while True:
    process.poll()
line = process.stdout.readline()
my_stdout_file.write(line)
eline = process.stderr.readline()
if line:
    stdout_lines.append(line)
if eline:
    stderr_lines.append(eline)
if line == '' and eline == '' and process.returncode != None:
    break
Сохранение stdout из subprocess.Popen в файл построчно