for i, word in enumerate(words):
    if len(word.strip(string.punctuation + string.whitespace)) > 3:
        words[i] = word.capitalize()
lines.append(' '.join(words))
capitalised = ''.join(lines)
with open('words.txt', 'w') as file:
    file.write(capitalised)
Как сделать некоторые слова в текстовом файле заглавными?