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 규칙 제3조제5항과 같이 지정기준을 갖추지 못하게 된 경우, 보건복지부장관에 대한 보고 의무는 첨단재생의료포털을 통해 할 수 있다.
 제4조(재생의료기관의 시설장비인력 운용) 규칙 별표1에 따른 각 시설은 서로 분리되거나 구획되어야 하되, 각 시설별 필요한 장비는 업무의 흐름에 따라 장소를 달리하여 배치할 수 있다.
 규칙 별표1의 시설장비인력은 첨단재생의료 임상연구 실시 전까지 의료기관 내 다른 목적으로 사용 또는 업무를 겸임할 수 있으나 첨단재생의료 연구계획이 심의위원회 심의를 거쳐 적합 또는 승인 통보 받은 때 부터는 연구계획의 내용에 따라야 한다. 
 제5조(재생의료기관 조건부 지정 및 지정 취소) 보건복지부장관은 재생의료기관으로 지정받으려는 자가 규칙 별표1에 따른 지정기준의 일부를 충족시키지 못한 경우, 일정 기간 내 지정기준의 충족을 조건으로 재생의료기관 지정을 할 수 있다. 다만, 조건부지정을 받은 자가 기한 내 조건을 충족시키지 못한 경우, 그 지정을 취소해야 한다.
 보건복지부장관은 규칙 제3조제5항에 따른 지정기준 미충족 사실을 알게 된 날로부터 30일 이내 재생의료기관 지정을 취소해야 한다. 다만, 일정 기간 내 지정기준의 충족을 조건으로 재생의료기관 지정을 유지할 수 있으며, 이 경우 제1항의 경우와 같다.
 제6조(재생의료기관 운영시 준수사항) 재생의료기관의 장은 평시에 첨단재생의료 임상연구 관련 시설설비의 구조와 성능이 상시 유지될 수 있도록 정기적인 점검과 관리를 하여야 하며, 이를 위해 의료기관 내 첨단재생의료 관련 업무를 총괄하는 관리자(재생의료기관 센터장)를 별도로 지정할 수 있다.

재생의료기관장은 첨단재생의료 임상연구 관련 시설설비를 정기적으로 관리 및 점검해야 하며 이를 위해 별도로 관리자를 지정할 수 있다.