a1 = np.array(list(np.zeros(20)) + list(np.ones(20)) + list(2 * np.ones(17)))
a2 = np.array(list(np.ones(20)) + list(np.ones(20)) + list(3 * np.ones(17)))
mask = a1 == a2
np.bincount(np.arange(mask.size) // 20, mask)
Сравнение по разделу двух массивов numpy в python