with open('input.txt', 'r') as fobj:
    text = fobj.read()
output = re.findall('\\b\\d{5}\\b', text)
out_str = ','.join(output)
with open('output.txt', 'w') as outp:
    outp.write(out_str)
Регулярное выражение Python findall в выходной файл