Ao receber o incentivo, o microempresário pode aplicar o recurso em capital de giro, custeio agrícola e investimento. Capital de giro é quando a empresa precisa manter dinheiro em caixa para assegurar a oferta de serviços, como venda a prazo, pagamento de fornecedores e manutenção de estoques, e para custear as necessidades do dia a dia.
O custeio agrícola refere-se à compra de produtos básicos da atividade, como sementes, maquinários, adubos e fertilizantes. O investimento é a aplicação de um recurso em uma atividade, como uma reforma, compra de mercadorias, aumento de estoque, com o objetivo de promover novos rendimentos e lucros às empresas.