new_x = []
new_y = []
for i in range(len(y)):
    if y[i] != 0:
        new_x.append(x[i])
new_y.append(y[i])
plt.plot(new_x, new_y)
plt.show()
Интерполяция, игнорирующая нулевые значения в массиве — Python