암소 619두의 꼬리털 모근에서 추출한 DNA를 정보로 GBLUP 방법에 사용하였다. 유전체 데이터의 Quality control을 적용하여 분석의 정확성을 높이고 PLINK formatting 과정을 통하여 ped, map file을 작성하였다. 육종가 추정은 REMLF90 program을 이용한 유전모수를 추정하였고 육종가의 추종은 BLUPF90 program을 사용하였다. 각 형질에 대한 상가적 유전효과의의 유전모수는 \( Y_ { P } = X \beta + Z u + e \)과 같은 훈합선형모형을 통하였다.
<p>GBLUP을 방법을 사용하기 위한 SNP 유전자형 정보는 암소 619두의 꼬리털을 채취하여 모근에서 추출한 DNA (DeoxyriboNucleic Acid)를 Hanwoo 50K SNP Analysis BeadChip 을 이용하여 분석하였다.</p> <p>BLUP 방법의 참조집단은 혈통 정보와 표현형 정보(생년월일, 도축성적, 도축일령, 농장번호 등)를 가진 한우 339,689 두의 자료를 수집하였다. 개체의 정보는 축산물품질평가원, 농협 한우개량사업소와 한국종축개량협회, 축산물이력제에서 정보를 조회하여 자료를 수집하였다. GBLUP 방법의 참조집단은 표현형정보와 유전체정보를 둘 다 보유한 12,000 두를 동물분자유전육종사업단에서 제공받아 사용하였으며, 유전체 정보는 Hanwoo 50K SNP Analysis BeadChip을 사용하여 유전자형이 분석되었다.</p> <p>정확한 분석을 위하여 유전체 데이터 QC(Quality control) 를 진행하였으며, 유전자형 정보를 PLINK 1.9 program 분석 형식으로 만들기 위해 GenomeStudio 2.0 program을 사용하여 Finalreport file를 출력하고 Perl 언어를 이용하여 PLINK formatting을 과정을 진행해서 ped, map file을 작성하였다. QC 기준은 sample Call rate가 \( 90 \% \) 미만인 sample,  SNP 의 Call rate가 \( 90 \% \) 미만인 SNP, MAF (Minor Allele Frequency)가 \( 1 \% \) 미만인 SNP, HWE (Hardy-Weinberg Equilibrium)가 \( 1 \times 10 ^ { -7 } \) 미만인 SNP 정보를 제거하여 총 45,870 개의 SNP 정보를 사용하였다.</p> <p>GBLUP 방법의 참조집단 크기에 따른 유전체 육종가의 정확도 분석을 위해서 참조집단을 크기에 따라 그룹 별로 2,000두씩 차이를 두어 각각 6,000 두, 8,000 두, 10,000 두, 12,000 두로 4 개의 그룹을 만들어 분석에 활용하였다.</p> <h2>통계분석</h2> <p>육종가 추정을 위한 유전모수의 추정은 REMLF90 program 을 사용하였고, 육종가의 추정은 BLUPF90 program 을 사용하였다. 한우의 4 대 형질에 대한 유전모수를 추정하기 위해 구축한 혈연관계행렬(A-matrix)과, 유전체관계행렬 (G-matrix)을 사용하였고 각 형질별 단형질 분석을 진행하였다. 각 형질에 대한 유전분산 및 환경분산을 추정한 후 4 대 형질에 대한 육종가 추정을 실시하였다. 각 형질에 대한 상가적 유전효과의 유전모수를 추정하기 위한 혼합선형모형을 작성하면 아래와 같다.</p> <p>\( Y_ { P } = X \beta + Z u + e \)</p> <p>\( Y_ { p } \) 는 도체형질에 대한 관측치, \( x \) 는 고정효과에 대한 계수행렬, \( z \) 는 개체에 대한 임의효과 벡터, \( \beta \) 는 고정효과에 대한 추정치 벡터, \( \mathrm { u } \) 는 상가적 유전효과, \( \mathrm { e } \) 는 임의 오차 벡터이다. \( \mathrm { A } \) 와 \( \mathrm { G } \) 는 각각 개체 간의 혈연관계행렬과 유전체관계행렬을 의미한다. 1 는 단위행렬(Identity matrix)을 의미하며, \( \sigma_ {\alpha } ^ { 2 } \) 와 \( \sigma_ { e } ^ { 2 } \) 는 각각 상가적 유전분산과 임의 환경 분산을 의미한다. 위의 모형을 사용하여 각 형질별 유전모수 및 육종가를 추정하였다.</p>