import scipy
from mayavi import mlab
X = 100 * scipy.rand(100, 3)
figure = mlab.figure('myfig')
figure.scene.disable_render = True
mlab.points3d(X[:, (0)], X[:, (1)], X[:, (2)], scale_factor=0.4)
for i, x in enumerate(X):
    mlab.text3d(x[0], x[1], x[2], str(i), scale=(2, 2, 2))
figure.scene.disable_render = False
аннотирование многих точек текстом в Mayavi с использованием mlab