<commit_before>// Some data for the demo.

//// We are going to use the same data source for multiple tracks
//var bamSource = pileup.formats.bam({
//  url: '/test-data/synth3.normal.17.7500000-7515000.bam',
//  indexUrl: '/test-data/synth3.normal.17.7500000-7515000.bam.bai'
//});

var sources = [
  {
    viz: pileup.viz.genome(),
    isReference: true,
    data: pileup.formats.reference({
      url: 'reference'
    }),
    name: 'Reference'
  },
  {
    viz: pileup.viz.pileup(),
    data: pileup.formats.ga4gh({
      spec: {
        url: "localhost:8080",
        readGroupId: "sadf",
        killChr: true
      };
    }),
    name: 'Alignments'
  }
// {
//    viz: pileup.viz.genome(),
//    isReference: true,
//    data: pileup.formats.reference({
//      prefix:"../json/"
//    }),
//    name: 'Reference'
//  }
//  {
//    viz: pileup.viz.scale(),
//    name: 'Scale'
//  },
//  {
//    viz: pileup.viz.location(),
//    name: 'Location'
//  },
//  {
//    viz: pileup.viz.variants(),
//    data: pileup.formats.vcf({
//      url: '/test-data/snv.chr17.vcf'
//    }),
//    name: 'Variants'
//  },
//  {
//    viz: pileup.viz.genes(),
//    data: pileup.formats.bigBed({
//      url: 'http://www.biodalliance.org/datasets/ensGene.bb'
//    }),
//    name: 'Genes'
//  },
//  {
//    viz: pileup.viz.coverage(),
//    data: bamSource,
//    cssClass: 'normal',
//    name: 'Coverage'
//  },
//  {
//    viz: pileup.viz.pileup(),
//    data: bamSource,
//    cssClass: 'normal',
//    name: 'Alignments'
//  },
//  {
//    viz: pileup.viz.coverage(),
//    data: bamSource,
//    cssClass: 'tumor',
//    name: 'Coverage'
//  },
//  {
//    viz: pileup.viz.pileup({
//      viewAsPairs: true
//    }),
//    data: bamSource,
//    cssClass: 'tumor',
//    name: 'Alignments'
//  }
];

var range = {contig: 'chr17', start: 7512284, stop: 7512644};<commit_msg>reference through server now works<commit_after>// Some data for the demo.

//// We are going to use the same data source for multiple tracks
//var bamSource = pileup.formats.bam({
//  url: '/test-data/synth3.normal.17.7500000-7515000.bam',
//  indexUrl: '/test-data/synth3.normal.17.7500000-7515000.bam.bai'
//});

var sources = [
  {
    viz: pileup.viz.genome(),
    isReference: true,
    data: pileup.formats.reference({
      url: '/reference',
      contigList: [{
        name:"chrM",
        length: 1000
      },{
        name:"22",
        length: 1000
      }]
    }),
    name: 'Reference'
  }
// {
//    viz: pileup.viz.genome(),
//    isReference: true,
//    data: pileup.formats.reference({
//      prefix:"../json/"
//    }),
//    name: 'Reference'
//  }
//  {
//    viz: pileup.viz.scale(),
//    name: 'Scale'
//  },
//  {
//    viz: pileup.viz.location(),
//    name: 'Location'
//  },
//  {
//    viz: pileup.viz.variants(),
//    data: pileup.formats.vcf({
//      url: '/test-data/snv.chr17.vcf'
//    }),
//    name: 'Variants'
//  },
//  {
//    viz: pileup.viz.genes(),
//    data: pileup.formats.bigBed({
//      url: 'http://www.biodalliance.org/datasets/ensGene.bb'
//    }),
//    name: 'Genes'
//  },
//  {
//    viz: pileup.viz.coverage(),
//    data: bamSource,
//    cssClass: 'normal',
//    name: 'Coverage'
//  },
//  {
//    viz: pileup.viz.pileup(),
//    data: bamSource,
//    cssClass: 'normal',
//    name: 'Alignments'
//  },
//  {
//    viz: pileup.viz.coverage(),
//    data: bamSource,
//    cssClass: 'tumor',
//    name: 'Coverage'
//  },
//  {
//    viz: pileup.viz.pileup({
//      viewAsPairs: true
//    }),
//    data: bamSource,
//    cssClass: 'tumor',
//    name: 'Alignments'
//  }
];

var range = {contig: 'chrM', start: 0, stop: 10};
{'fraction_non_alphanumeric': 0.22537517053206002, 'fraction_numerical': 0.028922237380627557, 'mean_word_length': 1.8775510204081634, 'pattern_counts': {'":': 0, '<': 3, '<?xml version=': 0, '>': 3, 'https://': 0, 'lorem ipsum': 0, 'www.': 2, 'xml': 0}, 'pii_count': 0, 'substrings_counts': 0, 'word_list_counts': {'cursed_substrings.json': 0, 'profanity_word_list.json': 0, 'sexual_word_list.json': 0, 'zh_pornsignals.json': 0}}
{'dir': 'git-commits-cleaned', 'id': '1950473', 'n_tokens_mistral': 1564, 'n_tokens_neox': 1466, 'n_words': 247}