PRMV가 감염된 식물들은 다양한 증상을 보이며, 이를 검출하는 기존의 RT-PCR과 nested PCR 방법은 핵산 추출 후 판정에 긴 시간이 소요되는 문제가 있었다. 이에 반해, 본 연구에서는 PRMV 감염 식물의 빠른 진단을 위해 Loop-mediated isothermal amplification (LAMP)를 이용한 방법을 제안하였다. 이를 위해 RT-PCR 및 nested PCR에서 target하는 RNA1 polyprotein gene (AF016626)을 바탕으로 LAMP 특이적 프라이머를 제작하였다. 이 프라이머는 PrimerExplorer라는 소프트웨어를 활용하여 설계되었다.
<p>Peach rosette mosaic virus (PRMV) 는 group IV positive-sense ssRNA viruses, Nepovirus로 분류되며, 1933년 복숭아에서 최초로 발생이 보고되었다. 이 후 Crop Protection Compendium과 Energy Policy and Planning Office의 Quarantine Pests Data Sheets에 의하면, 포도(Vitis labrusca, V. vinifera 및 프랑스-미국의 hybrids Vitis spp.), 복숭아(Prunus persica), 북부 하이부시 블루베리 (Vaccinium corymbosum), 복사나무, 자두나무, 블루베리, 민들레 뿐만아니라 몇몇의 잡초(Rumex crispus, Solanum carolinense and Taraxacum officinale)에서도 발생이 보고되고 있다. PRMV가 감염된 식물은 마름병, 노쇠 및 rosetting이 나타나고, 감염된 과실 및 꼬투리에서는 기형과 변색이 발생하며, 잎과 줄기에서는 기형 등 비정상적 성장이 나타난다. 이러한 증상으로 복숭아의 경우 수확량이 \( 60 \% \) 이상 감소한 사례가 있었으며, 민감한 포도 중 몇몇 품종은 PRMV에 쉽게 감염되어 피해 보고 사례가 있었다. 또한 PRMV는 검역병으로도 지정되면서 포도나무(Vitis vinifera), 포도나무속(Vitis spp.), 벚나무속(Prunus spp.), 양벚(P. avium, \( P \). serotina), 블루베리속(Vaccinium spp.) 및 서양민들레 (Taraxacum officinale) 등의 수입 작물들에서도 검사되고 있다. 한편, 현재 PRMV를 검사하는 표준 분석 방법으로는 reverse transcription (RT)-polymerase chain reaction (PCR)과 nested PCR이 활용되고 있다. 그러나, RT-PCR과 nested PCR 방법은 핵산추출 이후 양성의 정성적 판정에만 약 10 시간 이상이 소요되는 단점이 있어 현장활용이 불편하였다. 따라서, 이번 연구에서는 단일 조건으로 진단할 수 있는 Loop-mediated isothermal amplification (LAMP)를 적용하여 관련된 식물에서 PRMV를 신속하게 검출할 수 있는 검사법을 개발하였다.</p> <p>PRMV를 검출할 수 있는 특이적 LAMP primers를 제작하기 위하여 현재 활용되고 있는 RT-PCR 및 nested PCR에서 target 하는 RNA1 polyprotein gene (AF016626)을 사용하였다. 또한, 핵산 또는 기주와 관련된 참고바이러스 [American plum line pattern virus (NC_001409), Apple mosaic virus (NC_003464, NC_003465, NC_003480), Arabis mosaic virus (NC_006057, NC_006056), Cherry leaf roll virus (CLRV; NC_015414, NC_015415), Grapevine Bulgarian latent virus (NC_015492, NC_015493), Grapevine chrome mosaic virus (NC_003622, NC_003621), Grapevine fanleaf virus (GFLV; NC_003615, NC_003623), Plum pox virus (NC_001445), Prunus necrotic ringspot virus (NC_004362, NC_004363, NC_004364), Prune dwarf virus (PDV; NC_008039, NC_008037, NC_008038), Raspberry ringspot virus (RpRSV; NC_005266, NC_005267), Strawberry latent ringspot virus (SLRSV; NC_006964, NC_006965), Tobacco ringspot virus (TRSV; NC_003840, NC_003839, NC_005097, NC_005096) 및 Tomato black ring virus (TBRV; NC_004439, NC_004440)]의 염기서열을 National Center for Biotechnology Information (NCBI)로부터 수집하였다. 수집한 염기서열들을 기초로 LAMP primer designing software인 PrimerExplorer를 사용하여 PRMV의 특이적 프라이머를 제작하였다(Table 1).</p>