setup(options={'build_exe': build_exe_options, 'bdist_msi':
    bdist_msi_options}, executables=[Executable('run.py', base='win32GUI',
    shortcutName='My Program name', shortcutDir='ProgramMenuFolder')])
Удалите предыдущий установленный msi, созданный с помощью cx_freeze bdist_msi