// Path: halvade_upload_tool/src/be/ugent/intec/halvade/uploader/Logger.java
// public class Logger {
//     /*
//      * levels of debugging
//      * 0: INFO
//      * 1: DEBUG
//      * 2: EXCEPTION
//      * 3:ALL
//      */
//     private static int LEVEL = 0;
//     private static final int EXCEPTION = 2;
//     private static final int DEBUG = 1;
//     private static final int INFO = 0;
//     
//     
//     // TODO use configuration set LEVEL
//     public static void SETLEVEL(int NEWLEVEL) {
//         LEVEL = NEWLEVEL;
//     }
//     
//     public static void EXCEPTION(Exception ex){
//         System.err.println("[EXCEPTION] " + ex.getLocalizedMessage());
//         ex.printStackTrace();
//     }
//     
//     public static void THROWABLE(Throwable ex){
//         System.err.println("[EXCEPTION] " + ex.getLocalizedMessage());
//         ex.printStackTrace();
//     }
//     
//     public static void DEBUG(String message) {
//         if(LEVEL >= DEBUG)
//             System.err.println("[" + Timer.getGlobalTime() + " - DEBUG] " + message);
//     }
//     
//     public static void INFO(String message) {
//         if(LEVEL >= INFO)
//             System.err.println("[INFO] " + message);
//     }
//     
//     public static void DEBUG(String message, int level) {
//         if(LEVEL >= level)
//             System.err.println("[" + Timer.getGlobalTime() + " - DEBUG] " + message);
//     }
// }


import be.ugent.intec.halvade.uploader.Logger;
import java.io.BufferedReader;
import java.io.IOException;
/*
 * To change this license header, choose License Headers in Project Properties.
 * To change this template file, choose Tools | Templates
 * and open the template in the editor.
 */

package be.ugent.intec.halvade.uploader.input;


/**
 *
 * @author ddecap
 */
public class PairedFastQReader extends BaseFileReader {
    protected BufferedReader readerA, readerB;
    protected ReadBlock block;
    

    public PairedFastQReader(boolean fromHDFS, String fileA, String fileB) throws IOException {
        super(true);
        readerA = getReader(fromHDFS, fileA);
        readerB = getReader(fromHDFS, fileB);
        toStr = fileA.substring(fileA.lastIndexOf("/")+1) + " & " + fileB.substring(fileB.lastIndexOf("/")+1);
// Path: halvade_upload_tool/src/be/ugent/intec/halvade/uploader/Logger.java
// public class Logger {
//     /*
//      * levels of debugging
//      * 0: INFO
//      * 1: DEBUG
//      * 2: EXCEPTION
//      * 3:ALL
//      */
//     private static int LEVEL = 0;
//     private static final int EXCEPTION = 2;
//     private static final int DEBUG = 1;
//     private static final int INFO = 0;
//     
//     
//     // TODO use configuration set LEVEL
//     public static void SETLEVEL(int NEWLEVEL) {
//         LEVEL = NEWLEVEL;
//     }
//     
//     public static void EXCEPTION(Exception ex){
//         System.err.println("[EXCEPTION] " + ex.getLocalizedMessage());
//         ex.printStackTrace();
//     }
//     
//     public static void THROWABLE(Throwable ex){
//         System.err.println("[EXCEPTION] " + ex.getLocalizedMessage());
//         ex.printStackTrace();
//     }
//     
//     public static void DEBUG(String message) {
//         if(LEVEL >= DEBUG)
//             System.err.println("[" + Timer.getGlobalTime() + " - DEBUG] " + message);
//     }
//     
//     public static void INFO(String message) {
//         if(LEVEL >= INFO)
//             System.err.println("[INFO] " + message);
//     }
//     
//     public static void DEBUG(String message, int level) {
//         if(LEVEL >= level)
//             System.err.println("[" + Timer.getGlobalTime() + " - DEBUG] " + message);
//     }
// }


// Path: halvade_upload_tool/src/be/ugent/intec/halvade/uploader/input/PairedFastQReader.java
import be.ugent.intec.halvade.uploader.Logger;
import java.io.BufferedReader;
import java.io.IOException;

/*
 * To change this license header, choose License Headers in Project Properties.
 * To change this template file, choose Tools | Templates
 * and open the template in the editor.
 */

package be.ugent.intec.halvade.uploader.input;


/**
 *
 * @author ddecap
 */
public class PairedFastQReader extends BaseFileReader {
    protected BufferedReader readerA, readerB;
    protected ReadBlock block;
    

    public PairedFastQReader(boolean fromHDFS, String fileA, String fileB) throws IOException {
        super(true);
        readerA = getReader(fromHDFS, fileA);
        readerB = getReader(fromHDFS, fileB);
        toStr = fileA.substring(fileA.lastIndexOf("/")+1) + " & " + fileB.substring(fileB.lastIndexOf("/")+1);
        Logger.DEBUG("Paired: " + toStr);