ディレクトリ内のjpg画像ファイルをSURFを用いて、特徴量を抽出し、すべてのSURFをk-means法でグループ化して基本特徴量(visual
word)を求め、これを使って画像の局所特徴量リストをbag-of-wordsリストにするプログラムがあります。  
試しに、90枚ほどの画像でやるとうまくグループわけができましたが、いざ1900枚ほどの画像でやってみると、以下のエラーメッセージが出てきました。

```

    Traceback (most recent call last):
      File "sample.py", line 27, in <module>
        c = km.predict(d)
      File "C:\Anaconda3\lib\site-packages\sklearn\cluster\k_means_.py", line 1460, in predict
    X = self._check_test_data(X)
      File "C:\Anaconda3\lib\site-packages\sklearn\cluster\k_means_.py", line 794, in _check_test_data warn_on_dtype=True)
      File "C:\Anaconda3\lib\site-packages\sklearn\utils\validation.py", line 407, in check_array context))
    ValueError: Found array with 0 sample(s) (shape=(0, 64)) while a minimum of 1 is required.
    
```

どうすれば正しく実行できますでしょうか？  
以下、コードです。

```

    import mahotas as mh
    import numpy as np
    from glob import glob
    from mahotas.features import surf
    from sklearn.cluster import MiniBatchKMeans
    from sklearn.feature_extraction.text import TfidfTransformer
    
    picture_category_num = 5
    feature_category_num = 128
    
    # image surf
    images = glob('./*.jpg')
    alldescriptors = []
    for im in images:
      im = mh.imread(im, as_grey=True)
      im = im.astype(np.uint8)
      alldescriptors.append(surf.surf(im, descriptor_only=True))
    
    # image surf -> basic feature
    concatenated = np.concatenate(alldescriptors)
    km = MiniBatchKMeans(feature_category_num)
    km.fit(concatenated)
    
    # image surf and basic feature -> features
    features = []
    for d in alldescriptors:
      c = km.predict(d)
      features.append(np.array([np.sum(c == ci) for ci in range(feature_category_num)]))
    features = np.array(features)
    
    # features -> tfidf
    transformer = TfidfTransformer()
    tfidf = transformer.fit_transform(features)
    tfidf.toarray() 
    # not use tfidf
    # tfidf = features
    
    # categorization
    km = MiniBatchKMeans(n_clusters=picture_category_num, init='random', n_init=1, verbose=1)
    km.fit(tfidf)
    
    # print result
    images = np.array(images)
    print('completed')
    f = open("result.txt","w")
    for i in range(picture_category_num):
      print('image category{0}'.format(i), file=f)
      print(images[km.labels_ == i], file=f)
    else:
      f.close()
    
```
CC BY-SA 3.0
2016-06-23T13:30:15.300
27009
2019-09-26T16:01:45.207
16932
question
python opencv scikit-learn
scikit-learn/k-meansを使った画像のクラスタリングでのエラー
エラーメッセージを見ますと、その1900枚の画像の中に SURF で特徴量を抽出できない画像が含まれているのではないかと思います。例えば、

```

    if d.size > 0:
        c = km.predict(d)
    
```

とするか、特徴量 0 の画像は `alldescriptors` に `append` しない様にしてみてはいかがでしょうか。

\-- この投稿は、[metropolis](https://ja.stackoverflow.com/users/16894/metropolis)
さんの[コメント](https://ja.stackoverflow.com/questions/27009/scikit-learn-k-
means%E3%82%92%E4%BD%BF%E3%81%A3%E3%81%9F%E7%94%BB%E5%83%8F%E3%81%AE%E3%82%AF%E3%83%A9%E3%82%B9%E3%82%BF%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%B0%E3%81%A7%E3%81%AE%E3%82%A8%E3%83%A9%E3%83%BC#comment25761_27009)をコミュニティ
wiki として投稿したものです。
CC BY-SA 4.0
2018-12-06T06:31:49.107
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2018-12-06T06:31:49.107
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answer