PRRSV 유전자검출을 위한 RT-PCR은 국립수의과학검역원에서 진단효율을 검증하여 국내 보급하고 있으며, 항체검사와 유전자검사를 바탕으로 돼지의 PRRSV 감염 유형을 분류하였다. 항체검사 결과와 독립적으로 바이러스학적 감염유형은 모돈군에 양성 개체 유무에 따라 안정화와 비안정화로, 자돈 및 자돈단계별 검사에서는 양성개체 유무에 따라 감염과 비감염으로 구분하였다.
<h2>PRRSV 유전자검사</h2> <p>PRRSV 유전자검출을 위한 RT-PCR은 류 등이 개발하였고, 국립수의과학검역원에서 진단효율을 검증하여 국내 방역기관에 보급하고 있는 방법으로 실시하였다. RT-PCR에 사용한 primer는 북미형 및 유럽형의 PRRSV를 공히 검출할 수 있도록 PRRSV의 가장 안정된 유전자인 open reading frame 7 부위에서 선발한 것으로 forward 및 reverse primer의 염기 서열은 각각 5'-ATGGCCAGCCAGTCAATCA-3' 및 '5-TCGCCCTAATTGAATAGGTGA-3'이다. 채취된 전혈시료에서 시 판되는 RNeasy Mini Kit (Qiagen)을 이용하여 RNA를 추출한 다음, One-step RT-PCR kit (Qiagen)를 이용하여 RT-PCR을 실시하였다. 즉 PCR 반응액 (5 X buffer \( 5 \mu \mathrm{l} \), dNTP \( 1 \mu \mathrm{l} \), Enzyme Mix \( 1 \mu 1,20 \) pmol의 각 primer \( 1 \mu \mathrm{l} \), 증류수 \( 11 \mu \mathrm{l}) \) 에 추출한 RNA \( 5 \mu 1 \) 를 첨가하여 최종 용량이 \( 25 \mu 1 \)가 되게 하였다. \( \mathrm{PCR} \) 조건은 \( 50^{\circ} \mathrm{C} \) 에서 30 분간 역전사 반응을 실시하고, \( 95^{\circ} \mathrm{C} \) 에서 15 분간 pre-denaturation 반응을 시킨 다음, \( 95^{\circ} \mathrm{C} \) 30 초, \( 50^{\circ} \mathrm{C} \) 30 초, \( 72^{\circ} \mathrm{C} \) 40초의 조건으로 30회 반응시켰으며, 최종 \( 72^{\circ} \mathrm{C} \) 에서 10 분간 반응시켰다. 증폭된 유전자는 \( 1.5 \% \) 아가로즈겔에 전기영동한 다음, Ethidium bromide 염색을 실시하여 북미형 \( (433 \mathrm{bp}) \) 및 유럽형 \( (398 \mathrm{bp}) \) 의 특이밴드를 확인하여 판독하였다.</p> <h2>농장단위 PRRSV 감염유형 분석 및 평가</h2> <p>항체검사를 근거로 한 혈청학적 감염유형은 박 등이 실시한 방법에 따라 모돈군의 안정화 여부와 자돈군에서 항체가 상승에 따른 감염여부를 고려하여 Table 1 과 같이 분류하였다. 즉, 모돈의 안정화 여부는 전체 모돈군이 항체음성인 경우 또는 전체 모돈군이 항체양성이면서 일정수준의 면역을 고르게 보유하고 있는 경우를 안정화상태(stable, S)라고 판단하였으며, 산차별 또는 산차간 모돈군에 항체 음성 및 양성 모돈이 흔재해 있을 경우에는 비안정화상태(unstable, U)라고 판단하였다. 자돈군의 감염 여부는 잍반적으로 모체이행항체가 유지되는 40-70일령 이후 항체가의 재상승이 없을 경우에는 감염이 없는 상태(not infected, N)로 판정하였고, 반면에 40 일령 이후 평균항체가의 뚜렷한 상승이 나타나는 경우 해당시기 이전에 PRRS가 감염이 이루어지는 상태(infected, I)로 판단하였다.</p> <p>바이러스 유전자검사를 근거로 한 바이러스학적 감염유형은 항체검사 결과와 독립적으로 모돈군에 양성개체가 1 두라도 있을 경우에는 비안정화(unstable, U)으로, 모돈군에 양성개체가 없을 경우에는 안정화(stable, S)로 평가하였으며, 포유 자돈 및 자돈단계별 검사에서도 양성개체 유무에 따라 감염(infected, I)과 비감염(not infected, N)으로 구분하였다. 포유 구간에 대한 추가분석은 포유모돈이 비안정화(unstable) 상태이면서 해당 포유자돈이 양성일 경우에는 모돈에서 수직감염된 것(vertically infected, Iv)로 판정하였으며, 포유모돈이 안정화상태이면서 해당 포유자돈이 양성일 경우에는 다른 사육 구간의 돼지로부터 수평감염된 상태(horizontally infected, Ih)로 분석하였다.</p>