<commit_before>## Contexte
Regovar est un projet financé par le réseau HUGO qui regroupe les hôpitaux du Grand-Ouest. Il vise à développer un logiciel pour l'analyse de données toujours plus volumineuses et complexes issue du séquençage génétique. Regovar doit répondre à un certain nombre de contraintes :

 * Gratuit
 * Code source libre de droits et public
 * Facile à déployer au sein d'un CHU
 * Facile à maintenir
 * Evolutif



## Vue d'ensemble
![Architecture de l'application Regovar](https://raw.githubusercontent.com/REGOVAR/Regovar/master/docs/assets/img/archi_system.png)

 * Tout est dans le réseau local du CHU.
 * Les utilisateurs accèdent au serveur Regovar via le réseau local du CHU grâce au client prévu à cet effet.
 * Un système de batch et de dossiers partagés entre les séquenceurs et le serveur Regovar peut être mis en place pour automatiser la récupération des "RUN" dans l'application Regovar et des mails automatiquement envoyés pour prévenir les biologistes que leurs données sont prêtes à être analysées.
 * Selon le même principe, un batch peut être mis en place pour que tous les weekends par exemple les données n'étant plus utilisées depuis un certain temps soient archivées et supprimées du serveur Regovar afin de libérer de l'espace. Ces mêmes batchs peuvent surveiller l'état du serveur et envoyer des alertes par mails aux administrateurs si nécessaire.
 * Les batchs ne font qu'utiliser les services proposés par le serveur Regovar afin d'automatiser certaines tâches. L'ensemble de ces tâches (d'ajout et de suppression de données) peuvent être faites manuellement par les utilisateurs.


## Architecture Système

### Configuration actuellement prévue pour les serveurs

|   |   |   |
| ------- | ------ | ------- |
| CPU | 2x (10 coeurs / 20 threads) | INTEL XEON E5-2630V4 2.20GHZ SKT2011-3 25MB CACHE BOXED |
| RAM | 128 Go | KINGSTON DDR4 4x32 ECC REG KVR21R15D4K4/128 |
| Disques dur | 2x 4 T0  | CONSTELLATION ES.3 4TB SAS 3.5IN 7200RPM 128MB 6GB |
| Carte mère | oui | GIGABYTE MD80-TM0 CARTE MERE SERVEUR |
| Carte graphique        | oui | SAPPHIRE R7 240 2G DDR3 PCI-E |
| Total |  **~ 4 700€** | |




## Architecture applicatif
![Architecture de l'application Regovar](https://raw.githubusercontent.com/REGOVAR/Regovar/master/docs/assets/img/archi_appli.png)

 * Les données sont stockées dans la base de données. ([cf. la doc sur la DB](database.md/))
 * L'application Regovar est divisée en deux parties :
    * le `Core` qui est composé du `Model` et des `Managers`
    * l'`API` qui va définir un certain nombre de `Handlers` afin de pouvoir aider le `Client` à interagir avec `Server` Actuellement deux API sont prévues :
        * L'API Rest pour interagir à distance avec le serveur via Internet ou un réseau local.<commit_msg>Update architecture.md<commit_after>## Contexte
Regovar est un projet financé par le réseau HUGO qui regroupe les hôpitaux du Grand-Ouest. Il vise à développer un logiciel pour l'analyse de données toujours plus volumineuses et complexes issue du séquençage génétique. Regovar doit répondre à un certain nombre de contraintes :

 * Gratuit
 * Code source libre de droits et public
 * Facile à déployer au sein d'un CHU
 * Facile à maintenir
 * Evolutif



## Vue d'ensemble
![Architecture de l'application Regovar](https://raw.githubusercontent.com/REGOVAR/Regovar/master/docs/assets/img/archi_system.png)

 * Tout est dans le réseau local du CHU.
 * Les utilisateurs accèdent au serveur Regovar via le réseau local du CHU grâce au client prévu à cet effet.
 * Un système de batch et de dossiers partagés entre les séquenceurs et le serveur Regovar peut être mis en place pour automatiser la récupération des "RUN" dans l'application Regovar et des mails automatiquement envoyés pour prévenir les biologistes que leurs données sont prêtes à être analysées.
 * Selon le même principe, un batch peut être mis en place pour que tous les weekends par exemple les données n'étant plus utilisées depuis un certain temps soient archivées et supprimées du serveur Regovar afin de libérer de l'espace. Ces mêmes batchs peuvent surveiller l'état du serveur et envoyer des alertes par mails aux administrateurs si nécessaire.
 * Les batchs ne font qu'utiliser les services proposés par le serveur Regovar afin d'automatiser certaines tâches. L'ensemble de ces tâches (d'ajout et de suppression de données) peuvent être faites manuellement par les utilisateurs.


## Architecture Système

###Configuration actuellement prévue pour les serveurs

|   |   |   |
| ------- | ------ | ------- |
| CPU | 2x (10 coeurs / 20 threads) | INTEL XEON E5-2630V4 2.20GHZ SKT2011-3 25MB CACHE BOXED |
| RAM | 128 Go | KINGSTON DDR4 4x32 ECC REG KVR21R15D4K4/128 |
| Disques dur | 2x 4 T0  | CONSTELLATION ES.3 4TB SAS 3.5IN 7200RPM 128MB 6GB |
| Carte mère | oui | GIGABYTE MD80-TM0 CARTE MERE SERVEUR |
| Carte graphique        | oui | SAPPHIRE R7 240 2G DDR3 PCI-E |
| Total |  **~ 4 700€** | |




## Architecture applicatif
![Architecture de l'application Regovar](https://raw.githubusercontent.com/REGOVAR/Regovar/master/docs/assets/img/archi_appli.png)

 * Les données sont stockées dans la base de données. ([cf. la doc sur la DB](database.md/))
 * L'application Regovar est divisée en deux parties :
    * le `Core` qui est composé du `Model` et des `Managers`
    * l'`API` qui va définir un certain nombre de `Handlers` afin de pouvoir aider le `Client` à interagir avec `Server` Actuellement deux API sont prévues :
        * L'API Rest pour interagir à distance avec le serveur via Internet ou un réseau local.
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