myRDP = {'Actinobacter': 'GATCGA...TCA', 'subtilus sp.': 'ATCGATT...ACT'}
myNames = {'Actinobacter': '8924342'}
rdpSet = set(myRDP)
namesSet = set(myNames)
for name in rdpSet.intersection(namesSet):
    pass
Находим совпадающие ключи в двух больших словарях и делаем это быстро