def read_stderr(process):
    with process.stderr:
        for line in iter(process.stderr.readline, ''):
            if detected_error(line):
                communicate_error(process, line)
process = Popen(command, stdout=PIPE, stderr=PIPE, bufsize=1)
Thread(target=read_stdout, args=[process]).start()
Thread(target=read_stderr, args=[process]).start()
Как сделать так, чтобы подпроцесс сообщал только об ошибке