import numpy as np
x0, y0, z0 = 10, 10, 10
x, y, z = np.ogrid[0:500, 0:500, 0:500]
distances = np.sqrt((x - x0) ** 2 + (y - y0) ** 2 + (z - z0) ** 2)
Самый быстрый способ заполнить массив numpy расстояниями от точки