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title: Elementi di Bioinformatica (2019-20)
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## Elenco delle lezioni


| #   | Docente | Data  | Argomento                                                                                                               | Materiale                                                                                                      | Esercizi                               | Soluzioni |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A1  | GDV     | 2/10  | Pattern Matching. Algoritmo Bit-parallel per pattern matching esatto.                                                   | Gusfield 1.1, 4.1, 4.2.[1-2]                                                                                   |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A2  | GDV     | 3/10  | Richiamo linguaggio C. Karp-Rabin: algoritmo e implementazione. Cenni di Python.                                        |                                                                                                               | [parole](c-esercizio-parole-frequenti) |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| P1  | RR      | 7/10  | Introduzione a Python. Stringhe, liste e tuple                                                                           | [Introduzione a Python](https://github.com/bioinformatica-corso/lezioni/blob/master/laboratorio/7ott19/lezione1-introduzione.ipynb), [Stringhe, liste e tuple](https://github.com/bioinformatica-corso/lezioni/blob/master/laboratorio/7ott19/lezione2-strutture-dati1.ipynb)                                                                                                             | [Esercizio 1](https://github.com/bioinformatica-corso/lezioni/blob/master/laboratorio/7ott19/esercizio1-testo.ipynb), [File di input](https://github.com/bioinformatica-corso/lezioni/blob/master/laboratorio/7ott19/input-precipitazioni.txt)                                        |[Soluzione](https://github.com/bioinformatica-corso/lezioni/blob/master/laboratorio/7ott19/esercizio1-soluzione.ipynb)           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A3  | GDV     | 9/10  | Richiami shell Linux. Make                                                                                              | Gusfield 4.4                                                                                                   |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A4  | GDV     | 10/10 | Suffix array e Suffix tree: definizioni. Suffix array e Suffix tree: relazioni. LCP. Calcolo della sottostringa comune più lunga di 2 stringhe.                                      | Gusfield 5, 5.1, 5.2, 5.3, 5.4, 7.14. [dispensa](http://courses.csail.mit.edu/6.851/spring12/lectures/L16.pdf) [slides](https://github.com/bioinformatica-corso/lezioni/raw/master/04-pattern-matching-suffix-array-video.pdf) |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | |
| A5  | GDV     | 16/10 | Suffix array: pattern matching. | Gusfield 7.4, 7.14.2                                                                                           |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A6  | GDV     | 17/10 | Implementazione di pattern matching su suffix array. Controllo di versione (git). Python, FFI, Cython.                                               |                                                                                                                |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| P2  | RR      | 21/10 | Dizionari e insiemi                                                                                                     | [Dizionari e insiemi](https://github.com/bioinformatica-corso/lezioni/blob/master/laboratorio/21ott19/lezione3-strutture-dati2.ipynb)                                                                                                               |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A7  | GDV     | 23/10 | Ricerca della sottostringa comune più lunga di k stringhe: algoritmo e implementazione                                  | Gusfield 7.4                                                                                                   |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A8  | GDV     | 24/10 | Allineamento globale di 2 sequenze. Needleman-Wunsch                                                                    | Gusfield 11.2, 11.3, 11.4, 11.6                                                                                |                                        |           |
| P3  | RR      | 28/10 | Espressioni regolari. Introduzione alla Bioinformatica                                                                  |                                                                                                                |                                        |           |
| --  | --      | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
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| A9  | GDV     | 30/10 | Allineamento locale di 2 sequenze. Smith-Waterman (Gusfield 11.7)                                                       |                                                                                                                |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A10 | GDV     | 31/10 | Allineamento con banda. Allineamento con gap                                                                            | Gusfield 12.2.3, 12.2.4, 11.8                                                                                  |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| P4  | RR      | 4/11  | Esercizi di parsing di formati standard in Bioinformatica                                                               |                                                                                                                |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A11 | GDV     | 6/11  | Allineamento globale come caso generale di distanza di edit e LCS                                                       | Gusfield 11.6, 11.6.[1-2], 1.1, 4.1, 4.2.[1-2]                                                                 |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A12 | GDV     | 7/11  | Implementare algoritmi di programmazione dinamica. Allineamento multiplo                                                | Gusfield 14.1, 14.[5-6]                                                                                        |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| P5  | RR      | 19/11 | Esercizi di parsing del formato standard GTF (annotazione di un gene)                                                   |                                                                                                                |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A13 | GDV     | 20/11 | Sequenziamento: string graphs                                                                                           | Gusfield 16.14, 16.15, 16.16, 16.17.1, 16.17.2                                                                 |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A14 | GDV     | 21/11 | Sequenziamento: grafi di de Brujin                                                                                      | Gusfield 16.18                                                                                                 |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| P6  | RR      | 25/11 | Esercizi di parsing del formato standard GTF (annotazione di un gene)                                                   |                                                                                                                |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A15 | GDV     | 27/11 | Filogenesi basata su caratteri                                                                                          | Gusfield 17.3, 17.6.1. Jones&Pevzner Capitolo 10                                                               |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |<commit_msg>layout<commit_after>---
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title: Elementi di Bioinformatica (2019-20)
---

## Elenco delle lezioni


| #   | Docente | Data  | Argomento                                                                                                               | Materiale                                                                                                      | Esercizi                               | Soluzioni |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A1  | GDV     | 2/10  | Pattern Matching. Algoritmo Bit-parallel per pattern matching esatto.                                                   | Gusfield 1.1, 4.1, 4.2.[1-2]                                                                                   |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A2  | GDV     | 3/10  | Richiamo linguaggio C. Karp-Rabin: algoritmo e implementazione. Cenni di Python.                                        |                                                                                                               | [parole](c-esercizio-parole-frequenti) |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| P1  | RR      | 7/10  | Introduzione a Python. Stringhe, liste e tuple                                                                           | [Introduzione a Python](https://github.com/bioinformatica-corso/lezioni/blob/master/laboratorio/7ott19/lezione1-introduzione.ipynb), [Stringhe, liste e tuple](https://github.com/bioinformatica-corso/lezioni/blob/master/laboratorio/7ott19/lezione2-strutture-dati1.ipynb)                                                                                                             | [Esercizio 1](https://github.com/bioinformatica-corso/lezioni/blob/master/laboratorio/7ott19/esercizio1-testo.ipynb), [File di input](https://github.com/bioinformatica-corso/lezioni/blob/master/laboratorio/7ott19/input-precipitazioni.txt)                                        |[Soluzione](https://github.com/bioinformatica-corso/lezioni/blob/master/laboratorio/7ott19/esercizio1-soluzione.ipynb)           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A3  | GDV     | 9/10  | Richiami shell Linux. Make                                                                                              | Gusfield 4.4                                                                                                   |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A4  | GDV     | 10/10 | Suffix array e Suffix tree: definizioni. Suffix array e Suffix tree: relazioni. LCP. Calcolo della sottostringa comune più lunga di 2 stringhe.                                      | Gusfield 5, 5.1, 5.2, 5.3, 5.4, 7.14. [dispensa](http://courses.csail.mit.edu/6.851/spring12/lectures/L16.pdf) [slides](https://github.com/bioinformatica-corso/lezioni/raw/master/04-pattern-matching-suffix-array-video.pdf) |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | |
| A5  | GDV     | 16/10 | Suffix array: pattern matching. | Gusfield 7.4, 7.14.2                                                                                           |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A6  | GDV     | 17/10 | Implementazione di pattern matching su suffix array. Controllo di versione (git). Python, FFI, Cython.                                               |                                                                                                                |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| P2  | RR      | 21/10 | Dizionari e insiemi                                                                                                     | [Dizionari e insiemi](https://github.com/bioinformatica-corso/lezioni/blob/master/laboratorio/21ott19/lezione3-strutture-dati2.ipynb)                                                                                                               |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A7  | GDV     | 23/10 | Ricerca della sottostringa comune più lunga di k stringhe: algoritmo e implementazione                                  | Gusfield 7.4                                                                                                   |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A8  | GDV     | 24/10 | Allineamento globale di 2 sequenze. Needleman-Wunsch                                                                    | Gusfield 11.2, 11.3, 11.4, 11.6                                                                                |                                        |           |
| P3  | RR      | 28/10 | Espressioni regolari. Introduzione alla Bioinformatica                                                                  |                                                                                                                |                                        |           |
| A9  | GDV     | 30/10 | Allineamento locale di 2 sequenze. Smith-Waterman (Gusfield 11.7)                                                       |                                                                                                                |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A10 | GDV     | 31/10 | Allineamento con banda. Allineamento con gap                                                                            | Gusfield 12.2.3, 12.2.4, 11.8                                                                                  |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| P4  | RR      | 4/11  | Esercizi di parsing di formati standard in Bioinformatica                                                               |                                                                                                                |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A11 | GDV     | 6/11  | Allineamento globale come caso generale di distanza di edit e LCS                                                       | Gusfield 11.6, 11.6.[1-2], 1.1, 4.1, 4.2.[1-2]                                                                 |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A12 | GDV     | 7/11  | Implementare algoritmi di programmazione dinamica. Allineamento multiplo                                                | Gusfield 14.1, 14.[5-6]                                                                                        |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| P5  | RR      | 19/11 | Esercizi di parsing del formato standard GTF (annotazione di un gene)                                                   |                                                                                                                |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A13 | GDV     | 20/11 | Sequenziamento: string graphs                                                                                           | Gusfield 16.14, 16.15, 16.16, 16.17.1, 16.17.2                                                                 |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A14 | GDV     | 21/11 | Sequenziamento: grafi di de Brujin                                                                                      | Gusfield 16.18                                                                                                 |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| P6  | RR      | 25/11 | Esercizi di parsing del formato standard GTF (annotazione di un gene)                                                   |                                                                                                                |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
| A15 | GDV     | 27/11 | Filogenesi basata su caratteri                                                                                          | Gusfield 17.3, 17.6.1. Jones&Pevzner Capitolo 10                                                               |                                        |           |
| --  | ---     | ----- | ---------                                                                                                               | ----------                                                                                                     | -------------                          | --------- |
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