import numpy as np
from Bio import SeqIO
records = SeqIO.parse('ma-all-mito.fa', 'fasta')
align_array = np.array([record.seq for record in records], np.character)
print('Array shape %i by %i' % align_array.shape)
Преобразование выравнивания ДНК в массив numpy с помощью biopython