Datasets:

kejian

/

codesearchnet-python-raw

like 1

[ "def", "doc_replace", "(", "match", ",", "sphinx_docs", ")", ":", "sphinx_docs", ".", "append", "(", "match", ".", "group", "(", "\"path\"", ")", ")", "return", "\"`{}`_\"", ".", "format", "(", "match", ".", "group", "(", "\"value\"", ")", ")" ]

[ "Convert", "Sphinx", ":", "doc", ":", "to", "plain", "reST", "link", "." ]

[ "def", "compute_residuals", "(", "self", ")", ":", "# The full primary residual is straightforward to compute from", "# the primary residuals for the baseline algorithm and for the", "# additional variables", "r0", "=", "self", ".", "rsdl_r", "(", "self", ".", "AXnr", ",", "self", ".", "Y", ")", "r1", "=", "self", ".", "AX1nr", "-", "self", ".", "Y1", "-", "self", ".", "S", "r", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "np", ".", "sum", "(", "r0", "**", "2", ")", "+", "np", ".", "sum", "(", "r1", "**", "2", ")", ")", "# The full dual residual is more complicated to compute than the", "# full primary residual", "ATU", "=", "self", ".", "swapaxes", "(", "self", ".", "U", ")", "+", "sl", ".", "irfftn", "(", "np", ".", "conj", "(", "self", ".", "Zf", ")", "*", "sl", ".", "rfftn", "(", "self", ".", "U1", ",", "self", ".", "cri", ".", "Nv", ",", "self", ".", "cri", ".", "axisN", ")", ",", "self", ".", "cri", ".", "Nv", ",", "self", ".", "cri", ".", "axisN", ")", "s", "=", "self", ".", "rho", "*", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "ATU", ")", "# The normalisation factor for the full primal residual is also not", "# straightforward", "nAX", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "self", ".", "AXnr", ")", "**", "2", "+", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "self", ".", "AX1nr", ")", "**", "2", ")", "nY", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "self", ".", "Y", ")", "**", "2", "+", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "self", ".", "Y1", ")", "**", "2", ")", "rn", "=", "max", "(", "nAX", ",", "nY", ",", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "self", ".", "S", ")", ")", "# The normalisation factor for the full dual residual is", "# straightforward to compute", "sn", "=", "self", ".", "rho", "*", "np", ".", "sqrt", "(", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "self", ".", "U", ")", "**", "2", "+", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "self", ".", "U1", ")", "**", "2", ")", "# Final residual values and stopping tolerances depend on", "# whether standard or normalised residuals are specified via the", "# options object", "if", "self", ".", "opt", "[", "'AutoRho'", ",", "'StdResiduals'", "]", ":", "epri", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "self", ".", "Nc", ")", "*", "self", ".", "opt", "[", "'AbsStopTol'", "]", "+", "rn", "*", "self", ".", "opt", "[", "'RelStopTol'", "]", "edua", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "self", ".", "Nx", ")", "*", "self", ".", "opt", "[", "'AbsStopTol'", "]", "+", "sn", "*", "self", ".", "opt", "[", "'RelStopTol'", "]", "else", ":", "if", "rn", "==", "0.0", ":", "rn", "=", "1.0", "if", "sn", "==", "0.0", ":", "sn", "=", "1.0", "r", "/=", "rn", "s", "/=", "sn", "epri", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "self", ".", "Nc", ")", "*", "self", ".", "opt", "[", "'AbsStopTol'", "]", "/", "rn", "+", "self", ".", "opt", "[", "'RelStopTol'", "]", "edua", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "self", ".", "Nx", ")", "*", "self", ".", "opt", "[", "'AbsStopTol'", "]", "/", "sn", "+", "self", ".", "opt", "[", "'RelStopTol'", "]", "return", "r", ",", "s", ",", "epri", ",", "edua" ]

[ "Compute", "residuals", "and", "stopping", "thresholds", ".", "The", "parent", "class", "method", "is", "overridden", "to", "ensure", "that", "the", "residual", "calculations", "include", "the", "additional", "variables", "introduced", "in", "the", "modification", "to", "the", "baseline", "algorithm", "." ]

[ "def", "connect_to_another_user", "(", "self", ",", "user", ",", "password", ",", "token", "=", "None", ",", "is_public", "=", "False", ")", ":", "return", "QubellPlatform", ".", "connect", "(", "self", ".", "_router", ".", "base_url", ",", "user", ",", "password", ",", "token", ",", "is_public", ")" ]

[ "Authenticates", "user", "with", "the", "same", "tenant", "as", "current", "platform", "using", "and", "returns", "new", "platform", "to", "user", ".", ":", "rtype", ":", "QubellPlatform", ":", "param", "str", "user", ":", "user", "email", ":", "param", "str", "password", ":", "user", "password", ":", "param", "str", "token", ":", "session", "token", ":", "param", "bool", "is_public", ":", "either", "to", "use", "public", "or", "private", "api", "(", "public", "is", "not", "fully", "supported", "use", "with", "caution", ")", ":", "return", ":", "New", "Platform", "instance" ]

[ "def", "set_bank", "(", "self", ",", "bank", ",", "try_preserve_index", "=", "False", ")", ":", "if", "bank", "not", "in", "self", ".", "_manager", ":", "raise", "CurrentPedalboardError", "(", "'Bank {} has not added in banks manager'", ".", "format", "(", "bank", ")", ")", "if", "self", ".", "bank", "==", "bank", ":", "return", "if", "bank", ".", "pedalboards", ":", "pedalboard", "=", "self", ".", "_equivalent_pedalboard", "(", "bank", ")", "if", "try_preserve_index", "else", "bank", ".", "pedalboards", "[", "0", "]", "self", ".", "set_pedalboard", "(", "pedalboard", ")", "else", ":", "self", ".", "set_pedalboard", "(", "None", ")" ]

[ "Set", "the", "current", ":", "class", ":", "Bank", "for", "the", "bank", "only", "if", "the", "bank", "!", "=", "current_bank" ]

[ "def", "download_archive", "(", "self", ",", "id_or_uri", ",", "file_path", ")", ":", "uri", "=", "self", ".", "URI", "+", "\"/archive/\"", "+", "extract_id_from_uri", "(", "id_or_uri", ")", "return", "self", ".", "_client", ".", "download", "(", "uri", ",", "file_path", ")" ]

[ "Download", "the", "details", "of", "the", "Golden", "Image", "capture", "logs", "which", "has", "been", "archived", "based", "on", "the", "specific", "attribute", "ID", "." ]

[ "def", "parse_int_list", "(", "s", ")", ":", "result", "=", "[", "]", "for", "item", "in", "s", ".", "split", "(", "','", ")", ":", "item", "=", "item", ".", "strip", "(", ")", ".", "split", "(", "'-'", ")", "if", "len", "(", "item", ")", "==", "1", ":", "result", ".", "append", "(", "int", "(", "item", "[", "0", "]", ")", ")", "elif", "len", "(", "item", ")", "==", "2", ":", "start", ",", "end", "=", "item", "result", ".", "extend", "(", "range", "(", "int", "(", "start", ")", ",", "int", "(", "end", ")", "+", "1", ")", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"invalid range: '{0}'\"", ".", "format", "(", "s", ")", ")", "return", "result" ]

[ "Parse", "a", "comma", "-", "separated", "list", "of", "strings", ".", "The", "list", "may", "additionally", "contain", "ranges", "such", "as", "1", "-", "5", "which", "will", "be", "expanded", "into", "1", "2", "3", "4", "5", "." ]

[ "def", "add_filter", "(", "self", ",", "files_filter", ",", "filter_type", "=", "DefaultFilterType", ")", ":", "self", ".", "__filters", ".", "append", "(", "(", "files_filter", ",", "filter_type", ")", ")", "return", "self" ]

[ "Add", "a", "files", "filter", "to", "this", "iterator", ".", "For", "a", "file", "to", "be", "processed", "it", "must", "match", "ALL", "filters", "eg", "they", "are", "added", "with", "ADD", "not", "OR", "." ]

[ "async", "def", "on_raw_422", "(", "self", ",", "message", ")", ":", "await", "self", ".", "_registration_completed", "(", "message", ")", "self", ".", "motd", "=", "None", "await", "self", ".", "on_connect", "(", ")" ]

[ "MOTD", "is", "missing", "." ]

[ "def", "project_update", "(", "project_id", "=", "None", ",", "name", "=", "None", ",", "description", "=", "None", ",", "enabled", "=", "None", ",", "profile", "=", "None", ",", "*", "*", "connection_args", ")", ":", "auth", "(", "profile", ",", "*", "*", "connection_args", ")", "if", "_OS_IDENTITY_API_VERSION", ">", "2", ":", "return", "tenant_update", "(", "tenant_id", "=", "project_id", ",", "name", "=", "name", ",", "description", "=", "description", ",", "enabled", "=", "enabled", ",", "profile", "=", "profile", ",", "*", "*", "connection_args", ")", "else", ":", "return", "False" ]

[ "Update", "a", "tenant", "s", "information", "(", "keystone", "project", "-", "update", ")", "The", "following", "fields", "may", "be", "updated", ":", "name", "description", "enabled", ".", "Can", "only", "update", "name", "if", "targeting", "by", "ID" ]

[ "def", "_check_for_errors", "(", "etree", ":", "ET", ".", "ElementTree", ")", ":", "if", "etree", ".", "getroot", "(", ")", ".", "tag", "==", "'error'", ":", "raise", "APIError", "(", "etree", ".", "getroot", "(", ")", ".", "text", ")" ]

[ "Check", "AniDB", "response", "XML", "tree", "for", "errors", "." ]

[ "def", "make_bench_generate_token", "(", "alg", ")", ":", "def", "f", "(", "_", ")", ":", "\"\"\" Generate token \"\"\"", "privk", "=", "priv_keys", "[", "alg", "]", ".", "get", "(", "'default'", ",", "priv_key", ")", "jwt", ".", "generate_jwt", "(", "payload", ",", "privk", ",", "alg", ",", "timedelta", "(", "seconds", "=", "5", ")", ")", "return", "f" ]

[ "Return", "function", "which", "will", "generate", "token", "for", "particular", "algorithm" ]

[ "def", "sph_midpoint", "(", "coord1", ",", "coord2", ")", ":", "c1", "=", "coord1", ".", "cartesian", "/", "coord1", ".", "cartesian", ".", "norm", "(", ")", "coord2", "=", "coord2", ".", "transform_to", "(", "coord1", ".", "frame", ")", "c2", "=", "coord2", ".", "cartesian", "/", "coord2", ".", "cartesian", ".", "norm", "(", ")", "midpt", "=", "0.5", "*", "(", "c1", "+", "c2", ")", "usph", "=", "midpt", ".", "represent_as", "(", "coord", ".", "UnitSphericalRepresentation", ")", "return", "coord1", ".", "frame", ".", "realize_frame", "(", "usph", ")" ]

[ "Compute", "the", "midpoint", "between", "two", "points", "on", "the", "sphere", "." ]

[ "def", "namedb_namespace_fields_check", "(", "namespace_rec", ")", ":", "assert", "namespace_rec", ".", "has_key", "(", "'namespace_id'", ")", ",", "\"BUG: namespace record has no ID\"", "assert", "namespace_rec", ".", "has_key", "(", "'buckets'", ")", ",", "'BUG: missing price buckets'", "assert", "isinstance", "(", "namespace_rec", "[", "'buckets'", "]", ",", "str", ")", ",", "'BUG: namespace data is not in canonical form'", "return", "namespace_rec" ]

[ "Given", "a", "namespace", "record", "make", "sure", "the", "following", "fields", "are", "present", ":", "*", "namespace_id", "*", "buckets" ]

[ "def", "headerData", "(", "self", ",", "section", ",", "orientation", ",", "role", "=", "Qt", ".", "DisplayRole", ")", ":", "if", "role", "!=", "Qt", ".", "DisplayRole", ":", "return", "None", "if", "orientation", "==", "Qt", ".", "Vertical", ":", "return", "six", ".", "text_type", "(", "self", ".", "color_da", ".", "cmap", "[", "section", "]", ".", "values", ")", "return", "super", "(", "ColormapModel", ",", "self", ")", ".", "headerData", "(", "section", ",", "orientation", ",", "role", ")" ]

[ "Set", "header", "data" ]

[ "def", "grant", "(", "args", ")", ":", "try", ":", "role", "=", "resources", ".", "iam", ".", "Role", "(", "args", ".", "iam_role_or_instance", ")", "role", ".", "load", "(", ")", "except", "ClientError", ":", "role", "=", "get_iam_role_for_instance", "(", "args", ".", "iam_role_or_instance", ")", "role", ".", "attach_policy", "(", "PolicyArn", "=", "ensure_deploy_iam_policy", "(", ")", ".", "arn", ")", "for", "private_repo", "in", "[", "args", ".", "repo", "]", "+", "list", "(", "private_submodules", "(", "args", ".", "repo", ")", ")", ":", "gh_owner_name", ",", "gh_repo_name", "=", "parse_repo_name", "(", "private_repo", ")", "secret", "=", "secrets", ".", "put", "(", "argparse", ".", "Namespace", "(", "secret_name", "=", "\"deploy.{}.{}\"", ".", "format", "(", "gh_owner_name", ",", "gh_repo_name", ")", ",", "iam_role", "=", "role", ".", "name", ",", "instance_profile", "=", "None", ",", "iam_group", "=", "None", ",", "iam_user", "=", "None", ",", "generate_ssh_key", "=", "True", ")", ")", "get_repo", "(", "private_repo", ")", ".", "create_key", "(", "__name__", "+", "\".\"", "+", "role", ".", "name", ",", "secret", "[", "\"ssh_public_key\"", "]", ")", "logger", ".", "info", "(", "\"Created deploy key %s for IAM role %s to access GitHub repo %s\"", ",", "secret", "[", "\"ssh_key_fingerprint\"", "]", ",", "role", ".", "name", ",", "private_repo", ")" ]

[ "Given", "an", "IAM", "role", "or", "instance", "name", "attach", "an", "IAM", "policy", "granting", "appropriate", "permissions", "to", "subscribe", "to", "deployments", ".", "Given", "a", "GitHub", "repo", "URL", "create", "and", "record", "deployment", "keys", "for", "the", "repo", "and", "any", "of", "its", "private", "submodules", "making", "the", "keys", "accessible", "to", "the", "IAM", "role", "." ]

[ "def", "copy_from", "(", "self", ",", "location", ",", "timeout", "=", "10", "*", "60", ")", ":", "cmd", "=", "'copy {location} {dir}: vrf {vrf_name}'", ".", "format", "(", "location", "=", "location", ",", "dir", "=", "self", ".", "DESTDIR", ",", "vrf_name", "=", "self", ".", "VRF_NAME", ")", "run", "=", "self", ".", "device", ".", "api", ".", "exec_opcmd", "run", "(", "cmd", ",", "msg_type", "=", "'cli_show_ascii'", ",", "timeout", "=", "timeout", ")" ]

[ "This", "method", "will", "fetch", "the", "image", ";", "the", "fetch", "will", "happen", "from", "the", "device", "-", "side", "using", "the", "copy", "command", ".", "Note", "that", "the", "NXAPI", "appears", "to", "be", "single", "-", "threaded", "so", "the", "code", "needs", "to", "wait", "until", "this", "operation", "has", "completed", "before", "attempting", "another", "API", "call", ".", "Therefore", "the", ":", "timeout", ":", "value", "is", "set", "very", "high", "(", "10min", ")" ]

[ "def", "extract_slitlet2d", "(", "self", ",", "image_2k2k", ")", ":", "# protections", "naxis2", ",", "naxis1", "=", "image_2k2k", ".", "shape", "if", "naxis1", "!=", "EMIR_NAXIS1", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Unexpected naxis1'", ")", "if", "naxis2", "!=", "EMIR_NAXIS2", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Unexpected naxis2'", ")", "# extract slitlet region", "slitlet2d", "=", "image_2k2k", "[", "(", "self", ".", "bb_ns1_orig", "-", "1", ")", ":", "self", ".", "bb_ns2_orig", ",", "(", "self", ".", "bb_nc1_orig", "-", "1", ")", ":", "self", ".", "bb_nc2_orig", "]", "# transform to float", "slitlet2d", "=", "slitlet2d", ".", "astype", "(", "np", ".", "float", ")", "# display slitlet2d with boundaries and middle spectrum trail", "if", "abs", "(", "self", ".", "debugplot", ")", "in", "[", "21", ",", "22", "]", ":", "self", ".", "ximshow_unrectified", "(", "slitlet2d", ")", "# return slitlet image", "return", "slitlet2d" ]

[ "Extract", "slitlet", "2d", "image", "from", "image", "with", "original", "EMIR", "dimensions", "." ]

[ "def", "dict_isect", "(", "*", "args", ")", ":", "if", "not", "args", ":", "return", "{", "}", "else", ":", "dictclass", "=", "OrderedDict", "if", "isinstance", "(", "args", "[", "0", "]", ",", "OrderedDict", ")", "else", "dict", "common_keys", "=", "set", ".", "intersection", "(", "*", "map", "(", "set", ",", "args", ")", ")", "first_dict", "=", "args", "[", "0", "]", "return", "dictclass", "(", "(", "k", ",", "first_dict", "[", "k", "]", ")", "for", "k", "in", "common_keys", ")" ]

[ "Constructs", "a", "dictionary", "that", "contains", "keys", "common", "between", "all", "inputs", ".", "The", "returned", "values", "will", "only", "belong", "to", "the", "first", "dictionary", "." ]

[ "def", "compare_dicts", "(", "i", ")", ":", "d1", "=", "i", ".", "get", "(", "'dict1'", ",", "{", "}", ")", "d2", "=", "i", ".", "get", "(", "'dict2'", ",", "{", "}", ")", "equal", "=", "'yes'", "bic", "=", "False", "ic", "=", "i", ".", "get", "(", "'ignore_case'", ",", "''", ")", "if", "ic", "==", "'yes'", ":", "bic", "=", "True", "for", "q2", "in", "d2", ":", "v2", "=", "d2", "[", "q2", "]", "if", "type", "(", "v2", ")", "==", "dict", ":", "if", "q2", "not", "in", "d1", ":", "equal", "=", "'no'", "break", "v1", "=", "d1", "[", "q2", "]", "rx", "=", "compare_dicts", "(", "{", "'dict1'", ":", "v1", ",", "'dict2'", ":", "v2", ",", "'ignore_case'", ":", "ic", "}", ")", "if", "rx", "[", "'return'", "]", ">", "0", ":", "return", "rx", "equal", "=", "rx", "[", "'equal'", "]", "if", "equal", "==", "'no'", ":", "break", "elif", "type", "(", "v2", ")", "==", "list", ":", "# For now can check only values in list", "if", "q2", "not", "in", "d1", ":", "equal", "=", "'no'", "break", "v1", "=", "d1", "[", "q2", "]", "if", "type", "(", "v1", ")", "!=", "list", ":", "equal", "=", "'no'", "break", "for", "m", "in", "v2", ":", "if", "m", "not", "in", "v1", ":", "equal", "=", "'no'", "break", "if", "equal", "==", "'no'", ":", "break", "else", ":", "if", "q2", "not", "in", "d1", ":", "equal", "=", "'no'", "break", "if", "equal", "==", "'no'", ":", "break", "v1", "=", "d1", "[", "q2", "]", "if", "bic", "and", "type", "(", "v1", ")", "!=", "int", "and", "type", "(", "v1", ")", "!=", "float", "and", "type", "(", "v1", ")", "!=", "bool", ":", "v1", "=", "v1", ".", "lower", "(", ")", "v2", "=", "v2", ".", "lower", "(", ")", "if", "v2", "!=", "v1", ":", "equal", "=", "'no'", "break", "return", "{", "'return'", ":", "0", ",", "'equal'", ":", "equal", "}" ]

[ "Input", ":", "{", "dict1", "-", "dictionary", "1", "dict2", "-", "dictionary", "2", "(", "ignore_case", ")", "-", "ignore", "case", "of", "letters" ]

[ "def", "_make_tuple", "(", "x", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "x", ",", "prettytensor", ".", "PrettyTensor", ")", ":", "if", "x", ".", "is_sequence", "(", ")", ":", "return", "tuple", "(", "x", ".", "sequence", ")", "else", ":", "return", "(", "x", ".", "tensor", ",", ")", "elif", "isinstance", "(", "x", ",", "tuple", ")", ":", "return", "x", "elif", "(", "isinstance", "(", "x", ",", "collections", ".", "Sequence", ")", "and", "not", "isinstance", "(", "x", ",", "six", ".", "string_types", ")", ")", ":", "return", "tuple", "(", "x", ")", "else", ":", "return", "(", "x", ",", ")" ]

[ "TF", "has", "an", "obnoxious", "habit", "of", "being", "lenient", "with", "single", "vs", "tuple", "." ]

[ "def", "parse_hostname", "(", "hostname", ",", "default_port", ")", ":", "try", ":", "host", ",", "sep", ",", "port", "=", "hostname", ".", "strip", "(", ")", ".", "rpartition", "(", "' '", ")", "if", "not", "port", ":", "# invalid nothing there", "return", "None", "if", "not", "host", ":", "# no space separated port, only host as port use default port", "host", "=", "port", "port", "=", "default_port", "# ipv6 must have two or more colons", "if", "host", ".", "count", "(", "':'", ")", "==", "1", ":", "# only one so may be using colon delimited port", "host", ",", "sep", ",", "port", "=", "host", ".", "rpartition", "(", "':'", ")", "if", "not", "host", ":", "# colon but not host so invalid", "return", "None", "if", "not", "port", ":", "# colon but no port so use default", "port", "=", "default_port", "host", "=", "host", ".", "strip", "(", ")", "try", ":", "port", "=", "int", "(", "port", ")", "except", "ValueError", ":", "return", "None", "except", "AttributeError", ":", "return", "None", "return", "(", "host", ",", "port", ")" ]

[ "Parse", "hostname", "string", "and", "return", "a", "tuple", "of", "(", "host", "port", ")", "If", "port", "missing", "in", "hostname", "string", "then", "use", "default_port", "If", "anything", "is", "not", "a", "valid", "then", "return", "None" ]

[ "def", "micros_to_timestamp", "(", "micros", ",", "timestamp", ")", ":", "seconds", "=", "long", "(", "micros", "/", "_MICROS_PER_SECOND", ")", "micro_remainder", "=", "micros", "%", "_MICROS_PER_SECOND", "timestamp", ".", "seconds", "=", "seconds", "timestamp", ".", "nanos", "=", "micro_remainder", "*", "_NANOS_PER_MICRO" ]

[ "Convert", "microseconds", "from", "utc", "epoch", "to", "google", ".", "protobuf", ".", "timestamp", "." ]

[ "def", "sign", "(", "message", ":", "bytes", ",", "sign_key", ":", "SignKey", ")", "->", "Signature", ":", "logger", "=", "logging", ".", "getLogger", "(", "__name__", ")", "logger", ".", "debug", "(", "\"Bls::sign: >>> message: %r, sign_key: %r\"", ",", "message", ",", "sign_key", ")", "c_instance", "=", "c_void_p", "(", ")", "do_call", "(", "'indy_crypto_bls_sign'", ",", "message", ",", "len", "(", "message", ")", ",", "sign_key", ".", "c_instance", ",", "byref", "(", "c_instance", ")", ")", "res", "=", "Signature", "(", "c_instance", ")", "logger", ".", "debug", "(", "\"Bls::sign: <<< res: %r\"", ",", "res", ")", "return", "res" ]

[ "Signs", "the", "message", "and", "returns", "signature", "." ]

[ "def", "get", "(", "request", ",", "path", ",", "root", "=", "_METADATA_ROOT", ",", "recursive", "=", "False", ")", ":", "base_url", "=", "urlparse", ".", "urljoin", "(", "root", ",", "path", ")", "query_params", "=", "{", "}", "if", "recursive", ":", "query_params", "[", "'recursive'", "]", "=", "'true'", "url", "=", "_helpers", ".", "update_query", "(", "base_url", ",", "query_params", ")", "response", "=", "request", "(", "url", "=", "url", ",", "method", "=", "'GET'", ",", "headers", "=", "_METADATA_HEADERS", ")", "if", "response", ".", "status", "==", "http_client", ".", "OK", ":", "content", "=", "_helpers", ".", "from_bytes", "(", "response", ".", "data", ")", "if", "response", ".", "headers", "[", "'content-type'", "]", "==", "'application/json'", ":", "try", ":", "return", "json", ".", "loads", "(", "content", ")", "except", "ValueError", "as", "caught_exc", ":", "new_exc", "=", "exceptions", ".", "TransportError", "(", "'Received invalid JSON from the Google Compute Engine'", "'metadata service: {:.20}'", ".", "format", "(", "content", ")", ")", "six", ".", "raise_from", "(", "new_exc", ",", "caught_exc", ")", "else", ":", "return", "content", "else", ":", "raise", "exceptions", ".", "TransportError", "(", "'Failed to retrieve {} from the Google Compute Engine'", "'metadata service. Status: {} Response:\\n{}'", ".", "format", "(", "url", ",", "response", ".", "status", ",", "response", ".", "data", ")", ",", "response", ")" ]

[ "Fetch", "a", "resource", "from", "the", "metadata", "server", "." ]

[ "def", "accept", "(", "self", ",", "pub", ")", ":", "try", ":", "with", "salt", ".", "utils", ".", "files", ".", "fopen", "(", "self", ".", "path", ",", "'r'", ")", "as", "fp_", ":", "expiry", "=", "int", "(", "fp_", ".", "read", "(", ")", ")", "except", "(", "OSError", ",", "IOError", ")", ":", "log", ".", "error", "(", "'Request to sign key for minion \\'%s\\' on hyper \\'%s\\' '", "'denied: no authorization'", ",", "self", ".", "id", ",", "self", ".", "hyper", ")", "return", "False", "except", "ValueError", ":", "log", ".", "error", "(", "'Invalid expiry data in %s'", ",", "self", ".", "path", ")", "return", "False", "# Limit acceptance window to 10 minutes", "# TODO: Move this value to the master config file", "if", "(", "time", ".", "time", "(", ")", "-", "expiry", ")", ">", "600", ":", "log", ".", "warning", "(", "'Request to sign key for minion \"%s\" on hyper \"%s\" denied: '", "'authorization expired'", ",", "self", ".", "id", ",", "self", ".", "hyper", ")", "return", "False", "pubfn", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "opts", "[", "'pki_dir'", "]", ",", "'minions'", ",", "self", ".", "id", ")", "with", "salt", ".", "utils", ".", "files", ".", "fopen", "(", "pubfn", ",", "'w+'", ")", "as", "fp_", ":", "fp_", ".", "write", "(", "pub", ")", "self", ".", "void", "(", ")", "return", "True" ]

[ "Accept", "the", "provided", "key" ]

[ "def", "hide_button_span", "(", "self", ",", "mode", ",", "file", "=", "sys", ".", "stdout", ")", ":", "file", ".", "write", "(", "\"\\033[83;%iu\"", "%", "mode", ")", "yield", "file", ".", "write", "(", "\"\\033[83;0u\"", ")" ]

[ ":", "param", "int", "mode", ":", "1", "or", "2", ":", "param", "io", ".", "TextIOBase|io", ".", "StringIO", "file", ":" ]

[ "def", "vmomentsurfacemass", "(", "self", ",", "R", ",", "n", ",", "m", ",", "t", "=", "0.", ",", "nsigma", "=", "None", ",", "deg", "=", "False", ",", "epsrel", "=", "1.e-02", ",", "epsabs", "=", "1.e-05", ",", "phi", "=", "0.", ",", "grid", "=", "None", ",", "gridpoints", "=", "101", ",", "returnGrid", "=", "False", ",", "hierarchgrid", "=", "False", ",", "nlevels", "=", "2", ",", "print_progress", "=", "False", ",", "integrate_method", "=", "'dopr54_c'", ",", "deriv", "=", "None", ")", ":", "#if we have already precalculated a grid, use that", "if", "not", "grid", "is", "None", "and", "isinstance", "(", "grid", ",", "evolveddiskdfGrid", ")", ":", "if", "returnGrid", ":", "return", "(", "self", ".", "_vmomentsurfacemassGrid", "(", "n", ",", "m", ",", "grid", ")", ",", "grid", ")", "else", ":", "return", "self", ".", "_vmomentsurfacemassGrid", "(", "n", ",", "m", ",", "grid", ")", "elif", "not", "grid", "is", "None", "and", "isinstance", "(", "grid", ",", "evolveddiskdfHierarchicalGrid", ")", ":", "if", "returnGrid", ":", "return", "(", "self", ".", "_vmomentsurfacemassHierarchicalGrid", "(", "n", ",", "m", ",", "grid", ")", ",", "grid", ")", "else", ":", "return", "self", ".", "_vmomentsurfacemassHierarchicalGrid", "(", "n", ",", "m", ",", "grid", ")", "#Otherwise we need to do some more work", "if", "deg", ":", "az", "=", "phi", "*", "_DEGTORAD", "else", ":", "az", "=", "phi", "if", "nsigma", "is", "None", ":", "nsigma", "=", "_NSIGMA", "if", "_PROFILE", ":", "#pragma: no cover", "start", "=", "time_module", ".", "time", "(", ")", "if", "hasattr", "(", "self", ".", "_initdf", ",", "'_estimatemeanvR'", ")", "and", "hasattr", "(", "self", ".", "_initdf", ",", "'_estimatemeanvT'", ")", "and", "hasattr", "(", "self", ".", "_initdf", ",", "'_estimateSigmaR2'", ")", "and", "hasattr", "(", "self", ".", "_initdf", ",", "'_estimateSigmaT2'", ")", ":", "sigmaR1", "=", "nu", ".", "sqrt", "(", "self", ".", "_initdf", ".", "_estimateSigmaR2", "(", "R", ",", "phi", "=", "az", ")", ")", "sigmaT1", "=", "nu", ".", "sqrt", "(", "self", ".", "_initdf", ".", "_estimateSigmaT2", "(", "R", ",", "phi", "=", "az", ")", ")", "meanvR", "=", "self", ".", "_initdf", ".", "_estimatemeanvR", "(", "R", ",", "phi", "=", "az", ")", "meanvT", "=", "self", ".", "_initdf", ".", "_estimatemeanvT", "(", "R", ",", "phi", "=", "az", ")", "else", ":", "warnings", ".", "warn", "(", "\"No '_estimateSigmaR2' etc. functions found for initdf in evolveddf; thus using potentially slow sigmaR2 etc functions\"", ",", "galpyWarning", ")", "sigmaR1", "=", "nu", ".", "sqrt", "(", "self", ".", "_initdf", ".", "sigmaR2", "(", "R", ",", "phi", "=", "az", ",", "use_physical", "=", "False", ")", ")", "sigmaT1", "=", "nu", ".", "sqrt", "(", "self", ".", "_initdf", ".", "sigmaT2", "(", "R", ",", "phi", "=", "az", ",", "use_physical", "=", "False", ")", ")", "meanvR", "=", "self", ".", "_initdf", ".", "meanvR", "(", "R", ",", "phi", "=", "az", ",", "use_physical", "=", "False", ")", "meanvT", "=", "self", ".", "_initdf", ".", "meanvT", "(", "R", ",", "phi", "=", "az", ",", "use_physical", "=", "False", ")", "if", "_PROFILE", ":", "#pragma: no cover", "setup_time", "=", "(", "time_module", ".", "time", "(", ")", "-", "start", ")", "if", "not", "grid", "is", "None", "and", "isinstance", "(", "grid", ",", "bool", ")", "and", "grid", ":", "if", "not", "hierarchgrid", ":", "if", "_PROFILE", ":", "#pragma: no cover", "start", "=", "time_module", ".", "time", "(", ")", "grido", "=", "self", ".", "_buildvgrid", "(", "R", ",", "az", ",", "nsigma", ",", "t", ",", "sigmaR1", ",", "sigmaT1", ",", "meanvR", ",", "meanvT", ",", "gridpoints", ",", "print_progress", ",", "integrate_method", ",", "deriv", ")", "if", "_PROFILE", ":", "#pragma: no cover", "grid_time", "=", "(", "time_module", ".", "time", "(", ")", "-", "start", ")", "print", "(", "setup_time", "/", "(", "setup_time", "+", "grid_time", ")", ",", "grid_time", "/", "(", "setup_time", "+", "grid_time", ")", ",", "setup_time", "+", "grid_time", ")", "if", "returnGrid", ":", "return", "(", "self", ".", "_vmomentsurfacemassGrid", "(", "n", ",", "m", ",", "grido", ")", ",", "grido", ")", "else", ":", "return", "self", ".", "_vmomentsurfacemassGrid", "(", "n", ",", "m", ",", "grido", ")", "else", ":", "#hierarchical grid", "grido", "=", "evolveddiskdfHierarchicalGrid", "(", "self", ",", "R", ",", "az", ",", "nsigma", ",", "t", ",", "sigmaR1", ",", "sigmaT1", ",", "meanvR", ",", "meanvT", ",", "gridpoints", ",", "nlevels", ",", "deriv", ",", "print_progress", "=", "print_progress", ")", "if", "returnGrid", ":", "return", "(", "self", ".", "_vmomentsurfacemassHierarchicalGrid", "(", "n", ",", "m", ",", "grido", ")", ",", "grido", ")", "else", ":", "return", "self", ".", "_vmomentsurfacemassHierarchicalGrid", "(", "n", ",", "m", ",", "grido", ")", "#Calculate the initdf moment and then calculate the ratio", "initvmoment", "=", "self", ".", "_initdf", ".", "vmomentsurfacemass", "(", "R", ",", "n", ",", "m", ",", "nsigma", "=", "nsigma", ",", "phi", "=", "phi", ")", "if", "initvmoment", "==", "0.", ":", "initvmoment", "=", "1.", "norm", "=", "sigmaR1", "**", "(", "n", "+", "1", ")", "*", "sigmaT1", "**", "(", "m", "+", "1", ")", "*", "initvmoment", "if", "isinstance", "(", "t", ",", "(", "list", ",", "nu", ".", "ndarray", ")", ")", ":", "raise", "IOError", "(", "\"list of times is only supported with grid-based calculation\"", ")", "return", "dblquad", "(", "_vmomentsurfaceIntegrand", ",", "meanvT", "/", "sigmaT1", "-", "nsigma", ",", "meanvT", "/", "sigmaT1", "+", "nsigma", ",", "lambda", "x", ":", "meanvR", "/", "sigmaR1", "-", "nu", ".", "sqrt", "(", "nsigma", "**", "2.", "-", "(", "x", "-", "meanvT", "/", "sigmaT1", ")", "**", "2.", ")", ",", "lambda", "x", ":", "meanvR", "/", "sigmaR1", "+", "nu", ".", "sqrt", "(", "nsigma", "**", "2.", "-", "(", "x", "-", "meanvT", "/", "sigmaT1", ")", "**", "2.", ")", ",", "(", "R", ",", "az", ",", "self", ",", "n", ",", "m", ",", "sigmaR1", ",", "sigmaT1", ",", "t", ",", "initvmoment", ")", ",", "epsrel", "=", "epsrel", ",", "epsabs", "=", "epsabs", ")", "[", "0", "]", "*", "norm" ]

[ "NAME", ":" ]

[ "def", "resource_absent", "(", "resource", ",", "identifier_fields", ",", "profile", "=", "'pagerduty'", ",", "subdomain", "=", "None", ",", "api_key", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "ret", "=", "{", "'name'", ":", "kwargs", "[", "'name'", "]", ",", "'changes'", ":", "{", "}", ",", "'result'", ":", "None", ",", "'comment'", ":", "''", "}", "for", "k", ",", "v", "in", "kwargs", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "k", "not", "in", "identifier_fields", ":", "continue", "result", "=", "delete_resource", "(", "resource", ",", "v", ",", "identifier_fields", ",", "profile", "=", "profile", ",", "subdomain", "=", "subdomain", ",", "api_key", "=", "api_key", ")", "if", "result", "is", "None", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "True", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'{0} deleted'", ".", "format", "(", "v", ")", "return", "ret", "elif", "result", "is", "True", ":", "continue", "elif", "__opts__", "[", "'test'", "]", ":", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "result", "return", "ret", "elif", "'error'", "in", "result", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "result", "return", "ret", "return", "ret" ]

[ "Generic", "resource", ".", "absent", "state", "method", ".", "Pagerduty", "state", "modules", "should", "be", "a", "thin", "wrapper", "over", "this", "method", "with", "a", "custom", "diff", "function", "." ]

[ "def", "polygon", "(", "self", ")", ":", "points", "=", "[", "]", "for", "fp", "in", "self", ".", "points", "[", "1", ":", "]", ":", "points", ".", "append", "(", "(", "fp", ".", "lat", ",", "fp", ".", "lng", ")", ")", "return", "points" ]

[ "return", "a", "polygon", "for", "the", "fence" ]

[ "def", "predict", "(", "self", ",", "lon", ",", "lat", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "assert", "self", ".", "classifier", "is", "not", "None", ",", "'ERROR'", "pred", "=", "np", ".", "zeros", "(", "len", "(", "lon", ")", ")", "cut_geometry", ",", "flags_geometry", "=", "self", ".", "applyGeometry", "(", "lon", ",", "lat", ")", "x_test", "=", "[", "]", "for", "key", ",", "operation", "in", "self", ".", "config", "[", "'operation'", "]", "[", "'params_intrinsic'", "]", ":", "assert", "operation", ".", "lower", "(", ")", "in", "[", "'linear'", ",", "'log'", "]", ",", "'ERROR'", "if", "operation", ".", "lower", "(", ")", "==", "'linear'", ":", "x_test", ".", "append", "(", "kwargs", "[", "key", "]", ")", "else", ":", "x_test", ".", "append", "(", "np", ".", "log10", "(", "kwargs", "[", "key", "]", ")", ")", "x_test", "=", "np", ".", "vstack", "(", "x_test", ")", ".", "T", "#import pdb; pdb.set_trace()", "pred", "[", "cut_geometry", "]", "=", "self", ".", "classifier", ".", "predict_proba", "(", "x_test", "[", "cut_geometry", "]", ")", "[", ":", ",", "1", "]", "self", ".", "validatePredict", "(", "pred", ",", "flags_geometry", ",", "lon", ",", "lat", ",", "kwargs", "[", "'r_physical'", "]", ",", "kwargs", "[", "'abs_mag'", "]", ",", "kwargs", "[", "'distance'", "]", ")", "return", "pred", ",", "flags_geometry" ]

[ "distance", "abs_mag", "r_physical" ]

[ "def", "search_user_entities", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "# noqa: E501", "kwargs", "[", "'_return_http_data_only'", "]", "=", "True", "if", "kwargs", ".", "get", "(", "'async_req'", ")", ":", "return", "self", ".", "search_user_entities_with_http_info", "(", "*", "*", "kwargs", ")", "# noqa: E501", "else", ":", "(", "data", ")", "=", "self", ".", "search_user_entities_with_http_info", "(", "*", "*", "kwargs", ")", "# noqa: E501", "return", "data" ]

[ "Search", "over", "a", "customer", "s", "users", "#", "noqa", ":", "E501" ]

[ "def", "parity_discover_next_available_nonce", "(", "web3", ":", "Web3", ",", "address", ":", "AddressHex", ",", ")", "->", "Nonce", ":", "next_nonce_encoded", "=", "web3", ".", "manager", ".", "request_blocking", "(", "'parity_nextNonce'", ",", "[", "address", "]", ")", "return", "Nonce", "(", "int", "(", "next_nonce_encoded", ",", "16", ")", ")" ]

[ "Returns", "the", "next", "available", "nonce", "for", "address", "." ]

[ "def", "validate_configuration", "(", "self", ")", ":", "super", "(", ")", ".", "validate_configuration", "(", ")", "if", "self", ".", "use_registry_name", "is", "None", ":", "raise", "ArcaMisconfigured", "(", "\"Use registry name setting is required for VagrantBackend\"", ")", "if", "not", "re", ".", "match", "(", "r\"^[a-z]+/[a-zA-Z0-9\\-_]+$\"", ",", "self", ".", "box", ")", ":", "raise", "ArcaMisconfigured", "(", "\"Provided Vagrant box is not valid\"", ")", "if", "not", "re", ".", "match", "(", "r\"^[a-z_]+$\"", ",", "self", ".", "provider", ")", ":", "raise", "ArcaMisconfigured", "(", "\"Provided Vagrant provider is not valid\"", ")", "if", "self", ".", "registry_pull_only", ":", "raise", "ArcaMisconfigured", "(", "\"Push must be enabled for VagrantBackend\"", ")" ]

[ "Runs", ":", "meth", ":", "arca", ".", "DockerBackend", ".", "validate_configuration", "and", "checks", "extra", ":" ]

[ "def", "start", "(", "project", ",", "logfile", ",", "time_format", ")", ":", "records", "=", "read", "(", "logfile", ",", "time_format", ")", "if", "records", "and", "not", "records", "[", "-", "1", "]", "[", "1", "]", "[", "1", "]", ":", "print", "\"error: there is a project already active\"", "return", "write", "(", "server", ".", "start", "(", "project", ",", "records", ")", ",", "logfile", ",", "time_format", ")", "print", "\"starting work on %s\"", "%", "colored", "(", "project", ",", "attrs", "=", "[", "'bold'", "]", ")", "print", "\" at %s\"", "%", "colored", "(", "server", ".", "date_to_txt", "(", "now", "(", ")", ",", "time_format", ")", ",", "'green'", ")" ]

[ "start", "tracking", "for", "<project", ">" ]

[ "def", "invert", "(", "self", ")", ":", "# check for an empty list", "if", "len", "(", "self", ")", "==", "0", ":", "# return a segment representing all time", "self", ".", "__sci_segs", "=", "ScienceSegment", "(", "tuple", "(", "[", "0", ",", "0", ",", "1999999999", ",", "1999999999", "]", ")", ")", "# go through the list checking for validity as we go", "outlist", "=", "[", "]", "ostart", "=", "0", "for", "seg", "in", "self", ":", "start", "=", "seg", ".", "start", "(", ")", "stop", "=", "seg", ".", "end", "(", ")", "if", "start", "<", "0", "or", "stop", "<", "start", "or", "start", "<", "ostart", ":", "raise", "SegmentError", ",", "\"Invalid list\"", "if", "start", ">", "0", ":", "x", "=", "ScienceSegment", "(", "tuple", "(", "[", "0", ",", "ostart", ",", "start", ",", "start", "-", "ostart", "]", ")", ")", "outlist", ".", "append", "(", "x", ")", "ostart", "=", "stop", "if", "ostart", "<", "1999999999", ":", "x", "=", "ScienceSegment", "(", "tuple", "(", "[", "0", ",", "ostart", ",", "1999999999", ",", "1999999999", "-", "ostart", "]", ")", ")", "outlist", ".", "append", "(", "x", ")", "self", ".", "__sci_segs", "=", "outlist", "return", "len", "(", "self", ")" ]

[ "Inverts", "the", "ScienceSegments", "in", "the", "class", "(", "i", ".", "e", ".", "set", "NOT", ")", ".", "Returns", "the", "number", "of", "ScienceSegments", "after", "inversion", "." ]

[ "def", "visit_Assign", "(", "self", ",", "node", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "lineNum", "=", "node", ".", "lineno", "-", "1", "# Assignments have one Doxygen-significant special case:", "# interface attributes.", "match", "=", "AstWalker", ".", "__attributeRE", ".", "match", "(", "self", ".", "lines", "[", "lineNum", "]", ")", "if", "match", ":", "self", ".", "lines", "[", "lineNum", "]", "=", "'{0}## @property {1}{2}{0}# {3}{2}'", "'{0}# @hideinitializer{2}{4}{2}'", ".", "format", "(", "match", ".", "group", "(", "1", ")", ",", "match", ".", "group", "(", "2", ")", ",", "linesep", ",", "match", ".", "group", "(", "3", ")", ",", "self", ".", "lines", "[", "lineNum", "]", ".", "rstrip", "(", ")", ")", "if", "self", ".", "options", ".", "debug", ":", "stderr", ".", "write", "(", "\"# Attribute {0.id}{1}\"", ".", "format", "(", "node", ".", "targets", "[", "0", "]", ",", "linesep", ")", ")", "if", "isinstance", "(", "node", ".", "targets", "[", "0", "]", ",", "Name", ")", ":", "match", "=", "AstWalker", ".", "__indentRE", ".", "match", "(", "self", ".", "lines", "[", "lineNum", "]", ")", "indentStr", "=", "match", "and", "match", ".", "group", "(", "1", ")", "or", "''", "restrictionLevel", "=", "self", ".", "_checkMemberName", "(", "node", ".", "targets", "[", "0", "]", ".", "id", ")", "if", "restrictionLevel", ":", "self", ".", "lines", "[", "lineNum", "]", "=", "'{0}## @var {1}{2}{0}'", "'# @hideinitializer{2}{0}# @{3}{2}{4}{2}'", ".", "format", "(", "indentStr", ",", "node", ".", "targets", "[", "0", "]", ".", "id", ",", "linesep", ",", "restrictionLevel", ",", "self", ".", "lines", "[", "lineNum", "]", ".", "rstrip", "(", ")", ")", "# Visit any contained nodes.", "self", ".", "generic_visit", "(", "node", ",", "containingNodes", "=", "kwargs", "[", "'containingNodes'", "]", ")" ]

[ "Handles", "assignments", "within", "code", "." ]

[ "def", "update", "(", "self", ",", "*", "pkgs", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "cmd_list", "=", "[", "'update'", ",", "'--json'", ",", "'--yes'", "]", "if", "not", "pkgs", "and", "not", "kwargs", ".", "get", "(", "'all'", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"Must specify at least one package to update, or \"", "\"all=True.\"", ")", "cmd_list", ".", "extend", "(", "self", ".", "_setup_install_commands_from_kwargs", "(", "kwargs", ",", "(", "'dry_run'", ",", "'no_deps'", ",", "'override_channels'", ",", "'no_pin'", ",", "'force'", ",", "'all'", ",", "'use_index_cache'", ",", "'use_local'", ",", "'alt_hint'", ")", ")", ")", "cmd_list", ".", "extend", "(", "pkgs", ")", "return", "self", ".", "_call_and_parse", "(", "cmd_list", ",", "abspath", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "'abspath'", ",", "True", ")", ")" ]

[ "Update", "package", "(", "s", ")", "(", "in", "an", "environment", ")", "by", "name", "." ]

[ "def", "sanitize_http_wsgi_env", "(", "client", ",", "event", ")", ":", "try", ":", "env", "=", "event", "[", "\"context\"", "]", "[", "\"request\"", "]", "[", "\"env\"", "]", "event", "[", "\"context\"", "]", "[", "\"request\"", "]", "[", "\"env\"", "]", "=", "varmap", "(", "_sanitize", ",", "env", ")", "except", "(", "KeyError", ",", "TypeError", ")", ":", "pass", "return", "event" ]

[ "Sanitizes", "WSGI", "environment", "variables" ]

[ "def", "execute", "(", "self", ",", "program", ":", "Program", ")", ":", "# TODO: why are DEFGATEs not just included in the list of instructions?", "for", "dg", "in", "program", ".", "defined_gates", ":", "if", "dg", ".", "parameters", "is", "not", "None", ":", "raise", "NotImplementedError", "(", "\"PyQVM does not support parameterized DEFGATEs\"", ")", "self", ".", "defined_gates", "[", "dg", ".", "name", "]", "=", "dg", ".", "matrix", "# initialize program counter", "self", ".", "program", "=", "program", "self", ".", "program_counter", "=", "0", "halted", "=", "len", "(", "program", ")", "==", "0", "while", "not", "halted", ":", "halted", "=", "self", ".", "transition", "(", ")", "return", "self" ]

[ "Execute", "a", "program", "on", "the", "QVM", "." ]

[ "def", "table_delete", "(", "self", ",", "table_name", ")", ":", "url", "=", "Api", ".", "_ENDPOINT", "+", "(", "Api", ".", "_TABLES_PATH", "%", "table_name", ")", "return", "datalab", ".", "utils", ".", "Http", ".", "request", "(", "url", ",", "method", "=", "'DELETE'", ",", "credentials", "=", "self", ".", "_credentials", ",", "raw_response", "=", "True", ")" ]

[ "Issues", "a", "request", "to", "delete", "a", "table", "." ]

[ "def", "searchAlbums", "(", "self", ",", "title", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "return", "self", ".", "search", "(", "libtype", "=", "'photoalbum'", ",", "title", "=", "title", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Search", "for", "an", "album", ".", "See", ":", "func", ":", "~plexapi", ".", "library", ".", "LibrarySection", ".", "search", "()", "for", "usage", "." ]

[ "def", "construct_nucmer_cmdline", "(", "fname1", ",", "fname2", ",", "outdir", "=", "\".\"", ",", "nucmer_exe", "=", "pyani_config", ".", "NUCMER_DEFAULT", ",", "filter_exe", "=", "pyani_config", ".", "FILTER_DEFAULT", ",", "maxmatch", "=", "False", ",", ")", ":", "outsubdir", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "outdir", ",", "pyani_config", ".", "ALIGNDIR", "[", "\"ANIm\"", "]", ")", "outprefix", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "outsubdir", ",", "\"%s_vs_%s\"", "%", "(", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "os", ".", "path", ".", "split", "(", "fname1", ")", "[", "-", "1", "]", ")", "[", "0", "]", ",", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "os", ".", "path", ".", "split", "(", "fname2", ")", "[", "-", "1", "]", ")", "[", "0", "]", ",", ")", ",", ")", "if", "maxmatch", ":", "mode", "=", "\"--maxmatch\"", "else", ":", "mode", "=", "\"--mum\"", "nucmercmd", "=", "\"{0} {1} -p {2} {3} {4}\"", ".", "format", "(", "nucmer_exe", ",", "mode", ",", "outprefix", ",", "fname1", ",", "fname2", ")", "filtercmd", "=", "\"delta_filter_wrapper.py \"", "+", "\"{0} -1 {1} {2}\"", ".", "format", "(", "filter_exe", ",", "outprefix", "+", "\".delta\"", ",", "outprefix", "+", "\".filter\"", ")", "return", "(", "nucmercmd", ",", "filtercmd", ")" ]

[ "Returns", "a", "tuple", "of", "NUCmer", "and", "delta", "-", "filter", "commands" ]

[ "def", "getConstant", "(", "name", ")", ":", "# We instantiate a manager for our global preferences", "if", "'dynamic_preferences_globalpreferencemodel'", "in", "connection", ".", "introspection", ".", "table_names", "(", ")", "and", "not", "isPreliminaryRun", "(", ")", ":", "params", "=", "global_preferences_registry", ".", "manager", "(", ")", "try", ":", "return", "params", ".", "get", "(", "name", ")", "except", "NotFoundInRegistry", "as", "e", ":", "logger", ".", "error", "(", "'Error in getting constant: %s'", "%", "e", ")", "return", "None" ]

[ "This", "is", "a", "convenience", "function", "that", "makes", "it", "easy", "to", "access", "the", "value", "of", "a", "preference", "/", "constant", "without", "needing", "to", "check", "if", "the", "django_dynamic_preferences", "app", "has", "been", "set", "up", "and", "without", "needing", "to", "load", "from", "that", "model", "directly", "." ]

[ "def", "download_from_file", "(", "self", ",", "file_buffer", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "file_buffer", ",", "list", ")", ":", "torrent_files", "=", "{", "}", "for", "i", ",", "f", "in", "enumerate", "(", "file_buffer", ")", ":", "torrent_files", ".", "update", "(", "{", "'torrents%s'", "%", "i", ":", "f", "}", ")", "else", ":", "torrent_files", "=", "{", "'torrents'", ":", "file_buffer", "}", "data", "=", "kwargs", ".", "copy", "(", ")", "if", "data", ".", "get", "(", "'save_path'", ")", ":", "data", ".", "update", "(", "{", "'savepath'", ":", "data", "[", "'save_path'", "]", "}", ")", "return", "self", ".", "_post", "(", "'command/upload'", ",", "data", "=", "data", ",", "files", "=", "torrent_files", ")" ]

[ "Download", "torrent", "using", "a", "file", "." ]

[ "def", "_get_time_override", "(", "self", ")", ":", "if", "callable", "(", "self", ".", "time_override", ")", ":", "time_override", "=", "self", ".", "time_override", "(", ")", "else", ":", "time_override", "=", "self", ".", "time_override", "if", "not", "isinstance", "(", "time_override", ",", "datetime_time", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Invalid type. Must be a datetime.time instance.'", ")", "return", "time_override" ]

[ "Retrieves", "the", "datetime", ".", "time", "or", "None", "from", "the", "time_override", "attribute", "." ]

[ "def", "keyColor", "(", "self", ",", "key", ")", ":", "self", ".", "_keyColors", ".", "setdefault", "(", "nativestring", "(", "key", ")", ",", "self", ".", "color", "(", ")", ")", "return", "self", ".", "_keyColors", "[", "nativestring", "(", "key", ")", "]" ]

[ "Returns", "a", "color", "for", "the", "inputed", "key", "(", "used", "in", "pie", "charts", ")", ".", ":", "param", "key", "|", "<str", ">", ":", "return", "<QColor", ">" ]

[ "def", "remove_expired_multipartobjects", "(", ")", ":", "delta", "=", "current_app", ".", "config", "[", "'FILES_REST_MULTIPART_EXPIRES'", "]", "expired_dt", "=", "datetime", ".", "utcnow", "(", ")", "-", "delta", "file_ids", "=", "[", "]", "for", "mp", "in", "MultipartObject", ".", "query_expired", "(", "expired_dt", ")", ":", "file_ids", ".", "append", "(", "str", "(", "mp", ".", "file_id", ")", ")", "mp", ".", "delete", "(", ")", "for", "fid", "in", "file_ids", ":", "remove_file_data", ".", "delay", "(", "fid", ")" ]

[ "Remove", "expired", "multipart", "objects", "." ]

[ "def", "add_switches_and_objective", "(", "self", ")", ":", "constraints", "=", "list", "(", ")", "big_m", "=", "max", "(", "max", "(", "abs", "(", "b", ")", "for", "b", "in", "r", ".", "bounds", ")", "for", "r", "in", "self", ".", "model", ".", "reactions", ")", "prob", "=", "self", ".", "model", ".", "problem", "for", "rxn", "in", "self", ".", "model", ".", "reactions", ":", "if", "not", "hasattr", "(", "rxn", ",", "'gapfilling_type'", ")", ":", "continue", "indicator", "=", "prob", ".", "Variable", "(", "name", "=", "'indicator_{}'", ".", "format", "(", "rxn", ".", "id", ")", ",", "lb", "=", "0", ",", "ub", "=", "1", ",", "type", "=", "'binary'", ")", "if", "rxn", ".", "id", "in", "self", ".", "penalties", ":", "indicator", ".", "cost", "=", "self", ".", "penalties", "[", "rxn", ".", "id", "]", "else", ":", "indicator", ".", "cost", "=", "self", ".", "penalties", "[", "rxn", ".", "gapfilling_type", "]", "indicator", ".", "rxn_id", "=", "rxn", ".", "id", "self", ".", "indicators", ".", "append", "(", "indicator", ")", "# if z = 1 v_i is allowed non-zero", "# v_i - Mz <= 0 and v_i + Mz >= 0", "constraint_lb", "=", "prob", ".", "Constraint", "(", "rxn", ".", "flux_expression", "-", "big_m", "*", "indicator", ",", "ub", "=", "0", ",", "name", "=", "'constraint_lb_{}'", ".", "format", "(", "rxn", ".", "id", ")", ",", "sloppy", "=", "True", ")", "constraint_ub", "=", "prob", ".", "Constraint", "(", "rxn", ".", "flux_expression", "+", "big_m", "*", "indicator", ",", "lb", "=", "0", ",", "name", "=", "'constraint_ub_{}'", ".", "format", "(", "rxn", ".", "id", ")", ",", "sloppy", "=", "True", ")", "constraints", ".", "extend", "(", "[", "constraint_lb", ",", "constraint_ub", "]", ")", "self", ".", "model", ".", "add_cons_vars", "(", "self", ".", "indicators", ")", "self", ".", "model", ".", "add_cons_vars", "(", "constraints", ",", "sloppy", "=", "True", ")", "self", ".", "model", ".", "objective", "=", "prob", ".", "Objective", "(", "Zero", ",", "direction", "=", "'min'", ",", "sloppy", "=", "True", ")", "self", ".", "model", ".", "objective", ".", "set_linear_coefficients", "(", "{", "i", ":", "1", "for", "i", "in", "self", ".", "indicators", "}", ")", "self", ".", "update_costs", "(", ")" ]

[ "Update", "gapfilling", "model", "with", "switches", "and", "the", "indicator", "objective", "." ]

[ "def", "cli", "(", "obj", ",", "origin", ",", "tags", ",", "timeout", ",", "customer", ",", "delete", ")", ":", "client", "=", "obj", "[", "'client'", "]", "if", "delete", ":", "client", ".", "delete_heartbeat", "(", "delete", ")", "else", ":", "try", ":", "heartbeat", "=", "client", ".", "heartbeat", "(", "origin", "=", "origin", ",", "tags", "=", "tags", ",", "timeout", "=", "timeout", ",", "customer", "=", "customer", ")", "except", "Exception", "as", "e", ":", "click", ".", "echo", "(", "'ERROR: {}'", ".", "format", "(", "e", ")", ")", "sys", ".", "exit", "(", "1", ")", "click", ".", "echo", "(", "heartbeat", ".", "id", ")" ]

[ "Send", "or", "delete", "a", "heartbeat", "." ]

[ "def", "remove_row", "(", "self", ",", "row_number", ":", "int", "=", "-", "1", ")", ":", "if", "len", "(", "self", ".", "_rows", ")", "==", "0", ":", "return", "row", "=", "self", ".", "_rows", ".", "pop", "(", "row_number", ")", "for", "widget", "in", "row", ":", "widget", ".", "destroy", "(", ")" ]

[ "Removes", "a", "specified", "row", "of", "data" ]

[ "def", "get_vulnerabilities", "(", "self", ",", "teams", "=", "None", ",", "applications", "=", "None", ",", "channel_types", "=", "None", ",", "start_date", "=", "None", ",", "end_date", "=", "None", ",", "generic_severities", "=", "None", ",", "generic_vulnerabilities", "=", "None", ",", "number_merged", "=", "None", ",", "number_vulnerabilities", "=", "None", ",", "parameter", "=", "None", ",", "path", "=", "None", ",", "show_open", "=", "None", ",", "show_closed", "=", "None", ",", "show_defect_open", "=", "None", ",", "show_defect_closed", "=", "None", ",", "show_defect_present", "=", "None", ",", "show_defect_not_present", "=", "None", ",", "show_false_positive", "=", "None", ",", "show_hidden", "=", "None", ")", ":", "params", "=", "{", "}", "# Build parameter list", "if", "teams", ":", "params", ".", "update", "(", "self", ".", "_build_list_params", "(", "'teams'", ",", "'id'", ",", "teams", ")", ")", "if", "applications", ":", "params", ".", "update", "(", "self", ".", "_build_list_params", "(", "'applications'", ",", "'id'", ",", "applications", ")", ")", "if", "channel_types", ":", "params", ".", "update", "(", "self", ".", "_build_list_params", "(", "'channelTypes'", ",", "'name'", ",", "channel_types", ")", ")", "if", "start_date", ":", "params", "[", "'startDate'", "]", "=", "start_date", "if", "end_date", ":", "params", "[", "'endDate'", "]", "=", "end_date", "if", "generic_severities", ":", "params", ".", "update", "(", "self", ".", "_build_list_params", "(", "'genericSeverities'", ",", "'intValue'", ",", "generic_severities", ")", ")", "if", "generic_vulnerabilities", ":", "params", ".", "update", "(", "self", ".", "_build_list_params", "(", "'genericVulnerabilities'", ",", "'id'", ",", "generic_vulnerabilities", ")", ")", "if", "number_merged", ":", "params", "[", "'numberMerged'", "]", "=", "number_merged", "if", "number_vulnerabilities", ":", "params", "[", "'numberVulnerabilities'", "]", "=", "number_vulnerabilities", "if", "parameter", ":", "params", "[", "'parameter'", "]", "=", "parameter", "if", "path", ":", "params", "[", "'path'", "]", "=", "path", "if", "show_open", ":", "params", "[", "'showOpen'", "]", "=", "show_open", "if", "show_closed", ":", "params", "[", "'showClosed'", "]", "=", "show_closed", "if", "show_defect_open", ":", "params", "[", "'showDefectOpen'", "]", "=", "show_defect_open", "if", "show_defect_closed", ":", "params", "[", "'showDefectClosed'", "]", "=", "show_defect_closed", "if", "show_defect_present", ":", "params", "[", "'showDefectPresent'", "]", "=", "show_defect_present", "if", "show_defect_not_present", ":", "params", "[", "'showDefectNotPresent'", "]", "=", "show_defect_not_present", "if", "show_false_positive", ":", "params", "[", "'showFalsePositive'", "]", "=", "show_false_positive", "if", "show_hidden", ":", "params", "[", "'showHidden'", "]", "=", "show_hidden", "return", "self", ".", "_request", "(", "'POST'", ",", "'rest/vulnerabilities'", ",", "params", ")" ]

[ "Returns", "filtered", "list", "of", "vulnerabilities", ".", ":", "param", "teams", ":", "List", "of", "team", "ids", ".", ":", "param", "applications", ":", "List", "of", "application", "ids", ".", ":", "param", "channel_types", ":", "List", "of", "scanner", "names", ".", ":", "param", "start_date", ":", "Lower", "bound", "on", "scan", "dates", ".", ":", "param", "end_date", ":", "Upper", "bound", "on", "scan", "dates", ".", ":", "param", "generic_severities", ":", "List", "of", "generic", "severity", "values", ".", ":", "param", "generic_vulnerabilities", ":", "List", "of", "generic", "vulnerability", "ids", ".", ":", "param", "number_merged", ":", "Number", "of", "vulnerabilities", "merged", "from", "different", "scans", ".", ":", "param", "number_vulnerabilities", ":", "Number", "of", "vulnerabilities", "to", "return", ".", ":", "param", "parameter", ":", "Application", "input", "that", "the", "vulnerability", "affects", ".", ":", "param", "path", ":", "Path", "to", "the", "web", "page", "where", "the", "vulnerability", "was", "found", ".", ":", "param", "show_open", ":", "Flag", "to", "show", "all", "open", "vulnerabilities", ".", ":", "param", "show_closed", ":", "Flag", "to", "show", "all", "closed", "vulnerabilities", ".", ":", "param", "show_defect_open", ":", "Flag", "to", "show", "any", "vulnerabilities", "with", "open", "defects", ".", ":", "param", "show_defect_closed", ":", "Flag", "to", "show", "any", "vulnerabilities", "with", "closed", "defects", ".", ":", "param", "show_defect_present", ":", "Flag", "to", "show", "any", "vulnerabilities", "with", "a", "defect", ".", ":", "param", "show_defect_not_present", ":", "Flag", "to", "show", "any", "vulnerabilities", "without", "a", "defect", ".", ":", "param", "show_false_positive", ":", "Flag", "to", "show", "any", "false", "positives", "from", "vulnerabilities", ".", ":", "param", "show_hidden", ":", "Flag", "to", "show", "all", "hidden", "vulnerabilities", "." ]

[ "def", "p_expr_require_once", "(", "p", ")", ":", "p", "[", "0", "]", "=", "ast", ".", "Require", "(", "p", "[", "2", "]", ",", "True", ",", "lineno", "=", "p", ".", "lineno", "(", "1", ")", ")" ]

[ "expr", ":", "REQUIRE_ONCE", "expr" ]

[ "def", "text", "(", "self", ",", "path", ",", "wholetext", "=", "False", ",", "lineSep", "=", "None", ")", ":", "self", ".", "_set_opts", "(", "wholetext", "=", "wholetext", ",", "lineSep", "=", "lineSep", ")", "if", "isinstance", "(", "path", ",", "basestring", ")", ":", "return", "self", ".", "_df", "(", "self", ".", "_jreader", ".", "text", "(", "path", ")", ")", "else", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"path can be only a single string\"", ")" ]

[ "Loads", "a", "text", "file", "stream", "and", "returns", "a", ":", "class", ":", "DataFrame", "whose", "schema", "starts", "with", "a", "string", "column", "named", "value", "and", "followed", "by", "partitioned", "columns", "if", "there", "are", "any", ".", "The", "text", "files", "must", "be", "encoded", "as", "UTF", "-", "8", "." ]

[ "def", "message", "(", "self", ",", "message", ",", "source", ",", "point", ",", "ln", ")", ":", "if", "message", "is", "None", ":", "message", "=", "\"parsing failed\"", "if", "ln", "is", "not", "None", ":", "message", "+=", "\" (line \"", "+", "str", "(", "ln", ")", "+", "\")\"", "if", "source", ":", "if", "point", "is", "None", ":", "message", "+=", "\"\\n\"", "+", "\" \"", "*", "taberrfmt", "+", "clean", "(", "source", ")", "else", ":", "part", "=", "clean", "(", "source", ".", "splitlines", "(", ")", "[", "lineno", "(", "point", ",", "source", ")", "-", "1", "]", ",", "False", ")", ".", "lstrip", "(", ")", "point", "-=", "len", "(", "source", ")", "-", "len", "(", "part", ")", "# adjust all points based on lstrip", "part", "=", "part", ".", "rstrip", "(", ")", "# adjust only points that are too large based on rstrip", "message", "+=", "\"\\n\"", "+", "\" \"", "*", "taberrfmt", "+", "part", "if", "point", ">", "0", ":", "if", "point", ">=", "len", "(", "part", ")", ":", "point", "=", "len", "(", "part", ")", "-", "1", "message", "+=", "\"\\n\"", "+", "\" \"", "*", "(", "taberrfmt", "+", "point", ")", "+", "\"^\"", "return", "message" ]

[ "Creates", "a", "SyntaxError", "-", "like", "message", "." ]

[ "def", "search_book", "(", "self", ",", "anywords", ",", "page", "=", "1", ")", ":", "result", "=", "[", "]", "html", "=", "self", ".", "__search_book_html", "(", "anywords", ",", "page", ")", "soup", "=", "BeautifulSoup", "(", "html", ")", "tds", "=", "soup", ".", "select", "(", "selector", "=", "'tbody'", ")", "[", "0", "]", ".", "select", "(", "'td'", ")", "cursor", "=", "1", "while", "cursor", "<", "len", "(", "tds", ")", "/", "9", ":", "s", "=", "(", "cursor", "-", "1", ")", "*", "9", "num", "=", "tds", "[", "s", "]", ".", "get_text", "(", ")", "ctrlno", "=", "tds", "[", "s", "]", ".", "input", ".", "attrs", "[", "'value'", "]", "name", "=", "tds", "[", "s", "+", "1", "]", ".", "get_text", "(", ")", "author", "=", "tds", "[", "s", "+", "2", "]", ".", "get_text", "(", ")", "press", "=", "tds", "[", "s", "+", "3", "]", ".", "get_text", "(", ")", "press_time", "=", "tds", "[", "s", "+", "4", "]", ".", "get_text", "(", ")", "index_num", "=", "tds", "[", "s", "+", "5", "]", ".", "get_text", "(", ")", "total", "=", "tds", "[", "s", "+", "6", "]", ".", "get_text", "(", ")", "left", "=", "tds", "[", "s", "+", "7", "]", ".", "get_text", "(", ")", "addtion", "=", "tds", "[", "s", "+", "8", "]", ".", "get_text", "(", ")", ".", "strip", "(", "'\\r\\n'", ")", "# 相关资源", "book", "=", "{", "'num'", ":", "num", ",", "# 序号", "'ctrlno'", ":", "ctrlno", ",", "# 图书馆系统控制号(在图书馆的唯一编号)", "'name'", ":", "name", ",", "# 名称", "'author'", ":", "author", ",", "# 作者", "'press'", ":", "press", ",", "# 出版社", "'press_time'", ":", "press_time", ",", "# 出版时间", "'index_num'", ":", "index_num", ",", "# 索取号", "'total'", ":", "total", ",", "# 馆藏", "'left'", ":", "left", ",", "# 剩余", "}", "result", ".", "append", "(", "book", ")", "cursor", "+=", "1", "return", "result" ]

[ "检索图书", ":", "param", "anywords", ":", "检索关键字", ":", "param", "page", ":", "页码", ":", "return", ":", "图书列表" ]

[ "def", "tree_iter_nexson_proxy", "(", "nexson_proxy", ")", ":", "nexml_el", "=", "nexson_proxy", ".", "_nexml_el", "tg_order", "=", "nexml_el", "[", "'^ot:treesElementOrder'", "]", "tgd", "=", "nexml_el", "[", "'treesById'", "]", "for", "tg_id", "in", "tg_order", ":", "tg", "=", "tgd", "[", "tg_id", "]", "tree_order", "=", "tg", "[", "'^ot:treeElementOrder'", "]", "tbid", "=", "tg", "[", "'treeById'", "]", "otus", "=", "tg", "[", "'@otus'", "]", "for", "k", "in", "tree_order", ":", "v", "=", "tbid", "[", "k", "]", "yield", "nexson_proxy", ".", "_create_tree_proxy", "(", "tree_id", "=", "k", ",", "tree", "=", "v", ",", "otus", "=", "otus", ")" ]

[ "Iterates", "over", "NexsonTreeProxy", "objects", "in", "order", "determined", "by", "the", "nexson", "blob" ]

[ "def", "node_desc", "(", "self", ",", "atoms", ")", ":", "a1", "=", "self", ".", "mol", ".", "atom", "(", "atoms", "[", "0", "]", ")", "a2", "=", "self", ".", "mol", ".", "atom", "(", "atoms", "[", "1", "]", ")", "a1t", "=", "a1", ".", "number", "<<", "2", "|", "a1", ".", "pi", "a2t", "=", "a2", ".", "number", "<<", "2", "|", "a2", ".", "pi", "pair", "=", "sorted", "(", "(", "a1t", ",", "a2t", ")", ")", "return", "pair", "[", "0", "]", "<<", "9", "|", "pair", "[", "1", "]" ]

[ "default", "9", "bits", "descriptor", "7", "bits", "of", "atomic", "number", "(", "0", "-", "127", ")", "and", "2", "bits", "of", "pi", "electrons", "(", "0", "-", "3", ")" ]

[ "def", "write_dltime", "(", "self", ",", "url_data", ")", ":", "self", ".", "write", "(", "self", ".", "part", "(", "\"dltime\"", ")", "+", "self", ".", "spaces", "(", "\"dltime\"", ")", ")", "self", ".", "writeln", "(", "_", "(", "\"%.3f seconds\"", ")", "%", "url_data", ".", "dltime", ",", "color", "=", "self", ".", "colordltime", ")" ]

[ "Write", "url_data", ".", "dltime", "." ]

[ "def", "list_object_names", "(", "self", ",", "container", ",", "marker", "=", "None", ",", "limit", "=", "None", ",", "prefix", "=", "None", ",", "delimiter", "=", "None", ",", "end_marker", "=", "None", ",", "full_listing", "=", "False", ")", ":", "return", "container", ".", "list_object_names", "(", "marker", "=", "marker", ",", "limit", "=", "limit", ",", "prefix", "=", "prefix", ",", "delimiter", "=", "delimiter", ",", "end_marker", "=", "end_marker", ",", "full_listing", "=", "full_listing", ")" ]

[ "Return", "a", "list", "of", "then", "names", "of", "the", "objects", "in", "this", "container", ".", "You", "can", "use", "the", "marker", "end_marker", "and", "limit", "params", "to", "handle", "pagination", "and", "the", "prefix", "and", "delimiter", "params", "to", "filter", "the", "objects", "returned", ".", "By", "default", "only", "the", "first", "10", "000", "objects", "are", "returned", ";", "if", "you", "need", "to", "access", "more", "than", "that", "set", "the", "full_listing", "parameter", "to", "True", "." ]

[ "def", "make_node", "(", "cls", ",", "node", ",", "*", "args", ")", ":", "if", "node", "is", "None", ":", "return", "cls", ".", "make_node", "(", "SymbolBOUNDLIST", "(", ")", ",", "*", "args", ")", "if", "node", ".", "token", "!=", "'BOUNDLIST'", ":", "return", "cls", ".", "make_node", "(", "None", ",", "node", ",", "*", "args", ")", "for", "arg", "in", "args", ":", "if", "arg", "is", "None", ":", "continue", "node", ".", "appendChild", "(", "arg", ")", "return", "node" ]

[ "Creates", "an", "array", "BOUND", "LIST", "." ]

[ "def", "dropwhile", "(", "self", ",", "func", "=", "None", ")", ":", "func", "=", "_make_callable", "(", "func", ")", "return", "Collection", "(", "dropwhile", "(", "func", ",", "self", ".", "_items", ")", ")" ]

[ "Return", "a", "new", "Collection", "with", "the", "first", "few", "items", "removed", "." ]

[ "async", "def", "stop", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "stopped", "=", "True", "self", ".", "loop_event", ".", "set", "(", ")", "# Waiting for shutdown of loop()", "await", "self", ".", "stopped_event", ".", "wait", "(", ")" ]

[ "Stop", "heartbeat", "." ]

[ "def", "encrypt", "(", "self", ",", "key_password", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "is_decrypted", "(", ")", ":", "return", "encrypted_private_key", "=", "sun_crypto", ".", "jks_pkey_encrypt", "(", "self", ".", "pkey_pkcs8", ",", "key_password", ")", "a", "=", "AlgorithmIdentifier", "(", ")", "a", ".", "setComponentByName", "(", "'algorithm'", ",", "sun_crypto", ".", "SUN_JKS_ALGO_ID", ")", "a", ".", "setComponentByName", "(", "'parameters'", ",", "'\\x05\\x00'", ")", "epki", "=", "rfc5208", ".", "EncryptedPrivateKeyInfo", "(", ")", "epki", ".", "setComponentByName", "(", "'encryptionAlgorithm'", ",", "a", ")", "epki", ".", "setComponentByName", "(", "'encryptedData'", ",", "encrypted_private_key", ")", "self", ".", "_encrypted", "=", "encoder", ".", "encode", "(", "epki", ")", "self", ".", "_pkey", "=", "None", "self", ".", "_pkey_pkcs8", "=", "None", "self", ".", "_algorithm_oid", "=", "None" ]

[ "Encrypts", "the", "private", "key", "so", "that", "it", "can", "be", "saved", "to", "a", "keystore", "." ]

[ "def", "remove", "(", "self", ",", "*", "labelvalues", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "_labelnames", ":", "raise", "ValueError", "(", "'No label names were set when constructing %s'", "%", "self", ")", "if", "len", "(", "labelvalues", ")", "!=", "len", "(", "self", ".", "_labelnames", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Incorrect label count (expected %d, got %s)'", "%", "(", "len", "(", "self", ".", "_labelnames", ")", ",", "labelvalues", ")", ")", "labelvalues", "=", "tuple", "(", "unicode", "(", "l", ")", "for", "l", "in", "labelvalues", ")", "with", "self", ".", "_lock", ":", "del", "self", ".", "_metrics", "[", "labelvalues", "]" ]

[ "Remove", "the", "given", "labelset", "from", "the", "metric", "." ]

[ "def", "finalizeOp", "(", "self", ",", "ops", ",", "account", ",", "permission", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "\"append_to\"", "in", "kwargs", "and", "kwargs", "[", "\"append_to\"", "]", ":", "if", "self", ".", "proposer", ":", "log", ".", "warning", "(", "\"You may not use append_to and self.proposer at \"", "\"the same time. Append new_proposal(..) instead\"", ")", "# Append to the append_to and return", "append_to", "=", "kwargs", "[", "\"append_to\"", "]", "parent", "=", "append_to", ".", "get_parent", "(", ")", "assert", "isinstance", "(", "append_to", ",", "(", "self", ".", "transactionbuilder_class", ",", "self", ".", "proposalbuilder_class", ")", ")", "append_to", ".", "appendOps", "(", "ops", ")", "# Add the signer to the buffer so we sign the tx properly", "if", "isinstance", "(", "append_to", ",", "self", ".", "proposalbuilder_class", ")", ":", "parent", ".", "appendSigner", "(", "append_to", ".", "proposer", ",", "permission", ")", "else", ":", "parent", ".", "appendSigner", "(", "account", ",", "permission", ")", "# This returns as we used append_to, it does NOT broadcast, or sign", "return", "append_to", ".", "get_parent", "(", ")", "elif", "self", ".", "proposer", ":", "# Legacy proposer mode!", "proposal", "=", "self", ".", "proposal", "(", ")", "proposal", ".", "set_proposer", "(", "self", ".", "proposer", ")", "proposal", ".", "set_expiration", "(", "self", ".", "proposal_expiration", ")", "proposal", ".", "set_review", "(", "self", ".", "proposal_review", ")", "proposal", ".", "appendOps", "(", "ops", ")", "# Go forward to see what the other options do ...", "else", ":", "# Append tot he default buffer", "self", ".", "txbuffer", ".", "appendOps", "(", "ops", ")", "# The API that obtains the fee only allows to specify one particular", "# fee asset for all operations in that transaction even though the", "# blockchain itself could allow to pay multiple operations with", "# different fee assets.", "if", "\"fee_asset\"", "in", "kwargs", "and", "kwargs", "[", "\"fee_asset\"", "]", ":", "self", ".", "txbuffer", ".", "set_fee_asset", "(", "kwargs", "[", "\"fee_asset\"", "]", ")", "# Add signing information, signer, sign and optionally broadcast", "if", "self", ".", "unsigned", ":", "# In case we don't want to sign anything", "self", ".", "txbuffer", ".", "addSigningInformation", "(", "account", ",", "permission", ")", "return", "self", ".", "txbuffer", "elif", "self", ".", "bundle", ":", "# In case we want to add more ops to the tx (bundle)", "self", ".", "txbuffer", ".", "appendSigner", "(", "account", ",", "permission", ")", "return", "self", ".", "txbuffer", ".", "json", "(", ")", "else", ":", "# default behavior: sign + broadcast", "self", ".", "txbuffer", ".", "appendSigner", "(", "account", ",", "permission", ")", "self", ".", "txbuffer", ".", "sign", "(", ")", "return", "self", ".", "txbuffer", ".", "broadcast", "(", ")" ]

[ "This", "method", "obtains", "the", "required", "private", "keys", "if", "present", "in", "the", "wallet", "finalizes", "the", "transaction", "signs", "it", "and", "broadacasts", "it" ]

[ "def", "get_rotatable_bonds", "(", "self", ",", "mol", ")", ":", "RotatableBondSmarts", "=", "Chem", ".", "MolFromSmarts", "(", "'[!$(*#*)&!D1]-&!@[!$(*#*)&!D1]'", ")", "bonds", "=", "mol", ".", "GetSubstructMatches", "(", "RotatableBondSmarts", ",", "uniquify", "=", "1", ")", "return", "bonds" ]

[ "Determines", "rotatable", "bonds", "in", "a", "ligand", "molecule", "Takes", ":", "*", "mol", "*", "-", "mol", "file", "in", "rdkit", "environment", "Output", ":", "*", "bonds", "*", "-", "tuples", "of", "atom", "ids" ]

[ "def", "apply_transform", "(", "t", ":", "Union", "[", "List", "[", "List", "[", "float", "]", "]", ",", "np", ".", "ndarray", "]", ",", "pos", ":", "Tuple", "[", "float", ",", "float", ",", "float", "]", ",", "with_offsets", "=", "True", ")", "->", "Tuple", "[", "float", ",", "float", ",", "float", "]", ":", "extended", "=", "1", "if", "with_offsets", "else", "0", "return", "tuple", "(", "dot", "(", "t", ",", "list", "(", "pos", ")", "+", "[", "extended", "]", ")", "[", ":", "3", "]", ")" ]

[ "Change", "of", "base", "using", "a", "transform", "matrix", ".", "Primarily", "used", "to", "render", "a", "point", "in", "space", "in", "a", "way", "that", "is", "more", "readable", "for", "the", "user", "." ]

[ "def", "_create_pattern_set", "(", "self", ",", "pattern", ",", "values", ")", ":", "type_", "=", "self", ".", "_get_type", "(", "values", ")", "version", "=", "self", ".", "_get_version", "(", "values", ")", "comment", "=", "values", ".", "get", "(", "COMMENT", ")", "self", ".", "_pattern_set", "=", "self", ".", "_spec", ".", "new_pattern_set", "(", "type_", ",", "version", ",", "pattern", ",", "self", ",", "comment", ")" ]

[ "Create", "a", "new", "pattern", "set", "." ]

[ "def", "handle_reply", "(", "self", ",", "msg", ")", ":", "method", "=", "self", ".", "__class__", ".", "unhandled_reply", "if", "msg", ".", "name", "in", "self", ".", "_reply_handlers", ":", "method", "=", "self", ".", "_reply_handlers", "[", "msg", ".", "name", "]", "try", ":", "return", "method", "(", "self", ",", "msg", ")", "except", "Exception", ":", "e_type", ",", "e_value", ",", "trace", "=", "sys", ".", "exc_info", "(", ")", "reason", "=", "\"\\n\"", ".", "join", "(", "traceback", ".", "format_exception", "(", "e_type", ",", "e_value", ",", "trace", ",", "self", ".", "_tb_limit", ")", ")", "self", ".", "_logger", ".", "error", "(", "\"Reply %s FAIL: %s\"", "%", "(", "msg", ".", "name", ",", "reason", ")", ")" ]

[ "Dispatch", "a", "reply", "message", "to", "the", "appropriate", "method", "." ]

[ "def", "_data", "(", "self", ",", "asa", "=", "None", ")", ":", "hash_list", "=", "[", "]", "stack", "=", "[", "self", "]", "alldfs", "=", "True", "store", "=", "None", "while", "stack", ":", "node", "=", "stack", ".", "pop", "(", ")", "if", "isinstance", "(", "node", ",", "GroupNode", ")", ":", "stack", ".", "extend", "(", "child", "for", "_", ",", "child", "in", "sorted", "(", "node", ".", "_items", "(", ")", ",", "reverse", "=", "True", ")", ")", "else", ":", "if", "node", ".", "_target", "(", ")", "!=", "TargetType", ".", "PANDAS", ":", "alldfs", "=", "False", "if", "node", ".", "_store", "is", "None", "or", "node", ".", "_hashes", "is", "None", ":", "msg", "=", "\"Can only merge built dataframes. Build this package and try again.\"", "raise", "NotImplementedError", "(", "msg", ")", "node_store", "=", "node", ".", "_store", "if", "store", "is", "None", ":", "store", "=", "node_store", "if", "node_store", "!=", "store", ":", "raise", "NotImplementedError", "(", "\"Can only merge dataframes from the same store\"", ")", "hash_list", "+=", "node", ".", "_hashes", "if", "asa", "is", "None", ":", "if", "not", "hash_list", ":", "return", "None", "if", "not", "alldfs", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Group contains non-dataframe nodes\"", ")", "return", "store", ".", "load_dataframe", "(", "hash_list", ")", "else", ":", "if", "hash_list", ":", "assert", "store", "is", "not", "None", "return", "asa", "(", "self", ",", "[", "store", ".", "object_path", "(", "obj", ")", "for", "obj", "in", "hash_list", "]", ")", "else", ":", "return", "asa", "(", "self", ",", "[", "]", ")" ]

[ "Merges", "all", "child", "dataframes", ".", "Only", "works", "for", "dataframes", "stored", "on", "disk", "-", "not", "in", "memory", "." ]

[ "def", "get_balance", "(", "self", ")", ":", "portfolio_code", "=", "self", ".", "account_config", ".", "get", "(", "\"portfolio_code\"", ",", "\"ch\"", ")", "portfolio_info", "=", "self", ".", "_get_portfolio_info", "(", "portfolio_code", ")", "asset_balance", "=", "self", ".", "_virtual_to_balance", "(", "float", "(", "portfolio_info", "[", "\"net_value\"", "]", ")", ")", "# 总资产", "position", "=", "portfolio_info", "[", "\"view_rebalancing\"", "]", "# 仓位结构", "cash", "=", "asset_balance", "*", "float", "(", "position", "[", "\"cash\"", "]", ")", "/", "100", "market", "=", "asset_balance", "-", "cash", "return", "[", "{", "\"asset_balance\"", ":", "asset_balance", ",", "\"current_balance\"", ":", "cash", ",", "\"enable_balance\"", ":", "cash", ",", "\"market_value\"", ":", "market", ",", "\"money_type\"", ":", "u\"人民币\",", "", "\"pre_interest\"", ":", "0.25", ",", "}", "]" ]

[ "获取账户资金状况", ":", "return", ":" ]

[ "def", "get_command_templates", "(", "command_tokens", ",", "file_tokens", "=", "[", "]", ",", "path_tokens", "=", "[", "]", ",", "job_options", "=", "[", "]", ")", ":", "files", "=", "get_files", "(", "file_tokens", ")", "paths", "=", "get_paths", "(", "path_tokens", ")", "job_options", "=", "get_options", "(", "job_options", ")", "templates", "=", "_get_command_templates", "(", "command_tokens", ",", "files", ",", "paths", ",", "job_options", ")", "for", "command_template", "in", "templates", ":", "command_template", ".", "_dependencies", "=", "_get_prelim_dependencies", "(", "command_template", ",", "templates", ")", "return", "templates" ]

[ "Given", "a", "list", "of", "tokens", "from", "the", "grammar", "return", "a", "list", "of", "commands", "." ]

[ "def", "populate_tree", "(", "self", ",", "parentItem", ",", "children_list", ")", ":", "for", "child_key", "in", "children_list", ":", "self", ".", "item_depth", "+=", "1", "(", "filename", ",", "line_number", ",", "function_name", ",", "file_and_line", ",", "node_type", ")", "=", "self", ".", "function_info", "(", "child_key", ")", "(", "(", "total_calls", ",", "total_calls_dif", ")", ",", "(", "loc_time", ",", "loc_time_dif", ")", ",", "(", "cum_time", ",", "cum_time_dif", ")", ")", "=", "self", ".", "format_output", "(", "child_key", ")", "child_item", "=", "TreeWidgetItem", "(", "parentItem", ")", "self", ".", "item_list", ".", "append", "(", "child_item", ")", "self", ".", "set_item_data", "(", "child_item", ",", "filename", ",", "line_number", ")", "# FIXME: indexes to data should be defined by a dictionary on init\r", "child_item", ".", "setToolTip", "(", "0", ",", "_", "(", "'Function or module name'", ")", ")", "child_item", ".", "setData", "(", "0", ",", "Qt", ".", "DisplayRole", ",", "function_name", ")", "child_item", ".", "setIcon", "(", "0", ",", "self", ".", "icon_list", "[", "node_type", "]", ")", "child_item", ".", "setToolTip", "(", "1", ",", "_", "(", "'Time in function '", "'(including sub-functions)'", ")", ")", "child_item", ".", "setData", "(", "1", ",", "Qt", ".", "DisplayRole", ",", "cum_time", ")", "child_item", ".", "setTextAlignment", "(", "1", ",", "Qt", ".", "AlignRight", ")", "child_item", ".", "setData", "(", "2", ",", "Qt", ".", "DisplayRole", ",", "cum_time_dif", "[", "0", "]", ")", "child_item", ".", "setForeground", "(", "2", ",", "QColor", "(", "cum_time_dif", "[", "1", "]", ")", ")", "child_item", ".", "setTextAlignment", "(", "2", ",", "Qt", ".", "AlignLeft", ")", "child_item", ".", "setToolTip", "(", "3", ",", "_", "(", "'Local time in function '", "'(not in sub-functions)'", ")", ")", "child_item", ".", "setData", "(", "3", ",", "Qt", ".", "DisplayRole", ",", "loc_time", ")", "child_item", ".", "setTextAlignment", "(", "3", ",", "Qt", ".", "AlignRight", ")", "child_item", ".", "setData", "(", "4", ",", "Qt", ".", "DisplayRole", ",", "loc_time_dif", "[", "0", "]", ")", "child_item", ".", "setForeground", "(", "4", ",", "QColor", "(", "loc_time_dif", "[", "1", "]", ")", ")", "child_item", ".", "setTextAlignment", "(", "4", ",", "Qt", ".", "AlignLeft", ")", "child_item", ".", "setToolTip", "(", "5", ",", "_", "(", "'Total number of calls '", "'(including recursion)'", ")", ")", "child_item", ".", "setData", "(", "5", ",", "Qt", ".", "DisplayRole", ",", "total_calls", ")", "child_item", ".", "setTextAlignment", "(", "5", ",", "Qt", ".", "AlignRight", ")", "child_item", ".", "setData", "(", "6", ",", "Qt", ".", "DisplayRole", ",", "total_calls_dif", "[", "0", "]", ")", "child_item", ".", "setForeground", "(", "6", ",", "QColor", "(", "total_calls_dif", "[", "1", "]", ")", ")", "child_item", ".", "setTextAlignment", "(", "6", ",", "Qt", ".", "AlignLeft", ")", "child_item", ".", "setToolTip", "(", "7", ",", "_", "(", "'File:line '", "'where function is defined'", ")", ")", "child_item", ".", "setData", "(", "7", ",", "Qt", ".", "DisplayRole", ",", "file_and_line", ")", "#child_item.setExpanded(True)\r", "if", "self", ".", "is_recursive", "(", "child_item", ")", ":", "child_item", ".", "setData", "(", "7", ",", "Qt", ".", "DisplayRole", ",", "'(%s)'", "%", "_", "(", "'recursion'", ")", ")", "child_item", ".", "setDisabled", "(", "True", ")", "else", ":", "callees", "=", "self", ".", "find_callees", "(", "child_key", ")", "if", "self", ".", "item_depth", "<", "3", ":", "self", ".", "populate_tree", "(", "child_item", ",", "callees", ")", "elif", "callees", ":", "child_item", ".", "setChildIndicatorPolicy", "(", "child_item", ".", "ShowIndicator", ")", "self", ".", "items_to_be_shown", "[", "id", "(", "child_item", ")", "]", "=", "callees", "self", ".", "item_depth", "-=", "1" ]

[ "Recursive", "method", "to", "create", "each", "item", "(", "and", "associated", "data", ")", "in", "the", "tree", "." ]

[ "def", "check_freshness", "(", "self", ",", "ts", ")", ":", "outdated_ledgers", "=", "{", "}", "for", "ledger_id", ",", "freshness_state", "in", "self", ".", "_ledger_freshness", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "ts", "-", "freshness_state", ".", "last_updated", "<=", "self", ".", "freshness_timeout", ":", "continue", "if", "ts", "-", "freshness_state", ".", "last_marked_as_outdated", "<=", "self", ".", "freshness_timeout", ":", "continue", "outdated_ledgers", "[", "ledger_id", "]", "=", "ts", "-", "freshness_state", ".", "last_updated", "freshness_state", ".", "last_marked_as_outdated", "=", "ts", "# sort by last update time and then by ledger_id", "return", "OrderedDict", "(", "sorted", "(", "outdated_ledgers", ".", "items", "(", ")", ",", "key", "=", "lambda", "item", ":", "(", "-", "item", "[", "1", "]", ",", "item", "[", "0", "]", ")", ")", ")" ]

[ "Get", "all", "ledger", "IDs", "for", "which", "A", ")", "not", "updated", "for", "more", "than", "Freshness", "Timeout", "B", ")", "hasn", "t", "been", "attempted", "to", "update", "(", "returned", "from", "this", "method", ")", "for", "more", "than", "Freshness", "Timeout", "Should", "be", "called", "whenever", "we", "need", "to", "decide", "if", "ledgers", "need", "to", "be", "updated", "." ]

[ "def", "factorize", "(", "self", ",", "niter", "=", "10", ",", "compute_w", "=", "True", ",", "compute_h", "=", "True", ",", "compute_err", "=", "True", ",", "show_progress", "=", "False", ")", ":", "if", "not", "hasattr", "(", "self", ",", "'W'", ")", ":", "self", ".", "init_w", "(", ")", "if", "not", "hasattr", "(", "self", ",", "'H'", ")", ":", "self", ".", "init_h", "(", ")", "def", "separate_positive", "(", "m", ")", ":", "return", "(", "np", ".", "abs", "(", "m", ")", "+", "m", ")", "/", "2.0", "def", "separate_negative", "(", "m", ")", ":", "return", "(", "np", ".", "abs", "(", "m", ")", "-", "m", ")", "/", "2.0", "if", "show_progress", ":", "self", ".", "_logger", ".", "setLevel", "(", "logging", ".", "INFO", ")", "else", ":", "self", ".", "_logger", ".", "setLevel", "(", "logging", ".", "ERROR", ")", "XtX", "=", "np", ".", "dot", "(", "self", ".", "data", "[", ":", ",", ":", "]", ".", "T", ",", "self", ".", "data", "[", ":", ",", ":", "]", ")", "XtX_pos", "=", "separate_positive", "(", "XtX", ")", "XtX_neg", "=", "separate_negative", "(", "XtX", ")", "self", ".", "ferr", "=", "np", ".", "zeros", "(", "niter", ")", "# iterate over W and H", "for", "i", "in", "range", "(", "niter", ")", ":", "# update H", "XtX_neg_x_W", "=", "np", ".", "dot", "(", "XtX_neg", ",", "self", ".", "G", ")", "XtX_pos_x_W", "=", "np", ".", "dot", "(", "XtX_pos", ",", "self", ".", "G", ")", "if", "compute_h", ":", "H_x_WT", "=", "np", ".", "dot", "(", "self", ".", "H", ".", "T", ",", "self", ".", "G", ".", "T", ")", "ha", "=", "XtX_pos_x_W", "+", "np", ".", "dot", "(", "H_x_WT", ",", "XtX_neg_x_W", ")", "hb", "=", "XtX_neg_x_W", "+", "np", ".", "dot", "(", "H_x_WT", ",", "XtX_pos_x_W", ")", "+", "10", "**", "-", "9", "self", ".", "H", "=", "(", "self", ".", "H", ".", "T", "*", "np", ".", "sqrt", "(", "ha", "/", "hb", ")", ")", ".", "T", "# update W", "if", "compute_w", ":", "HT_x_H", "=", "np", ".", "dot", "(", "self", ".", "H", ",", "self", ".", "H", ".", "T", ")", "wa", "=", "np", ".", "dot", "(", "XtX_pos", ",", "self", ".", "H", ".", "T", ")", "+", "np", ".", "dot", "(", "XtX_neg_x_W", ",", "HT_x_H", ")", "wb", "=", "np", ".", "dot", "(", "XtX_neg", ",", "self", ".", "H", ".", "T", ")", "+", "np", ".", "dot", "(", "XtX_pos_x_W", ",", "HT_x_H", ")", "+", "10", "**", "-", "9", "self", ".", "G", "*=", "np", ".", "sqrt", "(", "wa", "/", "wb", ")", "self", ".", "W", "=", "np", ".", "dot", "(", "self", ".", "data", "[", ":", ",", ":", "]", ",", "self", ".", "G", ")", "if", "compute_err", ":", "self", ".", "ferr", "[", "i", "]", "=", "self", ".", "frobenius_norm", "(", ")", "self", ".", "_logger", ".", "info", "(", "'Iteration '", "+", "str", "(", "i", "+", "1", ")", "+", "'/'", "+", "str", "(", "niter", ")", "+", "' FN:'", "+", "str", "(", "self", ".", "ferr", "[", "i", "]", ")", ")", "else", ":", "self", ".", "_logger", ".", "info", "(", "'Iteration '", "+", "str", "(", "i", "+", "1", ")", "+", "'/'", "+", "str", "(", "niter", ")", ")", "if", "i", ">", "1", "and", "compute_err", ":", "if", "self", ".", "converged", "(", "i", ")", ":", "self", ".", "ferr", "=", "self", ".", "ferr", "[", ":", "i", "]", "break" ]

[ "Factorize", "s", ".", "t", ".", "WH", "=", "data" ]

[ "def", "transition_matrix_non_reversible", "(", "C", ")", ":", "if", "not", "scipy", ".", "sparse", ".", "issparse", "(", "C", ")", ":", "C", "=", "scipy", ".", "sparse", ".", "csr_matrix", "(", "C", ")", "rowsum", "=", "C", ".", "tocsr", "(", ")", ".", "sum", "(", "axis", "=", "1", ")", "# catch div by zero", "if", "np", ".", "min", "(", "rowsum", ")", "==", "0.0", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"matrix C contains rows with sum zero.\"", ")", "rowsum", "=", "np", ".", "array", "(", "1.", "/", "rowsum", ")", ".", "flatten", "(", ")", "norm", "=", "scipy", ".", "sparse", ".", "diags", "(", "rowsum", ",", "0", ")", "return", "norm", "*", "C" ]

[ "implementation", "of", "transition_matrix" ]

[ "def", "get", "(", "self", ")", ":", "try", ":", "cluster", "=", "self", ".", "get_argument_cluster", "(", ")", "role", "=", "self", ".", "get_argument_role", "(", ")", "environ", "=", "self", ".", "get_argument_environ", "(", ")", "topology_name", "=", "self", ".", "get_argument_topology", "(", ")", "component", "=", "self", ".", "get_argument_component", "(", ")", "metric_names", "=", "self", ".", "get_required_arguments_metricnames", "(", ")", "start_time", "=", "self", ".", "get_argument_starttime", "(", ")", "end_time", "=", "self", ".", "get_argument_endtime", "(", ")", "self", ".", "validateInterval", "(", "start_time", ",", "end_time", ")", "instances", "=", "self", ".", "get_arguments", "(", "constants", ".", "PARAM_INSTANCE", ")", "topology", "=", "self", ".", "tracker", ".", "getTopologyByClusterRoleEnvironAndName", "(", "cluster", ",", "role", ",", "environ", ",", "topology_name", ")", "metrics", "=", "yield", "tornado", ".", "gen", ".", "Task", "(", "metricstimeline", ".", "getMetricsTimeline", ",", "topology", ".", "tmaster", ",", "component", ",", "metric_names", ",", "instances", ",", "int", "(", "start_time", ")", ",", "int", "(", "end_time", ")", ")", "self", ".", "write_success_response", "(", "metrics", ")", "except", "Exception", "as", "e", ":", "Log", ".", "debug", "(", "traceback", ".", "format_exc", "(", ")", ")", "self", ".", "write_error_response", "(", "e", ")" ]

[ "get", "method" ]

[ "def", "n2mfrow", "(", "nr_plots", ")", ":", "if", "nr_plots", "<=", "3", ":", "nrow", ",", "ncol", "=", "nr_plots", ",", "1", "elif", "nr_plots", "<=", "6", ":", "nrow", ",", "ncol", "=", "(", "nr_plots", "+", "1", ")", "//", "2", ",", "2", "elif", "nr_plots", "<=", "12", ":", "nrow", ",", "ncol", "=", "(", "nr_plots", "+", "2", ")", "//", "3", ",", "3", "else", ":", "nrow", "=", "int", "(", "np", ".", "ceil", "(", "np", ".", "sqrt", "(", "nr_plots", ")", ")", ")", "ncol", "=", "int", "(", "np", ".", "ceil", "(", "nr_plots", "/", "nrow", ")", ")", "return", "(", "nrow", ",", "ncol", ")" ]

[ "Compute", "the", "rows", "and", "columns", "given", "the", "number", "of", "plots", "." ]

[ "def", "get_new_messages", "(", "self", ",", "domain", ")", ":", "if", "domain", "not", "in", "self", ".", "domains", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Invalid domain: {0}'", ".", "format", "(", "domain", ")", ")", "if", "domain", "not", "in", "self", ".", "messages", "or", "'new'", "not", "in", "self", ".", "messages", "[", "domain", "]", ":", "self", ".", "_process_domain", "(", "domain", ")", "return", "self", ".", "messages", "[", "domain", "]", "[", "'new'", "]" ]

[ "Returns", "new", "valid", "messages", "after", "operation", "." ]

[ "def", "_collect_by_key", "(", "self", ",", "specs", ")", ":", "# Collect (key, value) tuples as list of lists, flatten with chain", "allkeys", "=", "itertools", ".", "chain", ".", "from_iterable", "(", "[", "[", "(", "k", ",", "run", "[", "k", "]", ")", "for", "k", "in", "run", "]", "for", "run", "in", "specs", "]", ")", "collection", "=", "defaultdict", "(", "list", ")", "for", "(", "k", ",", "v", ")", "in", "allkeys", ":", "collection", "[", "k", "]", ".", "append", "(", "v", ")", "return", "collection" ]

[ "Returns", "a", "dictionary", "like", "object", "with", "the", "lists", "of", "values", "collapsed", "by", "their", "respective", "key", ".", "Useful", "to", "find", "varying", "vs", "constant", "keys", "and", "to", "find", "how", "fast", "keys", "vary", "." ]

[ "def", "get_results", "(", "self", ",", "gene_list", ")", ":", "ADDLIST_URL", "=", "'http://amp.pharm.mssm.edu/%sEnrichr/addList'", "%", "self", ".", "_organism", "job_id", "=", "self", ".", "send_genes", "(", "gene_list", ",", "ADDLIST_URL", ")", "user_list_id", "=", "job_id", "[", "'userListId'", "]", "RESULTS_URL", "=", "'http://amp.pharm.mssm.edu/%sEnrichr/export'", "%", "self", ".", "_organism", "query_string", "=", "'?userListId=%s&filename=%s&backgroundType=%s'", "# set max retries num =5", "s", "=", "retry", "(", "num", "=", "5", ")", "filename", "=", "\"%s.%s.reports\"", "%", "(", "self", ".", "_gs", ",", "self", ".", "descriptions", ")", "url", "=", "RESULTS_URL", "+", "query_string", "%", "(", "user_list_id", ",", "filename", ",", "self", ".", "_gs", ")", "response", "=", "s", ".", "get", "(", "url", ",", "stream", "=", "True", ",", "timeout", "=", "None", ")", "# response = requests.get(RESULTS_URL + query_string % (user_list_id, gene_set))", "sleep", "(", "1", ")", "res", "=", "pd", ".", "read_csv", "(", "StringIO", "(", "response", ".", "content", ".", "decode", "(", "'utf-8'", ")", ")", ",", "sep", "=", "\"\\t\"", ")", "return", "[", "job_id", "[", "'shortId'", "]", ",", "res", "]" ]

[ "Enrichr", "API" ]

[ "def", "neighbors", "(", "self", ",", "subid", ",", "params", "=", "None", ")", ":", "params", "=", "update_params", "(", "params", ",", "{", "'SUBID'", ":", "subid", "}", ")", "return", "self", ".", "request", "(", "'/v1/server/neighbors'", ",", "params", ",", "'GET'", ")" ]

[ "v1", "/", "server", "/", "neighbors", "GET", "-", "account", "Determine", "what", "other", "subscriptions", "are", "hosted", "on", "the", "same", "physical", "host", "as", "a", "given", "subscription", "." ]

[ "def", "setup_subparser", "(", "self", ",", "func", "=", "None", ",", "setup_as", "=", "None", ",", "insert_at", "=", "None", ",", "interprete", "=", "True", ",", "epilog_sections", "=", "None", ",", "overwrite", "=", "False", ",", "append_epilog", "=", "True", ",", "return_parser", "=", "False", ",", "name", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "def", "setup", "(", "func", ")", ":", "if", "self", ".", "_subparsers_action", "is", "None", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "\"No subparsers have yet been created! Run the \"", "\"add_subparsers method first!\"", ")", "# replace underscore by '-'", "name2use", "=", "name", "if", "name2use", "is", "None", ":", "name2use", "=", "func", ".", "__name__", ".", "replace", "(", "'_'", ",", "'-'", ")", "kwargs", ".", "setdefault", "(", "'help'", ",", "docstrings", ".", "get_summary", "(", "docstrings", ".", "dedents", "(", "inspect", ".", "getdoc", "(", "func", ")", ")", ")", ")", "parser", "=", "self", ".", "_subparsers_action", ".", "add_parser", "(", "name2use", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "parser", ".", "setup_args", "(", "func", ",", "setup_as", "=", "setup_as", ",", "insert_at", "=", "insert_at", ",", "interprete", "=", "interprete", ",", "epilog_sections", "=", "epilog_sections", ",", "overwrite", "=", "overwrite", ",", "append_epilog", "=", "append_epilog", ")", "return", "func", ",", "parser", "if", "func", "is", "None", ":", "return", "lambda", "f", ":", "setup", "(", "f", ")", "[", "0", "]", "else", ":", "return", "setup", "(", "func", ")", "[", "int", "(", "return_parser", ")", "]" ]

[ "Create", "a", "subparser", "with", "the", "name", "of", "the", "given", "function" ]

[ "def", "listener_delete_event", "(", "self", ",", "listener_info", ")", ":", "lb_list", "=", "self", ".", "neutronclient", ".", "list_loadbalancers", "(", ")", "for", "lb", "in", "lb_list", ".", "get", "(", "'loadbalancers'", ")", ":", "if", "not", "lb", ".", "get", "(", "\"listeners\"", ")", ":", "lb_id", "=", "lb", ".", "get", "(", "'id'", ")", "LOG", ".", "info", "(", "\"Deleting lb %s port\"", "%", "lb_id", ")", "self", ".", "delete_lbaas_port", "(", "lb_id", ")" ]

[ "Process", "listener", "delete", "event", "." ]

[ "def", "xqrs_detect", "(", "sig", ",", "fs", ",", "sampfrom", "=", "0", ",", "sampto", "=", "'end'", ",", "conf", "=", "None", ",", "learn", "=", "True", ",", "verbose", "=", "True", ")", ":", "xqrs", "=", "XQRS", "(", "sig", "=", "sig", ",", "fs", "=", "fs", ",", "conf", "=", "conf", ")", "xqrs", ".", "detect", "(", "sampfrom", "=", "sampfrom", ",", "sampto", "=", "sampto", ",", "verbose", "=", "verbose", ")", "return", "xqrs", ".", "qrs_inds" ]

[ "Run", "the", "xqrs", "qrs", "detection", "algorithm", "on", "a", "signal", ".", "See", "the", "docstring", "of", "the", "XQRS", "class", "for", "algorithm", "details", "." ]

[ "def", "hard_path", "(", "path", ",", "prefix_dir", ")", ":", "relative", "=", "abspath", "(", "\"%s/%s\"", "%", "(", "prefix_dir", ",", "path", ")", ")", "a_path", "=", "abspath", "(", "path", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "relative", ")", ":", "LOG", ".", "debug", "(", "\"using relative path %s (%s)\"", ",", "relative", ",", "path", ")", "return", "relative", "LOG", ".", "debug", "(", "\"using absolute path %s\"", ",", "a_path", ")", "return", "a_path" ]

[ "Returns", "an", "absolute", "path", "to", "either", "the", "relative", "or", "absolute", "file", "." ]

[ "def", "search_rna_quantification_sets", "(", "self", ",", "dataset_id", ")", ":", "request", "=", "protocol", ".", "SearchRnaQuantificationSetsRequest", "(", ")", "request", ".", "dataset_id", "=", "dataset_id", "request", ".", "page_size", "=", "pb", ".", "int", "(", "self", ".", "_page_size", ")", "return", "self", ".", "_run_search_request", "(", "request", ",", "\"rnaquantificationsets\"", ",", "protocol", ".", "SearchRnaQuantificationSetsResponse", ")" ]

[ "Returns", "an", "iterator", "over", "the", "RnaQuantificationSet", "objects", "from", "the", "server" ]

[ "def", "list_all_versions", "(", "pkg", ",", "bin_env", "=", "None", ",", "include_alpha", "=", "False", ",", "include_beta", "=", "False", ",", "include_rc", "=", "False", ",", "user", "=", "None", ",", "cwd", "=", "None", ",", "index_url", "=", "None", ",", "extra_index_url", "=", "None", ")", ":", "cmd", "=", "_get_pip_bin", "(", "bin_env", ")", "cmd", ".", "extend", "(", "[", "'install'", ",", "'{0}==versions'", ".", "format", "(", "pkg", ")", "]", ")", "if", "index_url", ":", "if", "not", "salt", ".", "utils", ".", "url", ".", "validate", "(", "index_url", ",", "VALID_PROTOS", ")", ":", "raise", "CommandExecutionError", "(", "'\\'{0}\\' is not a valid URL'", ".", "format", "(", "index_url", ")", ")", "cmd", ".", "extend", "(", "[", "'--index-url'", ",", "index_url", "]", ")", "if", "extra_index_url", ":", "if", "not", "salt", ".", "utils", ".", "url", ".", "validate", "(", "extra_index_url", ",", "VALID_PROTOS", ")", ":", "raise", "CommandExecutionError", "(", "'\\'{0}\\' is not a valid URL'", ".", "format", "(", "extra_index_url", ")", ")", "cmd", ".", "extend", "(", "[", "'--extra-index-url'", ",", "extra_index_url", "]", ")", "cmd_kwargs", "=", "dict", "(", "cwd", "=", "cwd", ",", "runas", "=", "user", ",", "output_loglevel", "=", "'quiet'", ",", "redirect_stderr", "=", "True", ")", "if", "bin_env", "and", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "bin_env", ")", ":", "cmd_kwargs", "[", "'env'", "]", "=", "{", "'VIRTUAL_ENV'", ":", "bin_env", "}", "result", "=", "__salt__", "[", "'cmd.run_all'", "]", "(", "cmd", ",", "*", "*", "cmd_kwargs", ")", "filtered", "=", "[", "]", "if", "not", "include_alpha", ":", "filtered", ".", "append", "(", "'a'", ")", "if", "not", "include_beta", ":", "filtered", ".", "append", "(", "'b'", ")", "if", "not", "include_rc", ":", "filtered", ".", "append", "(", "'rc'", ")", "if", "filtered", ":", "excludes", "=", "re", ".", "compile", "(", "r'^((?!{0}).)*$'", ".", "format", "(", "'|'", ".", "join", "(", "filtered", ")", ")", ")", "else", ":", "excludes", "=", "re", ".", "compile", "(", "r''", ")", "versions", "=", "[", "]", "for", "line", "in", "result", "[", "'stdout'", "]", ".", "splitlines", "(", ")", ":", "match", "=", "re", ".", "search", "(", "r'\\s*Could not find a version.* \\(from versions: (.*)\\)'", ",", "line", ")", "if", "match", ":", "versions", "=", "[", "v", "for", "v", "in", "match", ".", "group", "(", "1", ")", ".", "split", "(", "', '", ")", "if", "v", "and", "excludes", ".", "match", "(", "v", ")", "]", "versions", ".", "sort", "(", "key", "=", "pkg_resources", ".", "parse_version", ")", "break", "if", "not", "versions", ":", "return", "None", "return", "versions" ]

[ "..", "versionadded", "::", "2017", ".", "7", ".", "3" ]

[ "def", "make_signed_token", "(", "self", ",", "key", ")", ":", "t", "=", "JWS", "(", "self", ".", "claims", ")", "t", ".", "add_signature", "(", "key", ",", "protected", "=", "self", ".", "header", ")", "self", ".", "token", "=", "t" ]

[ "Signs", "the", "payload", "." ]

[ "def", "issues", "(", "self", ",", "kind", ",", "email", ")", ":", "return", "list", "(", "set", "(", "[", "unicode", "(", "activity", ".", "issue", ")", "for", "activity", "in", "self", ".", "activities", "(", ")", "if", "kind", "==", "activity", ".", "kind", "and", "activity", ".", "user", "[", "'email'", "]", "==", "email", "]", ")", ")" ]

[ "Filter", "unique", "issues", "for", "given", "activity", "type", "and", "email" ]

[ "def", "set_bios_settings", "(", "self", ",", "data", "=", "None", ",", "only_allowed_settings", "=", "True", ")", ":", "if", "not", "data", ":", "raise", "exception", ".", "IloError", "(", "\"Could not apply settings with\"", "\" empty data\"", ")", "sushy_system", "=", "self", ".", "_get_sushy_system", "(", "PROLIANT_SYSTEM_ID", ")", "if", "only_allowed_settings", ":", "unsupported_settings", "=", "[", "key", "for", "key", "in", "data", "if", "key", "not", "in", "(", "ilo_cons", ".", "SUPPORTED_REDFISH_BIOS_PROPERTIES", ")", "]", "if", "unsupported_settings", ":", "msg", "=", "(", "\"Could not apply settings as one or more settings are\"", "\" not supported. Unsupported settings are %s.\"", "\" Supported settings are %s.\"", "%", "(", "unsupported_settings", ",", "ilo_cons", ".", "SUPPORTED_REDFISH_BIOS_PROPERTIES", ")", ")", "raise", "exception", ".", "IloError", "(", "msg", ")", "try", ":", "settings_required", "=", "sushy_system", ".", "bios_settings", ".", "pending_settings", "settings_required", ".", "update_bios_data_by_patch", "(", "data", ")", "except", "sushy", ".", "exceptions", ".", "SushyError", "as", "e", ":", "msg", "=", "(", "self", ".", "_", "(", "'The pending BIOS Settings resource not found.'", "' Error %(error)s'", ")", "%", "{", "'error'", ":", "str", "(", "e", ")", "}", ")", "LOG", ".", "debug", "(", "msg", ")", "raise", "exception", ".", "IloError", "(", "msg", ")" ]

[ "Sets", "current", "BIOS", "settings", "to", "the", "provided", "data", "." ]

[ "def", "transform_cell", "(", "self", ",", "cell", ")", ":", "self", ".", "reset", "(", ")", "self", ".", "push", "(", "cell", ")", "return", "self", ".", "source_reset", "(", ")" ]

[ "Process", "and", "translate", "a", "cell", "of", "input", "." ]

[ "def", "get_nameserver_detail_output_show_nameserver_nameserver_portsymb", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "config", "=", "ET", ".", "Element", "(", "\"config\"", ")", "get_nameserver_detail", "=", "ET", ".", "Element", "(", "\"get_nameserver_detail\"", ")", "config", "=", "get_nameserver_detail", "output", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "get_nameserver_detail", ",", "\"output\"", ")", "show_nameserver", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "output", ",", "\"show-nameserver\"", ")", "nameserver_portid_key", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "show_nameserver", ",", "\"nameserver-portid\"", ")", "nameserver_portid_key", ".", "text", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'nameserver_portid'", ")", "nameserver_portsymb", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "show_nameserver", ",", "\"nameserver-portsymb\"", ")", "nameserver_portsymb", ".", "text", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'nameserver_portsymb'", ")", "callback", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'callback'", ",", "self", ".", "_callback", ")", "return", "callback", "(", "config", ")" ]

[ "Auto", "Generated", "Code" ]

[ "def", "_generate_struct_cstor_default", "(", "self", ",", "struct", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "_struct_has_defaults", "(", "struct", ")", ":", "return", "fields_no_default", "=", "[", "f", "for", "f", "in", "struct", ".", "all_fields", "if", "not", "f", ".", "has_default", "and", "not", "is_nullable_type", "(", "f", ".", "data_type", ")", "]", "with", "self", ".", "block_func", "(", "func", "=", "self", ".", "_cstor_name_from_fields", "(", "fields_no_default", ")", ",", "args", "=", "fmt_func_args_from_fields", "(", "fields_no_default", ")", ",", "return_type", "=", "'instancetype'", ")", ":", "args", "=", "(", "[", "(", "fmt_var", "(", "f", ".", "name", ")", ",", "fmt_var", "(", "f", ".", "name", ")", "if", "not", "f", ".", "has_default", "and", "not", "is_nullable_type", "(", "f", ".", "data_type", ")", "else", "'nil'", ")", "for", "f", "in", "struct", ".", "all_fields", "]", ")", "cstor_args", "=", "fmt_func_args", "(", "args", ")", "self", ".", "emit", "(", "'return [self {}:{}];'", ".", "format", "(", "self", ".", "_cstor_name_from_fields", "(", "struct", ".", "all_fields", ")", ",", "cstor_args", ")", ")", "self", ".", "emit", "(", ")" ]

[ "Emits", "struct", "convenience", "constructor", ".", "Default", "arguments", "are", "omitted", "." ]

[ "def", "unregister", "(", "self", ",", "event", ",", "callback", ",", "selector", "=", "None", ")", ":", "self", ".", "processor", ".", "unregister", "(", "event", ",", "callback", ",", "selector", ")" ]

[ "Unregisters", "an", "event", "that", "was", "being", "monitored", "." ]

[ "def", "timeseries", "(", "self", ",", "data", ":", "[", "'SASdata'", ",", "str", "]", "=", "None", ",", "by", ":", "str", "=", "None", ",", "corr", ":", "str", "=", "None", ",", "crosscorr", ":", "str", "=", "None", ",", "crossvar", ":", "str", "=", "None", ",", "decomp", ":", "str", "=", "None", ",", "id", ":", "str", "=", "None", ",", "out", ":", "[", "str", ",", "'SASdata'", "]", "=", "None", ",", "season", ":", "str", "=", "None", ",", "trend", ":", "str", "=", "None", ",", "var", ":", "str", "=", "None", ",", "procopts", ":", "str", "=", "None", ",", "stmtpassthrough", ":", "str", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ":", "dict", ")", "->", "'SASresults'", ":" ]

[ "Python", "method", "to", "call", "the", "TIMESERIES", "procedure" ]

[ "def", "register", "(", "self", ",", "scope", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "self", ".", "_assert_not_frozen", "(", ")", "self", ".", "get_parser", "(", "scope", ")", ".", "register", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "deprecated_scope", "=", "self", ".", "known_scope_to_info", "[", "scope", "]", ".", "deprecated_scope", "if", "deprecated_scope", ":", "self", ".", "get_parser", "(", "deprecated_scope", ")", ".", "register", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Register", "an", "option", "in", "the", "given", "scope", "." ]

[ "def", "update_priority", "(", "self", ",", "tree_idx_list", ",", "priority_list", ")", ":", "for", "tree_idx", ",", "priority", ",", "segment_tree", "in", "zip", "(", "tree_idx_list", ",", "priority_list", ",", "self", ".", "segment_trees", ")", ":", "segment_tree", ".", "update", "(", "tree_idx", ",", "priority", ")" ]

[ "Update", "priorities", "of", "the", "elements", "in", "the", "tree" ]

[ "def", "iterative_stratification", "(", "node_label_matrix", ",", "training_set_size", ",", "number_of_categories", ",", "random_seed", "=", "0", ")", ":", "number_of_labelled_nodes", "=", "node_label_matrix", ".", "shape", "[", "0", "]", "testing_set_size", "=", "number_of_labelled_nodes", "-", "training_set_size", "training_set_proportion", "=", "training_set_size", "/", "number_of_labelled_nodes", "testing_set_proportion", "=", "testing_set_size", "/", "number_of_labelled_nodes", "# Calculate the desired number of examples of each label at each subset.", "desired_label_number", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "2", ",", "number_of_categories", ")", ",", "dtype", "=", "np", ".", "int64", ")", "node_label_matrix", "=", "node_label_matrix", ".", "tocsc", "(", ")", "for", "j", "in", "range", "(", "number_of_categories", ")", ":", "category_label_number", "=", "node_label_matrix", ".", "getcol", "(", "j", ")", ".", "indices", ".", "size", "desired_label_number", "[", "0", ",", "j", "]", "=", "math", ".", "ceil", "(", "category_label_number", "*", "training_set_proportion", ")", "desired_label_number", "[", "1", ",", "j", "]", "=", "category_label_number", "-", "desired_label_number", "[", "0", ",", "j", "]", "train_ids", "=", "list", "(", ")", "test_ids", "=", "list", "(", ")", "append_train_id", "=", "train_ids", ".", "append", "append_test_id", "=", "test_ids", ".", "append", "# Randomize process", "np", ".", "random", ".", "seed", "(", "random_seed", ")", "while", "True", ":", "if", "len", "(", "train_ids", ")", "+", "len", "(", "test_ids", ")", ">=", "number_of_labelled_nodes", ":", "break", "# Find the label with the fewest (but at least one) remaining examples, breaking the ties randomly", "remaining_label_distribution", "=", "desired_label_number", ".", "sum", "(", "axis", "=", "0", ")", "min_label", "=", "np", ".", "min", "(", "remaining_label_distribution", "[", "np", ".", "where", "(", "remaining_label_distribution", ">", "0", ")", "[", "0", "]", "]", ")", "label_indices", "=", "np", ".", "where", "(", "remaining_label_distribution", "==", "min_label", ")", "[", "0", "]", "chosen_label", "=", "int", "(", "np", ".", "random", ".", "choice", "(", "label_indices", ",", "1", ")", "[", "0", "]", ")", "# Find the subset with the largest number of desired examples for this label,", "# breaking ties by considering the largest number of desired examples, breaking further ties randomly.", "fold_max_remaining_labels", "=", "np", ".", "max", "(", "desired_label_number", "[", ":", ",", "chosen_label", "]", ")", "fold_indices", "=", "np", ".", "where", "(", "desired_label_number", "[", ":", ",", "chosen_label", "]", "==", "fold_max_remaining_labels", ")", "[", "0", "]", "chosen_fold", "=", "int", "(", "np", ".", "random", ".", "choice", "(", "fold_indices", ",", "1", ")", "[", "0", "]", ")", "# Choose a random example for the selected label.", "relevant_nodes", "=", "node_label_matrix", ".", "getcol", "(", "chosen_label", ")", ".", "indices", "chosen_node", "=", "int", "(", "np", ".", "random", ".", "choice", "(", "np", ".", "setdiff1d", "(", "relevant_nodes", ",", "np", ".", "union1d", "(", "np", ".", "array", "(", "train_ids", ")", ",", "np", ".", "array", "(", "test_ids", ")", ")", ")", ",", "1", ")", "[", "0", "]", ")", "if", "chosen_fold", "==", "0", ":", "append_train_id", "(", "chosen_node", ")", "desired_label_number", "[", "0", ",", "node_label_matrix", ".", "getrow", "(", "chosen_node", ")", ".", "indices", "]", "-=", "1", "elif", "chosen_fold", "==", "1", ":", "append_test_id", "(", "chosen_node", ")", "desired_label_number", "[", "1", ",", "node_label_matrix", ".", "getrow", "(", "chosen_node", ")", ".", "indices", "]", "-=", "1", "else", ":", "raise", "RuntimeError", "return", "np", ".", "array", "(", "train_ids", ")", ",", "np", ".", "array", "(", "test_ids", ")" ]

[ "Iterative", "data", "fold", "stratification", "/", "balancing", "for", "two", "folds", "." ]

[ "def", "_mass_from_knownmass_eta", "(", "known_mass", ",", "eta", ",", "known_is_secondary", "=", "False", ",", "force_real", "=", "True", ")", ":", "roots", "=", "numpy", ".", "roots", "(", "[", "eta", ",", "(", "2", "*", "eta", "-", "1", ")", "*", "known_mass", ",", "eta", "*", "known_mass", "**", "2.", "]", ")", "if", "force_real", ":", "roots", "=", "numpy", ".", "real", "(", "roots", ")", "if", "known_is_secondary", ":", "return", "roots", "[", "roots", ".", "argmax", "(", ")", "]", "else", ":", "return", "roots", "[", "roots", ".", "argmin", "(", ")", "]" ]

[ "r", "Returns", "the", "other", "component", "mass", "given", "one", "of", "the", "component", "masses", "and", "the", "symmetric", "mass", "ratio", "." ]