Q:

Верно ли технически использовать одну и ту же папку как локальный репозиторий и папку проекта?

Во многих интегрированных средах разработки нельзя обычным способом сделать одну и ту же папку локальным репозиторием (например, git-репозиторием) и проектной папкой (сейчас не важно, о каких именно проектах идёт речь - это может быть и сайт, и приложение на любом языке программирования). Но всё уже удобнее, когда и репозиторий, и проект в одной корневой папке, тем более что если вложить в папку репозитория проектную папку, то древо проекта, которое есть во многих IDE, может не дать доступа вовне корневого каталога проекта. Кроме того, readme-файл обычно кладётся в корень репозитория, а не проекта (если не совпадают), а его тоже хотелось бы реадктировать в среде.

A:

создать файл/каталоги внутри git-хранилища (иначе — git-репозитория), т.е. в каталоге с именем (по умолчанию) .git, конечно можно:
$ touch .git/file

но вот контроль версий этого файла программа git (по умолчанию) вам сделать не даст:
$ git add .git/file
error: Invalid path '.git/file'
error: unable to add .git/file to index
fatal: adding files failed

потому лучше храните файлы рабочего каталога (working directory) отдельно: по умолчанию — в том же каталоге, где находится и каталог с хранилищем.

