13번 염색체의 NC_006595 Contig를 사용하여 CpGi를 실행한 결과, NC_006595에서는 모두 세 개의 CpG island가 검색되었고, 22번 염색체의 AP00524 Contig를 대상으로 구동 시켰을 경우, 모든 프로그램들이 Contig 내에 CpG island가 존재하지 않는 것으로 보고하였으며, 21번 염색체의 NT_029490.3 Contig를 대상으로 구동시켰을 경우, Emboss-CpGPIot는 하나의 CpG island가 존재하는 것으로, CpG Island Searcher와 CpGi는 각각 2개의 CpG island가 존재하는 것으로 보고하였다.
<h1>결 론</h1> <h2>CpGi 검색 결과의 양식 및 해석 방법</h2> <p>CpGi 검색 결과의 양식과 해석 방법에 대한 이해를 돕기 위해 13번 염색체의 NC_006595 (1-3846) Contig를 사용하여 CpGi를 실행하였다. 검색 결과 화면을 살펴보면 위쪽 라인은 분석대상 입력서열을 의미하고, 검색된 CpG Island은 굵은 청색선으로 표시된다. 그리고 분석대상 입력서열 라인 바로 밑 부분에는 해당 입력서열의 위치별 G + C% 값들을 그래픽하게 도표화해서 보여준다. G + C% 도표는 사용자가 다양한 용도로 참조하거나 활용할 수 있을 것이다. CpG island의 굵은 청색선 부분을 더블클릭하면 해당 CpG island에 대한 세부정보를 보여주는 팝업 창이 뜬다. 즉, 팝업 창을 통해 서 CpG island의 시작위치와 종료위치, CpG island의 전체 길이, G + C% 값 및 CpG island를 구성하고 있는 실제 서열 등을 확인할 수 있다. Fig. 3을 통해서 알 수 있듯이 NC_006595에서는 모두 세 개의 CpG island가 검색되었다.</p> <h2>22번 염색체의 AP00524 Contig에 대한 검색 결과</h2> <p>22번 염색체의 AP00524 (1-4455) Contig를 대상으로 Emboss-CpGPIot, CpG Island Searcher 및 CpGi 등을 구동 시켰을 경우, 모든 프로그램들이 Contig 내에 CpG island가 존재하지 않는 것으로 검색결과를 보고하였다.</p> <h2>21번 염색체의 NT_029490.3 Contig에 대한 검색 결과</h2> <p>21번 염색체의 NT_029490.3 (1-15050) Contig를 대상으로 세 개의 프로그램을 구동시켰을 경우, Emboss-CpGPIot는 하나의 CpG island가 존재하는 것으로, CpG Island Searcher와 CpGi는 각각 2개의 CpG island가 존재하는 것으로 검색결과를 보고하였다. Emboss-CpGPIot에서 찾아낸 CpG island의 길이는 \(225 \mathrm { ~bp } \)이였고, 시작 위치는 입력서열의 13555번째이고 종료 위치는 13779번째이었다. CpG Island Searcher가 검색한 첫 번째 CpG island는 입력서열의 10287번째에서 10440번째 사이에 위치했으며, %GC는 \(55.2 \% \), Obs(CpG)/Exp(CpG)는 0.607, 길이는 \(154 \mathrm { ~bp } \)이었다. CpG Island Searcher가 검색한 두 번째 CpG island의 위치는 13575에서 시작되어 13890에서 끝났다. %GC는 \(55.1 \% \), Obs(CpG)/Exp(CpG)는 0.851 그리고 길이는 \(316 \mathrm { ~bp } \)이었다. 마지막으로 CpGi의 검색 결과를 살펴보면 검색된 첫 번째 CpG island는 10218에서 시작해 10437에서 끝났으며 그 길이는 \(219 \marhrm { ~bp } \), %GC는 \(51 \% \)를 나타냈다. 검색된 두 번째 CpG island는 13464에서 시작해 13869에서 끝났으며 길이는 \(405 \mathrm { ~bp } \), %GC는 \(48 \% \)였다.</p>