석하였다.
 분석 결과 8월 16일(일) 수도권 사회적 거리 두기 2단계 격상 조치 이후 두번째로 맞이한 주말(8월 29일∼8월 30일)동안의 휴대폰 이동량은 거리 두기 격상 직전 주말(8월 15일~8월 16일) 대비 25.2%(844만건) 감소한 것으로 나타났다.

코로나19 확산 방지를 위해 근무밀집도를 최대한 완화하고 기관별 특성에 맞는 대응 절차 수립 등을 통해 대처해 나갈 계획이다.