import pylab
A = np.array([1, np.nan, 3, 5, 1, 2, 5, 2, 4, 1, 2, np.nan, 2, 1, np.nan, 2,
    np.nan, 1, 2])
pylab.figure()
pylab.hist(A[~np.isnan(A)])
pylab.show()
гистограмма pylab избавиться от нана