Fucoidan 분해 균주 SB 1493은 API 20NE, Microlog GN2 plate를 이용한 생화학적 특성 및 기질 이용도 분석과 \( 16 \mathrm { ~S } \) rRNA gene 염기서열 분석, NCBI BLAST 검색, PHYDIT version 3.2, CLUSTAL_X software 1.64, PHYLIP package를 사용하여 계통분석 및 DNA-DNA hybridization실험을 통해 균주를 분류하였다. 균주는 그람음성, 호기성 간균으로 fucoidan 외에 전분, 한천 및 알긴산과 같은 고분자물질 분해능을 가지고 있었고, 165rDNA 염기서열을 이용한 계통학적 분석에서 99.85%, 99.78% 및 99.70%의 유사도를 나타냈다.
<h2>Fucoidan 분해 균주의 동정</h2> <p>API 20NE (biomerieux), Microlog GN2 plate (Biolog)은 제조사에서 제공된 지침서에 의거하여 생화학적 특성 및 기질 이용도를 분석하였다. \( 16 \mathrm { ~S } \) rRNA gene 염기서열 분석은 Kwon 등의 방법에 따라 충 DNA를 추출한 후 universal primer (27f, 1492r)를 이용한 PCR을 수행하여 얻어진 산물을 대상으로 염기서열을 결정하였다. 확보된 염기서열은 National Center for Biotechnology Information ( \( \mathrm { NCBI } ) \) 의 Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) [1]에 등록되어 있는 data-base를 사용하여 검색하였으며, 높은 유사성을 가지는 염기서열을 기초로 하여 group별로 정리한 후, PHYDIT version \( 3.2 \)(http://plaza.snu.ac.kr/ jichun/phydit/index.php?ver = 3.1) 운영 프로그램을 이용하여 CLUSTAL_X software, version \( 1.64 \mathrm { ~b } \) [29]에 의한 alignment를 수행하였다. 계통분석은 PHYLIP package 를 이용한 neighbour-ioining 와 max-imum-likelihood 방법에 의해 수행하였다. Neighbour-joining tree topology는 1000 resampling에 기초한 bootstrap 분석에 의해 평가되었다. DNA-DNA hybridization실험은 Kaneko 등의 방법에 의해 수행하였다.</p> <p>SB 1493 균주는 그람음성, 호기성 간균으로 효소 및 기질 이용성에서 다양한 특징을 보였으며, 특히 fucoidan 외에 전분, 한천 및 알긴산과 같은 고분자물질에 대한 분해능을 가지고 있었다. \( 165 \mathrm { rDNA } \) 염기서열을 이용한 계통학적 분석에서 SB 1493균주(JX045665)는 Pseudaalteromonas atlantica IAM 12927 \( { } ^ {\mathrm { T } } \) (X82134), \( P \). espeijana NCIMB2127 \( { } ^ {\mathrm { T } } \) (X82143), \( P \). agarivorans KMM 255 \( { } ^ {\mathrm { T } } \) (AJ417594)과 99.85, \( 99.78 \) 및 \( 99.70 \% \) 의 유사도를 나타내었으며 Fig. 4와 같이 계통도를 작성하였다.</p> <p>DNA-DNA hybridization을 통하여 종 수준에서 상동성을 조사한 결과 Pseudalteromanas atlantica IAM \( 12927 ^ {\mathrm { T } } \) (X82134)와 \( 79.24 \% \) 그리고 P. espeiiana NCIMB \( 2127 ^ {\mathrm { T } } \) (X82143)와 71.45 \% 의 상동성을 나타내었다(자료미제시). 또한 SB 1493균주와 cluster 를 이루고 있는 Pseudoalteromanas 종들은 \( 16 \mathrm { ~S } \) rDNA 염기서열에 의한 유사성과 DNA-DNA 상동성이 매우 높은 그룹으로 향후 분류학적 특징의 조사가 필요할 것으로 판단된다. 이러한 결과로부터 SB 1493 균주는 Pseudoalteromonas 속에 속하는 Pseudaalteromonas sp. SB 1493으로 명명하였다.</p>