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 이어서, 연안여객선사가 자체 신용도를 바탕으로 여객선 건조비의 최대 40%까지 조달해야 했던 민간금융 부담분을 20%로 축소하되, 이 부분에 대해서는 한국해양진흥공사의 보증을 통해 선사의 열악한 신용도를 보강하여 민간 자본 조달 부담을 완화해줄 예정이다. 
 아울러, 자기부담 10%를 제외한 나머지 40%는 산업은행이 나서서 저금리로 대출을 진행할 예정이다. 이를 통해 신용도가 낮은 선사도 여객선 신조가 가능해지고, 신용도가 높은 선사는 오히려 금리 부담이 줄어들 것으로 예상된다. 
< 연안선박 현대화펀드 구조 >
  민간대출 시 한국해양진흥공사 보증 시행
 연안여객선 현대화 지원사업 구조 개편으로 여객선 신조를 희망하는 선사들의 부담이 줄어들어 연안여객선 국내 건조 물량이 확대될 것으로 예상된다. 이를 통해 국민들이 안전하고 편안한 여객선을 이용하는 것은 물론이고 장기적으로는 지역의 중소 조선업계와 상생체계를 구축할 수 있을 것으로 기대된다. 
 
 김준석 해양수산부 해운물류국장은 “연안여객선 현대화펀드 지원이 여러 결실을 보여주면서 업계의 관심이 높다.”라며, “사업 구조를 개편하여 여러 연안여객선사들이 안전하고 편안한 여객선을 용이하게 건조할 수 있도록 하겠다.”라고 말했다.
 사업 개요
 (선박건조) 정부 출자를 통해 현대화 펀드를 조성하고 금융기관 대출(선박담보) 및 선사부담을 결합하여 선박대여회사(SPC) 설립 및 선박 건조
   개별선박 발주 시 각각 선박대여회사 설립
 (운영․상환) 선박대여회사가 선주가 되어 선사와 장기 용선계약(BBCHP, 15년) 체결, 선사는 용선료를 지불하여 투자금 상환
< 연안선박 현대화펀드 구조 >
 세부 운영방안
 지원 대상/기간 : 연안여객‧화물운송사업자/ ’16~, 1,530억원 출자
 지원 선종 : 카페리, (초)쾌속선 등
 
 자금 상환 기간 : 3년 거치 12년 분할상환
< 현대화펀드 도입 이후 지원 현황(’16~) > 
 (1호 선박) 한일고속 실버클라우드호(완도↔제주)
 (2호 선박) 한일고속 골드스텔라호(여수↔제주)
 (3호 선박) 에이치해운 썬라이즈제주(녹동↔성산포)
 (4호 선박) 씨월드고속훼리 퀸제누비아(목포↔제주)

여객선 민간금융 부담분을 20%로 줄이고 자기 부담 10%를 제외한 나머지 40%는 산업은행이 저금리로 대출을 진행하며 이를 통해 신용도가 낮은 선사도 여객선 신조가 가능해진다.