IEの「イントラネット サイトを互換表示で表示する」について教えてください。

今回作成したアプリをIE11で開こうとすると、「イントラネット
サイトを互換表示で表示する」の設定のせいだと思われるのですが、IE7のモードで表示されてレイアウトが乱れてしまいます。  
よって試しに「イントラネット サイトを互換表示で表示する」のチェックを外してみると、期待しているレイアウトになりました。

そこで X-UA-Compatible
を指定したところ、F12開発者ツールでモードが変更されたことは確認しました。しかしながらレイアウトが乱れたままでした。  
コンソールを見ると 、[イントラネット サイトを互換表示で表示する] がオンであるため、互換表示で実行中です、というログが出ています。

X-UA-Compatible
を指定することで互換表示の解除ができると思っていたのですが（実際にモードは変更されています）、この現象の意味が理解できないです。

何か単純な勘違いをしていそうですが、お分かりの方お教えください。
CC BY-SA 4.0
2019-12-23T02:29:41.297
61689
2019-12-23T02:29:41.297
35423
question
javascript html css internet-explorer
IEの「イントラネット サイトを互換表示で表示する」について