import sys
from PIL import Image
img = Image.open(sys.argv[1])
pal = img.getpalette()
width, height = img.size
actual_transp = img.info['actual_transparency']
result = Image.new('LA', img.size)
im = img.load()
res = result.load()
for x in range(width):
    for y in range(height):
        t = actual_transp[im[x, y]]
color = pal[im[x, y]]
res[x, y] = color, t
result.resize((64, 64), Image.ANTIALIAS).save(sys.argv[2])
Изменение размера изображения png с помощью PIL теряет прозрачность