L'attaque de l'armée allemande contre la Pologne, le 1er septembre 1939, marqua le début de la Deuxième Guerre mondiale. Bien que le conflit ait épargné la Suisse, il eut de grandes conséquences pour sa vie culturelle, sociale, économique et politique. La mobilisation générale toucha une grande partie de la population masculine. La guerre renforça la volonté de défense, mais les succès initiaux de l'Allemagne nazie amenèrent également de l'eau au moulin des mouvements fascistes. Devant l'afflux de réfugiés, la Suisse officielle prit des mesures restrictives. Et la situation économique difficile contraignit à instaurer le rationnement.
La mobilisation Lorsque la Seconde Guerre mondiale éclata le 1er septembre 1939, la Suisse réagit par une première mobilisation générale qui toucha 430 000 soldats. Le 11 mai 1940, après l'attaque de Hitler contre les États neutres de la Hollande, de la Belgique et du Luxembourg, survint la deuxième mobilisation générale. Avant la fin de 1940, l'armée recruta aussi 15 000 femmes volontaires pour le Service complémentaire féminin (SCF). A ce moment, personne ne savait combien de temps durerait le service actif, ni si la Suisse serait attaquée. Le rapide effondrement de la France en juin 1940 obligea les commandants de l'armée suisse à changer de stratégie: le général Guisan décida de retirer le gros de l'armée dans les Alpes en créant le «Réduit national». Le général devint ainsi le symbole de la volonté de résistance suisse. A côté de la défense nationale militaire, on mit sur pied une «défense spirituelle», qui devait renforcer l'unité nationale et la volonté de résistance, en exaltant la spécificité suisse, telle qu'elle était apparue dans toute sa gloire lors de l'Exposition nationale de 1939 à Zurich.
Le printemps des fronts
Les idées fascistes trouvèrent également un écho en Suisse. Lors du «printemps des fronts» de 1933, certains partis fascistes remportèrent des succès électoraux. En 1935, leur initiative antidémocratique demandant une révision totale de la Constitution fut toutefois clairement rejetée. Les succès militaires de l'Allemagne au printemps 1940 plongèrent la Suisse dans une crise politique et donnèrent un nouvel élan aux mouvements fascistes.
De 1939 à 1945, la Suisse accorda sa protection à environ 60 000 réfugiés civils. Elle en refoula cependant plus de 20 000, chiffre auquel s'ajoutent les 25 000 visas d'entrée dont l'attribution fut refusée par la police des étrangers. À la demande des autorités helvétiques, l'Allemagne introduisit en 1938 le tampon «J» dans les passeports des juifs allemands. Les personnes persécutées pour des raisons raciales n'étaient pas considérées comme réfugiés politiques et n'étaient par conséquent pas accueillies en Suisse. En août 1942, le Conseil fédéral ordonna la fermeture des frontières, alors même qu'il était informé de l'extermination des juifs. Malgré des protestations dans l'ensemble du pays, cette politique restrictive à l'égard des réfugiés ne fut assouplie que vers la fin de l'automne 1943. Aux côtés des réfugiés civils, la Suisse accueillit environ 104 000 militaires de 37 nationalités différentes. Les soldats étaient généralement internés dans des camps et affectés, dès 1941, à des travaux agricoles, à la construction de routes, à des travaux forestiers ou dans l'industrie.
La Deuxième Guerre mondiale eut aussi de graves conséquences économiques pour la Suisse. La politique économique visa le maintien des relations commerciales afin de garantir l'approvisionnement du pays en matières premières. L'exportation de matériel de guerre vers l'Allemagne et l'Italie augmenta considérablement. Les deux puissances de l'Axe restèrent les principaux partenaires commerciaux de la Suisse jusqu'en 1944. Pour faire face aux restrictions imposées par la guerre, la Suisse introduisit en novembre 1939 des tickets de rationnement pour les denrées alimentaires; en 1942, cette mesure fut étendue au lait et au pain. Dès 1939, le Conseil fédéral prit des dispositions pour augmenter la production agricole: mise en culture obligatoire, travail obligatoire à la campagne, propagande pour le «plan Wahlen».