총 80개의 primer를 사용하여 차조기 유전자원 22계통에 따른 RAPD 분석을 실시하였으며, PCR 반응은 GeneAmp PCR system 9600을 사용하여 실시하였고, 증폭된 DNA band 존재 유무에 따라 data matrix를 작성한 후 유전자원 간의 유전적 유사성과 유연관계를 분석하였다. 수집된 22계통을 외형적 형태적 특성 및 정유성분 등에 따라 분류한 결과, 차조기는 12종으로 전체의 \( 54.5 \% \)를 차지하였고, 주름차조기와 앞푸른차조기는 각각 3종류, 푸른차조기는 1종으로 나타났지만, 푸른 주름차조기는 수집되지 않았다.
<h2>Primer의 선발 및 PCR</h2> <p>Operon사로부터 각 20개의 random primer로 구성된 OPAE, OPAF, OPAG 및 OPAH 4종의 kit를 구입하여 총 80개의 primer를 사용하여 차조기 유전자원 22계통에 대한 RAPD 분석을 실시하였다. 이때 적용된 PCR의 조건은 Jeong 등과 Kim 등이 보고 한 조건으로 실시하였는데, 이는 \( 50 \mathrm { ~ng } \)의 template DNA, \( 2.5 \mathrm { ~mM } \)의 dNTP, \(0.6 \mathrm { unit } \)의 Taq polymerase(Takara사), \( 5 \mu \mathrm { M } \) primer에 \( 2.5 \mu \mathrm { l } \)의 10 buffer를 넣어 전체 반응용량은 \( 25 \mu \mathrm { l } \)가 되도록 하였다.</p> <p>PCR의 반응은 GeneAmp PCR system 9600 (Perkin-Elmer, USA)를 사용하여 pre-heating time을 2분간 실시한 후, dena-turation은 \( 94 ^ {\circ } \mathrm { C } \)에서 30초간, annealing은 \( 40 ^ {\circ } \mathrm { C } \) 30초간, ex-tenion은 \( 72 ^ {\circ } \mathrm { C } \)에서 60초간으로 총 40회 반복하여 실시하였다. 마지막 단계에서의 extention은 \( 72 ^ {\circ } \mathrm { C } \)에서 5분간 실시하였다. PCR 반응후 ethidium bromide가 첨가된 \( 2.0 \% \)의 agrogel상에서 전기영동 한 후 UV 램프 위에서 DNA 증폭양상을 관찰하였다.</p> <h2>유전자원간 유연관계 분석</h2> <p>증폭된 DNA band의 존재 유무(유=1, 무=0)에 따라 data matrix를 작성한 후 유전자원간의 유전적 유사성(상이성) 및 유연관계를 분석하였다. 유연관계분석은 단순한 유전적 거리(genetic distance=d)에 의한 유전적 유사성을 계산하는 unweighted pair group method using arithmetic average(UPGMA)의 방법에 의하여 수행하였다. 한편, UPGMA는 numerical toxonomy and multivariate analysis system(NTSYS ver 2.02) program을 이용하였으며, 이때 차조기 유전 자원간의 유사도계수(similarity coefficient)는 Sokal과 Sneath의 방법에 따라 구하였다.</p> <h1>결과 및 고찰</h1> <h2>형태적 및 생육적 특성에 따른 분류</h2> <p>수집된 22계통을 외형적 형태적 특성 및 정유성분 등에 따라 분류하였을 경우 차조기 (P. f Brit. var. acutakudd)로 분류되어지는 경우가 12 종으로 전체 수집종의 \( 54.5 \% \)를 차지하였으며, 주름차조기(P. f. Brit. var. crispa Hand.-Mazz. f atopurpur-ea)와 앞푸른차조기(P. f. Brit. var. japonica Hara for. discolor Makino)가 각각 3종으로 분류되었으며, 푸른차조기기는 1종으로 나타났다. 그리고 수집당시에는 푸른차조기(P. f. Brit. var. viridis Makino)로 분류하여 수집하였으나, 정유성분등의 분석에서 들깨로 분류된 것이 3종으로 나타났다. 그러나 푸른 주름차조기(P. f. Brit. var. crispa Hand.-Mazz)는 수집되어지지 않았다.</p>