session = scoped_session(sessionmaker(bind=engine))

@app.teardown_request
def remove_session(ex=None):
    session.remove()

@app.route('/')
def example():
    pass
Использование сеанса SQLAlchemy из Flask вызывает «объекты SQLite, созданные в потоке, могут использоваться только в этом же потоке»