ITS 영역을 이용한 분자생물학적 분석은 종 구분에 유용하다는 결과가 있으며, DNA barcode를 이용한 SNP 분석법은 쉽고 간편하며 PCR을 통한 증폭 산물의 사이즈가 적고 재현성과 염기서열분석의 신뢰도가 높은 장점이 있다. \(0.1\%\)의 SNP차이는 질병의 여부와 표현다양성을 만든다. ITS 1 영역에서 나타난 한 개 염기서열 차이는 2차 구조 형성에는 어떠한 영향도 주지 않고 ITS 염기서열은 지리학적으로 유의한 차이가 있다.
<p>최근에는 fungi에서 ITS 영역을 이용한 연구가 많이 이루어졌다. Lentinus edodes의 경우, 균주 간에는 ITS 영역의 염기서열 차이가 없었으나 L. edodes와 L. boryana 등의 종간에는 큰 차이를 보였다고 하였으며, 느타리버섯에서는 rDNA-ITS의 염기서열이 종(species) 구분에 적당하다는 연구 결과가 있었다. 또한, Dictyophora 균에서 배양적 특성, 재배적 특성과 형태적 특성을 종합하여 보았을 때 거의 일치하는 경향을 보임으로써, rDNA ITS 영역을 통한 분자생물학적 분석을 이용하는 방법이 종 구분에 유용할 것이라는 보고가 있었다. 또한 ITS 영역을 이용한 다른 연구로 상황버섯에서 rDNA의 ITS 영역에 대해 종이나 품종간 특이한 염기서열의 존재가 확인되면 이를 primer 제작하여 종 수준의 동정에 활용이 가능하다고 한 연구 결과가 있다.</p<p>이처럼 DNA barcode를 이용한 SNP (single nucleotide polymorphism)분석법은 쉽고 간편하며 PCR을 통한 증폭 산물의 사이즈가 적을 뿐 아니라, 재현성과 염기서열분석의 신뢰도가 높은 장점이 있다. 또한 \( 0.1 \% \)의 SNP차이는 질병의 유무나 표현형의 다양성을 이끈다. 본 연구와 같이 유연관계가 같거나 비슷한 개체의 판별에는 DNA barcode를 이용한 SNP분석법이 유용하게 사용될 것으로 사료된다.</p> <p>앞서 설명한 바와 같이 두 균주의 염기서열에 기초한 align-ment 결과에서 3개 상이한 염기서열이 2차 구조 형성에 어떠 한 영향을 끼치는지 알아보고자 2차 구조 분석을 수행하였다.Fig. 2에서는 H. marmareus 3-10 균주와 H. marmareus 1-1 균주의 ITS region의 염기서열을 이용하여 mFold 프로그램을 통한 2차 구조 분석을 수행한 것이다. 이들 균주의 ITS region은 5개 stem-loop 구조를 갖고 있음을 확인하였다. ITS 1 영역에서 나타난 한 개 염기서열 차이는 stem-loop V에서 볼 수 있듯이 2차 구조 형성에는 어떠한 영향도 주지 않음을 확인 할 수 있었다. Fig. 2B를 보면 화살표로 나타낸 부분이 상이한 염기임을 알 수 있다. Fig. 3A는 ITS 2 region의 전체 2차 구조를 나타내며, stem-loop III에서 한 개의 상이한 염기가 2차 구조에 영향을 끼치지 않음을 알 수 있었다. 하지만 stem-loop V 을 보면 흥미롭게도 한 개의 염기 차이로 인하여 2차 구조 folding 패턴이 두 균주에서 명확하게 구분되었다.</p> <p>본 연구는 국내 균주 H. marmoreus 3-10 균주와 일본 균주 H. marmoreus 1-1 간의 rDNA cluster에 기반한 염기서열 분석을 최초로 수행하였으며, 두 느티만가닥버섯 균주의 multiplealignment를 통하여 염기서열 차이를 확인하였다. 이에 ITS 염기서열은 지리학적 차이로 인하여 유의한 차이가 있음을 확인하였고, 국내 개발 균주와 일본 균주의 비교분석에 이용될 자료로 적합하다고 생각된다. 또한 느티만가닥 버섯의 균주들을 구별하기 위한 마커를 개발하기 위하여 분자유전학적 방법인 RAPD (Random amplified polymorphism), AFLP(Amplified fragment length polymorphic DNA) 등의 보완연구가 필요할 것으로 판단된다.</p>