with open('example.html') as f:
    soup = bs4.BeautifulSoup(f)
for comment in soup.find_all(text=lambda e: isinstance(e, bs4.Comment)):
    tag = bs4.Tag(name='comment')
tag.string = comment.strip()
comment.replace_with(tag)
Как заменить комментарии HTML пользовательскими элементами <comment>