app = flask.Flask(__name__)
footext = """f
o
<script>alert('oops')</script>
o"""

@app.route('/foo')
def foo():
    text = ''
for line in footext.split('\n'):
    text += flask.Markup.escape(line) + flask.Markup('<br />')
return flask.render_template('bar.html', text=text)
if __name__ == '__main__':
    app.run(debug=True)
отключение автоэкранирования в колбе