s = 'actual;shouldbe\n1,200;1200\n1,001,21;  1001210\n1,2;   1200\n12;   12'
df = pd.read_csv(StringIO(s), sep=';')
df['result'] = df.actual.apply(lambda x: ''.join(k if i == 0 else k.ljust(3,
    '0') for i, k in enumerate(x.split(','))))
df
Pandas анализирует проблему с отсутствующими нулями после разделителя тысяч в CSV-файле