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 그간 우리나라에서는 사람‧가축과 달리 야생동물 질병을 관리하는 전담기관이 없어, 야생동물 질병 발생 현황과 생태계 및 가축‧사람에 대한 영향 연구, 야생동물 유래 질병의 종간 전파 예방, 질병 발생 시 체계적인 대응 등에 한계가 있었다.
 이에 따라, 환경부는 제1차 야생동물 질병관리 기본계획(2016~2020, 2020년까지 야생동물 대응기반 구축 목표)을 바탕으로 전문기관 설립을 추진했다.
 이번 질병관리원 개원으로 야생동물 질병에 대한 효율적 감시․대응은 물론, 사람(질병관리청)가축(농림축산검역본부)에 이어 통합건강관리(원헬스) 체계 구축을 위한 마지막 조각을 완성했다.  
  원헬스(One Health): 종간 전파를 고려한 효과적 질병 관리를 위해 사람동물환경간 통합적 질병관리 추진
 질병관리원은 지자체, 관계기관과 협력해 야생동물 질병의 예방과 확산을 막는 총괄중심(컨트롤타워) 역할을 수행하게 된다. 
 ‘야생생물 보호 및 관리에 관한 법률’에서 정한 야생동물 질병(139종) 전반에 대한 조사 및 상시 감시․대응과 함께, 신변종 질병의 국내 유입 실태에 대한 감시․예찰 업무도 수행한다.
 조류인플루엔자, 아프리카돼지열병 등 질병의 가축 방역 및 인수공통감염병 대응 등 관계기관과의 공조․협력을 강화하고, 야생동물 질병 정보와 역학조사 결과 등 질병정보시스템도 고도화할 계획이다.
 질병관리원은 야생동물 질병에 대한 표준진단법 개발, 백신․방역기술 개발 및 연구도 적극 추진한다.

우리나라에서 야생동물 질병을 관리하는 전담기관이 없었지만 환경부가 제1차 야생동물 질병관리 기본계획을 바탕으로 전문기관 설립을 추진했다.