class Parent(db.Model):
    __tablename__ = 'left'
id = db.Column(db.Integer, primary_key=True)
children = db.relationship('Child', secondary=association_table)


class Child(db.Model):
    __tablename__ = 'right'
id = db.Column(db.Integer, primary_key=True)
p = Parent()
c = Child()
p.children.append(c)
db.session.add(p)
db.session.commit()
Flask sqlalchemy вставка данных «многие ко многим»