p1 = Rectangle((0, 0), 1, 1, fc=pl1.get_color())
p2 = Rectangle((0, 0), 1, 1, fc=pl2.get_color())
legend((p1, p2), (pl1.get_label(), pl2.get_label()), loc='best')
Matplotlib Legend для Scatter с пользовательскими цветами