a = np.array([0 + 0.5j, 0.25 + 1.2352444e-24j, 0.25 + 0j, 2.46519033e-32 + 0j])
a
tol = 1e-16
a.real[abs(a.real) < tol] = 0.0
a.imag[abs(a.imag) < tol] = 0.0
a
установить очень низкие значения на ноль в numpy