천잠 후부견사선의 cDNA 유전자 은행에서 in vivo excision을 통해 얻은 박테리아 콜로니 DNA 염기서열을 결정하였다. 이 결과를 토대로 276개의 클론 부분염기서열을 결정하고 발현유전자 꼬리표 (ESTs)를 작성하여 DDBJ 국제 유전자 은행에 등록하였다. 상동성 검색을 통해 45개의 클론이 기존 유전자와 상동성이 있음을 확인하였고, 이 중 26개 클론은 독립적인 클론으로 확인되었다. 상동성 평균은 \( 90.6 \% \), 평균 비교 부위는 \( 220 \mathrm { bp } \)이상으로, 이 중 29개 클론은 곤충 유전자와 상동성이 있었다.
<h2>부분염기서열 결정을 통한 발현 유전자 꼬리표 생산</h2> <p>천잠 후부견사선의 cDNA 유전자 은행으로부터 무작위로 in vivo excision하여 얻은 박테리아 콜로니로부터 DNA 염기서열을 결정하였다. 본 연구 결과에서는 276개의 클론의 부분염기서열을 결정하고 발현유전자 꼬리표 (ESTs)를 작성한 후 DDBJ 국제 유전자 은행에 등록하였다. 각 클론들은 평균 \( 498 \mathrm { bp } \)의 염기서열을 판독할 수 있었으므로 276개의 부분염기서열 분석을 통하여 천잠 후부견사선 cDNA로부터 분석한 염기서열은 모두 약 \( 137.4 \mathrm { ~kb } \)로 추정된다. DDBJ에 등록한 276개의 클론들은 GenBank의 BLAST를 통해 상동성을 검색한 결과 45개의 클론이 데이터베이스 상의 기존의 유전자들과 상동성이 있었으며, 이때 BLAST score는 중요한 상동성의 기준으로 판단되어지는 80 이상의 것을 취하였다.</p> <p>분석된 결과에서 한 개 이상의 EST 염기서열이 동일한 클론들, 즉 동일한 accession number의 클론들과 상동성이 있으면 그 클론들 중 가장높은 BLAST score를 가진 클론을 대표 클론으로 간주하였다. 이러한 분석을 통하여 26개의 클론들이 서로 중복되지 않은 독립적인 클론임을 확인하였다. 이러한 클론들의 상동성 검색결과, 기존의 데이터들과의 상동성이 있는 클론과의 비교 부위가 평균 \( 220 \mathrm { bp } \)이상이고 평균 상동성은 \( 90.6 \% \)로 기존 데이터와 유의할 만한 상동성을 나타내었으며, 45개 클론 중 29개가 곤충 유래 유전자들과 상동성이 있었다. 곤충 유래 유전자와 상동성이 없는 16개 클론들은 식물과4 (AY342, AY361, AY957, AY989), 포유동물과 1 (AY676), 양서류와 1 (AY1133), 미생물과 9 (AY59, AY189, AY264, AY335, AY425, AY562, AY563, AY943, AY969, AY1062)개의 클론들이 상동성이 있었다.</p> <p>기능적인 측면에서 분석해보면 실크와 관련해서는 유일하게 하나의 클론 (AY479)만이 상동성이 있었으며, 그 외에 전사 (transcription)와 번역 (translation), 자기방어, 대사작용, 단백질 분해 및 근육형성 등에 관련한 유전자들로 분류 할 수 있었다 (Table 3). 전사 (transcription)와 번역 (translation)에 관련하는 것들로는 \( 28 \mathrm { ~S } \) rRNA (AY67), elongation factor alpha (AY94, AY191, AY263, AY276, AY841, AY1023, AY1024, AY1129) 및 elongation factor beta (AY559, AY871), 185 rRNA (AY307)가 있었고, 자기방어 및 스트레스 관련 유전자로는 heat shock 70 (AY59, AY264), DNA repair protein (AY224), disulphide isomerase 유사 단백질 (AY296), interferon receptor (AY676), chilling inducible</p>