import gc
from sqlalchemy import MetaData
combined_meta_data = MetaData()
for declarative_base in [obj for obj in gc.get_objects() if isinstance(obj,
    DeclarativeMeta)]:
    for table_name, table in list(declarative_base.metadata.tables.items()):
        combined_meta_data._add_table(table_name, table.schema, table)
Объединение нескольких декларативных баз в SQLAlchemy