searchseq = CloseMatch('TTAAATCTAGAAGAT', 3)
for g in genedata:
    print('%s (%d)' % (g.id, g.genelen))
print('-' * 24)
for t, startLoc, endLoc in searchseq.scanString(g.gene):
    matched, mismatches = t[0]
print('MATCH:', searchseq.sequence)
print('FOUND:', matched)
if mismatches:
    print('      ', ''.join(' ' if i not in mismatches else '*' for i, c in
        enumerate(searchseq.sequence)))
else:
    print('<exact match>')
print('at location', startLoc)
Найдите подстроки «N Gram», которые находятся на наименьшем расстоянии от целевой строки длиной N символов