accum = np.ones((na, nb), dtype=bool)
for i in range(a.shape[1]):
    accum &= np.abs(a[:, (i)] - b[:, (i)].ravel()) < tol[i]
x1, x2 = np.nonzero(accum)
Поиск пересечения двух матриц в Python в пределах допуска?