Em 10 de Outubro de 1941, Heydrich era o oficial superior mais antigo na reunião sobre a "Solução Final" do RSHA[nota 4] em Praga, que discutiu a deportação de 50 000 judeus do Protectorado da Boémia e Morávia para guetos em Minsk e Riga. Dada a sua posição, Heydrich foi uma peça fundamental na operacionalização daqueles planos pois a sua Gestapo estava pronta a organizar deportações a Ocidente, e os seus Einsatzgruppen já estavam a realizar operações de execução em massa a Leste.[97] Os oficiais presentes na reunião também discutiram a retirada de cinco mil judeus de Praga "nas próximas semanas" entregando-os aos comandantes das Einsatzgruppen Arthur Nebe e Otto Rasch. A O estabelecimento de guetos no Protectorado também foi planeado, resultando na construção de Theresienstadt,[98] onde cerca de 33 000 pessoas acabariam por perecer. Dezenas de milhares passaram pelo campo antes de seguirem para Leste para serem executados.[99] Em 1941, Himmler escolheu Heydrich para "responsável pela implementação" da mobilização forçada de 60 mil judeus desde a Alemanha e Checoslováquia para o gueto de Lodz (Litzmannstadt) na Polónia.[98]
Antes, em 31 de Julho de 1941, Hermann Göring deu autorização por escrito a Heydrich para assegurar a cooperação dos líderes administrativos dos vários departamentos do governo, na implementação de uma Endlösung der Judenfrage (Solução Final para a Questão Judaica) nos territórios sob controlo alemão. [100] Em 20 de Janeiro de 1942, Heydrich chefiou uma reunião, agora chamada de Conferência de Wannsee, para discutir a implementação do plano.[101][102] O historiador Donald Bloxham reconhece que, sobre a discussão acerca dos responsáveis na Solução Final, Heydrich pouco tempo gastou a dizer mal dos judeus e, em vez disso, concentrou os seus esforços na sua "tarefa supranacional".[103]
Em Londres, o Governo checoslovaco no exílio resolveu matar Heydrich. Jan Kubiš e Jozef Gabčík encabeçaram o grupo escolhido para a operação. Treinados pela Special Operations Executive (SOE) britânica, os dois homens regressaram ao Protectorado, de um Handley Page Halifax saltando de de paraquedas, em 28 de Dezembro de 1941. Durante alguns meses viveram escondidos, a preparar-se para a tentativa de assassinato.[104]
Em 27 de Maio de 1942, Heydrich planeava encontrar-se com Hitler em Berlim. Documentos alemães sugerem que Hitler tinha a intenção de transferir Heydrich para França ocupada, onde a resistência francesa conquistava terreno.[105] Heydrich tinha que passar por uma zona onde a estrada Dresden-Prague se cruzava com uma via para a Ponte Troja. O cruzamento, no subúrbio de Praga de Libeň, era o local ideal para o ataque pois o motorista tinha de abrandar por causa de uma curva apertada. Conforme o carro de Heydrich abranda, Gabčík apontou-lhe uma Pistola-metralhadora Sten, mas esta encrava e falha o tiro. Em vez de pedir ao motorista para acelerar, Heydrich ordenou que o carro parasse e tentou confrontar os atacantes. Então, Kubiš aproveita que o carro está parado para atirar uma bomba (uma mina antitanque convertida) para a parte traseira da viatura. A explosão fere Heydrich e Kubiš.[106]