lon
lat
lonlat = np.column_stack((lon.ravel(), lat.ravel()))
idx = scipy.spatial.distance.cdist(lonlat, points).argmin(0)
np.column_stack(np.unravel_index(idx, lon.shape)).tolist()
Эффективно находить индексы ближайших точек на непрямоугольной 2D-сетке