ref = pd.DataFrame({'A': ['111', '111', '111'], 'B': ['00', '00', '00']})
diff = lambda s1, s2: sum(1 if a != b else 0 for a, b in zip(s1, s2))
df2 = pd.DataFrame()
for column in df.columns:
    df2[column] = list(map(diff, df[column], ref[column]))
Количество бит в каждой ячейке между двумя кадрами данных pandas