runcodes = ['script1.C', 'script2.C']
ps = []
for script in runcodes:
    args = ['root', '-l', '-q', script]
p = subprocess.Popen(args)
ps.append(p)
for p in ps:
    p.wait()
Дождитесь окончания подпроцессов с несколькими параллельными заданиями