diff = []
small, big = (old, new) if len(old) < len(new) else (new, old)
diff.extend([i for i in range(0, len(small)) if i not in ignore and old[i] !=
    new[i]])
diff.extend([i for i in range(len(small), len(big)) if i not in ignore])
Оптимизируйте сравнение между двумя списками, давая индексы, которые отличаются