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  교육연구단 평가 총 400점 중 대학원혁신 영역 100점 반영(교육연구팀 총 350점 중 50점) 
 한편 혁신성장을 선도할 신산업 분야의 경쟁력 제고와 산업사회문제 해결을 위한 융복합형 연구 인력 양성을 위하여 “혁신인재양성사업”을 신설하고, 교육연구단의 융복합 연구 및 산학협력 계획 등에 중점을 두고 평가하였다. 
  8대 핵심선도산업(관계부처 합동, ’17.11), 13대 혁신성장동력분야(관계부처 합동,’17.12)
[선정 과정]
 선정평가는 요건검토, 사업계획서 서면평가 및 대면(화상)평가 등 다단계 절차를 통해 실시되었으며, 이를 통해 심층적인 평가가 이루어질 수 있도록 하였다. 
 일반업적평가에는 총 94개 평가단에 총 819명의 평가위원들이 참여하였으며,
 이전 단계와 달리, 4단계 사업에서는 연구 성과의 질적 평가를 강화하기 위하여 연구업적물별 세부 전공 분야에 따른 총 1,394명의 연구업적평가단을 별도로 구성하고, 연구 업적물에 대한 보다 심도 있는 평가를 실시하였다. 
< 4단계 두뇌한국21 사업 평가 방식 >
  
  공정한 정성 평가를 위해 평가위원에게 연구업적물에 대한 정량 실적(IF, ES 등)은 비공개
 또한 신청 교육연구단(팀)과 관련된 평가위원을 평가에서 제외(상피제 적용)하여, 평가의 공정성을 확보하였다.
  신청 교육연구단(팀) 소속 대학 교원이나 출신학교(박사)가 동일한 경우, 4촌 이내의 친족이 해당 평가 분야에 사업을 신청한 경우 등
 최종 평가 점수에 따라 각 분야별로 공고된 교육연구단(팀) 수를 기준으로 하여 총 득점 순으로 선정하였으며, 
 교육연구단(팀) 선정의 엄정성 확보를 위하여 과락제(최종 점수가 총점 대비 60% 이하인 경우 탈락)를 실시한 결과 18개 교육연구단, 39개 교육연구팀이 탈락 조치되었다. 
  교육연구단 240점, 교육연구팀 210점
 아울러 평가의 객관성과 타당성 확보를 위해 선정평가운영위원회, 사업총괄관리위원회를 각각 구성하여 평가 패널 구성, 세부 평가 기준 마련 등 선정평가에 관한 중요 사항에 대하여 다양한 분야의 전문가 의견을 수렴하여 추진하였다. 
[예비 선정 결과]
 4단계 두뇌한국21 사업 선정평가 결과, 68개 대학 총 562개 교육연구단(팀)(386개 교육연구단, 176개 교육연구팀)이 예비 선정되었다. 
 세부 사업 유형별로 미래인재양성사업에서 197개 교육연구단, 176개 교육연구팀, 혁신인재양성사업에서 189개 교육연구단이 선정되었다.

4단계 두뇌한국21 사업 선정은 교육연구단의 융복합 연구 및 산학협력 계획 등에 중점을 두고 평가하여 68개 대학 총 562개 교육연구팀이 예비로 선정되었다.