// Path: validation/src/main/java/edu/ucdavis/fiehnlab/spectra/hash/core/validation/serialize/Result.java
// public class Result {
// 
//     String splash;
// 
//     String spectra;
// 
//     String origin;
// 
//     SpectraType type;
// 
//     public Result(String splash, String spectra, String origin, SpectraType type, String separator) {
//         this.splash = splash;
//         this.spectra = spectra;
//         this.origin = origin;
//         this.type = type;
//         this.separator = separator;
//     }
// 
//     public Result() {
//     }
// 
//     public String getSeparator() {
//         return separator;
//     }
// 
//     public void setSeparator(String separator) {
//         this.separator = separator;
//     }
// 
//     public SpectraType getType() {
//         return type;
//     }
// 
//     public void setType(SpectraType type) {
//         this.type = type;
//     }
// 
//     public String getOrigin() {
//         return origin;
//     }
// 
//     public void setOrigin(String origin) {
//         this.origin = origin;
//     }
// 
//     public String getSpectra() {
//         return spectra;
//     }
// 
//     public void setSpectra(String spectra) {
//         this.spectra = spectra;
//     }
// 
//     public String getSplash() {
//         return splash;
//     }
// 
//     public void setSplash(String splash) {
//         this.splash = splash;
//     }
// 
//     String separator;
// 
// 
//     @Override
//     public String toString() {
//         return this.getSplash() + this.getSeparator() + this.getOrigin() + this.getSeparator() + this.getSpectra();
//     }
// }


import edu.ucdavis.fiehnlab.spectra.hash.core.validation.serialize.Result;
import org.apache.commons.cli.CommandLine;
import java.io.IOException;
import java.io.OutputStream;
import java.io.PrintStream;

    /**
     * serializes an object
     *
     * @param result
     */
    public void serialize(Result result) throws IOException {
        if (cmd.hasOption("longFormat")) {
            stream.print(result);
            stream.print(result.getSeparator());

            String blocks[] = result.getSplash().split("-");
            for (int i = 0; i < blocks.length; i++) {
                stream.print(blocks[i]);

                if (i < blocks.length - 1) {
                    stream.print(result.getSeparator());
                }
            }
            stream.println();

        } else {
            stream.println(result);
        }
    }

    /**
     * closes
     */
    public void close() throws IOException {
// Path: validation/src/main/java/edu/ucdavis/fiehnlab/spectra/hash/core/validation/serialize/Result.java
// public class Result {
// 
//     String splash;
// 
//     String spectra;
// 
//     String origin;
// 
//     SpectraType type;
// 
//     public Result(String splash, String spectra, String origin, SpectraType type, String separator) {
//         this.splash = splash;
//         this.spectra = spectra;
//         this.origin = origin;
//         this.type = type;
//         this.separator = separator;
//     }
// 
//     public Result() {
//     }
// 
//     public String getSeparator() {
//         return separator;
//     }
// 
//     public void setSeparator(String separator) {
//         this.separator = separator;
//     }
// 
//     public SpectraType getType() {
//         return type;
//     }
// 
//     public void setType(SpectraType type) {
//         this.type = type;
//     }
// 
//     public String getOrigin() {
//         return origin;
//     }
// 
//     public void setOrigin(String origin) {
//         this.origin = origin;
//     }
// 
//     public String getSpectra() {
//         return spectra;
//     }
// 
//     public void setSpectra(String spectra) {
//         this.spectra = spectra;
//     }
// 
//     public String getSplash() {
//         return splash;
//     }
// 
//     public void setSplash(String splash) {
//         this.splash = splash;
//     }
// 
//     String separator;
// 
// 
//     @Override
//     public String toString() {
//         return this.getSplash() + this.getSeparator() + this.getOrigin() + this.getSeparator() + this.getSpectra();
//     }
// }


// Path: validation/src/main/java/edu/ucdavis/fiehnlab/spectra/hash/core/validation/serialize/Serializer.java
import edu.ucdavis.fiehnlab.spectra.hash.core.validation.serialize.Result;
import org.apache.commons.cli.CommandLine;
import java.io.IOException;
import java.io.OutputStream;
import java.io.PrintStream;


    /**
     * serializes an object
     *
     * @param result
     */
    public void serialize(Result result) throws IOException {
        if (cmd.hasOption("longFormat")) {
            stream.print(result);
            stream.print(result.getSeparator());

            String blocks[] = result.getSplash().split("-");
            for (int i = 0; i < blocks.length; i++) {
                stream.print(blocks[i]);

                if (i < blocks.length - 1) {
                    stream.print(result.getSeparator());
                }
            }
            stream.println();

        } else {
            stream.println(result);
        }
    }

    /**
     * closes
     */
    public void close() throws IOException {
        stream.close();