|
Residue conformations |
|
R3 : A C3p_endo anti |
|
R4 : U C3p_endo anti |
|
R5 : G C3p_endo anti |
|
R6 : A C2p_exo syn |
|
R7 : G C3p_endo anti |
|
R8 : G C3p_endo anti |
|
R9 : A C3p_endo anti |
|
R10 : U C2p_endo anti |
|
R11 : U C2p_endo anti |
|
R12 : A C2p_endo anti |
|
R13 : C C3p_endo anti |
|
R14 : C C3p_endo anti |
|
R15 : C C3p_endo anti |
|
R16 : A C3p_endo anti |
|
R17 : U C3p_endo anti |
|
R18 : G C4p_exo anti |
|
S3 : A C3p_endo anti |
|
S4 : U C3p_endo anti |
|
S5 : G C3p_endo anti |
|
S6 : A C2p_exo syn |
|
S7 : G C3p_endo anti |
|
S8 : G C3p_endo anti |
|
S9 : A C3p_endo anti |
|
S10 : U C2p_endo anti |
|
S11 : U C2p_endo anti |
|
S12 : A C2p_endo anti |
|
S13 : C C3p_endo anti |
|
S14 : C C3p_endo anti |
|
S15 : C C3p_endo anti |
|
S16 : A C3p_endo anti |
|
A1 : ALA |
|
A2 : SER |
|
A3 : ASN |
|
A4 : PHE |
|
A5 : THR |
|
A6 : GLN |
|
A7 : PHE |
|
A8 : VAL |
|
A9 : LEU |
|
A10 : VAL |
|
A11 : ASP |
|
A12 : ASN |
|
A13 : GLY |
|
A14 : GLY |
|
A15 : THR |
|
A16 : GLY |
|
A17 : ASP |
|
A18 : VAL |
|
A19 : THR |
|
A20 : VAL |
|
A21 : ALA |
|
A22 : PRO |
|
A23 : SER |
|
A24 : ASN |
|
A25 : PHE |
|
A26 : ALA |
|
A27 : ASN |
|
A28 : GLY |
|
A29 : VAL |
|
A30 : ALA |
|
A31 : GLU |
|
A32 : TRP |
|
A33 : ILE |
|
A34 : SER |
|
A35 : SER |
|
A36 : ASN |
|
A37 : SER |
|
A38 : ARG |
|
A39 : SER |
|
A40 : GLN |
|
A41 : ALA |
|
A42 : TYR |
|
A43 : LYS |
|
A44 : VAL |
|
A45 : ALA |
|
A46 : CYS |
|
A47 : SER |
|
A48 : VAL |
|
A49 : ARG |
|
A50 : GLN |
|
A51 : SER |
|
A52 : SER |
|
A53 : ALA |
|
A54 : GLN |
|
A55 : ASN |
|
A56 : ARG |
|
A57 : LYS |
|
A58 : TYR |
|
A59 : THR |
|
A60 : ILE |
|
A61 : LYS |
|
A62 : VAL |
|
A63 : GLU |
|
A64 : VAL |
|
A65 : PRO |
|
A66 : LYS |
|
A67 : VAL |
|
A68 : ALA |
|
A69 : THR |
|
A70 : GLN |
|
A71 : THR |
|
A72 : VAL |
|
A73 : GLY |
|
A74 : GLY |
|
A75 : VAL |
|
A76 : GLU |
|
A77 : LEU |
|
A78 : PRO |
|
A79 : VAL |
|
A80 : ALA |
|
A81 : ALA |
|
A82 : TRP |
|
A83 : ARG |
|
A84 : SER |
|
A85 : TYR |
|
A86 : LEU |
|
A87 : ASN |
|
A88 : MET |
|
A89 : GLU |
|
A90 : LEU |
|
A91 : THR |
|
A92 : ILE |
|
A93 : PRO |
|
A94 : ILE |
|
A95 : PHE |
|
A96 : ALA |
|
A97 : THR |
|
A98 : ASN |
|
A99 : SER |
|
A100 : ASP |
|
A101 : CYS |
|
A102 : GLU |
|
A103 : LEU |
|
A104 : ILE |
|
A105 : VAL |
|
A106 : LYS |
|
A107 : ALA |
|
A108 : MET |
|
A109 : GLN |
|
A110 : GLY |
|
A111 : LEU |
|
A112 : LEU |
|
A113 : LYS |
|
A114 : ASP |
|
A115 : GLY |
|
A116 : ASN |
|
A117 : PRO |
|
A118 : ILE |
|
A119 : PRO |
|
A120 : SER |
|
A121 : ALA |
|
A122 : ILE |
|
A123 : ALA |
|
A124 : ALA |
|
A125 : ASN |
|
A126 : SER |
|
A127 : GLY |
|
A128 : ILE |
|
A129 : TYR |
|
B1 : ALA |
|
B2 : SER |
|
B3 : ASN |
|
B4 : PHE |
|
B5 : THR |
|
B6 : GLN |
|
B7 : PHE |
|
B8 : VAL |
|
B9 : LEU |
|
B10 : VAL |
|
B11 : ASP |
|
B12 : ASN |
|
B13 : GLY |
|
B14 : GLY |
|
B15 : THR |
|
B16 : GLY |
|
B17 : ASP |
|
B18 : VAL |
|
B19 : THR |
|
B20 : VAL |
|
B21 : ALA |
|
B22 : PRO |
|
B23 : SER |
|
B24 : ASN |
|
B25 : PHE |
|
B26 : ALA |
|
B27 : ASN |
|
B28 : GLY |
|
B29 : VAL |
|
B30 : ALA |
|
B31 : GLU |
|
B32 : TRP |
|
B33 : ILE |
|
B34 : SER |
|
B35 : SER |
|
B36 : ASN |
|
B37 : SER |
|
B38 : ARG |
|
B39 : SER |
|
B40 : GLN |
|
B41 : ALA |
|
B42 : TYR |
|
B43 : LYS |
|
B44 : VAL |
|
B45 : ALA |
|
B46 : CYS |
|
B47 : SER |
|
B48 : VAL |
|
B49 : ARG |
|
B50 : GLN |
|
B51 : SER |
|
B52 : SER |
|
B53 : ALA |
|
B54 : GLN |
|
B55 : ASN |
|
B56 : ARG |
|
B57 : LYS |
|
B58 : TYR |
|
B59 : THR |
|
B60 : ILE |
|
B61 : LYS |
|
B62 : VAL |
|
B63 : GLU |
|
B64 : VAL |
|
B65 : PRO |
|
B66 : LYS |
|
B67 : VAL |
|
B68 : ALA |
|
B69 : THR |
|
B70 : GLN |
|
B71 : THR |
|
B72 : VAL |
|
B73 : GLY |
|
B74 : GLY |
|
B75 : VAL |
|
B76 : GLU |
|
B77 : LEU |
|
B78 : PRO |
|
B79 : VAL |
|
B80 : ALA |
|
B81 : ALA |
|
B82 : TRP |
|
B83 : ARG |
|
B84 : SER |
|
B85 : TYR |
|
B86 : LEU |
|
B87 : ASN |
|
B88 : MET |
|
B89 : GLU |
|
B90 : LEU |
|
B91 : THR |
|
B92 : ILE |
|
B93 : PRO |
|
B94 : ILE |
|
B95 : PHE |
|
B96 : ALA |
|
B97 : THR |
|
B98 : ASN |
|
B99 : SER |
|
B100 : ASP |
|
B101 : CYS |
|
B102 : GLU |
|
B103 : LEU |
|
B104 : ILE |
|
B105 : VAL |
|
B106 : LYS |
|
B107 : ALA |
|
B108 : MET |
|
B109 : GLN |
|
B110 : GLY |
|
B111 : LEU |
|
B112 : LEU |
|
B113 : LYS |
|
B114 : ASP |
|
B115 : GLY |
|
B116 : ASN |
|
B117 : PRO |
|
B118 : ILE |
|
B119 : PRO |
|
B120 : SER |
|
B121 : ALA |
|
B122 : ILE |
|
B123 : ALA |
|
B124 : ALA |
|
B125 : ASN |
|
B126 : SER |
|
B127 : GLY |
|
B128 : ILE |
|
B129 : TYR |
|
C1 : ALA |
|
C2 : SER |
|
C3 : ASN |
|
C4 : PHE |
|
C5 : THR |
|
C6 : GLN |
|
C7 : PHE |
|
C8 : VAL |
|
C9 : LEU |
|
C10 : VAL |
|
C11 : ASP |
|
C12 : ASN |
|
C13 : GLY |
|
C14 : GLY |
|
C15 : THR |
|
C16 : GLY |
|
C17 : ASP |
|
C18 : VAL |
|
C19 : THR |
|
C20 : VAL |
|
C21 : ALA |
|
C22 : PRO |
|
C23 : SER |
|
C24 : ASN |
|
C25 : PHE |
|
C26 : ALA |
|
C27 : ASN |
|
C28 : GLY |
|
C29 : VAL |
|
C30 : ALA |
|
C31 : GLU |
|
C32 : TRP |
|
C33 : ILE |
|
C34 : SER |
|
C35 : SER |
|
C36 : ASN |
|
C37 : SER |
|
C38 : ARG |
|
C39 : SER |
|
C40 : GLN |
|
C41 : ALA |
|
C42 : TYR |
|
C43 : LYS |
|
C44 : VAL |
|
C45 : ALA |
|
C46 : CYS |
|
C47 : SER |
|
C48 : VAL |
|
C49 : ARG |
|
C50 : GLN |
|
C51 : SER |
|
C52 : SER |
|
C53 : ALA |
|
C54 : GLN |
|
C55 : ASN |
|
C56 : ARG |
|
C57 : LYS |
|
C58 : TYR |
|
C59 : THR |
|
C60 : ILE |
|
C61 : LYS |
|
C62 : VAL |
|
C63 : GLU |
|
C64 : VAL |
|
C65 : PRO |
|
C66 : LYS |
|
C67 : VAL |
|
C68 : ALA |
|
C69 : THR |
|
C70 : GLN |
|
C71 : THR |
|
C72 : VAL |
|
C73 : GLY |
|
C74 : GLY |
|
C75 : VAL |
|
C76 : GLU |
|
C77 : LEU |
|
C78 : PRO |
|
C79 : VAL |
|
C80 : ALA |
|
C81 : ALA |
|
C82 : TRP |
|
C83 : ARG |
|
C84 : SER |
|
C85 : TYR |
|
C86 : LEU |
|
C87 : ASN |
|
C88 : MET |
|
C89 : GLU |
|
C90 : LEU |
|
C91 : THR |
|
C92 : ILE |
|
C93 : PRO |
|
C94 : ILE |
|
C95 : PHE |
|
C96 : ALA |
|
C97 : THR |
|
C98 : ASN |
|
C99 : SER |
|
C100 : ASP |
|
C101 : CYS |
|
C102 : GLU |
|
C103 : LEU |
|
C104 : ILE |
|
C105 : VAL |
|
C106 : LYS |
|
C107 : ALA |
|
C108 : MET |
|
C109 : GLN |
|
C110 : GLY |
|
C111 : LEU |
|
C112 : LEU |
|
C113 : LYS |
|
C114 : ASP |
|
C115 : GLY |
|
C116 : ASN |
|
C117 : PRO |
|
C118 : ILE |
|
C119 : PRO |
|
C120 : SER |
|
C121 : ALA |
|
C122 : ILE |
|
C123 : ALA |
|
C124 : ALA |
|
C125 : ASN |
|
C126 : SER |
|
C127 : GLY |
|
C128 : ILE |
|
C129 : TYR |
|
R214 : HOH |
|
R2059 : HOH |
|
S166 : HOH |
|
S169 : HOH |
|
A130 : HOH |
|
A131 : HOH |
|
A132 : HOH |
|
A133 : HOH |
|
A134 : HOH |
|
A135 : HOH |
|
A136 : HOH |
|
A137 : HOH |
|
A138 : HOH |
|
A139 : HOH |
|
A140 : HOH |
|
A141 : HOH |
|
A142 : HOH |
|
A143 : HOH |
|
A144 : HOH |
|
A145 : HOH |
|
A146 : HOH |
|
A147 : HOH |
|
A148 : HOH |
|
A149 : HOH |
|
A150 : HOH |
|
A151 : HOH |
|
A152 : HOH |
|
A153 : HOH |
|
A154 : HOH |
|
A155 : HOH |
|
A156 : HOH |
|
A157 : HOH |
|
A158 : HOH |
|
A159 : HOH |
|
A160 : HOH |
|
A161 : HOH |
|
A162 : HOH |
|
A163 : HOH |
|
A164 : HOH |
|
A165 : HOH |
|
A166 : HOH |
|
A167 : HOH |
|
A168 : HOH |
|
A169 : HOH |
|
A170 : HOH |
|
A171 : HOH |
|
A172 : HOH |
|
A173 : HOH |
|
A174 : HOH |
|
A175 : HOH |
|
A176 : HOH |
|
A177 : HOH |
|
A178 : HOH |
|
A179 : HOH |
|
A180 : HOH |
|
A181 : HOH |
|
A182 : HOH |
|
A183 : HOH |
|
A184 : HOH |
|
A185 : HOH |
|
A186 : HOH |
|
A187 : HOH |
|
A188 : HOH |
|
A189 : HOH |
|
A190 : HOH |
|
A191 : HOH |
|
A192 : HOH |
|
A193 : HOH |
|
A194 : HOH |
|
A195 : HOH |
|
A196 : HOH |
|
A197 : HOH |
|
A198 : HOH |
|
A199 : HOH |
|
A200 : HOH |
|
A201 : HOH |
|
B130 : HOH |
|
B131 : HOH |
|
B132 : HOH |
|
B133 : HOH |
|
B134 : HOH |
|
B135 : HOH |
|
B136 : HOH |
|
B137 : HOH |
|
B138 : HOH |
|
B139 : HOH |
|
B140 : HOH |
|
B141 : HOH |
|
B142 : HOH |
|
B143 : HOH |
|
B144 : HOH |
|
B145 : HOH |
|
B146 : HOH |
|
B147 : HOH |
|
B148 : HOH |
|
B149 : HOH |
|
B150 : HOH |
|
B151 : HOH |
|
B152 : HOH |
|
B153 : HOH |
|
B154 : HOH |
|
B155 : HOH |
|
B156 : HOH |
|
B157 : HOH |
|
B158 : HOH |
|
B159 : HOH |
|
B160 : HOH |
|
B161 : HOH |
|
B162 : HOH |
|
B163 : HOH |
|
B164 : HOH |
|
B165 : HOH |
|
B166 : HOH |
|
B167 : HOH |
|
B168 : HOH |
|
B169 : HOH |
|
B170 : HOH |
|
B171 : HOH |
|
B172 : HOH |
|
B173 : HOH |
|
B174 : HOH |
|
B175 : HOH |
|
B176 : HOH |
|
B177 : HOH |
|
B178 : HOH |
|
B179 : HOH |
|
B180 : HOH |
|
B181 : HOH |
|
B182 : HOH |
|
B183 : HOH |
|
B184 : HOH |
|
B185 : HOH |
|
B186 : HOH |
|
B187 : HOH |
|
B188 : HOH |
|
B189 : HOH |
|
B190 : HOH |
|
B191 : HOH |
|
B192 : HOH |
|
B193 : HOH |
|
B194 : HOH |
|
B195 : HOH |
|
B196 : HOH |
|
C130 : HOH |
|
C131 : HOH |
|
C132 : HOH |
|
C133 : HOH |
|
C134 : HOH |
|
C135 : HOH |
|
C136 : HOH |
|
C137 : HOH |
|
C138 : HOH |
|
C139 : HOH |
|
C140 : HOH |
|
C141 : HOH |
|
C142 : HOH |
|
C143 : HOH |
|
C144 : HOH |
|
C145 : HOH |
|
C146 : HOH |
|
C147 : HOH |
|
C148 : HOH |
|
C149 : HOH |
|
C150 : HOH |
|
C151 : HOH |
|
C152 : HOH |
|
C153 : HOH |
|
C154 : HOH |
|
C155 : HOH |
|
C156 : HOH |
|
C157 : HOH |
|
C158 : HOH |
|
C159 : HOH |
|
C160 : HOH |
|
C161 : HOH |
|
C162 : HOH |
|
C163 : HOH |
|
C164 : HOH |
|
C165 : HOH |
|
C166 : HOH |
|
C167 : HOH |
|
C168 : HOH |
|
C169 : HOH |
|
C170 : HOH |
|
C171 : HOH |
|
C172 : HOH |
|
C173 : HOH |
|
C174 : HOH |
|
C175 : HOH |
|
C176 : HOH |
|
C177 : HOH |
|
C178 : HOH |
|
C179 : HOH |
|
C180 : HOH |
|
C181 : HOH |
|
C182 : HOH |
|
C183 : HOH |
|
C184 : HOH |
|
C185 : HOH |
|
C186 : HOH |
|
C187 : HOH |
|
C188 : HOH |
|
C189 : HOH |
|
C190 : HOH |
|
C191 : HOH |
|
C192 : HOH |
|
C193 : HOH |
|
C194 : HOH |
|
C195 : HOH |
|
C196 : HOH |
|
C197 : HOH |
|
C198 : HOH |
|
C199 : HOH |
|
C200 : HOH |
|
Adjacent stackings |
|
R3-R4 : adjacent_5p upward |
|
R4-R5 : adjacent_5p upward |
|
R7-R8 : adjacent_5p upward |
|
R8-R9 : adjacent_5p upward |
|
R15-R16 : adjacent_5p upward |
|
R16-R17 : adjacent_5p upward |
|
S3-S4 : adjacent_5p upward |
|
S4-S5 : adjacent_5p upward |
|
S7-S8 : adjacent_5p upward |
|
S8-S9 : adjacent_5p upward |
|
S13-S14 : adjacent_5p upward |
|
Non-Adjacent stackings |
|
R3-R18 : outward |
|
R5-R7 : upward |
|
R5-R16 : outward |
|
R9-R11 : upward |
|
S5-S7 : upward |
|
S5-S16 : outward |
|
S7-S15 : outward |
|
S9-S11 : upward |
|
S9-S13 : outward |
|
Number of stackings = 20 |
|
Number of adjacent stackings = 11 |
|
Number of non adjacent stackings = 9 |
|
Base-pairs |
|
R3-R17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX |
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R4-R16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX |
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R5-R15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX |
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R7-R14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX |
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R8-R13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX |
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S4-S16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX |
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S5-S15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX |
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S7-S14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX |
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S8-S13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX |
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