Datasets:

semeru

/

code-text-python

like 6

Follow

Semeru Lab 7

[ "def", "get_reference", "(", "root", ")", ":", "reference", "=", "{", "}", "elem", "=", "root", ".", "find", "(", "'bibliographyLink'", ")", "if", "elem", "is", "None", ":", "raise", "MissingElementError", "(", "'bibliographyLink'", ")", "# Try to get reference info via DOI, fall back on preferredKey if necessary.", "ref_doi", "=", "elem", ".", "get", "(", "'doi'", ",", "None", ")", "ref_key", "=", "elem", ".", "get", "(", "'preferredKey'", ",", "None", ")", "if", "ref_doi", "is", "not", "None", ":", "try", ":", "ref", "=", "crossref_api", ".", "works", "(", "ids", "=", "ref_doi", ")", "[", "'message'", "]", "except", "(", "HTTPError", ",", "habanero", ".", "RequestError", ",", "ConnectionError", ")", ":", "if", "ref_key", "is", "None", ":", "raise", "KeywordError", "(", "'DOI not found and preferredKey attribute not set'", ")", "else", ":", "warn", "(", "'Missing doi attribute in bibliographyLink or lookup failed. '", "'Setting \"detail\" key as a fallback; please update to the appropriate fields.'", ")", "reference", "[", "'detail'", "]", "=", "ref_key", "if", "reference", "[", "'detail'", "]", "[", "-", "1", "]", "!=", "'.'", ":", "reference", "[", "'detail'", "]", "+=", "'.'", "else", ":", "if", "ref_key", "is", "not", "None", ":", "warn", "(", "'Using DOI to obtain reference information, rather than preferredKey.'", ")", "reference", "[", "'doi'", "]", "=", "elem", ".", "attrib", "[", "'doi'", "]", "# Now get elements of the reference data", "# Assume that the reference returned by the DOI lookup always has a container-title", "reference", "[", "'journal'", "]", "=", "ref", ".", "get", "(", "'container-title'", ")", "[", "0", "]", "ref_year", "=", "ref", ".", "get", "(", "'published-print'", ")", "or", "ref", ".", "get", "(", "'published-online'", ")", "reference", "[", "'year'", "]", "=", "int", "(", "ref_year", "[", "'date-parts'", "]", "[", "0", "]", "[", "0", "]", ")", "reference", "[", "'volume'", "]", "=", "int", "(", "ref", ".", "get", "(", "'volume'", ")", ")", "reference", "[", "'pages'", "]", "=", "ref", ".", "get", "(", "'page'", ")", "reference", "[", "'authors'", "]", "=", "[", "]", "for", "author", "in", "ref", "[", "'author'", "]", ":", "auth", "=", "{", "}", "auth", "[", "'name'", "]", "=", "' '", ".", "join", "(", "[", "author", "[", "'given'", "]", ",", "author", "[", "'family'", "]", "]", ")", "# Add ORCID if available", "orcid", "=", "author", ".", "get", "(", "'ORCID'", ")", "if", "orcid", ":", "auth", "[", "'ORCID'", "]", "=", "orcid", ".", "lstrip", "(", "'http://orcid.org/'", ")", "reference", "[", "'authors'", "]", ".", "append", "(", "auth", ")", "elif", "ref_key", "is", "not", "None", ":", "warn", "(", "'Missing doi attribute in bibliographyLink. '", "'Setting \"detail\" key as a fallback; please update to the appropriate fields.'", ")", "reference", "[", "'detail'", "]", "=", "ref_key", "if", "reference", "[", "'detail'", "]", "[", "-", "1", "]", "!=", "'.'", ":", "reference", "[", "'detail'", "]", "+=", "'.'", "else", ":", "# Need one of DOI or preferredKey", "raise", "MissingAttributeError", "(", "'preferredKey'", ",", "'bibliographyLink'", ")", "return", "reference" ]

[ "Read", "reference", "info", "from", "root", "of", "ReSpecTh", "XML", "file", "." ]

[ "def", "get_ignition_type", "(", "root", ")", ":", "properties", "=", "{", "}", "elem", "=", "root", ".", "find", "(", "'ignitionType'", ")", "if", "elem", "is", "None", ":", "raise", "MissingElementError", "(", "'ignitionType'", ")", "elem", "=", "elem", ".", "attrib", "if", "'target'", "in", "elem", ":", "ign_target", "=", "elem", "[", "'target'", "]", ".", "rstrip", "(", "';'", ")", ".", "upper", "(", ")", "else", ":", "raise", "MissingAttributeError", "(", "'target'", ",", "'ignitionType'", ")", "if", "'type'", "in", "elem", ":", "ign_type", "=", "elem", "[", "'type'", "]", "if", "ign_type", "==", "'baseline max intercept from d/dt'", ":", "ign_type", "=", "'d/dt max extrapolated'", "else", ":", "raise", "MissingAttributeError", "(", "'type'", ",", "'ignitionType'", ")", "# ReSpecTh allows multiple ignition targets", "if", "len", "(", "ign_target", ".", "split", "(", "';'", ")", ")", ">", "1", ":", "raise", "NotImplementedError", "(", "'Multiple ignition targets not supported.'", ")", "# Acceptable ignition targets include pressure, temperature, and species", "# concentrations", "if", "ign_target", "==", "'OHEX'", ":", "ign_target", "=", "'OH*'", "elif", "ign_target", "==", "'CHEX'", ":", "ign_target", "=", "'CH*'", "elif", "ign_target", "==", "'P'", ":", "ign_target", "=", "'pressure'", "elif", "ign_target", "==", "'T'", ":", "ign_target", "=", "'temperature'", "if", "ign_target", "not", "in", "[", "'pressure'", ",", "'temperature'", ",", "'OH'", ",", "'OH*'", ",", "'CH*'", ",", "'CH'", "]", ":", "raise", "KeywordError", "(", "ign_target", "+", "' not valid ignition target'", ")", "if", "ign_type", "not", "in", "[", "'max'", ",", "'d/dt max'", ",", "'1/2 max'", ",", "'min'", ",", "'d/dt max extrapolated'", "]", ":", "raise", "KeywordError", "(", "ign_type", "+", "' not valid ignition type'", ")", "properties", "[", "'type'", "]", "=", "ign_type", "properties", "[", "'target'", "]", "=", "ign_target", "return", "properties" ]

[ "Gets", "ignition", "type", "and", "target", "." ]

[ "def", "ReSpecTh_to_ChemKED", "(", "filename_xml", ",", "file_author", "=", "''", ",", "file_author_orcid", "=", "''", ",", "*", ",", "validate", "=", "False", ")", ":", "# get all information from XML file", "tree", "=", "etree", ".", "parse", "(", "filename_xml", ")", "root", "=", "tree", ".", "getroot", "(", ")", "# get file metadata", "properties", "=", "get_file_metadata", "(", "root", ")", "# get reference info", "properties", "[", "'reference'", "]", "=", "get_reference", "(", "root", ")", "# Save name of original data filename", "properties", "[", "'reference'", "]", "[", "'detail'", "]", "=", "(", "properties", "[", "'reference'", "]", ".", "get", "(", "'detail'", ",", "''", ")", "+", "'Converted from ReSpecTh XML file '", "+", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "filename_xml", ")", ")", "# Ensure ignition delay, and get which kind of experiment", "properties", ".", "update", "(", "get_experiment_kind", "(", "root", ")", ")", "# Get properties shared across the file", "properties", "[", "'common-properties'", "]", "=", "get_common_properties", "(", "root", ")", "# Determine definition of ignition delay", "properties", "[", "'common-properties'", "]", "[", "'ignition-type'", "]", "=", "get_ignition_type", "(", "root", ")", "# Now parse ignition delay datapoints", "properties", "[", "'datapoints'", "]", "=", "get_datapoints", "(", "root", ")", "# Ensure inclusion of pressure rise or volume history matches apparatus.", "has_pres_rise", "=", "(", "'pressure-rise'", "in", "properties", "[", "'common-properties'", "]", "or", "any", "(", "[", "True", "for", "dp", "in", "properties", "[", "'datapoints'", "]", "if", "'pressure-rise'", "in", "dp", "]", ")", ")", "if", "has_pres_rise", "and", "properties", "[", "'apparatus'", "]", "[", "'kind'", "]", "==", "'rapid compression machine'", ":", "raise", "KeywordError", "(", "'Pressure rise cannot be defined for RCM.'", ")", "has_vol_hist", "=", "any", "(", "[", "t", ".", "get", "(", "'type'", ")", "==", "'volume'", "for", "dp", "in", "properties", "[", "'datapoints'", "]", "for", "t", "in", "dp", ".", "get", "(", "'time-histories'", ",", "[", "{", "}", "]", ")", "]", ")", "if", "has_vol_hist", "and", "properties", "[", "'apparatus'", "]", "[", "'kind'", "]", "==", "'shock tube'", ":", "raise", "KeywordError", "(", "'Volume history cannot be defined for shock tube.'", ")", "# add any additional file authors", "if", "file_author_orcid", "and", "not", "file_author", ":", "raise", "KeywordError", "(", "'If file_author_orcid is specified, file_author must be as well'", ")", "if", "file_author", ":", "temp_author", "=", "{", "'name'", ":", "file_author", "}", "if", "file_author_orcid", ":", "temp_author", "[", "'ORCID'", "]", "=", "file_author_orcid", "properties", "[", "'file-authors'", "]", ".", "append", "(", "temp_author", ")", "# Now go through datapoints and apply common properties", "for", "idx", "in", "range", "(", "len", "(", "properties", "[", "'datapoints'", "]", ")", ")", ":", "for", "prop", "in", "properties", "[", "'common-properties'", "]", ":", "properties", "[", "'datapoints'", "]", "[", "idx", "]", "[", "prop", "]", "=", "properties", "[", "'common-properties'", "]", "[", "prop", "]", "if", "validate", ":", "chemked", ".", "ChemKED", "(", "dict_input", "=", "properties", ")", "return", "properties" ]

[ "Convert", "ReSpecTh", "XML", "file", "to", "ChemKED", "-", "compliant", "dictionary", "." ]

[ "def", "respth2ck", "(", "argv", "=", "None", ")", ":", "parser", "=", "ArgumentParser", "(", "description", "=", "'Convert a ReSpecTh XML file to a ChemKED YAML file.'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-i'", ",", "'--input'", ",", "type", "=", "str", ",", "required", "=", "True", ",", "help", "=", "'Input filename (e.g., \"file1.yaml\")'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-o'", ",", "'--output'", ",", "type", "=", "str", ",", "required", "=", "False", ",", "default", "=", "''", ",", "help", "=", "'Output filename (e.g., \"file1.xml\")'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-fa'", ",", "'--file-author'", ",", "dest", "=", "'file_author'", ",", "type", "=", "str", ",", "required", "=", "False", ",", "default", "=", "''", ",", "help", "=", "'File author name to override original'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-fo'", ",", "'--file-author-orcid'", ",", "dest", "=", "'file_author_orcid'", ",", "type", "=", "str", ",", "required", "=", "False", ",", "default", "=", "''", ",", "help", "=", "'File author ORCID'", ")", "args", "=", "parser", ".", "parse_args", "(", "argv", ")", "filename_ck", "=", "args", ".", "output", "filename_xml", "=", "args", ".", "input", "properties", "=", "ReSpecTh_to_ChemKED", "(", "filename_xml", ",", "args", ".", "file_author", ",", "args", ".", "file_author_orcid", ",", "validate", "=", "True", ")", "# set output filename and path", "if", "not", "filename_ck", ":", "filename_ck", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "filename_xml", ")", ",", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "filename_xml", ")", ")", "[", "0", "]", "+", "'.yaml'", ")", "with", "open", "(", "filename_ck", ",", "'w'", ")", "as", "outfile", ":", "yaml", ".", "dump", "(", "properties", ",", "outfile", ",", "default_flow_style", "=", "False", ")", "print", "(", "'Converted to '", "+", "filename_ck", ")" ]

[ "Command", "-", "line", "entry", "point", "for", "converting", "a", "ReSpecTh", "XML", "file", "to", "a", "ChemKED", "YAML", "file", "." ]

[ "def", "ck2respth", "(", "argv", "=", "None", ")", ":", "parser", "=", "ArgumentParser", "(", "description", "=", "'Convert a ChemKED YAML file to a ReSpecTh XML file.'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-i'", ",", "'--input'", ",", "type", "=", "str", ",", "required", "=", "True", ",", "help", "=", "'Input filename (e.g., \"file1.xml\")'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-o'", ",", "'--output'", ",", "type", "=", "str", ",", "required", "=", "False", ",", "default", "=", "''", ",", "help", "=", "'Output filename (e.g., \"file1.yaml\")'", ")", "args", "=", "parser", ".", "parse_args", "(", "argv", ")", "c", "=", "chemked", ".", "ChemKED", "(", "yaml_file", "=", "args", ".", "input", ")", "c", ".", "convert_to_ReSpecTh", "(", "args", ".", "output", ")" ]

[ "Command", "-", "line", "entry", "point", "for", "converting", "a", "ChemKED", "YAML", "file", "to", "a", "ReSpecTh", "XML", "file", "." ]

[ "def", "main", "(", "argv", "=", "None", ")", ":", "parser", "=", "ArgumentParser", "(", "description", "=", "'Convert between ReSpecTh XML file and ChemKED YAML file '", "'automatically based on file extension.'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-i'", ",", "'--input'", ",", "type", "=", "str", ",", "required", "=", "True", ",", "help", "=", "'Input filename (e.g., \"file1.yaml\" or \"file2.xml\")'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-o'", ",", "'--output'", ",", "type", "=", "str", ",", "required", "=", "False", ",", "default", "=", "''", ",", "help", "=", "'Output filename (e.g., \"file1.xml\" or \"file2.yaml\")'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-fa'", ",", "'--file-author'", ",", "dest", "=", "'file_author'", ",", "type", "=", "str", ",", "required", "=", "False", ",", "default", "=", "''", ",", "help", "=", "'File author name to override original'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-fo'", ",", "'--file-author-orcid'", ",", "dest", "=", "'file_author_orcid'", ",", "type", "=", "str", ",", "required", "=", "False", ",", "default", "=", "''", ",", "help", "=", "'File author ORCID'", ")", "args", "=", "parser", ".", "parse_args", "(", "argv", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "args", ".", "input", ")", "[", "1", "]", "==", "'.xml'", "and", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "args", ".", "output", ")", "[", "1", "]", "==", "'.yaml'", ":", "respth2ck", "(", "[", "'-i'", ",", "args", ".", "input", ",", "'-o'", ",", "args", ".", "output", ",", "'-fa'", ",", "args", ".", "file_author", ",", "'-fo'", ",", "args", ".", "file_author_orcid", "]", ")", "elif", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "args", ".", "input", ")", "[", "1", "]", "==", "'.yaml'", "and", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "args", ".", "output", ")", "[", "1", "]", "==", "'.xml'", ":", "c", "=", "chemked", ".", "ChemKED", "(", "yaml_file", "=", "args", ".", "input", ")", "c", ".", "convert_to_ReSpecTh", "(", "args", ".", "output", ")", "elif", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "args", ".", "input", ")", "[", "1", "]", "==", "'.xml'", "and", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "args", ".", "output", ")", "[", "1", "]", "==", "'.xml'", ":", "raise", "KeywordError", "(", "'Cannot convert .xml to .xml'", ")", "elif", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "args", ".", "input", ")", "[", "1", "]", "==", "'.yaml'", "and", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "args", ".", "output", ")", "[", "1", "]", "==", "'.yaml'", ":", "raise", "KeywordError", "(", "'Cannot convert .yaml to .yaml'", ")", "else", ":", "raise", "KeywordError", "(", "'Input/output args need to be .xml/.yaml'", ")" ]

[ "General", "function", "for", "converting", "between", "ReSpecTh", "and", "ChemKED", "files", "based", "on", "extension", "." ]

[ "def", "process_exception", "(", "self", ",", "request", ",", "exception", ")", ":", "if", "request", ".", "user", "and", "hasattr", "(", "request", ".", "user", ",", "'email'", ")", ":", "request", ".", "META", "[", "'USER'", "]", "=", "request", ".", "user", ".", "email" ]

[ "Add", "user", "details", "." ]

[ "def", "process_response", "(", "self", ",", "request", ",", "response", ")", ":", "if", "response", ".", "status_code", "==", "404", "and", "not", "settings", ".", "DEBUG", ":", "domain", "=", "request", ".", "get_host", "(", ")", "path", "=", "request", ".", "get_full_path", "(", ")", "referer", "=", "force_text", "(", "request", ".", "META", ".", "get", "(", "'HTTP_REFERER'", ",", "''", ")", ",", "errors", "=", "'replace'", ")", "if", "not", "self", ".", "is_ignorable_request", "(", "request", ",", "path", ",", "domain", ",", "referer", ")", ":", "ua", "=", "request", ".", "META", ".", "get", "(", "'HTTP_USER_AGENT'", ",", "'<none>'", ")", "ip", "=", "request", ".", "META", ".", "get", "(", "'REMOTE_ADDR'", ",", "'<none>'", ")", "user", "=", "None", "if", "request", ".", "user", "and", "hasattr", "(", "request", ".", "user", ",", "'email'", ")", ":", "user", "=", "request", ".", "user", ".", "email", "content", "=", "(", "\"Referrer: %s\\n\"", "\"Requested URL: %s\\n\"", "\"User agent: %s\\n\"", "\"IP address: %s\\n\"", "\"User: %s\\n\"", ")", "%", "(", "referer", ",", "path", ",", "ua", ",", "ip", ",", "user", ")", "if", "self", ".", "is_internal_request", "(", "domain", ",", "referer", ")", ":", "internal", "=", "'INTERNAL '", "else", ":", "internal", "=", "''", "mail_managers", "(", "\"Broken %slink on %s\"", "%", "(", "internal", ",", "domain", ")", ",", "content", ",", "fail_silently", "=", "True", ")", "return", "response" ]

[ "Send", "broken", "link", "emails", "for", "relevant", "404", "NOT", "FOUND", "responses", "." ]

[ "def", "is_internal_request", "(", "self", ",", "domain", ",", "referer", ")", ":", "# Different subdomains are treated as different domains.", "return", "bool", "(", "re", ".", "match", "(", "\"^https?://%s/\"", "%", "re", ".", "escape", "(", "domain", ")", ",", "referer", ")", ")" ]

[ "Returns", "True", "if", "referring", "URL", "is", "the", "same", "domain", "as", "current", "request", "." ]

[ "def", "parse", "(", "self", ",", "representation", ")", ":", "elements", "=", "extract_tokens", "(", "representation", ")", "try", ":", "scales", "=", "[", "DurationRepresentation", "(", "float", "(", "p", "[", "0", "]", ")", ",", "Scale", "(", "p", "[", "1", "]", ")", ")", "for", "p", "in", "elements", "]", "except", "ValueError", ":", "raise", "ScaleFormatError", "(", "\"Malformed duration representation: {0}\"", ".", "format", "(", "representation", ")", ")", "return", "scales" ]

[ "Parses", "a", "duration", "string", "representation" ]

[ "def", "get_or_create_from_ip", "(", "ip", ")", ":", "data", "=", "ip_api_handler", ".", "get", "(", "ip", ")", "if", "data", "and", "any", "(", "v", "for", "v", "in", "data", ".", "values", "(", ")", ")", ":", "if", "data", ".", "get", "(", "'ip_address'", ",", "None", ")", "is", "None", "or", "not", "data", "[", "'ip_address'", "]", ":", "data", "[", "'ip_address'", "]", "=", "ip", "return", "IPInfo", ".", "objects", ".", "get_or_create", "(", "*", "*", "data", ")", "return", "None", ",", "False" ]

[ "Get", "or", "create", "an", "entry", "using", "obtained", "information", "from", "an", "IP", "." ]

[ "def", "update_ip_info", "(", "self", ",", "since_days", "=", "10", ",", "save", "=", "False", ",", "force", "=", "False", ")", ":", "# If ip already checked", "try", ":", "last_check", "=", "IPInfoCheck", ".", "objects", ".", "get", "(", "ip_address", "=", "self", ".", "client_ip_address", ")", "# If checked less than since_days ago, don't check again", "since_last", "=", "datetime", ".", "date", ".", "today", "(", ")", "-", "last_check", ".", "date", "if", "since_last", "<=", "datetime", ".", "timedelta", "(", "days", "=", "since_days", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "ip_info", "or", "(", "self", ".", "ip_info", "!=", "last_check", ".", "ip_info", "and", "force", ")", ":", "self", ".", "ip_info", "=", "last_check", ".", "ip_info", "self", ".", "save", "(", ")", "return", "True", "elif", "save", ":", "self", ".", "save", "(", ")", "return", "False", "# Get or create ip_info object", "ip_info", ",", "created", "=", "IPInfo", ".", "get_or_create_from_ip", "(", "self", ".", "client_ip_address", ")", "# Update check time", "last_check", ".", "date", "=", "datetime", ".", "date", ".", "today", "(", ")", "last_check", ".", "save", "(", ")", "# Maybe data changed", "if", "created", ":", "last_check", ".", "ip_info", "=", "ip_info", "self", ".", "ip_info", "=", "ip_info", "self", ".", "save", "(", ")", "return", "True", "elif", "save", ":", "self", ".", "save", "(", ")", "return", "False", "except", "IPInfoCheck", ".", "DoesNotExist", ":", "# Else if ip never checked, check it and set ip_info", "self", ".", "ip_info", "=", "IPInfoCheck", ".", "check_ip", "(", "self", ".", "client_ip_address", ")", "self", ".", "save", "(", ")", "return", "True" ]

[ "Update", "the", "IP", "info", "." ]

[ "def", "start_daemon", "(", ")", ":", "if", "RequestLog", ".", "daemon", "is", "None", ":", "parser", "=", "get_nginx_parser", "(", ")", "RequestLog", ".", "daemon", "=", "RequestLog", ".", "ParseToDBThread", "(", "parser", ",", "daemon", "=", "True", ")", "RequestLog", ".", "daemon", ".", "start", "(", ")", "return", "RequestLog", ".", "daemon" ]

[ "Start", "a", "thread", "to", "continuously", "read", "log", "files", "and", "append", "lines", "in", "DB", "." ]

[ "def", "from_respecth", "(", "cls", ",", "filename_xml", ",", "file_author", "=", "''", ",", "file_author_orcid", "=", "''", ")", ":", "properties", "=", "ReSpecTh_to_ChemKED", "(", "filename_xml", ",", "file_author", ",", "file_author_orcid", ",", "validate", "=", "False", ")", "return", "cls", "(", "dict_input", "=", "properties", ")" ]

[ "Construct", "a", "ChemKED", "instance", "directly", "from", "a", "ReSpecTh", "file", "." ]

[ "def", "validate_yaml", "(", "self", ",", "properties", ")", ":", "validator", "=", "OurValidator", "(", "schema", ")", "if", "not", "validator", ".", "validate", "(", "properties", ")", ":", "for", "key", ",", "value", "in", "validator", ".", "errors", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "any", "(", "[", "'unallowed value'", "in", "v", "for", "v", "in", "value", "]", ")", ":", "print", "(", "(", "'{key} has an illegal value. Allowed values are {values} and are case '", "'sensitive.'", ")", ".", "format", "(", "key", "=", "key", ",", "values", "=", "schema", "[", "key", "]", "[", "'allowed'", "]", ")", ")", "raise", "ValueError", "(", "validator", ".", "errors", ")" ]

[ "Validate", "the", "parsed", "YAML", "file", "for", "adherance", "to", "the", "ChemKED", "format", "." ]

[ "def", "write_file", "(", "self", ",", "filename", ",", "*", ",", "overwrite", "=", "False", ")", ":", "# Ensure file isn't already present", "if", "exists", "(", "filename", ")", "and", "not", "overwrite", ":", "raise", "OSError", "(", "filename", "+", "' already present. Specify \"overwrite=True\" '", "'to overwrite, or rename.'", ")", "with", "open", "(", "filename", ",", "'w'", ")", "as", "yaml_file", ":", "yaml", ".", "dump", "(", "self", ".", "_properties", ",", "yaml_file", ")" ]

[ "Write", "new", "ChemKED", "YAML", "file", "based", "on", "object", "." ]

[ "def", "process_quantity", "(", "self", ",", "properties", ")", ":", "quant", "=", "Q_", "(", "properties", "[", "0", "]", ")", "if", "len", "(", "properties", ")", ">", "1", ":", "unc", "=", "properties", "[", "1", "]", "uncertainty", "=", "unc", ".", "get", "(", "'uncertainty'", ",", "False", ")", "upper_uncertainty", "=", "unc", ".", "get", "(", "'upper-uncertainty'", ",", "False", ")", "lower_uncertainty", "=", "unc", ".", "get", "(", "'lower-uncertainty'", ",", "False", ")", "uncertainty_type", "=", "unc", ".", "get", "(", "'uncertainty-type'", ")", "if", "uncertainty_type", "==", "'relative'", ":", "if", "uncertainty", ":", "quant", "=", "quant", ".", "plus_minus", "(", "float", "(", "uncertainty", ")", ",", "relative", "=", "True", ")", "elif", "upper_uncertainty", "and", "lower_uncertainty", ":", "warn", "(", "'Asymmetric uncertainties are not supported. The '", "'maximum of lower-uncertainty and upper-uncertainty '", "'has been used as the symmetric uncertainty.'", ")", "uncertainty", "=", "max", "(", "float", "(", "upper_uncertainty", ")", ",", "float", "(", "lower_uncertainty", ")", ")", "quant", "=", "quant", ".", "plus_minus", "(", "uncertainty", ",", "relative", "=", "True", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Either \"uncertainty\" or \"upper-uncertainty\" and '", "'\"lower-uncertainty\" need to be specified.'", ")", "elif", "uncertainty_type", "==", "'absolute'", ":", "if", "uncertainty", ":", "uncertainty", "=", "Q_", "(", "uncertainty", ")", "quant", "=", "quant", ".", "plus_minus", "(", "uncertainty", ".", "to", "(", "quant", ".", "units", ")", ".", "magnitude", ")", "elif", "upper_uncertainty", "and", "lower_uncertainty", ":", "warn", "(", "'Asymmetric uncertainties are not supported. The '", "'maximum of lower-uncertainty and upper-uncertainty '", "'has been used as the symmetric uncertainty.'", ")", "uncertainty", "=", "max", "(", "Q_", "(", "upper_uncertainty", ")", ",", "Q_", "(", "lower_uncertainty", ")", ")", "quant", "=", "quant", ".", "plus_minus", "(", "uncertainty", ".", "to", "(", "quant", ".", "units", ")", ".", "magnitude", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Either \"uncertainty\" or \"upper-uncertainty\" and '", "'\"lower-uncertainty\" need to be specified.'", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "'uncertainty-type must be one of \"absolute\" or \"relative\"'", ")", "return", "quant" ]

[ "Process", "the", "uncertainty", "information", "from", "a", "given", "quantity", "and", "return", "it" ]

[ "def", "get_cantera_composition_string", "(", "self", ",", "species_conversion", "=", "None", ")", ":", "if", "self", ".", "composition_type", "in", "[", "'mole fraction'", ",", "'mass fraction'", "]", ":", "factor", "=", "1.0", "elif", "self", ".", "composition_type", "==", "'mole percent'", ":", "factor", "=", "100.0", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Unknown composition type: {}'", ".", "format", "(", "self", ".", "composition_type", ")", ")", "if", "species_conversion", "is", "None", ":", "comps", "=", "[", "'{!s}:{:.4e}'", ".", "format", "(", "c", ".", "species_name", ",", "c", ".", "amount", ".", "magnitude", "/", "factor", ")", "for", "c", "in", "self", ".", "composition", ".", "values", "(", ")", "]", "else", ":", "comps", "=", "[", "]", "for", "c", "in", "self", ".", "composition", ".", "values", "(", ")", ":", "amount", "=", "c", ".", "amount", ".", "magnitude", "/", "factor", "idents", "=", "[", "getattr", "(", "c", ",", "s", ",", "False", ")", "for", "s", "in", "[", "'species_name'", ",", "'InChI'", ",", "'SMILES'", "]", "]", "present", "=", "[", "i", "in", "species_conversion", "for", "i", "in", "idents", "]", "if", "not", "any", "(", "present", ")", ":", "comps", ".", "append", "(", "'{!s}:{:.4e}'", ".", "format", "(", "c", ".", "species_name", ",", "amount", ")", ")", "else", ":", "if", "len", "(", "[", "i", "for", "i", "in", "present", "if", "i", "]", ")", ">", "1", ":", "raise", "ValueError", "(", "'More than one conversion present for species {}'", ".", "format", "(", "c", ".", "species_name", ")", ")", "ident", "=", "idents", "[", "present", ".", "index", "(", "True", ")", "]", "species_replacement_name", "=", "species_conversion", ".", "pop", "(", "ident", ")", "comps", ".", "append", "(", "'{!s}:{:.4e}'", ".", "format", "(", "species_replacement_name", ",", "amount", ")", ")", "if", "len", "(", "species_conversion", ")", ">", "0", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Unknown species in conversion: {}'", ".", "format", "(", "species_conversion", ")", ")", "return", "', '", ".", "join", "(", "comps", ")" ]

[ "Get", "the", "composition", "in", "a", "string", "format", "suitable", "for", "input", "to", "Cantera", "." ]

[ "def", "get_cantera_mole_fraction", "(", "self", ",", "species_conversion", "=", "None", ")", ":", "if", "self", ".", "composition_type", "==", "'mass fraction'", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Cannot get mole fractions from the given composition.\\n'", "'{}'", ".", "format", "(", "self", ".", "composition", ")", ")", "else", ":", "return", "self", ".", "get_cantera_composition_string", "(", "species_conversion", ")" ]

[ "Get", "the", "mole", "fractions", "in", "a", "string", "format", "suitable", "for", "input", "to", "Cantera", "." ]

[ "def", "get_cantera_mass_fraction", "(", "self", ",", "species_conversion", "=", "None", ")", ":", "if", "self", ".", "composition_type", "in", "[", "'mole fraction'", ",", "'mole percent'", "]", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Cannot get mass fractions from the given composition.\\n'", "'{}'", ".", "format", "(", "self", ".", "composition", ")", ")", "else", ":", "return", "self", ".", "get_cantera_composition_string", "(", "species_conversion", ")" ]

[ "Get", "the", "mass", "fractions", "in", "a", "string", "format", "suitable", "for", "input", "to", "Cantera", "." ]

[ "def", "lockfile", "(", "lockfile_name", ",", "lock_wait_timeout", "=", "-", "1", ")", ":", "def", "decorator", "(", "func", ")", ":", "@", "wraps", "(", "func", ")", "def", "wrapper", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "lock", "=", "FileLock", "(", "lockfile_name", ")", "try", ":", "lock", ".", "acquire", "(", "lock_wait_timeout", ")", "except", "AlreadyLocked", ":", "return", "except", "LockTimeout", ":", "return", "try", ":", "result", "=", "func", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "finally", ":", "lock", ".", "release", "(", ")", "return", "result", "return", "wrapper", "return", "decorator" ]

[ "Only", "runs", "the", "method", "if", "the", "lockfile", "is", "not", "acquired", "." ]

[ "def", "get_username", "(", "identifier", ")", ":", "pattern", "=", "re", ".", "compile", "(", "'.+@\\w+\\..+'", ")", "if", "pattern", ".", "match", "(", "identifier", ")", ":", "try", ":", "user", "=", "User", ".", "objects", ".", "get", "(", "email", "=", "identifier", ")", "except", ":", "raise", "Http404", "else", ":", "return", "user", ".", "username", "else", ":", "return", "identifier" ]

[ "Checks", "if", "a", "string", "is", "a", "email", "adress", "or", "not", "." ]

[ "def", "_create_payload", "(", "self", ",", "symbols", ")", ":", "payload", "=", "{", "'access_key'", ":", "self", ".", "access_key", "}", "if", "symbols", "is", "not", "None", ":", "payload", "[", "'symbols'", "]", "=", "','", ".", "join", "(", "symbols", ")", "return", "payload" ]

[ "Creates", "a", "payload", "with", "no", "none", "values", "." ]

[ "def", "historical_rates", "(", "self", ",", "date", ",", "symbols", "=", "None", ")", ":", "try", ":", "if", "isinstance", "(", "date", ",", "datetime", ".", "date", ")", ":", "# Convert date to ISO 8601 format.", "date", "=", "date", ".", "isoformat", "(", ")", "symbols", "=", "symbols", "or", "self", ".", "symbols", "payload", "=", "self", ".", "_create_payload", "(", "symbols", ")", "url", "=", "BASE_URL", "+", "date", "response", "=", "requests", ".", "get", "(", "url", ",", "params", "=", "payload", ")", "response", ".", "raise_for_status", "(", ")", "return", "response", ".", "json", "(", ")", "except", "requests", ".", "exceptions", ".", "RequestException", "as", "ex", ":", "raise", "FixerioException", "(", "str", "(", "ex", ")", ")" ]

[ "Get", "historical", "rates", "for", "any", "day", "since", "date", "." ]

[ "def", "distinct", "(", "l", ")", ":", "seen", "=", "set", "(", ")", "seen_add", "=", "seen", ".", "add", "return", "(", "_", "for", "_", "in", "l", "if", "not", "(", "_", "in", "seen", "or", "seen_add", "(", "_", ")", ")", ")" ]

[ "Return", "a", "list", "where", "the", "duplicates", "have", "been", "removed", "." ]

[ "def", "iter_format_modules", "(", "lang", ")", ":", "if", "check_for_language", "(", "lang", ")", ":", "format_locations", "=", "[", "]", "for", "path", "in", "CUSTOM_FORMAT_MODULE_PATHS", ":", "format_locations", ".", "append", "(", "path", "+", "'.%s'", ")", "format_locations", ".", "append", "(", "'django.conf.locale.%s'", ")", "locale", "=", "to_locale", "(", "lang", ")", "locales", "=", "[", "locale", "]", "if", "'_'", "in", "locale", ":", "locales", ".", "append", "(", "locale", ".", "split", "(", "'_'", ")", "[", "0", "]", ")", "for", "location", "in", "format_locations", ":", "for", "loc", "in", "locales", ":", "try", ":", "yield", "import_module", "(", "'.formats'", ",", "location", "%", "loc", ")", "except", "ImportError", ":", "pass" ]

[ "Does", "the", "heavy", "lifting", "of", "finding", "format", "modules", "." ]

[ "def", "get_format_modules", "(", "lang", "=", "None", ",", "reverse", "=", "False", ")", ":", "if", "lang", "is", "None", ":", "lang", "=", "get_language", "(", ")", "modules", "=", "_format_modules_cache", ".", "setdefault", "(", "lang", ",", "list", "(", "iter_format_modules", "(", "lang", ")", ")", ")", "if", "reverse", ":", "return", "list", "(", "reversed", "(", "modules", ")", ")", "return", "modules" ]

[ "Returns", "a", "list", "of", "the", "format", "modules", "found" ]

[ "def", "as_view", "(", "cls", ",", "*", "*", "initkwargs", ")", ":", "# sanitize keyword arguments", "for", "key", "in", "initkwargs", ":", "if", "key", "in", "cls", ".", "http_method_names", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"You tried to pass in the %s method name as a \"", "\"keyword argument to %s(). Don't do that.\"", "%", "(", "key", ",", "cls", ".", "__name__", ")", ")", "if", "not", "hasattr", "(", "cls", ",", "key", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"%s() received an invalid keyword %r. as_view \"", "\"only accepts arguments that are already \"", "\"attributes of the class.\"", "%", "(", "cls", ".", "__name__", ",", "key", ")", ")", "def", "view", "(", "request", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "self", "=", "cls", "(", "*", "*", "initkwargs", ")", "if", "hasattr", "(", "self", ",", "'get'", ")", "and", "not", "hasattr", "(", "self", ",", "'head'", ")", ":", "self", ".", "head", "=", "self", ".", "get", "self", ".", "request", "=", "request", "self", ".", "args", "=", "args", "self", ".", "kwargs", "=", "kwargs", "self", ".", "authed_view", "=", "initkwargs", ".", "get", "(", "'authed_view'", ")", "self", ".", "authed_view_kwargs", "=", "initkwargs", ".", "get", "(", "'authed_view_kwargs'", ")", "self", ".", "anonymous_view", "=", "initkwargs", ".", "get", "(", "'anonymous_view'", ")", "self", ".", "anonymous_view_kwargs", "=", "initkwargs", ".", "get", "(", "'anonymous_view_kwargs'", ")", "return", "self", ".", "dispatch", "(", "request", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "# take name and docstring from class", "update_wrapper", "(", "view", ",", "cls", ",", "updated", "=", "(", ")", ")", "# and possible attributes set by decorators", "# like csrf_exempt from dispatch", "update_wrapper", "(", "view", ",", "cls", ".", "dispatch", ",", "assigned", "=", "(", ")", ")", "return", "view" ]

[ "Main", "entry", "point", "for", "a", "request", "-", "response", "process", "." ]

[ "def", "context", "(", "self", ")", ":", "stats", "=", "status_codes_by_date_stats", "(", ")", "attacks_data", "=", "[", "{", "'type'", ":", "'line'", ",", "'zIndex'", ":", "9", ",", "'name'", ":", "_", "(", "'Attacks'", ")", ",", "'data'", ":", "[", "(", "v", "[", "0", "]", ",", "v", "[", "1", "]", "[", "'attacks'", "]", ")", "for", "v", "in", "stats", "]", "}", "]", "codes_data", "=", "[", "{", "'zIndex'", ":", "4", ",", "'name'", ":", "'2xx'", ",", "'data'", ":", "[", "(", "v", "[", "0", "]", ",", "v", "[", "1", "]", "[", "200", "]", ")", "for", "v", "in", "stats", "]", "}", ",", "{", "'zIndex'", ":", "5", ",", "'name'", ":", "'3xx'", ",", "'data'", ":", "[", "(", "v", "[", "0", "]", ",", "v", "[", "1", "]", "[", "300", "]", ")", "for", "v", "in", "stats", "]", "}", ",", "{", "'zIndex'", ":", "6", ",", "'name'", ":", "'4xx'", ",", "'data'", ":", "[", "(", "v", "[", "0", "]", ",", "v", "[", "1", "]", "[", "400", "]", ")", "for", "v", "in", "stats", "]", "}", ",", "{", "'zIndex'", ":", "8", ",", "'name'", ":", "'5xx'", ",", "'data'", ":", "[", "(", "v", "[", "0", "]", ",", "v", "[", "1", "]", "[", "500", "]", ")", "for", "v", "in", "stats", "]", "}", "]", "return", "{", "'generic_chart'", ":", "json", ".", "dumps", "(", "status_codes_by_date_chart", "(", ")", ")", ",", "'attacks_data'", ":", "json", ".", "dumps", "(", "attacks_data", ")", ",", "'codes_data'", ":", "json", ".", "dumps", "(", "codes_data", ")", "}" ]

[ "Get", "the", "context", "." ]

[ "def", "widgets", "(", "self", ")", ":", "widgets", "=", "[", "]", "for", "i", ",", "chart", "in", "enumerate", "(", "most_visited_pages_charts", "(", ")", ")", ":", "widgets", ".", "append", "(", "Widget", "(", "html_id", "=", "'most_visited_chart_%d'", "%", "i", ",", "content", "=", "json", ".", "dumps", "(", "chart", ")", ",", "template", "=", "'meerkat/widgets/highcharts.html'", ",", "js_code", "=", "[", "'plotOptions.tooltip.pointFormatter'", "]", ")", ")", "return", "widgets" ]

[ "Get", "the", "items", "." ]

[ "def", "get", "(", "self", ",", "str_representation", ")", ":", "for", "scale", "in", "self", ".", "SCALES", ":", "if", "str_representation", "in", "scale", ":", "return", "scale", "raise", "ScaleFormatError", "(", "\"Unsupported scale format: {0}\"", ".", "format", "(", "str_representation", ")", ")" ]

[ "Retrieves", "a", "scale", "representation", "from", "it", "s", "string", "representation" ]

[ "def", "valid_token", "(", "token", ")", ":", "is_scale", "=", "False", "# Check if the token represents a scale", "# If it doesn't set a flag accordingly", "try", ":", "Scale", "(", "token", ")", "is_scale", "=", "True", "except", "ScaleFormatError", ":", "pass", "# If token either represents a numerical value, a", "# separator token, or a scale, it is considered valid", "if", "any", "(", "[", "token", ".", "isdigit", "(", ")", ",", "token", "in", "SEPARATOR_TOKENS", ",", "is_scale", "]", ")", ":", "return", "True", "return", "False" ]

[ "Asserts", "a", "provided", "string", "is", "a", "valid", "duration", "token", "representation" ]

[ "def", "extract_tokens", "(", "representation", ",", "separators", "=", "SEPARATOR_CHARACTERS", ")", ":", "buff", "=", "\"\"", "elements", "=", "[", "]", "last_index", "=", "0", "last_token", "=", "None", "for", "index", ",", "c", "in", "enumerate", "(", "representation", ")", ":", "# if separator character is found, push", "# the content of the buffer in the elements list", "if", "c", "in", "separators", ":", "if", "buff", ":", "# If the last found token is invalid,", "# raise and InvalidTokenError", "if", "not", "valid_token", "(", "buff", ")", ":", "raise", "InvalidTokenError", "(", "\"Duration representation {0} contains \"", "\"an invalid token: {1}\"", ".", "format", "(", "representation", ",", "buff", ")", ")", "# If buffer content is a separator word, for example", "# \"and\", just ignore it", "if", "not", "buff", ".", "strip", "(", ")", "in", "SEPARATOR_TOKENS", ":", "elements", ".", "append", "(", "buff", ")", "# Anyway, reset buffer and last token marker", "# to their zero value", "buff", "=", "\"\"", "last_token", "=", "None", "else", ":", "token", "=", "compute_char_token", "(", "c", ")", "if", "(", "token", "is", "not", "None", "and", "last_token", "is", "not", "None", "and", "token", "!=", "last_token", ")", ":", "elements", ".", "append", "(", "buff", ")", "buff", "=", "c", "else", ":", "buff", "+=", "c", "last_token", "=", "token", "# push the content left in representation", "# in the elements list", "elements", ".", "append", "(", "buff", ")", "return", "list", "(", "zip", "(", "elements", "[", ":", ":", "2", "]", ",", "elements", "[", "1", ":", ":", "2", "]", ")", ")" ]

[ "Extracts", "durations", "tokens", "from", "a", "duration", "representation", "." ]

[ "def", "create_random_string", "(", "length", "=", "7", ",", "chars", "=", "'ABCDEFGHJKMNPQRSTUVWXYZ23456789'", ",", "repetitions", "=", "False", ")", ":", "if", "repetitions", ":", "return", "''", ".", "join", "(", "random", ".", "choice", "(", "chars", ")", "for", "_", "in", "range", "(", "length", ")", ")", "return", "''", ".", "join", "(", "random", ".", "sample", "(", "chars", ",", "length", ")", ")" ]

[ "Returns", "a", "random", "string", "based", "on", "the", "provided", "arguments", "." ]

[ "def", "load_member", "(", "fqn", ")", ":", "modulename", ",", "member_name", "=", "split_fqn", "(", "fqn", ")", "module", "=", "__import__", "(", "modulename", ",", "globals", "(", ")", ",", "locals", "(", ")", ",", "member_name", ")", "return", "getattr", "(", "module", ",", "member_name", ")" ]

[ "Loads", "and", "returns", "a", "class", "for", "a", "given", "fully", "qualified", "name", "." ]

[ "def", "split_fqn", "(", "fqn", ")", ":", "if", "hasattr", "(", "fqn", ",", "'__call__'", ")", ":", "fqn_string", "=", "fqn", "(", ")", "else", ":", "fqn_string", "=", "fqn", "return", "fqn_string", ".", "rsplit", "(", "'.'", ",", "1", ")" ]

[ "Returns", "the", "left", "and", "right", "part", "of", "the", "import", "." ]

[ "def", "send", "(", "self", ",", "data", ")", ":", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "'Send data: {}'", ".", "format", "(", "data", ")", ")", "if", "not", "self", ".", "connected", ":", "self", ".", "logger", ".", "warning", "(", "'Connection not established. Return...'", ")", "return", "self", ".", "websocket", ".", "send", "(", "json", ".", "dumps", "(", "data", ")", ")" ]

[ "Sends", "data", "to", "the", "server", "." ]

[ "def", "_on_message", "(", "self", ",", "socket", ",", "message", ")", ":", "data", "=", "json", ".", "loads", "(", "message", ")", "message_type", "=", "None", "identifier", "=", "None", "subscription", "=", "None", "if", "'type'", "in", "data", ":", "message_type", "=", "data", "[", "'type'", "]", "if", "'identifier'", "in", "data", ":", "identifier", "=", "json", ".", "loads", "(", "data", "[", "'identifier'", "]", ")", "if", "identifier", "is", "not", "None", ":", "subscription", "=", "self", ".", "find_subscription", "(", "identifier", ")", "if", "subscription", "is", "not", "None", ":", "subscription", ".", "received", "(", "data", ")", "elif", "message_type", "==", "'welcome'", ":", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "'Welcome message received.'", ")", "for", "subscription", "in", "self", ".", "subscriptions", ".", "values", "(", ")", ":", "if", "subscription", ".", "state", "==", "'connection_pending'", ":", "subscription", ".", "create", "(", ")", "elif", "message_type", "==", "'ping'", ":", "if", "self", ".", "log_ping", ":", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "'Ping received.'", ")", "else", ":", "self", ".", "logger", ".", "warning", "(", "'Message not supported. (Message: {})'", ".", "format", "(", "message", ")", ")" ]

[ "Called", "aways", "when", "a", "message", "arrives", "." ]

[ "def", "_on_close", "(", "self", ",", "socket", ")", ":", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "'Connection closed.'", ")", "for", "subscription", "in", "self", ".", "subscriptions", ".", "values", "(", ")", ":", "if", "subscription", ".", "state", "==", "'subscribed'", ":", "subscription", ".", "state", "=", "'connection_pending'" ]

[ "Called", "when", "the", "connection", "was", "closed", "." ]

[ "def", "connected", "(", "self", ")", ":", "return", "self", ".", "websocket", "is", "not", "None", "and", "self", ".", "websocket", ".", "sock", "is", "not", "None", "and", "self", ".", "websocket", ".", "sock", ".", "connected" ]

[ "If", "connected", "to", "server", "." ]

[ "def", "find_subscription", "(", "self", ",", "identifier", ")", ":", "for", "subscription", "in", "self", ".", "subscriptions", ".", "values", "(", ")", ":", "if", "subscription", ".", "identifier", "==", "identifier", ":", "return", "subscription" ]

[ "Finds", "a", "subscription", "by", "it", "s", "identifier", "." ]

[ "def", "create", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "'Create subscription on server...'", ")", "if", "not", "self", ".", "connection", ".", "connected", ":", "self", ".", "state", "=", "'connection_pending'", "return", "data", "=", "{", "'command'", ":", "'subscribe'", ",", "'identifier'", ":", "self", ".", "_identifier_string", "(", ")", "}", "self", ".", "connection", ".", "send", "(", "data", ")", "self", ".", "state", "=", "'pending'" ]

[ "Subscribes", "at", "the", "server", "." ]

[ "def", "remove", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "'Remove subscription from server...'", ")", "data", "=", "{", "'command'", ":", "'unsubscribe'", ",", "'identifier'", ":", "self", ".", "_identifier_string", "(", ")", "}", "self", ".", "connection", ".", "send", "(", "data", ")", "self", ".", "state", "=", "'unsubscribed'" ]

[ "Removes", "the", "subscription", "." ]

[ "def", "send", "(", "self", ",", "message", ")", ":", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "'Send message: {}'", ".", "format", "(", "message", ")", ")", "if", "self", ".", "state", "==", "'pending'", "or", "self", ".", "state", "==", "'connection_pending'", ":", "self", ".", "logger", ".", "info", "(", "'Connection not established. Add message to queue.'", ")", "self", ".", "message_queue", ".", "append", "(", "message", ")", "return", "elif", "self", ".", "state", "==", "'unsubscribed'", "or", "self", ".", "state", "==", "'rejected'", ":", "self", ".", "logger", ".", "warning", "(", "'Not subscribed! Message discarded.'", ")", "return", "data", "=", "{", "'command'", ":", "'message'", ",", "'identifier'", ":", "self", ".", "_identifier_string", "(", ")", ",", "'data'", ":", "message", ".", "raw_message", "(", ")", "}", "self", ".", "connection", ".", "send", "(", "data", ")" ]

[ "Sends", "data", "to", "the", "server", "on", "the", "subscription", "channel", "." ]

[ "def", "received", "(", "self", ",", "data", ")", ":", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "'Data received: {}'", ".", "format", "(", "data", ")", ")", "message_type", "=", "None", "if", "'type'", "in", "data", ":", "message_type", "=", "data", "[", "'type'", "]", "if", "message_type", "==", "'confirm_subscription'", ":", "self", ".", "_subscribed", "(", ")", "elif", "message_type", "==", "'reject_subscription'", ":", "self", ".", "_rejected", "(", ")", "elif", "self", ".", "receive_callback", "is", "not", "None", "and", "'message'", "in", "data", ":", "self", ".", "receive_callback", "(", "data", "[", "'message'", "]", ")", "else", ":", "self", ".", "logger", ".", "warning", "(", "'Message type unknown. ({})'", ".", "format", "(", "message_type", ")", ")" ]

[ "API", "for", "the", "connection", "to", "forward", "information", "to", "this", "subscription", "instance", "." ]

[ "def", "_subscribed", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "'Subscription confirmed.'", ")", "self", ".", "state", "=", "'subscribed'", "for", "message", "in", "self", ".", "message_queue", ":", "self", ".", "send", "(", "message", ")" ]

[ "Called", "when", "the", "subscription", "was", "accepted", "successfully", "." ]

[ "def", "cli_opts", "(", ")", ":", "parser", "=", "argparse", ".", "ArgumentParser", "(", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "\"--homeassistant-config\"", ",", "type", "=", "str", ",", "required", "=", "False", ",", "dest", "=", "\"config\"", ",", "help", "=", "\"Create configuration section for home assistant\"", ",", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "\"-f\"", ",", "\"--filter\"", ",", "type", "=", "str", ",", "required", "=", "False", ",", "dest", "=", "\"filter\"", ",", "help", "=", "\"Ignore events related with these devices\"", ",", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "\"-o\"", ",", "\"--output\"", ",", "type", "=", "str", ",", "required", "=", "False", ",", "dest", "=", "\"output\"", ",", "help", "=", "\"Send output to file\"", ",", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "\"-v\"", ",", "\"--verbose\"", ",", "action", "=", "\"store_true\"", ",", "dest", "=", "\"verbose\"", ",", "help", "=", "\"Verbose output\"", ",", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'device'", ")", "return", "parser", ".", "parse_args", "(", ")" ]

[ "Handle", "the", "command", "line", "options" ]

[ "def", "_setup_signal_handler", "(", "self", ")", ":", "signal", ".", "signal", "(", "signal", ".", "SIGTERM", ",", "self", ".", "_signal_handler", ")", "signal", ".", "signal", "(", "signal", ".", "SIGINT", ",", "self", ".", "_signal_handler", ")", "signal", ".", "signal", "(", "signal", ".", "SIGQUIT", ",", "self", ".", "_signal_handler", ")" ]

[ "Register", "signal", "handlers" ]

[ "def", "_signal_handler", "(", "self", ",", "signum", ",", "frame", ")", ":", "if", "self", ".", "_options", ".", "config", ":", "with", "open", "(", "self", ".", "_options", ".", "config", ",", "\"w\"", ")", "as", "cfg", ":", "yaml", ".", "dump", "(", "self", ".", "_home_assistant_config", "(", ")", ",", "cfg", ")", "print", "(", "\"Dumped home assistant configuration at\"", ",", "self", ".", "_options", ".", "config", ")", "self", ".", "_connection", ".", "close", "(", ")", "sys", ".", "exit", "(", "0", ")" ]

[ "Method", "called", "when", "handling", "signals" ]

[ "def", "start", "(", "self", ")", ":", "print", "(", "\"Entering monitoring mode, press CTRL-C to quit\"", ")", "serial", "=", "self", ".", "_connection", ".", "serial", "while", "True", ":", "serial", ".", "write", "(", "b\"@R\"", ")", "length", "=", "int", "(", "serial", ".", "read", "(", ")", ",", "16", ")", "data", "=", "serial", ".", "read", "(", "length", "*", "2", ")", "message", "=", "messages", ".", "parse", "(", "data", ")", "if", "not", "(", "self", ".", "_options", ".", "filter", "and", "message", ".", "entity", "and", "message", ".", "entity", "in", "self", ".", "_devices", ")", ":", "logging", ".", "debug", "(", "\" \"", ".", "join", "(", "message", ".", "bytes", ")", ")", "if", "not", "self", ".", "_options", ".", "config", "or", "message", ".", "entity", "is", "None", "or", "message", ".", "entity", "in", "self", ".", "_devices", ":", "continue", "print", "(", "\"New device found\"", ")", "ha_id", "=", "input", "(", "\"Enter home assistant unique ID: \"", ")", "name", "=", "input", "(", "\"Enter name: \"", ")", "self", ".", "_add_device", "(", "scs_id", "=", "message", ".", "entity", ",", "ha_id", "=", "ha_id", ",", "name", "=", "name", ")" ]

[ "Monitor", "the", "bus", "for", "events", "and", "handle", "them" ]

[ "def", "_add_device", "(", "self", ",", "scs_id", ",", "ha_id", ",", "name", ")", ":", "if", "scs_id", "in", "self", ".", "_devices", ":", "return", "self", ".", "_devices", "[", "scs_id", "]", "=", "{", "'name'", ":", "name", ",", "'ha_id'", ":", "ha_id", "}" ]

[ "Add", "device", "to", "the", "list", "of", "known", "ones" ]

[ "def", "_home_assistant_config", "(", "self", ")", ":", "devices", "=", "{", "}", "for", "scs_id", ",", "dev", "in", "self", ".", "_devices", ".", "items", "(", ")", ":", "devices", "[", "dev", "[", "'ha_id'", "]", "]", "=", "{", "'name'", ":", "dev", "[", "'name'", "]", ",", "'scs_id'", ":", "scs_id", "}", "return", "{", "'devices'", ":", "devices", "}" ]

[ "Creates", "home", "assistant", "configuration", "for", "the", "known", "devices" ]

[ "def", "_load_filter", "(", "self", ",", "config", ")", ":", "path", "=", "pathlib", ".", "Path", "(", "config", ")", "if", "not", "path", ".", "is_file", "(", ")", ":", "return", "with", "open", "(", "config", ",", "'r'", ")", "as", "conf", ":", "devices", "=", "yaml", ".", "load", "(", "conf", ")", "[", "'devices'", "]", "for", "ha_id", ",", "dev", "in", "devices", ".", "items", "(", ")", ":", "self", ".", "_devices", "[", "dev", "[", "'scs_id'", "]", "]", "=", "{", "ha_id", ":", "dev", ",", "'name'", ":", "dev", "[", "'name'", "]", "}" ]

[ "Load", "the", "filter", "file", "and", "populates", "self", ".", "_devices", "accordingly" ]

[ "def", "close", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_serial", ".", "write", "(", "b\"@c\"", ")", "self", ".", "_serial", ".", "read", "(", ")", "self", ".", "_serial", ".", "close", "(", ")" ]

[ "Closes", "the", "connection", "to", "the", "serial", "port", "and", "ensure", "no", "pending", "operatoin", "are", "left" ]

[ "def", "load", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "if", "self", ".", "property_type", "is", "None", ":", "return", "value", "elif", "not", "isinstance", "(", "self", ".", "property_type", ",", "BaseType", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "'property_type must be schematics BaseType'", ")", "else", ":", "native_value", "=", "self", ".", "property_type", ".", "to_native", "(", "value", ")", "self", ".", "property_type", ".", "validate", "(", "native_value", ")", "return", "native_value" ]

[ "Load", "a", "value", "converting", "it", "to", "the", "proper", "type", "if", "validation_type", "exists", "." ]

[ "def", "_update_property_keys", "(", "cls", ")", ":", "for", "attr_name", ",", "config_prop", "in", "cls", ".", "_iter_config_props", "(", ")", ":", "if", "config_prop", ".", "property_key", "is", "None", ":", "config_prop", ".", "property_key", "=", "attr_name" ]

[ "Set", "unspecified", "property_keys", "for", "each", "ConfigProperty", "to", "the", "name", "of", "the", "class", "attr" ]

[ "def", "_set_instance_prop", "(", "self", ",", "attr_name", ",", "config_prop", ",", "value", ")", ":", "setattr", "(", "self", ",", "attr_name", ",", "value", ")", "# add to varz if it is not private", "if", "not", "config_prop", ".", "exclude_from_varz", ":", "self", ".", "varz", "[", "attr_name", "]", "=", "value" ]

[ "Set", "instance", "property", "to", "a", "value", "and", "add", "it", "varz", "if", "needed" ]

[ "def", "_load", "(", "self", ")", ":", "for", "attr_name", ",", "config_prop", "in", "self", ".", "_iter_config_props", "(", ")", ":", "found", "=", "False", "for", "loader", "in", "self", ".", "_loaders", ":", "if", "loader", ".", "exists", "(", "config_prop", ".", "property_key", ")", ":", "raw_value", "=", "loader", ".", "get", "(", "config_prop", ".", "property_key", ")", "converted_value", "=", "config_prop", ".", "load", "(", "raw_value", ")", "self", ".", "_set_instance_prop", "(", "attr_name", ",", "config_prop", ",", "converted_value", ")", "found", "=", "True", "break", "if", "not", "found", ":", "if", "not", "config_prop", ".", "required", "or", "config_prop", ".", "default", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "_set_instance_prop", "(", "attr_name", ",", "config_prop", ",", "config_prop", ".", "default", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Missing required ConfigProperty {}'", ".", "format", "(", "attr_name", ")", ")" ]

[ "Load", "values", "for", "all", "ConfigProperty", "attributes" ]

[ "def", "in_same_dir", "(", "as_file", ",", "target_file", ")", ":", "return", "os", ".", "path", ".", "abspath", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "as_file", ")", ",", "target_file", ")", ")" ]

[ "Return", "an", "absolute", "path", "to", "a", "target", "file", "that", "is", "located", "in", "the", "same", "directory", "as", "as_file" ]

[ "def", "compare_name", "(", "given_name", ",", "family_name", ",", "question_name", ")", ":", "# lowercase everything", "given_name", "=", "given_name", ".", "lower", "(", ")", "family_name", "=", "family_name", ".", "lower", "(", ")", "question_name", "=", "question_name", ".", "lower", "(", ")", "# rearrange names given as \"last, first middle\"", "if", "','", "in", "question_name", ":", "name_split", "=", "question_name", ".", "split", "(", "','", ")", "name_split", ".", "reverse", "(", ")", "question_name", "=", "' '", ".", "join", "(", "name_split", ")", ".", "strip", "(", ")", "# remove periods", "question_name", "=", "question_name", ".", "replace", "(", "'.'", ",", "''", ")", "given_name", "=", "given_name", ".", "replace", "(", "'.'", ",", "''", ")", "family_name", "=", "family_name", ".", "replace", "(", "'.'", ",", "''", ")", "# split names by , <space> - .", "given_name", "=", "list", "(", "filter", "(", "None", ",", "re", ".", "split", "(", "r\"[, \\-.]+\"", ",", "given_name", ")", ")", ")", "num_family_names", "=", "len", "(", "list", "(", "filter", "(", "None", ",", "re", ".", "split", "(", "\"[, .]+\"", ",", "family_name", ")", ")", ")", ")", "# split name in question by , <space> - .", "name_split", "=", "list", "(", "filter", "(", "None", ",", "re", ".", "split", "(", "r\"[, \\-.]+\"", ",", "question_name", ")", ")", ")", "first_name", "=", "[", "name_split", "[", "0", "]", "]", "if", "len", "(", "name_split", ")", ">", "2", ":", "first_name", "+=", "[", "n", "for", "n", "in", "name_split", "[", "1", ":", "-", "num_family_names", "]", "]", "if", "len", "(", "first_name", ")", ">", "1", "and", "len", "(", "given_name", ")", "==", "len", "(", "first_name", ")", ":", "# both have same number of first and middle names/initials", "for", "i", "in", "range", "(", "1", ",", "len", "(", "first_name", ")", ")", ":", "first_name", "[", "i", "]", "=", "first_name", "[", "i", "]", "[", "0", "]", "given_name", "[", "i", "]", "=", "given_name", "[", "i", "]", "[", "0", "]", "elif", "len", "(", "given_name", ")", "!=", "len", "(", "first_name", ")", ":", "min_names", "=", "min", "(", "len", "(", "given_name", ")", ",", "len", "(", "first_name", ")", ")", "first_name", "=", "first_name", "[", ":", "min_names", "]", "given_name", "=", "given_name", "[", ":", "min_names", "]", "# first initial", "if", "len", "(", "first_name", "[", "0", "]", ")", "==", "1", "or", "len", "(", "given_name", "[", "0", "]", ")", "==", "1", ":", "given_name", "[", "0", "]", "=", "given_name", "[", "0", "]", "[", "0", "]", "first_name", "[", "0", "]", "=", "first_name", "[", "0", "]", "[", "0", "]", "# first and middle initials combined", "if", "len", "(", "first_name", "[", "0", "]", ")", ">", "1", "or", "len", "(", "given_name", "[", "0", "]", ")", ">", "1", ":", "given_name", "[", "0", "]", "=", "given_name", "[", "0", "]", "[", "0", "]", "first_name", "[", "0", "]", "=", "name_split", "[", "0", "]", "[", "0", "]", "# Hyphenated last name may need to be reconnected", "if", "num_family_names", "==", "1", "and", "'-'", "in", "family_name", ":", "num_hyphen", "=", "family_name", ".", "count", "(", "'-'", ")", "family_name_compare", "=", "'-'", ".", "join", "(", "name_split", "[", "-", "(", "num_hyphen", "+", "1", ")", ":", "]", ")", "else", ":", "family_name_compare", "=", "' '", ".", "join", "(", "name_split", "[", "-", "num_family_names", ":", "]", ")", "return", "given_name", "==", "first_name", "and", "family_name", "==", "family_name_compare" ]

[ "Compares", "a", "name", "in", "question", "to", "a", "specified", "name", "separated", "into", "given", "and", "family", "." ]

[ "def", "_validate_isvalid_history", "(", "self", ",", "isvalid_history", ",", "field", ",", "value", ")", ":", "# Check the type has appropriate units", "history_type", "=", "value", "[", "'type'", "]", "if", "history_type", ".", "endswith", "(", "'emission'", ")", ":", "history_type", "=", "'emission'", "elif", "history_type", ".", "endswith", "(", "'absorption'", ")", ":", "history_type", "=", "'absorption'", "quantity", "=", "1.0", "*", "(", "units", "(", "value", "[", "'quantity'", "]", "[", "'units'", "]", ")", ")", "try", ":", "quantity", ".", "to", "(", "property_units", "[", "history_type", "]", ")", "except", "pint", ".", "DimensionalityError", ":", "self", ".", "_error", "(", "field", ",", "'incompatible units; should be consistent '", "'with '", "+", "property_units", "[", "history_type", "]", ")", "# Check that time has appropriate units", "time", "=", "1.0", "*", "(", "units", "(", "value", "[", "'time'", "]", "[", "'units'", "]", ")", ")", "try", ":", "time", ".", "to", "(", "property_units", "[", "'time'", "]", ")", "except", "pint", ".", "DimensionalityError", ":", "self", ".", "_error", "(", "field", ",", "'incompatible units; should be consistent '", "'with '", "+", "property_units", "[", "'time'", "]", ")", "# Check that the values have the right number of columns", "n_cols", "=", "len", "(", "value", "[", "'values'", "]", "[", "0", "]", ")", "max_cols", "=", "max", "(", "value", "[", "'time'", "]", "[", "'column'", "]", ",", "value", "[", "'quantity'", "]", "[", "'column'", "]", ",", "value", ".", "get", "(", "'uncertainty'", ",", "{", "}", ")", ".", "get", "(", "'column'", ",", "0", ")", ")", "+", "1", "if", "n_cols", ">", "max_cols", ":", "self", ".", "_error", "(", "field", ",", "'too many columns in the values'", ")", "elif", "n_cols", "<", "max_cols", ":", "self", ".", "_error", "(", "field", ",", "'not enough columns in the values'", ")" ]

[ "Checks", "that", "the", "given", "time", "history", "is", "properly", "formatted", "." ]

[ "def", "_validate_isvalid_quantity", "(", "self", ",", "isvalid_quantity", ",", "field", ",", "value", ")", ":", "quantity", "=", "Q_", "(", "value", "[", "0", "]", ")", "low_lim", "=", "0.0", "*", "units", "(", "property_units", "[", "field", "]", ")", "try", ":", "if", "quantity", "<=", "low_lim", ":", "self", ".", "_error", "(", "field", ",", "'value must be greater than 0.0 {}'", ".", "format", "(", "property_units", "[", "field", "]", ")", ",", ")", "except", "pint", ".", "DimensionalityError", ":", "self", ".", "_error", "(", "field", ",", "'incompatible units; should be consistent '", "'with '", "+", "property_units", "[", "field", "]", ")" ]

[ "Checks", "for", "valid", "given", "value", "and", "appropriate", "units", "." ]

[ "def", "_validate_isvalid_uncertainty", "(", "self", ",", "isvalid_uncertainty", ",", "field", ",", "value", ")", ":", "self", ".", "_validate_isvalid_quantity", "(", "True", ",", "field", ",", "value", ")", "# This len check is necessary for reasons that aren't quite clear to me", "# Cerberus calls this validation method even when lists have only one element", "# and should therefore be validated only by isvalid_quantity", "if", "len", "(", "value", ")", ">", "1", "and", "value", "[", "1", "]", "[", "'uncertainty-type'", "]", "!=", "'relative'", ":", "if", "value", "[", "1", "]", ".", "get", "(", "'uncertainty'", ")", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "_validate_isvalid_quantity", "(", "True", ",", "field", ",", "[", "value", "[", "1", "]", "[", "'uncertainty'", "]", "]", ")", "if", "value", "[", "1", "]", ".", "get", "(", "'upper-uncertainty'", ")", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "_validate_isvalid_quantity", "(", "True", ",", "field", ",", "[", "value", "[", "1", "]", "[", "'upper-uncertainty'", "]", "]", ")", "if", "value", "[", "1", "]", ".", "get", "(", "'lower-uncertainty'", ")", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "_validate_isvalid_quantity", "(", "True", ",", "field", ",", "[", "value", "[", "1", "]", "[", "'lower-uncertainty'", "]", "]", ")" ]

[ "Checks", "for", "valid", "given", "value", "and", "appropriate", "units", "with", "uncertainty", "." ]

[ "def", "_validate_isvalid_orcid", "(", "self", ",", "isvalid_orcid", ",", "field", ",", "value", ")", ":", "if", "isvalid_orcid", "and", "'ORCID'", "in", "value", ":", "try", ":", "res", "=", "search_orcid", "(", "value", "[", "'ORCID'", "]", ")", "except", "ConnectionError", ":", "warn", "(", "'network not available, ORCID not validated.'", ")", "return", "except", "HTTPError", ":", "self", ".", "_error", "(", "field", ",", "'ORCID incorrect or invalid for '", "+", "value", "[", "'name'", "]", ")", "return", "family_name", "=", "res", "[", "'name'", "]", "[", "'family-name'", "]", "[", "'value'", "]", "given_name", "=", "res", "[", "'name'", "]", "[", "'given-names'", "]", "[", "'value'", "]", "if", "not", "compare_name", "(", "given_name", ",", "family_name", ",", "value", "[", "'name'", "]", ")", ":", "self", ".", "_error", "(", "field", ",", "'Name and ORCID do not match. Name supplied: '", "+", "value", "[", "'name'", "]", "+", "'. Name associated with ORCID: '", "+", "' '", ".", "join", "(", "[", "given_name", ",", "family_name", "]", ")", ")" ]

[ "Checks", "for", "valid", "ORCID", "if", "given", "." ]

[ "def", "_validate_isvalid_composition", "(", "self", ",", "isvalid_composition", ",", "field", ",", "value", ")", ":", "sum_amount", "=", "0.0", "if", "value", "[", "'kind'", "]", "in", "[", "'mass fraction'", ",", "'mole fraction'", "]", ":", "low_lim", "=", "0.0", "up_lim", "=", "1.0", "total_amount", "=", "1.0", "elif", "value", "[", "'kind'", "]", "in", "[", "'mole percent'", "]", ":", "low_lim", "=", "0.0", "up_lim", "=", "100.0", "total_amount", "=", "100.0", "else", ":", "self", ".", "_error", "(", "field", ",", "'composition kind must be \"mole percent\", \"mass fraction\", or '", "'\"mole fraction\"'", ")", "return", "False", "for", "sp", "in", "value", "[", "'species'", "]", ":", "amount", "=", "sp", "[", "'amount'", "]", "[", "0", "]", "sum_amount", "+=", "amount", "# Check that amount within bounds, based on kind specified", "if", "amount", "<", "low_lim", ":", "self", ".", "_error", "(", "field", ",", "'Species '", "+", "sp", "[", "'species-name'", "]", "+", "' '", "+", "value", "[", "'kind'", "]", "+", "' must be greater than {:.1f}'", ".", "format", "(", "low_lim", ")", ")", "elif", "amount", ">", "up_lim", ":", "self", ".", "_error", "(", "field", ",", "'Species '", "+", "sp", "[", "'species-name'", "]", "+", "' '", "+", "value", "[", "'kind'", "]", "+", "' must be less than {:.1f}'", ".", "format", "(", "up_lim", ")", ")", "# Make sure mole/mass fraction sum to 1", "if", "not", "np", ".", "isclose", "(", "total_amount", ",", "sum_amount", ")", ":", "self", ".", "_error", "(", "field", ",", "'Species '", "+", "value", "[", "'kind'", "]", "+", "'s do not sum to {:.1f}: '", ".", "format", "(", "total_amount", ")", "+", "'{:f}'", ".", "format", "(", "sum_amount", ")", ")" ]

[ "Checks", "for", "valid", "specification", "of", "composition", "." ]

[ "def", "convert_types_slow", "(", "df", ")", ":", "dtypes", "=", "get_types", "(", "df", ")", "for", "k", ",", "v", "in", "dtypes", ".", "items", "(", ")", ":", "t", "=", "df", "[", "df", "[", "'key'", "]", "==", "k", "]", "t", "[", "'value'", "]", "=", "t", "[", "'value'", "]", ".", "astype", "(", "v", ")", "df", "=", "df", ".", "apply", "(", "convert_row", ",", "axis", "=", "1", ")", "return", "df" ]

[ "This", "is", "a", "slow", "operation", "." ]

[ "def", "plot_all", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "dfs", "=", "do_all", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "ps", "=", "[", "]", "for", "line", "in", "dfs", ":", "f", ",", "df", ",", "config", "=", "line", "df", ".", "plot", "(", "title", "=", "config", "[", "'name'", "]", ")", "ps", ".", "append", "(", "df", ")", "return", "ps" ]

[ "Read", "all", "the", "trial", "data", "and", "plot", "the", "result", "of", "applying", "a", "function", "on", "them", "." ]

[ "def", "serialize", "(", "v", ",", "known_modules", "=", "[", "]", ")", ":", "tname", "=", "name", "(", "v", ",", "known_modules", "=", "known_modules", ")", "func", "=", "serializer", "(", "tname", ")", "return", "func", "(", "v", ")", ",", "tname" ]

[ "Get", "a", "text", "representation", "of", "an", "object", "." ]

[ "def", "deserialize", "(", "type_", ",", "value", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "type_", ",", "str", ")", ":", "return", "type_", "des", "=", "deserializer", "(", "type_", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "if", "value", "is", "None", ":", "return", "des", "return", "des", "(", "value", ")" ]

[ "Get", "an", "object", "from", "a", "text", "representation" ]

[ "def", "content", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "_content", "is", "None", ":", "self", ".", "_content", "=", "self", ".", "parse_files", "(", ")", "return", "self", ".", "_content" ]

[ "Return", "parsed", "data", ".", "Parse", "it", "if", "not", "already", "parsed", "." ]

[ "def", "parse_files", "(", "self", ")", ":", "log_re", "=", "self", ".", "log_format_regex", "log_lines", "=", "[", "]", "for", "log_file", "in", "self", ".", "matching_files", "(", ")", ":", "with", "open", "(", "log_file", ")", "as", "f", ":", "matches", "=", "re", ".", "finditer", "(", "log_re", ",", "f", ".", "read", "(", ")", ")", "for", "match", "in", "matches", ":", "log_lines", ".", "append", "(", "match", ".", "groupdict", "(", ")", ")", "return", "log_lines" ]

[ "Find", "the", "files", "and", "parse", "them", "." ]

[ "def", "serialize_distribution", "(", "network_agents", ",", "known_modules", "=", "[", "]", ")", ":", "d", "=", "deepcopy", "(", "list", "(", "network_agents", ")", ")", "for", "v", "in", "d", ":", "if", "'threshold'", "in", "v", ":", "del", "v", "[", "'threshold'", "]", "v", "[", "'agent_type'", "]", "=", "serialize_type", "(", "v", "[", "'agent_type'", "]", ",", "known_modules", "=", "known_modules", ")", "return", "d" ]

[ "When", "serializing", "an", "agent", "distribution", "remove", "the", "thresholds", "in", "order", "to", "avoid", "cluttering", "the", "YAML", "definition", "file", "." ]

[ "def", "_validate_states", "(", "states", ",", "topology", ")", ":", "states", "=", "states", "or", "[", "]", "if", "isinstance", "(", "states", ",", "dict", ")", ":", "for", "x", "in", "states", ":", "assert", "x", "in", "topology", ".", "node", "else", ":", "assert", "len", "(", "states", ")", "<=", "len", "(", "topology", ")", "return", "states" ]

[ "Validate", "states", "to", "avoid", "ignoring", "states", "during", "initialization" ]

[ "def", "_convert_agent_types", "(", "ind", ",", "to_string", "=", "False", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "to_string", ":", "return", "serialize_distribution", "(", "ind", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "deserialize_distribution", "(", "ind", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Convenience", "method", "to", "allow", "specifying", "agents", "by", "class", "or", "class", "name", "." ]

[ "def", "_agent_from_distribution", "(", "distribution", ",", "value", "=", "-", "1", ",", "agent_id", "=", "None", ")", ":", "if", "value", "<", "0", ":", "value", "=", "random", ".", "random", "(", ")", "for", "d", "in", "sorted", "(", "distribution", ",", "key", "=", "lambda", "x", ":", "x", "[", "'threshold'", "]", ")", ":", "threshold", "=", "d", "[", "'threshold'", "]", "# Check if the definition matches by id (first) or by threshold", "if", "not", "(", "(", "agent_id", "is", "not", "None", "and", "threshold", "==", "STATIC_THRESHOLD", "and", "agent_id", "in", "d", "[", "'ids'", "]", ")", "or", "(", "value", ">=", "threshold", "[", "0", "]", "and", "value", "<", "threshold", "[", "1", "]", ")", ")", ":", "continue", "state", "=", "{", "}", "if", "'state'", "in", "d", ":", "state", "=", "deepcopy", "(", "d", "[", "'state'", "]", ")", "return", "d", "[", "'agent_type'", "]", ",", "state", "raise", "Exception", "(", "'Distribution for value {} not found in: {}'", ".", "format", "(", "value", ",", "distribution", ")", ")" ]

[ "Used", "in", "the", "initialization", "of", "agents", "given", "an", "agent", "distribution", "." ]

[ "def", "launch", "(", "self", ",", "port", "=", "None", ")", ":", "if", "port", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "port", "=", "port", "url", "=", "'http://127.0.0.1:{PORT}'", ".", "format", "(", "PORT", "=", "self", ".", "port", ")", "print", "(", "'Interface starting at {url}'", ".", "format", "(", "url", "=", "url", ")", ")", "self", ".", "listen", "(", "self", ".", "port", ")", "# webbrowser.open(url)", "tornado", ".", "ioloop", ".", "IOLoop", ".", "instance", "(", ")", ".", "start", "(", ")" ]

[ "Run", "the", "app", "." ]

[ "def", "status_codes_by_date_stats", "(", ")", ":", "def", "date_counter", "(", "queryset", ")", ":", "return", "dict", "(", "Counter", "(", "map", "(", "lambda", "dt", ":", "ms_since_epoch", "(", "datetime", ".", "combine", "(", "make_naive", "(", "dt", ")", ",", "datetime", ".", "min", ".", "time", "(", ")", ")", ")", ",", "list", "(", "queryset", ".", "values_list", "(", "'datetime'", ",", "flat", "=", "True", ")", ")", ")", ")", ")", "codes", "=", "{", "low", ":", "date_counter", "(", "RequestLog", ".", "objects", ".", "filter", "(", "status_code__gte", "=", "low", ",", "status_code__lt", "=", "high", ")", ")", "for", "low", ",", "high", "in", "(", "(", "200", ",", "300", ")", ",", "(", "300", ",", "400", ")", ",", "(", "400", ",", "500", ")", ")", "}", "codes", "[", "500", "]", "=", "date_counter", "(", "RequestLog", ".", "objects", ".", "filter", "(", "status_code__gte", "=", "500", ")", ")", "codes", "[", "'attacks'", "]", "=", "date_counter", "(", "RequestLog", ".", "objects", ".", "filter", "(", "status_code__in", "=", "(", "400", ",", "444", ",", "502", ")", ")", ")", "stats", "=", "{", "}", "for", "code", "in", "(", "200", ",", "300", ",", "400", ",", "500", ",", "'attacks'", ")", ":", "for", "date", ",", "count", "in", "codes", "[", "code", "]", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "stats", ".", "get", "(", "date", ",", "None", ")", "is", "None", ":", "stats", "[", "date", "]", "=", "{", "200", ":", "0", ",", "300", ":", "0", ",", "400", ":", "0", ",", "500", ":", "0", ",", "'attacks'", ":", "0", "}", "stats", "[", "date", "]", "[", "code", "]", "+=", "count", "stats", "=", "sorted", "(", "[", "(", "k", ",", "v", ")", "for", "k", ",", "v", "in", "stats", ".", "items", "(", ")", "]", ",", "key", "=", "lambda", "x", ":", "x", "[", "0", "]", ")", "return", "stats" ]

[ "Get", "stats", "for", "status", "codes", "by", "date", "." ]

[ "def", "enter", "(", "self", ",", "pub_id", ",", "*", "nodes", ")", ":", "try", ":", "pub", "=", "self", "[", "'pubs'", "]", "[", "pub_id", "]", "except", "KeyError", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Pub {} is not available'", ".", "format", "(", "pub_id", ")", ")", "if", "not", "pub", "[", "'open'", "]", "or", "(", "pub", "[", "'capacity'", "]", "<", "(", "len", "(", "nodes", ")", "+", "pub", "[", "'occupancy'", "]", ")", ")", ":", "return", "False", "pub", "[", "'occupancy'", "]", "+=", "len", "(", "nodes", ")", "for", "node", "in", "nodes", ":", "node", "[", "'pub'", "]", "=", "pub_id", "return", "True" ]

[ "Agents", "will", "try", "to", "enter", ".", "The", "pub", "checks", "if", "it", "is", "possible" ]

[ "def", "exit", "(", "self", ",", "pub_id", ",", "*", "node_ids", ")", ":", "try", ":", "pub", "=", "self", "[", "'pubs'", "]", "[", "pub_id", "]", "except", "KeyError", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Pub {} is not available'", ".", "format", "(", "pub_id", ")", ")", "for", "node_id", "in", "node_ids", ":", "node", "=", "self", ".", "get_agent", "(", "node_id", ")", "if", "pub_id", "==", "node", "[", "'pub'", "]", ":", "del", "node", "[", "'pub'", "]", "pub", "[", "'occupancy'", "]", "-=", "1" ]

[ "Agents", "will", "notify", "the", "pub", "they", "want", "to", "leave" ]

[ "def", "looking_for_friends", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "info", "(", "'I am looking for friends'", ")", "available_friends", "=", "list", "(", "self", ".", "get_agents", "(", "drunk", "=", "False", ",", "pub", "=", "None", ",", "state_id", "=", "self", ".", "looking_for_friends", ".", "id", ")", ")", "if", "not", "available_friends", ":", "self", ".", "info", "(", "'Life sucks and I\\'m alone!'", ")", "return", "self", ".", "at_home", "befriended", "=", "self", ".", "try_friends", "(", "available_friends", ")", "if", "befriended", ":", "return", "self", ".", "looking_for_pub" ]

[ "Look", "for", "friends", "to", "drink", "with" ]

[ "def", "looking_for_pub", "(", "self", ")", ":", "if", "self", "[", "'pub'", "]", "!=", "None", ":", "return", "self", ".", "sober_in_pub", "self", ".", "debug", "(", "'I am looking for a pub'", ")", "group", "=", "list", "(", "self", ".", "get_neighboring_agents", "(", ")", ")", "for", "pub", "in", "self", ".", "env", ".", "available_pubs", "(", ")", ":", "self", ".", "debug", "(", "'We\\'re trying to get into {}: total: {}'", ".", "format", "(", "pub", ",", "len", "(", "group", ")", ")", ")", "if", "self", ".", "env", ".", "enter", "(", "pub", ",", "self", ",", "*", "group", ")", ":", "self", ".", "info", "(", "'We\\'re all {} getting in {}!'", ".", "format", "(", "len", "(", "group", ")", ",", "pub", ")", ")", "return", "self", ".", "sober_in_pub" ]

[ "Look", "for", "a", "pub", "that", "accepts", "me", "and", "my", "friends" ]

[ "def", "befriend", "(", "self", ",", "other_agent", ",", "force", "=", "False", ")", ":", "if", "force", "or", "self", "[", "'openness'", "]", ">", "random", "(", ")", ":", "self", ".", "env", ".", "add_edge", "(", "self", ",", "other_agent", ")", "self", ".", "info", "(", "'Made some friend {}'", ".", "format", "(", "other_agent", ")", ")", "return", "True", "return", "False" ]

[ "Try", "to", "become", "friends", "with", "another", "agent", ".", "The", "chances", "of", "success", "depend", "on", "both", "agents", "openness", "." ]

[ "def", "try_friends", "(", "self", ",", "others", ")", ":", "befriended", "=", "False", "k", "=", "int", "(", "10", "*", "self", "[", "'openness'", "]", ")", "shuffle", "(", "others", ")", "for", "friend", "in", "islice", "(", "others", ",", "k", ")", ":", "# random.choice >= 3.7", "if", "friend", "==", "self", ":", "continue", "if", "friend", ".", "befriend", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "befriend", "(", "friend", ",", "force", "=", "True", ")", "self", ".", "debug", "(", "'Hooray! new friend: {}'", ".", "format", "(", "friend", ".", "id", ")", ")", "befriended", "=", "True", "else", ":", "self", ".", "debug", "(", "'{} does not want to be friends'", ".", "format", "(", "friend", ".", "id", ")", ")", "return", "befriended" ]

[ "Look", "for", "random", "agents", "around", "me", "and", "try", "to", "befriend", "them" ]

[ "def", "profile_distribution", "(", "data", ")", ":", "if", "len", "(", "data", ")", "==", "0", ":", "return", "(", "data", ",", "np", ".", "nan", ",", "np", ".", "nan", ",", "np", ".", "nan", ",", "np", ".", "nan", ",", "np", ".", "nan", ",", "np", ".", "nan", ",", "np", ".", "nan", ",", "np", ".", "nan", ",", "np", ".", "nan", ")", "else", ":", "ddof", "=", "1", "if", "len", "(", "data", ")", ">", "1", "else", "0", "dist_mean", "=", "np", ".", "mean", "(", "data", ")", "dist_stdev", "=", "np", ".", "std", "(", "data", ",", "ddof", "=", "ddof", ")", "dist_min", ",", "dist_quartile1", ",", "dist_quartile2", ",", "dist_quartile3", ",", "dist_max", "=", "np", ".", "percentile", "(", "data", ",", "[", "0", ",", "25", ",", "50", ",", "75", ",", "100", "]", ")", "dist_skew", "=", "skew", "(", "data", ")", "dist_kurtosis", "=", "kurtosis", "(", "data", ")", "return", "(", "data", ",", "dist_mean", ",", "dist_stdev", ",", "dist_skew", ",", "dist_kurtosis", ",", "dist_min", ",", "dist_quartile1", ",", "dist_quartile2", ",", "dist_quartile3", ",", "dist_max", ")" ]

[ "Compute", "the", "mean", "standard", "deviation", "min", "quartile1", "quartile2", "quartile3", "and", "max", "of", "a", "vector" ]

[ "def", "to_native", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "value", ",", "dict", ")", ":", "return", "value", "elif", "isinstance", "(", "value", ",", "six", ".", "string_types", ")", ":", "native_value", "=", "json", ".", "loads", "(", "value", ")", "if", "isinstance", "(", "native_value", ",", "dict", ")", ":", "return", "native_value", "else", ":", "raise", "ConversionError", "(", "u'Cannot load value as a dict: {}'", ".", "format", "(", "value", ")", ")" ]

[ "Return", "the", "value", "as", "a", "dict", "raising", "error", "if", "conversion", "to", "dict", "is", "not", "possible" ]

[ "def", "to_native", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "value", ",", "six", ".", "string_types", ")", ":", "value_list", "=", "value", ".", "split", "(", "self", ".", "string_delim", ")", "else", ":", "value_list", "=", "value", "to_native", "=", "self", ".", "member_type", ".", "to_native", "if", "self", ".", "member_type", "is", "not", "None", "else", "lambda", "x", ":", "x", "return", "[", "to_native", "(", "item", ")", "for", "item", "in", "value_list", "]" ]

[ "Load", "a", "value", "as", "a", "list", "converting", "items", "if", "necessary" ]

[ "def", "validate_member_type", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "if", "self", ".", "member_type", ":", "for", "item", "in", "value", ":", "self", ".", "member_type", ".", "validate", "(", "item", ")" ]

[ "Validate", "each", "member", "of", "the", "list", "if", "member_type", "exists" ]

[ "def", "validate_length", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "list_len", "=", "len", "(", "value", ")", "if", "value", "else", "0", "if", "self", ".", "max_length", "is", "not", "None", "and", "list_len", ">", "self", ".", "max_length", ":", "raise", "ValidationError", "(", "u'List has {} values; max length is {}'", ".", "format", "(", "list_len", ",", "self", ".", "max_length", ")", ")", "if", "self", ".", "min_length", "is", "not", "None", "and", "list_len", "<", "self", ".", "min_length", ":", "raise", "ValidationError", "(", "u'List has {} values; min length is {}'", ".", "format", "(", "list_len", ",", "self", ".", "min_length", ")", ")" ]

[ "Validate", "the", "length", "of", "value", "if", "min_length", "or", "max_length", "was", "specified" ]

[ "def", "validate_resource", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "def", "do_backoff", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "\"\"\"Call self._test_connection with exponential backoff, for self._max_tries attempts\"\"\"", "attempts", "=", "0", "while", "True", ":", "try", ":", "self", ".", "_test_connection", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "break", "except", "ValidationError", ":", "wait_secs", "=", "min", "(", "self", ".", "_max_wait", ",", "2", "**", "attempts", ")", "attempts", "+=", "1", "if", "attempts", "<", "self", ".", "_max_tries", ":", "time", ".", "sleep", "(", "wait_secs", ")", "else", ":", "raise", "do_backoff", "(", "value", ")" ]

[ "Validate", "the", "network", "resource", "with", "exponential", "backoff" ]

[ "def", "list_metafeatures", "(", "cls", ",", "group", "=", "\"all\"", ")", ":", "# todo make group for intractable metafeatures for wide datasets or", "# datasets with high cardinality categorical columns:", "# PredPCA1, PredPCA2, PredPCA3, PredEigen1, PredEigen2, PredEigen3,", "# PredDet, kNN1NErrRate, kNN1NKappa, LinearDiscriminantAnalysisKappa,", "# LinearDiscriminantAnalysisErrRate", "if", "group", "==", "\"all\"", ":", "return", "copy", ".", "deepcopy", "(", "cls", ".", "IDS", ")", "elif", "group", "==", "\"landmarking\"", ":", "return", "list", "(", "filter", "(", "lambda", "mf_id", ":", "\"ErrRate\"", "in", "mf_id", "or", "\"Kappa\"", "in", "mf_id", ",", "cls", ".", "IDS", ")", ")", "elif", "group", "==", "\"target_dependent\"", ":", "return", "list", "(", "filter", "(", "cls", ".", "_resource_is_target_dependent", ",", "cls", ".", "IDS", ")", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "f\"Unknown group {group}\"", ")" ]

[ "Returns", "a", "list", "of", "metafeatures", "computable", "by", "the", "Metafeatures", "class", "." ]

[ "def", "_sample_rows", "(", "self", ",", "X", ",", "Y", ",", "sample_shape", ",", "seed", ")", ":", "if", "sample_shape", "[", "0", "]", "is", "None", "or", "X", ".", "shape", "[", "0", "]", "<=", "sample_shape", "[", "0", "]", ":", "X_sample", ",", "Y_sample", "=", "X", ",", "Y", "elif", "Y", "is", "None", ":", "np", ".", "random", ".", "seed", "(", "seed", ")", "row_indices", "=", "np", ".", "random", ".", "choice", "(", "X", ".", "shape", "[", "0", "]", ",", "size", "=", "sample_shape", "[", "0", "]", ",", "replace", "=", "False", ")", "X_sample", ",", "Y_sample", "=", "X", ".", "iloc", "[", "row_indices", "]", ",", "Y", "else", ":", "drop_size", "=", "X", ".", "shape", "[", "0", "]", "-", "sample_shape", "[", "0", "]", "sample_size", "=", "sample_shape", "[", "0", "]", "sss", "=", "StratifiedShuffleSplit", "(", "n_splits", "=", "2", ",", "test_size", "=", "drop_size", ",", "train_size", "=", "sample_size", ",", "random_state", "=", "seed", ")", "row_indices", ",", "_", "=", "next", "(", "sss", ".", "split", "(", "X", ",", "Y", ")", ")", "X_sample", ",", "Y_sample", "=", "X", ".", "iloc", "[", "row_indices", "]", ",", "Y", ".", "iloc", "[", "row_indices", "]", "return", "(", "X_sample", ",", "Y_sample", ")" ]

[ "Stratified", "uniform", "sampling", "of", "rows", "according", "to", "the", "classes", "in", "Y", ".", "Ensures", "there", "are", "enough", "samples", "from", "each", "class", "in", "Y", "for", "cross", "validation", "." ]

[ "def", "_fetch_secrets", "(", "vault_url", ",", "path", ",", "token", ")", ":", "url", "=", "_url_joiner", "(", "vault_url", ",", "'v1'", ",", "path", ")", "resp", "=", "requests", ".", "get", "(", "url", ",", "headers", "=", "VaultLoader", ".", "_get_headers", "(", "token", ")", ")", "resp", ".", "raise_for_status", "(", ")", "data", "=", "resp", ".", "json", "(", ")", "if", "data", ".", "get", "(", "'errors'", ")", ":", "raise", "VaultException", "(", "u'Error fetching Vault secrets from path {}: {}'", ".", "format", "(", "path", ",", "data", "[", "'errors'", "]", ")", ")", "return", "data", "[", "'data'", "]" ]

[ "Read", "data", "from", "the", "vault", "path" ]

[ "def", "_fetch_app_role_token", "(", "vault_url", ",", "role_id", ",", "secret_id", ")", ":", "url", "=", "_url_joiner", "(", "vault_url", ",", "'v1/auth/approle/login'", ")", "resp", "=", "requests", ".", "post", "(", "url", ",", "data", "=", "{", "'role_id'", ":", "role_id", ",", "'secret_id'", ":", "secret_id", "}", ")", "resp", ".", "raise_for_status", "(", ")", "data", "=", "resp", ".", "json", "(", ")", "if", "data", ".", "get", "(", "'errors'", ")", ":", "raise", "VaultException", "(", "u'Error fetching Vault token: {}'", ".", "format", "(", "data", "[", "'errors'", "]", ")", ")", "return", "data", "[", "'auth'", "]", "[", "'client_token'", "]" ]

[ "Get", "a", "Vault", "token", "using", "the", "RoleID", "and", "SecretID" ]

[ "def", "reload", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_source", "=", "self", ".", "_fetch_secrets", "(", "self", ".", "_vault_url", ",", "self", ".", "_path", ",", "self", ".", "_token", ")" ]

[ "Reread", "secrets", "from", "the", "vault", "path" ]

[ "def", "sorted_options", "(", "sort_options", ")", ":", "return", "[", "{", "'title'", ":", "v", "[", "'title'", "]", ",", "'value'", ":", "(", "'-{0}'", ".", "format", "(", "k", ")", "if", "v", ".", "get", "(", "'default_order'", ",", "'asc'", ")", "==", "'desc'", "else", "k", ")", ",", "}", "for", "k", ",", "v", "in", "sorted", "(", "sort_options", ".", "items", "(", ")", ",", "key", "=", "lambda", "x", ":", "x", "[", "1", "]", ".", "get", "(", "'order'", ",", "0", ")", ")", "]" ]

[ "Sort", "sort", "options", "for", "display", "." ]

[ "def", "html_to_plain_text", "(", "html", ")", ":", "# Use BeautifulSoup to normalize the html", "soup", "=", "BeautifulSoup", "(", "html", ",", "\"html.parser\"", ")", "# Init the parser", "parser", "=", "HTML2PlainParser", "(", ")", "parser", ".", "feed", "(", "str", "(", "soup", ".", "encode", "(", "'utf-8'", ")", ")", ")", "# Strip the end of the plain text", "result", "=", "parser", ".", "text", ".", "rstrip", "(", ")", "# Add footnotes", "if", "parser", ".", "links", ":", "result", "+=", "'\\n\\n'", "for", "link", "in", "parser", ".", "links", ":", "result", "+=", "'[{}]: {}\\n'", ".", "format", "(", "link", "[", "0", "]", ",", "link", "[", "1", "]", ")", "return", "result" ]

[ "Converts", "html", "code", "into", "formatted", "plain", "text", "." ]

[ "def", "handle_data", "(", "self", ",", "data", ")", ":", "# Only proceed with unignored elements", "if", "self", ".", "lasttag", "not", "in", "self", ".", "ignored_elements", ":", "# Remove any predefined linebreaks", "text", "=", "data", ".", "replace", "(", "'\\n'", ",", "''", ")", "# If there's some text left, proceed!", "if", "text", ":", "if", "self", ".", "lasttag", "==", "'li'", ":", "# Use a special prefix for list elements", "self", ".", "text", "+=", "' * '", "self", ".", "text", "+=", "text", "if", "self", ".", "lasttag", "in", "self", ".", "newline_after_elements", ":", "# Add a linebreak at the end of the content", "self", ".", "text", "+=", "'\\n'" ]

[ "Handles", "data", "between", "tags", "." ]

[ "def", "run", "(", "self", ")", ":", "task", "=", "None", "monitor_task", "=", "MonitorTask", "(", "notification_endpoint", "=", "self", ".", "_handle_message", ")", "while", "True", ":", "if", "self", ".", "_terminate", ":", "self", ".", "_logger", ".", "info", "(", "\"scsgate.Reactor exiting\"", ")", "self", ".", "_connection", ".", "close", "(", ")", "break", "try", ":", "task", "=", "self", ".", "_request_queue", ".", "get_nowait", "(", ")", "self", ".", "_logger", ".", "debug", "(", "\"scsgate.Reactor: got task {}\"", ".", "format", "(", "task", ")", ")", "except", "queue", ".", "Empty", ":", "task", "=", "monitor_task", "try", ":", "task", ".", "execute", "(", "connection", "=", "self", ".", "_connection", ")", "except", "ExecutionError", "as", "err", ":", "self", ".", "_logger", ".", "error", "(", "err", ")" ]

[ "Starts", "the", "thread" ]

[ "def", "mygenerator", "(", "n", "=", "5", ",", "n_edges", "=", "5", ")", ":", "G", "=", "nx", ".", "Graph", "(", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "n", ")", ":", "G", ".", "add_node", "(", "i", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "n_edges", ")", ":", "nodes", "=", "list", "(", "G", ".", "nodes", ")", "n_in", "=", "choice", "(", "nodes", ")", "nodes", ".", "remove", "(", "n_in", ")", "# Avoid loops", "n_out", "=", "choice", "(", "nodes", ")", "G", ".", "add_edge", "(", "n_in", ",", "n_out", ")", "return", "G" ]

[ "Just", "a", "simple", "generator", "that", "creates", "a", "network", "with", "n", "nodes", "and", "n_edges", "edges", ".", "Edges", "are", "assigned", "randomly", "only", "avoiding", "self", "loops", "." ]

[ "def", "insert_files", "(", "self", ",", "rootpath", ",", "directoryInFilter", "=", "None", ",", "directoryExFilter", "=", "None", ",", "compileInFilter", "=", "None", ",", "compileExFilter", "=", "None", ",", "contentInFilter", "=", "None", ",", "contentExFilter", "=", "None", ")", ":", "# Overrides", "directoryInFilter", "=", "self", ".", "DirectoryInFilter", "if", "directoryInFilter", "is", "None", "else", "directoryInFilter", "directoryExFilter", "=", "self", ".", "DirectoryExFilter", "if", "directoryExFilter", "is", "None", "else", "directoryExFilter", "compileInFilter", "=", "self", ".", "CompileInFilter", "if", "compileInFilter", "is", "None", "else", "compileInFilter", "compileExFilter", "=", "self", ".", "CompileExFilter", "if", "compileExFilter", "is", "None", "else", "compileExFilter", "contentInFilter", "=", "self", ".", "ContentInFilter", "if", "contentInFilter", "is", "None", "else", "contentInFilter", "contentExFilter", "=", "self", ".", "ContentExFilter", "if", "contentExFilter", "is", "None", "else", "contentExFilter", "def", "filter", "(", "text", ",", "filters", ",", "explicit", ")", ":", "\"\"\"\n Convience filter function\n\n :param text text: The target text.\n :param list filters: The collection of fnmatch expressions\n :param bool explicit: Flag denoting an the empty filter collection return match failure.\n \"\"\"", "if", "explicit", ":", "return", "any", "(", "fnmatch", ".", "fnmatch", "(", "text", ",", "f", ")", "for", "f", "in", "filters", ")", "return", "not", "filters", "or", "any", "(", "fnmatch", ".", "fnmatch", "(", "text", ",", "f", ")", "for", "f", "in", "filters", ")", "for", "root", ",", "dirnames", ",", "filenames", "in", "os", ".", "walk", "(", "rootpath", ")", ":", "searchdir", "=", "os", ".", "path", ".", "normpath", "(", "os", ".", "path", ".", "normcase", "(", "root", ")", ")", "# If the root dir matches an excluded directory, stop any further searches", "if", "filter", "(", "searchdir", ",", "directoryExFilter", ",", "True", ")", ":", "dirnames", "[", ":", "]", "=", "[", "]", "elif", "filter", "(", "searchdir", ",", "directoryInFilter", ",", "False", ")", ":", "for", "filepath", "in", "[", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "filename", ")", "for", "filename", "in", "filenames", "]", ":", "if", "filter", "(", "filepath", ",", "compileInFilter", ",", "False", ")", "and", "not", "filter", "(", "filepath", ",", "compileExFilter", ",", "True", ")", ":", "self", ".", "CompileFiles", ".", "append", "(", "filepath", ")", "elif", "filter", "(", "filepath", ",", "contentInFilter", ",", "False", ")", "and", "not", "filter", "(", "filepath", ",", "contentExFilter", ",", "True", ")", ":", "self", ".", "ContentFiles", ".", "append", "(", "filepath", ")" ]

[ "Inserts", "files", "by", "recursive", "traversing", "the", "rootpath", "and", "inserting", "files", "according", "the", "addition", "filter", "parameters", "." ]