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The dataset generation failed because of a cast error
Error code: DatasetGenerationCastError
Exception: DatasetGenerationCastError
Message: An error occurred while generating the dataset
All the data files must have the same columns, but at some point there are 1 new columns ({'frequency_all_disciplines'}) and 1 missing columns ({'frequency'}).
This happened while the csv dataset builder was generating data using
hf://datasets/SINAI/spanish-acronyms-pubmed/2-Inter-frequency_frequency_acronym_all_disciplines.csv (at revision 545ddc27829b98fffaad6539d7a28c580494df07)
Please either edit the data files to have matching columns, or separate them into different configurations (see docs at https://hf.co/docs/hub/datasets-manual-configuration#multiple-configurations)
Traceback: Traceback (most recent call last):
File "/src/services/worker/.venv/lib/python3.9/site-packages/datasets/builder.py", line 2011, in _prepare_split_single
writer.write_table(table)
File "/src/services/worker/.venv/lib/python3.9/site-packages/datasets/arrow_writer.py", line 585, in write_table
pa_table = table_cast(pa_table, self._schema)
File "/src/services/worker/.venv/lib/python3.9/site-packages/datasets/table.py", line 2302, in table_cast
return cast_table_to_schema(table, schema)
File "/src/services/worker/.venv/lib/python3.9/site-packages/datasets/table.py", line 2256, in cast_table_to_schema
raise CastError(
datasets.table.CastError: Couldn't cast
pair: string
acronym: string
description: string
frequency_all_disciplines: int64
-- schema metadata --
pandas: '{"index_columns": [{"kind": "range", "name": null, "start": 0, "' + 753
to
{'pair': Value(dtype='string', id=None), 'acronym': Value(dtype='string', id=None), 'description': Value(dtype='string', id=None), 'frequency': Value(dtype='int64', id=None)}
because column names don't match
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
File "/src/services/worker/src/worker/job_runners/config/parquet_and_info.py", line 1321, in compute_config_parquet_and_info_response
parquet_operations = convert_to_parquet(builder)
File "/src/services/worker/src/worker/job_runners/config/parquet_and_info.py", line 935, in convert_to_parquet
builder.download_and_prepare(
File "/src/services/worker/.venv/lib/python3.9/site-packages/datasets/builder.py", line 1027, in download_and_prepare
self._download_and_prepare(
File "/src/services/worker/.venv/lib/python3.9/site-packages/datasets/builder.py", line 1122, in _download_and_prepare
self._prepare_split(split_generator, **prepare_split_kwargs)
File "/src/services/worker/.venv/lib/python3.9/site-packages/datasets/builder.py", line 1882, in _prepare_split
for job_id, done, content in self._prepare_split_single(
File "/src/services/worker/.venv/lib/python3.9/site-packages/datasets/builder.py", line 2013, in _prepare_split_single
raise DatasetGenerationCastError.from_cast_error(
datasets.exceptions.DatasetGenerationCastError: An error occurred while generating the dataset
All the data files must have the same columns, but at some point there are 1 new columns ({'frequency_all_disciplines'}) and 1 missing columns ({'frequency'}).
This happened while the csv dataset builder was generating data using
hf://datasets/SINAI/spanish-acronyms-pubmed/2-Inter-frequency_frequency_acronym_all_disciplines.csv (at revision 545ddc27829b98fffaad6539d7a28c580494df07)
Please either edit the data files to have matching columns, or separate them into different configurations (see docs at https://hf.co/docs/hub/datasets-manual-configuration#multiple-configurations)Need help to make the dataset viewer work? Make sure to review how to configure the dataset viewer, and open a discussion for direct support.
pair
string | acronym
string | description
string | frequency
int64 |
|---|---|---|---|
('SEICAP', 'sociedad española de inmunología clínica y alergología pediátrica') | SEICAP | sociedad española de inmunología clínica y alergología pediátrica | 1 |
('ACE', 'antígeno carcinoembrionario') | ACE | antígeno carcinoembrionario | 2 |
('EMRR', 'em remitente recurrente') | EMRR | em remitente recurrente | 1 |
('SETH', 'sociedad española de trasplante hepático') | SETH | sociedad española de trasplante hepático | 1 |
('VBH', 'virus b de la hepatitis') | VBH | virus b de la hepatitis | 1 |
('IFN-gamma', 'interferon gamma') | IFN-gamma | interferon gamma | 1 |
('VHC', 'virus de la hepatitis c') | VHC | virus de la hepatitis c | 1 |
('IEOFR', 'inmuno-electro-osmo-foresis radial') | IEOFR | inmuno-electro-osmo-foresis radial | 1 |
('T.P.I.', 'treponemica de nelson') | T.P.I. | treponemica de nelson | 1 |
('L.E.S.', 'lupus eritematoso sistémico') | L.E.S. | lupus eritematoso sistémico | 1 |
('SEIMC', 'sociedad española de enfermedades infecciosas y microbiología clínica') | SEIMC | sociedad española de enfermedades infecciosas y microbiología clínica | 1 |
('RHA', 'reacción de hemaglutinación indirecta') | RHA | reacción de hemaglutinación indirecta | 1 |
('EIA', 'enzimoinmunoanálisis') | EIA | enzimoinmunoanálisis | 1 |
('IEF', 'inmunoelectroforesis') | IEF | inmunoelectroforesis | 1 |
('AT', 'autotrasplante') | AT | autotrasplante | 1 |
('IL-10', 'interleucina 10') | IL-10 | interleucina 10 | 1 |
('E12', 'españa 0012') | E12 | españa 0012 | 1 |
('ICAM-1', 'intercelular-1') | ICAM-1 | intercelular-1 | 1 |
('as', 'agricultores y sus compañeros') | as | agricultores y sus compañeros | 1 |
('IFI', 'inmunofluorescencia indirecta') | IFI | inmunofluorescencia indirecta | 3 |
('CN', 'complicaciones neurologicas') | CN | complicaciones neurologicas | 1 |
('RH"', 'rh segunda') | RH" | rh segunda | 1 |
('MGMT', 'metilguanina-adn-metiltransferasa') | MGMT | metilguanina-adn-metiltransferasa | 1 |
('AcMo', 'anticuerpo monoclonal') | AcMo | anticuerpo monoclonal | 1 |
('SEPAR', 'sociedad española de neumología y cirugía torácica') | SEPAR | sociedad española de neumología y cirugía torácica | 1 |
('M-PTH', 'media de hormona parathiroidea') | M-PTH | media de hormona parathiroidea | 1 |
('VIH', 'virus de immunodeficiencia humana') | VIH | virus de immunodeficiencia humana | 1 |
('EF', 'encefalolitógeno humano') | EF | encefalolitógeno humano | 1 |
('C/T', 'cociente psa:alpha 1 antiquimotripsina/psa total') | C/T | cociente psa:alpha 1 antiquimotripsina/psa total | 1 |
('RHAI', 'reacción de hemaglutinación indirecta') | RHAI | reacción de hemaglutinación indirecta | 1 |
('CHMSS', 'complejo hospitalario metropolitano del seguro social') | CHMSS | complejo hospitalario metropolitano del seguro social | 1 |
('CIE', 'contrainmunoelectroforesis') | CIE | contrainmunoelectroforesis | 1 |
('DCI', 'desnutrición crónica infantil') | DCI | desnutrición crónica infantil | 1 |
('CEA', 'carcinoembrionario') | CEA | carcinoembrionario | 3 |
('NGPP', 'neisseria gonorrhoeae productoras de penicilinasa') | NGPP | neisseria gonorrhoeae productoras de penicilinasa | 1 |
('GENTE', 'grupo de estudio de nuevas terapias de enfermedades reumáticas') | GENTE | grupo de estudio de nuevas terapias de enfermedades reumáticas | 1 |
('PIVh', 'parainfluenza virus humano') | PIVh | parainfluenza virus humano | 1 |
('IEOF-ID', 'inmunoelectroosmoforesis-inmunodifusion') | IEOF-ID | inmunoelectroosmoforesis-inmunodifusion | 1 |
('AcM', 'anticuerpos monoclonales') | AcM | anticuerpos monoclonales | 1 |
('HVB', 'hepatitis vírica tipo b') | HVB | hepatitis vírica tipo b | 1 |
('DB', 'de basófilos') | DB | de basófilos | 1 |
('RIA', 'radioinmunoensayo') | RIA | radioinmunoensayo | 1 |
('PDF', 'productos de degradación del fibrinógeno') | PDF | productos de degradación del fibrinógeno | 1 |
('RAHP', 'receptores frente a albúmina humana polimerizada') | RAHP | receptores frente a albúmina humana polimerizada | 1 |
('TASPE', 'trasplante autólogo de progenitores hematopoyéticos de sangre periférica') | TASPE | trasplante autólogo de progenitores hematopoyéticos de sangre periférica | 1 |
('GEIDAC', 'grupo español de investigación en dermatitis de contacto y alergia cutánea') | GEIDAC | grupo español de investigación en dermatitis de contacto y alergia cutánea | 1 |
('PCNA', 'proliferacion celular') | PCNA | proliferacion celular | 1 |
('Au', 'australiano') | Au | australiano | 1 |
('EMPP', 'em primariamente progresiva') | EMPP | em primariamente progresiva | 1 |
('VHC', 'virus hepatitis c') | VHC | virus hepatitis c | 1 |
('MAT', 'microaglutinación') | MAT | microaglutinación | 1 |
('RFB', 'reacción de floculación con bentonita') | RFB | reacción de floculación con bentonita | 1 |
('SNEM', 'servicio nacional de erradicación de la malaria') | SNEM | servicio nacional de erradicación de la malaria | 1 |
('TR', 'termorresistente de leptospira') | TR | termorresistente de leptospira | 1 |
('URO', 'urogastrona') | URO | urogastrona | 1 |
('A.R.', 'artritis reumatoidea') | A.R. | artritis reumatoidea | 1 |
('Tg', 'tiroglobulina') | Tg | tiroglobulina | 1 |
('VHB', 'virus de la hepatitis b') | VHB | virus de la hepatitis b | 2 |
('IFN', 'interferon alfa-2b') | IFN | interferon alfa-2b | 1 |
('NCC', 'neurocisticercosis') | NCC | neurocisticercosis | 1 |
('E C', 'enfermedad celiaca') | E C | enfermedad celiaca | 1 |
('VIH', 'virus de la inmunodeficiencia humana') | VIH | virus de la inmunodeficiencia humana | 9 |
('Hp', 'helicobacter pylori') | Hp | helicobacter pylori | 1 |
('r.i.a.', 'radioinmunoanálisis') | r.i.a. | radioinmunoanálisis | 1 |
('RHR', 'respuesta immune de hipersensibilidad retardada') | RHR | respuesta immune de hipersensibilidad retardada | 1 |
('PCNA', 'proliferación celular') | PCNA | proliferación celular | 1 |
('VIH-2', 'virus de la inmunodeficiencia humana tipo 2') | VIH-2 | virus de la inmunodeficiencia humana tipo 2 | 1 |
('GEDSRT-VHC', 'grupo español de estudio de donantes de sangre en riesgo de transmisión del vhc') | GEDSRT-VHC | grupo español de estudio de donantes de sangre en riesgo de transmisión del vhc | 1 |
('ETEC', 'enterotoxigénica') | ETEC | enterotoxigénica | 1 |
('VPH', 'virus del papiloma humano') | VPH | virus del papiloma humano | 1 |
('RIA', 'radioinmunoanálisis') | RIA | radioinmunoanálisis | 1 |
('LPS', 'lipopolisacárido') | LPS | lipopolisacárido | 1 |
('ZBS', 'zonas básicas de salud') | ZBS | zonas básicas de salud | 1 |
('Hib', 'haemophilus influenzae tipo b') | Hib | haemophilus influenzae tipo b | 1 |
('ARIA', 'alérgica y su impacto en el asma') | ARIA | alérgica y su impacto en el asma | 1 |
('VPH', 'virus papiloma humano') | VPH | virus papiloma humano | 1 |
('RFCE', 'receptor del factor de crecimiento epidérmico') | RFCE | receptor del factor de crecimiento epidérmico | 1 |
('LAM', 'leucemia aguda mieloide') | LAM | leucemia aguda mieloide | 1 |
('GNRP', 'glomerulonefritis rápidamente progresivas') | GNRP | glomerulonefritis rápidamente progresivas | 1 |
('RIE', 'radioinmunoensayo') | RIE | radioinmunoensayo | 1 |
('CTAT', 'complejos trombina-antitrombina iii') | CTAT | complejos trombina-antitrombina iii | 1 |
('AEHH', 'asociación española de hematolgía y hemoterapia') | AEHH | asociación española de hematolgía y hemoterapia | 1 |
('VHC', 'virus de hepatitis c') | VHC | virus de hepatitis c | 1 |
('ECA', 'enterobacterias') | ECA | enterobacterias | 2 |
('GETH', 'grupo español de trasplante hemopoyético') | GETH | grupo español de trasplante hemopoyético | 1 |
('MRV', 'monitoreo rápido de vacunación') | MRV | monitoreo rápido de vacunación | 1 |
('FHD', 'fiebre hemorrágica por dengue') | FHD | fiebre hemorrágica por dengue | 1 |
('HSV-2', 'herpes simple-2') | HSV-2 | herpes simple-2 | 1 |
('CPH', 'cáncer primitivo del higado') | CPH | cáncer primitivo del higado | 1 |
('ARP', 'activadad de renina plasmática') | ARP | activadad de renina plasmática | 1 |
('PV', 'pentavalente') | PV | pentavalente | 1 |
('VAG', 'vacunación antigripal') | VAG | vacunación antigripal | 1 |
('UITB', 'unidad de investigación en tuberculosis de barcelona') | UITB | unidad de investigación en tuberculosis de barcelona | 2 |
('CAP', 'centros de atención primaria') | CAP | centros de atención primaria | 1 |
('VIH-1', 'virus de inmunodeficiencia human tipo 1') | VIH-1 | virus de inmunodeficiencia human tipo 1 | 1 |
('RR', 'riesgos relativos') | RR | riesgos relativos | 1 |
('MLC', 'mixto de linfocitos') | MLC | mixto de linfocitos | 1 |
('gtc', 'globulina transportadora de corticoides') | gtc | globulina transportadora de corticoides | 1 |
('NPA', 'nefropatía secundaria a púrpura anafilactoide') | NPA | nefropatía secundaria a púrpura anafilactoide | 1 |
('GETECCU', 'grupo español de trabajo en enfermedad de crohn y colitis ulcerosa') | GETECCU | grupo español de trabajo en enfermedad de crohn y colitis ulcerosa | 1 |
End of preview.
Leveraging pubmed to create a specialty-based sense inventory for spanish acronym resolution
Acronyms frequently occur in clinical text, which makes their identification, disambiguation and resolution an important task in clinical natural language processing. This paper contributes to acronym resolution in Spanish through the creation of a set of sense inventories organized by clinical specialty containing acronyms, their expansions, and corpus-driven features. The new acronym resource is composed of 51 clinical specialties with 3,603 acronyms in total, from which we identified 228 language independent acronyms and 391 language dependent expansions. We further analyzed the sense inventory across specialties and present novel insights of acronym usage in biomedical Spanish texts.
Authors
- Alexandra Pomares-Quimbaya
- Pilar López-Úbeda
- Michel Oleynik
- Stefan Schulz
Citing
If you use the lexicon in your research, please cite: Leveraging PubMed to Create a Specialty-Based Sense Inventory for Spanish Acronym Resolution.
@incollection{pomares2020leveraging,
title={Leveraging pubmed to create a specialty-based sense inventory for spanish acronym resolution},
author={Pomares-Quimbaya, Alexandra and L{\'o}pez-{\'U}beda, Pilar and Oleynik, Michel and Schulz, Stefan},
booktitle={Digital Personalized Health and Medicine},
pages={292--296},
year={2020},
publisher={IOS Press}
}
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