말의 전사체에서 발현되는 레트로엘레먼트를 분석하기 위해 RepeatMasker 프로그램을 이용하였으며, 말을 연구하는 자로 하여금 양질의 정보를 제공받을 수 있도록 말의 지놈서열을 분석할 수 있는 데이터베이스를 구축하였다. 또한, 데이터베이스를 체계적으로 정리하기 위해 품종 정보를 정리할 때 말의 원산지, 체격, 모색, 용도, 분포 등의 정보를 정리해놓았으며, 말 전사체의 레트로엘레먼트를 분석함으로써, 말에서 발생하는 특이 질병의 원인을 분석할 수 있을 것으로 예상된다.
<h2>말의 레트로엘레먼트 분석</h2> <p>말의 전사체에서 발현되는 레트로엘레먼토(retroelement) 을 분석하기 위한 방법으로 말의 전사체서열을 RepeatMasker (http://www.repeatmasker.org/) 프로그램을 이용하여 분석하였다. 말에 대한 레트로엘레먼트의 정보가 많이 없었기 때문에 RepeatMasker 프로그램을 사용할 때 척추동물에 존재하는 모든 레트로엘레먼트를 라이브러리로 활용을 하였다.</p> <h2>말 데이터베이스 구축</h2> <p>말의 생물학적인 정보를 제공하며 말의 지놈서열을 분석 할 수 있는 데이터베이스를 구축하여 말을 연구하는 연구자로 하여금 양질의 정보를 제공하게 하였다. 말 지놈 분석용 웹 BLAST를 구축하기 위해서 공개 데이터베이스인 NCBI GenBank에서 말의 지놈서열을 모두 이용하여 BLAST용 로컬데이터베이스를 구축하여 말 지놈분석을 용의하게 하였다. 또한 생물정보학적인 분석방법을 통하여 분석한 말의 유전자와 인간 유전자와의 비교분석 한 결과를 체계적으로 정리하여 분석데이터로 이용하였다. 또한 말의 분류정보는 NCBI 의 taxonomy browser와 인터넷상에 공개된 데이터를 통합하여 사용하였으며, 말의 생물학적인 데이터는 인터넷 상에 공개되어있는 정보들을 모두 이용하여 화석, 품종, 분포 정보 등 체계적으로 데이터를 분류하여 데이터베이스를 구축하였다.</p> <h2>말의 생물학적 정보 수집 및 웹 인터페이스</h2> <p>말의 용도가 농경이나 이동수단이 아닌 승마나 경마와 같은 레저수단으로 변화하여 우수한 말 품종을 육종하고 이를 보존하는데 모든 연구가 집중되어 있으며, 사업적으로 매우 가치 있기 때문에 다른 생물 종들과 달리 품종과 진화에 대한 연구가 많이 진행되어 말의 품종과 진화에 대한 많은 정보들이 공개되어 있다. 이러한 정보들을 체계적으로 정리하기 위하여 품종에 대한 정보를 정리할 때 말의 원산지, 체겨, 모색, 용도, 분포 동의 정보를 정리하였다. 또한 말의 분포도를 나눌 때에는 크게 유럽 종, 아프리카 종, 아시아 종, 남북 아메리카 종, 대양주 종 5 개의 품종으로 구분하여 정리하였다. 말 지놈 데이터베이스는 MySQL을 이용하였으며 웹서버는 아파치(apache)를 사용하였다.</p> <h1>결과 및 고찰</h1> <h2>말의 유전자에서 발현되는 레트로엘레먼트 분석</h2> <p>현존하는 거의 모든 종은 진화 과정 동안 레트로엘레먼트의 전사체가 지놈 내로 유입되어 현재까지도 세포 내 유전자와 함께 발현되고 있다. 이렇게 발현되는 레트로엘리먼트는 지놈 분석을 위한 cDNA 제작시 이들 서열에 포함되어 실제세포 내 유전자와 함께 분석되고 있다. 이러한 레트로엘레먼트를 포함한 전사체는 직 - 간접적으로 질병을 발생시키기도 하고 또한 생물학적으로 중요한 기능을 담당하기도 한다. 그러므로, 말 전사체에서 레트로엘레먼트를 분석함으로써 말 지놈의 특성을 이해할 수 있으며 말의 유전자의 발현에 영향을 미치는 레트로엘레먼트를 분석함으로써 말에서 발생하는 특이적인 질병의 원인을 분석할 수도 있다.</p>