with open('output.bam', 'wb', 0) as output_file:
    command3 = Popen('samtools view -bS -'.split(), stdin=PIPE, stdout=
        output_file)
command1 = Popen('samtools view -HS header.sam'.split(), stdout=command3.stdin)
rc_command1 = command1.wait()
command2 = Popen('samtools view input.bam 1:1-50000000'.split(), stdout=
    command3.stdin)
command3.stdin.close()
rc_command2 = command2.wait()
rc_command3 = command3.wait()
Как присоединиться к стандартному выводу двух подпроцессов и подключиться к стандартному вводу нового подпроцесса в python