X_projected_mmap = np.memmap('my_result_array.mmap', dtype=np.float16, mode
    ='w+', shape=(n_samples, clf.n_components))
for batch in gen_batches(n_samples, self.batch_size_):
    X_batch_projected = clf.transform(X_train_mmap[batch])
X_projected_mmap[batch] = X_batch_projected
Использование файлов memmap для пакетной обработки