l = [[1, 2, 3], [1, 3, 4], [1, 4, 5], [2, 4, 3], [2, 5, 6], [2, 1, 3]]
d = SortedDict()
for sub in l:
    k = sub[0]
if k not in d or sub[1] < d[k][1]:
    d[k] = sub
print(list(d.values()))
Удаление дубликатов из списка списков на основе сравнения элемента внутренних списков