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 출퇴근시간 할인은 당초 출퇴근 이용자의 요금부담을 완화하고 교통량을 분산하기 위해 도입되었으나,
  혼잡시간할인(7∼9시, 18시∼20시/ 20%), 비혼잡시간할인(5∼7시, 20∼22시/ 50%)
 차량이 많은 시간에 통행요금이 비싼 미국, 프랑스, 독일 등 해외국가와 달리, 혼잡한 시간에 오히려 요금을 ‘할인’해주다 보니 승용차 이용을 유도하게 됨에 따라 대중교통 이용 활성화정책 등과 배치되는 문제가 있다고 밝혔고,
 과거와 달리 유연근무 확대 등에 따라 ‘출퇴근 시간’의 범위가 모호해진 점도 고려할 필요가 있다고 덧붙였다.
 특히, 출퇴근시간 할인은 20km 미만의 단거리 운행 차량에 대해서만 적용되다보니, 수도권 남부 등 특정지역에 혜택이 집중되어 지역 간 형평성에 맞지 않는다는 비판도 있다고 설명했다.
 주말 여가 장려정책, 대중교통 이용 활성화 정책과의 연계성 제고를 위해, ‘주말공휴일 요금할증’은 폐지하고 ‘출퇴근 할인’을 단계적으로 축소할 필요가 있다고 제안했다.
 신규 제도 도입 검토(안)
 화물차의 경우 과적을 하거나 적재물을 제대로 싣지 않고 운행하면서 도로파손 또는 낙하물 사고 등을 유발함에 따라, 불필요한 사회 비용을 낭비하고 고속도로의 교통안전을 저해하고 있다.
 여론조사 결과 등도 반영하여, 교통안전 강화를 위해 상습적인 과적 또는 적재불량 화물차에 대해서는 ‘심야시간 화물차 할인’을 한시적으로 제외할 필요가 있다고 제안하면서,
 아울러, 사회여건 변화 등을 고려하여 전기수도철도 등 공공요금 감면 사례와 같이, 3명 이상 다자녀 가구 차량의 통행요금을 할인하는 방안을 도입할 필요가 있다고 설명했다.

출퇴근 시간 할인은 지역 간 형평성에 맞지 않다는 비판이 있으며 주말 공휴일 요금 할증은 폐지하고 출퇴근 할인을 축소할 필요가 있다고 제안했다. 