XML = """<root>
  <!-- COMMENT 1 -->
  <x>TEXT 1</x>
  <y>TEXT 2 <!-- COMMENT 2 --></y>
</root>"""
tree = etree.fromstring(XML)
comments = tree.xpath('//comment()')
for c in comments:
    p = c.getparent()
p.remove(c)
print(etree.tostring(tree))
Скрипт Python для удаления всех комментариев из файла XML