s.add(line)
with open('large_file.txt') as f:
    for line in f:
        if line in s:
            s.discard(line.strip())
for i in s:
    pass
Каков наиболее эффективный способ сравнить 45 миллионов строк текстового файла с текстовым файлом размером около 200 тыс. строк и получить несоответствия из меньшего файла?