단백질 상호작용 데이터를 파싱 과정을 통해 바로 데이터베이스에 갱신 가능하게 설계하고 구현하였다. WASPIFA 시스템은 단백질 기능분석에 필요한 상호작용 및 기능 정보 등을 체계적으로 제공한다. 단백질 상호작용 데이터베이스의 ID와 서열 상동성 검색을 통해 단백질의 상호작용 정보와 함께 기능정보, 주석정보, 도메인 및 모티프 정보 등을 확인할 수 있어, 단백질 서열을 전반적으로 분석할 수 있다. 또한, WASPIFA는 상호작용 정보를 단백질 수준에서 도메인 수준으로 데이터베이스화하여 사용자가 쉽게 도메인 수준의 상호작용 정보를 추출할 수 있도록 한다.
<p>단순히, 단백질 상호작용 관련 데이터의 경우는 데이터 갱신이 바로 이루어질 수 있지만, FA (Function and Annotation) DB와 Domains DB의 경우는 유사성 검색 혹은 InterProScan을 이용해야 하므로 많은 시간이 소요된다 (짧게는 2~3일 길게는 1주일 이상 소용됨). 따라서 데이터 갱신의 결과는 바로 확인하기는 어려우며 시스템에서 제시하는 시간이 흐른 후에 확인이 가능하다. 사용자가 데이터를 업로드하면 WASPIFA 시스템은 내부에서 Fig. 6와 같은 과정을 거쳐서 데이터를 갱신하게 된다. 우선 단백질 상호작용 데이터 즉, 단순히 두 단백질 사이의 상호작용 관계를 표현하는 데이터는 데이터의 파싱(Parsing) 과정을 거치면 바로 데이터베이스에 갱신이 가능하도록 설계하고 구현하였다. Function DB와 Annoation DB의 경우는 서열 데이터를 받아서 COG와 GO 데이터베이스와 서열 유사성 검색을 하고 그 결과 COG ID와 Term ID를 얻어내고 그것을 데이터베이스화 하도록 구성되어 있다. Domains DB는 입력 받은 서열데이터에 대한 도메인 정보를 InterPro 데이터 베이스를 대상으로 InterProScan 프로그램을 구동시켜 얻어낸 것인데, 이 과정의 작업은 아주 많은 시간이 소요된다. 그리고 DDI DB는 단백질 상호작용 관계정보와 도메인 정보를 이용해서 도메인 사이의 상호작용 관계를 추출하고 그 정보를 데이터볘이스화 하도록 구현하였다.</p> <h1>결론 및 고찰</h1> <p>본 논문은 단백질의 기능분석을 위해 핵심적으로 요구되는 단백질 상호작용 관계 및 기능정보 등을 체계적으로 제공 할 수 있는 WASPIFA 시스템에 대해서 다루었다. WASPIFA 시스템은 기존의 단백질 기능 및 상호작용 관련 시스템과는 달리 분석하고자 하는 서열의 종합적인 정보 즉, 기능정보 및 주석정보, 도메인 정보, 상호작용 관계정보를 한 눈에 보기 쉽게 제공하기 때문에, 분석 대상서열의 종합적인 정보를 얻고자 하는 사용자가 편리하게 이용할 수 있는 시스템이라 할 수 있다. WASPIFA 시스템의 기능과 특징을 보다 더 구체적으로 언급하면 다음과 같이 요약할 수 있다. 기존의 단백질 상호작용 데이터베이스들을 통합하여 사용자가 한번에 손쉅게 단백질 상호작용 데이터를 검색 및 분석할 수 있다. 그리고 단백질 상호작용 데이터베이스의 ID나 서열의 상동성 검색을 통해 단백질의 상호작용 정보뿐만 아니라, 부가적으로 단백질의 기능정보 및 주석정보, 그리고 단백질이 포함하고 있는 도메인 및 모티프 정보들을 확인할 수 있으므로 단백질 서열을 종합적으로 분석할 수 있다. 게다가, WASPIFA 시스템은 전처리 과정에서 단백질 수준에서의 상호작용 관계정보를 이용해서 실제로 상호작용이 일어나는 도메인 수준에서의 상호작용 관계정보를 데이터베이스화하여 사용자는 손쉽게 도메인 수준에서의 상호작용 정보를 추출할 수 있다</p>