각각의 well에 환경 시료 현탁액을 배양하고, 색상 변화와 탁도를 측정하여 각 환경 시료의 미생물 군집 특성을 분석하였다. 다섯 종류의 시료(DS, DSP, DSP-1, DSP-2, DSP-3)가 실험에 사용되었으며, AWCD와 생태학적 다양성을 나타내는 Shannon index 값은 각각의 공식에 따라 계산되었다.
<h2>Community-level physiological profiling(CLPP)분석</h2> <p>Community level assay에서 이용하는 Biolog Ecoplate는 31종의 다양한 기질이 3 set씩 microplate 96 well내에 건조된 상태로 채워져 있다(기질이 들어가 있지 않은 3 well 3 sets 포함). 각각의 well에 환경 시료 현탁액을 접종하고 배양한 후, 기질에 대한 색상변화 및 탁도를 측정하여 기질 이용성을 분석함으로서 각 환경 시료내의 미생물 군집 특성을 비교할 수 있다.</p> <p>실험 시작 20일이 지난 후에 채취한 5종류의(DS, DSP, DSP-1, DSP-2, DSP-3) 시료를 가지고 실험을 수행하였다. 토양 시료와 멸균수를 1:10( \( \mathrm { w } / \mathrm { w } \))의 비율로 희석한 후 \(200 \mathrm { rpm } \) 으로 10분간 교반한 후 정치시켜 상등액만 Eco plate(Biolog, USA)의 각각의 well에 \( 150 \mu \mathrm { L } \)씩 접종한 후, \( 20 ^ {\circ } \mathrm { C } \)에서 배양하면서, 24시간 간격으로 각 well의 색 변화를 \(595 \mathrm { nm } \) 파장에서 측정하여 분석 하였다. 흡광도는 Multiskan Ascent(Thermo Labsystems, Finland)을 이용하여 측정한 후, average well color development(AWCD)를 다음의 식으로 계산하였다.</p> <p>AWCD = \( \Sigma( \mathrm { C } - \mathrm { R } ) / \mathrm { n } \)<caption>(1)</caption></p> <p>\( \mathrm { C } \) : 각 well의 \( \mathrm { OD } _ { 595 \mathrm { ~nm } } \)값</p> <p>\( \mathrm { R } \) : Control well의 \( \mathrm { OD } _ { 595 \mathrm { ~nm } } \)값</p> <p>\( \mathrm { n } \) : 기질의 수(31)</p> <p>생태학에서 종 다양성을 나타내는 지수인 Shannon index 값을 다음과 같은 식으로 계산하였다.</p> <p>\( \mathrm { H } =- \Sigma \mathrm { P } _ {\mathrm { i } } \ln \mathrm { P } _ {\mathrm { i } } \)<caption>(2)</caption></p> <p>\( \mathrm { H } \): Shannon Index</p> <p>\( \mathrm { Pi } \): 전체 \( \mathrm { OD } _ { 595 \mathrm { ~nm } } \) 값에 대한 각각의 기질 \( \mathrm { OD } _ { 595 \mathrm { ~nm } } \)값</p>