Chi ha confrontato i geni annelid nel 2007?
doc-973
Nel 2007 Torsten Struck e colleghi hanno confrontato 3 geni in 81 taxa, di cui 9 outgroups, in altre parole non considerati strettamente correlati agli anellidi, ma inclusi per dare un' indicazione di dove gli organismi in studio sono collocati sull' albero più grande della vita. Per un controllo incrociato lo studio ha utilizzato un' analisi di 11 geni (compreso il 3 originale) in 10 taxa. Questa analisi ha confermato che clitellati, pogonoforani ed echiurani erano presenti su vari rami dell' albero della famiglia dei policheeti. Essa ha inoltre concluso che la classificazione dei policheti in Scolecida, Canalipalpata e Aciculata era inutile, in quanto i membri di questi gruppi presunti erano sparsi su tutto l' albero genealogico derivato dal confronto degli 81 taxa. Inoltre, collocò anche i sipuncolani, in genere considerati all' epoca come un phylum separato, su un altro ramo dell' albero polichete, e concluse che i liechi erano un sottogruppo di oligochete piuttosto che il loro gruppo sorella tra i clitelati. Rouse ha accettato le analisi basate sulla filogenetica molecolare, e le loro conclusioni principali sono ora il consenso scientifico, anche se i dettagli dell' albero genealogico annelid rimangono incerti.
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doc-907
A causa della grande diversità che si riscontra negli animali, è più economico per gli scienziati studiare un piccolo numero di specie scelte in modo che le connessioni possono essere tratte dal loro lavoro e conclusioni estrapolate su come gli animali funzionano in generale. Perché sono facili da tenere e da allevare, la mosca della frutta Drosophila melanogaster e il nematode Caenorhabditis elegans sono stati a lungo gli organismi metazoi modello più intensamente studiati, e sono stati tra le prime forme di vita ad essere geneticamente sequenziato. Questo è stato facilitato dallo stato gravemente ridotto dei loro genomi, ma come molti geni, introni e legami persi, questi ecdysozoani possono insegnarci poco sulle origini degli animali in generale. La portata di questo tipo di evoluzione all' interno del superfilo sarà rivelata dai progetti di genoma dei crostacei, degli annelidi e dei molluschi attualmente in corso. L' analisi del genoma degli anemoni di mare stellato ha evidenziato l' importanza delle spugne, dei placozoi e dei coanoflagellati, anch' essi in sequenza, per spiegare l' arrivo di 1500 geni ancestrali unici dell' Eumetazoa.
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doc-974
Gli Annelidi sono membri dei protostomi, uno dei due principali superfili di animali bilaterici - l' altro è il deuterostomi, che comprende i vertebrati. All' interno dei protostomi, gli anellidi venivano raggruppati con gli artropodi sotto il supergruppo Articulata ("animali congiunti"), in quanto la segmentazione è evidente nella maggior parte dei membri di entrambi i phyla. Tuttavia, i geni che guidano la segmentazione negli artropodi non sembrano fare la stessa cosa negli anellidi. Gli artropodi e gli anellidi hanno entrambi parenti stretti non segmentati. È per lo meno altrettanto facile supporre che si siano evoluti in modo indipendente i corpi segmentati, come si può supporre che il protostoma ancestrale o bilateriano sia stato segmentato e che la segmentazione sia scomparsa in molti phyla discendenti. L' opinione attuale è che gli anellidi sono raggruppati con molluschi, brachiopodi e molti altri fitociti che hanno lofofore (strutture di alimentazione simili a quelle dei ventagli) e/o larve di trocoforo come membri di Lophotrochozoa. Bryzoa può essere il phylum più basale (quello che per primo è diventato distintivo) all' interno del Lophotrochozoa, e le relazioni tra gli altri membri non sono ancora noti. Gli artropodi sono ora considerati membri degli Ecdysozoa ("animali che molt"), insieme ad alcuni phyla che non sono segmentati.
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doc-12474
Studi di questo tipo al di fuori dell' Europa sono ancora più rari, quindi è difficile fare generalizzazioni, ma uno studio su piccola scala che ha confrontato le informazioni di polizia transnazionale e le pratiche di condivisione dell' intelligence in specifiche località transfrontaliere del Nord America e dell' Europa ha confermato che la scarsa visibilità delle informazioni di polizia e la condivisione dell' intelligence era una caratteristica comune (Alain, 2001). La polizia basata sull' intelligence è ormai una pratica comune nella maggior parte dei paesi avanzati (Ratcliffe, 2007) ed è probabile che lo scambio di informazioni e informazioni tra forze di polizia abbia una morfologia comune in tutto il mondo (Ratcliffe, 2007). James Sheptycki ha analizzato gli effetti delle nuove tecnologie dell' informazione sull' organizzazione della polizia-intelligenza e suggerisce che sono sorte una serie di "patologie organizzative" che rendono molto problematico il funzionamento dei processi di sicurezza-intelligenza nella polizia transnazionale. Egli sostiene che i circuiti di informazione della polizia transnazionale contribuiscono a "comporre le scene di panico della società del controllo di sicurezza". L' effetto paradossale è che le agenzie di polizia più difficili lavorano per produrre sicurezza, tanto maggiori sono i sentimenti di insicurezza.
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doc-970
Poiché gli anellidi hanno un corpo morbido, i loro fossili sono rari. Il record fossile dei policheti consiste principalmente delle mascelle che alcune specie avevano e dei tubi mineralizzati che alcuni secretavano. Alcuni fossili di Ediacarani come Dickinsonia assomigliano per certi versi ai policheti, ma le somiglianze sono troppo vaghe perché questi fossili possano essere classificati con fiducia. La piccola Cloudina fossile, da 549 a 542 milioni di anni fa, è stata classificata da alcuni autori come anulare, ma da altri come cnidario (cioè nel phylum a cui appartengono meduse e anemoni di mare). Fino al 2008 i primi fossili ampiamente accettati come anellidi furono i policheti Canadia e Burgessochaeta, entrambi provenienti dallo scisto canadese di Burgess, formatisi circa 505 milioni di anni fa nei primi Cambriani. Myoscolex, trovato in Australia e un po' più vecchio dello scisto di Burgess, era forse un annelid. Tuttavia, manca di alcune caratteristiche tipiche dell' annelid e presenta caratteristiche che di solito non si trovano negli annelids e alcune delle quali sono associate ad altri phyla. Poi Simon Conway Morris e John Peel riportarono Phragmochaeta da Sirius Passet, circa 518 milioni di anni, e conclusero che era il più antico annelid conosciuto fino ad oggi. C' è stato un acceso dibattito sulla questione se la Wiwaxia fossile di scisto di Burgess fosse un mollusco o un anulare. Polichaetes diversificato nei primi ordoviciano, circa 488-474 milioni di anni fa. Non è fino al primo ordoviciano che le prime mascelle annelid si trovano, quindi il gruppo corona non può essere comparso prima di questa data e probabilmente è apparso un po' più tardi. Alla fine del Carbonifero, circa 299 milioni di anni fa, erano comparsi fossili della maggior parte dei moderni gruppi di policheti mobili. Molti tubi fossili assomigliano a quelli prodotti dai moderni policheti sessili, ma i primi tubi chiaramente prodotti dai policheti risalgono al Giurassico, meno di 199 milioni di anni fa. 549-542 milioni di anni fa.
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doc-6242
I geni essenziali sono l' insieme dei geni ritenuti critici per la sopravvivenza di un organismo. Questa definizione presuppone la disponibilità abbondante di tutte le sostanze nutritive pertinenti e l' assenza di stress ambientale. Solo una piccola parte dei geni di un organismo è essenziale. Nei batteri, circa 250-400 geni sono essenziali per Escherichia coli e Bacillus subtilis, che è meno del 10% dei loro geni. La metà di questi geni sono ortologi in entrambi gli organismi e sono in gran parte coinvolti nella sintesi proteica. Nel lievito germogliante Saccharomyces cerevisiae il numero di geni essenziali è leggermente superiore, a 1000 geni (~20% dei loro geni). Anche se il numero è più difficile da misurare negli eucarioti superiori, si stima che topi ed esseri umani abbiano circa 2000 geni essenziali (~10% dei loro geni).
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doc-6241
Sebbene il numero di coppie di basi di DNA nel genoma umano sia noto fin dagli anni' 60, il numero stimato di geni è cambiato nel corso del tempo in quanto le definizioni di geni e i metodi per rilevarli sono stati perfezionati. Le prime previsioni teoriche del numero di geni umani erano pari a 2.000.000 di geni. Le prime misure sperimentali hanno indicato che ci sono 50.000-100.000 geni trascritti (tag di sequenza espressi). Successivamente, il sequenziamento nel Progetto Genoma Umano ha indicato che molte di queste trascrizioni erano varianti alternative degli stessi geni, e il numero totale di geni codifica proteina è stato rivisto fino a ~ 20.000 con 13 geni codificati sul genoma mitocondriale. Del genoma umano, solo l' 1-2% consiste di geni codificanti per le proteine, mentre il resto è costituito da DNA "non codificante" come introni, retrotrasposoni e RNA non codificanti.
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doc-6235
Geni con un antenato comune più recente, e quindi una comune ascendenza evolutiva, sono noti come omologhi. Questi geni risultano dalla duplicazione genica all' interno del genoma di un organismo, dove sono noti come geni paralogei, o sono il risultato della divergenza dei geni dopo un evento di speciazione, dove sono conosciuti come geni ortologi,: 7.6 e spesso svolgono le stesse o simili funzioni in organismi correlati. Si presume spesso che le funzioni dei geni ortologi siano più simili a quelle dei geni paralogei, anche se la differenza è minima.
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doc-6238
I geni de novo o "orfani", la cui sequenza non mostra alcuna somiglianza con i geni esistenti, sono estremamente rari. Le stime del numero di geni de novo nel genoma umano vanno da 18 a 60. Tali geni sono tipicamente più corti e più semplici nella struttura rispetto alla maggior parte dei geni eucariotici, con pochi o pochi introni. Due fonti primarie di geni orfani che codificano le proteine sono la duplicazione genica seguita da un cambio di sequenza estremamente rapido, in modo tale che la relazione originale non è rilevabile dai confronti di sequenza, e la formazione attraverso la mutazione di siti "criptici" di inizio trascrizione che introducono una nuova cornice di lettura aperta in una regione del genoma che non ha precedentemente codificato per una proteina.
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doc-6243
I geni domestici sono fondamentali per lo svolgimento delle funzioni cellulari di base e quindi sono espressi ad un livello relativamente costante (constitutivamente). Dal momento che la loro espressione è costante, i geni domestici sono utilizzati come controlli sperimentali nell' analisi dell' espressione genica. Non tutti i geni essenziali sono geni per la cura della casa, poiché alcuni geni essenziali sono regolati dallo sviluppo o espressi in certi momenti durante il ciclo di vita dell' organismo.
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doc-6236
La relazione tra i geni può essere misurata confrontando l' allineamento sequenziale del loro DNA. 7.6 Il grado di somiglianza di sequenza tra i geni omologhi si chiama sequenza conservata. La maggior parte delle modifiche alla sequenza di un gene non influiscono sulla sua funzione e quindi i geni si accumulano mutazioni nel tempo attraverso l' evoluzione molecolare neutra. Inoltre, qualsiasi selezione su un gene fa sì che la sua sequenza diverga ad un ritmo diverso. I geni in selezione stabilizzante sono limitati e quindi cambiano più lentamente, mentre i geni in selezione direzionale cambiano sequenza più rapidamente.
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