Kim 등이 제시한 forward 5'-TAC CCT GAC CAT CTT GAT TG-3'와 reverse 5'-ATA GCA ACA GAT GATCTC TTT G-3' primer를 사용하였고, PCR 반응으로 돼지 MC4R 유전자를 증폭하고, TaqI을 이용하여 65\(^\circ \mathrm{C}\) 6시간 처리하여 다형성 분석, SAS 8.1 Package/PC를 이용한 GLM 분석으로 품종, 성별, MC4R 유전자형의 효과를 추정, Duroc 품종내 MC4R 유전자형의 효과는 품종효과를 제외한 SAS GLM 분석을 수행하였다.
<h2>PCR에 의한 DNA 증폭</h2> <p>돼지 MC4R의 다형성 검정을 위한 primer는 Kim 등이 보고한 염기서열 forward 5'-TAC CCT GAC CAT CTT GAT TG-3'와 reverse 5'-ATA GCA ACA GAT GATCTC TTT G-3'을 이용하였다.</p> <p>돼지 MC4R 유전자를 증폭하기 위한 PCR 반응은 약 20 \( \mathrm { ng } \) 의 주헝 DNA, primer 각 \( 10 \mathrm { pmol } , \mathrm { dNTPs } 50 \mu \mathrm { M } \), \( 10 \mathrm { X } \) reaction buffer \( 10 \mathrm { mM } \) Tris- \( \mathrm { HCl } , \mathrm { pH } 8.3,50 \mathrm { mM } \mathrm { KCl } , 1.5 \mathrm { mM } \) \( \mathrm { MgCl } _ { 2 } \) ) 및 1 unit Taq polymerase (Enzynomics, Korea)블 혼합하여 최종 반응액은 10 µㅣ로하였다.</p> <p>반응조건은 PTC- 100(MJ, USA)를 사용하여, \( 94 \mathrm { C } \) 에서 2 분간 denaturation한 후 \( 94 ^ {\circ } \mathrm { C } \) 에서 30초(denaturation), \( 62 ^ {\circ } \mathrm { C } \) 에서 1분간 annealing, 72'C에서 1분 20초 extention을 35cycle 수행한 후 마지막으로 \( 72 ^ {\circ } \mathrm { C } \) 에서 10 분간 최종 extention 과정을 수행하였다.</p> <p>PCR 중폭 산물은 \( 1 \% \) TBE agarose gel을 이용하여 확인하였으며, 돼지의 MC4R 유전자 다형성분석은 제한효소 \( \mathrm { Taq } \mathrm { I } \) 을 이용하여 \( 65 ^ {\circ } \mathrm { C } \) 에서 6 시간동안 처리한 후 \( 2 \% \) agarose gel에 전기영동을 실시한 후 유전자형을 결정하였다.</p> <h2>통계적 분석</h2> <p>조사된 겅제형질 측정치에 대한 MC4R 유전자형의 효과를 추정하기 위해 SAS 8.1 Package/PC를 이용하여 다음과 같은 일반선형모형(GLM) 분석을 하였으며, 통계모델은품종, 성별, MC4R 유전자형을 포함하였다.</p> <p>MC4R 유전자형의 각 형질변 효과를 알아보기 위해 최소제곱 평균치(leastsquare mean)간의 유의성 검정을 실시하였다. Duroc 품종내 MC4R 유전자형의 효과를 추정하는 통계모델에서는 품종효과를 제외하고 SAS GLM 분석을 수행하였다.</p>