Quali aziende hanno completato gran parte del sequenziamento del genoma D?
doc-3898
L' impegno del settore pubblico prosegue con l' obiettivo di creare una sequenza genomica di alta qualità e bozza a partire dalle letture generate da tutte le fonti. Lo sforzo del settore pubblico ha generato Sanger legge di BACs, fosmidi e plasmidi così come 454 leggi. Questi tipi di letture successive saranno strumentali per assemblare una prima bozza del genoma D. Nel 2010, due società (Monsanto e Illumina), completato sufficiente sequenziamento Illumina per coprire il genoma D di G. raimondii circa 50x. Hanno annunciato che avrebbero donato le loro letture grezze al pubblico. Questo sforzo di pubbliche relazioni ha dato loro un certo riconoscimento per la sequenza del genoma del cotone. Una volta che il genoma D è assemblato da tutta questa materia prima, sarà indubbiamente utile per l' assemblaggio dei genomi AD delle varietà coltivate di cotone, ma rimane ancora molto da fare.
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doc-3897
Uno sforzo pubblico di sequenziamento genomico del cotone è stato avviato nel 2007 da un consorzio di ricercatori pubblici. Hanno concordato una strategia per la sequenza del genoma del cotone coltivato, tetraploide. "Tetraploide" significa che il cotone coltivato ha in realtà due genomi separati all' interno del suo nucleo, denominati genomi A e D. Il consorzio di sequenziamento ha dapprima deciso di mettere in sequenza il relativo genoma D del cotone coltivato (G. raimondii, una specie selvatica di cotone dell' America centrale) a causa delle sue piccole dimensioni e del numero limitato di elementi ripetitivi. È quasi un terzo del numero di basi di cotone tetraploide (AD), e ogni cromosoma è presente una sola volta. Chiarimento necessario] Il genoma A di G. arboreum sarebbe sequenziato in sequenza. Il suo genoma è circa il doppio di quello di G. raimondii. Parte della differenza di dimensione tra i due genomi è l' amplificazione dei retrotrasposoni (GORGE). Una volta assemblati entrambi i genomi diploidi, la ricerca potrebbe iniziare a sequenziare i genomi reali delle varietà di cotone coltivate. Questa strategia non è necessaria; se si dovesse mettere in sequenza il genoma tetraploide senza modelli di genomi diploidi, le sequenze euchromatiche del DNA dei genomi AD si comporterebbero e gli elementi ripetitivi dei genomi AD si riunirebbero indipendentemente in sequenze A e D rispettivamente.
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doc-6293
Lo sviluppo di nuove tecnologie ha reso il sequenziamento molto più facile e meno costoso e il numero di sequenze genomiche complete sta crescendo rapidamente. Il National Institutes of Health degli Stati Uniti gestisce una delle numerose banche dati complete di informazioni genomiche. Tra le migliaia di progetti completati di sequenziamento genoma includono quelli per il riso, un topo, la pianta Arabidopsis thaliana, il pesce puffer, e i batteri E. coli. Nel dicembre 2013, gli scienziati hanno sequenziato per la prima volta l' intero genoma di un Neanderthal, una specie umana estinta. Il genoma è stato estratto dall' osso dei piedi di un Neanderthal di 130.000 anni ritrovato in una grotta siberiana.
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doc-6294
Nuove tecnologie di sequenziamento, come il sequenziamento parallelo massiccio hanno anche aperto la prospettiva di sequenziamento genomico personale come strumento diagnostico, come pioniere di Manteia Medicina predittiva. Un passo importante verso tale obiettivo è stato il completamento nel 2007 del genoma completo di James D. Watson, uno dei co-scoperti della struttura del DNA.
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doc-6298
La maggior parte delle entità biologiche che sono più complesse di un virus portano a volte o sempre materiale genetico aggiuntivo oltre a quello che risiede nei loro cromosomi. In alcuni contesti, come il sequenziamento del genoma di un microbo patogeno, il "genoma" deve includere le informazioni memorizzate su questo materiale ausiliario, che viene trasportato nei plasmidi. In tali circostanze, quindi, il "genoma" descrive tutti i geni e le informazioni sul DNA non codificante che hanno il potenziale per essere presenti.
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doc-2199
La classificazione degli uccelli è una questione controversa. Sibley e Ahlquist's Phylogeny and Classification of Birds (1990) è un lavoro storico sulla classificazione degli uccelli, anche se è spesso dibattuto e costantemente rivisto. La maggior parte delle prove sembra suggerire che l' assegnazione degli ordini sia accurata, ma gli scienziati non sono d' accordo sulle relazioni tra gli ordini stessi; le prove dell' anatomia moderna degli uccelli, dei fossili e del DNA sono state tutte riportate sul problema, ma non è emerso un forte consenso. Più di recente, nuove prove fossili e molecolari forniscono un quadro sempre più chiaro dell' evoluzione dei moderni ordini di uccelli. Lo sforzo più recente è quello di cui sopra e si basa sull' intero sequenziamento del genoma di 48 specie rappresentative.
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doc-6201
Nel 1972, Walter Fiers e il suo team dell' Università di Gand furono i primi a determinare la sequenza di un gene: il gene per la proteina del bacteriofago MS2. Il successivo sviluppo di sequenziamento del DNA terminazione a catena nel 1977 da Frederick Sanger ha migliorato l' efficienza del sequenziamento e trasformato in uno strumento di laboratorio di routine. Una versione automatizzata del metodo Sanger è stata utilizzata nelle prime fasi del Progetto Genoma Umano.
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doc-2409
Una notevole quantità di nuove conoscenze sulla funzione delle piante deriva dagli studi della genetica molecolare di piante modello come il crescione Thale, Arabidopsis thaliana, una specie ittica della famiglia delle senape (Brassicaceae). Il genoma o le informazioni ereditarie contenute nei geni di questa specie sono codificate da circa 135 milioni di coppie di base di DNA, che formano uno dei più piccoli genomi tra le piante in fiore. Arabidopsis è stata la prima pianta ad avere il suo genoma sequenziato, nel 2000. Il sequenziamento di alcuni altri genomi relativamente piccoli, di riso (Oryza sativa) e Brachypodium distachyon, li ha resi specie modello importanti per comprendere la genetica, la biologia cellulare e molecolare di cereali, erbe e monocoti in generale.
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doc-6241
Sebbene il numero di coppie di basi di DNA nel genoma umano sia noto fin dagli anni' 60, il numero stimato di geni è cambiato nel corso del tempo in quanto le definizioni di geni e i metodi per rilevarli sono stati perfezionati. Le prime previsioni teoriche del numero di geni umani erano pari a 2.000.000 di geni. Le prime misure sperimentali hanno indicato che ci sono 50.000-100.000 geni trascritti (tag di sequenza espressi). Successivamente, il sequenziamento nel Progetto Genoma Umano ha indicato che molte di queste trascrizioni erano varianti alternative degli stessi geni, e il numero totale di geni codifica proteina è stato rivisto fino a ~ 20.000 con 13 geni codificati sul genoma mitocondriale. Del genoma umano, solo l' 1-2% consiste di geni codificanti per le proteine, mentre il resto è costituito da DNA "non codificante" come introni, retrotrasposoni e RNA non codificanti.
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doc-6292
Nel 1976, Walter Fiers presso l' Università di Gand (Belgio) è stato il primo a stabilire la sequenza nucleotidica completa di un genoma RNA virale (Bacteriophage MS2). L' anno successivo Fred Sanger ha completato la prima sequenza DNA-genoma: Phage? -X174, di 5386 coppie di base. Le prime sequenze genomiche complete tra tutti e tre i domini della vita sono state rilasciate in breve tempo durante la metà degli anni' 90: il primo genoma batterico da sequenziare è stato quello di Haemophilus influenzae, completato da un team dell' Istituto per la ricerca genomica nel 1995. Qualche mese dopo, il primo genoma eucariotico fu completato, con le sequenze dei 16 cromosomi di lievito germogliante Saccharomyces cerevisiae pubblicate come risultato di uno sforzo europeo iniziato a metà degli anni Ottanta. La prima sequenza genomica per un archeono, Methanococcus jannaschii, è stata completata nel 1996, sempre dall' Istituto per la ricerca genomica.
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doc-1813
La classificazione cerca di descrivere la diversità delle specie batteriche nominando e raggruppando gli organismi in base alle somiglianze. I batteri possono essere classificati in base alla struttura cellulare, al metabolismo cellulare o alle differenze dei componenti cellulari, come DNA, acidi grassi, pigmenti, antigeni e chinoni. Sebbene questi schemi consentissero l' identificazione e la classificazione dei ceppi batterici, non era chiaro se queste differenze rappresentassero variazioni tra specie distinte o tra ceppi della stessa specie. Questa incertezza era dovuta alla mancanza di strutture distintive nella maggior parte dei batteri, nonché al trasferimento genico laterale tra specie estranee. A causa del trasferimento genico laterale, alcuni batteri strettamente correlati possono avere morfologie e metabolismi molto diversi. Per superare questa incertezza, la moderna classificazione batterica enfatizza la sistematica molecolare, utilizzando tecniche genetiche come la determinazione del rapporto citosina della guanina, l' ibridazione genome-genoma, così come i geni sequenziamento che non hanno subito il trasferimento del gene laterale estensivo, come il gene rRNA. La classificazione dei batteri è determinata dalla pubblicazione sull' International Journal of Systematic Bacteriology e sul Manuale di batteriologia sistematica di Bergey. Il Comitato internazionale per la batteriologia sistematica (ICSB) mantiene le regole internazionali per la denominazione dei batteri e delle categorie tassonomiche e per la loro classificazione nel Codice internazionale di nomenclatura dei batteri.
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