a = numpy.array([[[0, 1, 2], [0, 0, 7], [9, 2, 0]], [[0, 0, 0], [1, 4, 6],
    [9, 0, 3]], [[1, 3, 2], [3, 4, 0], [1, 7, 9]]])
Многомерные массивы Python — наиболее эффективный способ подсчета количества ненулевых записей