// Path: gateway_config/sdk/src/main/java/org/ngbw/sdk/core/types/DataFormat.java
// public enum DataFormat {
// 	BLAST_TEXT,
// 	BLAST_XML,
// 	CLUSTAL,
// 	EMBL,
// 	EMBL_XML,
// 	FASTOUT,
// 	FASTA,
// 	GENBANK,
// 	GENPEPT,
// 	HENNIG86,
// 	HTML,
// 	MMCIF,
// 	MRC,
// 	MSF,
// 	NEEDLE,
// 	NEWICK,
// 	NEXUS,
// 	PDB,
// 	PDB_FINDER,
// 	PHYLIP,
// 	SIRIUSWB,
//     STAR,
// 	UNIPROT,
// 	UNIPROT_XML,
// 	UNKNOWN
// }
// 
// Path: gateway_config/sdk/src/main/java/org/ngbw/sdk/core/types/DataType.java
// public enum DataType {
// 	BLAST_OUTPUT,
//     DIRECTORY,
// 	FASTA_OUTPUT,
//     IMAGE,
// 	MATRIX,
//     MRC,
//     PDF,
// 	PHYLOGENETIC_TREE,
// 	SEQUENCE,
// 	SEQUENCE_ALIGNMENT,
// 	SERIALIZED_BINARY,
// 	SIMILARITY_SEARCH_HIT,
// 	SIMILARITY_SEARCH_RESULT,
// 	STRUCTURE,
//     TEXT,
//     STAR,
// 	UNKNOWN,
//     ZIP
// }


import java.io.File;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStream;
import java.io.Serializable;
import java.sql.Connection;
import java.sql.PreparedStatement;
import java.sql.ResultSet;
import java.sql.SQLException;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Calendar;
import java.util.Iterator;
import java.util.List;
import java.util.Map;
import java.util.TreeMap;
import org.apache.commons.io.FilenameUtils;
import org.ngbw.sdk.WorkbenchException;
import org.ngbw.sdk.common.util.IOUtils;
import org.ngbw.sdk.core.shared.SourceDocumentType;
import org.ngbw.sdk.core.types.DataFormat;
import org.ngbw.sdk.core.types.DataType;
import org.ngbw.sdk.core.types.EntityType;
/*
 * UserDataItem.java
 */
package org.ngbw.sdk.database;






/**
 *
 * @author Paul Hoover
 *
 */
public class UserDataItem extends FolderItem implements SourceDocument, Comparable<UserDataItem> {

	// nested classes


	/**
	 *
	 */
	private class MetaDataMap extends MonitoredMap<String, String> {

		// constructors


		protected MetaDataMap(Map<String, String> prefMap)
		{
			super(prefMap);
		}


		// protected methods


		@Override
// Path: gateway_config/sdk/src/main/java/org/ngbw/sdk/core/types/DataFormat.java
// public enum DataFormat {
// 	BLAST_TEXT,
// 	BLAST_XML,
// 	CLUSTAL,
// 	EMBL,
// 	EMBL_XML,
// 	FASTOUT,
// 	FASTA,
// 	GENBANK,
// 	GENPEPT,
// 	HENNIG86,
// 	HTML,
// 	MMCIF,
// 	MRC,
// 	MSF,
// 	NEEDLE,
// 	NEWICK,
// 	NEXUS,
// 	PDB,
// 	PDB_FINDER,
// 	PHYLIP,
// 	SIRIUSWB,
//     STAR,
// 	UNIPROT,
// 	UNIPROT_XML,
// 	UNKNOWN
// }
// 
// Path: gateway_config/sdk/src/main/java/org/ngbw/sdk/core/types/DataType.java
// public enum DataType {
// 	BLAST_OUTPUT,
//     DIRECTORY,
// 	FASTA_OUTPUT,
//     IMAGE,
// 	MATRIX,
//     MRC,
//     PDF,
// 	PHYLOGENETIC_TREE,
// 	SEQUENCE,
// 	SEQUENCE_ALIGNMENT,
// 	SERIALIZED_BINARY,
// 	SIMILARITY_SEARCH_HIT,
// 	SIMILARITY_SEARCH_RESULT,
// 	STRUCTURE,
//     TEXT,
//     STAR,
// 	UNKNOWN,
//     ZIP
// }


// Path: gateway_config/sdk/src/main/java/org/ngbw/sdk/database/UserDataItem.java
import java.io.File;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStream;
import java.io.Serializable;
import java.sql.Connection;
import java.sql.PreparedStatement;
import java.sql.ResultSet;
import java.sql.SQLException;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Calendar;
import java.util.Iterator;
import java.util.List;
import java.util.Map;
import java.util.TreeMap;
import org.apache.commons.io.FilenameUtils;
import org.ngbw.sdk.WorkbenchException;
import org.ngbw.sdk.common.util.IOUtils;
import org.ngbw.sdk.core.shared.SourceDocumentType;
import org.ngbw.sdk.core.types.DataFormat;
import org.ngbw.sdk.core.types.DataType;
import org.ngbw.sdk.core.types.EntityType;

/*
 * UserDataItem.java
 */
package org.ngbw.sdk.database;






/**
 *
 * @author Paul Hoover
 *
 */
public class UserDataItem extends FolderItem implements SourceDocument, Comparable<UserDataItem> {

	// nested classes


	/**
	 *
	 */
	private class MetaDataMap extends MonitoredMap<String, String> {

		// constructors


		protected MetaDataMap(Map<String, String> prefMap)
		{
			super(prefMap);
		}


		// protected methods


		@Override
		protected void addMapPutOp(String key, String value)