arr = np.vstack(values)
idx = np.ravel_multi_index(arr, arr.max(1) + 1)
_, unq_start_idx, unqID, count = np.unique(idx, return_index=True,
    return_inverse=True, return_counts=True)
mask = ~np.in1d(unqID, np.where(count > 1)[0])
mask[unq_start_idx] = 1
out = idx[mask].argsort()[unqID]
Быстрый алгоритм поиска индексов, в которых несколько массивов имеют одинаковое значение