お世話になります。  
現在私は独自ドメインをレンタルサーバーに設定して、一部のサブドメインをVPSに設定して利用しています。  
今回レンタルサーバーの移行を行おうと思っているのですが、少し困っていることがあります。  
VPSではcertbotでDNS認証を用いて、証明書の自動更新を行っていますが、APIで「_acme-
challenge」というレコードを追加する必要があります。  
現在利用しているレンタルサーバー付属のDNSはAPIで操作することができるのですが、移行先のレンタルサーバー付属のDNSはAPIでの操作はできないようです。  
現在利用中のサーバーでAレコード等を移行先サーバーに向ければよいかと思っていたのですが、移行先サーバーのマニュアルを見ると、Let'sEncryptの無料証明書を設定する場合は、ネームサーバーを変更しないといけないようです。  
ちなみに、Aレコードを移行先サーバーに向けた状態で、SSL設定をだめもとで試してみましたが、「ネームサーバーが当サービス指定のネームサーバーになっていません。」というエラーが出て、やはり設定できませんでした。  
また、移行元のレンタルサーバーと移行先のレンタルサーバー両方のネームサーバーを指定するという方法も考え、利用していないドメインで試してみましたが、うまくいきませんでした。  
それから、VPS上のcertbotでは、ワイルドカード証明書を発行しているため、httpでの認証は行えません。  
また、「_acme.challenge」レコードを手動で追加するのは、証明書を自動更新させたいため、難しいです。  
情報不足とは思いますが、ほかに方法はありますでしょうか。  
よろしくお願いいたします。
CC BY-SA 4.0
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question
dns
複数サーバーでの運用に関して
サーバのサービスとは関係ないサービスを使ってDNSを運用するのが結果的には早道だと思います。例えばCloudFlareのDNSサービスは無料でAPIも使えます。

今の環境のまま解決する方法もあるのかもしれませんが、質問の内容からは現在の環境も状況もよくわからないので、その方向で解決するのは難しいです。
CC BY-SA 4.0
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answer