단백질 상호작용 데이터 베이스인 DIP, BIND 및 GRID 등을 통합화해 단일한 단백질 상호작용 통합 데이터베이스인 X-Large 데이터베이스를 구축하고자 한다. 데이터 구조가 서로 다른 데이터들을 통합하기 위해서 inter_id, pro1_id, pro2_id 및 db_type 필드로 이루어진 X-Large 테이블을 생성한다. X-Large DB내의 DIP 데이터베이스는 node 고유 번호 혹은 SWP ID, GI, PIR ID로 검색할 수 있게 구성되며 단백질의 서열, COG를 나타내고 단백질이 포함하고 있는 도메인 정보 또한 나타난다.
<p>다시 말해서, 두 단백질 사이의 상호작용은 그 두 단백질이 포힘하고 있는 도메인 사이에서 일어난다는 것을 기반으로 상호작용하는 단백질과 그 단백질이 포함 하는 도메인 정보를 이용하여 도메인 사이의 상호작용 쌍을 추출하여 데이터베이스화하였다. WASPIFA 시스템은 웹 기반으로 구현되었으며, 클라이언트, 서버 및 후미(back-end) 데이터베이스 동으로 구성되는 3-계층구조(3-tier architec-ture)를 갖고 있다. 서버쪽은 BLAST 서버 모듈이 핵심을 이루고, 후미 데이터베이스 부분은 앞에서 언급한 단백질 상호 작용 통합 데이터베이스와 다양한 전처리 작업을 통해서 구축된 가공의 FA, Domain, 및 DDI 데이터베이스들로 구성되며, 클라이언트는 웹 기반의 GUI (Graphical User Interface)로 이루어져 있다. 본 시스템에서 사용한 데이터베이스 엔진은 MySQL (http://www.mysql.com)이다.</p> <h2>데이터베이스 통합화 밎 데이터베이스 스키마</h2> <p>앞에서 언급한 것처럼 전 세계적으로 가장 대표적이며 많은 연구자들에 의해 널리 사용되는 단백질 상호작용 데이터 베이스인 DIP, BIND 및 GRID 등을 통합화하여 자체적으로 하나의 단백질 상호작용 통합 데이터베이스인 X-Large 데이터베이스를 구축하였다. 이 논문에서는 데이터 구조가 서로 다른 데이터들을 통합하기 위해서 X-Large 테이블 \(X-Large_T)을 생성하였다. X-large 테이블은 inter_id, pro1_id, pro2_id 및 db_type 필드 등으로 이루어진다. Inter_id는 X-Large 테이블에서 사용하는 단백질 상호작용 쌍의 식별자이고, pro1_id와 pro2_id는 상호작용하는 두 단백질의 식별자를 나타낸다. 이러한 식별자는 DIP 에서는 DIP 데이터베이스에서 사용되는 노드 아이디, BIND에서는 GI, GRID에서는 ORF 아이디이며 db_type은 단백질 상호작용 데이터베이스의 종류(DIP, BIND, GRID)를 표현한다. X-Large 테이블의 pro1_id와 pro2_id는 각 단백질들의 상세정보를 저장하고 있는 DIP_NODE_T, BIND_NODE_T, GRID_NODE_T의 단백질 아이디를 참조한다(Fig. 2참조). 사용자는 X-Large DB를 이용해서 손쉽게 여러 개의 단백질 상호작용 데이터베이스를 검색할 수 있다.</p> <p>그 밖에 Function과 Annotation, Domain, 및 Domain-Domain Interaction DB 스키마의 경우는 Fig. 3에 나타나 있는데, 기능정보 및 주석정보는 COG_T테이블과 GO_T 테이블의 COG 및 GO 식별자를 통해 구별할 수 있으며, DOMAIN_T 테이블은 X-Large DB에 포함되어 있는 서열의 도메인 정보들을 모두 수집하여 저장한 테이블로서 도메인의 상세정보 및 위치정보 동을 가지고 있다. 그리고 DDI DB의 경우는 상호작용 하는 도메인 쌍과 해당 도메인을 갖는 단백질 정보를 함께 저장하고 있다(Fig. 3참조).</p> <h2>X -Large DB 검색 기능</h2> <p>X-Large DB내의 DIP 데이터베이스에 대해서는 node 고유 번호 혹은 SWP ID, GI, PIR ID로 검색할 수 있게 구성하였고, 검색한 결과에는 검색한 단백질의 서열, COG로 나타나는 기능정보, GO로 표현되는 주석정보, 그리고 그 단백질이 포함하고 있는 도메인 정보들이 포함된다(Fig. 4). 물론, 검색한 단백질과 상호작용하는 단백질들을 확인할 수 있게 구현하였다. BIND 데이터베이스의 경우 사용자는 GI, Ref ID로 BIND에 포함되어 있는 단백질을 검색할 수 있다. 검색한 결과는 검색한 단백질의 종, 서열, COG ID, GO 그리고 포함한 도메인 정보들을 확인할 수 있다. 그리고 DIP의 경우 처럼 검색한 단백질과 상호작용하는 단백질들을 확인할 수 있게 구성하였다. GRID 데이터베이스의 경우 사용자는 ORF ID, Gene ID, SGD ID로 검섹할 수 있게 구현하였다. 검색 결과에는 DIP 검색에서와 마찬가지로 단백질의 서열, COG로 나타나는 기능정보, GO로 표현되는 주석정보, 그리고 그 단백질이 포함하고 있는 도메인 정보들이 포함된다. 또한 검색한 단백질과 상호작용하는 단백질들을 확인할 수 있다.</p>