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 의료기관에서 백신을 공급 받은 이후에는 지정의료기관내 백신 접종 사정에 따라 어르신과 만 13∼18세 백신을 혼용하여 접종 할 수 있습니다.
 생후 6개월∼만 12세 어린이 예방접종은 의료기관에서 백신을 구매하여 접종한 후 백신비를 상환받는 방식으로 국가가 백신을 공급하는 총량구매현물공급 백신을 동 대상자에게 사용하실 수 없습니다.
 그럼에도 구하지 못하는 경우에는 관할 보건소에 백신 추가배정을 요청하실 수 있습니다. 요청 받은 보건소에서는 지역내 접종률, 수급현황 등을 고려해 추가배정 여부를 결정하고 지자체 및 질병관리본부가 보유한 백신으로 공급 받을 수 있습니다.
 추가 배정된 백신을 공급받은 지정의료기관은 예방접종 내역 전산등록 시, 배정된 수량만큼 백신비가 신청되지 않습니다.
 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률제32조 및 시행령 제20조에 따른 예방접종의 실시기준 및 방법에 관한 고시에 따라 지정의료기관의 의료인(의사)은 사업 실시 이전에 예방접종업무에 관한 교육과정을 이수해야 합니다. 
 지정의료기관 내 모든 예진의사가 질병관리본부 교육시스템 내 대상자별 예방접종 전문교육을 이수해야 합니다. 또한, 예진의사가 바뀐 경우에도 다시 교육을 반드시 이수하여야 하며, 예진의사 외 의료기관 종사자들도 교육을 이수해야 합니다.
 현 근무기관이 국가예방접종 지원사업 대상별 신규 참여기관일 경우에는 기본교육을 다시 이수해야 하고, 현 근무기관이 기존 사업 참여기관일 경우에는 이전 기관에서 이수한 보수교육 수료증의 수료번호 확인으로 사업 참여가 가능합니다. 
  단, 이전 기관에서 등록한 해당의사 교육수료 정보는 삭제해야 하며 교육 이수 후 2년이 경과하지 않아야 가능합니다(예진의사는 질병관리본부 교육시스템 내 국가예방접종 지정의료기관 교육을 2년마다 이수해야 함).

감염병 예방 및 관리에 관한 법률 및 시행령에 따라 지정의료기관의 의사는 예방접종업무에 관한 교육과정을 모든 예진의사는 대상자별 예방접종 전문교육을 이수해야 한다.