본 연구는 191두의 한우 후대를 대상으로 혈액을 채취하고 DNA 추출을 진행하였다. 도체와 성장에 관련된 다양한 성적이 고려되었다. CAST 유전자 염기서열을 참고하여 31개의 exon 지역에 대해 8종류의 primer를 제작하여 PCR 증폭을 수행하였다. 또한, 연관불균형 측정을 위해 SNPAnalyzer를 사용하여 \( \mathrm{D}^{\prime} \)와 \( \mathrm{r}^{2} \) 값을 추정하였다. 마지막으로, 한우의 CAST 유전자 내 변이와 경제형질 간의 연관성을 분석하기 위해 SAS Package를 사용하였다.
<h1>재료 및 방법</h1> <h2>공시재료 및 DNA 추출</h2> <p>공시재료로 도체 및 성장관련 성적(생체중, 도체중, 도체율, 배장근 단면적, 등지방 두께, 근 내 지방도, 6개월령, 12개월령, 18 개월령, 24개월령 체중)을 보유한 한우 후대 검정 우 191 두의 혈액을 EDTA가 첨가된 튜브에 채취한 후 AccuPrep®Genomic DNA Extraction Kit (BioNEER, Korea)을 이용하여DNA를 추출하여 본 연구에 활용하였다.</p> <h2>PCR 수행 및 Sequencing 수행</h2> <p>소의 CAST 유전자 염기서열 정 보(Gene bank accession no. NC_007305)를 바탕으로 31개의 exon 지역을 대상으로 한 총 8종의 primer를 제작하여 PCR 증폭을 위한 조건을 설정하였다</p> <p>PCR 반응 액은 Template DNA 20~100 \( \mathrm{ng} / \mu \mathrm{l} \), 각각의 pri-mer 쌍 0.1\( \mu \mathrm{l} \) 10\( ( \mathrm{pmol}) \) 10 X Buffer 1.2\( \mu \mathrm{l} \) (10 \( \mathrm{mM} \) Tris-HCl, 50\( \mathrm{mM} \) \( \mathrm{KCl} \), 1.5\( \mathrm{mM}\) \(\mathrm{MgCl} 2, \mathrm{pH} \) 8.3), dNTP 1 \( \mu \mathrm{l}(2.5 \mathrm{mM}) \), Taq polymerase 0.06\( \mu \mathrm{l} \) (10 \( \mathrm{unit} / \mu \mathrm{l} \)) (Genetbio, Korea)를 첨가한 후 PCR 반응 액을 총 10 \( \mu l \)으로 조성하였다. 반응조건은 최초 95\( ^{\circ} \mathrm{C} \) 서 10분간 예비가열 한 후 95\( ^{\circ} \mathrm{C} \) 에서 30초 동안 변성시키고, 각 primer에 대응하는 annealing 온도에서 30초 그리고 72\( ^{\circ} \mathrm{C} \)서 40초 합성시키는 총 35사이클을 반복수행하고 72\( ^{\circ} \mathrm{C} \) 서 10분간 마지막 합성단계를 수행하고 DNA 증폭을 중단하였다. 증폭된 산물은 2\( \% \) agarose gel에서 전기영동을 실시하여 각 primer별 증폭산물의 크기를 확인하였다.</p> <p>증폭된 CAST 유전자의 증폭 산물은 purification 과정을 통해 주요 증폭 산물 외의 band들을 제거한 후, BigDye®Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kits (Applied Biosystems,USA)를 이용하여 각각의 염기에 형광 dye를 부착 한 후, ABI3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, USA)를 통하여각 primer에 대한 개체 별 염기서열을 결정하였다. 결정된 염기서열은 seqMAN Ⅱ (DAN SATAR Inc.) 프로그램을 이용하여 개체 간 변이여부를 확인하였다.</p> <h2>통계분석</h2> <h3>연관불균형 분석</h3> <p>연관불균형(Linkage disequilibrium) 정도를 측정하기 SNPAnalyzer \( 2.0 \) (Istech, Korea)를 사용하여 변이간의 \( \mathrm{D}^{\prime} \)와 \( \mathrm{r}^{2} \) 값을 추정하였다.</p> <h3>형질과의 연관성 분석</h3> <p>한우의 CAST 유전자 내 변이와 경제형질간의 연관성을 분석하기 위해 SAS Package를 사용하였으며 통계분석이 이용된 모형은 아래와 같다.</p> <p>\( Y_{i j k}=\mu+T i+G j+e_{i j k} \)</p> <ol type= start=1><li>Y: 대상형질에 대한 관측치</li> <li>μ: 대상형질의 전체 평균</li> <li>G: 유전자형 효과</li> <li>T: 검정 일에 대한 공 변이 효과</li> <li>eijk: 임의 오차</li></ol>