im = ax[1].imshow(hist.T, interpolation='none', origin='lower', extent=extent)
im = ax[2].imshow(np.ma.masked_where(hist == 0, hist).T, interpolation=
    'none', origin='lower', extent=extent)
ax[0].set_title('mpl')
ax[1].set_title('numpy')
ax[2].set_title('numpy masked')
График python matplotlib hist2d с нормализованным замаскированным массивом numpy