O Departamento de Contabilidade, vinculado à Secretaria Municipal da Fazenda, Administração e Planejamento é o responsável pelas atividades de registros dos fatos contábeis. Neste setor são elaborados os empenhos, recebidas e conferidas as notas fiscais, liquidados os empenhos e devidamente encaminhados ao Departamento de Tesouraria para posterior pagamento. Também é o Setor Contábil, o responsável pelo acompanhamento da execução de Receitas e Despesas, acompanhamento dos limites legais, elaboração e envio de Relatórios para o Tribunal de Contas e Secretaria do Tesouro Nacional, elaboração e análise de Balanços, dentre outras.