お世話になっております。状況としては以下のようになっております。  
Unityのエディタ上でビルドする再に自動で行われるAndroidManifest.xmlのマージを  
BuildPipeline.BuildPlayer()使用時でも指定できる方法はあるのでしょうか？

1.ビルドするプラットフォームはAndroid  
2.Plugins/Android以下に複数のプラグインが存在し、  
各々にAndroidManifest.xmlが存在する。  
3.Unityのエディタ上でビルドすると、AndroidManifest.xmlが自動的にマージされ、  
実記で実行すると、プラグインが正常に動作する。  
4.Jenkinsなどの自動ビルド環境でBuildPipeline.BuildPlayer()を使用してビルドを行うと、  
プラグイン実行時にNotFoundJavaClassとエラーが出てしまう。

※どうやらバッチコマンド経由のビルドだと、「UnityEditor.Android.AndroidSDKTools:MergeManifests」という命令が  
呼び出されていないようです  
意図的に呼び出しできる方法はあるのでしょうか？
CC BY-SA 3.0
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question
android unity3d
Unityのビルドで複数のAndroidManifest.xmlをマージさせる方法について