16S rDNA는 야생점액세균으로부터 분리하여 PCR을 통해 증폭하고, Clustal W 프로그램을 사용하여 염기서열을 결정하였다. 그리고 Type I polyketide 생합성 유전자를 증폭하기 위해 primer들을 사용하여 PCR을 수행하고, NCBI의 BLAST 프로그램을 이용하여 데이터베이스와 상동성을 분석하였다. 또한 Nikon ECLIPSE E600 위상차현미경과 SMZ1000 입체현미경을 사용하여 단일 세포 관찰 및 자실체의 채취를 진행하였다.
<h2>16S rDNA 염기서열의 분석</h2> <p>16S rDNA는 야생점액세균으로부터 분리된 유전체 DNA를 주형으로 하고, 두 개의 oligonucleotide 5'-GAGTTGTCC-GGCGAG-3'(27f)과 5'-AGAAGGGGTATCAGC-3'(1525r)을 사용하여 증폭하였다. PCR을 통해 증폭된 DNA 단편은 다른 연구자에 의해 보고된 primer들을 사용하여 염기서열을 결정하였으며, 염기서열 분석에는 Clustal W 프로그램을 사용하였다. 얻어진 염기서열은 미국 National Center for Biotechnology Information(NCBI)의 GenBank에 등록하였는테, C. crocatus KYC2823의 16S rDNA 염기서열 accession number는 FJ176772이다.</p> <h2>형태학적 특성조사</h2> <p>단일 세포 관찰에는 Nikon ECLIPSE E600 위상차현미경을 사용하였으며, 집락과 자실체의 관찰 및 자실체의 채취에는 Nikon SMZ1000 입체현미경을 사용하였다.</p> <h2>PCR을 이용한 polyketide 합성 유전자 탐색</h2> <p>Type I polyketide 생합성 유전자중 ketosynthase 부위를 증폭할 수 있는 한 쌍의 oligonucleotide 5'-GCSATGGAY-CCSCARCARCGSVT-3'과 5'-SCCSGTSCCRTGSSCY-TCSAC-3'을 primer로 하고, KYC2823의 유전체 DNA를 주형으로 하여 PCR을 수행하였다. 그리고 얻은 PCR 산물을 pGEM-T easy vector(Promega)에 클로닝하여 DNA 염기서열을 밝힌 후, NCBI의 BLAST 프로그램을 이용하여 데이터베이스에 있는 서열과의 상동성을 분석하였다.</p> <h1>결과 및 고찰</h1> <h2>Chondromyces spp.의 분리</h2> <p>다양한 환경에서 채취한 토양을 STEX 평판배지 위에 올려놓고 배양하면 토양 속에 들어있는 용균성 점액세균들이 E. coli를 영양분으로 이용하면서 자라게 된다. 그리고 E. coli가 모두 이용되어 영양분이 고갈되면 점액세균들이 수십만마리 단위로 뭉쳐서 다양한 형태의 다세포 자실체를 형성하게 된다. 이러한 조건에서 Myxococcus나 Corallococcus 속에 속하는 균주는 일반적으로 2주 이내에 20~40배의 입체 현미경으로 쉽게 관찰되는 자실체를 형성하지만, Chondro-myces 속에 속하는 점액세균들은 성장속도가 느려 동일 조건에서 한 달 이상 배양하는 경우에 자실체 형성이 관찰되었다. 국내 전역에서 채취한 총 1,784 개의 토양시료를 사용하여 자실체 형성을 유도하였을 때 Myxococcus나 Corallococcus 속에 속하는 균주들의 경우에는 일반적으로 토양시료 당 1~4 종류의 자실체를 형성함을 관찰할 수 있었다. 하지만 Choncromyces의 자실체는 전체 토양시료에서 약 15 개의 자실체만이 관찰되었으며, 이 중 C. crocatus의 자실체로 추정되는 것은 6 개였다. 이러한 결과는 국내에서 채취된 토양시료에 Chondromyces 균주들이 Myxococcus나 Corallococcus 균주들에 비해 훨씬 드물게 존재함을 보여준다. 유럽의 경우에도 C. crocatus 균주들이 극히 드물게 분리되었다고 보고되었다. 본 연구에서는 STEX 배지 상에 형성된 자실체를 멀균된 바늘로 새로운 배지로 옮기는 방식으로 C. crocatus로 추정되는 6개 균주 KYC2712, KYC2747, KYC2823, KYC2606, KYC2607, KYC2906을 일차적으로 분리하였다(Table 1). 이들은 각각 전남 순천, 경남 남해, 경북 청도, 충남 논산, 경북 예천, 전남 해남에서 채취한 토양시료에서 분리되어 주로 충청 이남에서 분리되었고 강원도와 경기도 지역에서 채취한 토양시료에서는 분리되지 않은 것으로 나타났다. 하지만, 분리된 균주수가 많지 않은 까닭에 이러한 결과가 어떠한 의미가 있는지는 확실하지 않다.</p>