order_expressions = [(Company.id == i).desc() for i in company_ids]
query = Company.query.filter(Company.id.in_(company_ids)).order_by(*
    order_expressions)
following_companies_list_data = query.paginate(page, per_page=10, error_out
    =False)
Сохраняйте порядок списка в разбиении на страницы sql