for i in range(0, nlines, chunksize):
    df = pd.read_csv(in_csv, header=None, nrows=chunksize, skiprows=i)
df.columns = columns
sql.to_sql(df, name=table_name, con=cnx, index=False, index_label=
    'molecule_id', if_exists='append')
cnx.close()
Большой, постоянный DataFrame в пандах