df = pd.DataFrame({'A': ['a', 'a', 'a', 'a', 'c', 'c', 'v'], 'B': ['d', 'd',
    'h', 'i', 'i', 'g', 'g'], 'C': ['ii', 'g', 'g', 'k', 'k', 'ii', 'p'],
    'D': ['domain', 'domain', 'domain', 'motif', 'motif', 'motif', 'domain']})
melted = pd.melt(df, id_vars='A')
count = melted.groupby(['A', 'value'])['value'].count()
result = count.unstack(fill_value=0)
result['A'] = df.groupby('A')['A'].count()
print(result)
подсчет записей в больших данных с пандами