class MyModel(db.Model):
    __tablename__ = 'targets'
id = db.Column(db.Integer, primary_key=True)
url = db.Column(db.String(2048))
mymodel_url_index = Index('mymodel_url_idx', MyModel.url)
if __name__ == '__main__':
    mymodel_url_index.create(bind=engine)
Добавление индексов в модели SQLAlchemy после создания таблицы