Enteroviruses는 Picornaviridae과에 속하는 바이러스로 약 70종의 혈청형으로 분류되고 enterovirus의 RNA를 검출하기 위하여 RT-PCR법을 토대로 하는 방법들이 제시되어 왔으나 5'-NCR을 표적으로 하는 RT-PCR법은 enterovirus 감염증을 진단할 때 유용하지만 교차오염의 가능성이 있고 별도의 전기영동이 필요하다. NASBA는 RNA를 표적으로하고 효소가 일정한 온도에서 동시에 반응하는 하는 원리로부터 시작됐으며, 별도의 전기영동 없이 증폭되는 과정을 볼 수 있는 real-time NASBA도 있다. 본 논문에선 pri-mer, molecular beacon 제작과 real-time NASBA 시험을 실행하며, 2 step RT-PCR과 바이러스 배양시험을 함께 수행하여 각 실험 방법을 비교 분석하였다.
<h1>서 론</h1> <p>Enteroviruses (EVs)는 Picornaviridae 과에 속하는 바이러스로 polioviruses ( 3 types), coxsackieviruses A (23 serotypes), coxsackieviruses B (6 serotypes), echoviruses (34 serotypes), enteroviruses (4 serotypes) 등 약 70종의 혈청형으로 분류된다. 게놈은 약 7,400 염기로 단일가닥 RNA이고 5'-noncoding region (NCR), 한 개의 open reading frame 및 3'-NCR로 구성되어 있다. Open reading frame은 약 2,100개의 아미노산으로 구성되는 다단백질의 생성에 필요한 정보를 가지고 있는 것으로 알려져 있고, 다단백질은 번역 후 과정을 통하여 4 개의 구조단백질(VP1-VP4)과 7개의 비구조 단백질로 나누어지는 것으로 알려져 있다. VP1-VP3은 비리온의 표면에 노출되어 있으며 이중 VPM은 중화반응에서 항원의 위치와 연관되어 혈청형을 결정하는데 중요한 부위이다.</p> <p>Enterovirus 감염을 진단하는데 세포배양은 가장 널리 쓰이는 방법이지만 바이러스가 세포에서 자라기까지 많은 시간이 필요하며 세포배양 기술을 실험실에서 표준화시키는데 어려움이 있다. 그리고 coxsackieviruses A에 속하는 혈청형 들은 세포배양에서 대개 잘 자라지 않는 것으로 알려져 있다. 반대로 분자생물학적 방법은 실험 소요시간이 비교적 짧고 세포배양에서 자라지 않는 혈청형까지 검출할 수 있는 장점을 가진다. 그래서 enterovirus의 RNA를 검출하기 위하여 reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR)법을 기초로 하는 여러 방법들이 제시되어 왔다. 유전자 구조상 매우 변이가 커 넓은 스펙트럼을 가진 enterovirus의 subtype들을 공통적으로 검출하기 위하여 높은 보존성을 가진 5'-NCR을 표적으로 하는 RT-PCR법이 소개되었다.이 방법은 enterovirus 감염증을 진단하는데 매우 유용하지만 여러 단계를 거치므로 교차오염의 가능성이 있으며 별도의 전기영동이 필요한 단점이 있다.</p> <p>Nucleic acid sequence-based amplification (NASBA) 은 RNA를 표적으로하며 avian myeloblastosis virus reverse transcriptase, RNase H, T7 RNA polymerase등의 효소가 일정한 온도에서 동시에 반응하는 하는 원리를 이용하여 처음 고안되었으며, real-time NASBA는 enterovirus에 특이적인 molecular beacon probe를 사용하여 별도의 전기영동 없이 실시간으로 증폭되는 과정을 볼 수 있다는 장점이 있다. 본 연구에서는 무균성수막염으로 의심되는 환자의 뇌척수액, 대변, 인후도찰물 검체를 대상으로 다양한 serotypes의 enter-ovirus를 검출하기 위하여 \( 5 ^ {\prime } \) - \( \mathrm { NCR } \) region을 target으로 한 pri-mer와 molecular beacon 을 제작, NucleiSens Amplification kit (bioMerieux, Boxtel, The Netherlands)를 사용하여 re-al-time NASBA 시험을 실시하고, 현재 enterovirus를 검출하는데 사용되는 2 step RT-PCR과 바이러스 배양시험을 동시 수행하여 각 실험법의 검출율, 편리성, 신속성을 비교 분석하였다. 아울러 무균성수막염 환자에서 enterovirus와 감별 진단이 필요한 다른 원인바이러스와 enterovirus와 유전적으로 유사한 rhinovirus를 사용하여 각 실험법의 정확성과 특이도를 비교하였다.</p>