Q:

Programa incluye extension en nombre al mover archivos

Tengo un programa en Java donde al copiar un grupo de archivos, a la hora de copiarlos, los copio de la siguiente manera, este es el codigo del método donde los copia:
public static void copyFiles(String src, String dst)
{
    int x = 0;
    eFilex = new File(src);
    listOfFiles = eFilex.listFiles();
    for (int i = 0; i < listOfFiles.length; i++)
        {
            if (listOfFiles[i].isFile()) 
            {
                fileName = listOfFiles[i].getName();//Aqui es donde obtiene el nombre
                if (fileName.endsWith(".pdf") || fileName.endsWith(".PDF"))//Evalua que sea tipo PDF
                {
                    try {
                            srcPth = Paths.get(src, fileName); 
                            eNumber = getNumber(fileName);
                            fDirectory = NewFolderNumber(dst, eNumber);
                            dstPth = Paths.get(fDirectory, fileName);
                            eFilex = new File(fDirectory, fileName);
                            if(!eFilex.exists())
                            {
                                try
                                {
                                    Files.copy(srcPth, dstPth, StandardCopyOption.COPY_ATTRIBUTES);
                                    System.out.println("Archivo organizado");
                                    x++;
                                }
                                catch (Exception e) 
                                {
                                   System.out.println(e.getMessage());
                                }
                            }
                            else
                            {
                                System.out.println("Ya existe el archivo..");
                            }
                        } 
                        catch (Exception e) 
                        {
                            System.out.println(e.getMessage());
                        }
                }
            }
        }
    System.out.println("Archivos copiados: " + x);
}

En las variables que recibe el método solo van dos direcciones que tengo en un propertie.
El problema es que a la hora de que los copia en la nueva carpeta, pone el nombre con la extension, de llamarse "S00A-205420-0000", ahora se llama "S00A-205420-0000.pdf"
¿Que es lo que causa eso?

A:

Tu código lo que realiza es buscar los archivos cuyo nombre tenga al terminar ".pdf":
 if (fileName.endsWith(".pdf") || fileName.endsWith(".PDF"))//Evalua que sea tipo PDF

en base a esto estas copiando los archivos con extensión .pdf!
por cierto puedes simplificar lo anterior con:
if (fileName.toLowerCase().endsWith(".pdf"))//Evalua que sea tipo PDF

Deseas  detectar los archivos que terminen con .pdf y copiarlos sin extensión?
puedes usar este método para eliminar la extensión de los nombres:
 static String eliminaExtension (String str) {
        if (str == null) return null;
        int pos = str.lastIndexOf(".");
        if (pos == -1) return str;
        return str.substring(0, pos);
    }

por ejemplo, el método anteriormente mencionado lo usarias en la línea:
Files.copy(srcPth, eliminaExtension(dstPth), StandardCopyOption.COPY_ATTRIBUTES);

