16개 품종의 DNA 샘플을 이용하여 1차 PCR 검증과 2차 48개의 공시 품종에 대한 PCR 검사로 SSR 마커 다형성 분성을 진행하였다. 1차 PCR 검증에서 전기영동은 \( 2.5 \% \) Agaroese gel을, 2차 PCR r검정에서 PCR 밴드의 분리 효율이 더욱 높은 \( 2.5 \% \mathrm{SFR}^{\mathrm{TM}} \) agarose 사용하여 수행하였다.
<h2>SSR 마커 분석</h2><p>SSR 마커 다형성 분석을 위해 Soriano 등이 개발한 20개 의 SSR primer set(Table 2)을 사용하였다. 먼저 16개 품종의 DNA 샘플을 이용하여 1차 PCR 검정을 하였으며, PCR이 성공적으로 이루어졌음을 확인 후 48개 모든 공시 품종에 대한 2차 PCR 검정을 하였다. PCR 용액의 조성은 \( 20 \mathrm{ng} \)의 genomic DNA, 10X PCR buffer, \( 25 \mathrm{mM} \mathrm{MgCl}_{2},10 \mathrm{mM} \) dNTPs, \( 50 \mathrm{uM} \) forward primer, \( 50 \mathrm{uM} \) reverse primer, \( 5 \mathrm{U} / \mathrm{ul} \) Taq DNA polymerase \( 0.2 \mathrm{ul} \) (solgent, 대전)를 혼합하여 이용하였다. DNA 증폭은 Bio-RAD사의 MyCycler \( { }^{\mathrm{TM}} \)을 사용하여, Hot step을 \( 95^{\circ} \mathrm{C} \)에서 2분간 실시하였고, \( 94^{\circ} \mathrm{C} \)에서 15 초간 denaturation, \( 60^{\circ} \mathrm{C} \)에서 부터 30초씩 \( 0.5^{\circ} \mathrm{C} \) 떨어지도록 touch down으로 10 cycle하여 \( 55^{\circ} \mathrm{C} \)까지 annealing시켜 각 primer를 binding 시킨 후 \( 72^{\circ} \mathrm{C} \)에서 1분간 extension 시켰다. 그 다음 다시 \( 94^{\circ} \mathrm{C} \)에서 15 초간 denaturation, \( 55^{\circ} \mathrm{C} \)에서 30 초간 annealing, \( 72^{\circ} \mathrm{C} \)에서 1 분간 extension의 과정을 35 회 반복하였고, 최종적으로 \( 72^{\circ} \mathrm{C} \)에서 3 분간 extension을 수행하였다. 전기영동은 1 차 \( \mathrm{PCR} \) 검정시에는 \( 2.5 \% \) Agaroese gel (Certified \( ^{\mathrm{TM}} \) Molecular Biology, Biored, USA)을, 2차 PCR 검정시에는 \( \mathrm{PCR} \) 밴드의 분리 효율이 더욱 높은 \( 2.5 \% \mathrm{SFR}^{\mathrm{TM}} \) agarose (Amresco, USA) gel을 사용하여 \( 110 \mathrm{~V} \) 에서 약 2~3시간 동안 수행하였다. PCR 생성물은 EtBr로 stain 시킨 후 UV light로 확인 하였다.</p><h2>유연관계 분석</h2><p>PCR에 의해 증폭된 산물을 \( 2.5 \% \) agarose gel에서 분리한 후 분자량 확인용 \( 100 \mathrm{bp} \) DNA ladder band를 기준으로 하여 각 SSR 마커의 정확한 band 위치를 확인하였다. 특정 분자량의 band가 있는 것을 ' 1 ' 없는 것을 ' 0 '으로 하여 data matrix를 작성하여 NTSYS-pc software(version 2.02k)에 의해 유전적 유사도 분석에 이용하였다. 품종간 유전적 유연관계를 보여주는 dendrogram은 유전적 거리값을 기초로 비가중평균결합법(UPGMA)을 사용한 SHAN clustering 방법으로 작성하였다.</p>