mylist = [[1, 2, 3, 4], [2, 5, 6, 7], [4, 2, 8, 9]]
mynewlist = [list(set(thislist) - set(element for sublist in mylist for
    element in sublist if sublist is not thislist)) for thislist in mylist]
mynewlist
Самый чистый способ удалить общие элементы списка из нескольких списков в python