lst1 = [('vr1', '635', '1'), ('vr1', '32', '1'), ('vr1', '784', '0.526'), (
    'vr1', '431', '1')]
lst2 = [('vr1', '635', '3'), ('vr1', '784', '2.526'), ('vr1', '431', '2')]
remove_keys = set([item[:2] for item in lst2])
unique = [item for item in lst1 if item[:2] not in remove_keys]
print(unique)
Эффективно получать уникальные записи в сравнении списка конкретных столбцов