df = pd.read_table('df.tsv')
df['mutation_type'] = df['MUT'].apply(lambda x: re.sub(
    '^.*?:([^:]+:[^:]+)$', '\\1', x))
df.groupby(['SAMPLE', 'mutation_type']).agg('count')['MUT']
Подсчитайте строки, которые соответствуют строковым и числовым значениям с пандами