CCDC94 유전자의 염기서열은 BLAT으로 분석하였으며, 전사체 내 전위요소 분석은 RepeatMasker 프로그램을 사용하였다. 붉은 털 원숭이 뇌 조직의 cDNA 라이브러리를 통해 동정된 CCDC94 유전자의 전사 양상과 특징을 인간의 것과 비교 분석하기 위해 total RNA를 분리하였다. 마지막으로 full-length cDNA library에서 새롭게 찾아낸 각 전사체를 인간 및 영장류 ge-nomic DNA를 사용하여 가동성인자 삽입시기 분석을 위해 PCR 증폭을 진행하였으며, 조직 발현을 확인하기 위해 RT-PCT 증폭도 진행하였다.
<h2>CCDC94 전사체에서 전위요소분석</h2> <p>\(CCDC94 \) 유전자의 염기서열은 UCSC genome browser (http://genome.ucsc.edu/)의 BLAT (Basic local alignment tool)을 이용하여 분석하였으며, 라이브러리를 통해 밝혀진 전사체 내에 삽입된 전위요소 서열의 분석을 위하여 RepeatMasker 프로그램을 사용 하였다(http://repeatmasker. genome.washington.edu).</p> <h2>Total RNA분리</h2> <p>또한 붉은 털 원승이 뇌 조직의 cDNA 라이브러리를 통해 동정된 \(CCDC94 \) 유전자의 붉은 털 원숭이 내에서의 전사 양상 및 전사의 특징과 인간과의 비교 분석을 위하여 붉은 털 원숭이의 조직 (1, 부신; 2, 소뇌; 3, 대뇌피질; 4, 심장; 5, 신장; 6, 간; 7, 폐; 8, 고환; 9, 골격근; 10, 기관; 11, 비장; 12, 결장; 13, 맹장; 14, 위; 15, 췌장; 16, 타액선; 17, 직장; 18, 방강; 19, 십이지장; 20, 공장에서 RNeasy mini kit (Qiagen)을 이용하여 tota RNA를 분리하였다. 인간 조직, 1.부신; 2, 소뇌; 3, 전 뇌; 4, 심장; 5, 신장; 6, 간; 7, 폐; 8, 고환; 9, 기관; 10, 골수; 11, 태아 뇌; 12, 태아 간; 13, 태반; 14, 전립선; 15, 타액선; 16, 골격근; 17, 척수; 18, 흥선; 19, 갑상선; 20, 골수 유래의 total RNA는 Clontech사로부터 구매하였다.</p> <h2>PCR과 RT-PCR 증폭</h2> <p>붉은 털 원승이 뇌조직으로부터 확립한 full-length cDNA library에서 찾아낸 각 전사체를 인간 및 영장류 ge-nomic DNA를 사용하여 각 전사체의 가동성인자의 삽입시기 분석을 위해 PCR 증폭을 하였다. 이들의 프라이머 정보는 Table 1 에서 보여준다. PCR 분석은 \( 94 ^ {\circ } \mathrm { C } \)에서 \( 4 \mathrm { min } \) 35 cycle로 \( 94 ^ {\circ } \mathrm { C } \)에서 \( 40 \mathrm { sec } , 55 ^ {\circ } \mathrm { C } \)에서 \( 40 \mathrm { sec } , 72 ^ {\circ } \mathrm { C } \)에서 \( 3 \mathrm { ~min } \)에서 수행하였다. 추출한 RNA는 cDNA 합성을 위해 DNA-free RNA를 사용했으며, M-MLV (moloney- murine leukemia virus) 역전사 효소(Promega)와 RNase inhibitor(Promega)를 사용하여 합성하였다. 새롭게 찾아낸 각 전사체의 조직 발현을 보기 위해 RT-PCR 증폭을 하였다. 각 유전자들의 프라이머 정보는 Table 1에서 보여준다. RT-PCR 분석은 \( 94 ^ {\circ } \mathrm { C } \)에서 \( 4 \mathrm { ~min } \) 35 cycle로 \( 94 ^ {\circ } \mathrm { C } \)에서 \( 40 \mathrm { sec } , \) \( 55 ^ {\circ } \mathrm { C } ^ \sim 58 ^ {\circ } \mathrm { C } \)에서 \( 40 \mathrm { sec } , 72 ^ {\circ } \mathrm { C } \)에서 \( 3 \mathrm { ~min } \)에서 수행하였다. Positive control로서는 housekeeping 유전자인 G3PDH(glyceradehydes-3-phosphate dehydrogenase)를 이용하였으며, 프라이머 G3PDH-S (GAA ATC CCA TCA CCA TCT TCC AGG)와 G3PDH-AS (GAG CCC CAG CCT TCT CCA TG)를 사용해 G3PDH를 증폭하였다.</p>