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 농림축산식품부(장관 김현수, 이하 “농식품부”)는 농업환경보전프로그램사업이 생물다양성과 생태환경 보전개선에 미치는 효과를 객관적으로 평가하고자 ‘농업분야 생태환경 조사평가 기준 및 매뉴얼(안)’을 마련하였다.
  농업환경보전프로그램사업 : 영농과정에서 발생하는 수질토양생태계 등의 오염이 최소화될 수 있도록, 농업인 등을 대상으로 농업환경보전 인식 제고 및 환경보전형 영농활동 컨설팅실천 등 지원
 동 매뉴얼은 농업생산활동이 생태환경에 미치는 영향을 조사하고, 그 결과를 객관적으로 평가하는 기준으로, 그간 이러한 방법 부재로 관련 사업 성과평가 등에 어려움을 겪어 왔었다. 
 일본의 경우 농업환경보전프로그램사업과 유사한 사업을 이미 2006년부터 추진하고 있으며, 동 사업이 생태환경에 어떤 영향을 끼치는지 평가하고자 2012년 부터 관련 매뉴얼을 운용하고 있다.
  환경보전형 농업직접지불사업(농업 유래 환경부하 경감, 지구 온난화 방지 및 생물다양성 보전 등에 효과가 있는 농업생산 활동 지원)
  농업에 유용한 생물다양성의 지표생물 조사 및 평가 매뉴얼(`12년), 조류 친화적 논을 알 수 있는 생물다양성 조사평가 매뉴얼(`18년)
 생태환경 조사평가는 우선 사업대상지 내 특정 농경지별로 다양한 지표생물을 채집하여 개체수 등을 조사한 후 그 결과를 지표생물별로 점수화(scoring)하고,
  논벼, 밭–고추, 과수원사과
 해당 점수와 발견된 지표생물의 종(種)수 등을 종합하여 생물다양성과 생태환경에 대한 양호도를 등급화(grading)하는 과정을 거쳐 이루어진다.

농림축산식품부는 농업생산활동이 생태환경에 미치는 영향을 조사하고 그 결과를 객관적으로 평가하는 기준이 부재 했던 농업분야 생태환경 조사평가 기준 매뉴얼을 마련하였다.