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 종전에는 배출권이 시설단위로 할당되어 업체가 사업장 내 온실가스 배출량이 많은 저효율 시설을 배출량이 적은 신규 시설로 교체하는 경우 기존 시설은 배출권 할당이 취소되고, 신규 시설의 추가 배출권 할당을 업체가 신청해야 했다.
 아울러, 고효율 신규 시설로 교체시 배출량이 감소하여 종전보다 적은 양으로 배출권을 추가 할당 받음으로써 업체의 감축노력에도 불구하고 오히려 할당량이 감소하는 문제가 있었다.
 이번 개정으로 사업장 내 일부 시설의 변동에도 매번 배출권 할당취소 및 추가할당 절차를 거쳐야 하는 부담이 경감됐다. 
 3차 계획기간부터는 배출권거래 중개회사(증권사 등)도 배출권 거래를 할 수 있게 됐다.
 그간 할당대상업체와 배출권 시장조성자만 배출권 거래가 가능하여 거래 주체의 부족으로 시장의 유동성 창출에 한계가 있었으며, 수급불균형에 따른 매수 또는 매도 쏠림 현상이 나타나는 등 시장 기능이 원활히 작동되지 못했다.
 3차 계획기간부터는 배출권거래 중개회사도 배출권 거래가 가능하도록 하여 거래 저변이 확대되어 시장에서의 배출권 유동성이 풍부해지고, 수급불균형을 완화하여 배출권 거래가 더욱 활발해 질 것으로 기대된다.
 이 외에도 할당대상업체 지정취소 사유를 정하고, 배출량 산정계획서 제출시 검증기관의 검증을 받아 제출하도록 했으며, 검증기관과 검증심사원의 업무기준 등을 새롭게 마련했다.
 한편 환경부는 이번 시행령 개정사항을 반영하여 3차 계획기간 국가 배출권 할당계획을 수립하여 연내에 업체별 배출권 할당을 완료할 예정이다.

3차 계획 기간부터는 배출권 거래를 배출권 거래 중개회사도 가능하게 되어 수급불균형을 완화하여 배출권 거래가 더욱 활발해질 것으로 기대된다.