해당 연구에서는 외국에서 수집된 수박 덩굴쪼김병 저항성 판별 품종인 'Calhoun-gray'를 포함한 4품종, 탄저병 저항성('Au-producer' 등 3품종)과 감수성('Black diamond')을 판별 할 수 있는 4품종과 국내 종묘회사에서 육성된 '삼복꿀'외 10품종을 공시품종으로 선정한 후 종자를 파종하여 DNA를 분리하였다.
<h1>재료 및 방법</h1> <h2>식물재료 및 DNA 분리</h2> <p>본 연구에서는 외국에서 수집된 수박 덩굴쪼김병 저항성 판별 품종인 'Calhoun-gray'등 4품종, 탄저병 저항성('Au-producer' 등 3품종)과 감수성('Black diamond')을 판별 할 수 있는 4 품종 및 국내 종묘회사에서 육성된 '삼복꿀'외 10품종을 공시품종으로 선정하였다. 공시품종의 종자를 파종하여 약 15일간 육묘한 다음 유식물의 어린잎을 액체질소를 이용하여 마쇄한 다음 Nucleospion \( { } ^ {\circledR } \) Plant Kit (Cat no. 740.270.540.)를 이용하여 DNA를 분리하였다. 분리 된 DNA는 씨당 \( 7 \mathrm { ng } \) 수준으로 농도를 맞추어 PCR에 이용하였다.</p> <h2>ISSR 분석</h2> <p>수박의 품종간 유연관계를 분석하기 위하여 100개의 ISSR primer (UBC primer Set no. 9, University of British Columbia, Canada)를 이용하였다. ISSR 분석을 위하여 genomic DNA 35 ng을 template DNA로 이용하였으며, \( 10 \times \mathrm { E } \times \) Taq buffer \( 2.5 \mathrm { ml } \), dNTP mixture \( 1 \mathrm { ml } \), TaKaRa Ex Taq \( { } ^ {\mathrm { TM } } \) DNA polymerase (TaKaRa, Cat no. RR001A) 1 unit, \( 50 \mathrm { pM } \)의 ISSR primer를 첨가하여 PCR을 수행하였다. PCR은 UNO II Thermocycler (Biometra, Germany)에서 35 cycle을 실시하였으며, denaturation은 \( 94 ^ {\circ } \mathrm { C } \)에서 1분, annealing은 48 \( \sim 60 ^ {\circ } \mathrm { C } \)에서 1 분(Table 2), 그리고 extension을 \( 72 ^ {\circ } \mathrm { C } \)에서 2 분간으로 하여 수행하였다. PCR이 완료된 후 \( 5 \mu l \)의 증폭 산물을 \( 2.5 \% \) agarose gel에 \( 150 \mathrm { ~V } \)에서 30 분간 전기영동한 후 UV illuminator에서 품종간의 다형성 여부를 확인하였다.</p> <h2>품종간 유연관계 분석</h2> <p>ISSR 분석을 통하여 재현성이 높고 다형성을 보이는 밴드를 marker로 선발하여 밴드의 유무(dominant marker scoring : present \( = 1 \). absent \( =0 \) )에 따라 NTSYSpc (version 2.10b) 컴퓨터 프로그램에 입력하고 Dice 방법에 준하여 유전적 유사도 값을 계산하였다. 유전적 유사도를 이용하여 Unweighted pair-group method with arithmetical aver-age (UPGMA) 방법으로 집괴 분석하여 dendrogram을 작성한 다음 품종간 유전적 유연관계를 비교 분석 하였다.</p>