<commit_before># Immunopy #

Данный документ будет писаться на русском, ибо диплом.

Приложение задумывалось как интересный способ проверки возможностей алгоритмов, машин и людей. В течение цикла разработки почти никто не пострадал.

## Краткий обзор
Immunopy - программа с графическим интерфейсом, позволяющая оценивать индекс позитивных ядер (labeleing index) в реальном времени.

Приложение захватывает видеопоток с камеры микроскопа и проводит анализ полей зрения синхронно с патоморфологом, мгновенно отображая labeleing index для текущего поля зрения. Приложение ориентировано на препараты молочной железы (красители DAB / гематоксилин).

## Зависимости ##

* Python 2
* Numpy
* Scipy
* Scikits-image
* Opencv
* Micromanager
* PyQt или PySide
* PyOpenGL

## Конфигурация ##

Современные автоматизированные (моторизованные) микроскопы могут оснащаться подвижным предметным столиком, турелью объективов с автофокусом, различными источниками света и камерой с затвором. Разумеется, перед использованием такой сложной системы, её необходимо сконфигурировать, а объективы откалибровать.

    TIP. Размеры пикселов для разных объективов были найдены в файлах метаинформации, генерируемых Leica Acquisition Suite и были проверены экспериментально объектом-микрометром.

Для управления всеми устройствами используется Micromanager. Файл конфигурации для микроскопа (например MMConfig.cfg) создаётся в MMStudio (Micromanager GUI) до запуска Immunopy. В нём задаётся список используемых устройств микроскопа и настройки (в том числе пресеты), которые будут применены к микроспоку после запуска Immunopy. Конфигурирование описано в [документации Miсromanager](https://micro-manager.org/wiki/Micro-Manager_Configuration_Guide).

Immunopy позволяет изменять некоторые параметры в процессе работы. Например, настройки камеры: экспозиция, gain, выбор используемого объектива.

    NB! В связи с тем, что в используемом микроскопе нет электронной *objective turette*, MMStudio не позволяет так просто включить информацию о размере пиксела для каждого из объективов (он о них просто не знает). На данный момент список объективов и соответствующих им разрешений (µm/px) вносятся в файл конфигурации вручную. Immunopy будет отображать такой список, и вы должны следить за тем, чтобы выбранное в интерфейсе Immunopy увеличение  соответствовало объективу, который используете (анализатор должен знать масштаб изображения).

Ручной настройки анализатора не требуется (параметры по умолчанию подобраны экспериментально и удовлетворительны). Этот тип настроек не зависит от оборудования и обрабатывается средствами Qt так, как того требует операционная система.
<commit_msg>README.md edited online with Bitbucket<commit_after># Immunopy #

Данный документ будет писаться на русском, ибо диплом.

Приложение задумывалось как интересный способ проверки возможностей алгоритмов, машин и людей. В течение цикла разработки почти никто не пострадал.

## Краткий обзор ##
Immunopy - программа с графическим интерфейсом, позволяющая оценивать индекс позитивных ядер (labeleing index) в реальном времени.

Приложение захватывает видеопоток с камеры микроскопа и проводит анализ полей зрения синхронно с патоморфологом, мгновенно отображая labeleing index для текущего поля зрения. Приложение ориентировано на препараты молочной железы (красители DAB / гематоксилин).

## Зависимости ##

* Python 2
* Numpy
* Scipy
* Scikits-image
* Opencv
* Micromanager
* PyQt или PySide
* PyOpenGL

## Конфигурация ##

Современные автоматизированные (моторизованные) микроскопы могут оснащаться подвижным предметным столиком, турелью объективов с автофокусом, различными источниками света и камерой с затвором. Разумеется, перед использованием такой сложной системы, её необходимо сконфигурировать, а объективы откалибровать.

> TIP. Размеры пикселов для разных объективов были найдены в файлах метаинформации, генерируемых Leica Acquisition Suite и были проверены экспериментально объектом-микрометром.

Для управления всеми устройствами используется Micromanager. Файл конфигурации для микроскопа (например MMConfig.cfg) создаётся в MMStudio (Micromanager GUI) до запуска Immunopy. В нём задаётся список используемых устройств микроскопа и настройки (в том числе пресеты), которые будут применены к микроспоку после запуска Immunopy. Конфигурирование описано в [документации Miсromanager](https://micro-manager.org/wiki/Micro-Manager_Configuration_Guide).

Immunopy позволяет изменять некоторые параметры в процессе работы. Например, настройки камеры: экспозиция, gain, выбор используемого объектива.

> NB! В связи с тем, что в используемом микроскопе нет электронной *objective turette*, MMStudio не позволяет так просто включить информацию о размере пиксела для каждого из объективов (он о них просто не знает). На данный момент список объективов и соответствующих им разрешений (µm/px) вносятся в файл конфигурации вручную. Immunopy будет отображать такой список, и вы должны следить за тем, чтобы выбранное в интерфейсе Immunopy увеличение  соответствовало объективу, который используете (анализатор должен знать масштаб изображения).

Ручной настройки анализатора не требуется (параметры по умолчанию подобраны экспериментально и удовлетворительны). Этот тип настроек не зависит от оборудования и обрабатывается средствами Qt так, как того требует операционная система.

{'fraction_non_alphanumeric': 0.040402159746788305, 'fraction_numerical': 0.0003723701359150996, 'mean_word_length': 5.765743073047859, 'pattern_counts': {'":': 0, '<': 3, '<?xml version=': 0, '>': 5, 'https://': 2, 'lorem ipsum': 0, 'www.': 0, 'xml': 0}, 'pii_count': 0, 'substrings_counts': 0, 'word_list_counts': {'cursed_substrings.json': 0, 'profanity_word_list.json': 0, 'sexual_word_list.json': 0, 'zh_pornsignals.json': 0}}
{'dir': 'git-commits-cleaned', 'id': '3239893', 'n_tokens_mistral': 2118, 'n_tokens_neox': 2509, 'n_words': 618}