<commit_before>
# Installation du serveur Regovar

À terme, Regovar pourra être installé via un paquet .deb. D'ici là, il est possible de l'installer via SaltStack ou via Docker.

### Via SaltStack

Référez-vous au [README](https://github.com/REGOVAR/ServerConfiguration/blob/master/README.md) de la configuration utilisée pour le déploiement au CHU d'Angers et de Nancy.

### Via Docker

La procédure reste relativement simple grâce à un script `install.sh` qui va vous poser quelques questions afin de configurer et créer pour vous les containers docker, le proxy nginx et l'application regovar.  

####Pré-requis

 * Ubuntu Xenial LTS (pipelines et analyse de variants) ou Debian Stretch ou supérieur (analyse de variants uniquement).
 * Droits root sur le serveur
 * Accès internet depuis le serveur
 * Git
 * [Docker](https://docs.docker.com/install/linux/docker-ce/ubuntu/)
 * [Docker-compose](https://docs.docker.com/compose/install/#install-compose)
 * Ne pas oublier de s'autoriser à utiliser Docker directement avec la commande ci-dessous.

```sh
sudo usermod -a -G docker $USER
```

N'oubliez pas de vous déconnecter de la session en cours et de vous reconnecter pour que l'ajout au groupe soit pris en compte.

####Procédure<commit_msg>Add information to help choice of the installation<commit_after>
# Installation du serveur Regovar

À terme, Regovar pourra être installé via un paquet .deb. À l'heure actuelle, deux modes de déploiement pour le serveur sont proposés :
 - directement sur le serveur (installation et configuration automatisées via SaltStack) ;
 - via Docker où Regovar est lui-même encapsulé dans un conteneur.
La première méthode est prévue pour un déploiement et une utilisation de Regovar sur une machine dédiée, tandis que la seconde permet une installation rapide et simple sans impact sur la configuration de la machine hôte.

### Via SaltStack

Référez-vous au [README](https://github.com/REGOVAR/ServerConfiguration/blob/master/README.md) de la configuration utilisée pour le déploiement au CHU d'Angers et de Nancy.

### Via Docker

La procédure reste relativement simple grâce à un script `install.sh` qui va vous poser quelques questions afin de configurer et créer pour vous les containers docker, le proxy nginx et l'application regovar.  

####Pré-requis

 * Ubuntu Xenial LTS (pipelines et analyse de variants) ou Debian Stretch ou supérieur (analyse de variants uniquement).
 * Droits root sur le serveur
 * Accès internet depuis le serveur
 * Git
 * [Docker](https://docs.docker.com/install/linux/docker-ce/ubuntu/)
 * [Docker-compose](https://docs.docker.com/compose/install/#install-compose)
 * Ne pas oublier de s'autoriser à utiliser Docker directement avec la commande ci-dessous.

```sh
sudo usermod -a -G docker $USER
```

N'oubliez pas de vous déconnecter de la session en cours et de vous reconnecter pour que l'ajout au groupe soit pris en compte.

####Procédure
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