CpG Island Searcher와 Emboss-CpGPlot 프로그램들과의 검색 성능을 비교하기 위해, CpG Island Searcher와 Emboss-CpGPlot와 유사한 파라미터를 사용하여 CpGi의 검색 결과를 분석하였다. 분석에는 22번 염색체의 AP00524 Contig와 21번 염색체의 NT_029490.3 Contig를 사용하였고, Emboss-CpGPlot의 설정은 분석 윈도우 크기가 \(200\mathrm{bp}\)이고 스텝 크기가 \(1\mathrm{bp}\)이며, Obs(CpG)/Exp(CpG) 값은 0.6, MinPC는 50, Length는 \(200\mathrm{bp}\)로 설정되었다. CpG Island Searcher의 설정은 %GC가 55, Obs(CpG)/Exp(CpG) 값은 0.6, Length는 \(200\mathrm{bp}\), Gap 값은 \(100\mathrm{bp}\)로 설정되었다.
<p>(C-2) 단계 (B)에서 계산한 결과 값들이 CpG island로 판단하는 기준을 충족시키지 못할 경우 분석 윈도우를 스텝크기 만큼씩 진행 방향으로 이동시키면서 기준을 충족시킬 때까지 계속 진행한다. 충족되어지는 영역이 검색되어지면 (C-1)단계의 작업을 수행한다.</p> <p>(D) 분석 윈도우의 끝부분이 입력 서열의 마지막 위치에 도달하면 (B)단계로 이동한다. 그렇지 않으면 분석 윈도우의 끝부분에 새로운 분석 윈도우를 위치시키고 (B)단계에서 (D)단계 과정을 반복 수행한다.</p> <p>(E) 검색 완료된 입력 서열내의 각각의 CpG island에 대해 인접한 것들끼리의 거리가 Gap 값 미만이고 상호 연결했을 경우에 합쳐진 단일 영역이 %GC 및 Obs(CpG)/Exp(CpG) 값들을 충족시키는 것들이 있으면 서로 연결하여 하나의 단일 CpG island로 최종 보고한다.</p> <h2>CpG Island Searcher와 Emboss-CpGPlot 프로그램들과의 검색 성능 비교</h2> <p>CpGi의 검색 성능을 파악하기 위해 기존의 검증된 웹 인터페이스 기반의 CpG island 검색 프로그램인 CpG Island Searcher와 Emboss-CpGPlot 등과 동일하거나 거의 유사한 파라미터 내에서 검색 결과를 비교분석하였다. 실제 각 프로그램마다 사용할 수 있는 파라미터와 내부 검색 알고리즘 등의 미묘한 차이 등으로 말미암아 \( 100 \% \) 완전한 비교분석을 할 수 없지만 나름대로 객관성을 확보하기 위해 파라미터들을 최대한 유사하게 설정하고 비교분석하였다. 각 프로그램의 파라미터들을 살펴보면, 먼저 Takai와 Jones의 기준에 기반을 둔 CpG Island Searcher의 경우 모든 파라미터들은 라디오 버튼 형태로 구성되어 있다. \( \% \text { GC } \)는 \( 50 \% \) 부터 시작해서 \( 60 \% \) 까지 \( 1 \% \) 간격으로 11개의 라디오 버튼으로 이뤄져 있으며 기본 값으로는 \( 55 \% \)로 설정되어 있고, Obs(CpG)/Exp(CpG)는 0.6부터 0.7까지 0.01 간격으로 11개의 라디오 버튼으로 구성되어 있으며 기본 값으로는 0.65로 설정되어 있다. 그리고 분석 원도우 크기는 \( 200 \mathrm { ~bp } \)부터 \(1,200 \mathrm { ~bp } \)까지 \( 100 \mathrm { ~bp } \) 간격으로 선택할 수 있으며 기본 값으로는 \( 500 \mathrm { ~bp } \)로 설정되어 있고, 마지막으로 Gap값은 \( 100 \mathrm { ~bp } \)부터 \( 300 \mathrm { ~bp } \)까지 \( 50 \mathrm { ~bp } \) 간격으로 설정할 수 있으며 기본 값으로는 \( 100 \mathrm { ~bp } \)를 사용하고 있다. Emboss-CpGPlot은 기본적으로 Gardiner-Garden와 Frommer의 기준에 기반을 두고 있으며 분석 윈도우 크기는 \( 100 \mathrm { ~bp } \)부터 \( 400 \mathrm { ~bp } \)까지 \( 100 \mathrm { ~bp } \)씩, Obs(CpG)/Exp(CpG)는 0.6부터 1.0까지 0.1씩, MinPC는 30부터 80까지 10씩(MinPC는 CpG island로 확정짓기 전에 10개의 분석 윈도우 내에서 G와 C가 차지하는 최소 평균 백분율 값을 의미함), CpG island의 최소 길이 값인 Length는 \( 50 \mathrm { ~bp } \), \(100 \mathrm { ~bp } \), \(200 \mathrm { ~bp } \), \(300 \mathrm { ~bp } \), \(400 \mathrm { ~bp } \), \(500 \mathrm { ~bp } \) 등의 값을 선택할 수 있으며 그 외에 스텝크기로는 1, 2, 5, 10 등의 값을 선택할 수 있게 되어 있다. 이렇듯 앞에서 언급한 바대로 CpG island를 검색하기 위해 개발된 프로그램들의 특성과 내부 알고리즘의 기준에 따라 각각의 파라미터들이 다르기 때문에 CpGi가 유효한 결과를 나타내는지 비교분석하기 위해 최대한 유사하거나 동일한 파라미터 값들을 적용하도록 하였다. 그러한 측면에서 Bnboss-CpGPlot의 일부 파라미터들은 선택할 수 있는 값들의 차이가 너무 크기 때문에 Emboss-CpGPIot의 기준에 CpG Island Searcher와 CpGi의 기준을 최대한 맞추어 결과를 분석하였다. 비교 분석시 22번 염색체의 AP00524 Contig와 21번 염색체의 NT_029490.3 Contig를 사용하였고, 설정한 파라미터 값들은 Emboss-CpGPIot의 경우 분석 윈도우 크기는 \(200 \mathrm { ~bp } \), 스텝크기는 \(1 \mathrm { ~bp } \), Obs(CpG)/Exp(CpG)는 0.6, MinPC는 50, Length는 \(200 \mathrm { ~bp } \) 였고, CpG Island Searcher의 경우에는 %GC는 55, Obs(CpG)/Exp (CpG)는 0.6, Length는 \(200 \mathrm { ~bp } \), Gap값은 \(100 \mathrm { ~bp } \)였다. 마지막으로 CpGi의 경우 분석 윈도우 크기는 \(200 \mathrm { ~bp } \), 스텝크기는 \(1 \mathrm { ~bp } \), Obs(CpG)/Exp (CpG)는 0.6, Gap값은 \(100 \mathrm { ~bp } \), %GC는 55, 그리고 #CpG는 10으로 설정하여 실행하였다.</p>