a = np.zeros(100000, int)
b = np.array([99999, 99997, 99999])
blo, bhi = b.min(), b.max()
bbins = np.bincount(b - blo)
a[blo:bhi + 1] += bbins
print(a[blo:bhi + 1])
Увеличить массив Numpy с повторяющимися индексами