shortlen = 150
shortset = set()
for i in range(len(seq) - shortlen + 1):
    shortset.add(seq[i:i + shortlen])
for line in short:
    count1 += 1
if line in shortset:
    count2 += 1
Эффективный способ определить, присутствует ли короткая строка в более длинной строке в python.