A primeira grande corrente migratória chegou a essa região através do sul. Acredita-se que esses imigrantes eram de origem indonésio-caucasiana, possuindo um grau de civilização mais adiantado que as tribos nativas. Posteriormente ocorreram mais duas grandes correntes migratórias. Cada nova corrente sucessivamente impediu os habitantes originais a procurarem terra ao norte.
A corrente migratória seguinte, cujo apogeu foi no século XIV, veio do reino madjapahit e trouxe consigo a religião muçulmana.
Fernão de Magalhães, um navegador português a serviço do Rei de Espanha, descobriu as ilhas no século XVI, introduzindo-as ao cristianismo. Os espanhóis estabeleceram sua capital em Manila a partir de 1571, garantindo seu domínio por mais de 300 anos.