t1 = df1[['start', 'end']]
t2 = df2[['start', 'end']]
f = t2.apply(lambda x2: t1.apply(lambda x1: x1.isin(x2).all(), axis=1).any(
    ), axis=1)
df2[~f]
выбор элементов на основе дополнения записей в пандах Python