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 항만 검역도 개선하여, 하선자에 대한 전수 진단검사와 격리 조치를 실시하고, 승선검역을 강화하였다.
 7월 9일부터 방역강화 대상국가에서 들어오는 정기 항공편의 좌석점유율을 60% 이하로 운항하고, 방역강화 대상 국가로 출국하는 경우에는 재입국 허가를 제한하는 조치도 시행하였으며,
   (예외 사유) 필수적 기업취재학술 활동 및 인도적 사유
  7월 13일부터는 방역강화 대상 국가에서 입국하는 모든 외국인은 입국 시 출발일 기준 48시간 이내에 발급한 PCR 음성확인서를 의무적으로 제출하도록 하였다.
   재외공관이 지정한 해당국 검사의료기관에서 발급
  이외에도 해외유입 환자 수를 실시간 모니터링하여 급증 위험이 크다고 판단되는 국가의 부정기 항공편도 감편 조치할 계획이다.
 중앙재난안전대책본부는 해양수산부(장관 문성혁)로부터 외국인 선원 임시생활시설 운영 계획을 보고받았다.
 지난 7월 1일 발표한 항만방역 관리 강화방안에 대한 후속조치로 항만을 통해 입국하는 모든 외국인 선원은 임시생활시설에서 14일간 의무적으로 시설격리해야 한다.
  임시생활시설이 확보된 2개 권역(부산여수)을 7월 13일부터 우선 개소하고, 추후 시설 확보에 따라 추가 개소할 예정이다.
   (부산권) 부산, 마산, 울산, 포항, 동해 등 강원도경상도 항만입국자 대상(여수권) 인천, 평택, 대산, 군산, 여수, 목포 등 서․남해역 항만입국자 대상
  항만으로 입국한 외국인 선원은 모두 시설격리가 원칙이나, 항공기 혹은 선박을 통한 출국일정이 확정된 경우에는 선사나 대리점에서 마련한 별도 차량으로 외부접촉 없이 공항 혹은 항만으로 바로 이동한다는 조건에 따라 중도 퇴소를 허용할 예정이다.

항만으로 입국한 외국인 선원은 모두 시설격리가 원칙이나, 항공기 혹은 선박을 통한 출국일정이 확정된 경우에는 선사나 대리점에서 마련한 별도 차량으로 외부접촉 없이 공항 혹은 항만으로 바로 이동한다는 조건에 따라 중도 퇴소를 허용할 예정이다.