d = {'item': {'w': {'c': 1, 'd': 2}, 'x': 120, 'y': 240, 'z': {'a': 100,
    'b': 200}}}
l = ['y', 'z']

def do_dict(d, l):
    return {k: v for k, v in list(d['item'].items()) if k in l}
Рекурсивная модификация словаря в python