data = [['seq1', 'ACTAGACCCTAG'], ['sequence287653', 'ACTAGNACTGGG'], ['s9',
    'ACTAGAAACTAG']]
with open('myfile.txt', 'w') as file:
    file.write('\n'.join('%-15s %s' % (i, j) for i, j in data))
Написание текста с разделителями-пробелами, чтобы его можно было прочитать на Python