Q:

Дублируются куки с сервера и клиента

При создании куки с сервера и клиента, они, если посмотреть в отладчике, сохраняются для разных доменов. Разница в них лишь в точке перед именем, например site.ru и .site.ru. 
Соответственно работа с ними осложняется, так как по имени их изменить корректно не получается. Если точнее, не получается это сделать с созданными куки на сервере. Сервер при наличии куки созданной через javascript меняет её корректно, но если сначала создать на сервере, то домен пишется с точной, и javascript создает куки заново с тем же именем 

PHP:
setcookie("ustp", $ustp, time()+(3600*200),'/',$_SERVER['HTTP_HOST']);

JavaScript:
$.cookie('ustp', ustp, { expires: 5, path: '/'});

Как решить эту проблему? Как "синхронизировать" создание и изменение куки?

A:

Спасибо за подсказку Ruslan Melnichenko. Для моей задачи решение оказалось следующим:
$.cookie('ustp', ustp, { expires:5, path:'/', domain:window.location.href.split('/')[2]});

