tool = subprocess.Popen(['path_to_tool', '-option1', 'option2'], stdout=
    file_out, stderr=subprocess.PIPE)
tee = subprocess.Popen(['tee', 'log_file'], stdin=tool.stderr)
tool.stderr.close()
tee.communicate()
Python: subprocess.call, stdout в файл, stderr в файл, отображать stderr на экране в режиме реального времени