<commit_before># DNA Research | Исследование ДНК

## АВТОРЫ 

- <NAME>
- <NAME>
- <NAME>
- <NAME>
- <NAME>

## РУКОВОДИТЕЛИ 

- <NAME>

## ЦЕЛИ

- Создать набор открытых данных по ДНК.
- Научиться обрабатывать данные ДНК.
- Напечатать набор для сборки элементов ДНК.
- А также набор 3D — моделей участка ДНК (конструктор)

## КАК ПРОВОДИЛАСЬ РАБОТА 

###### Мы обнаружили в сети работу Хизер Дью Хагборг, которая позволяет по коду ДНК напечатать лицо человека на 3D-принтере.
###### Она откликнулась на нашу просьбу о помощи и проркомендовала поискать описания генов в SNPedia.
###### На Github были найдены 5 разных репозиториев с ДНК кодом людей.

###### Анализируя эти коды ДНК, мы проверили значения известных генов, например, гена `RAD51` с наименованием `rs1314913` отвечающий за болезнь Паркинсона и обнаружили, что в ДНК этих людей нет склонности к болезни Паркинсона.

###### Создали небольшой датасет с описанием наиболее важных генов и их значений.


### ИНСТРУМЕНТЫ

1. OpenSCAD
2. Repetier Host
3. Medium.com
4. JSON

### ОБОРУДОВАНИЕ

1. 3D printer MendelMax 1.5+
2. 3D printer UP! mini


## ОСНОВНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ

- Мы создали набор из базовых элементов ДНК
 - Аденин
 - Гуанин
 - Тимин
 - Цитозин

 **которые соединяются между собой с помощью магнитов**

![](https://github.com/soda-io/DNA.research/blob/master/Img/docs/3D_models%20A-T_G-C.jpg?raw=true)

- Создан набор данных по генам ДНК.
- Выяснили, что с помощью анализа кода ДНК можно:
 - Понизить смертность 
 - Создавать новые лекарства
 - Получить 3D-изображение лица.
- На данный момент известно около 16% генов.
- Вы также можете узнать свой ДНК код для этого вам нужно сделать анализа ДНК.

### ПРИМЕР КОДА ДНК И ОБОЗНАЧЕНИЯ

|  id         | xромосома|позиция  |генотип|обозначение| 
|:-----------:|:--------:|:-------:|:-----:|-----------|
| rs1333049   |    9     |22125503 |  GC   |Ишемическая болезнь сердца, у этого человека в 1.5 раза повышен риск заболевания|
| i3003626    |    3     |46414947 |  II   |устойчивость к ВИЧ инфекциям, этот человек устойчив к ВИЧ инфекциям             |
| rs2814778   |    1     |159174683|  CC   |сопротивление к молярии|
| rs1851665   |    3     |186436398|  АА   |большие шансы ожирения |



> i3003626  —  Наименование SNP(ОНП), то есть id - номер

> 3  —  Хромосома содержащий этот SNP(ОНП)

> 46414947  —  Местоположение в хромосоме

> II  —  Аллели, генотип
 
### ПРИМЕР КОДА ДНК В `JSON`

```
[
 {
"rsid"      :"rs4477212",
"chromosome":"1",
"position"  :"82154",
"genotype"  :"AA",
},
{
"rsid"      :"rs3094315",
"chromosome":"1",
"position"  :"752566",
"genotype"  :"AG",
},
{
"rsid"      :"rs3131972",
"chromosome":"1",
"position"  :"752721",
"genotype"  :"AG",
},
{
"rsid"      :"rs12124819",
"chromosome":"1",
"position"  :"776546",
"genotype"  :"AA",
},
{
"rsid"      :"rs11240777",
"chromosome":"1",
"position"  :"798959",
"genotype"  :"AG",
},
```

## ОТКРЫТЫЕ ВОПРОСЫ

- Как закодировать информацию в молекуле, не нарушив ее целостность?
- Как считывать эти данные впоследствии?

## ФАКТЫ 

* На данный момент известно лишь около 16% генов
* Молекула ДНК способна хранить до 2 бит на каждом нуклеотиде.
* Полный набор ДНК человека ~ 455 экзабайт (100 млрд DVD-дисков). ~**1 млрд гигабайт.**

## ВЫВОДЫ 

- С помощью анализа ДНК можно узнать возможные предрасположенности к:
 - Болезням
 - Спорте
 - Диете
- Плотность хранения информации в молекуле ДНК примерно в 6-7 раз выше, чем в самых современных модулях флэш-памяти.


## РЫНОК 

* Объем инвестиций в исследовании ДНК:
  1. Общий объем рынка в мире (2014 год) — **$25-30 млрд**
  2. Предполагаемые темпы роста — **15-30%** в год (оценка PriceWaterHouse)
* **Росси** / Мир
  * Возможная доля рынка для российского производителя — **1-3%**

# == ПЛАНЫ НА БУДУЩЕЕ ==

* Создать лабораторию по анализу ДНК человека указав на предрасположенности и заболевания с вероятностью

* С самыми новейшими методами Секвенирование Нового Поколения (СНП)

* Это даст большой скачок, в развитии:
 * Медицины
 * Спорта
 * Образования
 * Фармацевтики


## ЦИТАТЫ

> Такие исследования и анализ ДНК станут обыденным через 5-10 лет.

> ДНК — природный медиа-носитель, где записаны программы, в соответствии с которыми работает организм человека.

##### Цитата <NAME>

> А что касается нашего народа... на этой основе создан не только **наш общий культурный код**, но и исключительно **мощный генетический код**, потому что за все эти столетия и даже тысячелетия **происходил обмен генами**, смешанные браки. И именно этот **наш генный код**, ... является **одним из наших главных конкурентных преимуществ в сегодняшнем мире**. Он очень **гибкий**, он очень **устойчивый**.


## СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. SNPedia (www.snpedia.com)
2. Github  (www.github.com)
3. Wikipedia (www.ru.wikipedia.org)
4. 23andme   (www.23andme.com)
5. 3D Industry (www.3dindustry.ru)
6. Thingiverse (www.thingiverse.com)
7. Heather Dewey-Hagborg/Github (https://github.com/hdeweyh/strangerVisions)
8. Slideshare (www.slideshare.net)
9. Kremlin.ru (www.kremlin.ru)

## Компании, которые проводят анализы ДНК

- 23andme
- Gentle
- Navigenetics
- Decode Genetics
- My Genetics
- Genetis

Наши исследования базировались на анализе данных, полученных компанией 23andme

### АВТОРСКИЕ ПРАВА<commit_msg>Чуть-чуть логики<commit_after># DNA Research | Исследование ДНК

## ЦЕЛИ

- Создать набор открытых данных по ДНК.
- Научиться обрабатывать данные ДНК.
- Напечатать набор для сборки элементов ДНК.
- А также набор 3D — моделей участка ДНК (конструктор)

## КАК ПРОВОДИЛАСЬ РАБОТА 

###### Мы обнаружили в сети работу Хизер Дью Хагборг, которая позволяет по коду ДНК напечатать лицо человека на 3D-принтере.
###### Она откликнулась на нашу просьбу о помощи и проркомендовала поискать описания генов в SNPedia.
###### На Github были найдены 5 разных репозиториев с ДНК кодом людей.

###### Анализируя эти коды ДНК, мы проверили значения известных генов, например, гена `RAD51` с наименованием `rs1314913` отвечающий за болезнь Паркинсона и обнаружили, что в ДНК этих людей нет склонности к болезни Паркинсона.

###### Создали небольшой датасет с описанием наиболее важных генов и их значений.
##### Наши исследования базировались на анализе данных, полученных компанией 23andme


### ИНСТРУМЕНТЫ

1. OpenSCAD
2. Repetier Host
3. Medium.com
4. JSON

### ОБОРУДОВАНИЕ

1. 3D printer MendelMax 1.5+
2. 3D printer UP! mini



### ПРИМЕР КОДА ДНК И ОБОЗНАЧЕНИЯ

|  id         | xромосома|позиция  |генотип|обозначение| 
|:-----------:|:--------:|:-------:|:-----:|-----------|
| rs1333049   |    9     |22125503 |  GC   |Ишемическая болезнь сердца, у этого человека в 1.5 раза повышен риск заболевания|
| i3003626    |    3     |46414947 |  II   |устойчивость к ВИЧ инфекциям, этот человек устойчив к ВИЧ инфекциям             |
| rs2814778   |    1     |159174683|  CC   |сопротивление к молярии|
| rs1851665   |    3     |186436398|  АА   |большие шансы ожирения |



> i3003626  —  Наименование SNP(ОНП), то есть id - номер

> 3  —  Хромосома содержащий этот SNP(ОНП)

> 46414947  —  Местоположение в хромосоме

> II  —  Аллели, генотип
 
### ПРИМЕР КОДА ДНК В `JSON`

```
[
 {
"rsid"      :"rs4477212",
"chromosome":"1",
"position"  :"82154",
"genotype"  :"AA",
},
{
"rsid"      :"rs3094315",
"chromosome":"1",
"position"  :"752566",
"genotype"  :"AG",
},
{
"rsid"      :"rs3131972",
"chromosome":"1",
"position"  :"752721",
"genotype"  :"AG",
},
{
"rsid"      :"rs12124819",
"chromosome":"1",
"position"  :"776546",
"genotype"  :"AA",
},
{
"rsid"      :"rs11240777",
"chromosome":"1",
"position"  :"798959",
"genotype"  :"AG",
},
```

## ФАКТЫ 

* На данный момент известно лишь около 16% генов
* Молекула ДНК способна хранить до 2 бит на каждом нуклеотиде.
* Полный набор ДНК человека ~ 455 экзабайт (100 млрд DVD-дисков). ~**1 млрд гигабайт.**

## ОТКРЫТЫЕ ВОПРОСЫ

- Как закодировать информацию в молекуле, не нарушив ее целостность?
- Как считывать эти данные впоследствии?


## ВЫВОДЫ 

- С помощью анализа ДНК можно узнать возможные предрасположенности к:
 - Болезням
 - Спорте
 - Диете
- Плотность хранения информации в молекуле ДНК примерно в 6-7 раз выше, чем в самых современных модулях флэш-памяти.


## РЫНОК 

* Объем инвестиций в исследовании ДНК:
  1. Общий объем рынка в мире (2014 год) — **$25-30 млрд**
  2. Предполагаемые темпы роста — **15-30%** в год (оценка PriceWaterHouse)
* **Росси** / Мир
  * Возможная доля рынка для российского производителя — **1-3%**

# == ПЛАНЫ НА БУДУЩЕЕ ==

* Создать лабораторию по анализу ДНК человека указав на предрасположенности и заболевания с вероятностью

* С самыми новейшими методами Секвенирование Нового Поколения (СНП)

* Это даст большой скачок, в развитии:
 * Медицины
 * Спорта
 * Образования
 * Фармацевтики


## ЦИТАТЫ

> Такие исследования и анализ ДНК станут обыденным через 5-10 лет.

> ДНК — природный медиа-носитель, где записаны программы, в соответствии с которыми работает организм человека.

##### Цитата <NAME>

> А что касается нашего народа... на этой основе создан не только **наш общий культурный код**, но и исключительно **мощный генетический код**, потому что за все эти столетия и даже тысячелетия **происходил обмен генами**, смешанные браки. И именно этот **наш генный код**, ... является **одним из наших главных конкурентных преимуществ в сегодняшнем мире**. Он очень **гибкий**, он очень **устойчивый**.


## ОСНОВНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ

- Мы создали набор из базовых элементов ДНК
 - Аденин
 - Гуанин
 - Тимин
 - Цитозин

 **которые соединяются между собой с помощью магнитов**

![](https://github.com/soda-io/DNA.research/blob/master/Img/docs/3D_models%20A-T_G-C.jpg?raw=true)

- Создан набор данных по генам ДНК.
- Выяснили, что с помощью анализа кода ДНК можно:
 - Понизить смертность 
 - Создавать новые лекарства
 - Получить 3D-изображение лица.
- На данный момент известно около 16% генов.
- Вы также можете узнать свой ДНК код для этого вам нужно сделать анализа ДНК.


## Компании, которые проводят анализы ДНК

- 23andme
- Gentle
- Navigenetics
- Decode Genetics
- My Genetics
- Genetis

## СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. SNPedia (www.snpedia.com)
2. Github  (www.github.com)
3. Wikipedia (www.ru.wikipedia.org)
4. 23andme   (www.23andme.com)
5. 3D Industry (www.3dindustry.ru)
6. Thingiverse (www.thingiverse.com)
7. Heather Dewey-Hagborg/Github (https://github.com/hdeweyh/strangerVisions)
8. Slideshare (www.slideshare.net)
9. Kremlin.ru (www.kremlin.ru)

## УЧЕНИКИ 

- <NAME>
- <NAME>
- <NAME>
- <NAME>
- <NAME>

## РУКОВОДИТЕЛИ 

- <NAME>


### АВТОРСКИЕ ПРАВА
{'fraction_non_alphanumeric': 0.12004962305563507, 'fraction_numerical': 0.044469892165282944, 'mean_word_length': 3.7143499775078723, 'pattern_counts': {'":': 10, '<': 17, '<?xml version=': 0, '>': 31, 'https://': 4, 'lorem ipsum': 0, 'www.': 16, 'xml': 0}, 'pii_count': 0, 'substrings_counts': 0, 'word_list_counts': {'cursed_substrings.json': 0, 'profanity_word_list.json': 0, 'sexual_word_list.json': 0, 'zh_pornsignals.json': 0}}
{'dir': 'git-commits-cleaned', 'id': '6216750', 'n_tokens_mistral': 5173, 'n_tokens_neox': 5536, 'n_words': 1228}