zin = zipfile.ZipFile('archive.zip', 'r')
zout = zipfile.ZipFile('archve_new.zip', 'w')
for item in zin.infolist():
    buffer = zin.read(item.filename)
if item.filename[-4:] != '.exe':
    pass
Удалить файл из zip-файла с помощью модуля ZipFile