<commit_before>============
autoprotocol
============

autoprotocol.protocol
---------------------

protocol.Protocol
~~~~~~~~~~~~~~~~~

.. autoclass:: autoprotocol.protocol.Protocol

Protocol.container_type()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.container_type

Protocol.ref()
^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.ref


Protocol.append()
^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.append

Protocol.as_dict()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.as_dict

Protocol.distribute()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.distribute

Protocol.transfer()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.transfer

Protocol.consolidate()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.consolidate

Protocol.dispense()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.dispense

Protocol.dispense_full_plate()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.dispense_full_plate

Protocol.stamp()
^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.stamp

Protocol.plate_to_mag_adapter()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.plate_to_mag_adapter

Protocol.plate_off_mag_adapter()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.plate_off_mag_adapter

Protocol.sangerseq()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.sangerseq

Protocol.mix()
^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.mix

Protocol.spin()
^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.spin
<commit_msg>remove reference to mag_adapter from docs<commit_after>============
autoprotocol
============

autoprotocol.protocol
---------------------

protocol.Protocol
~~~~~~~~~~~~~~~~~

.. autoclass:: autoprotocol.protocol.Protocol

Protocol.container_type()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.container_type

Protocol.ref()
^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.ref


Protocol.append()
^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.append

Protocol.as_dict()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.as_dict

Protocol.distribute()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.distribute

Protocol.transfer()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.transfer

Protocol.consolidate()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.consolidate

Protocol.dispense()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.dispense

Protocol.dispense_full_plate()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.dispense_full_plate

Protocol.stamp()
^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.stamp

Protocol.sangerseq()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.sangerseq

Protocol.mix()
^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.mix

Protocol.spin()
^^^^^^^^^^^^^^^
.. automethod:: autoprotocol.protocol.Protocol.spin

{'fraction_non_alphanumeric': 0.30842852732324794, 'fraction_numerical': 0.0, 'mean_word_length': 6.6415094339622645, 'pattern_counts': {'":': 0, '<': 3, '<?xml version=': 0, '>': 3, 'https://': 0, 'lorem ipsum': 0, 'www.': 0, 'xml': 0}, 'pii_count': 0, 'substrings_counts': 0, 'word_list_counts': {'cursed_substrings.json': 0, 'profanity_word_list.json': 0, 'sexual_word_list.json': 0, 'zh_pornsignals.json': 0}}
{'dir': 'git-commits-cleaned', 'id': '7518407', 'n_tokens_mistral': 988, 'n_tokens_neox': 976, 'n_words': 101}