A = pd.read_csv('c1.csv', header=None, usecols=[0], names=['col']
    ).drop_duplicates()
B = pd.read_csv('c2.csv', header=None, usecols=[0], names=['col']
    ).drop_duplicates()
pd.merge(A, B, on='col', how='left', indicator=True).query(
    "_merge == 'left_only'")
Сравните два файла csv с пандами python