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 교육부(부총리 겸 교육부장관 유은혜)는 8월 10일(월) 서울특별시교육청(교육감 조희연, 이하 ‘서울시교육청’)의 휘문고등학교(교장 최정환, 이하 ‘휘문고’) 자율형 사립고등학교(이하 ‘자사고’) 지정 취소 동의 신청 결과를 발표했다.
 서울시교육청은 학교법인 휘문의숙 및 휘문고 관계자들에 의한 회계부정은 법령에 명시된 “거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 회계를 집행한 경우”에 해당한다고 보아 7월 28일(화) 관련 법령에 따라 휘문고의 자사고 지정 취소 동의를 교육부에 신청했다. 
   초‧중등교육법 시행령 제91조의3 제4항 제1호
  초‧중등교육법 시행령 제91조의3 제5항
 교육부는 자사고 지정 취소 동의권 행사에 앞서 8월 5일(수) 특수목적고등학교 등 지정위원회를 개최하고, 서울시교육청의 자사고 지정 취소 절차의 적법성, 지정 취소 결정의 적정성 등에 대해 심의하였다.
   초‧중등교육법 시행령 제91조의3 제6항
 교육부는 특수목적고등학교 등 지정위원회의 자문 결과를 참고하고 서울시교육청의 휘문의숙 및 휘문고 대상 민원감사‧종합감사 결과, 법원의 관련 판결, 청문 결과 등을 충분히 검토한 결과,
 서울시교육청의 휘문고 자사고 지정 취소가 적정하다고 판단되어 동의하기로 결정했다.
 구체적으로 지정 취소와 관련한 절차 및 내용을 검토한 결과는 다음과 같다.
 지정 취소 절차와 관련하여 서울시교육청의 자율학교등 지정‧운영위원회 심의, 청문, 교육부 동의 신청 등이 관계 법령에 따라 적법하게 진행되었음을 확인하였다.

교육부는 서울시교육청의 자사고 지정 취소 절차의 적법성, 지정 취소 결정의 적정성 등에 대해 심의하여 자율형 사립고등학교 지정 취소 동의 신청 결과를 발표했다.