from subprocess import Popen, PIPE, STDOUT
p = Popen(['r', '--nosave'], stdin=PIPE, stdout=PIPE, stderr=PIPE)
p.stdin.write("source('myrscript.R')\n")
p.stdin.write('myfirstinput\n')
p.stdin.write('q\n')
stdout, stderr = p.communicate()
print('---STDOUT---')
print(stdout)
print('---STDERR---')
print(stderr)
print('---')
Подпроцесс Python - написать несколько stdin