나고야의정서는 유전자원의 주권 범위 내에서 적용되며, 주로 연구개발(R&D) 목적을 가지고 있다. 그러나 공해, 남극, 심해저 등 특정 지역의 유전자원은 해당되지 않는다. 또한, 나고야의정서는 ITPGRFA와 비교할 때 훨씬 더 광범위한 유전자원을 다루며, 생명공학 분야의 연구개발이나, 나고야의정서와 ITPGRFA의 동시 당사국이 아닌 경우에 주로 적용된다.
<p>나고야의정서는 적용을 위한 장소적 요건에 대해 구체적으로 명시하고 있지 않으나, “협약 제15조의 범위 내에 포함되는 유전자원”이라고 언급하고(의정서 제 3 조) 있고, 제15조는 당사국의 관할권 내에 소재하는 생물자원에 대해서만 주권적 권리행사를 인정하고 있다는 사실을 고려할 때, 결국 나고야의정서가 적용되는 유전자원은 원산지국(유전자원을 획득하여 제공한 제공국도 포함)의 주권적 권리가 미치는 관할권 내의 유전자원만이 이에 해당하고, 앞에서 언급한 국가이원지역 즉, 공해, 남극조약의 적용범위에 소재하는 남극 유전자원, 심해저 등에 소재하는 유전자원은 제외된다고 볼 수 있다.</p> <p>이 외에도 인체유래물(인간유전자원) 및 UN식량농업기구(FAO)의 '식량 및 농업을 위한 식물유전자원에 관한 국제조약(International Treaty on Plant Genetic Resources for Food and Agriculture, 이하 'ITPGRFA') 부속서 I에서 정하고 있는 농업의 지속적 발전과 식량안보에 기여하는 64작물(식량 35 작물 / 사료 29 작물)은 동 의정서의 적용대상이 아니라는 점에 유의해야 한다.</p> <h3>ITPGRFA와의 관계</h3> <p>나고야의정서는 원칙적으로 거의 대부분 생물체의 유전자원 이용에 적용되기 때문에 유전자원 관련 규정이 다른 국제 조약에도 존재할 경우 어느 규정을 따라야할지 혼란스러울수도 있다. 세계지식재산권기구(WIPO), 국제식물신품종보호조약(UPOV) 등과 더불어 ITPGRFA도 그 중 하나로 볼 수있다. 나고야의정서는 기존의 여타 국제조약들의 권리와 의무를 침해하지 않고 상하관계를 설정하지도 않은 상호존중의 원칙을 천명하고 있다. ITPGRFA 역시 "CBD와 조화를 이루며 지속가능한 농업 및 식량안보를 위하여 식량농업식물 유전자원의 보전 및 지속가능한 이용 그리고 그 이용으로부터 발생하는 이익의 공정하고 공평한 공유"라고 그 목적을 밝히고 있다(제1조).</p> <p>그렇다면 이 두 조약에서 다루는 유전자원의 범위가 어떻게 다른지 먼저 파악해야 한다. 나고야의정서는 전반적인 유전자원을 대상으로 하지만, ITPGRFA는 작물 특히, '식량 및 농업을 위한 식물유전자원'만을 다루고 있다는 점에 차이가 있다. 이는 나고야의정서의 적용범위인 동물, 식물, 미생물 중에서 단지 식물 분야만 해당되며, 그중에서도 식량 농업유전자원에만 국한되는 좁은 범위임을 알 수 있다. 결국 연구자들이 일상적으로 이용하는 유전자원에 대한 적용 범위 측면에서는 나고야의정서가 훨씬 광범위하다는 점에 유의해야 한다.</p> <p>더불어 유전자원 이용의 목적에서 볼 때 나고야의정서는 유전자원에 대한 연구개발(R&D)이 주요 목적이지만, ITPGRFA는 작물에 대한 식량농업 연구, 육종 및 교육훈련을 위한 보전 등의 세 가지를 접근 목적으로 삼고 있다. 따라서 동 조약부속서 I에서 정한 64작물(식량작물 35종 및 사료작물 29종)에 대하여 3 대 목적을 위한 접근일 경우, ITPGRFA 당사국은 나고야의정서를 적용하지 않으며, 누구든지 표준양식(SMTA)에 따른 자유로운 접근과 이용을 보장하고 있다. 그 배경으로서 당 조약이 농업의 지속적 발전과 식량안보에의 기여라는 기본 목표 달성을 위하여 이들 64 작물의 이용을 권장하고 있기 때문이다. 물론 64 종 이외의 작물에 대해서는 의정서 예외적용은 되지 않는다. 결론적으로 해당 64 작물의 의정서 예외적용은 다음 조건들을 충족해야 하는데, ITPGRFA 당사국이자 나고야의정서 당사국에 속한 국민, 그리고 ITPGRFA의 기본 목적인 식량농업 연구, 육종 및 교육훈련 등에만 이용될 경우이다. 그 이외의 대부분의 생명공학 분야 즉 의약품, 화장품 등을 위한 연구개발에 이용될 경우와 두 조약의 동시 당사국이 아닌 경우에는 명확히 나고야의정서 적용대상이 된다는 점을 연구자들은 유의하여야 한다.</p>