if this_snp.shape[0] != 0:
    this_snp = this_snp[['SNP']]
this_snp.insert(1, 'feature_id', info['feature_id'])
all_dfs.append(this_snp)
all_genic_snps = pd.concat(all_dfs)
Слияние DataFrames по нескольким условиям, а не по равным значениям