x = [1, 2, 3, 4, 5]
y = [1000, 1002, 1001, 1003, 1005]
low = min(y)
high = max(y)
plt.ylim([math.ceil(low - 0.5 * (high - low)), math.ceil(high + 0.5 * (high -
    low))])
plt.bar(x, y)
Автоматическая установка пределов оси Y для гистограммы с использованием matplotlib