Vibrio속의 세균은 해양환경에 널리 분포하며, 사람 혹은 어류 등에 병원성을 나타내는 중요한 세균 그룹이고, 6개의 Vibrio 종으로 구성된 core group은 16S rRNA gene의 유사도가 97.6% 이상, DNA-DNA 상동치(reassociation value)는 70%에 가까운 값을 나타내는 매우 밀접한 유연관계를 갖는 세균 종들로 구성되어 있다. 최근 위원회는 DNA-DNA reassociation 대신 MLSA (multilocus sequence analysis)를 이용하는 것을 권고하고 있으며, Pascual 등은 MLSA를 이용하여 Vibrio core group의 동정에 대한 유용성을 평가하였다. RFLP 패턴분석을 통해 genetic fingerprinting의 한 종류로 제한효소를 이용하였고 Vibrio속 세균의 종의 동정에 대한 유용성을 재평가한다.
<h1>서 론</h1> <p>Vibrio속의 세균은 그람 음성의 비브리오형 간균으로 하구, 해양 환경에 널리 분포하며 사람 혹은 어류 등에 병원성을 나타내는 세균으로 신속한 동정이 매우 중요한 세균 그룹이다. 그러나 이 그룹 내의 종들은 표현형과 유전형이 매우 유사하여 정확한 종 수준의 동정이 매우 어려운 것으로 알려져 있다. 특히 6개의 Vibrio 종으로 구성되는 Vibrio속의 core group (V. algindyticus, V. parahaemolyticus, V. harvey, V. campbellii, V. rotiferianus, 그리고 V. natriegens)은 16S r RNA gene의 유사도가 \( 97.6 \% \) 이상, DNA-DNA 상동치(reassociation value)는 \( 70 \% \)에 가까운 값을 나타내는 매우 밀접한 유연관계를 갖는 세균 종들로 구성되는데 이들을 중심으로 ARDRA, RADP, RFLP, AFLP, IGS-PCR, ribo-typing 등 여러 가지 분자적 방법들을 이용하여 Vibrio 종의 동정 및 검출이 시도되었으나 적용하는 방법에 따라 동정의 결과가 다른 것으로 보고되었다. 또한 16S rRNA gene의 염기서열을 이용한 Vibrio 종의 동정에는 한계가 있는 것으로 보고됨에 따라, recA, rpoB, rpoS, elastase gene, hsp60 등 많은 분자생물학적 방법과 유전자들이 이들 세균 종의 동정에 이용되고 있다. 즉 Vibrio 속 세균의 동정에 다양한 분자유전학적 방법들이 적용되어 왔으며 그 결과 Vibrio 속 분류 체계는 많은 변화를 겪어왔다(http://www.taxivibrio.ilncc.br).</p> <p>최근 세균의 종을 규정하는 위원회(hoc committee)에서는 DNA-DNA reassociation 대신 MLSA (multilocus sequence analysis)를 이용하는 것을 권고하고 있다. MLSA는 흔히 다섯 종류 이상의 여러 관리 유전자(housekeeping genes), 예를들어 16S rRNA, rpoA, recA, pyrH, rpoB, rpoD, gyrB, rctB, toxR 등의 유전자의 염기서열 차이를 이용하여 분류군 간의 유연관계를 분석하는 방법으로 최근 Pascual 등은 MLSA를 수행하여 DNA-DNA reassociation 값과의 비교를 통하여 Vibrio core group의 동정에 대한 유용성을 평가하였다.</p> <p>한편 제한효소를 이용한 RFLP (restriction fragment length polymorphism) 분석은 genetic fingerprinting의 한 종류로 실험과정이 매우 단순하고 신속하며 적은 양의 DNA를 요구하기 때문에 종의 동정, 역학조사 등 세균의 분류학적 연구에 이용되고 있다. 또한 PCR을 이용하여 16S rRNA gene을 비롯한 특정 유전자의 증폭이 용이해지면서 PCR-RFLP 방법을 이용한 연구가 널리 수행되고 있다. 16S rRNA gene과 같은 특정 유전자의 제한효소패턴(restriction pattern)은 사용하는 제한효소의 종류에 따라 종(species)과 속의 구분이 가능하며, 높은 재현성을 나타내는 것으로 알려져 있다. 한편, 종의 구분에 있어 변별력이 낮은 것으로 평가되는 경우도 있다. 따라서 본 실험에서는 Vibrio core group에 속하는 V. alginolyticus와 V. parahaemolyticus, 2종을 포함하여 V. protedyticus, V. vulnificus, V. fluvials, V. mimicus 총 6 종의 Vibrio 균주와 참고 균주로 최근 Vibrio속에서 Grimantia속으로 옮겨진 Grimontia hollisae를 대상으로 6 종(Alu I, Cfo I, Dde I, Hae III, Msp I, Rsa I)의 제한효소를 이용한 RFLP 패턴 분석을 실시하여 Vibrio속 세균의 동정에 대한 16S rDNA- RFLP의 유용성을 재평가하고자 하였다.</p>