newlist1 = list()
newlist2 = list()
for star in list1:
    for s in list2:
        if np.logical_and(np.isclose(s['RA'], star['RA'], atol=0.000277778) ==
            True, np.isclose(s['DEC'], star['DEC'], atol=0.000277778) == True):
            if star not in newlist1:
                newlist1.append(s)
if s not in newlist2:
    newlist2.append(s)
break
Предотвращение множественных совпадений в итерации списка