A Congregação Cristã normalmente não possui um registro formal ou um controle das flutuações estatísticas de sua membresia, enfatizando-se o vínculo espiritual e particular entre o fiel e Deus.[60] Abstêm-se do dízimo ou valores contributivos estipulados como uma observância restrita ao Antigo Pacto (Velho Testamento), sendo as suas coletas e ofertas respaldadas pela voluntariedade e anonimato.[61]
A organização eclesiástica da Congregação Cristã no Brasil é uma forma adaptada do governo presbiteriano[62]: um grupo de igrejas locais são reunidas em uma "região administrativa", normalmente correspondente a um município nos estados onde a igreja é maior e vários municípios onde a Congregação é menor, presidida por um conselho de anciãos e um corpo administrativo. As regiões administrativas são agrupadas em "regionais", que por sua vez se concentram nas "assembleias estaduais". A instância é a "Assembleia Geral" que ocorre na congregação do Brás anualmente sempre no mês de abril.