newfiles = [re.sub('Blue.pdf', e + '_Blue.pdf', f) for f, e in filenamemap]
for old, new in zip(files, newfiles):
    shutil.move(os.path.join(pdfpath, old), os.path.join(pdfpath, new))
Пакетное переименование файлов — вставка текста из списка (в Python или Java)