이 연구에서는 균주를 동정하기 위해 FAM 10의 16S-rDNA와 16S-23S의 서열을 분석하였다. 지금까지 보고된 여러 종류의 Salinivibrio 균주들 모두 동일한 균주내에 2가지 다른 형태의 16S rDNA 염기서열을 갖는 균주는 아직 보고된 바 없기 떄문에 분리된 FAM 10은 기존에 보고된 균주의 16S rDNA와는 다른 특징을 갖는 균주임을 확인할 수 있었다. 또한 rRNA 오페론의 유전적 배열을 더 확인하기 위하여 계통발생도와 16S-23S IGS 서열과 tRNA 유전자 배열, 생화학적인 특징 등을 비교하였다. 그 결과 분리된 FAM 114와 FAM 115를 각각 Halobacillus sp. FAM 114와 FAM115로 명명하였으며 향후 이 분리된 균주들에 대한 항진균 활성과 암세포 제해 활성을 관찰할 필요가 있다고 하였다.
<h2>균주 FMA 10의 16S-rDNA와 16S-23S 유전자 사이 부위의 서열분석</h2> <p>균주를 동정하기 위해 FAM 10의 16S-rDNA 서열을 결정하였다. FAM 10은 191번째부터 염기서열이 각각 "AC" 와 "TAGTTCATTACGAGCTG"을 갖는 2가지 다른 형태의 16S rDNA (GenBank Accession Numbers JN381953과 JN381954)가 존재하였다. 대부분의 미생물은 염색체에 16S rRNA gene이 여러 복사본이 존재하는데, FAM 10은 염색체내에 적어도 2개의 다른 copy의 165 rRNA gene들이 존재함을 의미한다. BLAST를 이용하여 상동성 분석을 한 결과, 많은 Salinivibrio sp. (AJ640132.1, GU212631.1, EU308487.1, HQ641751.1, EU308488.1， X95527.1， X95531.1， EU308484.1， X95530.1, X74699.1, 그리고 AF057016.1)의 16S rDNA서열들과 \(98.99\%\)의 서열 동일성(sequence identity)을 확인하였다. Fig. 5는 FAM 10의 계통발생도를 표현한 것으로, Salinivibrio에 속하며, 특히 Salinivibrio costicola와 가장 유사한 것으로 확인이 되었다. 16S rRNA 유전자 데이터베이스에 따르면, Salinivibrio는 균주에 따라서 191번째(JN381953 서열번호기준)부터 변화된 서열을 보이는 균들이 많았다. 예를 들어서 Salinivibrio sp. TA09_2, TA09_1, TA012_1, TA012_2, TA012_3, NTU-05, Salinivibrio costicola strain SI3, GSP020, GSP12, Salinivibrio budaii strain PT, 그리고 Salinivibrio costicola subsp. vallismortis strain DV는 JN381953과 동일한 "AC" 서열을 가지며, S. costicola srain NCIMB 701-T, strain E-367, strain H-178는 JN381954와 동일한 "TAGTTCATTACGAGCTG" 서열을 갖는 것으로 확인이 되었다. 그러나, Salinivibrio sp. 18AG, H3B27, cepa 6, 그리고 V-15 균주들은 동일한 위치에 또 다른 공통서열인 "TGATTCGTTAGAGTCA"를 나타내었다. 따라서, 여러 Salinivibrio 균주들 사이에서 이 위치에 많은 변화가 존재함을 확인할 수 있었다. 그러나, 지금까지 보고된 여러 종류의 Salinivibrio 균주들 모두 동일한 균주내에 2가지 다른 형태의 16S rDNA 염기서열을 갖는 균주는 아직 보고된 바 없다. 따라서, 본 연구에서 분리된 FAM 10은 기존에 보고된 균주의 16S rDNA와는 다른 특징을 갖는 균주임을 확인할 수 있었다.</p> <p>rRNA 오페론(rrn operon)의 유전적 배열을 더 확인하기 위하여, 16S-23S IGS 서열을 분석하였다. FAM 10의 16S-23S IGS 부위를 PCR로 증폭한 결과, 300에서 800 \(\mathrm{bp} \) 사이에 특징적인 4가지 단편을 얻을 수 있었다. 그 단편들의 염기서열을 확인하고 다중배열하여 분석하였다. 염기서열, 서열길이, 그리고 존재하는 tRNA 형태에 따라서 분류한 결과, FAM 10에는 4가지 다른 유형의 IGS들이 존재하였다. 즉, tRNA가 존재하지 않는 \( 310 \mathrm{bp} \)의 IGS (IGS\( ^{\mathrm{O}} \)라 명명), 각각 이소루이신과 알라닌을 운반하는 tRNA가 존재하는 534 \( \mathrm{bp} \)의 IGS (IGS\(^{\mathrm{IA}}\)라 명명), 각각 이소루이신과 알라닌을 운반하 는 tRNA가 존재하는 \( 633 \mathrm{bp} \)의 IGS (IGS\(^{\mathrm{IA}}\)라 명명), 각각 글루탐산, 라이신, 그리고 발린을 운반하는 tRNA가 존재하는 \( 568 \mathrm{bp} \)의 IGS (IGS\(^{\mathrm{EKV}}\)라 명명) (JN381956, JN381957, JN381958, 그리고 JN381959, Table 3)가 확인되었다. FAM10내 존재하는 tRNA 유전자를 제외한 IGS들의 염기서열은 Salinivibrio costicola ATCC 33508에 존재하는 5가지 유형의 IGS (2가지 IGS\(^{\mathrm{O}}\), 2가지 IGS\(^{\mathrm{E}} \), 그리고 1가지 IGS\(^{\mathrm{I}} \)) 들과 \( 99 \% \) 서열 동일성을 나타내었다. 그러나, FAM 10에 IGS내의 tRNA 유형과 유전자 배열은 기존에 보고된 Salinivibrio costicola ATCC 33508와 많은 Vibrio species에 존재하는 형태와는 다른 유형과 유전적 배열을 나타내었다. 따라서, 계통발생도와 16S-23S IGS 서열과 tRNA 유전자 배열, 생화학적인 특징을 비교하여 보면, 본 연구에서 분리된 FAM 10은 기존에 보고된 Salinivibrio 균주와는 그 특징이 다른 새로운 Salinivibrio sp. 임을 확인하였다.</p> <h2>균주 FMA 114와 FAM 115의 16S-rDNA와 16S-23S 유전자 사이 부위의 서열분석</h2> <p>염기서열분석 결과, FAM 114와 FAM 115는 완전히 동일한 16S rRNA 유전자 서열을 가졌으며(JN381955), Halobacillus trueperi whb45, HLSB3, LS5, S6-16, GSP38, XJSL8-8, XJSL8-9, 그리고 Halobacillus sp. CNJ955 (FJ444991.1, FJ999554.1, FJ937876.1, EU624440.1, AY505522.1, GQ903457.1, GQ903458.1, and DQ448804.1의 16S rDNA 서열과 \( 99 \% \) 동일성을 보여주었다. 계통발생도 분석결과, FAM 114와 FAM 115는 Haldacillus 에 속하며, 특히 Halobacillus trueperi와 가장 유사한 것으로 확인이 되었다.</p> <p>FAM 114와 115의 16S-23S IGS 부위를 PCR로 증폭한 결과, 젤 상에서 약 \( 230 \mathrm{~bp} \)와 \( 500 \mathrm{~bp} \)에 해당되는 2개의 단편을 확인하고 그 염기서열을 분석하였다. FAM 114는 tRNA 유전자가 존재하지 않는 2가지 종류의 \( 170 \mathrm{~bp} \)의 IGS (IGS\(^{\mathrm{O}}\)라 명명)와 각각 이소루이신과 알라닌을 운반하는 tRNA 유전자를 함유하는 \( 412 \mathrm{~bp} \)의 IGS (IGS\(^{\mathrm{IA}}\)라 명명)가 존재함을 확인하였다(JN381960, JN381961, 그리고 JN381962). FAM 115에 는 1개의 \( 170 \mathrm{~bp}\) IGS\(^{\mathrm{O}}\)와 1개의 \( 412 \mathrm{~bp} \) IGS\(^{\mathrm{IA}}\) (JN381963와 JN381964)가 존재함을 확인하였다. 두 균주에 존재하는 3개의 IGS\(^{\mathrm{O}}\)와 2개의 IGS\(^{\mathrm{IA}}\)는 각각 1~2 염기만을 제외하고는 모두 같은 염기서열을 가지며, tRNA 유전자 역시 같은 배열을 나타내었다. 또한, FAM 114와 FAM 115의 tRNA를 제외한 IGS 서열은 Halobacillus aidingensis와 Halobacillus sp. JM-Hb과 \( 99 \% \) 동일성을 보여주었다. 따라서, 계통발생도와 16S-23S IGS분석, 생화학적인 특성에 기초하여, 분리된 FAM 114와 FAM 115를 각각 Halobacillus sp. FAM 114와 FAM115로 명명하였다.</p> <p>중국 염전에서 분리한 H. trueperi whb7과 H. trueperi whb45의 경우, 각각 병원성 곰팡이인 Candida albicans와 간암세포 Bel 7402의 증식억제효과를 나타내는 활성이 보고 되었다. 향후 건강 기능성 멸치액젓을 개발하기 위한 목적으로, 본 연구에서 분리된 FAM 114와 FAM 115 균주에 대한 항진균 활성과 암세포 제해 활성을 관찰할 필요성이 있다고 사료된다.</p>