<jupyter_start><jupyter_text>Calcul du pourcentage de GC (*GC content*)Le %GC est la proportion de bases G et C dans une séquence donnée :$\%GC = \frac{nbG + nbC}{nbA + nbT + nbC + nbG} \times 100$Soit la séquence :```ACGCGATTAGCTAGCCGG```<jupyter_code>nb_A = 4
nb_T = 3
nb_C = 5
nb_G = 6
GC = (nb_G + nb_C)/(nb_A + nb_T + nb_G + nb_C) * 100
print(GC)
print("Le %GC vaut : {}".format(GC))
print("Le %GC vaut : {:.1f}".format(GC))<jupyter_output><empty_output><jupyter_text>%GC en PCR*Polymerase chain reaction* : technique d'amplification de séquences d'ADN![](https://media.giphy.com/media/oCCLHVNt8YO64/giphy.gif)Plusieurs cycles successifs composés de 3 phases :1. Dénaturation. Séparation du brin d'ADN. Température : 92-95 °C.2. Hybridation. Appariement spécifique des amorces. Température : 50-60 °C,      mais dépend de la température de fusion (Tm) des amorces.3. Extension. Élongation par l'ADN polymérase. Température : 70-72 °C.![](https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/ab/Polymerase_chain_reaction-en.svg/1920px-Polymerase_chain_reaction-en.svg.png)*Source : By Enzoklop - Own work, CC BY-SA 4.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=96042657*  Liaison A-T![](https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/d/db/Base_pair_AT.svg/320px-Base_pair_AT.svg.png)*Source : By [Yikrazuul - Base pair Adenine Tyhmine (AT)](https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Base_pair_AT.svg), Public domain*  Liaison G-C![](https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/6/64/Base_pair_GC.svg/320px-Base_pair_GC.svg.png)*Source : By [Yikrazuul - Base pair guanine cytosine (GT)](https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Base_pair_GC.svg), Public domain*La liaison G-C est constituée de 3 liaisons hydrogènes, contre 2 pour la liaison A-T. Il faudra proportionnellement plus d'énergie pour rompre une liaison G-C par rapport à une liaison A-T. On s'attend donc que la température de fusion soit proportionnelle avec le %GC (plus il y aura de bases G et C dans une séquence, plus la température de fusion sera elevée).  Calcul de la température de Fusion Si séquence > 13 nucléotides$Tm = 64.9 + 0.41 \times \%GC - \frac{672.4}{nbA + nbT + nbG + nbC}$<jupyter_code>Tm = 64.9 + 0.41 * GC - 672.4/(nb_A + nb_T + nb_G + nb_C)
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print("Tm vaut : {:.2f}".format(Tm))<jupyter_output><empty_output>
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