Q:

Comment « ne » et « que » se sont-ils combinés pour signifier « seulement » ?

Ne … que (valeur exceptive ou restrictive) [=] Ne ... rien d'autre que, seulement.

Voyez la question intitulée SVP.    
Ici, que signifient ne et que ?     
Étymologiquement, qu'explique le positionnement variable de que dans « ne… que » ?

A:

En tant que francophone mal lettré, je n'y vois qu'une évolution logique liée aux tournures : ne ... pas, ne ... point, ne ... plus, ne ... jamais, ne ... que :

ne = interdire ... (l'action)

pas (au présent, dans l'instant),
point (= pas, soutenu),
plus (jamais dans l'avenir),
jamais (absolu),
que (dans telle limite).

Le que passe les interdictions ‘absolues’ des quatre premiers à une limitation de l'action ; on passe d'un tout à une subdivision de ce tout désignée par ce que.
C'est le que « Qui désigne une personne ou une chose ».
Pour reprendre l'exemple cité :

« Ce ne sont que des mots » →  « Ils sont seulement des mots » → « Ils sont dans la limite des mots ».

 Références extraites du petit Robert 

