tbl.write('test.txt', format='ascii.ipac')
with open('test.txt', 'r') as fh:
    output = []
for ii, line in enumerate(fh):
    if ii not in (1, 3):
        output.append(line)
with open('test.txt', 'w') as fh:
    fh.writelines(output)
Как сохранить заголовок и единицы измерения таблицы astropy в файл ascii