with open(sys.argv[1]) as ifp:
    with open('output.txt', 'w') as ofp:
        for line in ifp:
            ante_newline, lower_last = re.match('(.*?([a-z])?$)', line).groups(
                )
ofp.write(ante_newline + ' ' if lower_last else line)
Регулярное выражение для удаления разрывов строк