Quali sono i due tipi di DNA ripetitivo presenti nei genomi?
doc-6304
La proporzione di DNA ripetitivo è calcolata utilizzando la lunghezza del DNA ripetitivo diviso per dimensione del genoma. Ci sono due categorie di DNA ripetitivo nel genoma: ripetizioni tandem e ripetizioni intervallate.
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doc-3897
Uno sforzo pubblico di sequenziamento genomico del cotone è stato avviato nel 2007 da un consorzio di ricercatori pubblici. Hanno concordato una strategia per la sequenza del genoma del cotone coltivato, tetraploide. "Tetraploide" significa che il cotone coltivato ha in realtà due genomi separati all' interno del suo nucleo, denominati genomi A e D. Il consorzio di sequenziamento ha dapprima deciso di mettere in sequenza il relativo genoma D del cotone coltivato (G. raimondii, una specie selvatica di cotone dell' America centrale) a causa delle sue piccole dimensioni e del numero limitato di elementi ripetitivi. È quasi un terzo del numero di basi di cotone tetraploide (AD), e ogni cromosoma è presente una sola volta. Chiarimento necessario] Il genoma A di G. arboreum sarebbe sequenziato in sequenza. Il suo genoma è circa il doppio di quello di G. raimondii. Parte della differenza di dimensione tra i due genomi è l' amplificazione dei retrotrasposoni (GORGE). Una volta assemblati entrambi i genomi diploidi, la ricerca potrebbe iniziare a sequenziare i genomi reali delle varietà di cotone coltivate. Questa strategia non è necessaria; se si dovesse mettere in sequenza il genoma tetraploide senza modelli di genomi diploidi, le sequenze euchromatiche del DNA dei genomi AD si comporterebbero e gli elementi ripetitivi dei genomi AD si riunirebbero indipendentemente in sequenze A e D rispettivamente.
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doc-6302
La proporzione di DNA non ripetitivo è calcolata utilizzando la lunghezza del DNA non ripetitivo diviso per dimensione del genoma. I geni che codificano le proteine e i geni che codificano l' RNA sono generalmente DNA non ripetitivo. Un genoma più grande non significa più geni, e la proporzione di DNA non ripetitivo diminuisce insieme all' aumento della dimensione del genoma negli eucarioti superiori.
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doc-6297
Quando si parla di composizione del genoma, si dovrebbe distinguere tra i procarioti e gli eucarioti come le grandi differenze sulla struttura dei contenuti che hanno. Nei procarioti, la maggior parte del genoma (85-90%) è costituita da DNA non ripetitivo, il che significa che codificare il DNA lo forma principalmente, mentre le regioni che non codificano solo una piccola parte. Al contrario, gli eucarioti hanno la caratteristica di organizzare l' organizzazione degli eson-intron dei geni che codificano le proteine; anche la variazione del contenuto di DNA ripetitivo negli eucarioti è estremamente elevata. Nei mammiferi e nelle piante, la maggior parte del genoma è composta da DNA ripetitivo.
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doc-6296
La composizione genomica è utilizzata per descrivere la composizione del contenuto di un genoma aploide, che dovrebbe includere dettagliatamente le dimensioni del genoma, le proporzioni di DNA non ripetitivo e il DNA ripetitivo. Confrontando le composizioni del genoma tra i genomi, gli scienziati possono comprendere meglio la storia evolutiva di un determinato genoma.
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doc-6300
La dimensione del genoma è il numero totale di coppie DNA base in una copia di un genoma aploide. La dimensione del genoma è positivamente correlata alla complessità morfologica tra i procarioti e gli eucarioti inferiori; tuttavia, dopo i molluschi e tutti gli altri eucarioti superiori di cui sopra, questa correlazione non è più efficace. Questo fenomeno indica anche la potente influenza che deriva dall' azione ripetitiva del DNA sui genomi.
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doc-6303
È stato riscontrato che la proporzione di DNA non ripetitivo può variare molto da una specie all' altra. Alcuni E. coli come procarioti hanno solo DNA non ripetitivo, gli eucarioti inferiori come C. elegans e la mosca della frutta, possiedono ancora più DNA non ripetitivo rispetto al DNA ripetitivo. Gli eucarioti superiori tendono ad avere DNA più ripetitivo di quelli non ripetitivi. In alcune piante e anfibi, la proporzione di DNA non ripetitivo non supera il 20%, diventando una componente minoritaria.
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doc-6298
La maggior parte delle entità biologiche che sono più complesse di un virus portano a volte o sempre materiale genetico aggiuntivo oltre a quello che risiede nei loro cromosomi. In alcuni contesti, come il sequenziamento del genoma di un microbo patogeno, il "genoma" deve includere le informazioni memorizzate su questo materiale ausiliario, che viene trasportato nei plasmidi. In tali circostanze, quindi, il "genoma" descrive tutti i geni e le informazioni sul DNA non codificante che hanno il potenziale per essere presenti.
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doc-6299
Negli eucarioti come le piante, i protozoi e gli animali, tuttavia, il "genoma" porta la tipica connotazione di sole informazioni sul DNA cromosomico. Quindi, anche se questi organismi contengono cloroplasti o mitocondri che hanno il proprio DNA, le informazioni genetiche contenute nel DNA all' interno di questi organelli non sono considerate parte del genoma. Infatti, i mitocondri a volte si dice che abbiano il proprio genoma, spesso definito il "genoma mitocondriale". Il DNA trovato all' interno del cloroplasto può essere definito "plastome".
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doc-6208
La maggior parte dei geni eucariotici sono memorizzati su un insieme di grandi cromosomi lineari. I cromosomi sono imballati all' interno del nucleo in complesso con proteine di stoccaggio chiamate istoni per formare un' unità chiamata nucleosoma. DNA confezionato e condensato in questo modo è chiamato cromatina. 4.2 Il modo in cui il DNA è memorizzato negli istoni, così come le modifiche chimiche dell' istone stesso, regolano se una particolare regione del DNA è accessibile per l' espressione genica. Oltre ai geni, i cromosomi eucariotici contengono sequenze che contribuiscono a garantire che il DNA venga copiato senza degradazione delle regioni finali e ordinato in cellule figlie durante la divisione cellulare: origine della replicazione, telomeri e il centromero. 4.2 Le origini della replicazione sono le regioni di sequenza in cui si inizia la replicazione del DNA per fare due copie del cromosoma. I telomeri sono lunghi tratti di sequenza ripetitiva che chiudono le estremità dei cromosomi lineari e prevengono la degradazione della codifica e delle regioni di regolazione durante la replicazione del DNA.
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doc-6210
Mentre i cromosomi dei procarioti sono relativamente densi di geni, quelli degli eucarioti spesso contengono regioni di DNA che non svolgono alcuna funzione ovvia. I semplici eucarioti unicellulari hanno quantità relativamente piccole di tale DNA, mentre i genomi di organismi multicellulari complessi, compresi gli esseri umani, contengono una maggioranza assoluta di DNA senza una funzione identificata. Questo DNA è stato spesso chiamato "DNA spazzatura". Tuttavia, le analisi più recenti suggeriscono che, sebbene il DNA con codifica proteica rappresenti appena il 2% del genoma umano, circa l' 80% delle basi del genoma può essere espresso, quindi il termine "DNA spazzatura" può essere un termine improprio.
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