filenames = os.listdir(os.curdir)
found = False
for filename in filenames:
    if os.path.isfile(filename) and filename.endswith('.fna'):
        found = True
if not found:
    sys.stderr.write('No database file found. Exiting program. \n')
sys.exit(-1)
Убедитесь, что *тип* файла существует в Python