from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext
import numpy as np
ext_modules = [Extension('hello', ['hello.pyx'])]
setup(name='Hello world app', cmdclass={'build_ext': build_ext},
    include_dirs=[np.get_include()], ext_modules=ext_modules)
Заставьте distutils искать файлы заголовков numpy в нужном месте