15\(^\circ \mathrm{C}\)에 7일 발효한 김치 시료의 Hae Ⅲ, Mse Ⅰ, Msp Ⅰ, Tha Ⅰ에 의해 생성된 T-RF profile에서 231, 256, 262, 281, 306, 326, 332, 338 bp peak이 검출되었고, 그에 해당하는 OTU는 Lb sakei, Lb curvatus, Lb graminis로 예상되었다.
<h2>\( 15 ^ {\circ } \mathrm { C } \) 발효 김치의 T-RFLP 분석</h2> <p>\( 15 ^ {\circ } \mathrm { C } \)에서 7일간 발효한 김치시료의 경우, \( Hae \)Ⅲ에 의해서 생성된 T-RF profile에서는 231, 256, 262, 281, 306, 326, 332 및 338 \( \mathrm { ~bp } \) 등의 peak가 검출되었다(Fig. 2). 예상 T-RF의 크기와 실험치의 오차를 고려하여 각각의 T-RF에 해당하는 분류군(OTU)을 database에서 검토한 결과, 가장 높은 비중의 332 \( \mathrm { ~bp } \) T-RF에 해당하는 OTU는 Lb. sakei, Lb. curvatus, Lb. graminis로 예상된다. 이들 OTU는 \( Mse \)Ⅰ, \( Msp \)Ⅰ, \( Tha \)Ⅰ에 의해서도 각각 612, 575, 256 \( \mathrm { ~bp } \) 크기의 단일 T-RF를 형성하였고, 이들 T-RF는 각각의 T-RF profile에서 가장 높은 비중을 차지하였다. 다수의 제한효소를 이용하였음에도 불구하고, 이들 OTU는 \( 99 \% \) 이상의 높은 16S rDNA 염기서열 상동을 가지고 있어 16S rDNA 염기서열을 근간으로 한 T-RFLP 분석으로는 이들의 종간 구분에 한계가 있는 것으로 나타났다. 지금까지 보고된 연구에 따르면Lb. sakei는 높은 빈도로 김치에서 검출되고 있고, Lb. curvatus도 검출되고 있다. 하지만 김치에서 Lb. graminis는 검출된 바 없고, 본 연구자들의 조사 범위에서는 이 유산균이 주발효균으로 작용하는 발효식품도 발견하지 못했다. 따라서 \( Hae \)Ⅲ에 의해서 생성된 332 \( \mathrm { ~bp } \) T-RF에 해당하는 OTU는 대부분이 Lb. sakei이고 Lb. curvatus가 일부를 차지하는 것으로 추정된다. \( Hae \)Ⅲ를 사용한 profile에서 두 번째로 높은 비중을 갖는 338 \( \mathrm { ~bp } \) T-RF에 해당하는 OTU는 Weissella cibaria와 W. koreensis로 예상된다. 이들 OTU는 \( Mse \)Ⅰ과 \( Msp \)Ⅰ의 사용으로 구분되었고, W. cibaria보다는 W. koreensis가 군집에서 상대적으로 늪은 비중을 차지하는 것으로 나타났다. \( Hae \)Ⅲ profile에서 Weissella 속 다음으로 높은 비중을 차지하는 262 \( \mathrm { ~bp } \)와 306 \( \mathrm { ~bp } \) T-RF에 해당하는 OTU는 Leuconostoc 속으로 추정되며, 262 \( \mathrm { ~bp } \)의 T-RF는 Lc. inhae와 Lc. mesenteroides로, 306 \( \mathrm { ~bp } \)의 T-RF는 Lc. citreum과 Lc. kimchii로 추정된다. 군집 내에서 Lc. inhae와 Lc. mesenteroides가 차지하는 상대적 비중은 Lc. citreum과 Lc. kimchii보다 다소 높았으며, \( Tha \)Ⅰ에 의하여 Lc. citreum의 60 \( \mathrm { bp } \) T-RF가 단독으로 분리된 것을 제외하면 본 실험에서 사용한 제한효소에 의한 Leuconostoc 속 균주들의 종 수준 구분은 불가능했다. \( Hae \)Ⅲ에 의한 T-RF profile중, 281 \( \mathrm { ~bp } \)의 T-RF에 해당하는 OTU는 Lb. brevis로 예상되며, 326 \( \mathrm { `bp } \)의 T-RF에 해당하는 OTU는 Lb. plantarum, Lb. pentosus, Lb. paraplantarum으로 추정된다. 이들 4종의 유산균은 다른 제한효소에 의해서는 분리되지 않았고, \( 15 ^ {\circ } \mathrm { C } \)에서 7일간 발효시킨 김치의 미생물 군집에서 차지하는 비중은 높지 않은 것으로 나타났다. Lb. plantarum group으로 불리는 Lb. plantarum, Lb. pentosus, Lb. paraplantarum은 모두 김치에서 분리 및 검출된 바 있고, \( 99 \% \) 이상의 높은 16S rDNA 염기서열 상동을 가지고 있어 T-RFLP 분석으로는 종간 구분이 힘든 또 다른 예라 할 수 있다.</p>